Два разных типа vpn-туннеля в одном микротике?
Реально, хоть десять.
А вот насколько оправданно...
Тут зависит от того что за микротик и какие скорости, не на всех микротиках  l2tp реализован аппаратно, а программно на больших объемах может и не потянуть.
Т.е на микротике можно сделать что угодно, только вот на производительность надо оглядываться.
На одном микротике использую три сервера - openvpn, pptp, L2tp все работает.