Почему все скептически относятся к MongoDB?
Скептически мылят ретрограды, люди боящиеся всего нового и незнакомого. 
У NoSQL есть свои проблемы и преимущества, нужно понимать, когда и как это использовать. Многие пытаются их использовать по-старинке, городят свои костыли для организации реляционной модели и потом удивляются, что их решение не работает. Монги придуманы для другого. Они хороши там, где нужно сохранять много относительно небольших структур данных и быстро их доставать. Причем это все должно хорошо масштабироваться. Например телефонный справочник на триллион номеров, который ну никак не помещается на одну машину, при этом в него постоянно кто-то записывает новые номера и к нему должны быть реплики в нескольких датацентрах. Плюс у вас должен быть полнотекстовый поиск по нескольким полям на нескольких языках.
Это реально сделать и на MySQL, но решение выглядит сложнее, но и у него есть свои плюсы. Например переименовать всех Василиев можно одним простым движением в виде редактирования одной записи. В Монге потребуется изменить все записи с Василиями.
У обоих решений есть и репликация, и шардинг и т.д. Монгу чуть проще настроить, только и всего.
Монга не подойдет тем, кому нужна четкая фиксация транзакций, потому что там целостность данных основана на потоке событий.
Вам нужно просто внимательно почитать по то, какие базы для чего использовать.
На мой взгляд, каждой БД можно найти своё применение. Всё зависит от необходимости, возможностей систем баз данных, а также основных требований проекта. Первые две, из Вашего "списка" - привычные БД, верно... их многие и часто используют, они просты в логике и легки в "употреблении". Также есть Н-ое количество вещей, которые в MariaDB (Mongo DB) сделать нельзя, по-моему, трудности возникали с сортировкой и более сложными запросами по выборкам. Если меня не подводит память, то Mongo DB быстрее. 
Почему не используют? Да, скорее всего Вы правы - это дело привычки для большинства "самоделкиных". Насчёт страха - не уверен, многие просто могут не знать что это за зверёк такой "Mongo"...