Как доверять фрилансерам?
Фрилансеры каждый день работают с чужими сайтами с конфиденциальной информацией им эти данные не интересны. Да можете измудриться и вынести всё это отдельно но только жизнь осложните себе и фрилансеру и в конце всё равно дадите ему доступ к основному серваку что бы правки внедрить всё же.
Не паранойте.
Если желаете потом видеть внесённые изменения то git вам в помощь ну или просто diff двух папок.
Я то-же фрилансю по серверам, МВД в том числе приглашают, ну ничё, базу данных не слил :)