Считаются ли процентные padding-и и margin-ы плохой практикой?
нет, там где это уместно.
исходя из моей практики я перешел от процентов к точным пикселям. 
пользуюсь процентами только тогда когда дан основной макет, а остальных ну просто нет, и нужно делать то что называется "на глаз" тут проценты выручают. 
в остальных случаях пишу пиксель в пиксель - меньше нервотрепки, все размеры точны, но делать дольше. зато у заказчик притензий к размерам не будет.