Оставляет ли пиратская винда следы в Bios?
Никогда не верьте продавцам-консультантам.
Они в первую очередь продавцы, а на вас им плевать.
В BIOS - нет, но есть куча других способов определить лицензионность Windows, например ввести в командной строке slmgr –ato, если во всплывающем окне будет какое-либо сообщение об ошибке - Windows пиратская.
Некоторые активаторы устанавливают свой загрузчик, тот-же KMS Auto устанавливает в планировщике задач свой процесс.