Не работает сайт. Виноват провайдер VPS или регистратор доменного имени?
В dynadot пропишите NS записи с адресами днс серверов вашего vps провайдера.  У vps провайдера создайте A записи и все что еще вам нужно.
1. Поймите что нужно для корректной работы сайта.
2. dig -q=ns  покажет Вам какие доменные сервера ответственны за вашу зону
3. Отредактируйте зону таким образом чтобы отдавались правильные IN A записи (ip Вашего VPS)