Как посчитать среднее значение в массиве?
Смотри, берешь две переменные - счетчик и сумма.
Перебираешь массив.
Если число больше нуля - увеличиваешь счетчик на 1 и прибавляешь к сумме.
Потом делишь сумму на счетчик.
Делаете функцию для вычисления среднего по одному месяцу:function getMonthAverage($data, $month) {
  $monthData = array_filter(array_column($data, $month), function($n) {
    return $n > 0;
  });
  $count = count($monthData);

  return $count ? array_sum($monthData) / $count : 0;
}
И вызываете её для тех месяцев, по которым хотите узнать средние значения, например:$juneAverage = getMonthAverage($data, 'june');
UPD. Или можно посчитать сразу по всем месяцам:$allAverage = array_reduce(array_keys($data[0]), function($acc, $n) use($data) {
  $acc[$n] = getMonthAverage($data, $n);
  return $acc;
}, []);