Nginx не учитывает параметры ссылок в подзапросах?
Попробуйте воспользоваться переменной $args.
Нечто вроде:
proxy_pass http://$1/$2?$args

Модуль должен писать в лог
github.com/evanmiller/mod_zip/blob/master/ngx_http_zip_module.c#L564

Посмотрите что в логе