Есть ли в PHPStorm инструмент для просмотра того, какие файлы инклюдят друг друга?
В самом PHPStorm вроде как нет. Отвечал на похожий вопрос, поэтому не буду повторяться: Какие инструменты использовать для отсечению лишнего неиспользуемого кода в проекте?
Теоретически в Шторме есть пункт контекстного меню Find Usages в дереве файлов проекта.
Но РНР позволяет заинклюдить файл через такие хитрые задницы, что IDE тут бессильна.
Если же вы предпочитаете не мудрить и сохранять суровую простоту и порядок - выше про PSR уже сказали.