В чем разница между архитектурой Linux и Windows с точки зрения программиста?
С точки зрения системного программиста, Винды и Линь в принципе разные темы, и сравнивать их бессмысленно - ты пишешь либо под одну, либо под другую.
С точки зрения прикладного программиста, разница в архитектуре некритична, поскольку есть кроссплатформенные библиотеки.
С точки зрения программиста, который выбирает, на какой системе ему строгать свой говнокод (обычный бэкграунд подобных вопросов на Тостере), архитектура системы вообще ни при чем.
В чем разница между архитектурой Linux и Windows с точки зрения программиста?Вам список выдать в двухтомнике?
Это разные системы.  Все сделано по другому.