Как организовать установку и обновление ПО для linux серверов без прямого доступа в интернет?
Для apt есть специализированный кеширующий прокси: так и называется, apt-proxy.

Для yum тоже должно быть что-то подобное.
Я за локальные репы. Этим и трафик сэкономите. Правда довольно много дискового пространства потребуется.