Как получить элемент по координатам, который находится под другим элементом?
В принципе можно и это сделать. Но возможно Вам подойдет iframe {
     pointer-events:none;
}
В этом случае Ваш iframe не будет замечать мышку, то есть будет "невидим" для мыши.
Если я вас правильно понял то вам нужно вот это
В консоль выводиться блок на который навели курсор.