Как обычно хранят данные зарегистрированных пользователей?
Обычно в одной таблице хранят на всех пользователей, отдельно под каждого юзера таблицы новые не создают, просто в каждой записи хранят принадлежность к определённому пользователю.
Пользователям же не нужен напрямую доступ к БД.
Всего два типа объектов уровня:
Юзеры/Сервисы и Права (для них)
Сервис (это сервис-пользователь;  внутри системы) знает юзера (пользователя сервиса) только по id, если не разрешён явный доступ для этого сервиса к данным юзера через права сервиса.
Верхний уровень - управляет доступом к нижним.
The end.