Что означает символ * (звездочка) в регулярных выражениях?
Не путайте regular expression и shell globbing. 
Согласно правилам раскрытия shell globbing, звездочка означает все символы в любом количестве, за исключением строк, которые начинаются с точки.
cp -r dir1/* dir2
означает скопировать все файлы из каталога dir1 в каталог dir2, кроме тех которые начинаются с точки
cp -r dir1/ dir2
означает скопировать сам каталог dir1 (со всем содержимым) в каталог dir2, поэтому будут скопированы и скрытые файлы.
Других исключений у звездочки нет.
Если взять не shell globbing, а например команду find, там звездочка уже обрабатывается самой командой find и будет находить все файлы, например
find /test -name "*"
найдет в /test все файлы и каталоги, включая те, что начинаются с точки. То есть лимит есть только у самого shell
P.S. на tldp.org всегда можно найти истину, например tldp.org/LDP/abs/html/globbingref.html
В данном случае - копировать все файлы и директории из dir1 в dir2
И да, это не регулярка, тут это значит "все содержимое" :)