Где можно безопасно хранить токены в десктопе?
В случае маков можно хранить в keychain.
https://developer.apple.com/documentation/security...

В случае некоторых дистров линукса - тоже , но надо смотреть для каждого.

В случае винды - можно использовать DPAPI 
https://learn.microsoft.com/en-us/previous-version...

Во всех случаях можно хранить не сами токены, а ключи для расшифровки, а сами токены держать зашифрованными в файлах

UPD: на винде есть ещё https://learn.microsoft.com/ru-ru/windows/uwp/secu...
А на линуксе есть libsecret

UPD2: есть готовый Крейт, который это всё многообразие обобщает: keyring
Мы в своём Electron-приложении для хранения паролей используем keytar. Он хранит пароли в наиболее подходящем для каждой ОС месте:
A native Node module to get, add, replace, and delete passwords in system's keychain. On macOS the passwords are managed by the Keychain, on Linux they are managed by the Secret Service API/libsecret, and on Windows they are managed by Credential Vault.
Пользователи счастливы, мы особых проблем не имеем с этим.

Т.к. вы пишете на Расте, я бы предложил вам keytar-rs, но этот крейт выглядит не очень популярным (пока), поэтому используйте осторожно.