Include HTML с условиями?
Используйте полноценные шаблонизаторы, а не всякие суррогаты.
Например twig (gulp-twig для верстки){% if some_variable == 2 %}
  {% include "file1.twig" %}
{% else %}
  {% include "file2.twig" %}
{% endif %}
UPD
Почитал комменты. Twig это что называется like html шаблонизатор. Т.е. обычный html файл скормленный шаблонизатору не вызовет ошибок компиляции. Это значит, что вы можете по сути в свой html просто вставлять управляющие конструкции шаблонизатора.
Чтобы проще было управлять кусками HTML, используйте includeHTML.