Вирус на сайте, как полностью убрать?
Самое главное, пароли сменили?
Скорее всего на сайте установлен nulled версия какого-то плагина. Посмотрите на наличие картинок большого размера в папке с таким плагином, вот как раз в них может быть шелл.
Если хостинг VPS, то скорее всего зловред уже добавил ключи для доступа к хостингу по SSH, так что может даже смена паролей не поможет.