Есть ли какой-то стандарт, где хранить файлы(временные файлы, данные, графику,плагины и т.д) в windows?
Попробуйте поставить современную популярную программу (хотя бы Хром, например) без прав администратора - и посмотреть, как он раскидает свои файлы.
Общий принцип - не мешать мух и котлеты, то есть не класть в одну папку исполняемые файлы (в т.ч. библиотеки) и файлы, которые программа создает сама.
Ну, и не уверен насчет стандартов, но %APPDATA% ведет во вполне конкретный каталог...
Если плагины dll для всех пользователей, то тогда в директории, где установлена программа (program files), а если только для текущего пользователя, то как указал res2001 .
Создаваемые пользователем данные принято размещать в папке пользователя.