Как посмотреть количество открытых файлов в системе?
Открытые файлы показывает конечно же lsof, а параметры ядра больше касаются дескрипторов, эти конкретные, означают:
nr_open - жесткий лимит на открытые дескрипторы, более полезен параметр file-max - мягкий лимит.
file-nr - показывает выделенные дескрипторы, неиспользуемые и максимум, соответственно. Число выделенных дескрипторов больше, т.к. ядро их выделяет динамически и не освобождает, так что их число постоянно растет.
Команда "lsof | wc -l" показывает гораздо большее значение, чем всего открыто файлов в системе на данный момент на самом деле. 
Это связано с тем, что по несколько раз в подсчёт попадают одни и теже файлы, используемые разными процессами.
Для подсчёта общего числа открытых файлов лучше использовать первое значение в выводе команды "cat /proc/sys/fs/file-nr".
Либо, если всё же использовать lsof, то вывод придётся подвергать дополнительной обработке, убирая дубликаты. Как проверить все открытые файлы пользователем или...