Почему при переходе на якорь, на несколько секунд показывается первый экран?
Скорее всего страница не успевает подгрузиться. У меня в firefox такое поведение, если в инструментах разработчика ограничить скорость сети, по другому не воспроизводится.
Попробуй сайт облегчить, захэшируй картинки, и скрипты, "тяжелые" скинь в перед < /body >.