Какой гипервизор выбрать для Windows Server?
Уже 4-й год использую KVM(неттоп на i5) на которой крутится WS2003 
Все норм, но когда становится более 5 пользователей в терминале 1С, случаются подтормаживания, но полагаю это проблема 1С
Либо VirtualBox, либо Xen (в opensuse для него есть мышетыкательный интерфейс). Главное - не ставьте на хост Windows, она все ресурсы пожрет.
Два жестких диска - мало. Для отказоустойчивости и скорости нужен RAID10 или RAID5 (а лучше - RAID6) - это минимум 4 диска.