Зачем PyCharm просит создавать пустую строку в коце?
Документ PEP 8 (на который ссылается PyCharm) описывает рекомендуемую стилизацию кода на питоне. Чем единообразнее код, тем проще одному человеку будет читать код другого. И не стоит забывать, что ты сам через полгода - это всё равно что другой человек.
Ряд инструментов позволяет автоматически проверить соответствие заданного кода стилю PEP 8, и PyCharm в их числе.
PEP 8 это конечно аргумент, но не понятный зачем все таки оно надо...
Я не эксперт и сам правильного ответа не знаю...
Но видел однажды в линукс консоли  , (не помню какой код был и где именно исполнялся), что после выполнения скрипта ->  юзер@имя_компа:~$ вывелся в той же строке после вывода результата....
что-то типа такого:
Hello World!user@HOME-PC:~$
Не знаю связано ли это. И мое лично мнение по вопросу, что сделано для удобства , чтобы не слипались строки...