Адаптивная верстка средствами CSS
Если это первый опыт адаптивной верстки, то стоит воспользоваться адаптивными CSS-фреймворками. Так проще всего разобраться и с Media Queries, и с другими тонкостями «отзывчивого» веб-дизайна.
> 1. Я просто хочу, что бы IE678 игнорировали эти настройки, а именно использовали стили для 980px+ разрешения. Подходят ли данные средства CSS для этого? 

caniuse.com/css-mediaqueries — IE 6-8 не поддерживают CSS media queries, потому они скорее всего будут игнорировать их. Для этого не надо дописывать ни одной строчки кода :) Соответственно, в Media Queries надо заключать условия для маленьких экранов, а без них — для больших.

> Какие разрешения вообще стоит использовать? 

Имхо, только 2 разрешения: большой экран и маленький. Также, если вы хотите, чтобы айфон использовал стили для маленького экрана, а не имитировал большой браузер, надо дописать meta viewport что-то там.

Вообще, по моему этот адаптивный дизайн не очень и нужен. Может, пользователь мобильного устройства хочет полноценно просмотреть все материалы сайта, а вы ему оставите только блок с контентом. Также, если вы делаете мобильную версию, надо как-то уменьшать картинки для нее на сервере (уменьшать огромные картинки средствами браузера смахивает на быдлокодинг).

То есть, использование ад. дизайна требует лишних усилий от дизайнера, верстальщика, программиста, надо тестировать все страницы в 2 разрешениях, а ради чего? Непонятно. У меня такое ощущение, что некоторые люди где-то услышали, что это модно, а зачем это делается и какой ценой обойдется, не понимают.