Как диагностировать DNS?
Может рсскажете нам, что за сервер (OS, версия), что за DNS сервер?

Как вариант пока поднять вторичный DNS с копиями зон, могу помочь, на пару дней, пока не решите проблему, разместить у себя.
Что в resolv.conf?
Глючат зоны прописанные в бинде или вообще все домены?
В помощь: 
dig +trace domain.com
dig @some_ns_server.com domain.com