Как сделать, если цифра 0, то class="noactive", если больше 1 «active»?
Как вариант сделать так:<span class="minicart-number mn-<?php echo yith_wcwl_count_products(); ?>"><?php echo yith_wcwl_count_products(); ?></span>
И создать класс:span.mn-0 {
  color: ...;
}
с отдельным цветом для нуля, можно будет сделать еще классы для 1, 2 а в minicart-number будет цвет по-умолчанию.
Ну или например так:<span class="<?=(yith_wcwl_count_products() > 0) ? 'minicart-number active' : 'minicart-number noactive';?>"><?php echo yith_wcwl_count_products(); ?></span>