Как обновить ACME v1 до v2?
Есть Let`sEncrypt клиент на Golang, он представляет из себя бинарник без зависимостей. Просто скачай и запусти.
На определённой замшелости ОС новая версия клиента не установится из-за зависимостей. В противном случае - просто посмотрите в стандартных или backports-репозиториях.