Как защитить приложение на yii2 от кражи при работе с фрилансерами?
На 99% у Вас нет там ничего такого, что можно было бы продать или невозможно было бы написать заново за ту же цену.
Кроме контактов клиентов, которые лежат в базе данных, и доступ к которой Вы ограничиваете.
Ваша CMS никому задаром не нужна, поверьте. Ценность представляют только клиенты. их реально можно украсть и продать.