Как организовать «очередь» обработки файла?
Вариантов много:
1) Создать таблицу в БД, и добавлять туда задания. Кроном запускать скрипт раз в N минут, который будет брать очередное задание и выполнять его.
2) Использовать beanstalkd
3) Использовать iron.io и web-hook
Раян Дал эту проблему более 6 лет назад уже рещил, но пхп такой пхп....