Стоит ли отказываться от JS в мобильных версиях сайта?
наоборот аякс будет экономить трафик. Просто надо писать на "чистом" js
В идеале вообще заюзайте  HISTORY api
В принципе, верно все написали, что экономить трафик вырезанием JS - не лучшая история. Однако, лично меня жутко бесят сайты, что нагромоздили JS донельзя и что не ткнёшь пальцем - подвисает на пол секунды. Сам по себе браузер вещь довольно громоздкая и жрёт ресурсы неимоверно, а JS рад украсть ещё пару... миллионов тактов. Тогда как по производительности нынешние мобильные камни едва догоняют Pentium D, а это, простите, лет десять назад когда рендер JS-ом ещё только появлялся, а красивые странички напичканные (или полностью из) флешем (который имел GPU-ускорение) были пиком моды.
Так что по правде - важно соблюдать компромисс. Да где угодно его важно соблюдать - пока грузится голый html, а потом рендерится JS-ом ещё несколько секунд (ибо не сразу всё подгружается) и начинает сиять всеми цветами радуги - чувствуется вся убогость www. Просто помните, что Вы пишите под браузер, который далеко не такой умный и быстрый, как хвалят его в Google, Apple, MS или Mozilla, а наоборот - неповоротливый, жадный до ресурсов и очень зависимый от качества Интернет-соединения.
Так что вот правильный воркфлоу: Рендер на сервере в html.  Упаковка JS и CSS скриптов в один .js и .css файл соответственно.  Сжатие GZIPом упакованных .js и .css файлов и рендеренный .html файл.  Передача сжатых данных на клиентское приложение (браузер). 
А вот небольшие наблюдения по поводу JS: Прототипное наследование жутко медленное. Как, впрочем, и работа со списками (массивами). Математика и управляющие выражения с циклами в цел.... Библиотеки по умолчанию очень тормозные. jQuery в целом адекватная. Если очень нужна производительность - WebGL и asm.js - жутко быстрые.