Как правильно использовать несколько мониторов?
Расскажу про себя (программист на php):
ОС Ubuntu 12.04.
2 монитора 24".

3 рабочих стола:
1.
Левый монитор — NetBeans на весь экран
Правый монитор — Firefox на весь экран
2.
Левый монитор — лог ошибок сервера
Правый монитор — корпоративный джаббер
3. Личный так сказать экран)))
Левый монитор — Chromium на весь экран
Правый монитор — личный джаббер, скайп, аська.

— как вы научились оптимально использовать несколько мониторов для работы,
методом проб и ошибок, сначала использовал 1 рабочий стол, потом до 4х дошел, в итоге остался на 3х — хватает на все

— какими программами пользуетесь для управления рабочими столами,
стандартными, встроенными в ОСь

— пользуетесь ли вертикальным положением,
нет, думаю мне было бы неудобно

— был ли дискомфорт и как от него избавились,
сначала было непривычно, но сейчас

— какую статью советуете прочесть начинающему пользователю.
не знаю, вообще ничего не читал, думаю проще самому дойти до удобного расположения всего и вся.

Как-то так.

P.S. Описан рабочий комп.
Иногда подключаю второй монитор, на одном работаю, а на другом включаю фильм, что б веселее было.
В Windows 7 в настройках выставляю его как дополнительный. А обычно, у меня плеер поверх всех окон и в нем фильм, а между остальными окнами просто переключаюсь…