Остановить работу крон задачи, которая выполняет бесконечный цикл?
Я не понял, так чего вы боитесь в итоге - что "будет подъедать" или что процессы будут накладываться друг на друга.
Во втором случае надо определиться - это запуск по крону, ИЛИ демон.

В общем случае надо выкинуть крон вообще и использовать supervisord
тогда проблемы с "как остановить" и "как сделать чтобы процесс не останавливался" решатся сами собой
Если опасаетесь, что будет подъедать память - то может и контролировать в самом скрипте использование памяти и выходить?
Если запускаете каждую минуту, то похоже, что процесс должен работать постоянно. Почему бы тогда не посмотреть в сторону gearman/beanstalk, перезпуск воркеров можно через systemd организовать. Или что имеется в виду по "алгоритмом работы" - сам запуск и получение задачи на парсинг или алгоритм парсинга?