Верно ли я понимаю, что обычный сайт на html js и php обернув с помощью phoneGap можно превратить в мобильное приложение?
Да, кроме php. Лучшена сервере использовать nodejs
просто пропустив его через phoneGapВсе так думают... Я бы советовал вначале Вам попробовать сделать Hello world! приложение и ощутить "всю прелесть" инструмента. Вкратце, это не так просто.
И да: PHP - там нет. 
PHP (или иное) - это всё на сервере в интернете должно быть.