Как обновить docker-compose на prod-сервере, ничего не поломав?
Ответ простой - обновляют docker-compose.
Варианта два: 
1) если прод. сервер один, то просят время на downtime, обновляют, проверяют, возвращают в продакшен
2) если серверов несколько, то исключают один сервер из сервиса, обновляют, проверяют, подключают заново, и т.д. со следующими
Ответ простой - обновляют docker-compose.
Варианта два: 
1) если прод. сервер один, то просят время на downtime, обновляют, проверяют, возвращают в продакшен
2) если серверов несколько, то исключают один сервер из сервиса, обновляют, проверяют, подключают заново, и т.д. со следующими