Как работает кеш страницы статьи на Хабре?
Всю страницу обычно не кешируют, никогда не знаешь какой плагин будет добавлен позже, который потребует частого обновления. Хотя в таких ситуациях неплохо подходит double render. Результат первой отрисовки кешируется (пост, комменты), а вторая всегда активна (персональные данные, sidebar).

Кешировать можно все комментарии поста одной простыней (пост.id -> HTML), сбрасывая при новых постах. Рисовать коменты дело не сложное.
А в чем проблема? При использовании комментариев на основе materialized path все комментарии можно выбрать одним запросом по индексам, а потом преобразовать в дерево при выводе.
Мне кажется, что комментарии как раз и не кешируются здесь.