Как вывести мониторы в отдельных VNC сессиях?
попробуйте Brynhildr (Remote Desktop)
forum.ru-board.com/topic.cgi?forum=5&bm=1&topic=48024#1
Решение было найдено в TightVNC
Действие 1-ое: в настройках сервера на вкладке Server ("Update Handling") 
установить галку в чекбоксе "Use mirror driver if avaliable"
В результате при подключении получаем полотно из нескольких экранов.
Действие 2-ое: в настройках сервера идем на вкладку Extra Ports, читаем пример в нижней 
части окна (Help).
Для двух FullHD мониторов получается так:
5901:1920x1080+0+0
5902:3840x2160+1920+0
В итоге: при подключении к стандартному порту(5900), видим полотно из всех мониторов,
при подключении к 5901 - видим 1-й монитор
при подключении к 5902 - видим 2-ой монитор