Как с нуля построить MVC движок?
Если возникают подобные вопросы, значит ещё не дорос. Нужно использовать фреймворки, а не городить костыли. 
Проще всего - используя готовое. Возьмите Lavarel или Yii2.
Если по-проще хотите - Slim. И разберитесь в том, как они работают. А того, гляди, и вообще не захочется делать свой фреймворк (что в нем вы можете предложить такого, чего нет в готовых решениях?)