Исключения в Gulp src?
Метод src() первым параметром принимает строку либо массив. То есть должно быть:
gulp.src(["scss/*.scss", "!scss/variables.scss"])
А вообще лучше завязывайте с подключением стилей таким образом - гибкости больше будет. 
Берёте один файл style.scss, его в задаче отправляете на компиляцию, и уже в этом файле с помощью директивы @import контролируете, что вам нужно и не нужно подключать, и не нужно лазить в сборку для внесения изменений.
Если галп 4 версии, то решение тут https://stackoverflow.com/a/40098885/12213063