Можно ли подключить ИК диод к аудиовыходу телефона?
Теоретически 2 байта можно и без дополнительных диодов переслать: миганием экрана телефона. На принимающем телефоне соответственно камеру задействовать.
Для передачи данных можно. 

В проектах «пультов для бытовой техники из смартфонов» используются 2 ИК светодиода включенные в разной полярности, для обеспечения нужной частоты:
http://rtfms.com/episode-4-turn-your-iphoneandroid-mac-pc-player-etc-into-a-universal-remote.htm

Для приема наверно тоже возможно использовать микрофонный вход, но на готовые решения не натыкался.