Как определить какие скрипты нагружают сервер?
График ISP полная бубуйня. Показывает дичь полнейшую.
Смотреть нужно непосредственно в (h)top на сервере.
А так же munin.
Искать откуда нагрузка: https://blackfire.io
OpenCart не очень оптимизированная вещь.
А модули под него еще хуже порой.Смотреть/включить php slowlog.Найти долгие страницы на сайте.Снять дампы xdebug/blackfire.Изучить.Поправить...Профит

А вот и график нагрузки постоянно прыгает хотя посещаемость небольшая.