Как добавить в .gitignore такие файлы как gulpfile.js, package-lock.json и package.json?
Такие файлы добавляются в .gitignore так же, как и любой другой файл.
Но, подозреваю, что вопрос в другом. Хочется чтобы файлы исчезли из проекта? 
Ты видишь, что файл никуда не исчез и сделал вывод, что файл не добавлен в игнор. Но это не так.
По сути .gitignore тебе совершенно не нужен, потому что добавление файла в игнор не удалит его автоматически из репозитория, если он ранее уже был добавлен в отслеживаемые.  Этот файл нужен только чтобы случайно не добавить в репозиторий лишнее. Но даже он не помешает нам добавить любой файл в репо командой git add файл

Когда не хочешь видеть файл в репо, просто удали его физически и сделай коммит.

Если же файл нужен в рабочем каталоге, но ты не хочешь его светить в репозитории, то удали файл только из индекса командой git rm --cached имя_файла и закоммить это.
Автор вопроса хочет странного

Предварительно удаляешь их из репы, а потом добавляешь в gitignore
gulpfile.js
package-lock.json
package.json
И коммитишь gitignore