Будет ли при установки ssl потеря в seo позициях?
Будет.
Потому что с точки зрения поисковиков, это другой сайт (в некотором роде).
А вот насколько глубокой и длительной окажется просадка - будет зависеть от исполнителя переноса.
Если всё сделать грамотно (редиректы настроить, внутренние ссылки проверить, и sitemap, и robots.txt, и в кабинетах вебмастера сообщить поисковикам о переезде), тогда отрицательные последствия будут минимальны.
Но переезжать однозначно надо.
Да будет короткая потеря при склейке и через неделю редиректе, все быстро восстановится, возможно часть позиций поднимается по ссл