Как организовать проект для сборки?
"button__primary--hover.html" лол, мэн, никто так файлы не называет. Это БЭМ-классификация разметки, во-первых. 
Во-вторых, на html уже никто нормальные проекты не пишет.
Вот тебе хорошие ссылки.
бац https://habrahabr.ru/post/246349/
бац yeoman.io
бац https://github.com/larsonjj/generator-yeogurt (ну или просто npm i generator-yeogurt -g)
"на html уже никто нормальные проекты не пишет"  сори но можно объяснить?