Что можно изменить в настройках?
делайте уборку вручную во время низких нагрузок на базу
Мониторьте во что именно вы упираетесь.
Предположу что в диск. Такой cost_limit на такой cost_delay - это надо очень хорошие диски. И если вы думаете, что "SSD" - это хороший диск - то мне придётся вас огорчить. SSD бывают очень-очень разными.