Как указать в резюме опыт работы, если работал неофициально и не считался сотрудником?
глупый вопрос
Да.
Закончив учебу в университете я должен был по договору отработать в компании 3 года
В 99% случаев этот договор составлен так вс**то что никаких обязательств как-бы и нет, но студни его не читают - вот и работают.
Везде требуется релевантный опыт
Попробуй посмотреть на hh.ru, если у тебя этот опыт есть - работу найдешь.
но я не такой джун, который только прошел курсы и сделал пару пет-проектов.
Это не джун.
Как мне отобразить такой опыт в своем резюме? Ведь глупо писать, что помогал друзьям, но официально не работал. А если написать, что работал, то ведь могут и уточнить в этой самой компании? И получится, что я наврал. 
Хоспаде, просто опиши что делал.
Твое устройство от скиллов зависит, а не от записей в трудовой.
P.S. пока ты жевал сопли строча этот вопрос - твой конкурент нашел работу.
Ну напиши о нем да и все, какая разница хакер об этом кто то или нет