Как (и возможно ли в принцыпе) копнуть Objective-C фреймворки глубже заголовочных файлов?
Жизненный цикл приложения от входа в функцию main() до -didFinishLaunchingWithOptions: меняется от системы к системе. Именно поэтому важно полагаться только на ту информацию, которая публично доступна в документации от Apple — они оставляют за собой право тихонечко менять все, что не описано ими. Это касается не только этого аспекта, но и всего поведения системы. 

Вы можете поисследовать, попереопределять методы (рантайм позволяет в этом смысле практически все, что угодно), посидеть в отладчике, это интересно в конце концов. Но если вы будете полагаться на результаты ваших исследований, а не на документированное поведение, ваш продукт с выходом новой системы может перестать работать.
Цыган на цыпочках подошел к цыпленку и цыкнул: «цыц»!

Если вас интересует недокументированное API — ищите Objective C private API.

Давным-давно в книжном я наталкивался на книгу с названием вроде «Objective C. Разработка приложений с открытым исходным кодом». Возможно, она бы вам помогла.

Что касается кишков — рекомендую читать документацию, она глубже, чем кажется.