Насколько важна библиотека app.js (конфликтует с другой библиотекой от Bootstrap) в Laravel?
Так-то в app.js из коробки как раз и стоит bootstrap полностью работающий, если вы сверху подключили еще один, то понятное дело что всё сломается.
В app.js это не библиотека, а ваше собранное приложение т.е. весь фронт.
Из коробки там сразу стоит vue, bootstrap и еще по мелочи всякие настройки. Опционально вообще меняется на react с помощью одной команды artisan.
а вдруг потом понадобится
Не скоро понадобится. К этому времени вам уже будет известно решение.