Как настроить сервер для работы с большим количеством пользователей?
Это большая работа, и вам никто, вот так в двух словах, в ответе на вопрос не поможет её сделать.
Надо смотреть на вашу конкретную ситуацию, искать узкие места и их устранять...
Оптимизации на все случаи жизни попросту не бывает.
Из общих рекомендаций: Если возможно, надо переходить на php 7+. Это может дать заметный прирост производительности.Возможно, от apache лучше будет избавиться.
3000-5000 в день? это вообще не нагрузка.
3000-5000 одномоментно? это нужно полностью архитектуру под скорость пилить, если вы хотите гарантий производительности. это вам к квалифицированному программисту следует обратиться. он посмотрит внутрь и скажет/переделает.
общие советы тут не помогут.
вот тут только общие аспекты в статье рассказаны - а уже целая статьяИз говнокода в Highload. Используем ТАРАНtool. 5 р...
в кратком ответе ну никак не ответить.
для начала я бы предложил профилировать для выяснения - а где же именно тормозит.
при условии что до этого весь треш, подобный описанному в статье уже вычищен.