Как в js-файле (а не в html) сделать, чтобы функция запускалась при клике по ссылке?
link.addEventListener('click', (e) => {
   e.preventDefault();
   let bool = confirm('вы желаете перейти?');
    bool ? window.location.href = "http://www.example.ru" : alert('вы отменили переход');
});

С телефона, но вроде все так))
document.addEventListener('click', (e) => {
   if(e.target.tagName === 'A') {
     e.preventDefault()
     example() 
  }
})
Но так лучше не делать, так как все ссылки перестанут правильно функционировать, проверку делать на класс или что-то типо того. Еще можно к нужным ссылкам добавить слушателя события.