Аппаратный райд vs Программный?
Лучше программный, либо отдельно поставить аппаратный контроллер. Доверять рейдам на материнке не стоит.
Встроенный в материнку рейд в нетоповых моделях обычно представляет из себя софтварное убожество. Ну как правило, я не знаю чего там на вашем асусе.

По опыту работы я скажу что программный рейд gmirror во фре немногим уступает некоторым аппаратным. Разве что у него батарейки нет и отдельного процессора и памяти. 

Однако вот в этих рейдах что идут на борту, зачастую тоже нет ни батарейки (по любому), ни проца своего ни памяти.

И тут возникает вопрос. А правильно ли схватят его драйвера FreeBSD? И если да, можно ли будет увидеть отдельные диски за этим рейдом? Как мониторить статус аппаратного рейда?

Вот этих вот всех вопросов не возникает при использовании gmirror.

Я за gmirror.