Как составить договор на разработку сайта без закрытия промежуточных актов выполненных работ?
есть ли какая-то практика разработки сайтов без закрытия промежуточных актов, где обе стороны могут максимально обезопасить себя от вышеназванных рисков? - нет, и вы не найдете таких подрядчиков, которые согласятся делать сайт без промежуточных актов, если только это не фирма-однодневка, оформленная на бомжа, которому платят 5000р в месяц за то, что он учредитель и которому плевать на ваши акты, потому что с него все равно ничего не высудишь обратно.
Значит делать в рамках одного договора, а промежуточную оплату проводить как аванс. Но такое возможно только при единовременном авансировании. Если все же нужна этажность, от отдельных заказов не уйти, иначе как будете спорить на счёт исполнения обязательств в полном объеме за определенный этап?
Ну или разбейте на фиктивные этапы, без выполнения которых задачу не решишь: разворачивание опытного участка, ввод в промышленную эксплуатацию, сдача документации.