Куда может пропасть свободное место на HDD?
uptime большой? Файлы удаляли? Дело в том, что в linux, в отличие от windows, имя файла и его inode - раздельные сущности, и если стереть открытый файл, он вроде как из ФС пропадет, но место не освободится, пока его процесс не закроет.
Спасибо всем за ответы. Узнал много интересного. Что было так и не понял, просто переустановил сервер(благо это linux) и проблема пропала. Буду надеяться что она не повторится.