Как разобраться в философии symfony2?
Бандлы - самодостаточные модули инкапсулирующие какие-то сервисы и прочую штуку. По сути это расширения для DependencyInjection, если очень грубо.
Модели - это те самые Entity грубо-говоря. Вообще есть такое понятие как Доменная-модель. Это просто структура данных, сущности которыми оперирует бизнес логика. Последняя должна быть инкапсулирована в сервисы (всякие UserManager, PostManager и т.д.). В Yii модели смешаны с сервисным слоем и по этому у вас получается путаница.
Что до кода... есть распространенный подход иметь свой AppBundle и фигачить все в нем. Есть так же рекомендуемый подход - не использовать бандлы вообще. То есть.... бандлы должны быть самодостаточны и их основное предназначение - реюз логики между проектами. Бизнес-логику приложения реюзать у вас не выйдет, поэтому рекомендуется просто писать код и регистрировать его в app/Resources/config/services.yml или что-то в этом духе, как именно решать вам. Профит в том что вы на замарачиваетесь всей этой фигней с бандлами и у вас возникает меньше вопросов по структуре. А если же вы захотели что-то вынести в бандл - например сервисы для авторизации которые реально можно реюзать, то вам никто не помешает это сделать. В итоге у вас будет структура проекта приблизительно такая:| - app
| - var
| - src
  | - Controller
  | - Entity
  | - Bundle/
    | - MyAuthBundle/
| - web
ну как-то так. Как не странно такой подход не сильно распространен в Symfony-сообществе хотя его рекомендуют в недавно вышедшем бест практис буке и в принципе эта струтктура более чем логична.
Что до виджетов, в Symfony2 есть HMVC. То есть вы можете сделать эдакие под-запросы на другие контроллеры внутри вьюшек. Можно скажем все "виджеты" инкапсулировать как отдельный контроллер с методами и дергать их из вьюшек.<div id="sidebar">
    {{ render(controller('AcmeArticleBundle:Article:recentArticles', {
        'max': 3
    })) }}
</div>
Это дает больше гибкости, внутри каждого контроллера можно дергать другие контроллеры. Можно прикрутить кеширование на уровне обработки запросов (кешировать скажем все подзапросы по каким-то критериям) и т.д.
Symfony это конструктор, который поставляется в собранном виде. Но ничто не мешает вам его разобрать и собрать по-своему. Многие критикуют фреймворк за это качество: нет ощущения целостности как у Yii или Laravel. Похожее говорили в свое время про Zend1: монстр, куча несвязанных компонент, лучше я буду кодить в своем уютном CodeIgniter-e.
Symfony Framework - это (грубо) HttpKernel + DependencyInjection Container (DIC) + EventDispatcher. 
Главное задачей HttpKernel является конвертирование Request в Response. Для этого он загружает и инициализируется бандлы, создает контейнер (DIC), пытается по Request определить контроллер, выполнить его и убедиться, что результат выполенения контроллера является объектом Response, если нет, то пытается преобразовать результат в Response.
DIC занимается созданием и хранением сервисов, если совсем грубо, то это такой навороченный Registry.
Ну а EventDispatcher запускает события, на которые могут подписываться любые части фреймворка и приложения. Вы можете подписаться на любые события внутри Symfony и влиять на ход выполенения вашего приложения.
Бандлы лучше всего сравнить с плагинами. Есть ядро, которое было описано выше, а бандлы это плагины для него, добавляющие некий функционал (FrameworkBundle, TwigBundle, MonologBundle). FrameworkBundle это основной плагин, который добавляет основной функционал: формы, валидация, сессии, translations. При желании его тоже можно заменить как и любой другой. Другой задачей бандлов является интеграция различных библиотек в ваш проект: twig, monolog, swiftmailer (поставляются с симфони), sphinx, elastic и т.д. Ну и логика приложения так же может быть размещена в бандлах.
Чтобы Symfony узнал про ваш бандл, его необходимо зарегистрировать в AppKernel.
У каждого бандла есть своя конфигурация, с помощью которой он может интегрироваться в Symfony:
1. Регистрация своих сервисов в DIC. Далее вы можете использовать их, например, в контроллере: $container->get('sphinx.search')->query(...)
2. Бандл может повесить свои сервисы на какие-то события. Например, на событие KernelEvents::CONTROLLER, тогда ваш бандл получит управление при подборе контроллера и вы сможете обойти штатный механизм подбора и вернуть свой, который и будет выполнен.
3. Использование тегов. Например, вы создали класс HelloWorldViewHelper и хотите его подключить в Templating. В конфигурации указываете для него тег "templating.helper" и он будет подхвачен Symfony и встроен в шаблонизатор.