Можно ли банить через fail2ban за определённые запросы?
Ну так он и предназначен собственно для того чтобы парсить файлы логов, и банить файерволлом по определенным запросам. Просто почитайте про настройку.
https://habrahabr.ru/post/236859/ - не подойдет?
Можно просто перейти к настройке fail2ban и натравить его на то что вы хотите.