Где лучше хранить контент?
Конечно из базы! Также стоит задуматься о хранении скриптов и стилей в отдельных табличках.
Выгода: колоссальная, вы только представьте в вашем index.php будут в итоге всего лишь несколько запросов к базе - на подключение разметки/шаблона, скриптов и стилей, а не всякий лапшакод из html, js, css и php вперемешку
некоторый  вывод з базы храню в файлах кеша (например настройки или сео или же статьи)$myrow[$i] = $cache->read($server.'cache/'.$var.'.tmp');
if (empty($myrow[$i])) {
запрос к базе
$cache->write($server.'cache/'.$var'.tmp', $myrow[$i]);
}
сам класclass Cache {

    function read($fileName) {
	if (file_exists($fileName)) {
	    $handle = fopen($fileName, 'rb');
	    $variable = fread($handle, filesize($fileName));
	    fclose($handle);
	    return unserialize($variable);
	} else {
	    return null;
	}
}

    function write($fileName,$variable) {
        $handle = fopen($fileName, 'a');
        fwrite($handle, serialize($variable));
        fclose($handle);
    }

    function delete($fileName) {
        @unlink($fileName);
    }
}