Как правильно чистить хостинг от вирусов?
1 надо разобраться с причиной откуда у вас эти вирсы -так как нет смысла удалять эти файлы если завтра они опять появятся, типичные причины - дырявые плагины и/или устаревшие версии цмс и плагинов.
2 самый надежный вариант чистки- берем контент (обычно картинки, аватарки и тд в отдельных папках) + база данных + настройки. 
бекапим, удаляем текущий сайт, ставим цмс заново, ресторим пользовательский контент.
Я пользовался плагином Exploit Scanner и результатом доволен, можете попробовать.