Почему число выводится вместе с undefined?
У вас переменная numberOne не инициализирована, из-за чего имеет значение undefined.

В функции addNumber вы к undefined прибавляете строку numberEnter, из-за чего в результате конкатенации получается строка undefined${numberEnter}.

Инициализируйте переменную numberOne, например, присвоив ей значение "", и тогда undefined в Вашем выводе исчезнет.
А что должно выводиться, если переменная numberOne не инициализирована?