Как создать матрицу (шахматной доски) на Python?
Не в языке дело, а в алгоритме. У вас тут полный перебор, который не нужен. def chess(a,b):
    return ((a[0]+a[1])&1 == (b[0]+b[1])&1);
print 'yes' if chess((1,2),(0,2)) else 'no';
Чтобы клетки были одного цвета, суммы координат клеток должны быть либо одновременно четными, либо одновременно нечетными. Если сумма координат одной клетки четная, а другой — нечетная, клетки разного цвета.
Не уверен, что это работает, но суть должна быть понятна.first_black = x1 % 2 == y1 % 2
second_black = x2 % 2 == y2 % 2

print "yes" if first_black == second_black else "no"