Плохо ли иметь зависимости в проекте в виде исполняемых файлов в го и других языках?
А какая у вас альтернатива? 
Вы можете реализовать весь функционал в своей программе без использования внешнего ПО за вменяемое время? 
Если да - реализуйте, это, конечно, будет лучше.
Но обычно подобный сложный функционал реализуется в динамических библиотеках. Программы, типа lowrite используют этот функционал. Вы то же можете использовать библиотеку, а не запускать внешнее ПО. Но это, конечно, гораздо сложнее и на это может уйти много времени.
От установки .net вы можете отказаться, только используя ЯП не связанные с .net. 
lowrite возможно содержиться в других пакетах, более мелких, которые ставятся вместе с libre office, а библиотеки, которые он использует может находится в третьем пакете.
В идеале - этого лучше избегать. Но это не трагедия.

Как вы свой проект распространяете-то? Пользователю приходит исполняемый файл же. И не страшно, что там файлов несколько и один другие иногда запускает.

Единственная проблема - вы не можете свой проект пересобрать под другую систему, или править баги в этом стороннем исполняемом файле. С этой точки зрения лучше использовать сторонние проекты, как библиотеки.