Как лучше хранить базу данных?
По хорошему стоит использовать миграции. Конкретику вы не указали, так что придется вам погуглить типа "postrgresql миграции" или какая там у вас база.
.mdf файл = MS SQLВозможности поднять личный сервер, на котором бы она лежала, нет.Microsoft Azure.