Debian средняя очередь чтения диска / записи на диск
Среднюю очередь за какой период времени?
Снимать данные из нужного места с необходимой периодичностью, писать куда-то и потом считать среднее значение простой арифметикой за нужный период времени.
Попробуйте atop. Демон, собирающий статистику. Имеются инструменты для просмотра накопленных/текущих данных. Где хранить логи, за сколько дней - все настаивается.