Как утроена файловая система ВКонтакте?
Адресная строка давно не означает путь по "папкам" на сервере. Такое давно не используют, а используют роутинг.
Адресная строка разделяется на составные части, которые могут означать что угодно. Это зависит от фантазии разработчика. Например,  https://site.ru/books/1
Здесь ты видишь основной домен site.ru, затем раздел books, а 1 - это номер книги.
По этому пути на сайте вообще может не быть ни файла 1, ни папки books. А будет запущен код роута books, который выполнит запрос к БД и достанет данные книги с id - 1.
https://httpd.apache.org/docs/2.4/mod/mod_rewrite.html

Для понимания техники.
Есть еще термины "единая точка входа" и "роутинг".
Технические реализации могут быть разные.
Как конкретно именно у ВК не знаю. Может быть какая-то модификация nginx & fast-cgi

т.е. нет тысячи файлов.  строка запроса разбирается серверным по и выполняются нужные действия.