Почему в командной строке не рекомендуется использовать права root?
> Вопрос возможно глупый, но мне не понятный. Почему крайне не рекомендуется в командной строке работать с учетной записью рута, о вместо этого использовать команду sudo? 
Вы неверно прочитали рекомендацию. Не рекомендуется логиниться на машину от имени рута. То есть пользователь root должен быть заблокирован от возможности логиниться.
В Линукс нельзя сделать несколько пользователей-администраторов, потому что архитектура системы подразумевает, что все системные процессы запускаются от имени пользователя с идентификатором 0, и пользователь с таким идентификатором имеет полный доступ. Поэтому утечка пароля от такого пользователя, особенно если на машине много разных пользователей - чревата сложностями. И пароль к пользователю root постоянно пытаются подобрать скрипткидди.
Поэтому рекомендуется создавать персонального пользователя и настраивать его доступ через команду sudo, таким образом каждый привелигированный пользователь будет логиниться со своим собственным паролем, а при необходимости выполнить админстративное действие пользоваться sudo.
Технически, залогиниться под рутом и выполнить команду, или выполнить команду через sudo (если есть права), практически никак не отличается.
Рекомендация касается исключительно логина под рутом с использованием credentials именно пользователя root.
можно и с правами рута, если аккуратно