Влияет ли кол-во таблиц на скорость работы MySQL?
Как насчёт варианта хранить наиболее часто встречающиеся атрибуты в полях, а остальные - в JSON-поле? Явно лучше, чем несколько тысяч таблиц.
да влияет, на куче таблиц  и бд еле ворочается mysql