Как настроить FTP на PHPStorm?
В настройках "Deployments" установите галочку "Upload external changes"
Поднять локальный тестовый сервер и никогда не править файлы прямо на боевом. Особенно - сохраняя каждую измененную строчку, даже не проверив работоспособность результата.