Как лучше организовать древовидные комментарии?
Многоуровневые комментарии - однозначно вложенные списки:<ul>
  <li>Комментарий 1</li>
  <li>Комментарий 2</li>
  <li>Комментарий 3<ul>
    <li>подКомментарий 1</li>
    <li>подКомментарий 2</li></ul></li>
  <li>Комментарий 4</li> 
</ul>
Только в таком случае присутствует семантика (для комментариев это важно) + удобно указывать вложенности стилей + всегда можно прикрутить JavaScript (для возможности свернуть/развернуть вложенные уровни).
Ограничения уровня вложенности даст очень удобное отображение и легкость читаемости комментариев. 
Я бы использовал дивы так как легче было бы настроить стили и тип отображения в зависимости от последовательности.