Как лучше проводить анализ исходного кода?
Ну например PWS Studio впрочем IDE тоже вываливает тонны предупреждений.
Что анализировать хотите?
IDE имеет несколько анализаторов
Скорее всего вам это не надо. Внешний анализ заказывают банки например чтобы подтвердить что софт - безопасен и не боится эксплоитов. Из таких систем я помню платную Veracode. Она находила у нас ошибки безопасности в логгировании (!). 

Вот. Из безсплатных - посмотрите SonarQube. Он работает с плагинами. 

Да и очень полезно указывать конкретные теги языков. Что там у вас? 1С? Кобол? Или Лого? 

Я серъезно! Почему не указываете?