Почему в Debian 500Gb HDD доступно всего 435Gb?
Раз килобайты на 1000/1024 байта вы учли, то на всякий случай начните с проверки наличия удалённых файлов: lsof | grep deleted.

Затем посмотрите tune2fs -l – это параметры файловой системы. 
В Линуксе на ext* выделяется 5% на резервирование в каждом разделе под нужды root'а. Никто, кроме него туда писать не может. Отображается в строке Reserved block count.

Изменить можно командой tune2fs -m №, где № – новое кол-во процентов (2, 3, и т.п.), но лучше понимать для чего вы это делаете. 

Ну и обычно наиболее заметный оверхед возникает из-за таблиц inode'ов. Он зависит от их количества. По умолчанию на каждые 128 МБ используется 2 МБ айнод (8192 x 256 байт каждая), т.е. примерно 1.5-1.6%, что похоже на указанные вами цифры.
Во-первых, как уже сказали, Debian показывает размер в гибибайтах, а диск у вас в гигабайтах. 500 гигабайт = 465 гибибайт.

Место расходуется на inode — по умолчанию их создаётся довольно много. Можете воспользоваться профилем (опция -T у mkfs.ext4) huge или largefile.

Кроме того, значительное количество места резервируется под иноды при ресайзе ФС. Эту опцию можно отключить и получить еще больше свободного места: -O '^resize_inode'