Как принято конфигурировать окружение для web-приложения на Java?
Да тут собственно ничего особенного не придумано. Конкретно в maven можно это разрулить профилями. Грубо говоря, профили позволят maven-у намекнуть, какой файл с настройками положить в сборку.
Передавайте путь к конфигурационному файлу через системные переменные, например. Или в вашем контейнере (Томкат) настраиваете data-source, и приложение при старте читает конфиги из БД. Вариантов масса.