Можно-ли проверить соответствует-ли бинарик исходному коду?
Компилировать исходники.
Нельзя на гитхаб выложить одно, а скомпилировать совсем другое.
Можно.  OSS - с точки зрения ИБ хорош тем, что можно исходники проанализировать, а потом именно из этих, проанализированных, собрать программу. А так - все доверяют официальным репам, считая, что там подмены быть не может, что конечно же неправильно, но общепринято...