Как научится настраивать web-сервер под Linux?
Как научиться? Первые пару раз поставить по инструкциям из гугла. Даже если не все шаги будут понятны. Гуглить возникающие проблемы, они, в основном, у всех одинаковые. Потом читать комментарии внутри конфигурационных файлов, постепенно станет понятно, за что отвечают большинство опций в конфигах. Единственное, что — проверяйте, чтобы были закрыты индексы и не видны .htaccess файлы извне, чтобы по незнанию не напортачить с безопасностью.
Часть параметров в конфигах nginx, apache, mysql правятся под ваши потребности и под параметры сервера, вы поймёте, когда их нужно будет подкрутить(напр., MaxClients в aпаче, размеры кешей mysql).
А, и в админ. панели убирайте сразу дефолтный логин/пароль, не надейтесь, что никому нет дела и не будут ломать.
Эксперименты и обучение лучше всего проводить в виртуальной машине (я делал именно так). Поставьте например VirtualBox, установите туда CentOS (для этого надо скачать iso установочного диска, вставить его в виртуальный привод и загрузить виртуалку с него, установщик интерактивный и трудностей не вызывает, после установки обычно сразу всё работает. Возможно протребуется проброс портов, это делается через меню виртуалки по правому клику, например для работы через программу-терминал нужно пробросить порт 22, а для открытия сайта из виртуали в браузере — порт 80. Пробрасывать можно и на другой порт хоста, например 8080, если вдруг у вас например свой девелоперский апач там уже висит). Во время установки можно сразу выбрать пакеты софта, но чтобы научиться ставить софт и управлять сервером, лучше не выбирать ничего. 

Установить всё веб-добро через yum не представляет никаких трудностей, начать можно с команды «yum help». Разве что, возможно, потребуется установка некоторых дополнительных репозиториев (epel, remi, centalt, об этом много написано и легко гуглится). В большинстве случаев хватает поиска по репозиториям (yum list php*) и установки того, что нужно через yum install, а так же запуска через «service название start». Автозапуском установленных служб можно управлять через chkconfig, например «chkconfig mysqld off». (конечно, базовые консольные команды, по управлению файлами и правами, такие как cat, cp, mv, rm, chmod, chown, ls, mkdir, find и т.д. — нужно знать, если этих знаний тоже нет лучше начать именно с них, ещё могут потребоваться знания в управлении фаерволлом iptables, но для начала его можно выключить,«service iptables stop»). 

Конфиги установленных сервисов будут лежать в большинстве случаев в директории /etc/названиесофта. Конфигурирование каждого становленного пакета может оказаться уже не столь тривиальной задачей, у каждого будут свои нюансы, и потребуется поискать соответствующую информацию от комментариев в конфиге до тематических форумов. Модули для php ставятся через «yum php-pecl-название nistall» или через pecl (см «pecl help»). Соответственно, для pear — «pear help».

Это базовая информация, которой мне в своё время очень не хватало для облегчения «старта». Надеюсь, она вам пригодится.