Как систематизировать знания?
есть ощущение, что какой-то большой пласт теоретических знаний упущен
Это прекрасное чувство «голода» к знаниям.

Порекомендую практику: писать (свой) проект, параллельно читая код другого «хорошего» проекта. Списывать, копировать — понимая.

Если сталкиваетесь с невиданным явлением, термином, продуктом, паттерном — остановиться, погуглить, разобраться. Спросить.
Просто начните писать большой учебный проект, а ту теорию, которую вы учите попытайтесь синтетически включить в свой проект. Это самое лучшее решение по моему опыту.