Что лучше — общий всё-в-одном style.css или несколько файлов .css?
Влияет. Каждый файл это дополнительный запрос.
Но раскидывая стили по файлам удобнее за ними следить и править.
Что же делать? Правильно. Раскидывать по файлам, и работать с ними. А при загрузке на сервер пропускать через сборщик проектов (к примеру gulp), который объединит все css файлы в один, а так же сожмет их
не снизит
css и js надо разделять. на каждый шаблон - свой css и js
совсем общие стили и скрипты  - выносим в common.css и common.js 
если не разделять, то потом не разберешься в этом хаосе