Чем покрыть фототранзистор, чтобы он реагировал только на ИК-излучение?
Может, подойдет любая заглушка с ДУ-пульта? Есть такие, где светодиод не наружу торчит, а прикрыт стеклом затемненным.
Логические уровни от разных источников освещения будут разными - тут без АЦП не получится. 
Лаковые покрытия будут поглощать большую часть излучения - нужен светофильтр, в случае с единичным фотоэлементом это не целесообразно.