Как хранить геоданные типа координаты — значение?
если нужны пространственные запросы, то можно хранить в PostGIS, mongo, mysql, sqlite и т.д.
если не нужны пространственные запросы, то можно хранить где удобно csv, geojson, BD
Советую обратить внимание на MongoDB MongoDB’s 2d geospatial indexes