Почему теряются пакеты в одноранговой сети?
Симптом "n минут работает, 5 секунд не работает" - это перегруз очереди пакетов на каком-то из свитчей (у вас точно свитчи а не хабы?) по пути к помойке: при переполнении пакеты начинают отбрасываться.
Под большой нагрузкой теряются пакеты. Если все меняли, то проблема в винде, сетевой карте или драйвере карты на файлопомойке.
Ставьте ADSL модем в режиме моста, за ним нормальный роутер с гигабитными портами и коммутатор также с  гигабитными портами. Файлопомойке накатить временно другую винду или взять другой комп, возможно в винде проблема. Сетевухи везде гигабитные, кабели переобжать хорошей обжимкой или купить заводские патчкорды.