Скрол бар считается в media запросе?
Chrome и Safari не учитывают скролбар.
Firefox, Opera иIE учитывают сколбар.
Думаю этот вопрос к разработчикам хрома.
А если хотите используйте какой нибудь плагин и сделайте  минимальная ширина скролла.