Хранимые процедуры mySQL: преимущества и недостатки
приложения с хранимыми процедурами поддерживать сложнее, т.к. логика размазана. 
невозможно использовать нормальное кеширование и будут проблемы с маштабированием. лучший запрос — это тот, который не делается, а для этого нужен умный кэш.
Хранимые процедуры и триггеры плохо поддерживаются универсальными ORM. Видимо из-за больших различий в разных РСУБД. Вот когда (если?) научатся транслировать DSL модели в конкретный диалект SQL и синхронизировать изменения с БД (а для «примитивных» — реализовывать на «обычном» ЯП), тогда и обретут второе дыхание.