Хочу изучать Yii, но есть вопросы…?
Мне кажется для начала Вам нужно почитать про ООП в целом, и далее про MVC чтобы вы могли оперировать корректной терминологией
Сейчас все очень сумбурно изложено

Вы путаете понятия фреймворка и CMS

1. Да, это лишь каркас, все нужно будет писать с нуля
В yii есть gii — это генератор кода, он упростит много рутинных вещей
2. Здесь Вы говорите о моделях и наследовании
3. Yii очень гибкий
4. Кто-то делает это просто для обучения. Нехватка опыта работы с такими инструментами заставляет думать Вас думать об этом как о чем-то невероятным, все на самом деле проще

Ну и далее посмотрите www.phptherightway.com/
Если вас интересует действительно новый уровень — берите Symfony2. Разберитесь в серьезном проекте и делайте по аналогии.