Корректировка JS кода ( сложение, вычитание )?
Раз используется jQuery почему бы сразу не отбирать нужные чекбоксы. И считать сумму их цен. При этом предыдущее значение цены никому уже не нужно, никаких вычитаний.function Check() {
  var price = 0;
  var PriceBoxes = $('[name=Price][type=checkbox]:checked');
  if (PriceBoxes.length) price = $.makeArray(PriceBoxes)
    .map(el => +el.value)
    .reduce((p,c) => p+c);
    
  $('.message').val(price);
}snippet
как-то непонятно, 
то есть если чекбокс checked, то результат = результат + 2990, а если !checked, то результат = результат - 2990 (почему так? должно же быть по логике результат = результат без изменений тогда)
или же хватит каждый раз при чеке обнулять результатfunction Check() {
  var Price = document.getElementsByName('Price');
  var ParsSumMessage = $('.message').val();
  rezultat = 0;

  // а теперь перебираем все чекбоксы и считаем заново
  for (var i = 0; i < Price.length; i++) {
   	if (Price[i].type === 'checkbox' && Price[i].checked) {
       	rezultat = Price[i].value;
       	ParsSum = Number(ParsSumMessage) + Number(rezultat);
  			$('.message').attr('value', ParsSum);
   	} 
  }
}