Как правильно указать инициалы на сайте после его разработки?
Лучше этого не делать. Если это первый проект - скорее всего получилось полное гавно. 
И вам позже будет очень стыдно за этот проект. 
А вот убрать инициалы сложнее чем их добавить)
Как правильно ставить копирайт? Для начала вписать в договор его обязательное наличие на сайте, а дальше ставишь ссылку или текстовую или лого, оборачивать в no-follow или нет - уже твоё дело, но я бы обернул.