Какая идеальная структура каталога для картинок и почему?
Функция glob() в PHP? - тест 8-летней давности на выборку файлов по маске с директории в 200 000 файлов.
файловой системе фиолетово один файл в директории или 100500, на скорости прямого доступа к файлам это не отразиться.
а дальше все зависит от того, каким образом вы собрались организовывать поиск.
В качестве имён файлов можно использовать хэш содержимого, файлы распределять по подкаталогам, имена которых образованы первыми символами имен файлов. Пример:/34c/82a/416/34c82a416fca4cf3a1215ad5e8f2d782.jpg