Проблема производительности 1С и MSSQL
1. Дописать конфу так, чтобы в свободное время (ночью) регламентным заданием данные для тяжелых отчетов подготавливались, т.е. упрощалась структура данных, проводились расчеты. В результате человек будет получать уже сформированные данные. Судя по описанию — отчет не просто огромная простыня с данными и там есть что оптимизировать. Но 3-5 секунд — я бы не стал заморачиваться, у Вас пользователи разбалованы (=

2. Если у Вас конфа работает не в режиме совместимости — посмотрите агрегаты, возможно выиграете некоторое количество времени после настройки. Не требует конфигурирования.
Варианты такие:

Добавить CPU
 Оптимизация расчётов планов закупок (views, procedures, indexes)
 Materialized Views
 Вторичные таблицы и предрасчёт планов
