Как правильно идентифицировать запросы с любого сайта?
Никак, все можно подменить, разве что у вас будет соответствие сайт = айпи. По айпи можно идентифицировать, но они могут быть разные у одного сайта.
Невозможно, запросы можно отправлять вообще не "с сайта" (вернее, из браузера), а просто из программы, тогда пакет (запрос) может вообще ничем отличаться, можно лишь усложнить скрипт, обфусцировать, применить Flash и т.д., либо просто использовать API-токены вместо id сайтов.