Как получить вывод из консоли js в код на питоне?
Для этого нужно понимать, что js исполняется в совершенно другой среде — в браузере, который ничего не знает о питоне (а питон ничего не знает о браузере). Единственный способ коммуникации между этими средами — сетевой протокол, для вашей задачи отлично подойдёт ajax-запрос по http.
после/вместо вывода в консоль, отправляйте ваши данные на сервер в виде POST запроса с содержимом в формате JSON
var xhr = new XMLHttpRequest();
var json = JSON.stringify(document.querySelector("#output"));   //здесь вставляем и отправляем Ваши данные
xhr.open("POST", '/', true)
xhr.setRequestHeader('Content-type', 'application/json; charset=utf-8');
// Отсылаем объект в формате JSON и с Content-Type application/json
xhr.send(json);
на стороне сервера делайте получение данных из запроса и обрабатывайте как вам угодно
@app.route('/')
def index():
    if request.method == 'POST':
        data = request.json  #получаете свои данные в формате строки и обрабатываете