Как организовать сложный код JS (подробнее внутри)?
1) Что-то не видно тут прям сложного приложения.
2) Прочитайте про паттерны "Модуль", "Фасад", "Медиатор", мне кажется этого вам должно хватить.
3) Вот тут неплохая статейка на тему.
По-моему, Angular со своим двусторонним связыванием и шаблонами будет в самый раз.