Правильно ли я сделал выбор для построения сети в организации?
Железки хорошие. 
Главное не пытайтесь использовать CRS как роутер. Не смотря на то что прошивка позволяет, процессор у него низкопроизводительный. Поэтому любые операции выполняемые на процессоре, а не чипе свитча будут крайне медленными. 

С моделями wifi точек я еще не определился(может вы посоветуете?)
wAP ac или cAP ac для WiFi. По характеристикам практически идентичные. Первый вариант позволяет монтировать на улице, что наверно и является основной фичей модели.
Использовал в офисе wAP ac - на тот момент комплектовались подставкой для установки "на полку", стяжками для крепления к потолку или столбу и "отверстием" для монтажа на стену / потолок.

Какая модель совместима с РТК?
Нужно запрашивать у самого РТК, индивидуально в каждом случае. А потом исктаь модули совместимые с Микротиком. Нет гарантий что удастся найти или что оно заработает и с Микротом, и с РТК. Проще и надежнее согласиться на их медиаконвертор или роутер перед вашим оборудованием.
Какая модель совместима с РТК?
Здесь скорее нужно ставить вопрос - какая модель совместима с микротиком? Потому что микротик жует не любой SFP - гигалинки не жует точно, SNR может зажевать, свой собственный SFP зажует точно (правда цена его выше). Лучше всего связаться с РТК и спросить, какой SFP поставить, чтобы точно заработало, возможно они даже придут со своим, по крайней мере к нам (правда, не РТК) пришли именно так - долго был секас на предмет "почему эта х..ва железка не работает", в итоге пров пришел со своей :)