Почему в терминале по Ctrl+r не находится команда, хотя в истории ~/.bash_history она есть?
Потому что в .bash_history сохранено больше команд, чем в  "history". Не знаю, почему, но в bash есть две настройки:
HISTFILESIZE=10000
HISTSIZE=2000

В моем примере поиск будет по 2000 последним командам, а в файле сохранено 10000.
патаму чта, прочитай как работает поиск по  Ctrl+r
искай так
history | grep 64042