Почему может лагать новый мощный ПК?
Оставить только ссд. Переставить винду. 
Версия винды какая?
Я бы советовал поставить чистую ltsc. 

ПОСЛЕ установки винды уже подключить 2 hdd
В чём выражаются лаги? Что происходит в системе? Маловато данных предоставили.

Может какие-то компоненты не совместимы или недонастроены.