Vlan через l2tp\IPSec mikrotik: как?
Запилил так сказать. Создаем bridge в него засовываем необходимые нам vlan'ы, Далее Поднимаем l2tp/IPSec туннель на сервере где располагается профиль нашего туннеля указываем наш bridge. 
В результате получаем (то что мне было необходимо) vlan'ы которые находятся у нас в головном офисе они так же располагаются и в наших филиалах.
Попробуйте на микротике добавить маршруты к нужным vlan-ам после установления соединения l2tp\IPSec