Как визуализировать расстояния с помощью Python?
Раз вы рассматриваете API карт Яндекса/Гугла, то задача тут скорее про JavaScript, а не Python. Посмотрите документацию к API карт. Нарисовать точки, по событию клика — нарисовать линии, все довольно тривиально. На готовое решение рассчитывать не стоит.
Но тут ведь нет динамики всё заранее известно, зачем API яндекс и Ко. Вполне можно обойтись python + qgis, раз так хочется питона. Нарисовать всё сразу в shape-файле и просто выделять нужные отрезки в зависимости от выбранной станции.