Как защитить php код от прямого запуска?
Корень вашего проекта не должен находиться в одной ветке с вашими исполняемыми файлами
Найденный вами код - костыль
Посмотрите как реализуют такой функционал нормальные фреймворки
1. Выносить всё за пределы корня. Оставив единую точку входа
2. Что вынести нельзя, можно закрыть с помощью .htaccess