Какие различия программирования под UNIX и Linux?
Сможете. Различия UNIX и Linux (на англ.)Linux is a Unix clone written from scratch by Linus Torvalds with assistance from a loosely-knit team of hackers across the Net. It aims towards POSIX compliance.
Сначала нужно определиться, что есть для Вас "системное программирование". 
Написание собственных демонов, использование очередей, нитей, общих областей памяти, сокетов, каналов? Сможете, хотя не факт, что примеры приведенные в книге, заработают в некоей конкретной версии линуха - маны читать все равно придется, они явно будут новее книги.
Написание драйверов, системных вызовов, модулей ядра? Нет, нужно будет читать маны именно по kernel-hacking