Как в linux создать свой command? например пишу helper + tab показывает команды, и эти команды выполняют bash команды?
Можно изучить основы баша и писать свои скрипты с командами и опциями.

Можно пользоваться алиасами.
Напишите :
alias docker_stop_all="docker stop $(docker ps -a -q)"

И когда нужно, пиши
docker_stop_all

При этом даже автодополнение будет работать.
Можно сохранить этот алиас в .profile или .bashrc в вашем домашнем каталоге, тогда будет доступно сразу как залогинился на сервер.
используйте более продвинутые шелы, которые умеют в автодополнение: например, zsh. 
только боюсь (судя по вопросу), что их конфигурирование вы осилить не сможете. 

пилите и используйте алиасы для частых команд.
google -> bash alias