Как лучше хранить геомаршруты в MySQL для поиска в них?
Правильно будет хранить в postgresql с расширением postgis. Все операции можно выполнить буквально одним select с высокой скоростью
Вот неплохой док: https://www.scribd.com/presentation/2569355/Geo-Di...
Советуют сфинкс подключить.