Можно ли получить ssl сертификат под nginx?
Нет такого понятия "сертификат под Nginx" или там "сертификат под Apache". Они все одинаково применимы на чём угодно: хоть на веб-, хоть на мэйл-сервере. Просто есть тонкие моменты, как (и надо ли) упаковывать несколько сертификатов в один файл или нет. Lighttpd, например, требует чтобы и файл сертификата и ключевой сертификат были в одном файле что достигается простым объединением двух файлов.
Этот выбор на 2domains, как раз, из этой оперы - они просто упакуют и вышлют вам тот набор, который нужен именно под выбранный вариант.
То есть париться не надо на эту тему - получайте сертификат там, где вам больше нравится и вперёд к победам.
Не обращаем внимание - сертификаты свободно конвертируются из любого в любой формат с помощью openssl + cat
а есть потребность в коммерческом сертификате? базовые aka ssl123 раздают бесплатно 
https://letsencrypt.org/
https://www.startssl.com/
https://www.wosign.com/english/