Ухудшает ли Windows Aero производительность в играх?
Нет, не влияет
собственно год назад еще играл Dota2 на точно таком же конфиге - Core 2 Duo с частотой 3.0 и NVIDIA GTS 250 на 512 mb видеопамяти - и тоже помню тестировал с отключением Aero.
Сказать честно что разница ощутима нельзя, но если судть сухими цифрами, фпс проседал  чуток больше с включеным Aero.