Как лучше однократно объединить несколько БД в одну?
1. Установить на все связи "on update cascade"
2. для каждой БД  выбрать непересекающийся диапазон ИД
основная БД: 0-1000000000
региональная БД1: 1000000000-2000000000
региональная БД2: 2000000000-3000000000
региональная БД3: 3000000000-4000000000
3. увеличить значения ИД для всех таблиц
региональная БД1: 
"update table1 set id=id + 1000000000" 
"update table2 set id=id + 1000000000" 
"update table3 set id=id + 1000000000" 
региональная БД2: 
"update table1 set id=id + 2000000000" 
"update table2 set id=id + 2000000000" 
"update table3 set id=id + 2000000000" 
региональная БД3: 
"update table1 set id=id + 3000000000" 
"update table2 set id=id + 3000000000" 
"update table3 set id=id + 3000000000" 
4. Импортировать данные из региональных БД
5. Установить значения для последовательностей больше последних ИД в таблицах
На мой взгляд, ваш путь только через миграцию всех таблиц БД в промежуточные с переходом на id типа guid и дальнейшую смену первичного ключа. Работа большая, но других вариантов не вижу.