Как организовать ip атс без телефонных аппаратов ( использовать компьютер и микрофон с наушниками)?
Собственно, так и организовать - использовать компьютер, софтфон и гарнитуру. Ну и сервер для АТС развернуть.
Для IP АТС совершенно пофик, кто к нему цепляется, и есть ли у него вообще телефонный номер.
Софтфонов сейчас на любой вкус со всевозмоджным набором функционала. 
Но там наврядли будет эффективный кодек G.729, а сравнимый с ним speex наврядли поддерживает провайдер, и станции придётся перекодировать.