Какие трудности могут возникнуть при разработке на java под linux?
Основные трудности - незнание платформы (файловая система и права доступа, незнание возможностей платформы, которые могут упростить множество моментов). И возможные отличия прикладного софта и его установки.
Сама же разработка ничем не отличается.
Никаких трудностей.. Мне, например, труднее писать под винду на джаве, чем под линукс из-за различий файловой системы и разных jvm... все остальное проблем не делает