E-mail вместо id плюсы и минусы?
1) Так и не понял, вы хотите email вместо логина или вместо id. Начинаете вопрос одним, заканчиваете другим.
2) Если вместо логина - то что вообще значит "вместо"? Не использовать логин вообще или использовать email для авторизации?
3) Если вместо id - оно как бы в теории можно, но как бы не стоит. Вы же помните, что вам потом внешние ключи ставить в виде email-ов? И обновлять их при смене адреса пользоватаелем. Правильно, это жесть, поэтому не надо.
4) А чего вы вообще переживаете про WHERE `email`='почта@домен' - ну авторизовали аутентифицировали человека один раз, в сессию положили его id, дальше выборки по id, в чем задача-то?
индексы в памяти - хорошо бы, но не всегда влезают. 
пожалуй единственный значимый минус email в роли логина -его длина. длиннее  поле - "тяжелее" индекс. 
как вариант (к слову - неплохой) хранить и искать не по самому логину, а по хэшу. тот-же MD5 - всего 16 байт.