Как правильно указать цикл для вывода только домена?
Нашел решение:
$arServers - входной массив 

foreach ( $arServers as $arServer )
    foreach ( $arServer['domains'] as $arSite )
        print_r($arSite['fqdn'])
for($i = 0; $i < count($api['answer']['result']); $i++)
  echo $api['answer']['result'][$i]['domains'][0]['fqdn'];
По хорошему, нужно бы еще проверять есть ли массив результата по $api['answer']['result'], если массив в $api['answer']['result'][$i]['domains'].