Как пометить класс как [Serializable] ,если он подгружается из dll?
Написать свой класс-прокси для нужного вам. В своем классе помечать и реализовывать все что нужно вам.
Решение такое , если класс такой один то имеет смысл использовать  механизм Surrogate Selector.
Если таких классов много, то имеет смысл использовать другой сериализатор ServiceStack.Text, Json.NET, FsPickler или другой