Как настроить IPSec VPN (Site-to-Site) между Mikrotik и Zyxel Zywall?
Политики где? Отдельная маршрутизация - ну по крайней мере на микротике - не нужна. Микротик сам разберется куда что направить. Но естественно нужны правила файрволла, пропускающие трафик после его расшифровки.
Именно политики увязывают вирутальные подсети и туннель.
То есть если на пальцах, что происходит после того, как соединение есть. 
1. Входящий пакет.
Микротик получил ESP-пакет. Если правила файрволла его пропустили (цепочки input/output, а не forward!), то микротик смотрит ассоциации безопасности (SA) - есть ли ассоциация с данным ID? Если есть, то пакет расшифровывается и повторно проходит файрволл - на этот раз цепочку forward - и уходит в нужный интерфейс.
2. Исходящий пакет
Микротик получил пакет из внутренней сети. Если правила цепочки forward его пропустили, то он смотрит политики безопасности (SP) - нужно ли этот пакет шифровать. Если нужно, то из политики берутся адреса начала и конца туннеля, по ним ищется SA, из SA берется ключ, пакет шифруется и снова проходит файрволл - в шифрованном виде. Если его пропустили - он пошел.
Нету тут нигде маршрутизации, тут ESP вместо нее. Зухель точно расшифровывает пакеты от микротика? Если используете SHA256 - откажитесь, у микротика какая-то своя собственная реализация, совместимая только с микротиком, поставьте SHA1.
на mikrotik  в /IP /Routes вы добавляли маршрут до сети 192.168.91.0/24 ?
https://habrahabr.ru/post/216215/
у zyxel есть доступ через ssh/telnet или в какунить командную строку, чтобы там посмотреть список маршрутов?