Какую версию 1C ЗУП выбрать: 2.5 или 3.1*?
Если быть точным, то с поддержки снята ЗУП ред.2.5 версии ПРОФ и Базовая, а ЗУП ред.2.5 версии КОРП еще остается на поддержке, но во-первых КОРП стоит 109000 руб., а во-вторых уровень поддержки все равно не тот, что у ред.3.1.
У нас есть несколько клиентов, которые перешли с ЗУП ред.2.5 ПРОФ на КОРП, т.к. конфигурация была сильна переписана под специфику предприятия, но ставить "с нуля" ред.2.5 я бы не советовала. 

вроде как в 3.* не все предусмотрено - с их слов

А вот этот момент надо бы уточнить, что же такое есть в 2.5 и нет в 3.1, ради чего может иметь смысл отказаться от актуальной версии и выбрать заведомо устаревшую.
Только 3.1
Конечно ЗУП 2.5 хорошая, выстраданная конфигурация. ЗУП 3.1 сыровата. Однако это вопрос времени. Вы же не рассматриваете вопрос внедрения ЗиК 7.7 )) Хотя ЗиК в свое время была лучше ЗУП 2.5.