Какие есть бесплатные инструменты для сравнения структур бд mysql?
dbForge Studio for MySQL — отличная программа с кучей возможностей, в том числе есть и сравнение схем. Бесплатная.
Можно выдернуть код отсюда: github.com/idler/MMP/blob/master/lib/dbDiff.class.php