Как сделать переход к якорю, если шапка закрывает?
Вот вам готовый скрипт на JQuery.$(document).ready(function() {
	$("a.scrollto").click(function () {
		elementClick = $(this).attr("href")
		destination = $(elementClick).offset().top;
		$("html:not(:animated),body:not(:animated)").animate({scrollTop: destination - *высота шапки*}, 1100);
		return false;
	});
});
Для того, чтобы ссылка была "со скроллом" нужно добавить ей класс scrollto
Также не забудьте указать высоту шапки и время прокрутки (по умолчанию 1100мс)
Делается это через js, средствами голого html без костылей не получится.
https://yandex.ru/search/?text=js%20scrollto&clid=...