Как сделатьтакую регулярку для notepad++?
Искать (\d+)\r\n(\d+\r\n\r\n)
Заменить на \1;\r\n\2

Если помимо цифр будет что-то еще, то заменить \d на .

Последнюю точку с запятой поставить руками
Ваша задача гораздо проще формулируется:
Нужно вставить ; в конце каждой строки, следующей за пустой строкой.
Думаю эту задачу можно решить макросом:
1. В поиск вводите ^\R и ставите флажок "Регулярное выражение", галку зациклить поиск снимаете.
2. Макросы - начать запись.
3. End - ; - F3
4. Макросы - остановить запись
5. Становимся на первую строку. Макросы - многократный запуск. Выполнять до конца файла. Запуск

Всё, будет вам счастье.