Что нестить внутрь label, а что нет?
Вкладывать чекбокс или радио-баттон внутрь тэга label не только можно, но и нужно по возможности - тогда они связываются автоматически и label обретает кликабельность без атрибута for. Конечно, на практике это не всегда получается, приходится разносить в разные контейнеры и использовать for. В целом оба варианта совершенно нормальные и корректные - разница только в некотором удобстве.
Что касается порядка (до или после) - это вопрос дизайна и гайдлайнов, а не верстки. Как нарисовано (условно будем считать, что дизайнер у нас нормальный), так и нужно верстать.
в плане валидации нет разницы, но когда label расположен после чекбокса - это дает стилизацию кастомных чекбосков в css без использования js. потому что можно обратиться через:input:checked+label { ... }
а если чекбокс будет внутри label - ты не сможешь к нему обратиться.