Как заставить RSYNC копировать все файлы и папки?
man rsync
до понимания. Там все написано
man rsync гласит:A  trailing slash on the source changes this behavior to avoid creating an additional directory level at the destination.
Т.е. нужно убрать слэш в пути, чтобы создавались подкаталоги.
Там же написано, что, например, эти команды скопируют одно и то же:rsync -av /src/foo /dest
rsync -av /src/foo/ /dest/foo
Есть слэш - не создаются подкаталоги, нет слэша - создаются.