Как правильно формировать структуру сайта?
Должен быть базовый layout (где есть блоки со статичным контентом) и файлы динамических блоков, которые его расширяют - так придется единожды менять футер/хедер/меню и по потребности - страницы с контентом. Это очень удобно реализовано в шаблонизаторах вроде blade и twig (они на 80% похожи)
Не надо ничего придумывать. 
МВС модель давно придумана и успешно функционирует.
Берешь Ларавель и изучаешь.