Система уведомлений PHP+mysql. Как лучше сделать?
Вы имеете в виду структуру БД ?
Если да, то вот для примера: 
-users
id, first_name, last_name, email, created
-articles
id, user_id, title, descr, created
- article_comments
id, comment_id, user_id, text, created
- article_comment_views
id, comment_id, user_id, created
Если например автор статьи не прочитал комментарий, записи в таблице article_comment_views не будет, соответственно это новое событие, можно уведомлять пользователя
Так же можно просто банально при добавлении нового комментария, добавлять новое событие для пользователя в какую-нибудь табличку новостей.
Уже было Как добавить оповещение от администратора сайта?