Почему возникает ошибка 500 в yii2?
http логи смотрим  от сервера, затем от php.
смотрим также логи от приложения runtime/log/app.log.
также берем каждый запрос к бд и анализируем через explain наверняка индекса нету на большой таблице.
можно поставить newrealic или ему подобный мониторинг и найти все что тормозит еще быстрей.
Спасибо за ответы, посмотрел в логах, ошибка была в синтаксисе написанных мной файлов, исправил ошибки , сделал vagrant up и заработало