Есть ли какие либо права на ПО у заказчика?
Базис вопроса состоит в том, признают ли договор заключенным или нет. 
Если признают, то согласно  1296 ГК РФ "Исключительное право на программу для ЭВМ, базу данных или иное произведение, созданные по договору, предметом которого было создание такого произведения (по заказу), принадлежит заказчику, если договором между подрядчиком (исполнителем) и заказчиком не предусмотрено иное."
Вот от этого и пляши. Остальным набежавшим советчикам рекомендую воздержаться о толкований ситуации так "как это понимают и чувствуют они".
Если заказчик платил без какого-либо юридического основания (ни одного подписанного документа типа договора) то
1. Вы попадаете под незаконную предпринимательскую деятельность.
2. Заказчик попадаете под незаконную предпринимательскую деятельность (это, кстати, не точно, в отличие от п.1)
Но если вы чуете  в себе силу вернуть заказчику, если что (если типа суда), все полученные деньги, как следствие - получить единоличные полные права, а дальше в зависимости от ситуации (требовать с заказчика оплатить использование по вашим тарифам, например) - то вперёд.
Но лучше договориться (можно с позиции силы - это тоже договор).