Где хранить классы в PHP MVC?
Судя по последним вопросам вы решили создать проект по концепции MVC, не зная MVC :)
Почитайте про неё, хотя бы.
Можно, например, тут. Или посмотрите структуру какого-нибудь MVC-фреймворка (Yii, Laravel, ...).
Скачайте какой-нибудь фреймворк, к примеру Yii или Laravel и посмотрите  как там все устроенно!