Какие ограничения несёт в себе INSERT IGNORE для секционированных таблиц?
INSERT INTO может привести к ошибке. По любой причине. При этом процесс вставки прерывается, а все уже внесённые в таблицы изменения - откатываются.

INSERT IGNORE преобразует ошибку в предупреждение. При этом выполнение запроса продолжается, а запись, попытка вставки которой привела к ошибке, не вставляется.

Замечание. Дублирование - не единственное событие, которое может вызвать ошибку. Может быть ещё куча причин (CHECK constraint, SIGNAL из триггера, нарушение внешнего ключа и т.п.). Причём далеко не все типы ошибок восстановимы и могут быть проигнорированы/преобразованы в предупреждение. Если ошибка невосстановимая (как правило, это системные или внешние ошибки) - запрос прерывается по ошибке и откатывается обычным образом.

Замечание 2. Всё вышеописанное никак не пересекается с секционированием. За исключением случая, когда значение поля не соответствует диапазону ни для одной из секций. В этом случае IGNORE срабатывает штатно - ошибка преобразуется в предупреждение, проблемная запись не вставляется.

Нужно игнорировать дублирующиеся данные. Буду делать INSERT IGNORE
Кроме INSERT IGNORE INTO есть ещё два типа запросов, которые обрабатывают ошибку дублирования данных - это INSERT .. ON DUPLICATE KEY UPDATE и REPLACE INTO. Изучите их - возможно, какой-то из них лучше подходит для Вашей конкретной задачи. При этом REPLACE не поддерживает модификатор IGNORE и не может игнорировать другие ошибки.
INSERT IGNORE просто не выдаст ошибку при вставке (если такая возможна).
Проблема с дублированием данных решается констрейнтами.
Все.