Каким средством централизованно собирать логи?
из брутального (настройка — ручное конфигурирование, складирование логов в файлы) могу посоветовать syslog-ng, rsyslog, scribe.
*scribe — показывает нестабильную работу при логах более 5гб в день (с одного хоста)
*syslog-ng — блокирующийся сокет, так что делать прямое перенаправление с nginx делать невыгодно
*rsyslog — немогу сказать ничего плохого.

А вообще graylog2 очень хвалят многие
rsyslog, нормас тема, конфигурируется хорошо, нагрузки тоже норм тянет.