Внедрения кода в exe файл?
Возможно
нет
универсальных готовых инструментов на python для данной задачи не существует (я не смог найти но мне кажется никому адекватному в голову не придет это делать), если самостоятельно разобрать заголовки, распаковать упакованный и декомпилировать бинарный код, вычислить необходимые смещения а потом на питоне написать три строчки записи нескольких байт в файл - не будешь же считать что это на питоне все сделано.

есть возможность инжектить свой код в чужой exe-шник, пока он запущен, для этого потребуются win32 методы, которые придется импортировать, сильно мучиться с типами

в данной задаче python - максимально неудачный инструмент.