Как создавать индексы MySQL в Laravel?
если вам нужно иметь данные отсортированные по c_id указывайте в выборке `order by c_id`
наличие индексов само по себе не определяет порядок сортировки при выборке. вносятся данные с сортировкой по tag_id (он же primary key), а надо по c_id.
данные вносятся и хранятся безо всяких сортировок.  если вы пишете без удалений, то данные будут лежать в естественном порядке записи , если с удалениями - тут уже никто не знает что будет
Напишу только это:$table->increments('tag_id');