Инструментарий для поиска тяжелых php(5.2)-скриптов и ресурсоемких запросов к БД (mysql 5.1) на сервере (freebsd 8.1)
можно логировать медленные запросы.
my.cf

log_slow_queries = ON;
log_slow_queries = /var/log/mysql/mysql-slow.log
long_query_time = 5

запросы, которые длились дольше 5 секунд, попадут в лог
Настроил нормально(!) профилирование xdebug и всё.