Удаление файлов из репозитория Git?
Это смотрели? git-scm.com/book/ru/%D0%9E%D1%81%D0%BD%D0%BE%D0%B2...
lezhnevs.ru/git/udalenie-papki-iz-repozitariya
Никак нельзя избежать удаления файлов в других репозиториях. 
Как вариант, создать новый репозиторий с уже правильно настроенным .gitignore. 
Или пересоздать удаленный файл вручную в каждом удаленном репозитории после выполнения pull.