Каким образом можно узнать есть ли перекрытие разделов на диске?
Для начала, объясню про перекрытие разделов.
В таблице разделов есть такие понятия, как начало раздела и его конец. Если конец одного заходит за начало другого раздела - это и есть перекрытие. 
А что касается того, что Acronis перезаписал таблицу разделов... это абсолютно нормально, он, скорее всего, стер старые разделы и в другие места скопировал их бэкапы.
Активно пользуюсь TrueImage - вообще ни разу не сталкивался с проблемами...