Как лучше написать код в Controller в Laravel?
1) Вынесите валидацию в отдельный реквест
2) Создайте хелпер, в котором будет метод по сохранению картинки
3) Вызывайте в контроллере метод хелпера и передавайте туда файл ($request->file('pasport') или $request->file('certificate'))
Говнокод это когда ничего не понятно в написанном, как в битрикс например. У тебя здесь всё понятно, не парься.