Как скомпилировать программу c#?
Отвечаю на вопрос: нужно запустить компилятор и указать в качестве параметра путь к исходному коду (см. справку компилятора). Также можно нажать f5 в студии или в меню выбрать пункт "собрать".

Теперь по поводу нерабочей программы. Кофейная гуща подсказала, что вам подойдёт утилита ilmerge.
Судя по комментариям, у вас используются абсолютные пути к файлам, а это неприемлемо. Используйте относительные пути