Как сделать, чтобы popup окно появлялось по центру экрана?
Изначально попап и затемняющий блок скрыты (display: none).
По кнопке ставишь попапу и фоновому затемнению класс show, который меняет им display на block.Фоновый растянут на все окно и не скроллится.position: fixed;
top: 0; left: 0; bottom: 0; right: 0;Попап тоже не скроллится, и выравнивание по центру.position: fixed;
top: 50%; left: 50%;
transform: translate(-50%, -50%);
https://jsfiddle.net/u2uh8s71/1
Возможно у вашего поп-апа не задано position:fixed
Но такие вещи обычно делается с помощью CSS.