Почему не видно папку .git в phpstorm?
Настройки / Editor / File Types / - внизу будет "igonre files and folders" Там можно убрать ".git".
Только вот зачем лезть туда? 
Если все же надо, то желательно тогда исключить чтоб шторм там не ковырялся "Mark directory as Excluded"
В новых версиях настройка во второй вкладке тут Settings->Editor->File Types.