Как убрать последствия команды chmod?
Никак
Только если попробовать выставить дефолтные 755, но не факт что раньше было так же.
По идее пострадали не только папки, но все файлы стали исполняемые 
Проще переставить систему )
сделать реинстал всем пакетам в системе ??
Выдержит ли операционка такое самому интересно