С чего начинать проектировать приложение?
Предположим, что с будущей функциональностью Вы определились. Тогда Вы точно знаете, кто или что будет поставлять данные, и кто/что будет их потреблять. 
Теперь выясните, кто будет обращаться к вашей системе, чтобы передать или забрать данные, а к чему будет обращаться Ваша программа. Те системы или пользователи, которые обращаются к программе сами, нарисуйте схематически на листе бумаги вверху. Те, к которым будет обращаться программа (включая БД), - снизу. 
Теперь нарисуйте под каждым нарисованным сверху субъектом прямоугольник с названием UI или API - это интерфейсы, к которым будет обращаться пользователь или внешняя управляющая система.  Иногда UI тоже может обращаться к API. Объедините все прямоугольники с UI одним контуром и обзовите слоем UI. Объедините все прямоугольники с API и обзовите слоем сервисов.
Для систем, нарисованных снизу, укажите компоненты, которые будут отвечать за доступ к этим системам. Объедините все эти компоненты одним контуром и обзовите слоем доступа к данным.
Между слоем сервисов и слоем доступа к данным нарисуйте большой контур и назовите его слоем бизнес-логики. В маленьких прямоугольниках внутри этого контура перечислите основные бизнес-задачи. Один компонент Вашей системы будет решать одну бизнес-задачу.
Теперь справа нарисуйте несколько длинных прямоугольников снизу доверху и написшите в них: логирование, конфигурация, мониторинг производительности, обработка исключений и что-то ещё, что является общей инфраструктурой (или сквозной функциональностью) для всех слоёв вашей программы.
Получите логическую архитектуру. Разбросайте слои по серверам - получите физическую архитектуру.
А дальше - детально прорабатывайте каждый маленький квадратик. Всё.
Начинай с hello world. А если серьезно реализуй базовую архитектуру, или возьми готовое архитектурное решение какого нибудь фреймворка типо laravel symfony или zend. Пиши для себя задачи и выполняй их постепенно