Почему работает es6?
транспайлер нужен не для того чтобы es6 работал. транспайлер нужен, чтобы конвертировать код написанный на es6 в код на es5, т.к. не все браузеры понимают es6. nodejs поддерживает es6 практически на 100%, смотрите здесь
Я вам больше скажу, последняя версия Node.js(в любом случае, из исходников), поддерживает ES7 нативно.