Какую платежную систему выбрать для небольшого магазина?
Ту платежную систему, которая вам нравится и условий которой вас устроят.
Размер магазина не имеет значения... ну и смотрите, чтобы плагины этой платежной системы корректно работали бы с актуальными версиями вукомерца и ВП
На своём опыте использовал разные платежные системы.
1. яндекс - если хотите гемор с выводом.
2. Валлет - может отказать в обслуживании, если захочет. сказывается человеческий фактор, как и в яндексе.
3. Робокасса на данный момент идеальна.