На чем лучше написать веб-сервис с обработкой файлов/запросов?
а  какая  разница.  На чем  умеете  на  том и пишите
Один из вариантов, далеко не единственный. Воспринимать стоит только в ключе того, какие технологии чуть лучше подходят для взаимодействия с существующими скриптами.
Есть скрипты на php/python
Если скриптов на пыхе больше - на laravel (в целом, можно и другой фреймворк, но у лары, емнип, была поддержка фоновых задач из коробки) + flask для запуска питоновских скриптов (для фоновых задач - celery).
Если на питоне - основа на Django (так-же с celery для ФЗ), и чистый php для оставшихся скриптов (ну или какой-то легкий фреймворк (но я не особо в курсе, есть ли такие и насколько они сейчас "живые"))
В обоих случаях - обе части подключены к одной базе, а между собой общаются по restApi.