Есть редактор с возможностью dev кода?
git с ветками
define ("debug", true);
function debug($var, $comment){
     if(debug){
         echo "// $comment //\n";
         // do debug stuff
     }
     return;
}
На продакшене ставите в false -> профит!
Или, если читать ваш ответ об отсутствии чего-бы то ни было в одной версии - гит с отдельными бранчами.