В чем разница .NET и C#?
.NET - платформа, в частности включает в себя CLR, CLS и FCL. C# - один из языков, компилируемых в IL код под эту самую CLR. Также существует альтернативная реализация некоторой части .NET (в т.ч. компиляторы некоторых языков и сама среда исполнения) - Mono.
P.S. надо же, запомнил наконец эти аббревиатуры.
Разница примерно такая же как между 1C и бухгалтерией.