Как вести учет переменных color (цветов) в крупном проекте?
Именовать их функционально, а не по содержимому.
color_header
color_body
и т.д.
Как будто взято из моего проекта. Случаем не sass?
Выше дали много советов. Я не претендую на эксперта, но по моему правильно давать цвету осмысленное имя.
Т.е. вы всё делаете правильно.
А вот дальше, как и сказал GavriKos сделать так, но с небольшими изменениями
псевдокод (лень вспоминать синтаксис)//Цвета
$color_black:#000000;
//Цвет хэдэра
$color_header=$color_black;
Разделите в своем проекте цвета. Они могут быть и константами (по смыслу так и есть т.к. $color_black ну не будет #ffffff )
 Разделите элементы проекта.
Назначьте элементу свой цвет, свой стиль, что угодно.