Что заполнила магия?
Дам человеку нормальный ответ.
__set вызывается так как идёт запись в несуществующие свойства.
Например в Unit явно нету публичного свойства $id, а в результатах оно есть?
То есть вызов DB сделал примерно следующее
$unit = new Unit();
$unit->id = 118;

То есть создалось несуществующее ранее свойство $id и поэтому был вызван метод __set.
Если в Unit{} будет public $id; то __set вызван не будет, так как свойство публичное и существующее.

p.s. и запомните, что магия вне Хогвартса запрещена

Ну для начала бы увидеть код класса Unit
Может быть там там есть какой-нибудь private $data;

А так для выяснения попробуйте
public function __set($name, $value)
{
echo "__set: '$name' = '$value'\n";
}
Дам человеку нормальный ответ.
__set вызывается так как идёт запись в несуществующие свойства.
Например в Unit явно нету публичного свойства $id, а в результатах оно есть?
То есть вызов DB сделал примерно следующее
$unit = new Unit();
$unit->id = 118;

То есть создалось несуществующее ранее свойство $id и поэтому был вызван метод __set.
Если в Unit{} будет public $id; то __set вызван не будет, так как свойство публичное и существующее.

p.s. и запомните, что магия вне Хогвартса запрещена

Ну для начала бы увидеть код класса Unit
Может быть там там есть какой-нибудь private $data;

А так для выяснения попробуйте
public function __set($name, $value)
{
echo "__set: '$name' = '$value'\n";
}