Почему все файлы добавляются в коммит?
именно из-за них: любое изменение в файле (вайтспейс и/или перенос строк) – измененный файл.
Посмотрите через консольный гит разницу между файлами который не изменяли до и после того как сделали изменения в одном файле. Скорее всего да prettier или eslint отформатили код.