Тупо скопировать Ubuntu?
Заходите с LiveCD и копируете разделы с убунтой: dd if=/dev/ваши_разделы of=/media/внешний_диск. Заходить с лайвсиди нужно, чтобы он дал доступ к корню. Возможное есть более элегантное решение. Почитайте заодно man dd. Возможно вам пригодятся дополнительные опции.
Как вариант, можно весь раздел в .tar и сжать чем-нибудь (gzip/bzip2/что вы любите).
Хотя не совсем понимаю зачем это надо, я, обычно, копирую только конфиги (и то не всегда) и домашнюю папку.