Можно ли в своём портфолио указать работы сделанные по заказу веб-студии?
Ну если работа полностью сделана вами, и НДА вы не подписывали, то почему бы и нет, это же просто демонстрация вашего уровня работы.
Еще лучше просто указать - работал в такой-то студии с такого-то по такой-то год, принимал участие в разработке таких-то сайтов, делал то-то и то-то
Это зависит от ваших соглашений с этой студией.