Как ограничить количество отправленных СМС?
Таймер не нужен.
После отправки записывайте в БД номер получателя и время.
Перед отправкой проверяйте сколько попыток было за последние N минут. 
SELECT count(*) FROM sms_history WHERE send_date >= NOW() - INTERVAL 40 MINUTE
                                                         -- 40 минут, например

Сессия обнуляется (сбрасывается SSID) по желанию пользователя, хранить в ней важные для вас (для сервера) данные - так себе идея.
Записывать в базу сразу, как неверифицированный пользователь.