Добавление Unix-пользователя с помощью CGI?
Возможно, в привилегиях. 

useradd, вообще-то, по умолчанию запускается только с правами root. CGI, с большой долей вероятности правами root не наделен, и правильно. При «обычном запуске» — Вы от рута запускаете, что оно работает? Или в вашей конфигурации разрешено использование useradd сторонними пользователями?

В крайнем случае — перенаправьте вывод команды useradd… > useradd.log 2> useradd.err.log. И посмотрите, что будет
Cмотреть:
1) Права
2) Если запускаете через веб — не забываете первые Html строки возвращать…