Заменить GUI на веб интерфейс?
Если Вы понимаете, что она делает, либо у Вас есть её исходники, написать Asp.Net MVC приложение для Вас не составит большого труда, после прочтения мануалов по 3 и 4 mvc, они проходятся за полчаса каждый
Самое простое — поднять вебсервер и на php сделать админку для правки конфигов, но это, я думаю, очевидно.