Как защитить соединение между двумя приложениями?
VPN не? Как бы для этого и предназначено
А вообще это задача сисадмину, чтобы эндпоинты от деймонов не смотрели в открытую сеть.
А почему, собственно, у вас данные после фронтэнда ходят по такой сети, что требуется шифрование?

Даже если это какая-то географически-распределённая структура, то обычно её объединяют в защищённую виртуальную локальную сеть. Если же всё настолько плохо, что не на чем поднять VPN - то, если это HTTP, напрашивается вариант с TLS.