Как скрыть javascript на сервере?
Это невозможно. Если скрипт встраивается в сайт, т.е. фронт энд, а не является бэк-энд NodeJS скриптом, его нельзя скрыть. 
Если же упороться, и закрыть доступ к этому файлу, его не получат и пользователи, которые просто перешли на страницу. Это все равно, что заварить дверь от воров, и удивляться, а почему же не заходят обычные покупатели.
Единственный способом мало-мальски скрыть исходные тексты, это обфускация и минификация.
Все.
P.S. Дайте ссылку на пример где так сделано, аж любопытно.
невозможно, максимум что вы можете сделать, это ограничить доступ к нему по логин/паролю, но если предполагается подключение данного скрипта на стороне клиента, то он 100% сможет его скачать и без основной страницы