Добавление начальных данных с миграциями?
Вам просто надо почитать раздел Eloquent: Relationships: Many To Many, Attaching / Detaching.
Ребята выше молодцы, но вот как я сделал:$user = User::create(array(...));

$superadmin = Role::create(array(...));

$user->attachRole($superadmin);

$permission = [...]; // массив с "разрешениями"

foreach ($permission as $key => $value) {
            Permission::create($value)->roles()->attach($superadmin->id);
}
И работает