Как ограничить доступ для разработчика в git проекте?
Никак
Определить код в разные репозитории
Только создавать разные модули, но никак не разные папки.
git поддерживает историю проекта целиком, а не отдельной папки. В git вы можете перенести файл из папки в папку, с чем он легко работает. 
gitolite позволяет создавать модули, которые будут выглядеть как папки верхнего уровня, но это будут разные репозитории