Делает ли Яндекс бэкапы?
Не делают бэкапы те у кого нет ценных данных.
Любые грамотные люди имеющие ценные данные делают бэкапы.
В яндексе работают грамотные люди, поэтому они делают бэкапы.
А как все устроено - спросите у них, возможно ответят если это не закрытая информация.
Делают. Сложно. Закрытая информация =)
Но, но! 
Вот в субботу будет открытый ивент у нас, приходите =) 
https://events.yandex.ru/events/meetings/15-oct-2016/
Многое расскажут. Окей окей, кое-что расскажут.