Как перестать засорять систему?
На выбор:
1. chroot. Например для debian 8: debootstrap jessie new-chroot;
mount -o bind /dev ./new-chroot/dev;
mount -t proc none ./new-chroot/proc;
2. Docker или openvz (у первого легкий порог вхождения, второй понадежнее)
3. Взять виртуалку с голой ОС, сделать снапшот и откатыватся...
Да масса вариантов, вопрос от желания заморачиватся или писать скрипты
python = virtualenv = в глобальное окружение ничего не ставится