Как я могу внести изменения в файл библиотеки в папке node_modules?
Вносить правки в сжатую либу - то еще извращение
1) Находишь либу на https://www.npmjs.com/
2) На ее странице находишь ссілку на гитхаб
3) Форкаешь ее в свой аккаунт
4) Вносишь правки и собираешь пакет
5) Ставишь себе в проект либу из своего гитхаба npm install <git-host>:<git-user>/<repo-name>
https://docs.npmjs.com/cli/install
После того как в основной проект приняли твой пул реквест или после того как наигрался, удаляешь либу с гитхаба и ставишь из основного репозитория.
А в есть ли смысл ставить либу из своего Гитхаба если не планируется пул реквест? Её ведь еще и заливать туда придется как-то. Разве не проще пересобрать исходники в отдельном проекте и просто скопировать  результат в ноде модулес своего проекта?