Есть ли проблемы при индексации готовых шаблонов сайтов?
Нет проблем
Нет, как правила поисковые работы больше смотрят на уникальность контента ну и важно, что бы шаблон быстро грузился, работал в большинстве браузеров и имел код с наименьшим кол-вом ошибок.