Нужно ли «чистить» обработчики событий в JavaScript?
Вы неправильно делаете.
Повесьте эти обработчики в единичном экземпляре и в них закрывайте все модальные окна.
Ну если не хотите то да, чистить надо, потому что с каждым новым окном вешается дополнительный обработчик и всё это в конечном итоге приводит к  лагам и забиванию памяти.

Эх, как же я скучаю по временам простых дизайнов сайта без ajax, jquery, без эффектов, с alert-ами и confirm-ами...
Это имеет смысл только в том случае если у вас сильно нагружен сайт.
Если это не так, то при загрузке вешаете 3 обработчика и не паритесь