Почему файл создается в /home/admin/, а не в /home/admin/domains/mydomain.com/public_html/?
Потому что рабочая папка при таком запуске будет /home/admin, добавьте в скрипт 
chdir(dirname(__FILE__));
в самом начале, тогда рабочей папкой будет та где лежит скрипт
потому что крон выполняется от какого то пользователя. в данном случае - от пользователя админ.
И по умолчанию текущим каталогом является его хоум.