Как увеличить время выполнения скрипта на php?
Запускайте такие скрипты в консоле.
Для CLI SAPI лимит времени выполнения отключен всегда.
Вопрос с меткой CodeIgniter 
В папке /system/core/CodeIgniter.php на 127 строке есть внутренне ограничение set_time_limit(300) которое было не так легко найти)