Как удалить Python 3.9.5 из Windows 10?
Ну так не надо удалять руками папку питона. Дайте полностью отработать анинсталлеру.

А вообще - почистите PATH системный
Как было сказанно выше лучше удалять стандартными методами.
Конкретно по теме могу посоветовать использовать стороннюю утилиту для деинсталяции (Uninstall Tool к прмимеру) и воспользоватся функцией "принудительное удаление", которая должна почистить остатки.