Как обратиться к after, before через js?
Никак
Смотря что ты хочешь сделать. Стилями можно управлять, если немного пошевелиться.
https://codepen.io/kris-iris/pen/MPJjgolet wrap = document.querySelector('.wrap');

wrap.onclick = ()=> wrap.classList.toggle('noMagic');.wrap{
  position: relative;
  width: 500px;
  height: 200px;
  background: lightblue;
  margin: 0 auto;
}

.wrap::before{
  position: absolute;
  content: 'Кликни на меня, детка!';
  height: 50px;
  width: 100%;
  background: lightgreen;
  transition: 2s;
}

.noMagic.wrap::before{
  content: 'А ты молодец!';
  display: flex;
  justify-content: center;
  align-items: center;
  animation: move 1s forwards;
}

@keyFrames move{
  100% {
    height: 100%;
  }
}