Как разбить пару дисков по 3Tb под proxmox?
Про «swap не нужно зеркалирование» — поверьте, чушь. Если у вас на лету на overloaded-сервере вылетит диск со swap-разделом, на котором в тот момент были данные — то может случиться всё, вплоть до kernel-паники. 

На /boot не ставят ext4 исторически (раньше grub не умел ext4). Ну и да — он там правда не нужен. Технических же проблем для этого уже нет.

> не рекомендует отдельный раздел /boot, если планируется RAID1;
Внезапно вы можете оказаться с загрузчиком, который не умеет собирать raid1. Опять же — по факту, технических препятствий в stable debian'e для этого нет.

> чем обуславливается размер /boot раздела;
Количеством шлака, которое вы туда будете складывать. Для «поставили новое ядро, проверили, удалили старое» 256 мб — более чем достаточно. Вообще же одно ядро в /boot покушает ~30-40 мегабайт. 

> зачем разносить по разделам папки корневого раздела;
Не нужно, если вы не понимаете для чего это. 
Есть смысл выносить docroot вебсерверов, например, что монтировать с noatime. Есть смысл монтировать /bin /usr/bin, /etc и так далее в RO, дабы случайно попавший туда скрипт-киддис ничего не поломал. 
Вообще же — это бестолковая затея. 
По факту главный юзкейс — чтобы место на / не закончилось. Поэтому, если вы не разбираетесь в тюнинге ФС и параметрах монтирования — то выносить отдельно есть смысл только те разделы, запись в которые вы сами не контролируете (/var/lib/vz, например), дабы место в корне на лету неожиданно не закончилось (что не смертельно, но неприятно).
— для /boot ext4 не нужна, равно как и ext3. Журналирование излишне. Там хватит ext2.
 — не знаю, как другие, для себя понял, что 256 хватит. А так, думаю, ничем особо не поясняется.

 — swap не надо зеркалировать. Более того, использование RAID для swap излишне. Делаются два раздела, чтобы в сумме было RAM*2. Ядро само разрулит оптимальный способ его использования.
 — чтобы можно было, например, размонтировать и проверить ФС без загрузки в single mode, когда это не надо.