Как выложить фласк приложения на github?
нет github pages использует статический хостинг 
вы можете выложить проект на GitHub а потом задеплоить его например на
https://www.heroku.com привязав там свой GitHub  аккаунт.

еще есть
https://www.pythonanywhere.com

смотрите в этом направлении.
Невозможно, GitHub - это не хостинг.