Есть ли способ отложенно обновлять записи в БД?
Вам нужна очередь (queue). Из скрипта данные кладутся (push) в очередь, а затем кроном из нее достаются (pull) и обрабатываются. Там работает практически весь популярный функционал большинства highload-проектов (например, мессенджер).
Нафига такие сложности? Просто обновлять записи не судьба? Сколько у вас в час будет update'ов?
А вообще очередь решит вашу проблему?