Возможно ли домен и поддомен привязать к разным серверам?
Обратитесь в службу поддержки того места где редактируете ДНС зону
А записи разных доменов независим друг от друга
Вопрос разрешен. Техподдержка reg.ru оказалась компетентнее своих консультантов на горячей линии.
Мне основной www-домен создали как поддомен со своей папкой и ссылкой на эту папку, где я установил Wordpress и добавили две текстовые записи. 
Остался на их бесплатных серверах ns1.reg.ru/ns2.reg.ru и ввел соответствующие записи:


Теперь и к cms есть доступ у хостера и основной домен ссылается на GitHub.
Спасибо за рекомендации Виктор Таран и Яков Светский