Правильная реализация с точки зрения правильности под сео?
Главная проблема для seo это кириллица и домен рф.
По поводу вариантов:
2 лучше для выдачи в конкретном городе, при правильном SEO
1 и 3 для поисковых ботов равнозначные, но на дворе 21 век, ЧПУ смориться лучше
Чето три вопроса подряд на одну тематику. Вы бы хоть поискали что-ли, перед постингом. 
Только что отвечал на подобный вопрос. Скопирую. 
Мы делаем для крупных проектов, где много городов - все же именно поддомены разные (gorod.site.ru). Потому что продвинуть проект по всей России - долгое и дорогое удовольствие, ибо региональная выдача всеже выше. Для поддомена в Я.ВМ ставится регион и сайт становится региональным. А продвинуть kemerovo.potolki.ru в г.Кемерово проще, чем potolki.ru во всей стране, по запросу "натяжные потолки". Контент - да, должен отличаться. Но зачастую достаточно отличия только в городе. Т.е. скрипты сами подписывают "натяжные потолки в {городе}" и тайтлах, дескрипшенах, текстах, h1.
По домену только одно могу сказать - для сео почти без разницы, но во многих сервисах с англоязычным работать проще, а в некоторых русскоязычные до сих пор коряво работают. Мы делаем обычно и такой, и такой, при этом .рф редиректится на .ru. 
В некоторых случаях у нас кучу траблов вызывает правильное распределения контента по поддоменам. Например, в роботсах куча правил, чтобы информационные страницы (о компании, помощь, реклама, инвесторам) и статьи всякие (полезные статьи, блог, новости (если они о проекте, без привязки к городам)) - их выносим на основной домен и запрещаем к индексации на поддоменах. Продаваемый контент (услуги, объявления, товары и т.д.), соответственно, наоборот. 
Еще бывают заморочки - какой урл отдать пользователю, если он, будучи на msk.site.ru по какой-то причине открывает объявления из spb.site.ru. Ну там не то чтобы сложно - просто нужно не забыть это все учесть.