Какую кодировку использует PDO?
По дефолту - никакую (сервер MySQL выберет, скорее всего это latin1 будет). Потому нужно вручную или в строку соединения прописывать кодировку, или для более старых версий PHP (до 5.3.6 кажется) - запрос set names, как обычно.
Попробуйте создать новую БД через phpmyadmin. При создании укажите кодировку Utf-8 general_ci. Все должно быть норм