Есть ли готовые решения или best practice для организации backup'ов с контролем версии?
Почитайте о bacula
Если нужна оперативная синхронизация - то лучше воспользоваться https://syncthing.net/ или аналогами.
Для резервных копий посоветую rsnapshot rsnapshot.org . Позволяет хранить несколько копий, одинаковые файлы не будут дублироваться за счет жестких ссылок.