Придерживаетесь ли Вы angular-styleguide или какого-то другого?
На этот стайлгайд, если пользуешься ES6, смотреть смысла нет, только в частях где конкретно про то, как архитектуру строить.
У меня все написано как-то так:export default angular.module('someStuff', [
  require('myDependency')
])
  .service('MyService', require('./service.js'))
  .name;
придерживаюсь но не соблюдаю на 100%. Я больше пытаюсь адаптировать свой код к грядущему релизу Angular2. Если придерживаться стайлгайда - то переход будет проще.
конкретно момент описанный вами - не верная трактовка. Вы не полностью привели код:/* избегайте этого */
angular
    .module('app', ['ngRoute'])
    .controller('SomeController', SomeController)
    .factory('someFactory', someFactory);

function SomeController() { }

function someFactory() { }
если переместить SomeController и someFactory (и сделать их классами и фабрику заменить на просто класс) в отдельные файлы - то вы ничего не нарушили. У вас реализация будет в отдельных файлах, а регистрация в одном месте - в модуле. Все счастливы.