Какая платформа больше подходит для электронного документооборота?
Вообще-то эти "общие СЭД программы" на то и общие, чтобы подстраиваться под всевоможные нужды.
Если они вам чем-то не угодили, значит вам не нужен документооборот, а что-то другое.
Ну а судя по первому опыту и упоминаиню PHP(yii)  в качестве "платформы", думаю, что вас ждёт неминуемый провал и потеря времени и денег.
Если у вас есть джавист - посмотрите на кубу. 
Обратите внимание, что в ответах никто толком не говорит о платформе. Гораздо сложнее провести анализ и описать бизнес процессы. Гораздо сложнее. В первую очередь подумайте над этим.