Возможно ли получить уникальный идентификатор файла?
Полагаю, что если строить свою ИС (инф. сист.) поверх прослойки, работающей посредством FUSE, то все упростится.
В своей нижележащей ФС можно назначать файлам UUID. Файл - это некий объект, с которым может быть ассоциирована такая служебная информация, как имя файла или URI, в общем виде, которые подвержены частым изменениям. Набор таких объектов хранить в некой СУБД (допустим, SQLite).
При монтировании хранилища посредством FUSE в какую-нибудь директорию наружу будут видны как обычные файлы. При изменении имени файла меняется только служебная информация об объекте в хранилище. Хранилище может быть как локальное, так и удаленное. При удалении файла-документа в хранилище можно пометить объект как подлежащий утилизации или же просто удалению. При изменении версии файла-документа меняется содержимое объекта в хранилище. В служебной информации (meta data) можно также хранить хэш от содержимого.
Записывать ИД первой / последней строкой в файл можно конечно, но это такое себе. Можно с таким же успехом просто давать файлам уникальные имена, это не интересно. 
https://habr.com/post/46935/