.gitignore и отслеживаемые файлы
Нужно убрать его из индекса:

git rm --cached path/to/file
Должно быть вы ошиблись при добавлении в .gitignore, иначе в списке модифицированных файлов он не появлялся. Если вы покажете, как вы это сделали, возможно, вам смогут тут помочь.