Как с помощью Arduino осуществить переключение между microsd картами?
Смотрите на картинку:
Т.к. наверняка флешки у вас будут по SPI, то обратите внимание на контакт №2 (CS). Если его подтянуть к земле, флешка будет работать с SPI, если нет — не будет откликаться.
Чтобы кучу ног не заводить, ставьте декодер: скажем, каскад двоично-десятичных 4-битных декодеров обеспечит  M = 2^N  (N - разрядность подводимой адресной шины) выходов.
Итого, понадобится: 3 SPI-ноги для работы с карточками + log2(M) ног для адресации.
Про кардридер я не понял: для чего он?
Я так понимаю у автора сего вопроса есть куча лишних карточек и мало памяти в телефоне или типа того:) Переключить просто можно только описанным @http57  способом, но корректно работать оно все равно не будет, т.к. microsd карточки очень нелюбят некорректное завершение работы, то есть в любом случае нужно "безопастно извлекать" карточку прежде чем дергать питание, в противном случае будут постоянно потери данных и флешки лочится начнуть очень быстро. Так что идея работать скорее всего не будет.