Как защитить веб сервер от взлома через скрипты?
допустим делаю каталог для всех сайтов /var/web/site1 ../site2 ../site3 и тд ... раздаю пользователей фтп всем сайтам, и права 777 распространяющиеся на их папки
Ну, например, покурить мануалы и сделать нормально, а не как сейчас. Выделить каждому пользователю доступ только к их каталогу, например.
Ну и снять со всех файлов флаг "исполняемый".
Защита веб сервера от таких вещей мероприятие очень сложное и комплексное. Не зря продукты типа cloudlinux работают с плеском и цпанелью - это в общем.
В вашем случае чтобы проблемы не повторялись надо сделать чтобы:
1 каждый сайт = отдельный пользователь.
2 пользватель не может читать/писать за пределами папки с его сайтом
3 процессы php для каждого сайта запускаются от его пользователя
4 вебсервер игнорирует симлинки
5 для популярных ЦМС лучше запретить запуск php в папках типа uploads
6 запретить php функцию exec