Какую запись в трудовой лучше сделать веб-разработчику?
Можно не ограничиваться одной записью. Если вы в компании работаете давно и к вам там хорошо относятся, можно сделать несколько записей начиная с помощника системного администратора и уже заканчивая руководителем IT отдела. Это кстати будет характеризовать вас как целеустремленного сотрудника.

Фактическое наличие или отсутствие какого то ни было отдела ни каким образом не ограничивает формулировки должностей в трудовой, так что смело можете писать любую должность.
Никого реально не волнует красивость формулировки в трудовой. Трудовые вообще отменять собираются… lenta.ru/news/2011/08/04/trud/