Сможет ли взаимодействовать 2 разные Unix системы?
Самба АД - это всегда ужасно, но работать должно. Особенно, если версии не очень различаются.
Samba - это неродной для Linux файловый интерфейс. Он IMHO создавался для интеграции Windows систем. Просто исходя из этого предположения я-бы поискал другие способы. Например NFS.