Как настроить маршрутизацию на microtik'е?
Поднимаете туннель, настраиваете на обоих микротиках статические маршруты до сетей напротив них, где шлюзом будет, опять же, сторона напротив в туннеле. 
Вроде бы совсем тривиальная конфа, нет?
А в качестве туннеля, по-моему, для вас лучше всего использовать IP-sec.