Что нужно сделать, чтобы данные телеграмм бота на Heroku не удалялись?
Нужно почитать документацию Heroku. Или хотя бы другие ответы по тегу heroku на этом ресурсе. Например Как устранить ошибку 500 на Flask Heroku?
Документация Heroku
If you were to use SQLite on Heroku, you would lose your entire database at least once every 24 hours.
Решение:
Instead of using SQLite on Heroku you can configure your app to run on Postgres.

Источник