Как максимально приблизить аптайм сайта к 100%?
Ключевые слова для гугления: кластер, dns-balancer, load-balancer. Пресловутые облака частично решают эту задачу. Но надо учесть, что облачный хостинг — это как правило виртуальные машины со всеми вытекающими последствиями: в первую очередь медленный диск.

Второе — нормально написанный код. Если для генерации одной страницы производится 100500 запросов к БД, то тут никаких кластеров не хватит :)
Нужно настроить High-Availability софт. Такой как Heartbeat или Pacemaker. Либо использовать High-Availability технологии, предлагаемые современными гипервизорами (VmWare VSphere, MS HyperV). 

Разница в том что HA софт работает на уровне железяк и железяки должны быть настроены абсолютно одинаково. В случае сбоя мигрирует сервис на доступный узел. А в HA технологиях виртуализации вы настраиваете к примеру виртуалку и она работает на гипервизоре. В случае сбоя виртуалка целиком мигрирует на доступный сервер.

Я работал с Heartbeat и Pacemaker. Скажу что Heartbeat конечно костыль еще тот. Поддерживает до двух узлов, не умеет самостоятельно определять сбой ресурса и отрабатывать. Всех этих недостатков лишен Pacemaker. Мега удобная хрень, но документации по ней еще мало, поскольку это leading-edge технология.