Как вы организовываете модульность в ваших PHP-проектах?
1. Если чистый php то менеджер зависимостей Composer + и стандарты PSR
2. Либо фреймворк Yii/Yii2, Symfony 2 (недостатка в фреймворках нет) + Composer (Yii 2 поддерживает composer, но он в разработке. Symfony 2 поддерживает composer)
Вместо всей этой пачки инклудов вставьте куда-нибудь вот такоеfunction class_loader($className){
      include_once $className.'.php';
}

spl_autoload_register('class_loader');
Файлы будут инклудится по мере создания объектов.
Имя файла должно совпадать с именем класса.
Конструкция не конфликтует с другими автолоадерами, проверено.