Панель управления сервером?
Webmin как ни смешно
Модули PHP во FreeBSD реализованы в виде портов/пэкэджей, ставьте хоть по одному
Статистику по трафику с графиками вам не нарисует, ибо это не система мониторинга, но сделать это можно хоть путем засовывания в крон rrdtool'а. Да, тут без вебморды для настройки этого придется обойтись, но приобретете ценный опыт ;)
Посмотрите DirectAdmin: www.directadmin.com/