Как подключить PDO в Php-fpm?
Файл

pdo_mysql.ini

с содержимым

extension=pdo_mysql.so

закинь в

/etc/php.d

php-fpm автоматом подключает конфиги с этой дирректории. php.ini не трогай.

Проверь, чтобы был файл

/usr/lib64/php/modules/pdo_mysql.so

Отпиши результат. Если не поможет, будем думать.

P.S> Проверь следующие файлы, может в них что-то не то вписал.

/etc/php-fpm.conf
/etc/php.ini
/etc/php-fpm.d/www.conf
Перезапускать пробывал. Не помогло.
Все файлы установленные с php-fpm
php-fpm /etc/
php-fpm /etc/logrotate.d/
php-fpm /etc/logrotate.d/php-fpm
php-fpm /etc/php/
php-fpm /etc/php/fpm.d/
php-fpm /etc/php/php-fpm.conf
php-fpm /etc/rc.d/
php-fpm /etc/rc.d/php-fpm
php-fpm /usr/
php-fpm /usr/sbin/
php-fpm /usr/sbin/php-fpm
php-fpm /usr/share/
php-fpm /usr/share/man/
php-fpm /usr/share/man/man8/
php-fpm /usr/share/man/man8/php-fpm.8.gz