Как узнать что именно грузит сервер?
Конкретно для апача есть такой бубен.

1. Открываем top, ловим высоконагруженный pid апача
2. Идем в server status, вычисляем там этот pid и видим чем он занимается

Вариант 2:
1. тоже самое
2. lsof -p PID — покажет с какими ресурсами работает pid
команды htop (установить из пакетов, если нету)
или top
это системные мониторы, покажут какие процессы чего и сколько жрут.