Что необходимо понимать при реализации криптоалгоритма?
Как минимум почитать эту статью
Стоит 
1) иметь высшее математическое образование (прошу не путать с техническим), 
2) знать все опубликованные на текущий момент методы криптоанализа (например, как минимум все опубликованные на eprint.iacr.org/complete ), 
3) иметь время, знания и возможность проверить их все на неприменимость к Вашему шифру, 
4) опубликовать шифр для широкой общественности (возможно в форме конкурса с призом).
Примерно через 5-7 лет при наличии достаточного количества публикаций от независимых криптоаналитиков к Вашему шифру будут относиться уверенно. И тогда он станет оцениваться уже не по первичному порядку величин (стойкий/нестойкий), а по вторичному :
- быстродействие на мощных ЭВМ
- быстродействие на предельно слабых ЭВМ
- распараллеливаемость
- реализуемость в аппаратном виде