Сайт на домене третьего уровня это нормально, или не очень?
поисковикам пофиг.
А регистратор имеет значение.
(может в плане поисковиков, доверия, и т.д.) ?
Смотря что за домен второго уровня. Если, например, *.com.ua - тогда все ок, а если *.freehosting.ru, или *.megafreedomain.ru - то таким сайтам я бы не доверял.