Правильно ли вносить изменения в стандартный bootstrap.css файл?
обычно создают свой файл для того, чтобы твои изменения не затирались при обновлениях и чтобы можно было легко понять, что было изменено.
чтобы не конфликтовали, твой файл должен грузиться последним
К словам aleserkan хочется также добавить, что bootstrap достаточно хорошо кастомизируется с помощью изменения соответствующих переменных и его пересборки. При этом вы у себя храните только эти сами переменные - пересобрать можете в любой момент. Должно остаться очень небольшое количество стилей, которые вам нужны для дополнительной кастомизации - там и important в количестве нескольких штук в отдельном файле сгодится (не очень красиво, но понятно что и где меняется).
Если же у вас получается свой файл размером с половину bootstrap, в котором вы переписываете его стили, стоит поставить вопрос ребром - скорее всего логично будет отказаться от его использования и написать все руками. Да, я знаю, что такую постановку вопроса обычно не любят, но не стоит забывать о таком варианте: бывают такие дизайны, что при верстке от bootstrap остается только сетка и пара кнопок - в таком случае его использование теряет смысл.