Как учитывается время синхронизации?
Есть сервер времени. На расстоянии примерно в 1000 километров с него синхронизируется другие компы (ЛЭП волс). Как именно учитывается время которое затрачивается на передачу запроса и выдачу ответа. Если не вдаваться в детали - отправили десяток запросов серверу времени, он вам в ответ продиктовал смещение вашего времени относительно сервера по каждому запросу. Выбираете среднее.
Т.е сервер вам не говорит сколько сейчас, он говорит на сколько его показания отличаются от присланных вами.
Если вдаваться в детали - курите RFS по NTP, считайте дисперсию Аллана.Точность интересует именно в МИКРОсекундах! В указанных вами условиях речь идет про милисекунды. 
Хотите микро - не пользуйтесь интернетом, для этого GPSы и прочие ГЛОНАССы существуют.
Алгоритм работы NTP: www.ntp.org/ntpfaq/NTP-s-algo.htm#Q-ALGO-PLL-UPD