Как автоматически менять статус задачи при поступлении новой задачи с похожим описанием?
Кажется что правильнее делать 1 задачу на аварию, точнее у нас так и сделано.
Заббикс шлёт web-hook 
Listener в ScriptRunner принимает вебхук и запускает обработку
1) если заявки с такой темой нет - делаем новую заявку
2) если заявка есть - добавляем коммент в существую и меняем статус на решена

без плагина ScriptRunner можно попробовать через AutoMation
SR не нужен, как и не нужен кастомный эндпоинт. Все можно настроить непосредственно на Заббиксе и на появление ивента и на его решение. И небольшим скриптом дергать перевод задачи в необходимый статус. EventID всегда уникальный, поэтому достаточно записать его в кастомфилд и по нему находить задачу. 
Тут поподробнее про отправку хуков из заббикса в джиру. А тут про recovery.