Как защитить код?
Но как защитить сам код? - как вариант, переписать бота на C/C++.
Упаковываем ботов правильно: файлы .ini и .pyz

Я даже боюсь представить, что там за секретный код, судя по вашим предыдущим вопросам)):
Как в telebot отправлять сообщение определенному пользователю?
Как спарсить json ответ?
Как добавить объект в список json?
Как сделать кнопку с ссылкой в telebot python?
Просто выложите для всех - заказов больше соберёте!