Как заставить jQuery custom content scroller работать с textarea?
Потому что он не предназначен для этого, textarea это готовый компонент, встроенный в браузер, он отличается от простого <div>
Могу посоветовать вместо <textarea> использовать <div contenteditable="true">, так будет работать.
Textarea имеет встроенную прокрутку. Чтобы работать с textarea, вам придется отключить нативную прокрутку в ней и эмулировать снаружи на своем плагине.