Как подключить header.php в 1С Битрикс на внутренних страницах?
У Вас в этом куске кода шаблона<link rel="stylesheet" href="bitrix/templates/eshop_bootstrap_yellow/tab.css" type="text/css" media="screen" />
<link rel="stylesheet" href="bitrix/templates/eshop_bootstrap_yellow/css/style.css" type="text/css" media="screen" />
<link rel="stylesheet" href="bitrix/templates/eshop_bootstrap_yellow/accordionmenu.css" type="text/css" media="screen" />
указаны относительные пути.
Замените "bitrix/templates/eshop_bootstrap_yellow" на SITE_TEMPLATE_PATH.
ну для начала, нужно разобраться, почему пути до стилевых файлов не найдены.