Как лучше передавать файлы на виртуальную машину в VirtualBox?
SSH, конечно.
ssh (scp) или ftp. Unix в виртуалке мало чем отличается от unix на сервере.
Не надо подшивать к unix противоестественные протоколы типа самбы. Не привыкайте к каке.