Можно ли считать профиль в Windows как отдельную среду для работы?
Нет. Вам нужна среда с полным восстановлением оригинального состояния. 
Для этого подойдет виртуальная машина, в которую вы будет загружать копию оригинального снимка системы до установки программы.
Вопрос в том, достаточно ли вам для проведения конкретного набора тестов чистого пользовательского аккаунта или вам нужна чистая инсталляция системы. На этот вопрос можно ответить только зная что вы хотите протестировать. В принципе сбоить может и с новым аккаунтом и с чистой инсталляцией. Будут совершенно разные ошибки. Есть программы которые по причине недоработанности не запускаются из под пользователя, а только под администратором. Есть сбои когда программа при запуске из под пользователя дает сбой на всю систему. Столько разных сценариев, что может пойти не так. Если допустить, что вы хотите протестировать процесс инсталляции программы, то логично, что тестировать нужно и на чистой машине и под пользователем и под ограниченным пользователем, и под администратором. Поскольку для такого теста это определяющие факторы. А если вы тестируете нагрузку на память  программы во время выполнения, то профиль пользователя вряд ли будет ключевым фактором. Опять же, если вы тестируете сохранение глобальных настроек программы, то тестировать нужно под как минимум двумя разными профилями, соответственно.