Введение в Linux
0. Поиграйтесь с software RAID, LVM и шифрованием
1. Настройте связку веб серверов, допустим nginx apache lighthttp python php ror perl mysql postgres- комбинации на ваш выбор.
2. Создайте баш скрипты для установки всего что выше вы установили
3. Поднимите виртуалку и сделайте ей ДДоС, отразите ДДоС на виртуалке
4. Поднимите почтовый сервер, заспамьте его и отразите атаку

Смените дистрибутив и повторите все этапы до просветления
Когда я только знакомился с linux, читал Федорчука «Введенее в POSIX'ивизм». Довольно таки занимательное чтиво.

P.S. Книга доступна для чтения на linuxcenter.ru/lib/books/posixbook