Почему я не могу загрузить скетч на Arduino Leonardo?
у пользователя нет доступа к устройству /dev/ttyACM0 
посмотрите какие права на это устройство 
ls -la /dev/ttyACM0
и добавьте пользователя в соответствующую группу. 
у меня под рукой убунты нет, но это может что-то типа usb
Когда среда разработки начнет закачивать двоичный файл в контроллер (режим "Загрузка")
попробуй нажать кнопку "Reset" на плате Arduino Leonardo.
Если я не ошибаюсь, это запустит "Загрузчик" который и организует доступ к памяти контроллера.