Как убрать категорию Uncategorized в WP?
Назначьте другую категорию в качестве основной по умолчанию и тогда появится чекбокс для удаления Uncategorized. Эта категория отображается во фронт-энде только если в ней есть товар или запись и т.д.
Если страница категорий выведена через шорткод, попробуйте такой вариант  [product_categories hide_empty="true"] где hide_empty="true" как раз отвечает за скрытие пустых категорий и если Uncategorized будет пустая, то она не будет выводиться. Если через виджет категорий, то там есть чекбокс - скрыть пустые  категории. На последней версии woocommerce не тестировал, а на версии 3.2.6 такой вариант работает.