Какую концепцию структурирования приложения на Laravel лучше использовать?
Репозиторий это тоже сервис, RepositoryService. Оба ваши примера идентичны, и просто прячут вашу Eloquent модельку внутри себя, при этом спокойно её возвращают в return. Оба автора делают это без осознания зачем это надо и не получают никакого профита от этих телодвижений. 
Единственное что можно вынести из примеров - не использовать eloquent методы в контроллере, их нужно выносить в отдельный сервис или как минимум в отдельный метод модели. Например, у модели Post добавили бы метод findBySlug() или createCoupon($code, $amount, $maxRedemptions), этого достаточно было бы для инкапсуляции и последующего расширения. (хотя не решает проблему с торчащим наружу AR, но это уже другой вопрос)
Мне кажется, что данные подходы не исключают друг друга. Репозиторий нужен для складирования запросов к модели, а сервисный слой для более сложной логики, которая неуместна в контроллере. И то, и другое уместно, если Вы понимаете, для чего нужен каждый шаблон проектирования.