Как лучше организовать данные таблицах с большим количеством элементов в MySQL?
1. Без крайне веских причин, начинать нужно всегда с 3й нормальной формы. В данном случае это вариант с 2мя таблицами.
2. Десятки тысяч записей в месяц - это вообще не нагрузка даже для указанной конфигурации.
Для понимания принципов того как правильно хранить большие объемы в БД, рекомендую ознакомиться  с хорошей статьей Масштабирование базы данных через шардирование и п...