Насколько C# сейчас подходит для разработки под linux?
Нужно!
Недавно сдали 12 месячный проект. ASP.NET5, MVC-framework, PostgreSQL, KestrelServer (начали проект спустя !4! месяца после выхода оного). Задачи: Сервер + REST API. 
Сначала хотели разместить на Azure, но что-то не заладилось.
В итоге разместили на Linux'овом сервере. 
5 месяцев - полёт нормальный. 
Мануалов для конфигурирования от MS уже намного больше. 
Так что пишите - уже всё готово!
Ядро дотнета на никсах это большой маркетинговый костыль.
Да и сам дотнет больше похож на "О! jvm крутая вещь, но мы microsoft и нам нужен свой велосипед"
Так что удел дотнета сидеть на винде, учитывая нестандартность самой винды, нормальную реализацию под никсы мы увидим не раньше чем лет через 10, имхо
Хотите кросплатформенное приложение без особых заморочек, берите любой язык под JVM (там не только java есть), либо Go, либо, если не смущают скрипты, можно еще посмотреть в сторону javascript или python