Как восстановить сервер SuperMicro?
А нечего обновлять BIOS из под ОС. BIOS можно обновлять из под ОС только при наличии второй микросхемы биоса или программатора для прошивки в случае, если что-то пойдет не так. А в ОС что угодно может пойти не так в любой момент времени, не то, что во время обновления биоса. Обновляйте BIOS только средствами биоса, при их наличии, либо со специальной загрузочной флешки/диска. В данном случае вам следует либо сдать материнскую плату по гарантии в магазин/производителю либо обратиться в СЦ для перепрошивки.
Вот буквально только что наступил на подобные грабли. Делал то же самое, ситуация аналогичная, ничего не спасает. Аварийное восстановление BIOS тоже не спасает. Копался пару дней, но в итоге все решилось.

Решение: Перепрошивка BIOS на программаторе.