Передача верстки сайта Jade+Stylus программисту на php, как правильно организовать?
все просто: принимается (коллективно-добровольно или в приказном порядке) решение "мы используем такой шаблонизатор и такой препроцессор", и все их используют (кто не умеет,  те учат).
если договориться не можете, то html+css.
В папке со стилями, чаще всего это какой нибудь "public" создайте gulp задачи и все. С шаблонизатором может проблема и не решится, но по идее верстальщику все равно, а вот со стилями все будет удобно.