Подсистемы, назначение списков?
По-моему, Вы в гугле задаёте совсем не тот вопрос, что Вас интересует. Найденные ответы не имеют отношения к проблеме. Ну вот грубо по пунктам:
2) Сотрудники "почему-то не отмечена бухгалтерия". А бухгалтерии не интересен каждый сотрудник по отдельности. Она учтёт в расходах предприятия одну общую сумму - зарплата всех сотрудников. А каждым отдельным сотрудником видимо будет заниматься подсистема Зарплата.
3) Номенклатура "что это вообще". Список услуг, которые оказывает предприятие клиентам, и список материалов, которые требуются для оказания этих самых услуг. "Покраска стен" - услуга. "Банка краски" - материал. Вот это будут элементы справочника Номенклатура. Имеет отношение ко всем подсистемам кроме Зарплаты.
4) Склады "почему нет галочки бухгалтерии". Склад - это конкретное физическое место, где лежит допустим та самая банка краски. Складов может быть несколько. А бухгалтерии нужно только знать, что у организации есть столько-то краски, на такую-то сумму.

Всё это деление условное, это видение разработчика. Можете поставить все галки - ничего не сломается. Но зачем человеку, который занимается в организации кадрами и зарплатой информация о клиентах? Как минимум лишняя, а возможно ему и не положено её видеть!
И что я должен из этого понять? 
задай вопрос автору данного курса.

обратись к превоисточнику:
https://its.1c.ru/db/pubdevguide83/content/27/hdoc...
https://its.1c.ru/db/v8std/content/543/hdoc/_top/п...