Как установить rpm-пакет в определенную директорию?
Вы уж извините, но мне иногда кажется, что гугл реально банит людей.
Первые же ссылки с рабочими решениями
Короче как сделал я.
1. Пересобрал rpm-ку с изменением всего одной лищь-строчки: %{!?phpname: %{expand: %%global phpname php53}}
А было %{!?phpname: %{expand: %%global phpname php}}

2. Установил потом скомпилированные пакеты. Теперь новая PHP 5.3.8 (вернее старая, но в нашем случае новая) будет располагаться в /etc/php53)

3. Так как ISPmanager не умеет работать с 2 версиями PHP, то в свойствах WWW-домена мы указываем «PHP как CGI»

4. В домашнем каталоге появится папка php-bin В моём случае это /var/www/php-bin Там будет подпапка с именем пользователя, где будет 2 файла:
php
php.ini

В файле php меняем строку на следующую: #!/usr/bin/php53/php-cgi
В php.ini прописываем нужные параметры (временную зону, подключаемые модули типа «ionCube Loader»)

Вот и всё.