Как правильно писать скрипты (во что обарачивать) чтобы при канкатенации всех скриптов в один файл скрипт по прежнему работал?
Разбивать файлы на модули, импортировать друг в друга и собирать вебпаком
Как писал Pavel Shvedov надо использовать webpack.
Вот большой пример.
// app.jsimport router from './router';

const app = new App({
    router
});
// router.jsconst router = () => { /* ... */ }

export default router;