Как настроить cron для запуска php скрипта?
$_SERVER['DOCUMENT_ROOT']:

* при запуске через крон/консоль (cli) - пустая
* при запуске через веб сервер - содержит путь к корневой директории сервера (видимо в Вашем случае это /usr/bin/php /var/www/user/data/www/domain/)
* подробнее тут

Для получения текущей директории можно использовать:

*  __DIR__ - возвращает путь к текущему файлу (скрипту)
* getcwd() - возвращает текущую рабочую директорию
* подробнее о разнице между способами тут
Используйте __DIR__ для получения текущего каталога..и относительно него подключайте скрипты при запуске из командной строки...