Есть ли какая-нибудь бесплатная программа для учета интернет-трафика в локальной сети?
Любой бесплатный биллинг.
nodeny-plus.com.ua - базово имеет нужные функции, бесплатный в этом варианте
bgbilling.ru/index.shtml - тестовой лицензии хватит на шару.
Если готовы немного потратиться, любой роутер MikroTik имеет нужный функционал из коробки.
Можно и через прокси с управлением, тогда Squid + морды.
Без прокси вряд ли обойдетесь, варианты:
Squid + sams ну или squid + sarg.