Стоит ли хранить директорию .idea на github?
На мусорку вас никто за такое не отправит, в конце-концов, можно просто забыть прописать этот файл (лично у меня такое бывает), но заливать его не нужно. Не все пользуются штормом, это первое, по мимо этого никому нафиг не сдались ваши настройки. Многие из них все равно будут перезаписаны из-за различия версий ide, os, путей и кучи другого. Вы просто засираете репозиторий, добавляя туда лишний файл.
Выводы:

Походу хранение конфигов IDE - распространенная практика, если проект ведет только один разработчик, или у всех разработчкиков одна IDE.
Если предполагается что репозиторий будут смотреть другие люди - лучше хранить конфиги отдельно
 PyCharm имеет встроенную фичу на такой случай. Хотя у меня она заработала не сразу. 
