Какой chmod нужен для папок и файлов сайта для безопасности и нормального функционирования?
Евгений Самсонов почти прав - минимально возможный. Если мы про вебсервер - то чтение для тех директорий/файлов, которые ему нужны.
Если нужна загрузка файлов - то то право писать в определенную директорию, ес-но с запрещением исполнять скрипты из этой директории.
Чтобы ответить конкретнее нужны подробности.
755 для директорий
644 для файлов
А так же не забудьте еще про chown
дабы  владелиц и группа попали в первую цифру.