Как работать с несколькими дисками?
Если база не помещается на один из дисков, то есть несколько вариантов.

Партицирование MyQSL
Raid
LVM

Последние два, без резервирования ненадежны.
Скорее всего у вас копятся исторические данные, которые вполне можно агрегировать и архивировать или переносить на более дешевые носители.
Или, как правильно сказал Sanes - партиционировать.