Как бы Вы изменили структуру программы в Python основываясь на ООП?
Структура вашей программы совсем не понятна, поэтому нельзя точно сказать, куда пихать ООП.
ModifyValueN можно заменить на что-нибудь такое:def modify(value, func):
    return func(value)
И использовать как-нибудь так:x1 = modify(x1, lambda x: x**2) # Не сложно догадаться, что это возведение в квадрат.
P.S. Почитайте PEP8, умоляю
Структура вашей программы совсем не понятна, поэтому нельзя точно сказать, куда пихать ООП.
ModifyValueN можно заменить на что-нибудь такое:def modify(value, func):
    return func(value)
И использовать как-нибудь так:x1 = modify(x1, lambda x: x**2) # Не сложно догадаться, что это возведение в квадрат.
P.S. Почитайте PEP8, умоляю