Какие недостатки GitHub Pages?
А какие минусы? 
Очевидно, это статика - никакого пхп, ноды, руби на рельсах, баз данных... только статика. Это накладывает определенные ограничения. Можно использовать Jekyll или что-то с ним схожее, но сути это не меняет.Возможно ли как-то сайт защитить от копирования, но чтобы он был опубликован? 
А что вы хотите от копирования защитить? HTML? CSS? JS? Все это, так или иначе, прилетит клиенту, так что вопрос защиты от посторонних глах несколько абсурден.
Главный недостаток - отсутствие бекенда.