Можно ли создать контейнеры для программ в которых они будут крутится не виртуализацией?
Есть бытовые песочницы, например, Sandboxie. Виртулизируют вызовы IPC, обращения к веткам реестра и к файловой системе (здесь под виртуализацией следует понимать просто перенаправление вызовов к соответствующим ресурсам на некие их заменители, которые лежат совсем не там, где программа думает). Вообще используется для запуска не-доверенных приложений, но возможно, для вашего кейса тоже подойдёт, попробуйте.
Ну и скоро в Win10 появится своя встроенная песочница, так что можно будет там покрутить.
А, ну и касаемо конкретно Яндекс-Диска. Насколько я помню, Я.Диск можно юзать через WebDAV. Винда умеет монтировать Web-DAV ресурсы как сетевые диски. Так что можно разные Я.Диски смонтировать в разные сетевые диски, и использовать одновременно.
Запускать от имени другого пользователя или просто перезайти в ОС под другим пользователем.