Как исправить ошибку «Cannot redeclare»?
Вы дважды подключаете этот файл в ходе работы и второй раз объявление функции не удаётся.
Самое простое, обернуть функцию в проверку:
if (!function_exists('site_proto')) {
  function site_proto() {
    ...
  }
}
Спасибо, но то не дало результата

В итоге я применил всё своё внимание
и заметил что в сообщении об ошибке otice: A session had already been started - ignoring session_start() in /var/www/html/project.local/app/controllers/clients.php on line 2

Fatal error: Cannot redeclare site_proto() (previously declared in /var/www/html/project.local/functions.inc.php:45) in /var/www/html/functions.inc.php on line 45

он как раз и указывает второй файл, что на самом деле странно, ведь в корневой каталог /var/www/html/ система не была развернута

но тем не менее там она была, в итоге я удалил всё лишнее, и о чудо оно всё прекрасно заработало.

всем спасибо за внимание и помощь.
всех обнимаю.