Не могу придумать роут
Порядок роутинга в CI: от частного к общему. Т.е. сначала опишите роут для разделов, а потом для всего остального.
Не знаю как в CodeIgniter, но можно ли задавать последовательность матчинга роутов? Чтобы сначала попытались сматчиться остальные роуты, а ваш для категорий — самый последний?