Как автоматизировать очистку кэша битрикс?
Увы, очищать папку через cron не лучшая идея. По факту Вы боретесь не с проблемой, а с симптомом.
Почему разрастается папка кеша?
1) У Вас очень большой и сложный сайт. 
Например при 10 тысячах товаров в одной категории, если Вы будете пытаться кешировать каждую страницу, то размер будет большой. Предположим на страницу с 10 товарами уходит 10КБ кеша (на самом деле, все зависит от верстки и может достигать и бОльшего размера), тогда общий кеш каталога будет 10КБ * 10 000 = ~100МБ (учетных, на самом деле около 90МБ).
Теперь посчитаем, что может быть 2 вида отображения: списком или плиткой. Соответственно уже 180МБ. А если товаров не 10 тысяч, а 100 ? А если есть еще и фильтр и его результаты могут быть кешированы? И это мы посчитали только каталог и довольно малый размер кеша.
Решение: подобрать время кеширования и увеличить дисковое пространство
2) Неправильно определено время кеширования.
Например: у Вас ttl кеша стоит 3 месяца. И даже если за 3 месяца на него никто не зашел, он все-равно хранится. Например у Вас очень объемный кеш (что очень плохо), который занимае 500КБ (а иной раз и 1 МБ), получается что этот 1МБ будет хранится на протяжении длительного времени, даже если к нему нет обращения.
Решение: подобрать время кеширования (возможно где-то стоит уменьшить) и параметры компонентов (возможно что-то не стоит кешировать)
3) Неправильно настроен кеш собственных или битриксовых компонентов.
Например есть очень большой пунктик в битриксе с кешем меню - если указать MENU_CACHE_VARS (вроде так пишется, по памяти писал), то он будет под каждый набор параметров создавать кеш. И тогда кеш меню начинает сильно пухнуть и еще и кешироваться на длительное время.
Решение: нужно проверить параметры кеширования в компонентах. Возможно в своих компонентах переписать или посмотреть на основании чего он формируется
4) Ошибка с механизмом очищения кеша.
Например, когда кеш не успевает удаляться, и накапливается. Таким образом происходит дублирование одного и того же кеша в разных компонентах.
Очищайте кроном, это куда надежнее. Крон работает под su, потому удалит что угодно.