OS X (Maveric) забывает, на каких экранах были окна приложений после их перезапуска?
Наверное вы не читаете комментарии, скопипащу сюда:
Правой кнопкой мыши на иконке Safari в доке и выбрать галку Параметры/Этот Рабочий стол. 
У меня работает именно так, как вы описываете в хотелке. По крайней мере Safari и остальные мои программы.
Любопытно как Вы добились такого поведения от Safari. Мне не удается.