Почему не рекомендуют использовать jQuery?
Потому что jQuery создавался в свое время, чтобы упростить работу с чистым js (в то время это действительно было нужно). А сейчас смысла в jq нету. Потому что он уже ничего не упрощает. Сейчас на чистом js можно писать быстрее и проще.
Потому что он давно устарел и появились гораздо более удобные и функциональные инструменты.