Анализ графиков загрузки и оптимизация web-сервера?
1. MyISAM to InnoDB.
2. Fix your my.cnf appropriately. 

MyISAM лочит при чтении всю таблицу. InnoDB только строчку. InnoDB жрет память, но обращается с ней эффективнее. InnoDB не поддерживает full text search — надо будет прикручивать сфинкс.
Нужно натравить профайлер на код, уменьшить время для слоулога и смотреть проблемные запросы, эксплейнить их и фиксить. Возможно кешировать результат, наверняка проблема легкорешаема на уровне кода, или решится — парой индексов/миграцией пары таблиц на ИнноДБ/заменой запроса/чисткой лишних данных/кастрацией лишнего функционала.