Почему зависает Windows server 2008 r2?
Смотрите логи системы.
по описанию похоже на какие-то проблемы с диском или контроллером диска.

если железо старое (>5 лет) - начните с профилактики. очистка, замена термопасты, проверка вентиляторов. визуальный осмотр. смотрите логи сервера и ОС. визуальный осмотр, - потекшие кондеры, результаты перегрева.

попробуйте добавить запись логов на внешний компьютер (по сети)