Как сделать доступ по id?
Приведу пример из документации:
def check_if_it_is_me(ctx):
    return ctx.message.author.id == 85309593344815104 #id человека 

@bot.command()
@commands.check(check_if_it_is_me) #проверка от того ли человека пришла команда
async def only_for_me(ctx):
    #делаете что-то
То что вам нужно.

Также вы можете проверять есть ли у человека роль для выполнения команды:

@bot.command()
@commands.has_any_role('Moder','admin', 492212595072434186) 
async def command(ctx):
    #и делаете что-то
Смотря как и какие команды вы хотите разделить.
Можно сделать два типа пользователя. Администратор и обычный юзер и соответственно сделать условие, если пользователь администратор, разрешить ему использовать все команды в ином случае разрешить использовать ограниченный круг команд.
Чтобы такое провернуть вам нужно сохранять к себе всех администраторов и при каждом запросе команды смотреть может ли пользователь её исполнить. Примерно то же можно сделать с несколькими группами юзеров.