Почему MySQL внутри Docker-контейнера прерывает (отменяет) «длинные» запросы?
В mysql далеко не один таймаут
SHOW VARIABLES WHERE Variable_name LIKE '%timeout%';

К примеру net_read_timeout по умолчанию равен 30, возможно в него вы и упираетесь.
Оказалось проблема в клиенте. Я тестировал запросы на dbForge Studio for MySQL Professional версии 9.0.304 ... А у него как раз проблема с коннектом. Ее поправили в версии 9.0.338

https://www.devart.com/dbforge/mysql/studio/revisi...