Как взламывают бд крупных компаний?
Взламывают точно так же как и мелкие. 
В статье описана обычная SQL инъекция, когда данные подставляются прямо в SQL запрос.

Я просто сомневаюсь, что valve может нанять таких людей в backend
Не надо сомневаться.
Нету никаких "особенных способов взлома". 
А есть такое явление как "эффективные менеджеры". У которых размер премии зависит от того, сколько денег они сэкономили акционерам. 

Если бы там были подготовленные выражения, то и взлома бы не было.
Но вместо подготовленных выражений в больших компаниях есть эффективные менеджеры. Которые экономят на нормальных программистах, и заказывают разработку в Индии, в штате Бангалор. Где живет какой-нибудь Хамишь Кумар, который родился в касте вычерпывателей говна из сортиров. И вот у него только один шанс не черпать говно всю жизнь - всеми правдами и неправдами научиться программировать, путь даже за еду. Сравниваем с силиконовым программером с запросами $250k в месяц. Экономия налицо!

На всякий случай напомню, для стопроцентной защиты от инъекций необходимо всегда следовать двум простым правилам:


данные подставляем в запрос только через плейсхолдеры
идентификаторы и ключевые слова подставляем только из белого списка, прописанного в нашем коде.


Ключевое слово здесь - "всегда". Как только начинаются рассуждения вида "ну эти данные и так безопасные, их защищать не надо", то в этот момент мы добавляем инъекцию к себе на сайт. Следует понимать, что защищаем мы не данные, а запрос. Данные нас вообще не интересуют - какие они, откуда пришли, являются "безопасными" или нет. Важно не то откуда они пришли, а то, куда они идут. В SQL запрос? Используем подготовленные выражения, точка.
Самые-самые взломы - это либо вирусная атака, либо соц. инженерия. Остальное - не больше 10%.