Какой связкой на MIKROTIK лучше всего объединять филиалы через интернет на главный белый IP?
Я использовал разные варианты. PPTP/IPSec использует TCP для транспорта, L2TP - UDP. Значит L2TP будет более производительным в плане скорости (особенно на симках), но менее надежным относительно потерь информации. OpenVPN и SSTP есть далеко не во всех устройствах.
Для вашего случая я бы использовал L2TP, но если данные внутри будут передаваться без подтверждения доставки и скорость действительно не важна, можно перейти на TCP.
И ещё момент. Раз у вас идёт передача перс-данных, я бы рекомендовал убедиться, что в вашем случае не требуется сертифицированные криптоустройства ака vipnet/континент
Ipip и ipsec