Как найти и удалить с сайта чужой скрипт?
Первое - ищете файлы с самыми свежими датами. Когда вы последний раз что-то меняли на сайте - вам виднее.
Ищутся такие файлы в Linux простейшим find.
По ним уже разбираете - заражены они или вовсе не ваши и подлежат удалению.
Главная задача у вас - не удалить то, что вам навалили через бэкдор (все эти скрипты и баннеры), а найти сам бэкдор и обезвредить. Иначе завтра же вся эта хрень снова будет на сайте. В идеале - найти, как этот бэкдор появился на сайте вообще. И устранить эту возможность.
Поищите текст из вставок с неизвестных сайтов в файлах проекта