Как узнать какой именно PHP скрипт самый &quot;тяжелый&quot; для CPU?
Xdebug неплохой профилировщик, попробуйте.
Для уменьшения нагрузки советую пользоваться акселераторами, мне нравится Alternative PHP Cache.
Самое простое что смотрю это время генерации страницы в логах вебсервера.