Чем нынче защищать C# проект?
Лицензией, как и всегда. Неужели вы думаете, что какие-то там кувырки с кодом защитят его от взлома? Если да, то смотрите в строну риалтайм онлайн сервера подтверждения, как в онлайн играх.
Обфускацией, не идеально, но усложняет анализ кода. В комплекте со студией есть Dotfuscator, в бесплатной версии он довольно скромный, платная более адекватная. А вообще можно почитать это:
https://habr.com/ru/post/97062/