Какую программу использовать для защиты данных на USB-флешке «на лету»?
Искал аналогичное решение долго. Нашел и использую вот это :
www.kingston.com/ru/usb/encrypted_security#dtvp30
market.yandex.ru/model.xml?modelid=3958794&hid=288003
Обязательно, чтобы модель была с приставкой "Vault Privacy Edition".
В момент подключения появляется 2 устройства : 
1) read-only диск с программой, которая умеет запрашивать пароль и передавать его в контроллер аппаратного шифрования;
2) собственно диск с данными, которые становятся открытыми только после правильного пароля.
НЕ требует прав администратора на ПК, поэтому подходит для любого интернет-кафе и т.п.
Лучшего решения я не нашел.
Советую попробовать аппаратные решения, тут производитель, а тут обзор с хабра.
У самого 16гб версия, удобно, пароль вводить приходится даже тогда когда к телеку подключаешь.