Зависание при копировании файлов server 2016. Почему?
в железе - вполне возможно, беды вызывают длительные таймауты. но система обычно начинает семафорить что диск умирает. если сектора все таки отрабатывают со многих попыток, то может быть примерно так как вы описываете. виртуальный диск не причем, это просто файл. если физические харды разные проблема может быть на любом - как на источнике, так и на приемнике
но вообще надо начинать с анализа системных логов. в 99% по ним можно вывести точный диагноз
ps - еще монитор ресурсов может сразу показать наличие очередей на дисковые операции по всем физическим и логическим дискам, а так же процессы и файлы в обработке
скрин (колонки во всех секциях кликабельны, по ним можно сортировать)spoiler
Или проблема в железе? 
Подтвердить или опровергнуть этот вариант может помочь Р.тестер (программа проверки дисков)
На графике скорости чтения / времени доступа проблемные места должны быть видны.
Если тестировать желания нет, то для порядка можете хотя бы посмотреть SMART.