CodeIgniter и Unit-тесты. Что использовать?
Если вы не можете сделать моки — то речь вообще не о юнит тестах и обычные фреймворки для юнит тестов вам могут не помочь. Юнит тесты это тесты на отдельные модули — обычно на методы класса в отрыви от внешнего окружения.
Не только от базы данных — а вообще от всех других классов.
И если так подходить к делу — то вам должно быть наплевать на то что юнит тесты чего то там не подтягивают.
Юнит тесты предполагают архитектурную готовность системы и обычно пишутся до кода в рамках TDD.

Если хотите сделать приложение стабильным — в вашем случае нужны behaviour тесты. Просто разворачивайте приложение как будто это делаете на продакшене — и тестируйте все его поведение в целом эмулируя действия пользователя на вебе.
Вопрос был не о том, что делать с бд и прочим, а об уровнях доступа и как получить доступ к тестируемому методу, а точнее ко всем тестируемым методам.

Придумал вот, что: 
Для каждой модели и контроллера, внутри класса делаю метод test, и отдельный хелпер с набором тестов. В этом test просто запускаю все методы соответствующего хелпера (нужно еще подумать будет над синтаксисом), чтоб метод test был минимальным, а все тесты определялись исключительно в хелперах.
Потом, делаю один метод, для site.com/test, который запустит хоть через ajax все test для нужных контроллеров, которые запустят все тесты соответствующих моделей.

В итоге:
1. Открыв страницу я получу результаты всех unit-test-ов.
2. Минимальное влияние на тестируемый код (+1 метод во всех классах)
3. Нет надобности в каких-то дополнительных инструментах.

P. S. Прошу простить, вопрос скорее глупый, чем не глупый.