Получить платежи из-за рубежа задним числом?
Всё, что было в прошлом, пусть там и останется. Об этом не нужно знать налоговой.
Сейчас поступаете так:

1. Открываете ИП
2. Оформляете патент
3. Переделываете договор, чтобы дата начала была не раньше даты открытия ИП. Договор соответственно будет уже не с вами лично, а с вашим ИП.
4. Со следующего платежа начинаете работать в белую. Т.е. деньги переводят вам на р/с, показываете договор и инвойс в валютный контроль. На любые вопросы отвечаете, что это первый платёж по данному договору.
Вообще без проблем можно получить деньги, так как банк не будет спрашивать когда вы работали, а когда нет. Вы в договоре можете какой захотите график платежей указать и суммы. Вы можете в договоре прописать например что первый платеж в таком-то объеме по договору осуществляется в течении 30 дней с момента подписания - и указать сумму, которую вам надо получить. А далее указать фиксированные ежемесячные платежи.

Прежде чем регистрировать ИП и связываться с валютным контролем вам стоит учесть что согласно закону Вы обязаны обеспечить исполнение договора в срок и в полном объеме. Штрафы за нарушение огромные - могут быть больше суммы контракта. А, чтобы их не нарушить вы должны быть на 1000% уверены что вам заплатят все в полном объеме точно как указано в договоре и вашем инвойсе. 

Может быть в вашем случае на первое время использовать какую нибудь другую схему - например зарегистрироваться самозанятым и получить деньги каким нибудь переводом.