Отваливается жесткий диск при бэкапе, куда копать?
5 Reallocated_Sector_Ct  485
...
197 Current_Pending_Sector  16304
Ну вот и ответ. :( Кирдык самому диску, другие причины можно не искать.
>cp: cannot create regular file
проверьте ФС на ошибку, убедитесь, что есть права на создание файлов в этой папке.

>fatal error -- Input/output error
нагрев южника, кабель? что в dmesg?
у вас смарт странный, будто это виртуалка