Как переключить запись в файл через inode?
Можно занулить содержимое файла.
Можно послать серверу SIGUSR1, если он умеет его обрабатывать, чтобы тот переоткрыл файлы.
Единожды "отрезолвив" имя файла (путь) в inode, сервер пишет в inode. Можно переименовать файл, а потом пнуть сервер SIGUSR1 или перезапустить.

На будущее - настройте logrotate.
Если просто обнулить файл, то обычный
echo "" > file
если нужно сохранить часть файла, то можно считать кусок из файла и записать в него же
tmp=$(tail -n 1000 file)
echo "$tmp" > file