Как мне скрыть командную строку?
Создайте .vbs файл
Set WshShell = CreateObject("WScript.Shell")
WshShell.Run chr(34) & "<путь к .bat файлу>" & Chr(34), 0
Set WshShell = Nothing
и его уже добавляйте в автозагрузку.
Там пляски с бубном будут, вроде.