Какой дистрибутив Linux выбрать на сервер?
А зачем ломать если все настроено и работает нормально?
Обновите убунту до актуальной LTS,
Обновите контроллеры домена, почту и другие виндовые сервера.
Убунта на серверах работает как часы — ниразу с ней проблем не было, в отличие от suse/opensuse/rhel — на которых у нас стоял оракл на одной из прошлых моих работ.

Переделывать структуру сети надо только в одном случае — если она сделана по идиотски.
в другом случае — я бы свое время тратил более продуктивно.

Это первое — второе — ни один нормальный админ не будет держать на маршрутизаботре сервер бекапов.

Я бы на вашем месте подумал о том, что надо все сервера, которые должны быть доступны снаружи — почта, dns, web, ftp и т.п — вынести в демилитаризованную зону, а локальную сеть закрыл еще одним маршрутизатором

и
Вообще в виртуалке планируется разделение конечно. Нарооод вопрос о стабильности! на прошлой работе SLES в uptime уже очень долго все утраивает, не устраивает политика лицензирования.