Стоит ли увеличивать размер сектора у sata SSD и у NVMe M2 до 4К (или даже до 64К)?
Производительность не увеличится потому что

1) размер физического сектора ты не изменишь. Винчестеры с возможностью домашнего низкоуровневого форматирования последний раз видели лет 20 назад на IDE и до него.

2) размер логического сектора может немного упростить работу с файловой системой, если у тебя огромные файлы за счет уменьшения количества секторов. Но в целом - линейная скорость видимо не поменяется, а рандомный аццесс замедлится. Ну и в любом случае на физическом уровне останется 512б.

3) Physical Sector size:                   512 bytes
не доверяй этой инфе. Внутри может быть 4к, эмулирующие 512б. Найти винчестеры с 512б сектором производства 2011+ года довольно сложно. Правда это точная инфа для HDD.  Может быть в SSD 512байтные сектора вполне еще норма.
Стоит ли увеличивать размер сектора у sata SSD и у NVMe M2 до 4К Зависит от ситуации. 
Обычно меньше 4к смысла нет ставить, хотя могут быть и исключения, но не представляю таких ситуаций.

Увеличит ли это производительность виртуальных машин qcow2 на этих дисках (фс - ext4)? Мало информации чтобы сказать. Там от многих факторов зависит.
Оптимальный размер кластера выставляется в зависимости от нагрузки на диск. Будет информация по нагрузке можно будет сказать.
Чем больше кластер- тем больше нагрузка приближается к линейной.
Чем меньше кластер - тем больше нагрузка приближается к случайной.

Если у вас идут в основном мелкие запросы кластер надо делать поменьше, если идут большие запросы в основном, то побольше.

Для ОС оптимальное значение 4к. 
Файловая 1с например читает по 8 или 16к. - соответственно и ставим.
Сервер SQL работает с блоками по 64к - следовательно размер кластера надо ставить не меньше.