Какие есть инструменты для максимальной автоматизации работы с MySQL на Java?
Фреймворки объектно-реляционного отображения:
Hibernate ORM
EclipseLink
TopLink
Класс Spring - JDBC Template
Начните смотреть с JPA. Потом постепенно переходите к перечисленным выше его фреймворкам-реализациям и выберите тот, который больше всего вам подходит.