Как удалить cookie через 5 минут после клика на кнопку?
$('#click').on('click', 'submit', function() {
    // 5 min == 300sec
    document.cookie = 'userSubmitClick=1; path=/; max-age=300';
});
и все, браузер удалит куку сам, даже если вкладка будет закрыта
и не нужно изобретать велосипеды
$('#click').on('click', 'submit', function(){
        document.cookie = "userSubmitClick=1; path=/; expires=Fri, 31 Dec 9999 23:59:59 GMT";
        let setCookie = unescape((RegExp('userSubmitClick=([^;]+)').exec(document.cookie) || [1, ''])[1]); // замените unescape на decodeURI
        if (setCookie) {
            /*Запускаем таймер, после чего выводим аlert*/
           // Функция удаления всех куки https://stackoverflow.com/a/179514
            setTimeout(() => deleteAllCookies(), 5 * 60 * 1000);
        }
});