Как реализуется защита государственной тайны?
АРМ и серверы  для работы должны соответствовать сертификации:
https://xn--90ao1ar.xn--p1ai/attestatsiya_fstek/at...
https://77fsb.ru/zashchita-gostayny/attestaciya/arm

Смотрите в этом направлении, ГОСТы там есть.
Очень расплывчатый вопрос. Проверяют и защищают все. Есть конкретные требования, чтоб получить лицензию на обработку ГТ, их и смотрите.