Хочу создать свою function confirm, это правельно?
Всё верно. Будет работать во всех одинаково.
Обращаться то будут к твоей, но если ты не запихнёшь внутрь настоящий confirm(или там alert\prompt), то останавливать исполнение, как оригинал, она не будет. И повторить такое поведения не меняя способа вызова - принципиально невозможно. А значит если где-то что-то зависит от ожидания ответа - всё сломается.