В какой директории лучше размещать файлы на сервере (php, node)?
В принципе можно засунуть куда угодно, UNIX-way и всё такое :-) Но вообще принято класть в /var/www/domain.
Причём, если позволяют используемые приложения, желательно скрипты положить так, чтобы они лежали отдельно от статики и не могли быть никак доступны извне. Например, скрипты прямо в /var/www, а статика в /var/www/static и в DocRoot сервера прописан именно /var/www/static.
Обычно это /var/www/html/{main.domain.of.site.here}/