PHP/Yii2: как ускорить выполнение ~1 млн запросов подряд?
2. Запись всех данных в каждую таблицу одним запросом. Как? Транзакцией?
Голым mysqli без всяких оберток, пачками по столько вставок, сколько влезет максимум в . запрос (строка в 1мб должна влезать ),
https://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/load-data.html
Стандартный способ загрузки больших объемов.
"Сервер не справляется"  - скорее всего памяти не хватает, разбивайте на куски, влезающие в память/выделяйте больше ее если так необходимо через Yii