Как jQuery ломает верстку?
Покажите код.
В любом случае, уверяю Вас, причина в кривых руках, так как подключение библиотеки вообще никак не должно влиять на верстку, если Вы говорите, что вообще не использовали js.
К сожалению, вынужден напомнить, что не надо писать в ответ: «Да хотя бы вот пример, подключаю стандартно» — предоставьте полный код своего макета, лучше в спойлере.
Нужно посмотреть конкретный код.