Как сделать качественный favicon?
Да точно так же - берут и рисуют. В фотошопе. С использованием профессиональных художников-пиксельартистов. Других вариантов нет.
Кстати ваш сайт неприлично долго грузится и фавиконку я так и не увидел за минуту.
Microangelo Studio я использую. 
В фш сохраняю в .png с прозрачностью, как можно больших размеров, и запихиваю в Microangelo. В нём уже сохраняю как .ico размера 16x16.