Snap безопаснее Apt?
А при чем утт безопастность и мессенджеры?

SNAP позволяет установить пакет целиком со всеми зависимостями как "переносимый", не трогая основную систему и установленные приложения. В этом плане он удобнее и безопаснее. 

APT же устанавливает все зависимоти прямо в систему, и если нет какой то зависимости или они конфликтуют, приложение он установить не сможет
Нет, это не так. Основное отличие (которое обычному пользователю скорее всего не видно) это то, что apt как конструктор из кубиков собирает все необходимые компоненты для работы приложений (зависимости) из разных источников, в то время как snap более похож на дистрибутив, т.е. все нужное лежит в одном пакете. 
И то, и другое имеет как плюсы и минусы. Минус snap в том, что обычно он больше места требует для работы приложений.