JavaProject? SBT ^ Maven ^ Gradle?
Maven, либо Gradle.  В проектах, с которыми работал, использовал Maven. Многим не нравится обилие xml, но это не проблема. У Gradle больше возможностей, но и ошибок наделать больше вероятность. По документации - у мавена она совсем никчемная. У Graddle же документация отличная. Поэтому порекомендую все же Gradle)
Вот хорошее видео, оно поможет вам определиться, как раз по вашему вопросу: https://www.youtube.com/watch?v=21qdRgFsTy0
По большому счету как вам удобнее, какой стиль описания сборки вам больше нравится и более понятен и прозрачен. gradle вполне.