Ветвление, как?
git-flow habrahabr.ru/post/147260/
это очень легко, можете ещё видео погуглить.
Ну, я в свое время выработал для самого себя такие рецепты:
Прежде чем создавать две разные ветки надо прикинуть а какие сущности затронет модернизация. Если они пересекаются, то лучше создать одну ветку. 
Это если изменения небольшие. 
Ежели планируется что-то крупное, тогда лучше для каждого такого изменения отдельная ветка. И да, потом придется их сливать ручками.