Развитие Java инженера?
По большей части, java это веб-приложения, следовательно нужно понимать, как они запускаются и уметь настраивать соответствующие службы.
Разберитесь с серверами приложений - нужно на практике уметь написать простенькое веб-приложение и запустить его под tomcat, соотсветственно разобраться с настройками в tomcat и настройкой https. Заодно и с сертификатами разобраться. В дальнейшем можно усложнить свой хелловорлд, добавив авторизацию, перенаправлением, авторизацию по сертификатам и оптимизацией томката.
Насколько хорошо все с Linux? простой bash скриптинг и поднятие всего парка под Линукс? Если опыта нет (тимсити часто под виндой крутится), то все это научиться поднимать под линукс, и тимсити, и томкат.
Кроме томката, можно будет потом глянуть другие сервера приложений (томкат один из самых простых, в котором есть практически все, что нужно для энтерпрайза), смотреть другие сервера есть смысл, если у вас используется другой.
Какие знания требуются от Java инженера?
На Тостере мало работодателей, ещё меньше связанных с Явой - специфическая технология.
Ответ на ваш вопрос лучше искать на сайтах вакансий/фриланса по соответствующим поисковым запросам.