Зачем ipsec помещать в ipip?
Давай по-порядку. Зачем вообще юзать IPSec - для того, чтобы защитить трафик идущий по публичным (или не очень) сетям. Сделать возможность перехвата, расшифровки или компрометации трафика минимальной. Для этих целей подходят туннели типа OpenVPN и IPSec (всё остальное либо проприетарное, либо ломается на ура). 
Имхо, oVPN больше подходит для приземления клиентов, а IPSec для связи сетей. 
Дальше. IPSec способен работать в двух режимах, туннельном и транспортном. 
Тот что ты описал - туннельный - после появления первого пакета с данными, подходящими под условия политики - поднимается туннель и остаётся открытым пока идёт траф или таймаут его не убьёт. Туннельный режим хорош тем, что, действительно, настроил политики и всё работает как бы само.
Транспортный режим - соединяет трафик идущий между двумя точками - между двумя устройствами - без построения туннеля. Т.е. просто (де)шифрование пакетов. И для построения туннель нужно будет использовать отдельно IPIP, или L2TP или любой другой протокол Point to Point. 
Нафига же нам может такой понадобиться? Например если у тебя соединяются не две отдельные сети, а несколько с каждой стороны (политик в этом случае нужно в X*Y). А может ты строишь множественную связность, когда нельзя однозначно сказать через какой Peer доступна та или иная сеть (например с ospf внутри). А может быть у тебя по туннелю гоняется не IP трафф (а телефония или мультикаст или FoIP или ATAIP). А может так же ты гоняешь l2 пакеты (например, сбриджевал два офиса и у них общая адресация - при небольшом расстоянии вполне себе решение). А ещё иногда нужно перестроить сеть без сброса всех активных туннелей (что в предыдущем случае невозможно). В целом использование транспорта IPSec - гораздо более удобнее.
Я бы немного по другому ответил.
поднятый туннель под ipsec, нужен только для того чтобы уменьшит количество политик ipsec. 
Так как в туннеле происходит инкапсуляция трафика, то мы можем городить любые маршруты. а в политиках IPsec прописать только два  ip адреса =)
Если вам действительно это интересно то посмотрите на реализацию такой схему как "IPsec over GRE in loopback", как только разберётесь в схеме, сразу поймете для чего делаются тунели под IPSec