Чем можно закриптовать коммерческий PHP-скрипт?
Сделать API на своем сервере, а продавать открытые клиенты-пустышки с персональными ключиками к этому API. Железный вариант.
ionCube — если нет средств купить саму программу, на сайте есть онлайн энкодер, за один файл дешево выходит.