Одна база данных на сайт и 1с, насколько плохая идея?
Довольно плохая идея. 
Сделать это конечно можно, однако придется изобретать велосипед.
Гораздо лучше настроить обмен.
Т.е можно конечно развозить пиццу и песок на газели, однако лучше для пиццы купить легковушку, а для песка камаз.
Можно использовать облачные сервисы для 1c бухгалтерии. Это намного удобнее чем держать все у себя + есть доступ из любой точки мира. Аренда сервера 1С в облаке. Вот информация: efsol.ru/solutions/enterprise-cloud.html