Где найти курсы по составлению семантического ядра и созданию структуры сайта?
Вам не нужен курс.
Для начала определитесь. Вы что хотите? Самостоятельно все сделать минуя seo специалиста?
Тогда вам желательно иметь 
Кейколектор + Кейассорт (обе платные)
Если ключей мало - можно использовать 
Словодер + Majento Кластеризатор 1.4 (бесплатны обе)

Теперь по вопросам
1) Букварикс используют только для дополнения, а не как основной источник данных. Основной источник - это wordstat.
2) Если вы хотите хранить данные и время от времени их допарсить + добавить - без Кейколектора или Кейассорта не обойтись.
Грани ВЧ-НЧ = если у вас главный ключ примерно 10К показов, то это ВЧ, СЧ будут по 1-5К, НЧ 5-100 по wordstat.

3) Агрегаторы ранжируются не по основным правилам. Проще говоря - Яндекс для своих сервисов сам вбивает нужную позицию и располагает там сайт, даже если он не оптимизирован под эту позицию. Поэтому их и не используют в расчетах.

4) Для этого используют класстеризацию поисковых запросов.
Посмотрите мини-курс по семантике от Ожгибесова Курс молодого бойца