Как правильно написать скрипт выделения чекбоксов?
Установка флажка:$(".checkbox").prop('checked', true);
Снятие флажка:$(".checkbox").prop('checked', false)
Код для вашего случая: $("#checkbox").change(function(){
    $('.checkbox').prop('checked', $(this).is(':checked'));  
})
jsfiddle.net/N4F78
Воспользовался функцией:$(document).ready(function() {
    $("#check_all").click(function () {
         if (!$("#check_all").is(":checked"))
            $(".checkbox").prop("checked",false);
        else
            $(".checkbox").prop("checked",true);
    });
});
В этом коде интересная ситуация. Флажки выбираются, но вот если подключить такой обработчик:<?php
  $aDoor = $_POST['checks'];
  if(empty($aDoor))
  {
    echo("Вы ничего не выбрали.");
  }
  else
  {
    $N = count($aDoor);
    
    for($i=0; $i < $N; $i++)
    {
      echo($aDoor[$i] . " ");
    }
  }
?>
то он выдает только последний выбранный value флажка (если 1 и 2 - то 2; если 1 и 2 и 3 - то 3 и т.д.)
Увидеть это можно тут:
lemoland.ru/sms/chek.html
Вот почему так происходит?