Как сейчас работают с Git?
Лучше начинать с консоли. Любые программы обычно имеют ограниченные функции и дают быстро и просто делать только самые часто используемые вещи.
Дела обстоят примерно так. 
Удобней работать через консоль, и даже лучше. 
Потому что Быстрей Многие работодатели требует работу именно через консольБольшенство работает через консоль, соответсвенно если у тебя будут проблемы, то ты их можешь заскринить и тебе кто-то да ответит
А у софта все таки из плюсов Визуализация И если ты не можешь запомнить простейшие команда, которыми ты пользуешься каждый час, то софт
Решать тебе конечно, но у консоли больше плюсов. 
Но все таки из софта лучше всего наверное source tree. Он бесплатный, но вот не знаю есть ли он на windows. Ссылку