Что плохого и критично неприемлемого в Codeigniter?
что бесит в CI:
1. $this->loader->library("lib_name");
- подключение зависимостей происходит через лоадер, любая библиотека, является singliton объектом,это порождает некоторые проблемы в тех местах где нужны новые экземляры, а нужны синглитоны в 2% случаях
- автоподстоновка в IDE не работает
- отсутствие многослойности, мы можем get_instance()->loader->library("lib_name"); сделать в любом месте даже в классе ядра, что позволяет разрабатывать сильно связанный монолитный код
как нужно:
class Controller function __construct(LibName $lib_name){} - все
2. Класс к бд простой query builder, как ни крути в результате много дублирующего кода, - работа с массивами зло, когда строишь приложение и пишешь CRUD справочники например для админки, то придется писать прослойки - CRUD классы, а это тот же Repository, иногда нужно одни и те же модели отделять от слоя хранения а это уже datamapper, и вообще удобно использовать коллекции а не массивы данных получаемых из бд, если все вместе взять то тут и приходит необходимость использовать ORM который имеет под капотом все необходимое.
3. Логгер, ну не psr он, нельзя отказаться от хранилища в файлах и логировать в бд, или выводить на экран в консоль. После использования monolog, логгер CI выглядет убого
4. Миграции, если честно пробовал запускать, работают из браузера, а должны из консоли, можно создать консольные контроллеры с накаткой миграций, но тем не менее приходится много править в миграциях и коде когда меняется структура таблиц, например простейшая задача сменили название колонки, прошлись по коду сменили все использования этой колонки, создали миграцию, изменили модели, если проект большой сделать это не просто. В Propel2 ORM это делается в одном месте в xml конфиге и модели, миграции, перестраиваются одной командой.
5. тесты под капотом они убоги, просто так unit тесты не запустить нужно долго плясать с бубном.
6. Exception просто отсутствуют, работа с исключениями ведется через собственный механизм
7. PSR не используется
8. Работа с конфигами, они разделяются по папкам окружения, не кошерно, особенно когда все добро с доступом к бд комитят в гит, используйте .env
п.с. в новой версии знаю уже многие вещи будут исправлены но тем не менее проще собрать приложения на каркасе https://github.com/mmeyer724/Frameworkless
А чего вы так уцепились за CI, есть куча крутых микрофреймворков которые живы ( коммунити живо и пишет пакеты ).
silex.sensiolabs.org 
https://lumen.laravel.com/
https://www.slant.co/topics/2642/~php-microframeworks
вот тут еще списочек есть, берите любой из живых и будет вам счастье.