Как можно сделать, чтобы заказчик не мог скачать твои исходники HTML, CSS и JavaScript и скрыться с ними?
Защищать код не нужно, нужно научиться думать на шаг вперед.
Высылай скриншоты страницы из нескольких браузеров (Firefox, Chrome, IE11), пускай проверяют. Можно показать фрагмент кода, но не целиком, если заказчик новый. (иногда бывает наоборот, что исполнитель нагородил говнокода, просто порезал картинки и расставил позиционированием элементов).
И дельный совет на будущее: если за заказчиком висит должок, даже маленький, не начинай новую работу до полного расчета.
А ещё можно исходники CSS и JS высылать в виде картинок :)