Монитор загрузки MySQL
Есть утилита mysqldumpslow которая анализует лог медленных запросов и выводит самые частые медленные запросы, жаль, раньше не знал о ней, надеюсь поможет решить хотя бы часть проблемы.
Из вашего объяснения я понял что база не уходит в даун, а просто собирается большая очередь запросов?
Какого рода запросы? insert/select/update?

Посещаемость сайта имеет не большую роль в нагрузке… Все зависит от структуры базы, ее размеров, действием над данными в ней. Можно повесить mysql и одним запросом на очень долгий период.