Как изменить config.php посредством php?
var_export
Как-то так:$data = '<?php $config = ' . var_export($config, true);
file_put_contents('config.php', $data);
Неизвестно как вы строите админку - с ООП или без ООП.
В вашем случае config представляет собой ассоциативный массив, значит нужны инструменты для этого.
Например: Стандартная библиотека PHP (SPL).
На основе это нужно городить классы для проверки обновления и добавления записей в массив...
Как вы понимаете - это ваш велосипед, имитирующий работу с базой данных...
В любом случае - конфигурация предназначена для глобальных настроек модуля или чего-то...
Настройки отдельного пользователя лучше хранить в базе данных - для чего, собственно, это и придумано.