Как вы ведете учет прав доступа на файловые ресурсы?
Организация начинается там где организуете работу с людьми.
Т.е. вот к вам пришел человек с просьбой - эта заявка не должна быть устной, должна быть записана в машиночитаемом формате с возможностью сделать выборку по ним. Указывайте в заявке максимально информации - кто когда зачем...
Введите четкие правила по выбору имени шары, места размещения и т.п. Чтобы можно было опять таки автоматически делать выборки и сравнения (поиск ресурсов и действий с ними вне учета).
Немного с боку
 - не выдавайте доступ 'всем', все ресурсы должны быть адресными, только не люди - а группы, управление должно быть на уровне групп (так как люди постоянно то уходят то приходят то болячка... этим так же необходимо управлять). 
 - постарайтесь не выдавать ресурсы 'на всегда', у всего должен быть срок, пусть ваша система дает вам об этом напоминание и даже автоматически отбирает доступ и даже удаляет (отправляет в архив) соответствующую шару.
Организовывал так - active directory(отлично заменяется той же samba4) + samba шары = доступы на основе групп ad