Ios safari баг, position: fixed; для .header как решить?
Что сразу кинулось в глаза. Это то что вы добавляете body-hiddenoverflow: hidden;
Но в iOS есть баг(https://bugs.webkit.org/show_bug.cgi?id=153852) с overflow для body а именно не работает.
А в место этого уберете width у main-wrapper и добавите следующий стили:position:relative;
overflow: hidden;
то получите следующие 
Ребят всем спасибо большое!!!! Прикрутил вот этот костыль - https://github.com/scottjehl/device-bugs/issues/23
Заработало!