Как объединить два скрипта в один?
В порядке зависимостей.
Сначало код самого плагина, потом код, где вы его используете, как и сказал @zhak55 . Для подобных манипуляций существует ряд приспособлений, например есть плагин для npm, для Grunt, для Gulp и т.п.
Но возвращаясь к вашему случаю, могу сказать так: вам достаточно скопировать код вызова вашего плагина и поместить его в файл после кода, непосредственно, плагина.
Всех благ!