Существует ли интерактивный ярлык папки в Windows?
Сделайте символическую ссылку.
То есть консольная команда такая:mklink /d "D:\folder" "C:\Users\user\Documents\Папка"
Добавлю еще один способ, если программа берет путь до "Мои Документы" из реестра а не пользуется жестко прошитым путем c:\users\user\documents\рабочая_папка_программы
"Мои Документы" можно переместить на другой диск, полностью.
Для этого открываем свойства папки "мои документы" и ищем вкладку "Расположение"
Там можно указать новый путь, куда система переместит все текущие файлы из МД и будет использовать этот путь по умолчанию.
Для решения задачи в том виде в котором вы ее описали способ dollar  подходит больше. То что я написал - скорее альтернатива.