Какой выбрать СУБД для Node.js, MySQL или MongoDB?
Можно ещё прямо в файл писать, меньше синтаксиса - больше привлекательности.
MEAN ( MongoDB, Express.js, Angular.js, Node.js  ), вроде как, практически де-факто. "Относительно небольшой проект" без конкретики, может подразумевать очень разные подходы.