С помощью чего написать книгу?
Я бы выбрал таки TeX/LaTeX редактор. Есть отличные приложения и онлайн-сервисы. Не представляю, как в Markdown управлять свойствами страницы (колонтитулы, отступы), да и в целом TeX кажется более уместной системой разметки для подготовки публикаций.
Markdown на Github?