Какой FTP-сервер Вы используете на Debian?
proftpd.
Он умеет хранить своих пользователей в файлике. И настраивается это парой строчек в конфиге.
Добавление пользвателя одной командой.
Если пользователей не много, очень удобно. И системные пользователи не плодятся и в файлике все наглядно. Не надо настраивать какой-либо бекенд ввиде БД для хранения пользователей.
proftpd, vsftpd в зависимости от требований, что-то на одном лучше, что-то на другом.