Форк в Github и регистр символов в Windows
Стоп, верхнее не делайте… Пропробуй так…

git mv file file1
git mv file1 File
(commit)

Возможно этого хватит.
В винде регистр при названии файлов не учитывается (нельзя создать папку или файл с одним и тем же названием но в разном регистре).

Попробуйте так:
1. Переименуйте, добавив в начале "_" (любой символ). Commit
2. Переименуйте обратно в нужном регистре. Commit
3. С помощью git rebase -i HEAD~2 объединяете оба коммита в один (в втором по списку меняете pick на squash)
4. В появившемся окне укажите сообщение для коммита

В итоге получаете нужный вам коммит.