Лицензирование Windows?
Но насколько я понял это невыгодно т.к. у него будет больше ядер, чем у серверного железа. 
Неверно. https://habr.com/ru/post/321708/
Сейчас лицензирование построено на физических ядрах, как правило продается по паре лицензий, то есть если у вас 16 физических ядер, то вы покупаете 8 лицензий по 2 ядра.
Server CAl - по числу пользователей.
RDP CAL либо на пользователя либо на устройство, все зависит от Ваших потребностей.
Вот Вам еще FAQ https://msbuy.ru/help/default.aspx?q=faq&sid=8
есть такой момент
серверная винда:
 на один физический сервер нужно покупать лицензий минимум на 16 ядер, даже если у него их реально всего 2
начиная с 16 ядер пакетами по 2 лицензии или по 8
далее нужны либо юзер калы либо девайс калы
тут если у вас 65 юзеров работают по очереди на 10 ПК то берем девайс калы, если 65юзеров и 65ПК и юзеры еще через мобилы к серверу цепляются то берем юзеркалы.
Если сервер используется как веб - с неизвестным количеством подключений - для этого есть спец лицензия
RDP если будет одно подключение то покупать не надо