Почему yii2 не читает jquery файл?
yii не должен читать ничего, он подключает файлы. Так что надо проверить подключил ли и если нет проверить есть ли он там откуда Вы его подключаете.
Если ваш AppAsset зависит от YiiAsset, то имейте ввиду, что YiiAsset уже зависит от встроенного во фреймворк JqueryAsset. Таким образом вы подключаете два jquery.
Вы можете явно указать в конфигурации, что вместо JqueryAsset нужно использовать именно ваш jquery:'assetManager' => [
            'bundles' => [
                'yii\web\JqueryAsset' => [
                    'sourcePath' => '@frontend/assets',
                    'js' => [
                        'js/my-jquery.js',
                    ],
                ],
            ],
        ],