Как ускорить запись массива в БД sqlite на unity?
Делать один запрос, а не 50 тыщ. 
Компонуй запросы в один через точку с запятой. 
Хотя бы по 100 строк.
Перед выполнением запросов начинай транзакцию
После - завершай
Вставляйте блоками к примеру по 100 элементов (размер блока подберете экспериментально): 
insert into Main (Name, LongCode, ShortCode, Price) values 
(1,1,1,1),
(2,2,2,2),
-- --------
(100,100,100,100);