Google Play. Использование сторонних систем оплаты?
Так ли это?
Так.Если да, то как можно сделать пополнение баланса на произвольную сумму?
Лично я не встречал ни одного приложения ни в магазине Гугла, ни в магазине Эпла позволяющего  это делать. В любом случае наиболее точный ответ на этот вопрос вам даст техподдержка Гугла.Также планируется приложение для iOS, там тоже есть ограничения?
Точно такие же ограничения.
отдельный сайт
пооплнять через приложуху нельзя
в приложухе платить с баланса сайта