Можно ли положить термопрокладку двумя слоями?
Что значит "необходимо"? У вас там что за дыра что вам нужно 1 мм. Термопрокладка вообще-то не дыры латать, а неровности/царапины металла при касании и там до 1 мм ОЧЕНЬ далеко.
То есть я бы сказал, ставьте 0.5 мм и всё должно быть ОК.
Сделать так можно, но будьте готовы к ухудшению отвода тепла по сравнению с заявленными для термопрокладки. 
Совет №1. При складывании не допускайте зазоров (воздух, пыль, влага и тп) между слоями.
Совет №2. Проложите между слоями медную фольгу 0,02-0,05. Т/прокладки штуки неравномерные, можно нарваться на совпадение 2-х "плохих" участков.
Совет №3. Если т/прокладка армированная - поверните один слой относительно другого на 90 град.
Удачи.