Nginx, странно работает deny all. Что делать?
У обычного префиксного location приоритет ниже, чем у location с регулярным выражением. 

Повысьте приоритет запрещающего правила модификатором ^~:
location ^~ /engine/ {
    deny all;
}
Видимо, добавить запрещающую директиву в другой локейшен - который обрабатывает php-файлы.