Не работает команда в bash скрипте, где ошибка?
hddtemp /dev/sda >> sensors.txt
hddtemp /dev/sdb >> sensors.txt
hddtemp /dev/sdc >> sensors.txt
Используйте полные пути к файлу hddtemp.
Смотреть PATH нужно не из вашей сессии, а прямо из cron.
Когда юзер логинится интерактивно, выполняются его персональные профайлы - .profile, .bashrc, .login и др.

Крон же просто запускает с правами указанного юзера, не читая его профайлы.

Варианты как это чинить:
1. Использовать в скриптах полные пути к файлам
2. Задать PATH прямо в вашем скрипте
3. Задать PATH в самом кронтаб вначале, например

PATH=$PATH:/home/user/mypersonalbin/
00 09 * * * /mnt/pve/backups/sensors.sh >> /root/myscript.log 2>&1

crontab формат позволяет задавать переменные, которые будут работать для всех скриптов запускаемых из вашего кронтаба.