Уменьшить кол-во префиксов?
Писать без префиксов. Вместо этого юзать автопрефиксер. Для этого можете использовать Grunt/Gulp ну или PrePros на худой конец
Выигрыш пары килобайт или потенциальная поддержка старых браузеров, что лучше?
Если вы уж написали код для старых браузеров, то нет никакого смысла его потом убирать. От этого сайт не станет быстрее работать. 
А для новых проектов, разумеется нужно использовать Autoprefixer.