Как apt-get update из shell скрипта?
скорее всего скрипт сохранен в каком-нибудь виндовом notepad-е, у которого перенос строки \r\n
Если так то sed -i 's/\r//' script.sh поможет
Всё прекрасно работает. Включите дебаг #!/bin/sh -x