Можно ли использовать HDD с битыми секторами в качестве медиа раздела?
будь готов потерять данные в любой момент
и пользуйся на здоровье
могут ли быть сбои при работе системы, если использовать hdd с битыми секторами в качестве медиа раздела? 
При таком подходе я бы ещё обратил внимание на то, как будут вести себя используемые вами приложения, наткнувшись на нечитаемый(-е) блок.
А так, под свою ответственность, со своими данными, конечно, можете использовать.
Если сейчас на диске ничего нет, можете дополнительно взять R.tester и запустить сначала запись по всему объёму (уничтожит данные), затем чтение также по всему диску. 
Это будет нормальный "стресс-тест" для накопителя, заодно посмотрите переживёт ли он его вообще. В будущем также может использовать Р.тестер для отслеживания здоровья диска.