Какой софт выбрать для бэкапа сервера на Ubuntu?
Есть отличный проект под названием attic. Эффективно бэкапит каталоги, без дублирующихся данных. Может даже шифровать по ключу.
Попробуйте backupninja. В настройке может помочь псевдографический ninjahelper (он вроде идет в одном пакете с backupninja).
Умеет бекапить mysql и postgresql, инкрементное копирование через rdiff-backup, duplicity, rsync, отчитываться в почту о проделанной работе.