Если активировать, деактивировать кучу плагинов, менять имена их папок, это засоряет базу, они оставляют следы?
Смена имени папки если плагин не использует абсолютных путей не влияет ни на что
Активация/деактивация, если плагин имеет настройки - естественно оставляет следы в базе, вплоть до собственных таблиц

Когда плагин удаляется, по хорошему он должен чистить все свои хвосты, но сейчас очень мало какие из плагинов так делают.
Очень мало плагинов подчищают за собой. Поэтому играть с выбором плагина надо на том поддомене, базу которого можно грохнуть. А как только выбор сделан - переносить на production сайт.
Если вы нашли плагин, что не подчищает за собой - напишите автору. на потоке часто забывают про эти мелочи. Или отсутствие тестов и потом закрадывается ошибка в обновлении или что-то добавляется новое, а к хуку деинсталяции забывают привязать. Автор скажет вам спасибо и исправит