Каким образом правильно управлять CRON через PHP?
Привет! 
Вот есть статья про это
А вообще, самый удобный и простой способ - crontab, с помощью команды crontab -e
 Для помощи в создании расписания есть сервис crontab.guru
Вопрос: каким образом правильно управлять CRON через PHP? Точнее изменять время запуска.Если отвечать на Ваш вопрос буквально - то: просто находите файл с заданиями (который вы до этого редактировали) и редактируете его с помощью PHP (надеюсь, примеры того на ПХП редактировать текстовые файлы Вам не требуются?), предварительно установив на редактируемый файл права, позволяющие его редактировать из скрипта... Там есть ещё ряд нюансов, но, это довольно плохая в целом идея, по ряду причин. Нормально она бы выглядела только в том случае, если бы Вы писали какой-нибудь крон-менеджер для панели управления, например.
Вам же лучше будет использовать один из тех вариантов, что Вам предлагали выше:
1. Запускать скрипт каждые N-времени, а в самом скрипте уже проверять, нужно ли что-то выполнить или нет
2. Использовать сервер очередей, например, Beanstalkd, по мере необхоидмости добавляя туда нужны задачи, которые будут обрабатываться (выполняться) другим скриптом, обслуживающему очередь (этот скрипт соотв. будет запущен на постоянно основе)
3. Если же же Вам нужно разово выполнять какую-то задачу (команду) в точку времени X (например, удалить файл через 5 часов после того как он был загружен) - не забывайте про планировщик at, добавлять туда задания можно с помощью shell_exec (при условии достаточных прав для этого)