Насколько совместим bootstrap и pixel perfect?
1. Бутстрап состоит из компонентов, никто не мешает вам при сборке использовать только нужные.
2. Логично что дизайнер должен знать об использовании бутстраповской сетки и готовить макеты под неё, иначе смысл пропадает.
3. В любом случае бутстрап подходит только для каких-то корпоративных сайтов со стандартизированной сеткой и т.п., для сложных креативных дизайнов он не подходит вообще.
Дизайнер должен уметь работать "под бутстрап". Иначе да, фичи бутстрапа будут использоваться постольку-поскольку и вся выгода от фреймворка пропадает.
Я, если вижу, что дизайн "не лезет" в бутстрап - беру просто less и собираю сетку на нем.