Как определить работает ли Flash через javascript?
Скорее всего никак, если только не выставлять флаг из самого флеш-ролика, который нужен.
Это политика безопасности. Флеш - это огромная дыра в этой самой безопасности, не удивительно что мозилла блокирует старые версии.