Как вызывать команду git с любой папки?
прописать путь в PATH.
blog.countableset.ch/2012/06/07/adding-git-to-wind...
Если я правильно понял вопрос, то можно вызвать элементарно. Правой кнопкой мыши в папка в которой лежит весь проект или над той частью которой вы работаете, выбираете Git Bash, открывается консоль и в ней вбиваете команду git init.