Периодически виснут сайты — 502 Bad Gateway?
Заведомо непонятный ход с 1 винтом, да ещё и не в RAID. Да, SSD улучшит положение дел, и возможно решит данную проблему. Такой конфиг только под домашний веб-сервер можно использовать.
Но на будущее, если сайтов больше 3-5, делайте RAID массив. Это ускорит работу и поможет сохранить данные в случае смерти одного из винтов.
Вангую - СУБД не справляется. Убедиться, что это так, добавить нужные индексы.