Почему работает htaccess на nginx?
htaccess не работает в nginx. Возможно у вас там проксирование в apache
Редирект www в Битрикс лучше настраивать через nginx. А по поводу работы htaccess, как уже сказали выше - он не работает в nginx. Вам бы стоило хотя бы изучить что-ли - как работает Битрикс вообще из коробки, раз решили лезть в него.