Бесплатную систему управления проектами на PHP или Perl?
По вашим требованиям подходит redmine, но он на ruby.
попробуйте qdPM, использую для небольшого проекта — самое то. Конечно не сравнить с редмайном и тем более с Jira. А вообще, если предполагается долгосрочный проект, советовал бы смотреть в сторону Jira.