Как обновить сертификат внешнего сервера?
Никак не обновить. Сертификат присылает сам сервер каждый раз.
Вам, похоже, нужно в системе корневые сертификаты обновить.
Возможно, яндекс просрпал сертификат и он кончился, ну в смысле устарел...