Как не упустить relocation bonus?
У компаний очень разные условия, надо честно поговорить с тем кто принимает тебя на работу. Этот бонус носит как мотивационный характер (что бы вы выбрали именно их компанию) так и выполняет роль сглаживающего эффекта от переезда на первое время (что улучшает позицию нового сотрудника в первые месяцы, снимает стресс и вообще делает возможность сам переездж).
Так что ваша прописка и регистрация роли особой не играет, конечно если вам не попалась компания с жутким формализмом.
То что вы будете в конечном итоге жить в своём жилье для компании только плюс, хотя ипотека и не самое удачное решение.
. Может ли компания в таком случае не выплатить relocation bonus или предъявить мне претензии по поводу того, что я их "обманываю"? 
Конечно, ведь ты этим и занимаешься - обманываешь. Я конечно понимаю, что становлюсь местным, но платеж по ипотеке ничем не уступает, например, платежу по съему жил площади. 
Аренда за месяц + залог за месяц + комиссия агенту. Уступает.