На что переходить предприятию: Windows Server 2012 или RHEL7?
Отсутствие официальной поддержки никак не мешает продолжать ею пользоваться, особенно если для выхода в инет стоит что-то адекватное, и АД домен наружу не видно.
в случае 2003 - у вас даже проблем с совместимостью нет, а главное, вы судя по всему не пользуетесь Exchange, поэтому домен развивать особо и не требуется.
Я бы посоветовал не апгрейдиться на 2012 сервер, а оставить как есть, парралельно пробовать, подойдет ли вам Линукс решение и переходить на него в любое свободное время.
P.S. В личной практике знаю несколько мелких организаций знаю до сих пор на Windows-NT домене, не жалуются.
Парочка на 2000 домене, для нужд хватает.
Функциональности этих сетей для того, чтобы люди работали (организации не айтишные) - выше крыши.
Если есть домен и много машин на windows я бы рекомендовал windows server 2012 r2, одна стандартная лицензия даёт возможность поставить систему с hyper-v, а контроллер домена поставить на виртуальную машину.  Плюс если хватает мощности туда же можно виртуалки centos/debian сувать под разные нужды.  
Что реально хорошего в винде - hyper-v, ad, сервер терминалов.  Остальное по возможности я бы держал на centos/debian
Хотя смотря как используете ad и тот же gpo, может это успешно можно заменить ldap и puppet.