Как создать независимую от друг друга копию .exe файла?
Steam.exe проверяет, является ли он копией уже запущенного процесса.
И если является, то сам файл не запускается полностью, а просто передаёт фокус на оригинал, и сразу же завершается.

Это защита от повторного запуска, встроенная в сам файл Steam.exe.

Сделано это, во-первых, для удобства, а во-вторых, - против всяких "хацкеров", которые хотят накрутить себе лайки, вступить в контакт не от своего имени ради мошенничества и т.д. Конечно, всерьёз это никого не останавливает, но палки в колёса ставит и у мелких хулиганов отбивает мотивацию, поэтому их в целом меньше.

Так что для запуска копии Steam.exe понадобится виртуалка. Например, VirtualBox. Вообще нужно будет не только файл скопировать, а полностью установить отдельный Steam на виртуальную систему.
Все зависит от файла. 
Первое это настройки которые внезапно хранятся либо в файловой системе либо в реестре. 
Даже переименованные файлы будут их брать из одного места. 
Второе это механизм повторного запуска. Если приложение видит что запущено, то оно выходит.
В общем методика запуска нескольких экземпляров хорошо подходит для консольных утилит типа ffmpeg