Как сохранить настройки PHPStorm?
File -> Export Settings

UPD: Ну а сейчас и вовсе штатно в облако они сохраняются.
я сделал гит репозиторий удаленный, создал проект из его конфига в нём же самом
после каждого изменения настроек комичу и пушу