Послу удаления таблицы MySQL сохраняются ли индексы?
удаляются. 
но 0 можно получить и без удаления. просто truncate.

нагрузка может быть вызвана не таблицей без индексов (65к записей - совсем немного), а скриптом обработки, который выстроен неверно.
Ок, немного поправил скрипт, наверное, я сделал глупость)))
Отпишусь по результату.