Вредит ли 2 ОС жесткому диску?
Диску абсолютно безразлично какие там файловые системы вы на него водрузите.
Главное гвозди им не забивайте, и все будет хорошо. 
Для забивания гвоздей могу порекомендовать специализированный инструмент.
Это магнитные пластины, вращающиеся на шпинделе мотора. Контроллер позиционирует считывающую/записывающую головку в нужные координаты и по команде пишет или читает данные. А дальше уже сам контроллер посылает эти данные в материнскую плату, где их принимает биос. У твердотельных иначе устроен физический уровень. Там нет вращающихся пластин. Там запоминающие элементы. Используется шина данных и шина адресов.