Как указать разные ssl сертификаты для алиаса домена в nginx.conf?
Для этого придется Alias вынести в отдельную секцию Serverserver {
server_name host1.ru;
listen 123.123.123.123;
listen 123.123.123.123 ssl;
ssl on;
ssl_certificate /path/cert.crt;
ssl_certificate_key /path/cert.key;

location / {
....
}
}

server {
server_name host2.ru;
listen 123.123.123.123;
listen 123.123.123.123 ssl;
ssl on;
ssl_certificate /path/other_cert.crt;
ssl_certificate_key /path/other_cert.key;

location / {
....
}
}
Похожая задача, но алиасы будут без сертификатов. Их тоже надо выносить в отдельную секцию? Сертификат Wildcard.