Почему налоговая потребовала книгу учета доходов и расходов?
В налоговой тоже люди работают, сходите поговорите, вам всё объяснят, не обязательно, что придется нервы тратить. Можно по телефону позвонить, там на требовании должен быть номер, а то в связи с короной просто так в налоговую не попасть.
Очевидно, хреновая бухгалтерия у вас в банке.
Распечатаете КУДИР и дальше будет видно. Просто программа выдала различие по поступлениям на Р/С и декларации.

Сами разберитесь и используйте ту же Эльбу, где всё удобно, понятно и можно контролировать.