Nginx обновился сам и всё поломал, как?
почему-то взяла и сама установилась, как так?
Само в никсах ничего не происходит. Значит, настроено автоматическое обновление и установка новых версий пакетов. Уберите, если не устраивает.
И сторонние репо тоже, если квалификация недостаточна для их использования.
Само ни чего не происходит, если не настроено.
last -n 10
tail -n 100 /var/log/apt/history.log
Смотри еще что лежит в /etc/nginx, возможно есть старый файл nginx.conf