Никсовый djvu/pdf ридер с закладками?
evince, при выходе запоминает позицию в документе, даже если вы потом открыли другой, то позиция не сбрасывается и еще запомнится у того который открыли, ну вы поняли думаю:)
Для pdf с закладками и под GTK — Foxit Reader