Чем WooCommerce хуже Prestashop?
Начнем с того, что WooCommerce - это WP плагин. А WP - блоговая CMS. Да, я знаю, на WP можно построить любой сложности сайт, но эта система базируется как блоговая. И давайте будем честны с этим.
Отсюда вопрос: "Вы сравниваете блоговую CMS с плагином интернет-магазина с изначально заточенной под интернет магазин PrestaShop, которая, к тому же, полностью заряжена из коробки?"
И чуть не забыл... WP + WC (а там по-любому еще плагинов повесите) будет жрать еще больше, чем PS. Поэтому нужен будет более мощный сервер.
Добавлю к ответу Sanes  - часто нужно не только магазин, но и что-то еще.
Причем это может быть, как блог, так и какой-то внутренний функционал в системе.
Так что лучше идти от задачи и смотреть что лучше подходит к решению.