Почему не создается символическая ссылка по относительному пути?
Относительный путь надо прописывать относительно самой ссылки (сорри за тавтологию), а не от текущей директории.
Например, ваша ссылка ./live/${domain}/cert.pem указывает на ./live/${domain}/archive/${domain}/cert${num}.pem
относительный путь должен быть относительно расположения ссылки, а не указывать на ./live/${domain}/archive/${domain}/cert${num}.pem, как у вас.

замените на ln -s ../../../archive/${domain}/cert${num}.pem ./live/${domain}/cert.pem

и т. д.