Безопасно ли использовать почтовые клиенты?
Вложения могут содержать нужные для работы документы. Поэтому выключать их нельзя.

Можно ли их скачивать на комп или нет - это не имеет значения. В обоих случаях пользователь мышко-кликом их скачивает и открывает. 

Если вирусный файл лежит на локальном диске пользователя в состоянии покоя - то ничего не случится. Он и 1000 лет еще так пролежит. Пока не почистят всю историю ящика локально.
после Klez в норм клиентах автозагрузка отключена, но это не отменяет возможных уязвимостей программы равно как и браузера