Как ограничить вместимость папки на сервере?
Суммируем в переменную размер всех файлов отправленных на запись.
Проверяем перед записью не превышен ли лимит.
После каждой скачки в sh скрипте проверять размер папки (du -s) и если превышение - завершать работу. Если файлы мелкие, то погрешность из-за многопоточности будет не очень большая.