Почему одни каталоги отображаются с кавычками, а другие без?
У вас пробелы в именах папок. Отсюда и кавычки. Шелл вам подсказывает, что пробел это часть имени папки (в вашем случае пробел в конце).
потому, что они с пробелами в имени