Почему удалились apache, mc после установки zabbix на FreeBSD?
Вероятно был пересобран один из пакетов (более новая версия, установленного в системе). Соответственно зависящие от этого пакета приложения грохнуты были тоже. Читайте вывод комманд внимательнее. 
В Вашем случае обновить порты и переинсталлировать Ваши пакеты.
Ну это из области анти-научной фантастики :-) Удалить порты может pkg, когда ему не нравятся версии некоторых установленных пакетов, а удаление старых пакетов может привести к автоматическому удалению и зависимостей. Но pkg он в явном виде выводит список пакетов, которые он планирует удалить.
При установке же из портов ничего само не удаляется. Если при установке из портов не удастся удовлетворить какие-то зависимости, то сборка порта просто прервётся с ошибкой, и всё.