Как установка Windows и Ubuntu на один SSD с шифрованием обоих систем?
Установить две ОС на один диск.
Зашифровать данные средствами ОС.
Вот и все.
Непонятно,  -- "чтобы данные обоих ОСок были зашифрованы" или результаты работы обЕих ОСок
были зашифрованы!!, Если второе, то при двух обычно-поставленных Осях, делай еще  рабочий раздел
и уже его шифруй (наверное типа нтфс, чтобы виндовоз также доставал, я не знаю типы файловых систем 
в винде, не пользую ).     Этот раздел без системы , ну, типа как Д или Е у вас.. и там все твои рабочие папки...