Mac mini тормозит при пользовании браузером, это нормально, как исправить?
это не нормально. да и apfs пока что слоупочит в сравнении с hfs. 
вы б хоть скрин активити монитора показали.
103-104 градуса - это перебор и проц уходит в тротлинг. возможно сам проц доходит, возможно проблема в теплоотводе/охлаждении.
А попробуйте некоторое время не пользоваться гугл хромом (выгрузите хром и посидите на сафари). Я на блюдал уже такую картину у знакомых друзей с ним
Также вот тут идет обсуждение этой проблемы https://discussions.apple.com/thread/5572267 и там указывают на проблему с плагинами