Wappalyzer — защита?
отключить ServerSignature в Apache, server_tokens в Ngnix, и поковыряться в headers, которые отдаются, а частности «Server».
можно прописать левые значения в настройках нгинкса и пхп 
защищаться то смысла нет, если вы не обновляетесь с критических уязвимостей вас и так ломанут, а если обновляетесь то пусть это все знают.