Sublime Text 3 сразу в ftp?
в настройках FileZilla в разделе "ассоциации" можно прописать чем открывать тот или иной файл для правки. ну и так и открываешь файл прям с сервера. а при сохранении он автоматом его заливает обратно.
Удобнее поднять самбу на веб-сервере, расшарить папку с /www/html и в саблайме прямо открывать оттуда файлы. Тогда не нужно будет открывать их в файлзилле и никаких вопросов о том, чтобы перезаписать файл не будет.
Или можно использовать такой удобный плагин https://packagecontrol.io/packages/SFTP