Есть ли отложенный загрузчик набора программ под Linux?
Есть сессии.
Сохранить сессии нужные, выбирать при старте DE.
Во-первых, такое приложение на любом языке, который знаете можно легко написать.
Во-вторых, можно обойтись ярлыками на боковой панели, которые будут запускать ваши наборы приложений из скрипта (на любом языке, здесь bash, наверное, будет проще всего).
Для создания ярлыков удобно использовать alacarte, в графическом режиме всё настраиваете, потом фиксируете ярлык на панели.
P.S. Если для запуска нужно столько времени, что можно приготовить кофе - тут что-то неладное, возможно, стоит задуматься об обновлении железа)