Как можно перенести систему с одного раздела на другой?
все давно придумано до нас: Full system backup
исключаешь /dev /lost+found /proc /run
плюс посмотри вывод df и исключи все лишние монтирования.
как вариант загрузиться с лайв-сд. в нем твой корень используется, лишнего не монтировано. монтируешь его и  раздел куда собираешься копировать. рсинкаешь корень туды. 
также в лайв-сд редактируешь fstab, а после chrootишься в новый корень и "восстанавливаешь" груб оттуда - он корректно пропишет загрузку с нового раздела. (гугли - информаций много).