Как можно проверить, безопасно ли скачивать приложение с загрузчика Manjaro Linux?
Найти исходники, проанализировать ,собрать из них.
Еще можно кабель интернета топором перерубить - поможет от попыток украсть. 
И шапочку из фольги поправить...

А в целом - нет никаких гарантий вообще. У вас в самой манджаре может сидеть кейлоггер и он уже знает ваш пароль
Если до конца параноить, то никак. Просто не ставь непонятную хрень. Не работай под рутом. Подключай везде 2FA в т.ч. для смены паролей и др настроек. 
Ставь пакеты с сайта "производителя", а не с репозитория дистрибутива. Смотри исходники на github.
Гугли [package name] vulnerability.
Flatpak вроде как должен быть более безопасен, но не совсем.
Ещё, как вариант,  запускай в Docker и реж трафик через iptables
https://serverfault.com/questions/704643/steps-for...