Как понять чем занято место на диске выделенного сервера?
Заходите в корень, делаете du -hs *. Смотрите вывод, захотите в каталог, который много, на ваш взгляд, занимает, повторяете команду.

Ещё есть ncdu, она поудобнее, но нужно отдельно ставить.

P.S. - обычно первый подозреваемый садовник логи.
Выполни ncdu /
Дальше действуй по ситуации.