Как лучше всего организовать файлы для большого проекта?
Очень советую TARS, как раз подойдет для текущей задачи. Есть подробное описание на двух языках + статья на хабре.
Гит хуки сделайте при пуше в ремоте, у нас так стоит, удобно, работаешь локально, чтобы обновить на сервере, достатучно одного пуша и всё.