Как создать скрытое мобильное приложение только для сотрудников?
На iOS - TestFlight  или b2b, на Android - Google Play Beta.
Про iOS: Посмотрите здесь, если владеете английским: Private iOS app
Я в свое время использовал вариант Ad Hoc c over-the-air (файл с приложением лежал по ссылке).
Кстати, изучите поподробнее возможность фоновой работы iOS приложений.