Может кто-то объяснить насчет зависимостей в node_modules?
можно написать patch над модулем.
Каждый модуль в момент require('some-module') попадает в require.cache и далее данный модуль можно пропатчить.
Например:// first.js
const add = (a,b) => a +b;
module.exports.add = add

// patched.js
const MODULENAME = './first';
const moduleToPatch = require(MODULENAME); // здесь мы кешировали нужный нам модуль

require.cache[require.resolve(MODULETOPATCH)].exports.add = (a,b) => {
 console.log('PATCHED ! ! ! ! ')
 return a + b;
}

// second.js
require('./patched');
const { add } = require('./first');

console.log(add(10, 20)) 
// PATCHED ! ! ! !
// 30
Естественно первым нужно подключать модуль для патча, чтобы он сделал первый require у себя
Вот установил например зависимости, установил пакет к примеру, и я вот хочу что-то в нем изменить, добавить своей функциональности к примеру, я этого сделать никак не могу?
Создаешь свой модуль/либку, все нужные зависимости подключаешь внтури него, делаешь обвертки над нужными тебе функциями и затем в приложении используешь свою реализацию. Не стоит копировать модули, сложно будет в супорте.