Выбор архитектуры: web или desktop?
Web - на два порядка проще (читай дешевле) для разработки за счет повышенного требования ресурсов на клиентской стороне.

Десктоп - возможно создание очень эффективных приложений но за счет очень дорогой поддержки всего разнообразия устройств и операционных систем (в веб этим занимается браузер и даже в этом случае приходится напрягаться)

И главное, из веб приложения достаточно легко (например с помощью electron) можно сделать десктопное приложение.

p.s. как бы я не нелюбил веб, который тянут даже туда где не надо, но его плюсы неоспоримы а страдающие клиенты от тормозов приложений, требующих топовое железо для простого чата... кто нас слушает?

Кстати, один момент, тормозные веб приложения это не потому что веб такой плохой, это потому что разработчики ленятся делать все как следует. Рынок заполонили низкокачественные разработчики на основе веб. Помни об этом!
Есть много вопросов к тому что из себя будет представлять конечный программно-аппаратный комплекс
Архитекутра достаточно простая: видеокамера передаёт видео детали на сервер (мощный комп с видеограббером). Сервер анализирует поток, корректирует его и транслирует клиенту. Клиент щёлкает по выбранной части изображения детали и аппаратура для работы с деталью производит операцию. 

для каких условий работы он предназначен. Одно дело, когда он расположен где-то в "тепличных" условиях в офисе/дома. И совсем другое дело, когда находится в шумном и пыльном цехе, где по кнопкам и экрану будут тыкать грязными руками.
Весь комплекс (включая сервер) будет использоваться только в "тепличных" условиях, для исследовательских целей.

В смысле? Пойдут в серверную и будут подключать ноут к серверу кабелем? Что за бред? Если не бред, то по какому протоколу? И этот ноутбук нужен для постоянной работы с оборудованием? Или "сервером" будет достаточно мощный ПК? ПК и ноутбук в цехе? Серьёзно?
Сервер не будет находиться в серверной. С комплексом можно работать только находясь с ним рядом (т.к. надо будет устанавливать деталь). Многопользовательский и удалённый доступ к нему не нужны. Конечные пользователи будут подключаться с ноутбука пачкордом по Ethernet.

Наверное, речь больше про выбор клиент-серверной технологии, таких как терминал-сервера с терминал-клиентами (Citrix и др.) или же комбинированного оборудования с периферией (допустим, ПК с подключеннами экраном, веб-камерой и другими устройствами). Из-за необходимости обработки видео терминал-сервер, похоже, не подходит.

Если, скажем, брать (промышленный) вариант ПК, тогда обработка видео будет происходить на нём и по сети гонять ничего не надо. Тогда настольное приложение может состоять из модулей обработки видео, бизнес-логики и пользовательского интерфейса - всё в одном. Необходимо выбрать как предоставлять доступ конечным пользователям - писать клиентское приложение (C++/Qt) или предосталять его через web. Можно бы производить доступ сразу на серверном ПК, но заказчик не хочет по ряду причин.