Вирус на сайте, как удалить его из файлов?
Метод, конечно, боевой. Но можно попробовать :)
Упаковать все php файлы в zip архив средствами хостинга. Скачать zip архив. Распаковать. 
Найти утилиту, которая ищет текст из папок с текстовыми файлами. Либо попробовать реализовать через NOTEPAD ++ Поиск во всех открытых файлах. Точно не знаю, может NOTEPAD ++ имеет консольный или GUI интерфейс для поиска текста в файлах из папки. Пробуйте. Найдете решение при помощи NOTEPAD ++ напишите его здесь.
UPD: я был прав. Умеет NOTEPAD ++ искать в файлах 
www.youtube.com/watch?v=X6qc3wIZK_0
Задайте лучше себе вопрос "А нет ли там где-нибудь на сайте чего-то еще, чего я не нашел?" А потом "Если есть - что делать?".