Как сделать мобильное приложение из готовой CRM на HTML+JS+PHP?
как быть с PHP ведь там все обращения к Mysql 
Cделать API REST через которое будет общаться мобильное приложение. 
Читал про jquerymobile и phonegap.
Лучше делать на нативных для платформы ЯП.
и как быть с PHP ведь там все обращения к Mysql , как-то заменять на js?
Конечно, не надо заменять, сервер с PHP и MySQL оставьте в интернете, а приложение пусть будет клиентской частью, как веб-интерфейс в браузере.phonegap
Phonegap как раз позволяет наиболее легким быстрым способом отделить веб-интерфейс (HTML & CSS & JS) и "вынести" его в приложение, самый простой способ, не считая варианта в приложение вставить "движок" (WebKit), то есть просто открывать сайт в приложении.