Какая топология меша правильная?
1. А это как вам лично удобнее, куда вы собрались это деть и есть ли требования к скрытой геометрии (её отсутствии). Я - адепт культа твердотельного моделирования, в частности CAD и данный вопрос решен однозначно: Деталь - отдельный элемент, он входит в сборку как отдельный компонент. Интерференция при этом недопустима, кроме случаев когда оправдана. Исполнение деталей одним телом допустимо только с целью упрощения. Но это инженерный подход и особенность твердотела, в каркасном же это правило не работает - оно там не нужно. При любом подходе результат будет сходным на самом деле, потому что в любом редакторе есть возможность усечь лишние поверхности до пересечения с другой поверхность, а затем сшить обе по границе в один меш. А можно не сшивать, например, для отработки текстур отдельно по каждому элементу. Причём добиться этого можно несколькими путями - Boolean просто самый простой.
Избегать (а значит следить) надо за наложением полигонов друг на друга. Вот это реально беда. Если у вас два цилиндра одинакового диаметра и вы "вставляете" один в другой, то не делайте так. А пересечение под углом - можно, а иногда позарез надо.
По вопросу совсем мелких деталей вроде крепления прицела.. опять вопрос не к нам. Зависит от задачи. Если вы хотите даже резьбу прорисовывать в отверстиях и думаете что это оправданно, то это ваше право. С другой стороны Bump mapping ещё живой и некоторые вещи вообще в каркасном моделировании рисовать не надо. Как раз всяких рельефных выступов на оружии касается в первую очередь.
2. Честно говоря, я уже даже забыл обоснование, почему их не рекомендуют использовать. Где-то когда слышал в самом начале, когда пользовал Blender, но идея не прижилась.. потому что, как сейчас помню, тут же после этого утверждения было сказано, что без этого обойтись будет нельзя и, мол, стремитесь, но не увлекайтесь. Это в конечном счете решается и по ходу дела последующей правкой конкретного куска. Не заморачивайтесь, вообщем. В конечном счете там всё равно всё треугольники - для однозначного определения положения плоскости в пространстве необходимо и достаточно три точки. =)
Модель должна быть подразделена на элементы, как минимум, на основе различия по материалу и текстуре.