Какие есть альтернативы хранению пароля в коде?
Если вы хотите хранить пароль локально (на счет микроконтроллеров не знаю), то есть такая вещь как TPM модуль, можете еще посмотреть ответы на этот вопрос Как правильно хранить ключ шифрования для десктопных приложений? .
Зависит от контроллера. Большинство микросхем поддерживает Lock-Bit - после чего программатором прошивку считать практически невозможно (или очень сложно).