Почему возникает Error while sending QUERY packet в MariaDb?
Отвечу сам. 
Короткая версия: в конструкторе pdo четвертым параметром добавить массив сPDO::MYSQL_ATTR_MAX_BUFFER_SIZE=>1024*1024*50,
где число - размер пакета в байтах.
Полная версия:
Частая рекомендация при подобной ошибке - увеличение wait_timeout и max_allowed_packet 
 в конфигурационном файле (/etc/my.cnf в моем случае), мне не помогло. Подробно тут.
Помогли же:
1.  документация msyql, где указано, что you must increase this variable both in the client and in the server 
2. топик о том, что во всем виноват pdo 
3. комментарий на php.net о том, что у pdo есть свой собственный параметр MYSQL_ATTR_MAX_BUFFER_SIZE, который и надо увеличить.
Привет Даниил,
спасибо что поделились данным вопросом - а Вы случайно не знаете как это же побороть в xPDO котрый юзается в MODX CMS? Может даже и хардкодом сделать временно... Буду рад отзыву