Как собрать DEB пакет с веб-сервером и изменить пути конфигов по-умолчанию?
Не заниматься фигней, ставить веб-сервер штатно из реп, но запускать его, раз уж так приспичило, своим скриптом, указав в команде нужные префиксы и пути к конфигурации.
статей навалом, все вопросы к яндексу

можно взять готовый пакет от твоей системы, разобрать его, переименовать/переместить бинарь, прописать в скрипте запуска веб-браузера пути до своих конфигов и собрать свой личный пакет.

вариант2 "сложный" пропатчить в исходниках дефолтные пути конфигов и скомпилить свой бинарь.