Риторический вопрос: при разметке внешнего харда на один большлй раздел, лучше сделать его первичным или логическим?
Только первичный. Логический раздел это, грубо говоря, раздел в разделе.
Не было такой проблемы во времена Windows 98 (про далекие галактики сказать не могу), всегда единственные разделы были первичными.
Если диск не системный, то его можно переназначить. От типа партиции это не зависит.