Какую систему управления хостингом поставить?
Никакую. Для панели надо хотя бы 1Гб оперативы, тем более с Apache.
Для управления доменами разве у хостера нет панели? DNS ведь все равно не у себя будете на VPS держать, у Вас там и так памяти еле-еле на Apache + MySQL. А для создания и заведения виртуальных хостов для домены Вам панелька не нужна. Копируете конфиг, редактируете и делаете a2ensite + рестарт Apache.
А вообще для такого слабенького сервера надо Nginx, PHP5-FPM с OPcache, MariaDB. Для Apache и стандартного MySQL памяти маловато. Купите лучше Digital Ocean за $5/мес - 512Мб будет получше, хотя разница не разительная. Зато трафика побольше, процессор пошустрее, места в 4 раза больше, еще и SSD.
ispconfig половина фич отключается
вы после конфигуации серверов можете ее просто отключить
Все конфиги будут жить в файлах
и проверьте crontab -l