Каким протоколом пользуется mail.ru в работе с другими почтовыми ящиками?
В этом случае почтовый сервер работает как почтовый клиент, периодически проверяя почту по протоколу POP3 или IMAP. Отправка может происходить либо аналогично почтовому клиенту, через SMTP, либо напрямую с выставлением другого адреса отправителя. 
Последствия - контроль над почтой, возможная "потеря" вашего пароля. 
Если письма отправляются напрямую, с сервера mail.ru, то выше вероятность попадания письма в спам. Вероятность не знаю, но думаю что баллы за спам начисляться большие.
С чего вы взяли то что он дырявый? Это мнение сугубо связано с дырявыми пользователями, за годы использования майла у меня ни украли ни одного письма, что мне кажется весьма хорошим показателем надежности.
А что пользователи дырявые и теряют пароли так это не от сервиса зависит.