Как чистить файловый сервер?
Можете воспользоваться robocopy
Нормальное решение. Права устанавливайте утилитой cacls.exe (Входит в поставку windows)

Это бы позволило уменьшить расходы на бэкап
Это  верно
 и упростить, возможно, поиск информации на сервере.
А вот это не верно. Если на сервере запущено индексирование, то поиск будет практически мгновенный через проводник.  Если же вы его отключили, то поиск идет по всем файлам, что в общем то неверно