Как обслуживают серверы работающие беспрерывно?
Отключают и обслуживают. 
Как и все сервера.
В чем проблема отключить сервер?
Это сервисы должны работать без остановки, а сервера когда надо спокойно отключают.
в небольших компанияхъ собирают дубликат сервера с клонированием системы и просто перетыкают кабель потом