Как не заработать проблему в бюджетной организации?
под каким-то условно или законным актом?
А если вас начальник заставит героином торговать, тоже будете 
перед полиционерами бумажками махать, что вся ответственность не на вас лежит? 
Такая бумажка только будет подтверждением вашей незаконной деятельности.как правильно поступать в этом случае, чтобы не было никаких проблем с этим?
Сменить работу
Как то работал.
Всегда ставили в позицию "делай как хочешь".
Вот и делайте как хотите - если в рай хотите, то оставьте свободное ПО, ибо уволить вас оттуда очень тяжко, а на громкие возгласы впринципе по-барабану т.к. текущий уровень свободного ПО достаточно высок для базовых функций.
Каких-либо "законных" актов как таковых нет, т.е. в итоге вы будете во всём виноваты, да ещё и сверху припишут.
За всё время проблем не возникало и врят ли бы возникло "рука руку моет"
Но я зарёкся когда-либо в них работать по причине как раз вышеописанной "делай как хош, бабла нет, потрать всю зарплату в конце года премией выдадим, если бабло будет"