1C как изменить все значения одного столбца в таблице «Номенклатура»?
Быстрое решение. Запустите групповую обработку справочников и документов (обработка, которая есть во всех типовых конфигурациях и в обычном и в управляемом вариантах интерфейсов), выберите тип справочник номенклатура, наложите при необходимости отбор и изменяйте значение реквизита для всех элементов.Путь программиста. Нужно запросом отобрать не свойства ставки НДС из справочника номенклатуры, а ссылки на элементы справочника (с отбором на то, что это не группа). Далее по выборке из запроса по ссылке получаете объект, заменяете ставку НДС и записываете назад в базу. Выглядит примерно так:Запрос = Новый Запрос("Выбрать Ссылка Из Справочник.Номенклатура Где не ЭтоГруппа");
Выборка = Запрос.Выполнить().Выбрать();
Пока Выборка.Следующий() Цикл
    Товар = Выборка.Ссылка.ПолучитьОбъект();
    Товар.СтавкаНДС = Перечисления.СтавкиНДС.БезНДС; 
    Товар.Записать();
КонецЦикла;
А что написали Вы?
Вы отбираете свойства номенклатуры (скорее всего они у всех одинаковые = 18%) и далее работаете с массивом идентичной информации. Поскольку в вашей переменной Выборка находится ТаблицаЗначений, то значения поля СтавкаНДС1 вам с легкостью удается переопределить (бессмысленное занятие с учетом того, что после выполнения процедуры эта таблица будет удалена из памяти). 
Далее вызываете метод контекста Записать() - который определен внутри модуля объекта и модуля формы элемента для объектов данных. В случае работы внутри формы элемента справочника номенклатуры вам бы удалось записать текущий элемент, но вы скорее всего работаете в обработке и в ее контексте этого метода по-умолчанию нет - поэтому получаете ошибку.
Дополню Дмитрия, что у Вас произошла подмена понятий. Справочник Номенклатуры это одна сущность, а один из атрибутов этой сущности "CтавкаНДС" - по сути ссылка на другую сущность.  
Представьте, что у Вас есть две таблицы:
1. Человек[Id, Имя, Пол] - здесь поле "Пол" - это Foreign Key на таблицу полов #2
2. Пол[id, Имя]
Стоит задача перезаписать пол человека. Вы у себя просто перебираетe элементы таблицы "Пол" безотносительно к нужным Вам элементам таблицы "Человек".
Ну и дальше Дмитрий уже рассказал.
Т.е. нужно отталкиваться от того, что вам нужно перезаписать элемент сущности "Cправочник.Номенклатура", соответственно и ссылку нужно на нее выбирать и работать с ней.