Почему сайты на VPS грузятся очень медленно?
Невозможно ответить на вопрос не имея полной информации.
Непонятно что за сайты, какая нагрузка, кэшируются ли они, какую нагрузку генерируют на процессор и диск.
Вполне вероятно что диск очень медленный - чем страдают большинство VPS,  может и процессорного времени банально не хватает, а может и ширины канала в интернет не хватает. Куда в VDS нужно смотреть, чтобы понять, что нужно делать?Для начала нужно смотреть сколько и каких ресурсов нужно для того чтобы все быстро работало.
А потом смотреть каких именно ресурсов не хватает.
Ну и еще надо понимать, что виртуальные серверы в большинстве случаев идут с оверселлом.
И сосед по физическому серверу запустивший на своей VM тяжелую задачу вполне может резко уменьшить производительность вашей VM.
Очевидно что надо посмотреть top