Как в Notepad++ найти файлы с определенным количеством повторений?
В самом notepad++ - никак. Такое проще написать самому в виде консольной утилиты (если программист). Это простой рекурсивный обход дерева папок и для каждого файла подсчёт вхождений.
Смотри команду cmd forfiles, она позволяет обойти дерево каталогов и для каждого файла выполнить указанную тобой команду. 
Команда find умеет считать количество вхождений. 
Команда for позволит отфильтровать вывод команды find 

Например:
forfiles /p C:\Windows\System32\drivers\etc /m * /s /c "cmd /c for /f \"tokens=3 delims=:\" %a in ('find /c \"127\" @path') do @if %a GEQ 3 echo PaTh [%a]"

C:\Windows\System32\drivers\etc - путь от которого начинаем искать 
127 - строка которую ищем
3 - количество совпадений строки в файле от которого начинаем реагировать.