Можно ли исполнять файлы в папке от имени определенного пользователя?
настройками веб сервера
да.
https://ru.wikipedia.org/wiki/SuidЕсли на исполняемый файл установлен бит suid, то при выполнении эта программа автоматически меняет «эффективный userID» на идентификатор того пользователя, который является владельцем этого файла. То есть, независимо от того — кто запускает эту программу, она при выполнении имеет права хозяина этого файла.
такой флаг обычно стоит на sudo и подобных.
но сие очень опасно и поведение таких программ должно четко продумываться.
п.с.: на скрипты не действует.