Как предотвратить scrollup после AJAX запроса?
Скорее всего вы загружаете новый контент при клике на ссылку? В href стоит #? Самый простой способ предотвратить это:<a href="javascript:void(0);></a>
или на jQuery:$("a.link").on("click", function (e) {
    e.preventDefault();
    //... другой код
});
Каким образом добавляется новый контент к текущему? Случайно нигде не кликается ссылка, даже с хешом?
Да и в isotop'e по умолчанию не должно скроллится.
Я когда делал динамическую подгрузку, наоборот решал проблему, при смене контента нужно было принудительно скроллировать вверх.