Первые шаги в PHP, имет ли смысл начинать с MVC?
Мой скудный опыт программирования включает приличные знания SQL, небольшое знание Perl, представление о том что такое C и базовое понимание объектной парадигмы.

MVC уже любит и ждет вас.

1. Подскажите простой русский туториал по php версии 5.1. Особенно интересуют ньюансы шаблонов и работы с БД.

php.su

2. OpenCart это годный пример или быдлокод для знакомства с языком?

Годный пример — популярный фрейморк с MVC. 

3. Почему в PHP такая куча файлов? Потому что отдельный класс = отдельный файл или это стиль кода? Нельзя ли поменьше файлов, я так не привык :)?

1. Так удобнее работать, и это удобство мегапозитивно сказывается на скорости и эффективности работы. «Разделяй и властвуй»
2. Незадействованные фрагменты могут не подгружаться — таким образом достигается легкость и низкая ресурсоемкость конечного приложения
3. Конечно можно поменьше! Фреймворки ждут вас :)

4. Есть ли какая то простая IDE для PHP под винду. Раньше для всего мне хватало vim под unix, но с кучей файлов PHP + MVC получается чертовски неудобно. Может ли IDE сгенерить схему взаимосвязей объектов php по типу как рисуются схемы баз данных SQL?

1. Работайте с линуксом, там есть масса удобных IDE. Под виндой будут проблемы (холиварщики идут в гугль и по мануалам, в т.ч. PHP User Guide)
2. Можно, но в большинстве случаев простая структура БД — отличное преимущество

5.1 Как делать верстку html для php? Есть нуб-верстальщик которых хочет осваивать Dreamweaver, это нам поможет?

1. Dreamweaver не надо, надо учебник и спецификацию CSS2. Хорошее место для этого вопроса — htmlbook.ru
2. Верстка HTML для PHP не отличается от верстки HTML для чего-то другого. Она сама по себе.

5.2 MVC под PHP оно нужно вообще? При запуске скрипта подгружаются сотни файлов, очень низкая производительность. А вдруг мой проект выстрелит и будут тысячи посетителей, придется отказаться от PHP, может это сделать сразу?

1. Да, нужно. Но можно и без него.
2. Подгрузка файлов производительности не снижает (могу показать очевидный прув, но лучше прогуглите). 
3. Возможность не подгружать лишнее — производительность повышает
4. Это не причина для отказа от PHP. Конечно, есть причины… но не эта. PHP вас, скорее всего, не подведет.

6. А может быть вовсе не php или нафиг MVC? Но скрипт магазина с нуля писать не хочу!

Python+Django. MVC — как минимум, хорошая школа, которая пока никому не повредила.

Все это может упасть в совершенно чистый от каких либо концепций мозг.

Тогда еще раз смотрите ответ на вопрос №6 :)
MVC это паттерн проектирования приложения, с языком или количеством файлов он никак не связан, также как не связан с ООП. Это разделение всей логики приложения на три уровня. Я как-то создал MVC приложение на php в рамках процедурного подхода. Каждый запрос — два инклуда, а чисто теоретически и без них можно было бы обходиться, но эстетически некрасиво.