Бекап mysql ложит сайт на несколько минут?
Если есть свободный сервер, на него реплицировать базу как мастер-слейф, бэкапы сливать со слейфа, за одно будет горячий бэкап базы в случае факапа сервера.
Не вполне понятна изначальная задача. Сделать бакап? Или что бы не падал от mysqldump-а?
Просто кроме mysqldump-а в первом случае можно посоветовать
а) sypex dumper
или
б) mysqlhotcopy