Можно ли хранить sitemap.xml в подпапках домена?
Ты можешь указать в robots.txt где лежит твой sitemap.
Кроме того, sitemap может быть несколько.

Пример robots.txt с указанием адреса sitemap.xml
User-agent: *
Allow: /
Sitemap: https://site.ru/sitemap.xml
Sitemap: https://site.ru/moscow/sitemap.xml

Поисковик работает только с одним robots.txt, находящимся в корне сайта
(https://example.com/robots.txt)

Какие существуют требования к robots.txt:

Размер файла не превышает 500 КБ
Это TXT-файл с названием robots.txt
Файл должен быть размещен в корневом каталоге сайта
Файл должен быть доступен для роботов — сервер, на котором размещен сайт, отвечает HTTP-кодом со статусом 200 OK
Можно указать до 500 штук файлов sitemap.xml, до 50 000 ссылок в каждом из них


Какие существуют требования к sitemap.xml:

Файл должен быть в кодировке UTF-8
Максимальное количество ссылок — 50 000 (О том как разделить большой sitemap.xml написано выше)
Максимальный размер файла в несжатом виде — 50 МБ
Указывайте ссылки на страницы только того домена, на котором будет расположен файл
Разместите файл на том же домене, что и сайт, для которого он составлен
При обращении к файлу сервер должен возвращать HTTP-код 200

Сайтмапы можно как угодно
Роботс смотреть поисковик будет только в корне Ам все остальные просто проигнорирует