Когда использовать jQuery, а когда просто JS?
Pure JS всегда лучше, особенно под конкретный проект. Вопрос только в том, есть ли у вас такие возможности.
Неразумно использовать JQuery в тех случаях, когда вы используете менее 15-20% функционала, предоставляемого им.
А вообще, если написание кода на JQuery ускорит/улучшит процесс разработки в разы в отличие от чистого JS, почему бы и нет?