Как манипулировать датой на php?
У Вас изначально строка в не нормальном формате, поэтому её нужно сначала привести к формату DateTime,
а потом уже преобразовывать дальше: $date = DateTime::createFromFormat('Y-m-d\TG:i:s', '2016-02-29T21:53:00');
echo $date->format('Y,m,d,G,i,s');
Хотя, может это и оверкилл и можно тупо заменой "-" ":" "T" на запятушки (костылём попахивает)
всё зависит от задачи и потребностей.
Но если прям преобразовать то, что уже есть - preg_replace в помощь.