В какой среде лучше начать разработку программы для Arduino?
C# на компьютере ардуиновская студия для ардуиеы, коммуникация через ком порт. А дойдёте до малины там и будете выбирать. С чем и хорош что переносится легко
100% Arduino IDE - язык C, С++. 
Это простой старт можно сказать с места. Помигать светодиодом - это мечта любого программиста.
А дальше нужно искать что то более "Модное". Вариантов много.
На вершине пирамиды возможностей Microchip Studio - Язык С, С++, Assembler.