Как составить regexp, чтобы он находил только комментарии //?
Поставьте флаг gm - multiline
upd: https://regex101.com/r/HIrzLP/3
upd: \/\/([^\"]+?)$
Как только начинаются вложения, многострочные комментарии, комментарии в комментариях, нужно разбирать структуру документа в целом, а не искать последовательность.
Регулярное выражение с этим не справится.