Как платить налоги при работе в upwork агентстве?
При этом довольно затруднительно будет заключить договор с агентством как с клиентом, для этого им нужно принять меня на работу как работника, это увы невозможно.
Почему? Вы ведь ИП. Значит будет обычный договор субподряда (или агентский) между двумя компаниями. У агенства не должно быть никаких проблем с вами.
У меня своё агентство на апворке. Я с программистами заключил агентский договор и перечисляю им деньги в рублях по курсу банка Точки (где у меня мой счет) на их счета ИП с которых они платят налог 6%.

Поэтому без проблем требуйте заключение агентского договора.