С помощью какой программы можно делать карты стран?
Есть туториал, как это делали в википедии
en.wikipedia.org/wiki/Wikipedia:WikiProject_Maps/C...
UPD если руками,  векторная карта в формате SVG легко раскрашивается в программе inkskape, только что проверил (инструмент - редактировать узлы контура и инструмент "заливка")
Это можно делать на d3.js: https://github.com/mbostock/d3/wiki/Geo-Projections