Выбор скриптового языка для проекта, песочница?
Вы рановато сдались. Например github.com/haypo/pysandbox
Ох сложная задача. Может быть вам стоит посотреть в сторону сервисно-ориентированной архитектуры приложения? А обменитьваться данными между сервисами как-то стандартно. А каждый из сервисов запустить в свой virtualenv.