Как смогли загрузить гадость на сайт?
Фтп ...  вордпресс ... уязвимости? Неё сынок! Это фантастика!
Сайт у хостера/VDS? Если да, то слить все логи (даже вроде бы ненужные), собственно сайт (так чтобы меток времени не повредить), удалить все, восстановить бэкап.
- Смотреть логи, выявлять подозрительную активность
- Обязательно обратить внимание, кто владелец мусорных скриптов - это даст информацию о том, под чьими правами они были записаны - ftp, www еще кто-то.
- Возможно сбрутили FTP - это не так сложно, если пользователь угадываемый и пароль несложный
- Возможно нашли ошибку в коде самого сайта или движка (если сайт на движке)