Как сделать плавное изменение цвета фона при прокрутке?
По первой ссылке фон меняется резко. Но это заметно только при медленном прокручивании страницы. К тому же пастельные цвета мягко сменяют друг друга, а большущие рисунки отвлекают внимание от момента перехода.
Вариант решения: задать слой с другим фоном и делать ему fadeIn или fadeOut в зависимости от направления прокрутки.
https://jsfiddle.net/glebkema/8m6sL7cy/
По второй ссылке фон меняется плавно по мере прокручивания. Приятно остановиться на полпути  и пойти в обратную сторону, чтобы полюбоваться качеством перехода.
Вариант решения: менять прозрачность второго слоя пропорционально координате прокрутки. 
https://jsfiddle.net/glebkema/cd8pjdyg/
С бутстрапом совмещается тем, что:  бутстрап уже использует jQuery и его не надо подключать самостоятельно;  координаты переходов можно не задавать константами, а вычислять по положению ключевых элементов на странице. 
Для реализации таких эффектов хорошо подходит scrollmagic