Как найти часто встречающиеся тексте последовательности?
Обратите внимание, что std::string использует SBO, то есть не выделяет доп. память в куче для коротких строк. Ещё стандартные мапы в C++ крайне неэффективны, подключите библиотеку. Идея такова:

Хешмап "строки -> счётчики" для строк длины 3
Хешмап "строки -> счётчики" для строк длины 4, но добавляем туда только строки, у которых начало длины 3 входит в мапу из (1) не менее 2 раз
Хешмап "строки -> счётчики" для строк длины 5, но добавляем туда только строки, у которых начало длины 4 входит в мапу из (2) не менее 2 раз

С помощью чего можно решить эту задачу?
С помощью массива std::hashmap<std::string, size_t>, по одному для последовательности каждой длины?