Как перезагрузить nginx без root'а?
По крону от root'а запускать скрипт, который будет проверять какой-то флаг (файл, mysql, не важно), который будет выставляться из web.
1. Можно создать пользователя, занести его в  /etc/sudoers/
2. Создать sh скрипт, сделать владельцем файла этого юзера.
3. Задать SUID для скрипта, чтобы он запускался от имени владельца
4. Запускать sh скрипт через ajax+php (функция exec ), разумеется это как вариантПро SUID и STICKY BIT
Или можно без SUID обойтись, записать в /etc/sudoers www-data ALL = NOPASSWD: /home/script.sh