Что лучше для простых анимаций? CSS или JavaScript?
Лучше CSS, если возможно.
JS может быть отключён у пользователя. И хорошо, если ваши анимации просто не будут работать. Плохо, если сайт станет менее удобным из-за этого.
Однако на JS можно то, что нельзя на CSS. В общем, на JS можно практически всё. И в некоторых случаях проще и красивее делается именно на JS. В этом смысле нужно отталкиваться от того, что вам удобнее применить в данном конкретном случае.
В помощь 
https://daneden.github.io/animate.css/