Как правильно тюнить конфиги БД, распределять ресурсы?
Здесь по инструкции только под Postresql выделяется все 100% ОЗУ, такой конфиг подойдет разве что если на сервере будет только постгрес крутится и не более.
Именно так. Потому что вы читаете про highload. Под СУБД выделяется отдельный физический хост, плюс ещё парочка таких же под реплики. И уж явно не с механическим io. highload СУБД на HDD не бывает уже очень давно.
Проставьте оба конфига из расчёта 16гб памяти. Всё равно упрётесь в диски. Да и в CPU тоже упрётесь.
Если вы поставите shared_buffers в 25% ram, и innodb_buffer_pool_size в 80% - то у вас запустится банально только одна из баз. Ну или буфер перманентно в свопе будет, что в общем-то ещё хуже.
Кстати, надеюсь, вы по крайней мере проверяете смысл изменяемых настроек. Чтобы не было интересных сюрпризов вроде сделали всю базу на myisam, а крутите innodb_buffer_pool_size
начните с понимания сколько данных и в каких БД у Вас.  А то Вы начнете отдавать память Постгресу,  храня основные данные в Мускуле. 
у мускуля отдельная песня - движки. Вы пишите про  innodb - а в нем ли храните?
Короче, первый шаг это сбор статистики.