Перегружен второстепенный жесткий диск. Активное время 100%?
Посмотрите на SMART диска сначала.
Далее если показатели в норме:
Отключаете системный диск, грузитесь каким-нибудь live с victoria на борту - делаете проход по диску, можно сменить порт на матери если не уверены. 
После получения результатов делать выводы - помойка\не помойка.
У меня было такое с новым WD на 3ТБ.
Началось все с того, что на него некоторые файлы копироваться не хотели. "Файл слишком велик для конечной файловой системы", хотя он конечно не слишком велик для NTFS, да и в названии было меньше 255 символов.
Но мы не пальцем деланы - пожал файлы в архив и извлек на диск.
После этого он перестал открываться - "отказано в доступе". Вот на этом этапе он вешал систему и грузил процессор и себя на 100%. Процесс узнать не удалось, потому что монитор ресурсов тоже вис при открытии, но бОльшую часть нагрузки создавал встроенный антивирус 10ки, если я правильно помню. Не получилось с ним ничего сделать, в итоге подключил к другому компьютеру, там при загрузке сам запустился chkdsk, нашел тысячи ошибок и завис. Перезагрузился снова, посмотрел содержимое диска сторонними программами (доступа всё еще не было) - осталась всего пара папок и нулёвые файлы.
Пришлось форматировать, сейчас работает нормально. SMART чистый.
Что это было я так и не понял, но больше насильно файлы копировать, наверное, не стану.