Как восстановить файл после chkdisk?
Можешь попытать счастье внутри каталога "found.000" в корне диска, если в конце было написано, что потерянные кластеры преобразованы в файлы.
И как ты умудрился так ФС ухандохать?
> Система: Windows x64 
Какая машина? - Красная.
 Пропал файл размером 30ГБ стал весить 0. (шифрованный образ диска)
Вы можете попробовать воспользоваться программой восстановления из chk-файлов CHKParser32, но я думаю, что к сожалению, шансы очень малы. 
Checkdisk кромсает файлы как хочет и вероятность того, что получится собрать все куски в нужном порядке для такого большого файла - нулевая. 
К тому же его содержимое - это, по сути, белый шум из-за шифрования, т.е. проделать какой-то осмысленный анализ данных также невозможно.