Как правильно установить бесплатный SSL от Comodo?
Для тех, кто, как и я, долго искал ответа на этот вопрос:
1) COMODO все вам прислал в ZIP файле
2) В терминале "соединяем" три файла cat COMODORSADomainValidationSecureServerCA.crt COMODORSAAddTrustCA.crt AddTrustExternalCARoot.crt  > domain.com.cer
3) В конфигурационном файле сайта в Apache вставляем SSLEngine on
SSLCertificateFile /etc/apache2/ssl/domain.com.crt
SSLCertificateKeyFile /etc/apache2/ssl/domain.com.key
SSLCACertificateFile /etc/apache2/ssl/domain.com.cer
domain.com.crt - тоже из ZIP файла
4) Перезапускаем Apache sudo service apache2 restart
5) смотрим на сайт, идем сюда https://www.sslshopper.com/ssl-checker.html вбиваем свой домен - все должно быть зеленым :)
Достаточно прочитать руководство по установке сертификата от комодо, логично что вы пропустили промежуточный сертификат центра сертификации, так как не читали руководство по установке от комодо