Mtproto — действительно безопасен?
на 100500%

если. конечно, ключи у кого надо ключи
Вполне. 
Он основан на популярных криптоалгоритмах, сомневаться в их надежности не стоит.
Чем его отличие, например, от Signal Protocol?Основное его отличие в том, что это другой протокол.