Как вы пишите веб приложения?
С IDE все нормально как раз. Лучше продукции от JetBrains ничего не видел. В купе с ним, можно использовать какой нибудь WinSCP, ибо  на сервак необходимость залезть бывает. 
Все Вы делаете нормально.
Macbook Pro 13, на нем соответственно OS X. Я пользуюсь Sublime Text 3 (в нем самое главное Emmet + поддержка SASS/SCSS + удобная цветовая схема). Для FTP - Cyberduck. Проект начинаю как стандартное приложение Node.js . Для сборки проекта Grunt (он и минимизирует, и файлы сливает, и префиксы расставляет, и заливает на FTP). Для контроля версий Git + Bitbucket. Приложением ImageOptim при надобности оптимизирую изображения. Photoshop CC 2015 сейчас стоит для работы с макетами, которые верстаю. Для того, чтобы оперативно делиться инфой - облако от Яндекса. Воот. По сути простой сетап.