Какую применить программу под Windows для удаления файлов по списку?
Если Windows, то PowerShell. Очень мощный скриптовый язык, вашим потребностям более чем соответствует.
BAT, Powershell. Зачем вам какая-то отдельная программа, если это все легко реализуется средствами встроенных командных оболочек Windows?