Поможет ли VM защитить личные данные на компьютере от программ контроля сотрудников?
Правильно считаете.
Виртуальный комп никак не сможет получить доступ к хосту (только к файловой системе если такой доступ разрешить)
Но и сотрудник СБ будет знать что программа установлена не на компе, а на виртуалке (Стахан точно узнает)
Если СБ это устроит - то проблем не вижу
Второй вариант - завести для работы отдельный комп (ноут) - купить на авито или алиэкспресс что-нибудь недорогое. 
Третий вариант (странно что работодатель его не использует) - предоставление к рабочему месту по RDP
Да. юзайте виртуалку. 
Сеть NAT, доступ к usb\рашареным папкам не давать
VPN ставить тоже на виртуалку