Как заставить код JS работать в цикле PHP?
Вынесите JS за цикл php и напишите там нормальный код, который берет все элементы с такими классами и пробегает по ним и проверяет ваши условия. Что-то типо:window.onscroll = function() {
  document.getElementsByClassName( 'class' ).forEach( function( el, id ) {
      if ( isVisible( el ) ) {
        doSmthWithEl()
    }
  } );
}
с jquery это делается за пару строк
Ваши жс функции перезаписывают друг друга, вынесите жс отдельно за этот цикл и обрабатывайте нормально по евентам. дайте всем дивам одинаковый класс и в onscroll в цикле пройдитесь по всем элементам с таким классом и делайте с каждым что нужно.