Индексация ссылок партнерской программы
Можно делать301 редирект с example.com/good1/ref1/ на example.com/good1/
Тогда и ссылочный вес должен сохраниться.
По крайней мере в партнерках, в которых мы участвуем поступают именно так.
Используйте мета тег />
Он дает понять поисковым системам что, в вашем случае, страницы 
example.com/good1/ref1/
example.com/good1/ref2/
являются копиями 
example.com/good1/

Таким образом вы точно не потеряете вес и вам не придется хитро настраивать магазин для отработки 301 редиректов.
Также настоятельно рекомендую проверять не открыта ли реферальная страница в iframe, так как часто недобросовестные партнеры тупо ставят на своем сайт ифрейм с реф ссылкой, с вашей стороны ставится реф кука, и даже если пользователь впоследствии зашел на ваш сайт не по реф ссылке, «парнеру» засчитывается продажа.