Как решить проблемы с синхронизацией распределенных баз 1С (УРИБ)?
Этот вопрос лучше задать на http://www.forum.mista.ru, на хабре как то не очень принято писать статьи и отвечать на вопросы по 1С.

Вот пример:
http://habrahabr.ru/post/83903/, или вот это
http://habrahabr.ru/qa/21005/
Физически обмен как реализован?
С семеркой незнаком, но в восьмерке я бы сразу грешил на механизм синхронизации или битые пакеты.
т.е. если синхронзируем по ОЛЕ, то смотрим что с кодом для синхорнизации, если фтп то проверяем пакеты на валидность…
внимательно читаем логи обмена. Там иногда бывают интересные вещи. У меня к примеру на одном сервере регулярно пропадает кудато мс-хмл…