Имеет ли значение «имя» ВУЗа?
Значение имеет только ваши знания. 
Никогда не видел чтобы при приеме на работу говорили "Ммм, да у вас же диплом Супер Пупер Вуза, мы вас берем даже без собеседования и стажировки, и дадим самую высокую зарплату в нашей конторе."
А если вас все таки взяли в такую контору, то вам стоит задуматься о профессионализме будущих работодателей.
Буду говорить по магистратуре, так как академическая сфера мне близка. 
Имеет. Разумеется как сказал товарищ Zhainar с дипломом из хорошего вуза вам не дадут 100% позитивный ответ. Но если вы из какого-то "Задрыпинского института", то тут придется доказывать на деле, что вы достойны. И очень рьяно - статьи, конференции и т.д. будут играть большую роль. Потому что на ваше место может претендовать кто-то из Университета Лузаны, или ТУ Делфт. Как считаете кому отдадут предпочтение :)? 
+ есть еще такой фактор как признаваемость вуза. В некоторых странах (Германия например) дипломы не всех вузов признают и может получиться так, что проучившись 4 года у себя на родине, "там" вам придется поступать на бакалавра по новой, так как диплом ваш абсолютный 0.