В linux mint поставил телеграм, когда приходят сообщения, он всегда разворачивается на весь экран поверх других окон, очень напрягает, как исправить?
У меня тоже Linux Mint
Просто в настройках уведомлений отключите подсветку окна

verstak2020, в этом то и твоя проблема, что из менеджера!
Версия старая в нём.
Удали:
sudo apt purge telegram
и поставь из бинарника.

Только перед установкой из бинарника, удали ещё и его хвосты репового из домашнего каталога:
sudo rm -Rf ~/.local/share/TelegramDesktop; sudo rm /usr/local/bin/telegram-desktop; rm -f .config/autostart/telegramdesktop.desktop .local/share/applications/telegramdesktop.desktop .local/share/icons/telegram.png

Ставь по моей инструкции Установка Телеги из бинарника