PhpStorm удаляет файлы и папки на удаленном сервере (Remote Host)?
index0h высказал уже предположение. Могу предложить в дополнение только перестать работать по ftp. Это очень плохая практика - лучше научитесь пользоваться git и деплоить проекты через ci/cd. Например, с помощью gitlab
Если у вас авто синронизация установлена - файлы будут и удаляться тоже. Настройте игнорирование каталогов, которые вы не хотите затронуть