Почему программы помещенные в автозагрузку не раскрываются на весь экран?
Если уж программы сильно упираются, то можно попробовать запускать их так:
start /max blabla.exe
А перед выключением ПК, вы закрываете все программы? В этот момент они в каком состоянии находятся, на весь экран или уменьшены?