Как синхронизировать локальный и удаленный репозиторий?
Я надеюсь, коммиты хоть делали-то?
Если да - из текущей папки проекта просто делаете git push.
Если вообще локальная копия без git - клонировать удалённый репозиторий, потом снести содержимое локальной копии кроме, собственно, папки .git и закинуть новые файлы, после чего добавить всё в новый коммит и тот же git push.
на флешке bare repo?
если да, то склонируй его себе локально, потом git remote add github git@github.com:user/project.git и git push github master