Можно ли обновить файл в phar?
А вот вам встречный вопрос: вам сложно написать три строчки и проверить?
А так да, можно было и уточнить в документации этот момент (у вас есть шанс это исправить).
Это всё о том, что перед тем как спрашивать нужно попытаться решить вопрос самостоятельно, тем более что он элементарный - открыть файл, записать файл, потом проверить, изменился ли. Это реально 3 строчки вместе с <?php
Используй Phar::addFile - сам перезапишется