Можно ли использовать Sphinx для переноса товаров между таблицами MySql (MariaDB)?
Сфинкс это только поисковый движок, он может только искать, никаких инсертов и делитов в нем нет и не будет.
Индексируете свою таблицу. 
Ищете ид записей в сфинксе.
Передаете их в бэкэнд.
делаете с ними что вам угодно.
И вообще, стоит ли мне использовать sphinx для таких нужд или работать с памятью? У меня VPS с 2-гигами озу.
А сами то вы понимаете что спрашиваете ? При чем тут память и сфинкс ?
1. из таблицы А берестя фраза, обрабатывается по какомуто условию pregmath
2  эта фраза ищется в таблицы Б, причем данные в таблице Б так же предварительно обрабатываются по какому то условию pregmath
3. интересует поиск (сопоставление) именно вот этих предварительно обработанных фраз