Мультидоменный SSL сертификат на более 100 доменов?
На крупных проектах просто делается столько сертификатов, сколько необходимо.
Если говорить про сеть внутри корпорации, просто создается свой CA и рутовый сертификат политиками раскидывается на все машины, и там хоть миллион сертификатов выдавай.

А вообще, ограничение состоит из двух частей - ограничение issuer, поищите другой CA, где нет такого ограничения. Например Comodo - лимит 2000.
Второе - это не все браузеры готовы грузить многокилобайтные сертификаты. Если у вас в результате сертификат будет больше 16 кбайт или 64 кбайта могут возникнуть разного уровня проблемы.

Зарегистрировать AS или попросить владельца выпустить сертификат для IP адреса.
Использовать прокси Cloudflare
