Zend Cache и как быть с большим количеством файлов кэша?
Да вы правы дайте мемкеша ему, смените файловую систему, кешируйте не все подряд, а только популярное.
Я, так понимаю, что вся проблема в винте, точнее в скорости чтения?
В принципе, на том сервере еще сайтов 5-6.