Чем опасен Perl на сервере?
Чеи же Perl опаснее?Ничем.Почему на виртуальных хостингах с поддержкой PHP и Perl последний часто по умолчанию отключен «по соображениям безопасности»?Потому что в основном нужен PHP, а любой дополнительный язык это потенциальная дыра в безопасности.  Если у вас сайт будет на Perl - PHP можно отключить по соображениям безопасности.
и Perl последний часто по умолчанию отключен «по соображениям безопасности»?
Это все равно что в столярном цехе написать: "По соображениям безопасности топоры, молотки и зубила - спрятаны, чтобы рабочие не покалечили друг друга".
А можете дать скриншот такого хостинг провайдера,  где это написано? 
Нужно знать своих героев. 
Perl отключен - потому что он не нужен  для 99.9% юзеров на хостинге.