Повлияет ли уход Microsoft на C#/.NET?
Максимум - повысится стоимость на аренду windows веб сервера (IIS), но можно для этих целей использовать и linux сервера, так как Net core уже вполне адекватен.
C# разработка жить будет. 

Код писать можно тут, без привязки к microsoft https://github.com/VSCodium/vscodium Деплой на линукс (по желанию) - win server может жить и "без активации". На лицензии, многие (даже крупные банки) уже забили. А про azure, скорее всего, предется забыть или делать учетку без привязки к рф.

Риски есть, но это не станет причиной переписывания текущих систем, отказа от c# или увольнения команд.