Как вы решаете проблемы с генерацией проектов в Android Studio?
Какие файлы проекта, сами классы, активити меняются? Магия какая то.
Или меняется настройки IDE? Которые находятся в .idea директории?
Если второе постав те эту директории в .gitignore#################
## Idea
#################

# Covers JetBrains IDEs: IntelliJ, RubyMine, PhpStorm, AppCode, PyCharm

## Directory-based project format
.idea/
# if you remove the above rule, at least ignore user-specific stuff:
# .idea/workspace.xml
# .idea/tasks.xml
# and these sensitive or high-churn files:
# .idea/dataSources.ids
# .idea/dataSources.xml
# .idea/sqlDataSources.xml
# .idea/dynamic.xml

## File-based project format
*.ipr
*.iml
*.iws

## Additional for IntelliJ
out/

# generated by mpeltonen/sbt-idea plugin
.idea_modules/

# generated by JIRA plugin
atlassian-ide-plugin.xml

# generated by Crashlytics plugin (for Android Studio and Intellij)
com_crashlytics_export_strings.xml
.gitignore вам в помощь. Правильный файлик для андроид студии гуглится в 2 минуты.