Chmod -R 777 / или как я убил систему одной командой?
Наймите сдельно девопса, срочно, чтобы не потерять данные
Можно переустановить все программы используя apt-get, но это не исправит проблемы с правами в папке /var/lib/, их придется настроить вручную. Кстати если ты просто забекапипишь эту папку потом, все равно, придется мучится с востановлением.