Как правильно вызвать JavaScript функцию вида $.function(); из PHP?
Что-то вы у себя в голове сложили, но не разобрали. Ничего, это мы сейчас поправим:)
PHP скрипты исполняются на сервере. Javascript скрипты исполняются на клиенте (например, в браузере). Они не работают вместе.
Код, что вы считаете кодом страницы, отдаётся сервером как text/html, и ровно так же разбирается браузером. Пока не начал работать HTML-парсер, никакие скрипты не JS-выполняются и не могут выполняться. А ваши PHP-скрипты давно закончили работу и к браузеру не имеют вообще никакого отношения.
Безусловно, есть вариант выполнения JS-скриптов на сервере (тот же Node.js), но код, что вы привели, предназначен для работы на клиенте.
В общем, $.fixLinks() можно вызвать только в браузере, но PHP к этому имеет отношение, как человек, бросивший письмо в почтовый ящик, к работе этой самой почты.
Из php нельзя вызвать функции JS, тк когда php завершает работу на выходе мы имеем html. Но можно вставить кусок js кода, который выполнится при загрузке страницы, напримерecho <<<EOL
$(function(){
  $.fixLinks();
});
EOL;