Почему сайт отображается по-разному в одном и том же IE, но на разных серверах?
Проблема только в IE или во всех браузерах?
Можно ссылки на сайты на разных серверах?
Скорее всего все таки криво выложили, или где то в коде привязка к конкретному домену.
С такими проблемами очень часто сталкиваются те, кто переносит сайт на другой сервер. Смотрите что не так в отладчике хрома или лисы. Смотрите ошибки в логах сервера. Причин может быть множество, начиная с неправильных прав доступа к файлам на сервере, заканчивая неверными настройками самого сервера или отсутствующими модулями Apache или Nginx.