Как закрывается код известных cms?
Силой слова - лицензионным соглашением :)
Обфускация немного ограничит возможности по незаконному использованию.
Посмотрите как это сделано в битрикс например. Если вы разрабатываете свою CMS, я думаю вы найдете способ, который там используется.