Почему SSD-диск периодически беспричинно загружается в сотку?
Я бы загрузился в любой линукс, или можно было бы даже установить для тестов. И там посмотреть на поведение. Если нет такого - то дело в софте - сама винда, драйверы. Если аналогично загруженность - посмотреть для начала вывод dmesg | tail.
Или профильтровать по "disk", "interrupt". Дальше если что интересное вылезет, кто-то подскажет, я так сходу не могу. Вдогонку - iotop, htop.
Но вообще, если в обеих ОС одинаковые проблемы  - то что-то с железом, на 100%. Ну и снять диск и принести домой, дабы попробовать на заведомо исправном другом железе - я думаю, нет проблем.
Если никакое приложение не нагружает диск, в графе чтения/записи значения около нуля, а загрузка в полку, то проблема в IO. Или битый SATA-кабель, или битая память на диске, или глюки прошивки диска.