Куда пропали файлы из папки FOUND.000 и как их восстановить?
Не до конца ясно что и откуда пропало, но папка FOUND.000 (и подобные) - это обычно результат работы check disk. 

Chkdsk - это такая волшебная программа, для которой отсутствие ошибок в файловой системе гораздо важнее данных, которые на той файловой системе хранятся. Соответственно, эта проверка диска вполне могла покрошить ваши файлы, устраняя ошибки ФС.

Если диски, с которых пропали данные, не системные, т.е. Windows на них ничего не пишет, то скачайте бесплатный R.saver, это программа для восстановления файлов. Скачивайте и распаковывайте на диск C (на те, откуда пропало, записывать ничего нельзя) и сделайте полное сканирование дисков D и E. 

Начните с того диска, откуда переносили. Найденное сохраняйте куда-то ещё - на третий диск, т.к. с двух дисков вероятность достать нужные файлы выше, и надо просканировать оба до какой-либо записи на них.
Куда пропали файлы из папки FOUND.000 и как их восстановить?В этой папке обычно хранятся линки на файлы при повреждении ФС.

Если такая папка есть - нужно проверить диск, скорее всего он не исправен, и заменить на исправный.
Судя по описанию у вас вышел из строя диск.