Как отслеживать время у объектов в базе данных?
Средствами ноды или перечисленными в ответах способами сделать можно, но это не эффективно, обычно для такого используют менеджеры очередей, типа RabbitMQ и ему подобные.
node-schedule
При запуске сервиса просто взводите все джобы, которые у вас есть в базе. Если их очень много, группируйте по времени срабатывания. Ну или можно действительно делать выборку только за сегодняшний день, каждые несколько часов, нужно подобрать параметры в зависимости от задачи и нагрузки.

Или вот ещё планировщик есть: Bree