Как сверстать сайт кроссбраузерно?
autoprefixer используйте, не прописывайте префиксы руками. Там же в опциях и указывайте, насколько древние браузеры стоит поддерживать.
Говорю со своей дилетантской точки зрения: в зависимости от количества браузеров и их версий, которые должен поддерживать твой веб-сайт/приложение, определяется, нужны ли префиксы. Например, тот же самый flex: когда-то, когда версия, например, Chrome была 21.0, тогда использовался префикс -webkit, но в новых версиях он "улетучился". Если хочешь, чтоб твой сайт поддерживал версию Chrome 21.0, то необходимо указать еще и -webkit-flex.