Командная работа с Git и файлы проекта. Не исключать ядро?
Должна быть возможность каким-то образом установить всё необходимое.
В случае с Битриксом - можно скачать и развернуть демо-версию. Но, конечно, из-за того, что Битрикс отстаёт от всего мира php на пять лет, проще хранить всё ядро в репозитории.
В нормальных системах все внешние зависимости описаны в composer.json.
Если то, что лежит в папке, присутствует в другом git-репозитории - есть git submodules. Иначе - только зранить в самом гите.