Запретить закачку файлов определенного типа?
Это не техническая проблема, а административная. Надо создать условия доказуемости проеступления (факта заливки запрещенного контента) и предусмотреть соответствующее наказание. Например, приделать (написать/найти готовый) логгер закачек, который отслеживает кто и когда заливал файл. При обнаружении нарушения виновника публично наказать внешним носителем анально увольнением, чувствительным денежным штрафом.
Если действовать только техническими средствами, то противная сторона всегда будет искать способы обойти запреты. Тем более, что наказания не предусматривается.
Каспер на конференции рассказывал, что у него есть модуль для работы с флешками, думаю в нем можно все настроить.