Существует ли удобный формат для сохранение конфигурационных файлов для Python?
Json это отличный мультиязычный инструмент и при наличии gui для пользователя взаимодействие с данными будет максимально комфортным. Если gui не вариант и нужны обязательно читаемые конфиги, то можно использовать ini или более современную его версию toml. Если их возможностей не хватает то есть yaml,, но лично я считаю что для пользователей он уже будет сложным и уж лучше использовать форматированный json. 
Для python3 можно посмотреть библиотеку sd-format, работающую со своим форматом текстовой записи данных .sd
К минусам можно отнести её малую известность, отсутствие поддержки для python2, а к плюсам: хорошие возможности, с приоритетом на читабельность, минимум использования служебных символов. В качестве значений можно использовать списки и словари. Простые можно записывать в строку, сложные в столбец. Можно записывать многострочное значение строки. К полезным фишкам можно отнести возможность использовать не только сами данные, но и комментарии к данным.
Можно рассмотреть вариант использования комбинированного варианта: ini + json. При таком варианте у вас будет масса возможностей для записи любых данных в ваши файлы конфигурации.  Это может и не самое удачное решение, но оно достаточно часто используется.  Для json можно использовать одноименную библиотеку.  Для работы с ini можно использовать библиотеку configparser
Сохраняй как словарь, спокойно пиши комментарии, как в питоне, выгрузку делай через ast.literal_eval()