Как запретить пользователю root доступ в конкретную БД?
Мой вам бесплатный совет - завязывайте с доступом к базам под рутом, черевато это.
Если установить MySQL Workbench там есть управление правами пользователей. Можно взять рута и сбросить его всемогущие права и дать ему достп только а определенным базам.  Но это чревато потерей контроля над базой вообще. 
Так что для каждой базы лучше создавать отдельного пользователя. И не нужно делать пользователей которые имеют доступ ко всем базам. А под рутом можно сидеть не проблема. Только надо знать что ты делаешь. Под рутом только администрированме. А уже есил кто то другой должен зайти, или это соединение из приложение то на все должен быть свой пользователь.