Обязательно ли маршрутизатор должен пропускать через себя весь трафик?
Странный вопрос. Если нужно, чтобы трафик ходил без маршрутизатора - поместите хосты в один сегмент.
включаем голову:
1 - пока клиенты в разных подсетях - трафик тотально через Milrotik. хотите транзит - как минимум сажайте их в одну подсеть. подсети, и тем более vlan - инструменты именно изоляции upd при чем именно внутренней изоляции клиентов друг от друга. зачем вы их изолируете? если затем мучаетесь как дырочку просверлить?
2 - теперь о скорости - у вас на клиентских компах по сколько портов? если по одному гигабайтному - втыкайте их в lan порты D-Link, (но не делайте на нем vlan и dhcp, тогда остальные его настройки не будут важны) + втыкайте lan Milrotik в lan D-Link (так же с клиентской стороны) в итоге D-Link будет работать просто свичем. Milrotik будет раздавать ip и пропускать трафик в инет. локальный трафик будет на гигабите летать транзитом