Как происходит симбиоз Java с C/C++?
почитайте про JNI
Конечно, можно, есть 4 основных варианта: модульная структура с библиотеками (JNI как пример такой технологии), клиент-сервер, командная строка с stdin/stdout, общие ресурсы (файлы на диске или в памяти).