Как закоммитить файлы подпапок в Git?
Это удивительно, потому что вообще-то git не умеет коммитить пустые каталоги. Там должен быть хотя бы один файл. 
Если вы хотите закоммитить вообще все  - сделаейте git add . (обратите внимание на точку) перед git commit.
И убедитесь что ваш .gitignore не заставляет git игнорировать новые файлы.
git add --all если влоб