Как проводить оплату клиентской рекламы при работе в статусе самозанятого (НПД)?
Если клиент мне переводит мне деньги на счёт, часть из которых идет на оплату его рекламы в Гугл.АДС и/или в Яндекс.Директе. 
Как это обозначать в приложении для самозанятых? 
Никак не обозначить. Вы не вправе применять НПД - ст.4 п.2 Закона 2. Не вправе применять специальный налоговый режим:
5) лица, ведущие предпринимательскую деятельность в интересах другого лица на основе договоров поручения, договоров комиссии либо агентских договоров, если иное не предусмотрено пунктом 6 настоящей части;
Откройте ооошку и проводите нормально доходы и расходы