По вине заказчика удалили сайт, теперь требует вернуть исходники?
Вы сделали работу и сдали все. Если у вас не было договора где вы должны поддерживать работоспособность этого сайта то можно смело послать человека. Можете также ему сказать что исходный код был передан ему полностью и удален для сохранения его правообладания
должен ли я был хранить копию его магазина все эти годы? 
Если договорились об этом то да, если не договорились то нет. Внимание - вопрос! как вы договорились?И второй вопрос, а даже если бы и остался сайт, стоило бы его бесплатно отдавать, если заказчику было наплевать на твое творение и по сути, раз он профукал сайт, это его проблемы, пусть заново заказывает?
Это уж для себя каждый сам решает - вопрос больше этически-филосовский.