Как через CSS скрыть ячейку с символом пробела?
никак, нужен либо класс для таких ячеек, либо через js находить такие и скрывать.
Только по номерам: например, скрыть 3-ю колонку:table { 
  empty-cells: hide; 
  border-collapse:collapse;
}
td:empty {
   display:none;
}
td:first-of-type + td + td {
   display:none;
}
Или убрать лишние колонки справа:table{
    border-collapse: collapse;
}

table tr td{
    padding: 10px;
    border: 1px solid #ccc;
    -webkit-box-sizing: border-box;
     -moz-box-sizing: border-box;
	box-sizing: border-box;
}

table tr td:nth-child(n+4){
    display: none;
}