Скачиваю папку на рабочий стол, а ее не видно, скачиваю второй раз, пишет «Заменить файлы?» в чем проблема?
Атрибут "скрытый" уберите с папки, или включите отображение скрытых файлов.
Просто есть скрытые файлы в системе. Первый ответчик правильно написал.