Как лучше всего изучать CMS?
Начните с изучения PHP и ООП. Вам будет тогда легче, это будет наиболее эффективный путь.
В поиске гугла: "Sitecoder архитектура веб-сайта" или тыц
По Joomla!'е: www.tutorialspoint.com/joomla/joomla_architecture.htm