Nginx. Обработка css файлов интерпретатором php
Во-первых непонятно сейчас, регулярка на типы файлов включена в какой-то свой location или прописана на самом верхнем уровне под server.
Я бы написал такlocation '/assets/' {
    location '/assets/do-not-serve-css' {
        location ~* ^.+\.(jpg|jpeg|gif|png|svg|js|mp3|ogg|mpe?g|avi|zip|gz|bz2?|rar|swf)$ {
           root /var/www/myuser/data/www/site.ru;
           access_log /var/www/httpd-logs/site.ru.access.log ;
           access_log /var/www/nginx-logs/myuser isp;
        }
    }
    location '/assets/feel-free-to-serve-css' {
        location ~* ^.+\.(jpg|jpeg|gif|png|svg|js|css|mp3|ogg|mpe?g|avi|zip|gz|bz2?|rar|swf)$ {
           root /var/www/myuser/data/www/site.ru;
           access_log /var/www/httpd-logs/site.ru.access.log ;
           access_log /var/www/nginx-logs/myuser isp;
        }
    }
}
Такой механизм изоляции regexp-локаций рекомендует использовать Игорь Сысоев, разработчик nginx.
Согласно моему конфигу, если вы запросите css-file по адресу /assets/do-not-serve-css/any.css, то он не будет отдан через nginx и вы должны будете прокинуть обработку такого файла куда-то дальше. Если по адресу /assets/feel-free-to-serve-css/any.css, то он будет отдан nginx-ом
Верните в location css как было, а для вашего каталога пропишите новый location.location ~* ^\/path\/to\/folder\/(.+)\.css$ {
    # Ваш конфиг обработчика php
}