Как сделать прокси сервер для своих нужд?
squid, privoxy, polipo да хоть SSH в режиме proxy - на выбор.
Самое простое ssh -D и прописать полученный сокет как прокси в браузере. Не требует никакой дополнительной возни. 
А так можно помимо вышепредложенных сделать наприер VPN до сервера и пушить в него маршруты только до IP серверов, на которые Вы хотите ходить через Ваш сервер. Тогда через VPN будет ходить трафик только до указанных IP, остальной будет ходить обычным дефолтным маршрутом. На openvpn такая схема достаточно просто реализуется. Из дополнительных плюсов- шифрование.