Как вы разрабатываете PyPI пакет?
Командаpython setup.py develop
установит не сам пакет, а символическую ссылку на него. То есть теперь он лежит там, где вам нужно, но при этом доступен для импорта другим модулям.
Вообще, вы хотите странного. Реиспользуемые приложения на то и реиспользуемые, что разрабатываются вне контекста проекта. Деплоятся, соответственно, так же.
pip install -e путь-к-пакету