Как правильно совмещать фронт-енд с бэк-ендом?
Именно подобные советы книг которые получили распространения, породили кучу уродливых технологий как например Smarty. Все эти библиотеки шаблонов цель которых была не решение конкретных задач, а просто следование вот этому совету, создали много проблем особенно со скоростью работы. 
РНР нужно вставлять в HTML. Просто нужно пользоваться таким движком, в котором разделен сам РНР. Бизнес логика в отдельных РНР файлах без HTML и логика отображения в файлах видов. Как уже сказал Dima Polos это паттерн программирования MVC и его производные.
У любом случае, я бы посоветовал начать изучать какой-нибудь фремворк типа Ларавел, где все сделано правильно, и на нем учиться как делать правильно.
Начинай с движка (WP, Joomla) затем фреймворк.