Стоит ли работать под руководством человека, который все переделывает на свой лад?
два адекватных человека всегда способны договориться. 
прост отведите его в сторонку и спросите: "wtf?". 
услышите убедительные доводы - дело в вас. 
не услышите - либо меняйте работу, либо вы не в адеквате.
Он переделывает за мной сверху какие-то моменты. 
Смотри именно какие и учись.При том, что, на мой взгляд, местами переделки выглядят как вкусовщина
Спроси. Чего гадаешь-то?
Скажем про программирование пример - какие отступы вроде неважно? Вкусовщина?
На деле - это важно: неединообразные отступы в команде совершенно лишную информацию помещают в commit систем CVS, не позволяя акцентировать внимание на именно что важной части commit.