Имеют ли право органы проверять софт на ноутбуках, если сотрудник заявляет, что это его личный ноутбук?
1. Вполне могут изъять на экспертизу "за компанию"  с другой техникой. То, что это личный ноутбук стоит на рабочем месте надо еще доказать. Ответственность будут нести сотрудники лично, а не юр.лицо. 
2. Как правило, лицензионное соглашение  допускает создание одной копии для архивных целей. Посмотрите в тексте лицензий своих дистрибутивов.
Имеют, не имеют - какая разница, заберут то наверняка.