Как настроить e-commerce Google Analytics в CMS Magento?
Согласен с @buttersmai. Советую вставлять код трэкинга в head через специальное поле в бэкэнде:
Admin > System > Configuration > Design > HTML Head > Miscellaneous Scripts
Пример на базе Magento 1.9.0.1
Попробуйте очистить кеш.