Как подключить Tomcat к работе со Spring Boot application для backenda?
Не совсем понятна проблематика. Spring boot starter web уже включает в себя встроенный томкат. Судя по используемому стеку, автору этого будет вполне достаточно. Example
Лично я бы смотрел в сторону docker.
Позволяет поднимать изолированные среды. И деплой заключается в переносе докер контейнера на сервер