Каким образом можно сделать подобные эффекты?
1. SVG + JSМожете поиграться (клик)
2. Canvas + requestAnimationFrameТуториал для быстрого освоения
2016 год – можно смело брать и использовать обе технологии.
Вторая ссылка - канвас, принцип - рисуем кучу кружочков, слушаем эвент mousemove, если расстояние от кружочка меньше Delta = задаём кружочку новое положение ( чтобы они как бы отталкивались).
Первая ссылка - огромная svgшка из треугольничков ( на самом деле можно взять один такой квадратик много раз его вывести, при mouseover эффекте треугольнику ставится fill, а благодаря transition он красиво мерцает. 
Первый эффект мне нравится намного больше второго, т.к. не тащит за собой канвасину.