Как скопировать изменения из одного git каталога в другой?
вы сделали глупость какую то 
надо использовать бранчи, а потом делать мердже бранча в мастер, такое ощущение что вы пытаетесь  работать с гитом как с свн
Я думаю нужно сделать так. Задите в продакшн ветку.git remote add dev file:///C:/path/to/repo
git fetch dev
git checkout master
git merge dev/master
Теперь всегда после изменений в ветке разработки только последние 3 комманды. Первую не надо. Удаленный каталог будет уже добавлен.
Ну а вообще @opium правильно сказал. Нужно просто делать бранчи в одной репозитории и потом их просто мерджить.