Что делать когда трафик всей системы идёт через Яндекс?
 В Хроме при попытке перейти по битой ссылке мне Хром говорит что не может соединиться с ЯндексомСкриншот сообщения.далее срабатывает Yandex ProtectНу если вы поставили это сервис яндекса, то он разумеется будет проверять все адреса на которые вы ходите. Для этого он и нужен. Но каким образом, Yandex Protect попал в ТорА какое он имеет отношение к тору вообще?
Приложение установлено у вас на компьютере, и взаимодействует с серверами яндекса.
А как вы там в сеть выходите,  через TOR, VPN, или на оленях пакеты возите - вообще никакого значения не имеет.
проверяем прокси, днс сервера в настройках компа и роутера.