Какой команды не хватает для замещения libxml2 новой версией?
не ставь никогда и ничего из сорсов ( по крайней мере пока не разобрался нормально с linux'ом, докерами, lxc и прочей фигней )
в дебиане для нового софта есть backports
в centos - epel:
https://linuxhint.com/epel_centos7/
для новинок из мира php в centos эта репа:
https://rpms.remirepo.net/
https://www.cyberciti.biz/faq/how-to-install-php-7...
Вопрос к автору вопроса - вам нравится плодить вопросы?
Вы уже задавали этот вопрос вчера - Как на сервере centos 7 обновить libxml2?
И ответ на ваш вопрос - ИМХО правильнее пересобрать пакет из src.rpm.
Для этого нужно установить нужные для пересборки пакеты командой yum groupinstall "Development Tools", а затем пересобрать src.rpm в бинарный с помощью команды rpmrebuild. И после его сборки просто его установить.