Как лучше сегодня продавать php скрипты?
Я себе так представляю, что те, кто не хочет платить за вашу CMS, всё равно за неё платить не будут. Или взломают, или найдут другую, бесплатную систему, благо, их сейчас очень много.

Если же ваша система будет предоставлять какие-то конкурентные преимущества (функциональность, быстродействие, дизайн, etc.), то компании, которые захотят платить, даже не станут искать способа её взломать.
На самом деле, есть ведь системы с открытым исходным кодом, которые разрешается использовать бесплатно в некоммерческих целях, в противном случае нужно платить. И люди платят — по одной из следующих причин:
 — большие компании чувствуют себя более уверенно, когда используют платный софт. В этом случае у разработчика, вроде как, есть какие-то обязательства перед клиентами;
 — платный саппорт, по той же причине;
 — просто хочется поддержать хороший проект.
продавайте не скрипт, а setup+maintenance