Если уже залили шелл и хотят слить мой скрипт?
Отключить nginx, далее уже разбираться без суеты, изучать новые файлы, логи, бд и т.д.
Вы же не хотите сказать, что php у вас может (имеет права) менять системные файлы, запускать любые процессы и т.д.?Хакер залил и хочет слить проект в паблик.Это очень странное заявление, т.к. происходит это обычно очень быстро. Пока вы думаете, что делать, проект уже будет слит. Ну, конечно, если это не мега тяжелая база через узкое соединение. Так что хакер сначала сольет проект, а потом уже будет хотеть выложить его в паблик, лениво переписываясь с вами или с кем-либо еще.
В общем случае совет - сразу отрубить всё, что только можно, а потом думать. В идеале должен быть физический доступ, чтобы обрубить интернет. Хотя в теории зловредный скрипт может быть настолько умным, что его автономные действия будут опаснее, чем при управлении хакером удаленно, но такой скрипт сделать сложно и дорого, поэтому это редкость.
Как защитить сайты от взлома?