Как защитить свой код на PHP от стороннего использования?
Скрывать код от коллег — бесполезное и бессмысленное занятие. Это означает, что вы им не доверяете, или они вам. В крупных компаниях принят принцип внутренней открытости. В яндексе любой разработчик может прочитать и использовать код внутренних серверов, в микрософте можно счекаутить windows (кроме коммерчески значимых участков кода типа bitlocker и алгоритмов ранжирования в рекламе и в поиске).
Защитить право на код очень просто — сделать его открытым. Тогда все точно будут знать, что это ваш проект, а не чей-то ещё.
Я, возможно, буду слишком категоричен, но в вашей ситуации… никак. Код хранится незашифрованным, доступ к нему имеете не только Вы, а это значит, что стопроцентной гарантии не дадут никакие меры предосторожности.
Вообще, от коллег обычно помогает NDA, в которое у нас, например, был включен запрет на личное использование любых совместных разработок. Я не юрист, а потому не знаю, сколь серьезны могут быть (ну, хотя бы теоретически) последствия нарушения этого соглашения, но проверять почему-то не хотел никогда.