Узнать / сравнить в каком месте произошло изменение сайта?
Лет 7 назад, в качестве левака мне давали сайт в котором не могли отбиться от созданий шеллов через дыры. Git позволил быстро вычищать залитое, поставленный логгер через auto-prepend-file секущий подозрительно большие get post зарпросы позволил быстро находить дыры через которые заливали.
я не сильно разбираюсь в дырах, вирусах и т.п., но если нужно найти где поменялся код, использую простой скрипт https://disk.yandex.com/d/AEEqcHeP922fRg (скачал в инете), он сравнивает файлы на наличие изменений и выдает где менялось, удобно смотреть.