В каких программах сейчас делают 2D 3D мультфильмы?
3D - 3Dmax, blender. Советую последний, так как он бесплатный, но по функционалу не уступает своим аналогам, если верить комментариям в сети. Первым никогда не пользовался.
в blender и 2d можно делать, к слову)
Для мультфильмов 2d могу только флеш последний посоветовать (Вроде flesh animator называется, не помню, честно говоря) и anime studio. Первый проще, второй сложнее, обо опробовал, выбирайте, что вам ближе.
PIxar описывают процесс работы на анимацией без упоминания конкретных инструментов, кроме собственного RenderMan. Тот работает с собственным форматом, в который многие 3D программы умеют выводить, и есть плагин под Maya. 
Walt Disney Animation Studios предлагают некоторые из собственных узкоспециальных разработок OpenSource.