Как залить в репозиторий то, что в .gitignore?
Для этого обычно используют создание файла config.ini.example, например, и инструкцию по установке. В зависимости от языка можно сделать вообще иначе.
Иван Шумов предложил норм вариант, но я обычно делаю нечто более автоматизированное, но похожее, например:сделать файл default_config.iniпри ините необходимого скрипта создавать config.ini на основе дефолтного
В зависимости от необходимости можно выводить ворнинги, но по моему мнению все должно работать сходу.
Если конфиг разрастается, стоит проверять текущий конфиг на отсутствие полей, которые есть в дефолтом. При ручной инструкции с установкой это, согласитесь, будет не так весело.