Производительность nginx + php-fpm + mysql?
Вся проблема в micro instance он может выдавать очень мало CPU. Попробуйте на DigitalOcean потестировать
Очень похоже на то, что скрипт упирается в память. Сколько памяти на Amazon?
Нужно в настройках php включить отдачу ошибок или запись ошибок в файл (проверить, чтобы у php были права на запись в этот файл).