Существует смесь workflowy и todoist для организации процесса GTD?
Тоже одновременно пользуюсь Workflowy и Todoist. Тоже время от времени пытаюсь найти замену последнему. Тоже пока безуспешно...
Думаю, Вам стоит посмотреть moo.do. Сам недавно обнаружил, пока ковыряюсь, окончательного мнения еще не составил.  Но штука интересная и оригинальная.
offline: qtodotxt
online / offline: moo.do
То, что вы ищите это: https://gtdnext.com/
Но лично мне не понравилось... 
И да, есть проблема с GTD и вложенными проектам, вы офигеете от этой проблемы.
Я сам не знаю как с этой проблемой бороться (уровней вложенности для конкретного проекта может быть несколько десятков (разработка ПО))), GTD говорит, что вложенных проектов не должно быть, должно быть дохрена "различных проектов" на виду, но снова таки, таких проектов может быть около сотни на виду, а в некоторых случаях и более тысячи, и это вызывает чувство угнетения от работы, а не мотивирует что-либо делать.