Домен AD = домен сайта, проблемы?
вопрос поднимался неоднократно
разные решения: 
1. создаете в dns домена srv запись _http.tcp с IP вашего сайта. при заходе на http : //site.ru будет подставляться внешний IP адрес
2. создаете в зоне domain.ru запись www c IP адресом вашего сайта.
пользователи внутри сети заходят на сайт через www.site.ru
3. на контроллере домена делаете редирект в IIS на ваш сайт
4. переименовываете домен
По итогу почти полугодичного тестирования данной схемы - все ок. 
Единственным неудобством является необходимость дублирования DNS записей на виндовом DNS.