Как настроить Bitrix для приёма уведомлений от платежной системы?
Первый вариант. Считаю, что этот вариант самый правильный
Самое простое - заменить подключение <?
require($_SERVER["DOCUMENT_ROOT"]."/bitrix/header.php");
на<?
require($_SERVER["DOCUMENT_ROOT"] . "/bitrix/modules/main/include/prolog_before.php");
В этом случае - ядро будет подключено (соответственно, $APPLICATION будет доступен) , но html-лэйаут не будет выводиться. Второй вариант. 
Перед вызовом компонента сделать$APPLICATION->RestartBuffer();
Это почти как ob_start(), только через Api битрикса. 
В обоих случаях подключать файл с футером не нужно. 
Ну и header('Content-Type: application/json'); вставить не помешает
Вариантов два:
1) костыльный - использовать ob_start() и остальную часть семейства функций для управления выводом
2) читать и разбираться с документацией, должен быть вариант отключать генерацию макета страницы