Как повернуть прямую на систему координат?
Вам надо арктангенс брать от отношения, а не тангенс (y2-y1) / (x2-x1).
Ожидаемый результат: чтобы заданная точками прямая лежала на одной из осей, следовательно, X или Y должен стать нулем для точек. 
Координаты первой точки: (0; 0),
второй: (1; 0). 
Теперь ваша прямая автоматически повернулась на нужный угол и лежит на оси.