Linux не получает данные с Windows DNS Server?
А если пинговать по полному имени - server.domainname.something ?
Если пингунтся - то в /etc/network/interfaces допишите dns-search с вашим доменом для релевантного интерфейса.
Есть DNS кэш, у него есть время, обычно это час, но все зависит от настроек TTL на DNS сервере. вообще странно настроено у тебя, почему нельзя резервировать адреса для машин?
Проверяй работу DNS с помощью команды nslookup.