Что лучше для конкретного проекта Yii2 или ModX?
Yii2 оптимальней для кастомного маркетплейса. Вы с правилами валидациями и отношениями замаетесь в Modx.
Думаю в данном случае надо плясать от того, что может разработчик конкретный. Мало работал с Yii2, но уверен, что ваша задача реализуема и на том, и на том.
Тут как с выбором дистриба linux - бери тот, который знает твой ментор.