Почему при вызове модального окна не правильно формируется адрес страницы?
Точно ответить на этот вопрос нельзя, потому что нет кода. Так посмотрите есть такая страница или нет, может в контроллере нет такой страницы или id с такой записью нет. Вариантов много, точно не могу сказать
У Вас неправильно сформирована ссылка/web/index.php?r=manual1/update?id=100
а нужно/web/index.php?r=manual1/update&id=100