Можно ли настроить сеть Ethernet используя адаптеры HBA Qlogic 8Gb FC Dual-port?
Нет, они только для SAN.
Для старых версий ядра Linux и для Windows 2003 есть драйверы для IPoverFC. Но возможно ваши адептеры слишком новы и нет для них драйверов для Windows 2003. Если получится - пробрасываете адептер в виртуалку и делаете мост с хост системой.