Как лучше осуществлять хранение даты последней активности пользователя?
На наш взгляд, оптимальнее всего не забивать себе голову детскими фантазиями и высосанными из пальца проблемами. 
У тебя нет сайта, нет пользователей, нет одновременной активности, нет проблем с производительностью.
Но зато уже есть ПРОБЛЕМА. Которую надо срочно решать.

С архитектурной точки зрения надо делать как обычно, и не пытаться решать несуществующие проблемы, изобретая какие-то хитрые решения с подвыподвертом. Потому что когда (если) проблемы с производительностью начнутся, то окажется, что это совсем не те, которые ты с таким трудом доблестно решал всё это время.

Не говоря уже о том что в реальности у тебя на сайте будет полтора инвалида, и единственной проблемой будет куда бы спихнуть это никому не нужное творение.
Что вы там такое проектируете, что боитесь одного update по первичному ключу для пользователя?
Можете вести лог активности в отдельной таблице с датой и инсертить туда что сделал пользователь.

Но если охота заморочится, можно в лог нгинкса писать session id из куки и постобработкой мутить анализ логов