Как правильно вносить изменения в чужие библиотеки/бандлы?
pull-request, если правки нужные и полезные для всех.
если только для себя – форк, изменение его и подключение в композере вместо оригинала.
Для этого существует наследование. Никаких изменений не нужно форкать, реквестить и все что угодно делать. Наследуешь класс который тебе нужен, переопределяешь нужные методы или добавляешь свои и работаешь с ним. Как раз про это правило Open-Closed в solid - открыт для расширения, закрыт для изменения.