Слетели NTFS ACL?
для массовой работы с правами есть утилиты командной строки cacls и icacls. если встроенной в них "массовости" (способности к охвату того объёма файловой структуры, который вас интересует) недостаточно - в помощь скрипты и инструменты работы с деревом файловой системы windows (тут я вам уже не подскажу; уверен, в powershell есть какой-либо аналог find из linux).
ну а какие права вам приделать на какие файлы и папки с помощью этих инструментов - вам виднее. на крайний случай объявите себя владельцем всего, до чего дотянетесь, за исключением системных каталогов.
Есть SetACL с функцией создания бекапа прав доступа и их восстановления.
https://helgeklein.com/setacl/examples/managing-fi...
Есть NTFSSecurity модуль для Powershell - можно им пробовать https://github.com/raandree/NTFSSecurity