Как правильно настроить IDE чтобы снизить нагрузку на глаза?
Зависит от всего. От вашего оборудования, от вашего зрения, от вашей обатсновки.
Ставьте монитор на расстояние вытянутой руки и дальше, и настраивайте размер шрифта, чтобы вам было комфортно видно, без особого напряжения.
Освещение монитора ставьте опять таки комфортно, в идеале, чтобы яркость вокруг монитора и сам монитор не слишком разнились (например как за окном темнеет, включать настольную лампу)
Не забывайте, что кроме рекомендаций в интернете от "ведущих специалистов", есть еще индивидуальная приспосабливаемость. Некоторые все детство провели в темной комнате, их организм и глаза привыкли к этому, и темная тема им будет комфортнее. Другим комфортнее светлая.
Поэтому поэксперементируйте.
И просто делайте перерывы в работе. Ходите не чаек, как задумались о какой-то проблеме, можно обдумывая вопрос встать и пройтись вокруг кресла, переводя взгляд на разные предметы. И глаза отдохнут и спина вам скажет спасибо.
Раньше когда был зоркий, ставил темную тему в phpstorm. Теперь ставлю только черно-белые темы и минимум 14pt шрифт. 
Напрягать глаза нельзя, я не знал и поплатился. Делайте перерывы чаще.