Пора ли выкидывать hdd?
Невозможно предугадать смерть диска. У меня 3й год под торрентами лежит сдохший (по словам всех проверялок) диск на 250 гб. А новенький 750гб диск сдох через несколько месяцев без видимых на то причин, будучи пустым воткнутым в RAID в hot-spare. 
Бэкапьте важную информацию, если дорога система — держите её на raid1. И не задумывайтесь о подобной чуши.
Выкидывать наверное не нужно, но вот убрать с него важную информацию да. У меня похожая ситуация, я на нем храню архивы, которые параллельно синхронизируются с dropbox.