Как полностью закрыть сайт от индексации, по причине вирусного заражения?
User-agent: *
Disallow: / 
достаточно, ну для уверенности можно еще и в настройках запретить индекс
Лучше всего  закрыть сайт баз. авторизацией средствами хостинга. Может называться "пароль на папку" или что-то подобное. И потом уже чистить от вирусов.