Разные maildir в одном домене, Postfix+dovecot возможно-ли?
Перенесите "тяжелые" ящики на др раздел и сделайте symlink
Можно изменить метод хранения с maildir на dbox. Dbox поддерживает "альтрнативное хранилище", т.е. позволяет хранить почту в 2-х разных разделах.