Как собирать данные с медицинской аппаратуры?
Если от аппаратуры есть родной софт, подсмотреть, как он получает данные.

Важно - если вы накосячите и считаете данные неверно, пациент может получить ошибочный диагноз или лечение. Вы все еще хотите участвовать в этом?
Технически это реально. Вопрос только в финансах. 
Я за то чтобы начинать с тех приьоров у которых есть LAN порт. Они скорее всего уже имеют всё необходимое, для того чтобы можно было считать с них данные, включая документацию. Надо только её найти. Документация просто обязаны быть на сайте производителя или предоставляться по запросу в их Тех ПО. 
Дайте пару моделей приборов, для погуглить