Как узнать, что этот скрипт делает?
Ваш пароль не такой трудный на самом деле, как вам кажется. Вы его засветили где-то еще или он у вас на почте висит в письме от хостера.
Какой-то дилетант брутфорсит ssh пароли. Повезло еще, что вам попался не самый серьезный кул хацкер, тогда вы бы еще пару лет не узнали, что сервером пользуется кто-то еще.
Поменяйте пароль, запретите логин для рута (жалательно это делать сразу как только устанавливается любой сервер), ребутните сервер и смотрите что пишет `ps aux` и конфиги веб-сервера. Маловероятно, что там что-то останется рабочее.
Но если серьезно подходить к проблеме, то при любых подозрениях на взлом делают реинсталл системы, это самый быстрый и эффективный способ лечения всякой нечести.
судя по269  [2014-08-10 14:27:32] git clone https://github.com/vanhauser-thc/thc-hydra.git
  270  [2014-08-10 14:27:43] ./configure
  271  [2014-08-10 14:27:51] make
  272  [2014-08-10 14:28:14] make install
  273  [2014-08-10 14:28:17] hydra
вас используют для перебора паролей как минимум