Что выбрать для MVP мобильную версию сайта или приложение?
разумеется сайт.   никтог не  станет ставить неведомое  приложение. а  сайт  кликнул  и все.
Для начала, лучше создать веб-версию. Приложение можно будет написать позже поверх, используя rest api.
Что касается бэкенда, то я бы советовал смотреть в сторону фреймворков по типу:

laravel на php
Django на python (Синтаксис куда проще, но менее производительный(впрочем, если речь идет о небольшом объеме клиентов, то это вообще не проблема)) 

(Вообще, фреймворков очень много, почти для каждого языка, но это те, с которыми я работал)