Как отобразить дерево каталогов проекта в PhpStorm?
Если перестало отбражаться дерево каталогов проекта или изначально не отображалось, перейдите File->Settings->Directories и выберите Add_Content Root (путь к директории проекта)
А ты уверен что у тебя файлы в папках?
Папка Project у тебя открыта... там отображается текущая структура проекта как она есть.
Или ты что-то клацал?
Как вариант решения - удали проект. Создай заново.