Как зайти на удаленный сервер с учетной записью root?
А пара ключей для root-а хранится в конфигах именно root-а, на обоих машинах? (в local_host:/root/.ssh/id_rsa и remote_host:/root/.ssh/authorized_keys)
vi /etc/ssh/sshd_config
И поставьте
PasswordAuthentication yes
Далее
systemctl restart sshd