На чем сделать онлайн-документацию для образовательных учреждений?
По описанию очень похоже что подойдет Викимедиа, если не охота что-то свое писать, хотя я бы писал что-то свое на ларе/зенде, так как проще организовать загрузку скриптами в понятном формате. Файлы/скулайт отпадают, мускуль вполне подходит, 35К шкафов, пусть по тысяче документов - 35КК записей - не очень много. Полнотекст, конечно, надо будет через еласитк или голый сфинкс искать, но в остальном мускуль норм пойдет.
В вопросе недостаточно конкретики о том, какие всё-таки данные будут храниться в этой системе, и какие операции над ними будут происходить.

Из описания я так понял, что ещё понадобится текст с бумаги оцифровать - это отдельная большая задача.

По поводу фреймворка - тут стоит отталкиваться от нужных операций и брать тот, на котором тебе будет легче всё реализовать.

По поводу базы данных - тут следует отталкиваться от требований к "CAP". Если это веб сервис и с данными будет работать несколько клиентов одновременно - sqlite и файлы сразу мимо.

Моё мнение - человек со стороны не может за вас решить, на чём и как ВЫ будете эту систему строить. Если у вас не хватает компетенций по самостоятельной разработке - доверьтесь специалистам с аутсорса, и пусть они сами выбирают стек.