Какую библиотеку GUI выбрать? QT, GTK или что-то еще?
Почему-то я постоянно натыкаюсь на рабочие кроссплатформенные программы, написаные с wxWidgets. 
То, что видел на GTK — глючат на винде регулярно.
Этот ответ вам, видимо, не подойдёт, но — SWT.