Будет ли kali linux на флешке полностью функционировать?
Функционирование такого инструмента в первую очередь зависит от квалификации пользователя.
Рекомендую поставить дебиан и руками, через боль и слезы сделать из нее свою кали. А поставить кали без опыта = убить винду и потом задавать кучу глупых вопросов "как сделать загрузочную флешку виндовс 10 на линукс без терминала"