Что нельзя сделать с помощью CSS3 и HTML5?
JavaScript используют для функционала и взаимодействия элементов, которое не может быть прописано через CSS селекторы, а так же более сложных программных анимаций, общения с пользователем и т.п вещей.
Еще один наиболее яркий пример - Ajax, то есть возможность общения браузера с сервером без перезагрузки страницы.
Но все же, чаще всего JS просто придает странице динамичности и делает посещение сайта приятным.
Нельзя сделать серверную логику )
Хотя для js есть Node.js , но не уверен что это заменяет стандартные средства.