Почему мобильные версии сайтов иногда делают на поддоменах, а иногда нет?
Если мобильная версия сильно отличается по верстке - делают как отдельный сайт на поддомене, на сервере определяют устройство и делают переадресацию. Если различия можно реализовать через медиа запросы в css, то делают одну. 
Но могут быть и другие более экзотические варианты.
Критерий один — сложность разработки и поддержки этого всего. Если у сайта изначально нет адаптивности, если его разметка препятствует адаптивности, если используется куча сложных затратных скриптов, которые на телефоне в мобильной версии не нужны, — используют мобильную версию для упрощения задачи. 
Если же сайт изначально адаптивный, то сами понимаете. 
В принципе, любой сайт можно сделать адаптивным, вопрос в стоимости разработки и поддержки такого решения. Порой там такие legacy-решения тянутся, что мама не горюй. Проще, дешевле и быстрее сделать отдельную мобильную версию.