Как включить Debug в 1с 8.3 на Linux?
Правка /etc/init.d/srv1cv83 мне всегда помогала. Проверьте свой каталог /etc/init.d/ - возможно там завалялся еще какой-нибудь srv1cv8* , который прописан в автозагрузку и настройки из которого ваш сервер 1С при этом считывает (там же кроме ключика отладки еще настройка портов и прочие нужные для запуска опции). 
Еще момент - ключ SRV1CV8_DEBUG в конфиге по умолчанию закомментирован. Вы точно убрали символ комментария перед ним?
Для Windows:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\services\<Название службы 1С нужной версии>
Параметр ImagePath - в строку запуска добавляем параметр -debug:
«C:\Program Files\1cv8Х\Х.Х.Х.Х\bin\ragent.exe» -srvc -agent -regport 1541 -port 1540 -range 1560:1591 –debug -d «C:\Program Files (x86)\1cv82\srvinfo»
Для Linux:
/etc/sysconfig/srv1cv83
Добавляем (раскомментируем) строку:
SRV1CV8_DEBUG=1