Можно ли сделать два разных Sitemap для разных доменов но с одним корневым каталогом?
Файл .htaccess
RewriteEngine On
RewriteBase /

RewriteRule sitemap.xml sitemap.php
Файл sitemap.php
$host=$_SERVER['HTTP_HOST'];
if($host=='site1.ru') echo file_get_contents('sitemap_xml_site1_ru.xml');
if($host=='site2.ru') echo file_get_contents('sitemap_xml_site2_ru.xml');
Варианты:
1. rewrite rules + два разных файла.
2. rewrite rules + скрипт
3. Если виртуальные хосты в разных секциях конфигурации http сервера, то ещё можно там добавить правила касаемо расположения контента.