Что видит провайдер, когда я пользуюсь мессенджером?
Wireshark в помощь. Пров сможет увидеть ровно то же самое.
Есть такая область в информационной безопасности - traffic fingerprinting. Предмет области - распознавание определенных видов трафика, связывание их с определенными протоколами, приложениями, сервисами. Достаточно часто это возможно сделать, даже если сам трафик зашифрован. То есть содержимое передаваемых данных остается неизвестным, но известным становится факт использования какого-то сервиса или приложения. Признаки для этого могут быть самые разные - от вполне конкретных байт в IP-пакете или конкретных адресов серверов, к которым вы обращаетесь, до статистического анализа.
От первых двух вариантов, например, тот же VPN спасает, заворачивая соединение в тоннель, из которого оно выходит только после VPN-сервера, которым вы пользуетесь (который, вероятно, находится вне досягаемости вашего провайдера). Но наличие самого VPN-соединения провайдер определить, скорее всего, сможет.
Что касается конкретных мессенджеров - нужно изучать каждый случай и читать исследования на эту тему. Анализаторы трафика (в т.ч. коммерческие) могут иметь списки обнаруживаемых протоколов в документации.