Почему некоторые сайты открываются по 15-20 минут Mikrotik?
Установите правильные значения MTU (скорее всего они сейчас установлены выше реальных) на линке с провайдером и на интерфейсе в локальную сеть + проверьте, не режутся ли пакеты ICMP fragmentation needed.
Я бы начал с того, что обновил прошивку, удалил стандартный конфиг микрота. С нуля настроил лишь минимум (свитч, локальную сеть и нат). Без файрвола и днс (прописать руками на машине). 
Если не зафиксируется, то:
Проверил бы, нет ли двух DHCP-серверов (на микротике и в АД, например, вдруг забыли и нет ли от провайдера dhcp-сервера). Проверил бы трассировку до проблемных сайтов, сравнив с трассировкой нормально работающих сайтов. Настроил бы файрвол с запретом всей LAN, кроме своего компа, выходить в инет (более жесткий вариант - отключил бы все физические свитчи от микротика, оставив прямой кабель до своего компа). Ну а там, уже дальше плясать.