Файлова структура сайта, не — на CMS !?
Если речь идет про какой-нибудь небольшой сайт на 3-4 страницы, то ничего критичного нет.
Если речь идет про каталог - то это вообще не крутая идея, делайте на CMS как минимум для удобства редактирования контента.
Советую сделать footer и header и прикеплять их к страницам с помощью <? include('header.php')?> (кажется так на php пишется)