Как отключить USB порт на компьютере (вместе с питанием)?
Далеко не все компьютеры умеют отключать питание USB портов, обычно оно общее на некоторый набор портов.
Знаю только как отключить порты программно логически, но питание при этом останется.

Если нельзя разбирать - выломайте. Это самый надёжный вариант.
из чего-нибудь по типу Диспетчера устройств или специального софта
Только в комбинации с какой-нибудь ардуиной с релюшкой, которая будет разрывать цепь питания по команде