Зачем содержимое сайта размещают в div.container?
По порядку: 
Вы говорите про класс class="container", а в пример приводите id="container", это не одно и то же, селектор body - общий селектор, всей страницы, если вам понадобится ограничить ширину вашего сайта, вы можете ограничить body, это так же как и ограничить ширину по селектору html, это очень плохая практика и не везде это работает, а container это уже содержимое вашей страницы, его легко можно ограничить по ширине внутри body, вы можете называть его по другому - main, wrap, site, в популярных css фреймворках, например container часто используется, как функциональная (с контентом) часть сайта, в общем это хороший тон.
А этот bodyглючит когда на него стили вешаешь, помню была у меня такая проблема.