Какими средствами связать приложение ios с бд mysql который находится на сайте?
rest это все что вам нужно, знаете java пишите api на java, удобнее на php пишите на php ─ клиенту все равно на чем написан сервер.пример создания rest api на php с помощью slim
Что не так с json? Серверная часть выдает результат в json, приложение на ios получает данные и работает с ними. Думаю так лучше в плане безопасности.