Как создать div для шапки bootstrap 3?
Чего чего? Какая шапка? Причем тут bootstrap? какой div надо прописать  - div это тег и он 1 в своем роде. 
Просто напишите<div class="header"></div>
 и все. 
Бутстрапу плевать, есть у вас шапка на сайте или нет!
getbootstrap.com/components/#navbarпример