Какую бухгалтерскую программу или ERP для производства выбрать?
В любом случае Вы находитесь в рамках решения подрядчика, это нужно понимать с самого начала. Многие подрядчики будут настаивать на ERP, потому что это выгодно внедрять. Я же Вам советую всеми способами избегать ERP.  
Сделайте лучше следующее: Управление Нашей Фирмой (УНФ), как конфа для Спецификаций/Заказов/Остатков из неё данные загружаются в Бухгалтерию для получения проводок и регл-отчетности; 
Такая схема удобна ещё и тем, что позволяет параллельно вести внедрение и настройку УНФ , Бухгалтерии и web-магазина; Кроме того, web-магазин будет присылать/получать данные только из УНФ (и не будет иметь доступа в бухгалтерскую систему)
Не каждый подрядчик захочет реализовывать такую модель; Но Вы попробуйте, посоветуйтесь, постарайтесь проработать общую архитектуру проекта с подрядчиком(-ами) сразу. Может вместо УНФ есть что-нибудь более близкое к вашей специфике ...
Но запомнить важно одно: ERP - ни за что, Бухгалтерия - наше всё; Не озвучивайте этот тезис при подрядчиках, обсудите с ними "Как они видят решение ?" выбирайте тех кто предложит Бухгалтерию
Поговорите с франчайзи.  В принципе гонять в 1с и обратно не проблема. Я сейчас как раз готовлю коробочное решение для интернет магазинов, свяжитесь со мной, добавим интерфейсы для загрузки выгрузки.