Как использовать Doctrine вне Symfony?
Setup::createAnnotationMetadataConfiguration($entitiesPaths, $isDevMode, null, null, false); для доктрины до версии 3.0(в третьей версии вроде бы сделают по нормальному). Скорее всего проблема в том, что в проекте на Symfony вы в аннотациях пишете что-то вроде @ORM\Entity, а для этого чистой доктрине нужно подсунуть нормальны AnnotationReader, а не Simple который по дефолту создается.
Создаете композер пакет с общими сущностямиПодключаете в оба проекта...Профит
Еще есть гит-подмодули, но это более костыльный вариант
https://git-scm.com/book/ru/v1/%D0%98%D0%BD%D1%81%...