Как индексировать и страницу с pdf?
На страницах нужно закрыть ссылки на pdf файлы в nofollow, а также запретить индексацию pdf в robots.txt.
К сожалению это не гарантирует что поисковики будут следовать рекомендациям noindex, nofollow. Поэтому самый надежный способ - запретить поисковым ботам доступ к pdf файлам с помощью .htaccess
Наверно надо сделать проверку реферера(заголовок) при отдаче файла и редирект на сайт если он не является сайтом.