Как сравнить две базы данных?
Посмотрите индексы, присутствуют ли они в обоих в базах.
Еще можно посмотреть статистику по своей schema: www.postgresql.org/docs/9.1/static/monitoring-stats.html
Там видно количество фулсканов, автивность запросов и т.д.
Ну и explain.
Какие базы-то? Формат?
В любом случае без кода не обойтись… но с классическими SQL можно обойтись «малой кровью»