SELECT WHERE IN: Подскажите оптимальный вариант взаимодействия PHP — MySQL
>в статьях про архитектуру высоконагруженных систем (например, таких как twitter)
пока у вас нет нагрузок как у Твиттера, не делайте так. только усложните себе жизнь, написанием своих собственных джойнов на php
Я за вариант 2. если нет варианта 3.
Вариант 1 может иногда не работать из-за попадания на лимиты:

можно попасть на 2 лимита
1. превышение максимальной длины запроса
2. превышение максимального количества параметров в IN. да, там тоже есть ограничения

Ограничения есть не только в мускуле, но и в оракле, постргессе и других БД.

Вариант 2 ещё к тому же и тормознутый, если у нас много записей во внешнем запросе.

Простые запросы будут работать быстрее:
select * from table1,table2 where условия 
или запрос через 
join 
select * from table1 join table2 on условие where условия 

какие из них, будет работать быстрее смотрите сами. Настройки БД подпиливаются под данные и под запросы, которые будут исполняться на этих данных.