Как сохранить правила iptables после перезагрузки Ubuntu?
в debian и ubuntu добавили пакет iptables-persistent
который использует iptables-save/iptables-restore

#service iptables-persistent 
Usage: /etc/init.d/iptables-persistent {start|restart|reload|force-reload|save|flush}

после настройки правил как нужно, сделать service iptables-persistent save и при следующей загрузке они будут применены
Однократно в командной строке:
iptables-save > /etc/network/iptables.save

В /etc/rc.local:
F="/etc/network/iptables.save"
test -f "$F" && /sbin/iptables-restore < $F

Неэлегантно, но работоспособно.