Почему файлы открываются программой с сервера?
RemoteApp - это по сути RDP сессия без рамки.
Поэтому любые запуски чего-то ещё из этого приложения будут выполнены на сервере.
надо в вашей обработке передать файл с сервера на клиент и запустить открывашку файла на клиенте