Могут ли долгие mysql запросы быть из-за процессора частотой 400мгц?
Чем гадать на кофейно гуще, нужно взять замеры.4 Useful Commandline Tools to Monitor MySQL Perfor...Tuning Your MySQL DatabaseMySQLTuner-perl
ну так то 400 мегагерц очень мало , так что это не удивительно.