Debian 9. Proftpd и vsFTPd. Почему пользователь может переименовывать и удалять root папки/файлы?
Конечно, может. Чтобы удалить или переименовать элемент в директории (будь-то файл или подкаталог), нужны права на запись в саму директорию, т.е. в данном случае на запись в каталог пользователя
Удостоверьтесь что сервера запущены не под пользователем root