Как правильно передавать заказчику код?
Обычно это согласуется с заказчиком перед заключением договора. Частая практика - это архив с исходным кодом, файлом README.md, описывающим установку и использование программы, и файлом requirements.txt для автоматической установки зависимостей с помощью pip.
Я несмотря что делаю все под ключ, обычно создаю readme.txt install.txt все это в папке проекта. 
Дополнительно в сложных проектах добавляется install.docx userguide.docx
И да бэкапьте переписку и мессенджеры, там много моментов есть те которые упускаются. 
Только одно замечание обговаривайте документацию и ее качество, и дальнейшую поддержку, это важно