Как сделать бонус каждую минуту?
Добавить в базу время начала начисления бонуса и при запросе значения бонуса вычислять разницу в минутах между текущим временем и временем начала начисления.
Нужно написать скрипт который:
1. Получает из базы всех у  кого bonus=1 и его значение bonus
2. Пробегает по полученному списку, строить запрос на добавление 1 к bonus.
Запускаешь этот  скрипт через cron каждую минут (*/1 * * * *).