Что быстрее и менее нагруженно JOIN или WHERE IN?
EXPLAIN вам в помощь. Вероятно план запроса будет одинаков.
Сделай замер скорости выполнения скрипта)
$start = microtime(true); 
// тело скрипта 
echo 'Время выполнения скрипта: '.(microtime(true) - $start).' сек.'
И все будет ясно