Как сбалансировать жёсткие диски на компьютере?
Насколько я знаю, нет такого решения, и система не будет балансировать подобные вещи сама.
Просто ставь систему и нужные программы на ssd, а файловую помойку на hdd вручную.
Карандаш и Лист бумаги, разделенный на две колонки устроит?

Тогда берете и составляете для себя укрупненный план размещения программ и данных.

Далее разово переносите / переустанавливаете ручками, а потом вешаете листок рядом с монитором и пытаетесь жить по похожим правилам. 

Как перестает хватать места, то чистим или покупаем диски большего объема.

Также учти, что в ряде случаев может помочь автозапуск программы при загрузке компьютера или при входе в систему. 
Добавь оперативной памяти. Некоторые месяцами живут не закрывая среды разработки / ТоталКомандера / веб-браузера / etc.
Только для них каждая перезагрузка компа - это стресс.