Выбрать строки в первой таблице по условию частоты во второй
Наверное как-то так
SELECT lbt.`discount_card`, COUNT(1) as num
FROM `loy_transaction` as lt 
LEFT JOIN `loy_bonus_transactions` as lbt
ON lt.`id` = lbt.`transaction_id`
GROUP BY lt.`shift_number`, lbt.`discount_card`
HAVING COUNT(1) > 3;
img.leprosorium.com/2193396 мой запрос - фулсайз