Вопрос по работе nginx
смотрите server_name/server_alias
Если он совпадает с тем что указан в заголовках HTTP/1.x, то nginx обработает его в этой секции server {}
Если не найдет, то обработает его в первой секции server {}

Удалите все ненужные server из конфигов nginx.
Спасибо! Мне нужно было чужое мнение, которое подтвердило бы правильность моих догадок. Буду требовать права админа на сервере.