Какие бюрократические движения надо исполнить до начала работы с Upwork?
Как платить будет заказчик - это не ваш вопрос.
Тут Upwork берет все на себя.
Как вы будете правильно выводить деньги с Upwork....
Если все строго по закону - то только на банковский счет.
Сходите в свой банк, обсудите с ним вопрос валютного контроля.
Деньги выводятся не с каждой работы,
их можно копить. 
Но не очень долго. 
Но можно.
При интенсивной работе - вообще никаких маленьких сумм вам опасаться не нужно.б) можно ли легально использовать PayPal и Payoneer в России для расчета с зарубежными заказчиками?
Только в частном порядке.
Для нерегулярных заработков - можно.
Но не более.
более успешной конкуренции с индусами заказчику должно быть удобно мне платить
- это неважно, так как заказчик платит Апворку. 
1) 
ИП, Да Модуль банк либо Точка. Я пользую Модуль Банком. Правда деньги идут не через него. 
На сайте Модуль Банка все расписано достаточно хорошо. Вкратце - готовите договор с Апворком, это 1500 руб на бесплатном тарифе. Далее за каждую входящую транзакцию до 30000 - 300р, и  соответственное если через SWIFT переводите, то платите дополнительно 30$ за саму исходящую транзакцию. 
2)   можно ли  использовать PayPal и Payoneer в России для расчета с зарубежными заказчиками? - да
легально - PayPal вполне, Payoneer - нет
в) при работе с заказчиками из РФ через отечественные биржи какие каналы оплаты следует использовать, чтобы и волокиты меньше, и не встрять в закон об онлайн-кассах?
- Вы не попадаете на закон о онлайн кассах, если человек переводит вам деньги напрямую на счет.  
3. Работа с клиентами
Как и когда я должен объяснить заказчику (сразу в cover letter или позже?), что я принимаю только Swift и что заказчик должен по этому поводу делать?
 - клиент платит картой Upwrokу.  А дальше вы у Upworkа выбираете способ вывода. Кстати сейчас там есть способ вывода в местной валюте. попробуйте попользоваться.