Какие есть методы для защиты PHP скриптов от копирования?
Обфускация не сильно поможет, всегда есть деобфускация, из которой можно что-либо вытащить. У вас есть два варианта:
1) Запускаете скрипт у себя на сервере, и продаёте возможность использовать API своего сервера
2) Компилируете скрипт, чтобы он был цельным модулем. (Но это намного сложнее, и будут проблемы с заказчиками)
Все ответы выше верны.
И еще, из личного опыта. Делая что-то такое с кодом, ты сильно портишь себе карму. А то и вовсе навлекаешь на себя проклятия от тех кому придется суппортить этот твой код.