Как ISPmanager, VestaCP, cPanel и другие узнают пароль от сервера?
никак
авторизацией занимается pam
VestaCP при установке создаёт пользователя admin и далее действует через sudo и этого пользователя. Рутовый пароль для этого нужен лишь один раз, при установке.