Можно ли полностью перейти на Linux?
Virtualbox нормально пробрасывает USB-uart интерфейсы. Мы разрабатываем embedded для нескольких устройств, и в основном все сидят на Linux, в случае необходимости - запускаем виртуалку с Windows, и все работает.
В основном волнует передача по интерфейсам UART и USB для отладки и прошивки. 
Если в качестве менеджера виртуальных машин выберете VirtualBox (а большего вам и не надо), то сразу после установки его штатного ExtPack у вас буде и UART и USB.
См. VirtualBox (ресурсы и возможности) - дальнейшие детали уточните по ссылкам оттуда.