Переход из Системного/Бизнес аналитика в Python-девелоперы?
 бесконечная поддержка системы под новые хотелки и приказы гос заказчика уже в изрядно надоела в разработке ты будешь делать ровно тоже самое. Разработчики как раз и занимаются тем, что постоянно допиливают имеющийся код "под новые хотелки" заказчика, не важно - внутренний он или внешний. Это суть работы программиста. Не многие счастливчики пишут код с чистого листа, большинство работает с уже имеющимися продуктами.

Перейдя в разработку твоя нынешняя сфера покажется просто детской забавой, а уровень сложности возрастёт в разы.
1) Стоит ли оставаться системным аналитиком, но переходить в другую компанию? Есть ли перспективы развития, возможно как системный архитектор? Постоянно изучать предметную область и бизнес-процессы системы новой компании для постоянной поддержки нет особого желания.
Если вы перейдёте в продуктовую компанию, то может быть чуть интереснее, тк нужно будет изучать хотелки клиентов и придумывать наиболее универсальное решение.

2) Присмотрел бэкенд разработку на Python. Знания ООП, АИС и архитектуры систем у меня есть, только на JAVA и .NET. C#/.NET в принципе не рассматриваю. Java разработка тоже не интересна, 9 из 10 случаев - поддержка уже существующей enterprice системы, которая уже в печенках сидит. Думаю, изучить Python и вэб разработку в целом не составит особого труда. Стоит ли переходить на должность бэкенд Python разработчика? Пригодится ли мне текущий опыт на этой должности и поможет ли как-то при трудоустройстве? Какие вэб-проекты и какого масштаба сейчас на Python разрабатывают?

Про питон сказать не могу. Но мне кажется, вы слишком предвзяты к Java и C#.
На C# есть вполне интересные и свежие проекты. И язык/платформа за последние 5 лет сильно преобразились.

3) Возможно ли в дальнейшем применить знания СА/БА и Python разработчика вместе на какой-либо должности?
Вполне. Вы сможете общаться с СА/БА на одном языке, и вполне может оказаться, что вы сможете в некоторых случаях предложить более качественный способ решения какой-нибудь задачи.
Ну и раз вы аналитик, то скорее всего, у вас и софт-скиллы более прокачанные, чем у среднего разработчика, что тоже большой плюс.