Можно ли применять ключевые слова во всплывающих окнах?
Не заморачивайтесь с ключевиками, делайте просто всё как надо. Если эти ключевики - пункты меню например и они вам нужны - вставляйте. Если только для поисковиков это задумали - не вставляйте.
Тут зависит от поисковых систем и их алгоритмов, которых никто не знает. Возможно, что-то попадет в индекс, возможно, что-то нет. Сейчас много one page application сайтов, где много джаваскрипта и скрытых элементов, я думаю, как-то это должно учитываться и в индекс попадать.