Как дать доступ к сайту только по VPN?
Возможно, такое решение будет самым простым: если у пользователей вашего VPN есть выход в интернет и внешний IP-адрес, вы можете через htaccess htaccess.ru/info/ip-filtering разрешить доступ к сайту только с этого IP-адреса.
Добавьте пользователям VPN маршрут на внешний IP-адрес сайта через VPN. Это не будет работать, если сайт и VPN-сервер расположен на одном и том же IP-адресе.