Как правильно коммитить на гитхаб, чтобы активность отражалась в панельке?
Так делайте merge без (--no-ff) 
При (--no-ff) коммиты не переносятся. 
via stackoverflow
Недавно сталкивался с такой же проблемой. Вроде ответ littleguga корректен, но не знаю. 
Автор, так куча всяких условий