Как определить неиспользуемый код js и css?
Используйте инструмент Coverage в chromium-браузерах.
Я собираю статистику по всем типовым страницам, включая попапы/медиа запросы, затем чищу css на основании её анализа. К сожалению, полностью автоматических корректно отрабатывающих инструментов я не встречал.
Во всех нормальных IDE есть такая фича. Например, в WebStorm