Какая SD-карта лучше для Live Boot и замены HDD?
Флешки крайне ненадежные особенно если с них OS будет работать. Время запуска тоже будет разница. 
Лучше взять Zalman-ZM(модель) какой нибудь с небольшим ssd, толку будет намного больше и в сотни раз удобнее. До сих пор пользуюсь ZM-VE200 со стареньким 120гб винтом в нем, крайне удобная штука особенно при наличии e-sata на целевом ПК для очень быстрого перекидывания файлов.
советую для начала попробовать DriveDroid и какой-нибудь небольшой дистрибутив, если скорость устроит тогда есть смысл морочиться дальше. Имел опыт использования CF карты в качестве HDD для системы всё работало. Спустя не один год флешку захотели заменить на SD 10 класса, так вот её скорости категорически нехватает и без танцев с бубном использовать её как HDD не реально, только если в режиме squashfs.