Как перебрать массив с помощью includes?
arr.flat().includes(3)
Но вообще в данном случае правильнее будет использовать сом:
arr.some((a) => a.includes(3))
// Infinity - определяет сколько уровней вложенности раскрыть, в данном случае до бесконечности.
[[3, 4, 5], [1, 7, 1, [1,2,3]], 1,2,3].flat(Infinity).includes(3); // true