Как решить проблему с разделителем строк git/phpstorm?
Вам сообщение об "ошибке" дало уже ответ на Ваш вопрос. Вам нужно настроить GIT, а не PHPStorm. И даже команду Вам написали, которую нужно выполнить.
Поломаться ничего не должно. Это просто способ переноса строк в файлах.
Как решить данную проблему?
Не использовать CRLFС чего могла появиться данная проблема?
Возможно изначально файл создавался под виндой, либо вы явно указали использовать CRLF.
Как вариант в каталоге проекта создайте файл .gitattributes примерно следующего содержания (если ваши расширения файлов отсутствуют - допишите по аналогии)*.php text eol=lf
*.js  text eol=lf
*.sh  text eol=lf
*.sql text eol=lf

*.json text eol=lf

*.yaml     text eol=lf
*.yml      text eol=lf
*.yml.dist text eol=lf

*.xml      text eol=lf
*.xml.dist text eol=lf

*.css  text eol=lf
*.less text eol=lf

*.jade text eol=lf
*.twig text eol=lf

composer.lock text eol=lf

.htaccess text eol=lf
.bowerrc  text eol=lf
.jshintrc text eol=lf

*.j2   text eol=lf
*.conf text eol=lf
*.md   text eol=lf
В этом случае git самостоятельно заменит CRLF на LF