Как бэкендеру взаимодействовать с фронтером?
1. Git https://git-scm.com/
2. Если это возможно, не разделяйте верстку и проект. Например, я участвую в проекте на Django. Мне можно делать всё что хочу с папкой templates, где лежат все шаблоны сайта и с папкой frontend, где лежат исходники фронтенда. Никаких проблем освоить шаблонизатор Django для меня не было, в случае чего - обращаюсь с вопросом в бэкэндеру. Проект каждый у себя локально запускаем с помощью Vagrant + есть тестовый сервер.
Новые страницы он создаёт пустыми, я наполняю статичной версткой, он прикручивает туда вывод реальных данных, дальше правим эти шаблоны в зависимости от задачи - что-то я, что-то он.
Если у вас Bitrix - сочувствую :(
Во-первых, я на win, фронтер на mac
а сервер на linux и что?Во-вторых, фронтер что-то там верстает, шлет мне, я переделываю его html'ки для вывода каких-то данных, списков и т.д.. А дальше я заливаю на тестовый сервер для предпросмотра получившегося менеджерами. 
Но фронтеру приходится вносить правки (разумеется) и мне он шлет снова эти html и мне снова приходится ковырять их и прописывать тот же код в них по новой. 
github или gitlab Вам в помощьи мне снова приходится ковырять их и прописывать тот же код в них по новой
1. нормальные IDE могут сравнивать файлы между собой или даже с содержимым буфера обмена. 
2. если без git то видимо после вставки php в присылаемый шаблон, Вы ему (верстальщику) шлете обратно уже результат Вашей работы, что бы он вносил правки уже туда.