Какие подходы позволят написать зашифрованный сайт, у которого нельзя расшифровать код?
Не существует кода, который нельзя расшифровать - иначе, это не шифрование. Все что может быть расшифровано - может быть расшифровано. Вопрос лишь во времени и ресурсах. Просто потому, что защита отстает от атаки на один шаг. Защититься от неизвестной атаки невозможно. В целом же, либо используете любой компилируемый ЯП и стандартные механизмы обфускациии и шифрования полученного бинарного файла либо сами пишете свой компилятор/обфускатор/шифровальщик. Примера ради посмотрите на историю попыток защиты игр - все популярные игры через несколько дней/недель/месяцев оказываются на торрент-трекерах для свободного скачивания и игры.
Бэкенд можно написать на чëм-нибудь компилируемом.