Почему неотображается папка bitrix в phpstorm при многосайтовости?
Вы в качестве root path указали конкретный путь. PhpStrom прекрасно умеет резолвить симлинки, но из-за root path он не может этого сделать. Решение: указать заместо конкретного пути - / или сделать относительные симлинки и указать общий путь для обоих сайтов.
В вашем случает на втором домене нету папки битрикса. Заместо нее стоит симлинк на папку первого сайта. Если вы работает локально, то симлинк будет не верно смотреть, если сами не поправите. 
Как видите во вкладке remote у вас есть симлинк, но он перечеркнут, потому что такого каталога не найдено локально