Повторение метода в Java?
В дополнение к ответу Rodgenk:public static void main(String[] args) throws IOException {
        BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
        String line = reader.readLine();
        while (!"exit".equals(line)) {
            double a = Integer.parseInt(line);
            double c = ((a / 87) * 100);
            double d = ((c / 100) * 13);
            double e = (c - d);
            System.out.println(c + " Оклад");
            System.out.println(d + " 13 процентов");
            System.out.println(e + " Сверка");
            reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
            line = reader.readLine();
        }
    }
Не нужно перезапускать программу, просто отправьте всю логику в бесконечный цикл. Выход из программы скажем по команде exit. Если старые числа нужно хранить внутри программы, то коллекции в помощь.