Как отследить действия изменения файлов на сервере?
Загоните проект под git. Настройки доступа программисту ограничьте папкой проекта. Станет видно что менял и как он это менял
сделайте копию - а потом сравните.
ну а если кроме шуток - то у файлов есть параметр "дата изменения". Но тут увидите только факт изменения файла, без понимания было-стало. Так что совет про бэкап по-прежнему актуален.