Как безопасно хранить цифровые товары интернет-магазина?
Использовать стойкие алгоритмы двунаправленного шифрования. 
У себя использую AES_ENCRYPT(). На счет стойкости не уверен, т.к в этом не очень разбираюсь, но все важные данные, включая хеши паролей пролетают через эту функцию =) Украв БД придется расшифровать AES а уже потом упереться в хеш.
(В вашем случае будет получен доступ к продаваемым аккаунтам) 
Можно до AES через свой велосипед пропустить.
Wrapper (на сервере с DB) между БД и Application-сервером и строго разные хосты.
Вы всегда сможете контролировать запросы и ключи обмена между базой и web-приложением. (а так же политику доступа к порту и т.д.)