Логика работы с MongoDB в сервере на Node.JS?
Я использую mongoosejs, пример хорошей архитектуры для него — github.com/madhums/node-express-mongoose-demo
В монгусе автоматом создается пул соединений (по умолчанию из 5 штук), есть опция — автореконнект.

Схматично работает так: при запуске приложения делаешь коннект с нужными тебе опциями — и все, во всех остальных модулях, просто require('mongoose') и делаешь с базой все, что угодно (так как модуль подтягивается закешированный с установленным соединением)
Ноду не использовал, но в том-же твистед писал пулл соединений, который сам заботится обо всем.