Каким способом зашифровать код/часть кода, что бы не смогли декомпилировать?
Никаким. (если что-то действительно стоящее у Вас - утащат в любом варианте)
Варианта 2:
1. Ноу-хау - лежит на Вашем сервере
2. Регистрируйте свою программу и получайте авторское свидетельство и пусть крадут (потом - иск в суд).
Познать прелести шифрования с открытым ключем на получение закрытого которым и получить хитроумный контент и запустить на выполнение в псевдоизолированной области видимости с разнесением на непонятно что и в каких местах выполнение... Но стоит сделать пошаговое выполнение кода и все, что  проходит станет явным и понятным...  
Потому только остается вариант, получение патентов на "ноу-хау" но не только в своей стране но и под другие, что влетит в ту еще копеечку но зато можно в случаи чего пойти в туалет с этим патентом ибо там есть нюансы позволяющие обойти чье то "ноу-хау" и сделать на его базе свое "ноу-хау"