Как массово удалить файлы по имени?
xargs rm < список.txt
P.S. Прежде, чем выполнять, незабудьте перейти в каталог, в котором находится каталог uploads или же список должен состоять из абсолютных путей к файлам.
#!/bin/bash

while read filepath; do
    rm -fv "$filepath"
done < path/to/filelist.txt
или отредактировать сам список превратив его в скрипт, добавив rm в каждую строчку перед путем к файлу.