Есть ли у Skype API для отправки СМС через PHP?
Skype явно не одобряет создание альтернативных клиентов, поэтому никакого апи для доступа к обычным учеткам не существует.
Можно попробовать взаимодействовать с запущенным клиентом или веб-версией skype.
Либо, попробовать расковырять мобильное приложение (через Fiddler + встроенный расшифровщик HTTPS) и оттуда вытащить методы API