Удляете ли вы в PHP внимание warning'ам?
> Стоит ли разрабатывать с error_reporting(E_ALL) и стремиться к полному отсутствию системных сообщений? 
стремись, и да, еще как стоит.
Разрабатывать надо так, чтобы даже ошибок уровня E_NOTICE небыло.
Советую к прочтению getjump.github.io/ru-php-the-right-way
Вот решат ребята в какой-нибудь 6й версии PHP выбывать ошибку при обращении к несуществующему элементу массива и накроются все ваши проекты при первом же обновлении. 
Утрирую, конечно, но стремиться к тому, что бы не было ошибок (любых уровней) безусловно стоит.