Можно ли по БЭМ вкладывать блок внутрь элемента?
Так, да:block-1
     block-1__elem
          block-2block-1
     block-1__elem block-2
Так, нет:block-1__elem
     block-1
Не просто можно, а нужно.<div class="header">
    <div class="header__top">
        <div class="logo"></div>
    </div>
    ...
</div>