Каким образом платят налоги сайты, принимающие платежи через агрегатора?
Сайты не платят налоги.
Поэтому вообще пофиг где и что там хостится.
Платят или физ. лица или юр. лица страны к которой они принадлежат.
Если вы как физ. лицо получаете платежи, то можно забить в целом на налоги.
Но если вы таки честный, то заполняете декларацию 3-ндфл(если речь про россию) и подаёте в налоговую.
Если вы юр.лицо, то этим занимается бухгалтер как правило.
Ну и высчитываются налоги от сумм поступивших на РС юр. лица. Естественно там уже никаких комиссий агрегатора или каких-либо еще никак не может быть.
Хостинг и домен и промежуточные агрегаторы никого не волнуют.
Вопрос только в том как вы физически получаете деньги.
Если скажем, агрегатор вам перечисляет на банковский счет в РФ, то это сугубо российская бухгалтерия.