Тонкие места в сети
ИМХО, надо смотреть на:
1. Рабочие станции: автозагрузка, службы, актуальность обновлений, наличие антивируса и обновлений его баз.
2. Сервера: общие папки, расшаренные принтеры. Раз нет домена, то настройки рабочих групп на компьютерах юзеров.
3. Сетевая инфраструктура: свитчи, топология, роутер, настройки firewall, dmz если нужно, каналы в интернет, правила маршрутизации.
4. Бухгалтерия :-) Отдельным пунктом, т.к. нужно проверить: банк-клиенты, 1С (часто бывает расшарена на несколько бухов), всякие системы подачи отчетности и их ключи и сертификаты.
5. Документация. Карта топологии сети, функциональная схема.
Вроде бы всё, что пришло на ум…
для того чтобы знать слабые места, нужно знать нормальное состояние работы всего 

систему мониторинга (zabbix) поставьте/проверьте с уведомлениями на электропочту:
 — оборудование, 
 — сервера, 
 — температуру, 
 — сеть, 
 — почта/спам,
 — упсы и т.д.

накопите данные на пару дней, нарисуйте топологию, предложите оптимизации
PROFIT!