Как лучше организовать электронную библиотеку?
 >500000
Можете использовать ext4 или почти любую современную файловую систему.
Главное предупреждение: Даже не пытайтесь сложить все это в одни каталог! Последствия могут оказаться печальными. Вплоть до того, что вы даже не сможете удалить из мега-каталога что-то без полного форматирования ФС. Сходу не найду ссылки, но были прецеденты печальных историй.
Лучше разбить коллекцию на 1000 каталогов по 1000 файлов.
Василий, а вы хотите свое решение? Почему существующие не глянете, например MyHomeLib?