Изменение значка раскладки клавиатуры в Elementary OS
Найдите и скачайте любые иконки, например эти, положите их в каталог ~/.icons/flags, откройте терминал и введите следующую команду:

gsettings set org.gnome.libgnomekbd.indicator show-flags true

В своем случае я взял две иконки ru.png и en.png
Попробуйте по этой инструкции.