В js нужно ли учитывать браузер при работе с CSS?
Это работа со стилями. А откуда она производится - из JS или CSS - не важно.
Да, если хотите максимально кросс-броузерной реализации, нужно учитывать и нестандартные свойства броузеров.
Бл%, зачем страдать, если есть Prefix -free