Какую книгу посоветуете для заполнения пробелов и систематизации своих знаний по php?
Мэтт Зандстра — PHP объекты, шаблоны и методики программирования.
Вообще, не понятен ваш уровень знаний, посему сложно что-то советовать.
Когда знаний уже достаточно, и необходимо все структурировать, то на мой взгляд лучшим вариантом будут различные мастер-классы от хороших людей. Это могут быть видеоконференции, блоги, иненсивы.