Как задать собственные порты в linux?
Правильно защитить хост - поставить на нем firewall  и закрыть все неиспользуемые порты. Если есть что-то критичное, то лучше пробрасывать эти сервисы по ssh-proxy, а в самом ssh запретить вход по паролю, оставить только с использованием ключей.
Не ленитесь на http ставить реверс-прокси, например nginx.
Используйте контейнеры (docker, lxc).
На фаерволе запретите исходящий трафик, поставьте по умолчанию правило drop packets (значительно увеличит время перебора портов).
собственные порты, вместо стандартных, повышают безопасность
В комплекте с другими средставми - да, но ненамного. От киддисов защитит. Доступ к средстваим администрирования обычно защищается другими способами. В основном зависит от времени, которое Вы готовы потратить на настройку - перенастройка портов - это тоже время.