Yii: Ошибка пагинации при together = true. Как исправить?
Попробуйте
$criteria->group='t.user_id';

где t.user_id PK модели Users.
Плюс т.к. у вас стоит задача не выбрать все мотивации у юзера можно сделать такой финт: добавить релейшен
'usersMotivation' => array(self::HAS_ONE, 'UsersMotivations', 'userID'),
И использовать тот же самый критерий$criteria = new CDbCriteria;
$criteria->with = array('usersMotivation');
$criteria->addInCondition('motivationID',array(1,2));
если не ошибаюсь заработает даже без $criteria->together = true;
Это из-за связи один ко многим. Вам надо как то так:
public function actionIndex() {
    $criteria = new CDbCriteria;
$criteria->addCondition(" (SELECT COUNT(*) FROM `UsersMotivations` WHERE userID = t.ID AND `motivationID` IN (:motivationID)  ) > 0 ");
$criteria->params[":motivationID"] = implode(',',array(1,2));

    $dataProvider = new CActiveDataProvider('Users',array(
        'criteria'=>$criteria,
        'pagination'=>array('pageSize'=>10)
    ));

    $this->render('index', array( 'dataProvider' => $dataProvider));
}

