Что использовать для сравнения двух CSV файлов?
допустим у нас есть файлы file1.csv и file2.csv
$ cat file1.csv
kpi1,kpi2,kpi3,kpi4,kpi5
1.23,5.67,2.21,3.45,4.44

$ cat file2.csv
kpi1,kpi2,kpi3,kpi4,kpi5
0.23,5.67,2.22,3.45,2.44
где согласно условию: "Заголовки одинаковые, возможны вариации в значениях."

cat file1.csv | head -1 | tr ',' '\n' > file3_1.csv
cat file1.csv | tail -1 | tr ',' '\n' | paste file3_1.csv - > file3_2.csv
cat file2.csv | tail -1 | tr ',' '\n' | paste file3_2.csv - > file3_3.csv
в итоге получим
$ cat file3_3.csv
kpi1	1.23	0.23
kpi2	5.67	5.67
kpi3	2.21	2.22
kpi4	3.45	3.45
kpi5	4.24	2.44
для удобства можно ввести 4-й столбец где укажем разницу между вторым и третим
cat file3_3.csv | awk '{print $0"\t"$2-$3}' > file3_4.csv
$ cat file3_4.csv
kpi1	1.23	0.23	1
kpi2	5.67	5.67	0
kpi3	2.21	2.22	-0.01
kpi4	3.45	3.45	0
kpi5	4.24	2.44	1.8
а заодно добавим заголовки
echo -e 'name\t$2\t$3\t$2-$3' | cat - file3_4.csv > file3_5.csv
$ cat file3_5.csv
name	$2	$3	$2-$3
kpi1	1.23	0.23	1
kpi2	5.67	5.67	0
kpi3	2.21	2.22	-0.01
kpi4	3.45	3.45	0
kpi5	4.44	2.44	2
пример того как в консоли выделить красным цветом строки где разница между вторым и третим столбцом больше нуля:
cat file3_5.csv | awk '$4>0{print "\033[41m"$0"\033[0m"}$4<=0{print}'

для красивого оформления в консоли можно использовать утилиту csview
$ csview -t file3_5.csv
┌──────┬──────┬──────┬───────┐
│ name │ $2   │ $3   │ $2-$3 │
├──────┼──────┼──────┼───────┤
│ kpi1 │ 1.23 │ 0.23 │ 1     │
│ kpi2 │ 5.67 │ 5.67 │ 0     │
│ kpi3 │ 2.21 │ 2.22 │ -0.01 │
│ kpi4 │ 3.45 │ 3.45 │ 0     │
│ kpi5 │ 4.44 │ 2.44 │ 2     │
└──────┴──────┴──────┴───────┘
пример покраски значения в таблице:
csview -t file3_5.csv | awk '$8>0{print "\033[41m"$0"\033[0m"}$8<=0{print}'


для перекидывания в markdown  используем ключ -s, --style
$ csview -t -s Markdown file3_5.csv
| name | $2   | $3   | $2-$3 |
|------|------|------|-------|
| kpi1 | 1.23 | 0.23 | 1     |
| kpi2 | 5.67 | 5.67 | 0     |
| kpi3 | 2.21 | 2.22 | -0.01 |
| kpi4 | 3.45 | 3.45 | 0     |
| kpi5 | 4.44 | 2.44 | 2     |
Во-первых, большое спасибо xotkot - как старый юниксомд получил удовольствие разбирая его решение.
В попытке найти что-то готовое я попробовал https://paulfitz.github.io/daff/ - оказалось, он дает удобный отчет в CSV или HTML формате.  
(Правда, для использования в Github Actions мне нужен отчет в markdown и я пока не нашел  конвертор, который справляется со сложными отчетами. Но для простых работает, хотя почему-то без цветовой подстветки - см. скриншот. Но это уже другая история)