Есть ли программа ,которая дает возможность сделать снимок(скриншоты) файловой системы?
dir /s /b <путь к папке>
Это не оно?
Смотря какая файловая система.
Если речь про NTFS - используйте встроенную утилиту командной строки vssadmin.
Например - vssadmin create shadow /for=<ForVolumeSpec> [/autoretry=<MaxRetryMinutes>]