Как поддерживать порядок в ресурсах у Android проекта?
Для лейаутов использую префиксы activity_*, fragment_*, dialog_*, item_* и т.д. Главное заранее определить все префиксы и строго их придерживаться.
С изображениями сложнее, так как не всегда можно определить префиксы.
Для остальных ресурсов (строки, цвета стили) можно создавать несколько файлов. Например string_dialogs.xml, string_preferences.xml и т.д.
Так как написано в пункте 1 так и делается, то есть пишится префикс для определенного компонента, по-другому никак