Какие существуют альтернативы fcgi?
А альтернативы-то зачем?
Все работает? Работает.
В чем еще проблема?
Если так стоит вопрос, то просто сделайте обертку для куска кода, который получает запросы снаружи, и добавьте в нее поддержку разных режимов/протоколов. Список более-менее актуальных протоколов взять у того же nginx-а. Для универсальности (но, увы, не производительности) добавьте ещё cgi — он везде есть.

PS. fcgi старое проверенное производительное решение, сомневаюсь что в ближайшее (или не очень ближайшее) время что-то станет более популярным и производительным.