Могут ли возникнуть проблемы с поисковиками, если использовать ES6 без транспиляции?
У гугля есть другие критерии, которые гораздо сильнее влияют на индексацию, (mobile first, скорость загрузки, наличие микроразметки) кроме того, у гугля есть прекрасный инструмент, чтобы посмотреть как он видит вашу страницу
https://search.google.com/search-console/
Для того, чтобы оценить поддержку тех или иных фич браузерами, можете использовать https://caniuse.com/
Ну и в документации гугл рекомендует использовать полифилы, например, тогда в новых браузерах будет работать нейтивный ES6 https://polyfill.io/v3/api
Все вокруг используют https://babeljs.io как Вы думаете зачем?
Что бы писать на ES6, а в браузер давать ES5. И нет проблем. Если бы можно было безнаказанно использовать ES6, наверное так бы и делали.
Вы описали почему не надо использовать ES6 без babeljs и все равно планируете его использовать. Где логика? Откуда такие идеи? Это что-то из серии "а вдруг"?
Не хотите юзать babeljs, юзайте ES5. И кстати там тоже не 100% юзеров оценят.