Почему не могу запушить репозиторий в github?
Белым по черному написана причина и предложение к действию.
Большой файл видимо был добавлен в один из новых, ещё не запушенных коммитов. И затем был удалён, но остался в истории.  Неважно, что сейчас в рабочем каталоге. Пушится не рабочий каталог, а ветки репозитория. Это разные сущности.

Просто склейте новые коммиты в один, это решит проблему.
git reset --soft github/master
git commit -с
git push github -all