Какие используются практики для отладки кода в проекте, построенном на микросервисах в Docker контейнерах?
Если вас интересует неверная работа одного микросервиса, то точно так же как вы делали. Контейнеры так или иначе содержат веб-проект и умеют отвечать на запросы с морды/браузера/курла.

Какие именно запросы делаеть - вам должны показать, т.к. это чьёто изобретение: что на вход, что на выход. Некоторые в этом вопросе очень-по-человечески халявят - они говорят "вот там документация есть, почитай". Вроде правильно говорят, только каждый по-своему её понимает, быть уверенным что есть "стандарт мысли" это глупость, все равно должен быть старший/ответственный/предыдущий у кого спрашивать.

Если вас интересует именно целиком микросервисная архитектура, которая на поверку работает верно (ошибок нету), а косяк именно в логике работы - то во первых у вас есть несколько баз данных (лучше конечно общая, но бывает разное) в ваших локальных контейнерах, где можно подключаться навикатом и смотреть что косячит, но вообще правильная организация микросервисной архитектуры идет из организации того, как работает компьютер на железном уровне.

В компьютере много устройств. Если бы они напрямую друг с другом общались, мы бы никогда не добились такого развития цифровой техники. В компьютере есть ШИНА, и управляющее устройство, которое поочередно работает то с первым устройством, то со вторым, и когда они одновременно что-то хотят - они ставятся один за другим с проверкой "кто раньше и кто сейчас может".

Таким образом дебажится лог запросов и ответов с "шины" (эта шина пишется хорошим сеньором, либо ставится и долго настраивается хорошим сеньором), чтобы понять кто когда кому чего спрашивал.

Если в вашем проекте сервисы друг другу запросы шлют как хотят, что вы не можете это проследить и некому рассказать - трехмесячный отсчет до того момента, пока "вас тоже выгоняют на рынок" уже пошел. Это проект убийца. Владельцы его у кого-то купили, или им архитекторы насоветовали наставить полторы тысячи технологий потому что они "новые", а теперь никто не знает как это вообще включать. И они рандомом подбирают разрабов до тех пор пока кто-то не воскрикнет Эврика и всё сделает, тогда ему кинут купюрку и тоже выгонят. Как сказал Ротенберг - "у нас в стране много кулибиных, дайте бизнесу волю и они сами ЧТО-ТО-ТАМ сделают" (цитата).

Если вы все же очень хотите сохранить это рабочее место (но дальше - только хуже) - вы можете либо дампать в браузере, делая прямые запросы, логику смотреть в бд, а если логика прям жесткая - подключите пакет Monolog\Logger в dev-dependencies ко всем проектам, и включите Handler который складывает все логи в канал с одним и тем же местом хранения, и потом смотрите в каком порядке логи идут (у вас как раз и получится логгер вместо шины, только он не дает никому комманд, а только пишет что за чем произошло, это тоже задача шины и её мощь)

Берегите себя. Бизнес о вас не будет заботится. А в текущей обстановке с чрезвычайными мерами, когда даже священников просят втирать дичь - тем более.
1) Почитайте про POSTMAN. Он, как раз шлет запросы прямиком на API и получает ответ от сервера. В ответах может быть и отладочная информация и подробности ошибок и прочее. 

2) Можно настроить xdebug для phpstorm и docker. Просто погуглите, хотя мне всегда было достаточно п.1