Как изменить header.php для магазина woocommerce?
Все работает на стандартной функции get_header(), сделать можно.

1.Свой header для woo?
В корне темы создать файл header-shop.php (он и будет подгружаться по умолчанию)

2. Сделать например свой header для товара?
А. В корневой папке темы создать папку (если нет) woocommerce 
( САЙТ\\wp-content\themes\МОЯ ТЕМАт\woocommerce )
Б. В нее скопировать из папки САЙТ\wp-content\plugins\woocommerce\templates файл single-product.php в созданную папку в пункте А
В. В single-product.php заменить 
get_header('shop') на get_header('mystore')
Г. В корневой папке темы создать файл header-mystore.php, который и будет хедером.
Д. Если нужно создать еще одну шапку, то делать по аналогии.

P/S 
Много тупых советов можно получить от "экспертов". Представляю какие сайты они делают...
И Woo писали действительно жадные дебилы. Их логика в том, чтобы никто не мог разобраться в множестве хуков, переменных и т.д + за каждое простейшее изменение платил деньги или устанавливал еще бестолковые плагины, а результат - тормоза, много обращений к базе данных и куча мусорного кода.
Тут либо отказываться от woocommerce.php и пилить свои шаблоны. Дорого, вероятно хрупко, и глупо.
Либо писать свой API. Например так: get_header(apply_filters('my_shop_header', 'shop'));
И потом в functions php на условных тегах подставлять нужные шапки.
Не совсем WP API. Но иначе сохранить совместимость с системой шаблонов Woo будет проблематично. А она отличается от системы WP.
Проще написать свой магазин, но по затратам это будет в 10-100 раз дороже. Птм надо выбирать. Изобретать велосипед или добавлять свой интерфейс.