Как логичнее изменять конфиг?
Чтобы подытожить тонкие ручейки здравого смысла, пробившиеся в комментариях.
Никто не стоит над вами с палкой и не заставляет держать весь конфиг в обязательном порядке строго только во одном месте и больше никак.
Никто не мешает вынести редактируемые значения в базу. 
В место того чтобы ковыряться грязными пальцами в файле настроек с риском там что-то поломать, куда проще оставить его в покое,  а переменные настройки редактировать через базу
создайте страничку для редактирования и всех делов.