В каком приложении можно визуально проектировать структуру базы данных?
Привет. Рекомендую Navicat Premium 15. 

Приятный современный интерфейс, синхронизация с бд. Вот такие вот модели в которых можно как задавать связи так и полностью редактировать структуру бд. Экспорт в sql.
"Родной" мускуловский смотрели? https://www.mysql.com/products/workbench/