Чем качественно сравнить два каталога с файлами?
Total Commander: https://www.ghisler.ch/board/viewtopic.php?t=51571
- у автора темы по ссылке - такой же вопрос. 
Кому лень переходить по ссылке - команда cm_CompareDirsWithSubdirs - в TC.
https://www.google.ru/search?q=folder+compare+tool
Лично я таких не видел, но это не значит что их нет...