Когда страницы считаются дублями для Yandex/Google?
По-хорошему, товары не должны выводиться в разных категориях. Если пришлось - попробуйте что-то исключить в роботс, если это реально. Если нет - пишите на страницу другой контент, который будет отличаться. На странице сапогов - статьи, заголовки, описания, примеры использования. На странице синих сапогов - контент по синим сапогам. Контент "ручной работы", чтобы поисковики его сочли значимым. Тогда оставите в выдаче обе группы запросов,да и позиции подлетят.
Вы серьезно думаете, что кто-то вводит в запрос "сапоги резиновые 43"?  ну уберите такие страницы в robots, и canonical добавьте.