Можно ли сделать так, что бы на сайт можно было зайти только по openvpn?
Биндишь порты на внутренний интерфейс и всё.
Если впн сервер на этом же сервере что и сайт .То клиенту присваивается еще и локальний ip. Вот локалкой и можно ограничить доступ к сайту если я правильно понял вопрос.