Смержить две базы данных?
Вам нужен тул? Пожалуйста: SQL + mysql.exe или что-нибудь из списка + MySQL драйвер: C, C++, C#, Java, Go, D, Lisp, Scheme, Pascal, Visual Basic, Python, Fortran, PHP, Perl, Ruby, F# + я могу продолжать извращения с другими языками.

А так не охота думать над вашей проблемой и не очень хочется её узнавать.
И ваще судя по вашему вопросу, вы не особо хотите что-то там решать, а то бы сами посидели и в гугле поспрашивали…
Со всем уважением к вам хочу отметить, что задача мерджа, даже просто текстовых файлов, далеко не всегда возможна в автоматическом режиме. То что хотите автоматически проделать вы, на порядок сложнее, поэтому хотите вы или нет, но потрудиться головой и руками скорее всего придется.

Могу только посоветовать пути к решению этой проблемы.
1. Раз база настолько большая, к ней должна существовать схема. Сравнив различия двух схем можно написать SQL скрипты, которые смерджат данные. Если схемы БД не существовало, то очень рекомендую ее сделать.

2. Можно попробовать чуть более извращенный вариант, работоспособность которого я не гарантирую. При помощи менеджера базы (любого, хоть phpMyAdmin) вылить структуру и данные в файлы. И мерджить как обычные текстовые файлы. Но откровенно говоря при больших объемах я бы от этой задачи сошел с ума.

Удачи!