Почему тормозит MySQL сервер?
MyISAM при записях/апдейтах лочит всю таблицу, что тормозит ВСЕ остальные запросы к этим же таблицам, коих накапливается немало, что может привести к нехилым тормозам системы в целом (если у вас много запросов на модификацию). Ну и вдовесок размеры буферов для MyISAM у вас не шибко большие.
Мой совет - переходите на InnoDB. Если нет возможности, то хотя бы буферы побольше сделайте, но боюсь это особо не поможет.
Ну так dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/slow-query-log.html и профилировать же dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/explain.html select'ы из лога