Какой системой можно вести отчётность?
1С Документооборот допилить можно, возможно есть уже готовая конфигурация под ваши требования, но это надо к их внедренцам обратиться и они подскажут.
Если 1С...
то смотрите решения по бюджетированию: Бит-финанс, Рарус-корп.финансы, Управление холдингом, ЕРП и прочие.
каждое решение имеет технологические отличия, это надо смотреть более конкретней что надо.