Чем можно заменить встроенный opcache в php 5.5?
даунгрейд до 5,4 и APC.
Попробуйте так же поиграться с opcache.optimization_level. Скажем выставить все в 0x00000000 и потом попеременно включать. 
Какой бит за что отвечает можно посмотреть тут: stackoverflow.com/questions/21181045/php-opcache-o...
Можно XCache попробовать.
Но лучше разобраться с OPCache, поиграть с его настройками и зарепортить баг