Как правильно обновить JDK?
Зависит от вашего окружения. Вообще универсальным ответом будет примерно такой. Используйте в качестве пути до JDK не реальный путь, а сим-линк.  Например /opt/java/jdk. 
Это будет сим-линк, который смотрит на /opt/java/jdk1.8_0_65. Этот симлинк и прописывайте в JAVA_HOME и PATH. Теперь при выходе новойверсии jdk, условно говоря 1.9_0_33 вам не нужно будет переписывать значения JAVA_HOME и PATH. Просто ставите новую jdk рядом со старой и переделывайте линк /opt/java/jdk так, чтобы он указывал на новую jdk.
Вроде как она сама обновляется через свой agent. Иногда только нужно подтвердить обнову...