Удалить строку из файла, которая содержит определенный тест?
Вот ваш пример. Добавьте только своё условие. www.codenet.ru/webmast/php/delstr.php
Используй регулярку, пример:
$file = file('test.txt');

foreach($file as $index => $line)
	if(preg_match("/(.*),".$id."/", $line))
		unset($file[$index]);
		
file_put_contents("test.txt", implode('', $file));