Вопрос по разделению VLAN?
Если не планируется покупка L3 коммутатора, то да, трафик между VLAN-ами пойдет через микротик.
Что бы минимизировать трафик между вланами, в отдельные вланы стоит выносить то, что не общается между собой.
Например СКУД и видеонаблюдение и телефония. 
Телефония и пользователи иногда не общаются, но не во всех системах. 
Соответственно, не стоит выносить терминалы и сервера в отдельный влан от пользователей.
> канал которым он подключен и сам роутер будут перегруженны?
если суммарный трафик, покидающий все vlan'ы, будет превышать пропускную способность канала до роутера и/или производительность роутера - то будут.
это решается:
- приобретением l3-коммутатора;
- приобретением более мощного роутера;
- добавлением серверов, которые должны быть доступны для каких-либо vlan'ов, в эти vlan'ы.