Какие файлы и папки проекта заливать на GitHub?
Вопрос даже не столько про GitHub, сколько про систему контроля версий. Что в нее должно попадать, а что - нет. По идее там должны быть все текстовые файлы, которые мы правим руками, и все, что нужно для сборки проекта. Чтобы можно было себе репозиторий склонировать, нажать кнопочку, и все недостающее собралось.

Если по типам файлов:

Исходники с вашим кодом - однозначно да. Это самое главное.
Все конфиги для сборки - да. Иначе без них проект не собрать. Исключение - какие-то ситуативно-локальные конфиги с ключами, паролями, и всем тем, что не должно попасть к другим людям. Но тогда это нужно описать в доках, что и где должно быть.
Картинки - зависит от. SVG - скорее да, т.к. это текст. Растровые, особенно большие, может быть стоит хранить отдельно. Но это зависит от проекта и соглашений, главное избегать крайностей, чтобы репозиторий с лендингом не весил по пол гигабайта из-за исходников картинок или макетов. И это к любым бинарникам имеет отношение.
node_modules - нет. Зависимости и зависимости зависимостей - это обычно тысячи файлов, которые вы никогда (ну почти никогда) не будете править своими руками. Они могут скачиваться при сборке проекта, в репозитории им делать нечего.
Собранный и минифицированный проект - может быть. Зависит от применения. Обычно это не нужно хранить в системе контроля версий в том смысле, что минифицированные файлы мы все равно получаем при сборке и руками их не правим. Но иногда могут возникать ситуации вроде "хочу использовать репозиторий на GitHub как зеркало для моего NPM пакета" или "хочу захостить что-то на GitHub Pages", или "хочу, чтобы любая домохозяйка могла скопировать мой скрипт в свой бложик на wordpress и не парилась со сборкой", или еще что-то в этом духе. Иными словами, минифицированные файлы могут туда попасть, если вы понимаете, зачем это вам, какую задачу это решит. В общем случае пользы от этого никакой.

Любая ide создаёт файл .gitignore вы же сможете его дополнить