Как правильно настроить Git для Laravel?
Все нормально, благодаря настроенному .gitignore эти файлы и должны попадать, при git add . гит добавляет все файлы, но не скрытые (они начинаются с точки). Поэтому так и получается.
Да, нужно настроить gitignore. .
env.examle может быть в репозитории,
.gitignore тоже нужен,
.editorconfig нужен в репо (универсальные настройки для ИДЕ и редакторов кода),
.gitattributes в репо.
Сначала настраивается гитигнор, потом оставшиеся файлы, которые не заигнорены, добавляете в гит.
При этом, если вы работаете в phpStorm, у вас в проекте будет папка .idea, которую следует добавить в гитигнор, потому что это настройки конкретной ИДЕ, которые нужны только вам.