Как организовать сервер 1с и SQL?
Ставь на физическую, делай shared memory, ограничивай ms sql по памяти и всё хорошо будет)
1) на хостовую машину Hyperv-server. на виртуальные 1с и sql ?Выгодно в плане удобства  администрирования.
Крайне невыгодно в плане производительности. Если для вас удобство важнее производительности, то вполне нормальный вариант.2) на хостовую машину MS Server 2012R2 и на нее уже сервер 1с и sql ?Максимальная производительность, минимум удобств.