Выгрузить класс из памяти
Лучше поправьте архитектуру, введя новый базовый класс без инициализации Smarty, или используя ленивое создание объекта. Создавать сложный объект для того, чтобы удалить его как неиспользуемый — очень дурной стиль.
Насколько я понимаю процесс, аналог «предпроцессора» в PHP проходит и грузит все include/require в память. Это если для загрузки классов используют эти простые директивы. В данном случае выгрузить что-то из памяти не получится (либо получится, но явно не средствами самого PHP). Так как в PHP нет classpath'a, который можно было бы изменять в момент выполнения (runtime).

Однако в PHP есть такая вещь как spl_autoload. И если класс загружается с помощью такого загрузчика, то есть возможность его выгрузить: php.net/manual/en/function.spl-autoload-unregister.php

>он там не один, мне кажется их несколько десятков
Это можно узнать через механизмы рефлексии.