Не работает команда system в php?
sudo в любом случае запрашивает пароль.
Никогда таким образом нельзя выполнять команды под рутом. Распределяйте права по группам и будет вам Щастье.
Ну и, php.ini еще может блокировать system() и exec()
Либо сам php блочит эту команду (в настройках где-то должно быть), либо сервер.