Легкая программа для составления документации web-проекта?
Начните с простой Wiki. Например в Trac (может уже используете) весьма неплохая. Для диаграмм можно прикрутить Graphviz плагин.

Для БД рекомендую SchemaSpy. Умеет рисовать схамы с помощью того же Graphviz.
мы использовали doxygen — позволяет генерить по коду диаграммы классов 
По БД — не знаю. Используем комментарии к полям и таблицам, 
reingeneering БД в диаграмму (логическими частями) любой визуальный инструмент: MySQLWorkbench (не оч удобен), DBDesigner4 www.fabforce.net/downloads/