Как закрыть все порты в iptables кроме 25565?
iptables -A INPUT -p tcp -m tcp -m multiport ! --dports 25565 -j DROP
перед тем как добавите это правило, вспомните что вы подключены к серверу по ssh через 22 порт.
Сайт возможно работает на 80/443.
А фтп для доступа к сайту на 21, если он есть.
sudo iptables -A INPUT -p tcp -s subnet/mask --dport 25565 -m conntrack --ctstate NEW,ESTABLISHED -j ACCEPT
sudo iptables -A OUTPUT -p tcp --sport 25565 -m conntrack --ctstate ESTABLISHED -j ACCEPT
P.S. subnet/mask - адрес, либо пул адресов вашего сервера
P.P.S. если хотите, в конце можно поставить явный deny all: sudo iptables -P INPUT DROP