Как обновить структуру каталога (файлы и папкии) проекта в Web Storm (он же PHP Storm)?
Ctrl+Alt+Y или File->Synchronize
Нашел тут 
https://stackoverflow.com/questions/17966860/phpst...
Если не поможет то сделайте то что там в последнем ответе указано.
Обычно новые файлы и папки, созданные вне IDE становятся видны через несколько секунд. Если этого не происходит, то достаточно свернуть и развернуть всё дерево проекта.