Комментарии в yii2 остаются комментариями как везде? Или несут функционал?
Именно эти комментарии для IDE. Чтобы дополнение работало лучше.
Аннотаций в Yii практически нет. Комментарии читает консольный контроллер help для демонстрации описания команд и, насколько помню, это всё.
В Yii есть таки "волшебные" комментарии, т.е. такие, которые влияют на работу приложения.
Например, "@soap"