Как установить PHP 5.4 CentOS 7?
Через докер, например, запускать её в контейнере, пробрасывать туда нужные папки со скриптами.
В итоге даже если сломают это старьё через уязвимость - дальше проброшенных папок не пролезут.
Ну, тут два варианта.

- Искать репу с 5.4. На самом деле для центоса забубенное количество реп и хотя большинство из них фанатские, 5.4 там наверняка есть
- Собрать самому. Найти пакет для el6, выдрать из него спеку чтобы посмотреть параметры сборки или даже вообще собрать "как я сам вижу". Тут правда с установкой надо аккуратнее, ставить в /usr/local, чтобы системный не перекосило