Какую структуру веб сайта (backend) вы считаете самой удачно?
Задачи бывают ОЧЕНЬ разные.
Знаю одно. Никогда, слышите, никогда не расшаривайте корень проекта как корень сайта.
Должно быть www -- доступный каталог, а должен быть приватный проект, который никак не должен быть в www директории.
Все остальное на ваш вкус и цвет.