Менять ли движок интернет-магазина?
Раз вы судите о сложности доработок со слов программиста, может стоит ваш вопрос ему задать?
Полностью согласен с @evnuh.
Вижу несколько решений ситуации.
1) Пока не слишком поздно, искать другую, более гибкую платформу для электронной коммерции
2) Отдать сайт не программисту, а нормальной студии, (которой можно доверять), грамотно написать ТЗ, и следить за работой.