WebGL с чего начать и как готовить?
Тоже пару лет назад изучал webgl, тоже было интересно (пригодилось один раз по мелочи, но не жалею ). 
Поговаривают что WGL бесполезно изучать по исходникам других приложений и в этом есть доля правды. Хотя исходники пригодятся позже когда будете понимать основы. 
 learningwebgl мне в свое время помог, я выбрал путь изучать именно без библиотек - очень полезный опыт потом можно перенести и на десктопный openGL, хотя версии там более новые. 
рекомендую такой путь. 
идти по этим статьям - начинать именно с рендера треугольников - главное понять суть - как данные из js передать в видюху - как получить доступ к ним из шейдеров.
далее разобраться с матрицей трансформации - векторной арифметикой - посмотреть какие функции для векторов и матриц есть в шейдерном языке. 
разобраться для чего нужны пикселные и вертексные шейдеры. Лично мне в этом плане очень сильно помогло чтение спецификации OpenGL ES 2.0 (гуглите в сети). Когда поймете все эту кухню изнутри - можете выбирать библиотеку для работы с ним, потому что без библиотек работать очень тяжело - много повторяющегося кода (интерфейс очень низкоуровневый), реально писать только чтото очень простое, либо со временем заметите что свой фреймворк/библиотеку делаете. 
В общем тема очень интересная - много всего увлекательного впереди, но изучать нужно реально много всего, параллельно с работой уйдут месяцы. 
С библиотеками же по сути можно получать результат практически сразу - но если вы делаете чтото более менее типовое. 
Надеюсь помог и желаю удачи!
Вы уже и сами написали ответ на свой вопрос. Действительно, сначала основы, для чего изучаем уроки с learningwebgl.com. А дальше идут готовые движки (хотя никто не запрещает писать что-то своё). Скорее всего параллельно придётся освоить какой-либо инструмент 3d-моделирования. Если опыта нет, берите Блендер, по возможностям это просто монстр, а доступен бесплатно.
Отдельно отмечу, что 3D на сайте скоро понадобится многим. Если у вас будет опыт работы в трёхмерных фреймворках и базовые навыки 3D-моделирования, работой на ближайшие годы вы будете обеспечены.