Почему шрифт Ubuntu в Pycharm стал жирным после установки wine?
Это баг. Раздражает неимоверно и тянется уже достаточно давно. Суть проблемы не в Wine, а в кривых конфигах системных шрифтов.
Вместе с wine устанавливается пакет fonts-unfonts-core, из-за которого шрифты и становятся жирными. Его можно невозбранно удалить, и все станет ок.