Как лучше организовать многоязычность на веб сервисе?
С точки зрения архитектуры по сути не важно.
А вот с точки зрения SЕО выигрывает второй вариант сразу.
Еще зависит от типа сайта: 
Если к примеру Вы делаете мультиязычный сервис (особенно мобильный), то лучше делать один вход (удобнее для запоминания): site.com и далее брать язык уже из Accept Language+COOKIES+IP2Country/Town+[USER SELECTED] (выставленный скриптом или пользователем).

Если статьи или новостные ленты — то лучше: site.com/ru (2-й вариант у Вас...)