Как лучше реализовать entity в java?
В нашем продукте крайне важна производительность, потому что обрабатываются огромнейшие количества данных. Поэтому мы используем Entity на каждую таблицу, затем они переносятся в отдельные DAO объекты, которые реализуют логику связывания объектов, с предварительными проверками качества данных и т.п., а также возможностью подгружать данные не полностью. В этом случае часть данных, например специальные ключи, идентифицирующие записи или связи, подгружаются через jdbc, а не через Entity.
плюс JDBC — производительность, можно делать сложные запросы и прочее. 
минус — придется больше писать ручками. Всё-равно данные нужно будет помещать объекты, не массивами же их хранить. 

если у вас запросы простые, то JPA вам поможет экономить время и код. Это удобно. Но в ущерб иногда скорости и гибкости. 

Так же стоит задуматься о том, как вставлять данные. какой их объем? сколько потоков будет читать/писать?