Что будет если включить чужую программу в состав моей, а нельзя, но очень хочется?
> Моя ... программа (полезная утилита под моим оригинальным названием),
> полезная утилита
> полезная
[источник?]
> должна включать [чужую несвободную программу, но] ее автор указал в [лицензии], что программа не должна распространяться. 
Печаль-беда.
> Его программа не требует нажатия подтверждения данного соглашения при первом запуске
Не вижу разницы.
> (как например, требует любая другая)
> любая другая
ЛОЛШТО?
> Так же, в лицензионном соглашении, которое поместил автор программы, указан его ник (псевдоним) и не указана фамилия / компания.
А вам-то что с того?
> Как поступить, если мне необходимо включить его программу в состав моей и распространять ее свободно?Написать автору, и попросить его освободить свою программу.
> я сохраняю ее оригинальное название, и не выдаю свою программу за его программу, я ее не переименовываю и ничего не меняю в ней ..., то есть на авторское право я и "наступать" не собираюсь
Зачем вы выдумываете термины?
> Возможно, все вопросы можно снять тем, что в дистрибутив чужую программу не включать, а докачивать ее пользователюИменно так часто с нераспространяемыми программами и делают.  Например, некоторые поставки ГНУ, не брезгующие несвободными программами.  Например, Дебиан применительно к Флэшплэйеру (обоим: и который загружается с adobe.com, и который распространяется только в составе Гуглохрома).  И я не слышал, чтобы это когда-либо рассматривалось как нарушение.
Поговорить с разработчиком этой программы и попросить его разрешения. :) Это этично и уважительно.