Slave в репликации не успевает за мастером, если он сильно отстал
1. проверить, точно ли работает репликация. То есть не появилась ли какая-то ошибка SHOW SLAVE STATUS\G в переменной Last_Error
2. Проверить возраст бинари логов на мастере. Возможно они за 2 дня успевают удалиться.
похоже разобрался
проблема в bcache — слил базу на чистый SSD и всё полетело.
очень странно
%iowait остался примерно такой же — 5.4
может у bcache проблемы с многопоточным доступом, т.к. в синтетике всё шоколадно.
в любом случае вопрос закрыт, MySQL не виноват :)