Что лучше использовать для Python 3 при создания графического интерфейса под Windows?
Нет у Qt специфичного интерфейса. Меняйте как хотите. Пока что - это лучший вариант для десктопного приложения
Наоборот, у Qt Widgets (не QML) системный L&F, а вот у Tkinter нет, помимо этих библиотек есть еще wxWidgets и GTK, выбирайте, но для Windows лучше писать не на Python, а на C#, Delphi, PureBasic, PowerBASIC.