Как запретить сайт открывать по IP?
А ещё правильнее способ — настроить виртуалхост апача так, чтобы он отвечал только с нужного хостнейма (стоит * вместо домена, наверное). Или в .htaccess сделать 301 Moved Permanently редирект, раз уж проиндексирован.
htaccess или правила nginx