Как организовать хранение БД кучи проектов?
Если проект не наколеночная поделка одного человека за пару вечеров - то структура БД живёт непосредственно рядом с проектом и накатывается через миграции. Ну, например, описание у Yii2: www.yiiframework.com/doc-2.0/guide-db-migrations.html
Миграции, например https://phinx.org/