Насколько правильно натягивать верстку через файлы темы?
Хотел узнать, настолько ли это плохой способ натяжки? 
Вы не поняли всю суть. А суть в том что:

Вы взяли заказ:
1. На начальном этапе вы спрашиваете клиента - будет ли он править это шаблон в визуальной составляющей, т.е добавлять новые блоки, меняя что-то координально. Если да, то этому человеку нужен условный конструктор aka page-builder
Плюсы: быстро разрабатывается, много компонентов из коробки, большинство логики реализовывается через drag-n-drop.
Минусы: Page Builder откровенный говнокод, который придется оптимизировать.

2.Если - клиенту нужен сайт где дизайн уже отработан на 100%, либо есть сторонний разраб который допилит шаблон(добавит функционал), acf лучший выбор, потому что всё предсказуемо, отсутствует куча вложенностей, оберток, и вся логика на виду, плюс удобно отлаживать. В нормальных руках - доп функционал добавляется так же быстро как и page-builder, новый шаблон, новые кастомные поля под них.
Плюсы: клиент вряд ли что-то поломает, так как в acf в ограничиваете его действия, даете ему молоток и гвозди, а не компанию с техникой как в случае с page builder.
Минусы: клиент не может допилить часть функционала сам, ему потребуются вложения со стороны поддержки и программиста.

3. Дополнение - WP это уже не глупая блоговая система. С введением Gutenberg - можно сделать свой шаблон внутри обычно страницы, на любой вкус.
Ваша задача - задать правильные вопросы "клиенту", и перенести это все в ТЗ и код.
Более 2 года интегрирую данным методом и все идеально. Клиент получает возможность редактировать без муссора. Главное что бы сами поля были размещены удобно и интуитивно понятно.

Насколько я помню Page Builder дает более улучшенные возможности, к примеру поменять цвет, размер шрифта, семейство шрифта и.т.п 
Но исходя из практики такое давать клиенту не стоит по двум причинам
1) Его фантазия за частую угробит весь дизайн
2) Инслайновые стили не очень любят поисковые системы