Индексируются ли поиском комментарии Disqus?
Для большинства сайтов Disqus-комментарии — индексируются. Проверить на вашем сайте можно поиском по точному соответствию (фрагмент какого-то оригинального комментария возьмите в "кавычки" и поищите этот текст в Яндексе, на первом месте должна оказаться страница вашего сайта с искомым комментарием).
А почему нет?
Как и любые другие комментарии которые подгружаются на страницу с помощью JS.
Поисковики умеют это делать уже давно: devaka.ru/articles/google-indexing-ajax
Ну и в статье пример что комментарий с фейсбука привязан к сайту на котором он расположен.