Где найти DOM дерево иерархии прототипов?
Там не всё так просто. Реализованы интерфейсы (Web IDL).
Список интерфейсов можно встретить и в HTML5, и в DOM Core.
В одной из предыдущих версий DOM Core можно найти картинку с пояснением, как это работает для элемента. На ней видно, что eventTarget подмешивается к основной модели (в нижней части Mixin prototype object)..
Ну а полной графической версии всех интерфейсов не встречал, да и сомневаюсь в её наличии. Например, есть интерфейс Attr — в какую цепочку его воткнуть?..
А вот архитектуру DOM встречал:)
Текстовую версию полнее ЭТОЙ не встречал, а про картинки остается только мечтать.