Как правильно верстать с помощью bootstrap?
Если под словом "контейнер" подразумевается блок с классом .container или .container-fluid, то их не следует вкладывать друг в друга. Если вы имеете ввиду дополнительные дивы со своими кастомными классами или элементы сетки (.row, .col-*-*), то, если вам нужно, вкладывайте их сколько угодно (но без фанатизма). Это норм.
Главное помнить, что .row не должен быть непосредственным потомком .row, между ними обязательно должен быть .col-*-*. То же самое касается и колонок.
shoelace.io  Здесь удобно собрать блоки и сбоку будет готовый код