Почему ЭЦП хранится на внешнем носителе (флешке, смарт-карте и тд)?
Либо я неправильно понял ваш вопрос, либо он равносилен вопросу «Почему PIN-код хранят отдельно от банковской карты?»…
Насколько я понимаю, программа для которой используется ЭЦП может читать только из корня носителя + сами файлы подписи имеют одинаковое название. Можно использовать виртуальные диски.