Лучшая CMS/Wiki для пользовательской документации
Confluence (пример доки), правда стоит немного денег (при том больше за русификацию отдадите) и на java. Но лучшего для себя я не нашел…
я в своё время развернул media wiki для аналогичных целей и знаю ещё пару организаций поступивших также. Все довольны.