Какую файловую систему лучше использовать для Windows и Linux?
Вариантов целых 1: NTFS, поскольку под ext*,btrfs и другие нормальных драйверов под Win нет, а вот ntfs-3g вполне ничего.
FAT не рассматривается по причине отсталости.
Ну я немного не согласен с chupasaurus. Все же нормальные есть драйвера. Вообще если больше под виндой планируете работать, то скорее, как и сказал chupasaurus, NTFS. Если под Linux, то можно попробовать , например это:
www.fs-driver.org/index.html