Почему let x не попадает в window?
Мужик, ну ты хотя бы документацию прочитай, прежде чем вопрос задавать!!!

Вот с MDN цитата

На верхнем уровне скриптов и функций let, в отличии от var, не создаёт свойства на глобальном объекте. 

ДОКУМЕНТАЦИЯ!!! – наше всё.
Ну потому-что по спеке так задумано