Как сделать плавное затухание/появление видео?
Не стоит смешивать чистый JS и jQuery.
https://jsfiddle.net/ts31yue2/2/ - вот более грамотный вариант, есть десятки разных способов )
Чтоб не городить всякое, вам надо лишь разместить поверх видео некоторый div с цветом фона. Вот его и анимировать.