Несколько раз в сутки зависают все сайты на сервере. Помогает только init 6. В чем может быть проблема?
переустанавливайте сервер с нуля
если вы не знаете как и откуда попал вирус, смысла искать неисправности в работе апача нет, ваша система уже полностью скомпрометирована
Посмотри исходящие соединения, возможно они забиваю коннекты к апачу(netstat -anp|grep tcp|grep apache2)
То что в папке /tmp что-то запускалось, вообще не говорит о том что сервер был взломан(могла быть взломана отдельная CMS или скрипт), смысла переставлять сервер - нет.
Лучше обратиться к шарющим людям(особенно в момент проявления проблемы), такие ошибки быстро фиксятся при достаточном опыте.