Как убрать пункт из хлебных крошек?
Никак потому что это цепочка и такое действие с ней не предполагается и не нужно. Т.е. вообще говоря нет ситуации когда это может потребоваться, а если такая ситуация есть - то это ошибка проектирования и надо исправлять ее, а не пытаться накостылить механизм избавления от последствий.
В крайнем случае все что вы можете сделать это написать свою реализацию вывода цепочки и получив ее при выводе с помощью GetNavChain внести требуемые исправления и вывести самостоятельно.
Впрочем то же самое можно реализовать и в шаблоне хлебных крошек - избавится от ненужных пунктов.
Но лучше все же не добавлять не нужные пункты если они не нужные. Нет никаких препятствий для того чтобы это сделать.
отфильтровать массив $APPLICATION->arAdditionalChain
но помни, что большая сила - это большая ответственность