Поиск телефона в базе
В базе лучше только цифры хранить. Соответственно при запросе только их regexp'ом и оставляете.

В текущей ситуации, после конвертации номера в цифры придется их еще в свой запрос сконвертировать.
Таким образом пофиг на то, что вбил юзер. Пусть хоть «8 (9 26) 12 3-4-5-6-7-» к вам попадет только 89261234567, а это уже можно превратить в 7 (926) 123-45-67
Есть два варианта.

1. Написать на Javascript валидатор, который будет проверять правильность формата введенных данных и осуществлять на стороне сервера проверку правильности формата перед запросом к БД (от пользователя можете требовать в таком случае любой единый формат, т.е. например: +74901234567 и уже такие номера конвертировать в требуемый формат, в котором они хранятся в базе данных).

2. Как предложили выше, конвертировать различные варианты набора телефона в требуемый формат на стороне клиента или сервера.