Возможно подключить FOSUserBundle на средней стадии разработки?
Можно, но задайте себе вопрос, зачем? Если вам на 90% хотя бы функционал FosUserBundle нужен - то может и имеет смысл.
В любом случае - разницу базы данных можно разрулить миграциями (DoctrineMigrationBundle).
Я понимаю, таблица пользователей которая сейчас в наличии, сильно отличается от генерируемой FOSUserBundle, разве что совпадения по основным полям (username, email, password). 
У FOS user bundle есть своя сущность пользователя, находиться в вендоре.
При подключении fos и необходимости своих полей для пользователя тебе надо создать новый бандл для переопределения FOSBundle, а сущность пользователя расширить от фосовского пользователя.
Т.е. твой юзер со своими полями ложиться поверх юзера фона и фос работает с твоей entity user используя свои поля.
Так что проблемы подключить никакой нет. Функционал твой никак не надо менять, кроме механизма авторизации, которую ты отдаёшь на откуп FOS
Подробнее почитай вот тут symfony.in.ua/symfony2-fosuser-documentation-conte...