Тормозит винт на ноуте
А у Вас часом не 7200 об/м диск стоял до этого? 5400 по сравнению с ним, на порядок медленней.
Может диск слишком часто отрубается? То есть: у меня есть диск, который економит енергию, так он отключается в течении 5ти минут, если его ничто не использует.

Дефрагментировать пробывали?