Как внутри C14N() применить PHP-функцию trim()?
никак. 
отдельно получаете нужное содержимое. 
отдельно применяете к нему трим. 
отдельно его сохраняете в узел. 
после этого вызываете c14n.
Никак, потому что до вызова c14n элемент является xml-нодой а не строкой.