Бага или фича PHPStorm, которая сломала мне проект?
Использую систему версионности гит или меркуриал, даже когда один работаю, и перед тем как сделать коммит всегда смотрю какие измения были. Очень спасает подобная практика, редко что на боевой сервер левое попадает
Использовать классы.
С ними ещё не разу не возникало проблем при рефакторинге