Puppet, chef или что то другое?
использую puppet для первых двух задач, для массовых работ использую dsh, конфигурить паппет для однократных задач по мне нецелесообразно.
С другими системами не работал, сравнить не могу.
Вообще, puppet оказался несколько сложнее, чем я ожидал (казалось бы, ну чего там — залить одинаковый конфиг на несколько серверов; а на самом деле в зависимости от маски хостнейма ставится разный софт и конфиги, но самое забавное — это каталоги, каждый сервер добавляет себя в каталог с определенными метками, и каждый же сервер выбирает данные из каталога по меткам, чтобы общаться с другими серверами, настраивать iptables итд.).
Оба инструмента хороши для настройки большого количества однотипных серверов. Если у вас зоопарк то вам они не помогут, мне больше нравится пупет.
Ну а запускать в неурочное время надо чем то другим.