Как изменить только один элемент в списке?
У вас ссылка на один и тот же элемент.
table, func, item - давно здесь не было столь адского нейминга. Объяснять что-то не хочется. Разбирайтесь самостоятельно с тем, что такое mutable и immutable.table = []
item = {'Mouse': {'name': 'Мышка'}, 'Keybord': {'name': 'Клавиатура'}}

def func():
    table.append(item['Mouse'].copy())
    table.append(item['Mouse'].copy())
    table.append(item['Keybord'].copy())
    table[0]['name'] = 'USB'
    print(table)