Разница npn и pnp только в направлении тока(э-к и наоборот)?
да - только в этом.
В принципе разница только в направлении тока, но есть нюансы. Например в NPN-транзисторе носителем тока являются электроны, а в PNP-транзисторе - дырки (вакансии), которые менее мобильны. Так-что в общем случае NPN-транзисторы более высокочастотны.
Немножко о транзисторах.