Как организовать файловую структуру как альтернативу MySQL?
Вам больше заняться нечем? Если хотите, то попробуйте, через N времени поймете что идея ужасная и сами придете к мысли что нужно все переделать на нормальное хранилище.
Помню такую старую мобильную CMS на файлах как PCMS и еще одну от разработчиков RotorCMS. Все было на файлах и весьма стабильно работало с регистрацией, форумами, чатами, новостями и онлайн-играми