Помогите с Mysql
1. Убедитесь, что с дисками всё ОК. Может они всё IO съели просто (рейд развалился, например.)
2. Убедитесь, что у вас не возникла внезапная фрагментация БД.
3. Снимите нагрузку с мускула и убедись, что без неё он хоть как-то работает (напр. авторизуйтесь и запросите список процессов)
4. Убедитесь, что в show processlist адекватная картина.

Обычно этого достаточно.
Рестарт MySQL не помогает? Какая ОС, какая версия, какие интерфейсы юзаются (php-mysql, php-mysqli, php-mysqlnd, PDO, etc...)