Как мне правильно изменить объект?
Object.assign(users.find(n => n.id === id), user);

или, если неизвестно, есть ли объект с заданным id:

const u = users.find(n => n.id === id);
if (u) {
  Object.assign(u, user);
} else {
  // добавляем, например
  users.push({ ...user, id });
}
У тебя номер объекта неправильно прописан