64 или 32 битная архитектура?
64 бита имхо. Потом проще будет апгрейдить сервер.

Да и вообще почему встал такой вопрос? Я думаю для сервера 64 должно быть как правило.
«Насколько я знаю, Debian не страдает проблемой понимания больше 4 ГБ оперативки»
Все страдают этой проблеммой, тут дело не в оси а в адресации, адреса выше 3.2 гб выходят за размер 32 бит.