Как правильно хранить данные программы?
СУБД, например H2 (если речь java), или любая, которая нравится.
Если количество данных у Вас ограничивается всего-лишь одной записью: "время, подсказка, статус", то проще всего запилить конфиг файл и хранить там. Если будильник не один, плюс хочется еще какие-то данные помимо этих хранить, то тут уже целесообразно подключить СУБД. Embeded вариант, той же H2 в этом плане очень удобна. Впрочем Вам ее уже посоветовали :)