Почему удаление папки из Temp валит систему?
Потому что у вас там по какой-то причине находится файл с виртуальным диском, которым по всей видимости вы пользуетесь.
Идите в управление компьютером и смотрите какие у вас диски смонтированы (ну или в какую папку). 
Расширение vhd или vhdx


Но действительно это какая то странная сборка