Как поймать хакера ну или хотя бы отомстить?
Думаю какие теперь должны быть меры
Повышение своей квалификации!
Я не вникал в вопрос, но у вас там, извините, полный бардак, если редактируют файлы прямо авторизавшись под учетной записью администратора. Все входные данные должны контролироваться, все их виды нужно изучить и понять какие могут быть проблемы, например shell'ы, когда загружают файл, затем обращаются по прямой ссылке, а в нем код и он выполняется, не исключено что это ваш случай, но и если явно не ваш то не расстраивайтесь, "лазеек" может быть много. :)
Так что временно "забейте", отдохните чтобы выйти из стресса фазы истощения (судя по желанию отомстить у вас началась эта фаза, мозг не думает а просто выплескивает негативные эмоции), возможно стоит напиться (я не шучу, некоторым помогает, и я говорю о серьезных людях, инженерах, а не "быдле"), после чего исправляйте бардак!
1) сделайте все файлы php и inc в readonly
2) проверьте доступы всех пользователей
2.1) проверьте всех системных пользователей
3) обновите систему
4) надеюсь, что весь web не от рута работает?