Как узнать diff между файлами в git и измененными копиями этих файлов?
"Скопирован" понятие растяжимое. Если вы просто физически скопировали директорию файла, то создайте в нем новый бранч "oldsite" и подключите в виде ориджина к єтому бранчу папку старого сайта. После єтго вы можете сравнить два бранча.
Если вы склонировали старый сайт командой git clone то просто сравните два бранча ну или банч и его ориджин если вы по глупости не додумались сделать новый бранч
Не знаю, поможет ли тут git, но можно в total commander сделать синхронизацию 2-х каталогов (старый и измененный) - он покажет различающиеся файлы, а так же можно посмотреть diff каждого файла.