Как хранить собственные классы в Yii2?
Если в vendor хотите хранить, то упаковывайте все свои классы как расширение и подключайте его через composer.
Если вы используете эти классы только в 1 проекте, то разместите их в любом месте (например, папка Components), настройке неймспейсы и подключайте их в нужных местах приложения.
Не забывайте, что папка vendor находится в gitignore и в git её не будет (а значит и класса вашего там не будет).
Проблема с контроллерами команд решена: не были указаны aliases