Проблема с NTFS или с железом?
Для начала - подключите винты к любому исправно работающему компьютеру, в порт SATA c нормальным питанием, без всяких USB кредлов.
После чего посмотрите вывод SMART любой программой которая умеет его читать, ну например CrystalDiskInfo
И приложите эту информацию к вопросу.
По той информации что вы дали - никаких выводов даже приблизительных сделать не удается.нехорошие звуки из винтаОчень трудно определить хороший звук или нет.
Некоторые исправные винты при нормальной работе издают очень громкий и неприятный скрежет.
У некоторых слышен треск головок - либо из за чтения множества мелких файлов, либо из за неисправности и множества попыток спозиционировать головки. Шум может быть от множественных попыток запуска при недостатке питания.
Для проверки дисков и винды попробуйте загрузиться с какого-нибудь Windows livecd и прогнать тест диска. Например можно использовать этот: adminpe.ru
Если с загрузочного диска тест будет нормальным, то ищите проблему в общем софте, который установлен в ваших виндах. Например - антивирус или наоборот - вирус.