Какой лучший Git клиент с GUI для Windows?
Пользуюсь встроенным в PhpStorm. Удобно, ничего лишнего. Не нужно устанавливать отдельное ПО.
И чтобы изменения кода показывал не в двухоконном режиме, а в одной области (красным - удалённые, зелёным - добавленные)
Для этого и клиент не нужен, в консоли так показывает. Разве это удобно?

А вообще SmartGit однозначно лучший и денег не просит.
И не стесняйся использовать возможности твоей IDE. Автономные клиенты не понимают синтаксиса языка более корректного разрешения конфликтов.