Почему не работает remove?
Потому что у вас новым элементам .remove_theme не назначено событие click.
Т.е. ваш код по созданию события должен находиться в событии click кнопки add:$('#add_theme').click(function() {
        $('<div class="ft_inputs">\n' +
            '<input type="text" placeholder="Name theme"/>\n' + 
            '<textarea rows="5" placeholder="Desription theme"></textarea><div class="remove_theme">Delete</div></div>') . 
            fadeIn('slow').appendTo('.test');

        $('.remove_theme').click(function() {
            $('.ft_inputs').remove(); 
        });
    });
Ну и кстати, кнопка Delete удалит все созданные объекты. Я так понимаю, задумывалось так, чтобы каждая кнопка Delete удаляла только свой родительский элемент? Если да, то копайте в сторону метода parent().
Потому что у вас новым элементам .remove_theme не назначено событие click.
Т.е. ваш код по созданию события должен находиться в событии click кнопки add:$('#add_theme').click(function() {
        $('<div class="ft_inputs">\n' +
            '<input type="text" placeholder="Name theme"/>\n' + 
            '<textarea rows="5" placeholder="Desription theme"></textarea><div class="remove_theme">Delete</div></div>') . 
            fadeIn('slow').appendTo('.test');

        $('.remove_theme').click(function() {
            $('.ft_inputs').remove(); 
        });
    });
Ну и кстати, кнопка Delete удалит все созданные объекты. Я так понимаю, задумывалось так, чтобы каждая кнопка Delete удаляла только свой родительский элемент? Если да, то копайте в сторону метода parent().