Хочу избавиться от портянок с именами переменных в PDO. Как?
stdClass является итератором, т.е. ты можешь пробежаться по его свойствам с помощью foreach. Проверить наличие свойства у нужно объекта можно используя property_exists();
Например у тебя получился класс $classFromPDO:$fooObj = new FooClass();
foreach($classFromPDO as $name => $value){
    if(property_exists($fooObj,$name)){
        $fooObj->{$name} = $value;
    }
}
Примерно как-то так. Кстати, тут не важно, что у тебя в $classFromPDO объект или ассоциативный массив
Возьмите Doctrine и не мучайтесь.