Как, запуская программу через ubuntu .desktop фаил, прикрепить новое окно в избраную иконку на панеле?
Попробуйте так. Надо в файл *.desktop добавить параметр StartupWMClass=. Значение для этого параметра можете получить с помощью утилиты xprop. В консоли запускаем команду:
xprop WM_CLASS
Затем кликаем по нужному окну. Команда должна выдать строку вида:
WM_CLASS(STRING) = "jetbrains-pycharm-ce", "jetbrains-pycharm-ce"

В итоге в *.desktop должна получиться строка вроде этой, но со своим значением:
StartupWMClass=jetbrains-pycharm-ce
В общем, что я сделал:

ранее программа лежала в одной папке в .local/dir  и запускалась через ярлык, где - Exec=python3 filepath

теперь она находится "как и надо", в папках, etc, usr/bin , usr/share.. и запускается просто - Exec=program_name
внутри у скрипта #!/usr/bin/python3
и устанавливается через dpkg, я сделал .deb (я не знаю влияет ли это как то на мой вопрос)

строку ""StartupWMClass=" , я добавил, хотя теперь и без нее работает. xproc выдает - "program_name", "program_name"



Спасибо, всем кто откликнулся. Решением ставить не буду, так как я не понимаю почему все получилось.