В какой компании лучше начинать работать программисту — крупной или маленькой?
но ответить сложно
Да. Сложно. Поэтому ответа не будет. 
Причины того, что ответа не будет:
- фиг его что лучше именно вам
- фиг его что там за маленькая компания
- фиг его что там за крупная компания
- фиг его кто вы такой как специалист
И даже дав ответы на все эти вопросы - ответа не будет - все субъективно.
Какая разница, что за размер у компании? Это практически ни на что не влияет для вас (если, конечно, вы не её владелец).
То, что вы перечислили, это ваши стереотипы. Качества компании практически не зависят от её размера.
Вообще-то и в крупной можно общаться с руководством, если есть что сказать по делу. Насчет социальных гарантий не понял, уволить могут отовсюду одинаково.