Как подключить внутри каждой записи свой скрипт?
Вариант 1
Advanced Custom Fields как раз отлично поможет в данной ситуации. Вы можете создать кастомное поле которое будет выводиться в какой либо части контента поста. В каждом посте в админке будет некий метабокс с полем ввода. Пишете туда код, который вам нужно вывести во фронте и вуаля.

Вариант 2
Если вам удобнее все настраивать не в админке, а писать код в файлах. То можно через functions.php вашей темы прописать подключение скриптов для конкретных постов, ниже пример:
add_action( 'wp', function () {
	if ( is_single( 12 ) ) { //проверка идентификатора поста
		// какой-либо код
	}
} );

Подключить скрипт можно так, если тема родительская:
wp_enqueue_script('newscript', get_template_directory_uri() . '/js/custom_script.js');
и так если дочерняя:
wp_enqueue_script('newscript', get_stylesheet_directory_uri() . '/js/custom_script.js');
Где мне хранить эти файлы и где прописывать путь?
Хранить файлы вы можете как в БД, так и в uploads, а путь хранить в ACF.

Как вариант - сериализуйте json и храните в БД при помощи ACF. А скриптом доставайте json из БД