Есть ли софт эмулирующий систему активного шумоподавления?
Это будет иметь смысл только если вы будете в наушниках и микрофон будет находиться рядом с наушниками. 
Вручную удовлетворительно подобрать не получится, т.к. этот сигнал стохастический. Надо записывать в конкретной точке пространства и сразу воспроизводить с инвертированной фазой (идеально - в той же точке).  В системах активного шумоподавления этим обычно занимается специальная схема, так как еще необходима минимальная задержка.
В общем, не тратьте время. Настройте кулеры в биосе на минимум, уберите системник подальше от рабочего места, используйте пассивную звукоизоляцию. Опционально зашумляйте пространство белым или розовым шумом, пока не съедете с катушек.
Обклей жёсткие диски по периметру синей изолентой, она слегка погасит вибрации и не будет стучаться металл о металл. Крышку корпуса тоже можно по периметру обклеить, если корпус металлический.  Звучит смешно, но реально помогает. Так же можно попробовать диск в другой слот прикрутить, изменятся собственные частоты вибрации корпуса и может стать потише. Или погромче.
Радиаторы почистить от пыли и снизить обороты кулеров. Возможно, придётся купить более мощную систему охлаждения (я так и сделал, потратил лишнюю тысячу, зато кулер выше 1000rpm ни разу раскручивался).