Symfony 4 — Best Practices for Reusable Bundles в чём смысл, и как всё таки создать bundle?
Очевидно вы имеете в виду вот эту статью в документации Symfony. 
Если прочитать текст более внимательно - то там не сказано что bundles теперь запрещены или не приветствуются. Речь идёт о том что bundles стоит использовать в том случае если вы хотите оформить часть своего кода в отдельный package который можно использовать и в других проектах. Основное же приложение теперь не стоит оформлять в виде bundle, а можно писать напрямую. Предлагается не складывать в /src кучу разных bundles, а иметь один общий код приложения, зависимый только от внешних packages (пусть даже написанных вами) которые устанавливаются через Composer.
Т.е. к примеру структура кода подобная Sylius теперь не считается хорошей практикой.
Думаю что одна из причин такого изменения - переход на Symfony Flex и автоматизированную поддержку регистрации / конфигурации bundles через recipes.
делайте стейтлесс бандлы и подключайчайте через композер как вендор
тема в целом глубже, но вы все также можете держать часть логики портируемой прямо в src (на уровне папок/неймспейсов), просто зачастую там быстро нибираются левые зависимости и чтобы самим себе не льстить, не стоит это называть бандлом (отсюда и bundle-less подход появился)