Как сделать свойства товаров в БД?
EAV - гуано по производительности
Его можно использовать для первичного хранения данных, перед тем как ты переваришь и выкинешь уже готовые для работы данные в Solr или Sphinx, например.
Но непосредственно для выборки данных EAV использовать нежелательно по соображениям производительности.
Если вам всенепременно хочется это сделать с реляционной СУБД, то вам поможет денормализация (данные будут дублироваться, но это не страшно, зато работать будет шустро).
А если вам хочется сделать это правильно и чтобы работало максимально быстрым образом, то я бы предложил рассмотреть более подходящие для данной задачи системы: Tarantool, Sphinx, 
Solr.
Если я правильно понял, то вы в неправильном направлении идете. Товары с разными характеристиками это разные товары, поэтому цену нужно выставлять товару, а не его характеристикам.