Как блокировать и проверять забаненные ip? PHP?
Согласен с другими комментаторами. Защиту нужно реализовывать не на php, а средствами сервера. Однако уж если совсем приспичило, то можно сделать что-нибудь а-ля vitalykim.ru/zashhita-ot-ddos-atak-na-php.html
И реализовать вызов проверки на ddos в конструкторе MY_Controller и наследовать все контроллеры от него, или реализовать хук pre_controller.
Пожалуй проще и правильнее будет, если этим заниматься станет веб-сервер.