Заражение сайта, что делать дальше?
Если бэкапов нет, а лечить надо, то рецепт примерно такой:
- Берем чистую CMS той же версии и делаем diff. будут отличаться все файлы из-за этого кода.
- Анализируем изменения, внесенные вирусом во все файлы. Скорее всего, их можно поправить простым скриптом на php - правим, и стараемся привести файлы к изначальному виду.
Далее делаем diff с чистой CMS (в режиме ignore whitespace если изменения показывают кучу пробелов из-за неточного лечения) и решаем что делать с оставшимися "несинхронизированными" файлами: чистить ручками или писать скрипт или ещё что.
- не забываем проверить базу. там тоже могло остаться много интересного
- когда всё очищено - делаем бэкап, обновляем всё, снова делаем бэкап.
Резюмирую:
Хостинг был Спайсвеб (sweb.ru). Бэкапы у них хранятся за последние пять дней максимум (!!!). Техподдержка молчит. Сказка! 
Сайт был на джумле 2.1 (или что-то типа того).
Я ручками перенес материалы из базы джумлы 2.1 в Joomla! 3.4.1. (для 10ти страниц сайта-визитки это оказалось быстрее чем если бы я возился с их migrate-системой) 
...А потом психанул и переписал сайт с нуля на modx evolution (он у меня в любимчиках).
Естественно, сменил хостера. 
В процессе работы заглянул ради интереса в скрипты Joomla! 3.4.1 и скрипты самого свежего modx evolution (1.13 вроде)
и.... был удивлен! В джумле уже давно все фичи php 5.4 исользуются - автозагрузка классов с помощью нэймспэйсов, привытные поля в классах... и двухфакторная авторизация из коробки и много чего. (я же останусь на modx evo потому что там можно быстро и гибко всё настроить)
А вот разработчики моего любимого modx, похоже, до сих пор бегают с копьями в шкурах мамонта. Это объясняется основным упором на ветку REVO (подумал я), поэтому EVO медленно развивается.
ВЫВОДЫ:
1. Не используйте Спайсвеб. Вообще никогда.
2. Не используйте джумлу. Старую джумлу.
3. Не бойтесь новой Джумлы.