Как заставить работать .htaccess, если скрипт скрипт работает благодаря php -S localhost:8000?
никак: htaccess – фишка апача.
можете эмулировать его на пыхе, а если нужен именно он – поднимайте апач или лайтспид.
учитывая, что словом "хэтеаксес" пэхапешные массы называют роутинг, который заворачивает все запросы на индекс пхп, то достаточно всего лишь прочитать документацию 
php -S localhost:8000 index.php