Почему Raspberry PI некорректно пишет в файлы?
Непонятна ваша уверенность в непогрешимости самописного софта. Вряд ли железо может приводить к такому багу, равно как и ОСь. Я бы искал ошибку в софте, в протоколе передачи.
А если аналогичный стек разместить на каком нить x86 компе проблемы не будет?
Какая файловая система, какое ядро, какая кодировка ?