Как посылать запущенному приложению комманды?
Конечно есть. Есть два варианта как всегда.
1. MBean читаем тут docs.spring.io/spring/docs/current/spring-framewor...
Как результат получаем возможность управлять приложением например через jvisualvm и плагин mbean к нему. Довольно удобно.
2. Самый удобный для меня вариант, если используется spring boot. Тут можно развернуться на docs.spring.io/spring-boot/docs/current/reference/... 
Как итог получаем возможность подключатся к приложению по ssh, реализовывать свои консольные команды. А также получаем служебный REST API с кучей встроенного функционала.
Надеюсь помог.
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A3%D0%B4%D0%B0%D...
Но мне кажется проще будет через webservices сделать