Как одновременно использовать Apache и NGINX?
Можно избавиться от апача, задействовав php-fpm с nginx.
Первые три варианта что пришли в голову как скрестить пых и ноде
1) отдельный домен / субдомен для phpmyadmin
2) в секции server 
основной локайшен / смотрит на 3000 порт 
дополнительно прописывем локейшен для phpmyadmin, который направляем на 8080(81) порт апача
3) подымаем через апач phpmyadmin на не стандатном порту 
виртуал хост создаем по ипишнику сервера 
https://serverfault.com/questions/246445/how-do-i-...