Windows Active Directory (сценарии вход/выход)
В первом случае скрипты для запуска хранятся в SYSVOL и реплицируются между котроллерами, таким образом запуск скрипта гарантирован, т.к. SYSVOL доступен всем членам домена.

Во втором случае скрипт/программа запускаются с локального компьютера, а информация о запускаемых программах хранится в реестре в ветках:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\policies\Explorer\Run
и
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
(см. support.microsoft.com/kb/314488)
Пожалуй затем же, зачем существует «Group Policy Preferences» при возможности делать то-же самое через «Конфигурация пользователя->Конфигурация Windows->Сценарии->Вход в систему»