Как лучше хранить использовать конфиг: из .js или .json?
Если хранить в js - есть соблазн выполнять там какой-то код. Что может привести к тому, что часть логики будет в файле конфигурации...
По ситуации.
Если конфиг 100% статичный, то JSON.
Если внутри конфига надо динамически менять значения, то конечно JS.