Как научиться писать чистый код,читабельный и хорошо оформленный HTML,CSS,JS?
По HTML/CSS могу посоветовать поддерживаться стилей написания кода от @mdo 
Сам стараюсь ориентироваться на него.
По-русски: Руководство по написанию кода от @mdo
In English: Code Guide by @mdo
Верстка: БЭМ
JS: jslint
По архитектуре можете почитать Макконнелла