В каком формате лучше хранить значение в БД?
Есть тип данных interval - используйте его. Как подсказывает документация, его точность - до одной микросекунды, а диапазон значений... в общем, вам хватит.
Может крамолу скажу, но я бы хранил 2 timestamp (начало и конец). По 8 байт на поле, равносильно одному 16-байтному Interval (подозреваю, что в потрохах у него та же логика зашита).