Не работает ftp с iptables
Ну и где у Вас в правилах открытый FTP?
Вам надо еще на самом демоне указать пассивные порты, и открыть их на файрволе.
Какой демон?

>В чем может быть проблема? 
В непонимании Вами происходящего.
21 порт это для управления. Данные же ходят по Х порту(-ам). Нужно в настройках своего ftp сервера найти настройку отвечающую за это, задать там эти порты и продырявить их в фаере.

Обычно ftp сервер при работе в пассивном режиме сам случайным образом назначает порт для данных, сообщает его через 21-ый клиенту, в дальнейшем клиент использует его, но запрос этот тормозится фаерволом, поэтому ни чего и не работает.