Как создать сайт который видна тольков организации?
1. yii2+oracle - какое лютое сочетание ))
2. "я следовал каким то инструкциям" - это мягко говоря не полное описание.
выкладывайте что именно делали, выкладывайте конфиги итд.
3. что бы сайт был доступен извне - его надо или прописать в каком то dns (что правильно), или руками на каждом pc (что не правильно), 
4. не забывайте делать nginx reload при внесении изменений в конфиги. но вообще см п2
а что Вам не устраивает файл host Ваш ip 000.000.000.000 mycompany.com
Заходить можно с чего угодно, mac windows, адрес организации и ip знать будите только вы.
если  джинс + апач, прокси прописан?