Работами с форками django-приложений?
Если Ваше приложение имеет setup.py, написанный с использованием setuptools, то всё делается очень просто

./setup.py develop
1. Если приложение не работает вне проекта, то нет совершенно никакого смысла выносить его в отдельный репозиторий.
2. Если оно все таки работает, то устанавливаться в проект оно должно точно также как и все похожие приложения. Подозреваю что для питона это pip.