Как экспортировать несколько векторных слоев Фотошопа в один SVG-файл?
Друзья, решение оказалось на поверхности - перед экспортом надо объединить слои в группу и экспортировать именно её. Тогда получаем единый разноцветный векторный SVG :D 
Объединить оба объекта в один смарт-объект (перед этим можно/нужно сделать их копию в отдельный слой) и вывести в svg.