Проблема: закрыл проект, потом вновь его открываю, но некоторые меши сбились в положении и размере. Почему?
Так, я нашёл проблему. У тебя на рабочем пространстве для анимации даже окна настроены как на моделировании, что это подтверждает, похоже ты как-то на это рабочее пространство один раз переключился, и на нём какое-то время работал :)

То есть перемещение, поворот и масштабирование объектов воспринимались как анимация. А поскольку ключевой кадр с изменённой позицией ты не создавал, анимация не сохранилась. Только вот она тебе и не нужна была.
На каждом объекте у тебя есть анимация с одним ключевым кадром, и если их перебрать, всё вообще в полнейший хаос превращается...

Чтобы это не повторилось, не моделируй в рабочем пространстве для анимации ;)
А чтобы удалить все эти анимации с объектов:1. В окне Outliner выбери режим Blender File.2. Раскрой список Actions, и выдели их все.3. Щёлки правой кнопкой мыши по любому из них, и выбери Delete.

А ещё, у стен нормали обратной стороной наружу. Тут я писал о том как это исправить.

А ещё, лучше идентичные меши копируй через ALT-D, меньше весить проект будет, следственно и меньше видеопамяти "кушать". А чтобы сейчас связать выделенные объекты одной сеткой CTRL-L => Object Data.
Нашёл, что каким-то образом не умышленно нажал видимо кнопочку записи ключей анимации:

Поэтому ключи постоянно записывались от перемещений мешей.