Как из String получить int?
Можно регуляркой произвести замену всех нечисловых символов через replaceAll и потом parseInt применить
Регулярка такая подойдет: sting.replaceAll("\\D+", "");

Можно еще поиск через регулярку и matcher сделать, но решение вроде выйдет побольше:
import java.util.regex.Matcher;
import java.util.regex.Pattern;

class Main {
  public static void main(String[] args) {
    String string = "[апваварпвава, авпварпваавр, варварвра54%]";

    Pattern pattern = Pattern.compile("\\d+");
    Matcher matcher = pattern.matcher(string);

    while(matcher.find()) {
      System.out.println(matcher.group(0));
    }
  }
}
Либо регулярным выражением, либо перебором символов с фильтрацией нечисловых.