Перебор и изменение файлов bash скриптом?
find . -regex ".*\.\ini" -exec sed -i 's/было/стало/g' "{}" \;
если файлы в одном каталоге, то 
sed -i 's/было/стало/g' /home/user/mydir/*.ini

Комментируем строку:
sed -i 's/Notify="notify/11111"/#Notify="notify/11111"/g' /home/user/mydir/*.ini