Как заменить гитовский проект целиком?
Никак. Оставить эти проекты в своих раздельных репозиториях.
При попытке соединить, если у вас совпадут имена бренчей (а как минимум мастер совпадет), будет жесть.

Если очень надо - переименовать проект A в A_ARCHIVED а проект B в проект А.
Чисто теоретически можно. Но будет в репозитории жестяной коммит, в котором много файлов добавится, много исчезнет, а некоторые файлы (которые были в обоих репах) сильно поменяются.

А так это делается следующим образом: готовим список1 файлов, которые исчезнут, и список2 новых файлов, которые раньше отсутствовали. Удаляем старые файлы (кроме .git), кладём новые. На список1 делаем git rm для каждого файла, на список2 - git add. Потом git commit -m "сообщение" -a. Прежде чем делать окончательный push, лучше внимательно проверить, что получилось.