Учитывается ли движок сайта поисковыми системами при ранжировании?
Разницы нет. Просто одни движки больше заботятся о SEO, а другие меньше. Есть и такие, которые не заботятся вообще. В любом случае настроить можно любой из них. Поисковым системам не важно что у вас под капотом у сайта(это даже на прямую и не узнать...), им важно только наполнение вашей веб страницы, её структура, семантика... SEO это называется.
В основном как правильно заметили разница в адаптированности CMS под восприятие поисковиками. В первую очередь это URL, проблема с генерацией дублей, джумла страшный кошмар в этом плане. Но я лично полтора года продвигал сайт на самописе, который не был заточен под SEO и хлебнул с ним горя. Так что если самопис тестировали в плане seo, то все хорошо, можно его использовать. А так Битрикс на мой взгляд очень хороший вариант, большое кол-во сео модулей под разные нужды, несложны в настройке. Разве что цена кусается по сравнению  с другими CMS