Как сделать для Wine обёртку над библиотекой, которая вызывала бы Linux версию этой библиотеки?
Нашёл в документации, пункт 5
https://wiki.winehq.org/Winelib_User%27s_Guide
А зачем так усложнять? Линуксовую библиотеку - в отдельный процесс-демон, и общайтесь с ним по юниксовым/сетевым сокетам.
Или исходных кодов основной программы нет в распоряжении?