Деплоить в production из VCS (система управления версий) это нормальная практика?
Самый лучший вариант деплоить из Continuous Integration сервера. Но, за неимением такового, чаще всего деплоят из VCS, основная проблема безопасности это хранение конфигов и ключей в VCS.
К сожалению не дам конкретного ответа на ваш вопрос, но лишь посоветую глянуть в эту сторону.