Как правильно вести отчётность при схеме paypal -> ИП?
Необходимо заключить договор с оператором электронных денежных средств (PayPal, WebMoney, Яндекс.Деньги и пр.). Клиент осуществляет перевод денег оператору, а оператор зачисляет эти средства на расчётный счёт предпринимателя. 
Можно дополнительно почитать здесь.
На самом деле есть небольшая проблема. В России расчёты между юридическими лицами и предпринимателями (между собой) посредством электронных платёжных систем запрещены. То есть одна из сторон обязательно должна быть обыкновенным физическим лицом.