Фреймворки для WordPress: Beans — Roots — Gantry, какой лучше?
 Bootstrap, но он вроде как не особо дружит с WordPress
что вы такое говорите вообще? это просто ксс фреймоворк дружить он может с чем угодно даже с вп.
Для чего вам фрейворк для темы? Что бы разработчик после вас сидел и изучал очередной код? Почму нельзя взять стартовую тему типа _s прикрутить бутстрап и весело, быстро и мелодично выполнить свою задачу?
Помимо того что вы сами потратите тонну времени на изучение "фреймворка" темы, вы еще и усложните жизнь разработчика после вас.
Старайтесь следовать WordPress Codex, тогда не будет проблем ни у вас с разработкой ни у того кто будет дорабатывать
фреймворк для чего?
не бывает фреймворка для всего. это только в РФ 99% программистов думают что надо взять крутой фреймворк и будет счастье. не бывает крутых. 
надо понимать что за задачи? в чем проблематика? и потом искать под них фреймворки.
если говорить о WP то он сам фреймворк. пока у вас опилки из головы не вылетят вам все другие фреймворки противопоказаны.