Как настроить VPN клиент на микротик, только для одного порта и при этом иметь VPN-сервер на самом микротике?
1. Для начала, поднимите VPN от микротика до корп сети. 
2. Потом отделите eth3 от вашей локальной сетки (скорее всего исправив свойство master port в настройках порта). 
3. Затем через маршрутизацию и NAT заверните нужный трафик в туннель из п 1.
Эти настройки совершенно не конфликтуют со поднятым l2tp сервером покрытого IPSec шифрованием. Настройте его по вот этой подробной документации: blog.f1mikrotik.com/2014/08/18/l2tp-ipsec-vpn
Хочу добавить что на младших микротиках не очень мощный процессор и нету поддержки аппаратного шифрования, в результате скорость по vpn будет 2-5 мбит в зависимости от шифрования и модели.