Linux какую файловую систему выбрать?
стандартную ext4
bcache (hdd+ssd) и на него файловую систему ext4/xfs, кстати журнал можно так же разместить на ssd, в некотором смысле это наилучшая конфигурация для домашнего пользователя с точки зрения производительности на затраченный рубль.

Можно btrfs, поиграетесь со снапшотами, сжатием и дедупликацией (кстати с последним не поиграетесь, всякие ubuntu из коробки не умеют) но copy-on-write файловые системы могут подкинуть ряд неочивидностей (например базы данных там фрагментируют диск, но это тюнится)