Как написать заявление о увольнении, с указанием статьи безграмотного руководства?
Уважаемый, Вы уж определитесь, что конкретно Вы хотите
- Уволиться? Так увольняйтесь! Причем рекомендую "по-хорошему", без оскорблений и "хлопанья дверью" так как с нового места работы могут позвонить за рекомендацией. Мне звонили например, даже через пять лет после увольнения программиста. Да и велик шанс что с Вами не захотят расстаться, увеличат зарплату или большой начальник захочет узнать причину.
- Нагадить начальникам? Не получится! Пусть они будут трижды "бездарями", высшее руководство или владельца это устраивает. Сужу по своему опыту. (с компьютерами в 1986 года) Я был когда-то программистом FoxPro, БЭСТ 4, 1С 6.0, 1С 7.7, потом так получилось что стал сисадминить, поднялся до руководителя IT отдела. В какой-то момент - когда стали переходить на 1С 8 принял для себя решение, что даже не буду вникать в неё - других забот выше крыши. И для нанятого нового программиста я стал тем самым "бездарем" который "не понимает как оно всё работает, а только указания раздаёт".  И он даже не раз ходил к владельцу Компании. Результат - я всё еще работаю, а он нет.
- навести порядок в цепочке "задание - результат"? Проще простого! После получения задания описываем этапы и ли ТЗ и передаём на подпись (бумага, почта, ЭДО) с обязательным указанием, что без подтверждения ТЗ Вы и пальцем не пошевелите для выполнения. Возникли вопросы или нюансы, которые от Вас не зависят? Также бумажка или эл.письмо с обязательным указанием остановки работы без получения ответа. Далее просто тыкаем всех этими бумажками. Очень часто руководство вчера хотело одно, сегодня второе, а завтра третье. Это нормально. Руководству вообще не нужно знать матчасть - его задачаа другая - денег заработать
- "в планах доделать всю работу для организации и уволиться с легкой совестью." - это утопия. 
Пример: Внедрение 1С 8 заняло год, затем доводка, дописывание отчетов еще год. Прошло несколько лет, а мы всё еще обращаемся с программистам для доделок своих хотелок. 
У меня есть несколько подработок по созданию и обслуживанию сетей и оборудования. Вылизанных! Работающих стабильно без моего участия месяцами. В одной такой конторе ВСЕ сотрудники кроме владельца, меня никогда в глаза не видели! Мне что - уволиться с легкой совестью и лишать себя подработки и денег на "ничегонеделание"? 

"Топнуть ножкой" Вы всегда успеете.
записаться на приём к более высокому рангу руководства, у которого есть права и полномочия и попробовать донести своё мнение о "менеджменте"

иначе - увольняться