Как очистить базу от нерабочих емейлов?
Можно сделать так:
1. Проверить валидность ввода с помощью регулярки или продобными способами (http://habrahabr.ru/post/108475/)
2. Далее можно реализовать проверку c помощью MX записей (http://habrahabr.ru/sandbox/60991/). Это так же поможет отклонить часть нерабочих емайлов.
А в чём выражена потребность удаления? Объём более, чем скромный. Из-за чего их дорого держать?
Почтовые адреса нельзя проверить по отчётам почтовых серверов и заголовкам их ответов. Для проверки заведите себе ящик на rambler и пообщайтесь с почтовым сервером.
Регулярками можно срезать много валидных адресов, т.к. по спецификации перед @ может быть что угодно, ограничение только по длине. Погуглите — на SO есть известные ответы на эту тему.