Не уходит нагрузка после перезапуска mysql, почему?
А зачем Вы убиваете MySQL? Для сервера базы данных нормально потреблять большую часть памяти на машине (MySQL не использует файловый кэш операционной системы, у него свои буфера). Кстати, возможно, с настройки размеров этих буферов и стоит начать? А также с тюнинга других параметров выбранного движка хранения (надеюсь, у Вас InnoDB?).
Подключаете к MySQL
mysql -u USER -pPASS -P PORT -h HOST
и затем спрашиваете его, чем же он там занят
show processlist