Как вставить данные в PDF документ. Insert data to PDF?
Использую FPDF, на хабре и статья есть с примером
Заполнение PDF форм, если они оформлены должны образом (обратите внимание - не генерация готовых документов по шаблону!) - достаточно тривиальная задача для любой серьёзной PDF библиотеки. Из полностью свободных/бесплатных можно порекомендовать Apache PDFBox и PDF Clown, обе на Java.