Как работать в git + mysql?
Миграции
Вам правильно ответили - миграции.
Миграции и git репозиторий создают лишь скелет. Содержимое в миграциях не хранится (обычно, может только какие-нибудь тестовые данные). Вы же на храните файлы пользователей (аватарки, видео и т.д) в гите, для таких вещей есть бекап.
Как работают миграции - это по сути набор файлов (шагов), в каждом шаге прописывается, что нужно сделать (создать таблицу\таблицы, обновить, удалить и вставить данные). На каком шаге вы сейчас находитесь (а лучше перечень всех выполненных шагов) хранится в базе, что бы знать, что уже применялось, а что нет.
При работе в команде (даже, если два человека), менять структуру строго через миграции.