Безопасная схема с литиевым аккумулятором?
внутреннее сопротивление батарейки нагреваетсяСопротивление это свойство, оно нагреваться не может.Интересует, что может плохого произойтиРазогрев аккумулятора и как следствие - возгорание.
Литий очень сложно потушить, горит очень активно, можно получить сильные ожоги и устроить пожар.
Взрыв - возможен, но не всегда. Сам по себе литий не взрывается, просто повышенное газовыделение в ограниченном объеме. Давлением газа оболочку разрывает. Если оболочка крепкая может довольно прилично разлететься.
Безопасная схема это постоянный контроль за токами заряда, и разряда, и желательно мониторинг температуры.
Интересует, что может плохого произойти, 
Возгорание, которое крайне трудно потушить. и как от этого защититься. 
Использовать схемы защиты, очевидно же. 2) - жидкость заливает батарейку, КЗ, 
Ничем не отличается от того, что вы написало в первом пункте. Такая же эксплуатация в режиме КЗ. Последствия те же.