Можно ли написать бат скрипт для винды который будет конектиться к роутору по ssh и выполнять 2 команды?
Можно.
putty.exe -load "mysession" -m имя_файла_с_коммандами.
если не полениться  и поднять ssh на ключах - то даже никакого пароля вводить не понадобится