Каким образом поднять новую инфраструктуру с нуля и объединить в одну сеть три корпуса учебного заведения?
Делал тоже самое только в медицине.
Пробивайте прямой линк. Сэкономит кучу нервов. Если на одной территории, то оптика однозначно, даже не сомневайтесь, если в разных районах, то L2 через провайдера.
Про скорость 100мбит забудьте, это прошлый век. Делайте сразу гигабит, так же сэкономит нервы и через три года не придется переделывать.
И, простите, зачем вам три домена на три корпуса? Это бред сивой кобылы. У вас на них разные сайты висят? В каждом корпусе свой системный администратор? Или что? Для чего это нужно?
И еще вопрос, на кой черт два сервера на каждый корпус? Что на этих серверах? Зачем они должны стоять в разных корпусах?
Для 200+ ПК одного домена, более чем достаточно, делаете хозяина инфраструктуры в главном корпусе, DNS, DHCP, там же резервный DC на другом сервере.
Главное - надежная, емкая транспортная инфраструктура, а на ней все остальное гораздо проще и легче делается.
Если по пунктам, то выглядит так (при условии нахождения на одной территории):
1. Одномодовая оптика на 16 волокон от второстепенных к главному корпусу.
2. В главном, оптический гигабитный коммутатор уровня ядра
3. Во второстепенных, гигабитные коммутаторы уровня сети, с оптическим портом
4. В главном ставите все сервера.
5. В главном поднимаете DC, резервный DC, файлсервер и все, что еще вам нужно.
И все, никакого геморроя с лесами и доверием и впн.
Леса нужны когда у вас уже филиалы целые в разных районах и городах, со своими политиками и т.д.
А на 200 компьютеров такое городить - это верх некомпетентности.
Поддержу камрада DastiX насчёт отсутствия необходимости в лесах. На вашу структуру хватит одного домена. 
Также добавлю, что вы ставите задачу в духе: "Давайте поставим по два сервера, сделаем VLAN и VPN и ещё кучу  модных слов!". Плясать нужно от требований, а не от технологий. Вы ставите два сервера. Отлично. Чем они будут заниматься? Какие задачи решать?
Хотите VLAN'ы -- хорошо. Для чего? Что вы планируете с помощью вланов делать? Какую задачу решить?
Тот же вопрос по VPN. У вас ещё физического линка между корпусами нет, и даже неясно, как он будет реализован, а вы уже про VPN думаете.