Почему автопрефиксер добавляет префикс для box-shadow?
Автопрефиксер работает на основе настройки в webpack или gulp, в которой указывается, какие версии браузеров вы поддерживаете. А can i use ему нужен для того, что бы узнать, нужно ли для указанной версии браузера указывать префикс к свойствам. Либо положите болт, ибо плохого в этом ничего нет, или просто укажите список версий браузеров, для которых не нужны префиксы.
Отвечая на 2й вопрос, то лучше использовать плагины для галпа или webpack. Причина проста, ваша заготовка для сборки будет независимо работать от любого редактора и любой человек сможет без проблем использовать все фичи вашей сборки запуском 1й команды npm install, а редактор вы можете сменить, в котором заново будете устанавливать свои плагины.
Убрать, если не поддерживаете ИЕ