Куда обращаться по поводу пропажи денежных средств с карты VISA?
Обращаться нужно в банк-эмитент карты. Там даже есть форма международного образца для этих целей... но для начала лучше в техподдержку магазина обратиться, списание может быть ошибочным...
Обратитесь срочно в свой банк, заблокируйте карту и сообщите, что у вас украли деньги. 
Желательно, сегодня, потому что там ограниченный срок на подачу заявок на возврат средств (по телефону хотя бы пообщайтесь, чтобы они в курсе были и таймер вырубили). 
Любое списание средств не подтвержденное вводом пин-кода или защитой 3dsecure вы можете оспорить и вам обязаны вернуть деньги. 3dsecure - это карты с кодами или смс, вряд ли их у вас умудрились украсть. Так что, скорее всего, оплата произошла просто по номеру карты и 3-численному коду, такие транзакции легко оспорить. 
Само собой, всё это в том случае, если с вас действительно продавец не взял деньги. 
По поводу виртуалки QIWI - почти у всех банков есть виртуальные карты или специальные карты для оплаты в интернете. У ВТБ24 мне такая обходилась в 50 рублей в год при наличии обычной карты у них же. Выглядит как напечатанные на принтере данные карты или как обычная пластиковая карта с напечатанным (а не выбитыми железом) номером, владельцем, сроком и 3-чиленным кодом, которую нельзя засунуть в банкомат.