Какие способы очистки таблиц innodb mysql посоветуете?
Еще один вариант, не знаю подойдет ли он вам, партиции в 5.1. Для вас думаю возможен вариант с alter table truncate partition ..., и факт того, что индексы локальные тоже должен помочь, нет глобального индекса — не останется хвостов от удаленных данных. Из минусов, ну их даже в официальной документации много. И еще тут много зависит от того, как у вас организованы данные, простейший вариант с датой временем, по ним можно побить данные и очищать устаревающие данные.
>решение в стиле говнокод: использовать сиквенс-функцию вместо автоинкремента, у которой ограничивать максимальное количество id в таблице, а последовательность айдишников зацикливать, и использовать insert ignore для затирания старых новыми.
да, решение сильно в стиле говнокод, и в данной ситуации не получится, тк есть нюансы, например пакеты делятся по какому-то признаку, и в каждом конкретном признаке количество пакетов может быть от одного до нескольких миллионов. кроме того, удаление должно производиться не случайным образом, а строго за заданный период времени (поступивших данных), т.е. грубо говоря должен чистится архив, удаление старых ненужных записей.