Что посоветуете для изучения Python?
Сборщик для python-программ, очевидно, не нужен. Управление зависимостями делается с помощью pip.
Оптимальная структура зависит от конкретной области применения. Для django-проекта одна, для gui-приложения другая. Как и в Java.
Про создание и тиражирование модулей всё есть в документации.
Для модульного тестирования, как и в Java, есть несколько библиотек. Выбирайте подходящую и читайте её документацию.
Сам язык рекомендую изучать по "Изучаем Python" Марка Лутца (том 1 и том 2)
Для модульного тестирования, как и в Java, есть несколько библиотек. Выбирайте подходящую и читайте её документацию.

https://pythonawesome.com/