Помогите найти причину проблем с apache
Это не может быть ротация логов в этот момент? Видно, что апач перезапускался.

Вообще, я бы ещё посмотрел dmesg (на предмет segfaultов и тому подобного) и общесистемные логи, там, messages, лог cron и так далее. Что вообще в системе происходило.
RAID-массив (если используется) в норме?