Как сделать темный фон и прозрачный квадрат на этом же темном фоне на рисунке?
Никак. В примере там просто блок с этой же картинкой поверх расположен и двигается в зависимости от позиции блока.
С темным фоном думаю понятно. А прозрачный квадрат вот (htmlbook.ru/blog/poluprozrachnyy-fon)