Как писать большие проекты?
Разбивать на мелкие задачи.Я вот недооценивал данный метод,но это самое эффективное что может быть при работе с задачей в которой много зависимостей.Еще можно нарисовать схему зависимостей на доске\графическом редакторе.
Использовать хорошие сборщики, которые сразу предлагают хорошую файловую структуру: TARS Хорошо задокументирован, есть статьи на Хабре!