Как правильно создать зависимость в таблицах?
Прочитайте про связи: 1 к одному, 1 ко многим. много ко многим. 
Таблица question_answer нужна для связи М-М, то есть когда одному вопросу принадлежит много ответов и один ответ может принадлежать многим вопросам. Судя по всему, это не то, что вам нужно, у вас вопрос-ответ это 1-М, то есть одному вопросу много ответов, но один ответ - это всегда только один вопрос. Связь 1-М делается так, как у вас в первом варианте.
Универсальная схема:
obect: id
parent object: parent_id
Итого:
добавляем колонку parent_id в нужную таблицу и получаем любую структуру связей.