Debian squeeze / Gnome — умирает графический интерфейс?
Дело именно в гноме?.. В каком нибудь xfce подобного не будет?

Попробуйте создать нового пользователя и какое то время поработать от него, с чистым профилем. Возможно проблема в настройках.
На буке точно такие же симптомы. Но возможно корни не оттуда, потому что в миг проходят тыканьем пальцем в тачпад. С причиной не разбирался.