Теги header, footer,... и div'ы — есть ли разница?
может быть, поисковики лучше/хуже относятся к таким страницам
Бинго!!! Это и есть основная причина (по факту) :)
Ну и еще в семантически правильном документе легче ориентироваться людям, использующим альтернативные устройства для просмотра сайтов, например, аудиоридеры.
Ну и прочим роботам проще понять вашу страницу.
Как правильно было сказано причина именно в семантичности кода. По факту грубо говоря всю страницу можно сверстать хоть на span если дать им параметр display: block; однако такая верстка не будет удовлетворять семантичности. Поисковики читают сайт по тегам, и если все div блоки для него абсолютно одинаковые то теги header, footer, nav, aside и т.д. дают сразу понять что это за часть страницы (вложенность тегов тоже имеет значение, тот же header можно использовать не только для шапки всего сайта). Более того гугл дает меньший приоритет сайтам сверстаный не семантичным html5, так что это еще и СЕО