Как несколько Docker контейнеров запускать через Dockerfile (Docker контейнер)?
Но есть проблемы с актуализацией этого файла у конечного пользователя, доставкой, настройкой и версионированием. 
Мне кажется, проще решить проблемы с актуализацией этого файла, чем перепиливать всё на "контейнеры внутри контейнера" на основе Dockerfile: с Docker-in-Docker есть много разных проблем, с которыми часто сталкиваются при эксплуатации gitlab runner. Тут и производительность, и недоступность функционала, и непонятные зависания, и проблемы с местом на диске.
А почему задействовать git для актуализации?