Можно ли обновить предустановленные php/python на MacOS на версии повыше?
и все это ради неиллюзорной возможности запороть систему и иметь секас при её обновлении, когда версии затрутся дефолтными?
это не минимализм, это хождение по граблям.
Никакого смысла в этом нет. Все равно под каждый серьезный проект на python настраивается свое виртуальное окружение. А там уже указываете какую версию питона использовать, и какой набор библиотек, не замусоривая при этом основную систему.