Как запустить установочную флешку windows в системе linux?
По-любому BIOS грузится до Линуха и, раз не начинает загрузку с флэшки, значит флэшка не загрузочная...
Линух тут вообще не причем. Тоже было бы на компе вообще без системы.
Погуглите создание загрузочного USB-диска.
Протестируйте флешку при помощи qemu. Если не будет работать, проблема во флешке. Если работает, ковыряйте настройки BIOS — флешки обычно видны как USB-HDD