Продолжится ли выполняться процесс после прерывания соединения SSH?
Почитайте про команды nohup или screen/tmux

Они как раз и позволяют на удаленной машине запустить процесс так, что если оборвется связь к удаленной машине, процесс запущенный там не прервется.
Не знаю как вы подключаетесь, скорее всего через Putty. Есть еще такая программулина, как MobaXterm - для этих же целей предназначена. Так вот в ней много всяких плюшек, может у нее есть упомянутые выше средства типа tmux и остального.