Как сделать множество сайтов на одном Flask приложении?
Так и есть же шаблоны? Просто сделай переменную с путями к разным шаблонам и все.
У меня была схожая задача. 
Решил ее вот так:@app.before_request
def before_request():
    sitename = db = ""
    if request.headers['Host'] in 'www.example1.com':
        sitename = 'example1.com'
        db = 'example1_com'
    elif request.headers['Host'] in 'www.example2.com':
        sitename = 'example2.com'
        db = 'example2_com'	
    else:
        sitename = 'test.com'
        db = 'test_com'
     # И т.д.
     app.jinja_env.globals['sitename'] = sitename
Ну то есть разруливание было на уровне @app.before_request.