Какие могут быть проблемы при разработке софта (веб-интерфейс) для криптопроекта через ИП?
Законодательный статус крипты (ну, в РФ) однозначен - крипта не является платежным средством. Это просто имущество, как табуретки.
"Общественный статус" однозначен не менее - это нечто криминальное, используемое для противозаконных дел. Так что вопросы со стороны товарища майора могут быть, но скорее такого - консультационного - плана в отличие от скажем, порно, статус которого в РФ неопределен (определено "незаконное производство" - УК 242.1 -  то есть может быть законное?)
Могут ли возникнуть вопросы со стороны товарища майора, за то что я разрабатываю софт для подобного проекта. (Статус криптовалют довольно неоднозначен и всегда ходит об руку с финансовыми махинациями и отмывом денег).
Криптовалюты не запрещены. Чтобы как-то вас нагнуть - надо ещё доказать, что этот проект напрямую связан с отмывом денег, и что вы знаете об этом.