Есть эцп и крипто-про, как подписать файл онлайн через сайт?
Подписывать удобно в системе Контур https://crypto.kontur.ru/ только там регистрироваться нужно, а без регистрации подписать можно через сайты:  http://armrus.orghttp://ecponline.ruhttps://balans2.ruhttps://tender-rus.ru и прочие. 
Или программой Криптоарм, но она платная.
Да, можно программой Криптоарм, да, она платная, но на две недели есть тестовый период с полным фунционалом.
Если подписывать на сайте, то можно еще тут https://isfg.ru/services/podpisanie-dokumentov-etsp. и можно подписать с открепленной и прикрепленной подписью