Как полностью до нулей посадить аккумулятор li-ion физическим образом?
Если батарея в телефоне, то остается только держать в холоде длительное время, не минуты, а десятки часов (в упаковке с влагопоглотителем, а то конденсат может испортить остальные внутренности телефона), или пытаться его снова и снова включать, пока не перестанет включаться.
Если батарея из телефона извлечена (инструкция есть на iFixit), то можно подключить к батарее какой-то сравнительно маломощный потребитель электроэнергии, например - светодиод.
Полностью "до нуля" разрядить батарею без вскрытия ее пластиковой оболочки - не выйдет в любом случае, так как в батарею встроена схема защиты от переразряда. Можно разрядить только до состояния, когда эта схема войдет в режим защиты и перекроет выход батареи.
Осовремененные батареи это не просто элементы питания и электроды, это еще и схема управления между ними.
соответственно сделать это никак нельзя, даже если вы извлечете батарею и замкнете накоротко контакты.
Единственный вариант - саморазрядка (ток утечки)  - Ждать очень долго! Процесс идет по экспоненте!
А еще химическая энергия обладает инерцией по времени. И даже напрямую закороченные контакты не гарантируют что через какое то время напряжение не появится вновь (небольшое конечно)