Какой IoC контейнер для .NET лучше? Unity или Ninject?
Могу посоветовать Ninject — имеет очень активное сообщество, существуют расширения для MVC3, NLog, Glimpse + много чего.
Лично мне нравится сам API. если хотите убедиться в простоте использования, то можно на примере ASP.NET MVC:

1) назначаем привязки
class RepoModule : NinjectModule
{
    public override void Load()
    {
        Bind<ICategoryRepository>().To<CategoryRepository>();

        Bind<IProductRepository>().To<ProductRepository>();
    }
}


2) загружаем ядро
var modules = new INinjectModule[]
            {
                new RepoModule()
            };
            var kernel = new StandardKernel(modules);
            RegisterServices(kernel);
            return kernel;


3) пишем наш контроллер
public class ProductsController : Controller
{
    private readonly IProductRepository productRepository;

    public ProductsController(IProductRepository productRepository)
    {
        this.productRepository = productRepository;
    }
}

ну unity все таки делают в ms и они его не бросят и буду пилить под каждую платформу. мы на прошлой работе его использовали и были довольны. 
Ninject кстати быстрее по крайней мере на winrt портировался. я когда зимой его смотрел, то они уже работали, а unity был только для ctp и не совместим с winrt cp/beta уже. 

Я бы выбрал unity почему-то я доверяю им больше.