Стоит ли изучать CMS или верстать на чистом html/css,php?
Ну один, ну полтора - куда ни шло, но целых два сайта - это перебор, куда ж огромнее?!
CMS - это система управления контентом (простые готовые "рельсы" для блога и подобного).
HTML/CSS/JS - это фронт-енд.
php/mysql - это бэк-енд.
Что общего между ними?!
Для пары/тройки CMS - нужно изучить грамотное создание шаблона, чтобы люди могли его легко инсталлировать и пользоваться.
А PHP и CMS - здесь ничего общего....
Изучите любой PHP фреймворк для начала - я бы посоветовал микро-фреймворк fatfree.