Как сделать так чтобы два жестких диска не видели друг друга?
Загрузись в каждую винду и убери букву диска с ненужного устройства.
Привязка разделов к буквам хранится в реестре, и обычно буквы автоматом примапливаются при подключении нового устройства, а раз диски у тебя не меняются, то один раз убрав букву, они сами по себе не появятся.

Ну и вряд ли вирус будет лазить и проверять список устройств, чтобы его заразить, так что предполагаю, что этого будет достаточно именно для вирусов.
Пользователи конечно без проблем могут подключать/отключать доступ на ходу.
Есть костыльный способ, перетыкать эти жесткие диски по мере необходимости, но способ чутка запарный (провода эти дергать туда-сюда)
А можно отключить ненужный диск через Диспечер устройств