На чем делается 3D анимация в JS?
three.js и прочее это только библиотеки/фреймворки для удобства работы с WebGL, поэтому на вопрос "Как такая физика делается в JS" будет правильнее ответить WebGL. И если хочется понять как именно и что там работает, то начните с WebGL. А на чем конкретно в вашем случае было сделано, то это скорее всего three.js.
Ctrl-U - и всё перед вами.