Стоит ли использовать сетку Bootstrap в каждой вёрстке?
Насколько совместим bootstrap и pixel perfect?
Лучшие CSS Flexbox сетки?
В общем, если не стоит цель поддерживать старье, то используйте flex.
А если поддерживать из микрософтовского добра только Edge, то и css grid.
Bootstrap бы я оставил только для админок или на тот случай, когда дизайнера нет, или он есть, но недостаточно компетентен.
Вы всегда можете увеличить стандартное кол-во колонок с 12, до 24 и более... Тогда таких проблем возникать не должно.