Как отрезать лишнее в иллюстраторе?
Один из вариантов: выделить всё и нажать divide на панели Pathfinder (в русском "Обработка контуров"),
выделенные объекты разрежутся по всем взаимным пересечениям



Или можно сделать копию из черного объекта и использовать как маску (Clipping Mask) для всех объектов, тогда зеленые останутся целыми

UPD: Ответ artmertehin — оптимальней
Бинарными операциями.