Как организовать большой single page application?
iframe'ы однозначно плохой вариант – скорее всего, огребёте много неожиданных проблем + технологически это явный костыль.
Ajax уже давно можно спокойно использовать в любых браузерах: подгружайте нужные модули, вставляйте в нужные места. Модульность внутри кода обеспечивается CommonJS (requirejs) модулями.
Обратите внимание на Ember.JS, порог вхождения высокий, но оно того стоит.