Фриланс и ИП с патентом?
Конечно. Если в вашем регионе доступен патент для разработки ЭВМ. Учет доходов ведёте в виде КУДиР (книга учета доходов и расходов), но её никто не проверяет, только если будут проверять вас лично. 
Я именно так работаю уже 2 года. Всё ок.
Патенты могут быть только на определенный вид деятельности.
Да, разработка ПО входит.
Учет вести как бы и не нужно - на то и патент, что там все просто.
Но вот, если налоговая спросит откуда доходы - нужно будет доказать, что деньги поступают именно за разработку ПО.