Шифрование базы SQLite3
Поскольку на библиотеки деньги в нашей конторе выбить нереально, то реализовывал свой велосипед с шифрованием посредством vfs.
Использовал постраничное RCA шифрование. Ключ генерил на лету на основании кодовой фразы.
Внутри vfs шифрование осуществляется всех страниц, кроме первой. Т.к. к ней движок sqlite обращается очень часто для блокировки/разблокировки файла базы. 
Потом уже дописывал исключение для журнальных файлов, мне их шифровать незачем.

Если руки не кривые — работы 2 дня + тесты автоматизировать под вашу задачу.
У меня БД не нагруженная и общая производительность приложения упала в пределах погрешностей измерения.

З.Ы. И еще — для детектирования что БД зашифрована на первой странице файла БД вставляю метку в неиспользуемую часть заголовка базы.
А что в исходниках php посмотреть ответы на вопросы нельзя чтоль?