Как выяснить, почему FileZilla ломает файлы?
возможно, проблема в неверном режиме передачи данных (есть ascii, binary и еще что-то).
попробуйте разные режимы.
Уменьшил количество передаваемых файлов с 10 обратно до 5 - помогло О_о