Нужен совет, касательно создания чата (PHP or Node)?
Очень много вопросов. Отвечу только касательно порта. Nginx умеет проксировать websocket трафик.location /wsapp/ {
    proxy_pass http://wsbackend:3000;
    proxy_http_version 1.1;
    proxy_set_header Upgrade $http_upgrade;
    proxy_set_header Connection "upgrade";
}
Подробнее можно прочитать https://www.nginx.com/blog/websocket-nginx/
Думаю apache и другие это тоже умеют, но конкретнее сказать не могу, так как не использую их.
Меняй порт Apache на любой другой: /etc/apache2/ports.conf
Открой файл JS сервера на ноде через редактор и найди там server.listen( ... 3000 ... );
Где многоточия - сам понимаешь, может быть все. Меняй этот порт и перезагружай ноду и апач.
Profit