Html код внутри php файлов?
HTML вне <?php ?> в шаблоне - это нормально.
HTML в виде строки PHP - признак говнокода. Потому что такой код сложно валидировать и гарантировать корректность.
В большинстве php-фреймворков присутствуют помощники видов.
Это некий класс, который смешивает html-теги и php-логику, а потом выдает в вид готовую html-разметку.
Это то, что по вашему зло - очень прогрессивно в php-фреймворках.
Например - Zend\Form\View\Helper.
С другой стороны это смешение имеет обратную сторону медали.
Пока вы работает в проекте только с php - все в порядке.
Вы довольны!
Но! Как только появляется желание поиграться и прикрутить к проекту JavaScript и AJAX - вы понимаете, что попали в то самое место у женщины...
Почему? Потому, что по AJAX дает выигрыш во времени в сравнении с php только, когда из сервера приходит ответ в виде массива данных...
А у вас что? Посылаете на сервер запрос по AJAX... и получаете в ответ целую разметку html!!!
Так же, как и при обычном запросе БЕЗ AJAX...
Итак как правильно.
Если только php - то код html внутри php - это не проблема, даже удобство...
Но если php+AJAX - то html внутри php вам принесет массу неудобств. В этом случае передавайте в html-разметку только данные.