Google PageSpeed: существенная разница с сайтом на отдельном домене и в папке?
Так посмотрите на что пейдж-спид ругается — он же пишет, за что оценку снижает. Возможно, сервер дольше отвечает, поэтому оценка ниже. Может, это связано с тем, как статика отдаётся. Нужно смотреть на ошибки и сравнивать результаты не только по баллам, но и по отчёту.
Соглашусь с предыдущими ответами и добавлю ещё одну возможную причину: размер самого файла htaccess, при большоме объёме редиректов в нём он грузится долго, что так же сказывается на скорости.