С чего начать учить JavaScript в контексте IoT, работы с данными и Node.js, а не фронтендов веб-приложений?
ну Фланаган  - классика же, какая разница, в каком контексте, JS есть JS,
по Node  на русском книг 5 есть, две точно достойны внимания
никаких принципиальных проблем у ноды с интернетом вещей нет. 
сам лично как то начинал делать библиотеку с сервером на ноде + ардуино. один постоянно открытый сокет и команды передаются парой байтов и получилось очень круто, мгновенная реакция на железке по командам с сервера и наоборот и минимальный трафик, в отличие от обычной схемы с отдельными http запросами на каждый чих. 
основное затрудненние было что в ноде нет типизации как таковой, а мне нужно было побитово работать, но все решаемо (DataBuffer). если вы хотите общаться джейсоном, то проблем вообще никаких.