Как вы делаете вывод уведомлений?
Примерно так:
1. еще до отправки проверяется заполнены ли необходимые поля.
Также, еще до отправки можно провести некоторые простые проверки, к примеру есть ли @ в email.
2. Данные отправляются на сервер ajax'ом, там проверяются, и возвращается ответ типа такого:$response = [
  'status': 'error', // или 'ok', тогда другие поля не указываются
  // дальше статус по каждому из полей с ошибкой
  'email': 'already_used', // или 'invalid' или еще какие-то ваши статусы
  'phone': 'invalid'
];
return json_encode($response, $flags);
3. На клиенте проверяется статус. Если он не 'ok', то выводятся соответствующие ошибки. Каждому статусу ошибки соответствует заранее скрытый элемент с сообщением или в js сообщения прописаны.
Можно и без связки сделать. 
if(condition) echo "...";
Можно через JSON-объекты общаться. Они родные для JS и легко парсятся в РНР через json_decode / json_encode.