Файловый сервер?
И вот на днях сервер стал сильно подвисать, я вот полагаю что это из-за этого. Возможно ли такое??Что стал подвисать - возможно.
Из за настройки прав - нет.И вот еще вопрос как можно организовать процесс распределения прав на каталоги для пользователей более грамотно???Чтобы ответить на этот вопрос нужно как минимум знать как у вас организовано сейчас.
Группы пользователей применяются? Расшаренная папка одна или их много? Грамотнее сделать так:
- Расшаренная папка
   -- папка 1
   -- папка 2
и выдавать права  на подпапки по группам пользователей - как минимум, быстрее и проще.
Про торможение - внимательно логи смотреть надо и действовать соответственно прочитанному.