Как рекурсивно изменить расширения «файлов» в корзине S3?
Рекурсивно нельзя ибо файлов и структуры там нет. Вы можете использовать операции LIST. Придется получать все не верные объекты и перещаливать по новому адресу. Можете ещё поиграться с AWS s3 sync, если операция разовая
Смотрите cюда, выбираете язык программирования и вперед.