Как защищаются от простановки кук в партнерках?
Начните с выдачи заголовка X-Frame-Options. Чтобы кука не проставлялась при вызове сайта через , можете добавить проверку на JavaScript и устанавливать куку только после её прохождения.
вроде у браузеров есть настройка на прием кук только с посещаемого сайта, и по умолчанию она включена.