Какие способы хранения настроек userа оптимальны (css по большей части)?
Я бы использовал user_meta и json для хранения (вместо обычной строки). С json_decode и json_encode дело будете иметь с нормальным ассоциативным массивом.
Для настроек пользователя есть user_meta. Туда и кладите. 
Я бы сохранял чистые свойства  а не html