Как узнать есть ли ограничения IOPS на vps сервере?
Вам явно обещали гарантированные iops? 
На том же физическом сервере может быть помимо вашей еще куча vds которые активно сжирают ресурсы.
Хотите гарантированной производительности - берите железные сервера в аренду, благо цены сейчас более чем гуманные.
Ну посмотрите иопсы во время теста , скорее всего режут просто скорость диска так как иопсов у вас там кот наплакал