В чем отличие phalcon-micro от phalcon?
Тем что в micro - урезанный функционал. Вам недоступно большая часть событий.
Встроенный router, dispatcher, и соответственно только их (но и не все) события.  Запрос обработанный через микро не уйдет дальше него.
Это что-то похоже на приложение где 1 контроллер и больше ничего.
Уже инициализированные request, response, и отдельно стоит view, его надо инициализировать, но микро сможет его использовать без лоадера и DI.
Но все еще можно включить нормальный DI, автозагрузку файлов, модели, и все прочее, кроме Dispatcher, Router.
Также есть microCollection, используя его можно уже писать и использовать более 1 контроллера, причем запрос может быть обработан с помощью 2 и более контроллеров. 
А по скорости отличаются потому как, что будет быстрее более нагруженное или менее нагруженное приложение? - ответ очевиден.
Простите, но именно "один это full а другой это micro".
Есть там такая штука: docs.phalconphp.com/en/latest/reference/micro.html
там нету DI (нормального), нету такого разделения на компоненты... но простые вещи можно писать.