Как отследить на хостинге файл дающий нагрузку?
Может стоит дампнуть сайт полностью и уже локально мучить его?
Уточните задачу: какая CMS, сколько много, при каких обстоятельствах, постоянно или скачками.

Например, возьмем Друпал. Память будет выжырать только один файл Index.php потому что все остальные файлы подключаются к нему. Обычная процедура выявления нагрузки идет вот так:
1. Смотрим перечень модулей и их назначение, на этом этапе уже видно какие модули могут выкушать память, правда не всегда получается их отключить, потому что они делают функционал сайта
2. Ставиться модули девелоперов Devel, например, и ищутся «тяжелые» страницы в основном на таких страницах очень много запросов в мускул
3. На «тяжелых» страницах начинаем дебаг с помощью Xphof