Как правильно создать и хранить классы собственных исключения?
Comment/Exceptions/CommentException.php
Comment/Commands/AddComment.php
Post/Exceptions/AddPostException.php
Post/Commands/AddPost.php
-в случае если вы делите по доменам функционал
в любом случае это отдельный каталог Exceptions и отдельный класс
Обычно они создаются в соотв. с политикой неймспейсов, отдельными файлами, даже если само исключение пустое.