Как определить аффилированность доменов?
Яндекс точил аффилиат-фильтр по куче параметров, а вы хотите только по домену найти аффилиаты? )) а чего тогда яндекс по одному домену определить не смог... изучал контент на сайтах, cms, контакты и т.п.

Но в то же время с долей погрешности имхо можно попробовать найти выборку сайтов, которые скорее всего принадлежат одной компании.

К главным факторам по которым поисковая система Яндекс может определить что один сайт является аффилиатом другого может быть следующее ( в процентах указана степень риска):

Совпадение регистратора -16%
Если даты регистрации доменов очень близки -22%
    Похожие темпы прироста ссылочной массы -26%
    На сайтах одинаковая CMS  -26%
Сайты расположены на одном хостинге -32%
    Большой процент совпадения доноров в ссылочной массе -49%
Сайты находятся в одной подсети (достаточно совпадение трех октетов в IP адресе)  -59%
    Совпадение данных об организации на сайте и в справочных -68%
    Наличие перелинковки между сайтами, то есть если сайты ссылаются друг на друга -72%
Совпадения данных владельца сайтов -79%
    Одинаковый контент (имеется ввиду не уникальность текстов а одна направленность сайта) -93%
    Наличие одинаковых контактных данных (email, skype и.т.д.)   -99%
    Совпадение адреса, телефона и названия организации -100%  

Источник - https://seonomad.net/article/affiliat-filtr-yandeksa

то есть в вашем случае имеет смысл смотреть пункты отмеченные жирным.
если совпало много параметров (по степени риска), то с большой долей вероятности можно предположить, что сайты принадлежат одной конторе.

Причем не факт, что они будут аффилиатами в полном смысле этого слова.
Просто на конторе может быть 15 сайтов по разным тематикам, регионам и т.п. - эдакий диверсифицированный бизнес. То есть по домену если и можно узнать, то определенные сайты, которые скорее всего принадлежат одной конторе, а тематику сайтов, их ключи и т.п. по доменным записям узнать не получится.
Ничего из вами перечисленного нельзя отнести к прямым свидетельствам. Юрлица могут хоститься в одном ЦОДе, пользоваться услугами почтового хостинга друг у друга - но это не делает их аффилированными. Понятно, что если DNS-записи одной компании ведут в диапазон адресов, принадлежащий другой - очевидо, какие-то взаимоотношения между ними имеются, но назвать это аффилированностью сходу, имхо, чересчур смело.

А учитывая, что много кто использует сервисы типа CF, гуглопочты и т. п, задача становится ещё сложнее.