Какие могут быть обоснования для ограничения штрафов по договору?
Во-первых, убытки / ущерб должны быть реальны обоснованы и документально доказаны, поэтому он не могут просто взять и насчитать 100500 миллиардов
Во-вторых, суды всегда применяют 333 ГК РФ. 
В-третьих, полное возмещение убытков гарантировано тем же ГК РФ так что это и в договор писать не надо
Если Заказчик (ссылаясь на этот пункт) докажет в суде, что из-за (например) сбоя в Вашей программе он потерпел убытки (например не смог заключить выгодный контракт или остановилось производство), то всю упущенную выгоду он повесит на Вас. Надо ли оно Вам?
Если очень надо - меняйте формулировку, чтобы возможные санкции были для Вас приемлемыми. 
Договор на то и договор, чтобы договариваться о взаимоприемлемых условиях.