Чем в php можно быстро разобрать большой xls файл?
xls -> csv, а дальше или в массив

Или сразу в mysql: 

load data local infile 'c:\input.csv' into table people character set utf8 fields terminated by ';' enclosed by '"' lines terminated by '\r\n' (id, first_name, last_name, passport_number);

Второй вариант предпочтительнее, а дальше там с mysql таблицей проще будет.
Можно попробовать экспортировать xls в mysql просто делается, а потом обращение в БД дергать PHP все, что душа пожелает.