Нужен torrent-клиент под Ubuntu с возможностью указать папку для загрузки при добавлении торрента через веб-морду?
Transmission remote gui используй, вместо встроенного вебсервера.
Вы слишком много хотите — файлменеджер встроенный в веб-интерфейс, фактически.
Да и небезопасно это — всю ФС напоказ выставлять.