Почему разрастается размер виртуального диска на Hyper-V?
Диск динамический поэтому автоматически увеличивает размер при записи.
Т.е гостевая ОС записала достаточно данных чтобы размер увеличился.
Какие еще могут быть причины? Это штатное поведение системы.
Mysql пишет данные в папку /var/lib/mysql , скачками увеличивая размер контейнера БД (файл ibdata1) до подходящего размера.
Я полагаю, что из-за использования динамического типа диска Hyper-V по достижению лимита дискового контейнера увеличивает его на некоторый размер, в зависимости от темпов прироста.
Так что согласен с АртемЪ насчёт штатного поведения (гипервизора).