Как привести Битрикс до нормального состояния?
Эм... давайте я отвечу (если не от всех, то хотя бы от лица себя и своих коллег) "битриксойдов" - никак.
Поясню свой ответ: дело не в битриксе, а в подходе. Именно этого и не понимают многие разработчики, которые после Yii, Zend, Symfony и т.д. видят Bitrix.
Во-первых, у продукта (я имею ввиду Битрикс24, и именно продукт, а не CMF/CMS) есть определенная парадигма: User First & Business insight.
User First - это означает, что для реализации базовых вещей, например бизнес-процессы, пользователь с правами администратора должен иметь возможность сделать 80% работы без привлечения разработчика (читать - без привлечения, а я не без опыта/знаний/навыков/образования). Реальность такова, что Вы не сможете за столь короткий срок, сделать ВСЕ ТО ЖЕ САМОЕ, НО ЛУЧШЕ (я не сомневаюсь в Ваших способностях, но одному человеку за измеримые 1-5 лет это практически нереально).
Business Insight - это означает, что в продукте уже заложена логика, а "кривизна результата" зачастую складывается из того, что Бизнес диктует свои условия (Продукт не для всех, но каждый пытается его использовать как хочет и как умеет). Как пример: купив зубную щетку Вы можете чистить ей зубы И/ИЛИ мыть машину, но согласитесь машину мыть неудобнее, но "бизнес решает не тратиться и на имеющуюся щетку нацепить тряпку побольше и ручку подлиннее".  
Во-вторых, увы, с этим сталкиваются чаще - кривизна разработчиков. Так как система распространенная, то порог в ее вхождение чуть выше чем в сам язык. Поэтому обилие не сертифицированных, неквалифицированных и необразованных разработчиков очень и очень много. Чтобы "наговнокодить" в том же Symfony нужно сначала понять где это делается, а для этого придется как минимум разобраться как он работает. В битриксе вы можете "говнокодить" почти не разбираясь в нем (я видел сайт, который от битрикса взял только лицензию, ни инфоблоки, ни orm, ничего...)
В-третьих, а давно ли Вы видели битрикс? Сейчас он движется в нужную сторону и, я Вас уверяю, если вы подключите к нему Yii/Silex и т.п., ничего кроме бОльшего "говнокода" Вы не получите. Я не говорю о том, что Вы плохой программист, но что будет после Вас? Вот уволитесь Вы, а это все достанется очередному бедолаге и ему с этим жить.
У каждой crm свой подход.
Просто жить с этим.
Видео на yotube в помощь
https://www.youtube.com/results?search_query=bitri...
И вот еще у них на канале курсы 
https://www.youtube.com/watch?v=TN5XmAtj6dQ