Как правильно добавить файлы миграций в gitignore?
Правильно — никак. Миграции являются неотъемлемой частью проекта, не нужно их исключать.
Пустые папки гит по умолчанию не индексирует. Разместите в папке миграций файл .gitkeep или .gitignore с контентом *
!.gitignore