Как в Яндекс Карте скрыть/показать гео-объекты?
Делал такую штуку недавно: выводил по чекбоксам объекты на карту в зависимости от типа объекта (заправка, школа, магазин и т.п.).
Нашел у себя вот такой код:myPlacemark.options.set("visible", false)
Так что все правильно Вы делаете. Даже не обязательно в коллекции собирать.
Поищите ошибку в коде вызова метода. Возможно, не обрабатывается событие изменения checkbox.
В вашем коде негде не указывается что коллекция добавлена на карту. Наверно нужно добавлять маркеры в коллекцию а потом добавлять коллекцию на карту - как в примере https://tech.yandex.ru/maps/doc/jsapi/2.1/ref/refe...