Всегда ли в крупных конторах оговорено использование конкретной IDE?
В "интерпрайз конторах" может быть корпоративный Windows (и пофиг, что ты веб-разработчик для Linux-серверов), корпоративные политики безопасности, тотальный контроль, бюрократия и пр. 
В средних компаниях софт обычно любой необходимый, но либо бесплатный, либо требуется обосновывать покупку лицензии.
В мелких компаниях могут закрыть глаза и на нелицензионный софт.
В любом случае все это лучше уточнить перед устройством на работу.
Ну есть такое понятие как code style в каждой компании оно свое например отступы (пробелы, табы), вид документации функций, модулей и т. д. в принципе если вы сможете настроить свою систему под обще принятые стандарты, то никто не будет возражать.
Есть другой вопрос это лицензионность, иногда при продаже предоставляются лицензии IDE на котором создан программный продукт