Удалить файл, созданный www-data?
Просто поставить Apache с MPM, тогда скрипты будут выполняться с правами пользователя, а не апача.
Думаю надо сделать так:

1) загруженным файлам даем права rwx rwx r-- группа и пользователь соответственно www-data.
2) добавляем юзера в группу www-data.

Ну или правда что-то с ACL мутить. Можно на каждого юзера отдельный процесс апача запущенного от юзера, но это накладно и настраивать долго…