Как эффективно организовать таблицу для 250 000 записей?
Если вам действительно, в реальности, зачем-то нужно делать where value = "4 миллиона знаков", то сделайте hash-индекс.
Mysql их не умеет, так что велосипедим рядом ещё одним полем, в которое пишете результат хэш-функции от этого самого текста. И индексируем обычным btree. Например, md5 или даже просто crc32
В запросе, соответственно,  where hash = посчитанный хэш and value = "4 миллиона знаков"
попробуйте полнотекстовый поиск для VALUE.
будет индекс - по  250 000 строкам будет искать моментально.