Как замаскировать смартфон?
К примеру IMEI. Может ли он определиться в вафле?Нет. Но его может использовать какое-то приложение на смарте в качестве идентификатора, если приложение передает данные в открытом виде (моловероятно, но теоретически) - то анализируя трафик его можно извлечь.Желательно ли отключить на время личные симки?
С какой целью? Сим-карты не взаимодействуют с wi-fi сетью.У моего смарта идёт 2 разъёма под сим, значит 2 IMEI?Да. Но на некоторых китайцах они могут быть одинаковыми.А IMEI может передавать в фоне сотам данные даже с отключенными, либо вообще вытащенными симками?
С выключенной передачей ничего не передается. С включенной, когда телефон зарегистрирован в сети - да, периодически при процедуре Location Update передается.Хотя там у меня был Рут, а значит даже после удаления некоторые программы могут самостоятельно за пуститься и обойти фаервол... Или нет?
Ничего не понимаю. Как что-то может запустится после того, как его удалаили? К примеру я знаю что в вафле палятся модель телефона, версия ос и т.д. Может какие-нибудь приложения для изменения этих данных? 
Для кого палятся? Для администратора сети? Для третьего лица, которое мониторит трафик?
Смотрите. Модель смарта берется из мак-адреса. Вы пишете, что его меняете. В заголовке http-запроса браузер передают некоторые данные об ОС. Если нужно их подменять - посмотрите в сторону XPrivacy например.
Да, есть еще не всегда очевидные утечки, но их обсуждать не имеет смысла, пока Вы не сформулируете точнее, от кого и при каких условиях скрывается информацияЗабыл сказать, что так-же необходимо скрыть свое местоположение на время пробывания в зоне вифи.
От кого скрыть? Вы не четко формулируете - корректно ответить не получится.
Совет - выкиньте андроид. Вместо дроида - какая нить убунту, можно заморочиться с BB OS