Как сделать чтобы товары помеченные на удаление не выгружались на сайт?
Легкий способ хотите?
Добавьте реквизит к товару и аналогичное свойство в Битрикс, например INDELETE со значением Y.
На стороне 1с запустить обработку, которая заполнит реквизит - по признаку "ПометкаУдаления".
В Init.php добавляете событие "После добавления элемента" - если содержит заполненное новое свойство - то удалить в Битриксе или деактивировать товар.

Второй способ:
В обработчик ПередВыгрузкой в 1с добавить что-то типа такого
Отказ=Источник.ПометкаУдаления;

Третий способ:
Зайти сюда /bitrix/admin/1c_admin.php?lang=ru
и просто выбрать нужный вариант)

Ведь, если у вас штатный модуль обмена, то в xml должно попадать ПометкаУдаления

Если ничего не получится, то действительно придется воспользоваться услугами специалиста, как тут некоторые советуют как обычно.
Вам надо в настройках обмена с сайтом, в 1с добавить отбор по Номенклатуре у неё есть свойство пометка удаления. Поставьте равно ложь.