Проблема с проектом на php?
Те два примера, которые Вы привели в вопросе, в первую очередь про проектирование базы данных и код, который будет "обслуживать" их изменение. Тут надо спроектировать таблицы и их связи, поднять веб-сервер, настроить хоть-какой-то роутинг, написать эндпоинты для http запросов, создать простой фронтенд (или API)...
Скорее всего это уровень чуть выше того, с чем Вы успели ознакомиться.
Книги в статье в принципе хорошие, но там сборная солянка книг для начинающих  вместе с книгами по ООП, архитектуре и фреймворкам - это следующий этап после понимания базы. Мне лично когда-то помогла книга Котерова и Симдянова (тогда она была для PHP 5).
хранение книг, которые вы прочитали/купили;
...
Я просто создал массивы и подмассивы с необходимыми данными и всё. Что ещё нужно добавить?Допустим хранить эти данные дольше чем открыт браузер? Или привязывать такие списки к пользователю? И как-то хранить пользователей... И еще миллион всякого, понятно что на уровне "задача в 3 действия" все решается 2 массивами, но на уровне реального приложения работы в тысячу раз больше.