Как создать пользователя ad с помощью php и передать ему пароль в md5?
Делать наоборот - при логине пользователя запрашивать AD по LDAP - если разрешает логин - логинить.
Да, действительно, изначально не с той стороны был подход.

Я бы смотрел вообще в сторону adfs и sso.