Почему ставятся и сами снимаются галочки в 1с?
1) снимает пользователь
2) снимает регламентное задание
3) снимает полтергейст
Какой вы хотели получить ответ? 
Журнал регистрации у вас и только вы можете посмотреть когда и кто изменял настройки.
Ставлю галочки на регистрацию изменений
уточни процес что делаешь....
Мне известна "регистрация изменений" чтоб план обмен понимал что нужно отправить. Как обмен прошел эта инфа обнуляется.