Какую систему Вы используете для сбора и анализа статистики скорости генерации страниц?
Мы из shutdown handler вызываем getrusage и результат отправляем в graphite, для визуализации - grafana
Сделайте мониторинг тем же PHP и собирайте статистику каждые 30 секунд к примеру. Потом стройте графики и смотрите параметры которые вас интересуют.