Как выгрузить изменённый файл с Heroku?
SQLite? Эти подписки уже утеряны. В Хероку данные внутри контейнера хранятся до перезапуска. 
Нужно использовать другие СУБД, предоставляемые как addons.
ну приложением отдавайте этот файл себе