Где физически хранится база данных(создана в Workbench)?
Базу обычно копируют с помощью экспорта-импорта. На исходной машине создаете дамп данных, на целевой делает импорт этого дампа. Можно использовать PMA, SypexDumper или штатную консольную утилиту mysqldump.
Если у вас локальная БД, то ищите файлы самой базы как минимум в директориях с Mysql сервером или в пользовательских файлах.