Как отправлять ajax, если .htaccess меняет расширение .php на ничего?
во первых определитесь ДЛЯ ЧЕГО в хтаксессе такие правила, иначе там какой-то бред. Обычно нечто подобное делают для переадресации на единую точку входа, в вашем случае я вообще не понимаю зачем такие правила. 
во вторых (когда вы разберетесь с первым) либо исключите из правил пхп файлы, либо вы придете к нормальному роутингу, мвц и объектам и вопрос отпадет сам собой.
логи и отладка