AngularJS SPA и Symfony2, подводные камни?
Сразу ознакомьтесь: https://github.com/johnpapa/angular-styleguide
Как писать REST Api - решать вам. Если посложнее и для самообучения - посмотрите в сторону драфта стандарта jsonapi.org
По поводу модулей - лично мне не нравится ни ngResource и restangular (хотя этот сносно использовать). Для простых приложений подойдет любой вариант, мне же нравится моя обертка над $http. Но если обертки нет - лучше взять готовое решение. Для ваших задач подойдет любой вариант.
По поводу services/factories - рекомендую писать приложение сразу на ES6, тогда можно будет писать нормальные сервисы. По сути различие между services и factories - в первый передается функция-конструктор, во втором - функция-фабрика. при использовании ES6 классов сервисы писать намного удобнее.
Как проектировать приложение - тут сходу сложно будет. Тут стоит много чего почитать и не только по ангуляру или symfony. По Symfony к примеру подойдут следующие штуки: https://github.com/phptodayorg/php-must-watch
Если хотите делать связку PhoneGap + AngularJS, то посмотрите лучше в сторону  ionic
Так же если это проект в учебных целях, то может вам лучше глянуть в сторону Angular2 ?