Как логичнее на rails сделать шаблонизацию сайта?
В Рельсах есть массив view_path, в котором указаны пути, по которым по очереди от начала к концу ищется шаблон.
Вы можете воткнуть свой путь в этот массив. 
В контроллере (например в ApplicationController)before_action :select_skin

protected \
def select_skin
  # тут логика по выбору скина, например:
  prepend_view_path "app/views/skins/#{session[:skin]}"
end
И теперь в app/views/skins/my_skin можно создать шаблоны для любого контроллера, в том числе и layout/application.html.erb
Можно по идее использовать модель данных которая будет описывать ваш layout, чтобы не плодить их, но тут тоже нужно смотреть, что будет подходить с точки зрения легкости добавления изменения шаблона.