Как правильно организовать изменений 50-100 строк в mysql?
Делать 50-100 запросов циклом?
Вот этого категорически делать не нужно. Изменения должны происходит в рамках одного запроса update, просто сформируйте массив из ID выбранных товаров и проставляйте его в условии where, используя оператор IN, например:UPDATE table_items
    SET option = true
    WHERE id in (11, 45, 81);
Если для всех надо сделать что-то одинаковое - т.е. для всех значение одного поля поставить одинаковым - то update с where id in ....
иначе - для каждого изменения отдельный запрос;
Если драйвер бд позволяет можно сделать несколько запросов одновременно:
mysql.query('UPDATE ... WHERE ID = 1; UPDATE ... WHERE ID = 2;....'. ....)