Каким путем лучше пойти. Ставить сервер с панелью или вручную развернуть разработку?
панели удобны когда ты слоупок или надо массово оперировать множеством доменов/сервисов. 

если для одного/нескольких доменов, имхо проще самому. если умеешь конечно.
В панелях бывают косяки и дыры.
В самостоятельно настроенном тоже бывают косяки и дыры.
Но на проблему с панелью ты будешь смотреть, как баран, а с сервером, который настроил сам, сможешь разобраться и в другой раз сделаешь лучше.
Самостоятельное администрирование - это путь вверх, а панели - путь в никуда.