PKI: Почему у пользователя только 2 шаблона сертификата?
ОС на сервере домена какая?
У вас проблемы с правами шаблонов сертификата. Проверяйте доступ Enroll.
А нельзя авторизироваться от имени администратора со смарт-картой, далее в консоли выдачи сертификатов, в личных выбрать — все задачи- дополнительно- зарегистрироваться от имени, выбрать свой сертификат енролмента, указать имя пользователя и выпустить сертификат на смарт карту пользователя? Желательно наличие 2 Кардридеров.