Как разместить на сервере два и более сайтов?
Просто делаете входной http-сервер (т.н. reverse proxy). 
Там и разруливайте на домены.
За ним стоящие http-сервер (на других портах естественно) - ничего и не будут знать о друг-друге.
запустить nginx непосредственно на сервере и пусть он рулит.