Большое количество файлов и папок. Дробить или нет?
Дробите. Подробности.
Дробить надо, причин тому много, фактически все сводится к тому, что чем больше обьектов в папке — тем больше ресурсов надо на их поиск (и другие операции). В некоторых случаях — пропорционально размеру…
Найти файл (или пустое место для создания нового) среди миллиона таких же в папке сложнее, чем сначала найти его подпапку среди тысячи подпапок, и потом найти нужный файл среди тысячи в выбранной подпапке. Даже с техниками индексирования содержимого папок…

Итого, желательно чтобы максимальное кол-во обьектов в папке было порядка 1к-5к. Добавлять односимвольные подпапки, к примеру, не эффективно — их получится много и кол-во операций поиска елемента в папке сильно увеличится (хотя операции эти будут сравнительно простыми). Идеально — 3 (максимум 4) цифры на подпапку, либо 2 символа включая буквы (для равномерной плотности распределения символов в имени).