Как отправить запрос программе с сайта?
Для того, чтобы тебе ответить, надо понимать твои фантазии.
поэтому напиши подробно, что ты понимаешь под такими терминами, каксерверпрограммазапросконсоль
плюс было бы полезно знать, для чего это все тебе понадобилось
Свой собственный протокол сделать, например. Гугли в сторону Custom Protocol handler.