Как решить проблему пагинацией при выводе определенных постов на Главной?
Лучше использовать WP_Query вместо query_posts.
А вывести записи с пагинацией можно так:<?php global $wp_query;
								$wp_query = new WP_Query(array(
									'posts_per_page' => '4',
									'post_type' => 'post',
                                                                        'category__in' => '1', //дочерние будут проигнорированы
									'paged' => get_query_var('paged') ?: 1 // страница пагинации
								));
								while( have_posts() ) { the_post(); ?>
<!-- content здесь -->
							<?php }  ?>
							<!-- пагинация здесь -->
							<?php wp_reset_query(); ?>
Пример с такой реализацией: https://md7.info/fakty
Скорей всего лютый костыль и вообще за такое убить могутесли я правильно понял вопрос 
На главной к примеру выводишь 4 поста а на след страницу в цикл добавь параметр offset=4 . Тб пропускай 4 поста которые выводились на главной .  вот тут это есть https://wp-kama.ru/function/wp_query