Как делать обновление таблицы раз в секунду?
Не обновляйте поле. Добавьте время с которого бы начали обновлять. Получаете разницу в секундах между текущим и тем которое поставили. Ну и по количеству секунд расчитывайте новое значение. При необходимости сохраняйте, обновляя и время начала отсчёта
а почему бы не сделать это все одним апдейтом?
разве в MySQL не работают подзапросы?UPDATE score sc
  SET score = score + (
                      SELECT card * 3.75 + cardrack * 7.5 + videocardroom * 15
                      FROM auto1 a
                      WHERE a.vk_id = sc.vk_id
                      )
;
PS: кроме того этот апдейт вообще можно из bash скрипта по крону запускать.