Разница в git и mercurial?
чтоб выбрать аргументировано, нужно самому попробовать то и другое.
накидайте список операций и выполните их в каждой vcs по очереди.
много времени это не займет, зато поймете что вам ближе.
Гит в тренде 
меркуриал вроде бы и не хуже но встречается на порядок реже
логично использовать гит