Разграничение прав на сервере?
Вам надо создать отдельный пул для каждого хоста. Каждый пул лежит в отдельном файлике в /etc/php5/fpm/pool.d, в этом файлике прописывается пользователь и группа, от которых запускаются скрипты.
Например, так:

[site.ru]
user = site.ru
group = site.ru

Прямо в конфиге хоста в pool.d.