Как правильно хранить шаблоны для Backbone моделей?
Ну для начала — хранить шаблоны в моделях вообще неправильно. Про свои шаблоны должны знать только вьюхи.
Если у вас сборка организована с помощью browserify, то шаблоны можно компилировать на лету при сборку и во вьюхах писать просто типа такого:render: () {
    this.$el.html(require('templates/template.jade')())
}
Как и везде в программировании, в данном случае нет "правильного" или "неправильного" способа. Все зависит от ващих задач, каждый способ имеет сильные и слабые стороны в зависимости от них.
Я собираю в переменную при помощи grunt и подгружаю js-файл с ними при старте страницы (это в режиме разработки, конечно, на продакшене все скрипты собираются в один файл).
Это позволяет компилировать на сервере, то есть шаблоны работают быстрее (вопрос о том, насколько быстрее они работают, остается открытым). При таком подходе, конечно, грузятся вообще все шаблоны, часть из них может вообще не пригодиться, для избежания этого как раз и загружают их по требованию, когда они реально нужны. Но это добавляет элемент асинхронности - нужно обрабатывать загрузку шаблона, показывать спиннер в интерфейсе и т.п.