Как в Nginx на / вести на одну папку, а на другие — в другую папку?
Делаете два локейшена, первый со строгим совпадением урла /, второй - префиксный.
location /phpmyadmin/ {
                deny all;
                return 555;
                root  /usr/share/phpmyadmin/;
        }

        location /webmail/ {
                rewrite ^/(.*)$ https://$http_host:8080/$1 permanent;
        }
        # letsencrypt
         location /.well-known/acme-challenge/ {
                alias /usr/local/ispconfig/interface/acme/;
                default_type text/plain;
         }
# default location
        location / {
                index index.php index.html index.htm;
                proxy_pass              http://127.0.0.1:82;
                proxy_set_header        Host            $host;
                proxy_set_header        X-Real-IP       $remote_addr;
                proxy_set_header        X-Forwarded-For $proxy_add_x_forwarded_for;
Вот 4 папки и отдают все по разному. 
Думаю для примера вполне подет / - это основной каталог и все что от него