Как оптимизировать потребление оперативной памяти?
Для начала проверьте, что вы выполняете код в среде prod. Среда dev ест значительно больше ресурсов.
А дальше можно перейти на DQL без гидрации в объекты или вовсе на нативные запросы, которые ничего не возвращают в PHP, если сможете оформить запрос с такой логикой.
А может добавить магию итераторов?))<?php
$batchSize = 20;
$i = 0;
$q = $em->createQuery('select u from MyProject\Model\User u');
$iterableResult = $q->iterate();
while (($row = $iterableResult->next()) !== false) {
    $em->remove($row[0]);
    if (($i % $batchSize) === 0) {
        $em->flush(); // Executes all deletions.
        $em->clear(); // Detaches all objects from Doctrine!
    }
    ++$i;
}
$em->flush();
Взял отсюда:
latest/reference/batch-processing.html#id1