Как правильно настроить PHPStorm7 для PHPUnit?
Действительно - проще всего с .phar файлом в конкретном проекте.
Версию PHPUnit ставьте 3.7.XX.  С четвёртой версией в PHPStorm 7 пока что баг с запуском тестов (в PHPStorm 8 EAP вроде починили). Вручную из консоли всё работает, а вот из PHPStorm - ругается.
Как запустить:
1. Создаём структуру проекта, как по данной вами ссылке:|-src
|   |-autoload.php
|   |-Money.php
|
|-tests
    |-MoneyTest.php
В файле autoload.php нужно подключить файлы, которые вы собираетесь тестировать.<?php
require_once __DIR__ . '/Money.php';
2. Настраиваем конфигурацию PHPUnit:
Run -> Edit Configurations...
В левой верхней части появившегося окна жмём зелёный плюс и настраиваем конфигурацию:
- устанавливаем Test Scope на 'Directory' и указываем путь к папке tests
- жмём на гаечный ключ и настраиваем путь к phpunit.phar (если у вас локально используется папка с PHPUnit - то подключаете её в File -> Settings -> ProjectSettings -> PHP ... Include Paths, и затем в настройках PHPUnit переключаем на Load From Include Path). 
- также указываем default bootstrap file на наш autoload.php, где подключаем классы, которые собственно будем тестировать (где лежат сами тесты мы указали для PHPUnit в начале).
- Жмём Apply -> Apply -> OK
Всё, теперь рядом с созданой конфигурации на панели PHPStorm появилась зелёная стрелка для запуска тестов. Жмём, и если всё правильно - получаем зелёную полосу.
Т.е. процесс настройки - это три шага:
1. указываем где лежит PHPUnit
2. указываем где лежат тесты
3. указываем где лежит загрузчик тестируемых классов.
Вроде всё.
Для полноты картины: Поддержка PHPUnit в PhpStorm.