Как лучше хранить настройки пользователей в БД?
Я в одном очень большом проекте подсмотрел классную фичу с "виртуальными столбцами", теперь очень часто пользуюсь в аналогичных, как у Вас случаях.Таблица концептов(concept):
ID | NAME
200 | Параметры отправки почты
300 | Параметры отправки заданий
....Таблица параметров(param):
ID | CONCEPT | NAME
1 | 200 | Отправлять в пн
2 | 200 | Отправлять во вт
3 | 200 | Отправлять в ср
...
10 | 300 | Отправлять задание 1
11 | 300 | Отправлять задание 2
12 | 300 | Отправлять задание 3
...Таблица Пользователей(users)
ID | NAME
1 | Саша
2 | Петя
3 | Вася 
...Таблица реальных значений(xval)
ID | CONCEPT | USR_ID | PARAM_ID | VALUE | ACTUAL
1 | 200 | 1 | 1 | 1 | 1 | - Отправляем Саше по понедельникам почту
2 | 200 | 1 | 2 | 1 | 1 | - Отправляем Саше по втоникам почту
3 | 200 | 1 | 3 | 1 | 1 | - Отправляем Саше по средам почту
4 | 200 | 2 | 3 | 1 | 1 | - Отправляем Пете по средам почту
5 | 200 | 3 | 2 | 1 | 1 | - Отправляем Васе по вторникам почту
...
20 | 300 | 1 | 10 | 1 | 1 | - Отправлять Саше задание 1
21 | 300 | 1 | 11 | 1 | 1 | - Отправлять Саше задание 2
22 | 300 | 1 | 12 | 1 | 1 | - Отправлять Саше задание 3
23 | 300 | 2 | 11 | 1 | 1 | - Отправлять Пете задание 2
23 | 300 | 3 | 10 | 1 | 1 | - Отправлять Васе задание 1
Запросselect 
  u.name as usr,
  p.name as pname,
  x.value as val
from users u 
left join xval x on x.user_id = u.id and x.concept = 200
left join param p on p.id = x.param_id
where u.id = 1
вернет вам все параметры отправки почты (concept=200) для Саши.
USR | PNAME | VAL
Саша | Отправлять в пн | 1
Саша | Отправлять во вт | 1
Саша | Отправлять в ср | 1
Нужно узнать, какие конкретно отправлять задания?
Просто меняете концепт на 300 и результатом будут все задания на отправку для Саши.
Добавить какой-то параметр? Просто добавляете строку в таблицу и все!
И никаких правок структуры в продакшене и другого геморроя.
я бы сделал таблицу: user_id, param_name, param_value, и не выдумывал
индексы только расставьте, user_id полюбому, и может быть param_name(если выборки по параметру будут)