Border по методологии БЭМ тоже выносить в модификатор?
Только если в макете бордер у элемента где-то есть, а где-то его и нет.
 Если бордер у этого элемента есть везде, то модификатор не нужен и наоборот.
Зависит от блока и box-sizing, вообще позиционирование в модификатор лучше не выносить, для нужного расположения блоков на странице используйте элементы обертки родительского блока или миксы.