Как скопировать директорию со всеми подпапками сверяя контрольную сумму для каждого файла?
Для решения вашей задачи рекомендую использовать Powershell.
Накидал вот такой скрипт, думаю он вам поможет.
$OldFolder = "C:\Temp"  #папка с исходными файлами
$NewFolder = "C:\test\test" # папка куда будут копироваться файлы
$files = Get-ChildItem $OldFolder -File -Recurse
foreach ($file in $files )
        {
          $folder = "$NewFolder$(Split-Path $file.DirectoryName -NoQualifier)"
          if (-not (Test-Path $folder)) {New-Item $folder -Force -ItemType Directory}
          Copy-Item $file.fullname $folder -Force
          $MD5 = Get-FileHash -Path $file.fullname -Algorithm MD5
          $MD5New = Get-FileHash -Path "$folder\$file" -Algorithm MD5
          if ($MD5.Hash -ne $MD5New.Hash)
             {Write-Host "Внимание!!! Хэш нового файла $folder\$file не соответствует исходному!!!" -ForegroundColor Red
              Read-host "Нажмите Enter чтобы продолжить"
             }
         }
Контрольные суммы для каждого файла уже вычислены и где-то хранятся? Нет? Вы хотите их рассчитывать на ходу? Это лишняя работа. Проще сравнивать источник с копией. Обратите внимание на ключ /V утилиты XCOPY.