Как организовать структуру проекта на Flask?
Посмотрите на Larger Applications от Ронахера. 
Мне нравится, на него опираюсь в разработке средних проектов.
В сети попадались проекты-заготовки на flask, посмотрите их структуру. На вскидку вспомнил: flask-kit  fbone 