Реферальная система в боте вк,через параметры ссылки vk.me,как реализовать приём перехода по ссылке?
Всё довольно просто. Если пользователь перейдет по подобной ссылке и что-то напишет боту, то в объекте сообщения помимо остальных параметров (id, date и т.д.) вернутся так же ref и ref_source. Подробнее про объект сообщения можно почитать тут. Подробнее про передачу параметров с помощью vk.me можно узнать тут
Разве боты ВК умеют перехватывать значения из адресной строки? Я с их апи не знаком, но полагаю, что можно пойти проще - пусть приглашающий напишет боту ссылку на страницу друга. После этого, когда боту написал его друг, он запрашивает "Вас пригласил Вася Пупкин?" и тот соглашается или отклоняет. 
Или от обратного, если мотивирован больше приглашённый, то спрашивать с него ссылку на того кто его пригласил, обещать ништяки и, если совпадения по БД найдены, то выдать подарочное "спасибо".