Что делать с этой ошибкой при добавлении сертификата pfx?
Нельзя использовать этот сертификат для CA. 
Почему? - СА занимается выпуском сертификатов, а этот сертификат не может быть использован для выпуска других сертификатов.
Хех, я так пронял, Вы схитропопить решили и подсунуть в CA обычный сертификат от комода, в расчете на то, что примет и можно будет выпускать сертификаты, в итоге подписанные комодом? 
Не, так не пойдет. Сертификаты CA - имеют специальную пометочку "я CA", которую комод Вам никогда не поставит. 
Вам нужно свой сертификат сгенерить, но он разумеется будет валидным только внутри Вашей конторы и то при условии распространения его политиками.