Где находится файл .profile в git?
.profile имеет смысл только для sh (оно же Bash) в Linux. Если что, этот файл находится в корне пользовательской директории. Возможно, git для Windows умеет подцеплять его из соответствующего местонахождения.
В домашнем каталоге. Напишите и выполните следующий скрипт:echo ~
В этом каталоге и создавайте .bashrc или .profile для bash в виндовс.