Как правильно поднять сервер?
В обязательном порядке! Файервол, можно встроенный ufw, на просто lamp-сервер этого достаточно. Прикрываем все порты кроме ssh (22) и 80/443, можно ssh перевести на какой нибудь 9922 порт, но это для параноиков.
Я еще ставлю fail2ban, да, я параноик. Хорошо бы отдельной партицией вторую копию root-раздела держать.
И сгенерите доступ по ssh только по ключам!
Дополнительно по вкусу.
И неплохо nginx фронтоэндом, а можно только им обойтись (без апаша), но тогда нужно еще php-fpm поставить и настроить.
Ну и memcached по желанию.
Так в общем все остальное можно докрутить по ходу работы.
Ах, да! Воткните collectd для сбора статистики.
И сначала все это на виртуалке попробуйте.
После настройки LAMP позаботтесь о таких вещах:
1) fail2ban или cxs или переведите авторизацю ssh только на ключи
2) регуляные бекапы в любое другое место кроме этого сервера
3) мониторинг сотояния сервера - SMART, CPU, Mem, и тд