Как защитить web-сервер под управлением Ubuntu?
Для начала не понял зачем там Apache, прошу прощения за оффтоп. PHP можно запускать через тот же php-fpm, python через uwsgi. 
Если по делу, то:
Докер, по мнению разработчиков в далекой бете, и они просят не использовать его на продакшне.
Chroot не дает нужного уровня безопасности. 
Да и не понятно что от кого защишать для начала. Из докера и chroot я бы наверное посмотрел в сторону lxc и за одно поинтересовался работой selinux, может и его хватит.
@deemytch, спасибо за ответ, а можно по-подробнее. Ну или ссылки где про это все можно почитать.
@ptchol, да я и не сомневался в правильности ответа @stavinsky. Дело в том, что очень мало информации по правильной настройке (безопасность + производительность). Хотелось бы мануал, который как эталон что ли был бы. 
Буду благодарен, если приведете какие-нибудь ссылки, что бы посмотреть как все должно быть.