Верно ли я пишу код?
1) Для модели сделать базовую модель и наследоваться от неё
2) Для контроллера сделать базовый контроллера и наследоваться от него.
3) Сделать доступным только одну папку и в неё уже редиректить
4) Добавить composer
5) Использовать PSR4
Лучше подсмотреть структуру у https://github.com/laravel/laravel
Используй use для пространств имен, дабы не загромождать код, а так, если есть какие-то сомнения , то советую посмотреть видео , также посмотреть на исходный код фреймворка Codeigniter