Как правильно практиковаться по си, если некоторые материалы жестко завязаны на следующих материалах?
cmake, make, autotools, m4
Autotools и cmake к C вообще слабо относятся - это системы сборки, с их помощью можно делать все, что угодно, вовсе не обязательно на С, хотя конечно больше всего они под него заточены. Читать надо доки по ним, смотреть примеры сборочных файлов, там все довольно просто. 
"Видео в ютубе" - это не обучение. Это мультик или сиськи можно посмотреть на ютубе. Язык изучается по литературе, бумажной или в электронном виде.
Есть замечательная книга - Уэйт, Прата, Мартин "Язык С". Она конечно далеко не новая, но основы языка с тех пор не изменились.
Ну, структура - это примерно как массив. Только элементы структуры вызываются не по номеру, а по имени; и могут иметь разные типы.

Указатель - это как бы индекс массива, причём массивом является вся оперативная память. Лично я зашёл в это понятие через ассемблер. Однако, в общем случае указатель бывает более сложным объектом, чем просто адрес в памяти.

Мне кажется, Вам надо найти толкового учителя. Учиться самостоятельно - это хорошо, но учитель тоже нужен.
Как вариант - можно поискать среди профессиональных учителей. Многие будут рады мотивированному ученику (хотя большинство учителей просто "отбывает номер" и хочет скорее домой - так что найти получится явно не с первой попытки).