Как сделать разные robots.txt для сайтов ссылающихся на одну папку?
Попробуйте через RewriteRule и имя домена.
интересует решение для apache

Ну можно так попробовать


ServerName site1.xxx.ru
…
Alias /robots.txt /var/www//robots1.txt
…



ServerName site2.xxx.ru
…
Alias /robots.txt /var/www//robots2.txt
…