MongoDB. Почему при увеличении размера коллекции сильно увеличивается время вставки новых документов?
удалите хипстерскую лажу и используйте нормальные БД
чудес не бывает:
с заполнением SSD скорость записи уменьшается - trim процессору приходится соображать, куда писать, чтобы не поверх вписанного но не стертого
Монго так же при каждой вставке перестраивает индекс, даже если она его пачками/страницами выделяет - все равно ведь нужно знать, какой использован, какjй нет и оптимизировать структуру-то
кратко по оптимизации - тут 
практические советы  - тут и тут: ничего нового - делайте меньше индекс т.е. несколько коллекций вместо одной
можете утешиться, что скорость на вставку у Монги гораздо выше RDBMS
как побороть проблему? смотрите на очереди, смотрите на Aerospike