Есть ли способ синхронизации ssl между несколькими серверами?
Получать на одном, на остальных через rsync подгружать изменения, к примеру.
Единственное, нужно помнить, что в том же letsencrypt сертификаты в папке live - это символьные ссылки, потому rsync нужно как минимум с ключами -L -K запускать.
Я, конечно, не первый раз уже на этой неделе говорю, но! 
Infrastructure as Code: Ansible, Chef, Puppet.