Как правильно вести разработку небольшого проекта с PHPStorm?
1. правильно. еще более лучше использовать vagrant/docker,  но для начала можно и без этого.
2. есть. иначе базу можно поламать.
3. в плане понимания процессов и конфигурирования лучше все самому ручками.
4. есть. привыкайте все делать правильно и набирайтесь опыта с vcs.
1. именно так и нада поступать
2. конечно, поднять всё локально
3. тут неважно совершенно. главное, чтобы версия вам подходила
4. если сам, то нет. просто делайте периодически бэкап