Клонирование приложение windows?
Именно функционал клонирования, причем запущенного, есть у систем виртуализации, если физически машины имеют одинаковое железо то, на этом даже основаны системы резервирования приложений, позволяющие не прекращать их работу (доля секунды пауза) даже после смерти одной из машин (Fault Tolerance как часть High Availability у vmware).

Если речь идет о переносе настроек, то в большинстве случаев достаточно определить место их хранения и скопировать только их. Можно проконтролировать как именно приложение устанавливается на машину с помощью монитора работы с диском и реестром (этого обычно достаточно) например приложения microsoft sysinternails

На практике никто конечно не решает это проблему в лоб, на целевую машину производят штатную установку приложения, а затем копируется реестр (с помощью штатного regedit) из HKLM и HKCU /Software/.. и  и файлы из appdata (плюс собственно файлы приложения, где их хранят)
Все зависит от конкретной программы, на сколько она сильно интегрируется в ОС. 
Чаще всего достаточно перенести рабочую папку и ключи реестра. Иногда служебную папку из AppData. 
Некоторые программы практически невозможно перенести.