Можно ли сделать таймер для удаления директории linux?
Это можно реализовать, используя команду удаления rm и планировщик cron
За удаление чужой информации с сервера заказчика можно (в теории) присесть на бутылку
не говоря уже о том, что удалять или даже посто модифицировать /var - это вредительство
home/username свой можете подчистить конечно. 
Но интересней будет зашифровать нужные файлы асимметричным ключом. тем же openssl rsautl
и да, это интересно, но не менее подло. 
Лучше по человечески с заказчиком отношения выстраивать