Как добавить свои классы li, a в wp_nav_menu?
Ну либо в Внешний вид -> Меню в верхнем правом углу открыть Настройки экрана, включить классы CSS и прописать нужные пунктам, либо подобрать фильтр.
Например, попробовать такadd_filter('nav_menu_css_class' , 'special_nav_class' , 10 , 2);

function special_nav_class($classes, $item){
    $classes[] = 'your-custom-class';
    return $classes;
}Видео с примерами.
Можно также с помощью jQuery: jQuery('#my_menu > li').addClass('my_class');