Как соединить 2 бинарных файла в git?
А как вы себе представляете результат работы "сразу двух галочек"?
Фрагмент из а потом фрагмент из б? Или наоборот? А где гарантия что после такого бинарный файл вообще можно будет прочитать - гит то не в курсе о его внутренней структуре? 
Вот потому, что ответить на все эти вопросы однозначно нельзя, потому же гит и не даст "смержить" бинарные файлы. Выход - брать только один из вариантов, и потом применять к нему изменения в соответствующем софте, понимающем конкретный бинарный формат.
Бинарные файлы не должны храниться в репозитории. За очень редким исключением, но если вы понимаете, зачем положили бинарник в репозиторий, то у вас и вопросов таких не будет, скорее всего.