Альтернатива гита для Unity?
Это вопрос не git, а вопрос выбора утилиты для мерджа. Посмотрите, что сами разрабы Unity предлагают
Отвечаю на вопрос в шапке: альтернатива есть, например, тот же самый Mercurial.
А вообще, работайте в разных ветках, а потом делайте слияние и еще не забывайте про pull request, и тогда будет вам счастье)