Как ограничить пользователя в правах?
Запускайте исполнение скриптов с правами конкретного пользователя - 
ведь под кчрутом будет доступно именно то, что вы создадите и ничто более. 
Имею ввиду, например, что бы работал shutdown в кчруте должно быть /sbin/shutdown и аналогично для остальных команд. 
Можно, конечно, отключить опасные функции в самих настройках php/ruby  но тогда могут возникнуть проблемы со скриптами.
Здесь не chroot нужен, а правильно настроенный jailkit.