Как быстро загружать изменения на сервер при работе программиста?
PhpStorm умеет подключаться к хранилищу на удаленном сервере.
А вообще: лучше делать через систему контроля версий, внес исправления, протестировал, закоммитил, на сервере апнул - все счастливы.
Во многих IDE, в том же Netbeans, есть подобная реализация.