Почему после обновления до El Capitan в PhpStorm стал хуже читаться текст?
Попробуйте поставить версию с встроенной JDK 1.8, должно помочь.
с этим не связано изменение начертаний букв? :)
сам еще не обновлялся, ничего сказать не могу.
но у меня есть вебшторм и нет желания обновляться ;)