Как работает докер?
Речь о файлах.  Точно так же как разные дистрибуции - ядро одно,  файлы разные. За счет этого - разная система управления пакетами, разные пакеты и т.п.
В данном случае докер - это конкретная сборка того же питона, но на разных ядрах - дебиане, убунте и т.д.