Не стардартная структура в меню битрикс как интегрировать такую верстку?
Меня от слова "битрикс" выворачивает
Абсолютно не имеет значения какого уровня вложенности ваше меню, важно понимать как работает компонент бус. 
CMenu::Init() инициализирует массив на основе ваших .<тип меню>.menu.php
Далее вам нужно перестроить массив в структуру дерева, еще проверьте макс. уровень вложенности в $arParams