Как лучше сделать 3D модель?
Со стороны редактора - как вам удобнее, так и делайте. Со стороны движка есть разница в производительности и скорости интеграции. Если моделька цельная, то и в видеокарту она отправится целиком, если она разбита на куски, то каждый кусок будет рисоваться отдельной операцией. Если кусочки достаточно маленького размера, то есть шанс, что их склеит динамическим батчингом, но тогда встаёт вопрос, а на кой чёрт было разбивать модельку на куски, чтобы потом тратить время процессора на склейку обратно. Помимо производительности нужно ещё помнить про стоимость интеграции моделек в движок, если в модельке сто кусочков и сто материалов, то настраивать её внешний вид будет гораздо сложнее, чем один кусок с одним материалом. В целом, если со стороны движка не нужны отдельные подвижные части, то и не надо их экспортировать, а вот как у вас в редакторе всё будет, это уже от вашего рабочего процесса зависит.
Я не профессионал, но когда я делал модели и вставлял их в свои проекты, я делил их на несколько. В дальнейшем было удобно заставлять двигаться мелкие объекты. Например, делал самолёт, и шасси сделал отдельно. В итоге смог получить убирающиеся шасси