Как настроить кеширование Yii2 при использовании только yii\db\Connection?
само кэширование-то вы не настроили. Yii::createObject('cache',[
'class' => ...,
....
]);
UPD:<?php

define('YII_DEBUG', true);
defined('YII_ENV') or define('YII_ENV', 'dev');
require_once __DIR__ . '/../../vendor/yiisoft/yii2/Yii.php';

$container = new \yii\di\Container;

$container->set('cache', [
    'class' => 'yii\caching\FileCache',
    'cachePath' => $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . '/cache/',
    'cacheFileSuffix' => '.xxx',
]);
$cache = $container->get('cache');

$container->set('connection', [
    'class' => 'yii\db\Connection',
    'dsn' => 'mysql:host=localhost;dbname=yii2-app',
    'username' => 'root',
    'password' => '',
    'charset' => 'utf8',
    'queryCache' => $cache
]);

$connection = $container->get('connection');
$connection->open();
$q = "SELECT * FROM user_user";
$a = $connection->createCommand($q)->cache(45)->queryAll();
Все дело только в DI, я уже говорил вчера об этом.