Как оформить патент на дизайн (шаблон) сайта?
Никак.
Трудностей никаких не возникнет.Пате́нт — охранный документ, удостоверяющий исключительное право, авторство и приоритет изобретения, полезной модели либо промышленного образца
Дизайн(шаблон) сайта не является изобретением, полезной моделью, или промышленным образцом.
знаете хотя бы один пример?
в лучшем случае  - трейдмарк на отдельные элементы может получиться