Как сделать сайт на Python без Django и CMS?
Зря вы так фреймворки не любите. Представьте вам придется контролировать  заголовки, маршрутизацию и кроме этих прелестей смешивать html и программный код. Как только вы дойдете до пункта 2 вам станет не по себе, а сопровождать ваш код сможете только вы. Вы даже не сможете пустить в проект верстальщика(если он не владеет Python). Нет вы конечно можете к вашему проекту написать маршрутизатор, привинтить Jinja и SQLAlchemy что в итоге приведет к созданию фреймворка, но судя по вашему вопросу создавать свой фреймворк в ваши планы не входит.
Pyramid
Лучше вам не найти решения.