Стоит ли использовать ссылки в PHP?
Будет интересно посмотреть как на большом проекте вы будете контролировать данные в таком случае. Да и зачем вообще может понадобится это использовать при правильном проектировании (за исключением редких случаев). Метод должен выполнять действие и возвращать (или не возвращать) результаты, он не должен изменять данные вне своей компетенции. А так же иметь не понятное сразу поведение. По этому вы не сможете найти такие ссылки в хорошем коде.
Не стоит.
Вместо этого надо запомнить одно очень важное правило:

Любую проблему следует решать только при её наличии.
И в этом случае решать строго конкретную проблему, а не совершать хаотичные телодвижения на основании неясных фантазий.

Если памяти скрипту хватает, то не надо вообще ничего оптимизировать.
Если не хватает, то надо разобраться - почему, и устранить конкретную проблему.

В противном случае единственным результатом будет усложнение кода на пустом месте, и с большой вероятностью - внесение новых проблем в код.

Не говоря уже о том, что ретиво бросившись решать какую-нибудь проблему, можно обнаружить, что она давно уже решена без твоей помощи. На досуге можешь почитать про copy-on-write