Как выгрузить товары из 1с на сайт без родительских групп товаров?
Если есть доступ к выборке запроса для сайта - то пусть 1Сник модифицирует его так, чтоб получить нужную Вам выборку при любой иерархии справочника. Я бы, возможно, воспользовался произвольными доп. свойствами номенклатуры, чтоб не зависеть от иерархии вообще
Решение на стороне 1С:
1) Научить бухгалтеров пользоваться фильтром по доп свойствам и использовать вместо папок доп свойства (т.к. "Atlant" и "40-я серия" явно характеристики товара и "может бухгалтера ещё 20 подсчетов захотят" - это надо пресекать). Нужен административный рычаг; 
2) При выгрузке изменить код или правила конвертации, чтобы выгружать корневую папку (в цикле перебираться родителей, пока родитель не будет пустой ссылкой). Сразу будут выгружаться только нужные данные.;
Решение на стороне CMS: Если обратно в 1С нужен просто товар и неважно в какой папке он находиться, то при получении данных анализировать дерево папок и подменять папку у товара. Работа вместо 1с-ника, лишние данные при получении, но будет работать с любой другой базой.