Что лучше: Jmeter или Yandex.Tank?
JMeter позволяет тестировать не только веб-приложение. В JMeter можно создавать очень сложные по логике тесты. JMeter позволяет запускать распределенные тесты, про Танк я либо такую возможность не заметил, либо её нет. С Танком легче работать стороннему коду. Из минусов, имхо, это Java в одном случае и Python в другом, соответственно, "цена" нагрузки у JMeter выше.
Нельзя сравнивать JMeter с Yandex Tank. 
Yandex.Tank яляеться системой менеджмента тестов, и он может работать с тем же JMeter. 
Так же к нему можно подключить и другие генераторы нагрузки:
-Phantom
-BGF
-Pandora
- и все тот же JMeter
все зависит от стощей перед Вами задачей