Веб-разработка: как добиться совершенства?
со времени получишь опыт только по этому пути можно,и не надо расстраиваться все опытные программисты прошли этот путь
В вебе неплохо себя показал паттерн MVC
Советую углубиться в паттерны проектирования, примеры реализации можно посмотреть тут. Разобраться с ними помогут книги, ютуб и гугл.
IDE советую PHPStorm. Она помогает лучше ориентироваться и писать код.