При установке Linux Ubuntu на Virtual Box появляется вопрос «стереть диск и установить Ubuntu», я выделил часть раздела ...?
Виртуальный жёсткий диск и сотрёт. А виртульный жёсткий диск - это обычно отдельный файл на физическом жёстком диске (чтобы подцепить к virtualbox раздел на реальном жёстком диске, нужно извратиться через консоль, случайно вы это сделать не сможете)
Когда вы создавали виртуальную машину, вы создавали еще и виртуальный жесткий диск. Т.е. скажем так, создался просто файл большого размера, который является по фактом жестким диском.
Всё, что вы делаете в виртуальной машине, распространяется только на этот файл. Так что боятся не нужно.