Как найти причину тормозов в Windows SBS 2003 R2? Спасает только перезагрузка
Попробуйте встроенным perfmon собрать базовые счетчики — процессор, память, активность физических/логических дисков, активные процессы и посмотреть — где затык. В качестве базовой можно посмотреть эту статью или просто погуглить по словам «perfmo»n и «счетчики».
Что с дисковой подсистемой? RAID?