Как выполнять разные функции java программы с ярлыков?
Для передачи определенной информации программе, во время её запуска, используются аргументы, переданные в командной строкеC:\Users\Admin\Desktop\example.jar arg1 arg2
переданные аргументы хранятся в виде строк в массиве String, переданного методу mainpublic static void main(String args[]) {
  for(int i=0; args.length; i++)
    System.out.println("args[" + i + "] : " + args[i]);
}
Хоть ответ уже был отмечен но добавлю пару других вариантов.
1) lnk имеет доку и спецификацию в которой очень много интересного. По сути проще открой ярлык блокнотом и удивишься =) Т.е. можешь работать с ярлыком как с обычным текстовым файлом.
2) java программу можно запускать не только с аргументами. Можно сделать сколь угодно много точек входа(классов с функцией main) и вызывать нужную аргументом запуска типа java -cp MyJar.jar com.mycomp.myproj.MainClass2. Может пригодится к примеру если деалешь программу которая можно будет запустить в консольном варианте или с графикой.