Стоит-ли сейчас начать изучать программирование под fpga?
Да, стоит. Это не золотой век FPGA, однако они будут востребованы всегда. 
Пользуясь случаем, хочу поделиться интересной игрой, которая прямого отношения к FPGA не имеет, но может стимулировать интерес в этом направлении)
FPGA - это ближе не к программрованию, а к схемотехнике. Вы фактически рисуете схему, но не с помощью линий и символов (хотя так тоже можно), а с помощью Verilog/VHDL кода.  Изучайте, лишним не будет. Специалист по ПЛИС востребован не так часто, как С++-ник, но востребован.