Как протестировать сайт
wget -r — не вариант?
Потом можно по результатом пройтись грепом и поискать то, что вам надо.
ИМХО, тут нужно написать простенького паучка, который ходит по ссылкам, и натравить его на локальную копию сайта.

Сначала скачиваете страницу сайта. Проверяете, нет ли на ней PHP Notice/Error/Warning. Потом вытаскиваете все ссылки регуляркой. Затем для каждой еще не проверенной ссылки, делаете вышеописанное.