Как организовать архитектуру проекта с 1000 api?
Используйте очереди. Консьюмеры, обрабатывающие сообщения из очереди, будут держать соединение с бд, чего Вы так боитесь. Продюсеры могут вызываться из крона (определённое время запуска), а могут и из отдельного воркера (запуски через малые промежутки времени)
Есть готовые интеграционные системы типа tiid или апачевского них. Там все уже сделано. Либо можно взять брокер очередей типа кафки или рэббита и спокойно написать гору консюмеров продюссеров с переиспользованием кода...и свагеровским описанием клиентов что бы не помереть от бесконечного их описания...и у многих сервисов свагер готовый пошукать или на стороне что бы клиентов нагенерить.