Названия директорий с точками, могут ли быть проблемы?
Все нормально будет. Даже при переносе на винду.
Проблемы могут быть с кривыми приложениями/скриптами.
Если они как-то используют regex при обработке имен файлов, то при попытке удалить example.com, к примеру, удалится и что-то типа example-com (точка в regex означает "любой символ").
А так, с точки зрения ОС - это вполне легальное имя.