Как корректно сконвертировать ssl-сертификат из .pem в .pfx?
Потому что сертификат никаким боком не связан с версией TLS. 
Вам надо в IIS включить поддержку TLS 1.2 и отключить TLS 1.0, TLS 1.1 и SSLv3.
По поводу IIS и версии TLS - а вы включили вообще поддержку TLS 1.2 в ОС?
Или ручками через реестр или с помощью https://www.nartac.com/Products/IISCrypto/

По поводу конвертации - попробуйте fullchain брать. там внутри и рутовый сертификат и выданный.