Как запретить публичный доступ к PHP-скриптам?
Не парься.
Никому твои файлы не нужны.
Рекомендации по безопасности часто пишут всякие идиоты. 
Закрыть можно, но смысла в этом очень мало. 
На твоем месте я бы озаботился осмысленной структурой файлов и папок - это было бы куда полезнее. 
"права в FTP менеджере" относятся к компьютеру, а не к его клиентам.
eсли апач сделай файл .htaccess и запищи туда deny from all