Получение id пользователя через приложение в Вконтакте
При авторизации сохраняйте id в сессии или устанавливайте кукисы с айди сессии, а в бд сохраняйте id_сесии и id вконтакте
Я дописываю viewer_id и auth_key к каждой ссылке:
user.php?viewer_id=1&auth_key=178368163&action=profile


Но у меня весь проект работает на аяксе — полных переходов не бывает, поэтому я использую такую конструкцию:
$.api=function(m,o,c){o.method=m;o.viewer_id=api.viewer_id;o.auth_key=api.auth_key;$.post('api.php',o,c);}