Какие отличия у NodeJS сервера от LAMP?
Тут подход к разработке и деплойменту нужно чуток объяснить:

LAMP - это стак технологий: Linux, Apache, MySQL, PHP. 
node.js - это технология.

Чтобы удалённый сервер смог общаться с внешним миром, используются веб-сервера: nginx / Apache / IIS и т.п. Дальше запросы переходят к языку программирования. Лучше всего использовать фреймворки. А дальше, запросы обрабатываются (делаются запросы в БД, общение с файловой системой и т.д.). 

Если вы говорите, что вам удобнее работать с JS, то тогда советую вам данный подход:


Виртульная машина VirtualBox. Виртуальная машина необходима для того, чтобы создать примерно такое же окружение, как и на сервере, а также для того, чтобы выделить исполнение кода из вашей системы в отдельное окружение.
Vagrant - это такая надстройка над виртуальными машинами. Коробки, внутри которых есть всё для ВМ.
В виде ОС - Linux Ubuntu (18.04 либо 20.04)
nginx в виде веб-сервера, он же как обратный прокси
nvm в виде менеджера версий node.js, с помощью nvm вы сможете устанавливать нужные версии node.js и npm
MongoDB в виде базы данных. Либо MariaDB, если нужна SQL-подобная БД
express.js в виде веб-фреймворка, который будет работать с БД, файлами и прочим
Если нужна визуальная админ-панель, то лучше взять один из мейнстрим фреймворков: Angular / Vue / Reqct

LAMP - это Linux-Apache-MySQL- PHP.
Нодой ты заменяешь сразу A и P, и никакой это уже не LAMP получается. Я бы ещё посоветовал поверх ноды поставить Nginx (из стека LEMP :))
Так же и БД ты можешь использовать другую.
Не понимаю почему ты так привязался именно к стеку.

Т.е. я где-то в консоли админ панели моего сервера пишу node имяфайла.js и сервер будет круглосуточно работать и возвращать ответ при запросе по определённому пути? 

Да, именно так.
Лучше это сделать через screen или tmux


И получается, что раз сервер будет без стэка LAMP, то я теряю возможность конфигурации через .htaccess?

Да. Но не вижу в этом ничего страшного