Как установить let's encrypt сертификат в docker совместно с nginx и certbot?
Проблема в неправильном выборе инструмента. Для решения этой задачи гораздо лучше подходит Traefik: он умеет динамически подхватывать контейнеры, которым необходим доступ извне, автоматически получать let's encrypt сертификаты, роутить запросы на основании имени домена / пути, и выступать в качестве load balancer-а. Настраивается гораздо проще, чем Nginx: вся конфигурация - несколько строк.
Вы используете nginx как прокси, просто возьмите компаньона. 
https://m.habr.com/ru/post/445448/ советую к прочтению.