Как спрятать ссылки на внешние ресурсы из каталога сатйа от ПС?
В html подгружайте через JS, убирайте #href  в конструкцию вида <a href="#link"
тематические ссылки только на пользу, врут наверное
Ну почему же врут? Если у вас есть каталог организаций, вполне естественно, что из каталога будут присутствовать ссылки, и наоборот, крайне неестественно, если ссылок не будет) 
Если вы не ручаетесь за качество сайтов на которые ведут ссылки из каталога, то можно указать для них nofollow.