Имеет ли право заказчик использовать мои наработки, если договор расторгнут по причине срыва сроков, а предоплата возвращена на 100%?
Как минимум можно по авторским права наехать. И запросто.
Как в случае суда происходит доказательство авторства кода?
Через эксперта
Тут вам вообще крупно повезло.
Дело в том, что в делах по нарушению авторских прав проблемой является оценка труда, на основании которой и дается оценка ущерба.
В вашем же случае есть договор и есть суммы оплаченные (и возвращенные).
Таким образом, вы сможете получить за нарушение прав даже заметно больше, чем получили бы по договору за работу.
я так скажу - если цена вопроса не позволяет нанять грамотного юриста ~ 30-100 тр - забейте и спите спокойно. Можете мелко нагадить заказчику опубликовав про него негатив. 
а если бюджет позволяет - наймите юриста.