Почему медленно работает HDD?
Прогнать тест Victoria полный.
Вы забыли упомянуть в качестве какого диска работает старичок. Системный, файловый.
Не лишним будет заменить SATA шлейф. 
Так-то если тест будет успешным и медленных секторов мало, то сбросить данные на другой хард,этот отформатировать.
В общем, конкретно в моем получилось так. Стоял драйвер контроллера SATA от интела. Поставил драйвер от Майкрософта, перезагрузил ПК и всё сразу стало нормально. Не разбирался почему с драйвером от Интела получалась такая проблема, да мне это и не нужно.
Всем спасибо за наводки.