Как вы осуществляет передачу программного обеспечения клиенту?
Так может с обычного git flow начать? https://habrahabr.ru/post/106912/
+ зацепить какой нибудь teamcity или jenkins для автосборки и выкладки.
Свой репозитарий с настройкой apt.conf для установки експериментальных и стабильных версий софта