Как правильно организовать ajax запросы в MVC архитектуре?
Логичнее вынести все в ajaxController() и работать в нем только с запросами аякса, это в частности позволяет в конструкторе контроллера не вызывать кучу специфических для данного раздела методов, а так же сразу определить для вью соответствующий лэйаут, однако это как раз не всегда удобно. По этому у меня есть аякс контроллер, в который я отсылаю только аякс запросы общего назначения, не привязанные к какому то конкретному разделу(в конструкторе сразу можно обработать тип и сделать ексит если не аякс), а запросы с более четким типом, например работа с пользователем, идет в свой контроллер, и уже в экшене проверяется тип запроса и производятся нужные действия. Это немного более накладно по ресурсам(из за конструктора с доп. функционалом), но более удобно в плане "все подобное в одном месте".
На уровне роутера имхо никаких обработок быть не должно, его задача отдать роут, а контроллер уже создает логику ответа.
Добавьте стандартному контроллеру функцию определения типа запроса из хедера и в зависимости от этого выдавайте содержимое View либо чистый  Json.