Что за процесс top, котовый потребляет весь CPU?
троян
ищите откуда пришел, отстреливайте, готовьтесь переставлять сервер.
Но не забудьте пофиксить дыры, через которые он пролез.
А если сайт остановить, то нагрузка упадет или нет?

Если упадет, то, возможно, дыра в версии Битрикса.
Тогда имеет смысл накатить обновление на Битрикс до последней версии и пройтись каким-нибудь антивирем типа айболита. И заодно нагрузку сайта посмотреть, может DDOS какой-нибудь на него идет или просто посетителей много. Может SQL запросы попрофилировать.

Если не упадет, то да, скорее проблема в области системного администрирования, чем веб-программирования.
Здесь спецы по Linux лучше подскажут.