Как можно построить архитектуру действительно большого Flask приложения?
просто переходите на Django. меньше головной боли получите
Динамический выбор таблицы для одной и той же модели в django  обычно решается примерно так:def get_model(db_table):
  class MyClassMetaclass(models.base.ModelBase):
    def __new__(cls, name, bases, attrs):
      name += db_table
      return models.base.ModelBase.__new__(cls, name, bases, attrs)

  class MyClass(models.Model):
    __metaclass__ = MyClassMetaclass

    class Meta:
      db_table = db_table

  return MyClass

my_model = get_model('29345794_table')
my_model.objects.filter( ...
Суть в том чтобы при создании модели динамически указать название таблицы. А всё остальное будет работать как обычно. Думаю как это сделать под sqlAlchemy разберетесь самостоятельно.