Как получить и обновлять сертификат let's encrypt для FTPS без домена?
Никак, сертификаты выдаются на домены, а не IP адреса
Я советую SFTP - не надо возиться с vsftpd, плюс шифрование без всяких усилий.
Если все же FTPS - достаточно самоподписанного сертификата.