Как производить переиндексацию в таблице SQLite?
Во-первых, индексация - это не то, что вы описали. Во-вторых, смысл идентификаторов как раз в том, чтобы они никогда не менялись.
В ответах все правильно сказали, но не дали собственно решения, вот оно:
заведи поле num, в котором будет размещаться порядковый номер записи, при запросе записей делай group by num

при каких то модификациях порядка (удаление или например вставка в середину порядка записи) делай номер с половинкой (например вставить запись между 3 и 4, то num пусть будет 3.5) и обновляй порядок
update table set
num = ROW_NUMBER () OVER ( ORDER BY num ) RowNum
...

кстати вместо половинчатых номеров можно сначала сдвинуть все номера больше нужного (например вставить 3-им, добавляешь условие where num>3 а потом вставлять.