Можно ли создать пользователя с правом устанавливать пакеты, но с доступом только в свою папку?
Настроить sudo?
https://www.google.com/search?q=sudo+certain+commands
 мог устаналивать пакеты (через composer, например),
В свою директорию любой пользователь может ставить что он хочет.

не мог бы ходить в папки других пользователей?
В чужие home directories и так нельзя зайти. Если речь про другие папки - с помощью "chmod".
Да, с помощью chroot если хотите чтобы он не мог выйти вообще за пределы своей директории.