Визуальное конструирование графа?
js-graph-it.sourceforge.net/
www.graphdracula.net/showcase/

Ну и уже с функционалом соединения — jsplumb.org/jquery/draggableConnectorsDemo.html Демок много, штука классная, сам работал.
Не уверен что это то, что нужно, но поглядите, может вам подойдет.