Bitrix своя цена для товара в корзине CUSTOM_PRICE?
1) Проверьте настройки складского учета и что-то я не вижу класса провайдера при создании товара. Вы его передаете? Проверьте актуальные данные тут - https://dev.1c-bitrix.ru/community/blogs/vws/about...
2) А в paymentCollection после изменения цены все норм?
Какая у вас версия модуля sale?