Можно ли использовать клон системного раздела через какое-то время?
Разумеется, можно. Собственно, именно так и работает любая затея с резервными копиями. Ограничений по времени, которых вы боитесь, не существует.
Но есть оговорка - раздел С может быть достаточно большим, и хранить его в несжатом виде неэкономно. Поэтому правильнее было бы не клон создавать, а образ раздела, сжатый фирменным алгоритмом Acronis TI (ну или Norton Ghost) - дискового места он займёт куда меньше.
Конечно можно использовать, ограничений по времени нет. Есть только нюанс о котором стоит иметь ввиду. Допустим вы используете свой основной диск с системой, а через год происходит сбой и вам необходимо подключить резервный диск о котором вы говорите, насколько там буду актуальными программы на тот момент времени? Ведь в системе которой вы пользовались, программы обновлялись, тот же браузер например, а в бэкапе который был сделан год назад, обновлений этих всех нет. Поэтому стоит этот момент учитывать и время от времени обновлять ваш бэкап, чтобы туда попадали изменения сделанные в основной системе.