1С 8.3. УТ11 Дублируются безналичные платежи от Сбера?
Это дубли записей справочника Ключи реестра документов, стандартной обработкой поиска и удаления дублей пройдитесь по справочнику, критерий - одинаковые ИНН. 
После очистки дублей записей проблема должна уйти
В каком списке задваивает? В списке конкретного вида документов или в журнале (несколько видов разных документов, например поступления и списания, разные виды операции не считаются)? База файловая или клиент-серверная? Проще всего сделать бэкап и запустить ТИТ с реструктуризацией и chdbfl если файловая. Или выгрузить ИБ в файл .dt и загрузить в другую базу.