Какая вторая по популярности ос для веб-серверов?
UNIX-подобные ОС, которые не указаны отдельно(как, например, FreeBSD).
Интересная у них статистика... У даже определенных Linux-ов 38% 
А вообще UNIX по их статистике - это все *nix-like (linux, bsd, настоящие UNIX-ы), у которых не удалось определить OS. Если посканить сервера отсюда - https://wappalyzer.com/applications/unix (nmap -O), то там везде Linux-ы с высокой долей вероятности, но дистрибутив определить не удаётся. 
Ещё туда же входят всякие embedded-железки, специализированные http-балансеры, роутеры (которым сайт торчит наружу, в итоге всё сканирование прилетает в него) и прочая nix-based братия. 
В общем-то, результат того, что замаскировать Linux так, чтобы он не сообщал миру снаружи о том, какой он, очень легко.