Как сделать git add всех папок и файлов проекта, кроме одной папки с ее внутренними папками и файлами?
Как насчёт gitignore?
Ты первым делом должен был добавить строку /database/ в файл .gitignore, который ты создашь в корне проекта, чтобы add . игнорировал эту папку.
Незачем загонять файлы базы под контроль версий.