Как работать с запущенным Node.js приложением через коммандную строку?
Вам нужно сделать два приложения, одно - сервис, второе - CLI, а между ними передавать информацию через один из таких способов: HTTP (самое простое и удобное, но нужно реализовать защиту урлов управления или по секретному ключу или по IP или через аутентификацию), через шину сообщений (от Redis, ZMQ, RabbitMQ и т.д.), через файлы конфигурации (CLI пишет в файлы, а сервис мониторит изменения через fs.watch), через IPC и есть еще куча способов.Есть и второй способ, Вы можете у HTTP сервера своего нодовского сделать еще и встроенный telnet сервер или ssh сервер и подключаться к нему консолью, как я это люблю. Вот тут человек делает нечто подобное: www.davidmclifton.com/2011/07/22/simple-telnet-ser... Есть даже библиотеки уже тут: https://www.npmjs.com/package/ssh или тут: https://github.com/mscdex/ssh2
Берёте и реализуете нужный функционал в формате web-сервиса, потом curl-ом через HTTP...