Как настроить nginx + php_fastcgi с функциональностью Apache_mpm_itk + mod_php?
php-fpm позволяет делать разные пулы (pools) на разных портах. 
Каждый пул имеет юзера и группу с которыми запускаются все процессы этого пула.
А со стороны nginx просто прописывается нужный upstream. 
Примерно так:
 location ~ \.php$ {
 include /usr/local/etc/nginx/fastcgi_params;
 fastcgi_pass 127.0.0.1:8003; — где 8003 это порт, где висит php-fpm.
 }
Ещё к вышесказанному: 
Для большей изоляции можно загонять каждого пользоватея(каждый пулл) в chroot, это также умеет делать php-fpm.
Главное неудобство — необходимо создавать минимальное окружение для каждого пользователя и поддерживать его в актуальном состоянии, но для этого есть немало готовых скриптов.