Влияет ли обилие установленных программ на работу системы?
Это зависит от программ. Некоторые почти не оставляют следов в системе и не влияют на её работу. Некоторые интегрируются глубоко, но тоже не мешают. А некоторые, как раковая опухоль - болезненный нарост, убивающий организм и метастазирующий во все его отделы. Поэтому ПО надо подбирать аккуратно и стоит избегать излишней интеграции в систему. Лично я очень люблю ПО, которое можно скачать простым архивом и использовать без инсталляции.
т.к. десктопной версии Windows статистики больше, и начинающие айтишники часто использую регклёнеры. На ваш вопрос ответ-Да! 
Мое лично мнение, что нужно ощущать свою рабочую системы, часто использую Ctrl+Shift+Esc.
Ошибки допустимы между ПО и не совместимости. Известные про Антивирусы или драйвера GPU, при установке новых чаще использую чистую установку, прям из мастера установки. 
Возможно отсутствие с портативными. 
Так же есть баг на апаратном уровне, что одно ПО может использовать область памяти другого ПО.
p.s. коррелирую ответ, ничего не сказано что за ОС?