Почему скрипт выпуска сертификата LetsEncrypt не находит сайт?
Есть у меня подозрение что вы не то пишите.
При выходе в панель у вас должна быть аналогичная картинка------------------------------------------------------------------------------------
SiteName        | dbName          |       Type | S | Certificate          | Key
------------------------------------------------------------------------------------
default         | sitemanager0    |     kernel | N |  |
------------------------------------------------------------------------------------
И при указании Enter site name (default): xxxxxxxxxx.com
Вы должны писать то, что находится в первом столбце. Т.е. не url-сайта, а вот это вот "default" или что у вас там.
проверь DNS
resolv.conf подправь если что