Grunt и проблема с файлами (тысячи их). Что делать?
Ну, вообще обычно копируются только рабочие файлы проекта, без папки node_modules (в частности, когда происходит работа с репозиториями git, папки такого рода помечаются как git-ignore). То-еть, по сути, нужно хранить только package.json, в котором хранится информация обо всех необходимых модулях. После переноса проекта другому разработчику всего-навсего придётся дать консольную команду npm install, и Node.js установит все необходимые модули.
P. S.: Да, в gulp.js всё примерно так же.
Не знаю как в Grunt, но в Gulp это все модули от Node.js. Вы объявляете все зависимости в package.json и просто исключаете node_modules из бэкапов. npm install является частю процесса деплоя и нет никакого смысла в синхронизации ненужных частей проекта. Кроме того, могу порекомендовать что-то вроде процесса непрерывной интеграции. А вообще идеально хранить код проектов VCS, а данные пользователей в отдельном месте. 
Так делается в правильных проектах.