Конкатенатор php файлов в стиле препроцессора си. Есть такой?
Соберите в phar - будет ровно один файл. Замечали же что сам composer пакуется в composer.phar?
Можно ли упакованную в phar библиотеку представить как библиотеку для composer - не смогу ответить.
напиши скрипт, который парсит токены php-кода, найди и измени T_INCLUDE, T_REQUIRE на реальное содержимое файлов.... готово