VMware: ubuntu+веб сервер (под windows) — как пробросить общую папку вебсайта для работы с файлами?
Поставить SSH сервер - help.ubuntu.ru/wiki/ssh и потихоньку тренироваться работе в консоли используя PuTTY
Использовать WinSCP для доступа к файлам. Можно настроить FTP как написано выше, но имхо FTP настроить чуточку сложнее.
Во многих IDE есть возможность прозрачной работы через ftp\sftp\ssh
Например VS Code, PhpStorm, Sublime Text. Настройте что вам удобно. 
Впрочем даже в TotalCommander происходит  автоматическая заливка измененного файла, но все же лучше использовать IDE