Нужно ли удалять коллекции? И как это правильно сделать?
Сокращать область видимости переменных, а дальше JVM сама обо всём позаботится.
Как правило, не надо - JVM сама почистит память. Но есть случаи, когда коллекции содержат объекты с ресурсами (текстуры, звук), они должны иметь метод типа dispose(). Вот вызвать их надо не забыть.