Уменьшить размер диска виртуальной Windows машины на Vmware Esxi 4.1?
Мне кажется, здесь написано как раз о том, что вам надо. В двух словах — использовать VMWare Standalone Converter
Все зависит от места на хосте, если есть то можно создать второй диск нужного размера и клонировать, а старый убить 
А вот на xenserver это проще делать ) загрузил акронис отрезал диск и в настройках виртуалки поменял размер диска, тут так не работает проверил