Как сделать 2 изолированные сети на 2 разных PPPoE интерфейсах?
А в чем собственно проблема?
1. Создаем бридж 1 из 1-5,10 и назначаем с него роуты на PPPoE-eth1
2. Создаем бридж 2 из 6-9 и назначаем с него роуты на PPPoE-sfp
Вот вам и 2 роутера в одной железке. Капсман тоже помойму вяжется на интерфейсы/брижи, управление - тоже роутинг входящего/исходящего трафика.

PS: Но не понимаю зачем городить такую конфигурацию при цене 951го 40$? Если только потом строить маршрутизацию между LANами или резервирование WANов, а две полностью изолированные сети на одной железке - оно то возможно, но нафик нужно.
Я тоже не вижу проблемы, просто все настойки будут повторятся с изменением интерфейсов и адресов
1) Создаете еще один бридж LAN2 и вешаете на него IP 192.168.10.1
2) Создаете второй DHCP-сервер
3) Создаете все те же правила фаервола, только меняете 192.168.88.0 на 192.168.10.0 и PPPoE1 на PPPoE2
4) NAT отдельно для каждой сети с указанием src-address=192.168.88.0/24 и src-address=192.168.10.0/24 соответственно
5) Блокируете трафик между сетями:
/ip route rule
add action=unreachable dst-address=192.168.88.0/24 src-address=192.168.10.0/24
add action=unreachable dst-address=192.168.10.0/24 src-address=192.168.88.0/24
/ip firewall filter
add action=drop chain=forward dst-address=192.168.88.0/24 src-address=192.168.10.0/24
add action=drop chain=forward dst-address=192.168.10.0/24 src-address=192.168.88.0/24