Почему Linux предпочтительнее для администрирования и чем? Почему многие предпочитают её?
Скорее всего под таким вопросом начнется всем уже известный срач. А пару человек еще упрекнут вас в том, что у них 30-50-70 процентов серверов под FreeBSD

Мое скромное мнение
Бесплатность
Да, сейчас кто-нибудь заявит о том что на Red Hat не дешевле, а иногда и дороже Windows, но большинство дистрибьютивов Linux бесплатны
Открытость
Данный факт не ценишь ровно до того момента, как приходится сделать что-то, что не разжевано в интернете. Рано или поздно разработчик доходит до того момента, когда ползет в исходники с глубоким душевным вопросом "как это %&$ должно работать?". Ибо некоторые моменты либо документированы неправильно, либо не полностью, либо в коде досадная ошибка, которую никто не замечал ранее, ну или замечал, но багрепорт/коммит с фиксом разрабу не кидал.
В Windows-среде, особенно если это сама система, а не прикладной софт, данный баг может вылиться в недели или месяцы страданий. Там только реверс-инжиринг, если саппорт вас игнорит.
Документированость
Команда не сработала как ожидалось? man commandname
Не помогло? Гляньте сайт разработчика, там обычно на столько обширное вики/документация, что увлечетесь чтением.
Программа свежая и документация пока не исчерпывающая? Гляньте репозиторий, поиском найдите по исходнику место которое хотите вызвать параметрически - скорее всего там увидите комментарий разраба, кто писал этот код, заодно еще парочку недокументированных возможностей почерпнете. 
В конце концов, если вдруг вам станет интересно, почему сделано так, а не иначе - гляньте багзиллу проекта - скорее всего поиском найдете обсуждение данного куска кода.
Гибкость
Воткнуть свой драйвер в прямо в ядро? Легко (если уж научитесь драйвера писать, то внедрить в ядро особых проблем не составит)
Повсеместность
Че уж там сервера. Роутеры, телефоны, embedded-решения - там везде в кулуарах за редким исключением крутится ядро Linux и знакомые пакеты и команды. Этакая стандартизация.
Эффект IKEA
Вы сами того не подозреваете, но когда по кирпичикам соберете этот чертов конструктор, заставите каждый винтик крутиться (с вероятностью стремящейся к 100%) так как вам надо, вы полюбите эту систему.
И еще раз напоминаю, что это мое скромное личное мнение.

Несомнено, сервера и на Windows бывают быстрые, стабильные, работающие 24/7/365 годами. Но так уж повелось.
Глупый спор о Черном или Белом, о Мужчине или Женщине, о Айфоне или Андроиде. 
Инструмент выбирается под задачи, под затраты (бесплатно или платно), под удобство работы, под возможности администрирования ( попробуй в деревне для сельской школы найти линуксовода) и куча еще чего.