Как вы используете jQuery и прочие библиотеки JS, установленные через npm?
Собирают исходники в бандл (bundle) системами сборки — webpack / gulp. На выходе получают один js файл (если не использовать code splitting), в котором есть все библиотеки, выполнен tree shaking (удалён мёртвый код), код минифицирован (чтобы меньше весить и быстрее передаваться пользователю) и доведён до целевой версии (babel, который позволяет писать разработчику код с новыми фичами (из ES6), переводя его в целевой (сейчас это чаще всего ES5))
Далее этот бандл автоматически или (реже) вручную внедряется в HTML.
То, про что говоришь ты — это примерно как в 2020 писать на скалах углём.
Дополню к ответам выше, что папка node_modules должна быть просто в проекте локально, а уже на сервере собранный бандл с подключенными библиотеками. node_modules нужно в gitignor поставить, чтобы не загружать это огромное количество файлов. Если работаете в проекте с кем-то, то все пакеты должны быть в package json прописаны. Через консоль потом пакеты локально загружаются в node_modules