Как правильно инициализировать и вести GIT репозиторий?
Вы помоему не очень понимаете как гит работает.
Вы так шустро branch'и и tag'и с друг другом перемешали. Хотя связи между ними почти никакой. Обычная практика поддерживать несколько branch со стабильными версиями:
1_1_stable
1_1_development
1_2_stable
1_2_developement
# инициализация пустого репозитория
git init
# создание бранча 1_1_stable и заливка файлов в бранч
git checkout -b 1_1_stable
<добавляем файлы>
git commit -m "message here"
git push
# создание бранча 1_2_stable и заливка файлов
git checkout master #на всякие случай лучше начинать с главного бранча
git checkout -b 1_2_stable
<добавляем файлы>
git commit -m "message here"
git push 
если вы хотите сделать devel бранч, то идете сначала в стабильный:
git checkout 1_1_stable
git checkout -b 1_1_devel
и работаете с ним и мерджите потом в стабильный (когда готовы)
tag'и это отдельная история - боюсь что немедленной пользы вам это не даст, вы только еще больше запутаетесь. поэтому советую пока вы не разобрались с бранчами о тегах не думать особо.
Вот могу посоветовать хороший ресурс который поможет вам разобраться с GIT ссылка