Какая CMS для интернет-магазина наиболее популярная в РФ?
Если говорить про CMS с e-commerce-функциональностью то наиболее популярными будут платный Битрикс и бесплатный WordPress. Если вести речь о специализированных под данные задачи, то OpenCart. Пруф 1, пруф 2.

А теперь, что касается вашего вопроса по сути. Выбирать платформу только исходя из ее популярности весьма плохая идея. Да, сразу снижаются риски, связанные с возможной сменой вендора. Но есть еще веер других факторов, которые необходимо брать в расчет:

стоимость лицензии (владения)
стоимость разработки (внедрения)
цена расширяемости (есть более, есть менее гибкие), которая может быть важной и при специфичности ваших требований
безопасность
качество и уровень поддержки, размер сообщества


И так можно долго продолжать.

Что касается Битрикс. Очень много его ругают за качество кода, проблемы расширяемости и доработки из-за устаревшей архитектуры, качество техподдержки, стоимости владения.

Magento. Это энтерпрайз уровень с соответствующими ценами и такая же монструозность, как в случае с Битрикс. Можно стартовать с бесплатной лицензией, но, как только функциональности не хватит, придется раскошелится на платную. Просто посмотрите на ценник и подумайте, нужно ли это вашему проекту.



В целом, есть мнение, что без бюджета в 100k$ к Magento не стоит подходить. Т.к. стоимость лицензии покажется смешной в сравнении со стоимостью квалифицированного разработчика под данную платформу.

Даже не слушайте советы про самописы, которые и только они самые гибкие. Чтобы ввязаться в самописную историю надо для начала понимать, зачем вам это? Кроме того, квалификация команды, которая должна разработать самопис сама по себе диктует соответствующие высокие рейты за работу. Это очень скользкая дорожка. Стартовать новый и, тем более, небольшой проект с нуля на самописе будет самоубийством.

Со своей стороны рекомендую взглянуть на относительно молодую платформу Shopaholic. Она базируется на October CMS, которая является самой популярной CMS, построенной на базе Laravel Framework. Этому фреймворку мощности и гибкости не занимать и все это будет доступно вам в случае с October + Shopaholic. Эта связка набирает популярность в последнее время и о ней уже даже пишут именитые издания вроде Smashing Magazine - Building An E-Commerce Site With October CMS And S....
Я бы вам порекомендовал делать не на cms, а на фреймворке (YII, Symfony, Laravel). На фреймворке получится намного гибкая система в плане расширения. В дальнейшем если возникнет вопрос расширения функционала вы с точки зрения бизнес модели выиграете больше. Знаю один крупный интернет магазин Российский, магазин у них на Bitrix, возникла потребность в расширении функционала, они уже пол года нормальных специалистов не могут найти. Ищите лучше частных специалистов, которые специализируется на разработке по этим фреймворкам