Почему при импорте функций вылезает ошибка 'is not a function'?
но работать всё равно не будет...
если Вы объявляете функции внутри другой функции, и хотите получить к ним доступ из вне... то предположительно это должна быть либо функция конструктор или класс 
тогда app.js будет вот таким:
let Func = require("./functions.js");
let func_create = new Func();
console.log(func_create.time());

А если отвечать на вопрос почему выходит именно такая ошибка, то интерпретатор ищет у импортированной функции свойство time, оно не задано, то есть undefined, то есть не является функцией
но работать всё равно не будет...
если Вы объявляете функции внутри другой функции, и хотите получить к ним доступ из вне... то предположительно это должна быть либо функция конструктор или класс 
тогда app.js будет вот таким:
let Func = require("./functions.js");
let func_create = new Func();
console.log(func_create.time());

А если отвечать на вопрос почему выходит именно такая ошибка, то интерпретатор ищет у импортированной функции свойство time, оно не задано, то есть undefined, то есть не является функцией