Где в Laravel подключается Eloquent?
Там всё немного сложнее.
В Illuminate\Database\DatabaseServiceProvider регистрируется DatabaseManager, ConnectionFactory, и EloquentFactory. И потом они там сами друг друга любят.
Illuminate\Database\Capsule\Manager не используется в самом Laravel, он для внешних проектов придуман/
Illuminate\Database\Capsule\Manager по сути принимает DatabaseManager который в свою очередь принимает ConnectionFactory который и рулит подключением в зависимости от конфига.
С архитектурой laravel нужно быть аккуратным, там много плохих практик, которые используются для упрощения апи и синтаксического сахара.
В данном случае нужно копаться с контейнером laravel.com/docs/5.1/container чтобы понять как создаются и хранятся сервисы, как работает лараволовский фасад.
Есть хорошие слайды по паттернам внутри ларавел www.slideshare.net/sparksphill/software-design-pat...