Как получить с JQuery номер текущего элемента?
Вы получаете список объектов $('div.step'). Потом к списку применяете метод $('div.step').index(). Так вот он возвращает номер только первого объекта из списка. Вам надо полученный список обойти в цикле, чтоб узнать позицию каждого. 
Примерно так var stepList = $('div.step');// Ищем все элементы, получаем список элементов
stepList.each(function() {// Проходим по каждому элементу циклом
    var self = $(this);// Получаем текущий элемент в цикле
    var index = self.index();// Узнаем его порядковый номер относительно списка элементов stepList
    self.find('h3').append(index);// В H3 вставляем номер
});
Вам надо брать index не просто от .step, а от того, который виден сейчас. Вот пример.