Как автоматически улучшать стиль CSS перед коммитом?
У меня в проектах это так сделано:"husky": {
        "hooks": {
            "pre-commit": "lint-staged"
        }
    },
    "lint-staged": {
        "!(_*).scss": [
            "csscomb --tty-mode",
            "stylelint --fix --color --config ./.stylelintrc",
            "git add"
        ],
        "*.js": [
            "eslint --fix --color",
            "prettier --write",
            "git add"
        ]
    },
И все отлично работает. Файлы с префиксом _, например _filename.scss, csscomb пропускает.
P.S. можно по-порядку указать, какие инструменты использовать перед коммитом, т.к. это просто cli-интерфейс, как будто командная строка.
Prettier не умеет расставлять порядок свойств. Это вообще очень простой инструмент, который заботится только о базовом форматировании. 
То, что вам нужно, реализуется средствами stylelint и его плагина stylelint-order. Вот очень толковая статья, после прочтения которой вопросов не должно остаться.