Как спроектировать движок интернет магазина PHP + MySQL, Jquery, AJAX?
Нет никаких специальных "шаблонов для интернет-магазинов", это какие-то фантазии.
Я понимаю вашу проблему. Есть некие базовые знания, но вы не знаете — как спроектировать цельную архитектуру. 

Думаю, вам надо начать с изучения популярного паттерна mvc. Это позволит иметь хотя бы какую-то логику на проекте. 

Либо, вам надо познакомиться с подходом раздельного фронта и бека, общающихся по api через тот же ajax. PHP в данном случае будет простой апишкой.