Как правильно собрать PHP5 из исходников под nginx (php-fpm), без использования абсолютных путей?
Для каждого тарбола смотришь ./configure  --help, обращаешь внимание на опции location, prefix, path и указываешь их. Это если долго.
Если быстро: делаешь директорию отдельную, chroot туда, создаешь базовый набор папок в ней (var, usr, etc...), и собираешь без опций.
Может запилите в докер все? Будет полностью портабельно