Как контролировать изменения файлов на хостинге?
На shared для отслеживание изменений можно попробовать Watcher4site
https://github.com/novostrim/watcher4site/
но "вернуть как было" не поддерживается.
С шаредом черт знает, что делать, а на вдс-ках git, мониторить git status и не забыть настроить gitignore для всяческих upload/