Как заполнить 3 ндфл, если работаю удаленно на фирму из германии?
Опишу свой опыт, попутно отвечая на вопросы.
Для начала я бы порекомендовал не заполнять бумажки, а воспользоваться личным кабинетом на nalog.ru. Входишь через госуслуги (или логин с паролем, если есть) и выпускайте для себя цифровую подпись для подписывания декларации. Может уйти от нескольких часов до пары дней (похоже, они там RSA руками генерят :) ).

Если в первый раз подаешься, стоит усвоить, что подать можно только одну декларацию. То есть, например, если есть несколько работ, по которым платит налоги работодатель, это тоже должно быть в декларации. В одной. Любая следующая декларация отменяет предыдущую и считается уточненной. 
Бояться не надо. Если накосячишь- можно потом подать уточнённую.

Итак, входишь в кабинет, затем - Жизненные ситуации - 3ндфл. 

Сразу увидишь свои доходы от работодателя, если где-то ещё устроен. Там все ок, ничего трогать не надо. Переходим на вкладку «Доходы за пределами РФ» и начинаем вбивать на каждый доход отдельную графу (это как отдельный лист в декларации), после каждого нажимая "Добавить доход".
В качестве источника укажи наименование компании. Просто как есть, "ITBerlin LTD", например.
Вид дохода - если это твоя заработная плата и в договоре указано, что это заработная плата - так и вбивай - 2000.
Указать страну, валюту, дату, сумму. Внизу графы будет галочка - курс на дату поступления дохода, кликаешь - все пересчитывается в рубли по курсу на дату поступления (естественно, дата уже должна стоять)
Датой поступления дохода считается день, когда на твой банковский счет свалились деньги (либо, если аккаунт в Пионере твой - значит дата поступления на тот аккаунт... но я бы уточнил на всякий)
Есть ещё момент - вбивать надо всю сумму зарплаты, которая пришла в этот день из одного конкретного места. Нельзя вычитать проценты, которые забирает себе платежная система.
При сдаче декларации с тебя не будут требовать других документов, подтверждающих доход. Если ты станешь интересен налоговой - она сама к тебе придет :)
см.

никаких Пионеров