Как лучше спланировать архитектуру?
Нормальная форма
вендор<->модель это по сути указатель на конкретный авто у которого могут быть модификации типа кузов, двигатель и т.д. Далее конкретные авто могут изменяться от года в год. 
как вариант можно разделить так
T1: auto_id, vendor, model
T2: modification_id, name
T3: auto_id, modification_id, value