Android SDK 16 и Ecplipse?
В настройках устанавливается путь. Скорее всего он не плагины не обновил, а в настройках просто старый пункт остался.
Изменить можно здесь:
Windows -> Preferences -> Android, пункт SDK Location

Кроме того, а зачем новый SDK выкачивать? Всегда обновлял установленный (через SDK Manager).
Что-то этот SDK и плагины с каждой версией становятся все хуже и хуже. Спасибо за наводку — до 16 обновлять пока не буду. У меня и 15 прекрасно вешает эклипс время от времени, а уж какие там бывают глюки при сборке проектов — не описать словами. :(