Как правильно сделать «начинку» сайта?
angular.js возьмите и лепите, раз уж у вас single page application вырисовывается. И Silex какой на сервер.
Если будете делать на базе какого-то фреймворка/cms/cmf - тогда можете либо с backend начать, либо шаблон для этой системы пилить, если же с нуля пишете - вновь таки либо с backend без какого-либо оформления вообще (судя по AJAX вам всего лишь API нужно предоставить), либо сверстать статическую страницу, и потом менять её части на динамику.
Судя по вопросу с нуля вам писать категорически не рекомендую. Возьмите какую-нибудь систему готовую, начните верстку на нее натягивать.