А вы строите блок схемы при разработке? Если да, то в какой программе?
Бумажные листы и карандаш — это на мой взгялд наиболее удобный способ, проверено временем! =)
Простые схемы рисуем в Google Docs. Потому что не нужно ставить дополнительное ПО и легко шарить. Схему БД последний раз делали в MySQL WorkBench.