Как/чем проще всего однообразно отредактировать несколько сотен изображений?
Я бы решал это с помощью imagemagick.

convert test.png -crop 10x10+10+10 -repage 10x10 test2.png 

(к сожалению сейчас негде протестить) — детальнее htrd.su/wiki/zhurnal/2012/02/16/imagemagick_vyrezanie_proizvolnoj_oblasti_ozobrazhenija

Со вторым пунктом сложнее, нужно что-то вида -flatten, но тут надо играться, пусть эксперты подскажут
В фотошопе это можно сделать с помощью экшенов. Запрос в гугле.