C# или Python под Linux и Windows?
Под линукс тоже хотелось бы узнать?
Под Линукс есть mono, но вот конкретно в вашем случае я бы выбрал Python, чтобы избежать геморроя в будущем.

Раньше чтобы приложение на C# под Windows завелось надо было установить netframework
Сейчас он идёт "из коробки".

Хочу взять SQLite
Почему?
В отношении стабильности языка и API, по-моему, C# более надежен. Есть Mono
The easiest way to describe what Mono currently supports is:
Everything in .NET 4.7 except WPF, WWF, and with limited WCF and limited ASP.NET async stack. с Gtk#, Windows.Forms и др. А есть .Net Core. Правда потребуется установить фреймворк.