Как организовать перепрошивку Embedded Linux устройства?
да. грузите образ на диск в памяти, потом шьете флэш . 
роутер с OpenWRT так и перешивается.
Можно и не так сурово, а  воспользоватся системой пакетов, собрать свои новые пакеты и выкатить обновления на сервер.