В какой домен сохранятся cookies?
Разумеется, на example2.com, это же логично. 
Вы подключили скрипт - кусок кода, файл и браузер, зайдя на ваш сайт, выполняет его. То, что js-файлик находится на стороннем домене, роли не играет, вы просто указываете браузеру, что код нужно выдрать оттуда, не более того.
А ограничение сработает при попытке запроса из самого скрипта на сторонний домен, это уже отдельная тема.
Андрей Павленко: объясняю доступно:
браузер строит страничку, при этом загружая все подключенные ресурсы (css, картинки. шрифты, js), которые прописаны на странице. После того, как он их загрузил, он начинает рендерить страницу и исполнять js код. Вся эта кухня происходит в контексте URL страницы, то есть на exmaple2.com.
Куки на example.com в вашем примере могут появиться только в двух случаях - когда браузер делает запрос на example.com, чтобы скачать js код - он отсылает сохранённые на exmaple.com куки, и в ответ вместе с js-ом ему могут прийти куки от веб сервера в заголовках (Set-Cookie:), которые так же будут установлены на example.com. А все куки. которые ставит js - уже на домен контекста страницы, в которой он выполняется.