Как суд должен решить спор о правах на программный код при наличии сразу двух подписей в нём?
Наличие подписей в файле доказывает только тот факт, что оба предполагаемых автора имели доступ к файлу до определенной даты (публикации). Авторство из этих фактов не следует вообще никак, доказательство будет признано недостаточным, суд отклонит иск о признании авторства. Решение на основе случайности - вообще за гранью бреда.
Суд не занимается расследованиями и не призывает экспертов. В гражданском иске, истец выдвигает требования, собирает доказательства в свою пользу и представляет их суду. Истец в такой ситуации должен сам, или через экспертизу и свидетелей показать, что только он мог написать код, а ответчик - не мог. Если у него это не вышло, судья не будет "признавать авторами обоих", потому что это не входит в его обязанности, он только выносит решение по требованию иска. Он отклонит иск и оставит всё как есть за недостатком доказательств. 
И это всё - только если предполагаемые авторы уже пытались разрешить спор в досудебном порядке.
Тут нужно прибегнуть к допросу с участием эксперта. Авторы должны пояснить свой код и обосновать решения в выборе алгоритмов, указав источники заимствования(участки заимствованного кода) при написании. Тот кто не писал код не сможет сказать какие участки были заимствованны и откуда.