Как справедливо распределить доли прибыли и доли владения компанией\стартапом?
Вероятно есть готовые методологии, о которых мы просто не знаем. В условиях отсутствия отработанной методы, полагаю, следует постараться разобраться в том, кто какой вклад вносит в развитие компании.
При оценке можно оперировать несколькими параметрами. Например следующие: участие в разработке концепции финансовое участиедоля финансового участияготовность работать без окладауровень "незаменимости"участие в увеличении прибыли компании (т.е. собственно продажи)..
Попробуйте назначить виртуальные баллы за каждую "ачивку". Общая сумма всех баллов будет составлять 100%, которые после можно разбить на доли соответствующие количеству кофаундеров. 
При таком подходе, я думаю, можно отделить "сотрудников" от "владельцев". 
Если, скажем, дизайнер готов поработать бесплатно на этапе запуска, а потом рубить годами бабло за единоразово выполненный проект, то логичней договориться с ним за ставку.
Владелец (инициатор бизнеса) - 100%, остальные на окладе, меньше обид будет кто сколько денег принес и получил да и избавляться от недобросовестного "партнера" не придется. Не тянет 100% в одно рыло, кредитоваться или искать инвестора (который скорее всего отберет себе контрольный пакет). Поощрять хорошую работу можно премиями или процентом с прибыли, но никак не долями предприятия, хотите делиться со всем миром - делайте ОАО.