Как документировать код на JavaScript?
Все придумали до нас: JSDoc
Предстоит сложный проект
Очевидно, что писать сложный проект на ЖСе не самая лучшая идея.
Пиши на typescript'e и понадобится намного меньше документации и въехать в проект можно будет намного проще и быстрее. Про упрощения поиска ошибок самому вообще молчу.