Какие курсы можно пройти по написанию сложных приложений на vanilla js?
Таких как правило нет.

Почему: 
1. писать сложные вещи на нативном js = писать либо костыли(если вы конечно не гуру языка, и знаете паттерны построения сложного приложения), либо думать головой и подключать библиотеку или фреймворк, где 20 умных людей уже предугадали 90% поведенческих факторов.
2. Второе вытекает из первого, как правило это очень дорого в продакшене, и стоимость скорее всего не окупит себя по 2м причинам = выставив дорогую цену(новичок не купит, либо купив сделает рефаунд - т.к не поймет), а профессионал скорее всего не купит - он с этим сталкивается на работе, а курсы предпологают новичков.

Выход: заходить на гитхаб, искать ванильные приложения написанные на js, и по коммитам разбирать историю создания приложения.
Курсы не нужны.