Как через Python код передать данные в консольную .exe программу?
Если программа реально консольная а не собственное текстовое окно стилизованное под консоль.
stdin - передача в программу
stdout - получение из программы
from subprocess import Popen, PIPE, STDOUT

p = Popen(['passwd', 'root'], stdout=PIPE, stdin=PIPE, stderr=STDOUT)    
out = p.communicate(input=b'MyPass111\nMyPass111\n')[0]
print(out.decode())
os.system   + результат в файл >>

но должно работать и через subprocess