Как заставить 1С 8.3 (зуп 3.1) быстрее работать с usb-флешки?
Заменить флешку USB2 на USB3. Научиться находить порты USB3. При замени флешки - выбрать наиболее скоростную модель. Возможно заменить флешку на полноценный SSD с USB-переходником.
Попробовать попереключать в 1С режимы - тонкий клиент, толстый клиент.
Не забывать обновлять движок 1С.Очистить кэш 1С, тот что в профиле пользователя. После очистки кэша на второй запуск скорость должна возрости.
Как заставить 1С 8.3 (зуп 3.1) быстрее работать с usb-флешки?Работать с USB  флешки это вообще плохо, базы будут биться.
Если уж совсем никак возьмите вместо флешки нормальный HDD или SSD в USB3 боксе. И бэкап постоянный.
Но лучше разместить базы на сервере и организовать удаленный доступ.
По поводу ускорения -
1)Скорость чтения/записи с флешки  - высоких показателей там не надо, но все должно быть в пределе разумного, на уровне среднестатистического HDD.
2)Количество оперативной памяти на машине с которой будут работать - не менее 8гб
3)Система на SSD, на том компьютере с которого будут работать.
4)Держать базы в порядке, регулярно проводить обслуживание, в частности шринк делать.