Как добавить в автозагрузку программу работающую фоном?
Нужно перечитывать конфиг squid каждую секунду или быстрее
Вы явно что-то делаете не так.
Как уже сказали,  скорее всего можно избежать необходимости делать reload каждую секунду.
Но если все же хотите это делать - то нужно использовать systemd timer, not service: https://opensource.com/article/20/7/systemd-timers