Как присоединить филиал к главной сети через VPN?
> Можно ли задать адрес локальной сети в филиале 192.168.1.0?
Можно если на то есть особые причины, какой-то спец софт который работать по другому не может. Но нормальные люди так не делают. 

Для каждого филиала сеть должна быть своя.

> как прописать маршрут на роутерe
MK1
/ip route add distance=1 dst-address=192.168.1.0/24 gateway=gre-office (название VPN интерфейса)
MK2
/ip route add distance=1 dst-address=192.168.2.0/24 gateway=gre-branch (название VPN интерфейса)

> Еще интересно вот что, про GRE написано, что он пропускает широковещательный трафик. 
широковещательный трафик работает в пределах L2 сети. Когда ты поднимаешь VPN  у тебя получается 3 (три) L2 сети. Соответственно внутри каждой L2 сети может работать бродкаст, но бродкаст не попадает в другую L2 сеть сам по себе, для это нужны соответствующие настройки.
L2 - филиал
L2 - офис
L2 - VPN

> Значит ли это, что хосты в филиале и главной сети будут работать, как будто они находятся в одной сети?
Если правильно прописать маршруты, то хосты будут работать в рамках одной L3 сети и спокойно видеть друго друга. 

> Будет ли удаленный хост получать IP-адрес от DHCP-сервера в главной сети.
Для этого нужен БРИДЖ и обычно используют EoIP, но я не рекомендую так делать без крайней необходимости. Просто вдумайся, если запустить один DHCP на два офиса, то получится что филиал ходит в интернет через ВПН главный офис. Тебе не кажется что это сумашедший оверхед?
Можно ли задать адрес локальной сети в филиале 192.168.1.0?
Тут лучше начать с принципиального решения второй задачи. Ответа на нее я не знаю.
Но если вы хотите объединить сети в одну, то конечно в филиале надо использовать ту же подсеть, что и в головном офисе. Но как по мне - это плохая идея.

Так что лучше сети не объединять (в смысле ответа на второй вопрос) и использовать маршрутизацию вместо бриджа.
А значит, если вы в сети филиала будете использовать ту же подсеть, то получите кучу проблем с маршрутизацией, которые придется как-то решать. 
Что бы в принципе избежать проблем - используйте другую подсеть.