Скрипт, выполняемый на JavaScript за секунду, на PHP за 30 секунд проходит только 20%. В чём причина?
А вам никто еще руки не оторвал за такой код? Привыкли, что за вас компиляторы думают?
Например, проверять $a != $b внутри десяти вложенных циклов - это [к сожалению, цензурных слов не нашлось].
Кстати, РНР проверяет условия по порядку, и ставить первым самое тяжелое - это [ну, скажем, саботаж...].
Получается, насколько понял, 
JavaScript работает быстрее php только в Хроме за счёт V8 (исправленный код выполняется просто мгновенно),
PHP исполняет исправленный код секунды за две.
JavaScript в Firefox выполняется секунд 12.