Как добавить таблицы городов, стран и регионов миграцией?
Если в виде sql - то проще зайти в phpMyAdmin и импортировать. Зачем миграции? Миграции удобно в плане создать таблицу. 
Но заполнение из sql файла не особо.
Вот доки:
www.yiiframework.com/doc-2.0/guide-db-migrations.h...
Тут Вам придется парсить Ваш sql файл, делать массив перебирать через foreach и формировать нужный для миграций синтаксис. Так что это возможно конечно, но зачем?
Если sql-база уже готовая и ее нужно просто залить, то вот вариант:в папке migrations создаете папку sqlsсоздаете миграцию yii migrate/up upload_citiesв методе up пишете:$this->db->createCommand(file_get_contents('console/migrations/sqls/cities.sql'))->execute();