Как лучше поступить с лишними записями в трудовой?
Вы IT специалист? Какая нафиг трудовая?  Никто не будет в неё смотреть при вынесении решения брать вас на работу или нет, смотрят только на ваши знания
Мне интересно кем работают люди, пишущие комментарии аля "Смотрят на ваши знания, а не на трудовую"? Это не более чем домыслы, причем не очень правдивые. В шаражкиной конторе может и не смотрят. Там где вечная текучка и куча работы и надо чтоб хоть кто-то что-то делал тоже может не смотрят. Но там и опыт Ваш не то чтобы нужен, скорее лишние руки. В серьезных организациях еще как смотрят. Им не хочется брать таких специалистов, слишком много мороки с Вами при принятии на работу, чтоб Вы через 2-3 месяца ушли. Даже Ваши знания, будь они хоть супер-пупер тут не помогут, ведь незаменимых как известно нет. 
Я бы посоветовал при возникновении таких вопросов отвечать на них как есть и давать контакты предыдущих работодателей, предварительно с ними договорившись. Чтобы они подтвердили, что вы там не пинали и не слали всё и всех, а просто по счетечению обстоятельств они не могли вас оставить. В идеале еще скажут, что вообще то вы очень даже хороший работник.
p.S не факт, что люди, проводившие собеседования, будут им звонить, но точно учтут что вы готовы к такому повороту и готовы подтвердить свои слова о том, что вашей вины в краткосрочной работе нет.