Что с Mikrotik?
>MikroTik-CRS125-24G-1S-RM
Не надо использовать Switch как роутер. Тем более слабый, тем более с bonding.
Все ресурсы у него будут уходить на CPU. Это Switch !!!
Посмотрите на его блог диаграмму. Вы уже не первый кого я встречаю, кто из 125 делает роутер. 
Вот буквально в этом месяце в мерседес центре видел. При этом у них есть в наличие 2011.
Мне кажется тут дело не в микротик, а в sftp, я уже не раз сталкивался с тем что он медленно работает. Попробуйте те же тесты но с ssh