Как организовать удобное хранилище макетов для отдела дизайна и проектирования интерфейсов?
Для этих целей хорошо подходит dropbox, файлы могут храниться как локально, так и удаленно. 
По поводу структуры, это вопрос личных предпочтений, как вам удобней.
Может использовать Bittorrent Sync