Программы установленные через snap и apt одинаковые?
Сами программы может и одинаковые, хотя разница в версиях прослеживается иногда.
Что-то новее, а что-то старее там или там...
А вот принципы их установки и интеграции в систему кардинально отличаются.

Скорость отзывчивости приложений тоже разнятся.
Например, тот же Firefox из snap (по умолчанию с 22.04) медленнее отзывается и нагрузка на ОЗУ и камень выше, чем у обычного из apt или реп Mozilla...
Поэтому многие просто удаляют его snap-версию и ставят из реп.

Разрабы знают и работают над этим, на сколько я понял, а, вот, когда вылечат эти болезни детские snap, пока не известно.

Взять тоже например Telegram...
В оф. репах Canonical (Ubuntu) версия всегда старее, и даже на несколько версий, чем из .tar-болла!
Поэтому лично я, например, ставлю его именно из .tar-болла...
Да, и много чего ставлю именно так.
2, 3. Нет, это будут две версии программы, установленные в разные места. Если удалите одну - вторая останется.