Клиент обвиняет в заражении сайтов. Что делать?
Из принципа хочу доказать свою непричастность. 
Бесполезно. Не докажешь, только потеряешь время/деньги и нервы.Что делать? 
Понять и простить. (С) 
Забить и больше НИКОГДА не делать на хостингах клиентов ДО полной оплаты.
Считай что купил ума.АПД. А вообще, если есть договор, то нужно его читать. Если там есть обязанность клиента заплатить за работу и нет ничего про и вирусы и тп - можно и побадаться. 
А нет договора - увы.
Поддерживаю ораторов выше -- бодаться и доказывать бесполезно. Клиент собрался кинуть на деньги, его тут ничего не остановит.
В зависимости от дальнейшей наглости клиента, я бы обеспечил себе возможность доступа к его сайтам, независимо от смены паролей клиентом. И когда всё уляжется, через месяц-другой-третий по-тихому уронил бы несколько сайтов клиенту. Сначала немножко, а потом и по-серьёзному, с записью мусора во все файлы на хостинге. Делать это желательно вечером, чтобы время даунтайма было максимальным. Если есть возможность сломать бэкапы -- можно сначала сломать бэкапы, дождаться, когда история хранения бэкапов прокиснет, и вперёд...
В принципе, заявлений про "90-е" -- уже вполне достаточно, чтобы лично моя совесть отвернулась в сторонку на время совершения описанных выше мероприятий.