Убрать и добавить www
server {
 server_name ~^(?\w\.\w)$;

rewrite ^/(.*)$ www.$domain/$1 permanent;
}

server {
 server_name ~^www\.(?\w\.\w\.\w)$;

rewrite ^/(.*)$ http://$domain/$1 permanent;
}

Как-то так, регэкспы на соответствие rfc расписывать не стал :)
ModeRewrite должен помочь :) К сожалению не знаю как он там не Ngnix правильно называется…