Как сделать выборку записей MySQL без последних трех?
Последние 3 записиSELECT * FROM ... ORDER BY id DESC limit 3
Все записи кроме этих 3хSELECT * FROM ... 
WHERE ID NOT IN (SELECT * FROM ... ORDER BY id DESC limit 3)
Вместо подзапроса можно написать конкретные id.
Вообще это плохой способ, т.к NOT IN не использует индекс.
2й запрос в Вашем конкретном случае лучше написатьSELECT * FROM ... ORDER BY id DESC limit 3, 100000
А зачем? Получаете выборку всех записей, и уже в приложении отбрасываете последние три. IMHO нагрузка на сервер БД будет намного меньше.