Чистый JavaScript или jQuery для работы с html/css файлами?
Не слушайте мнение тех, кто не долюбливает jQuery - это их личные тараканы (загоны) в голове. А вы у них спрашивали, почему они недолюбливают ? Они какие-то вменяемые аргументы могут привести ? Просто есть разные задачи. Для лендинга только упрямые будут использовать чистый js, а при работе с фреймворком или в больших проектах, конечно, джеквери не подойдёт. Лучше джеквери пока что ничего не придумали для обычных сайтов. Если хотите делать анимацию сами, то нет смысла тратить больше времени на написании того же кода на чистом js. Да, можно добиться, но вообще нет никакого смысла. Так что используйте jQuery 
Кстати, присмотритесь к GSAP
На мой взгляд, анимировать лучше при помощи css - более производительно, а запускать и/или останавливать анимацию при помощи добавления/удаления к элементу какого-нибудь css класса. 
Например, чтобы запустить анимацию на странице, можно в нужный момент добавить контейнеру или объекту класс типа "-animation-active", и далее руководствоваться css для анимирования элемента. Если это решает вашу задачу, то лично я не вижу необходимости тянуть jQuery ради одной строчки кода, которая реализуема и без него. 
Изначально, если обратиться к истории возникновения jQuery, он был написан для кроссбраузерности, а после уже оброс всякими плюшками и удобствами. Иными словами, jQuery действительно полезная и удобная штука, но только там, где он действительно нужен. Выбирайте инструмент исходя из задачи, а не наоборот.