Зачем нужны корневые сертификаты?
Вся система PKI - она иерархична и построена на доверии. Больше ни на чем. Только на доверии, которое достаточно один раз обмануть, чтобы перестать доверять системе в целом. 

Есть некое множество контор, которые выпускают SSL-сертификаты. Они не самые лучшие и не самые правильные, просто однажды они собрались и решили замутить бизнес. Почему все доверяют им? Да просто потому что до недавнего времени не было поводов их обвинить в мошенничестве - там все в порядке (было) с "внутренней полицией", которая нарушителей выкидывала нафиг с пляжа.
Ну и - самое главное - все доверяют им, потому что их корневые сертификаты размещены в хранилищах корневых сертификатов у Windows и Mozilla (Google использует хранилище Windows). 

И все

Никакой исключительности - просто тупой договорняк размером с мир. Но, поскольку всегда есть возможность поместить в хранилище корневых (кроме как в андроиде, который сразу же начинает визжать "аааа, меня контролирует Большой Брат!") свои собственные сертификаты - эта схема всех устраивала.

Пока ребята не решили выстрелить себе в ногу, прекратив выпуск сертификатов в зонах .ru/.su/.by/.рф просто по политическим мотивам. Их право - частный бизнес - он такой частный бизнес. Но тут все резко как-то вспомнили, что все "мировые удостоверяющие центры" вовсе нифига не мировые, а просто кучка самозванцев.

И будут у нас скоро госСA, госсертификаты, госбраузеры и все прочее в порядке импортозамещения. 

Теперь о том, как проверяется валидность сертификата. А проверяется она очень просто - если сертификат выпущен CA, который находится в списке доверенных - он валидный.

ВСЕ!

Ты можешь развернуть свой CA, поместить его сертификат в хранилище корневых у себя на компе - и все сертификаты, выпущенные им - для тебя - станут валидными. Выпускай хоть для vk.com, хоть для whitehouse.gov. 

И вот именно поэтому все так боятся поместить в хранилище корневых сертификат от какого-нибудь госСA - потому что все сертификаты, выпущенные им система будет считать валидными! Она не делает разницы между сертификатом от Thawte и от "Товарищ Майор Inc." - она примет сертификат и от того, и от того. А  товарищ майор, получив возможность выпускать сертификаты, валидные в Вашей системе, будет выпускать их на ходу и подсовывать их вместо "настоящих", получая доступ к сессионным ключам и таким образом расшифровывая https-трафик (что собственно Fiddler и делает)
На примере наших госсайтов
Есть сайт на котором должно работать шифрование ssl. Но наши не хотят делать нормально, потому что крогом враги, и делают СВОЙ ssl серт, подписывая его СВОИМ центром сертиф.

В итоге при переходе на сайт - браузер будет ругаться, т.к. ssl он видит, но проверить кем выпущен не может, т.к. не публичный центр сертиф его выпустил
Для того чтобы этого не происходило - в систему требуют поставить корневой серт от нашего центра сертификации. После этого браузер перестанет ругаться, т.к. теперь он может отследить этот сертификат сайта(и проверить) до центра сертификации

Почему нельзя устанавливать левые сертификаты от центров(в том числе российские и вообще любые,  мое мнение)
Потому что переходя на сайт того же гугл, сертификат сайта проверяется центром от гугла, и если этот сайт подменит провайдер - Вы об этом узнаете в браузере

Но, если Вы установили левый серти от центра, и он выпустит серт для сайта гугл, а провайдер подменит эту страницу на свою - браузер не будет ругаться, т.к. у него совпадет ssl сертификат сайта с тем, что указано в корневом(от центра серт)...

По такому же принципу делают прокси-серверы во многих компания, ставя свой серт на ПК юзверей. Это позволяет им расшифровать весь трафф, который идет в шифрованном виде. И как следствия - получить и записать информацию - че там на сайте делал пользователь( от чего по идее и защищает ssl , от подмены сайта и перехвата вводимой на нём информации)