Почему может исчезать папка в samba шаре?
Духи Марипупу скрывают папку от вас.
Логи включите уровнем подетальней и посмотрите.
Вероятно, самба-клиент пытается авторизоваться не под пользователем, а под анонимусом, которому, естественно, папка не видна. Дальше действительно копайте security log, настраивайте аудит доступа к конкретной папке, чтобы события о доступе падали, и воспроизводите проблему.