Какой *nix torrent-client может раскладывать файлы по нужным директориям?
В deluge есть механизм "Меток". Для каждой метки можно настроить, куда складывать файлы. Метку можно ставить руками или автоматом по треккеру.
Есть uTorrent для deb-based дистрибутивов, причем качать пакет вручную придется, в остальном - кроме перечисленных вами, kTorrent тоже можете не смотреть, присоединяюсь к ответу rustelekom