Пожалуйста покажите пример кода JavaFX (графический интерфейс ) и java под web в чем разница?
Эта тема исчерпывающе описана в книге "Чистая архитектура" Роберта Мартина. В частности, глава 21 посвящена тому, что архитектура приложения никак не связана с платформой запуска и используемым фреймворком.
По поводу "переучиваться между десктопом и вебом" - звучит, как "переучиваться между отверткой и молотком".  Придется ли освоить новые инструменты? Безусловно. Но это не значит, что уже освоенный багаж знаний станет обузой. И десктоп, и веб, и мобильная разработка имеют некий общий знаменатель. А детали реализации рано или поздно заменяют друг друга, даже в пределах одной платформы.
Разница во всём. Там не только пакеты другие, там даже архитектурные принципы другие. Каноничный пример web-приложения на Spring - PetClinic. Оно же для JSF+EJB.