Как грамотно организовать проект на Django (приложения, шаблоны, статические файлы)?
Обычно разделяю предметные области проекта на отдельные приложения. Если какая-то область слишком обширна, то в папке приложения создаю отдельные приложения для подобластей. Для каждого приложения - своя папка templates: это позволяет при большом количестве приложений не путаться в разросшейся  иерархии директорий. Кроме того, отправляю всю обособленную статику в директории static каждого приложения: иногда для работы интерфейса пишу JavaScript приложения на Marionette - всегда знаю, где искать нужную кучу скриптов.Для примера: пишем проект для дилерской сети по распространению и продаже автомобилей. Получается так:./project_name/
./project_name/settings.py
./project_name/urls.py
./project_name/static/
./project_name/static/css/...
./project_name/static/js/...
./project_name/static/imgs/...
./dealer/
./dealer/admin.py
./dealer/models.py
./dealer/views.py
./dealer/urls.py
./dealer/templates/
./dealer/templates/dealer/
./dealer/templates/dealer/list.html
./vehicles/
./vehicles/admin.py
./vehicles/models.py
./vehicles/logistics/
./vehicles/logistics/models.py
./vehicles/logistics/admin.py
./vehicles/logistics/views.py
./vehicles/logistics/urls.py
./vehicles/logistics/templates/
./vehicles/logistics/templates/logistics/tracking.html
./vehicles/logistics/static/
./vehicles/logistics/static/js/app/tracking/
./vehicles/logistics/static/js/app/tracking/main.js
./vehicles/logistics/static/js/app/tracking/app.js
./vehicles/logistics/static/js/app/tracking/...
./vehicles/sales/
./vehicles/sales/models.py
./vehicles/sales/admin.py
./vehicles/sales/views.py
./vehicles/sales/urls.py
./vehicles/sales/templates/
./vehicles/sales/templates/sales/invoices.html
./vehicles/sales/static/
./vehicles/sales/static/js/app/invoices/
./vehicles/sales/static/js/app/invoices/main.js
./vehicles/sales/static/js/app/invoices/app.js
./vehicles/sales/static/js/app/invoices/...
./static/
./media/
./templates/
./templates/base.html
./templates/...
Далее по аналогии. Если нужна какая-то мелочь - отправляем ее в соответствующее "корневое" приложение; если мелочь становится более серьезным куском функционала в рамках той же предметной области - создаем ей отдельное приложение внутри уже существующего. Все, что выходит за рамки предметной области - новое "корневое" приложение.
Есть замечательная книга "Two Scoops of Django 1.8" (best practices), легко гуглится. Книга не переведена на русский, но читается легко. В ней описаны практические решения выше обозначенных вопросов по организации проекта и много чего еще интересного и правильного.
А вообще, Django позволяет переорганизовать проект по удобной разработчику схеме и делается это достаточно просто.
Обычно я делаю вместо папки главного проекта - папку config (с файлом settings.py), так же идет общая папка с шаблонами (которые разбиты по приложениям), а логические части проекта разбиваю на приложениям.
Выглядит все примерно так:./manage.py
./config/
./config/settings.py
./config/ursl.py
./templates/blog/
./templates/blog/base.html
./templates/blog/about.html
./templates/accounts/
./templates/accounts/login.html
./templates/accounts/registration.html
./acccounts/
./acccounts/urls.py
./acccounts/...
./blog/
./blog/urls.py
./blog/...
Но есть у меня проект, где только папка config, а все остальное - динамически создаваемый контент.