Как хранить изображения пользователей на сайте?
Загружаешь фото в папку любую, а в базе хранишь только название картинки. 
Желательно менять название картинки на рандомный какой нибудь md5, и проверять при загрузке не совпадает ли название (маловероятно, но все равно лучше подстраховаться), если есть уже такой, то генерируй новый md5.
А выводишь через путь в html 
Есть такие обычаи: аватарки и прочие рисунки пользователь загружает в кабинете, т.е. после регистрации.
Если же вы из протестантов - да пожалуйста, что мешает выполнить аплоад авы, и тут же в инсерт-запросе на пост нового юзера использовать ее?
ИД новой записи вам нужен? Тоже без проблем - постите запись для аккаунта юзера, и mysqli_insert_id() возвращает вам его...
Профит?)