Почему в Kibana сообщения режутся построчно?
Кибана вообще ничего не режет и не разбивает.
Как вы кладете строки в эластик, так они там и хранятся.
Надо по пути их чем-то парсить, объединять многострочные сообщения и отправлять их в эластик единым message. Это делает, например, логстеш. Или надо посмотреть что умеет ваш встроенный механизм логирования, возможно там есть настройки для multistring
Сделайте дополнительный appender который пишет в json формате и настройте на эти файлы кибану. И тогда будет решена проблема многострочности.