Почему в PhpStorm перестает работать клавиатура?
Еще погуглив я наткнулся на обсуждение такой же проблемы: youtrack.jetbrains.com/issue/IDEA-23472
Забавно то, что все решают эту проблему для себя разными способами, либо не решают никак.
Конкретно в моем случае решением стало: убить процесс ibus (killall ibus-daemon). 
Не могу сказать с уверенностью, что проблема решена наверняка, и не вернется вновь, но пока работает.
Почему бы не поставить latest stable jdk 1.8?