Защита от DDoS напрямую на айпи?
Если у вас нет денег на нормальный ддос протекшон то ваш варианты такие:
1 курим выхлоп netstat с разными ключами и думаем можно ли по кол-ву коннектов отличить ип клиентов от атакующих ип, если да - курим документацию по модулю iptables connlimit
2 курим выхлоп tcpdump или wireshark ищем паттерн в пакетах которыми вас бомбят - текстом или порядком байт, если нашли курим документацию iptables к модулю string.
Обратитесь к своему хостеру, как правило у большинства хостингов есть услуга по защите от ддос.