Почему z-index работает некорректно?
Можно вообще не париться с z-index если сделать правильно. Например поместить элементы в конце html-кода. Вот так:... контент сайта

    <div id="invise-block"></div>
    <div class="popup-block">
        Popup Content
    </div>
</body>
вы бы еще стопицотмилионов в качестве значения з-индекс установили. Скорее всего у вас переполнение произошло или некорректно обрабатывается значение. Сделайте его меньше. Ведь вам и з-индекс: 1000 хватит с головой.