На сколько опасно автоматическое обновление linux-сервера?
И не зря рекомендуют.
Придет мажорное обновление php/nginx/apache или любого другого жизненно важного продакшен-компонента и есть не малая вероятность того, что сервисы прилягут.
Вместе с обновлениями приходят патчи на ядро + хедеры и зависимости, но важный момент в том, что зависимости обновляются в ту же минуту, а новое ядро загрузится только с перезагрузкой, это вызовет неизбежные конфликты, если не сделать перезагрузку (а делать ее нельзя очень часто).
Вообще, по опыту - любые обновления непредсказуемы, можно попасть в неловкую ситуацию даже обновляя какие-то безобидные вещи вроде logrotate.
В cron ничего добавлять не надо, есть cron-apt.
security можно накатывать автоматически, остальное по желанию и задачам.