Кто знает BAT-ник, для извлечения файлов из всех поддиректорий в корневую?
Можно ещё в Total Commander нажать Ctrl+B и отобразятся только файлы, без папок.
for /r %i in (*) do @move "%i" .
superuser.com/questions/85921/get-rid-of-subfolder...
дальше надо удалить папки, как точно не знаю, через rmdir