Как удалить пустое значение в select?
Проверяйте данные до того как составите SQL запрос
например,/** 
* вместо isset, можно поставить проверку strlen и/или is_null 
* естественно, в $userValue уже проверенные на валидность данные
*/
if( isset( $userValue ) ) {
   /** выводим данные с указанием условия WHERE*/
    $query = 'SELECT distinct(Generational) FROM proizv WHERE value = '.$userValue;
}
P.S.
Либо сделайте так:SELECT distinct(Generational) FROM proizv WHERE Generational <> '';