Как решить проблему с isotope на сервере?
isotope - это js библиотека, ее логика выполняется в браузере, а не на сервере. Если сервер и виноват, то косвенно, например он отдает корявый html или не грузит библиотеку саму. В любом случае, проблему надо найти в браузере, а потом возможно ее причину на сервере. Дайте ссылку - Вам помогут. Код js без надобности, если он работал локально, то должен работать и на сервере. Так же советую рассмотреть вариант с кешем.
Style sheet could not be loaded navatsof.vh91.hosterby.com/wp-content/themes/node_...
Далее ругается на $ на 5 строке main.js:
$ is not a function
после этого никакой js не выполняется.