Vue.js возможно ли без костылей переопределить файл компонента из node_modules?
использую известный компонент vue-select он довольно удобный но у него нет того что мне нужно, а именно отображения опций в виде html-кода а не текста
Да ну? Вот открываю я документацию, и вижу, что у этого компонента есть слот option - можете нарисовать внутри такую разметку, какая вам нужна.
Если нужда адекватная - дописываете код, делаете PR автору и в следующей версии наслаждетесь.
Если нужда особая своя - делаете форк и либо публикуете в npm(никаких ограничений на это нет) в своём неймспейсе, либо просто кладёте в проект и линкуете свою локальную версию через link:./path или file:./path. 

Монки-патчить какой-то один конкретный файл - не вариант(хотя технически возможны любые костыли - вебпак свободно расширяется плагинами), потому что в следующей версии либы автор может полностью перекроить внутреннюю структуру и у вас всё сломается.