Почему по утрам сервер сильно нагружается?
Резкий скачок в одно и то же время говорит о запуске какого-то скрипта по расписанию. Или внешнего бота, тоже по расписанию.
Авто апгрейд настроен?
https://libre-software.net/ubuntu-automatic-updates/
https://www.percona.com/blog/2018/08/10/tuning-aut...
Я бы предположил что запускается какая то задача. 
* Vacum  на  таблицах (База постгрее?)
* Дефрагментация
* апгрейд
* что то еще. 
В общем проверьте логи кто запускается в это время