INSERT IGNORE: id растет неравномерно. Как этого избежать?
При insert ignore автоинкрементный id по умолчанию увеличивается в таблицах innodb.
Поправить это можно с помощью параметра  innodb_autoinc_lock_mode но с деградацией производительности.
В целом это не проблема, если Ваш код требует неразрывности id - вы скорее всего что то делаете не так.
Ну и леший с ним, пусть растет. Попытка сделать последовательную нумерацию с контролем отсутствия пропусков создаст бутылочное горлышко.