В advanced шаблоне yii2 в папке frontend/web нет index.php?
php /path/to/yii-application/init выполни команду
Надо скрипт init запустить с указанием нужного окружения. 
В advanced-шаблоне конфиги и файлы index.php зависят от окружения и лежат в папке environments. С помощью скрипта init они оттуда копируются в приложение.