Почему замедляется работа скрипта?
оптимизировать работу с базой. Я на 99% уверен что:
 - товары вставляются по одному
 - перед каждой вставкой вы проверяете наличие категорий и прочего через базу, причем индексов в базе у вас нет или mysql (вы же mysql используете?) у вас настроена дефолтным образом и выходит много чтений с диска
Хотя даже при таком раскладе 20 часов для 16К элементов это как-то сильно долго...
Запустите atop и посмотрите, кто тормозит и что кушается - диск/сеть/CPU?