Как правильно «расшарить» папку в SAMBA?
man hier
даст описание основных каталогов
Я бы рекомендовал в /srv
А кто вам сказал, что user - это пользователь, под которым вы логинитесь на сайт?
Создайте бесправного юзера, и в настройках самбы его же можно прописать.
Заодно, внезапно, пользователи с нормальных систем смогут зайти в те же папки без всякой самбы, через sshfs или sftp.