Как посмотреть, что занимает место на диске linux?
Вероятно запущенные процессы удерживают открытыми дескрипторы уже удалённых файлов, что не позволяет освободить занятое место ФС.
Список дескрипторов и процессов можно получить например так:sudo lsof -a +L1
Пример строки от меня:COMMAND     PID   USER   FD   TYPE DEVICE   SIZE/OFF NLINK    NODE NAME
php       17455 melkij    4r   REG  254,1 1048576000     0 2624572 /home/melkij/tmpfile (deleted)
php процесс с pid 17455 удерживает deleted дескриптор файла размером в 1гб.
Далее адресно разбираться с процессами.
Если в GUI то: baobab