Проблемы и недопонимание при регистрации домена,как опубликовать сайт?
На будущее - структурируйте текст. Прочитал примерно треть, смысл проблемы в общем-то вроде как понял, остальное читать просто лень...
1. Вас запутала терминология. "Домен" в AD и "домен" в тырнете - совсем не одно и то же. 
2. НИКОГДА не держите сайты на сервере AD! Вирутализация - наше все. Хотите поразвлекаться с виртуализацией от Билли - ставьте Hyper-V, для винды вполне пойдет. На сервере AD должен быть ТОЛЬКО AD. Ну еще могут быть другие системные оснастки - внутренний DNS, DHCP, служба сертификатов, WSUS...
3. Если нет опыта в линухе - сайт лучще положить на хостинг. Честное слово. IIS же лучше сразу, как страшный сон... 
4. Если нет понимания работы DNS - то DNS тоже лучше всего купить у прова, обычно крупные провайдеры его предлагают. И НИКОГДА не держать на винде сервисы, к которым обращаются извне напрямую, какими бы безобидными они не казались! 
5. Если отдавать на хостинг не хочется - подымите вируталку с линухом, на котором заведете и сайт и DNS.
Это вариант стрельбы в ногу из противотанкового гранатомета...
Пока не поздно - меняй имя домена AD на любой "неинтернетный" например aemtk.edu.local