Как решить такой баг с меню и column-count?
Добавьте для .nav-menu li:.nav-menu li {
  display: inline-block;
  width: 100%;
}
https://jsfiddle.net/5n3318ht/
.nav-menu a:after {
  content: '';
  display: block;
  width: 0;
  height: 1px;
  left: 0;
  position: absolute;
  background: #4f4f4f;
  bottom: -4px;
  transition: .15s linear;
 margin-bottom: 4px; <--Дописать вот это
}
или изменить  вот так:
.nav-menu a:after {
  content: '';
  display: block;
  width: 0;
  height: 1px;
  left: 0;
  position: absolute;
  background: #4f4f4f;
  bottom: -1px; <--    - 4 изменить на -1
  transition: .15s linear;
}