Как в интернет-магазине отслеживать товар в наличи на складе?
Битрикс - лишь инструмент, в котором уже реализован данный функционал. Если Вы собираетесь внедрять - то интегрируйте импорт из 1с-ки по стандарту CommerceML и будет Вам счастье. Там есть отдельно склады и наличие товара на соответствующем складе.
В чем проблема? Передавайте данные о наличии в базу данных магазина по событию изменения базы товаров в каком виде она бы не была