Какой выбрать способ хранения массивов?
Воспользуйтесь postgresql, он умеет массивы.
Если на уровне запросов не нужен поиск по одному из чисел - то можно хранить данные в виде "int,int,int" (implode(',', $array)). Иначе нужно хранить в отдельной сущности, реализовывая связь многие-ко-многим