Почему периодически зависает mysql сервис?
Вам нужно посмотреть error_log, там написано, что вызвало фатальную ошибку. А также binary_log, чтобы посмотреть, какие инструкции выполнялись перед падением. Они по умолчанию складываются в /var/log/mysql.
либо кончается место, либо свободная память и его убивает системный oomkiller