Копирование большого объёма данных из одной таблицы в другую
MyISAM для вставок должен быть побыстрее чем InnoDB ( www.opennet.ru/tips/info/1958.shtml )

попробуйте такой метод:SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 0;
SET UNIQUE_CHECKS = 0;
SET SESSION tx_isolation='READ-UNCOMMITTED';
SET sql_log_bin = 0;
ALTER TABLE pos DISABLE KEYS;

INSERT INTO pos (id, position, url_id, dataset_id) SELECT id, position, url_id, dataset_id from temp_pos;

ALTER TABLE pos ENABLE KEYS;
SET sql_log_bin = 1;
SET UNIQUE_CHECKS = 1;
SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 1;
SET SESSION tx_isolation='READ-REPEATABLE';

Доступ к ФС есть?
Если да. то
а) Можно скопировать файлы баз данных (myd,frm,myi), предварительно остановив БД.
б) Можно воспользоваться mysqlhotcopy (делает почти то же что пункт А, только умнее и не останавливая всю БД).

p.s.: Если данные из одной таблицы в другую надо именно добавлять, тогда вышеописанное годится для «выброса» данных из рабочей таблицы во временную, что бы рабочая уже дальше работала пока идет долгое копирование через insert into