Как вставить программу на сайт?
Увы и ах. Перепишите ее для веба и встройте в сайт. Причём рекомендую vue, перенести логику экселя по вычислению довольно сложной функциональности заняло примерно 40 часов. Больше времени заняло согласование с заказчиком и понимание что предметной области.
Расплывчатая суть. Нужно больше данных. 

Как контрответ к совету потратить 40 часов своей жизни:
Если во фронте требуется ввести пару тройку значений и нажать на кнопку, а на бэке висит какой-нибудь пых, то вполне можно пускать через shell_exec и получать желаемый результат.