Зависимость скорости работы сервера от кол-ва файлов в папке?
Зависит от файловой системы. Для ext3/ext4 большое количество файлов не проблема.
Разделять нужно обязательно, т.к. будет удобней бекапить, обслуживать и разрабатывать.
Если я не ошибаюсь — в nix системах — всё есть файлы: папки, порты, устройства и тд. Поэтому ей пофиг. Файлы сохраняются на диске, не зависимо от папок.
Но я бы рекомендовал разделять по папкам. Представьте, что вы будете работать(посмотреть, удалить и т.д.) со списком файлов в 50k+, например.