Как завершить процесс при движении мыши?
Первое, что приходит в голову, создать свой screen saver, который будет запускаться при простое и будет отдельным процессом запускать синхронизацию. При движении мыши screen saver будет закрываться попутно убивая процесс синхронизации.
Такое через AutoIT можно провернуть. Получаем координаты мыши. через  минуту сверяем с новыми. если они равны значит неактивность прользователя. Запускаем процесс. и дальше сверяем координаты мыши.