Какие менеджеры выполнения PHP-скриптов существуют?
Я думаю в вашем случае будет лучше написать shell-скрипт для управления скриптами, ну и создать расписание в cron для его вызова по времени.
Вместо shell-скрипта можно также написать собственный менеджер на том же PHP ориентируясь на функции exec или system.
Нашел интересные варианты:
1. www.rabbitmq.com
https://ru.wikipedia.org/wiki/RabbitMQ
2. gearman.org
habrahabr.ru/post/123451