Как правильно поставить ubuntu?
Ставите на один диск, можно рядом с виндоус, можно и отдельно. В разделе выбора установки выбираете ручной режим, далее создаете 3 раздела: swap(подкачка),  home и / . В выборе установки системы выбираете диск для которого выбрали /
Линукс видит устройства с файловой системой NTFS. Линукс будет видеть все ваши диски и разделы, при установке вам нужно будет лишь примонтировать их. Вот пару ссылок: 
help.ubuntu.ru/manual/%D1%83%D1%81%D1%82%D0%B0%D0%... 
help.ubuntu.ru/wiki/%D1%80%D1%83%D0%BA%D0%BE%D0%B2...