Какую систему контроля версий сейчас чаще используют в Java?
Вопрос в корне не верен. СКВ выбирают не исходя из языка программирования. Есть несколько концепций работы СКВ. Что вам больше нравится, то и выбираете. Лично моя рекомендация - это GIT. 
1) Нет жёсткой привязки к центральному серверу.
2) Удобнее реализована работа в нескольких командах. (На уровне идеологии)
P.S. Я пользовался и Git, и SVN.
@UbuRus - Вы в итоге и ответили на мой вопрос. - Я, кстати сказать, тоже предпочитаю Git, но все определяют корпоративные стандарты, и мне было важно узнать фактическое состояние дел. Спасибо