Как правильно разделить Си проект на файлы?
Ну как минимум использование перекрестных переменных уже нелогично. Лучше функциями это обернуть. Как бы инкапсулировать в модуль.
Правильный способ это на бумаге нарисовать модули/объекты системы и обозначить как они взаимодействуют между собой и внешним миром. И уже исходя из этого разбивать. В идеале чем больше модуль похож на черный ящик тем лучше с точки зрения системности.
Как лакмусовая бумажка может использоваться то, что из одного модуля вдруг надо копаться в кишках другого, или знать о том как там что-то реализовано.
Как пример именно для Си - стандартная библиотека. Открываешь файл получаешь указатель на структуру FILE но тебе, абсолютно не важно какие там поля, создается она по malloc или заранее созданный объект из некоего массива таких объектов. Это уже скрыто реализацией. Есть функции которые работают с этим указателем и всё.
Как плохой пример "не очень черного ящика" можно рассмотреть strtok строка которая передается на вход будет модифицироваться и портится, что может быть не очевидным из семантики. Но сделано в угоду скорости и использования памяти.
Хорошая архитектура только косвенно зависит от языка программирования. Я бы рекомендовал почитать Чистую архитектуру Роберта Мартина, читается легко и всё по делу.