Как нормально писать во flask на python 3.x?
__init__.py наверное? Это не класс. Это инициализация пакета. А что туда писать - сам решай. Выдохни от прокрустова ложа тотального ООПа явы :)))
"Старт с if" - очень просто :) Это способ определить, что этот скрипт вызван на исполнение, а не просто импортирован другим скриптом.
После явы на питон, это да... ломка будет, но потом понравится. ООП в чистом виде нужен только там, где он нужен. А там, где проще без него, то он там и нафиг не упал :))) 
Вообще, если хочется жить проще, все уже везде придумали. Например SQLAlchemy ;) И под каждый фреймворк есть своя адаптация. А есть еще другие ORM.
Писать "где хочу" не разрешает святой PEP-8 и православные отступы. Тоже будет ломать, но потом вштырит.
PS: пробовал посмотреть что там у вас в яве... не спал потом неделю - кошмары мучали.
https://blog.miguelgrinberg.com/post/the-flask-meg...
на хабре вроде перевод уже запилили если нужен
https://www.youtube.com/watch?v=6RdZNiyISVU
Почему старт с "if"
этот блок в конце 
https://ru.stackoverflow.com/questions/515852/%D0%...