С чего начать учить java на ubuntu 16 desktop?
Гуглите лучше. Всё уже разжевано на тосторе не раз. Хоть бубунта, хоть венда, хоть мака, разницы нет. Поставили Oracle JDK, прописали JAVA_HOME и вперёд. Есть куча статей как это сделать в убунте. IDE на ваш вкус, но эталон сейчас - IDEA. Самый актуальный ресурс - оракловская документация. Из книг - Хорстман, Эккель, Блох + Шилдт как справочник. Как быть, что делать? Писать код, сначала примеры из книг, потом своё что-нибудь. Например, напишите файл-сервер, на который можно залить файлы через ftp, андроид приложуху, web-морду и SOAP - попробуете всё.
Начать можно с 
1. JavaRush
2. Канала Петра Арсентьева
3. Подготовке к теоретическим вопросам на собеседовании.
4. Устройство на стажировку в компанию, специализирующейся в разработке.
Настройка IDE, веб сервера и БД, в ubuntu относится скорее к администрированию и легко гуглится.