Как правильно настроить веб сервер?
Нанять квалифицированного специалиста, который все это правильно и быстро настроит согласно вашим и/или современным требованиям безопасности к данному конкретному серверу в данной конкретной ситуации.
есть готовые решения для начинающих хостеров, например vestaCP.
Все что нужно - Сервер с linux на борту, далее инсталлятор сам установит все необходимое, ftp/php/apache/nginx/mysql/postgresql/
так де установит админ панель для сайтов в которых можно настраивать ограничения и прочие фишки. для полного счастья не хватает интеграции с биллингом, но и это можно самостоятельно сделать.