Nginx, как правильно поставить ограничение на виртуальный хост?
Действует  на сервер, сайт или локайшен
client_max_body_size 100M;

Время выполнения. 
fastcgi_read_timeout 300;

nginx.org/ru/docs/http/ngx_http_fastcgi_module.html#

https://www.nginx.com/resources/wiki/start/topics/...  А вот тут показано как можно настроить экземпляр для конкретного хоста. Сможете подсунуть как бинарник так и конфиг.
Можно.
nginx позволяет в блоках своей конфигурации передавать параметры php через fastcgi_param.
Например:
fastcgi_param	PHP_VALUE	"memory_limit = 256M";
fastcgi_param	PHP_VALUE	"max_execution_time = 60";