Как собрать семантическое ядро и для Google, и для Яндекс?
Семантическое ядро- понятие очень абстрактное. 
Лучше оперировать понятиями менее абстрактными и более уточненными. Например «список ключевых фраз для привлечения целевого трафика на определенный раздел» и так далее. 
В таком случае сама семантика от гугла к яндексу практически не будет различаться, то есть различия все же могут быть, но незначительные, конечно, при условии совпадения региональности.
Ексель разрешает смешивать любые таблицы слава богу хоть ся хоть поисковые запросы