Как лучше сделать сайт?
Перефразирую ваш вопрос:
Как лучше сделать молоток, что бы потом превратить его в бензопилу?
Изначально делать бензопилу.
Сразу натягивать дизайн на движек магазина. Вначале на страничный функционал, а потом на функционал магаза.