Alpine или kali linux?
Что лучше: микроволновка или холодильник?
Примерно так звучит ваш вопрос.
kali - дистр основанный на debian, основная цель - предоставить из коробки набор по для тестирования безопасности и вскрытия уязвимостей, вообщем то все это можно получить и на обычном debian при желании, и на любом другом linux
alpine - если не ошибаюсь самостоятельный дистр, направленный на минимальность затрачиваемых ресурсов, сам по себе, на мой взгляд, не особо то жизнеспособен, разве что на встраиваемых системах, но имеет большую популярность благодаря проекту docker с его идеологией "1 контейнер - 1 сервис"