Как запустить python через php?
Главная проблема музыки в России начинающих программистов в том, что они "перерывают интернет" в поисках решения своей задачи. А надо - в поисках того, как разобраться, в чем проблема.
Потому что само решение и так уже есть.

Как минимум - в начало пхп скрипта и смотреть на ошибки
ini_set('display_errors',1);
error_reporting(E_ALL);
Полный путь к файлу пропиши

$python =  shell_exec('python PATH_TO_FILE/bot.py');

или смотри так
$python =  shell_exec('python PATH_TO_FILE/bot.py > PATH_TO_FILE/log.txt');