Возможно ли окно у окна отключить взаимодействие?
Нашёл решение ,флаг QtCore.Qt.WindowTransparentForInput отключает возможность взаимодействия мышью и клавиатурой с плоскостью отображения.

self.setWindowFlags(
            QtCore.Qt.WindowStaysOnTopHint |
            QtCore.Qt.FramelessWindowHint |
            QtCore.Qt.X11BypassWindowManagerHint
            | QtCore.Qt.WindowTransparentForInput
        )
Не знаю, есть ли решение через PyQT, но точно есть решение через WinAPI. 
SetWindowRgn() позволяет задать активный регион для окна. Точки, не входящие в этот регион, не будут обрабатываться ни при рисовании, ни при кликах.

Пример
import ctypes
import ctypes.wintypes as w

def ErrorIfZero(result, func, args):
    if not result:
        raise ctypes.WinError(ctypes.get_last_error())
    return result

# используем user32.dll и kernel32.dll
kernel32 = ctypes.windll.kernel32
user32 = ctypes.windll.user32
gdi32 = ctypes.windll.gdi32
# описываем используемые функции, типы и константы 
kernel32.GetConsoleWindow.argtypes = []
kernel32.GetConsoleWindow.restype = w.HWND
kernel32.GetConsoleWindow.check = ErrorIfZero

user32.GetWindowRect.argtypes = [w.HWND, w.LPRECT]
user32.GetWindowRect.restype = w.BOOL
user32.GetWindowRect.check = ErrorIfZero

user32.SetWindowRgn.argtypes = [w.HWND, w.HRGN, w.BOOL]
user32.SetWindowRgn.restype = w.INT
user32.SetWindowRgn.check = ErrorIfZero

gdi32.DeleteObject.argtypes = [w.HANDLE]
gdi32.DeleteObject.restype = w.BOOL
gdi32.DeleteObject.check = ErrorIfZero

gdi32.CreateRectRgnIndirect.argtypes = [w.LPRECT]
gdi32.CreateRectRgnIndirect.restype = w.HRGN
gdi32.CreateRectRgnIndirect.check = ErrorIfZero

gdi32.CombineRgn.argtypes = [w.HRGN, w.HRGN, w.HRGN, w.INT]
gdi32.CombineRgn.restype = w.INT
gdi32.CombineRgn.check = ErrorIfZero
RGN_AND  = 1
RGN_OR   = 2
RGN_XOR  = 3
RGN_DIFF = 4
RGN_COPY = 5


hWnd = kernel32.GetConsoleWindow()
r = w.RECT()
user32.GetWindowRect(hWnd, ctypes.byref(r))
r.left, r.right = 0, r.right - r.left
r.top, r.bottom = -50, r.bottom - r.top #почему-то есть косяк с заголовком окна
hole = w.RECT(r.right // 4, r.bottom // 4, 3 * r.right // 4, 3 * r.bottom // 4)

hRgn = gdi32.CreateRectRgnIndirect(ctypes.byref(r))
hHole = gdi32.CreateRectRgnIndirect(ctypes.byref(hole))
gdi32.CombineRgn(hRgn, hRgn, hHole, RGN_DIFF)
gdi32.DeleteObject(hHole)

user32.SetWindowRgn(hWnd, hRgn, True)

input('Press Enter to fix the hole.')

user32.SetWindowRgn(hWnd, 0, True)
gdi32.DeleteObject(hRgn)
