Установка Linux в файл-образ?
Не совсем понятна какая цель преследуется…
Чтобы читать потом систему из файла, потребуется хитрый бутменеджер, который понимает загрузку системы из этого самого VHD файла. 

В принципе, капсуляция файловой системы внутри файла другой файловой системы не должна давать деградации по скорости. 

Linux можно установить в файл виртуальной машины, потом перенести на хост и, при наличии умного бутменеджера, загрузиться из этого файла

Стоит также отметить, что не все программы виртуализации умеют расширять контейнер для файловой системы на лету (вернее я не знаю ни одной такой), т.е. если вам вдруг системе не хватит места, то придется подключать дополнительные файлы. Можно нарваться на геморрой.
Может быть проще поставить в виртуальную машину и не заморачиваться с разделами?

Кстати, когда-то давно в Linux был драйвер, который на FAT умел хранить POSIX атрибуты файлов.