Как сделать такое плавное меню при скролле?
если ты для этого ищешь плагин, то думаю даже если я скажу, что там вся плавность только через transition сделана - тебе же это ничего не даст? в общем иди учи js.
На основное меню (.topMenu) фигачишь стили, типа такие:
    z-index: 990;
    position: fixed;
    top: 0;
    width: 100%;
    background-color: inherit;
    background-image: inherit;
Затем скрипт<script type="text/javascript">
    $(window).scroll(function() {    
    var scroll = $(window).scrollTop();

    if (scroll >= 100) {
        $(".topMenu").addClass("darkHeader");
    } else {
        $(".topMenu").removeClass("darkHeader");
    }
});
</script>
И в классе darkHeader прописываешь уже другие стили (background и т.д.)