Какие есть современные подходы организации веб-приложения с большой кодовой базой?
requirejs умеет только в amd, то есть с commonjs-модулями (а в npm подавляющее большинство такие) и тем более es6 ничего не получится. В общем и целом, брать его сейчас смысла нет. 
webpack + code splitting ответ на ваш вопрос.
а чем стандартный вебпак плох? он умеет как и раздельные файлы для точек входа делать, так и выделять в общий файл повторяющиеся модули, причем с возможностью задавания критериев насколько часто они должны повторяться.