Чем отличаются разные способы подключения шрифтов?
Способ подключения шрифта есть только один – директива @font-face в css.

 подключала шрифты через линку в html-файле
Таким образом вы подключали css файл, в котором были директивы font-face.

через import в SCSS
Полагаю, подключали scss файл, в котором были директивы font-face.

В общем, технически способ только один. А как вы раскидываете свои файлы - без разницы.
если это то о чем я думаю, то нет, ведь на выходе они подключают шрифты одинаково, обьясню:
1. Линк - он просто подключает css файл в котором подrлючается ttf/otf/woff/woff2/svg файлы шрифта
2. import это функция в css которая используется для подключения ttf/otf/woff/woff2/svg шрифта
3. в gulp просто генерируется функция import для подключения ttf/otf/woff/woff2/svg шрифта
т.е. в любом из этих случаев будет использоватся import