Как исправить ошибку скрипт bash?
выполните перед запуском скрипта
dos2unix СКРИПТ
уберёт все проблемы которые могут возникнуть при работе со скриптом из под винды

п.с.
точка с запятой(;) это лишнее если вы не выполняете в одной строке несколько команд подряд.
Путь к файлу/директории в котором есть переменная лучше брать в двойные(") кавычки, а то если в переменную вдруг попадёт значение с пробелом то выйдет казус
да и дублирование лучше уменьшить:
echo "Write your domain without http and www:"
read sitedomain
DIR="/var/www/$sitedomain"
sudo mkdir -p "$DIR/public_html"
echo "Hello world" > "$DIR/public_html/index.html"
Ну и на всякий случай лучше указывать абсолютный путь к утилитам, то есть: /bin/echo, /bin/mkdir и т.д.