Как определить пакеты, не попавшие в package.json?
Гит тут не причем. Смотрите на что ругается npm при сборке и добавляйте в package.json.
Вопрос не в Git. 
NPM устанавливает пакеты, которые указаны в package.json. 
Соответственно, Вам нужно выявить пакеты, которых нет в конфиге и установить их заново в флагом -S или --save. 
Или прописать их вручную в том же файле.