Что должен знать Unix/Linux администратор?
Вы наверное удивитесь, но Unux/Linux администратор должен знать Unux/Linux. 
Этого в принципе достаточно.
На самом деле выбор будет не только Windows/Linux. 
Опишу подробнее Windows например: 
Windows: 
1. Active Directory DS/RMS/CS/FS.
2. Exchange
3. System Center
4. Azure
5. Hyper-V
6. IIS
Дальше:
Exchenge:
1. Exchange as server
2. Exchange Online
3. Office 365
System Center:
1. Configuration Manager
2. Operations Manager
...
6. (six products avalible in SC)
Azure: 
1. IaaS
2. SaaS
3. PaaS
В общем я о чем. Это не тот выбор. Выберите конкретно - веб сервера. Или почтовые. Или решения мониторинга. Или скриптовые языки. И учите и то, и то. Не заганяйте себя в рамки маркетинга.