Как 3-х мерный массив преобразовать в модель?
В какую сторону стоит копать?
three.js
Или blend4web. Доки на русском+ плеер. 
HDF5 нужно будет как-то переконвертировать. Напрямую, ни blender, ни three.js не берут.
Вот еще ссылка на утилиты.