Как найти конфиг, который использует iptables?
Выведите список через iptables -L
и удалите старое, добавьте новое
Если я не ошибаюсь, конфиг можно сохранить куда угодно.
или сделайте, как здесь:In CentOS you have the file /etc/sysconfig/iptables 
если его там нет, вы можете его создать, используя  iptables-save, чтобы записать текущие правила в файл
iptables-save > /etc/sysconfig/iptables
чтобы загрузить файл, Вам не нужно перезагружать сервер, просто используйте iptables-restore
iptables-restore < /etc/sysconfig/iptablesvia
iptables -S выведет список правил
=========
/etc/sysconfig/iptables-config
Не тот файл вы открываете.
mcedit /etc/sysconfig/iptables
меняете правило и 
/etc/init.d/iptables restart