Почему query возвращает не все записи?
обычно это происходит потому что пхп и пма коннектятся к разным базам
ну или просто невнимательность
Посмотрите в сторону возможностей и настройки драйвера MySQL, или попробовать сменить его на ..ND, который более современный, возможно лимиты стоят там