Ubuntu, как быть уверенным что с системой все в порядке?
Насчёт удаления есть нюансы:
 — обычное удаление (apt-get remove) удаляет файлы приложения, но не удаляет настройки (по аналогии с windows — не чистит за собой реестр, да и program files не всегда полностью, какой-нибудь settings.dat останется), то есть установив приложение в следующий раз получите те же настройки, что и были
 — полное удаление (apt-get purge) удаляет всё, и программу, и настройки
 — автоматическая очистка (apt-get autoremove) — удаляет больше не нужные пакеты (те, что были вытащены по зависимостям для других, уже удаленных, пакетов и больше системой не используются)
Проверка целостности зависимостей apt-get check — может помочь в случае если при установке/удалении возникли фатальные ошибки
Менеджер пакетов Synaptic тоже как-то поддерживает эти команды

Проверить рендеринг (может драйвера не встали) можно командой «glxinfo» («glxinfo | grep render» — пропустить кучу технической инфы) — должны быть строка «direct rendering: Yes» и строка как-то связанная с видеочипом, оценить скорость по «glxgears»

P.S. Я вот в Windows не знал куда что-пишется при установке/запуске приложений, приходилось ставить проги типа Ashampoo Uninstaller и/или FileMon/RegMon, такие неожиданные места временами попадались, что у «наколенных» шаровар, что у «тру» программ от MS
1 Вообще не заворачивайтесь, система почистит ненужное при плановом переходе на новый дистр.

по поводу графики, может быть так, что видюшка очень простая, а вы там нереальные настройки выставили, всему есть предел.
мне например GMA 950 и могу гостей удивидить шалостями интерфейса.
Хотя в контер играть на этом чипе даже в венде некомфотно :)