Что использовать для монтирования YandexDisk/WebDAV под Linux с шифрованием?
стандартно. для шифрации файлов  используешь EncFS, который шифрует каждый файлик по отдельности и складирует их в прописанный каталог.
А сей каталог либо синхронишь либо размещаешь на яндекс-диске.
удобство что гонять по тырнету надо только измененные файлики.
подключение вебдава тоже не составляет проблем.
Если правила с прошлых лет не поменялись, то Яндекс.Диск по-прежнему запрещает хранить зашифрованные файлы у себя.
Так что затея обречена на провал.