Какой программой можно нормализовать html/css/js код?
Web/PHPStorm хоть и IDE, но ваш код приведет в нормальный вид, причем возможно задать свои правила стиля кода.
Вот хорошая статья для начинающих, как организовать свою систему сборки с любой нормализацией, livereload и кучей других плюшек.