Как организовать popup окна на angular?
Лучше всего модальные окна реализовать через сервис.
Посмотрите готовые решения:
Под bootstrap angular-ui.github.io/bootstrap/#/modal
Для более простых случаев я использовал вот это https://github.com/btford/angular-modal с некоторыми усовершенствованиями.
В самом упрощенном варианте можно реализовать через директиву, которая просто будет вешать событие на элемент и вызывать ваш плагин попапов (если он у вас есть).
Хоть и прошло уже много времени, думаю не лишней будет эта моя статья о реализации простых модальных окон на Angular: akuma.su/blog/vsplyvayuschie-okna-na-angularjs.html