В phpstorm можно сделать так, чтоб открытые файлы с разных проектов не открывались все в одном окне, а как то в зависимости от открытого проекта?
Открывай каждый проект в новом окне.
В прямом смысле открывать проекты в разных окнах. Я тулбоксом пользовался и помню что всегда когда из него открываешь проект то он в новом окне полноценно запускался. У меня мак, не знаю играет ли это роль