Что использовать предпочтительнее?
Не сильно грузит(но сто килобайт кода(ненужного) выполнить в обозревателе - это довольно существенно) но надобность в нём давно отпала. Я как раз из тех, кто говорит, что нужно писать на нэйтиве.
Почему почти на каждом сайте жуйквери? Дело в том, что люди ленивы по своей натуре, здесь можно списать на привычку и нежелание переучиваться и переписывать свои старые творения тех, кто когда-то начал изучение фронта с джейквери. Тогда было иное время и поведение всех браузеров нужно было "приравнять", это и являлось задачей джейквери. Сейчас браузеры подтянулись (причём давно уже) и джейквери стал архаизмом.
Изучайте ванилу.
Почему все программы не пишут на Ассемблере?
Потому, что это проще, удобнее и быстрее, чем писать на чем-то более низкоуровневом.