Как на чистом JS проще всего организовать модули?
Здесь  довольно подробно все описано и присутствую ссылки для дальнейшего углубления в тему.
Аквино К., Ганди Т. "Front-end. Клиентская разработка для профессионалов. Node.js, ES6, REST." Описаны паттерн модуля типа  "немедленно выполняемого функционального выражения" (IIFE) и паттерн модуля NodeJS. Ну и кроме этого много всего полезного по JavaScript  в целом и frontend в частности.