Как кастомизировать модель пользователя?
 Но, можно ли полностью написать свою и вообще убрать лишние таблицы, которые создает django в БД? (привычка после Flask) 
Конечно можно, из INSTALLED_APPS выкидываете вот это:'django.contrib.admin',
'django.contrib.auth',
'django.contrib.contenttypes',
'django.contrib.sessions',
И у вас в БД будет сухо и комфортно :), а дальше пишите всё что вам надо сами.
Может это подойдет:
Python Django (урок 11) - регистрация пользователя: https://youtu.be/7SUdbpjQQRI .