Какой стиль программирования на php лучше?
Стиль пьяного девелопера Вам идеально подойдет! :)
Лучше иметь модульность. Лучше иметь правильный маршрутизатор. Лучше иметь какую-то структуру, например MVC. Лучше придерживаться каких-то принципов, например ООП. Лучше не писать спаггети-код. 
Еще лучше - заглянуть в простенький фреймворк или популярную качественную CMS и изучить как устроено там и подумать как это можно применить у себя.
И вопрос очень туманный с множеством неизвестных. Скорей всего советы, которые будут даны, не дадут ответ на Ваш вопрос "как лучше".
Структура хорошего проекта должна выглядеть так:Бекэнд и фронтэнд общаются через API (JSON), бекэнд не реализует отображение.Фронтэнд AJAX-ом подгружает нужные данные, структуру интерфейса.Бекэнд реализует роутер, который имеет два входных параметра: подгружаемый обработчик и параметры для обработчика.Можешь почитать про MVC, но нужно знать ООП.