Как избавиться от вредоносного процесса на сервере centOS?
Полная переустановка сервера - 100%
проверяем крон, at, остальные процессы
Полная переустановка желательна, но в принципе вычистить  можно.
rpm -Va 
делали? если нет - сделайте. если есть модифицированные не конфиг файлы, а бинарники или библиотеки - yum reinstall пакета