Как ускорить работу с массивами?
А что подразумевается под "обработать"?
Выносите тяжелые вычисления в Web Worker. Это позволит распаралелить вычисления.
Можно вынести какую-то логику в модуль webassembly. 
Можно не рисовать в графике 2000 точек. А сделать динамическую точность. Рисовать, скажем 200 точек. В заданном интервале. Пользователь зумит -- изменяется интервал -- увеличивается точность.
Можно не рисовать все графики сразу. Например свойство content-visibility может помочь. 
Или изменить способ отрисовки графиков. 
И ещё очень много вариантов.

Прежде чем задавать такой вопрос, стоит розобраться что именно тормозит и почему. Загрузка сырых данных? Математика? Отрисовка браузером? И уже исходя из этого гуглить как исправить.
логичные ответ
1. улучшить железо
2. обрабатывать запросы на стороне сервера(php/ruby уж точно быстрее) т.к. js работает на стороне клиента, а железо у клиента..