Как понять, какие sql запросы грузят процессор?
Для начала просмотрите htop - действительно ли это БД.
В случае с mysql можете сделать лог медленных запросов через my.cnf https://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/slow-query...
В случае с postgresql - https://www.heatware.net/databases/how-to-find-log...
Для начала надо  озвучить какую базу SQL  ты используешь.  Если SQL использует 90% процессора - то это явно проблема с дисками. План запроса столько не ест.