Как лучше организовать файловую БД?
В вашем случае, нужен очень грамотный специалист который знает все недостатки такой организации информации.
В частности блокировка файлов, ожидание разблокировки файла, в общем организация одновременного доступа. Если вы просто будете делать инслюд а потом что-то типа "file_put_contents()" вас могут ожидать неприятные последствия. по сути вам нужно будет написать sqlite только языком PHP.
Нашел более менее внятное решение: https://github.com/wylst/fllat