Как запустить программу через прокси?
Меняйте переменные среды для каждой команды, на здоровье:
http_proxy=http://1.2.3.4:3128 https_proxy=http://1.2.3.4:3128 curl http://google.com/

Ну или на постоянной основе:
export http_proxy=http://1.2.3.4:3128
export https_proxy=http://1.2.3.4:3128
http_proxy=http://127.0.0.1:8080  ./my-super-program

Вот так ваша супер программа получит в переменных окружения переменную http_proxy с указанным значением....