Как определить, что запущена портативная версия программы?
Совсем не понятно что это за продукт. Больше бы инфы.

Обычно в портативных версия настройки лежат в *.ini. Как вариант защиты от «портатирования» программы — перенести настройки в реестр и при инсталляции вносить в программу инфу, где лежат настройки. Если их там нет, то настойчиво требовать переустановить программу.
Инсталлятор пишет в реестр путь и версию. 
Если при запуске программы получаем несоответствие пути — значит портативка. Если путь совпадает, но другая версия — показываем предупреждение, что перемешивать версии нехорошо; запускать программу в этом случае или несоответствия конфигов могут быть фатальны — решать вам.