Trailing slash и единая точка входа в PHP
они и будут работать одновременно, только без слеша будет редиректиться, а уже со слешем направляться на index.php
попробуйте вставить следующее перед «RewriteRule ^(.*)$ /index.php [L]»
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d # если нет папки, то 
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f # если нет файла, то