Как организовать серверную часть магазина на 1 миллион товаров?
Ничего не понятно. Кто сказал, что не поместитесь?
Вы с мониторинга начните и статистики, а потом делайте выводы по ситуации.
А то пальцем в небо Понятно что на 1 сервере уже не поместимся...
Оперативки x2 добавьте и все.  Остальное судя по-всему - сделано более-менее нормально.