C# требуется совет. Реализация функционала обмена с сервером?
напишите свой протокол обмена с сервером. Не скрипт. 
Десириализуйте пакеты и выпоняйте команды которые в них.
В общем случае: Process.Start
Если нужна компиляция, можно смотреть в сторону CSharpCodeProvider