DNS, каков порядок выбора ns записей клиентами?
Берет случайный. 
Поэтому с резервных нужно проксировать трафик на основной, а когда он падает - начинать отдавать заглушку (или что там у вас) напрямую.
Погуглите round robin в применении к DNS. Полноценное НА через DNS не настроишь, ему плевать.