Если нужно выключить основной DC оставив дополнительный DC включенным, какие подводные камни могут ждать?
Передать роли FSMO с выключаемого контроллера домена...
сначала обслужи второй, потом перенеси на него роли и делай с первым что хочешь.  в чем проблема?