Скачать библиотеки для с++ в Linux?
Это даже не смешно...
"stdafx.h" это не библиотека! habrahabr.ru/company/pvs-studio/blog/227521
Надо переделать приложение само под Linux. Скачать windows.h то вы можете, но не заставите это все работать ;)
windows.h для Linux? Нет, скопировать его конечно можно, но что будете делать дальше? h-файлы это только описатели типов и заголовки функций, сами функции для windows.h реализованы по большей части в WinAPI, которого под Linux само собой нету.
Если хотите портировать программу, то разбирайтесь со всеми нестандартными типами данных и вызовами функций, ищите их аналоги под Linux и подключайте соответствующие h-файлы и библиотеки.