Как правильно организовать процесс веб-разработки?
Чтобы справляться с проблемами при переходе на новую версию БД, в некоторых ORM есть т.н. «миграции».
В простом случае: заводите папочку migrations, создаете файл 0000.sql, сливаете в него структуру базы данных. При изменениях структуры создаете файлик 0001.sql, куда записываете alter и create table. Комитете файлик вместе с тем кодом, который умеет работать с измененной базой.

Как только при чекауте у вас появляется новый файлик xxxx.sql, выполняете его. Можете вручную, можете хук для системы контроля версий написать.