Как изолировать два HDD/SSD с Windows?
Не диск видит второй диск, а операционная система. От этого и пляшите. Самый надёжный вариант отключить питание на диске. Второй вариант - полнодисковое шифрование.
Полное шифрование диска ( но можно будет отформатировать)
А так только физическое отключение диска. Современные платы умеют горячее подключение, покупается корзина с кнопкой питания. По кнопке можно физически отключить диск.
Есть специализированные платы физического отключения дисков: например HDD-PS6.
Гуглите hard drive power switch