Почему одни экземпляры создаём через new, а другие литерально?
console.log(new Number(1) + new Number(2)); // выводится 3 и typeof полученного значения number
То есть всё в порядке, это то же самое, как если бы мы сделали:
console.log(1 + 2);
Число - это Primitive. У примитивов есть эквивалентные объектные аналоги (кроме null и undefined). Поэтому да, это "то же самое" в каком-то смысле (у примитива нет методов, в отличии от эквивалентного объекта, они не могут быть изменены, и.т.д., но в таких простых расчетах мы не обращаем на это внимания). А штуки вроде упомянутых промисов, дат и что там еще бывает - это будут уже не примитивные типы данных, там такой двойственности уже нет.

В остальном - там есть немного синтаксического сахара, связанного с функциями и объектами. Например Object может быть создан разными способами, хотя фактически они приводят к одному результату, а не как у примитивов и их объектных оберток-аналогов.
console.log(new Number(1) + new Number(2)); // выводится 3 и typeof полученного значения number
То есть всё в порядке, это то же самое, как если бы мы сделали:
console.log(1 + 2);
Число - это Primitive. У примитивов есть эквивалентные объектные аналоги (кроме null и undefined). Поэтому да, это "то же самое" в каком-то смысле (у примитива нет методов, в отличии от эквивалентного объекта, они не могут быть изменены, и.т.д., но в таких простых расчетах мы не обращаем на это внимания). А штуки вроде упомянутых промисов, дат и что там еще бывает - это будут уже не примитивные типы данных, там такой двойственности уже нет.

В остальном - там есть немного синтаксического сахара, связанного с функциями и объектами. Например Object может быть создан разными способами, хотя фактически они приводят к одному результату, а не как у примитивов и их объектных оберток-аналогов.