Медленное шифрование AES256, как ускорить?
используйте какой-нибудь openssl с аппаратно ускоренным aes.
Ну если результат шифрования расшифровывается, и совпадает с зашифрованными другими программами данными, то всё правильно.
Проблема заключается в том, что часто реализованные в лоб алгоритмы выполняют много повторяющейся работы, которую можно оптимизировать. Как минимум, в процессорах 8-байтные регистры, а большинство операций в алгоритме - однобайтовые.
Для оптимизации можно и нужно использовать профайлер, который покажет узкие места, которые можно попробовать оптимизировать. 
При компиляции нужно указать параметры для наибольшего ускорения.
Для реализации можно использовать специальные инструкции процессора AES-NI, которые и используются в truecrypt.