Как перенести индивидуальные (Не Глобальные) модули ноды из папки с проектом в другую папку?
Не надо переносить эту папку. Разворачивайте все с нуля через npm без мучений
В новой npm версии это исправят, папка node_modules не будет создаваться в папке с проектом