Бэды в начале диска
"Хочу эти первые 10% диска оставить в неразмеченной области, а винду поставить туда, где бэдов нет." не надо так делать, пристрелите этот диск.
Если винт сам не ремапит их, прогоните что-нибудь типа утилиты badblocks из поставки линукса в режиме write-read-дестроя.
Сколько показывает SMART в значении атрибута 5, 197 и 198?
Если после прогона многократных "запись-чтение", значение 197 и 198 не уйдут в 0, то выкидывайте винт. Либо используйте как некритичную помойку, т. к. через пару недель интенсивной работы, он умрёт.