Какую программу использовать для пакетной обработки изображений?
На мой взгляд FastStone Image Viewer самый лучший вариант. Пакетное преобразование имеется. Насчет 100к фото за раз судить не берусь, но обрабатывал без проблем 300+
А зачем Вам многопоточность? Какую операцию над картинкой Вы надеетесь эффективно распараллелить? Уверены, что это возможно? Если Вы имеете ввиду одновременную обработку нескольких картинок, то это немного другое. Просто запустите несколько экземпляров программы, каждый со своей кучкой файлов, а дальше пусть у ОС голова за параллельность болит. 
Ну а примеры программ уже назвали.