Выбор языка для написания скриптов/простеньких приложений под Linux?
Питон, конечно, если выбирать из этих двух. Он больше подходит для скриптов, у него есть REPL и тд. С# вообще для скрипт не подходит, тем более под линукс.
Если простенькие - то /bin/sh адназначна. И скорость и универсальность. Если немного посложнее - ну, я за Perl обычно в таком случае берусь.