Как грамотно организовать шапку сайта?
а какое отношение вопрос имеет к css? это веб-дизайн.
посмотрите сайты больших интернет-магазинов, или шаблоны интернет-магазинов. решения как правило более-менее однотипные везде.
А по-моему, Вам нужно сначала обратиться к дизайнеру, чтобы Вам нарисовали удачную шапку, а потом уже верстайте, как будет удобно.