Как хранить номера банковских карт на сервере?
никак не хранить, предоставьте эквайринг банкам. 
исходя из того что вы задаёте такой вопрос - эти данные у вас гарантированно украдут.
Храните хэш номера карты + в случае необходимости последние 4 цифры для целей пользовательской идентификации. Более вам ничего не нужно