Как реализовать управление фоновым приложением через консоль?
Есть несколько вариантов:
1. Через stdin, в linux как правило достучаться к нему можно в /proc/PROCESS_ID/fd/0
2. Слушать в отдельном socket файле
3. Отправлять отдельный сетевой запрос
4. Можно посмотреть в сторону d-bus
...
Нужно в итоге, чтобы работало как, например, у mongoDB - вводишь mongo и консоль переводится на управление приложением.

Ну так там СОВЕРШЕННО не так просто.
есть отдельное приложение монго сервер и есть отдельное приложение монго клиент, которое подключается к серверу по порту. Причем оно подключается даже не к консоли а к сетевому сокету, и можно с другого компа подключаться.

Так и у вас - фоновое приложение слушает сокет, воспринимает команды и выполняет их.