Насколько надёжно использовать GParted (или другие linux-программы) для работы над ntfs разделами?
Просто надо всегда помнить что при людей работе с дисками вы можете потерять все данные 
Поэтому у нас всех есть бекапы
Я тоже не сталкивался с повреждением данных при работе с GParted. При этом лет пятнадцать назад терял данные при работе с аналогичной программой от Acronis.
По моим ощущениям, GParted работает медленней (в операциях по перемещению данных), вероятно в него заложены "перестраховки" для уменьшения вероятности повреждения данных при аварийных завершениях работы или пропадания питания.