Несколько .git, но общая система тикетов и wiki?
Взять и начать вести общую систему тикетов и wiki.

Какую это уже вопрос вкуса.
Никогда не пользовался подобной фичей, но судя по всему, redmine умеет несколько репозиториев на один проект.
www.redmine.org/projects/redmine/repository/revisions/8650
www.redmine.org/issues/779