Я правильно понимаю, что php и nodeJS на одном сервере, это какая-то ересь?
Совмещают ли php (apache) и node.js на одной машине? Можно ли так делать? Или это глупо?
Совмещают, для разных сервисов (их может быть десятки-сотни на одной физической машине)
Может быть что в одном проекте используются микросервисы на разных языках (помимо тех что указаны в вопросе),
+ Python, Golang, Ruby и т.д.
В общем никаких особых ограничений нет, но разве что могут быть проблемы при поиске разработчиков на проект.
Не правильно понимаете. Можно на одной машине что угодно.
Вопрос только в том, зачем плодить "зоопарк"?

Если уже есть готовый код на Node.js или на PHP, а разрабатывать нужно на другом языке - тогда вопросов нет, иначе - всё можно сделать на одном любом языке.