Возможно ли разбить группы Вконтакте на которые я подписан по папкам?
Разбить на папки - никак. Но! В новостях щёлкаете на плюс (рядом с лентой) и выбираете "добавить вкладку". Там можно рассортировать все новости со всех пабликов.
Стандартными способами, на сколько я знаю, это невозможно.