Почему zabbix показывает такие значения?
https://www.zabbix.com/documentation/current/ru/ma...

system.cpu.util[<cpu>,<тип>,<режим>]

cpu - номер CPU (по умолчанию все CPU)
тип - возможные значения:
idle, nice, user (по умолчанию), system (по умолчанию для Windows), iowait, interrupt, softirq, steal, guest (на ядре Linux 2.6.24 и выше), guest_nice (на ядре Linux 2.6.33 и выше). Параметры времени user и nice более не включают время guest и время guest_nice начиная с Zabbix 3.0.14, 3.4.5 и 4.0.0.
режим - возможные значения:
avg1 (усреднение за одну минуту, по умолчанию), avg5, avg15

Получается по умолчанию показывается system.cpu.util[,user,avg1] то есть загрузка только в пространстве пользователя с усреднением за 1 минуту, а top показывает нагрузку в данный момент, включая и пространство ядра, и пространство пользователя, и iowait.

Проще говоря вы сравниваете тёплое с мягким.
Метрики, что вы указали, показывают average (средние) значения (минимум за одну минуту).
Ну и неплохо почитать подобные вопросы
CPU utilization неправильные данные, как исправить?