Bootstrap какой из сервисов для быстрого прототипирования лучший?
pingendo.com
бесплатный, приложения под все ОС, не браузерный
Sublime Text 3 + Gist. 
Онлайн сервисы сильно ограничены в наборе снипетов. Можете посмотреть Webflow например.