PHP и Python — как лучше поселить вместе?
Нужен nginx, проксирующий запросы к серверу uWSGI. Все актуальные версии nginx уже имеют в себе модуль для uwsgi, поэтому необходимо просто правильно настроить location'ы
Nginx. В пейтон пусть ходит через uwsgi (или даже fcgi, это уже детали). В php — через fpm. В крайнем случае — apache+mod_php с выгруженными ненужными модулями. 
Если за highload вам гоняться не нужно — то ничего сложного нет, просто в nginx нужно будет правильный конфиг с двумя upstream отдельными описать.