Как clr преобразует c# код в компьютерные команды?
Выполняется только машинный код, который IT нагенерил, читая IL.
То есть когда твой код выполняется - все указатели в vtable уже ведут на машинный код.

Последний тезис я не смог расшифровать

если описать метод в самом файле, то все равно тогда jit будет спрашивать о методе у методанных?

Если тебе очень интересно, как работает JIT - посмотри доклады от Егора Богатова.

Ну и ещё есть статьи на хабре.
Грубо говоря, генерируются все структуры классов, таблицы виртуальных методов, однако в vtable, все вызовы методов поначалу ведут на вызов jit, те, при вызове метода, вызывается jit, который компилирует il в код машинный и потом подменяет в vtable ссылку на уже сгенерированный код.