Как правильно хранить множественные атрибуты в MySQL и их выводить на сайт?
Не верно. В одной ячейки один id должен храниться. Вам нужно создать еще одну связующую таблицу соотношением один ко многим.
Или сделать как сказал Frosty 87 или записать их в виде массива. Не помню как для MySQL, для постгри это тип поля integer[]. Тогда можно будет и искать нормально и всё остальное делать.