Какие инструменты для анимации и графики поддерживает IE6?
Стоит, если только тема квалификационной работы такая.
jquery предыдущих версий там нормально работали, но майкрософт уже давно перестал поддерживать IE6, то есть этот браузер просто небезопасен, как, собственно, и сам флэш
java applet - но на компьютерах заочников должна быть установлена java
опять же вам ничего не мешает использовать последние версии jquery и популярные плагины, на них основанные