Как организовать работу команды в России с заказчиками в ЕС?
Как угодно.
Это не на IT ресурсе обсуждать надо, а дать задание бухгалтеру, чтобы подсчитал как будет выгоднее, сколько налогов придется заплатить в том или ином случае.
можно создать GmbH в Германии (аналог ООО), и ООО в России. Заказчик платит немецкой компании, компания заключает договор с ООО, пересылает деньги. ООО платит зарплату программистам.
Нормальная схема. Абсолютно легальная, если нормально вести. Выбрать систему налогообложения для ООО, соблюдать валютное законодательство, оформить программистов и выплачивать зарплату, платить налоги, подавать отчетность. И проблем быть не должно)Еще, я так понимаю, можно платить программистам в России напрямую по договору подряда. Тут минус в том, что не каждый работник согласится на такую схему.
По налогам и отчетности сопоставимо с оформлением по трудовому договору. Принципиальная разница - нет гарантий по ТК - отпуск, больничный. Работников мотивируют и не на такие оформления)
Если договор будет между GmbH в Германии и ООО в России, причем и разработчики в РФ, то GmbH к работникам отношения иметь не будет. 
Но можно заключать договоры напрямую с программистами в РФ, они сами будут платить НДФЛ и подавать декларацию. Могут зарегистрироваться ИП. Это тоже законно и легально.