Как восстановить удаленные файлы после существенных изменений с помощью git?
Делаете git reset HEAD~1, где 1 это количество коммитов в которых были удалены файлы. Потом аккуратно убираете удаленные файлы из staging area и пушите все изменения на место.
Сначала находите коммит, в котором файлы еще есть (в вашем случае можно использовать, upstream/master). Затем:
1. Визуализируете список измененных файлов (grep'ом фильтруем только удаленные)
2. Восстанавливаете нужные файлы из коммита
Далее делаете новый коммит, пушите в репозитарий и т.п.git diff --name-status upstream/master | grep ^D
git checkout upstream/master <path/to/the/deleted/file>