Почему на сервере DNS присутствуют одинаковые IP-адреса?
Адреса выданы DCHP сервером, лизинг кончился имя осталось. Т.к. в AD у машин есть права регистрировать записи в днс автоматом. 
Нужно настроить DNS Aging and Scavenging что б старые записи вычищались тоже автоматически.
Про настройку DNS Aging\Scavenging вам уже сказали.
А чтобы компьютеры не сами регистрировались в DNS, а это делал DHCP и чтобы не было лишних дублей - нужно  перенести DHCP на WIndows Server и DHCP дать права обновлять записи в DNS.
Для этого нужно создать сервисный (user account) аккаунт в AD, добавить его в группу DNSUpdateProxy и ввести логин и пароль в настройках DHCP.
https://www.serverbrain.org/implementing-2003-netw... 
https://support.microsoft.com/ru-ru/help/816592/ho...