Как сделать так, чтобы старая версия приложения удалялась после обновления в app store?
AppStore тут ни при чем, это косяк программистов, не учли что были данные старой версии, как минимум можно было бы их удалять.
Однозначно косяк в ресурсах, что то поменялось в хранимых данных, а они остались от старого приложения. Что бы такого не было, нужно делать миграции, которые приведут старые данные к актуальному виду.