На чем лучше делать ML-движок/модель — на Python или C++? Где библиотек больше и т.п.?
Если вы не понимаете преимущества и недостатки этих языков именно в задачах ML,  а кроме того, вы в одну кучу намешали  "ML-движок"  и  "ML-модель" , то это просто означает что у вас (и вашей команды) знания в области ML реально нулевые.  В таком случае писать самостоятельно "ML-движок" я бы вообще поостергся.   Как вам уже посоветовали - нанимайте людей, которые имеют соответствующую экспертизу, они и на ваши вопросы вам ответят.  Опыт в программировании и опыт в ML - это близкие, но совершенно различные скилзы.  
P.S. Про вопрос - а ЗАЧЕМ самостоятельно писать "ML-движок" -  я вообще умолчу.
Практически все т.н. "движки" пишуться на C/C++. Это связано с перформансом. Но к ним делаются библиотеки доступа из других языков. Например Python, Java, e.t.c.

Но сам вопрос поставлен очень безграмотно. Много гонора и мало представления о предметной области в целом. Автору я очень сильно советую найти настоящего специалиста ML и поговорить с ним. 

Меньше амбиций и гонора. Больше конструктивных вопросов. Что делаем? Какой объем обучающей выборки? Какие факторы? Какого класса обучение делается. Классификация? Прогнозирование? Рекомендательные системы?