Как защитить пользователей мобильной версии сайта/форума от вредоносных банеров/скриптов?
А вы уверены что все?
Проверяйте .htaccess наличие подобных инструкций
RewriteCond    %{HTTP_USER_AGENT}  (android|midp|j2me|symbian|series\ 60|symbos|windows\ mobile|windows\ ce|ppc|smartphone|blackberry|mtk|bada|windows\ phone)  [NC]
RewriteCond    %{HTTP_USER_AGENT}  !(accoona|ia_archiver|antabot|ask\ jeeves|baidu|dcpbot|eltaindexer|feedfetcher|gamespy|gigabot|googlebot|gsa-crawler|grub-client|gulper|slurp|mihalism|msnbot|worldindexer|ooyyo|pagebull|scooter|w3c_validator|jigsaw|webalta|yahoofeedseeker|yahoo!\ slurp|mmcrawler|yandexbot|yandeximages|yandexvideo|yandexmedia|yandexblogs|yandexaddurl|yandexfavicons|yandexdirect|yandexmetrika|yandexcatalog|yandexnews|yandeximageresizer)    [NC]

Проверяйте все javascript которые подгружаются вашим сайтом. Возможна установка вирусятины была произведена через внедрение кода в JS файлы или банально в html коде страницы дописали <script type="text/javascript" src="http://example.com/xxxx.js"></script>

Возможна еще установка кода в php файлы, но тут уже исходники анализировать нужно.

В общем алгоритм проверки заражен ли ваш сайт такой:
 — смотрим .htaccess
 — смотрим какие файлы выкачиваются из сети при обращении к сайту
Если все чисто, то с вероятностью 90% ваш сайт чист. Остальные 10% приходятся на тех, у кого подгрузка вируса прописана в php файлах.
Так просто не ставьте рекламу от данного рекламодателя на мобильную версию сайта. Зарегистрируйтесь например на wapstart'е и на мобильной версии используйте только их рекламу.