Системный диск для домашнего сервера?
юзал флешки для системы, тут важен вопрос оптимизации работы, отключение логов, перенос всех часто читаемых файлов на нормальный диск.
Без оптимизации почти все флешки умерли в течении полугода(штук 10 было).
Я бы юзал флешку и не парился. Логи на домашнем сервере для фильмов-музыки — нафиг не нужны.
А следовательно обращений к ней и будет только что при загрузке, да при обновлении.