Могу ли я удаленно отключить порт коммутатора через который я им управляю, после этого я потеряю управление коммутатором?
да
да
нет, байка о забыл add когда писал  "switchport trunk allowed vlan", пришлось ехать перезагружать свич основана на реальных событиях очень и очень многих людей. Как и "не ту строчку скопировал", и прочие прочие "человеческие факторы".
Для защиты есть механизмы типа safe-mode на микротиках или commit confirmed на джуниперах, которые вернут все взад, если связь не восстановится.
А если это, например, Zyxel, то у вас еще много вариантов прострелить себе ногу и отключить управление до сброса на заводские