Почему у меня постоянно кончается место на дисках C и D?
Стратегия очень простая: купить диски достаточного объема.
Рендер где происходит? На системном диске? Ну тогда не удивительно что место кончается. 
Почему место на Д заканчивается? Что Вы туда напихиваете?
С чего это usb 3.0 стал медленным? Для рендера
С чего это hdd стал медленным? Для рендера

Логика для Вас. Проект полностью кладется на диск С, монтируется, рендерится, копируется на диск Д или usb. После удаляется полностью с диска С.