Как исправить тормоза при не большом онлайне (TIME_WAIT)?
Поставьте  nginx перед апачем.
Оптимизировать код . вы вообще какую то фигню посмотрели и фигню написали.
Логично смотреть top логично его привести здесь, логично привести конфигурацию впс наверно это до или аналог за пять баксов