Каким макаром в домене запретить закрывать программы?
Никак не запретить.
Отслеживайте разницу между включенным ПК, доступностью Lync сервера и присутствием в SkypeFB. Если ПК включен, но SFB не запущен, перезапускайте его от имени пользователя раз в минуту
Напиши сервис, который мониторит процесс скайпа и шлет уведомления, хоть на том же питоне. А в целом Igorjan прав. Инструкции должны быть для пользователей!