Можно ли сделать sysprep на Windows server 2016?
Делаете бекап.
Проверяете, что он действительно сделался и с него сможете восстановиться.
На железном сервере ставите серверную винду (можно при желании даже версию винды повысить), делаете её дополнительным контроллером домена в существующем домене. 
Поднимаете на железном сервере те же  службы что и на виртуальном (dhcp, dns и т.п. при необходимости перенастраиваете днс сервера у клиентских машин) и понижаете виртуальный сервер до обычного члена домена. Выключаете виртуальный сервер (можно даже после отключения перезагрузить физический) и проверяете, чтобы всё работало.
Если в вашем домене это единственный контроллер, я бы сделал так:
Делаете systemstate backup на виртуальном сервере средствами wbadmin (компонент Windows Server Backup должен быть установлен) и тушите его
На физическом сервере поднимаете такую же винду вплоть до версии
Ставите AD, но не настраиваете ничего + устанавливаете компонент Windows Server Backup
Грузитесь в режиме ad repair (msconfig — в настройках загрузки ставите соответствующую галочку)
В режиме ad repair восстанавливаетесь из свежесозданного бэкапа.
Если всё живёт, виртуальный сервер можно убивать.