Есть ли смысл сейчас пользоваться the bat или thundebird?
Есть, конечно =) 
Почти любой клиент можно настроить так, как вам удобно (хотите 2pane, хотите 3pane, хотите рисуйте своё). Весь архив почты хранится локально. Для TB есть куча всяческих плагинов - от хитрых шаблонов писем, до интеграции с почти любым софтом. Ну и самое главное - есть PGP (почти во всех клиентах). 
Но для чтения писем с подтверждением регистрации на сайтах и рассылок с котиками клиенты сейчас, конечно, не нужны.
Я из excel через outlook письма отправлял, было удобно. Скрипт на vba получал данные, считал и сразу на почту отправлял. И письма в исходящих оставались.