Бывали ли случаи, что deprecated-код вновь объявляли актуальным?
Думаю, такое вполне могло когда-то случиться, но ситуация в целом странная:
1. Deprecated объявляют уже после появления альтернативы
2. Deprecated обычно объявляют, что удалят в такой-то версии

Получается, если раздепрекейтить какой-то метод, то у тебя в будет два способа делать одно и тоже, и придётся официально поддерживать оба варианта. Зачем добровольно брать себе двойную работу?
Никогда такого не встречал. Но встречал чуть чаще чем всегда что-то вроде "foo is deprecatd and will be removed in version 123, use bar istead".

Но чаще всего я встречаю ошибки вида "мы втихую поменяли логику foo, поэтому все программы с обновлением нашей библиотеки просто не работают - это ваши проблемы, следите за нашим новостным сайтом сами".