Куда следует установить счетчик для самого точного результата?
Счетчики не дают точного результата. По ним смотрят динамику. Поэтому, их надо устанавливать так, чтобы это меньше всего мешало загрузке сайта, т.е. перед закрывающим body. 
Довольные пользователи значительно важнее, чем посчитанные.
лол. Это блок счётчика в сайдбаре. Это не значит, что счётчик в сайдбаре. Счётчик в яваскрипте, а яваскрипт либо под футером у закрывающего body, либо подтягивается фреймом с внешних серверов (если API счётчика - говно).
В любом случае размещение блока на работу яваскрипта никак не влияет.