Как получить список функций во время работы?
Если у вас стоит GCC, тогда можно глянуть вывод gprof (профайлера). Там будет список функций и количество вызовов. 
Имена файлов придется определять ручками, чем-нибудь типа grep.
Собираем с флажком -pg , запускаем, через некоторое время закрываем. Логи пишутся в gmon.out, который открываем через gprof путь/к/бинарнику путь/к/gmon.out
Не знаю, сработает ли то же самое с clang'ом, но вроде должно.
Я думаю что какой нибудь visual assist умеет показывать количество вызовов функции в коде. Если вы конечно их вызываете напрямую.