Есть ли разница в производительности PHP при работе с однобайтовой и мультибайтовой кодировками?
Кодировка влияет на производительность примерно так же, как форма лица на аэродинамику бегуна.
Копайте в сторону индексов БД, очень вероятно проблема зарыта где-то там.
Уже лет 10 как, всё должно быть в ютф, если нет каких-то внешних требований. Иначе может резко упасть ваша производительность, а не сервера. Проблемы с разгадыванием и конвертацией кодировок могут добавить несколько дней бесплатаной работы.
Если по теме, то нагрузка может возрасти когда выбирается (и используется!) весь миллион записей с текстовыми полями когда они не нужны, то есть где-то было сделано select * и пхп считывает каждую. Но даже если так, то нагрузка возросла бы всего в 4 раза, или в 5, не помню (по текстовым полям если считать).