Как правильно организовать работу склада?
Хотелось бы автоматизировать весь процесс (допустим как в экзисте/емех)Есть очень простой базовый принцип - Если автоматизировать бардак, получиться автоматизированный бардак.
В вашем случае надо начать с правильной организации работы, а не с автоматизации.
Можете почитать литературу, или посмотреть как это сделано на других аналогичных предприятиях.
После чего разработать четкие инструкции - как маркировать, как вести учет, кто будет отвечать.
Кто будет устанавливать цены и делать переоценку, разобраться со стратегией списания - фифо, лифо.
Подумать какое оборудование нужно - сканеры штрихкода, принтеры штрихкода, купить , настроить обучить персонал.И делать это должно руководство
В смысле инициатива должна исходить именно от руководства, и под их контролем.
Если руководству это нужно - оно это сделает.
Если не нужно - вы ничего не сделаете.
Просто никто ничего не будет маркировать и будет продавать без всяких штрихкодов, потому что так удобнее.
Без учета можно без проблем себе на авто запчастями затариваться, а будет учет - уже не прокатит.
Соглашусь в предыдущим оратором. 
Раньше во времена светлого коммунизма на недостачу была ответственность вплоть до уголовной. А учет вели в гроссбухах (большие тетрадки).
Вот и думайте какими методами налаживать учет.