Как зашифровать извлеченные биометрические признаки на выходе обучения классификатора/нейросети?
Обучаете автоэнкодер на ваших данных. Потом берете средний слой (самый наименьший по кол-ву нейронов), он то и будет "абстрактным" кодом вашего изображения. Или я не понял вопроса ?
По поводу безопасности я все четко описал в комментах к своей статье. 
Если делать проверку биометрических признаков при помощи MLP-классификатора, то шифровать не имеет смысла, сама матрица весов нейронной сети уже будет чем-то вроде хэша, а feed-forward входного вектора через нейронную сеть - сверкой с этим хэшом. Таким образом по моему ту методу имеем N матриц весов, где N - количество пользователей, хранить вектора уже не имеет смысла.
https://habrahabr.ru/post/336198/
Кстати, удачно, всего через 5 дней после вашего вопроса. Прочтите статью, мб интересные идеи оттуда подчерпнете.