Django — иерархическая структура данных в бд?
реализовывать иерархические структуры данных ( совсем не понял и в гугле не нашел ) 
А что тут искать - достаточно прочитать словарь русского языка, если уж термин непонятен - и включить голову - "у каждого сотрудника есть один начальник". ForeignKey модели на саму себя - и вперед...

Как заполнить базу данных на 50 000 сотрудников
И в чем сложности, сделать один цикл и создать 50000 рандомных сотрудников? Можно немного погуглить и найти готовые библиотеки - тот же faker

api передавать иерархию сотрудников
На вывод - можно деревом отдать. На ввод - просто указать айдишник начальника в соответствующем поле...

это вообще тестовое задание на джуна без опыта
Да - с этим вполне должен справляться джун без опыта.
Если такие задания вводят в ступор - то пока рановато в программисты...
Раз у тебя возникают проблемы с таким тестовым заданием, то на работу тебе ещё рано.
В целом - гугли любое непонятное слово. Если не находишь "иерархические данные в Django", то попробую чуть более абстрактно. Например узнай, что вообще такое "иерархия".

В данном случае иерархия - это когда у сотрудника есть начальник, который тоже является другим сотрудником, у которого есть свой начальник и так далее, пока не найдётся главный начальник всех начальников.
И вот 5 уровней иерархии - это когда есть начальник(1) начальника(2) начальника(3) начальника(4) сотрудника(5).
В реляционных базах данных такую структуру можно получить при помощи всего одного опционального FK который указывает на собственную же таблицу.

Как заполнить базу - ну напиши ещё одну программу, которая сгенерирует 50000 записей с нужными условиями.

но как потом в api передавать иерархию сотрудников
Как будет удобнее - так и передавай, если в задании не указано, как именно нужно передавать.
Например можешь передавать как список сотрудников и список связей.
Можешь просто вернуть дерево (словарь)
Можешь вернуть список сотрудников, у каждого из которых будет атрибут с id его начальника.
И так далее.

И если вы знаток, то подскажите, это вообще тестовое задание на джуна без опыта (так указано в вакансии) или нет?
Да, вполне похоже на джуна.
По крайней мере студент, который не прогуливал пары должен обладать всеми необходимыми знаниями.
Выполнить его можно за вечер или два.