Варианты для ведения полностью электронного конспекта?
Как преподаватель Вам говорю:
Договоритесь с лектором и поставьте у доски видеокамеру HD, чтобы записать все лекции. Если Вы потом все тексты наберете и рисунки отрисуете в Corel Draw (к примеру) и, естественно, сделаете копию всех материалов преподавателю — то он Вам только спасибо скажет.

Конечно, копирайт — у преподавателя. Вы можете выступать только техническим редактором при публикации, даже несмотря на то, что всю основную работу по набору и рисованию сделаете сами. 

Но я бы только приветствовал студента, который сделал бы эту работу. Весьма вероятно, что можно было бы думать об издании в соавторстве минимальным тиражом (для библиотеки) и дальнейшем размещении на сайте вуза для свободного скачивания студентами.
Из того что видел, формулы удобнее всего вводить в Mathematica, там и текст с форматированием есть. Как небанальные графики/диаграммы быстро отрисовать не представляю.