Как восстановить права на папку /usr?
sudo сhown -R root:root /usr
sudo chmod 755 /usr
При вызове chown вы поменяли не только права доступа - rwx.
Самое неприятное в данной ситуации это то, что при смене владельца были удалены специальные биты (setuid,  setgid).
Цитата из info файла info '(coreutils) chown invocation'The ‘chown’ command sometimes clears the set-user-ID or set-group-ID
permission bits.  This behavior depends on the policy and functionality
of the underlying ‘chown’ system call, which may make system-dependent
file mode modifications outside the control of the ‘chown’ command.  For
example, the ‘chown’ command might not affect those bits when invoked by
a user with appropriate privileges, or when the bits signify some
function other than executable permission (e.g., mandatory locking).
When in doubt, check the underlying system behavior.
Например, setuid бит выставлен для команд sudo и passwd, что позволяет выполнять даные команды в с привилегиями владельца файла (в данном случае root), а не с привилегиями пользователя, который запускает команду (https://en.wikipedia.org/wiki/Setuid).
Также важно, что специальные биты не восстанавливаются при повторном выполнении chown -R root:root /usr
Возможное решение:Если у вас есть аналогичный сервер, то можно сделать бэкап прав доступа на нем и восстановить их на вашем сервере - https://www.linux.com/learn/how-easily-back-and-re...Переставить систему