Согласно MVC, как рекомендуется управлять сессиями?
Забавно смотреть, как вы пытаетесь абсолютно всё отнести к одной из трёх букв MVC, как буд-то кроме моделей, видов и контроллеров других паттернов нет.
За работу аутентификацией/авторизацией/сессией/куками может отвечать некий сервис, не имеющий отношения к MVC. А получение доступа из моделей и контроллеров к ним можно осуществлять через Service Locator.пожалуйста, не рекомендуйте использовать фреймворки вместо велосипедов
Всё же посоветую пересилить свой страх, а то звучит как "пожалуйста, не заставляйте меня идти правильным путём".
Лучше всего наследовать базовые интерфейсы PHP:
php.net/manual/ru/class.sessionhandlerinterface
php.net/manual/ru/class.sessionhandler
и посмотреть фреймворки, для того чтобы писать свое надо вначале понять +\- имеющихся классов.