Возможно ли загрузить .jar файл в реальном времени с помощью JNI?
Да.
Автор посмотри системные переменные. System.getProperties() там полно всякой информации по текущему процессу. В том числе текущий директорий, и много другой полезной информации. Это поможет ответить на вопрос где лежит твой бинарник. А именно полный физический путь к файлу.

Как скачать это - целая цепочка вопросов и ответов например КУДА качать и ОТКУДА. Ведь по вопросу непонятно где ты сам находишся в этом стеке технологий. Поэтому когда задаешь вопрос - дай хотя-бы обзор твоей технологии.  Графическое приложение AWT/Swing/SWT/JavaFx. Веб-приложение. Stand-alone процесс. Апплет ( :)).