Как реализовать уведомления?
ajax запрос раз в 2 секунды, количество записей считается при каждом запросе. Сервер грузить не будет.
Ну тут важно знать какие записи...
1) на стене конкретного пользователя и новостная лента на сайте
2) Кем прочитаны? Конкретным пользователем или кем либо?
...
Надо точнее формулировать задачу ,а то вариантов много.
Делать это с  надо с помощью  JavaScript (других методов я не знаю). Можешь при каждом запросе считать количество строк, можешь сделать кеш, на опред. время, чтобы каждый раз не считать. JavaScript обращается к скрипту на сервере (AJAX).
Вариант с кешем, на пальцах: Берешь данные записываешь их файл, в файле есть метка времени до какого момента можно считать данные актуальными. Если данные не актуальны полез в базу, посчитал, обновил файл. 
Например, поставишь метку времени + 60 секунд. Если нагрузка на твой сервер 30 обращений в минуту, то в место 30 обращений к базе у тебя будет одно. Умеет смысл если узкое место обращения базе.
П.С.
JS не должно быть никаких паролей логинов к базе и т.д. так как это сторона клиента.