Удаление mysql-binlog'ов?
лучше пусть мускул сам подчищает старые логи, например опция: 
[mysqld]
. . .
expire_logs_days = 5
. . . 

заставит мускул чистить логи старше 5 дней.
Можно вынести логи старше какой-то даты
PURGE MASTER LOGS BEFORE '2010-10-08 00:00:00';