Серверная часть под Bootstrap?
у вас какая-то каша в голове...  Как вообще связан этот набор для бострапа и серверная часть?
JS и jqueryВообще, JS и JQuery, это изначально всё-таки клиентская часть. И хоть они и могут использоваться на сервере, это скорее побочный эффект, чем изначальная задумка. Особенно это касается JQuery.
Из личного опыта, могу посоветовать посмотреть на CodeIgniter, как на первый PHP-фреймворк, среди прочих его достоинств - у него есть документация на русском. Так же, можете посмотреть в моём профиле самые популярные ответы (написанные мной), там есть пару абзацев, относительно выбора PHP-фреймворка.
Ну и, для начала Вам было бы неплохо ознакомиться хотя бы с самыми популярными вариациями языков программирования и выбрать тот, который Вам нравиться больше. В частности рекомендую обратить внимание на PHP, Ruby, Python (и другими, по вкусу), на всех них можно делать "серверную часть".