C# Как программно добавить приложение в автозагрузку Windows?
Сохраняете  и импортируете в реестр, то же самое можете сделать в инсталлере или при настройке программы.  

hcr.reg

Windows Registry Editor Version 5.00

[HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run]
"OneDrive"="\"C:\\Users\\kvn\\AppData\\Local\\Microsoft\\OneDrive\\OneDrive.exe\" /background"
"CCXProcess"="\"C:\\Program Files (x86)\\Adobe\\Adobe Creative Cloud Experience\\CCXProcess.exe\""
"com.squirrel.Teams.Teams"="C:\\Users\\kvn\\AppData\\Local\\Microsoft\\Teams\\Update.exe --processStart \"Teams.exe\" --process-start-args \"--system-initiated\""
"Discord"="C:\\Users\\kvn\\AppData\\Local\\Discord\\Update.exe --processStart Discord.exe"
Попробуй из программы на c# запускать питон скрипт, с ним всё должно работать

import os
import winshell
import inspect
from getpass import getuser
from win32com.client import Dispatch


filename = inspect.getframeinfo(inspect.currentframe()).filename
user = getuser()

wDir = os.path.dirname(os.path.abspath(filename))
target = wDir + r'\program_name.exe'
path = rf'C:\Users\{user}\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup\program_name.lnk'
icon = wDir + r'\icon_name.ico'
shell = Dispatch('WScript.Shell')
shortcut = shell.CreateShortCut(path)
shortcut.Targetpath = target
shortcut.WorkingDirectory = wDir
shortcut.IconLocation = icon
shortcut.save()