Yubikey или аналоги?
Могу сказать насчет удобства — постоянно приходится его искать в самый неподходящий момент. Хочется запушить изменения — опа, ключ надо, вставать, рыться в джинсах и т.п. :)
Ну и, конечно, это не заменяет существующий способ авторизации, а как добавление к нему. Украли сумку с нотебооком? Скорее всего там же и ключ лежит.
В общем, на мой взгляд, оно того не очень стоит, отказался бы, если мог.
Спасибо за то, что отозвались, почитал инструкцию и нашел ответ на свой вопрос:

1. Полученная последовательность символов преобразуется обратно в строку байтов. 
2. Строка байтов расшифровывается с помощью того же самого ключа 128-bit AES 
(симметричный алгоритм шифрования). 
3. Проверяется контрольная сумма. Если она неверна, одноразовый пароль отклоняется. 
4. Далее проверяются дополнительные поля. Если они не проходят проверку, одноразовый 
пароль отклоняется. 
5. Далее сравниваются показания счетчика сессии с ранее полученными значениями. Если 
значение меньше, либо равно предыдущему показанию, одноразовый пароль отклоняется 
(как повторно отправленный).     
6. Если значение больше предыдущего, полученное значение сохраняется, и одноразовый 
пароль принимается. 