Локальный репозиторий в сети. Как лучше?
Однозначно, зеркалирование. С кэшем слишком много проблем - надо его как-то чистить, какой-то пакет может побиться, а средств по проверке целостности у кэша нет и т.п.
> пакетов на машины, которых нет в официальных репозиториях. 
> зеркалирование;
Что зеркалировать-то будем?
Если у вас большое количество сторонних пакетов, то собирайте их сами и поднимите свой репозиторий, reprepro вам в помощь.