Как правильно делать бекап?
Уточните запрос - какая ОС на файлсервере используется?
Если Windows то вполне может хватить  "теневых копий", да и куча всяких утилит, под линух та-же история.
В общем вас спасет словосочетание "incremental backup"  вбитое в гугле :)
Есть такие программы резервирования, которые только накапливают информацию, но не удаляют - по подобию систем контроля версий для кода.
Ещё полезно иметь функцию дедупликации данных, за счёт применения которой будет экономиться место хранения.