Почему переменная 'mongoose' из файла 'script.js' при запуске содержит модель из файла 'schema.js'?
потому что require "исполняет модуль" единожды,
при повторном подключении он возвращает уже загруженный ранее модуль
mongose видимо имеет внутреннюю регистрацию моделей.
Потому что mongoose.model('Bug', bugSchema);.
В дальнейшем схему, зарегистрированную таким образом, можно юзать так:var mongoose = require('mongoose');
var Bug = mongoose.model('Bug');