В каких единицах задавать отступы?
Всё просто до безобразия. 
Если при изменении размера шрифта у корневого элемента этот отступ должен изменится, то в rem. 
Если он зависит от текущего шрифта, то в em.
Если не зависит ни от чего и всегда постоянен, то в px.
Ну как по мне, какая разница. Главное это результат)