Как вставить очень много INSERT за один раз из строк в файле (php)?
Сформировать CSV и скормить через LOAD DATA INFILE напрямую в базу.
Если с load data не получается, то в одной транзакции скармливаете множественные insert'ы (насколько множественные - см max_allowed_packet)
5 мб данных не так уж и много.
а load data infile не подходит?