Чем заменить nginx-upload-module?
Мы в итоге сделали без модулей, силами nginx, через clientBodyInFileOnly. Вот например описание метода.

Есть свои особенности — например, не принимает multipart/form-data, но в общем, пока рады-довольны этим способм.
Мы сделали на базе модуля https://github.com/pgaertig/nginx-big-upload , т.к. нужно было не просто загружать файлы, а загружать большие файлы с возможностью докачки. Если без докачки, то и clientBodyInFileOnly сойдет.