Чего не хватает в eclipse?
Не хватает в quick fix для этого случая:



варианта «Добавить все суперконструкторы».
2. Есть Eclipse Regexp (возможно и ещё какие-то)
3. String manipulations это похоже на плагин AnyEdit
4. Группировка брейкпоинтов существует, это специальные working sets. 
Хотя у меня никогда их не было так много, чтобы пришлось их искуственно групировать. Там ещё есть группировка по типу, файлу, проекту и т.п.
5. Eclipse Explorer, кажется были и ещё такие же похожие