Когда нужно использовать Spring Boot?
Вы неправильно противопоставляете Spring MVC и Spring Boot. Spring Boot это просто развитие инфраструктуры Spring, позволяющее во многих случаях избавиться от необходимости вручную конфигурировать.
Посмотрите jooby.org, как замену  springboot и springMVC. В Jooby и то и то органично совмещаются.