Чем лучше обновлять версии cms?
А если клиент после установки сайта там что-то менял, например, вы своим обновлением снесете это или вообще сломаете сайт, вас это не пугает?
про rsync не думали?
или сделать архив и просто при его распаковке заменить файлы?
скриптом удалить не нужные файлы, если таковые есть.