Почему mysql сервер не останавливается?
Перехожу
сd /etc/init.d/
Останавливаю
mysqld stop
Это брутально. Интересно из каких глубин подсознания вы вообще такую идею взяли.
Не /etc/init.d/mysqld stop, как в любых старых книгах, а вот с cd.
А, вообще, вы не указали какой дистрибутив, в зависимости от дистрибутива разные init-системы и разные варианты команд могут быть.
Подвисла служба, кильните её
ps -ax |grep mysql
kill -9 pid
Потом старт и стоп, проверьте что все работает нормально.