Как разобраться с записью и чтением из БД?
1) В базу будет добавляться, тк условием для добавления является существование переменной $res, а она всегда у вас создается, что в нее записывается - другой вопрос.
2) поле id не выводится по причине того что вы его не выбираете, выборка происходит только поля ip, для всех полей используйте "*".
С конца, 
1. Чтобы показать id, нужно id в селекте попросить, меняем запрос:
$res = mysqli_query($conn,"SELECT ip FROM user WHERE ip='$ip'");
на
$res = mysqli_query($conn,"SELECT id, ip FROM user WHERE ip='$ip'");
2. И чтобы одним запросом вставлять, надо выполнять какой-то такой запрос:
IF NOT EXISTS 
    (   SELECT  ip
        FROM    user
        WHERE  ip = '$ip'
    )
    BEGIN
        INSERT INTO USER (ip) 
        VALUES ('$ip') 
    END;
Надеюсь, чем-то помог