Что должно быть в git Yii2 проекта?
Тут все индивидуально и сильно зависит от проекта и его структуры, обычно в gitignore добавляют:vendorruntimeweb/assets файлы содержащие доступы(например подключения к базе данных)файлы генерируемые IDE
.gitignore.idea
runtime/*
!runtime/.gitkeep
web/assets/*
!web/assets/.gitkeep
config/common.local.php
То есть исключить 
- папку IDE целиком
- содержимое папок runtime и web/assets, но сами папки (пустые) включить
- пароли и прочие приватные настройки, зависящие от сервера