Почему apache не может создавать папки/файлы?
Вы показываете конфиги, а надо показывать каталог, в котором у вас не создаётся - кто его владелец, какие разрешения, кто в каких группах и всё такое.
Все оказалось просто. Модуль mpm_itk не был установлен.
# a2enmod mpm_itk
ERROR: Module mpm_itk does not exist!

Установка и активация
apt install libapache2-mpm-itk
a2enmod mpm_itk