Как лучше всего установить Ubuntu рядом с Windows 10?
1) лучше, шансов запороть загрузчик намного меньше, да и потом как надумаете количество ОС менять, не придется настраивать загрузчик заново.
На каждый диск независимо. При включении обычно F3 выбор устройства с которого грузиться.