Как организовать структуру файла проекта собственной программы?
Типичные варианты
Name = Value для плоских данных
Json или xml для структурированных данных
я у себя делаю json через Boost.PropertyTree
если человекочитаймый и человекосоздаваймый формат не нужен, о чем говорилось выше, то можно Boost.Serialization