Заменяема ли папка Windows?
Нет. 
Не заменяема, Работать не будет.
Ну у меня корявый немного способ. Установите Windows или Linox на флэшку и запустить, а затем вы можете делать все, что хотите, на основном диске.
Но на вашем месте я бы просто переустановил Windows. Так как не факт, что проблема находится в папке Windows.