Как собрать все внешние ссылки ведущие на сайт?
В webmaster раздел есть. Но вам все равно нужно со старых ссылок на новые 301 редиректы сделать, чтобы они из индекса не вылетели
Чтобы собрать все возможные внешние ссылки сайта можно сделать следующее:

Скачать архив внешних ссылок в кабинете Вебмастера Яндекса. Минусы: данные редко обновляются, поэтому свежие ссылки можете не получить, но зато будут данные по анкорам внешних ссылок. 
В Google консоли не получите таких подробных данных, как в ЯВебмастере, только список доменов и анкоров по отдельности.
Сервис Ahrefs является мощным сервисом, который сканирует внешние ссылки по миллионам сайтов. Из него тоже желательно взять данные по бэклинкам. Сервис полностью платный, но для нерегулярных и разовых задач нет необходимости покупать тариф. Поможет Ashefs бот, который позволит получить данные по внешним ссылкам сайта за символические 10 руб. за одну сессию с доступом к данным по внешним ссылкам интересующего вас сайта.
