Как создавать архитектуру JavaScript приложений?
 Паттерны в JS уже прочитали? 
Возможно, вы не уделяете внимание рефакторингу по мере написания приложения. Про рефакторинг можно много читать, например вот
Правильная и масштабируемая архитиктура:
Смотри в сторону Backbone addyosmani.github.io/backbone-fundamentals
Еще есть именно архитектура: Fluxhttps://facebook.github.io/flux/docs/overview.html
Не подумай ничего плохого, отличная статья))):blog.andrewray.me/flux-for-stupid-people