Как исключить конфликт клиент-банков разных банков на компьютере пользователя?
Но наша IT безопасность запретила этот вариант т к возможен перехват ключа через сеть. 
Ваша безопасность не знает про VPN? Уволить нахрен!
Виртуализация решит все ваши проблемы.
 Но наша IT безопасность запретила этот вариант т к возможен перехват ключа через сеть
Исключите сеть, как транспорт ключа. Виртуализуйте ос с клиент-банком на рабочем месте.