Как удалить папки в домашней директории Linux?
Смотрите тут:
https://freedesktop.org/wiki/Software/xdg-user-dirs/
https://wiki.archlinux.org/title/XDG_user_directories
Вот конфиги:
$HOME/.config/user-dirs.dirs
 /etc/xdg/user-dirs.conf
Можно убить в /etc/xdg/autostart ярлык с именем "чего-то-там-xdg-userdirs" Точно название не помню, но смысл такой. Или же такой ярлык мог прописаться в локальный autostart. Меня тоже бесят эти папки, но я поступил гуманнее:
> cat user-dirs.dirs 
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/Desktop"
XDG_DOWNLOAD_DIR="$HOME/personal/downloads"
XDG_TEMPLATES_DIR="$HOME/personal/templates"
XDG_DOCUMENTS_DIR="$HOME/personal/documents"
XDG_MUSIC_DIR="$HOME/personal/music"
XDG_PICTURES_DIR="$HOME/personal/pictures"
XDG_VIDEOS_DIR="$HOME/personal/video"