Как разделить сервер на 3 части, чтобы разместить 3 сайта?
Слово - "Виртуализация".
Ну, тут я вижу два варианта: 1 - виртуализация, 2 - контейнеры. Для первого гуглите про kvm, xen. Для второго - lxc, openvz. Прочитайте об этом и выберите, что вам по душе. 
Для вашей задачи я бы смотрел в сторону контейнеров, менее затратно по ресурсам.