Как сказать nginx писать логи по одному домену?
Вы пытаетесь поиспользовать map в качестве if`а - это архитектурно довольно неизящно. Просто разделить обработку доменов на два серверных блока вам по какой-то причине проблематично?
делить server некомильфо
Как раз наоборот. Принцип DRY к Nginx плохо применим - это официальная рекомендация от разработчка.
Сделай два блока server каждый со своим доменом.