Как выбрать питон, если их установлено 2 версии?
Я бы посоветовал перейти на virtualenv .  К примеру Хотя бы не будете "гадить" в "системной" установке пакетами для разных проектов. Плюс удобнее формировать списки зависимостей для каждого проекта.
Во-первых, вызывать pip того Python'а, в который нужна установка. Например, C:\Python35\Scripts\pip install Django==1.10.3
Во-вторых, выполните C:\Python35\python -m pip install --upgrade pip Ошибка должна уйти.