Как скомпилировать установщик программы вместе с плагинами и ее предустановками?
Любой конструктор установщиков вам подойдет (например, этот).
Просто указываете, какие файлы и по каким путям должны быть распакованы и, в принципе, всё, ничего сложного. Главное, не забыть про записи в реестре, если программа при установке таковые оставляет, то и их через конструктор добавить
Ну в принципе ничего нереального нет.
Вопрос лишь в том насколько это будет сложно, а это уже зависит от ситуации.
Т.е вам нужно разобраться что конкретно нужно программе при установке, и плагинам.
Т.е какие библиотеки зарегистрировать, какие ключи в реестр прописать, возможно какие то сервисы запустить.
Ну и заложить все необходимое в установщик.
Сложности добавляет тот факт что инсталляция потом может производиться на разные машины, и некоторые вещи в разных ОС будут делаться по разному, т.е возможно в инсталляторе придется закладывать логику определения текущей ОС, и корректировки процесса инсталляции в соответствии с этим.