Программа Win 10 Tweaker это вирус?
Нет конечно.
Обычная вредоносная программа. 
Откуда у вируса возьмется графический интерфейс?

Вирус это программа которая "размножается" - создает множество своих копий.

Если нет, то стоит ли её использовать?Если вы хотите вывести из строя ОС - вполне стоит.
Не вирус, но в кривых руках может вполне стать вредоносной и испортить работоспособность винды. Антивирусы её подозревают вероятнее всего по той причине, что может в рееестре параметры винды менять, что некоторые трояны делают, дабы снизить безопасность ОС.

UPD: Начиная с определённой версии, программа тайно загружает с официального сайта сторонний код и исполняет его под наивысшими привилегиями. Были случаи распространения вредоносного кода через этот инструмент, исходя из этого можно сделать вывод, что программа больше вредоносная, чем полезная, использовать её крайне опасно.  Ничем от классического Trojan.Downloader особо не отличается, ну и в довесок имеет "полезную" функцию - возможность убить ОС, притом предлагает пользователю на выбор множество способов убийства.