Как запустить одну программу дважды?
Купить ту версию программы, которая это позволяет. 
Вопрос явно о способах обхода ограничений дешёвых редакций программы (там ограничения на количество серверов, на количество видеокамер и т.д.).
можно только гадать, и если песочница не помогла, значит у тебя проблемы, пользуйся виртуальными машинами.

Скопировать в разные каталоги (можно делать символические ссылки на файлы программы но сам запускаемый файл нет) и запускать под разными пользователями. Когда то давно давно это работало даже с компьютерными играми с античит (запускал на одной машине несколько рабочих мест aster)

Само собой это может не сработать, способов контролировать наличие запущенной программы много

p.s. например  по наличию процесса с нужным именем, соответственно .exe файл можно предварительно переименовать