Как создать структуру таблицы?
Делаете таблицу прочитанных сообщений со структурой user_id & id_уведомления, PK на оба поля.
Показ уведомлений: select текст from уведомления left join прочитанные_уведомления on id_уведомления=id and user_id=? where user_id is null

И метите уведомления прочитанными созданием таковых записей.

Или можно инвертировать логику — вносить в таблицу id непрочитанных уведомлений и удалять при прочтении.
Используйте таблицу связей уведомлений и пользователей — на лицо отношение многие ко многим. После показа удаляйте связь.