Какие есть best practices при смешивании вёрстки с php?
Браузер рендерит страницу на основе сгенеренного сервером html, отступы в шаблоне для него не имеют значения. Отступы при смешении php и html нужно делать во благо читаемости.
На заметку - в шаблоне надо использовать альтернативный синтаксис управляющих структур. И <?php echo заменять на <?= .
А что мешает перед отдачей (уже готовой страницы в сокет), выравнивать все отступы в html-коде через php tidy?
Отлично работает и не нужно ничего изобретать.