Как сделать, чтобы jade выводил все в исходном формате?
Установите себе gulp-html-prettify и после компиляции из jade в html, прогоните ещё через него.
Можно вместо pretty: true указать pretty: '    '
В кавычках указываем нужное количество пробелов/отступов.
gulp-html-prettify делает тоже самое.