Как поднять репо на уровень выше в каталоге?
Просто сделайте в репозитории папку application/frontend и переместите туда всё (обычный rename). История на файлах сохранится
В целом Евгений дал правильное решение и рецепт сработает. После перемещения репозитория гит скажет что вы перенесли все файлы в подпапку и придётся создать коммит с этой операцией. Но хоть вы и будете видеть старую историю коммитов, воспользоваться ей будет сложно, так как пути поменялись. 

Правильней будет перед перемещением папки .git воспользоваться командой filter-repo, чтобы пересобрать заново все предыдущие коммиты так, как будто репозиторий изначально лежал в на два уровня выше.

Исходная структура папок
mysite
└── application
    ├── backend
    └── frontend
        └── .git
Подготовим старый репозиторий к перемещению
git filter-repo --to-subdirectory-filter application/frontend
Получим такую структуру
mysite
└── application
    ├── backend
    └── frontend
        ├── .git
        └── application
            └── frontend

Затем перенесём всё содержимое папки frontend в корень сайта.
И никаких дополнительных коммитов не понадобилось.  Разве что останется только добавить в репозиторий остальной сайт.