Как переустановить ubuntu с сохранением настроек приложений?
1) Сохранить список установленных пакетов;
2) Сохранить конфиги и домашние диры (~/*, ~/.*, /etc/), может быть еще сорсы (/etc/apt/sources.list); Конфиги я бы переносил только реально нужные, исходя из вашего списка вы знаете что именно вам нужно перенести;
3) Установить пакеты из сохраненного списка и перенести сохраненные конфиги и диры;

Обычно занимает 15-20 минут…
Ставиться из net-install, она же ubuntu-alternate — ставится фактически только консоль, дальше доставляете нудные вам пакеты с зависимостями.
Могу еще порекомендовать перейти на xfce, как красивое и лёгкое, по сравнению с кде и гномом окружение рабочего стола.