Как хранить большое количество json-файлов?
Возможно лучшим решением было бы действительно хранить их в MongoDB.
Тем более что она поддерживает компрессию данных, а в довесок появляется возможность легко манипулировать ими, искать в них информацию, индексировать, обновлять и т.п.
KISS
Просто хранение:
Сделайте новый диск 
При создании укажите количество inode на которое расчитываете
Если файлы по 500кб+, сжимайте bzip/gzip, если меньше - експериментируйте (маленькие файлы не всегда стоит сжимать)
Хранение и поиск по файлам - лучше сразу запихивать в постгрес или в монгу (если файлы не страшно потерять)