Как поставлять Python cо своим приложением?
www.py2exe.org/
www.pyinstaller.org/
Примерно вот так
А что вас удивляет? Сама питоновская DLL — два с небольшим мегабайта в стандартном виде, при желании ее можно еще уменьшить, если исключить ненужные встроенные модули. В .zip-файле, очевидно, хранятся зазипованный байткод — Питон может импортировать его непосредственно оттуда. (Можно, кстати, призиповать архив непосредственно к DLL или EXE.) Опять-таки если брать только реально используемые модули, архив вряд ли будет большим. Автор, как я вижу, включил еще и стандартные MS-библиотеки — в принципе, извернувшить можно слинковаться с системной msvcrt.dll, что еще уменьшит размер дистрибутива.