Есть ли способ скомпилировать PHP в нечто не читаемое?
что-то не так делаете с ионкубом: на рынке полно достаточно сложных систем с кучей зависимостей спокойно работающих под ним.
да и мой личный опыт (правда давно это было) показывает что оно так и есть.
лично я считаю защиту пхп-исходников совсем дурной затеей.
Обфускатор от kaimi посмотри. Там поймёшь в чём суть.