Как лучше сделать бекап всего vps?
Один из вариантов - это воспользоваться утилитой Mondo Rescue, которая специально создана для резервного копирования и клонирования серверов. Она бесплатная, с открытым исходным кодом, позволяет легко создать полную копию всего Linux сервера в формате ISO на CD, DVD, USB, HDD или NFS. А также позволяет быстро восстановить данную копию на свой сервер. При необходимости можно выбрать восстановление лишь отдельных файлов. Основной плюс данной системы - это простота использования, создать полный бекап сервера можно не прерывая его работу.
Устанавливаете на новом сервере Nginx, mysql и nodejs, бэкапите базу, конф. файлы. переносите на новый сервер.