Можно как-то все вложенности через include собрать в один файл?
composer?

Делаете один include 'vendor/autoload.php', а остальное тянет сам композер по правилам из composer.json (psr-0, psr-4,..).

https://getcomposer.org/doc/04-schema.md#autoload
это плохая идея - лучше грузить постепенно и опционально, да и читабельность падает - ide будет виснуть