Кому будут принадлежать права на приложение в app store?
Вопрос заключается в том, может ли гипотетически так случится, что партнёр захочет забрать себе это приложение, учтиывая, что он подписал договор с программистамми на передачу прав кода?
Да. В случае суда - исключительные права на код находятся у вашего партнёра. И вы никак не сможете это оспорить.

Возможно на данном этапе нам нужно с программистом заключить какой-то договор?

Уже никакой не заключить. Обычно подобные договоры заключаются по такому принципу, что автор теряет исключительные права на произведение, и не может ещё кому-то их передать.

Судя по вашим предыдущим вопросам - договор скорее всего заключён с ООО, учредителем которого вы являетесь. Так что в принципе не страшно.
Не с программистом нужен договор - тут, как правильно заметил Василий Банников, поезд ушел. 
А между вами и партнером. 
Оговаривающий вложения каждого (как я понимаю, от него - деньги, от вас - стуль... работа) и соответствующие доли каждого плюс правила разделения прибыли и убытков (которые могут быть очень хитрыми типа "до определенной суммы прибыли, подлежащей распределению, партнер получает, допустим, 90%, а свыше какой-то суммы - 10").
Для такого договора тоже как-то не очень рано, но еще можно (и нужно) это сделать.