Какую книгу прочесть по проектированию баз данных?
1. Имхо, джуну книги по бд не нужны, к тому же на русском годных книг по БД просто нету, впрочем на русском очень мало достойных книг так или иначе связанных с ИТ..по этому лучше читай документацию с офф сайта.
Ну а вообще БД в целом это громко сказано. Они бывают разные
Для начала тебе будет достаточно прочитать это. 
СУБД (твой выбор)
https://habrahabr.ru/company/mailru/blog/266811/
Безсхемный подход (NoSQL)
https://habrahabr.ru/post/152477/
2. "Котлеты отдельно, мухи отдельно", все должно быть разделено, но при этом связанно.
Об этом почитай
Связи по внешнему ключу
https://habrahabr.ru/post/193380/
3. Возможно ты имел в виду какую базу данных использовать. Я бы тебе посоветовал postgresql, но будет православно если ты начнешь с mysql, т.к если возникнут вопросы то по mysql в рунете ты найдешь больше инфы.
Отвечаю СРАЗУ на 3 ваших вопроса:
Всегда используется промежуточная таблица связей между сущностями при реляционных БД и связях "многие-ко-многим":
объектА:ID<->LINK: объектA:ID, объектБ:ID<->объектБ:ID
Через такие связи Вы можете задавать любые взаимосвязи между сущностями вплоть до FULL-MESH (полносвязная структура данных).
Достаточно оптимизировать структуру до 3НФ. Глубже - уже избыточность.