Как научиться писать приложения на pure JS?
Про архитектуру и шаблоны проектирования (паттерны) есть книжки.
Ненормальные статьи про MVC штампуются потому, что MVC задумывался не для web'а, и вообще лет за пятнадцать до появления www. Есть неплохая статья рассказывающая о том, как мы докатились до ситуации, в которой буковки MVC лепят куда попало потому что это модно. Если интересно, почитайте оригинал Реенскауга, но перевода вроде нет.
А в фреймворках и библиотеках нет ничего плохого. Относитесь к ним как к наборам инструментов или готовых деталек (как конструктор лего, например). Но плохо, когда человек не знает ничего кроме своего любимого фреймворка, и если в этом фреймворке нет нужной детальки - сразу конец света наступает.
фреймворки - это не "завистмости"
это шаблон работы и отдельный язык программирования (DSL), также отдельным ЯП является SQLглавный недостаток фреймворков - огромная сложность, сравнимая со сложностью изучения языков веб-программирования
новичку это не нужно - надо обучаться от простого к сложному а не наоборот
просто сделай например форум без использования чужого кода
и еще лучше - без языков типа SQL - используй SQL только тогда когда это действительно необходимо и неизбожно - а до этого научись делать свою БД на файлах
просто ограничься чистыми языками - js css html 
и совсем немного php - потому что сервер тонкий делай вначале, потом можно и толстым заняться например на node.js
MVC - это тоже фреймворк, он не нужен, потому что веб-программирование уже построено по этому принципу
javascript.ru/node/723
после использования MVC люди потом жалуются что веб-приложения тормозные
а на самом деле js может уступать си всего в полтора раза, как и java например