Как безопасно передавать доступы к сайту новым программистам?
Договор надо заключать, если без договора, то смотреть отзывы, работать через безопасные сделки, если это фриланс. Я конечно, не знаю, что у вас за сайт, но, если у человека куча отзывов + высокий рейт, смысла ему нет портить репутацию. 
А, вообще неплохо использовать какую-нибудь систему контроля версий и не давать доступы к продакшену.  Сторонние разработчики делают изменения, заливают в репозиторий, ваш проверенный человек смотрит, если все ок, то деплоит на продакшен.
Не работать с фрилансерами.
Защититься никак.