Какие файлы нельзя модифицировать в OpenCart?
На данный момент версия движка 2.3.0.2.3


Эта версия никогда уже не обновится

Кроме того, обновление мажорных версий ОС не такая частая штука

Что можно модифицировать ручками?
Практически все, что считаете неотъемлемой частью вашего магазина,
Но делать это надо очень аккуратно, чтобы не нарушить ключевые моменты. Возможно с применением системы версионности
Конечно лучше не дописывать изначальные файлы а создать свою библиотеку и подключать классы там где надо.