Как вести разработку уже рабочего проекта (в продакшене)?
1. Vagrant, или docker с системой максимально похожей на production сервер. Разработку ведем там.
2. Если никакая vcs не используется - пи"№;ц конечно, но быстро подключайте, иначе бида обеспечена. Рекомендую git + git-flow.
3. Правки в БД ТОЛЬКО на основе миграций, при этом создавайте как up, так и down.
4. Возьмите готовую систему для диплоя, либо напишите свой скрипт для этого. Цель в том, что бы минимизировать человеческий фактор при обновлении продакшна на столько, на сколько это возможно.
5. Все, что находится в /vendor - обязательно должно быть заигнорировано в vcs, composer.json И composer.lock (спс OnYourLips) должен ссылаться на фиксированные версии пакетов.
6. Код ОЧЕНЬ-ОЧЕНЬ-ОЧЕНЬ желательно покрыть тестами. Самый кульный вариант - запуск тестов после push изменений в главный репозиторий. Для этого можно использовать связку gitlab + gitlab-ci.
7. На счет доменов - в чем проблема то? Вынесите домен в конфигурацию, и создайте конфиги для локального, тестового и боевого окружений.
8. На счет записей в БД: да, они обязаны отличаться. По хорошему на проде руками в принципе можно только смотреть, а записывать нельзя. Для тестовой БД - пишите фикстуры.
9. сразу подумайте на счет логов: если их over-дофига, имеет смысл использовать системы типа logstash, или sentry.
Когда делали проект - надо было учитывать это и делать домены и прочее настраивыми.
Но вообще домены можно экранировать, подменять. Если у вас на win-машине будет прописано в hosts.txt, что домен microsoft.com ведёт на айпишник 213.180.193.3, то запросы до серверов майкрософта даже не дойдут - сразу улетят в яндекс. Этого приёма достаточно в вашем случае, хотя он и создаст определённые трудности.