В выдачу яндекса попала страница https://site.ru. Как убрать?
mydarck это решается очень просто. На сайт добавьте атрибут rel="canonical". Чтобы на странице https://site.ru и на странице http://site.ru в коде была указана одна каноническая ссылка с верным протоколом. <link rel="canonical" href="http://site.ru"/>
После переидексации проблема будет решена.
UPD:
Сайт нормально открывается по http?
Попробуйте поискать первопричину, почему поисковики проиндексировали страницу по https. Может где-то на сайте или в sitemap.xml ссылки не верно адресованы, в файле robots.txt параметр host не верно задан, посмотрите с каким протоколом добавлен сайт в инструменты вебмастеров, может на сайте настроен какой-то корявый редирект. Не исключены ошибки со стороны тех, кто занимался сайтом до Вас или умышленное вредительство.
mydarck: Это называется SSL-сертификат.  Бывают "самодельные" - самоподписанные (браузер у клиента будет ругаться, что сертификат выдан невесть кем) и покупные.  Если уж у Вас есть отдельный SEO - потратьте пару килорублей на нормальный сертификат. Переведете сайт на https - и вопрос с редиректом решиться.