Почему load average не соответствует загрузке процессора?
Сто́ит что-то делать
Смотреть на полный вывод ps. Искать процессы в состоянии D, например.
Скорее всего, процессы в D-state или чём-то похожем. ps ax  | egrep -v '( S | Ss| S< | SN | S | Sl | R)'покажите