Как лучше декодировать видео после загрузки на сайт?
А крон Вам чем не подходит? Да и зачем придумывать велосипеды?
Раз в минуту проверяем есть ли новые неотконвертированные файлы, если есть добавляем в очередь..
эти вопросы решаются кроном. все альтернативное - всего лишь альтернативна крону.