Как проанализировать код большого проекта на PHP на наличие неиспользуемых кусков кода и файлов?
В PhpStorm - правой кнопкой по папке проекта, Inspect Code,  Whole Project,  Раздел Unused.
Скачайте триалку PhpStotm - там есть хороший анализатор кода, который поможет вам очистить проект от разного мусора.