Странная подсведка проекта phpstrom?
Попробуйте следующее:

Закройте PhpStorm
Перейдите в корень проекта
Удалите папку .idea (обычно скрыта)
Откройте проект снова в PhpStorm

Должно помочь.
Судя по цвету, вся корневая директория помечена как Excluded.