На чем писать web приложение обвертку над консолью (bash)?
1. На чем писать разницы нет -  используйте то, что знаете.
2. Зачем свои костыли? Есть же уже готовые orchestration и cm решения.
3. Какой смысл в веб-интерфейсе для выполнения команд по ssh? Может для этого лучше и использовать ssh?
Это огромная дырища. А если таки нужно, лучше готовый webmin взять. Про его дыры по крайней мере все известно!
Но я бы так никогда не делал. Есть ssh.