Плюсы пересборки ядра?
Подтвердить собственным опытом не могу, но думаю что существенного прироста производительности не будет, гораздо полезнее my.cnf подправлять под нужды.
Но с радостью посмотрю на другие ответы в этой теме.
А чем вас не устраивает ядро по-дефолту? Точнее так: чем КОНКРЕТНО оно вас не устраивает? Вы ведь, когда будете его пересобирать, планируете что-то там потюнить и повключать/повыключать? Или так просто, собрать...?