Можно ли использовать единицы измерения rem (root em) вообще для всего в CSS?
Делаю вот так:html, body {
  font-size: 62.5%; // 1rem = 10px и никакой попаболи как с EM
}
И верстаю все только в rem уже более полугода (за исключение тонких бордеров в 2-3px и подобных микро-вещей, которые при снижении font-size для html, body могут выдавать становиться тоньше, чем надо).
Главная фишка - возможность скейлить всю верстку под разные разрешения. Хочется сделать все на 25% больше для мониторов шире 1600px? Просто пишешь:html, body {
  @media (min-width: 1600px) {
    font-size: 78.125%;
  }
}
И вся верстка магическим образом идеально скейлится. Тоже самое касается и понижения, очень удобно в адаптивной верстке.
Недостатки у rem есть, но они безобидные для нормальных людей - ie9+ и баг с небольшой неточностью приема 62.5% в каких-то версиях ie (вроде как в 10), что в общем то не заслуживает внимания.
Можно ли использовать rem для отступов блока друг от друга
Зачем? Значение в rem нужно для гарантированного получение базового размера. Между тем текстовые блоки наследуют размер шрифта, и для этого используются проценты, em.К примеру, задать тегу html размер шрифта в один пиксель и использовать rem - так можно или не нужно и почему?
Ну это за гранью добра и зла:) Указывая размер шрифт в :root (он же html), вы задаёте точку отсчёта для наследования body и всех остальных элементов. Для какой задачи вам вообще может потребоваться базовый размер в 1 пиксель?