Набор для работы с усиленной ЭЦП?
Однозначно КриптоПро
Плюс к предыдущему оратору и, раз речь идет об усиленной квалифицированной, то не зная вашего бэкграунда, предположу, что выбирать вам надо между российскими линуксами с сертификатами ФСТЭК/ФСБ.