Что использовать Rapid Storage или железный райд 1?
Уверен, что LSI  может сделать вам два рейда, один raid-0 из ssd, и второй raid1 из жестких.
Если уже есть железка, используйте ее - обычно она лучше заточена, чем то, что в материнках.
 а если мне перебросить SSD которые установленны в Raid 1 на программный рейд 0, .А смысл?
SSD в RAID 0 будут работать не быстрее чем в RAID 1  и медленнее чем один SSD в большинстве случаев.

резервирование делать на железный рейд (raid 1)Какой смысл делать резервирование на  RAID 1? 

на матери Sata3 + прирост от Raid 0.Откуда прирост от RAID? По поводу SATA3 - прирост возможен, если упирается в интерфейс, но надо смотреть что за нагрузка. Если это системный диск - то никакого прироста не будет, а если там будет серьезная линейная нагрузка на диске - возможен заметный прирост скорости.

Вопрос насколько это целесообразно и здраво?Чтобы ответить на этот вопрос надо знать что вы хотите получить в итоге, для чего вообще эта система, какая нагрузка?