Синхронизировать 2 каталога с БОЛЬШИМ количеством файлов, как?
И продолжай использовать rsync
Ну для начала синхронизировать данные. Первичная синхронизация будет занимать большое время, а вот последующие  будут сливать только измененные данные, поэтому будут проходить быстрее.