Как сменить точку входа в приложение под андроид?
пробовал в манифесте добавить для второго активити, и удалить этот интент-фильтр для первого 
Этот способ работает и единственно верный. Как именно вы выясняете, что это не работает?
У эклипса в настройках конфигурации запуска (то что отрабатывает когда вы нажимаете на запуск) есть параметр вида "что делать после запуска": yadi.sk/d/KS549Ht7RdnqV - посмотрите, может у вас там жестко задана активити, которую надо запускать.