Стоит ли учить сейчас Node.js?
Выучите, наконец, JavaScript и отпадет необходимость "учить" node.js, io.js, jQuery и прочее-прочее-прочее...
io.js обратно совместима с node. Это аболютно одна и та же технология, только в io используется более свежая версия движка V8, что позволяет использовать больше фич из ЕS6. Собственно, все различие перечислено в этой таблице: kangax.github.io/compat-table/es6/#iojs