Как правильно хранить пароли от БД в git репозитории?
Никак не хранить их в git репозитории либо шифровать файлик с кредами в gpg архив по личным ключам + pass. Это пожалуй наиболее универсальный способ. Для любителей ansible есть ansible vault
p.s. Хватит деплоить через git pull.
Dev / test окружение можно свободно в репозитории хранить. Production - обязан быть заигнорен.
Если же репозиторий приватный (на своем сервере) + доступ к проду кому попало не дается, в принципе хранить настройки для него можно и в репозитории