Есть ли смысл хранить медиафайлы на сервере в виде base64?
А какой смысл? Что-бы не писать файл физически, а хранить его в базе? Тогда будет база раздута, и очень сильно. Плюс пострадает производительность, так как надо будет сначала этот файл закодировать, а потом браузеру прежде чем его вывести раскодировать. В общем это абсолютно бессмысленно
Base64 можно использовать только для передачи, когда файлы "обернуты" в JSON или XML.
В остальных случаях лучше их хранить/передавать как есть.
Base64 - Это формат передачи бинарных файлов в виде текста, поэтому данные очень сильно "распухают".
Но это иногда нужно, когда принимающая сторона ждет на входе текст, а не бинарные данные.