Странное поведение iptables -F — в чем причина?
# Установка политик по умолчанию
iptables -P INPUT DROP
А чего вы ожидали) ? 
Когда вы делаете -F с такой дефолтной политикой - весь входящий трафик начинает дропаться.
Ну или вот так: iptables -P INPUT ACCEPT; iptables -F