Хранение пароля к MYSQL в хэшированном виде?
Продолжать хранить в файлах конфигурации. Для безопасного хранения файлов конфигурации занимайтесь безопасностью самого сервера. 
База:
- Код вашей "системы на php". Нет, серьёзно, проверяйте свой код, тестируйте.   
- Отключите ssh по паролю, используйте ключ с секретом;
- Смените стандартный ssh порт на 2к+, просто чтобы китайцы логи не засоряли; 
- Настройте фаервол, в идеале кроме веб сервера и ssh из внешнего мира ничего не должно быть доступно;  
- Поддерживайте актуальные версии ПО на сервере (как минимум веб-сервер, php, бд не старше полугода).
Эм, давно сайты пишете? Все хранят в открытом виде в файлах конфигурации. Другое дело, что к этим файлам доступа извне быть не должно.
И даже если вы зашифруете (не путь с кэшированием), человек, взломавший сервер   все равно найдет функцию, по которой вы конвертируете шифр в пароль.