Место на облачном хостинге занято системными и прочими вещами, нормально ли это?
Вот в этом и разница между хостингом и VPS.
В случае хостинга настройкой системы занимается провайдер. Вам выделяется место под ваш сайт и вашу бд. Все. Но вы не можете влиять на настройки ОС никак, разве что в рамках выделенной вам панели управления.
В случае VPS - вы получаете сервер. Ессно, ОС должна занимать какое то место. Но вы абсолютно свободны в устанавливаемом софте, его настройках. И платите вы не за место, занимаемое вашим сайтом, а за сервер целиком. И настройка сервера лежит исключительно на ваших плечах.
Все нужные мне файлы находятся в 
16G     /var/www  
А хостеру я также оплачиваю 
2.9G    /usr   
8.2G    /var/lib/dockerUpdated:
Ответ хостера.
В шаблон ISP Manager для облачного хостинга включен Docker для работы расширенных опций мониторинга (Grafana).
Мы удалили docker с вашего сервера, в данный момент на нём свободно 9.8 ГБ.