Ubuntu 12.04. Учусь программированию. На чем писать программы в этой системе?
Судя по тому что вы пишете, вам рано писать без IDE. Потому я, со своей стороны, проголосую за QtCreator. Он из всех сишных IDE под убунтой самый понятный, как мне кажется. Вообще, я в свое время, начинал из под винды на Visual Studio. Раньше там было все очень понятно и самое адекватное автодополнение. Не знаю что творится там сейчас. На начальном уровне я бы советовал не зацикливаться на системе из под которой вы программируете. Чем больше она берет на себя, тем лучше.
Когда вы будете свободно программировать в выбранной вами IDE (это довольно продолжительное время), можете переходить к программированию в любом текстовом редакторе, с последующим билдом с помощью gcc, g++ а затем и make, это углубит ваше понимание того, что на самом деле происходит "за кулисами". 
А ваш warning: return type of «main» is not «int» [-Wmain]
оттого, что по стандарту функция main вашей програмы должна возвращать int. Когда вы пишете void ошибки не будет, но компилятору это не понравится.
Eclipse? А компилятор, я думаю, уже стоит и настроен.