Как подключить файл js и не засветить его?
Что бы вы не подключали, на вкладке network это будет видно.
js - это клиентская технология (node не считаем). Если что вам нужно незаметно - то только на бекенде: отправляете ajax - сервер в php отрабатывает - фигачит как надо и возвращает. В принципе так.
А если все же надо на клиенте - обфусцируете js, и предварительно там творите ад - чтобы было кучи зависимостей, подвязок с сторонними скриптами - так вы усложните жизнь. Ну и еще можно как Авито сделать - при включенной консоле творить ад. Но это тоже обходится.