Как подготовить таблицы БД для Yii?
Есть два различных подхода: Database-first и Code-first. Yii настаивает на Database-first подходе, который вы понимаете приблизительно правильно. Желательно начать проектирование базы данных не с phpmyadmin, а с визуального представления схемы (хотя в phpmyadmin тоже есть дизайнер схемы, он не очень удобен для начала работы). 
В том инструменте, который я указал, вы сможете потом сгенерировать код и запихнуть его в миграции, после чего провести эти миграции, а потом уже работать с Gii
Спроектировать на листочке, создать миграцию со структурой БД, мигрировать (создастся БД), а потом уже всё остальное.