Как создать свой менеджер пакетов, на подобии npm, pip, nuget и т.д., используя C#, C++, Java?
Начать нужно с изучения других, существующих, менеджеров пакетов, и с проблемами, которые они решают.
Потом составить виденье своего менеджера пакетов.
Затем начинаешь реализовывать его фичи и находишь библиотеки, которые могут упростить решение этих задач.
В принципе можно всё с нуля реализовывать.

Я правильно понял, что вы хотите сделать менеджер пакетов на трёх языках одновременно?
Стандартные системные операции - копирование файлов, удаление файлов, переименование файлов, проверка наличия файлов, создание ссылок, директорий и скачивание по https (сейчас почти все репозитории уже уехали на https)

Ну и в зависимости от упаковщика - может быть просто zip юзать..