Как создать подменю в Bitrix?
в битрикс можно создать подменю, не совпадающее со структурой разделов, добавив$aMenuLinks = Array(
	Array(
		"пункт 1", 
		"/link1/", 
		Array("/link1/"), 
		Array(
			"FROM_IBLOCK" => 1,
			"IS_PARENT" => 1,
			"DEPTH_LEVEL" => 1
		)
	),
	Array(
		"подпункт 1", 
		"/sublink1/", 
		Array("/sublink1/"), 
		Array(
			"FROM_IBLOCK" => 1,
			"IS_PARENT" => 0,
			"DEPTH_LEVEL" => 2
		)
	),
);
где подпункт должен следовать за родит. пунктом и иметь соответ-щий уровень вложенности
В битриксе меню может формироваться компонентами. То есть у вас может быть папка catalog или news с индексным файлом, в котором прописан комплексный компонент.
А этот компонент берет информацию из инфоблока в котором есть разделы, подразделы и элементы.
Соответственно, можно настроить меню так, что бы разделы/подразделы становились пунктами/подпунктами меню.
И это вообще на структуре папок отражаться не будет. Все будет формироваться динамически.