Как во внутрь eloquent запроса добавить условие?
Начни. Читать. Документацию.
$query = DB::table('YOURTABLE')->select(...)
->where('one',  1)
->where('two',  2);

if( 1 == 1 ) {
    $query = $query->where('three' , 3);
}

$result = $query->get();
либо, как написали выше, через conditional clauses