Как безопасно вести разработку?
1) Можете приватный гитхаб-репозиторий сделать для паролей, можете закрытую папку на гугл-диске, можете в чате в WoT писать, ... Безопаснее всего брать разработчика в офис, а пароли просто распечатать для него на А4. 
2) Да, если вы не Гугл какой-нибудь. Всем всё равно, что вы разрабатываете)
3) Паранойя. Можно закрыть доступ к USB-портам и браузеру, но разработчик не хомяк в клетке) Да и всё равно можно сфотографировать что угодно. Мораль - доверяйте.
4) Не совсем понятно... от чего защищаться будем? Антивирус + пароль на учётке - недостаточно?)
1) Переписку по почте можно шифровать с помощью PGP (GPG) , более чем надёжно от угона/перехвата
2) конечно можно, если уж совсем страшно можно свой мессенджер поднять с шифрованием, тут вопрос готовы ли вы пойти на усложнение
3) Интернет через прокси и только на выход, а то и вообще убрать с компов внешний доступ (был кейс такой, даже браузер через терминальный сервер работал с отключенным буффером обмена и проч.), внутрь сети попадать по VPN