Как сделать плавное удаление класса?
Удаление в любом случае будет мгновенным. Но вы можете перед удалением или после удаления запускать какую-то анимацию или прикрутить css transition.
https://jsfiddle.net/ynrpu1ft/1/
jquery UI$( "#effect" ).removeClass( "newClass", 1000, callback );
Если без jQuery.
То просто поставьте в блоке и в классеtransion: all...
Но тогда работать будет не все. Например display:none; сразу спрячет блок.