Как открыть другой файл python и там в словарь перезаписать данные?
mlt_melt, не городите велосипед, а используйте модуль json. Будет вам нормальное сохранение структурированных данных - до тех пор, пока их можно представить в виде набора часть-целое.
А если связи более сложные, например, есть список юзеров и нужно хранить кто с кем в друзьях - то тут уже впору задуматься о реляционной БД.
Не понятно что значит «перезаписать».
Вы собираетесь внести изменение в файл с исходным кодом?
Если так, то это imho не «православный» подход.
Почему Вы не хотите хранить конфигурацию в ini-файле?
Если Вы хотите динамически импортировать модули, то прочитайте про importlib.
Опишите сценарий поподробнее. Не совсем понятно для чего Вы собираетесь менять исходный код.