Как инкапсулировать в backbone?
Откройте для себя настоящую модульную систему — Require.JS или Browserify. Первая гибче, зато не требует шага компиляции, ко второй больше плагинов и у нее меньше оверхед.
P.S. По хорошему, уже можно (и даже нужно) начинать писать на ES2015 и юзать тамошние модули и прочие плюшки.
Используйте Marionette, там есть система модулей и много других полезных вещей.