Создал репозиторий на github. Как в одном репозитории иметь несколько папок и в каждой папке свой проект?
Так бывает, когда GIT-ом начинает пользоваться человек, который не понимает, зачем оно ему на самом деле надо. 
В том и суть, чтобы под каждый проект иметь свой репозиторий, иначе зачем вам git? Папку на dropbox заведите и туда закидывайте.
Есть ветки - один проект, но разные задачи по нему - разные ветки
А разные проекты = разные проекты