Хорошей ли практикой является использовать rem для значений margin и padding?
если увеличить размер шрифта, то и отступы увеличатся
Так это же замечательно, так и должно быть. И вопрос не только в доступности. Задание всех размеров в rem/em позволяет при изменении размера шрифта сохранить приятный глазу дизайн, у которого не "перекашивается" соотношение веса элементов и негативного пространства. Максимальный эффект достигается при использовании CSS-шлюзов и адаптивной типографики, что дает возможность без лишних движений сделать "красиво" на любых размерах экрана. А если заранее определить с дизайнером все стандартные размеры для всего (я часто использую .3, .5, .8, 1, 1.25, 1.5, 1.75, 2, 3, 4, 5 rem), то можно будет быстро верстать "на глаз", по бумажным наброскам, и даже без дизайнера совсем, используя не гору магических чисел, а известный набор удобных размеров. Конечно, это ломает мозги неподготовленному дизайнеру, но многие модные ресурсы (тот же Smashing Magazine) используют подобный подход весьма успешно.
В чем проблема посмотреть исходный код Bootstrap или Bulma, в отступах и границах используется px. Зачем использовать для шрифта em когда есть rem?
UPD: Использование px + media queries, на мой взгляд, самое адекватное решение.