Где и как лучше создавать базу данных?
По инвентарицации - разверни GLPI с агентом fusioninventory. По мануалу делается за 20 минут, ресурсов на виртуалке жрёт мало.
MySQL не ставь, он тупой, тяжёлый и тормознутый. Смотри в сторону Postgres
Порадовала фраза:
Я хочу применить свои навыки (mysql, postresql docker, python) в текущей работе. 
Со стороны выглядит как - у меня в руке молоток и хочется повбивать как можно больше гвоздей :)

По теме вопроса и по задаче инвентаризации. Не существует общего шаблона как это делать. Тоесть ты можешь брать любую БД из списка и любая подойдет пока нет требований по фичам например (Postgres поддерживает географические типы данных (линия-точка-полигон) но вряд-ли тебе такая специфика нужна).

По Python - что есть то есть. 

По виртуализации. Если у тебя есть контейнеризация где всё работает - то виртуализация тебе нафиг не нужна. Виртуализация вообще это продукт который давно устарел. Да и нерационален он в части ресурсов. Поэтому бери docker (compose а лучше kubernetes). И поднимай там сразу всю инфраструктуру. Кстати это автоматически закрывает вопросы всяких выделенных линуксов.