SVN: удалить файл из версионного контроля
Удалить файл из репозитория, но оставить в файловой системе: svn rm filename --keep-local

Заставить игнорировать определённые файлы:

Сделать файл list с именами или масками, разделённые переводом строки
Выполнить svn propset 'svn:ignore' -F list .
list можно удалить.

Подробнее тут: Properties в SvnBook.
Можно скопировать файл, удалить через svn, а потом скопировать обратно. Думаю, он после этого будет показываться просто как неизвестный.