Откуда берутся пустые табуляции при любом изменении файла?
На твоём скрине я вижу обратное. Не появляются, а наоборот исчезают. И не табуляции, а пробелы.
По умолчанию в редакторах JetBrains удаляются лишние пробелы (trailing spaces) только в изменённых строках. Проверь это у себя в настройках редактора вот тут Editor / General / On Save


Но, по хорошему, надо эти косяки в коде везде поправить.
Так может они там действительно есть?

Шторм при сохранении изменений в файлах удаляет лишние табуляции и пробелы в конце строк.