Как интегрировать id-пользователя с Яндекс.Метрикой?
Сегодня тоже пришла такая идея :)
Пока плохо обдумал, но сейчас я бы отправил в Яндекс.Метрика хиты с идентификаторами пользователей.id = 123;
username  = 'Вася';
pageUrl = 'Заглянул на вот эту страницу.html';
pageTitle = 'Такая вот страница';

try 
{ 
  yaCounterNNNNN.hit('http://дорогойпользователь/' + id + '/' + pageUrl, username + ' посетил: ' + pageTitle, null); 
} 
catch (ex) { }
Это позволит просматривать в Яндекс.Метрике адреса, которые посещают конкретные пользователи (например, в разделе Содержание -> Популярное) +в Вебвизоре тоже будет отражаться. 
Автоматизировать процесс получения статистики думаю тоже можно, через API. 
Это просто наброски идеи, пока детально в этот вопрос не погружался. 
Хиты частенько использую для технических целей.
Можно передавать в параметрах визитов. Как раз сможешь вытаскивать ключи из метрики ;)