Региональные сабдомены на Drupal. Как лучше?
В модуле drupal.org/project/domain есть все, что нужно. Конкретно вам нужен входящий в этот набор модуль Domain Content, позволяющий задавать для каждой ноды принадлежность к определенному домену, на других доменах эта нода отображаться не будет. Мультисайтинг с объединенными таблицами для этого случая смысла нет городить.
Я правильно понимаю что у вас будет так: 
 moskow.site.ru
 spb.site.ru
 vrn.site.ru?

Для себя определите плюсы и минусы, что даст вам то либо другое решение. Например при раздельных базах в случае падения одной из баз какого-либо региона пользователей можно будет временно направлять на домен ближайшего региона, с работающей базой.