Существуют ли какие то сервисы для автоматической визуализации сутрктуры классов проекта на Php?
В PhpStorm вроде как из коробки
Утилита строит UML диаграмму.
Возможно то что вы ищете, правда похоже морально устарело.
Попробуйте поискать в этой ветке.