Как сделать вычитание двух файлов в perl?
Если я правильно понял вопрос. 
Пусть у нас есть два файла 1.txt и 2.txtcat 1.txt                                                                                                                                   
100
2323
2390238
32322323
9002cat 2.txt 
34
4343
434
2390238
32322323
9002
С таким содержанием. 
Теперь их можно сравнить и вычислить разницу таким образом:#!/usr/bin/env perl 
use strict;
use warnings;
use utf8;
use File::Slurp;
use Array::Utils qw(:all);

my @arr1 = read_file( '1.txt', chomp => 1 );
my @arr2 = read_file( '2.txt', chomp => 1 );

# Получилось 2 массива. 
# Теперь сравниваем их c помощью use Array::Utils qw(:all);
# И вычисляем разницу
# Получаем элементы из массива @аrr1, которые не входят в массив @arr2


my @minus = array_minus( @arr1, @arr2 );

for my $i (@minus){
        print "$i \n";
}
Результат работы:100 
2323
Теперь можно то что находится в массиве @minus записать в файл да и все.
comm -23 file1 file2 , если раздумаете на перле писать.