Управление win приложением средствами PHP
RTFM MSDN :)

FindWindow/PostMessage (WinAPI)

Далее — любым способом приделываем к ПХП: либо расширением, либо просто отдельным приложением с нтерфейсом на stdin/out (пхп его запускает и передает необходимые данные/команды).
написать модуль расширения.