Как объединить две одинаковые подсети через IPIP на Микротике?
Пожалуйста, можете страдать =) :
Роутер1:
типа тыкаем на "виртуальную подсеть"
/ip route add distance=1 dst-address=10.10.20.0/24 gateway=ваш-vpn-ip-роутер2
входящий трафик "типа виртуальной подсети" разворачиваем в реальную подсеть
/ip firewall nat add action=netmap chain=dstnat dst-address=10.10.10.0/24 to-addresses=10.10.3.0/24
исходящий трафик маскируем в типа "левую вируальную подсеть"
/ip firewall nat add action=netmap chain=srcnat src-address=10.10.3.0/24 out-interface=ваш-vpn-ip-роутер2 to-addresses=10.10.10.0/24

Роутер2:
/ip route add distance=1 dst-address=10.10.10.0/24 gateway=ваш-vpn-ip-роутер1
/ip firewall nat add action=netmap chain=dstnat dst-address=10.10.20.0/24 to-addresses=10.10.3.0/24
/ip firewall nat add action=netmap chain=srcnat src-address=10.10.3.0/24 out-interface=ваш-vpn-ip-роутер1 to-addresses=10.10.20.0/24

Работать будет, каждый роутер будет считать что общается с совершенно иной подсетью. На практике это колхоз и проще руки поотрывать тем кто не хочет привести в порядок свои подсети побив их на отдельные и по уму.
У вас какая-то каша. Если вы хотите объеденить их l2 туннелем( тоннель в бридж ), то у вас не две подсети, а одна географически распределённая.
Если же у вас реально две одинаковые подсети, то ваша идея корректна.  В каждой подсети вы маскирует( подменяет ) другу сеть, меняя в ней адреса, подставляя вместо нее виртуальную сеть, маршрутизируете эту сеть на другой роутер и там делаете обратное преобразование. Сделать это надо на двух концах туннеля, поскольку иначе у вас не будут проходить ответы.