Как изолировать сайты на VPS?
Запускай веб-сервер от разных юзеров (например, для апач с помощью модуля mpm_itk) и настрой open_base_dir исключительно на директории сайтов.
либо купи 3 дедика по 80 рублей что будет гарантировать безопасность либо делай все от отдельных юзеров :3