Mail.app версии 7.0 в OS X 10.9: не работают смарт-папки, а у вас?
Все-таки сам нашел ответ в выключенном Spotlight.
Включаем так:

sudo launchctl load -w /System/Library/LaunchDaemons/com.apple.metadata.mds.plist
sudo mdutil -a -i on

и все начинает работать.
Работают. Права восстанавливали?