Как сделать backup всех программ в системе Windows?
Если это один и тот же ПК(касается Windows, c Linux без разницы), то проще делать резервный образ диска с чистой, настроенной системой.
Еще можно сделать свой установочный диск и нужным ПО и обновлениями.
Этот компьютер - свойства - восстановление системы - создать