Существуют ли стандарты написания сложных вложенных SQL запросов?
стандартов нет. 
есть правило - многострочный код должен быть единообразным и отформатированным. 
я в таких случаях использую строки для хранения запроса и raw query для его выполнения.
В том, что запрос большой и в нем многабукаф ничего страшного нет, важно чтобы форматирование было единообразное, а если коллегам сложно понять, что запрос делает - пишите комментарии.