Как лучше всего строить карты в unity?
Полностью карту в редакторах сделать не получится, все равно часть компонентов и связей надо будет строить в Unity.  Это значит что при внесении изменений и экспорте в редакторе, что то может рухнуть при переимпорте в Unity. 

Более всего удобней переносить модульно, лестницы, дома, бочки и другие пропсы делать в редакторе, потом расставлять в Unity префабами. Если уровень грунтовый, то земля (Terrain) сразу в Unity.
Разница в гибкости. Например дом для своей игры мы строили с помощью блокаута в блендере, перенос в юнити и редактирование с помощью ProBuilder.

Если строит из каких-нибудь кубов, то будет не удобно редактировать. Можно делать как вам удобно. Каждый раз редактировать в блендере .fbx или перенести его в юнити и редактировать из него с помощью ProBuilder