Как исправить добавление к сравнению?
Вы хотите добавлять товар к сравнению на странице самого товара?
Тогда в файле \bitrix\templates\my_template\components\bitrix\catalog\template1\element.php должен быть вызов компонента catalog.compare.list
Судя по всему где-то нарушена верстка или вы не до конца скопировали шаблон компонента. 
Примените дефолтный шаблон, протестируйте его работоспособность, скопируйте шаблон, проверьте ещё раз его работоспособность. После этого потихоньку меняйте верстку.