Как для каждого сайта назначить свой PHP.INI или изменить его параметры через NGINX?
В конфиге nginx параметры PHP_VALUE нужно через ; прописывать, а не отдельными вызовами.
Например:fastcgi_param PHP_VALUE "mbstring.func_overload = 2; mbstring.internal_encoding = UTF-8; max_input_vars = 10000; realpath_cache_size = 4096k";
Вам не в сторону nginx смотреть надо, а в сторону php-fpm
Попробую вкратце
nginx работает только со статикой - динамику проксирует
в общем случае на php-fpm иногда на apache (вообще хоть на ISS)
соответственно - делаем несколько инстантсов бекенда на  php-fpm c разными настройками
а в конфигах вхостов нжинкса прописываем нужные инстансы
Вопросы?