Как лучше организовать доступ к файлам (FTP, SMB или RDP)?
При условии добавления клиенских ПК в домен, вариант с корректно расшаренными папками на сервере (с корректно установленными разрешениями) на мой взгляд предпочтительнее.
При расширенных требованиях к безопастности дополнительно неплохо внедрить EFS и смарт-карты.
Расшаривание папок конечно. Создай группы безопасности для каждой папки. Можно еще внедрить EFS и Bitlocker.  RDP чисто для общих папок как-то не серьезно, если только эти пять компьютеров не в одном локальной сети с сервером.