3-6 отдельных сайта ИМ или 1 большой?
Понимаю, что ответы у Вас уже есть, но всё же вставлю свои 5 копеек
Вот вам пример - e96.ru - крупнейший региональный магазин.
Посмотрите на его категории: никаких поддоменов. Почему?
Потому что поддомен - это на самом деле домен 3 уровня и поисковик будет распределять каждый поддомен отдельно. Кроме того, есть сайты, кот. изначально генерируют домены 3го уровня как самостоятельные сайта (разные justclick, wix и т.п.). 
Поэтому с т.зр. продвижения всегда лучше иметь 1 сайт с удобным каталогом и правильной структурой категорий и подкатегорий.
Подход  domen.ru/remont - считаю правильным, т.к. страница релевантна запросу и остается на едином домене соответственно. 
Разные же сайты клепать - дело не благодарное, т.к. трафик у них будет всегда разный и продвижение потому будет куда дороже. Собственно, пример из того же e96: как помните, наверное, они объеденились с Сотмаркетом и ещё 1 точкой, но в итоге остались одни, т.к. объеденить даже выскопосещаемые сайты (или тем более их) - трудно, а зачастую - просто не возможно, даже если идёт одна единая база, налажена единая логистика закупок, есть программа учета унифицированная и т.д.
Поддомены хорошо использовать для регионального продвижения - это да, но не по категориям.
Имхо с точки зрения продвижения на разных доменах, разные магазины, с разным дизайном, НО! с единой базой и единой точкой управления, все это реализуемо в Magento!
Sincerely, Magento adept :)