Влияет ли такая архитектура бэкенда на скорость приложения?
1. Кто сказал, что уникальный идентификатор должен называться именно id (удобно конечно, но не обязательно). Я лично приверженец иметь именно id и обязательно с автоинкрементом, но это для mysql отлично. Что там у Вас - мы и видимо Вы не знаете.
2. Кто Вам сказал, что id не используется? То что оно не попадает в json, который Вы получаете еще ничего не говорит.Как вы считаете это нормально? В чем плюсы или минусы? Может ли из-за этого подтормаживать?
Эти вопросы не могут иметь ответа при данном "обилии" информации. Надо понимать как реально и в чем хранятся данные.
Тормозить фронт от отсутствия ID не будет... Но другой вопрос. Это опечатка?
{ Vasya:  { age: 30, married: true }, Petya: {}, .....
Или почему передается массив, как объект?