У вас тоже Atom так устанавливается?
Установщик atom не предлагает пути установки.
Бывает случаи когда после установки программа не появляется в меню пуск.
В качестве альтернативы Вы можете скачать zip файл последний версии atom с github и распаковать его в удобном месте:
https://github.com/atom/atom/releases
В распакованной папке Atom находите Atom.exe и запускаете его.
Важно понимать, что Atom не является полноценным IDE, таким как Netbeans или PhpStorm, например. Это простой текстовый редактор с расширенными возможностями, которые можно настраивать под свои нужды.Установка на Windows 7 не вызывает затруднений — скачиваем установщик с офф-сайта и запускаем его. Настроек никаких особых не нужно производить кроме указания пути установки.