Почему не выполняется php код внутри js?
1) алерт без пхп выполняется? 
2) Пхп без алерта выполняется?
3) Файл вообще пхп или хтмл?
Что-то в этом вообще смысла особого не вижу. Алертом выводить php данные. Жуть. Ладно, если бы ты еще в переменную js толкал переменную php - это можно было бы понять. (Сам такие грешу иногда =((( ). Здесь же - совсем не понятно.