Как лучше всего передавать данные между ViewContoller'ами?
добавлял его в стек navigationController
Вы должны убрать переход на другой контроллев на storyboard. В функции, которая вызывается по нажатию на кнопку вы все делаете правильно, создаете контроллер, передаете ему информацию и уже выбираете как его отображать.
Например, чтобы сделать push анимацию в navigation controller вы должны вызвать метод[self.navigationController pushViewController:YourController animated:YES];
Чтобы показать новый контроллер в виде модального окна следует сделать следующий вызов AuthorizationVC *authVC = [AuthorizationVC new];
// передаем необходимые данные контроллеру
//...
// Показываем его выезжающим снизу
[self presentViewController:[authVC rk_vcToNavController] animated:YES completion:nil];
Для того, чтобы его потом закрыть вызываете метод у показанного контроллера![self dismissViewControllerAnimated:YES completion:nil];
Правильно и через segue и без него. А предупреждения о том, что вы действуете как-то не так, не может быть. Скриншот прилагайте или хотя бы текст предупреждения. Наверняка этот warning будет говорить о чем-то другом, нежели о навигации.