Как экспортировать анонимную самовызывающуюся функцию js в es6 формате?
Импортируя код в файле выполняется, создаются ссылки, функции, и выполняются самовызывающиеся конструкции вроде твоей. Собственно это там и происходит.
Если ты хочешь по настоящем пользоваться импортом и экспортом, то надо делать иначе:// shop.js
export function createShop(selector) {
  document.querySelector(".createShop").addEventListener("click", e => {
    // ...
  });
}

// index.js
import { createShop } from "./shop.js";

createShop(".shop");
Экспорт по сути не происходит, просто вызывается функция.