Как обновить gitlab на CentOS 8?
все просто.  вот тут развернуто объяснено https://it-tut.ru/centos-8-no-urls-in-mirrorlist/
вкратце так
sed -i 's/mirrorlist/#mirrorlist/g' /etc/yum.repos.d/CentOS-*
sed -i 's|#baseurl=http://mirror.centos.org|baseurl=http://vault.centos.org|g' /etc/yum.repos.d/CentOS-*
Как вариант можно сделать резервную копию штатными средствами, затем запустить GitLab той же версии в Docker контейнере и восстановить резервную копию. А потом последовательно обновить до свежей версии меняя тег образа.
В таком случае dependency hell не грозить, да и перетащить контейнер с сервера на сервер можно за считаные минуты в случае чего.