Сервер с ESXI 6 не видит более 20 USB флешек, в чем проблема?
Это ограничение самого хоста ESXi
You can add up to 20 USB devices to a virtual machine, which is the maximum number of devices supported for a simultaneous connection to one virtual machine. The maximum number of USB devices supported on a single ESXi host for a simultaneous connection to one or more virtual machines is also 20.
про ограничение вам уже сказали, алтернативно используйте USB-hub сетевой и ОС сожрет все оставщие флешки