Зачем ботов заворачивают во Flask (как пример)?
От http вы получите много готовых решений. Таких как, масштабирование, балансировку, мониторинг,  следовательно стабильность, производительность, ускоренное решение проблем.
Api разное используют, если без http сервера, то используете longpoll апи и сами опрашиваете сервер на доступные события.
А если используете http сервер, то это callback api, там сервер сам присылает на ваш сервер запрос, когда происходит какое либо событие. Как по мне просто отличие в api.