InnoDB — Транзакции уменьшают скорость выполнения запросов
Транзакции в InnoDB происходят в любом случае, просто когда Вы явно их не указываете, то запрос автоматически оборачивается в транзакцию (если установлен AUTOCOMMIT = 1, по умолчанию он обычно установлен).
Так что быстрее: 50 000 отдельных транзакций или одна?
Чтиво:Про autocommitПро InnoDB
Вроде всегда было известно, что вставить данные одним большим блоком всегда быстрее чем 10 тысяч раз вставлять что то.