Как обезопасить свой бекенд от разработчиков?
Во первых бекапы. Поломал - зафиксировали, отправили заяву в ментовку и восстановились из бекапа.
От закладок поможет наличие либо знаний, либо второго человека, который будет работать в комманде.
Ну и самое главное - хорошие отношения с работниками и не наё... с зарплатой, обещал - плати.
Чтобы себя обезопасить, нужно делать все официально. 
Договор, где все четко прописано. Права на продукт, всякие случаи тоже.
Платить исполнителям согласно договора через банковский перевод, а не из рук в руки без расписки. 
Соответственно и налоги тоже надо своевременно уплачивать.
Если очень страшно, то нужно научиться самому администрировать сайт продакшн - вносить изменения в БД, скрипты, делать бэкапы и прочие дела по хостингу. 
Но при всем при этом от закладок Вы застрахованы не будете, зато в случае срабатывания закладок сможете предъявить официальные претензии разработчикам. 
Если же у Вас все на честном (или не очень честном) слове держится, то никакой защиты от закладок у Вас не будет.