Какая схема работы с seo — подрядчиком более эффективна?
Согласен с Владиславом, самый оптимальный вариант это взять пару человек себе в штат. 
Из оставшихся способов которые не не опробовали:
1) При сотрудничестве с агенством нанимаете параллельно и фрилансера или ещё одно агенство которые следит за качеством исполняемых работ. Кажется что это двойные траты, но некоторые работают куда лучше когда знают что их проверяют
2) У меня лично бывали случаи когда заказчик предлагал процент от продаж в обмен на услуги. Схема довольно доверительная и при ней обычно все стараются. Ну а как отслеживать продажи через конкретный канал уже совсем другая история.
Я бы предложил итерационный метод.
0. Если нет - настройка аналитики и сбора статистических данных. (подрядчик)
1. Комплексные работы по оптимизации: план и выполнение (Вы+подрядчик)
2. Оплата (Вы платите подрядчику за однократную настройку аналитики и за работу по анализу результатов и оптимизацию - одна итерация)
3. Ожидание (Вы, около 4 недель)
4. Сравнение с предыдущими результатами (Вы, затем подрядчик)
5. Выводы (Вы, затем подрядчик)
6. Goto 1