Как EFI влияет на работу железа?
Очень влияет.
UEFI это не просто кусок какой-то прошивки в мелкой микрухе а вполне можно расценивать как вторую ОС, в нормальном режиме она берёт на себя большую часть инициализации оборудования, проверки ключей подписи прошивок в тех-же PCI устройствах и вообще дофига чего там может быть натыкано и зависит от фантазии разработчика МП.
Современное железо уже разрабатывается с учётом требований UEFI к железкам, старые девайсы соответственно не в курсе веяний моды да и врятли когда либо получат обновление прошивок для коректной работы, тут даже не жадность производителя старой железки и нежелание заморачиваться а вполне себе архитектурные заморочки.
На десктопных матерях как правило выбор только из UEFI/Legasy для всего скопом, в серверных, часто можно встретить конфигурацию совместимости для каждого устройства и даёт возможность отключить для девайса вмешаельство UEFI модулей в его работу. 
P.S. Не разбирался глубоко в вопросе "как заставить работать", просто нет такой необходимости.
Ответ на вопрос в моём случае таков: 
В режиме LEGACY "unknown" устройства получали "авансом" IRQ. При загрузке в режиме UEFI - соответственно, не получали. Посему, драйвер, реализованный как service, не видя IRQ гнал обращения куда-то в сторону NULL. 
Решение - инициализация устройства любым драйвером, дабы оно перестало быть "unknown" и получило прерывание. Затем, с ним работает универсальный драйвер-сервис, по низкому уровню, игнорируя назначенные  устройству в диспетчере "дрова".