Как правильно запустить процесс из PHP?
Вам же четко написали  said into stderr . Это значит ваша команда пишет не в тот поток. 
Чтобы перенаправить stderr в stdout надо добавить в конце команды 2>&1
Чтобы перенаправить вникуда: 2>/dev/null
nohup вначале добавьте, отцепите процесс