Стиль написания нативных SQL-запросов?
Если выбирать, то вариант №3:
return DB->fetch_column('SELECT code FROM table ...');

1. Не пойму, в чем может быть плюс here-строки.
2. Почему двойные кавычки вместо апострофов? Вы туда переменные вставляете? Если да, то ваш вариант заведомо ужасен. Используйте хотя бы pdo с плейсхолдерами.
Основная проблема в том, что 2 разработчика с разными восприятием красоты кода работают над одним проектом. И нужно найти общий «знаменатель». В Большей части проекта (если не весь проект) написан по 2-му варианту с запросом в HERE строке — мне режет глаз, а коллега так привык. Не тяну одеяло на себя, но нужно оговорить единый стиль. Хотя, как заметил, Hint — лучше отрефакторить проект с использованием PDO.