Как сделать удобную разработку?
Завести на сервере git, разрабатывать локально, при определенной степени готовности "заливать на прод" из того же репозитория.
Ну и небольшой скрипт-деплойку, который делает все, что нужно.
Советую вам присмотреться к Docker.