Как задать таймаут в JQuery?
Или так:$(this).toggleClass('active').delay(3000).removeClass('active')
$(document).ready(function () {
            $('.box').hover(function () {
                var obj = $(this);
                obj.addClass('active');
                setTimeout(function () {
                    obj.removeClass('active');
                }, 500)

            });
        });
вот получше вариант
codepen.io/Pashted/pen/xRKWyb