Альтернатива QNX?
Всё зависит от того, что вы понимаете под системой управления, ОС и тем более данной тематикой. 

Если я правильно понял, то требуется некая операционная система для встраиваемой техники с возможностью её модификации? 
Тогда советую посмотреть список RTOS на wiki, где можно выбрать в зависимости от типа процессора и финансовых возможностей.
У нас используется LynxOS.