Как хранить клиентский JS-код в Mysql?
Код кладем в базу как есть, меньше читаем про загадочный код который может "повредить базу", больше про PDO и prepared statement. Все косяки могут всплыть только при выводе, если там будет какой-то кривой код - вся хрень произойдет на клиентсайде.
Текст как текст. У вас проблема, если код надо выводить как исполняемый, да ещё в контексте своего домена или вовсе исполнять на сервере.
А СУБД всё равно, что там за текст. Хоть вообще бинарник в blob писать. Правило одно - никогда не конкатенировать данные в управляющий запрос.