Можно ли создать юзера (ftp или ssh) с доступом к нескольким выбранным директориям?
Обычные симлинки не подходят для этого? (ln -s)
как вариант
mount --bind каталог1 каталог2
и добавить в /etc/rc.local, чтоб после перезагрузки не слетало