Как повысить пропускную способность локальной сети?
Ответить на вопрос "почему", не производя никаких измерений и не имея доступа в Вашу сеть, довольно сложно.
Для начала, попробуйте протестировать пропускную способность сети между машинами при помощи iperf - это даст ответ на вопрос о том, нужны ли другие кабели, или дело не в физическом уровне, а выше.
Ну для начала надо посмотреть скорость линка на каждой машине.
Бывает что гигабит не поднимается.
Ну и надо понимать что криво настроенная самба (дефолтный настрой) как раз и даст такую скорость.
Для нормальной скорости нужно тонко настраивать самбу.