Можно ли домен, логин и т.п прописать в properties?
хочу внести домен, логин и пароль в application.properties
можно, но не нужно
незачем такую информацию хранить в системе контроля версий (ты ж ее используешь, правда?)

Как можно внести properties за jar?
рядом с jar создаешь файл application.properties - данные из него перекроют те проперти, что прописаны в application.properties внутри jar

если приложение исполняется под каким-то другим профилем (dev, например), именуешь внешний проперти-файл соответственно (application-dev.properties).

должно работать
Не нужно этого делать. Пропиши у себя в Environments
типа
application-dev.yaml:
login: ${LOGIN}
password: ${PASSWORD}

А потом в Edit configurations... -> Environment Variables
добавляй свои спрятанные переменные. Спринг подтянет при запуске.