Как правильно хранить большие объекты с вложенными сущностями?
Для этого предназначены внешние ключи и связи один ко многим и один к одному.
1) +1 предыдущему оратору;
2) Уровень нормализации данных выбирать только вам как и оценивать ущерб от избыточности.
3) Можете взять MongoDB если испытываете трудности с реляционными БД. Как раз сможете прямо туда положить свой JSON.