Какой уровень MySQL/MariaDB нужно знать среднему php-программисту?
Для миддла надо подтянуть только п. 3. У Светы Смирновой есть несколько отличных презентаций по работе с explain, они легко находятся гуглом. 
Еще желательно различать транзакции и блокировки, когда что использовать. 
Про устройство на уровне файлов - я думаю, это дополнительные вопросы. На собеседовании всегда задают вопросы, которые не влияют на соответствие должности, но просто добавляют штрихи к портрету интервьюируемого. В ответ на такой вопрос можно честно сказать что так глубоко не копал, и попробовать просто порассуждать на тему, как оно может быть устроено.
Вообще, по моему опыту, не стоит переоценивать результаты интервью. Когда я 5 лет назад ходил по собеседованиям, то после двух из них, которые я сам посчитал проваленными, мне прислали предложения о работе.
Среднему программисту надо в любом случае иметь понимание. Надо понимать агрегаты, писать запросы по памяти, разбираться в связях и всех видах интересов, уметь в транзакции и понимать как работает анализатор запросов. Уметь в explain надо, но знать его досканально не обязательно - главное уметь делать выводы.
Скорее всего в той компании на эту позицию нужен более квалифицированный разраб. Ну, или ини хотели прощупать ваш текущий потолок