Как в git перестать отслеживать изменения в таком-то файле, НЕ добавляя его в .gitignore (т.е. сохраняя в репозитории исходную версию)?
На примере файла .env:

Имеется файл с переменными среды, который используется приложением и содержит некие данные, которых не должно быть в репе. Тогда пацаны делают так:
1. Создают в репе файл .env.dist, который после клонирования репы просто копируют и переименовывают в .env
2. Пишут в нём образец конфига, но без критичных данных
3. Создают локально файл .env
4. Добавляют .env в .gitignore

Всё ))
Решение вопроса:
git update-index --skip-worktree YOUR-FILE