Как запретить индексировать содержимое модального окна?
Можно в модальный блок добавлять текст динамически скриптом. Тогда он не проиндексируется. Например аяксом доставать текст из файла для которого запрещена индексация.
Надо подгружать содержимое модального окна динамически, при его открытии.
Обычно, у скриптов, которые реализуют модальные окна, либо уже есть такая возможность через настройки, либо они генерируют событие, по которому можно выполнить JS функцию, которая ajax запросом, подгрузит содержимое в нужный элемент.