Как выложить open source проект, содержащий в себе также и сторонние библиотеки, на github?
composer, bower, npm, gem - под каждый язык свои пакетные менеджеры, в которых есть почти все современные проекты.
Можно вместе, можно с зависимостями пакетных менеджеров, можно добавить submodules в репозиторий. Зависит от ситуации.