Как лучше писать каркас сайта? Вставлять html-код в php-скрипт или наоборот php-скрипты в теги??
Прочесть про MVC и отделить все это дело друг от друга.
На текущем этапе вашего обучения - не важно, но запомните их смешивать нельзя (поместите РНР в один файл, вёрстку с выводом переменных и простые циклы\условия, никакой логики, никаких запросов, в другой).
Logic.php:<?php
/* SOME LOGIC HERE */
/* where $someData and $username is defined */
export([
    'someVariableYouWantToUseInTemplate' => $someData,
    'name' => $username,
]);
require 'template.php';
template.phpHello, <b><?= $username; ?></b>!
И на будущее заучите себе смешивать языки - плохо (они должны быть максимально изолированы друг от друга!) и зазубрите "ЗАПРОСЫ К БАЗЕ ДАННЫХ СТОЯТ ДОРОГО, ЧЕМ МЕНЬШЕ, ТЕМ ЛУЧШЕ", как мантру трижды перед сном.