Си: как печатать псевдографикой в файл?
Скорее всего, в файл все пишется правильно - проверьте HEX-редактором. Просто программа, в которой вы потом открываете файл, чтобы посмотреть на результат, использует кодовую страницу с кириллицей вместо псевдографики, вероятно CP1251. Поставьте CP866 - будут вам черные квадратики.
int main(){
system("chcp 1251"); // Так как вывод в консоль - переключаем консоль на cp1251 
... далее то же самое...