Какую выбрать систему мониторинга?
на этом слайде есть обзор решений для друпала
www.slideshare.net/netnode/drupalmonitorcom-drupal...
Есть всего несколько достойных систем, которые активно используются, разрабатываются и поддерживаются:
Zabbix 
Munin
Zenoss (вроде как поддерживает nagios плагины)
Nagios
Opsview (на базе nagios)
Каждая из систем из коробки предоставляет очень-очень базовую функциональность, руками допиливать придется многое (в данном случае еще и натягивать Drupal). Поэтому сильно заморачиваться на выборе не стоит. Для инфраструктуры типа вашей подойдет любая из перечисленных.
У меня используется Zabbix, кое-где OpsView. Последний по-проще.