Как вытащить данные из базы данных SQLITE и заполнить ими двумерный массив в JAVA?
в базе id не обязательно последовательны поэтому массив вам не подходит, воспользуйтесь HashMapCursor c = db.query("table_name", null, null, null, null, null, null);
if(c!=null&&c. moveToFirst()){
   do{
       long id = c.getLong(c.getColumnIndexOrThrow ("_id"));
       String name  = c.getString(c.getColumnIndexOrThrow ("name"));
      // добавляете в hashMap или куда вам удобнее 
   }while(c.moveToNext());
}
JDBC driver для sqlite: SQLite JDBC
Примеры подключения/выполнения запросов:Java JDBC using SQLite/ConnectingConnect to SQLite via JDBC