Как создать кликабельный файл запуска последовательности команд для ubuntu?
$ touch file.sh
$ chmod +x file.sh
cat file.sh#!/bin/bash

# очищаем заданный файл
echo -n > file.md

# далее следуют необходимые команды
# ...
п.с.
специально открывать и закрывать файлы в баше не нужно )
ну так Вы же сами и написали - bash. Создаете файлик, в нем первой строкой пишите #!/bin/bash , далее со второй строки и далее пишите свои команды. 
далее в консоли делаете файл исполняемым (chmod +x ) - и дальше запускайте его хоть из консоли, хоть "мышкой"