Как правильно разбить php/js проект?
Разбивать проект на отдбельные модули необходимо, но создавать под каждый отдельный модуль репозиторий - нет необходимости. В дальнейшем, если вы будете уверены в том, что модули могут жить своей отдельной жизнью, то сможете их вынести в отдельный репозиторий с тестами и отдельной документацией.
То же самое и касается JS кода. Сперва делаете все в одном, для своего проекта, после уже, если будете уверены в реюзабельности модуля - выносите его в отдельный репозиторий.
2. да.
3. подойдет, можете еще посмотреть в сторону webpack.
--CSS-less исходники, JS модули и библиотеки, которые непосредственно привязаны к PHP коду 
У вас SPA или нет ? Если нет - делайте все в одном репозитории. Если SPA можете разбить на два - фронт и backend. 
Для деплоя можете использовать PHPCI.
Вообще, сколько человек и что за технологи будут на проекте ?
использую пока гит субмодули для всего :)