Как создать распаковывающийся в несколько мест архив?
Вам нужно создать инсталлятор.

Для этого есть разные средства - Inno Setup, NSIS, Qt Installer Framework
Да элементарно.
Упаковываете все нужные файлы в архив, добавляете скрипт который будет выполнен после распаковки и все.

Архиватор распаковывает файлы в одну папку и запускает скрипт. И уже скриптом перемещаете папки куда нужно.