Можно ли работать с фалами на VPS по SSH через клиент вроде WinSCP, чтобы не черз командную строку, а все перед глазами?
Попробуйте win-sshfs монтирует дирректорию с VPS.
Немного глучное решение но работает.
Либо попробуйте фтп клиент который поддерживает SFTP, к примеру - Xftp 5
winscp позволяет маунтить папки как шары на диск и работать с ними как с обычными локальынми файлами, чем оно вас не устраивает?