Подскажите сканеры уязвимостей для сайтов, работающие под Linux
Поставь на виртуальную машину или флешку BackTrack 5. В ней собраны разные утилиты по проверке на vulnerability, включая и твои требования.

Для SQL-иньекции могу посоветовать sqlmap. Написан на питоне, есть на гитхабе.
sectools.org/tag/web-scanners/ посмотри на этом сайте, иконками совмесимости обозначены.