Почему после «apt-get upgrade -y» некоторые пакеты не обновляются?
Проверь через apt-mark showhold, может, эти пакеты поставлены на удержание (hold)?
Если так, на это наверняка есть причина.
sudo aptitude safe-upgrade
У меня иногда тоже не обновляются, и я так и не понял почему. Нашел эту комманду и проблем, вроде бы, больше не вижу. Сначала все обновляю через обычную, но если что-то не проходит, то добиваю этой