При перезагрузке nginx, ошибка duplicate upstream «php-fpm» in /etc/nginx/common/upstream:2?
Значит такой же upstream задан где-то ещё, либо /etc/nginx/common/upstream у вас инклудится несколько раз.
Можно поискать так:grep -r upstream /etc/nginx
В каком-то другом конфиге у вас уже определён апстрим с таким названием