Как правильнее установить WIndows 10 на два HDD?
как правильнее разместить папки для ускорения работы ноутбука, если учесть что один винт побыстрее другого Максимум что можно сделать - поставить систему на один диск, файл подкачки положить на другой.
В теории должно быть чуть быстрее, на практике это будет незаметно.Если хотите чтобы ноутбук работал быстро - установите SSD.
Реально перенести можно только папку с профилями пользователей:
1.Устанавливаете винду как обычно
2.После установки, на диске D: создаете папку d:\Users, назначаете на нее такие же права и владельца как у c:\Users.
3.В реестре: HKLM\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\ProfileLists меняете параметр ProfilesDirectory на D:\Users
4.В той же ветке реестра находите подраздел с описанием профиля уже созданных пользователей (они имеют имена в виде SIDа пользователя - длинный набор цифр). Удаляете эти разделы. Разделы с короткими именами удалять не нужно.
5.Перезагружаетесь.
6.Ваш профиль находится в D:\Users. 
7.Предыдущий профиль на c:\Users можете либо скопировать (а потом удалить), либо, если там нет ничего ценного просто удалить.
Так же можно перенести некоторые объемные папки из c:\Windows, заменив их ссылками. Т.е. саму папку переносите и на ее месте создаете ссылку с помощью mklink или другого инструмена, который умеет делать ссылки. Но сильно с этим не усердствуйте, думаю system32 и SysWOW64 как минимум переносить не стоит :)