Всплывающее окно на всех сайтах сервера, как убрать?
1. Найти зловредный код через "просмотр исходного кода" в браузере 
2. Определить где примерно он появился в исходниках (до html или после)
3. Найти код в шаблоне/ядре/модуле и удалить
... Но больше интересует вопрос как он туда попал :-) ведь проделав это вы не можете быть уверенным что завтра все это не повторится
Покопайся в коде, проверь на наличие зловреда. В базе тоже нужно посмотреть.