Почему HDD 3.5" не используются в серверах?
Используются, и очень активно.
Еще лет пять назад 3,5 занимали большую долю, чем 2,5.
Сейчас в моде блэйды, сверхкомпактность, количество вычислительной мощности и хранимых данных на кубометр, и    подобное.
Есть такое понятие как "плотность размещения". Она характеризует сколько оборудования ты можешь разместить в данном обьеме. Цена для сервера уже вторична - лишняя пара десятков тысяч ну совсем ничего не решит :) (и даже пара сотен может не решить). Зато дисков 2.5" можно набивать в корпус боком и их войдет самое малое в два раза больше.