Какую файловую систему выбрать для жёсткого диска?
Если надежно, то ext4. Если потребуется уменьшить размер раздела, то XFS это не умеет.
Ну насколько я понял задачу, то примерно так-
Если линукс для данных задач старые добрые ext3 или 4
xfs - возможно, но не лучший выбор для хранилища.
btrfs - возможно.
zfs ни в коем случае.
Если винда - ntfs