Проблемы с CSS3 Трансформацией?
в скрипте, вращение вокруг оси X считается относительно высоты ВСЕГО документа. Добавляя блоки сверху вы увеличиваете высоту документа. Попробуйте считать относительно viewport-а (окна браузера)
где проблема? все ок выглядит, прокрутите вниз там и перспективный блок ваш ...