Как навести порядок у себя на винте?
Просто нужно не лениться разносить вовремя всё из папки загрузки по конечным папкам, а лишнее/не нужное удалять сразу. А сама структура каталогов довольна проста, папка под игры, папка под музыку, папка под фильмы, документы, под дистрибутивы софта. Вовремя разносите по ним всё из папки закачек и хлама не будет.
Все что можно скачать не храню вообще, просто удаляю периодически. Кроме музыки т.к. её слушаю периодически. 
Вещи которые было сложно/долго искать сразу сохраняю в отдельный раздел. 
Вещи которые очень важны и их было сложно найти — бэкаплю в каких нибудь дропбоксах. 

Самый хороший вариант — переходите на линукс и пользуйтесь только консолью, без файловых менеджеров. Бардак сам исчезнет )