Как поменять тему оформления в произвольном Java-приложении?
1. Вот этот простенький код выведет установленные в системе laf'ы
import javax.swing.UIManager;

public class Plaf {
    public static void main(String[] args) {
    UIManager.LookAndFeelInfo plaf[] = UIManager.getInstalledLookAndFeels();
       for (int i = 0; i < plaf.length; i++)
          System.out.println(plaf[i].getName() + "\n" + plaf[i].getClassName());
    }
}
Правда выбор не велик. У меня на маке доступно всего 4 темы:

Metal
javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel
Nimbus
com.sun.java.swing.plaf.nimbus.NimbusLookAndFeel
CDE/Motif
com.sun.java.swing.plaf.motif.MotifLookAndFeel
Mac OS X
com.apple.laf.AquaLookAndFeel

2. Это возможно, но, насколько я знаю, простого пути нет. Придется вручную копаться в коде и править каждый элемент темы. Хотя я слышал, что тема Nimbus позволяет менять цветовую схему, но сам не пробовал.

Насчет TinyLaf. Вам повезло, софтина хорошо отдокументирована, читайте доки. В файле readme был описан процесс подключения тем.
Вообще, я не вижу серьезной проблемы в этом…

Сперва скажу, что получать список существующих тем смысла нет. 
Для каждой конкретной версии jdk они всегда и везде одинаковы.
Например, для jdk6, как выше и написали уже, они будут такими:


Metal
javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel
Nimbus
com.sun.java.swing.plaf.nimbus.NimbusLookAndFeel
CDE/Motif
com.sun.java.swing.plaf.motif.MotifLookAndFeel

Исключением является только Mac, где добавляется тема:


Mac OS X
com.apple.laf.AquaLookAndFeel

Все остальные темы, вроде Alloy, Stubstance, Synthetica etc. вы добавляете сами, руками.

Конкретно по вашему вопросу…
Я не думаю, что вот эти вот цветовые изменения, которые вы хотие делать, можно делать параметрами при запуске. 
Все изменения цветов рамочек, фонов и проч. — это все кастомизация интерфейса.
Для примера, вы можете глянуть приложение Metalworks, которое поставляется со всеми jdk от компании Oracle. 
Вы можете найти его здесь: <JAVA_HOME>/demo/jfc/Metalworks/Metalworks.jar
Загляните в код(в папке рядом) и увидете, что все цветовые схемы там прописаны мануально (вызовами методов или чтением собственных конфигов)

Самый лучший вариант для вас, как я считаю — это написать собственный класс, который расширяет одну из тем, например, javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel и прописать там какого цвета рамочка вам нужна. Как вариант, вы можете этот класс написать таким образом, чтобы он просто считывал рядом лежащий properties файл. Это даст вам возможность легко менять цвета, без перекомпиляции класса. Затем, скомпилировав этот класс, просто положите его туда, где jdk сможет его найти (что бы не править постоянно CLASSPATH) и запускайте ваш NetBeans с названием этого вашего класса LaF…
Это даже проще, потому что вам не придется постоянно помнить названия sun'овских пакетов…
Ваши com.example.laf.CustomTheme
против sun'овских com.sun.java.swing.plaf.motif.MotifLookAndFeel, например…