Как считать вклад в проект при долевой собственности?
Долю вынести на определенные этапы -- пересчеты доли: стартовый пересчет доли, привлечение новых финансов, уход долевика -- его долю раскидать на всех
Текущие вклады (не долевые) принимать как обмен работы на деньги (не дивиденды, а именно затраты). Соответственно кто сколько тратит времени, сил и какая эффективность часа -- все отражается в зарплате.
Просто доля -- очень скользкий момент и его вплетать во все аспекты нельзя, лопнет логика почти сразу
Если что, можно на старте выделить некий ничейный пулл из стартовой доли, который будет тратиться на "вознаграждение долей" в процессе работы. Можно придумать правила его распределения и лимиты по времени -- ну к примеру через год все нужно дораспределить.
Этот пункт гибкий тем, что на входе у всех и есть доля и при этом не большая и походу жизни проекта можно донакинуть тем, кто делает большой вклад.
В целом -- справедливости не добиться, но можно добиться прозрачных правил
Как в этом аду не сойти с ума и распределить деньги максимально справедливо, чтобы все остались довольны?Никак. Деньги вообще невозможно распределить справедливо, да еще и чтобы все остались довольны. Это невозможно в принципе, в любой ситуации.
По поводу оформления - нужно знать что за организация, форма собственности.
А вообще все просто- 
X- общий капитал организации.инвестор даёт 100 тыс. рублейего доля в процентах  X/100тыс.Далее двое человек работают вместе 3 месяца (за долю)Доля каждого из них в процентах равна X/(зарплата*3).присоединяется еще один (за долю), и они уже втроем работают еще 3 месяцаТо же самое - X/(зарплата*время работы)Потом первый теряет веру в проект и уходитЕго право. Доля остается за ним, если в договоре не указано иное.У всех людей разная стоимость на рынке труда. То есть их время не равноценно.Разная, но известная, так что не проблема.После ухода первого человека (программиста) команда решила отказаться от половины его работы, потому что проще переписать часть кода с нуля, чтобы закончить всю его работу.Это ни на что не влияет. Работу то уже оплатили.Самый первый месяц работы вообще холостой, потому что выбрали не ту архитектуру, пришлось отправить всю проделанную работу в корзину. Но был получен ценный опыт. В каком-то смысле это тоже вклад, хотя опыт личный.Люди работали, получили оплату. Проект приносит доход каждый месяц (разный). Из оставшихся людей один совсем обленился и хочет просто получать деньги. Другой продолжает работать, развивать проект, занимается продвижением. И через 3 месяца присоединяется еще один человек, тоже в долю, но работает в пол силы, по вечерам (после штатной работы в другом месте).Ну человек и идет в долю, чтобы потом не работать а получать.
Поэтому обленившийся получает свою долю и все.
Другой получает свою долю и зарплату.