Подводные камни удаленной работы на организацию в другом регионе РФ (с оформлением в штат)?
В трудовом договоре должна быть оформлена удалёнка в соответствии с трудовым кодексом - это всё. Дальше любые косяки связанные с относительным расположением вас и работодателя - это головная боль работодателя.
сейчас есть электронная трудовая, вам достаточно подать заявление на ее оформление. 
Дальше будет без проблем. 
И исходя из моего опыта никаких проблем при отправке пониэкспрессом или деловыми линиями.