Как правильно писать web приложения на GO?
revel возьми, например, в качестве основы.
или beego.me
но я не могу понять как правильно организовать структуру проекта(из-за нехватки опыта в разработке)
Взять готовый фреймворк, который подразумевает определеннную организацию файлов.
Так что полные фреймворки для веб-приложений особо не нужны в Go.
Но в вашем случае - стоит взять их чтобы они вас направляли.
Полные, не сокращенные. То есть типа Revel.