Как правильно изменить CSS шаблона?
Доброго времени суток!
Нужно создать файл по пути templates/имя_шаблона/css/custom.css и поместить в него свои стили в процентах 95 случаев он подключиться и всё будет хорошо, это стандартный функционал joomla.
Если не сработало, можете в комментарии уточнить название вашего шаблона или ссылку на сайт.
В настройках шаблонов обычно есть поле Custom CSS, там и надо переопределять стили, а иначе так и будет перезаписываться. 
Если этого поля нет то придется подключать дополнительный css-файл и писать после каждой строки !important; чтобы перебить стиль изначального шаблона.