Почему не включаются короткие теги на PHP?
проверьте весь файл поиском, может настройка задублировалась
1. После изменения файла надо перезапукать апач, если не в консоли проверяете.
2. Апач использует другой файл php.ini - на той же странице должно быть написано из какого файла берутся настройки.