Что выбрать: Ubuntu 14.04 x64 или CentOS 7 x64?
Конечно это мифы о производительности.
Выбирайте то, с чем привычнее/удобнее работать.
Влияние ОС на производительность с одной и той же файловой системой и ядром стремится к нулю.
Кто вам мешает собраться кастомное ядро или скомпилировать mysql так, как вам кажется лучше?
Что выбрать - яблоко или грушу?
Вопрос звучит именно так, в абсолютном большинстве это дело вкуса и опыта.