Каким софтом отсканировать в МФУ много листов каждый в отдельный PDF?
данную задачу лучше решать следующим образом
сканируешь всю серию в один файл pdf а затем с помощью imagemagic (мощнейшая утилита работы с изображениями, командная строка) разобрать страницы полученного файла хоть в картинки хоть в pdf
convert test.pdf -quality 100 page-%4d.png
Проще порезать постранично готовую пдф