Как сделать снимок системы и перенести его на новые харды?
Можно использовать acronis true image или аналогичное ПО для бекапа, но я бы рекомендовал поставить ОС с нуля и перенести данные средствами scp.
я мучал tar-ом. Ставил виртуалку в файл 8Г, быстро стало не хватать. А делать scsi древний ПК (кучка дисков по 4Г) не получилось. 
livecd: 
tar -cf -p --preserve-permisions --acls --xattrs sda1.tar /mnt/sda1
....
livecd 
cd /mnt/sdb1
tar -xf -p --preserve-permisions --acls --xattrs /storage/sda1.tar 
...
разумеется нужно будет разрешить лишний путь, 
mkdir /mnt/sdb1/mnt
mkdir /mnt/sdb1/mnt/sda1
mount /dev/sdb1 /mnt/sdb1/mnt/sda1
cd /mnt/sdb1
tar -xf...
(чтоб он дописал в папки. )
Так для всех дисков. 
Один диск все ровно лежит про запас (для автозамены если екнется другой).
На него делаете этот типа бэкап тар-ом.   
Запускаете рэйд. Распаковываете на него архивы.  
2. Лайв сиди. Настраиваете контролер. Монтируете рэйд. Подмонтируете свой старый диск.  dd if=/dev/sda of=/dev/sdb conv=noerro,sync ...
sda - старый диск. sdb - рэйдовский. 
Если программный, копируете диск на резервный, подымаете рэйд копируете на него диск.  
Но сам пока так не игрался. 
На счет фоном... Поставить диск в зеркало. И проверять фоном файловые системы. Наверное (не проверял) должен все что актуально откопировать на зеркальный. Потом радуга на терминалах, пока копируется в рейд. А если прям сразу зеркалом рейд ввернуть? Аппаратный для 500Г и програмное зеркало? гы гы как говорят студенты.