Как правильно устнавить две убунты, чтобы у них не было общих разделов?
Просто рубите жёсткий диск на несколько разделов и ставите Линуксы на них. Загрузчик сам найдёт обе ОС и пропишет в GRUB. Не вижу проблемы.
При установке указываете корень ( / ) в разные разделы.
Хомяки можно тоже в разные разделы, если хочется.
Имена юзеров разные, если хомяки в одном разделе.
Предварительно, ессно побить диск.
Пример:

Да, забыл, под свопы тоже разделы надо сделать.