Преобразование JVM/.NET кода в бинарники?
c jvm нет ничего проще, чем положить в папку программы каталог jre и в .cmd запуска прописать class_path.
у моно есть AOT. Но работает он только в линуксе + насколько я понял не умеет компилировать в .exe (даже если исходным файлом был .exe).