Что делать если с ростом проекта архитектура превратилась в кашу и быдлокод?
Просто пишите дальше код. Развивайтесь. 
Ведь если бы Вы этого не делали - не написали кучу быдло кода, сейчас бы вы не понимали что можете все сделать лучше.
Есть время - занимайтесь рефакторингом.  Это крайне интересно.
Переписывайте по кускам.