Какие программы для шифрования данных перед отправкой в облако вы знаете?
Странно, что никто не посоветовал duplicity. На удалённом сервере хранится набор зашифрованных архивов указанного размера (по умолчанию, кажется, 250 Мбайт) с именами-хэшами. На локальном компьютере хранится «база данных» соответствия файлов и архивов. Одной командой все указанные папки сжимаются, нарезаются, шифруются и отправляютя на сервер. Второй командой с сервера скачивается указанный файл (или все файлы).
Один из минусов — накладные расходы по траффику и месту.
Т.е. владелец облака не должен знать ни о данных внутри, ни об именах файлов. Какие программы, технологии есть для этого? 
Либо использовать защищенные криптоконтейнеры, наподобие truecrypt, либо пользоваться защищенным облаком.
https://ru.wikipedia.org/wiki/Mega