Что использовать: IPv4 или IPv6?
У 90% пользователей Интернета и 99% рунета, нет доступа к IPv6(не Teredo). Делать сервера без IPv4-адреса можно только из желания популизировать IPv6 или для личного пользования. Но с другой стороны особых проблем в настройке обоих протоколов нет, если нечем заняться можно добавить и его. Google, Facebook, Yandex, Vkontakte уже добавили, чем Вы хуже?
Лучше использовать для сайтов IPv4 так как не у всех провайдеров возможно получение доступа к IPv6.
Однако!
Если вы собираетесь организовать что-то "для мелких шалостей", то лучше конечно IPv6