Зачем нужны приложения?
А что с главной страницей?создай апп с названием core || common || main || etc и сделай там вью со своей главнойТ.е. сама основа на которой хедер, футер и в нее уже контент этих приложений вставляется. основа верстки ложится в темплейт, основа контекста, может ложится в coreЕе что отдельным приложением сделать?если какая-то часть задачи сильно отличается от дргуих - ее можно вынести в апп
В общем случае, нужно стараться делать такие аппы, которые можно поместить в пакет и переиспользовать в другом проекте, но не проблема, если так не получается
Попробую привести немного по-другому пример: проект - это сайт, а приложения части сайта, тематически и главное логически разделенные. Например на сайте ведется блог, это приложение пусть называется "блог". На сайте есть гостевая книга - это другое приложение (по логике вещей гостевая книга же не относится к блогу, ведь так? Там будут свои урлы, шаблоны, свои модели, вью, методы и тд. для работы именно с гостевой). Есть магазин - это приложение "магазин" которое тоже в общем-то не имеет отношения к блогу. А вот статьи от блога, это скорее модель приложения "блог", чем отдельное приложение. Ведь статьи напрямую относятся к блогу, и никак не к гостевой книге или магазину, там же не пишутся статьи. Получить доступ из одного приложения к другому можно, НО. Не стоит делать приложения связанными. 
Идея в том чтобы ты мог взять свое приложение "блог", и использовать его в любом другом своем проекте Сделать startproject, скопировать туда приложение blog, и должно работать. Условно ничего не переписывая "as is" (как есть). В одном проекте несколько приложений в общем никак не взаимодействуют. Для Блога будет URL ведущий и работающий с блогом, для Магазина так же, и для Гостевой.  Главная страница может храниться в приложении Landing например или main. Еще на сайте/проекте может быть реализовано API это совершенно другая логика, поэтому это тоже отдельное приложение. Для понимания задай себе вопрос, например из мной приведенных примеров Products|Продукты это что и к чему из вышеописанного относится? Попробуй привести пример что еще на проекте/сайте можно выделить в приложение отдельное.
UPD.