Как правильно сверстать внутренние блоки секции поверх блока с фильтром ??
ммм...рассылка от хтмлакадемии)  
Лично я просто картинку сразу такую сделал и поставил.
Как вариант сделать оверлей с полупрозрачным градиентом псевдоэлементом, вместо фильтра. Типа как тут:
https://codepen.io/alexcarpenter/pen/LveDx