Что перспективнее изучать и под что перспективнее учится программировать: под windows или linux?
Перспективно стать хорошим специалистом, а под windows, linux, андроид или мак или вообще кроссплатформенно это уже второстепенно.
Прикладное программирование особо не отличается, и для этого уровня нужно знать и windows и linux на продвинутом уровне.
К сожалению, вам сейчас большинство аргументов будут непонятны - сама постановка вашего вопроса говорит, что еще рано такое спрашивать.
Смотря в чем себя видите - в клиентском, серверном, мобильном или встроенном софте.
Клиентский сейчас работает на Windows и Mac. Серверный больше на Linux/Unix, но и Windows не так уж далеко в хвосте. Мобильный - две платформы, которые сейчас на плаву, очевидны. Есть еще несколько менее известных. Встроенный софт - это вообще огромное поле (от автомобилей, до калькуляторов и микроконтроллеров).
WEB - большая тема. Она включает в себя всего понемногу (браузер, смарфтон, сервер и не один). 
Я бы пошел от области применения своих сил а уже потом с платформой определялся. Да и по платформам стараются делать переносимый код насколько это сейчас возможно. Так что главное не это.
Если хотите, можно полагаться на реестр отечественного ПО. Там Linux подобные в качестве клиентских ОС. Но это уже вопрос на кого работать собираетесь ( в России или на заграницу). Да и платформу 1С никто не отменял (но там конкуренция высока).