Как вернуть свойства объекта к прототипным/стартовым?
Ужас ведь. Давайте начнем с изучения правильного подхода:Паттерны для масштабируемых JavaScript-приложенийИспользование паттернов проектирования в javaScrip...
Упрощенный вариант того, что Вам нужно -var Snake = (function(){
	function Snake(){
			this.body = [];
			this.score = 180;
			this.gameTime = 0;
			this.level = 0;
			this.levelStep = 0;
	}

	return Snake;
})();

var snake = new Snake(); // у этого объекта свойства по умолчанию
...
...
snake = new Snake(); // теперь присваеваем свойству snake новый объект с свойствами по умолчанию