Как принудительно обновить сертификат letsencrypt?
certbot renew --force-renewal --cert-name domain.tld
Какой именно cert-name у него, смотреть в папке /etc/letsencrypt/live/ на имя
Папка с числом на конце обычно используется в качестве цели ссылки в каталоге live, поэтому при использовании путей к файлам вида /etc/letsencrypt/live/domain.tld/(chain|cert|privkey).pem ничего поломаться не должно.