Обновление ESXi 4.0 до ESXi 5.1?
Обновление заняло 15-20 минут. Ситуация была аналогичная, после обновления без проблем всё завелось.
1. вставили установочный диск с 5-ой версией
2. загрузились
3. обновили
4. перегрузились
5. профит
Такого опыта нет, но у VMware есть подробная документация по этому вопросу с описанием нескольких возможных сценариев:
pubs.vmware.com/vsphere-51/topic/com.vmware.vsphere.upgrade.doc/GUID-CD26D0E7-D18C-482F-88BC-69139BDEC0FB.html