Как сделать попроизводительнее?
Во первых виртуализация очень тормозит дисковые операции.
Отдайте диски напрямую виртуалкам, если не хотите отказываться от виртуализации.
Во вторых разберитесь из за чего собственно тормоза, т.е какой объем данных с какой скоростью идет на бэкап?
Можно поставить  в качестве кэша быстрый диск или нулевой рэйд сделать для приема бэкапа, а уж потом, неспешно копировать его на медленные винты хранилища.
разделять ресурсы на материальном уровне - два. 
Очень странная фраза. Поясните.Да и надёжность сравнительно упадёт. Вот это вообще перл. Почитайте для чего нужен RAID.
Мой совет:
Делайте RAID, две группы дисков, одну под систему, другую под вируталки. И все у Вас будет хорошо)