В чем риски внедрения Яндекс метрики на внутреннем сайте компании?
Яндекс сможет иметь доступ к данным, вводимым на внутреннем сайте. Каким? Да практически всем.
Как правило, выбираются параметры и наборы, которые будут уходить в метрику. Обсуждается при внедрении метрики. Более подробно после-перед внедрением можно посмотреть в скриптах, которые будут подгружаться на страницу. Но всегда есть вероятность, что они обновятся и будут утаскивать что-то иное. Например, полный лог нажатий с клавиатуры в личном кабинете или в форме с ком тайной и т.п.
Риски всегда есть, вопрос, а нужны Вы яндексу?
И второй вопрос, нахрена яндекс метрика, если есть бесплатные standalone решения? Например piwik
А разве чтобы поставить Яметрику сайт не должен быть виден извне? Тогда это уже не внутренний сайт получится если вы будете открывать к нему доступ с внешки для Яндекса. А следовательно все те же риски что и для обычных сайтов.