Ссылочный тип данных JavaScript?
В первом случае вносятся изменения в объект arr, соответсвенно, раз в newArr хранится ссылка на объект arr, то и newArr меняется. Во втором переменной arr просто присваивается новое значение.
Потому что в Javascript копирование и передача производится by sharing.
В переменной хранится значение (или копия) ссылки. Объект немутабельный, а свойства очень даже.
Дмитрий Сошников хорошо всё это описывает.
В вашем примере вы записали в переменную значение примитива, но в другой переменной значение осталось прежним.