Можно ли изменить стиль confirm в javascripte?
Нельзя. Можно вместо конфима показывать див, эмулирующий конфим, а уже его стилизовать как угодно.  Есть множество готовых плагинов, на пример myclabs.github.io/jquery.confirm для JQuery и Bootstrap
Нет