Как очистить код от ненужных методов?
Ultimate-редакция VS показывает количество вызовов на методах, можно вполне безопасно удалять методы с нулём вызовов. Хотя зависит от проекта, конечно.
Для очистки - врядли, для анализа - есть куча code count and analyzing tools, тот же coverity.
Которые в принципе могут проанализировать и подсказать, что у вас какие-то методы нигде не вызываются.