Какой дистрибутив Debian устанавливать: AMD64 или x86?
ставьте 32-х разрядную систему, она вместе с приложениями где-то на ~20% будет меньше  кушать оперативки, что уменьшит взаимодействие со свопом который в свою очередь замедляет систему.
а профита от 64бит вы не получите, ну разве что в специфических приложениях, для комфортной  работы с которыми вам всё равно понадобится комп помощнее.
п.с.
о 64-разрядной стоит задумываться когда ОЗУ 4+ гига
32-х битной хватит за глаза
Чисто по опыту, с 32-х битными попроще с софтом, особенно с "левым". 
А так, нет между ними никакой разницы.