Чем сравнить файлы после перестановки строк?
Нет в дифах перемещений пересекающихся - только строки что удалились, изменились и добавились, git хранит две копии файла - до и после, нет там ни перемещений ни какой-либо ещё подобной информации.
Такие изменения мерждить нужно вручную в интерактивном режиме. Не получится автоматически.
Выгрузите файлы и сравните их Winmerge winmerge.org/?lang=ru - она бесплатная. Ею удобно файлы сравнивать. Дешево и сердито