Как правильно готовить docker?
Докер один из вариантов автоматизации деплоя
В случае "классического" хостинга он не работает или работает у каждого по-своему
Тебе нужна автоматизация деплоя, бекапа и восстановления
Используйте, как уже сказано выше, docker-compose для каждого отдельного проекта.
А в будущем используйте Docker Swarm для управления вашими проектами.
Кроме того через docker-compose YML файлы можно описать развертывание разных окружений: dev, production, test.
+ Хранить docker-compose файлы в GIT удобно.