Как удалять файлы в линукс не тормозя компьютер?
Эти вопросы давно уже изучены и вот пара статей на хабре, там практически все известные решения есть, читайте:
Необычное переполнение жесткого диска или как удал...
Так как же удалить миллионы файлов из одной папки?
Как вариант - сделать скрипт, который будет удалять по одному файлу и делать паузу.