Как передавать DNS запись по VPN туннелю site-to-site?
IP - DNS - Static для статических записей. Если роутеры на филиалах выступают днс-ами.
Зависит от того, что у вас на клиентах прописано в dns сервере.
Если это контролируемый вами сервер, то самый простой вариант, сделать статическую запись.
Не хотите статическую запись, можно через dns форвардинг( на mikrotik split dns ). Если прописан какой нибудь 8.8.8.8, то можно его поднять на mikrotik, но в связи с последними движениями по защите dns могут возникнуть разные неожиданные подводные камни.