Как реализовать сайт расписания занятий?
Непростая, но реализуемая.
Я бы хранил смещение от начала дня чтобы задать время отправления/прибытия в конкретный день
Храните где угодно - это не принципиально, ваш код модели должен уметь получить данные из того файла где ВАМ удобнее хранить
БД реляционная результаты выдаст быстрее и для диплома здесь бы хватило с крышей
Захотите вывести в таблицу ворда или чего еще - это уже чуть другая задача
Считывать из ворда / экселя - бред - долго читать, долго комбинировать, долго искать, а еще надо будет кешировать, оптимизировать - нафиг надо.
Для диплома запользуйте реляционную БД которую знаете.
Вы храните маршруты с временем прибытия/отправления, временем в пути, временем стоянки и все что необходимо в таблице "маршруты".
К маршрутам привязываются станции, где будут остановки.
Если человек хочет уехать сегодня - он выбрал метку времени, выбрал свою станцию, выбрал куда хочет попасть.
Дальше у вас будет задача найти все соответствия и написать сложную функцию подсчитывающую результативность выбора с той или иной стороны оценки - что-то будет дешевле (3 разных автобуса но зато за 10 рублей), что-то будет быстрее(за час например), что-то будет удобнее (сел ночью, утром на месте).
Задача не из простых, но когда сделаете сможете чуть ли не торговые маршруты считать, задача продается людям которые часто сигают через границу в соседнюю страну за покупками, задача продается игроманам космических игр, задача продается компаниям типа яндекса, но они не купят, у них своих головастиков с крышей.
На веб морде сделайте таблицу, и выдавайте в нее результаты с бд. 
Нужен к примеру config.php с содержанием:<?php
$db = mysql_connect("localhost","root","");
mysql_select_db("dbname",$db);
?>
вывод на страницу:<?php
include 'config.php';
?>
<table>
      <thead>
        <tr>
          <th>Значение1</th>
          <th>Значение2</th>
        </tr>
      </thead>
      <tbody>
      <?php
  $q = mysql_query("SELECT * FROM tablename");
 while($res = mysql_fetch_array($q))
 {
echo "<tr>
  <td>$res[name1]</td>
  <td>$res[name2]</td>
</tr>";
 }
       ?>
     </tbody>
     </table>