Как переопределять системные стили Bootstrap?
Файлы бутстрапа не трогать.
Переопределить одиним из 2 методов:
1) Подключить свой css ниже бутстрапа, в нём написать например.navbar{
  padding: 2rem 0.5rem;
}
Это переопределит отступы во всём бутстрапе
2) Добавить свой класс в конце:<nav class="navbar navbar-expand-lg navbar-light myclass">
Дальше делаете то же самое, в свой css ниже бутстрапа добавляете:.myclass{
  padding: 2rem 0.5rem;
}
Это переопределит родные бутстраповские стили стили только в одном месте.
Можете на самой странице, где появляется эта навигация, написать своё CSS правило. Думаю переопределяться свойства.