Как найти майнер на linux, если по логам все хорошо?
Майнер грузит CPU, пали процессы которые грузят проц, используй strace если нужно
Сделай sha1sum всех файлов на больном.
Подними второй с темже набором пакетов.
Проверь что отличается.
Определи из .deb оно или иначе.
Если иначе - то "ручками" смотри - мониторь порты и обращения к ip dns
ps: etckeeper тоже нет?