Странные боты с включенным javascript
Интересная тема.

Может быть, какие-то показатели накручивают, например, переходы из поисковиков? Может, в этих ИЕ установлены тулбары и накручивают цифры в них? Может, проверяют ваш сайт на нагрузку? 

Поймать бота можно попробовать сделав невидимую (через CSS) ссылку за краем экрана. Человек по ней не кликнет, а бот, перебирающий HTML-код или анализирующий дерево DOM, попадется. Можно попробовать слушать событие mousemove — живой человек двигает мышкой, в отличие от бота.

Также, может стоит померять расположение окна на экране у этих ботов? (наример, как описано тут: stackoverflow.com/a/504097 ). Ведь если это реальный ИЕ, управляемый вирусом, то скорее всего окно задвинуто за край экрана, чтобы не мешать пользователю.
Они много чего могут делать. Скажем парсить вас, если без js не вариант или слишком мутарно, или могут скажем рекламу скликивать контестную.