Одна или несколько баз данных?
Моё мнение, хранить все в 1ой базе, т.к. данные связанные. 100 млн записей - это не много, особенно если бд грамотно спроектирована, есть нужные ключи и все такое. Разносить будет смысл, только когда упретесь в производительность железок и не будет другой возможности убрать проблемы производительности, кроме как разделить бд на разные сервера, но до таких проблем еще надо постараться добраться.
Если у тебя несколько БД на одном сервере - у тебя все равно будут проблемы по производительности диска. Баз-то несколько, а дисковая подсистема (и процессор и шина доступа к оперативке) - тот же самый.
Если у тебя несколько БД на разных серверах - то добавляются задержки сети.
Я бы пересмотрел архитектуру приложения (если это еще возможно). Часть бы положил в узкоспециализированную БД типа Tarantool. https://habrahabr.ru/company/oleg-bunin/blog/310690/
П.С.:
Десятки миллионов записей для современной СУБД - это ерунда.
У меня миллиарды крутяться на одном единственном сервере на PostgresSQL - полет нормальный.
Конфигурация PostgreSQL оптимизирована (задано эффктивное использование оперативной памяти)