Страниц в поиске Яндекса меньше чем на сайте. Как добавить эти страницы?
Сформируйте корректный sitemap.xml со всеми страницами, которые нужно проиндексировать.
Проверить robots.txt. Возможно эти страницы закрыты от индексации.
Если все открыто, добавьте необходимый url через addurl Яндекса.