Как после ошибки вернутся обратно в код?
try:
    if 138231317 != vk.messages.getLongPollHistory(ts=ts)['messages']['items'][0]["from_id"]:
    # код
except IndexError:
    #  обработка этой ошибки
except Exception as ex:
    # обработка других ошибок
finally:
    # учи матчасть
Нужно обернуть этот код в try-catch и в catch поймать исключение IndexError и обработать его.