Как правильно собрать jar, чтобы запустить как сервис в Linux?
Обычный жарник.
Писать им PID-файл.
Запусать с & в конце. 
Мониторить monitом или писать init-скрипты/systemd-юниты на мониторинг процесса с этим PID
Посмотрите на YAJSW, он поможет
yajsw.sourceforge.net