Защищаются ли алгоритмы авторским правом?
А может стоит это с работодателем обсудить? Хоть тут может и не быть нарушения с точки зрения законодательства - но может возникнуть конфликт интересов, который испортит вам карму и не только.

Тут два камня преткновения.
1. В некоторых юрисдикциях через большую задницу, но можно защитить алгоритм патентом. Если алгоритм известен уже 20 лет или несколько фирм им вовсю пользуются — забивайте.
2. Если, как оказалось, вы у этого разработчика работаете, вы гарантированно полетите с работы с волчьим билетом, да и в трудовом договоре может найтись крючок.