Как хранить данные в базе веб сервиса?
Одна таблица с клиентами всех пользователей
единственный нормальный вариант.Отдельная таблица с клиентами для каждого пользователя, имя User1_clientsОтдельная база данных для каждого пользователя 
200-500-1000 клиентов? как это вообще обслуживать?На Хабре читал про вариант с виртуализацией, когда для каждого пользователя создается виртуальная машина со своей версией веб-приложения и БД 
Аналогично. Бесконечные серверные ресурсы? Как обслуживать?
Отдельная таблица с клиентами для каждого пользователя
все остальное или необслуживаемо (не представляю как реплицировать 5000 баз данных), 
или ресурсоемко: в первом варианте база будет отвечать на кадый чих