Как остановить всю css и js анимацию при прокрутке страницы?
Остановить никак. При событии скролл удаляйте классы с анимацией, если это css, и установите какой-то флаг, который будет активен при скроле на жс и проверяйте его.
Подключи WoW.js и показывай то, что видно