Какой протокол выбрать POP3 или IMAP?
Однозначно IMAP, и тот же Thunderbird позволяет настроить время хранения писем в папках. Раз почту не предполагается использовать как архив переписки, можно настроить удаление всех писем старше пары месяцев.
Хотя, положа руку на сердце, если это коммерческая переписка, оплата дополнительных гигабайт - смешные копейки по сравнению с ценностью архива.
У POP3 есть настройка "Сохранять почту на сервере" столько-то дней. Выключите её.