Отключение кэширование в Nginx
Проблема действительно где-то между VirtualBox'ом и nginx'ом. Кто виноват не знаю, но смена у виртуальной машины типа контроллера с SATA на IDE помогла решить проблему.
Включите debug log и посмотрите, что происходит.
Но вообще конфиг, конечно… Ужас и адЪ, мягко говоря.