Как научиться разбираться в коде CMS?
Читать код и еще раз читать. Почитайте, что такое Шаблоны проектирования и какие они бывают. В каком порядке работает код, что куда прыгает, какие данные куда в каком виде передаются можно легко отследить в дебагере, Настройте phpstorm + xdebug и вперед.
MVC везде реализован по разному, но основная концепция не меняется. Очень часто во всяких обучалках не достаточно раскрывают, или вообще не раскрывают тему с Routing (маршрутами), хотя это, можно сказать, самое базовое и важное в реализации MVC. Попробуйте написать свой мини движок так, как Вы понимаете, что такое MVC -
 понимание сразу придет.
Вам надо изучить ядро и архитектуру CMS. Понять как и что работает. Изучать построчно с применением необходимых инструментов. 
Если вы вдруг поняли как оно работает, у меня для вас новость: вы больше не будете пользоваться CMS.
Так как вы поймете ужас реализации многолетней клоаки кода.
Скорее всего вы найдете подходящий для себя фереймфорк и станете работать с ним.