Какие книги по MYSQL вы использовали для обучения?
High Performance MySQL (желательно 2-е издание или более новое). Очень хорошо расписаны различия и тонкости движков MyISAM и InnoDb, как оптимизировать запросы, составлять индексы и т.д. и т.п. Кроме того, рекомендую блог mysqlperformanceblog.com
Мануала не достаточно?