Что будет с NodeJS с приходом WebAssembly?
Когда придёт - тогда и поговорим.  Часто отовсюду слышно: "А что будет с этим, когда придёт это!" 
Часто об этом забывается и никто уже не помнит, кто и зачем должен был придти.
Имхо, его приход никак не скажется конкретно на ноде, по отношению к другим технологиям. То есть, если и будут поползновения в сторону WebAssembly - то они будут +- равномерны со всех платформ.