В чем писать конспекты?
Для своих личных целей - блочная тетрадь с красивым и качественным оформлением. Свой почерк - надо уж понимать, иначе совсем дела плохи. Если лекция идет слишком быстро - пишу на черновик, потом выношу нужное в чистовик. 
Если хотите вставлять картинки - ноутбук/компьютер + планшет(сначала будет неудобно, потом привыкните писать) + word или что-либо еще(evernote не пользовался, хватает word'a).
На счет подсветки кода - уверен должны быть плагины для чего либо(MS offie или Open Office, либо что-нибудь в этом духе).
Судя по исходному сообщению, Вам нужен менеджер заметок.
Например, Zim. Он на DokuWiki.
Markdown, кстати, поддерживает вставку рисунков. И подсветка кода там есть (не помню, как в оригинальном, но в pandoc Markdown есть точно).