Как понять что занимает диск?
При попытке отформатировать или удалить раздел, пишет "Диск D используется"
и что можно сделать принудительно, но вероятность проблем не нулевая.

Если нет явно запущенных программ, использующих ресурсы диска, или неких явно установленных сервисов, хранящих там данные, а также программ, установленных на этот диск либо настроенных хранить там что-то своё, а также сегментов свопа - смело выполняй принудительное отключение. 

90% - за то, что это активность либо антивируса, либо службы быстрого поиска.
Я бы использовал какой нибудь live usb с акронисом или сходим софтом на борту. Либо через безопасный режим, если лень флех делать, хотя такая должна быть у всех, на мой взгляд. Скорей всего какая то софтина (индексатор или антивирус) к нему обращается. Есть unlocker, програмка. Она показывает все блокирующие дескрипторы процессов и убивает их по возможности. Но последние билды подозрительно себя ведут. Так что осторожнее, я её уже давно не использую.