Можно ли обойтись без winbox для mikrotik?
Не знаю о таких настройках, которые можно сделать только через winbox. Мне никогда не требовался winbox (но чего-то навороченного на домашнем микротике я и не делал). С другой стороны, я раньше знал, что winbox нормально запускается на Линуксе, и вот прямо сейчас ещё раз проверил. Мгновенно запускается через wine.

Нет. Все правится через терминал. Некоторые вещи через него делать удобнее, чем через терминал. А некоторые - нет. 
В wine winbox работает практически без замечаний (хотя иногда крашится на отображении окна Files)