Внешний жесткий диск пустой, но windows говорит что на нем есть файлы?
Это место занимает сама файловая система (таблица файлов MFT). Чем больше кластеров на диске, тем больше места займет.
Там же, рядом с опцией "отображать скрытые файлы и папки" уберите галочку "скрывать защищённые системные файлы", сразу станет понятно, куда делись мегабайты.