Десктоп + мобильная или адаптивная версия сайта?
адаптивная, т.к. с таким сайтом не будет проблем с поисковиками. Для 2-х версий сайта требуется городить комплект каноничных и альтернативных метатегов, что бы не было дублей, это не тривиальная задача - будут ошибки - будет проблема с индексацией.
Довольно странный вопрос, хочу сказать. Не думаю что речь идёт о двух одинаковых сайтах для мобилок и десктопа. Да и кто так делает? Но с другой стороны, десктоп + мобильная версия это и так почти адаптив. 
Делайте переход на планшетный вариант и далее мобильный. 
Сделать промежуточный до мобилки адаптив не должно занять сильно много времени. 
P. S. Вообще это всё само собой разумеющееся, если тебе дают макет только десктоп и мобилку, адаптив на планшет ты подгоняешь сам, это обычная практика хоть и не хорошая.