Как не выполнять определённый кусок кода при makemigrations?
Вообще-то выглядит как какая-то ошибка проектирования...
Ну да ладно - в качестве решения - добавьте в ваш __init__.py условие, которое не будет запускать ваш процесс, если запустили makemigrations .
К примеру как-то так в __init__.py:import sys

if not 'makemigrations'  in sys.argv:
   ... начинается поток ...
Если я не ошибаюсь то файл __init__.py раньше служил для определения папки, как пространство имён. Он не играет никакой роли.
Для того чтобы Django не фиксировала миграции при команде makemigrations вы можете на время миграции отключить приложение в INSTALLED_APPS.
Если вы не хотите чтобы модель была создана в базе тогда в настройках модели пропишите:class Foo(models.Model):
    .................
    class Meta:
        managed = false
тогда модель не попадет в миграцию