Почему yandex.disk выполняет полную синхронизацию каждый раз после выхода из ждущего режима?
я бы адресовал этот вопрос разработчикам яндекс-диска...
Избежать, монтировать диски по протоколу webdav или какому другому. А синхронизацию делать с помощью rsync-cron кода тебе нужно.