Исходные коды каких проектов вы бы посоветовали поизучать начинающему программисту?
Всегда удивлял такой "слишком академический" подход к изучению программирования.
С трудом верится, что автор сперва составит список, а затем будет сосредоточенно и целенаправленно изучать чужие исходники. Разве можно научиться программированию рассматривая чужой код? Нужно писать свой!
Лично я чужие исходники наизучался вдоволь, когда искал на гитхабе кусочки для своих проектов. Чего и Вам советую. Начните делать интересный вам проект. Заходите на гитхаб, ищите по выбранным языками/технологиям проект с "пятью звездами". Пока будете внедрять их в свой проект - наизучаетесь!
приложения на чистом PHP, без фреймворков
фреймворк из коробки, является "приложением на чистом PHP"