Стоит ли использовать Bootstrap для больших проектов?
у вас цель не верно поставлена и вопрос соответственно тоже. нужно думать от обратного. вам нужен бутсрап для чего то на этом сайте. очень нужен? можно обойтись без бутсрапа, чтобы это реализовать? и тогда уже сами решите для себя нужен он вам или нет.
p.s.  из-за большого числа классов в свойстве class если почитаешь про БЭМ - это даже наоборот хорошее решение, нежели плодить отдельные блоки и элементы.
p.p.s да. бутстрап массивный и нагружает. но он хорошо кастомизируется. и как описал выше - если выбрать то что вам нужно в нем - здесь getbootstrap.com/customize можно оставить нужное и удалить лишнее.
Используйте includeHTML.
Уменьшите код и увеличите индексацию и скорость загрузки Ваших страниц в разы, т.к. сможете более просто и гибко контролировать все части текста на странице.
Всё, что нужно - это знать один тэг: <include src="file.html"></include> и все.
Добавлю, что для настройки стилей, их можно прописать однократно в общем файле, например, critical.css и/или добавлять внутри каждого блока inline-ом или отдельным inline-блоком: <style>...</style>