Можно ли на одном VPS держать БД и сайт? Какие это может вызвать проблемы в будущем?
Если проект не высоконагруженный - врядли будут проблемы.
Главное - сконфигурить БД чтобы всю память не заняла и оставила сайту немного.
Если БД локальная - трафик на БД считаться не будет, он же локальный :) 
А вот трафик сайта - считаться будет.
Никаких проблем не будет. В будущем, если вдруг ваш проект вырастет настолько, что VPS будет не хватать, разнести сайт и базу на разные хосты обычно не представляет труда.