Как установить symfony на vagrant (homestead)?
Проблема оказалась при установке в директорию, которая примонтирована из хост машины. Если делать установку из директории выше, то всё ок.
Т.е. директория /var/www/site.ru/www примонтирована, в ней не устанавливается.
в директорию, которая не синхронизируется /var/www/site.ru/test установилось без ошибок.
Решение, установить в другую директорию, затем скопировать все файлы в рабочую.
Upd.
Обновлю ответ для будущих читателей. Помогает смена типа синхронизации:folders:
    - map: C:/projects/site.ru/www/
      to: /var/www/site.ru/www/
      type: smb
Странно, что Вы от рута инсталите, по стектрейсу композер теряет права на удаление файла, у Вас точно не меняется ничего в процессе развертывания проекта?