Как правильно спроектировать приложение?
1) https://ru.wikipedia.org/wiki/Model-View-Controller
2) Мне кажется Вам будет полезней посмотреть какой нибудь нормальный фреймворк типа Yii2.
WordPress это просто классический образчик говнокода.
Как уже раньше порекомендовали, вам необходимо понять и применять шаблоны проектирования. Пару книг для ознакомления, которые точно помогут www.ozon.ru/context/detail/id/5648968 и www.ozon.ru/context/detail/id/2457392/. 
Также установите и поюзайте какой-нибудь фреймворк Yii или Laravel например.