Есть проект на Laravel. Как грамотно залить его файлы в Git репозиторий?
Я б вам предложил не заливать Laravel в git. 
Полагаю история началась так: вы скачиваете с git исходный код Laravel. Позже тут же правите app, добаляете контроллеры. Потом с этой же папки подумаете веб-сервер и смотрите результат.
Я вам предлагаю организовать три папки:
 - Папка с исходным кодом Laravel. Клониться с гита. И время от времени git pull. ( это на тот случай, если Laravel нельзя прописать в проектном composer.json)
 - Папка с вашим проектом. Тут собственный .gitignore, никаких кешей, никакого мусора в лице app engine.
 - И магическая третья папка. В неё смотрит веб-сервер. В неё мерджатся файлы из первых двух. Эта папка органично появляется, если веб-сервер поднят на локальной виртуальной машине, или на удаленном сервере.
А удобное подключение нескольких папок в проект можно сделать в PhpStorm и NetBeans(кажется). Ну и автодеплой по Cmd+S.
https://github.com/laravel/laravel/blob/master/.gi... 
У ларавела уже есть гитигнор, если удалили его то верните на место, и спокойненько себе коммитим.