Как изолировать один физический диск от двух других?
Может проще на виртуалку поставить линукс и тренироваться сколько хочешь.
Зависит от того какой диск у тебя будет загрузочным. Собственно ты можешь загружать обе операционки с первого диска но для каждой указывать монтирование только своих дисков и разделов. Это достаточно прикрывает тебя от кривых рук. 

Но когда будешь изучать команды типа fdisk, parted, mkfs то лучше конечно ценную ОС отключить вообще.