Какие ОС используют хостинги и как на них устанавливается php, node.js и БД?
почти все используют убунту и центос либо производные
могут ставить из системных репо софт, могут сами собирать в свой репо 
все по разному делают
ну скажем там судо может вообще на их сервера не быть, вообще судо никакого отношения к установке софта не имеет
Если это vds-хостинг, то самостоятельно выбираете нужный дистрибутив, создаёте виртуальный сервер, а дальше устанавливать в зависимости от выбранной ОС