Куда копать при плохой индексации сайта?
Можно зарегистрироваться на какой-нибудь системе автоматического продвижения, типа megaindex.ru или seopult. На них можно будет посмотреть, советы по оптимизации заголовков/текстов и др., конкретно для вашего сайта.
На megaindex, например, можно провести бесплатный аудит сайта — audit.megaindex.ru.
А если банально: robots.txt, sitemap.xml?