Организация работы вентиляторов в корпусе?
Общее правило в вакууме: берем холодный воздух спереди и снизу и выдуваем его назад и вверх.
Само собой это без учета особенностей корпуса
Как угодно, надо смотреть по ситуации.
Во первых нужно обеспечить охлаждение перегревающихся компонентов - на процессоре как правило персональный вентилятор - а вот чипсет, HDD,  SSD, видеокарту и прочее - надо думать как охладить и нужно ли это делать. 
Если вентиляторов несколько желательно чтобы они не перебивали друг-друга. Это опять же зависит от размещения.
Следует помнить что теплый воздух поднимается вверх,  и оттуда его удобнее выкидывать.
Если не хочется чтобы компьютер зарос пылью нужно -
1) Поставить на вдувающие вентиляторы фильтр.
2) Добиться чтобы вентиляторы на вдув были более производительны чем на выдув - чтобы в системном блоке было избыточное давление. В таком случае воздух внутрь будет попадать строго через вентиляторы с фильтром и пыль будет оседать на фильтрах, а во всякие щели в корпусе воздух будет только выходить.
Вот один из вариантов -  
Два здоровых тихоходных фронтальных вентилятора работают на вдув на них фильтры, и воздух от них идет через корзины HDD.
БП сверху, вентилятор работает на выдув, тоже тихоходный 
Внутри корпуса - вентилятор на процессоре, и еще один здоровый тихоходный который обдувает чипсет и SSD.