Как указать путь к файлу?
КонструкцияgetClass().getResource("/").getPath()
выдаст полный путь до файла текущего класса. Можете использовать что-то вродеpublic class Main {
	void run() {
		String testFilePath = getResourcePath("test");
		System.out.println(testFilePath);
	}

	String getResourcePath(String file) {
		return getClass().getResource("/").getPath() + "../resourses/" + file;
	}

	public static void main(String[] args) {
		new Main().run();
	}

}
Или сразу использоватьgetResourceAsStream()
Можно так:
в index.phpdefine ('RESOURSES', 'path/to/');
require_once(RESOURSES. "test.php");