Настроить информирование о изменении файлов?
думаю хватит одного слова: incron.
«Что делать дальше — и так понятно» — мне вот не очень...:)

Вот на примере моего варнинга — что мол /sbin/ifdown и /sbin/ifup заменены на скрипты. Ну посмотрел я на эти скрипты — вполне себе валидные — есть предположение что так изначально и было при установки системы ( или после установки cPanel/WHM). Опять же «заменить на оригинальные» — для системного администарота это как бы возможно тревиальная задача, а вот мне не очевидно. Или есть простой способ? yum install ifup не подходит :) Или как можно посмотреть какой должен быть ifup для kernel-2.6.32-71.el6.i686?

Но это так, ради беседы…

Контроль целосности — да сижу изучаю Tripwire, incron — в целом что нужно. Запрет на запись — тут сложно, некоторые скрипты все же пишут — но в целом идея понятна, тоже веротяно нужно от веб-сервера запретить писать (хотя как это сделать именно для определенного типа файлов — без проставления прав на нужные файла не понятно пока)