Проседает сеть от небольших нагрузок?
C чего вы взяли, что проседает именно сеть? Попробуйте параллельно со стресс-тестом (на полную) пинговать сервер. Если под нагрузкой пинги идут стабильно, значит с сетью все в порядке. А апач может иметь 100 причин, почему он тормозит. 

Посомтрите вывод top под нагрузкой для начала, сколько времени сидит в ядре, какие процессы вверху, как используется свап.
поставьте какую нибудь систему мониторинга сервера, например munin, cacti, zabbix и тд по графикам можно будет видеть каких ресурсов не хватает.
вы ничего не написали про ПО на сервере. У вас там apache крутится? Периодические провалы могут быть связаны с MaxRequestsPerChild — например…