Что установить на голый сервер?
Я всегда ставлю из софта:
• Lynis
• Fail2ban
• Clamav (по необходимости)
И для тюнинга конфигов использую скрипты Apachebuddy и Tuning-primer.sh.
А дальше более тонкая настройка всего, что есть.
Файрволла там не быть не может. Тем более в "дружественной" бубунте. И ssh там точно есть. А для самого сервера больше ничего и не надо. Все остальное, что ставится - все зависит от задач, для которых этот сервер будет использоваться.