В каком приложении и как лучше рисовать и структурировать приложения в корпоративной сети?
Проще всего наверное в wiki (twiki или redmine например) держать карточки серверов. До кучи прикрутить к нему  www.graphviz.org
вот например очень хорошая статья - cumulusnetworks.com/blog/complex-topology-and-wiri... и вот itsecworks.com/2012/03/16/networking-topology-with...
Желательно учитывать, что нужно несколько картинок делать с разной степенью детальности и разными уровнями - физическим, логическим, сетевым, коммутационным и т.д.
До кучи - blog.zabbix.com/maps-for-the-lazy/2898
MS visio, если оффлайн
draw.io онлайн