Какая должна быть структура сайта на bootstrap 3 ?
Это слишком общий вопрос. Подсказки Вам следующие:
1. Если решили использовать фреймворк, то используйте его по максимуму или берите из него только то, что нужно, например, только сетку. Бутстрап это позволяет делать
2. Нет ничего плохого в том, что Вы пишете свои классы. Верстать используя только стандартные классы бутстрап можно, но разве что в админках или веб-приложениях, где дизайн не главное
3. Структура сайта зависит от его направленности и многих других факторов
Сайтов на бустрапе не сущесвует
Структура сайта - это, разве что, дерево проекта в файловой системе
Что бы что-то делать с компьютером нужно хоть как-то сносно читать и писать по-английски. И мне кажется, это врядли получится без умения читать и писать по-русски (для русскоязычного человека, конечно)