Можно как то работать с html с помошью js, который находится в iframe?
Если в IFrame открывается тот же домен, то можно. Иначе - нет.
Если он в пределах того же домена, то да, но NoScript даже такое может блочить за XSS.
Есть иное решение: забирать контент страницы через AJAX (или jQuery метод get) и там уже делать с ним что угодно. По сути у вас внутри DOM (скажем, в отдельном div) появится DOM другой страницы. Модицифиуируйте как угодно.