Правила игнорирования в .gitignore — как сохранить структуру пустых вложенных папок?
Добавьте в эти папки пустой файл .gitkeep
Это не стандартный файл Git, но общепринятая практика.
Гит не отслеживает папки. Единственный вариант - класть туда пустые файлы.