Как защитить компьютер с постоянным аптаймом (upd)?
При физическом доступе к телу компьютера защита тоже должна быть физической, например аппаратный шифровальщик дисков, аппаратное отключение (читай отрезание) портов. Все остальное от лукавого. Как попытка ватным (software) мешком забивать стальной (hardware) гвоздь.
Мне кажется, Вы не с того начали. Начинают всегда с вопроса - а какова модель нарушителя? От кого защищаетесь, пардон? От любопытного соседа, от конкурента, от государства? У разных нарушителей - разные возможности и разная мотивация. Там, где сосед уже свалит, государство только пометку сделает о том, что пора бы уже расчехлить паяльник.
И второе. Windows ну вот никак не приспособлена для того, что пытаетесь замутить. Это игровая консоль, центр развлечений - игрухи, киношки, музон. Ну еще в качестве офисной рабочей станции годится. Для таких вещей, как Вам надо берут линух. Причем не абы какой, а специализированный (какой - не подскажу). 
В общем случае - нужно оооочень сильно постараться, чтобы имея аппаратный доступ к компу, не дать слить инфу. И это опять нас возвращает к вопросу о модели нарушителя. Чем сильнее мотивация - тем больше усилий нарушитель предпримет для доступа к информации. 
Вы говорите, что комп очень далеко и добраться нет возможности? Тогда откуда Вы можете знать - а вдруг он там давно уже виртуализован? Вот например.