Производительность Linux (Debian) Server vs Windows Server?
Да особой разницы не будет.
Если очень переживаете за гуй, поставьте винду без гуя - серверные версии вроде это могут. Живьем правда не видел, но кто тут с виндой много работает, наверняка скажет на что это похоже :)