Включил компьютер и удивился, линукс живет своей жизнью?
Вероятно, мышкой в проводнике случайно перетащили папки в подпапку. Переместите обратно.
Создай каталог ~/Desktop
и проверь, чтобы в файле ~/.config/user-dirs.dirs
была строка XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/Desktop"
p.s.
ты походу удалил/переместил каталог Desktop 
и перезагрузил сессию/комп.
из за этого в файле ~/.config/user-dirs.dirs
изменилась переменная окружения на XDG_DESKTOP_DIR="$HOME"
как исправишь - перезапусти сессию (выйди и зайди из акка, ну или просто перезагрузи систему