Какую выбрать панель управления хостингом для VDS?
ISPmanager и берите. Относительно нормальные конфиги из коробки + их можно поправить так, чтобы потом ничего не потерлось/не потерялось. Будучи закрытой у всех в браузерах почти ничего не жрет (ну только на регулярные задачи вроде бэкапов). И, кстати, из коробки делает человеческие бэкапы. 
Бесплатных нормальных нет - в одной поддержки nginx'a нет, третья ставится только на лохматые дебианы, десятая с дырами вплоть до получения рута неавторизованному в панели пользователю. Впрочем, платные тем же страдают.
ISPmanager 5 отличный выбор, сам им пользуюсь на  digitalocean