PHPCI почему не собирается проект?
Вам нужно либо вручную запустить команду /path/to/phpci/console phpci:run-builds, либо повесить ее на крон, она соберет все сборки из очереди.
Когда вы в админке запускаете сборку, он ее просто ставит в очередь, но не собирает. Это сделано для того, чтобы можно было например собирать по пушу в репозиторий.
P. S.: Сейчас на github-е есть предложение сделать вариант ручной сборки без очереди (поведение, как вы ожидаете), скорее всего через некоторое время что-то такое появится в проекте.
Приватный ключ для доступа к репозиторию не нашёл куда добавить, пока так оставил.
Никогда и никуда кроме как под терморектальным криптоанализом приватные ключи не отправляйте.
По поводу сборки - вы что собирать хотите? Судя по всему конфигурации у вас нет, непонятно зачем и куда вы deploy keys добавляли, или вы с виртуалки в хост хотите деплоить?
Что за файл ssh-rsa тоже не понятно, если вы имели ввиду id_rsa - то это как раз тот приватный, который нужно беречь и никому не показывать.
Каша у вас в голове какая-то, вы чего сделать хотите-то?
Если открытый проект - тесты и деплой можно делать с помощью Travis CI бесплатно.