Красивый подсчет места на диске?
Совсем недавно столкнулся с подобным явлением на одном из серверов под CentOS. У меня там бежал некий процесс, запущенный под nohup, который в свою очередь весь свой вывод лил в текстовый nohup.out. Програмист забыл убрать отладочный print из кода, поэтому вывод был очень массивным и через пару часов я имел в наличие текстовый файл на 350 МБ. Чтобы исправить ситуацию, не прибегая к перезапуску приложения, я просто стёр файл nohup.out, проверил, что он не маячит в ФС и успокоился. А ещё через несколько часов мой сервер благополучно лёг за неимением места на одном из разделов. Короче, я полез разбираться и обнаружил любопытное явление. Файл, который я якобы стёр, прекрасно себе существовал в какои-то невидимой для команды ls ипостаси и продолжал расти, пока не сожрал всё место на томе. Явление объясняется тем, что если некий процесс пишет (или читает) в файл, то он его цепляет и пока либо не завершится процесс записи, либо не будет убит сам пишущий процесс или перезагружена ОС. Причём, команды df и du показывают совершенно разные результаты (здесь подробнее), в точности как вы описали. Поетому, имеет смысл проверить что у вас происходит на сервере, например с помощью команды lsof, она покажет все открытые любыми процессами файлы, даже невидимые для ls. 
А тезис, что это такой маркетинговый ход вашего облачного провайдера, скорее из разряда шуток юмора :)
df,du показывают разное — может быть 5% резерва под рута остаются?

Не очень понял какое средство вы ищете. du вполне себе вменяемое средство, меряйте /tmp, /var/log, /home, возможно /opt. ну а там если где очень много — погружайтесь дальше и исследуйте, в итоге найдете кто место скушал.