Git. Вытянуть из репозитория конкретный файл
вы имеете ввиду git checkout path/to/file?

Есть локальный репозитарий, удалил файлик index.html
затем 
git checkout index.html 
файлик восстановился
есть локальный репозиторий. В нём поправили руками и не закоммитили\удалили\иным образом испортили файл. При попытке сделать git pull возникает конфликт. Всё? Жизнь кончена? Нужно заново клонировать репозиторий?
Возможно, вам поможет аргумент -f при запуске команды.
Например,
git pull -f
или
git push -f