Что означает Pixels Per Unit?
100 пикселей на единицу будет означать, что спрайт, который будет равен 100 пикселям, будет равен 1 единице сцены. Это просто шкала, показывающая, сколько пикселей равно одной единице. Это может повлиять на такие вещи, как физика. Установка меньшего количества пикселей для единиц потребует больше усилий для перемещения на одну единицу, чем установка более высоких пикселей для единиц.

Да, могут быть моменты, когда вы захотите манипулировать пикселями на единицу. Если у вас есть лист плитки размером 16x16 плиток, вы можете подумать о том, чтобы установить количество пикселей на единицу равным 16, чтобы, например, вы могли легко соединять плитки вместе в сцене.
У вас в мире есть куб размером 1 юнит на 1 юнит и на 1 юнит. Если на него натянуть спрайт, то на одну грань влезет только 100 пикселей.