Как правильно настроить NS записи для сайта и контроллера домена?
Если ещё не поздно, переименуйте домен в нечто вида "inter.domain.tld". И не стоит выставлять контроллер домена филейной частью в интернет - для удалённых пользователей организуйте VPN.
Если на КД нет веб сервера и не планируется, я решил такую же траблему перенаправлением портов:
netsh interface portproxy add v4tov4 listenaddress=<КД ip> listenport=80 connectaddress= connectport=80
также для 443
ужасный костыль, но работает