Как ускорить множество INSERT в Mysql?
Можно запихнуть все это дело в транзакцию, так индексы пересчитаются 1 раз.
Правда я бы рекомендовал пакетную вставку в цыкле. В смысле набить запрос на N вставок одним insert, выполнить, далее еще раз наполнить и выполнить и т.д.
Конечно. Не делать это в цикле, а делать пакетно.  Кстати, хорошо бы код показывать и объяснять, зачем такой цикл необходим.