Почему entity-класс не может существовать внутри другого entity-класса?
Почему нельзя?

Вполне можно - создается связь One-To-One, и вперед. В чем проблема?
Мой ответ не совсем является ответом на ваш вопрос...
но если вы хотите описать сущность некоего геогрфического объекта и сохранить в БД, то смотрите в сторону WKT || JTS.
Например, MULTIPOLYGON (30 31, 29 28, 27 26, 24 23) вместо Quadrangle
Ну и POINT (30 31) вместо Point