Добавление своего script в header страницы
А зачем обязательно в header? Скрип может находится в любом месте страницы.
Вот ссылка на решение. Если я правильно понял Ваше желание.

У get_header есть параметр. $name

Parameters
$name
(string) (optional) Calls for header-name.php.
Default: None
