Как прописать скрипт, чтобы он ждал остановки службы?
Использовать командлеты powershell. Они ждут.

The PowerShell cmdlets Stop-Service and Start-Service will wait until the services are fully stopped and started respectively.

https://superuser.com/questions/396906/is-there-a-...
добавьте задержки по вкусу 

ping 127.0.0.1 -n 5 >nul
и  проверяйте статусы возвращаемые net stop
либо ждите завершения
START /wait  net stop "CSTA Mux"