Как писать удаленно в БД? TCP/FTP?
Я бы сначала локально лил в файл, чтобы на случай пропадания связи проблем не было.
Потом можно локально уже распарсить поток до структурного состояния, а дальше уже интереснее.
Вариант 1: прямое соединение по ssh с пробросом портов (тогда БД наружу не торчит) и лить запросами в БД
Вариант 2: небольшой веб REST сервис поднять на получателе, куда скидывать хоть через wget пакеты, которые будут обрабатываться и литься в БД.
выбор варианта сильно зависит от компа, на который приходит ком-порт. Если там достаточно ресурсов, парсить локально и лить на удаленный сервер. В этом случае больше контроля. Если будет пропадание сети, то просто будет локально копиться и ждать отправки.
Вариант с веб-сервисом - профдеформация, всю черновую работу в этом случае отдаём стороннему софту, на плечи серверного приложения остаётся только обработать пришедшие данные. Можно и TCP реализовать, не проблема.
Зависит ТОЛЬКО от задачи:как критично не потерять данные или можно пропустить часть данных (нужен ли надежный промежуточный буфер)как оперативно данные должны поступать в БД (можно ли повешать на крон отсылку накопленных в буфере данных)и сколько времени/человеческих ресурсов можно выделить для решения задачисекьюрности проекта (если это не внутренний сервер, в небольшой конторе где не может быть атак - то еще можно использовать FTP, иначе - категорически нет).
И это будет очень большой разбег. Буквально  от 10 минут до 10 дней работы
Ваш вопрос состоит в том, что вы просите нас оценить ваши особенности задачи, которые мы оценить не можем, не зная о требованиях к задаче.