Нормально ли создавать каждому ajax'у свой php файл?
Делают ещё хуже - берут фреймворки, вроде yii2, Laravel, Symfony и у вас куча файлов)
Гуглить и читать про MVC/Rest и так далее.
По вопросам, если я вас правильно понял: нет; язык не запрещает; чаще всего новички, остальные - по обстоятельствам.