С какой стороны подойти к хранению тяжеловесных ресурсов в исполняемом файле?
Хорошо, а вы пробовали по принципу RARJPEG — склеить ресурсы с исполняемым файлом.
А потом уже в процессе загрузки по меткам в файле находить реурсы и работать с ними
Отличное решение предложил amirul: 
Я крайне не люблю исполняемые файлы размером в десятки мегабайт, но раз уж Вы уже все равно решили их использовать и единственное решение, которое осталось принять — это, собственно, как, то используйте ресурсы и не морочьте голову. Винда как раз таки и использует меппинг для загрузки исполняемых файлов с деманд-пейджингом страниц в момент доступа.Т.е. стандартная схема Windows всё-таки подходит для этих целей.

Ещё одно подходящее решение подсказали leotsarev и 1099511627776 — дописывать данные в конец исполняемого файла, а дальше уж способы манипуляции с ними зависят только от воображения.