Как компании обеспечивают безопасность денег своих пользователей?
Интересно, как вы представляете себе объяснение в двух словах того, что реализуется весьма сложными процессами и схемами?
Начать стоит с того, что если организация действительно сама выступает посредником в оплате товаров или услуг, она таки должна отвечать некоторым стандартам безопасности для финансовых организаций. Во-вторых, она может пользоваться посредническими услугами третьей стороны (банка или платежной системы). В-третьих, ее ответственность по финансовым рискам, вероятнее всего, застрахована, а страховая компания, в свою очередь, обращается к экспертам для оценки рисков, которые изучают комплекс мер, направленных на снижение риска потерь. Эти меры, в свою очередь, зависят от архитектуры системы и могут очень сильно различаться даже в пределах одной организации (системы). 
Скажем, тот же Амазон иногда выступает полным посредником между покупателем и реальным продавцом, самостоятельно принимая оплату и самостоятельно закупая у продавца товар, который далее отправляется покупателю уже со склада Амазона, а иногда просто передает реальному продавцу платежную информацию и контактные данные покупателя.
Вопрос не "дурацкий" - дураки обычно невежественны и ни чем не интересуются, любопытства не проявляют, но он, в то же время, крайне наивный, потому что содержит требования простого объяснения сложной системы, а главное - опирается на частный пример и какие-то наивные предположения о возможном принципе действия таких систем.
1) Можно блокировать деньги на карте до 7 дней и только потом списывать, в результате деньги хранятся в банке владельца карты.
2) Сервис безопасной сделки платежного сервис обеспечивает всю  безопасность - пример услуга Безопасная сделка от Яндекс кассы. Все расчеты производит сервис и отдельно потом сервису выплачивает комиссию
3) Принимать деньги на свою компанию, они  приходят не на кошелек- а на банковский счет. И потом компания их хранит там. В банках они надежно хранятся.
4) В некоторых странах  законодательство для услуги Escrow (условного депонирования) требует лицензию
https://en.wikipedia.org/wiki/Escrow  В России в законодательстве есть понятие "платежный агент" и для него требуются спецсчета для обеспечения сохранности денег - но в РФ под "платежных агентами" считается компании которые исключительно только принимают платежи, а вот если например приводите нового клиента - то это уже простой агентский договор     
еще вот тут можно почитать 
https://www.sharetribe.com/academy/how-to-design-y...