Как лучше поступить с таблицей бд?
Можно удалять по первичному ключу, можно помечать как удалённые. Сам вопрос холиварный, единого ответа на него нет. Исходите из требований своей бизнес-логики. 
К "выгоде" этот вопрос отношения не имеет.
На всякие случай спрошу, а вам точно нужно каждый лайк/дизлайк отдельной записью хранить?