Как правильно сделать проверку на существование записи в базе в 1С Битрикс?
1) Почитайте про sql инъекции. Пример
2) Я бы на вашем месте избегал использования для запросов $DB->Query. Вместо этого лучше использовать D7 ORM . Описываете таблицу классом, а потом используете выборки данный через getList  или Query, если нужен специфичный запрос.
Ну и как уже сказали, надо проверять что то более конкретное. Из вашего описания, вообще не понятно, что вы пытаетесь сделать.
Проверяй $result конкретнее, это же тебе не яваскрипт.