Что выбрать УТ 10 или 11?
Разница по функционалу УТ 10 от УТ 11 как, велосипед и машина.
Осталось понят что именно вам надо, в том числе нужно понимать функциональность УТ10 будет меняться только в рамках регламентированного учета.
Для программиста должно быть без разницы. Для бухгалтра тоже т.к. это "не его" программа. УТ это управленческая система для работы бухгалтер будет работать с выгруженными данными в БП.
http://курсы-по-1с.рф/ut11-articles/статья07/
Плюсы и минусы параллельно с вашим бизнесом надо рассматривать, оба решают определенные задачи. С точки зрения программиста и бухгалтера - без разницы, это просто инструмент специалиста и все