Как пофиксить медленную запись в БД MySQL?
Нашел решение проблемы: dmitro.pro/fixes/1%D1%81-%D0%B1%D0%B8%D1%82%D1%80%...
В итоге фикс в my.cnf: 
innodb_flush_log_at_trx_commit = 2 
innodb_flush_method = O_DIRECT
А для повышения показателей процессора, поставил OPCache вместо APC:
тут немного почитать, ну и тут есть по теме, думаю разберетесь.