От Backbone к Marrionette?
Модули марионетки устарели. Лучше ими не пользоваться. Берите любое решение: requirejs, commonjs или babeljs с es6-модулями.
Приложение - это только контейнер, у вас может быть их несколько. LayoutView, Region и *View - это наборы сущностей, которые позволяют сделать каскад представлений. LayoutView хранит в себе список регионов, каждый из которых в свою очередь может внутри себя хранить LayoutView или любое другое представление. Вообще, LayoutView это ItemView с примесью Region.
Если у вас достаточно простое приложение, то модули (Marionette.Module) вам может и не к чему. Marionette.Application - по сути тоже модуль, только стартовый. 
Если вам потребуется разработать сложное приложение, и вы захотите разделить его структурно на несколько частей, каждая из которых будет иметь свой роутер и бизнес-логику, то тут Marionette.Module вам и пригодятся.