Пишут ли программы для виндовс и линукс на java?
Да, программы для Windows и Linux пишут на Java. Как и на огромном количестве других языков, перечисление которых в ответе было бы контрпродуктивным.
Универсальные языки отсутствуют. Для винды лучше писать на шарпе, в то время, как для линукса будет лучшим c++. А java'у не рекомендую, т.к. ее производительность оставляет желать лучшего, плюс с данными системами она работает только поверхностно.