Как разделять версии API REST?
версионирование апи и падение приложения - вещи ваще никак не связанные.
ну окей, разнесете версии по отдельным приложениям и получится что при падении vX вроде как хорошо что будет работать vY. однако клиенты, использующие vX в это время будут сосать и им будет глубоко насрать на рабочий vY.
поэтому думать надо не над тем каким образом версионировать (оба подхода хороши, все зависит от задачи/потребности), а над тем как сделать, чтоб приложение не падало или быстро и автоматически само поднималось.
Сделайте 2 приложения, 3...n. Вообще смотрите с сторону микросервисов. Если нужно сделать отказоустойчивое приложение.