Как превратить полигон, нарисованный «пером», в выделение?
у меня выделяется вся картинкаНет, у вас выделяется всё за пределами нарисованной области, что хорошо видно на скриншоте. Соответственное, есть простое решение - инвертировать выделение.
В настройках Пера смените "Вычесть переднюю фигуру" на "Исключить перекрывающиеся фигуры" (это универсальный вариант, можно менять по мере необходимости). Тогда выделение не будет инвертироваться.

