Как на vue связать такие данные?
Делаете ещё одно вычисляемое свойство - массив выбранных элементов. Геттер достаёт соответствующий массив из стора, сеттер вызывает мутацию. Используете это свойство в v-model чекбоксов. Вычисляемое свойство, управляющее выбором всех чекбоксов, переписываете следующим образом: в геттере сравниваете длины массивов всех элементов и выбранных, в сеттере устанавливаете значение вычисляемого свойства выбранных элементов. Например.
Если я правильно уловил суть вопроса, то решение как всегда в документации) вот пример
<input type="checkbox" id="jack" value="Джек" v-model="checkedNames">
<label for="jack">Джек</label>
<input type="checkbox" id="john" value="Джон" v-model="checkedNames">
<label for="john">Джон</label>
<input type="checkbox" id="mike" value="Майк" v-model="checkedNames">
<label for="mike">Майк</label>
<br>
<span>Отмеченные имена: {{ checkedNames }}</span>
То есть привязываешь чекбокс к массиву который и будет хранить value отмеченных чекбоксов. И не надо городить костыль с id и isCheked