Нужно зашифровать файл настроек программы Java?
Навскидку так:

1. Создаём потомка для ByteArrayOutputStream и перегружаем метод write(byte[] b, int off, int len), чтобы прогонять записываемый массив байт через XOR

2. Создаём потомка для ByteArrayInputStream и перегружаем метод read(byte[] b, int off, int len) чтобы прогонять читаемый массив байт через XOR

3. Для работы с настройками используем класс Properties и его методы: storeToXML(OutputStream os, String comment) для записи настроек в файл, и loadFromXML(InputStream in) для считывания настроек.

В параметры этим методам передаёте экземпляры классов потоков, созданных на шагах 1 и 2
А по-моему круче всего ничего не шифровать, а просто напихать левых настроек, а для настоящих использовать «неправильные» значения: true и false поменять местами и прочее. 
Плюс в том, что только вы будете знать, что настройки зашифрованы. И не надо тонну классов перегружать, только метод-конвертер значений написать.