Как происходит общение двух программ через порт USB?
Если никогда не имели дел с USB то можете сразу забыть эту затею впринципе особенно с питоном, драйверов особо не напишите как и железа.
Ваш вариант это банальные USB-RS232 адаптеры коих тонны, единственное ищите те которые "изкоробки" заработают с штатными дровами линукса без шаманств. И можете общаться строками\байтами на любых языках да еще с сотнями тысяч мануалов.
Погуглить на тему HID, например. Там никакие дополнительные драйверы не нужны.