Что происходит когда вызываешь Object.apply(this ) в конструкторе «класса»?
Думаю, этот код выдран откуда-то вами, но могу предположить вот что. Есть у вас обычный "класс".var X = function() { }
X.prototype = {}
Инициализировать вы его будете вот так: var x = new X(arg1, arg2, arg3, ...), что не всегда удобно. Можно, например, вот так: var x = make(X, [arg1, arg2, arg3]).
Для этого можно сделать обертку:var make = function(maker, args) {
    var X = function() {
        maker.apply(this, args);
    }
    X.prototype = maker.prototype;
    return new X();
}
По факту - обычное наследование.Чтото.apply(this);
Внутри конструктора класса выполнит конструктор другого класса в контексте текущего.
Что же до Object, то я без понятия, что творится у него внутри.