C# в качестве backend под linux, стоит ли?
Стоит ли сейчас C# использовать на сервере?
Конечно.
Также знаем, что вышла стабильная https://github.com/dotnet/corefx
ASP.NET Core тоже в релизе уже, если веб-апи понадобится.
Только проверьте, что с сопряжением с другими системами проблем не будет. Например, проверьте что клиентская либа для монги будет работать под .net core. Также и со всем остальным. Ну или будьте готовы участвовать в допиливании библиотек.
С чем еще текущий бэкенд работает? AMQP, веб-сокеты?