Где лучше хранить логи десктоп приложения?
В профиле пользователя.
Профиль( local app data если не нужно переносить или roaming если их мало и нужно ), журнал операционной системы, централизованный сбор на сервере. Если событий не много их удобно писать в журнал, поскольку в доменной среде им можно централизованно управлять плюс он хорошо интегрирован с ad авторизацией и можно триггеры планировщика заданий на них вешать.