Почему у меня такая большая разница во времени отклика от сервера (postgreSQL Vs MongoDB)?
Столько бреда понаписали в ответах и комментариях...
Проблема здесь исключительно в кривом запросе. Вы выполняете произвольный js код в теле запроса, это всегда будет ОЧЕНЬ медленно.{$where:"this.isDeleted == false"}
Нормальный запрос будет выглядеть так:{isDeleted: false}
Поменяйте и сравните скорость еще раз. Всегда избегайте $where, он используется только для сложной логики, также в таких запросах НЕ используются индексы.
Вот тут неплохо написано https://habrahabr.ru/post/197590/