Phpstorm watcher less + git?
Например отказаться от watcher в Phpstorm в сторону Gulp или Grunt. Тем более что PHPStorm из коропки поддерживает Grunt.less: {
            development: {
                options: {
                    compress: true  //minifying the result
                },
                files: {
                    //compiling frontend.less into frontend.css
                    "<%= DestPath %>/css/style.css": "<%= SourcesPath %>/less/style.less",
                    "<%= DestPath %>/css/bootstrap.css": "<%= SourcesPath %>/less/bootstrap.less"
                    //compiling backend.less into backend.css
                   "<%= DestPath %>/css/backend.css":"<%= SourcesPath %>/less/backend.less"
                }
            }
        },
Выяснила в чем дело. У нас проблема была в том, что у разработчиков стоят разные версии
компилятора LESS (lessc). При переходе между ветками в VCS чекаутились less файлы с
результатами их компилирования (так у нас устроено). Если какой-либо less файл пушил
другой разработчик, то результат компиляции в коммите отличается от того, что дает
локальный lessc. Поэтому lessc перекомпилирует его и отсюда возникают измененные файлы
в рабочей копии (скомпиленные из .less файлы .css).