Как вы фильтруете данные — до сохранения в базу или при выводе?
Что значит «фильтровать»? Если защита от SQL-инъекций — то, безусловно, фильтровать нужно до записи. Но фильтровать не вырезанием и экранированием, а с помощью placeholders в PDO. Подробнее: habrahabr.ru/post/148701/
При выводе нужно эскейпить то, что может исполнится внутри HTML, тут уже поможет обычная htmlspecialchars() или использование нормального шаблонизатора (Twig, например).
И то и то правильно, если вам нужно обрабатывать в дальнейшем данные неочищеные, то логично что хранить вы их будете сырыми и очищать лишь при выводе. А если вам нужно хранить лишь определенный формат (нельзя тэги например) то очищать перед записью все лишнее не помешает, мало ли где показываться будут данные.
А вот при выводе нужно данные фильтровать всегда. Это самая частая ошибка =) 
В базе храните что угодно, при выводе же что угодно показывать нельзя.