Почему записывается данные в базу 2 раза?
Исправьте знак <= на <
У вас цикл выполняется дважды.
Первый раз в начале т.к 
$count < $i
и в самом цикле $i увеличивается на единицу и становится равно $count
Цикл выполняется дальше пока $i не станет больше чем $count
< Меньше чем
<= Меньше и равно чем
> Больше
=> Больше чем
О, господи, мои глаза!
Просто используйте foreach.
Как-то так...$response = file_get_contents('https://api.vk.com/......');
$data = json_decode($response, true);
foreach($data['response']['items'] as $user)
   add_user($user);