Где правильнее хранить search-модели Yii2?
допустим в корень 
странная идея, это последнее место где их будут искатьГде правильнее хранить search-модели Yii2?
либо в папке app/models либо в папке app/models/searchдабы при росте их количества не получалась каша из моделей
иногда удобно использовать модули для избежания каши, но не всегда. Но подумать в эту сторону стоит.
Храните связанные между собой вещи рядом.
Модель поиска продуктов рядом с моделью Продукта, модель поиска категорий рядом с категорией.
Нет смысла выделять папку для "всех" search-моделей
см. Структура проекта, LIFT