Где и как вы храните SSH и PGP ключи?
Да где угодно. Лишь бы не было понятно, что это ваши ключи и что это вообще ключи.
какие инструменты вы используете для хранения SSH и PGP ключей?
домашний каталог. вопрос точно про linux?Нет желания после переустановки системы создавать новые ключи и обновлять их на серверах или таких сервисах как GitHib
можно держать домашний каталог на отдельном разделе. и иногда делать его бэкап.