Как сделать backup сайта на 1c-bitrix вручную?
Так не рекомендуется делать, потому что Битрикс пишет  конфиги в несколько файлов. И при переносе штатными средствами изменяет их значения в зависимости он нужного хоста + вносить правки в базу. 
Если хотите перенести вручную, то нужно сделать бекап всех файлов, кроме папок:
bitrix/backup/*
bitrix/cache/*
bitrix/managed_cache/*
upload/resize_cache/*
bitrix/html_pages/*
Сделать бекап базы
После переноса отредактировать следующие файлы 
bitrix/php_interface/dbconn.php
bitrix/.settings.php
Все таки нужно делать штатными средствами.
Вам никто не даст гарантию при раздельном бекапировании файлов и БД что все развернется и будет работать хорошо. Я даже предполагаю что результат будет fail. Даже если вы и восстановите нормально - все равно на каком-то модуле, этапе работы может быть конфликт.
Это мои предположения.