С чем может быть связана ошибка при создании приложения в Ruby Rails?
Could not find gem 'rails (= 3.2.16) ruby' in the gems available on this
machine. — на компе не установлены рельсы версии 3.2.16 (а в Гемфайле прописана именно такая версия). И не надо их устанавливать.
Ruby 1.9.3p484 (2013-11-22 version 43786) [i686-Linux]
Rails - 3.2.16
С них уже песок сыпется.
Установите руби 2.2.0, рельсы 4.2.1 и изучайте их по новым книгам/туториалам.
Тут неплохо все описано и по 4 рельсам и по 3.2 есть, там же есть настройка-установка.