Как сделать, чтобы Git перестал перезаписывать группу владельца файла?
Запускайте git от юзера, у которого первичная группа groupname.
Ну либо вручную потом chmod выполняйте.
Тут иначе никак - создавая файл (а гит создает файлы), он создается от имени ID и GID текущего юзера/процесса.
Поставить на папку setgid битchmod g+s folder
https://www.gnu.org/software/coreutils/manual/html...On most systems, if a directory’s set-group-ID bit is set, newly created subfiles inherit the same group as the directory, and newly created subdirectories inherit the set-group-ID bit of the parent directory.