Существуют ли программы для Windows чтобы проверить папку с файлами на вредоносный код?
Не надо путать бэкдоры и трояны, работающие на сайте, и десктопные вирусы.
Это две не пересекающиеся сферы, и проверки на них разные.

Первая сильно размыта, поскольку один и тот же код может быть как штатным файл-менеджером, так и скриптом, внедренным для заливки файлов злоумышленником.

Вторая вполне покрывается сервисами типа VirusTotal, где семьдесят антивирусных движков голосуют за то, насколько зловреден может быть этот код и известен ли он уже, как реальный вирус.
Решение: проверять каждый файл вручную!