Слои приложения в Symfony?
То что описано в пункте про "атомарные операции" больше всего похоже на методы в entity repository в Doctrine. Если эти операции специфичны для каких-то конкретных entity - можно реализовывать прямо в методах соответствующих репозиториевЕсли они общие для всех entities - то проще всего вынести их в промежуточный абстрактный repository и наследовать остальные custom repositories от негоЕсли они общие для части entities - можно, к примеру, определить дополнительные интерфейсы, показывающие какие операции применимы к каким entities (у меня, например, зачастую используется ActivitableInterface для entities для которых есть флаг isActive) и дальше либо  реализовать промежуточный абстрактный класс репозитория и наследовать custom repositories от него либо вынести эти операции в traits и подключать по мере необходимости.
Про "команды" не очень понятно, это про класс Command из symfony/command? Если да - то там есть раздельная инициализация через initialize(), туда передаётся OutputInterface и если сильно нужно - можно там вызвать некий отдельный сервис. Если не хочется прокидывать сервис вручную в каждую команду - можно автоматизировать это через setter + compiler pass либо через аннотицию @required
- Слой, отвечающий за атомарные операции с бд (прим. - save(), delete(), может какой-то цикл с небольшой логикой)
save() - это flush() в энтити менеджере
delete() есть в реаозитории
какой-то цикл с небольшой логикой лучше реализовать в сервисе
Если ко всему этому нужно докрутить какую-то логику - то опять же с этим отлично справится сервис
Никаких дополнительных слоев тут не нужно.