Много Update выстраиваются в очередь, как оптимизировать Mysql таблицу?
Да, попробуйте InnoDB и попробуйте обернуть запросы в транзакцию. Можно пробовать делать PREPARE, тоже даст долю ускорения.
Как вариант, можно попробовать LOAD DATA (правда, он не всем и не всегда подходит): с INSERT работает молниеносно, с UPDATE - нужно пробовать, но скорость всё равно будет гораздо выше, чем просыми запросами.
оберните update в транзакцию без блокировки на чтение, тогда select ждать не будет, но тогда select может прочитать на середине update-ов