Используются ли перемычки на новых SATA винтчестерах?
Перемычки есть но они совершено для другой цели. Ими можно ограничить скорость работы порта до SATA-I или включить режим совместимости для дисков с 4K секторами. В общем всё зависит от конкретной модели диска.
Как и сказал, предыдущий оратор, нет не используется все через биос.