Какие есть best practices при переходе с AD на контроллер домена на Linux?
Лучшая практика не делать этого. Ад очень хороший инструмент, ну а самба это кривое поделие. Причём очень старое. В общем не ввязывайтесь, через полгода вернётесь к тому что было. ИМХО

ADD

Для каждой задачи используйте свой инструмент.
Это очень плохая идея.
---
Тут только один Бэст практика.
Не лепить горбатого к стене и продолжать пользоватся Windows.
---
Ибо ад под линухом совсем не равноценная замена ад под виндой.
---
Если таки замените
Предвижу вопросы
А почему оно отваливается...
А почему оно не авторизует ...
А почему самбовские шары работают сильно медленнее чем под виндой и почему с этим ничего нельзя сделать....
И так далее.
---
Ну и если потерять 500 учеток юзеров а потом бегать вытаскивать данные из профилей в экстренной порядке не критично. То можно ниче не тащить :) А по новой АД настроить с нуля ) 
Логин+Пароль - не равно юзеру ад в общем-то.