Как вы делаете резервное копирование на Linux Ubuntu ?
ИМХО, разделы ext2, ext3 и ext4  лучше всего бекапить родной утилитой dump - бекап адекватный размеру и файловая система восстанавливается полностью, дырявые файлы полностью сохраняют свою структуру. 
Подготовка
apt-get install dump
Место под бекап:
mkdir /var/sysdump
chattr +d /var/sysdump
Сам бекап для каждого раздела:#/bin/sh

if [ 0 -ne "`date +%w`" ]; then lvl=1; else lvl=1; fi

for p in `mount -t ext2,ext3,ext4 | sed 's!/dev/!!;s! .*!!'`; do
  dump -${lvl} -a -j5 -h0  -f /var/sysdump/`date +%Y%m%d`.${p}.${lvl}.dump /dev/${p}
done

find /var/sysdump -ctime +60 -delete
Восстановление через restore.
Установить squashfs.
askubuntu.com/questions/95392/how-to-create-a-boot...