Чем у меня занята оперативная память на сервере?
Вашу оперативку оккупировало племя апачей. У апача в конфиге уменьшите количество рабочих процессов.
mysql, apache. 
apache-у сделайте поменьше процессов, в mysql сходите через mysqltuner.pl, посмотрите, что он посоветует уменьшить.