Закрыть доступ к папке пользователю linux за /var/www?
Самый простой способ - поменять группу на www-data, а права выдать 750. Тогда владелец и рут сможет делать что угодно, группа - читать, а левые - ничего не смогут. Но помнить, что через символьные ссылки злоумышленник на другом аккаунте при помощи веб-сервера сможет повыдёргивать чужие файлы, если у сервера есть к ним доступ, потому нужно дополнительно настроить защиту на этот случай.
Вася владелец папки? Тогда 0070 только для группы, либо через chown менять влалельца папки