Как ИП платить налог только с чистой прибыли сайта?
Простой и как бы очевидный способ: УСН 15% от разницы дохода и расхода. Только вот доход прозрачен, а расходы - должны быть подтвержденными документально. То есть либо платежи ИП и юрлицам, либо выплаты физлицам с соответствующими сборами паспортных данных (ФЗ о защите персональных данных), письменных договорах и сдачи форм отчетности типа 2НДФЛ
Прибыль и чистая прибыль - это немного другое, чем подразумевается в вопросе -)
Легко. Выбираете основную подоходную форму налогообложения и списываете все выплаты на расходы. Напомню, что исполнители должны быть наняты предпринимателем или иметь собственную регистрацию ИП, иначе вы не сможете на них списывать расходы.