Как ограничить кол-во запросов в секунду в Telegram боте?
Вам надо не "ограничить кол-во запросов", а изучить, что такое "race condition".
Банально можно в сессию добавлять параметр и проверять его наличие. 
Перед обработкой нажатия его устанавливать и перед обращением к базе данных проверять.
Проверять, например, текущую дату, дату последнего обращения и вычислять разницу в нужном количестве времени.