Почему в Ubuntu 16.04 медленный apt-get dist-upgrade?
Так бывает, что сервера зеркал могут быть перегружены.
Можно поменять mirror в '/etc/apt/sources.list' на, скажем, Яндекс:deb http://mirror.yandex.ru/ubuntu/ xenial main 
deb-src http://mirror.yandex.ru/ubuntu/ xenial main
Или любое другое зеркало, близкое по региону к вашему серверу.
башлять провайдеру за более крутой тариф?