Как реализовать комментарии на сайте на ООП с помощью MVC?
Ну MVC это и предполагает - создание отдельно модели, отдельно представления и отдельно контроллера. Иначе это не будет MVC.
Традиционно комментарии на сайтах относятся к чему-то. Например к статье, новости, файлу и т.д.
Это значит, что комментарии обычно находятся на странице с комментируемым объектом. Т.е. комментарии это не отдельный раздел и даже не самостоятельная страница, а лишь часть страницы.
С другой стороны MVC - это даже не шаблон проектирования, а нечто большее - это способ организации структуры программы. Обычно ВСЕЙ программы. 
Таким образом, сделать по MVC только часть сайта... да что там сайта, часть страницы! не очень то возможно, т.к. традиционно одна страница - это один контроллер (Page Controller, который часто выражен методом определённого класса, тоже называемого контроллером).
Вы всё ещё можете создать модель комментариев. Даже можете красиво отделить представление комментариев. Но вот отдельный контроллер комментариев... это вряд-ли.
Но на самом деле всё зависит от используемого фреймворка и от технологий, с помощью которых вы эти комментарии будете делать. 
Вдруг сайт написан на Symfony, а комментарии вы хотите подгружать по ajax? Тогда конечно и контроллер отдельный можно чисто для комментариев сделать.