Чем зашифровать/обфусцировать код php (бесплатные решения)?
Например www.phpprotect.info
Не самый "запутанный" код, но довольно быстро и бесплатно.
Сделайте ядро и запакуйте ioncube-ом. (на сайте можно заплатить за одну обфускацию)