Почему поиск уникальных значений в двух таблицах Excel работает медленно и как сделать чтобы было быстрее?
Скажу коротко, если перенести всё в SQL, разница в скорости будет огромная.
А ключи отсортированы? 
Десятки минут даже для Excel как-то медленно.
Это как будто для каждого ключа одного файла пробегать все ключи другого.
Если взять два отсортированных списка и пройтись по ним, то недостающие ключи можно за один проход найти - это секунды для 100000 записей.