В чем отличие при подключении по SSH через Putty и через терминал Ubuntu?
Putty использует кодировку из настроек "Settings" / "Window" / "Translation".
SSH использует кодировку вашего компа (что говорит locale?). Возможно сервер ее не поддерживает.
Закомментируйте SendEnv LANG LC_* на вашем компе в файле /etc/ssh/ssh_config
В Putty по умолчанию стоит koi8-ru в качестве кодировки. Под линуксами, макосями и проч nix терминалах стоит utf8 по умолчанию. Проверьте настройки терминала в putty (это не локаль, а отображение символов терминалом.)