Как деплоить сайт на битриксе?
Можно так https://www.olegpro.ru/post/prostoy_deploy_saytov_... (сайт должен быть под системой контроля версий git)
По правильному - через GIT
А вообще зачем вы бекапите\разворачиваете с БД? 
Исключите её из бекапа и потом просто накатывайте версию поверх той что стоит.