Как запретить доступ к сайту по критерию принадлежности к стране?
Прошу прощения, я не уверен, что знаю, как это сделать с использованием голого apache  и .htaccess, но почему бы вам не использовать nginx, собранным с одним из многочисленных модулей GeoIP ? 
Во-первых nginx лучше справляется со статикой, и вероятно, нагрузка упадет сразу после внедрения nginxa в качестве фронта, и не будет такой острой нужды резать пользователей по регионам, а во вторых в nginx это реализуется достаточно просто: 
К примеру, используя модуль geoip2, вы можете при помощи стандартной конструкции if в локейшнах nginx'a сравнивать значение переменной $region с нужными вам для запрета/разрешения.
Прошу прощения, если сочтете мой ответ офтопом.
В общем, друзья, решение. Спасибо всем откликнувшимся!
Можно сэмулировать заботу php в "прозрачном режиме". Можно, но это очень ресурсоемко. В 2х словах алгоритм должен выглядеть следующим образом - все запросы перенаправляются к index.php; Если запрашиваем существующую директорию - выводим листинг; если запрашиваем файл - по кускам его читаем и выдаем (предварительно выставив необходимые заголовки). Но, т.к. запросов много, а файлы - довольно большие - решение бы положило сервер минуты за две. Работало бы, было бы гибкое, но положило. Очень хреновое решение в данной ситуации, надо сказать.
Что было сделано - так как хостинг от "руцентра" (nic.ru) - режим работы был переведен в ручной, собран из исходников модуль mod_geoip, и подсунут апачу из не "родной" директории (родные все ридонли). Апач его съел, модуль был настроен, всё заработало. Родной "мануал" на форуме "руцентра" крайне не полный, сделал о всем процессе заметку по ссылке. Саппорт руцентра так и не ответил на письма. Шли третьи сутки.