Как правильно расставлять пути в GitHub Pages?
всё потому что это поддомен, делайте без слешей
Попробуй вместо точки и слэша поставить только слэш , т.к. точка слэш  указывает на текущую директорию, а слэш это корень сайта. Как-то так:
<link rel="stylesheet" href="/site/assets/css/normalize.css">
<link rel="stylesheet" href="/site/assets/css/style.css">