Где или как можно повысить навыки композиции сложных проектов на PHP?
Книгу про паттерны проектирования корпоративных приложений читали?

Вообще, как я понимаю, надо просто хорошо понимать что такое, как делается и зачем были придуманы штуки вроде N-tier architecture, MVC, DI, и принципы вроде loose coupling, DRY, KISS — по моему, это те теоретические вещи которые надо знать, и которых для веб-приложений достаточно, а дальше уже идет опыт вроде «мы использовали такой-то подход и наткнулись на такие-то недостатки».

Я не уверен, что вы найдете где-то например проект с примером идеальной архитектуры и не найдете описание такой архитектуры, так как всегда приходится принимать решения на основе существующих требований, ограничений, совместимости с существующим кодом, и т.д.

И не стоит ограничиваться условием «именно на PHP». Архитектура она на то и архитектура, что не привязана к конкретному языку.
Только устроившись на работу в фирму, которая занимается реальными крупными проектами. Потому что без практики тут никуда...Можно разобрать сотню фреймворков, а в итоге "обосраться" при первой встрече с  кодом РЕАЛЬНОРАБОТАЮЩЕГО крупного портала.