Как удалить комментарии из кода?
Вообще если код хорошо написан, то комментарии излишни. Ну а если в коде есть какая-то очень сложная логика, то тут без комментариев не обойтись (описать вкратце что делает каждый кусок этой сложной бизнес логики). 
А для защиты кода комментарии не имеют никакого смысла.
Если исходники лежат на Вашем сервере и доступны только Вам то не зачем волноваться. Но если Вы передаете исходники заказчику, а в нем содержится секретный код ядра вашей СуперCMS или подобное, то нужно обфусцировать код (такое взломать можно, но сложно). Но на моей памяти есть только 1 случай защиты кода (случай кстати не особо удачный).