Кто чем пользуется для контроля сделок в интернет магазине?
Я понимаю, что на хабре любят OpenSource и ненавидят Битрикс, но в Битриксе я с такими проблемами не сталкивался — логистика, склад, сделки, статусы заказов, все там отлично настраивается.
Все известные мне магазины пользуются связкой 1с управление торговлей + битрикс. Синхронизация товаров и заказов в такой связке работает хорошо из коробки. Конечно обычно в торговле не такие сложные бизнес-процессы. Под ваши все равно допиливать придется.