Open-source, как получить с этого прибыль?
Обратите внимание, что формат «вопросов и ответов», что навязывает этот веб-форум, «Тостер», не предполагает сваливания малосвязных вопросов вместе.  Ну да ладно.
> Вопрос первый
> Можно ли мне выкладывать на гитхаб 
Да хоть на Порнхаб. :-)  
> [программы] переписанные [в порядке обратной разработки из приложений] с закрытым исходным кодом?
Указывать на сей факт не надо точно.  Даже если тем проприетарщикам, чью работу вы будете копировать, будет на вас наплевать (например, потому, что они давно обанкротились); ваша работа имеет неплохие шансы прослыть «нечистой», а значит несвободной, а значит ни в одну приличную поставку ее не примут.
> Второй
> Какую ставить лицензию на код, что бы и на бутылку не сесть, и владельцем быть?
> на бутылку не сесть
ШТА?
Так или иначе, если вы спрашиваете, что вообще почитать про принципы выбора условий распространения для своих программ, то начните с хрестоматийного «Как выбрать лицензию для своей собственной работы».
Впрочем, не удержусь и одну вещь подчеркну особо — чего делать *не* надо. Не надо загонять себя в угол, назначая работе лицензию X версии N и только N (то есть, к примеру, «GNU GPL version 3 only» — не надо так). Всегда выбирайте, к примеру, «GNU GPL version 3 or (at your option) any later version», как это и рекомендовано в ней самой.
> Третий
> Как на этом заработать?
На свободных программах?  Мне известно четыре главнейших способа:
— Первый, самый прямой, но от того почему-то всем не менее неочевидный — брать и продавать копии свободных программ. Аудитория: любые конечные пользователи. Примеры: Parted Magic, ряд программок для «Андроида», ну например, «Conversations». Высокоморальность: в полном порядке.
— Второй — прекрасно известная всем продажа поддержки.  Аудитория: те, для кого ваша программа есть орудие производства, то есть компании и предприниматели.  Пример: Canonical. Высокоморальность: в полном порядке.
— Третий — это продажа исключений из авторского лева. Аудиторией будут разработчики несвободных программ, а программа ваша должна быть библиотекой под (как нетрудно догадаться) авторским левом, причем чаще сильным. Суть в том, что для добрых людей ваш продукт свободен на условиях, скажем, GNU GPL или GNU AGPL, а проприетарщики пусть платят за возможность использовать его в своих шкурных интересах. Примеры: GhostScript, MySQL. Высокоморльность: прихрамывает маленько.
— Четвертый является просто заработком на несвободных программах, и в этом списке присутствовать бы вовсе не должен, но все его вспоминают. Это т. н. free crippleware, то есть полноценная ваша программа *несвободна* и платна, но у нее есть свободный урезанный вариант. Причем урезано может быть как что-то существенное, так и сущая ерунда. Аудитория: кто угодно. Примеры: Odoo, GitLab, ProcessMaker. Высокоморальность: от невысокой до никакой, смотря сколько отрезано.
И разумеется, все вышеперечисленное можно комбинировать: Qt, к примеру, и поддержку (обучение) предоставляет, и исключения из авторского лева (причем слабого!) продает, и ерундовую несвободную часть имеет. Red Hat — продает копии и предоставляет поддержку. А иногда и так бывает: программка для «Андроида» под названием OsmAnd полностью свободна, но поставляется в Гуглоплэе в двух вариантах: полном за копеечку и урезанном бесплатно. Еще раз: обе версии свободны, то есть никакой моральной проблемы здесь нет.
Выше я перечислил только способы заработка на программах как таковых; а есть еще схемы, где свободные программы участвуют косвенно. Это, надо полагать, не ваш случай, но поскольку я тут не вам одному отвечаю, то надо также упомянуть, что свободная программа вполне может быть:
— Частью продаваемой услуги — чаще всего услуги специфического хостинга, как редхатовский Openshift или (если ближе к народу) Feedly.
— Частью продаваемого устройства, причем само устройство может быть как свободным, так и нет. Тысячи их.
— И наконец, просто частью приносящего прибыль техпроцесса. То есть компания пишет (заказывает) программу себе для внутреннего использования и могла бы ее вообще не распространять, но, не считая ее чем-то секретным, ведет себя благородно и просто свободно делится ею со всеми. Известнейшим в широких кругах примером до последнего времени был Reddit, но давеча они скурвились.
Прочитайте лицензионное соглашение самого приложения. Скорее всего в нём будут пункты, запрещающие подобную деятельность. В США для "повторения" функциональности закрытых приложений применяют подход "чистой комнаты", когда один человек дотошно реверсит и документирует как что работает, а другой не смотрит в реверс, а пишет всё по этой самой документации. 
Что до "дядя мною заинтересуется и возьмёт к себе" - если вы в Москве, напишите :)
а не, НН всё-таки