В папке /etc/nginx лежит файл on. Занимает аж 28гигов. Что это? И как оптимизировать?
У вас небось где-нибудь в конфиге написано access_log on;.
скорее всего у вас там включено лоирование,  или  например в пути лога используется переменная, а это чисто текстовое значение, в результате путь остается "кривым" а в следствие этого создается файл лога прям тут, и в него весело все начинает писаться.
Смело удаляйте этот файл и ищите кто его создает.
Конфиг одного из сайтов в студию
Плюс default.conf