Существует ли js библиотека или plugin для генерации схемы какого-то процесса в виде блоков и соединяющих их линий?
raphaeljs.com 
Там куча всякого вкусного есть. На хабре кстати была статья.
d3js, например, раз и два, но именно вашей задачи готовой не нашёл. Поищите.