Не лучше ли базы микросервисов хранить отдельно от контейнеров?
Базы данных обычно не рекомендуется хранить в контейнерах, если вы точно не знаете, зачем вам это нужно, и что вы делаете.
Так что да, мысли у вас правильные.
По производительности - зависит примерно от всего, но если вы решили делать микросервисы, то эти задержки не будут для вас столь значительны.
СУБД докеризировать нежелательно, тем более не стоит размещать СУБД и микроскрвис в одном контейнере, а сами базы в контейнерах хранить категорически нельзя.