Перенос сервера на виртуальную машину, как лучше?
В вашем случае лучший способ -- это развернуть виртуальную машину, установить туда ОС и нужный софт, а потом перенести данные с физической машины. В противном случае возможны весьма разнообразные артефакты. Как в процессе переноса, так и в последующей работе такой виртуалки.
Ищи в интернетах про P2V (Physical to Virtual).