Почему не находит файл для копирвания?
Вы находитесь в директории /application/configs и пытаетесь скопировать файл по относительному пути application/configs/application.ini, другими словами файл /application/configs/application/configs/application.ini
application/configs/application.ini - путь относительно текущего каталога, а не корня.