Кириллица и JSON в Phonegap — как исправить проблему?
Скорее всего у Вас проблема с кодировкой mysql. 
Set names utf-8 сделайте и кодировку самой таблицы тоже посмотрите.
Ну и не очень понятно зачем Вы делаете str_replace
> Пробовал загрузить скрипт браузером и увидел, что все читабельно.
Это еще ничего не значит. Возможно ваш браузер интерпретировал текст как cp1251 (коим он на самом деле возможно и является).
Убедитесь, что сервер во-первых отдает нужный заголовок с кодировкой, а во-вторых текст в нужной кодировке.