Выбрать файловую систему?
Зависит от  самих файлов. Если у вас файлы большие то разумнее использовать xfs, если у вас куча мелких файлов, то лучше использовать reiser4, а так ext4, золотая середина
А между чем выбираете, глобально выбор между xfs и ext4 обе надо тюнить