Какая панель для web-сервера с Ubuntu наилучшая?
да, есть. самая лучшая консоль управления для unix-сервера это консоль с командной строкой.
Панели, на самом деле есть, но а) они все имеют кучу проблем, часто без разработчиков этих панелей ничего в системе понять нельзя, б) потому как панель сама ставит и обновляет какие-то свои компоненты, в) тянет очень много далеко не всем нужных зависимостей "на всякий случай", г) что создает проблемы безопасности, а так же д) превращает любой нормальный дистрибутив вроде debian. Ubuntu, mint? rhel, centos в "генту", управлять которой можно через вендор-лок панель, вроде ispmanager'а и только через неё - руками апач из репозитория вы поставить может и сможете, но как поведет себя система после установки того же Апача - неизвестно.
Короче, правильный путь - ставить минимальное количество нужных ВАМ компонентов, вроде apache/nginx/mariadb/postgres/php/perl/python и добавлять нужный функционал по мере роста проекта.
а из практики скажу - глюков у этих "панелей управления" хватает с головой, даже у старичков вроде ispmanager'а, и если на апач, идущий в дистрибутиве, комьюнити багфикс сделает быстро, то когда почешутся разработчики ispmanager'а, непонятно.
панели от лукавого, unix-true-way = shell.
Поддержу мнение, что лучше вручную. Получится чище и гибче. 
Но если уж очень хочется, можно попробовать vestacp. Довольно компактная и простая. 
Еще можно попробовать старую добрую связку webmin+virtualmin. 
Из панелей "помощнее" можно посмотреть на zpanel и ehcp. Ну или уж совсем "толстячка" ISPConfig. 
Все названные панели бесплатны. 
Еще есть ajenti, это не хостинг-панель, а скорее аналог webmin, но многие задачи управления веб-сервером она поможет автоматизировать.