В чём разница между ключевыми словами «запрос спб» и «запрос в спб»?
Да под все
Все и развивать
Яндекс уже давно умеет выдавать по синонимам. 
Вбей "проститутки Мск". Вся первая страница без упоминания слова "Мск", но с упоминанием "Москвы". 
Потому предпочтительно оптимизировать под основной запрос. Синонимы опционально, но не обязательно.