После уменьшения файла лога транзакций, 1с ругается в некоторых операциях?
Обрежьте журнал транзакций гигабайт до 5, установите приращение в 1 ГБ и не возвращайте БД в Full - вы всё равно не пользуетесь преимуществами полной модели восстановления. Оставьте в простой.
Deadlock'и у вас появляются из-за кривого кода 1С (ищите их документацию по причинам возникновения и избавлению от взаимоблокировок - её полно). Почему не возникали раньше? Возможно, потому что после "обрезки" ЖТ и переводе в полную модель восстановления, ЖТ снова начал расти и одна из кривых операций ждала завершения приращения, когда вторая кривая операция начала выполняться. Но это мой хрустальный шар только предполагает, вам и вашим одинэсникам виднее должно быть.
Если 1с ругается в некоторых операциях, первое что делают это чистят кэш.