Как безопасно перезагрузить службу внутри PHP скрипта?
добавить в sudoers 
www-data ALL=(ALL) NOPASSWD:  /usr/bin/systemctl reload tor
без запроса пароля пользователя будет исполняться только указанная команда.
У тора есть управляющий порт, в котором можно делать Реконнект для смены айпи