Как правильно подключать make-файл из одной директории к make-файлу из другой?
При включении с помощью include так и делают, т.к. для включенного makefile текущим каталогом будет каталог откуда вызван первичный makefile, а отсюда файлы в подкаталоге доступны только с указанием пути. include же по сути просто вставляет текст одного файла в другой и все.
Другой вариант - не использовать include, а запускать make рекурсивно для каждого подкаталога с переходом в этот подкаталог (вроде ключ -с в make).
зачем с помощью инклуда в Makefile_a указывать путь к Makefile_aa, и во втором указывать тоже путь к файлам как будто это делаеться из Makefile_a?
затем, что нет никакой магии в подключении одного Makefile в другой, это просто текстовая подстановка, точно такая же, как если ты физически перенесёшь текст второго Makefile в то место первого где написан include.