Есть альтернативы БЭМ?
Странное ощущение, что это троловопрос. Тем не менее.
Вы же понимаете, что методология БЭМ именования классов касается лишь постольку поскольку? Никто из тех, кто пользуется БЭМ в жизни не пишет все эти названия классов вручную, код на выходе может быть тяжеловесным, но та его часть, с которой работает разработчик - лаконичная и адекватная. Хотя, конечно, это зависит от вашего навыка проектирования и разработки. В самом Яндексе, уверяю, далеко не всегда код симпатичный и удобный.
Если вы собрались переводить ваш сайт с одного подхода на другой, вы так или иначе встанете перед дилеммой: переписывать все или переписывать не все. Другой вопрос, что двойственный подход может стоить вам куда больше полной переписки.
Исключительно в ваших силах не превращать все в выгребную кучу. Я, например, пользуюсь совершенно тривиальным подходом в верстке, который на достаточно серьезных проектах так и не скатился в тартарары.
1. Побольше частичных представлений данных. Конечно, не на каждый чих, но на каждую более-менее абстрактную часть модели.
2. На каждое частичное представление - свой css-файл.
3. Каждый элемент взаимодействия с пользователем - свой js-компонент.
Обычный todo-mvc превращается с таким подходом вот в такую структуру:
todo/
  todo.view
  todo.css
  todo.js
  todo_test.js
  todoitem/
    todoitem.partial
    todoitem.css
    todoitem.js
    todoitem_test.js
Каждое представление состоит из маленького куска верстки, редко больше 50 строк. Каждый css- и js-файл - аналогично. Последний проект, который я делал по такой схеме пережил два года, примерно 10000 коммитов верстки, представлял собой мастер оплаты, веб-приложение и три админки к нему, и до сих пор адекватно функционирует и изменяется.
Есть ли альтернативы?
Если дело касается CSS, то например operatino.github.io/MCSS или https://smacss.com/
Потом, никто вас не заставляет писать всё по БЭМ'у, испольуя все инструменты, которые предлагает Яндекс. 
Вы можете определить для себя свои требования, и им следовать, использую при этом какие-то моменты из БЭМ'а, которые вам нравятся.