Стоит ли использовать панель управления для VPS?
VestaCP.
Она не исключает работу из консоли, если хочется что-то довести до ума.
Если это ваш первый VPS, то панель пригодиться на начальном этапе до тех пор, пока вы не поймете как она делает свою работы. А когда поймете, то сможете делать руками все тоже (и гораздо больше) быстрее и под полным вашим контролем. Панель потом станет мешать как костыль здоровому человеку.
С точки зрения безопасности панель часто оказывается самым слабым звеном в цепи. Несмотря на то, что SSH брутфорс случается не то, что время от времени, а практически постоянно, но вероятность взломать реальный рандомный сервер через брут SSH очень низкая. А вот большинство успешных взломов в реальном мире осуществляется именно через веб-панели. Поэтому, как только на вашем сервере заведется нечто ценное для потенциальных атакующих, лучше отключить все панели и сменить пароли на все службы (SQL и.т.д.).
По поводу конкретных рекомендаций: Это субъективно, но я раньше ставил WebMin на сервера с PHP, и Ajenti на сервера с Python (очень дешевые VPSки с 128Mb, просто не остается памяти под два, одновременно работающих разных интерпретатора).