Ограничение по количеству выполняемых процессов (nginx + php-fpm)?
504 это таймаут, логично что скрипты не успевают отработать
правильная стратегия смотреть что происходит со скриптами
временный фикс увеличить все таймауты в нгинксе и пхп
В логах не может быть все чисто. Смотрите  error log у  nginx