Как происходит скачивание файлов в windows?
В настройках торрент клиента как правило указывается папка, куда сохраняется временный файл на время закачки (у Вас видимо на диске С) и папка, куда переносится файл после завершения закачки (у Вас на диске D).
Не должно так быть - торрент качает туда, куда укажете.
Системный диск вероятно другими задачами загружен, смотрите в мониторе ресурсов что именно дает нагрузку на системный диск.