Как востановить файл в PhpStorm?
VCS -> Local History -> Show History
Используйте Git(или аналог) и таких проблем не будет.
Вот в точности такая же проблема была пару дней назад, но с другим продуктом от JetBrains -- PyCharm.
Я восстановил файл с помощью R-Studio.