Компиляция Vue-приложения в обычный js скрипт? Или не возможно?
Читай официальную документацию, а не хрен пойми что, vue init webpack не в ходу уже пару лет.
База без всякой сбоорки.
Vue-cli - создание проекта\сборка одной командой.
Последний год использую symfony/encore и пишу обертку для php, которая читает файлы manifest.json, получая ссылку на них, вместо генераторов и билдеров, написанных разработчиками фреймворка.

Позволяет require и import любых библиотек, любые пресеты и препроцессоры, и все бонусы с этим связанные. И вообще сам Vue при этом необязателен, можно хоть из своих js файлов проект собрать.