Как сделать срабатывание в hover через определённое время?
Вот такое решение оптимальнее и логичнее - jsfiddle.net/koceg/4wnq2wvb/1
Ни к чему слушать все mouseover на документе.
setTimeout(function() { 
        alert("прошло 3 секунды")
}, 3000)
Примерно так jsfiddle.net/q1p16jgj/4