Как правильно настроить клонирование в SmartGit?
клонирование не может быть выполнено в папку с файлами, только в пустую.
перенесите файлы в другое место, склонируйте репо и верните файлы.
Решено, проблема была в пустом и не пустом каталоге. 
Нужно было из каталога /var/www/myblog/ убрать все файлы, сделать операцию Clone, и затем вернуть файлы приложения обратно. SmartGit сразу же увидел все файлы после копирования их на старое место.