Windows Server 2008 R2: как пустить торренты (отдельная программа/порты) через Yota-модем вместо проводного подключения?
Так как соединения каждый раз будет устанавливаться с разными IP адресами, то весь траффик пойдёт через шлюз по умолчанию, который устанавливается на уровне системы. Насколько мне известно задать специфический шлюз по умолчанию для конкретной программы невозможно.
Как вариант я бы создал виртуальную машину специально для торрентов и весь её траффик пустил четез йотовский интерфейс.
Если торренты работают на локальной машине, то вариант — ставить торрент-клиента умеющего выбирать интерфейс, на который он биндится и биндить его к интерфейсу модема.

Если торренты работают на других машинах в локалке — то ставить на сервер прокси-сервер, биндить его к интерфейсу/адресу модема, конфигурировать прокси-сервер в торрентах + настраивать проброс портов либо средствами прокси-сервера либо средствами RRAS.