Adobe Reader для Android: экспорт или хотя бы навигация по заметкам в PDF?
Ответ, наверно, глупый, но не записывает ли он их прямо в файл?
Если да, то на десктопе, наверно, можно посмотреть…

Проверил — да, записывает прямо в файл, но возможности искать по ним в андроид версии точно отсутствует.
Надо попробовать другие пдф ридеры…
Aldiko Premium вроде как умеет оставлять свои комментарии и потом по ним ходить, но читать ей пдфы — то ещё мучение