Откуда быстрее брать данные?
даныне
)))) из даныне хранилища, только и только по четвергам.
А если серьезно:
проведите эксперемент. Все ж зависит от большого кол-ва факторов. Например размер файла, скорость sdd и т.д. SQL БД придумали, потому что это удобнее, чем файл. Но все зависит от конкретной ситуации, которую Вы крайне мало описали. 
Может быть Вам оптимальнее будет  Redis, Memcache, но хз. Что там в реале у Вас.
я бы посмотрел в сторону nosql