Как сменить тему одного приложения в elementary os?
запускай приложение предварительно объявив переменную темы
или прописать в файл *.desktop
примерно так:
Exec=env GTK_THEME=Adwaita:dark geany 
не так давно, где то в сети, попадалась статья,  вот первое подобное, что нагуглилось
Посмотрите в настройках приложений, хотя если тему ОС меняет для всех приложений автоматом,то скорее , возможно понадобится вернуть старую тему.