Книги по концепциям пользования и администрирования *nix машин?
про пользователя и установку — достаточно выдать права на исполнения пакетного менеджера от рута. более того — достаточно выдать права на исполнения пакетного менеджера с параметром install и только с ним.

про автоматизацию — не углубляясь в подробности — вы не правы. всё можно описать. а файлы править такими утилитами как sed, awk, vi… это лишь самый малый список.

про «тонким слоем» — man 7 hier — выдаст текст про то как в _данной_ системе это «правильно».

в общем вам не книжку надо, а знакомого гуру. который ответит на ваши вопросы. собтвенно приглашаю в Санкт-Петербургскую группу пользователей Linux. Подписывайтесь на рассылку, задавайте вопросы. Если хотите вживую пообщаться — приходите на собрания (они проходят каждую последнюю среду месяца на ф-те географии университета, 10я линия, 35, белая дверь на первом этаже сразу напротив входной двери).

напрямую отвечая на ваш вопрос я рекомендую такой список литературы: 

1. FreeBSD Handbook www.freebsd.org/doc/en_US.ISO8859-1/books/handbook/ (рус перевод: www.freebsd.org/doc/ru_RU.KOI8-R/books/handbook/ )
2. Эви Немет «Unix и Linux. Руководство системного администратора». www.ozon.ru/context/detail/id/7607778/ Если нет денег легко находится по названию
Маны, документация, исходники, списки рассылки, обсуждения с коллегами. Но главное, конечно — это практика.
Вообще, лучше всего обучаешься тому, с чем работаешь на практике, затем тому, что обсуждаешь в диалоге с другими людьми, и лишь затем идут односторонние источники информации, вроде, книг.

Потому лучшим способом обучения будет устройство на работу с коллективом из хороших специалистов.

Могу рассказать, кстати, про sudo. Преимущество утилит этого класса в том, что можно через лог отслеживать повышение привилегий, а также сам администратор может повышать свои права при необходимости, чтобы при этом меньше работать под root и случайно не сделать там чего-либо нехорошего. Если же сравнивать sudo и su, то sudo лучше тем, что позволяет, в частности, тонко настроить права доступа отдельных пользователей и групп к определенным программам, например, разрешить пользователям из группы @room312 выполнять "/usr/sbin/shutdown -h now" с правами пользователя root и не более того.