На чём лучше писать программу с интерфейсом на линуксе?
C++ или Python, 2 вариант немного знаю
Ну очевидно же, что если вы Python знаете лучше чем C++, то и писать на нём )) 
но подойдёт ли он под мои задачи
Подойдёт. Не бывает специальных языков для магазинов приложений.
Python вполне вам подойдёт, многофункциональный, как сказали выше, PyQt. Весь функционал который можете сделать будет зависить от вашей фантазии напрямую.