Как поступить чтобы проще понять java?
Писать код, читать чужой, повторять за видео уроками — сначала будет нихрена непонятно, но "мышечную" память поможет развить. Параллельно читайте какую-нибудь хорошую книгу-справочник по Java. Со временем придёт понимание. 
Поставьте себе цель сделать какое-то конкретное приложение, которое будет решать вашу конкретную проблему. И делайте. Смиритесь с мыслью, что первые три месяца будет полнейший ступор.
Для общего понимания программирования можно почитать "грокаем алгоритмы", и другие книги этого автора.
Смысл после изучения C# изучить java. Как по мне этого будет достаточно. Вы можете начать с любого языка. Я например, начал с Java, Правда, до этого у меня были базовые знания по php, html, css, js.
Если бы вам был интересен веб, то можно было бы начать с рнр, так как там низкий порог вхождения. 
Что касается изучения java, то в первую очередь вам нужно иметь теоретические знания. Дальше научитесь применять эти знания на практике. Например, ставьте простые задачи перед собой и реализуйте их или например, найдите задачки по программированию и напишите свой код для их решения. Немалый результат показывает изучение чужого кода, так вы сможете понять логику программирования. На открытых источниках github.com || bitbucket.com найдите простые программки и проанализируйте их, привыкните к синтаксису.
Есть например, книга Java для начинающих. В книге вы пошагово научитесь создавать игру морской бой, драм машину и другие простые программы. И постепенно ставьте более сложные задачи. При возникновении вопросов или ошибок ищите решение на stackoverflow. При должном поиске вы найдете решение примерно в более 90% случаев. 
Можете конечно взять курсы на stepik.org или на udemy.com, но я по своему опыту (я и сам в кой-то мере новичок), могу сказать, что вам нужно иметь базовые знания, чтобы потом пройти курсы и понять их смысл, потому как некоторые курсы хоть и нацелены на новичков, но усложнены отсутствием теории
Вот, неплохие курсы по java.
Правда, теории мало, так как человек делится своими мыслями, но довольно неплохо.
https://www.youtube.com/watch?v=uXMTq81jG7Y&list=P...
Тоже неплохой курс
https://www.youtube.com/watch?v=_jXDPfUKm58&list=P...
А теперь, самый главный вопрос - выбор языка и цель которую вы хотите достичь в программировании.
Вы говорите, что прочитали пару книг и поняли, что не хотите заниматься вебом, а хотите заниматься разработкой десктопных приложений на java. Поделюсь своим мнением... java не самое лучшее решение для десктопа и для игр. Да, технически вы можете создать какое-нибудь javafx, swing приложение на java. Но эти технологии со временем устаревают. Можно изучить фреймворк Spring и создавать десктопные приложения на нем. Другое дело, что вы будете декстопные приложения писать на C#. А для игр например.создан  фрейм Unity3d, который поддерживает C# (java не поддерживается). Java используется в энтерпрайзе. Соответсвенно, знание Java EE желательно. 
Можно конечно поизвращаться и написать десктопное приложение на java используя различные транспайлеры типа JSweet, который будет конвертировать ваш java код в javascript код и используя фреймворк ElectronJS написать десктопное приложение. Но как по мне легче изучить тогда Vanilla JS и писать сразу на нем, чем извращаться на java кодом)) Ну и java не подойдет для написания драйверов и т.д. Зато java & kotlin широко используются в мобильном программировании.