Как реализовать запуск PHP кода из PHP и что делать если на хостинге отключены функции типа system() (необходимо компилить cpp)?
Я бы рекомендовал взять выделенный сервер (виртуальный либо физический), поставить туда Docker, и запускать код ИСКЛЮЧИТЕЛЬНО в одноразовом чистом изолированном окружении с разумными таймаутами и ограничениями ресурсов.
Посмотрите Runkit_Sandbox.Экземпляр класса Runkit_Sandbox создает отдельный поток основного процесса с собственным окружением и выделенной областью памяти (стеком). С помощью дополнительных параметров конструктора можно ограничивать функционал интерпретатора в песочнице, создавая таким образом безопасное окружение для выполнения пользовательского кода.