Как правильно работать со связкой ASP.NET Core, React и npm?
Если решили делать spa, то я бы не советовал смешивать фронт с asp частью. Лучше вынести всю фронтовую часть в отдельный проект, а собранный index уже отдавать asp проектом и его же использовать просто как web api. Тогда ничего мешаться не будет.
Вы можете посмотреть как работает связка React + SignalR + ASP.NET Core в проекте  https://github.com/directlinkcore/directlink