Почему не меняются права на папку из PHP-скрипта?
Наверное, потому что скрипт запускается с правами, которые не имеют прав на смену прав. 
Немного каламбура в ленту.
/var/www/ - не та папка где пользователи должны держать сайты.
Ваш сайт должен лежать
/home/username/web/sitename.ru/public_html