Как найти бэкдор на взломанном сайте и отследить источник
Буквально вчера занимался подобной проблемой на сайте знакомых с Joomla.

1. Зайдите по ssh и сделайте архив всего сайта, скачайте его к себе на машину. 
2. Натравите на архив Касперского или Sophos (опыт показал, что они отлично выявляют зловреды, хотя и не все)
Все обнаруженные уязвимости вычистите прямо на сайте через vi. Если обнаружится, что eval запихали в EXIF картинок, то их просто надо пересохранить и залить обратно на сайт.

Пока антивирус делает свое дело, займитесь следующим:
1. Проверьте .htaccess на наличие левых редиректов. В моем случае все пользователи отправлялись на страницу phpinfo.php c какой-то порнухой.
2. Поищите код, который не найдут антивирусы:
2.1 В некоторых файлах встроена конструкция, позволяющая сохранить файл в произвольное место на сайте. В моем случае это находилось при помощи команды find. -type file | grep php | xargs grep -l "<?php if (@"
2.2 Поищите и проанализируйте файлы, которые обращаются к exif find. -type file | grep php | xargs grep -l exif_read_data
2.3 Найдите картинки с троянами find. -type file | grep jpg | xargs grep -l eval
2.4 Поищите preg_replace, который потом выполняет код find. -type file | grep php | xargs grep -l preg_replace.*\/e
3. Анитивирусы наверняка найдут какие-то файлы. Загляните в них на хостинге, как правило там идет закодированная хрень и проверка каких-нибудь паролей. Вот эти самые проверки могут дать дополнительные ключи для поиска. В моем случае я нашел еще ряд файлов при помощи команд find. -type file | grep php | xargs grep -l 2970d43d7bf4115cdc60e2453bf48b52
find. -type file | grep php | xargs grep -l security_code
4. Внимательно проанализируйте файлы, которые находятся рядом с файлами бекдоров, скорее всего именно в них и находится уязвимость.
5. Слейте дамп базы и поищите в нем eval, preg_replace и прочие прелести
6. После зачистки всей дряни снова сделайте бекапный архив сайта

Это все были шаги по приведению сайта в рабочее состояние. К сожалению, они не могут дать ответ на вопрос, а как же нас ломанули. Переходим к активным действиям по выявлению точек входа.

На сервере, где хостятся мои знакомые есть только cvs, им и воспользуемся. Аналогичные действия можно сделать и при помощи git или svn.

1. Вышли в домашнюю директорию
cd 
2. Создали пустую директорию для нашего репозитория
mkdir cvsroot
3. Заинитили репозиторий
cvs -d ~/cvsroot init 
4. Перешли в директорию, где находится корень сайт. Пусть у вас есть такая структура /home/myusername/mysite/htdocs. Тогда cd ~/mysite/htdocs
5. Делаем первичный импорт в репозиторий cvs -d ~/cvsroot import htdocs initial_import initial
6. Сейчас будем удалять старый сайт и забирать его из репозитория
cd ~/mysite
mv htdocs htdocs.bak
cvs -d ~/cvsroot checkout www
7. Добавляем в .htaccess правило, защищающее служебные файлы
RedirectMatch 404 /CVS(/|$)
8. Что это нам дает? Возможно быстрой проверки измененных файлов
cd ~/mysite/htdocs
cvs -qn update
Если все было сделано правильно, то ответ будет
M .htaccess
9. Записываем наши изменения в репозиторий
cvs -q commit -m update
Далее, включаем в cron команду cvs -q commit -m update, да хоть бы и раз в минуту (если сайт сильно посещаемый), включаем лог файлы и ловим изменения, которые происходят в системе. Определив время и изменившиеся файлы, по логам смотрим что, кто, куда и как делал.
Возможно вирус залезает с компьютера по фтп?