Два одинаковых интернет-магазина на разных доменах
А какой смысл вообще делать второй сайт? Почему бы первый не использовать для всей России?
был сайт www.shop.region.ru добавлен www.shop.ru. Один(глобальный) делаете основным, второй пишем как зеркало (см. ниже). Брендируем глобальный. На глобальном делаем ссылку на региональный и наоборот. 
robots.txt дока по яднекс, 
googl поисковая строка