Как адаптировать код php под FreeBSD?
Вместо использования команды можно создавать файл и перед запуском скрипта проверять, создан ли он

if (file_exists('myscript.running')) {
   echo 'Скрипт уже работает!', PHP_EOL;
   return;
}
touch('myscript.running');

// Тут ваш код
ну  вы  ж  сами  зацикливаете  код  PHP
шо то  одно  или бесконечный  цикл  в  PHP или крон