Как начинающей студии платить ЗП фрилансеру?
Имея опыт работы с фрилансерами могу сказать, скучно вам не будет точно)
Обычно фрилансеры насколько я знаю работают попроектно или позадачно. Т.е. закрыл этап/задачу/проект получил олату. По проценту прибыли решаете только вы. Лично я делаю чтобы и мне было интересно и клиенту и фрилансера толкового можно было нанять (либо сразу закладываю цену знакомого уже мне специалиста). Ну и естественно выгодно искать постоянных исполнителей, т.е. поработали с кем-то, понравился - берете на заметку. Следующую задачу кидаете, и так далее. После нескольких проектов уже можно обсуждать условия постоянного сотрудничества. Работать со случайными людьми каждый раз труднее и почти всегда затратнее.
По оплате думаю более-менее опытные фрилансеры всегда берут предоплату, часто от 30 до 50 процентов, и это нормально. Т.е. будьте финансово готовы что проект еще не закрыт и клиенты не заплатили. а работникам нужна 100% оплата, т.к. их не очень волнует согласование с клиентом, т.к. их этап уже завершен. 
Как вариант еще, искать знакомых разрабов которые будут всегда на связи и в ними легко договориться об оплате по факту сдачи проекта. 
Вообще нюансов масса, с опытом придет понимание как лучше строить процесс работы. Наверняка рано или поздно придете к полноценной студии с офисом, т.к. с управленческой точки это пока наиболее эффективный вариант.
По ходу, тут начался холивар, не относящийся к теме. Прошу вас, уточните, что значит для вас "оплата"? Если вы хотите отчислять официально , то вам придется иметь дело только с ИПшниками, отсекая 80% реально годных парней, которые ИП не имеют, но пашут дай боже. 
Если вы хотите упорядочить самое перечисление денег, то документируйте в проекте, что оплачиваете ТОЛЬКО на карту такого-то банка, ЯД, ВебМани и все. Или сами список составьте. Так вы сможете контролировать деньги, точно знать, что и где было перечислено, не распыляясь на тыщщи сервисов. 
Другими словами вам надо просто централизовать платы так же, как и траты.
И как вы уже поняли вам не помешает совет бухгалтера и юриста.