В ноутбуке стабильно через 1-2 месяца после замены термопасты резко повышаются температуры на половине ядер процессора. С чем может быть связано?
Есть подозрение что когда 
 Понятное дело была заменена термопаста.
вам погнули СО. буквально немного, и этого уже достаточно для неполного и не плотного прилегания плоскости радиатора к кристаллу ЦП 

нанёс большее количество термопасты
это так не работает.  чем тоньше слой тем лучше термообмен

в следуащий раз приложите радиатор без пасты к кристалу и попробуйте заглянуть на просвет. Я в своём нетбуке старом именно так и обнаружил причину перегрева

ЗЫ: И вот эти говна вокруг кристала надо убрать, мазать аккуратно и ТОЛЬКО на кристалл
Скорее всего там изначально была не термопаста, а термопрокладки. Что-то типа  такого . Но нужно знать точную толщину.