Каким образом организовывали код до применения архитектуры MVC при веб разработке?
Нет. Вообще все это логично и было еще до вэба, принципы сильной/слабой связанности и все такое. В контексте PHP - раньше PHP составляло только букву V в проектах на плюсах. С тех пор много чего изменилось.
Ну и опять же, эффективнее слабосвязнных систем быть ничего не может, назовете вы это MVC или как-то по другому, суть от этого не меняется.
В PHP до версии 5 не было ООП, а практически все шаблоны проекирования предполагают использование объектов. Выкручивались кто как мог. Получалось по-разному. В основном кака.