Почему тупит сайт на Nginx + PhpFpm без Apache?
как всегда начнем с заезженой валыны
ЛОГИ В СТУДИЮ
КОНФИГИ В СТУДИЮ
iotop -oka - что говорит ?
По хорошему и сам сайт, может у тебя там  страница 40 метров и канал 10 мегабит.
в общем тех поддержка хостинга перенесла сайт на другой сервер и вроде все работает. в чем проблема не сказали, но я подозреваю HDD