Каким методом шифровать пароли для хранения в базе данных?
Не актуален md5.
https://php.net/manual/ru/function.password-hash.php
habrahabr.ru/post/194972
Вам все-таки шифровать или хэшировать? Если второе - SHA1, SHA256, SHA512 вполне сойдут.