Как сохранить число счетчика JS?
используй LocalStorage если нужно что бы число сохранялось на всегда или SessionStorage если только до перезагрузки браузера. И надобность в глобальной переменной отпадет
вот написал для вас:$(function() {
var 
stratDate = new Date('2019-05-09T20:40:00'),                            // Дата начала таймера
delayMinutes = 5,                                                       // количество минут на 1 тик таймера
differenceMinutes = Math.round((new Date() - stratDate) / 1000 / 60),   // Получаем разницу в минутах 
interval = (delayMinutes - (differenceMinutes % delayMinutes)) * 60000, // получаем начальный интервал 
countTik = Math.floor(differenceMinutes / delayMinutes);                // количество прошедших тиков таймера

console.log('прошло:', countTik, 'тиков\nдо следующего тика:', interval, 'ms'); // [не обязательно] вывожу информацию в  консоль

setInterval(function() {
    console.log('прошло:', countTik, 'тиков'); // [не обязательно] вывожу информацию в  консоль
    interval = delayMinutes * 60000;           // Обновляем интервал
}, interval);
});
const date = 1557216578660/1000; // число берешь из нужной тебе даты new Date();
let userDate = new Date(); // это будет обновляться каждый раз по таймеру, например
let count = parseInt((userDate.getTime()/1000 - date)/5); // твой счетчик
localStorage.setItem('count', count); // записываем счетчик в хранилище
далее ставишь setInterval на свои пять секунд и пишешь в него код выше.
ну и потом вытаскиваешь из localStorage 'count' и с ним работаешь.