Yii2 — как правильно организовать структуру?
В common - модели, во фронтенд - контроллеры для фронтенда, в бекенде - наоборот. 
Т.е. делаете модуль в common и от него наследуете все остальные в бекенд и фронтенд
Александр Макаров  Gii еще бы генерил всё как надо, что бы такого не было : 
Вообще бы сказка была