Для каких сайтов лучше всего использовать InnoDB?
По умолчанию InnoDB. 
Когда будет сайт на 100 Гб БД, тогда есть смысл выбирать движки.
Но таких сайтов на весь мир 3-4 штуки. Дорасти до такого шансов мало.
Дорастете - у вас будет уже 10-20 своих программистов, которые решат этот вопрос на раз два.
Внешние ключи, транзакции. Если это не нужно, то можно и без InnoDB обходиться. 
А так все зависит от нагрузки и т.п.