Увеличение питания жестких дисков в Linux
Тут дело не в нехватке питания, а в экономии энергии. Введите:

hdparm -B 255 -S 12 /dev/sda

И щелкать перестанет (/dev/sda следует заменить на адрес вашего жесткого диска). Я узнал об этом из статьи "О том, как я заставлял Ubuntu работать 10 часов от батареи". Тестовый ноутбук на работе тоже пощёлкивал… До поры.
А с разъемами винта все в порядке? везде контакт есть? 
У меня был подобный случай, но с немного другими симптомами, у меня так же были проблемы с питанием винта. Проблема оказалась в конденсаторе на материнке, в районе вокруг южного моста.