Куда пропало свободное место?
Аккурат заметка по теме: Как правильно измерить занятое место на диске и на...
Запустите для начала проверку диска на ошибки (вкладка "Сервис"), возможно, просто неправильно распределено место. Такое иногда бывает. 
И вероятнее всего не учитывается файл подкачки, точки восстановления и еще чего нибудь системного скрытого от глаз пользователя. Попробуйте удалить точки восстановления и посмотрите на разницу в свойствах еще раз.