CMS для большого Итернет-магазина с синхронизацией с 1с?
Лучше не делать сложный магазин на Modx. 
Выйдет не дешевле, чем тот же Битрикс или CS-Cart. В нагрузку получите зоопарк дополнений, которые обновляются когда захотят или могут быть вовсе заброшены разработчиками.
По Opencart.
Реализовать все перечисленное проблем нет.
Я сам чаще работаю с 2.3, как-то к 3 не привыкну. На 2 конечно же модулей больше, если модуля нет под 3 версию, то его скорее всего просто забросили и саппорта вы потом не дождетесь. А так большая часть популярных модулей есть под все версии OC.