Можно ли в бесплатном периоде AWS переустановить OS?
Не слетит, он на машиночасы распространяется, а не на конкретные машины.
можете даже 2 машины запустить с разными ОС, только машино-часов будет в примерно в 2 раза меньше. Но их можно (авто)выключать, если 100% uptime не нужен. Кроме того <бесплатно> не на все виды ОС распространяется - имей ввиду.