Может ли оператор связи выпустить дубликат моей Сим-карты и сделать так, что некоторые SMS приходят только на этот дубликат?
В последних сериях сим-карт дубликат сделать невозможно. Если активируется вторая симка ,то тухнет первая (не ловит сеть). Такое реально сделать если у тебя телефон на андройд и вирусня на нём )) Вирус скрывает входящие смс от определённых отправителей и автоматом редиректит их на другой номер. Это можно проверить взяв детализацию у своего сотового оператора. 
Хочу уточнить что речь идёт про российских операторов.
Дубликат сделать точно можно, а насчет настройки смс - скорее всего нет