С чего начать изучение magento (для написания модулей и плагинов)?
Прочесть от начала и до конца Magento for Developers. 
www.magentocommerce.com/knowledge-base/entry/magen...
Мне хватило, чтобы разрабатывать для коммерции.
Порог вхождения для этой системы очень высок, многие плюют и бросают еще в начале, потому что берут проект и делают изучая, мимо проносятся дедлайны и деньги и все летит к чертям.
Пробуй практиковаться на своих проектах, придуманных либо реальных, но которым сроки не важны. Обучающее видео Fundamentals (бесплатное) в помощь теории и Inchoo блог в помощь практике.