Как грамотнее писать вспомогательный класс для работы с БД в MVC?
Обработка ошибок? Не, не слышал.
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9E%D0%B1%D1%80%D...
Ходят слухи, что всякие die и exit вообще нигде нельзя писать, т.к. это прерывает нормальную работу ПО. А значит невозможно правильно отдать клиенту Response.
P.S. MVC в Web - это зло во плоти. Лучше посмотрите в сторону MVP (примерно как в Laravel и Symfony) или ADR (это как Laravel без контроллеров).