Кеширование содержимого?
Не нужно ничего сравнивать, это глупая потеря времени, различия не на столько значительны чтоб тратить на это время. Выберите наиболее подходящий по апи/установке и используйте его, в любом случае прирост даст значительный любая система кеширования. А APC будут встраивать в ядро пхп (если еще не сделали этого, давно обещали).
Использую eAccelerator для опкода, а memcached для сложных некритичных данных. Пока хватает, проблем с установкой и использованием не имел.