Как сделать условие в pdo?
Пдо здесь не при чем. Он не выводит номера страниц. И соответственно никакие условия "в pdo" здесь не нужны. 
Чтобы вывести 3 точки, надо написать программу на пхп. Все что тебе нужно - это математика на уровне 4 класса средней школы.
Какое такое сделать
Как скрыть блок? А что с этим проблема? display:none;
А зачем Вы запросы к базе показываете, если речь о верстке? Покажите, как Вы вывели пагинацию.