Как распространяете ПО в домене AD?
1. GPO
2. MDT
3. SCCM
Это по первому пункту
1. MSI, иногда с MST, иногда с административной установкой.
2. Зачем создавать из exe msi? Как правило, exe-установщики поддерживают режим тихой установки, который можно использовать в сценариях запуска.