Проиндексируют ли Google и Yandex JSON размещенный в html теге?
Большое дерево комментариев выгодно передать на клиента в JSON и там практически мгновенно отрисовать. Серверная отрисовка деревьев чудовищно медленная.

Что? С чего вы это взяли?
Я понимаю, что трафика с сервера будет больше (хотя этим можно пренебречь), но почему серверная отрисовка будет медленнее?
Вставляйте в атрибут data-. jQuery даже автоматически распарсит JSON:
<article class="boat" data-schedule="['Moscow', 'Paris']">...</article>
$('.boat').data('schedule') === ['Moscow', 'Paris'];
