1С8.2 (rdp) server 2012 — что является причиной долгого подключения?
Господи 
netsh interface tcp set global autotuninglevel=highlyrestricted rss=disabled
и всё взлетело.
А на клиентах с XP (если есть) все грузится быстрее?
Была такая проблема, тоже с комплексной автоматизацией (ЗУП нормально запускался!), вначале пробовал найти решение проблемы (переустановка сервера 1С, повышение версии и т.д.), но сервер 1с достался по наследству с множеством болячек (аппаратно все было в идеале) и решили переустановить операционную систему - все как рукой сняло.
"Изменялся, как я написал выше, только сам сервер 1с." - что то сделали неправильно :-( 
"после нажатия кнопки "1с: предприятие" сразу появляется сплэш 1с, затем проходит некоторое время (до полуминуты) и отображается окно с выбором пользователя" - скорее всего ищет ключ, если ключ не программный настраивайте клиент и сервер хасп посредством nethasp.ini и nhsrv.ini