Как я понял, микроконтроллер это вроде запрограммированого мини-компьютера который управляет разными модулями, датчиками и т.п.?
Грубо говоря это микропроцессор с периферией (это может быть serial, ADC, DAC, RAM, ROM и тп) на одном чипе. Еще признак - наличие GPIO (en.wikipedia.org/wiki/General-purpose_input/output).
История вопроса такая.
Сначала придумали транзистор.
Потом придумали совмещать несколько транзисторов на одной подложке, появились интегральны микросхемы.
Далее появились отдельные логические микросхемы из которых можно собрать, как из базиса процессор.
Потом появились интегральные микропроцессоры с внешней (отдельные микросхемы) ОЗУ (RAM), ПЗУ(ROM) и перефирией (таймеры, АЦП, ЦАП и др). Видел остатки таких плат они назывались микроконтроллерами, но не были ими в современном понимании.
И наконец в одной интегральной микросхеме удалось разместить микропроцессор (RISC), память ОЗУ(RAM) и ПЗУ(ROM) и периферийные блоки (таймеры, АЦП, ЦАП, UART, I2C, UART, ПДП(DMA) и др). Спасибо фирме Texas Instruments.Простыми словами это обычный компьютер (в обычном представлении) сжатый в одну микросхему без монитора, блока питания, оптического накопителя, звуковой карты но с процессором (правда не CISC а RISC), винчестером, оперативной памятью, микросхемами и платами интерфейсов. 
Ну а сейчас ПЛИС может содержать в себе МК, как частный случай.