Что будет, если переопределить деструктор в производном от QObject классе?
Думаю, qt не идиоты писали, и там, таки, виртуальный деструктор, как и положено у классов, предназначенных для наследования. Всё будет нормально.
Мне нужно выполнить функцию при удалении объекта, поэтому я переопределил деструктор. 
Почему вы решили, что деструктор базового класса, т.е. поведение, которое отработало бы без вашего переопределения, НЕ будет вызван?