Как с помощью bower или другого менеджера пакетов скачать один файл, а не весь репозиторий?
А зачем? Вся соль пакетных менеджеров, что ты не знаешь, что там внутри и тебе плевать. require('jquery') (или define(['jquery'])) подключит ровно то, что нужно, и не больше. В девелоперской версии подключать минифицированные версии библиотек -- себя не уважать. А на продакшене все равно все должно быть склеено в один файл и сжато.
Я согласен, что в пакетах бывает многовато мусора, и мало кто прописывает .npmignore. Тут все в наших руках, шлем пулл-реквесты.
Пока никак. Основная идея в том, что скачивается весь предоставленный пакет (bundle). Я тоже искал решение, на тот момент нашел только один способ - удалять все лишнее с помощью средств автоматизации, после инстала через bower. Но, это еще те грабли, поэтому когда надо подключить только один jquery.min или типа того, просто делаю это руками, не заморачиваясь с bower-ом.