Видно ли использование Vpn для установленной программы внутри виртуальной машины?
Нет, достоверно определить нельзя, при условии что через VPN будет пущен весь трафик виртуальной машины.
Но если VPN-сервер размещён где-то на хостинге, то можно по пулу адресов сделать обоснованное предположение насчёт использования VPN. Грубо говоря: мой трафик идёт через Amazon, с чего бы это? Это VPN, наверное.
И ещё относительно легко обнаружить, что система запущена в виртуальной машине, если это имеет значение.
нет не будет
вирт машина видит просто подключенную сеть. можно не изолировать. в режимет сети NAT в конфиге виртуалки, хост просто используется для пересылки пакетов. Что у хоста там за подключение - виртуалка не знает и ией собственно пофиг