Интересует литература по разработке прототипов сайта. Есть ли подобная?
moqups.com
Есть определенные зоны, куда смотрит пользователь после открытия страницы через  0.5, 1, 1.5, 2, 2.5, 3 сек. Через 3 секунды - 95% людей уже как правило сориентированы.
Эти зоны меняются в зависимости от времени и имеют ПЕРЕСЕЧЕНИЯ! между собой. (что ВАЖНО!)
Цвета - это дополнение при акцентировании внимания.
А уже потом - дизайн, наполнение и т.д.
(ссылок нет, это - опыт)
"Об интерфейсе" Алана Купера, пожалуй, одна из важнейших книг в этой области. На русском языке издавалась неоднократно. 
Есть интересный проект Якуба Линовски, периодически дополняемый. Несмотря на английский язык, смысл каждой рекомендации понятен.
Из программ по проектированию интерфейсов могу привести Balsamiq Mockup, Axure и OmniGraffle. Лично я пользуюсь последней.