Как лучше всего управлять консольным приложением?
Смотря, что этот скрипт делает. Если он не отключается от консоли и работает только под активным пользователем, можно прямо в консоль команды вводить. Если это сетевой демон, можно отправлять команды через админский порт или unix-сокет, если скрипт работат под nix'ами. Если это web-сервис, то разумно добавить к нему админский web-интерфейс или админские rest-эндпоинты. Если он работает с брокерами очередей, то можно отправлять команды через специальную очередь. И т.д. и т.п.
Классический метод - перечитывать конфигурацию при получении сигнала HUP.