Как компьютер (процессор) отличает битовую последовательность 0000 от 00000?
Никак, т.к. и первая и вторая - нули. Когда пишется 0 - по факту подразумевается 8/16/32/64 нулевых бита (конкретное число зависит платформы и контекста).
на физическом уровне отличает одно от другого так:
1. При параллельном интерфейсе - либо на четырёх проводах нули, либо на пяти.
2. На последовательном (SATA, Ethernet  и тд) по времени, если частота данных для примера 1 секунда, то нулевой уровень сигнала в течении 4 секунд или пяти.
3. В памяти, (ОЗУ/жестяк и тд) либо 4 либо 5 ячеек не содержат напряжение / намагниченость / остаточный заряд.