Как понять что не так по показателям утилиты atop?
Мониторинг должен быть комплексным. Вы сейчас только нашли виновника торжества - теперь настала пора лезть в потроха СУБД, отслеживать запросы, при необходимости профилировать или копать в сторону приложения, эти запросы генерирующие.

А может у вас просто СУБД фигово настроена, кто знает.
Тогда нужно переключиться на средства мониторинга MySQL.
Виновником может быть запрос наподобиеselect * from users
без limit.
При наличии большого количества записей может забить весь канал.
Такой запрос от пользователя с достаточными привилегиями покажет какие текущие запросы выполняются долго и что выполняется в тот момент, включая операции по передаче данных по сети.
show full processlist