Какой существует софт для поэтапного контроля и редактирования проекта на php?
Стараться уйти от ftp. Осознать, что такое версионность и что она дает. Рекомендую git.
По упрощенной схеме: локальный репо у себя, центральный репо (github/bitbucket/своя площадка), тестовый и боевой.
Изменения двигаются так: локальный репо -> центральный -> тестовый; центральный -> боевой.
В полной схеме: к центральному репо цепляется CI, деплой на тестовый и боевой по результатам и в зависимости от настроек CI.
Рекомендую отходить от редакторов в сторону полноценных IDE, например, PhpStorm.
NetBeans для редактирования проекта. Имеет историю изменений файла.
git, svn для контроля версий.
Альтернатив NetBeans-у есть много, как платных так и бесплатных. Погуглите php ide. 
Перепробовал кучу, сейчас пересел на PhpStorm. Очень доволен, не даром его хвалят все.