Как обработать большое количество данных за минуту?
Никакой магии — оптимизировать запросы и улучшать железо сервера/распределять между серверами. 
Возможно, задачу можно решить с другой стороны — избежать ситуации, когда нужно каждую минуту обходить условную тысячу записей. 
Но в любом случае, нужно хоть немного подробностей. Иначе здесь будет гадание на кофейной гуще.
Переложить обработку на сервер БД, скриптом PHP только стартовать и получать результат.