Как очистить папку .git (из локального и удаленного репозитория)?
Выдели папку и нажми кнопочку delete на клавиатуре
Из удаленного никак. Можно влить ветку в мастер со squash, но когда произойдет чистка - это уже от сервиса зависит. Локальный можно и выпилить создав новый, и историю переписать с очисткой мусора. А потом залить на новый ремоут