Как сделать кликабельный логотип на всех страницах, кроме главной?
Заменяете<div class="logo-up"><a href="<?=SITE_DIR?>"><img src="<?=SITE_TEMPLATE_PATH?>/images/logo-up.png"  alt="" /></a></div>
на<?php
$curPage = $APPLICATION->GetCurPage(true);
if (
            $curPage == SITE_DIR."index.php"
){?>

<div class="logo-up"><img src="<?=SITE_TEMPLATE_PATH?>/images/logo-up.png"  alt="" /></div>

<?}else{?>

<div class="logo-up"><a href="<?=SITE_DIR?>"><img src="<?=SITE_TEMPLATE_PATH?>/images/logo-up.png"  alt="" /></a></div>

<?}?>
Ну или на стороне клиента обработать ссылку, средствами JS, и сделать нужные махинации