Как хранить в терминале ubuntu только уникальные команды?
Есть такой файл, ~/.bash_history, напиши скриптик, который его причесывает при загрузке - и будет тебе более-менее хорошо.
Может, в ~/.bashrc прописать алиасы на самые нужные команды и их использовать?
Чтобы заработало, нужно выполнить 
source ~/.bashrc