Как поддомены влияют на SEO и почему их редко используют?
Все это будет один сайт
site.com/theme
site.com/theme2
site.com/theme3
А это уже разные сайты
theme.site.com
theme2.site.com
theme3.site.com
Поддомен для SEO - это отдельный домен. Следовательно, отдельный сайт.