Большое кол-во данных mysql?
Режим телепата:
1) у Вас просто нет индекса в таблице cities по полю country_id.
Покажите результат выполнения show create table cities;
2) если mysql запущен с дефолтными конфигами - ему тупо не хватает памяти.
fias.nalog.ru Если конечно тебе нужны данные именно по РФ.