Как обеспечить прозрачный доступ к зашифрованным файлам без их полного расшифрования?
На данный момент я использую такой поход:
1. При подключении контейнера полностью расшифровываю все файлы в обычную папку.
2. Монтирую папку как диск.
3. Наблюдаю за событиями в папке с расшифрованными файлами используя WatchService.
 4. Например, при добавление нового файла зашифровываю его и сохраняю в контейнер.
5. После отключения контейнера удаляю все расшифрованные файлы и отключаю папку.
Вы хотите сказать, что при аварийном завершении программы папка с расшифрованными файлами останется на диске? И пытаетесь то же самое повернуть через сетевой диск? Мне кажется, что нужно искать другой подход.
Всё уже описано верно в ответе Максим Кузнецов 
Добавлю только ссылку на мой более ранний ответ : Какую программу использовать для защиты данных на USB-флешке «на лету»? - уверен, что без прав администратора реализовать то, что Вы хотите нативными программами нельзя. Решений собственно 2 : либо подключение на уровне драйвера устройства (что требует прав администратора на ПК) либо аппаратное решение как описано в ссылке.