Какие есть LiveCD/LiveDVD на основе Linux/BSD с полноценным аналогом chkdsk?
C NTFS лучше разбирается Windows.
Поддержка NTFS во FreeBSD по-моему до сих пор readonly. Поддержка NTFS в линухе - через FUSE, она конечно работает, но за полноту поддержки всех фич не поручусь. Доверять исправление оишбок ФС программе, написанной путем реверс-инжиниринга (а как еще можно получить данные о внутреннем устройстве NTFS, если они не публикуются?) я бы не стал, разве только в тестовых целях - грохнет важный бэкап и посчитает, что так и должно быть. Константин прав - Hiren's Boot CD - это вещь для админа первейшей необходимости.