Как безопасно использовать sqlite3 в php?
PDO?
Хотя какой-бы ни был инструмент - им надо уметь пользоваться. в принципе в sql-инъекциях нет ничего невероятного, и PDO дает все необходимые для защиты инструменты.
adodb.org/dokuwiki/doku.php?id=v5:database:sqlite подключите через composer и работайте с любой бд,