Linux. Какой чипсет выбрать, AMD или nvidia?
для «повседневных» задач всеравно.
для инди игрушек аналогично.

для других задач нужно смотреть в зависимости от их разнообразия.
пока не надумаете лезть в CUDA вас эти тонкости мало коснутся.

сейчас я пользователь убунты на A52Jr c ATI Mobility Radeon HD 5470
драйвера установлены как обычно.
А какой процессор будет использоваться?