Есть какие-нибудь ресурсы по построению правильной серверной архитектуры на node.js/io.js?
Архитектурные принципы не очень связаны именно с нодой, они будут примерно одинаковыми, на каком бы языке вы не писали. Первое, что я могу посоветовать, когда Вы переходите от технологий программирования к архитектуре систем, это как переход от кладки кирпича к архитектуре зданий - нужно отложить все шаблоны, которые Вы знали до того и подняться на другой уровень абстракции. А именно, нужно перестать мыслить такими понятиями, как DI (dependency injection), REST, MVC, ORM, RPC, шаблонизаторы, компоненты, сокеты, промисы и прочее - это все технологии. Что же нужно понять это: слои (layers), модули, контракты, адаптеры, клиент-сервер, 3-звенная архитектура, микросервисы, СМО (системы массового обслуживания),  и т.д. Где так все собрано в одном месте - не могу сказать, я лично по крупицам все осваивал, на что положил 20 лет профессиональной деятельности. Почитайте про ISO/OSI, загляните в три мои статьи habrahabr.ru/post/227753 и habrahabr.ru/post/204958 и habrahabr.ru/post/117791 Раньше хорошие статьи по архитектуре были на www.osp.ru но, к сожалению, давно не читал его. Можно начать с книг Гради Буча и освоения UML, этот дядька сформировал достаточно полный подход и методологию проектирования программных систем, которая ведет правильным путем, но на практике, в каждом отдельном случае может быть заменена интуицией архитектора и существенно упрощена. Удачи!
Могу предложить прочесть парочку наших постов - в них рассматривается архитектура, которую можно взять за основу: Why The Hell Would I Use Node.js? A Case-by-Case T... Init.js: A Guide to the Why and How of Full-Stack ...