Какая есть бесплатная программа для дублирования жёсткого диска под win?
А если так:
Любой клонирующей утилитой делаем полную копию на внешний диск.
Потом настраиваем GoodSync или Cobian Backup полностью синхронизировать неслужебные партиции с рабочего на внешний по расписанию на уровне файловой системы (по-файлово).
Служебные партиции меняются редко(?), а то что ОС пишет будет с точностью синхронизировано ибо обе софтины умеют shadow copies снимать.
Гарантий ноль; что может пойти не так в критической ситуации - уже другой вопрос. В качестве эксперимента можно попробовать, но в production я бы не стал так делать.
В идеале нужно зеркалирование через RAID1.
И чем вам RAID 1 не угодил ??