Сервер как по расписанию в 10 мск и 22 мск заваливается с LA&gt;50. Куда копать?
50+ LA — это средняя температура по больнице. У меня одна из тушек под боевой нагрузкой стоит в 1300 la и радостно всем отвечает. 

А вот если у вас wa больше 5-10% — копайте в сторону тормозящих дисков или сети. Ну и другого IO, если он там есть.
А в логах что? Чистый reboot или что-то реально грохнулось?
Если всё равно непонятно, то можно попробовать прямо перед часом X уложить все процессы вручную и посмотреть если чистая система перезагрузится сама по себе.

А так похоже на какой-то maintenance скрипт.