Как вести проект?
Пользуйтесь Jira, клиент заходит, создает задачу, указывает время на выполнение, приоритет задачи,прилагает необходимые материалы, там же вы отмечаете статус задачи, затраченное время,  можете комментировать задачу и задавать вопросы клиенту
Пользуюсь Асаной.
Для начала попробуйте Трелло - его вполне хватает для большинства задач. Сейчас три проекта веду в как раз в Трелло.
Задачи клиент дает как ему удобно(пдф, гуглодокс и т.п.), либо прямо в асане или трелло. Либо я сам записываю их оттуда, где клиент написал.