Как узнать какая часть PHP кода нагружает CPU на сервере?
Гуглите "PHP профилирование"
XDebug, XHprof, Blackfire ...
А так же "нагрузочное тестирование"
jmeter ...
Для быстрой проверки коротких сценариев: делаем замеры, вырезаем кусок, повторяем замеры.
предлагаю суперэлементарный вариант.
в начале скрипта разместите $start = microtime(true);
а по коду раскидайте printf(microtime(true) - $start);