Стоит ли использовать Unity для GUI приложения?
Я бы не советовал. Вам придется делать свою реализацию UI (речь именно про визуал), но вы при этом теряете поддержку всего системного, типа того же MaterialDesign. 
Ну и вес приложения )
На QML иногда делают игры и мультимедийные системы автомобилей — с анимациями там всё хорошо, ничего не тормозит, и из коробки есть библиотека компонентов UI с поддержкой материал дизайна.