Какая есть альтернатива нативному array_intersect в PHP?
У Вас есть какое-то ограничение в функции, которое даёт выйгрыш. Это нормальное явление.
Я, например, использую свою самописную функцию json_encode с ограничением на мерность массивов. За счёт этого (исключается лишняя проверка is_array) моя самописная функция примерно в 3 раза быстрее нативной.
У вас числовые массивы. Попробуйте с другими типами значений, к примеру, длинными строками.