Как правильно сделать собственные DNS для доменов?
Некорректно настроенный BIND (раздающий зоны на право и на лево и разрешающий рекурсию) часто используют для DDOS. 
Так что если не готовы разбираться как его администрировать, лучше и не начинайте. 
Используйте какой-нить сторонний платный или бесплатный DNS — головной боли будет сильно меньше.
DNS от Яндекс подразумевает использование только их серверов. Если поставить и сервера от Яндекс (настроенные самостоятельно) и свой dns (запущенный на сервере), то яндекс будет каждый раз настройки переписывать. Если же для домена планируется использовать только сервера от Яндекс, то проблем не возникнет.
Вот пример переписки с ними (26.11.2012).