Как лучше организовать серверную архитектуру для мобильных и десктоп приложений?
REST. Прячите все за приятный интерфейс на основе http и вашим приложениям будет глубоко плевать, что там под ним, балансировщик нагрузок на класстер серверов или шаред хостинг. Опять же таким образом ваши клиенты так же не будут зависить от конкретной реализации сервера, им нужен только интерфейс.
И еще, это статегически не верный шаг, подключать программистов уже после организации сервера, так как они должны предоставить вам требования.
@penzu 
В общем-то приложение у вас получается достаточно простое.
На сервере БД + приложение, которое будет отвечать за работу с БД и обработку запросов от клиентов.
На клиенте приложение хранит заявки в структурированном файле (например XML) или БД SQLite.
@Fesor верно заметил, что для взаимодействия лучше всего подойдет REST.
В принципе вы можете вместо разработки клиента для каждой мобильной платформы создать Web-приложение, которым смогут пользоваться и мобильные и desktop клиенты, а в последствии, если это понадобится создадите нативные приложения.