Интересный способ объединения JS файлов с помощью PHP
Используйте grunt и не нужно будет ничего придумывать и улучшать.
Если качественно пишете код, тогда можно так: cat file1.js file2.js | uglifyjs -c -m -o output.min.js
Главное, сохранить правильный порядок.