Разработка мобильной версии сайта и мобильных приложений iOS/Android — нужен совет?
Относитесь в yii как к backend а фронтенд может быть на чем угодно в зависимости от нужд. Мобильную версию можно сделать на поддомене m.сайт. На сервере определять какую грузить и делать редирект, но папка с проектом одна и таже. В beforeaction определять поддомен и грузить другие view. Или совсем другой конфиг. Тут зависит насколько мобильная отлична от основной. Если это пара блоков - то и bootstrap-овские методы подойдут.
Сделать api контролер, который будет отдавать данные для мобильного приложения. При гармотном использовании ООП разница в коде во всех версиях будет минимальна.
А какую систему верстки вы используете на основном сайте? Например, Bootstrap позволяет вполне легко адаптировать сайт под мобилки. 
Плюс если собираетесь делать мобильные приложения (прям приложения)  может имеет смысл посмотреть в сторону React Native? Сам не работал с ним, но знакомые очень хвалили....