Какие инструменты вы используете при отладке сохранения/загрузки файлов собственного формата?
А что вынуждает использовать сложные собственные бинарные форматы? Есть protobuf, обеспечивающий возможность кроссплатформенного чтения полученныз записей и возможность добавления новых полей без потери бинарной совместимости. Еще есть bson.
Или нужна сверхэффективность и возможность загрузить данные как есть в память, скастить указатель и пользоваться уже загруженным классом?
Может быть, просто тесты писать — написать развесистый пример со всеми возможными вариантами и тестовый код, чтобы посмотреть, как читается? Из инструментов на Питоне, например, есть такой construct, декларативный парсер для бинарных форматов, мне кажется, с ним тестировать должно быть удобно (хотя и с обычным struct можно легко написать специализированные тесты).

В целом же я присоединяюсь к предыдущему оратору — почему не использовать стандартный сериализатор?