Что можно почитать, чтобы уметь работать с серверами на linux?
Почитать  видимо стоит Unix руководство системного администратора. 8 издание. 
Ну а по теме определится что вам нужно и рыть в эту тему. 
Боты это больше в программирование, например питон, хотя программировать ботов можно на любом языке
По поводу книг не знаю, но мне очень помог этот видео курс: https://www.youtube.com/watch?v=fAHpGshMCgQ&list=P...
Рассказчик объясняет очень интересно и понятно.