А есть ли разница в какой программе разрабатывать приложение будь-то Eclipse, IntelliJ IDEA или Netbeans?
Конечно есть. Недавно на хабре была статья о производительности релизных сборок java программ, в зависимости от IDE. Вывод простой, чем дороже IDE (та же идея) - тем меньше бинарник и быстрее программа.  Так что если вы профессионал, а не любитель, вам придется раскошелится на инструмент. Поищите статью.
Если для android, то есть заточенная сборка на базе eclipse от гугла, ищите на офиц. сайте гугла-андроида.