Как верно организовать роботу сайта на nodejs?
Авторизация через куки- дырища в безопасности, тем более они у вас даже не обсфукцированы. 
Из имени куки ImRegistered и signed можно понять зачем она нужна и подставить своё значение. 
Пользуйтесь сессиями https://github.com/expressjs/session
Почитайте вот в эту сторону - passportjs.org