Знаете ли вы бесплатную программу для учета времени работы сотрудников?
1. Зачем вообще заниматься таким бредом и считать время за компьютером?
2. Время за компьютером - понятие относительное - можно работать - а можно сидеть на развлекательном сайте.
Лучше всего это оценивать по выполненным задачам - есть система Задач типо Redmine и т.п. Сотрудник делает задачу - отписывается, закрывает задачу. 
Для программистов можно смотреть через Систему контроля версий дополнительно - насколько много кода человек пишет, какие задачи решает.
В Redmine кстати можно смотреть статистику открытых-закрытых задач, за сколько времени ее сделали и т.д.
Логи входа/выхода доступны в контроллере домена Active Directory.