Почему Kerio Control не видит MAC'и клиентов за шлюзом Mikrotik?
А почему должен за шлюзом?
MAC - это L2. Если вы трафик роутите, а не коммутируете - это L3, не будет здесь MAC адресов из разных сетей.

Если хотите видеть MAC - переконфигурируйте всё в один L2 сегмент. Только это вряд ли осмысленно.
Можно попробовать на микроте на бридже поставить arp-reply