Удаление неиспользуемых файлов на хостинге
Как вариант найти файлы, к которым не было обращения определённое время. В этом поможет find (я так понимаю, что хостинг на unix?). -exec удалит файлы. 
find ./ -used кол-во_дней_тому_назад -exec rm '{}' \;
Кстати,  можно еще проверить сайт программой Xenu's Link Sleuth (home.snafu.de/tilman/xenulink.html). Проверить, что запрашивается. Потом можно пропарсить и выявить неиспользуемые файлы.