Перевести jQuery в чистый JS?
jQuery довольно простой в понимании, если есть хотя бы базовые знания JS то jQuery понять не проблема будет. Я бы посоветовал просто про него хотя бы несколько туториалов глянуть по его азам.  Это явно лишним не будет.
подскажите как использовать Pagination.js без jQuery.
Никак