Влияет ли количество PCI-E линий, на количество жестких дисков которое я могу подключить?
Ограничены здравым смыслом и наличием отсутствия контроллеров больше 5 устройств на линию (точнее 4, у меня где то лежит с 1 eSATA снаружи и 4 sata внутри, под вопросом осталось, шарится ли этот внешний с одним из внутренних).

Здравый смысл должен говорить что скорости одного канала pci-e может не хватить на большее количество, хотя по уму работать должно.

p.s. usb устройств в комп можно напихать сотнями (по 127 на контроллер, их обычно 2-3 на материнке, или даже в каждый порт), т.е. куча хабов, куча usb-sata контроллеров и куча головняка, ибо все это будет тормозить

p.p.s. папа не майни chia, кровавость слезок будет заоблочной
Нет. Не влияет.
SATA диски подключаются к SATA контроллеру, им вообще не нужны PCI-E линии.