Как синхронизировать 1С: Предприятие с внешней системой?
1) Веб-сервисы, про которые вы упомянули предназначены для внешних потребителей. Если инициатором выступает 1С, то вам доступны практически все инструменты (кроме особо экзотических) - обмены через файловые шары, FTP, веб-службы, COM-подключения, прямые выгрузки в СУБД при наличии ODBC-драйверов и так далее.
2) В платформе есть специальный объект "подписка на события", который позволяет не редактируя те же самые справочники вставить свой исполняемый код на события, которые связаны с конкретным справочником, их списком или каждым из справочников системы. Тоже самое касается документов (только список обрабатываемых событий более расширен) и некоторых других объектов.
3) Совсем "вручную" не нужно. Вы можете сделать свою "каркасную" конфигурацию, которую через механизм "сравнения/объединения конфигураций" будете внедрять в пользовательскую, таким образом перенося в нее свои подписки на события и общие модули с их обработкой. Таким образом свои настройки интеграции распространяют такие компании как Битрикс, Агент-Плюс и пр. Для управляемых конфигураций (это самые последние разработки 1С - ERP, Бухгалтерия 3, Управление торговлей 11, Управление небольшой фирмой и так далее) совсем недавно появилась возможность создавать расширения. Обзорно можете почитать тут - https://habrahabr.ru/company/1c/blog/320018/
Из опыта(лично испытал на себе) есть варианты: 
1.  В платформе есть подписки на события(ответ на пункт 2): при изменении/ добавлении/записи etc. объекта справочника/документа etc могут быть описаны дополнительные действия подробнее. Можно организовать все что угодно: выгрузку данных в любого формата файл, подключение, например, по ADO к MS SQL. С файлами минус в том, что должна быть shared-область для двух систем(1C - доступ на запись, вторая система на чтение).
2. Регламентное задание 1C(гугл) - аналог сервисов. Пишем функцию(опять же на выгрузку данных в файл или коннект к СУБД), задаем расписание. 
3. Подключение к 1C Предприятию через COM-объект. В целевой системе при наличии соответствующих инструментов создаем COM-подключение к 1C и делаем все что нужно c использованием методов платформы 1C. Метод достаточно противоречивый, но также работает.