Как запретить удаление определенной программы?
В реестре Windows по адресу \HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall\ найдите и удалите запись удаления нужной вам программы - она пропадёт из списка установленных программ.

Но от ручного удаления директории с программой это - не спасёт. Изменяйте права на директорию с программой, убирайте оттуда Изменение и Запись, для обычных пользователей и для администраторов.
Забрать права на изменение папки\файла, по вкусу, у пользователя или группы.