Какие тонкости существуют при заключении трудового договора с оплатой в % от продаж с сайта?
Юридически, на мой взгляд, вы описали теневой бизнес. Легально может что-то продавать из интернет-магазина либо ИП, либо ООО(и прочие организации). Если физическое лицо совершает действия, направленные на систематическое получение прибыли, то это смахивает на незаконное предпринимательство.
Про подводные камни:
1. Команда существует лишь на договоренности(но не юридически). Соответственно, неясно, к кому на работу(в юридическом смысле) вы нанимаетесь(если уж все являются физ. лицами).
2. Опять же, ваши 15% с дохода можно интерпретировать как угодно. Это могут быть 15% с дохода, или 15% с  "доход-расходы", и так далее.
3. Вы бы, помимо процента, попросили еще и некий фикс за работу(либо фикс в месяц, либо фикс в час). Понимаете, продажи в электронной коммерции зависят от многих факторов. В упрощенном варианте это (трафик)*(конверсия). То есть, количество посетителей помноженное на процент купивших товар. Первый параметр зависит от SEOшников и/или людей, настраивающих контекстную рекламу, и прочих. Второй зависит от дизайнера, веб-аналитиков, цены на товар. Кратко: на ваши 15% от продаж вам, как серверному программисту, очень сложно повлиять. Если вышеупомянутые специалисты будут не очень компетентны, вы можете получить 15% от нуля, потратив силы впустую.
Создайте ООО, решите кому и сколько % принадлежит. Сформируйте уставной капитал. 
Дальше ООО может выплачивать дивиденды своим учредителям, а так же премии(ЗП) в зависимости от дохода(прибыли) если вы оформитесь как работник на свое ООО.