Java: jar и exe?
Для кроссплатформенности.
>CLR же запускает exe'шнички спокойно.

На сколько я знаю — как раз наооборот. Exe вызывает clr, который читает байткод внутри сборки. Впрочем, то же самое можно сделать и с jar файлом, например с помощью jar2exe.