Как работает Яндекс.Транспорт?
По пункту 3.
В Яндекс в свое время набрали множество математиков, которых нужно чем-то занимать. И занимают их, главным образом, тем, чтобы делать из дерьма конфеты, то есть "дорисовывать" недостающие данные. Это делают и в сервисе Транспорт, и в сервисе Погода, и в сервисе Пробки. Смысл в том, чтобы показать пользователю красивую картинку, непрерывное обновление, высокую детализацию, даже там и тогда, где данных, на самом деле, нет. В случае сервиса Транспорт, это касается как потери соединения трекера, который установлен на транспорте, с сервером транспортной компании, так и потери соединения клиентского приложения с сервером Яндекса.
По пункту 2 - Яндекс получает доступ к данным трекеров, которые устанавливают транспортные предприятия. В случае, когда это государственные компании типа Мосгортранса в Москве, этот доступ носит полузаконный характер, так как реально, больше никто его не может получить, так что Яндекс получает монопольную привилегию. Хотя изначально, конечно, декларировалось обратное. https://habrahabr.ru/post/237679/ https://habrahabr.ru/post/250887/
1)Нарисовал яндекс на основании известных ему маршрутов.
2)В соответствии с постановлением Правительства РФ от 25.08.2008  №641 все автобусы должны быть оснащены трекерами спутниковой навигационной системы ГЛОНАСС. Вот оттуда и берет.
3)Издержки реализации. Данные спутниковой навигации в городе не всегда точны. Даже если вы будете стоять на месте спутниковая навигация будет показывать что вы постоянно прыгаете метров на 20-50 от этой точки. Да и данные приходят не сто раз в секунду, а раз в несколько секунд.  Поэтому обычно линию движения рисуют с учетом этого фактора - программно сглаживают.