Удаленная работа как ИП. На что обратить внимание?
Если ИП, тогда выбрать систему налогообложения УСН, спец. режимы, один из следующих:
1. 6% (Доходы);
2. 15% (Доходы-Расходы);
3. Патент.
 Рекомендую посмотреть в сторону патента. 
 Посмотрите подходит ли ваш субъект для патента.  
Далее выберите ОКВЭД. 
 Я сам использую 62-Оказание услуг (выполнение работ) по разработке программ для ЭВМ и баз данных (программных средств и информационных продуктов вычислительной техники), их адаптации и модификации из этого списка. Более подробно, посмотрите тут и тут.
Договор стандартный, в сети их много, смотрите, выбирайте...... Чтобы клиент всегда, хотел платить - закрывайте каждую работу/задачу актом о выполненных работах. Для ведения бух.учета, однозначно 1с (базовой версии будет достаточно). В базовой версии все обновления бесплатны, отчетность можно сдавать сразу из программы.
Подскажите какой договор должен быть
тот который устроит обе стороны, и закроет все возможности к "киданию"какие коды выбрать
те которые подходят под вашу деятельность....
62+ например для разработкикакая система налогообложения.
видимо УСН.И какой программой пользоваться для учета, налогов и т.п.
бухгалтером раз в месяц/год перед сдачей в налоговую.
Ну или какой-нибудь онлайн сервис moedelo и т.п.
Вопросы миллион раз обсуждены, все на поверхности лежит.