Как сделать автозагрузку классов из разных папок?
Добро пожаловать в мир composer'a :)
Да сколько можно велосипеды писать? Composer есть, я же уже говорил вам!
Используйте стандарт автозагрузки psr-4. Для этого следует использовать пространства имен (namespace'ы).
Таким образом, класс с полным именем App\Controllers\DefaultController (Где App\Controllers - неймспейс, а DefaultController - имя класса) должен лежать в директории app/controllers и иметь имя DefaultController.php.