Как ускорить WordPress+WooCommerce?
Обходится следующим образом.
Добавляется сводная таблица товаров в которой храните id товара и значения параметров по которым производится фильтрация, фильтр и поиск переписываете на поиск по ней.

90 000 товаров 3 500 000 параметров по категории в которой 50к товаров WOFF product Filter отрабатывает 30-40 секунд,  Фильтрация по таблице до полутора секунд
сделайте прослойку ElasticSearch =)  Хотя бы кэш на запросы. 
А так только EXPLAIN поможет понять как сам запрос оптимизировать. Возможно индексы плохие.