Какое время выполнения SQL запросов считается большим?
Это зависит от задачи и от запроса.
Помню в одном проекте нормальным считался запрос выполнявшийся 5 часов...
Пока вас/клиента удовлетворяет время выполнения - запрос достаточно быстрый, как только перестает - пора что-то предпринять. Часто бывает достаточно добавить в таблицу правильный индекс, чтоб запрос стал работать на порядок быстрее.
Но как верно заметили выше - некоторые запросы не возможно сделать достаточно быстрыми из-за специфики выполняемых задач.