Что лучше сейчас использовать?
Вообще-то ПМА - это самый отстойный клиент для работы с БД
Я не понимаю, как люди вообще им могут пользоваться. 

Берете любой локальный клиент (в идеале PHPStorm, но можно хоть Workbench) и настраиваете доступ к удалённой БД серез SSH.

Вот только NGINX тут совершенно не при чем. К базам данных эта программа не имеет ни малейшего отношения
получше?
Получше для чего? Для того, чтобы не напрягать межушную мышцу, ничего лучше PMA нет и не предвидится, другие инструменты требуют понимания и освоения.