Один ООО и несколько проектов или один ООО — один проект?
Конечно создавайте 1, привязать к нему можно сколько угодно проектов.
Во-первых, Вы можете выбрать несколько ОКВЭД и к ним привязать отчетность.
Во-вторых, вести отчетность в 1 ООО гораздо легче, чем 2, 3 и т.д. 
В-третьих, защищать право на товарный знак можно тоже всякий раз на 1 ООО - вне зависимости от его названия. Конечно, есть брендовые компании, но, как правило, тогда надо смотреть в сторону публичный акционерных обществ. 
В-четвертых, привязка делается просто: получаете у любого нормального регистратора свидетельство на домен, что он Вам выдан и принадлежит, оплату, соответственно, делаете со счета ООО. Если нужна защита товарного знака и т.д., тоже не проблема - подаете заявку и регистрируете (хотя ТЗ для ТЗ - это излишне).  
Собственно, привязка в данном случае - это договоры, на основании которых Вы будете работать с контрагентами (включая оферты с пользователями); документы, кот. подтверждают Вашу деятельность (от целей в Уставе, до того же ТЗ); собственно, бух. и налоговая отчетность по разным ОКВЭДам. Ничего сверхсложного, т.к. многие компании изначально берут смежные виды деятельности и смотрят, какой выстрелит.
Сомневаетесь - пишите, могу порекомендовать что-то ещё.
Не забывайте поговорку об яйцах в одной корзине