Почему nginx перенаправляет с ип адреса сервера на доменное имя?
Nginx перенаправляет на домен который стоит по умолчанию. решение или создаете еще один адрес и поставьте его по умолчанию. или создайте хост с IP
Если вы заходите по IP, то nginx открывает хост по умолчанию либо, если тот не указан явно, первый по списку хост.  Раньше у вас открывался phpmyadmin. Возможно он был первым по списку. Скорее всего добавили какой то хост, который стал выше прежнего и в нем прописано что то типа if ($host != 'site.ru' ) {
		rewrite			^/(.*)$  http://site.ru/$1  permanent;
	}
Задайте для хоста phpmyadmin явно хост по умолчанию:  listen      80 default_server;