Как защитить данные в домене Windows?
На ум приходит только шифрование информации на этом устройстве. Причём ключик для дешифровки, также должен быть распространён на все компы домена и пользователь ничего не заметит, если вставит в доменный комп. 
Рабочие станции преимущественно Windows 7, 8.1 а сервера 2012R2
ну если 7 и 8 везде - то смотрите в сторону BitLocker. Он умеет шифровать флэшки. Если есть XP (надеюсь, уже нет),
то посмотрите не TrueCrypt. Аналогично - шифрует диски/флэшки.
Есть еще SecretNet, вроде и он умеет что-то такое. Но, собака, недешев. Зато с сертификатом ФСТЭК
InfoWatch в числе прочего может и это.