Как правильно реорганизовать сайт с поддоменами на сайт с подкаталогами?
Если задача именно уйти от поддоменов, но оставить при этом разделение по региональности, то решение именно в подкаталогах. Подкаталоги для яндекса хуже так как им нельзя указать регион в вебмастере, а вот поддоменам можно. Поэтому если вы все же хотите сохранить региональное разделение, то лучше оставить поддомены. Если же поддомены вообще никак не оставить, то можно все же сделать каталоги по точно такому же принципу как и поддомены, Яндекс поймет что это региональное разделение если будут разные тайтлы\заголовки\контакты, не будет считать дублями.
Оставайтесь на WP без мультиязычности и без поддоменов, плодить дубли на 1 сайте плохая идея