Что лучше использовать для хранения информации /home или просто смонтированный диск?
Отвечу что бы было понятно. 
Рекомендации по разбивке пошли не от хорошей жизни. 
/boot
/
/var
/var/db
/home
они отличаются сценариями использования. 
Первые 2 прогнозируемый размер и активность, все остальные непрогнозируемые.
Что же до накосячил тут все просто. 
идете в свою папку и убираете . папку с именем программы и все восстановится. 
В виндоуз сильно сложнее, придётся реестр  использовать
Если тебе твои настройки не дороги, как понял из твоего описания, то используй просто отдельный диск для хранения своих данных. Ничего плохого в этом нет.