Как сделан эффект при наведении на данном сайт?
Очень сложно сделан
Я не web-программист, но на DirectX такое сделать можно. Видна сетка треугольников (mesh), на неё натянута текстура. Видел два подхода: первый - распространение волн (книга Франка Луны DirectX) и связь узлов пружинами (Джим Адамс, DirectX: продвинутая анимация).