Оформлять ли все кликабельные элементы ссылками?
Все не стоит, вообще от ситуации зависит. Тут нужно учитывать что если JS не работает в браузере, то должен сработать переход по ссылке.
Например. Есть кнопка вход оформленная ссылкой. Если JS включен, то клик по кнопке открывает всплывающее окно и отменяет переход по ссылке на указанную страницу которая пишется в href. Если же JS отключен, то происходит переход на страницу указанную в href где есть форма входа. Метод называется progressive enhancement.
То, что переводит пользователя на другую страницу (или хотя бы меняет хэш), должно быть ссылкой.
Все остальное кликабельное должно быть кнопкой (button, input[type=button]).