Как сделать скрипт на Python в который уже включены нужные библиотеки?
Есть всякие упаковщики (вроде PyInstaller), которые собирают скрипт с интерпретатором и всеми зависимостями в один exe-файл. Гуглите "python to exe", на первой странице всё будет.
А на счёт упаковки скрипта с зависимостями, но без интерпретатора не слышал, да и это не всегда возможно — если какая-то из зависимостей использует нативные расширения, то в любом случае придётся эти расширения отдельно тащить.
Посмотрите как устроен скрипт letsencrypt например. Он работает ровно так, как вы хотите