Вопрос по поводу трудового договора и размера оплаты.?
Автор, это чревато для тебя тем, что твоя зарплата это тот оклад, который указан в договоре. 
На него распространяются все обязанности работодателя согласно трудовому законодательству - вовремя платить его, выплатить 3хкратный размер при увольнении по сокращению, выплатить задолженность по з/п и прочее. 
Остальное - премия, которую тебе вообще платить не обязаны.
Будь осторожен с таким работодателем, в один прекрасный момент он может тебе сказать - "У меня нет денег тебе заплатить"
Сходи в местную трудовую инспекцию, не называй имена и фамилии просто проконсультируйся, что может быть и как себя обезопасить от проблем.
Многие пишут в ответах "нормально", "обычное дело" и тд. Зарплата в конверте это не нормально, это распространено, но это не нормально.