Как верстать руководствуясь одновременно «pixel perfect» и «mobile first» подходами?
Никак.
pixel perfect - миф. 
Он не достижим в принципе, из-за особенностей рендера текста различными браузерами на разных осях.
Нормальная структура, разве что у бутстрапа зачастую нет необходимости создавать некоторые промежуточные брекпойнты, если пользоваться встроенной сеткой и вспомогательными классами.
Делайте pixel perfect только для тех версий макета, что вам представлены. Если представлены макеты и для мобильной, и для полноэкранной версии, придется попотеть, а если нет, то и заморачиваться не следует.