Как организована файловая система в PHP?
используйте flock, чтобы избежать неактуальных данных
ru2.php.net/manual/ru/function.flock.php
Скорее всего вы открываете в файл в блокирующем режиме. 
Т.е. пока документ не освободится, другая запись не пройдет. 
Для точности, приложите исходник к вопросу.