Как определить какой сайт создает нагрузку на Unix-сервер?
Если просаживается диск, то с большой долей вероятности это работа с БД, у вас же ютуб не хостится?
Так как БД в большинстве случаев MySQL, то поставьте Percona, там в стате показывается какой юзер какой лоад даёт.
Но я бы для начала смотрел iotop и иже с ними, чтобы локализовать сервис жрущий диск
NewRelic может показать виновника (именно скрипт и запрос). Не уверен, есть ли такое в бесплатной версии, но, чтобы решить проблему, как вариант, можно купить на месяц платный тариф.
Ну или бесплатно можно включить mysql slow query log, и руками потом парсить — не самое приятное времяпрепровождение.