Нужно принять архитектурное решение по проекту…?
Щас вы наслушаетесь кучу архитектурных решений и еще больше запутаетесь =) Сколько людей, столько и решений!
Но исходя из своего опыта могу посоветовать сделать пару вещей:
1. не выдумывайте ничего лишнего и не усложняйте код
2. если проект долгосрочный, всеравно будете рефакторить, поэтому делайте слабое связывание, потом проще будет кусками небольшими править
3. если не много времени, используйте те инструменты которые лучше знаете, даже если есть в 100 раз круче и весь мир их советует =) 
Не бывает четких и глобальных архитектурных решений.
1. Сложно сказать что лучше. Но можно попробовать сравнить. У нас onPHP со своим ORM. ORM удобен тем, что из сущностей можно автоматически генерировать формы с правилами полей. В результате импорт данных из фронт-енда сводится к импорту в форму, валидацию (можно еще навешать кастомные правила-проверки), заполнение ORM-объекта формой и метода-сохранения. Экспорт объекта в общем-то и так очевиден до безобразия.
Насколько такой механизм проще или сложнее — думайте сами. Но как я понимаю использование подобной технологии вынудит капитально переписывать ядро.

2. Никакие паттерны не подходят? Например Strategy.

3. См. п. 1

Я может ещё не совсем понял, но зачем логгировать именно все действия, особенно если это на уровне БД?