Как залить крупный сайт на сервер?
Если на хостинге достаточно места для архивирования, то архивом быстрей. Иначе SCP.
А лучше обратитесь к специалисту. Похоже работа не по вашему профилю.
создайте [хостинг] -> архив зип
скачать [сервер]-> архив зип  (wget'ом)
скачать [сервер]->распаковать
другой способ подразумевает перекачка архива к себе, после закачка туда и, также упаковка-распаковка,
но это медленнее