Получить ключ от массива?
так как это не ключ от массива - то ответ должен быть - никак. 
Вообще это свойство объекта, лежащего в $array["file_reference"], но так как свойство приватное, получить его можно только через методы объекта, то есть что-то на подобии $array["file_reference"]->getBytes(), точнее - надо смотреть сам класс danog\MadelineProto\TL\Types\Bytes.
так как это не ключ от массива - то ответ должен быть - никак. 
Вообще это свойство объекта, лежащего в $array["file_reference"], но так как свойство приватное, получить его можно только через методы объекта, то есть что-то на подобии $array["file_reference"]->getBytes(), точнее - надо смотреть сам класс danog\MadelineProto\TL\Types\Bytes.