Шифровка данных для отправки, как проще?
Можно гонять или нельзя это вопрос больше философский.
Сам трафик от считывателя до Wi-Fi AP шифрованный (я так понимаю там умеет этот модуль WPA2-PSK к примеру), дальше идёт ваша сеть и тут становится вопрос доверия собственной сети и сосбсвенно от её топологии.
Приведите пример вектора атаки которой вы опасаетесь а там уже поговорим :)
Ну а шифровать можно как угодно, строка же, да хоть XOR обычный или ещё чего поинтереснее, если есть возможность отправлять данные оборачивая в SSL то конечно это хорошо будет но я не знаком с ESP8266 изнутри.
Сколько байт будут занимать передаваемые данные? В принципе, AES хватит для защиты, если ключ не будет известен атакующему.