Как кроссбраузерно, асинхронно подключит JS код?
1. Есть $.getScript
2. Если загрузить html с помощью $('el').load('url') то весь JS в коде выполнится
3. Попробуйте использовать require.js, это хорошая практика и решит вашу проблему заодно.
Вообще хорошей практикой считается на production весь JS лепить в один файл, даже если он не работает на каждой странице... это нормально.
Если странице не нужно дожидаться загрузки скрипта, то можно подключить js-файл с атрибутом async.