Что за особенный объект, к которому можно применить метод clone()?
p.clone = function() {
    return new URI(this);
};
https://github.com/medialize/URI.js/blob/85279a0ed...То объект клонируется, хотя метод clone предназначен для клонирования дом-элементов, но это сработает.
При чём здесь .clone() вообще? На jQuery свет клином не сошёлся, и за её пределами есть разумная жизнь, которая вполне себе может называть методы так же, как в jQuery, не имея с ней ничего общего при этом. У нас в офисе тоже есть Константин, но я же понимаю, что вопрос писал, скорее всего, не он.
P.S.И uri и obj это объекты, что подтвердит typeofВ javascript всё объекты.typeof null // "object"
typeof [] // "object"
Это метод этой библиотеки. Исходники