Много процессов mysql на vds?
Я отвечал на подобный вопрос, когда сам поднимал сайт на хилой впске

habrahabr.ru/qa/15380/#answer_64168
Посмотрите my.cnf — сколько памяти выделено/зарезервировано под Mysql (особенно все параметры *_size). Возьмите дефолтный my-small.cnf. Но это все не отменяет того факта, что сервер БД на 256 мегабайтах памяти — извращение :)