Почему получаю SQLSTATE[HY000] [2002] Connection refused, а миграции при этом с БД работают?
Правильный ответ
Пришлось сделать ДВА(!) конфига . Отдельно для консоли и для остального приложения. Разница в 
dsn.
Для консоли 
'dsn' => 'mysql:host=127.0.0.1;dbname=project',
Для остального приложения 
'dsn' => 'mysql:host=mysql;dbname=project',
потому что у консольной команды и у сайта различные конфиги и коннекты. Ищите проблему в конфигах yii.