Выбор оптимального дистрибутива для Code_aster, Octave, Scilab?
С базовыми знаниями линукса при компиляции Gentoo вы можете не только не получить заметный прирост, но и наоборот. 10-15% — это на самом деле очень оптимистично даже для людей с опытом. Более реальный показатель не выше 10% в зависимости от задач.
Лучше сейчас поставьте CAElinux и начинайте изучать Gentoo. Пока CAElinux станет неактуальным, вы уже будете иметь далеко не базовые знания и сделаете всё, что нужно, так, как вам это будет нужно.
Точную ссылку дать ленюсь (и да поможет Вам гугл), но пару лет назад проводились сравнительные испытания свободных дистрибутивов под высоконагруженные научные вычисления. Самым быстрым был признан CentOs (кстати на нем базируется ваш CAElinix). Поскольку я сам занимаюсь расчетом технологических процессов, я отмечаю такие вещи. Думаю Вам в приоритете гораздо выгоднее изучать технологии организаций параллельных вычислений, судя по компьютеру например  CUDA NVidia как раз для Вас. Это и прирост в производительности даст гораздо больший, да и знания эти менее подвержены устареванию и гораздо ближе к Вашему осноному профилю. 
Что же касается компиляции, то собрать "под себя" из исходников можно любой дистрибутив, просто генту возвела этот принцип в ранг центральной идеи.  З.Ы. если интересно, сам использую основанные на дебиане дистрибутивы, но это просто привычка, а "ловить мух" в процентах скорости для меня не так важно.