Как защититься при использовании eval?
Чтобы защититься от eval, нужно не использовать  eval. Остальные методы можно обойти,  все зависит от времени которое это займет.
Запретить все операции взаимодействия с внешней средой (файловой системой, удаленными серверами, базами данных и т.д.)