Как заставить выполняться 2 часть кода?
Вместо onclick следует использовать addEventListener.

Но в вашем случае, однако, можно обойтись и onclick - вся ваша логика должна быть в одном обработчике, просто запускаться по очереди то одна, то другая её ветка.
const but = document.querySelector('.btn6');
const sqr6 = document.querySelector('.square6');

but.addEventListener('click', () => {
  if (sqr6.classList.toggle('hide')) {
    but.textContent = 'Показать';
  }
  else {
    but.textContent = 'Скрыть';
  }
});