Как грамотно организовать Backup файлового сервера и рабочих станций в небольшой организации?
Для начала нужно определится с местами хранения.
Например бэкап будет делаться на другой диск на том же сервере и дополнительно на NAS в другой сети по фтп.

Образы дисков пользовательских машин можно делать либо встроенной в ОС системой архивации, либо например утилитой Руссиновича disk2vhd из командной строки.

Для хранения большого числа однотипных образов разумно применять дедупликацию - это может быть и штатная windows дедупликация, или использование сторонних утилит.
Я например часто применяю утилиту zpaq.

Домена в организации нетА он для озвученных целей и не обязателен. Домен это просто удобство управления множеством компьютеров и только.

Та копия бэкапа которая храниться на том же ФС должна находиться обязательно на отведенном под нее диске, и защищена правами.  Права на запись бэкапа должны быть только у оператора бэкапа, у остальных их быть не должно, особенно у администратора!
Для сервера средствами winbackup можно сделать загрузочный cd и бекап на внешнем диске для восстановления в случае выхода из строя железа.

Это делается один раз и эти два диска убираются в сейф. 

Нужно делать еще и регулярный бекап, который будет развернут на то, что восстановится с тех дисков.

Если будет домен, можно перенаправить папки с профилем пользователя (рабочий стол, документы и пр.) на сервер, который будет бекапиться. 

Какие-то особенные компьютеры можно бекапить на прицепленный внешний диск, например, тем же бесплатным Veeam, но он должен работать под учетной записью админа и пользователю туда должно быть запрещено, иначе первый же шифратор все грохнет. Делается по такому же принципу - флешку для загрузки, которая с внешнего диска потом все восстановит. 

И хранилище бекапов должно быть по тому же принципу ограничено в доступе.

Насчет домена - найдите опытного айтишника, чтобы он настроил один раз и многие проблемы с безопасностью решатся)

И, конечно, нужно делать бекап на носитель, который находится вне офиса или в облако - это спасет от потопа, пожара, масок-шоу... Например, klsbackup умеет бекапить в Onedrive...