Как выполненить приложение или командный файл до полной загрузки Windows?
Необходимо выполнить приложение или командный файл до полной загрузки Windows.Это невозможно! Никакое Windows приложение не будет работать до загрузки системы.Такая функция реализована у многих программ для разметки дисковВы неверно понимаете ситуацию - такого рода программы работают в так называемой Windows Preinstallation Environment (WinPe)  это облегченная версия windows которая полностью размещается в памяти, та самая среда которая используется при установке windows.
На ней же базируются многие LiveCD для востановления системы, наборы утилит для обслуживания, и.т.п.
В этой среде можно запускать средства разметки дисков, системные утилиты, средства для работы с сетью, средства удаленного доступа(например тимвьювер), и.т.п.
Тот же Partition Manager может подменять собой стандартную утилиту chkdsk, которая отрабатывает "до полной загрузки". Можете и вы так выкрутится, хоть это и не очень хорошо и скорее всего карается антивирусом.