Стоит ли использовать везде GraphQL?
Если Вы не пишите внешнее или публичное API, то GraphQL и REST - будут крайне отвратительным выбором. Они ограничивают Вас в низкоуровневом CRUD, создавая больше проблем, чем решают, а главное затрудняют выражать Ваше API в терминах доменной области.
Посмотрите в сторону RPC протоколов, и посмотрите как элегантно на них можно описать конкретно Ваш домен. Да и выбор тут огромен: Apache Thrift, gRPC, JSON-RPC, а так же мой любимый, но почему-то малоизвестный в русскоязычном интернете E/A/?T (расшифровывается как entity/action/optional-target)
REST это вообще не "метод" а описание архитектуры. включает в себя несколько базовых принципов и все.
GraphQL  напротив, это конкретный протокол взаимодействия .

а как реализовать протокол клиент-сервер надо решать исходя из конкретных условий конкретной задачи.   конкретно выделенных человекочасов.