Что почитать про правильное проектирование своих приложений?
Думаю что имеет смысл отметить что, безотносительно самого фреймворка как прикладного инструмента, Yii - не лучший кандидат для освоения правильного проектирования своих приложений...
В целом, если вы хотите получше разобраться в паттернах проектирования - можно брать любую хорошую книжку по этой теме (те же Gang of Four, Мартин Фаулер (на русском) и т.п., предложенная Ярослав ссылка тоже выглядит весьма достойно), изучать, а затем пытаться найти эти паттерны в коде популярных и хорошо написанных проектов. 
Я несколько предвзят, но могу порекомендовать Symfony и Doctrine в качестве отправных точек. К примеру та же Doctrine прямо реализует целый пласт паттернов, описанных Фаулером. Symfony существенно более разнообразна, там можно встретить много различных решений.
Изучение реализации паттернов в рамках конкретных реализаций позволит вам с одной стороны лучше понять сами паттерны, а с другой - лучше разобраться с тем как изнутри работают довольно сложные проекты, это позволит использовать их самих и, что ещё важнее, заложенные их идеи в вашем собственном коде.
построй десяток-другой-третий лэндосов, кабинетов, онлайн-магазинов и прочих веб-приложений - соберешь массу контекстов относительно того что, как и зачем делается, там уже и понимание придет, какими инструментами и что и как лучше делать.