Привязаны ли номера портов к протоколам транспортного и прикладного уровня?
Нет. Не привязаны. Но есть традиции. Традиционно FTP сервер поднимается на 21 порту если отдельно мы не указали в подключении другое. Есть конфликты портов когда 2 приложения хотят поднять листенеры на 8081 к примеру. В этом случае успел тот кто первый. 

Можешь использовать любой свободный номер порта при создании листенера. Только первые 1000 номеров зарезервированы для системных процессов ОС. Для прикландых - доступны все остальные от 1000 и выше.
и где обычно это все указывается?В Linux есть справочный файл /etc/services, в котором перечислены порты tcp/udp, по умолчанию назначенные (но не привязанные намертво) различным протоколам прикладного уровня.
В Windows тоже есть аналогичный файл: C:\Windows\System32\drivers\etc\services.