Как правильно пользоваться адаптивностью bootstrap?
Да. Он так изнутри и сделан.
Возьмите less-версию с гитхаба и гляньте как он устроен. Сразу станет понятно.
На less и стройте вёрстку, так куча ништяков.
не лезьте в код фреймворка. заведите себе новый файл. не зря же bootstrap дает нам bootstrap-theme.less намекая что все остальное переназначайте тут