Почему внутренний контейнер не виден?
Если открыть раздел спецификации SVG посвящённый фигурам, то нетрудно будет увидеть, что среди элементов, которые могут являться контентом фигур, сами фигуры отсутствуют. Нельзя вкладывать одну фигуру в другую.
Тэг rect должен находиться на одном уровне с circle, тогда он появится.