Аналог Evernote — храним сниппеты кода по категориям?
Под OS X есть парочка красивых приложений, которые решают вашу проблему:
Snipptets
CodeBox

Как вариант простое "облачное" решение — GistBox
День добрый и тебе, OKyJIucT. Я не начинающий программист, но у меня тоже эта проблема полностью не решена. 
Я тоже давно ищу некое подобие WIKI, но с возможностью хранить сниппеты и комментирования их. как тут.
И чтобы была возможность вести записи в markdown, так как вики-разметка не очень прижилась, а из маркдауна я могу генерировать божественные pdf-ки. 
Я задавал вопросы людям из больших компаний, но у них используются либо wiki-подобная система либо какой-либо энтерпрайз-монстр. 
Писать самому — пока не могу выделить на это время, к сожалению.
Как выкручиваюсь:
Evernote - либо ломает код, либо сбивает его форматирование, потому отпал сразу. Благодаря Бобуку узнал о существовании Hackpad. Его использую как «отстойник» сниппетов. Пример. Обрати внимание на то, что навигационное меню по документу, что слева, генерируется автоматически. Такую же цель выполняет Gist, но время жизни на Gist обычно меньше.
А то, что уже складывается в логически завершённые блоки - на GitHub или BitBucket.