Есть ли альтернатива Excel?
попробуйте Power BI, он рассчитан на работу с большим объемом данных
Дело не в Excel, а возможно в уровни владения им? В других системах тоже нет магических методов "работай быстро, то что я криво написал". Всегда есть узкие места. Надо их найти и устранить.
Для экселя возможно самым простым решением будет  введение промежуточных таблиц, которые будут пересчитывать редко. Что бы не открывать кучу файлов и не делать с ними кучу операций постоянно.
Я делал когда-то сверку товаров в эксель. 50 прайсов поставщиков, 100k товаров, а на выходе csv c актуальными остатками и ценами для загрузки в cms.