Как превратить симлинк в обычный фолдер?
В FAR: удалить симлинк с выключенным диском, скопировать содержимое, включить диск.
Отключить синхронизацию папок на которые указывают эти ссылки в настройках яндекс-диска (через клиент или веб-интерфейс) -> удалить сами ссылки (это не какие-то там "фолдер", а ссылки) -> скопировать нужные папки на место ссылок (можно пропустить, я.диск сам скачает, но локально быстрее будет) -> включить синхронизацию.
Перед этим всем - обязательно сохранить резервную копию и пользоваться "предыдущими версиями" в я.диск и винде.