Ограничения в ext4?
Хабр — кладезь знаний:)

В настоящий момент один каталог Ext3 не может содержать более, чем 32000 подкаталогов. Ext4 снимает это ограничение и позволяет создавать неограниченное количество подкаталогов.

habrahabr.ru/blogs/linux/58183/
Right now the maximum possible number of sub directories contained in a single directory in Ext3 is 32000. Ext4 breaks that limit and allows a unlimited number of sub directories. Источник