Как правильно вставить в php код html с mysql_result, в котором есть php?
вообще это плохая практика, выводить хтмл через echo/print, хтмл выводите как хтмл, пхп как пхп, и все будет понятно и без лишней путаницы. Например: <img src="http://chart.apis.google.com/chart?cht=qr&chs=150x150&chl=<?= htmlentities(urlencode(mysql_result($result,$i,file_name)));?>">
echo  
 "<tr>
<td><p3></p3></td>

<td><a href='../doctor/files/",mysql_result($result,$i,file_name),"'>",mysql_result($result,$i,file_name),"</a></td>
<td>",mysql_result($result,$i,uploaded_on),"</td>
<td>",mysql_result($result,$i,username_add),"</td>

<td> <img src='http://chart.apis.google.com/chart?cht=qr&chs=150x150&chl=' . htmlentities(urlencode(mysql_result($result,$i,file_name)) . ''>    </td>

</tr>";  
echo "</table>";
вместо запятых точки должны быть