Через что взламывают сайты?Применяется ли JavaScript?
Взламывают через лень, костность мышления и человеческие слабости. 
Чисто технические взломы, крайне редки
Через что взламывают сайты?
через прямые руки и уязвимости сайта, язык не играет столь важную роль