Как редактировать код в нескольких файлах сразу?
Сделать из этого script.php модуль-библиотеку. По всем канонам. 
Отдельная репа, остальные проекты только подключают модуль, и т.д.
в notepad++ пакетное редактирование выполняется не столь варварски