Как вывести количество имеющихся в конкретном складе тех или иных товаров?
Можно использовать следующее:CModule::IncludeModule('catalog');
$arFilter = Array("PRODUCT_ID"=>array(94247,162284));
$rsStoreAmount = CCatalogStoreProduct::GetList(Array(),$arFilter,false,false,Array());
while($arStoreAmount = $rsStoreAmount->Fetch())
{
	echo "<pre>";
	print_r($arStoreAmount);
	echo "</pre>";
}
Попробовал использовать \Bitrix\Catalog\StoreProductTable::getList
Вот таблица с данными
Вот запросCModule::IncludeModule("catalog");

$products = [537, 547];
$amount = \Bitrix\Catalog\StoreProductTable::getList([
	'filter' => [
		'PRODUCT_ID' => $products
	]
])->fetchAll();

print_r($amount);
У вас в запросе 
'=PRODUCT_ID' >= 12391, 
А это:
('=PRODUCT_ID' >= 12391) === false
и в итоге фильтр принимает вид
array(false, '=STORE_ID' >= 2)