Как ускорить web-сервер на флешке?
Перенести всё, что относится к дисковому вводу-выводу (сессии, кеши, что там еще?) в память. Логирование на диск отключить.
Если задача состоит в том, чтобы приемлемо быстро работало на сменном носителе (а не именно на флэшке), то может внешний ssd-диск попробовать?