Windows и Linux против вируса-шифратора?
Зависит ещё от того как вы потом поступаете с бекапами на Лине. А то успешно туда могут отбекапиться зашифрованные файлы и затереть хорошие бекапы :)
Неплохо бы использовать, к примеру, rsync (и его Windows-разновидности).
Популярные шифраторы любят распространяться через SMB. Отключив полностью SMB (ну, на самом, достаточно отключить уязвимые версии протокола), мы сильно сокращаем его векторы атаки. Так же нужно исключить наличие каких-либо других методов расшаривания диска на защищаемой машине(SMB, FTP, NFS, WebDAV и проч. потенциально можно смонтировать, так что нужно исключить факт выполнения монтирования таких шар с бекап-сервера).
Так же, неплохим слоем защиты может служить регулярные снапшоты файловой системы (теневые копии винды и LVM/BTRFS/ZFS снапшоты линя).
Я использовал бесплатную утилиту WinSCP, которая организует сессию по scp протоколу с Windows на Linux, тем самым не используя самбу. Но как выше уже успели заметить, шифрование может произойти до того как файл бекапа отправится на бэкап сервер, по этому лучше держать пул бэкапов, чтобы не затирать предыдущие. К примеру для 1с баз он был в месяц, и с сортировкой по месяцам (чтобы не плодить много бэкапов), а для Windows серверов был пул в неделю, то есть любой бэкап за неделю можно было восстановить
Для линухов очень хорошо проявила себя утилита rsync, ну а для Windows либо стандартная виндовая архивация, коей я думаю мало кто пользуется, Acronis, ну и Veeam видел.