Php5-fpm какие скрипты выполняются в данный момент?
о, нашел сам!
request_slowlog_timeout в php-fpm.conf дает то что нужно. знал что есть такое, но не знал где :)
Для решения вашей задачи также подойдёт сервис newrelic.com — мониторинг приложения и сервера. Позволяет быстро диагностировать проблемные места.