Как разрешить всем пользователям доступ к папке linux?
chmod -R 777 /usr/local/bin/bot

папка bot будет иметь разрешение для всех
/usr/local/bin/bot/bot.py
Правильнее такое размещать в opt
mkdir /opt/bot/
chmod -R u+rw  /opt/bot

А потом уже копировать.