Сталкивался ли кто-нибудь с проблемой перезапуска nginx?
Теги: start-stop-daemon, говно. 
Мы эту проблему решали добавлением kill -9 в конце init-скрипта nginx-а, если он сам не сдохнет за сколько то секунд. 
start-stop-daemon возвращает, что всё ок, но в реальности nginx ещё не закрыл все соединения (и не убил процессы).
Попробуйте поставить версию по свежее из репозиториев непосредственно Nginx.