Ваше мнение про OcStore/Opencart в качестве cms для и/магазина?
ЧПУ решается с коробки про  OcStore 2.1 неуверен но 1,5,4,1 справляется с этим .
микроразметка  - ну скажем так можно делать руками ! да гемор но можно .
Про платные модули
Пример .Видите тут идет проблема с экономией времени легче заплатить 20$ за модуль импорта и с помощью парсинга залить n-кол во товара и не парится . Или все ручками делать .
Вывод  - время деньги )
Про элементарные SEO задачи.
Основные элементы SEO выполнены. а микроразметка это вычурность ). Просто ускорьте сайт и без микроразметки все будет супер !
Да есть в нем проблемы но с этой проблемой вы столкнетесь на 4-5 тыс товара . Оптимизация ключей ,запросов , и кода - это гарантия что придется делать !
Да действительно г**** достаточно - но на форумах все просвечено.
---------------------------------------------------------------------------------------
Посмотрите в сторону  Magento CMS
Видел и работал не  с одним десятком сайтов на CMS Opencart, при чем это были сайты и топ-10 Яндекса.
Если вы не можете правильно использовать данную CMS, используйте другую. Но думаю, что от смены CMS ничего не изменится