Чем плоха MongoDB?
Почему не стоит? Стоит, она для этого и разрабатывалась. =)

А если вам модель хранения данных не подходит, то увы.
Недостаток не столько в том, что он использует память (что логично), как в том, что ему нельзя дать ограничения на ее использование. Если она кончится — редко выбираемый коллекции будут вытеснятся, тут все понятно, но если вы хотите что то еще запустить на сервере, загруженном большой базой монго — у вас это врятли получится