Организация хранения файлов на сервере?
1. Научитесь лучше выражать свои мысли. Сейчас из ваших фраз лично мне понятен только общий смысл :(
2. Смените vds на нормальный хостинг. Сервер в хецнере можно взять за 70-80 евро в месяц.
Это гораздо проще чем городить огород с загрузкой.
3. Если хочется делать загрузку на другой домен - самое правильное - сразу загружать файл на другой домен отдельным сабмитом формы. Связку загруженного файла и структуры данных можно сделать на клиенте.
Особенности KVM виртуализации не позволяют? Еще как позволяют. Уменьшить размер - проблематично, нарастить - нет. Не важно выдан ли вам RAW LV или QCOW. 
Вы можете подключить внешнее хранилище у себя на сервере и продолжить прозрачно загружать файлы через ваш сайт. Сервисов много. От Webzilla, Amazon, Selectel.