Как провести отладку скрипта, подгруженного через ajax?
Я может и ошибаюсь, но что то подсказывает мне, что подгружать JS ajax-ом не совсем true way. Может имеет смысл пересмотреть архитектуру?
Если трудности с локализацией самого контекста скрипта, это бывает при  eval к примеру, ставьте в код
 debugger;
и при открытом отладчике вы попадете в контекст исполнения.