Какую CMS выбрать и чем же так плох WooCommerce?
Быстрый вариант в плане загрузки - это отлаженная система.
С минимальными вложениями по времени - это хорошее знание CMS.
Знаний в разработке не очень много, но быстро учусь.  - это значит что будут ошибки новичка.
Использование плагинов - это хорошо, но универсальность обратная сторона скорости.
И Вы стоите перед выбором, значит хорошего знания какой либо cms пока нет. И у каждой из них есть свои плюсы и минусы. Вы перечитаете кучу материалов и все равно останетесь перед выбором.
Мое предложение брать систему на которую есть много документации, желательно на русском. И читать, читать, читать.
Лично я изучаю woocommrce + wordpress. Магазин на 600 товаров, около 6000 вариаций. Пока не встретил нерешаемых задач. Синхронизацию писал сам, наборы товаров- взял плагин и поправил под нужды и т.д.
И еще один момент. Задачи всегда будут меняться. Сейчас вы говорите 1000 товаров, завтра надо будет 1500. Вы всегда найдете компромиссное решение. 
Успехов.
Если учитесь - вам нужно попробовать сделать все варианты
И несколько раз
А для заказчика выбрать самый устойчивый