Что посоветуете использовать: strongswan или openvpn, etc?
Мне кажется за двумя nat корректнее будет работать OpenVPN, хотя стоит попробовать 
L2TP, теоретически тоже протолкнётся. Внутри L2TP поднять ipsec.
Раз микротик, то strongswan без вариантов.