Как отразить хакерскую атаку на сервер (хостинг)?
Похоже на взлом самой ОС на VPS. Вы концентрируетесь на сайтах - возможно, вы не там ищите.
Обновите ОС (кстати, какая у вас стоит?). Если есть возможно остановить сервер на какое-то время и есть все бекапы, то, возможно, лучше (и быстрее) установить свежую ОС из чистого образа с офф.сайта, после чего поднимать бекапы.
А вообще, вам нужен грамотный админ, не специалист по сайтам, а именно администратор ОС, который разбирается в системной безопасности. Его, возможно, не придется нанимать на постоянку, а просто дать ему разовую работу по установке ОС, настройке безопасности, заливке и поднятию сайтов. Но не стоит слишком на нем экономить, вы же не хотите опять увидеть этот зеленый флаг через пару недель.
Обновить все что только можно обновлять (os, apache, nginx, php, cms, плагины cms) + Как защитить сайты от взлома?
Переместить админки cms на нестандартные url адреса и закрыть их через www.softtime.ru/info/apache.php?id_article=27
Запретить выполнение php кода в директориях где php кода не должно быть вообще, особенно если в нее могут заливаться пользовательские файлы. 
Запретить пользователю от которого запускается web сервер запись и чтение директорий, которые он не должен трогать.