Контроль и логгирование действий веб-разработчика, как поступить?
За слив конфиденциальной информации ответственность общепринятая, она как правило уже у всех в договоре есть.
По поводу каких-то косяков кодера непонятно что вы хотите, но звучит ужасно, далеко вы на такой схеме не уедете. 
Чтобы код был чистым нанимайте хорошего программиста, а не фрилансера и хорошо платите ему, чтобы он не слился, либо отдавайте разработку сторонней компании.
Рассматривали ли Вы систему GIT там как раз есть система логгирования изменений в файлах.