Как правильно отцентрировать шапку на flexbox?
Уберите у section - width: 100%
В дальнейшем с таким подходом у вас будут проблемы.
В хедере у вас содержимое разбито на 3 колонки
Кнопка для отображения меню | name | call
Сейчас первая и последняя колонки почти одинаковые. но что если в колонке call будут еще ссылки - а они будут? Ваш name сдвинется влево.
Если хотите что бы name всегда был по центру вам нужно либо его позиционировать (position: absolute), либо задавать одинаковую ширину двум другим колонкам.

snippet
У вас у header и section разные ширины, поэтому по разному определяется центр. Сейчас выезжает за 100% ширина, но идею думаю вы поняли