DigitalOcean как замена хостингу. Как всё грамотно настроить?
Во-первых, безопасность - это процесс, а не состояние. 
Чтобы система была более-менее безопасной, нужно:
- быть в курсе существующих уязвимостей в используемом софте (как минимум следить за ubuntu security notices )
- ставить апдейты
- использовать достаточно стойкие пароли и периодически их менять
- отключать неиспользуемые сервисы
- если возможно, максимально ограничивать доступ по сети (например, не выставлять mysql на всеобщее обозрение)
- отключать неиспользуемые модули, плагины, расширения, фичи etc.
- делать бекапы
- всегда строго соблюдать принцип минимальных привилегий
- не подключаться к серверу с ненадежных систем (подключение с домашнего десктопа, на котором детишки гоняют пиратские игры, а вы смотрите "порно онлайн бесплатно без смс" - не очень хорошая идея).
Эти довольно простые советы в стиле КО на самом деле дают практически 100% защиту от "автоматических" взломов (имеются в виду боты, которые сканируют все подряд в поисках уязвимых систем и троянчики, вытаскивающие сохраненные пароли). Все остальное больше зависит от вашего кода, чем от каких-то настроек.
"размещаю сайты в домашней директории созданного пользователя" а как у вас это получилось? Я поднимал нечто подобное с дефолтных вариантов на DO, там нормальная директория сама собой ставится. У меня возникло пара вопросов как достаточно секурный ftp прикрутить, его по дефолту не было, так об этом нашлись несколько постов на форуме того же DO, если у вас сайт в домашней директории оказался из-за каких-то плясок с бубном, то попробуйте найти там же титориал, как это по уму сделать.