Как на iOS поставить специфическое приложение, которое разработано под одну компанию?
Насколько я знаю, ограничить приложение в AppStore для одной организации нельзя.
Ad-Hoc сборка в принципе может помочь распространению без AppStore и джейлбрейка. Минусы:
1) Предназначено не для продакшена, а для распространения среди тестеров. Остальные минусы вытекают из этого.
2) Ограничение в 100 устройств
3) Срок жизни AdHoc профиля ограничен. Месяца через 3 придется обновлять его на всех устройствах.
Подробнее тут developer.apple.com/library/ios/#documentation/Xcode/Conceptual/iphone_development/145-Distributing_Applications/distributing_applications.html

Второй вариант — джейбрейк.
Третий — HTML5-приложение
Вариант с джейлбрейком не самый плохой. Раз уж iPad корпоративный, почему бы ему не пройти через IT, где всё что нужно сразу и сделают. После чего приложение ставится в 2 клика через ту-же iPhone Configuration Utility (если нужно иметь возможность удалить приложение через Springboard) или через SSH, если такая возможность не нужна.