Стоит ли чистить MySQL от старых записей (БД 3,6Гб.)?
Мусорные записи - конечно лучше чистить, база будет жрать меньше памяти. На скорость выборок непосредственно влиять не должно, если нормально индексы поставлены и запросы по ним ходят.
Для подобных вещей иногда создают отдельную БД в которую "переливают" устаревшие данные. Бонусы: если затрете, что-то важное, потом можно будет выгрузить обратно. Если понадобиться построить репорт по старым данным - вот они под рукой.
Чистить базу, на мой взгляд, стоит всегда. Я никогда не видел MySQL такого размера (может потому что с битриксом не работаю), но по базам 1С:Бухгалтерия знаю, что эти ребята пишут так, что базу всегда нужно держать в чистоте. Скорость должна увеличится.