Проблема Hyper-V Windows Server 2012 с Ubuntu Server 18.04 с проборосом физических дисков?
Пробуйте монтировать по UUID
Судя по всему резервирование происходило копированием байт-в-байт с помощью dd? или файловое копирование rsync?

Для начала нужно определить, какой диск был исходным какой копируемым, и определить, какие файлы не скопировались, сравнив сначала на основе имен, размеров и времени последнего изменения, и если различий не обнаружено - повторить процесс но уже с проверкой по содержимому

Сравнение можно проводить с помощью утилиты diff, в принципе ее более чем достаточно но работать с ее выводом может оказаться неудобно

Лично я для сравнения каталогов собираю два списка файлов в текстовом виде (относительный путь до файла + размер + время timestamp + хеш, считать md5sum) по очереди для исходного каталога и для каталога с копией, затем сортирую файлы (например с помощью sort по имени) и сравниваю их уже с помощью diff - получается красивый и удобный список различий. Операцию повторить дважды, сначала не считая хеши - быстрое сравнение, а затем, при необходимости повторить но уже собрав хеши. Скрипт это делающий занимает строчек пять.

Так как размещение файлов на разных физических устройствах, подсчет хешей можно провести одновременно для источника и архивной копии (само хеширование не тратит процессор, только диск), обычно этот процесс идет на максимуме скорости работы дисков, так что много времени это не займет (считанные часы)