Допустимо ли в PSR-4 использовать два пространства имен верхнего уровня, и если да, то как их назвать?
Во-первых, у вас удар по семантике уже нанесен смертельный когда вы начали делать неймспейсы Classes, Libs и Includes. Семантика - это назначение класса, но никак не его тип. Т.е. Controlles, Models, Services, Events и т.п. Но это лирика.
По сути вопроса - первая часть в неймспейсе должно быть имя вендора. Название компании, где вы работаете, название компании, для которой вы делаете проект или просто ваше имя. Дальше уже по усмотрению, хотя я бы советовал вторую часть называть по названию проекта. А дальше воротите что хотите.
Что до psr-4, он позволяет любую левую часть неймспейса (любого размера) мапить на любую директорию. Т.е. вы може свой \Heian\MyCoolProject\ отмапить в ./src/ и тогда \Heian\MyCoolProject\Libs будет ./src/Libs. Можете \Heian\MyCoolProject\Libs\ отмапить в ./mylib/ и т.д. Причем, таких мапов может быть сколько угодно, хоть все варианты неймпсейсов пропишите в мапинг. 
Хотя, конечно, обычно делают что-то вроде \MyVendor\Project\ в ./src/Project/  или просто \MyVendor\ в ./src/
vendor namespace !== папка vendor