У кого есть руководство по настройке let's encrpyt на nic.ru для чайников?
Оно не от хостера зависит - а от ПО на том сервере, что вы у хостера арендуете.
Если вкратце - LetsEncrypt это просто доп. URL на сервер, который обрабатывается особым образом.
И ПО для обслуживания этого URL. 
Вам нужно просто это ПО вкорячить к себе на веб-сервер.
А для этого хостер не важен.
Имеет значение набор ПО, что вы используете уже сейчас на своем веб-сервер.
Внезапно - по инструкции от LE. Регистратор тут совсем ни при чем. Или nic.ru у Вас хостер? Все равно ни при чем. LE - набор скриптов, которые автоматизируют задачу перевыпуска сертификатов. Читайте доки, они рулез. А руководство скорее всего придется написать самому :)