Как сравнить и заменить данные в таблице excel?
Задача вполне решаема с помощью PHPExcel
Задача вполне решается через ВПР или ПОИСКПОЗ, достаточно открыть оба документа и при составлении формул данные будут передавать друг другу ссылки при клике по ячейкам/выборе таблицы. 
Можно и средствами PHP, но зачем заколачивать гвоздь отвёрткой?