Разностный архив — что за зверь?
Это описание не разностных, а инкрементальных архивов, и в случае сплошных инкрементальных архивов для восстановления тебе потребуется последняя полная копия плюс ВСЕ инкрементальные копии по порядку создания. Какой не хватит, дальше не восстановишь - они образуют связную последовательность. Если же ты создаешь именно разностные, то в каждой копии будет разница между текущим состоянием и полной резервной копией, т.е. в первой будет один файл, а в 364й - 364, если "один файл в день" - это каждый раз разные файлы. Тогда для восстановления тебе потребуется полная копия плюс последняя разностная.
Насчет восстановления 365 архивов - по-хорошему, когда ты восстанавливаешь данные, интерфейс предлагает указать дату, и разворачивает бэкап из всех необходимых файлов. То есть, это работа системы бэкапа - использовать необходимые файлы для восстановления, операция в любом случае будет одна со стороны пользователя. Кстати, не забывай бэкапить базу данных самого Cobian, иначе прежде чем восстанавливать, придется перечитать их все только затем, чтобы понять, какой файл что хранит.
Разностный = дифференциальный. Сохраняет файлы, изменившиеся с последнего полного бекапа. В Вашем случае, что бы восстановиться из дифференциального бекапа, нужно восстановить поледний полный бекап и на него накатить последний дифференциальный бекап.