Самый сильно защищенный мессенджер — какой он?
Есть p2p-мессенджеры - децентрализованно, максимально секурно. Что насчет  секурности Telegram и прочего - никто не знает, что у них под капотом (на сервере).
Вы не сообщили, что вы хотите от мессенджера, кроме безопасности? Возьмём за эталон предлагаемых опций Скайп, и если вам нужно всё то же, что предлагает Скайп, плюс ещё и безопасность, то такого не найдёте. Самый близкий по пользовательским опциям к Скайпу - это Tox: неплохое видео и звук, есть передача файлов, но нету показа Рабочего стола в видеопотоке (вместо этого пересылаются статические скриншоты). И разумеется, у Tox (в отличие от Скайпа и прочих) нет никакого центрального сервера, пользователи общаются между собой напрямую.