Почему flex элементы не переносятся на новую строку при уменьшении ширины экрана?
Потому что у Вас для section задана фиксированная ширина. Задайте ее в процентах, чтобы при изменении размера окна - она тянулась.
Так у контейнера же ширина зафиксирована. Они всегда в него помещаются, зачем им смещаться?)
UPD: поставьте width: 50% для примера, гляньте