Обработка get или пост параметров в PHP
if(isset($_GET['param1']) && $_GET['param1'] == 'value1'){
    exec(...);
}

С пост, аналогично только массив $_POST
Получилось немного проще.

$channel=($_GET['channel']);
$command="-".($_GET['command'])."_ch"; 
$level=($_GET['level']);
exec(«noolite -api $command $channel $level»);

Собственно, мне не хватало конструкции ($_GET['channel']).