Как организовать сборку проекта на Java но с кусками нативного кода?
Для разных версий ОС и разной архитектуры машины все равно придется распространять разные дистрибутивы.
Так что остаются только разные версии eclipse и octave. Тут можно просто собрать все варианты и запихнуть в инсталлятор, а при установке детектировать (или спрашивать) необходимые версии ПО и соответственно устанавливать ту, которая подойдет.
Приемлемое решение найдено. Как писал в комментарии выше, решил использовать плагин duns.github.com/maven-nar-plugin. Стоит отметить, что он сыроват, и по-моему, уже ко всему прочему мертв(последний коммит в 2010 году). Но в какой-то мере своё предназначение выполняет. Мне только пришлось перековырять его код и добавить возможность различать пакеты не только по связке AOL(Architecture,OS,Linker), а еще и по дополнительным классификаторам, в которые я теперь пишу версию Octave.
Думаю, когда всё это реализую, можно будет и статейку написать. Хотя, конечно, спектр применимости у NAR-плагина весьма узкий.