Запустить прогу в Ubuntu под правами su?
Запускать с правами админа следует с осторожностью, это не Винда, которая сама себя сломает, а админу не даст.
Для программ, реально требующих прав админа для выполнения своих непосредственных задач (как, например, Synaptic) есть gksu. 
А запускать от админа каждый ФМ и любой редактор - лихой прыжок на грабли. Потом сам здесь же будешь плакаться "почему у меня кругом permission denied" и "я этого вообще не хотел, оно само".
если очень хочитца чтобы прога запускалась из-под админа можно прописать  root  как владельца проги и включить suid-бит