Как можно получить патент на разработанный PHP-сайт в РФ в режиме on-line?
Программные продукты не патентоспособны. Почитайте законодательство. Патент можно получить только на изобретение, полезную модель или промышленный образец. ПО не подпадает ни под один из этих пунктов.
Всё зависит от главного вопроса, который вы не задали почему-то: зачем, надо ли вообще?