Как грамотно построить и организовать сетку сайтов?
— как правильно делать по 30-50-100 сайтов с точки зрения дальнейшего продвижения? один из вариантов: сделать "главный сайт", а на каждый город делать поддомен. какие бывают ещё варианты?
Если сайт коммерческий и "белый", а не дорвеи, то делайте именно так как написали, то есть один основной сайт и поддомены по разным городам. Можно сделать разделение внутри папок или изменять контент в зависимости от выбранного города на основном домене, но на практике именно поддомены лучше всего работают.— как эффективно этим всем управлять, например в WP?
Есть плагины позволяющие делать хорошее разделение на поддомены во многих CMS.— как правильно организовать бэкенд под огромное количество поддоменов и что вообще нужно учесть?
Снова вам нужен хороший плагин и консультация грамотного сеошника.— стоит ли делать ли всё на 1 хостинге?
Если проект "белый" то да, можно делать все на одном хостинге.— на 95% одинаковый контент не будет причиной бана? какая есть лучшая практика с точки зрения SEO?
Не будет.— какие лучшие практики вы знаете по построению сеток сайтов?
У вас не сетка, у вас региональное разделение по поддоменам. Сетка - нечто иное.
Если общими словами, то wpms, а для детального ответа не хватает данных. Я бы отказался от cms и посмотрел бы в сторону cmf. Например, yii2, symfony, laravel.