Запретить коммит файла, не удаляя его с репозитория (git)?
Можно использовать стратегию слияния, указав её в файле .gitattributes:persistence.xml merge=ours
Не совсем верный подход к решению. У разработчиков будет анальная боль постоянно из-за таких хитрожопных дел. Почему-бы вам не сделать наложение конфигов. Типа сначала грузится дефолтный, например persistence.xml, а потом, если имеется на диске файл с таким именем, то поверх стандартного подгружается и он, например, persistence.user.xml