Как сделать, что бы файл пополнялся, а не перезаписывался?
1. Прочитать и распарстить файл
2. Добавить пользователя в объект полученный в п.1
3. Сохранить объект в файл. (и молиться что в этот момент другой запрос не перезаписал файл)

Или выкинуть этот бред и взять БД (да хоть тот же sqlite)
Так вы каждый раз в пустой массив добавляете одного пользователя и пишете в файл. Надо читать из файла в массив, а потом уже добавлять юзера и сохранять в файл.