Есть ли смысл преобразовывать второй физический (HDD) диск в GPT?
если всё работает, то смысла нет. 

да, gpt пришёл на смену mbr. но нужен он только, если вы упираетесь в ограничения mbr. 
иначе, сама по себе смена даст вам ровно ничего. от слова совсем.
Есть, нынче все переходят на уефи и скоро будет отказ от Биос