Как переключаться между окнами (задачами) в Mac OS X?
> Почему нельзя переключиться на окно по command-Tab
Потому что command-Tab не переключает между окнами. Оно переключает между приложениями. Между окнами одного приложения переключает command+тильда.

> Почем при разворачивании окна на весь экран я на самом деле получаю окно на отдельном рабочем столе
Потому что это кнопка разворачивания окна на отдельный рабочий стол.

> Например, невозможно переключиться на скайп, если до этого я закрыл кнопкой
Возможно. Вы именно переключаетесь на приложение Скайпа. У которого вы только что закрыли окно, да. Шоткат как открыть его обратно можно посмотреть в меню window.
Я вам очень рекомендую эту книгу: shop.oreilly.com/product/0636920025634.do