Как быстро включить/отключить прокси в браузерах, skype и т.д.?
Сама настройка хранится в параметре ProxyEnabled раздела HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings. Значение 1 включает прокси-сервер, а значение 0 отключает. В таких случаях проще создать сценарий командной строки для быстрого включения/отключения прокси-сервера. 
Файл iepon. cmd (включение прокси-сервера): 
reg add "HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings" /v ProxyEnable /t REG_DWORD /d 1 /f 
Файл iepoff. cmd (отключение прокси-сервера): 
reg add "HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings" /v ProxyEnable /t REG_DWORD /d 0 /f
Есть специальная утилита от Microsoft, но если в программе настроен прокси вручную, то это не поможет.
C:\WINDOWS\system32>proxycfg.exe /?
Инструмент настройки прокси по умолчанию Microsoft (R) WinHTTP
(C) Корпорация Майкрософт. Все права защищены.
Использование:
    proxycfg -?  : просмотр справки
    proxycfg     : просмотр текущих параметров прокси WinHTTP
    proxycfg [-d] [-p <имя_сервера> [<список_обхода>]]
        -d : установка прямого доступа
        -p : установка прокси-сервера и дополнительного списка обхода
    proxycfg -u  : импортирование параметров прокси из текущих параметров
                   Microsoft Internet Explorer, настроенных вручную (в HKCU)