Где можно найти код JS с подробным описанием как он работает?
Аннотированный исходный код есть у Backbone и Underscore.
Ну, думаю, во всех учебниках по JS от O'Reilly есть примеры с комментариями. Например, в Javascript: Best parts все примеры разжеваны, мне кажется, досконально. Да и вообще - дико полезная книжка.