Почему не удается отчистить файл через php?
А почему он должен очищаться, ты только отрываешь его для записи получив дескриптор и тут же закрываешь. 
Можно записать в него пустую строку, с помощью функции fwrite().<?php
$fo = fopen("cookie.txt", "w");
fwrite($fo, "");
fclose($fo);
?>
Или проще file_put_contents('cookie.txt', '');