Почему в Bootstrap все js-файлы подключаются в конце?
https://developer.yahoo.com/performance/rules.html
Касательно js в конце: для того, что бы не грузить их вначале, а дать возможность браузеру сначала отрендерить важную для пользователя информацию
В принципе, аналогично атрибуту defered
Гугл говорит иначе - подключайте джаваскрипт именно в тех местах, где он нужен (что-то вроде инлайна)
Они много весят. Если их грузить в начале - то страница будет грузится так же долго, картинка появится в конце. Почитайте про то как браузер "читает" полученный html. Сверху-вниз. Получив задачу загрузить что-либо (если это не AJAX) - он не читает html пока не загрузит это "что-то"