Можно ли сделать отдельный фавикон для поддомена?
Можно. Судя по вашему вопросу, вы не разбираетесь в веб разработке.
Поддомен =!  1 уровень вложенности.   Если вы про него  то нет.  А для субдоменов присоединяюсь к 1 комменту