Как записываются в логи апача хосты, которых нет на моем сервере?
У вас скорее всего стоит что-то типа
LogFormat "%V .....

В этом случае в лог попадает имя хоста, по которому на ваш сервер попадает клиент. А это можно сделать по-разному. Кривой DNS, или банально клиент может hosts файл у себя поправить и попадать на ваш веб-сервер по любому произвольному доменному имени
Это логируется тот заголовок, который передаёт клиент - а ему ничего не стоит туда подставить абсолютно что угодно. Также возможен вариант, что кто-то использует для А-записи своего домена в DNS ваш айпишник - особенно часто такое случается на хостингах, когда новым клиентам может попасться адрес старого, уже отвалившегося.

Ничего страшного, короче. Можно настроить дефолтный конфиг, который все эти запросы с кривыми хостами будет блочить. Опционально - можно их и не логировать, чтобы место не тратить впустую.