Кто-нибудь имел опыт поиска работы в Японии?
Лично у меня такого опыта нету, но есть знакомые ребята с таким опытом.
Найти работу удалённо вполне реально. Но всё зависит от вашего уровня японского (ну хоть английский-то у вас есть, я думаю) и вашей специализации.
Если нулевой уровень и специализируетесь на Web и PHP, то попытайтесь хотя бы написать, к примеру, в конторку Shiawasedo. Они когда-то нанимали web-прогера вроде, может быть у них есть мыслишки ещё нанять. 
Если не подходите, то начинайте шерстить сайты https://japan.careerengine.org/ https://www.daijob.com/en/ и т.д. с соответствующими настройками: Overseas application OK и Japanese proficiency - Basic. 
Скорее всего, если вами заинтересуются, то будут мурыжить кучей скайп-интервью. А дальше всё будет зависеть от того, сможете ли вы их заинтересовать их так, чтобы они были готовы вам платить овер 20 манов(больше 100 тыс. рублей гросс) и мучаться с оформлением документов для вас. Следует учесть, что серьёзно настроенная компания подготовит для вас документы на годовую визу. Да и в годовой визе вы тоже заинтересованы - в случае увольнения у вас будет время для манёвров. Ну и остерегайтесь тех компаний, которые будут сладко зазывать: "Вы нам срочно нужны, сделайте визу, приезжайте на 3 месяца как турист, а на месте мы вам сделаем шоколадно". Не надо быть 7 пядей во лбу, чтобы понять подвох в таком предложении. Да и 3-месячных турвиз гражданам России не делают.  
Ну и выучите хотя бы базовый японский. На уровне приятно познакомиться, перекинуться парой слов, сходить в магазин, в ресторан и т.д. Чтобы конторка не сочла, что с вами в первые месяцы придётся нянчиться. 
P.S. Зарплаты у японских ITшников реально смешные по мировым меркам IT. Так что вас реально должно хотеться именно в Японию, а не куда-то ещё.
Ну если вы знаете язык то просто шерстите местные сайты, если не знаето то только работа в филиале, то есть сперва устраивайтесь в головную компанию.