Может кто подскажет команда /etc/init.d/php5-fpm restart не работает?
 а service php5-fpm restart работает
Потому что так и должно быть, специально для вас сделали команду, которая прячет различия в init системах (учитывая то, что вы даже версию Ubuntu не указали, что очень важно).
Используйте каноничное service и не морочьте голову.
При желании почитайте какие init системы бывают, где у них конфиги и форматы этих конфигов после вопрос отпадет сам собой.
добавить -x в баш скрипт для вывода отладочно инфы