Почему не удается изменить владельца файла в Centos?
Думаю, /run/nginx.pid - это симлинк. Меняйте (или удаляйте) файл, куда он указывает
Наступал на этот бардак. В конфиге прописано одно, в юните системды другое. Консистентней надо как-то. Посмотрите, что у вас на системе /run или /var/run . Туда и надо починить файло.