المنظمه تقول إن تقاريرها عن إسرائيل جزء ضئيل من نشاطها العالمي وجاءت الاتهامات علي لسان روبرت برنشتين، مؤسس المنظمه، في سياق مقال نشره بصحيفه نيويورك تايمز الأمريكيه، وقال فيه إن هيومان رايتس ووتش قد فقدت منطلقها النقدي بالتركيز علي إسرائيل والتغاضي عن الأنظمه الديكتاتوريه في الشرق الأوسط. وقال برنشتين إن التقارير التي تصدرها المنظمه قد ساعدت في تعزيز الصوره عن إسرائيل بوصفها "دوله منبوذه" . وقد جاءت اتهامات مؤسس المنظمه في وقت يحتدم فيه خلاف عالمي بشأن تقرير للجنه تحقيق دوليه اتهم إسرائيل بارتكاب جرائم حرب أثناء هجومها علي غزه في العام الماضي. وقال برنشتين في مقاله إن المنظمه التي أسسها قد حادت عن التفويض الأصلي لتأسيسها وهو "مراقبه المجتمعات المغلقه وليس الدول الديمقراطيه كإسرائيل، وإنها فقدت المنطلق النقدي في صراع تعرضت خلاله إسرائيل للهجوم واستخدمت حقها في الدفاع عن نفسها". وقد ردت المنظمه علي تلك الاتهامات قائله إن الديمقراطيات، أيضا، ترتكب انتهاكات ويجب إخضاعها للمراقبه. وقالت كارول بوجارت، إحدي كبار المسؤولين في المنظمه، إن هيومان رايتس ووتش "لم تقل إنه يتعين علي إسرائيل عدم خوض حروب، ولكن يتعين عليها عدم انتهاك قواعد القانون الدولي الإنساني كما حدث". وأشارت بوجارت إلي أن العمل الذي تقوم به المنظمه في إسرائيل هو مجرد جزء ضئيل من نشاطها في المنطقه وعلي مستوي العالم.
نفت منظمه هيومان رايتس ووتش المدافعه عن حقوق الإنسان الاتهامات التي وجهت إليها بالتحيز ضد إسرائيل.
ووتش تنفي الاتهامات بتحيزها ضد إسرائيل