Как организовать проект на go?
Как вариант, можно пользоваться структурой, описанной в этой статье. Сейчас еще набирает обороты тулза gb. И есть классическая статья "How to Write Go Code".
Для зависимостей использую https://github.com/pote/gpm
Локальные пакеты можно импортировать прямо из текущей директории (import "./mypackage")