Какую CMS  лучше выбрать для создания интернет магазина с партнерской сетью?
По Вашим требованиям (кроме пункта 2) лучше подойдет 1С-Битрикс (Бизнес), хотя пилить его долго и упорно, но:
1. Встроен механизм партнерских отношений (модули вставки кодов это уже не совсем партнерка - писать самим с нуля)
2. Со скоростью да, косяк, но при умелой настройке и выпиле лишнего - тормозить не будет.
3. Полный фарш в админке - быстрое обучение персонала
4. По SEO в общем и целом все есть - только специалиста хорошего надо
5. Документации и примеров - завались! Опять же дефицит в кадрах...
6. Язык PHP, открытый...P.S. Конечно можно начинать писать на чем угодно, но все что "другое" будет требовать ещё бОльших подпилов, и "доделок", в плане стандартного функционала, который почти в полной мере представлен в Битриксе... Хотя лично я против Битрикса!
Битрикс же.