Как не прерывая работу скрипта отдать ответ запрос?
Разделять получение данных и их обработку.
Первый скрипт получает данные, заносит их в очередь обработки и отвечает OK.
Второй скрипт (демон) получает данные из очереди и обрабатывает их хоть полчаса.
Например AMQP или сохранять ответ и запускать какой-то обработчик в фоне