Что такое модули в javascript?
Поймите следующее, никто больше вручную не закидывает библиотеки в папки. Библиотеки живут в node_modules. Туда они попадают автоматически, когда вы устанавливаете зависимости проекта.

Далее ваш проект собирается в билд версию каким то сборщиком вроде вебпак/парсел/роллап которые прекрасно резолвят все эти зависимости.

Начните с изучения сборки проекта и вам откроется целый новый мир)
Представь что в мире нет городов, только бесконечное название улиц. Так же и с областью видимости. Просто поверь, это полезное нововведение, но поймешь это когда будешь работать с большими проектами.