Сделать git clone в не пустую директорию
не изменяемую часть вынесите в отдельный реп и сделайте submodule (если оно все лежит в одной папке), и итоге когда вы будете клонировать реп о у вас там будет только ваш код, а но всегда есть возможность вытянуть и фреймворк
Может сделать так, чтобы изменяемая часть лежала в отдельной директории?