В чём отличие между базой данных на sql и базой данных на javascript?
SQL - это язык запросов к реляционной базе данных (к нереляционной его тоже можно прикрутить, но через афедрон). По смыслу - примерно как сетевой протокол, 5-го лвла модели OSI (над TCP, который на 4-м). Это примерно как HTTP, методы POST и GET.

JS - это нормальный язык программирования, на котором можно написать практически что угодно, лишь бы в том месте, где должна работать программа, была среда исполнения. В модель OSI вообще никак не входит - это из иной области. Написать на JS можно и SQL-клиент, и SQL-сервер.

Смысл использовать готовые СУБД (а значит, использовать существующий интерфейс к ним) - в том, что эти СУБД корректно реализуют транзакции и при этом быстро работают. Я как-то не уверен, что Вы понимаете смысл использования транзакций - но если попробуете реализовать СУБД самостоятельно, то поймёте; вот только проблемы будут странные и невоспроизводимые.
ну во первых, велосипед делать можно и год, но заказчики не поймут, и максимум что ты от них получишь это то что получают все, делая на готовых библиотеках, фрейморках, движках. и тд и тп. Есть такая штука как Mongodb - mongoose(либа что упращает взаимодействие тоже). быстрее чем стандартные sql бд. 
Вот только мунгус не реляционная база данных. И это сразу в глаза бросается и свои трудности вызивает, при создании больше чем просто таблицы "юзер" ХД

+ советую читать свежие статьи, а не 2011года:)