Как запустить nodejs приложение на apache?
Для работы приложения на node.js нужна собственно среда node.js на сервере, без нее код не будет работать никак. 
Практически всегда веб-приложение на node.js уже запускает свой вебсервер, это действительно хороший вариант и производительный. Никаких прослоек, обычно не требуется. Иногда поверх пускают nginx, так как он лучше справляется с отдачей статики (например css, js и картинок). 
В вашем случае, так как порт для сайтов уже занят Apache, то вам достаточно создать в нем вхост, где сделать прокси на порт, на котором будет работать ваше приложение на node.js. При этом напрямую доступа Apache к папке с файлами приложения иметь не обязательно (да и не нужно, лишняя дырка). 
В идеале конечно следует избавиться от Apache в пользу nginx. Так как Apache будет создавать узкое горлышко для производительности приложения на node.js
node.js сама себе веб-сервер. Повесь ещё на порт 8080, если не занят и апач случает 80-й