Как проектировать приложение с нуля?
Я бы посоветовал книгу Крэга Лармана "Применение UML 2.0 и шаблонов проектирования".
Ну а так можно начинать проектировать простые приложения с Базы Данных, думаю для начинающих это проще и эффективнее. Можно конечно посоветовать почитать Эрика Эванса про его методологию DDD (Domain Driven Design - проектирование на основе предметной области), но думаю мозг сломаешь и на ранних этапах от нее пользы точно не будет.
Что касается проектирования UI, то здесь могу посоветовать паттерн MVP (Model-View-Presenter).
А то, что прочитанный вами материал неполный, то интересно как вы это определили? Спросили у экспертов?
Вообщем в книге Крэга Лармана много чего есть, сначала следует начать с нее.
Начинаю с мокапов экранов на бумажке, чтобы понять, что именно я собираюсь делать. 
Потом делаю прототип, почти без логики, в основном вьюшки с захардкожеными данными.
Становится понятно, что за сущности мне будут нужны. 
Берусь за MVP, т.е. превращаю прототип в рабочее приложение, т.е разбиваю вьюшки прототипа на компоненты, добавляю модели, слой логики, привожу в порядок структуру приложения.
Дальше "наращиваю мясо" на MVP, пока не наберётся критическое количество изменений, потом делаю большой рефакторинг, после - "релиз".
Мне нравится книга «Getting Real» от 37 signals, бесплатная, вроде уже перевели.