Как обстоят дела с единым протоколом обмена мгновенными сообщениями (аналог email)?
есть протокол email
Нет такого протокола.Почему нет единого протокола, как с email?
Был такой, XMPP назывался. Тут проблема не в протоколе, скорее, а в серверах, где хранятся учётки юзеров.Возможно уже были попытки такое сделать? 
Так XMPP же.Как обстоят с этим дела? 
Он сдох.Почему протокол email не обновился до возможностей мессенджера?
"Почему на грузовики не ставят гоночные двигатели?". Потому что другие задачи.
Вы про жаббер не слыхали?