Какой клиент выбрать для работы с 100 почтовыми ящиками?
Я бы просто настроил перенаправление на один ящик и сделал фильтры, что бы потом разобратсья что с какого ящика пришло.
Почтовых клиентов вообще-то не так уж и много. TB, Outlook, TheМышь и почтовый клиент Зимбры - из тех, что я знаю, не считая тех, что не работают на винде.
Проблема у Вас не в клиенте. Любой клиент будет впадать в ступор, когда начинает одновременно ломиться по сотне учеток. Заведите еще одну-две-десять учеток и перенаправьте туда почту так, чтобы она группировалась на них, а с них уже забирайте.