Синхронизация linux машин
Не думаю, что синхронизировать абсолютно всё можно (и нужно). Я держу проекты в виртуальынх машинах (падение производительности я не замечаю, virtualbox). среду и инструменты один раз настроил и там и там. SSH ключи и доки проектов держу в дроп-боксе, код всё равно в GIT так что остаётся платформа под проекты — базы данных, система и т.д. — оно в virtualbox. Если виртуалка уж сильно «отстала по времени», то просто копирую образ диска (сбрасываю на mobile HDD), но обычно хватает сделать git pull. Если очень хочется, то можно держать виртуалки прямо на переносном HDD, думаю можно найти довольно быстрый.
Можно конечно и rsync'ом воспользоваться. Его вполне просто использовать rsync [что] [куда].
Настраиваете ssh без пароля, прописываете хост в ~/.ssh/config и потом просто сливаете
rsync --progress -avz -e ssh yourserver:/home/user/www/project/ /home/user/www/project/
ну и так же заливаете
rsync --progress -avz -e ssh /home/user/www/project/ yourserver:/home/user/www/project/
Но лучше git :)