В чем разница между ПЛИС и микроконтроллером?
Это совсем разные понятия.
ПЛИС - программируемая микросхема, из которой можно сделать, что угодно (и контроллер тоже, ага).
МК - штучка, управляющая другими электронными устройствами (контроллер же).
МК может быть ПЛИСом, но это не обязывает каждый ПЛИС быть МК.
ПЛИС - это набор большого числа логических элементов (И, ИЛИ, НЕ), которые можно соединять между собой произвольным образом. Благодоря этому можно реализовать относительно простую логику работы, но очень быструю. Позволяет запараллелить простые действия.
Микроконтроллер - это процессор + память + внешние интерфейсы. Выполняет последовательность комманд. Из-за этого он более медленный, но логика работы может быть гораздо более сложной.