Можно ли именовать php-скрипты и папки с использованием кириллицы?

Трудноуловимые ошибки
Принципиально, допустимо, но побьют потом точно
Нет. Хорошая практика программирования исключает использование кириллических имён. А зачем вам плохая практика?