Как сделать так чтобы Time.timescale не видел определенный скрипт?
Не используйте timeScale. Используйте свою реализацию. Механизмов чтобы "не видел" нет как таковых - только через свои реализации.
Один из вариантов умножить скорость летающих предметов допустим на 1000, а timescale сделать 0.001. Но это сомнительная реализация и лучше попробовать сделать как сказал GavriKos