Linux env python no module name, wtf?
В первом случае вы запускаете python прописанный в пути из переменных окружения, во втором случае - вы запускаете вполне конкретный файл интерпретатора python3
В общем случае - это могут быть два разных интерпретатора лежащих по разным путям и использующим свои библиотеки
Наверно у вас две инсталляции python3.
Что дает 

which python3

?