Как учить Node.js? Реально ли написать на ней десктоп ( поиграться )?
1. Никакие книги не нужны. ЕСТЬ ЖЕ NPM!!!!
Просто берете и гуглите "node open cd rom" и т.д.
также советую посмотреть на ionic и electron framework.
+
node становится и будет становиться только популярнее, ибо js растет и чего на нем сейчас только не пишут. 
2. Тут нужно сузить вопрос. Проектирование БД, архитектура приложения, конкретная технология/фреймворк?
Да и вообще, просто больше практики. Документации и гайдов полно.
Насколько она развязывает руки разработчику? Ну допустим, влезть в процессы открытые не в node, написать какой нибудь автокликер для десктопа, открыть дисковод хотя бы:)
Все это возможно, отдельные утилиты можно просто написать на C++ и т.п., и вызвать из Node.jsНепосредственно для web'a подскажите хорошую литературу по основам backend'a ( в целом, не зависимо от языка )
Во главу угла ставьте не справочники, а практические задачи, которые необходимо реализовывать постоянно с первого же дня обучения, способы изучения практикуйте разные, включая экспериментально-эвристический, а не только книги, языки используйте любые, а не только Node.js, тогда будете независимы от языка.