Как перенести данные из одной БД в другую с другой структурой?
А как Вы себе это представляете вообще? Что должен делать такой инструмент? Анализировать старую структуру, потом новую, потом залезть к Вам в голову и узнать, что именно вы отразили в этих изменениях и что к чему относится и подготовить Вам SQL-файлик на основе анализа Вашего мозга?)
 Самый простой способ - написать скрипт самому)
Используйте dbForge Studio for MySQL
у него есть инструмент сравнения двух баз данных, также он может сделать патч, накатив который на одну базу, он сделает её идентичной второй