Есть ли у apt-get команда для сборки пакета для chroot?
качать через apt-get с параметром -d (download only)
скачает  пакеты в локальную директорию.
ставить через dpkg --root=/path/to/dir
насколько я знаю apt-get так не может, зато у dpkg есть опции --instdir=dir и  --unpack возможно это позволит сделать то что вам нужно.