Как использовать attr в jquery?
Лучше так
$('#button-c-p-save-file').data('button-id-file', id_file);
Поле ID должно быть уникально. Используйте классы и все заработает
$('.button-c-p-save-file').data('button-id-file', id_file);
Изначально что-то делаете не так. 
Подскажите какую задачу решаете?
По задаче, скорее всего так :$('#button-c-p-save-file').attr({'data-button-id-file':id_file, 'data-button-id-app':id_app,и тд.});