Используют ли при работе с Angular, Backbone, VUE и другими структуру из нескольких html-страниц?
Реально делать физические переходы между страницами неудобно, потому что вы теряете стейт вашего js-приложения при физическом переходе. Single в Single Page Applications - как раз по этой причине. 
Для "как бы физических переходов" в фреймворках, которые вы описали есть роутинг, который делает вам виртуальные переходы с работающей кнопкой "назад" и другой навигацией в браузере.
Не практикуют.