Как настроить root в nginx в моем случае?
Указывая root в location ты его переопределяешь в рамках location, на уровне server и в других location (если в них нет переопределений) root останется прежний. Что тебя не устраивает?

root /home/max/www/project;

location / {
    root /home/max/www/project/pages;
    # [...]
}

# можешь хоть для каждого location переопределить root,
# но нет нужды в этом в твоём случае - достаточно переопределить root
# только для location / { ... }
PS
Про root и alias

Pitfalls and Common Mistakes

PPS
root /pages; - означает искать файлы в директории pages, которая размещена в корне диска.
Указывая root в location ты его переопределяешь в рамках location, на уровне server и в других location (если в них нет переопределений) root останется прежний. Что тебя не устраивает?

root /home/max/www/project;

location / {
    root /home/max/www/project/pages;
    # [...]
}

# можешь хоть для каждого location переопределить root,
# но нет нужды в этом в твоём случае - достаточно переопределить root
# только для location / { ... }
PS
Про root и alias

Pitfalls and Common Mistakes

PPS
root /pages; - означает искать файлы в директории pages, которая размещена в корне диска.