Как сравнить массив с объектом?
Если я правильно поняла вопрос, то можно так:

const arr=[1,2,3,4];
const obj=[{id:3},{id:5}, {id:6}]

const getValues = (obj, arr) => obj.reduce((accum, { id }) => {
  if (!arr.includes(id)) {
    accum.push(id);
  }
  return accum;
}, []);

console.log(getValues(obj, arr)); // [5, 6]

Только лучше переменную obj как-то по другому назвать, ведь по идее у нас там массив с объектами :-)
Может, преобразовать их к одному типу (к массиву или к объекту - решайте сами) и потом сравнивать?