Чем ограничивать скорость интернета для клиентов?
Squid, 3proxy.
Но основная проблема, что уперлись рогом в виндоус. Самое простое было бы  купить микротик или керио, если хочется красивых графиков и отчетов.
Винда говорите? Ну возьмите Microsoft ISA.