Почему стоит использовать CentOS или fedora вместо Ubuntu?
Тут в вопросах чего или кого - очень много своей специфики.
Например как сказал Ivan Bogachev - доступность репозиториев.
С другой стороны - версии, личные предпочтения и доступные версии ПО.
На пример - я люблю использовать CentOS 6 из за классической системы старта. Я считаю CentOS 7 очень не удачной сборкой. Там по умолчанию нет привычного мне инструментария. На стороне CentOS - стабильность но не самые новые версии софта по умолчанию. Puias в помощь всем Красношапочникам. Но и там иногда лезут косяки.
Ubuntu (я рассматривяю только LTS сборки) представляет стабилизированный выбор более свежего софта. Плюс некоторые вещи там собраны удачнее (К примеру strongswan - все плагины в отдельных пакетах) . Та же Edubuntu предоставляет допиленный LTSP.
Тут выбор целе-ориентированный. Что лучше решает задачу - то и больше подходит.
Если вы про сервер, то Centos имеет более длительную поддержку - 10 лет, при этом Ubuntu (LTS) - 5 лет. Иногда это может иметь значение. Остальное - дело вкуса и личных предпочтений.