Как добавить в видео внешнюю аудиодорожку?
Ffmpeg умеет, качайте, такая типовая операция гуглится за минуту.
Для удаления/добавления дорожек/субтитров и прочего, мне по душе MKVToolNix. В первую очередь, потому что  GUI, во вторую - потмоу что просто склеивает, без перекодирования.