Как правильно структурировать mongodb?
Лучший способ - взять реляционную БД, раз тут зреет структура и отношения. Для этого они и нужны.
Когда начинаются вопросы "какую структуру выбрать" или "как хранить, всё в 1 документе или по коллекциям" сразу становится понятно, что выбор БД был неверным.
Но раз уж монга, то лучше хранить всё в 1 документе, а не размазывать всё по кучи коллекций. А чтобы быстро искалось (в том числе, и по полям внутренних объектов) есть индексы.
Да, у монги есть и подобие транзакций, и джойны. Но в реляционных БД это всё сделано лучше и надёжнее, ACID всё же. Так что минимум коллекций, потолще документы.
Meteor изначально даст вам схему документа пользователя (при условии использования стандартного пакета от MDG Accounts){
  _id: "bbca5d6a-2156-41c4-89da-0329e8c99a4f",  // Meteor.userId()
  username: "cool_kid_13", // unique name
  emails: [
    // each email address can only belong to one user.
    { address: "cool@example.com", verified: true },
    { address: "another@different.com", verified: false }
  ],
  createdAt: Wed Aug 21 2013 15:16:52 GMT-0700 (PDT),
  profile: {
    // The profile is writable by the user by default.
    name: "Joe Schmoe"
  },
  services: {
    facebook: {
      id: "709050", // facebook id
      accessToken: "AAACCgdX7G2...AbV9AZDZD"
    },
    resume: {
      loginTokens: [
        { token: "97e8c205-c7e4-47c9-9bea-8e2ccc0694cd",
          when: 1349761684048 }
      ]
    }
  }
}
И как мне кажется логично будет запихать нужные вам данные в profile, либо создать объект location
Достать потом это не составит труда (произвольные примеры):Meteor.user().profile.country
Meteor.user().profile.cityMeteor.user().location.country
Meteor.user().location.citydocs.meteor.com/#/full/accounts_api