Как узнать, что грузит систему?
Interrupts (прерывания системы)

Может быть, что угодно, что взаимодействует с оборудованием на низком уровне, то есть в первую очередь это драйвера. Они в свою очередь завязаны на само оборудование, которое глючит по тем или иным причинам. Например, это может быть жёсткий диск. Ну а так любой драйвер, даже клавы или мыши (в теории).

Думаю, это всё же какое-то виртуальный драйвер, типа антивируса или что-то подобное. Нужно ещё понаблюдать, от чего зависит.
После чего это произошло?

Первое, самое простое, установить чистую систему, с дефолтными драйверами (можно начать с livecd ubuntu, так как для этого достаточно просто флешки/dvd), корректная работа которой покажет что проблема в софте а не железе. Если ставить windows, то сначала нужно сделать резервную копию всего раздела (рекомендую clonezilla) чтобы потом все можно было вернуть назад.

Если проблема никуда не денется и на чистой системе будут те же тормоза, то проводи диагностику, начиная с оперативной памяти (это можно сделать и сразу), memtest идет вместе с livecd любого linux прямо в загрузчике. Попеременно извлекай из компьютера устройства (начиная с видеокарты) и смотри, исчезли ли проблемы или нет.

Затем проверить подключение диска, типичная проблема - оксидная пленка на контактах, иногда смена data-кабеля и порта подключения sata на материнке решает такие проблемы.

Еще типичная причина кучи проблем - блок питания, особенно если его мощности хватает впритык (помним, КПД дешевых сильно меньше 80%, спасибо если 60% будет, а работая на износ длительное время, он еще сильнее падает). Помню мне помогло в похожей ситуации переподключить видеокарту на другую линию питания (туда где молексы питания дисков, через переходник), блок питания в этом случае по любому на замену но как временное решение месяц работало без проблем.