В чём принципиальная разница в использовании брандмауэра, встроенного в антивирус (например, Kaspersky Endpoint Security), и отдельного брандмауэра?
Ни в чем. Можно использовать несколько специализированных приложений, а можно - один комбайн.
Ни в чем. Просто это виндовый принцип - все свое ношу с собой.