Astra Linux лицензия?
Ничего не делать. Потому что Смоленск - Special Edition cо всяческими сертификатами. Устанавливаешь несертифицированное обновление - и все, сертификация накрылась. Вместе с тобой. 

Трогать Special Edition крайне не рекомендуется - обновление только со штатных серверов.

И забудь уже про бубунту и прочие дистрибы, отсутствующие в списке минсвязи - вся дальнейшая работа будет строиться исключительно на них.

Да, и вручную не стоит ничего собирать - система должна быть ровно в том состоянии, в каком ее поставили (не считая обновлений, которые сделаны со штатных серверов)
Не трогать, если не понимаете что за информация там циркулирует и почему там стоит именно Астра. Как минимум найти контракт по которому она ставилась и почитать условия техподдержки и кто ее в вашем случае оказывает.