Как настроить свой VPN(L2TP) для определенных сайтов?
смотри route add : 
route –p add 192.168.1.2 mask 255.255.255.255 192.168.1.1
где 192.168.1.1 - gw твоего  VPN, а 192.168.1.2 - адрес сайта
Возможно, тем же способом, что и для любого другого вида впна - добавлением маршрутов до интересующих вас ресурсов.