Дополнительные мышь+клавиатура должны работать только в определенных программах?
Совсем серьезно все сделать - это Aster и т.п.
Там будет жесткое разделение сеансов пользователей - один на одном мониторе, одной мыши, клавиатуре; другой на другом мониторе-мыши-квалиатуре.
Вариант правильный - писать свой драйвер для этих двух устройств.
Вариант через задницу - написать тулзу, которая будет сидеть на компе, мониторить нужное вам состояние, уведомлять об этом ардуину чтобы та включалась/выключалась.