Почему всем так нужен Doctrine, если он много не умеет?
Практически любая абстракция над чем бы то ни было - это всегда компромисс между скоростью работы и удобством сопровождения. Доктрина как и любая друга абстракция - это выбор в пользу скорости/удобства разработки с отказом от универсальности в запросах. В вашем проекте был сделан именно такой выбор, правильный или нет - не известно, но если проект уже работает и живёт (и приносит прибыль), то вряд ли этот инструмент заменят.Почему доктрину многие так восхваляют?
Ни один профессионал (если он действительно профи) не будет говорить что вот "это круто", а остальное - говно. Ибо он понимает что каждый инструмент имеет свои плюсы и минусы и подходит для своих задач. Умение видеть этот баланс и есть профессионализм.
Доктрина большая. Есть DBAL, есть квери билдер, есть ORM.
Конкретно мы используем в качестве ORM. Потому что работать с объектами удобно.   
За удобство приходится платить. 
Про "самый сложный фреймфорк" и "идола" - это, разумеется, детский лепет.