Хранение данных: обычный объект или ключ как значение?
Документ, в контексте Монги, это JSON объект, который, в свою очередь, является key-value набором. В первом приведенном вами примере key это name и cities, а value это строка с названием страны и массив городов. Во втором варианте key-ев нет, а это значит что не получится db.collection.find({ country: "Russia" }) и придется использвать полнотекстный поиск. Тут уж сами решайте.
И кстати: countries.
Обычно удобнее что-б ключи были фиксированные - не нужно гадать/перебирать, что-б получить значение.
Проблема может возникнуть если вы в будущем добавите ещё по стране в каждый элемент или т.п.
Памяти это (почти) не сэкономит. Проблем с хранением не возникнет.
Если расширять не планируется и хорошо подходит под текущие запросы, то никаких проблем.