Как сравнить структуры двух MySQL баз?
это я делал когда-то для синхронизации структуры бд.
без контроля версий, конечно, но умеет добавлять/изменять таблицы и поля.
в принципе, никто не мешает прикрутить туда логи, бекапы, создание альтеров/диффов в виде отдельных файлов и прочие вкусности, но на момент написания это было не нужно.
удаление таблиц и полей отсутствует намеренно, а не от лени, написано левой задней ногой в лучших традициях пхп-лапши :).

да, я на скорую руку убрал оттуда зависимости, а протестировать сейчас негде, потому мог слегка поломать.
 © я

ну и вообще сама статья, и комментарии к немй как-раз по этой теме.
Вообще интересная мысль для задачки Just for fun. 
Хотя на самом деле не совсем понятно, что в итоге нужно получить: просто отчет о недостающих полях (в предположении о совпадении имен таблиц) или комплексный анализ графов отношений (плюс поиск соответствий между таблицами двух БД).