Возможно ли частичное подписание PDF документа с помощью ЭЦП?
Нет, валидная подпись, в том числе, удостоверяет что с момента подписания документ не изменялся.
Конечто нет. Смысл ЭЦП - убедиться что документ не будет изменен

Регистрируйте вначале другой документ, потом подписывайте