Как понять суть работы SSL сертификатов?
Есть такое понятие как "центр сертификации". Если вы выпускаете самоподписанный сертификат, то клиент не будет ему доверять, т.к. ваш центр сертификации (ваш сервер, который генерировал сертификат) для него также является не доверенным.  
Как правило в современных ОС (android, mac, win) по умолчанию встроены доверенные сертификаты глобальных центров сертификации (thawte, symantec, google и т.п.) именно у них вы сертификат за деньги и покупаете, в противном случае вашим клиентам придется вручную устанавливать корневой сертификат вашего СЦ в доверенные, что не очень безопасно с точки зрения пользователя.
Ок, т.е. люди платят десятки тысяч рублей чтобы у пользователя не всплывал вопрос "доверяете ли вы этому сайту да\нет?". 
Да, это именно так. Потому как "самоподписанному" сертификату доверять нельзя.
Доверять "самоподписанному" сертификату по сути может только тот, кто его создал) Поэтому для каких-то внутренних нужд использование таких сертификатов приемлемо.