Webstorm + ssh?
Создайте проект в пустой папке, настройте деплоймент, укажите ваш сервер как дефолтный и ткните галочку чтобы закачивал по сохранению. 
Далее у вас повяится панель Remote host — там находите файл, выбираете donwload… и редактируете.
Насколько я знаю — только так, т.е. скачивать только нужные файлы. При этом, естественно поиска по всем файлам и т.п. плюшек нет.
*Storm не умеет работать напрямую, только через деплой