Выполнение JS после загрузки всех ресурсов, есть ли событие?
Читайте хотя бы азы js https://learn.javascript.ru/external-script
onload и ready() - как раз то, что вам нужно. А то, что alert вызывается до отрисовки - это баг Chrome, во всех остальных браузерах нормально, и проявляться баг будет только с alert.