Почему Sublime Text 3 не минифицирует JS с помощью плагина Minify?
Не занимайся ерундой и используй сборщики проектов: gulp, grunt и тд
В теории, в консоли саблайма должна быть написана ошибка. Minify под капотом использует uglifyjs и было бы проще использовать его напрямую.