Как инициировать запуск desktop приложения через браузер?
Только если для этих приложений предварительно зарегистрирован протокол, по которому они открываются.
https://qna.habr.com/q/458151
Можно:


Открыть ссылку с зарегистрированным протоколом
Дать скачать файл с зарегистрированным расширением
Попросить установить расширение браузера, и через него выполнить действие с привилегиями
Попросить установить агент, и пока он запущен, приказать ему через localhost


Ну и есть относительно кислые варианты типа дать скачать cmd или vbs, чтоб запустили