Как правильно верстать такой сайт?
Вообще, в 2017-м году, такое принято делать на SVG, конечно.
Но есть еще одно решение, которое имеет право на жизнь пока еще.
Составить карту изображения через Map Area и подсвечивать.
ru.crazysquirrel.ru/tools/generators/map-area
Можно и просто css transform, :affter и ::bofore обойтись и не нужен svg. Можно в один svg все элементы убрать, но вставлять придется inline прямо в старницу и clip-path дублировать в css.