Как проверить, что вся информация из одной базы данных перенесена в другую?
Числовые показатели проверяйте по сумме, а количественные по количеству. Составьте план переноса данных с учетом связей между данными. На старте зафиксируйте контрольные показатели. Например, для счетов - их количество и сумму, так же можно это сделать с разбивкой по контрагентам. Обратите внимание на востребованность этих данных. Наверняка, есть что-то, что сейчас не нужно с высокой детализацией. Т.е. какие-то данные можно свернуть. 
Итого - требования бизнеса к данным и контрольные показатели.
Удачи.
Возник вопрос приемки переноса информации. 
Они готовят Эксель,  ты его грузишь.  Тем более новая структура. 
А так садишься с заказчиком (руководством) и задаешь ему этот вопрос.  Вы должны коллегиально решить точки проверки, т.ч. желательно это зафиксировать на бумаге когда начнут обратку включать.
Напирать чтобы проверкой занимался не тот кто переносит.