Заменяет ли Mikrotik ПО Kerio Control в плане доступа в Internet?
Микротик это роутер, шлюз,ВПн сервер, wifi сервер. Там нет антивируса. IPS в понимании Керио тоже нет. Как настроете брендмауэр так и будет работать. Обычная философия линукс - запрещаем всё, потом разрешаем только нужное. Как следствие - нафиг ненужен "анализ вторжений". Микротик не будет автоматом проверять файлы, блокировать какие то сайты\порты. Т.к. это немного нелогично. Для такого обычно используется прокси

Керио это комбайн, в который напихали че только надо и не надо)
Микротик это РОУТЕР с отличным функционалом

Я думаю что максимальный вариант приближения к Керио по кол функционала это pfSense. Но могу ошибаться
Имею 5 филиалов организации в разных городах. 
VPN туннели, VPN клиенты и прочее. 
В целом перешёл вообще без каких либо проблем, кроме одного момента. 
Говорят, я сам этого не видел, Kerio умел отслеживать какие пользователи, куда ходят в сети. Уж не знаю, как он отслеживал https траффик, ибо я не видел, но на RouterOS пришлось делать связку Mikrotik+linux+sqiud+читалка логов. Страницы не вижу, но сами посещённые сайты - вполне.