Как лучше реализовать сервер для резервного копирования?
FreeNAS
Nas4Free
из узкоспециализированных.
У них файловую систему ZFS выбирать.
Но настоятельно рекомендуется 64 бита и 4 Г оперативки под это дело.
Однако для ваших целей можно брать чего угодно.
FTP в наше время не надежен, если вам нужен авторизированный доступ.
Сам для копирования больших файлов тащусь от удобства SyncThing.
Я бы ещё порекомендовал бы использовать дедупликацию. При несильном сжатии на резервных копиях она может нехило сэкономить место