Виновен ли я в самописном движке?
с одной стороны SEO-ник не прав, так как.. ну это очень глупое утверждение
С другой стороны не правы вы были ровно тогда, когда решили потехи ради (удовлетворить свое желание саморазвития) написать вообще все с нуля. Ладно там CMS, но шаблонизатор свой написать в рамках коммерческого проекта - это уже черезчур. Эксперементируйте на здоровье но не в рамках проектов за деньги. Это могут себе позволить только люди которые пару лет проработали с существующими системами и эти самые существующие системы им уже жмут и мешают для выполнения каких-то задач.
То есть притензия SEO-ника возможно была связана с тем что:
 - нет сайтмэпа и нет средств для генерации, а так как это не вордпресс просто поставить плагин не выйдет
 - возможно нет возможности задавать всю эту SEO лабуду вроде метаинформации и т.д.
 - все в таком духе. Любое "допиливание" клиенту теперь обойдется в солидную сумму.
Мораль: эксперементы в свободное время, набирайтесь опыта. Старайтесь использовать готовые решения. Помимо wordpress есть масса небольших и удобных CMS с базовыми штуками которые нужны SEOникам и удобны в допиливании программистами.
Через месяц мне пишет заказчик, якобы он нанял seoшника, а тот сказал, что все сайты должны быть на вордпресс
Мне конечно нравиться вордпресс, но на нем "мир клином не сошелся", кроме него есть много достойных cms и с етих его слов уже виден не профессионализм. cms нужно использовать тогда вы используете минимум 70 - 80% его возможностей. А если, например, нужно просто ленту с новостями, то самопис, если он правильно написан, будет работать раз в 10  вордпресса. Другой вариант это если нужен функционал который нельзя сделать стандартными плагинами, тогда в большинстве случает легче все написать с нуля чем писать свои плагины. 
Конечно если бы Вы использовали вордпресс, то даный проект делали бы не 3 недели, а 3 дня. Но в данном случаи Вы получили гораздо больше чем деньги - опыт.