Исчезает класс в ActiveForm?
Если Вы взгляните на исходники класса ActiveField (который собственно и используется при вызове метода $form->field()) то увидите что в свойстве html-опций по умолчанию прописано public $options = ['class' => 'form-group'];
соответственно когда Вы делаете вызов метода field() в стиле $form->field($model->main, 'alias', ['options' => ['style' => 'display:none']])
html-опции прописанные по умолчанию заменяются переданными Вами значения.
Решить эту проблему можно двумя вариантами:
1. В необходимых полях принудительно задать css-класс, например$form->field($model->main, 'alias', ['options' => ['class' => 'form-group', 'style' => 'display:none']])
2. Для все полей формы принудительно задать css-класс , например:$form = ActiveForm::begin([
    'fieldConfig' => [
	    'options'=>[
		    'class' => 'form-group'
        ]
    ]
]);
<?= $form->field($model->main, 'alias'])->textInput(['maxlength' => true, 'style' => 'display:none']) ?>
Так попробуйте