Как ускорить выполнение этого скрипта?
Надо в начало этого кода поместить die()
Для начала замените везде $jsonData[$i] на переменную $jsonData_i$jsonData_i = $jsonData[$i] в начале цикла.
Вместо блока кода с $jsonData[$i]['services'][$cnt] сделайте одну строчку$services[$cnt] = [
  'id' => $objService->id,
  'name' => $objService->name,
  'favorite' => $objService->favorite,
  'main_category' => $objService->mainCategory,
  'tags' => $objService->tags,
  'can_read' => $objService->canRead,
  'can_edit' => $objService->canEdit,
  'can_order' => $objService->canOrder
];
И после цикла$jsonData_i['services'] = $services;
Это немного ускорит цикл, но по хорошему нужно прогнать код через profiler, он скажет где именно затыки.
Возможно много времени теряется в функции in_array(), в этом случае additionalCategories нужно сделать ассоциативным массивом.
Просто for цикл вместо foreach тоже должен быть чуть быстрее.