Почему не работает связка коммутатор — медаконвертер?
Gigalink GL-MC-UTPF SC1F-18SM-1310 - стамегабитный (Режим работы оптического порта, Мбит/с - 100).
Mikrotik S-53LC20D - гигабитный (Data Rate - 1.25G).

Они не подружатся. Никогда.
Микротик не работает с sfp модулями 100 мбитными. От слова вообще. 
Инфа с форума микрота. Вам нужны оба модуля гигабитные.