Защита флешки от вирусов
Можно использовать метод, описанный в этой статье: habrahabr.ru/blogs/infosecurity/47287/
Если в двух словах, то флэшка форматируется в NTFS, в корне создаются нужные папки и после этого запрещается запись в корень.

Плюс в том, что ни один вирус уже не сможет физически закрепиться на флэшке.
Минус — не будет работать контекстное меню Send To в Windows, так как оно записывает файл в корень.
Есть два варианта:
1. Купить флэху с переключателем защиты отзаписи. Себе я купил флэшку фирмы QUMO вот такую. Работает второй год без нареканий. Рекомендую как самый простой способ.
2. Пользоваться программой, которая забивает все оставшееся место на флэшке до 0. Пользовался вот этой программой почтенного Mechanicus'а. Но тут надо мозгом шевелить малость.