Через что делать анимацию: css или jquery?
Через css, потому что jquery делает тоже что и Вы — определяет стиль css.
Пусть css отвечает за графику (что и есть его задачей), а jquery за поведение. Интуитивней и понятней посмотреть стиль, а не рыться в jquery коде чтобы понять где, что и как Вы определили.
Смотря что за анимация. Опишите пример подробнее, пожалуйста.