Как сделать универсальный шаблон?
Я не понимаю зачем тебе для этого шаблоны и прочие шняги, выдели все что раскрашивает в отдельный css файл, скопируй его на каждый цвет, подправь для каждого цвета стили. Затем в зависимости от настроек, подключай нужный файл со стилем. Ez, real talk, think about this!
Главное, что меня интересует это возможность смены цветов с легкостью.
Если я верно понял вопрос, то нужно использовать в качестве одинаковых цветов в CSS не их значения, а переменные, изменив которые, цвета сразу поменяются во всех местах.
Тогда гугли в сторону препроцессоров Less  и Sass.