Почему падает php7-fpm при повышенной нагрузке на MariaDB?
Может быть max_execution_time слишком велик и попросту пул процессов фпм заканчивается на таких злых запросах? Плюс, возможно у фпм установлена политика со статичным пулом.
Либо падение происходит потому что параметр idle_timeout по умолчанию 30 секунд и их не хватает, либо превышен лимит дочерних процессов у FAST CGI. Можно увеличить лимиты  memory_limit и max_execution_time, read_buffer time в конфиге Марии. Не уверен, что это сильно поможет. Лучше проставьте индексы в БД, чтобы злые запросы стали добрее и укладывались в таймауты.