Чем управлять модулями?
Можно забирать модуль не из npm, а напрямую из git репозитория.
А можно и в npm паблишить обновленные версии.
Если вам нужно редактировать модуль прям на месте, луше тогда подключить этот код как git submodule, а не пакет npm. Редактировать прям в node_modules не стоит.
Если изменения нужно вносить часто, сопоставимо с изменениями в самом проекте, тогда это не стоит выносить как отдельный модуль.
А теперь как мне оперативно изменения внести в этот модуль? Прямо в node_modules править (выискивая свой модуль каждый раз в этой огномной простыне), потом прямо оттуда-же пушить изменения, а затем паблишить их?
Можно установить локальный пакет (npm i ../module-folder): в самом проекте (в package.json будет путь к пакету, вместо версии на npmjs) или выделить дев проект-обертку, чтобы в основном проекте каждый раз не свапать этот пакет между локальным и удаленным. Таким обрабом можно с тем же HMR нормально редактировать пакет, без правок в node_modules и публикаций на каждый чих