Необходим найти совпадающие участки в двух битовых массивах, как это сделать?
Наибольшая общая подпоследовательность
Прям как вам надо.
Если проблема извлечь битики откуда-то, или как-то их представлять - то язык программирования в студию. Или даже можно отдельный вопрос задать.
UPD: Вот еще точнее: Наибольшая общая подстрока - для случая, когда разрывов в цепочке быть не должно ( Mrrl  правильно заметил, что в подпоследовательности они могут быть).
Думаю, что вам поможет суффиксный массив. Если объединить исходные строки (вставив между ними пробел) и построить для полученной строки суффиксный массив, то ответ будет на одном из переходов индекса из одной строки в другую. Надо только найти (или поддерживать) длину совпадающего фрагмента на переходах.