Как хранить конфиги в репозитории?
Я делаю так: в git-репозитории хранится конфиг для разработчиков или пустой конфиг. Конфиг для продакшена хранится вне git на сервере. При деплое просто делается симлинк.
Что мешает использовать отдельный репозиторий для конфигов с ветками для продакшна и других, а подключать в основной репозиторий с помощью git submodule? Конечно, это будет удобно, если вы уже не используете submodule, тогда нужно быть более аккуратным при запуске git submodule update.