Как можно отредактировать hex файл?
Извините, но Ваше решение - это удаление гланд через задний проход. Что мешает Вашей ардуине получать необходимые настройки от компа, использовать их, если необходимо, то сохранять в eeprom?
Hex — обозначение шестнадцатеричной системы счисления (правда же, что не удобно было бы смотреть на 0101010010101010101010011100101010.....)
Это не HEX файл, а простой бинарник, скорее всего, редактировать - BinaryReader & BinaryWriter.