Если сделали новый сайт снизиться ли ИКС?
ИКС зависит в первую очередь от посещаемости и от внешних линков.

Посещаемость после редизайна обычно не падает, а растет. Падать она может, если трафик был из поиска, url стали новыми, а редиректы по каким-то причинам сделать забыли.

Внешние линки не зависят от редизайна, как ссылались на страницы, так и продолжат. Опять же нужно убедиться, что все страницы со старого сайта ведут на аналогичные страницы нового сайта. В этом случае вес ссылки не будет уходить "в никуда", а продолжит передаваться сайту. 

То есть вам нужно обеспечить редиректы со всех старых страниц на новые страницы и тогда я не вижу причин для падения ИКС, скорее вырастет.
ИКС = 40 это ни о чем, но  - снизиться не должен если только URLы страниц не сменятся