Как удалить ненужные базы?
ПредварительноСписок баз данных:SELECT name
  FROM sys.databases
  WHERE owner_sid <> 0x01
Используя встроенную таблицу 1С _UsersWorkHistory получить дату последнего изменения. Скрипт в помощь.
Список баз данных и дата последних изменений:
DECLARE @DBD TABLE ( [Name] VARCHAR(100), [Date] DATETIME)
DECLARE @N NVARCHAR(100), @D DATETIME
DECLARE @Q NVARCHAR(100), @P NVARCHAR(100) = '@DD DATETIME OUTPUT'
DECLARE DB CURSOR FOR
  SELECT [name]
    FROM sys.databases
    WHERE owner_sid <> 0x01
OPEN DB
FETCH NEXT FROM DB INTO @N
WHILE @@FETCH_STATUS = 0
  BEGIN
    SET @Q = 'SELECT @DD = MAX(_Date) FROM ' + @N + '.[dbo].[_UsersWorkHistory]'
    BEGIN TRY  
      EXECUTE sp_executesql @Q, @P, @DD = @D OUTPUT
    END TRY  
    BEGIN CATCH  
      SET @N = @N + ' Not 1C'
      SET @D = NULL
    END CATCH      
    INSERT @DBD VALUES (@N, @D)
    FETCH NEXT FROM DB INTO @N
  END
CLOSE DB
DEALLOCATE DB
SELECT * FROM @DBD
GO
Неправильная постановка вопроса. Это не должно быть вашей задачей решать "удалять пользовательские базы или не удалять"!

1) Проведите опрос пользователей - чьи это базы, кто является их владельцем и кто в них работает.
2) Все базы, о назначении которых никто ничего не знает - бэкапируйте и можно убирать с сервера.
3) На каждый крик "у меня в прошлом месяце был доступ, а сейчас пропал" возвращайте на сервер из бэкапа.