Чем плохи классы в хтмл (col-md-2 col-md-offset-4юююи так далее) и как исправить?
ничем не плохи. просто ценители и перфекционисты "чистого" хтмл не годуют.
плохо тем что дизайн хардкодится в хтмл. представим что у вас сайтик на неск десятков страничек. и вдруг меняется дизайн, например сайдбра был 4 колонки стал 3. 
если бы у вас там был был класс "sidebar" то вы бы просто поменяли в css его ширину в разных разрешениях. а когда у вас col-md-4 то вам нужно перелопатить вручную все шаблоны... 
ps я и сам его использую, но у меня все это в шаблонизаторах, поэтому дублирования кода нет, и все меняется в одном месте. но не везде это так.
раньше был zencss сайт, где одна разметка и сотни вариантов дизайна. вот к такому следует стремится. хтмл - только контент, а css - дизайн