Какие инструменты и методики существуют для изучения больших проектов?
Скорее всего человека ожидал услышать процесс разбора, а не используемые методы. Т.е. то, что вы перечислили это все верно, но теперь из этого надо выстроить логическую схему где и когда из этих инструментов применять.

К примеру:
1) Нахожу точку входа в программу.
2) Глядя в код определяю какие классы создаются и что они запускают.
3) Если есть дока — читаю, что эти классы делают
4) С помощью навигации по коду вычленяю какой код за какие функции отвечает.
5) Ну и т.д.
На тупой вопрос Вы ответили более чем развёрнуто. Я бы на него ответил более просто: «Взял бы и изучал». Вопрос, действительно, идиотский.