Безопасно ли устанавливать на разные поддомены разные сертификаты SSL?
Вы можете хоть на каждый сабдомен свой сертификат, в том числе от разных регистраторов, все будет нормально
Безопасно. 
Тут важно понимать, что для вас выгоднее или удобнее в данный момент.