Как сделать лучше?
При удалении элемента массива он устанавливается в undefined, при этом длина массива не меняется.
Для удаления элементов из массива с изменением его длины используйте методы pop, shift, slice, splice.
А зачем нужен массив err вообще?function Fun(){
	var error = false;
	var input = $("#input").val();
	if(input!=0) error = true;
	if(!error) {
		alert('Yes');
	}
}