Как защититься от разработчика?
4. Как я могу обезопасить себя от возможной кражи сайта и доменного имени регистратором?
А он кому-то так нужен? Не работайте с микрорегистраторами, работайте с серьезными конторами и никому нафиг Ваш домен не упрется. Вы явно преувеличиваете собственную значимость.
2. Как я могу обезопасить себя от возможной кражи сайта и доменного имени фирмой
Зарегить домен в одном месте, сайт в другом. После регистрации домена сменить пароль и больше его фирме не давать - все нужное она уже сделала. Не разрешать действия с доменом без личного присутствия.
От кражи сайта - никак, они же его разрабатывают :)
Регистратором - никак.

Заключай договор. где всё четко должно быть прописано

Зарегистрируй все на себя, им выдай либо нужные права, на отдельного пользователя, если такое есть, либо данные для входа