Структура репозиториев для быстрой доставки на боевые машины?
appX в отдельных репаках.
common_files тоже в отдельном и подвязывать к остальным при помощи submodule/subtree.
Добавить common_files и app1 как субмодуль в ваши приложения.
Также никто вам не запрещает собирать ваш проект гитом уже на сервере с разных реп
git pull
git pull
git pull
.....