Что делать сисадмину с предустановленным не им нелицензионным софтом?
1) Большинство (если не все) лицензионных соглашений запрещают не только установку, но и использование контрафактного программного обеспечения. Т.е. использовать ПО, узнав о его пиратском происхождении, уже нельзя. Таким образом ссылаться на то, что ПО было установлено другим специалистом, практически бесполезно.
2) Маленькие компании считают, что они никому из проверяющих не нужны, большие - что у них "всё  схвачено и все подмазаны". Чушь. Знаю о небольшом предприятии (порядка 200 сотрудников) пищевой промышленности в маленьком городе (50-70 тысяч населения), которое тряхнули за пиратский софт. Почему их, не знаю; рядом десятки таких же предприятий с тем же уровнем лицензионного порядка. На крупном предприятии в случае проблем как раз виновный будет один сисадмин, так как у руководства "всё на мази", а сисадмин - паршивая овца на абсолютно законном предприятии.
3) Любое письменное обращение к руководству с требованием/прошением/предупреждением о нелегальном программном обеспечении подтвердит информированность специалиста о наличии пиратского ПО и его понимание незаконности действий. 
IMHO, если увольняться не вариант, то как минимум не устанавливать ничего лично; информацию донести до руководства, но в недокументированной форме, чтобы потом ещё больше не встрять.
Маловероятно, но гипотетически, если в должностной инструкции указано, что специалист устанавливает программное обеспечение, предоставляемое работодателем, работодатель становится заинтересованным лицом.
системный администратор не управляет имуществом фирмы т.е. разрешение выделения денег на покупку ПО не в его компетенции.
сначала надо написать докладную записку о том что в подчиненных компутерах имеется куча нелицензионного программного обеспечения на котором нельзя продолжать работу и предложения о покупке и расчет денежных трат.
это снимает часть ответственности с сисадмина.
оно как бэ указывает что сисадмин сделал движения в сторону исправления незанных систуаций - и следующий шаг должен быть от управления фирмы, которое имееет прямую ответственность за все имущество фимы и теперь уведомленно что в их ответственности есть незаконные элементы.
оба следующих шага патовые - либо увольнятся либо сливать фирму в органы.
ибо пиратское ПО есть нарушение закона и сисдамин, как законопослушный гражданин, должен об ентом сообщить в правоохранительные органы.
вот и думай.
как минимум записку надо написать и при себе держать копию с официальной отметкой что начальство енту записку приняло в работу.