Интеграция Linux и MySQL?
В данном случае - хранить юзеров в MySQL, а в систему их выводить через PAM. Рута обходить каким-нибудь макаром, а остальных пробрасывать в MySQL. Не знаю, правда, делал ли так кто, но вот юзеров из AD так запросто цепляют.
Ну логика такова. Прописать баш скрипт, который в качестве параметров будет принимать username; password и выполнять поочередно:
Создать newUser
Добавить newUser to mysql
Естественно под капотом надо продумать про привилегии, группы и прочее.
Также можно сделать 2й баш по аналогии, только для смены пароля (чтобы не рухнул карточный домик, как сказал Adamos)