Как реализовать переходы между сгенерированными локациями(Unity 2D)?
Если берем майнкрафт или игры  типа него, то для генерации игра использует seed(семя) обычное число от которого генерируются все последующие случайные числа, но эти случайные числа всегда в одинаковой последовательности что значит что мир будет выглядеть у всех одинаково, но стоит изменить хотя бы одну цифру последовательность генерации полностью меняется и мир совсем другой. 
По поводу сохранения, сохранять стоит только то что изменил игрок, поставил блок, разбил окно, выкинул оружие ну и естественно то что нужно, а мир сохранять не нужно он всегда будет одинаков если генерируется от одного числа.
Если у вас мир не бесконечный, то один из возможных подходов, это на старте создания мира для каждой локации сгенерировать свой seed, далее во время игры, если вы в эту локацию каким-либо образом попадёте (пешком, телепортируетесь или ещё как), то другой генератор берёт сохранённый seed и создаёт эту локацию с нуля. Если вы потом как-то внесёте изменения в эту локацию, то вы эти изменения сохраняете отдельно, будь то выпавшие предметы или снесённые стенки. Если вы потом захотите вернуться в эту локацию, то вы берёте сохранённый seed, с нуля генерируете локацию и применяете изменения. Другой вариант - в качестве seed для локации брать её координаты, такая схема подойдёт и для бесконечного мира, но не в каждой игре можно очевидным образом найти координаты уровня.
Вся эта возня с сидами нужна по нескольким причинам. Во-первых, это нужно вам как разработчику для тестирования генераторов. В идеале ваши генераторы должны быть полностью детерминированными, из одного и того же сида у вас всегда должен генерироваться один и тот же мир, независимо от того, как он исследуется. Если это не так, то вы потом умучаетесь дебажить процесс генерации, в то время как с сидом вы просто его записываете в сохранку, пишете в логи, а потом в любой момент используете для воссоздания проблемной ситуации. Во-вторых, наличие явного сида в процедурно генерируемых играх это уже ожидание жанра, ими делятся в интернете, они используются для еженедельных испытаний и т. д.
Вообще говоря, на тему генераторов и сидов могу посоветовать вот эту статью от разработчика Cogmind, там всё то же самое, что и я сказал, только подробнее.