Как сделать правильное взаимодействие jsx и React.js?
А как и где вы потом подключаете скомпилированный из jsx шаблон?
По идее, если вы не используете реалтаймовый JSX Transformer, а используете прекомпиляцию на сервере, при помощи react-tools, то достаточно только подключить скомпилируемый файл в конце body....
      <script src="build/from_jsx.js"></script>
  </body>
</html>
Т.е., если вы не используете jsx в чистом виде, в сочетании с JSXTransformer<script type="text/jsx">
      ...
      render: function() {
        return (
          <h1 onClick={this.goodbye}>{this.state.message}</h1>
        );
      }
      ...
    </script>
то необходимо подключать уже скомпилированный js.
вместо gulp-jsx надо было использовать gulp-react