Домен на линуксах, возможно?
samba последняя умеет в некотором виде эмулировать AD. Попробовали у себя, уперлись в облом с UPN-суффиксами, но без них в принципе жить можно. Групповые политики тоже умеет, но репликацию надо настраивать. SSO с методом аутентификации напрямую не связано. В одном флаконе - не выйдет.
Если хочешь все на Linux - рассмотри freeipa. 
Ну или платный аналог от RedHat.
Правда, сразу скажу, если будешь еще debian-based дистрибутивы использовать, то начнутся проблемы с керберосом в nfs и samba. На centos все прекрасно работает, с AD тоже интегрируется.
Но если винду будешь частично оставлять, то лучше сразу samba.