Можно ли ключ доступа SSH совместить с FTP?
SFTP. 
И можно по ключу входить.
Можно, обе эти программы поддерживают авторизацию по ключуЖелательно подробнее описать, если можно - то скинуть ссылку на FAQ. 
Да пожалуйста-PuttyFileZilla
Ну и так, для общего образования полезно почитать это, это и вот это.