Как скопировать права доступа и владельца с одного каталога на другой?
Насчет пользователя - начните с find /usr \! -user root
У меня таких выдало всего три строчки.
Насчет прав, полагаю, аналогично - в массе одни и те же, исключения находятся find -perm (отдельно для папок и файлов).
Насколько я понимаю, ваш линух основан на rpm.
# rpm -a -V
покажет вам неправильные файлы. Кстати, возможно будет проще переустановить битые rpm.