Как фрилансеру-ИП принимать оплату и платить налоги со страховыми взносами?
если доход от 600 000 в год тогда имеет смысл регать ип на усн 6%.
если доход меньше будете больше нести расходов на ип (фикс взносы+банк+отчетность+касса) - проще платите раз в год подать декларацию как физ лицо и заплатить 13% НДФЛ. Если вы в Москве, Подмосковье, Калужской области и Татарстане - ждите со 2019 года принятия закона о самозанятых будет налог 4%-6% без декларация (значительно проще все)
регистрация ип 800 руб пошлина
на ип усн 6% вот такие расходы на 600 000 руб
32 385 руб фикс взносы за ип на 2018 год (платите независемо от дохода) 
1% в ПФР от годового дохода свыше 300 000 =  3000 руб
усн 6% = 36 000
Если у вас нет работников и вы платите взносы поквартально можете вычесть расходы на взносы из УСН налога.
36 000 - 3000 -32 385 = 615 руб налог по УСН
ИТОГО не более 6% за налоги, Если доход меньше 600 тыс в год тогда процент выше будет (тк взносы независемо от дохода платятся)
если бы ваша деятельность попадала бы под патентную систему налогоблажения (например программирование)
то можно было платить фикс налог + фикс сумма взносов, независимо от дохода
расчет налога https://patent.nalog.ru/
сбербанк тариф легкий старт
https://www.sberbank.ru/ru/s_m_business/bankingser...
бесплатно и без абонентки с выводом до 150 000 на карту  в месяц
https://www.sberbank.ru/ru/s_m_business/bankingser...
бесплатная бухгалтерияАвтоматический расчет налогов и взносов и подготовка поручений для их уплатыДекларации по УСН 6% на основании банковской выпискиУведомления о наступлении налоговых событийВозможность добавлять данные по вашим счетам в других банкахУменьшение налогов за счет фиксированных взносов и авансов
у других банков начальные тарифы либо абонентка от 500 руб/месяц либо 1% от дохода,
Декларация подается раз в год 
Самим бесплатно (почтой или придти и ИФНС) или онлайн  – 1650 ₽/год за ЭЦП и  отправка онлайн
Если будете работать с физ лицами обязательно нужна касса (независемо от способа оплаты), если будут платить юр лица только по безналу - то не нужна
фискальный накопитель на 3 года = 10000 руб (у местных поставщиков найдете)
https://e-ofd.ru/ самый дешевый ОФД на 3 года = 2000 руб
касса от 8000 руб (например Атол 91Ф и 92Ф у местных поставщиков найдете)
Или аренда кассы в датацентре (актулаьно для сайтов)
https://e-ofd.ru  за 1500 руб в месяц, нужно покупать ФН за 10500 руб на 3 года
https://pay54.ru за 2000 руб в месяц, без покупки ФН, но если отключитесь раньше года попросят заплатить за ФН
регистрируете ИП, открываете счет в банке, вида 40802810.... 
заключаете договор с заказчиком, выставляете счет для безналичной оплаты, либо даете ему квитанцию формы ПД4 , если это физлицо, он оплачивает, вы получаете деньги в банке (снимаете наличными или выводите на свою карту)
сумма налогов исходит от типа обложения, которую вы выберете, например УСН 6.
Читаете внимательно в интернете как все рассчитывать и платите со своего счета в банке налоги и взносы. 
Некоторые банки бесплатно дают сервис "бухгалтер" и сами все делают, некоторые за плату. Для УСН6 все просто, любой справится.