Подойдёт ли такая конфигурация?
Для себя я решил бы задачу не посредственно на Esxi, хоть часть ДЦ и на Hyper-V :) (привет холиварам). 
Посмотрел бы по текущей пиковой нагрузке и если не превышает которая и 20%, конвертнул бы ее в реальном режиме на внешний бокс в этом сервере, и после когда предупредил пользователей остановил бы сервис 1с кластера и в MSSQL забэкапел бы базу.
Повесил ESXi  как и планируете, перенес с бы с бокса машинку, при атачил бы, развернул свежую базу и дал бы работу пользователям. А там остальные пляски с бубнами которые вам нужны. 
По хорошему знать что и как у вас с винтами? Оставляем стандартно, а вот базы (дата\девайс базы.) на другое раздел. 
Не ясно как подключаются к 1с кластеру? РДП или клиенты на раб. станциях. 
Тобишь в моем бы случае, в самом простом варианте это было бы RAID1 (2 винта) для ОС и для Raid 5 (3 винта) для остального. 
А Гарант файловый ему вообще до "облако" что творится :)
А почему ESXi , а не гипер-в?
Можно склонировать железный сервер в виртуальные и разделить задачи. Т.е. в первой виртуалке удалить гарант-сервер (без понятия, что это такое) оставив 1с, во второй удалив 1с и оставив гарант. На железном сервере удалить все, кроме гипер-в. Имхо это самый безболезненный способ.