Расположение iframe, появляется случайным образом?
Думаю скорее всего нужно искать сторонние <script src="..."></script> или <script>...</script> на сайте, которые и вставляют уже iframe.
Поздравляю, вы словили вирус.
1)Меняем доступы к ФТП
2)Делаем поиск по .php файлам на предмет наличия eval, base64_decode, preg_replace к ключом \e, preg_replace_callback
3)Анализируем найденное, вычищаем зловреда