Как организовать хранение последних изменений в БД проекта?
Используйте миграции.
Мой личный велосипед основан на ссылка. Это намного удобней одного большого файла плюс SVN. Можно сильно усложнить велосипед, добавив в скрипты комментарии с ключами указывающие на авторство, что бы это как то обыгрывалось. Но увы, велосипеды обычно удовлетворяют потребности только автора.