Как удалить папку в Github именно с сайта, а не через git?
только один способ - удалить все файлы в папке.
способ так себе по удобству, поэтому проще установить любой git-клиент.
Нажимаешь в папке которую нужно удалить в  правом верхнем углу на три точки и после delete directory.Удаляет только нужную папку. Да я проверял. Сам зашел чтобы найти ответ потом нашел его самостоятельно и решил поделиться. Парень сверху пиздит) Шутка. Нормальный тип