Апгрейд или новый ноут для VirtualBox / Vagrant / PhpStorm?
Для ваших задач не упрется.
Узкое место это диск и память.
Так что смело меняйте диск и добавляйте памяти.
Я вообще не понимаю как можно работать на HDD.
А виртуалки вообще обязательны? 
Вам нужны разные версии PHP для разных сайтов?
PhpStorm очень любит память, а тут ее кусок отжирается виртуалкой.
Плюс работа с файлами через лишние прослойки - тоже тормоза неизбежны.