Своя иерархия папок в Symfony?
1. https://github.com/symfony/recipes/blob/master/doc... 
Но идея плохая, т.к. миграции - это не код.
2. Можно при конфигурировании контейнера и роутов в Kernel.php разбирать структуру папок и подключать все динамически там.
3. Нет. Как создать entity не по стандартному пути?

FYI, моя структура папок сейчас выглядит так:
migrations/
src/
-- Controller/
---- User/
---- ModuleName/
-- Entity/
---- User/
---- ModuleName/
-- User/
--- Dto/
--- Repository/
--- Service/
-- ModuleName/
--- Dto/
--- Repository/
--- Service/
Во-первых, нет заморочек с конфигурированием, во-вторых, если первый раз включаешься в проект, то идеально сразу видеть набор сущностей и контроллеры, а не бегать по папкам модулей в их поисках, плюс контроллеры часто сложно отнести к какому-то конкретному модулю.
3. Путь можно указывать в настройках maker bundle, сразу в командной строке - нет https://symfony.com/doc/current/bundles/SymfonyMak...
2. Разве аннотации привязаны к неймспейсу? Главное ведь их импортировать в нужном классе.  Проблемы могут быть разве что со сваггером ( наверняка его тоже можно донастроить)
1. Нужно указать дополнительные пути для считывания миграций в конфигах https://symfony.com/doc/master/bundles/DoctrineMig...