Загрузка двух нативных библиотек через JNI под линуксом?
Ну ведь нативному линкеру нужно знать, откуда взять либу, так? JVM тут вообще не при делах, модифицируйте LD_LIBRARY_PATH ;)
Это понятно, вопрос в том, почему под виндой нативный линкер не пытается ее взять вовсе (так как она загружена уже в память процесса JVM), а под юниксом пытается :)

Судя по коду в ClassLoader.java, на по крайней мере на уровне java код JDK и под виндой и под линуксом ссылки на кешированные библиотеки (private static Stack nativeLibraryContext = new Stack();) хранятся в любом случае одинаково.