Импорт дампа бд?
Если в базах есть внутренние связи, например, в одной таблице есть поле`users`.`id`, а в другой `comments`.`user_id`, то так просто перенумеровать не получится.
Я бы делал примерно так:
Для начала развернуть одну из баз, найти все такие связи, сделать их FOREIGN KEY с ON UPDATE CASCADE.
Затем в каждой из таблиц изменить id'ы так, чтобы они начинались со значений, больших, чем последний id в другой базе. Связи при этом должны измениться автоматически.
После этого надо проверить на наличие и конфликт UNIQUE KEY.
Потом отредактировать второй дамп, оставив от него только INSERT'ы и импортировать его.
Напоследок сделать ALTER TABLE, задав новые значения для AUTO_INCREMENT.
IBExpert умеет такое делать - выливаете дампы в две базы, потом у него есть diff по таблицам.

Теперь вам остается только найти версию, которая будет поддерживать MySQL