Как лучше сделать архитектуру REST API, которое берет один и тот же контент из БД MySQL, а клиенту возвращает в разных форматах: JSON, XML и HTML?
Если собрались делать нормальный REST, то отдавайте в том формате, который запрашивает юзер в заголовке `Accept`, например Accept: text/plain
И все же лучше один скрипт. Который делает один и тот же запрос, создавая один и тот же объект.ну модель. 
или раз хотите 3 скрипта то этот один инклюдите. и потом уже объект приводите к виду что отдавать хотите. в разных скриптах по своему получается.