Как организовать работу удаленных программистов?
- Возможно ли найти ответственных и самостоятельных людей?
да- Каким образом следует контролировать сотрудников? 
а как вы это делаете в офисе ?Если ли смысл использовать тайм-трекеры на ПК работников?
нет- Как начислять ЗП? Использовать фикс. ЗП / оплачивать позадачно / почасово?
зависит от того как принято у вас в компании- Сколько в среднем платить удаленному PHP-программсту средней квалификации (junior / middle)?
столько же сколько и обычному
- Сколько в среднем платить удаленному PHP-программсту средней квалификации (junior / middle)?
Удаленно охотнее нанимают высококвалифицированных, поднять уровень junior стоит сил и времени, а выращенный эксперт не испытывает лояльность к удаленной компании.  Junior удаленно - редая вакансия, будет много желающих.