Написание CMS на основе фреймворка?
CMS на Yii имеет право на существование только в том случае, если апгрейд фреймворка до новой версии не остановит ее работу и все функции фреймворка будут работать как задумано. Иначе это будет уже CMS на чем-то похожем на Yii и смысл теряется.
Поэтому варианты 2 и 3 отпадают по сути.
А вот к 1 варианту есть смысл прибавить «удаление бутылочных горлышек» которые кушают ресурсы, или с изменением фреймворка и обязательным коммитом в сам Yii… (если их примут) или через плагинизацию, не меняющую основной код Yii (допустим дополнительный кэширующий слой).
Хорошо, что вы осознаете, что это велосипед.

Если вы хотите писать какую-то узкую CMS, то вам совершенно нет нужды использовать фреймворк YII в том виде, в котором он есть, если вы считаете, что он вас ограничивает.

В этом случае, остается 2 и 3 вариант. Нужно идти в сторону того, чтобы минимизировать затраты при той же эффективности. Если вы сможете изменить YII так как вам требуется, то третий вариант будет неэффективен. 

Но лично я, для just for fun, предпочел бы делать все саму, это дает замечательный опыт.