Как перемещать файлы с заданными характеристиками?
Избавляться надо от ненужных преобразований типа $Paths = $Paths.FullName
От вложенного цикла надо избавляться.  N^2 однако. Если он там, конечно есть
Так как нет примера того что у вас в csv, непонятно зачем он нужен вообще
по тексту у вас вроде как во внешнем $Path должна быть уже просто строка
Почему вы её ещё раз перебираете как foreach ( $Newpath in $Path) ?

Ну и мувать с -Exclude *.xl* тоже странно, проще проверить на xl* в коде, чем заставлять этим заниматься move-item. Может быть, вы ps заставляете по новой весь каталог обшаривать таким образом, а в нём 10000 файлов xls

Плюс, логи на каждый мув могут вас тормозить

-Passthru на move-item излишен, он может заставлять по новой читать параметры файла с диска, а вам от него нужен только новый полный путь, который вы и так знаете

А вообще я бы каталоги целиком таскал, по крайней мере на первом проходе.
Судя по количеству ваших файлов, там большущая помойка.
Я бы делал в 2 этапа:
(1) выборочный перенос в папку на том же диске;
(2) перенос на другой диск целиком одной большой папки, сформированной на первом этапе.