Как забэкапить линуксовый сервер?
«Взрослое» решение — это система управления конфигурациями, вроде Chef, Puppet, Ansible и др. Учитывая, что кроме собственно конфигурации Вам ничего бэкапить не надо (машина не хранит данных), то это почти идеальное решение.
Почти, потому что в некоторых случаях перекачать и записать на диск байт в байт сотню гигов может быть быстрее, чем скачать и установить сотню пакетов. Не говоря уже о нестандартном софте, который не пакетирован.
Снять образ диска через Acronis.