Как организовать выполнение скрипта (AJAX) только когда есть обновление в базе данных?
Никак. Придётся основательно переделать вашу систему, чтобы не клиент ajax'ом поллил сервер, а сервер отправлял клиенту новые данные по websocket'у.
веб-сокеты позволяют избежать повторных запросов AJAX