Странные «подвисания» Apache2?
Жесткий диск?
Попробуйте утилитку atop, она очень помогает, когда не совсем поняно в чем проблема. Обратите внимание на использование винта и сети в моменты подвисания. Так же очень рекмендую установить Nagios. Он вам много интересного расскажет.