Как повысить квалификацию php-программисту?
Сделаны даже не по MVC.
Могу открыть страшную тайну - большинство людей так делают, даже если называют это MVC.думая только о логике приложения, а не вспоминая какие именно функции мне нужны.
Ну так IDE за тем и нужны. Что бы не вспоминать какой порядок аргументов у той или иной функции, автокомплиты всякие и т.д. Даже люди, которые пользуются VIM и т.д. ставят себе сервера автокомплита и пользуются всем этим не потому что PhpStorm развращает, а потому что для них PhpStorm уже жмет (слишком умный, делает слишком много и от того медленно).
Уверенные знания заключаются в понимании того, что вы делаете. Заучивать API глупо, сегодня оно одно - завра другое. Вам нужно только помнить что что-то такое есть и уметь составлять поисковые запросы. То чем вы пользуетесь каждый день и так в памяти отложится.
Для повышения квалификации (т.е., как я это понимаю, уровня компетентности в технологии) можете поготовиться к  сертификации Zend Certified Engineer. В процессе узнаете много нюансов языка, которых вы не знали, и упорядочите (систематизируете) уже имеющиеся знания в голове. Плюс, небольшой бонус в виде, собственно, сертификата, если решите сдать.