Есть ли разница в коннекторах SATA для HDD 2.5 и 3.5?
Нет.
В проводе данных разницы никакой нет, стандартный порт саты 2,5 и 3,5 одинаковые, в slim-cd-rom обычно ставят mini-sata там разъем поменьше, но с него есть переходники на сату.
В проводе питания для 3,5 еще задействована линия 12В, которую не выдает usb.
Так что если переходник без внешнего адаптера питания (бывает с двумя usb разъемами: черный и красный), то 3,5 он не запустит по питанию.