Аналог точки восстановления системы на Linux server?
Ближайший аналог на мой взгляд - снимки файловой системы

LVM поддерживают снимки для любой фс, но они требуют отдельного раздела для храненеия измененных данных
ZFS или BTRFS так же поддерживают Copy-on-Write snapshots и не требуют отдельного хранилища 


Отмечу что снапшоты != бекапы. Бекапы делать так же необходимо. Но бекапить снапшоты проще и безопаснее с точки зрения консистентности данных.
Скорее всего это получится только на файловой системе zfs. 
Команды для консоли посмотрите в гугле. 
От GUI для таких вещей скорее всего придется отвыкнуть, почти всегда сервера с линукс админятся через комм строку