Почему яндекс метрика отслеживает не всех посетителей?
возможно различные адблокеры вырезают скрипт аналитики
Элементарно - до скрипта метрики не доходит/не загружают.
Самая правильная статистика - серверная: webalizer/awatat/etc.  А метрики/аналитики они для другого служат.