Стоит ли принимать приглашение на работу?
По-моему вы тут нагородили проблем из ничего. Из вами написанного вывод: ни в чем не уверен, ничего полностью не знаю, нет опыта, предлагают синицу в руках, а вы думаете может поболтаться ещё без работы и без опыта и искать какие то коммерческие рельсы. Там не спокойные рельсы, а очень высокая конкуренция особенно среди джуниоров. Конечно соглашайтесь на текущее предложение, сейчас вы никто с дипломом, а после пары лет будете специалист с опытом, и вас коммерческие рельсы сами найдут. Тем более, что опыт работы программистом в Минобороны для коммерческих рельс звучит впечатляюще.
Готовьтесь, что Вы можете стать невыездным зарубеж на 5-15 лет после увольнения.
Лучше всего попросить познакомить Вас с теми, кто там уже работает, чтобы вникнуть 
/ расспросить о нюансах.