Хватит ли 5 ГБ на диске для VPS?
Серверная убунта и десктопная убунта - это две разные вещи. Про виртуализацию уже написали. В среднем ось не больше гига + нужные пакеты (тот же nginx, php, fail2ban и тд + их зависимости) обычно пару сотен Мб, не более. Плюс логи, которые имеют свойство со временем накапливаться и с ними надо что-то решать (для этого есть logrotate). Плюс своп если сервак слабый. Останется 2,5-3Гб чистого места под сайт(ы), а этого часто более чем достаточно.
Если не ставить на сервер X, KDE, Unity, JRE, JDK, исходники ядра, коллекцию видеоуроков по администрированию, virtualbox с виндой, crossover  и LibreOffice, то вряд ли система займет больше 1-1.5 ГБ.