Какой диск форматируется при установке Ubuntu в VirtualBox?
Виртуальный же.
Физический подрубить - нетривиальная задача.
Рекомендую тебе почитать про виртуализацию в принципе. Если вкратце: виртуальная машина - это два файла (на самом деле больше, но для основной сути упростим), конфиг - где описаны ресурсы ВМ (ЦПУ, ОЗУ, путь к диску, различные адаптеры и контроллеры) и, собственно, файл диска - у VMware он будет .vmdk, у Hyper-V .vhd/.vhdx, в KVM ещё чё-то - это просто файл внутри которого бинарные данные