Объединение файлов JS в один?
github.com/mape/connect-assetmanager
github.com/mishoo/UglifyJS/
github.com/gruntjs/grunt-contrib-concat (нужен grunt)
Можете использовать grunt для этих целей. Я написал небольшую либку homemade.js, делающую именно то, что вам нужно (была точно такая-же задача). Она и как плагин к grunt работает, и через консоль. Просто запускаете node homemade.js input.js output.js.
Вообще сейчас набирает популярность компонентный подход через component, но это требует времени на изучение.