Почему сайты на сервере работают медленно?
Гадание на листьях опавших с ветвей сакуры нифига не даст. 

Тупо ставьте метки по ходу выполнения кода, в конце считайте время выполнения кусков, смотрите какой кусок тормозит, разбивайте его на более мелкие таймфреймы, пока не вычлените проблемный кусок. Из опыта - 90% что тормозят запросы в бд, но вышеописанным способом это легко вычисляется. 

Так же есть вероятность что проблема не на бэкенде, а в подгрузке ресурсов типа фонтов или скриптов со сторонних сервисов, которые сейчас работают не очень стабильно (ну да, "а что случилось?"). Опять же легко проверяется разницей между выполнением всего кода и полной загрузкой страницы.
а че он у Вас в swap уполз? мож ему оперативки не хватает?