Как отсортировать список с городами?
Как вариант:
first_cities = ['Москва', 'Санкт-Петербург']
first_plus_sorted_cities = first_cities + sorted(city for city in all_cities if city not in first_cities)
Странный вопрос - сортируете свой список, потом нужные города переносите в его начало. Тем более, что операция делается один раз и список короткий. 
Если очень длинный список - сначала удаляете нужные города, сортируете остаток, потом добавляете отброшенные города в его начало. 
В чем проблема?