Как использовать Telegram Bot API и MTProxy?
Telegram Bot API не имеет никакого отношения к MTProto. Оно работает по HTTP. И, соответственно, MTProto proxy к нему не применим.
Никак. Насколько мне известно, MTProxy позволяет коннектиться только к серверам Telegram.
Похожий вопрос: Как добавить MTProto Proxy в бота на C# использующего Telegram Bot API?