На что намекает галочка возле корневой папки проекта в PhpStorm
Вообщем долго шарил по статьям посвященным phpStorm, в итоге нашел ответ в статье azverin: Продуктивное использование PHPStorm. Спасибо тебе, azverin за нее.

Как оказалось это закладка, которую я случайно поставил на корневую папку. 
А ставить ее можно на любое место в проекте и части кода файла, с помощью F11. 
И так же легко просмотреть список закладок комбинацией Shift+F11. 
(Приведенные сочетания клавиш — дефолтные)
Из догадок:
 — все файлы сохранены
 — все файлы без ошибок
 — если есть какая то система контроля версий — все файлы последней версии.

Склоняюсь больше ко второму пункту