Как составить письмо руководителю о нелегальном ПО?
Самое главное - это осознать, что наличие такого письма или другого подобного документа трактуется, как преступный сговор. Если руководство не готово в кратчайшие сроки отказаться от пиратского ПО, лучше сразу уволиться.бухгалтерия отмазывается на нехватку денег
Пусть тогда используют открытое ПО.
Служебную записку написать можно, но ОБЯЗАТЕЛЬНО с приложением плана мероприятий по удалению контрафактного ПО и переходу на легальное ПО (образно: завтра удаляю нелицензионное ПО с PC1, послезавтра с PC2 и т.д.). 
Если на этом документе появится любая резолюция, отличающаяся по смыслу от "согласовано", то выход только один - заявление на увольнение (копию служебки в прокуратуру по желанию).