Как проконтролировать создание сайта на фрилансе?
Если ваша задача сделать именно интернет магазин, WP плохой выбор. Эту задачу проще и лучше решать с помощью специализированных решений. Будет и дешевле, в итоге, и лучше работать. 
Возможно, вы думаете, что "сейчас мы сделаем как получится, а потом"... Но потом не будет - вы окажетесь в заложниках принятого решения, и будете тратить время и деньги, чтобы сделать что-то похожее на нормальный магазин, т.к. повторно наполнять магазин, учить персонал работе с новой системой и.т.п. будет тоже дорого, и когда проект уже запущен кардинальные изменения всегда очень сложны, и им все стараются препятствовать.
До начала работы обязательно должно быть написано подробное техническое задание, которое будет мерилом выполнения заказа, и снимает массу проблем в процессе.
Контролировать по мере выполнения ТЗ, обычно, довольно не сложно, но надо учитывать, что т.к. у вас нет опыта разработки, то вам может казаться, что простые на ваш взгляд вещи занимают много времени и наоборот. И прогресс вам может казаться не таким как вам представляется. Имеет определённый смысл, в ТЗ разбить работу на этапы и оценить их по времени, но приготовьтесь к тому, что практически всегда реальные сроки будут дольше оценки, не относитесь к этому как к очень большой проблеме. Больше смотрите на то, как работает.
Контролировать качество кода и его безопасность, фактически у вас не получится никак. Для этого нужно быть профи самому. Так что вам придётся поверить, что у вас нет каких-то "закладок". Или провести аудит безопасности, что безусловно правильно, но уже совсем не бюджетно.
Искать лучше сначала разработчика, и с его помощью уже решать, нужен-ли дополнительно верстальщик. Специалиста по SEO тоже уже пора искать - он должен внести свою лепту в составление техзадания, чтобы небыло потом переделок лишних, и недопонимания. 
Также учтите, что большинство дешёвых SEOшников, к сожалению, знают крайне мало, и то что знают, зачастую бред, или просто калька с действий других, необходимость или применимость которых они не понимают. Найти хорошего SEOшника, не проще, чем нормального Web дизайнера.
Никто не сможет описать все тонкости сайтостроения в двух словах. 
Попробуйте сами сделать простую страничку на html, потом загрузить ее на сервер. 
Дальше поставьте и настройте вордпресс, раз уж его выбрали ) 
С нуля на вот это вот все уйдет недели две, зато в голове появятся контрольные точки, основываясь на которые можно будет разбивать работу на этапы и контролировать выполнение.