Что выбрать для домашнего ПК — два HDD по 3 Тб (в raid 0) или один на 6 Тб?
Ну да, для семейного архива, только рейд ноль, уж проще сразу в корзину.
Ты хочешь SSD под систему, зачем тебе рейд 0 на все остальное ? Да и рейд 1 я бы не делал, щас что у тебя полетит рейд, больше чем шанс что у тебя полетит винчестер.
в домашних мат. платах без апаратного рейда за несколько тысяч долларов вообще нет смысла использовать рейд
в любых матплатах без аппаратного рейда стоимостью - внимание - 7000 рублей (adaptec 5405 на 4 диска) нет смысла использовать рейд. Просто в серверном железе они (контроллеры) уже могут быть интегрированные. 
Идея поставить два диска в raid0 под архив - это пардон, конечно, но бредом отдает. Надежность в два раза ниже. Отказ любого из дисков - потеря всех данных. Причем, если отказ физический (повреждение секторов например) - все, данные невосстановимы. Зачем такой бэкап, который сам нужно бэкапить? 
Все ценное нужно либо бэкапить регулярно, либо хранить на raid1 (а лучше и то и другое и антивирус свежий)