Как запустить web проект (war file) из под консоли?
Spring-Boot вам в помощь. На выходи получаете исполнимый jar файл, в котором будит уже встроенный tomcat/jetty.  И все чудесно работать.
Можно заюзать чисто jetty и запуск будит выглядеть как то так
java -jar jetty-runner.jar my.war
War-файл ничто иное, как просто архив. Как Вы себе представляете запуск архива из консоли? Ну это лирика. Для того, чтобы приложение работало, нужен сервер приложений (GlassFish, Tomcat, etc.). Из NetBeans все запускается, потому что разработчики NetBeans об этом позаботились, и для запуска Вашего приложения использовали embedded решение (тот же Tomcat). Соответственно вывод: установите сервер приложений (рекомендую все-таки Tomcat), задеплойте в него Ваше приложение, и радуйтесь жизни.