Где прописывать свои функции при работе с Windows Forms?
Пишите в Form1.cs
Тоже хотелось бы понимать как правильно структурировать код приложения, на текущий момент я тоже прописываю весь свой код в класс формы, но хотелось бы понимать куда его правильно прописывать при создании приложений в WinForms. Т.к приложение уже становится совсем большим, ориентироваться в классе формы становится все сложнее и сложнее.  Увидеть бы на примере структуру достаточно большого приложения в виде скрина обозревателя решений типа этого, но правильное 
Автору вопроса такой скрин тоже думаю дал бы понятный ответ.