Что лучше Mikrotik или Traffic inspector?
вопрос совершенно беспощаден в своей бессмысленности. 
вы пытаетесь сравнивать теплое с мягким.
Использовать надо то, что умеют админы...
Есть лицензии на вин сервер и трафф инспектор?

Лично мое ИМХО. Использовать на любых сетях винду как шлюз - это идиотизм. ПОэтому я за микротик или ПС на линухе...