Дублируется пункт меню?
Доброе утро.
В Yii2 есть специальные виджеты, которые предназначены для вывода меню на страницах сайта.
Используйте возможности yii2 и у Вас не будет подобной проблемы.NavBarMenu
Проверьте что у Вас в $node['nodes']
и нам расскажите