Несколько копий одной и той же службы с разными конфигами?
Можно сделать несколько конфигурационных файлов службы для systemd и в каждом передавать в параметрах свой конфиг.
Многие службы уже содержат подобный "универсальный" конфигруационный файл, который позволяет из "коробки" запускать несколько экземпляров службы. Например, такой у openvpn, на сколько я помню.
В общем, разбирайтесь с настройкой служб в systemd. Там не то что бы сильно сложно.
Docker, сервисы развешивайте на разных портах конечно