Где найти хорошо задокументированные проекты на Java, чтобы читать код новичку?
Идёте на github и ищете по трендам и языку java:
https://github.com/trending/java?since=monthly
Вот вам самые популярные за месяц и развиваемые репы. 
Либо просто пойдите посмотрите популярные библиотеки на java. Guava, Apache Commons, например. А стандратную библиотеку читали уже?
У Spring'а неплохо документированный код.
Гугл тоже много чего знает про всякие примеры реализации на том или ином фреймворке, либе, смотрите, опять же, на гитхабе.
имхо, лучше смотреть исходники в процессе использование, когда уже понятно зачем этот класс/метод нужен. Например, понадобилась вам с Guava ImmutableMap, в IDE по Ctrl+клик перешли в исходник, посмотрели реализацию, и вот вам уже ImmutableMap не кажется каким-то черным ящиком, подсмотрели какие-то интересные решения. Или в spring-jdbc, JdbcTemplate, для упрощенного взаимодействия с БД, и вот вы уже знаете как оно реализовано и не какой там нет "магии", узнали нюансы работы с jdbc api и т.д. Тоже касается и стандартной библиотеки java.util.*, java.lang.* ...