Как защитить свою работу фрилансеру?
Не работайте с такими людьми. Сейчас, может, и нормально будет, но в следующий раз обязательно что-нибудь случиться. 
И дело может быть не в том, что человек у вас хочет верстку украсть, он может просто тупо дать одну и ту же задачу разным исполнителям и заплатить только одному, которого выберет. 
Он может поставить проект на паузу или вообще пропасть — предоплату-то не вносил, поэтому пофиг. 
Он может шантажировать вас, требуя вносить все новые и новые правки (не косяки исправлять, а новые блоки добавлять), потому что знает, что вы хотите денег побыстрее, поэтому будете более сговорчивым и на конфликт вряд ли пойдете. 
НИКОГДА не работайте без предоплаты с новым клиентом. Только с проверенными ребятами — там уж пофиг. Хотя, как показывает практика, и у проверенных ребят может легко что-то поменяться и денег ты не увидишь. Например, когда менеджер уходит из компании, бизнес прекращается не начавшись, просто проект ставится на паузу. Но такое бывает не часто. 
По вашему вопросу — никак. Код доступен всегда. Можете напихать в JS какого-нибудь говно-кода, который будет тянуть с удаленного сервера ваш скрипт, в который можно будет подсунуть любую бяку — замедлять загрузку сайта, например, или вообще затирать весь хтмл. Но это же не вернет вам денег. Да и легко правится простым удалением нужных строк в js-файле.
На бирже, где я работаю, есть СЕЙФ, работаю только через сейф. Может быть вы знаете эту биржу, ребята с Одессы рулят.
Никому нельзя доверять свои деньги.
В частном вашем случае, когда файлы на хосте лежат - уже поздняк метаться.