Можно ли в CentOS добавлять репозитории вручную?
Конечно, можно. 

/etc/yum.repos.d - сюда кладутся файлы описания репы
/etc/pki/rpm-gpg - сюда ключи

на сайте epel например можно найти инструкцию по установке репы и даже готовый rpm-пакет
Установка из репозитория
Всё там есть.