Как узнать какие модули устанавливались без --save или --dev?
Команда npm ls --depth 0 в конце выдаст ошибки на лишние пакеты$ npm ls --depth 0
...
npm ERR! extraneous: qr-image@3.2.0 .../node_modules/qr-image
Так в package.json же указано dependencies и devDependencies (или я не понял Ваш вопрос)