Как избежать лимитов VK API?
Зачем гадать, когда можно открыть документацию?
https://vk.com/dev/api_requests?f=3.1.%20Частотные...
Чтобы понять, в чём дело, смотрите ответы ВК на каждый запрос – есть ли там поле error. Пишите их в лог, чтобы можно было разобраться пост-фактум.
Чтобы избежать превышения лимитов при наплыве посетителей, не обрабатывайте запросы синхронно, а устройте очередь задач. Поступил запрос от посетителя – создайте задачу и сохраните её в очередь, а серверу ВК ответьте "ок" и больше ничего сейчас не предпринимайте. Другой процесс, постоянно работающий в фоне, пусть берет по одной задаче из очереди, обрабатывает и шлёт ответ пользователю. Пусть учитывает время трёх предыдущих отправленых вызовов к API ВК. И при необходимости, чуть ждёт, прежде, чем выполнять следующий.