Как не выходя из дома подписать контракт/соглашение с иностранной организацией?
Берете бумагу, печатаете договор, подписываете, сканируете в pdf, отправляете. Другая сторона, распечатывает, подписывает, сканирует, отправляет в pdf. Соглашение заключено. 
Вообще это чисто формальная сторона для всяких отчетностей и банков с валютным контролем.
Соглашение может быть и устным. Да и вообще любым.
Да даже там может быть прописана подсудность всего этого дела, вот только чтобы судится в принципе, и с иностранцем в частности -- это такой геморрой, что лучше на него не рассчитывать (я про суд).
Т.о. для себя нужно определить те условия работы, когда вам не будет жалко потерять своего времени, а им не жалко потерять свои деньги. Как правило, если это долгосрочное сотрудничество, то заказчику нужна "работа", а вам нужны "деньги", и если всех всё будет устраивать, то у него будет результат работы, а у вас деньги. Это 100%. И это можно будет повторять, пока заказчик заинтересован в вас, а вы в нем.
Так же как и раньше - устно :) Вопрос только в том, чего будет стоить такое соглашение. Потому что вы, как стороны договора можете придти к соглашению вообще ничего нигде не подписывая. Соглашение нужно для того, чтобы одна из сторон (или обе) не вздумала нарушать условия договора - тогда гарант соблюдения условий (государство, именем которого подписывается то или иное соглашение) сможет воздействовать на нарушителя.

Вы хотите оставить государство с носом. При известной изворотливости это сделать можно. Но когда Ваша "иностранная организация" Вас кинет - куда Вы побежите, жалобно вопя: "Ограбили!"?

"...- Ограбили! - закричал Гудмэн.
- Ну и что? - сказал бармен, не поднимая глаз.
- Но ведь я считал, что на Транае нет преступности.
- Верно.
- А меня сейчас ограбили. Как может не существовать преступности на Транае, если меня ограбили?
- Так это понятно. На Транае ограбление не считается преступлением...." 
(С) Роберт Шекли. Билет на планету Транай