Координатная сетка и расстояния в хексах?
Использовать стандартную двумерную декартову систему координат. Единственная особенность, есть запрещенные положения.



Плюсы
1) Это понятно и естественно. Даже запрещенные состояния есть в нашем мире (При́нцип Па́ули).
2) Расстояние вычисляется по формуле = sqrt( (x1-x0) ^ 2 + (y1-y0) ^ 2 )
3) Если x1!=x0 и y1!=y0, значит это различные координаты (в отличии от трехкомпонентной системы)
В подобном вопросе «приближение к человеческому варианту» отражается на скорости работы. 
Если Вы не извращенец, то будете использовать какой-нибудь алгоритм поиска в ширину. А его, как не странно, оптимально применять над одномерным представлением.