Как хранить пользовательские настройки в Symfony?
Не надо в файл. Пишите в базу данных
На самом деле формат не играет роли. Симфа поддерживает yaml, xml, php.
Другой вопрос, что если это реально настройки приложения и они не динамические, а постоянные, вроде паролей, баз данных и т.п. То тогда используйте параметры:https://symfony.com/doc/current/service_container/...
На счет перезаписывания файла - вы читайте его содержимое, в получившемся массиве меняйте, что вам надо и его же сохраняйте вашим методом. Я так делал. Но этот вариант для редкой работы одновременно только одного человека (админа например). Если с этим файлом должно работать сразу несколько человек одновременно, то, как написали выше, надо использовать базу.