Какую базу данных лучше использовать в java?
Если это не встроенная база, то вопрос не имеет смысла. Выбор базы не от языка а от задач зависит.
есть мнение, что для java лучше что-то из связки MySQL или Oracle, чем скажем MS SQL Server, так как продукты также оракловские, но в реальности тут больше зависит от того, с чем вы лично привыкли работать и от кучи прочих условий