Можно ли использовать вконтакте как хранилище файлов для сайта?
Прямые ссылки -- только на изображения. Для музыки, видео и документов -- индивидуальные для каждого IP. 
А вообще даже за такую мысль нужно уже по рукам бить.
Какие еще есть ограничения?
Ограничения, что когда это заметят, файлы тупым образом снесут.