Как сделать начальную MVC модель для сайта на JS?
MVC не особо популярен на фронте. Почитайте про flux, redux, mobx.
Я бы рекомендовал воспользоваться имеющимися фреймворками. Чистый MVC на фронтенде уже давно не используется. Но если хочется повозиться с основами, прокачать навыки, то попробуйте мыслить структурно. У вас есть иерархия страница -> хидер -> меню -> элемент меню и т.п. Отражение этой иерархии скорее всего нужно будет реализовать во всех аспектах: модели, контроллерах, вьюхах. Вы должны запустить контроллер страницы, который подготовит модели (запустит их контроллеры) и передаст их во вью страницы. вью страницы, в свою очередь, должен выстроить дерево вью подчинённых и отрендерить их. или вызвать render своих детей, которые в свою очередь вызовут render своих и т.п. как это делает react.