При сборке Vue 2 создается App.vue, а он подключается к main.js. Что лучше выбрать для главного входа?
Всякие подключения библиотек, роутов и компонентов делайте в main.js. 
App.vue - это просто обычный компонент (не совсем обычный конечно, но как точка входа для остальных компонентов)
index.html - не трожь. Ну или можно внешние скрипты подключить
Во vuejs нет "основного кода" . Весь функционал реализуется через компоненты, дерево которых начинается импортироваться с файла App.vue. И никак иначе, никак не лучше, только так)