Какую систему налогообложения выбрать для веб-студии?
Как правило, студии оформляются на упрощенку (УСН) по схеме доходы.

Оплачивается 6% с суммы прибыли. Доходы минус расходы будут нерентабельными, потому что расходов, которые можно впихнуть в отчетность, у студии мало. НДС не платится.

Единственный нюанс: если Вы не хотите платить налоги по полной программе (34%), все сотрудники регистрируются как ИП, и Вы заключаете с ними договора на оказание услуг. Это выгодно и не надо платить зарплату в конвертах.

Могу подсказать сервис, который позволит вести бухгалтерию онлайн, заодно там и консультации можете получить по всем вопросам.
Насчет УСН. Не сложно посчитать, что если официальные расходы составляют меньше 60% выручки, то выгодно налогообложение по доходам (6%), если больше 60% — доходы-расходы. 

К официальным расходам относите зарплату наемных работников, аренду офиса, договора с субподрядчиками (при расчете по безналу), приобретение основных средств и т.д. 
Всякие вебмани, наличку без чеков уже не спишите. 

Имейте в виду, если будете официально строить отношения с подрядчиками — физ.лицами: заключать договора или принимать на работу, то первый кто вам понадобится — это бухгалтер. Или отдать бухгалтерию на аутсорсинг. Иначе будете заниматься только ею.
Регистрировать сотрудников как ИП — совет неправильный.

На мой взгляд, правильные варианты:
1) Самый простой действительно предложен выше — ИП, 6% с доходов, расчеты с физ.лицами «в серую». Бухгалтерию можно вести самому.
2) Посложнее — с появлением наемных сотрудников (или например, торговли) растут официальные расходы — платим 15% с прибыли, аутсорсинг бухгалтерии.
2) Вариант сложный — полное налогообложение, НДС, бухгалтер.

Теоретически, наличие у вас упрощенки не должно иметь значение, но на практике крупные заказчики иногда хотят НДС.

Если будут вопросы — готов помочь в личке или по аське.