Какие инструменты для ведения документации используете Вы?
Sharepoint Services — бесплатно и достаточно функционально. Есть wiki, библиотеки документов и несколько бесплатных шаблонов к ней от Microsoft.
Попробуйте любую систему документооборота — есть как платные, как бесплатные.
IIS + Sharepoint foundation входят штатно в роли windows 2008r2 и, при наличии C# разработчика — вполне интересный инструмент — я видел шикарные порталы на asp.net, iis…