Как посчитать среднее значение данных в массиве?
Сначала нужно получить объект, где ключи - id групп, а значения - массивы со всеми значениями. 
Потом посчитать средние.
const data = arr.reduce((acc, c) => {
  c.properties.groups.forEach((group) => {
    if (! acc.hasOwnProperty(group.id)) acc[group.id] = [];
    acc[group.id].push(group["well-being"]);
  });
  return acc;
}, {});
/*
{
  0: [0.9, 0.8, 0.8],
  1: [0.5, 0.3, 0.1],
  2: [0.4, 0.8, 0.6]
}  */


const avg = {};
for (let id in data) {
  avg[id] = data[id].reduce((acc, c) => acc + c) / data[id].length;
}

console.log(avg); /*
{
  0: 0.8333333333333334,
  1: 0.3,
  2: 0.6000000000000001  // 0.1 + 0.2 !== 0.3
} */
Сначала нужно получить объект, где ключи - id групп, а значения - массивы со всеми значениями. 
Потом посчитать средние.
const data = arr.reduce((acc, c) => {
  c.properties.groups.forEach((group) => {
    if (! acc.hasOwnProperty(group.id)) acc[group.id] = [];
    acc[group.id].push(group["well-being"]);
  });
  return acc;
}, {});
/*
{
  0: [0.9, 0.8, 0.8],
  1: [0.5, 0.3, 0.1],
  2: [0.4, 0.8, 0.6]
}  */


const avg = {};
for (let id in data) {
  avg[id] = data[id].reduce((acc, c) => acc + c) / data[id].length;
}

console.log(avg); /*
{
  0: 0.8333333333333334,
  1: 0.3,
  2: 0.6000000000000001  // 0.1 + 0.2 !== 0.3
} */