Как мержить ветку с игнорированием одного коммита?
Если вам этот коммит не нужен - что он вообще делает в репозитории и зачем его было мержить?
Ну делаешь себе ветку и в нее cherrypick все коммиты, какие хочется (можно не делать ветку, а в условно dev ветку счерипикать все нужные коммиты)

так стоп...перечитал еще раз внимательно.
Зачем у вас файлы environment-специфичной конфигурации вообще лежат в общем репозитории с кодом? Наймите себе девопса чтоль.
приложение может разворачиваться под разной версией одного файла у каждого, чья ветка 3,4,5... 
Т.е. это, по сути, конфигурационный файл и он не должен присутствовать в репозитории.

удалить этот коммит из удаленного репозитория и просто не пушить его в дальнейшем, добавив в гит-игнор
Думаю, наилучший вариант. Не следует пушить то, что потом будет мешать сливаться с основной веткой. Удалять коммит из удаленного репозитория не всегда лучший способ, предпочтительнее сделать Revert коммита с пометкой почему он убирается.