Что сделать, чтобы фрилансер на удалёнке не смог увести идею стартапа и присвоить движок\скрипты сайта?
1.1. Делить проект на несколько подпроектов.
1.2. Один исполнитель на один подпроект.
1.3. Они не должны знать друг друга.
2.1. Заключать договор на разработку с передачей исключительных прав.
2.2. Части системы особо никому не нужны, нужна уже работающая система.
2.3. Выключить параною и жить спокойно :)
Платить нормально. 
Тогда, если даже попробует, то скушает все крысы и капитулирует.
А недостаток сайтов, связанный с необходимостью полного доступа, компенсируется их достоинством - невозможно толком скрыть наработки от скачивания их вами.