C# + ffmpeg для начинающего, что почитать?
1) C# - https://metanit.com/sharp/
2) 
- Читать справку - https://www.ffmpeg.org/, писать C# приложение которое отправляем команды другому приложению и читает ответы.
- Использовать готовые обертки - https://github.com/mysteryx93/FFmpeg.NET.
А почему именно C#? М.б. Powershell скрипт подойдет. Проще и не надо деплоить и быстро можно исправить.  Если просто нужно вызывать ffmpeg из окружения, то можно обернуть параментры в форму. К примеру вот мануал как содавать формочки просты из Powershell - https://technet.microsoft.com/en-us/library/ff7309...
И там где-нибудь так:$OKButton.Add_Click({$inFile=$objTextBox.Text;$objForm.Close()})   # это обработка нажатия на кнопку
& ffmpeg $inFile  # это вызов скрипта
Изи :)