Php не видит и не подключает существующие файлы, почему?
/usr/share/pear и /usr/share/php  - это альтернативные пути для различных библиотек.
Проверьте права на чтение здесь  '/home/bitrix/www/local/modules/custom.module/lib/exception.php'
По какой-то загадочной причине пользователи похапе en masse не читают подробное объяснение ошибки, предоставленное интерпретатором РНР, предпочитая гадание на кофейной гуще.
Казалось бы, объяснение прямо под носом: ищем файл в папке local/home/bitrix/www/local/modules/custom.module/lib/exception.php
в то время как в реальности файлы приложения лежат в папке bitrix/home/bitrix/www/bitrix/modules/main/lib/loader.php
То есть можно предположить банально неверную конфигурацию приложения.