Java junior, серверное ПО, какие задачи решать, чтоб понять устройство системы?
Хороший код приходит с опытом, проблематично целенаправленно учиться писать хороший код, это все равно как целенаправленно учить опыт.
В этом плане нужно просто понимать почему что делается.

А так - направление это совместная работа. Понимать весь цикл разработки. Как предсказуемо оценивать сроки задачи, как их правильно дробить, как взаимодействовать с другими разработчиками или командами.
Все инструменты, с которыми сталкиваешься - старайся добиться, чтобы работало, потом интересуйся как это работает. Таже кафка - что она вообще умеет. Тот же ELK стек - можно научиться парсить логи чтобы искать нужные вещи, а можно в самом приложении поправить логгер, чтобы он в ЕЛК отправлял более удобные для парсинга данные. И так с каждым сервисом/технологией - ты как разработчик и со стороны приложения можешь менять и со стороны сервиса можешь смотреть что от него взять можно.
Если уже есть небольшой опыт работы со спрингом, то советую посмотреть "Spring-потрошитель" (2 части) от Евгения Борисова на ютубе. Он хорошо объяснил как спринг устроен изнутри. Магии много, на разобраться можно.

После этого можно начинать читать документацию по интересующим модулям спринга. Она обычно очень подробная и понятная. Вот например документация по Spring Jpa.

После этого попробуйте с нуля написать какое-нибудь простое приложение на спринге не используя туториалы, quick-старты и spring initializr, только maven/gradle (смотря что у вас в команде используется) и документация. Скажем, 3 пользовательских роли (админ, пользователь, аноним), 3 эндпоинта: 1 доступен для всех, 1 доступен админу и пользователю, 1 доступен только админу. Для начала пользователей можно захардкодить. Потом прикрутить постгрес для их хранения, потом прикрутить эластик для логов и т.п. 
После этого добавить несколько тестов, причём как тестов, которые напрямую дёргают методы сервисов и репозиториев, так и тесты, которые эмулируют пользователя: отправляют http-запросы на вход в систему, а потом дёргают эндпоинты и проверяют, что ограничения эндпоинтов по ролям работают правильно.

Всё это желательно без туториалов, просто ищете название нужного спринг-модуля, открываете его референс-документацию и по ней работаете.

За пару недель не спеша сделать вполне реально. После этого, если есть возможность, попросите кого-нибудь более опытного посмотреть код и сказать, что и как стоит исправить, желательно с пояснением почему.

Понимание рекурсии и базовых алгоритмов полезно, но в корпоративном сегменте это будет встречаться не часто: бизнес процессы в большинстве случаев будут расписаны либо бизнес-аналитиком, либо самим заказчиком, а большинство структур данных и алгоритмов работы с ними уже доступны в стандартной библиотеке, Apache Commons Lang 3 и Google Guava.