Можно ли на компьютере с Линуксом поставить Apache + MySQL?
1. Можно
2. От нагрузки создаваемой одним пользователем на сайт зависит.  Сервера бывают разные, как, впрочем, и сайты. Для расчета производительности отдельно взятого сайта можно провести нагрузочное тестирование специальными утилитами, например,  ab (apache benchmark).
"5000тыс.пользователей" точно не выдержит, для пяти миллионов датацентр нужен. ;)
Начнём с того, что неизвестно что вы собираетесь хостить, может просто статику раздавать. А может приложение тяжелое на Zend Framework.
Ну и по конфигурации системы абсолютно ничего. Какая архитектура CPU? Какая частота RAM? Сколько у неё каналов? Какой жесткий диск? Это ж всё влияет.