Загрузочная флешка живет только один раз. Почему?
делаю с помощью dd. 
А не делайте с dd.Флешка загружается, прекрасно работает. Но только один раз. 
Вполне может быть, что её после этого восстанавливать надо: восстановить флешку.
dd - штука чрезвычайно низкоуровневая. Бэкап, снятый им, гарантированно восстановится только на то же самое устройство (или на устройство с точно такими же параметрами). Флэшки - даже одинаковой емкости - всегда чуть по параметрам отличаются. dd пофиг - он восстановил и все. А вот загрузчик может и "поправить". Если есть гуй, можно unetbootin использовать - он и под линух есть.