Сервер убивает PHP скрипт по таймауту. Что делать?
увеличить таймаут
Рекомендую впредь не реализовывать такие массивные скрипты на php, т.к. его идея абсолютно не в жутких демонах.
Серьёзные люди используют под подходящие задачи подходящие языки.
Взгляните в сторону лаконичного Python и ему подобных - учится быстро, особенно после пыха (нет, я про php).