В unix все действия в gui интерфейсе фактически вызывают какую-то команду консоли?
Нет, не все.
В линуксе, гуишные программы могут в принципе использовать exec консольных команд вместо "API", поскольку удобных консольных команд, которые работают достаточно стабильно из версии в версию, по сравнению с Win много.
Но обычно все-таки используют просто вызов системных функций напрямую - так и быстрее и надежнее.