Linux: вывод звука на колонки или наушники?
Купите копеечный кабель — разветвитель на два джека. Я в похожей ситуации таким пользовался достаточно давно.
На некоторых материнских платах с встроенным аудио есть разъём (щёточка) для выноса гнёзд аудио на переднюю панель. Реалтековский драйвер (венда) на моём компе имел опцию разделения выходов — чтобы оба гнезда были видны в системе как независимые устройства. Проблема в том, что многие программы не рассчитаны на переключение на лету. Возможно, её может решить Virtual Audio Cable, но я с ним дела не имел и не собираюсь виду отсутствия виндовса.

Что касается Linux — в убунте есть вот это, но оно не работает — передние и задние гнёзда работают как analog output, а когда я выбираю наушники, оба гнезда молчат. Возможно, линукс просто не умеет работать с моей материнкой.

Посмотрите на спецификации вашей материнки, может, у вас получится.

А в крайнем случае, можно спаять простейшее устройство, которое будет переключать каналы и им можно будет управлять программно.