Symfony2 + Doctrine. Как получить @ORM\ManyToOne связь с условием?
Раз у вас файлы разных типов, то и заводите для них разные типы в одной таблице. Зря вы велосипедили с file_type 
doctrine-orm.readthedocs.org/en/2.0.x/reference/dql-doctrine-query-language.html#single-table
Ну и затем связи прописывайте на нужный Entity.
Вообще обычно так и делают: создают свой репозиторий и либо добавляют туда запрос, либо перегружают метод findBy.