Как создать исключительно React или Vue приложение?
Получается что задаётся и Фронтенд, и бэкенд
нет, там то, что необходимо для сборки бандла приложения. по умолчанию там ничего "серверного" нет. Если же добавить next/nuxt/другой ssr - то да, будет что-то серверное. Отдельно туда же и api добавить можно, но совершенно не обязательно.
Папки node_modules, public, и др. не относятся к бэкэнду, это все зависимости и необходимые для работы фронт приложения вещи.
    Создав проект вы пишите свой код в папке "src" или что то вроде, после компиляции проекта у вас в папке "dist"(во всяком случае при использовании Vue, по умолчанию эта папка) будет находиться готовая версия, которая уже сможет запускаться без лишних зависимостей из других папок, типа "node_modules".
    Но и после компиляции и до компиляции вы можете использовать любой бэкэнд, хоть PHP хоть что либо еще.