Автоматическое скачивание из файла со списком ссылок?
wget сможет всё это сделать.

Выкачивание линков из файла:
-i, --input-file=FILE download URLs found in local or external FILE.

А что бы он не качал заново существующие файлы можно попробовать так:
-c, --continue resume getting a partially-downloaded file.

Периодически следить можно, например, из cron'a если Linux или из Windows Scheduler если Windows.
<удалено>