Борьба с порчей папок на флешках
Попробуйте использовать утилиту Autostop.

Это скрипт для защиты от autorun-вирусов. Облегчает жизнь как раз в случаях, когда приходится вставлять флешку в компы, возможно, заражённые такими вирусами. Не знаю, поможет ли в вашем случае, но, по крайней мере, утилита создаёт папку, которая не переименовывается и не удаляется штатными средствами — вы можете складывать информацию в эту папку.

Почитать об Autostop и механизме её работы и скачать можно здесь: mechanicuss.livejournal.com/195192.html
Как предлагал коллега выше отформатировать в ntfs и установить права не только на корень, но и на папки с запретом их удаления для всех.