Как реализовать такую штуку для удобного заполнения через админку?
Может ваше решение в 2000е еще бы казалось бы нормальным, но сейчас есть и технологии и удобные библиотеки для этого. Попробуйте сделать такое на canvas, например, с помощью paper.js. Если хорошо поискать, наверняка есть хотя бы 50% решение такой задачи.
Я думаю вам отлично подойдет API Яндекс карт, у них есть возможность использования и построения собственных карт в отрыве от земной поверхности.
А дальше в базе данных будете хранить id значков, id и координаты объектов, ну и прочие параметры.
Общий смысл работы такой же, как и с обычными яндекс картами.