Куда складывать картинки на Линукс сервере, с точки зрения иерархии директорий?
В домашнюю директорию домена. Обычно или в /home заводят пользователя и там хранят или /var/www
Куда хотите. Например у меня в /usr/local/share/xxx лежит... внезапно, порнуха :)