Как сохранить координаты в массив в отдельном файле?
Данные, нужные после перезагрузки страницы, должны где-то храниться. А JS - это клиентский язык, поэтому данные вы можете сохранить с помощью него несколькими способами
1. Через ajax, отправив запрос на сервер (хотя у вас данные и так оттуда приходят, как я понял, так почему бы их не достать при перезагрузке страницы по какому-то идентификатору?)
2. В cookie, но тогда данные будут доступны только на текущем компьютере, в текущем браузере (+ столько времени, сколько вы укажете)
3. В localStorage - способ хранения идентичен cookie, время неограничено.
var Points = [ /* коллекция точек */ ];

function save(points) {
  localStorage.setItem('points', JSON.stringify(points));
}

function load() {
  var points = localStorage.getItem('points');
  
  return points ? JSON.parse(points) : [];
}