Странность конфигурации сетевого интерфейса во FreeBSD 9.0?
первое что пришло в голову — отключается autonegotiate и железо на другой стороне выставляет неверный дуплекс. если есть возможность, посмотрите количество коллизий и late-коллизий.
Mediaot последний раз использовал в РТКомме на 10-ти мегабитном линке. Там еще имело смысл. Да оставьте auto, времена кривого сетевого железа прошли уже давно, даже длинки не ошибаются с дуплексами при автодетекте на 100 мбит =) 
А зачем вам mtu 5000? Jumbo frames вообще-то 9000, и работают они в одном сегменте (наружу не уйдут, роутер нарежет стандартными кусками), да с современными сетевыми картами с LSO и очередями они давно потеряли смысл.