Как проверить докер контейнер на вредоносность?
Никак. Все публичные репозитории опасны. В случае PyPI только лично проверять исходный код каждой версии. С докером всё ещё сложнее.
Можно проверить антивирусом ClamAV, также попробуйте запустить контейнер в песочнице и посмотреть, не натворит ли он делов. А если открыть исходник, то можно собрать программу самому, но тут следует заметить, что даже открытый код без проверки может быть опасен (хотя я не думаю что кто то станет подставляться).