Как вынести тень блока на передний план?
До недавнего времени всё было нормально:
А потом вы задали overflow: auto; для body.

Вообще не нужно ограничивать ширину body и задавать ему overflow. Сделайте лучше контейнер, сложите всё в него и уже ему задавайте центрирование, ширину и всё, что хотите.
пропиши z-index, там где нужно выделить его передним планом сделай z-index больше