Используют ли в production virtualenv?
Используют. Что значит какой смысл, у меня много проектов на одиних и тех же серверах, им нужные разные версии библиотек. Есть старые проекты которые до сих пор на django 1.4 работают, и обновлять их никто не собирается, есть новые которые на более новых версиях.
uwsgi ставиться глобально через apt-get и запускается через конфиг, это правильный способ. Через nohup тоже можно, но не нужно.
myproject.ini[uwsgi]
plugins=python34
virtualenv=/home/myuser/myproject/venv3
module=project.wsgi
callable=application
pythonpath=/home/myuser/myproject
chdir=/home/myuser/myproject
processes=16
Добавлю от себя про смысл использования.
На одном серваке крутится продакшн и тестовый сервер для проверки изменений. Вначале изменения заливаешь на тестовый, смотришь, проверяешь (думаю, понятно, что изменения могут касаться и установки более свежих версий), если все ок, выкатываешь на продакшн.