Как учить стандартные библиотеки?
Также например модули sys, os. Там много непонятых для меня методов. 
Прежде, чем браться за программирование, надо стать уверенным пользователем ПК. Вы, видимо, забежали вперёд.

как работают сети их протоколы и т.д.
Это надо изучать. Программист, не понимающий окружения, в котором работают его программы - не программист вовсе.

Вообще непонятно что такое и для чего нужно itertools, functools, typing и т.д.
Понять некоторые части стандартной библиотеки можно только набив шишек на тех проблемах, которые они должны решать, а это приходит только с опытом.
Изучайте как работают операционные системы: процессы, треды, права пользователя, файлы и файловые дескрипторы, стандартные потоки, перенаправления, пайпы, сокеты.
Тогда и поймете зачем те или иные функции есть в стандартных библиотеках языков программирования. Дело тут не в Python.