Скорость загрузки страниц сайта зависит от версии debian?
В общем - нет.
Это зависит не от версии ОС,  а от настройки сервера.
В первом случае создал каталог из панели управления, во втором случае вручную настроил хосты, это единственное отличие.. Вот вам и явное указание на причину. Смотрите что настроили не так. Или что не настроили вовсе.
Больше ничего сказать нельзя, т.к неизвестно что за веб сервер, что за страницы, и.т.п.
Попробуйте так же создать хочты из панели управления и замерять 10 раз в пиковое врямя.
На след день на другой версии столько же раз и по среднему сравните. Очень сильныи аномалии откиньте. И не должно быть никакой разницы в размере количестве отдаваемых данных не в насйтроках сервера.
ПС: Или поставьте  debian 8 и забейте.