Каки правильно применять юнит тесты к Entity Framework?
репозиторий не покрывается юнит тестами (иначе выйдет так что вы будете тестировать не свой репозиторий а Entity Framework) Вот и все. Используйте интеграционные/функциональные тесты.
Если желаешь протестить работу репозитория - мокируй EF.