Как выполнить слияние баз 1С?
Слить никак.
Документы перенести между одинаковыми базами запросто.
Используйте штатную обработку Выгрузка и загрузка данных XML 8.3.epf
Еще раз выполнить перенос из облака. На время переноса все учетки пользователей заблокировать.