Почему тормозит mysql при insert и update?
Сперва-наперво: innoDB?
1. Какого типа индекс?
2. По какому полю идет выборка, и какого типа это поле?

Если есть phpmyadmin, посмотри что он предложит по оптимизации таблицы:
Таблица -> Структура -> Анализ структуры таблицы.
Может что полезное покажет.