Чем почистить систему?
Какое-то непонятное ощущение бардака присутствует
Так есть конкретные проблемы, или просто некий зуд в одном месте?

Любые «чистильщики» и «оптимизаторы» — первый шаг к массовым глюкам. Не надо чинить то, что не сломано.
И нет, на современных системах «замусоривание реестра» и наличие ненужных ярлыков не приводит к падению производительности или стабильности. А вот чистка «мусора» запросто может вызвать проблемы.
Самый оптимальный вариант — после установки всего нужного софта и обновлений сделать бэкап винды хоть встроенными средствами и потом с него восстанавливаться, но это на будущее.

А так, как уже написали, CCleaner из бесплатных; Wise Disk Cleaner, TuneUp, jv 16 из платных.