Как выбрать данные из excel если в некоторых ячейках пусто?
Вообще-то я не кодер, но из любопытства загуглил и вижу в этой библиотеке две функции ISNUMBER, ISBLANK - разве не оно?
Скорее всего, вы обходите коллекцию $cells - заполненные ячейки.
А вам надо делать обход коллекции $worksheet - все ячейки страницы

Вот пример из phpspreadsheet
=========================================

$reader = \PhpOffice\PhpSpreadsheet\IOFactory::createReader('Xlsx');
$reader->setReadDataOnly(TRUE);
$spreadsheet = $reader->load("test.xlsx");

$worksheet = $spreadsheet->getActiveSheet();
// Get the highest row and column numbers referenced in the worksheet
$highestRow = $worksheet->getHighestRow(); // e.g. 10
$highestColumn = $worksheet->getHighestColumn(); // e.g 'F'
$highestColumnIndex = \PhpOffice\PhpSpreadsheet\Cell\Coordinate::columnIndexFromString($highestColumn); // e.g. 5

echo '' . $value . '' . PHP_EOL;