Методика обновления JavaScript кода через Ajax?
Как вариант:
function change(oldFileName, fileName) {
	// fileName, oldFileName
	var scripts = document.getElementsByTagName('script');
	for (var i = scripts.length; i--;) {
		if (scripts[i] && scripts[i].getAttribute('src')!=null && scripts[i].getAttribute('src').indexOf(oldFileName)!=-1){
			console.log('found!');
			var newScript = document.createElement('script');
			newScript.setAttribute("type","text/javascript");
			newScript.setAttribute("src", fileName);
			scripts[i].parentNode.replaceChild(newScript, scripts[i]);
		}
	}
}


По сути, новый файл просто перекроет старый, как если бы написать в html 
<script type="text/javascript" src="/old.js"></script>
<script type="text/javascript" src="/new.js"></script>

Т.е.
 — функции, присутствующие и в новом и в старом файлах, будут работать по-новому.
 — функции, присутствующие только в старом, останутся
 — функции, присутствующие только в новом, добавятся
Не занимался подобной задачей, но, думаю, если пробовать так, то, в любом случае, неизменяемые функции надо вынести отдельно, а для изменяемых завести отдельный файл/файлы :)