Как вконтакте выводит сообщение когда вкладка не активна?
Это приколюшка — notifications в Google Chrome.
support.google.com/mail/bin/answer.py?hl=ru&answer=1075549

А вкл/выкл — vk.com/im
Внизу есть «Включить/Выключить уведомления»
Так же, как и gmail =)
Но сам контакт так, вроде, не умеет, это больше правда на дополнение похоже (MusicSig?)