Где в Codeigniter полиморфизм?
Он точно там должен быть. 
Есть два вида полиморфизма:
 - параметрический полиморфизм
 - полиморфизм подтипов
Первый - это когда для одного аргумента функция может принимать несколько типов. PHP динамический язык потому это достигается проверками аля "что нам тут пришло" в теле функции. Так что если у вас есть хоть один метод без тайп хинтинга, то гипотетически у нас тут как раз таки полиморфизм (хотя конечно не все так просто).
С полиморфизмом подтипов веселее, ибо уж сильно похоже на обычное описание наследования, но сводится все к теории типов. Почитайте про принцип подстановки Барбары Лисков.Повторное использование библиотек не будет являться полиморфизмом?
Нет, полиморфизм действует на уровне типов, то есть даже не классов а именно типов. То что вы ищите называется Dependency Injection (IoC, DiC, не суть)Можно ли это назвать полиморфизмом?
Нет.
Полиморфизм работает не с библиотеками, а с классами.