Авторизация клиента L2TP+IPsec на Mikrotik через Active Directory возможна только по имя+пароль?
Только по имени+паролю нельзя, для IPsec нужен либо сертификат, либо pre-shared key
И с помощью виндового CMAK "зашить" pre-shared key в "инсталлятор" l2tp-подключения для винды проблем не представляет.
Возможна. 
1. Поднимаем сервер с ролью NPS, настраиваем на нём политики авторизации
2. Настраиваем связку между этим сервером и микротиком (это радиус)
3. Настраиваем авторизацию PPTP с использованием радиуса.Ну и гугл же есть