Robot.txt и карта сайта для поддоменов?
Какие ещё точки входа? Это что вам какая то dll-ка чтоли! Есть домен, есть субдомен, и хренова туча урлов. Каждый субдомен рассматривается ПС как отдельный домен (грубо говоря) и ей "до лампочки" какая там у вас структура. У домена, субдомена, субсубдомена... есть т.н. корень. В него нужно положить сайтмап и роботс (если рассматривать дефолтные варианты). Сеошник ваш просто не шурупает в генераторе того же сайтмапа. Дайте ему не статику, а интерфейс управления выгрузкой.
Вот и все примудрости.UPD: Воу-воу, "оптимизаторы бизнес-процессов", палехче! Что вы собрались автоматизировать в роботсе то?))) Сайтмап - без вариантов, но роботс по-моему  самый из самых, если не единственный(!) из всех файлов, который требует именно ручного создания! Да я даже и не представляю как его полностью можно генерить скриптом, учитывая логику и смысл его контента!
У меня точно такая же структура с поддоменами. Просто заведите в админке поле для каждого поддомена, и настройте экшен, а в экшене установите заголовки. Делов-то, поисковики будутдумать что это православный робот, сеошник сможет в админке, в самой обычной текстареа писать все что ему в душе угодно. Все довольны, все счастливы.