Как отключить перенаправление сетевого адреса на 127.0.0.1 в linux?
пока IP-адрес назначения, который указан в заголовках отправляемых пакетов, принадлежит тому же хосту, с которого идёт отправка, и той же подсети, которой и адрес отправителя, за пределы хоста ваши пакеты не уйдут.
я бы поместил каждую программу в отдельный vlan с отдельной подсетью и настроил бы на коммутаторе (если он, конечно, умеет) или на отдельной машине IP-маршрутизацию.
ещё, как вариант, можете использовать контейнерезацию или виртуализацию.
в пределах одного сервера вы не заставите пакет между двумя программами покинуть сервер. 
Виртуалка, с проброшенной внутрь сетевой, включенной в отдельный порт свича.