Как организовать изолированную среду выполнения собранного dotnet приложения?
Кажется, что прощё сделать софт как SaaS, а хостинг на серверах заказчика сделать только для тех ситуаций, когда это заказчику действительно необходимо и за индивидуальный прайс.
Даже в случае утечки будет сразу ясно, кто это сделал и набутылить.

А полностью защищённый контейнер - это физический сервер, к содержимому файловой системы которого человек со стороны не будет иметь доступ совсем.

Никакие софтовые решения (обфускация, контейнеры, шифрованные виртуалки, передача критичного исполняемого кода по сети) не спасут от тех людей, которые хотят с вами конкурировать или осознанно хотят нарушить соглашения.
Возможно вам подойте решение типа такого https://thales-sentinel.ru/protection/sentinel-env...