Как доказать клиенту, что не мы сломали сайт?
Используйте систему контроля версий (т.е. git). Вы всегда сможете посмотреть изменения, которые были сделаны и не занесены в production.
Полезная команда для вашего случая git diff, которая выводит изменения в файлах, которые еще не были добавлены в индекс. Сравнение происходит с последним коммитом.
Если только по IP адресам, с которых подключались