На чем писать кроссплатформенные десктопные приложения чтобы не было мучительно больно?
80% сидят  на windows
15% на  маках
5% процентов красноглазят

Исходя из этого выбирайте размер аудитории и целесообразность заморочек. Сборка сетапа на WIX даст вам 50кб + ваша программа на C#
C учетом того что Net Framework уже стоит  у пользователей windows. Делайте выводы. 

PS кросплатформенность для десктопа это та шутка которая смешная еще с 2002 года.

И лирическое отступление по поводу десктопа. Доля его сейчас очень маленькая, и программы крайне специфичны.  Например бухгалтерия или средства разработки, и там и там довольно высокие требования к скорости и удобству обращения с программой. В бухгалтерии есть куча RAD компонентов, которые позволяют сложную логику получать очень быстро. 

Для всего остального можно использовать веб, в той или иной модификации.
Я обычно использую для десктопных программ WX Widgets на python. Для него библиотека называется wxpython. Отлично собирается в exe pyinstaller. Для создания удобных окошек своих несложных десктопных программок самое то.