Как правильно подключаться к серверу?
Не подключайтесь под рутом, лучше создать отдельного пользователя для SSH, рута убрать совсем из openssh
Понятно, что можно как угодно, интересует как люди делают.А люди делают как угодно, кто во что горазд.
По поводу рута - если задачи которые вы решаете однозначно требуют прав рута, то можно и под рутом.
Хотя обычно подключаешься под юзером, и потом повышаешь права.
В некоторых случаях вход под рутом вообще запрещается, все от конкретной ситуации зависит.
Ключи не панацея, хотя с ключами банально удобнее да и безопасность выше.