Как ускорить работу mikrotik?
Один из тех случаев, когда и правда нужно покупать другую железку. Гигабит там, увы, для роли свича. Хотя сама железка хорошая.
По wifi - для начала включите Advanced режим настройки радио, зажмите работу wifi только на протоколы 802.11, поиграйте мощностью передатчика. Затем погуглите маны по настройке радио в MT. Но и для уверенности сразу вскройте устройство и убедитесь в хорошем теплоотводе с чипов - у MT таки бывает проблема с этим.
P.S. Кстати, сейчас, с прошивки 6.29, появилась интересная фича "FastTrack" - возможно, она Вам и пригодится. Посмотрите у них на форуме, forum.mikrotik.com/viewtopic.php?f=21&t=96302 , и посмотрите презентацию (ссылка есть в том же топике, но вынесу отдельно) - www.mikrotik.com/download/share/FastTrack.pdf .
В первую очередь обновите прошику железки. Это тут. Wiki микротика (русская, написано немного), но лучше официальная wiki. Также есть форум.
По сабжу, вероятно у Вас много правил в firewall для обработки. Может длинные цепочки правил.