Manage.py makemigrations создаёт неправильные миграции. Как исправить?
Все запутано, но судя по всему Django ведет себя верно: Вы удалили все миграции и теперь джанго думает, что миграций нет (и мало того они не накачены, так как Вы почистили таблицу). Именно поэтому она создает миграцию с create table, а не alter table. Как вариант исправления - восстановить миграцию, которая создает таблицу без добавленных 3х полей: можно удалить 3 поля из модели, создать миграцию, затем добавить их и создать вторую миграцию, добавить информацию о первой маиграции в django_migrations (как будто она накачена) и затем накатить через migrate вторую миграциюю.
Django не привязан к бд. Первая миграция всегда будет создавать новые таблицы из моделей.
migrations лучше не трогать и просто сопрождать с приложением.