Как увидеть запросы которые блокирует Nginx, список IP?
если у вас nginx - зачем вы смотрите логи апача?
p.s. 403 nginx пишет в error-лог, если я не путаю ничего
В общем решил я на 1ом уровне защиты - Cloudflare - добавить в правила бан всех основных подсетей серверных что знаю и что забанены Nginxoм + назойлевых ботов. По умолчанию у них также стоит блок SYN пакетов и прочего мусора. Но проблема в том что не все домены через Cloud идут, возможно флудили просто на IP адрес, как его защитить в будущем еще не придумал. 
Сам дос до 40мбит подавали , сегодня перестали также резко как и начали. 