Как быстро «копировать» множество больших файлов?
Вам нужна файловая система с Copy-On-Write (копирование при записи).
https://ru.wikipedia.org/wiki/Копирование_при_записи
Одна из популярных - ZFS.
В docker используется overlayfs или fs имеющая функционал snapshots.
Для вашей задачи "скопировать" тучу файлов идеально подойдут снапшоты.
Рекомендую lvm thin volumes и ext4.
Почему ext4, а не xfs? Потому, что xfs не умеет shrink(уменьшаться), а порой нужно в самый не подходящий момент.
Кстати, если не боитесь, то и btrfs неплохо зайдет!