Локальный пользователь System. Зачем (и нужны ли) ему полные NTFS права на пользовательские папки?
что это сделано для процессов, работающих от имени данного пользователя
Ну так-то все пользователи именно для этого создаются. Просто потому, что на компе работает не пользователь, а программы. Пользователь это абстракция облегчающая регулировку прав и работу нескольких людей за одним компом.

Многие службы и задания из планировщика запускаются от имени SYSTEM. В каталоге пользовательского профиля не стоит удалять SYSTEM там где он есть по умолчанию. В каталогах, которые вы создаете самостоятельно вне профиля вы можете регулировать права как вам угодно.
Если кратко, то от имени этого пользователя выполняются практически все службы. Служба - это программа которая работает в фоне. Как правило, они обслуживают твой компьютер, чтобы он чувствовал себя хорошо, и мог то, что может. В последних версиях Windows список существующих служб можно посмотреть на закладке "Службы". Можешь посмотреть какие службы за что отвечают. System имеет почти безграничную власть над компьютером. И если начать эти права ограничивать, то винде поплохеет.