Почему при слиянии веток открывается vimdiff с тремя окнами?
Должно быть, это стандартный вид для 3-way merge -- общий предок, изменения в одной ветке и изменения во второй ветке.
наверняка в hg есть варианты алисаов или настроек diif-tools (в git точно есть) можно указать вместо открытия трех файлов только два