Какую функциональность обычно используют в PHPStorm?
1. xdebug. ежедневно, когда правлю баги. Как вы можете без неё жить ? :) 
echo/var-dump/print_r ? Они же хуже, в разы, 
xdebug ускоряет дебаггинг раз в 10
2. комиты напрямую через IDE, - git, svn 
Почти не пользуюсь сторонними приложениями для этого.
Git так вообще очень удобно мержить, решать конфликты и тп.
3. терминал внутри IDE - очень удобно для запуска того же gulp, composer install, и тп
4.  Авторефакторинг при переименовании классов, неймспайсов и тп.
5. Перемещение файлов.
Подумайте подругому:
Какие вы программы используете в работе ? И можно ли всё это объеденить в одной программе.
Например, я использую:
1. бразуер
2. SQL редактор (периодически)
3. Phpstorm
Если бы в шторме был удобный SQL редактор, то наверное я бы и его использовал :)
Здесь нужно понимать, что для разработки плугинов для вордпресса Шторм действительно не нужен. 
Но на проекте со сложной структурой и контролем версий он незаменим.
Большую часть причин уже указали, а от себя добавлю Плагин для симфони, который просто маст хэв при работе с этим фреймворком.