Как запретить вывод тегов с id 2 и 4?
Примерно принцип такой foreach ( $tags as $tag ) {

if($tag->term_id == 1  || $tag->term_id == 2)
 continue;
//далее ваш код

}
если я конечно правильно вас понял)
Не знаю, правильно ли я понял суть задачи, но что, если в самом начале цикла for написать, например, так:
===
...
foreach ( $tags as $tag ) {
   if (in_array($tag->id, array(2,4))) continue; 
...
===
?