HDD, 500к файлов, затрещал, почему?
Купил винт на 6 Тб (WD Blue) и записал много файлов, около 500к
Главный вопрос сейчас в том, насколько важны для вас эти файлы и есть ли у вас их копия.

потом пошел треск с винта с периодичностью в 0.5 секунды
По описанию сложновато представить однозначно, вот примеры издаваемых HDD звуков. Что-нибудь похоже на то, как трещит ваш жёсткий диск?

Это заводской брак, или неправильное использование винта?
Дальше нужно понимать что важнее - сохранить информацию на диске, или разобраться в проблеме? 
Если данные критически важны, то лучше вообще остановиться и не мучать диск ничем и никак. 
Если есть копия или возможность рискнуть, то начните с просмотра SMART, это можно сделать в Р.тестере: https://rlab.ru/tools/rtester.html

Эта же программа покажет использует ли ваш диск SMR или нет. 
Затем, если будет видно, что диск не при смерти, можно подумать над тем, чтобы сделать тест чтения. 

Но по-хорошему, если будет видно, что диск скорее исправен, чем нет, начать лучше с копирования самых важных данных на другой носитель.
Это неисправность. Если не роняли в процессе, то эксплуатация тут не при чём.