Как сделать древовидную структуру комментариев?
Указывайте id родительского комментария в parent_id. 
Если комментарий находится на верхнем уровне, задаёте ему parent_id = 0, если он является комментарием к комментарию с id = 257, значит - parent_id = 257.
Погуглите: рекурсия, вывод/обход дерева