Как заставить работать код php в функции javascript?
А что мешает генерировать шифрование на сервере и отдавать скрипту закодированную строку
ну, если вы передаете секретные данные ИЗ ЯВАСКРИПТА, то они будут видны в коде независимо от того будете вы что-либо передавать каким либо способом или нет. Вы задачу опишите поконкретнее, а то явно что-то не туда вас понесло.