Куда идти: сертификация по .Net или Java?
Вы для начала определитесь, для чего Вам нужна эта сертификация. На данный момент, как я понимаю, с поиском работы проблем из-за этого у Вас нет, пишете и на том, и на другом. Если просто, чтоб подкачать самооценку — так сертифицируйтесь по всему подряд, если предполагаете работать в конкретной области целенаправленно и глубоко — то тут тоже понятно, что сертифицироваться надо по выбранному направлению. А если Вы еще мечетесь туда-сюда, то просто стоит поработать и подождать, пока ответ сам не появится на горизонте.
Наличие сертификата дает преимущество как при найме на работу, так и при определении з.п. специалиста. Согласно отчету hh.ru средняя з.п. сертифицированных специалистов на 30% больше, чем у их не сертифицированных коллег. 
По поводу выбора между  .Net или Java я также рекомендовал бы второе. В помощь по подготовке к сертификации могу предложить материалы сайта itexams.ru - здесь вы найдете все необходимое для вашей сертификации