Компилятор nodejs приложений?
babel это и есть "компилятор" для js. с плагинами и прочим. Не уверены - почитайте документацию чтобы понять это то что вам надо или нет. Можно еще всякие бандлеры взять. webpack, rollup. 
Ну или конкретно напишите что за "компилятор" такой вам нужен, что и во что он должен компилировать.
Опишу задачу. Собираю систему модулей. Модули находятся в отдельной директории. При запуске программы ядро инициализирует все модули. Ядро заранее ничего не знает о модулях, ресолв производится в рантайме. Как итог, добавляя новый модуль в директорию ядро должно нормально определить его. Следовательно модули нужно компилировать отдельно от ядра (по бандлу на модуль + бандл ядра). Пытался сконфигурировать webpack и rollup для этой задачи - не смог. Компилировать модули мне нужно для расширения функционала js. Какие вы видите пути решения данной задачи?
UPD:
В принципе babel решает данную проблему. Сомнение возникает лишь потому, что babel позиционируется только как транспилятор es6 -> es5.