PHP. Запись в файл в кодировке UCS-2?
Не туда отправил ответ…

Попробуйте функцию iconv(): www.php.net/manual/en/function.iconv.php. При геммороях с кодировками помогает.
Нет понятия «кодировка файла», какие данные туда запишите в той кодировке они и будут.
Опишите подробнее задачу.