Вопрос к опытным верстальщикам от студента?
У преподавателя маркетинговая лапша на ушах от всяких авторов курсов по верстке.
Современный фронтенд (как и весь веб) строится из компонентов. Их можно написать самому и переиспользовать во всех проектах, или взять готовые, из бутстрапа в том числе.
Конкретно сетку стоит использовать во всех проектах, как скелет верстки, который работает во всех браузерах и не ломается.
На оценку забей, она ничего не значит.
Во-первых, хорошо бы у препода спросить как можно, если так нельзя. Похоже, вы получили оценку и ушли, а преподы нужны за тем, чтобы дергать их за бороду, выщипывая знания. Если что-то не понятно, нужно спрашивать.
Во-вторых, в каждой компании свой зоопарк, когда прижимают сроки люди могут и по страшнее финты ушами крутить.

Но все же я тоже против изменения исходников библиотек. Это очень-очень плохо в плане дальнейшей поддержки. 

Ты изменил брейкпоинты, сдал проект и забыл, а через месяц придется редактировать стили тебе или другому человеку. Кто подумает, что конкретно на этом проекте, прошлый верстак покопался в исходниках и что-то переписал.
Или выйдет обновление, кто-то обновит зависимости и все твои изменения пойдут в трубу, верстка поедет, а ты даже не поймешь почему. Вроде код правильный, а все не так.
Представь, если бы это было нормой, то на каждом проекте тебе нужно было бы лезть в каждую библиотеку и смотреть, не поменял ли кто стандартную реализацию на свою. Это ад.

Если все же изменил, делай это явно - назови по-другому, положи отдельно и везде оставь пометки.

Еще один момент, если тебе нужна была только сетка, то тащить весь бутстрап это тоже плохо. Нужно брать только необходимое - сетку. 

Вообще, верстка это основа фронтенда. Пока учишься, хорошо бы пробовать руками базовые технологии, а не брать готовое.