Почему криптографически подписанные приказы для ботнета редко(если вообще) встречаются на практике?
Введение единой пары ключей а. увеличивает сложность системы, б. увеличивает нагрузку (на шифрование) и, следовательно, риск обнаружения и при этом в. не приносит никакого профита в смысле защиты от указанных методов борьбы. Введение уникальных пар ключей для каждого клиента увеличивает сложность заражения (т.к. ключи нужно генерировать для каждого клиента). И, наконец, любой из этих методов в случае указанной конфискации серверов предоставляет прямые улики :)
Нет смысла, финансово не выгодно.
Ничем не улучшает ботнет, несет лишнюю нагрузку и программинг.
Никак не защищает от того, что сервера конфискуют.