Использование штрих-кодов в CRM/ERP, как быть?
в  учетной  системе   zippy.com.ua   используется  https://github.com/picqer/php-barcode-generator
Учетная  система  кстати  с  открытым  кодом  лежит  на  гитхабе.
- генерировать штрих-код в карточке товара (для тех у кого их нет) чтоб потом можно было напечатать и поклеить штрих-коды на свою продукцию. Либо для быстрого поиска товара, в списке, просто "пикнул" и нашел его среди нескольких тысяч других товаров.


Учитывайте упаковки если они имеются у товара, каждая должна иметь свой ШК. 
Таже возможность задать несколько ШК на один Товар. Было такое когда "Сок добрый" приходил с разных заводов с разными ШК, а так товар идентичный.

- генерировать штрих-код для счетов/накладных. Потом можно отсканировать и также найти нужную накладную среди всех накладных.

Тут проще привязаться каком внутреннему Гиуду и его выводить на ШК какой-нибуть ean 128

- программа лояльности. 
оба варианта хороши. Тут лучше получить описание самой программы, какую хотят. А дальше решать что будет реализовывать. Программ куча разных.  
А также зависит для какой отрасли пишете, у каждая имеет свою малюсеньку но особенность)