Как лучше собрать статистику соединений между 50+ серверами?
в iptables  логировать факты установки соединений (что-то типа описание_того_что_считаем_установленным_соединением -j LOG --log-prefix "Connection established"). Данные со всех серверов собирать с помощью Filebeat в ELK (Elasticsearch + Logstash + Kibana) для последующего анализа и визуализации.
На сетевом оборудовании между серверами настроить NetFlow.
NetFlow на три дня можно взять триалку.