Парсинг html и замена кода, куда копать?
Если я правильно понял, вам нужен gulp-inject
Лучше бы вы написали, что у вас за os. Без всяких gulp вам бы sed решил проблему.
В гугле по запросу "gulp sed" вылезает первое https://github.com/lazd/gulp-replace