Как осуществить проверку целостности(контрольные суммы) файлов при загрузке Linux?
См. ответ nexthop 
ИлиСоставьте список файлов и их контрольных сумм.Напишите скрипт, который, используя md5sum выполняет по этому списку сверку контрольных суммВ случае несовпадения сумм - оповещение администратору и halt сервераСтартовать скрипт при запуске сервера
rsync умеет после загрузки проверять checksum, например. В чём сложность?