Можно ли вкладывать section в article и как правильно их использовать по отношению друг к другу?
В спецификации есть пример с применением section внутри article. И нигде не сказано, что section выше по приоритету.
Мне кажется, вы путаете валидность и семантику, потому что валидатор бы указал на недопустимость такого вложения, но он скажет, что всё хорошо. Вам кажется, что так просто несемантично, а тут вопрос всегда носит оттенок холивара.
Однако, в той же спецификации сказано, что внутри article не может быть main, что логично, ведь article по сути  — смысловые единицы. А вот у section такого ограничения нет, и рамки применения такого элемента широки. Возможно, вы сделали вывод на основании этого? Если так, то напрасно — будучи вложенным в article, section будет подчиняться правилам для контента article (не содержать main), и не более того.
А в остальном внутри обоих элементов допускается flow content.
быть в принципе может, и даже видна логика у автора - секцию коментариев можно понять, но разные подразделы статьи в разных секциях, которые в общем-то дивы...
да и с aside у автора свое хитрое мнение)