Как увеличить производительность php на сервере?
попробуйте написать на C++ откомпилить назвать script.cgi и не нагружать сервер лишними процессами.
пусть готовая программа работает а не ваш скриптовый код
Раз уж вы выполняете задания в фоне, то имеет смысл делать это идиоматично.
Для PHP c помощью Gearman: gearman.org 
PS:
PHP предоставляет огромное эпических масштабов поле для своей оптимизации. Поэтому я не буду пытаться описать даже просто направления в этом поле.