Стоит ли встраивать js и css в тело страницы?
Эта рекомендация актуальна только для стилей "critical view" или первого загружаемого экрана. 
Как результат пользователь видит отрисовку первого экрана немного быстрее.
Что касается CSS.
Можно разделить код CSS на две части: первая небольшая часть для того, чтобы сайт выглядел пристойно, вторая - чтобы выглядел идеально.
Первый блок встраивается в HTML, а второй загружается из файла.
Можно поставить куку и при её наличии в текст HTML стили не подключать, а использовать только подключаемый файл. Или делать такое деление только на посадочных страницах, а на более сложных внутренних не заморачиваться.
Насчёт JS принцип тот же. Первый блок встраивается в HTML чтобы сайт не ломался, пока загружается основной JS, но тут так просто не поделишь. Я бы порекомендовал сайт изначально делать так, чтобы он не ломался, пока сценарии JS не загрузились.
Это называется progressive enhancement. В целом это даёт более высокий рейтинг от google pagespeed insights и радует посетителей.
Не забудь выставить заголовки для кэширования CSS и JS в браузере.