Как грамотно сформировать структуру проекта на PHP?
Если хотите написать свою ORM, то возьмите пару уже готовых из каких-нибудь фреймворков, посмотрите как они устроены, возьмите лучшее из них и напишите свою). Еще рекомендую почитать вот эту книжку Фаулера www.williamspublishing.com/Books/5-8459-0579-6.html , главы 3, 9, 10 - там именно то, о чем вы спрашиваете.
https://github.com/tonydspaniard/yiinitializr-basic скачайте, установите, используйте. фреймворк на php.