Есть ли разница для seo домен .ru и домен .shop?
Для SEO - нет абсолютно никакй разницы.
Для привычки пользователей - лучше зону .ru
В определенном смысле есть: .shop вы легко сможете использовать как для локального так и для международного сайта, а .ru пригоден только для РФ.