Как перенести корпоративную почту с Яндекса на собственный сервер?
скорее всего яндекс позволяет работать с почтой по imap. таким образом на своем серваке настраиваешь почту тоже с imap. ты не указал какая у тебя ОСь, но в случае юникса берем imapsync и синкаем к себе на сервак. 
в днс переключаем записи типа A и MX на свой айпи. таким образом весь мир узнает, что почту нужно слать на твой сервер. 
ну и пользователям настроить учетки
както так
Подключаешь ящик по IMAP в почтовый клиент и архивируешь все содержимое в локальных папках. Предварительно в настройках яндекс ящика выставляешь в "Правила обработки писем" "пересылать по адресу", указывая адрес нового почтового ящика домена. таким образом в почте яндекса не будет оставаться писем, все старые письма будут на локальном ПК, а поскольку в отправленных будет новый адрес-  со временем все привыкнут к новым адресам