При смене версий PHP вырастает нагрузка на диск, что делать?
Проанализируйте, что же именно делает в это время mysql, хотя бы запустив mytop, и посмотрев explain частых и долгих запросов. 
У вас может просто отсутствовать какой-нибудь нужный индекс в таблице, или неудачно какой-то запрос составлен, и используется активно full scan или file sort.
MrKMV34 
Для  ~300 rps много ресурсов расходуется.
Попробуйте поставить на сервер Blackfire.io или XHProf.
Думаю узнаете много интересного о причине нагрузки высокой.
"БД нагрузка ~400prs select" - это вообще не о чем, если только конечно это не супер тяжелые запросы с INNER JOIN на 10 таблиц.
После этого есть смысл запустить https://github.com/major/MySQLTuner-perl и посмотреть рекомендации.