Как защититься от несанкционированных действий Skype?
Для начала попробуйте запустить Process Monitor и посмотреть, что именно он пишет/читает.
Не могу ничего сказать про виндовс. Не работаю с этой ос, а для линуксоидов могу посоветовать вот это чтиво о Skype.
В двух словах: некому не известно что делает скайп в системе, потому что был специально скомпилирован с защитой от декомпиляции.
Также как и драйверы nvidia например, скайп загружается в ядро в виде binary blob. Грубо говоря, что он там делает узнать очень сложно.

Самое лучшее решение, как правильно сказал turboNOMAD, это не пользоваться скайпом. 
Но усли уж приходится, то можно уменьшить негативное влияние — запускать от пользователя, который имеет минимум привилегий. Групп «skype, audio, video» будет достаточно для полноценной работы. У меня именно так и работает. Виртуальная машина не нужна.