Ищу сравнение JAVA VS C#
> 1) Эффективность и объемы использования оперативной памяти

Не знаю что сказать даже, для подобных платформ вопрос, ИМХО, лишён смысла. И по отдельности охарактеризовать «эффективность и объёмы использования памяти» практически невозможно. В винде, полагаю, у .NET с этим лучше, чем у Java.

> 2) Размеры бинарников

Без учёта среды? Сравнимые.

Плюс тем более, раз это desktop-приложение. Моё мнение: .net — выбор хороший, если винда онли. Остальное я бы на Java писал. Например, swt.
Имхо, если стоит вопрос кроссплатформенности, то выбор очевиден.