PHPstorm, ssh и апдейты
Если на серваке настроена самба — подключите в винде как сетевой диск и работайте с него. 

Есть ещё вариант. Он лучше встроенной поддержки пхпштормом, но хуже самбы. 
Программка webdrive — подключение диска через ssh протокол. 
Но тоже будет притормажимавать. 

И, ещё один вариант. 
Есть такая вещь от Котерова — dklab_realsync
realtime-синхронизатор исходников с локальной машины на разработческий web-сервер

Работает так — вы у себя на локальной машине копируете полностью весь проект с сервака. Настраиваете утилиту — и она начинает в реальном времени очень быстро синхронизировать его с серваком. 
Т.е. реально phpstorm работает с локальными файлами.
К сожалению, полноценно работать на удаленном ftp/sftp сервере пока не получится. Если нужно что-то мелкое поправить, пользуюсь Notepad++ с его плагином для FTP или Exlipse+PDT+RSE. youtrack.jetbrains.com/issue/WI-1398