Аналоги GNS3. Кто какие знает?
Dynagen это обертка над Dynamips — эмулятором роутера. GNS3 как раз и используется для визуализации правил Dynagen/Dynamips + еще много чего.
На той же GNS3 возможно запустить эмулятор (через QEMU) Cisco ASA, Cisco IDS. Так же поддерживается Juniper (JunOS на QEMU). И Cisco PIX (через pixemu).
К сожалению L2 уровень никак не поддерживается, вернее есть свои свитчи, а не Cisco CLI.

Из «условно» бесплатных GNS3 наверно единственная сборка с таким функционалом. Почему «условно»? Потому что IOS/ASA/PIX/JunOS имаджи все-таки нужно где-то доставать — они не бесплатны.

Чуть больше работать с L2 позволяет работать Packet Tracer — он тоже «условно» бесплатный — доступный любому участнику Cisco Network Academy.

Из платных и доступных это Bosson NetSim, NetVisualizer, Network Sims — их уже называли.

Из не платных и не доступных — это Cisco IOS on Unix (на самом деле и под Linux есть ;) ) — он содержит фирмварь роутера и свича и позволяет собирать довольно сложные архитектуры (используется для подготовки к CCIE в том числе)

Экспериментировать с топологией сети можно и с помощью программ типа Open vSwitch или VDE (Virtual Distributed Environment), которые позволяют задавать L2 уровень программно. Я использую VDE довольно плотно совместно с Qemu/GNS3.
Как уже сказали DmZ
Packet Tracer бесплатно и постоянно доступен  участнику Cisco Network Academy.
Однако обновляется он не чаще чем раз в полгода-год и многие выкладывают его, так что скачать не проблема.
skill-admin.blogspot.ru/search/label/cisco%20packe...
Есть версия для студентов в которой доступен Asa
cisco.edu.mn/Download
для "старой" версии 5 доступен русский язык интерфейса