Какую php библиотеку использовать для работы с БД?
Для начала надо определиться, о каком инструменте речь.
Есть три вида инструментов
1. DBAL - просто класс для выполнения запросов. PDO практически на 90% покрывает задачи такого класса. 
Запросы пишутся вида $user = $db->prepared_query("SELECT * FROM users WHERE id = ?", [$id])->fetch();
2. Query builder - построитель запросов. $user = $db->select('*')->from('users')->where('id', $id);
3. ORM - запросы скрыты внутри, мы пишем только штуки типа $user = User::load($id);
Максимально гибким, разумеется, является первый.
Eloquent и query builder под ним, а лучше совместно с laravel