Почему запрос из PHP идет 10 секунд, а из консоли или навиката тот же запрос — 0.2 сек?
вангую: обращение к базе идёт по домену, а не адресу. 
если я прав, замените домен на айпи и проверьте.
Прошу прощения посетившим, решение найдено, но оно никак не было связано с запросом.
Проблема была в пользовательской сортировке usort($arr, function () { return mb_strcasecmp($a,$b); }); - слишком долго происходила