PHP Fatal error:  Maximum execution time of 30 seconds exceeded in Unknown on line 0
Могу предположить, что у вас скрипт впадает в рекурсию, залипает, апач начинает феерически форкаться что бы удовлетворить запросы, новые процессы так же залипают, система эпохально теряет ресуры (память и процессорное время), многое забивается в своп, остальные процессы становятся не дееспособными такие как ssh, ftp из-за отсутвия ресурсов. апач так же встает так как fork перестаёт работать. После некоторого времени скрипт убивается апач-форком по max_execution_time, ресурсы возвращается, солнце становится ярче, небо голубее, ssh быстрее. Как-то так. Итого: очень тяжелый скрипт детектед.
Попробуйте set_time_limit(0);. Если не поможет, то это может быть бесконечная рекурсия.