Какой смысл в правах на файл, если cp -f все равно перезаписывает файл?
Потому что это файл этого же пользователя, при cp -f оно сначала удаляет а потом копирует.
Ответ от поддержки Timeweb.

Ключ -f удаляет файл и создает его заново если файл назначения существует и не может быть открыт. Подробнее в man: https://pingvinus.ru/note/cmd-cp