Как выполнить некоторое действие во время вызова любой функции javascript?
Нет. Function.prototype.constructor - просто ссылка на Function для идентификации инстанса конструктора. Тут и переопределение конструктора Function не поможет - функции обычно задаются литералом, без его использования. Можно это сделать с создаваемыми через конструктор, но оно вам надо? :)window.Function = (function(Function){
  return function(){
    var fn = Function.apply(window, arguments);
    return function(){
      console.log('run');
      return fn.apply(this, arguments);
    }
  }
})(Function);
Function('console.log(1)')() // => run 1
Кстати, у вас вызов Function.prototype.constructor внутри него же - бесконечный рекурсивный вызов. Да и console.log тоже функция - если сделаете, что сформулировали - сами рады не будете - тоже рекурсия.
Ждите реализации объекта Proxy