Как явно задать тип переменной PHP в PhpStorm?
Если проблема только в дополнении кода, используйте phpdoc/** @var Server $server */
$server = $em->getRepository('MyBundle:Server')->findOneById($id);
а к чему вы явно приводите? к Server? не видел такого в документации.
А вот phpdoc в этом деле поможет.