Как индексировать содержимое PDF файлов в системе Bitrix?
Все зависит от того какая именно редакция битрикса.
Например в Битрикс24 есть модуль Интранет, внутри которого (в настройках) есть "ссылки на внешние программы" для индексации содержимого.
За pdf отвечает следующая комманда:pdftotext "#FILE_PATH#" -enc UTF-8 -nopgbrk -
где #FILE_PATH# - это полный путь к файлу, который нужно проиндексировать.
В теории для Управления сайтом можно написать обработчик создания/редактирования элемента инфоблока, куда заливаете файлы и дописывать в SEARCH_CONTENT / поисковый индекс содержимое файла.
А с фига ли он должен в PDF искать? И Битрикс тут не причем. Новости это данные в базе, текст в PDF это данные в файле. Разные вещи. 
Теоретически при загрузке PDF на сайт, можно его читать и добавлять содержимое в базу. И потом уже искать совпадения в базе.