Какой дистрибутив Linux выбрать для хостинга Apache + PHP сайтов?
Зачем вам Hyper-V? Лишние накладные расходы на ровном месте.
Дистрибутив особой роли не играет, на самом деле. Сетевой стек один и тот же, только некоторые настройки по умолчанию различаются, но их вполне и изменить можно.
А вот проблема у вас, вероятнее, не в CLOSE_WAIT, всё же,  и не в сетевом стеке, а в том, что все процессы апача заняты обработкой существующих запросов, т.е. отдачей ваших аудио данных. И лучше бы это делать не с помощью Apache вовсе.
Конкретно в своей практике сталкивался с проблемой в модуле apache remoteip, но это очень специфичный случай был. Не увидел в вашем вопросе отчёта с вкладки Network браузера. Там есть параметр TTFB, который может косвенно указать с какой стороны проблема. Ещё бывает apache долго думает, когда режется частота процессора, но это больше для хостинга актуально. Ну и время выполнения php не помешает замерить.