Как корректно писать код? Организовать процесс разработки?
Щас скажу, в качестве "шутки, в которой есть доля шутки"Профессионалы пишут код так чтобы они могли его читать
Честно, никогда никого не волновало, а особенно не волнует тех кто будет платить деньги за результат, чтобы что-то там было красиво в коде. Никого кроме вас не будет волновать ваша архитектура. Никого не будет волновать что под капотом, лишь бы ехало как надо. 
Хотите делать красиво - делайте, и я ни в коей мере не хочу вас от этого отговаривать, но помните, это никому кроме вас не нужно. Вы делаете это для себя, и не ждите никакой поддержки и одобрения. Никому не важно красиво ли то, чего не видно, должно быть красиво то, что видно. 
Удачи Вам!
В гугле полно информации по обмену данными между php и js, AJAX например. Для работы с базой данных, можно использовать любой язык программирования на стороне сервера.