Как уберечь офисные файлы от повреждений?
1. нет. хотя в какой-то форме кэширование есть, но вряд ли это полная копия файла на локальном диске; майкрософтовская реализация закрытая, так что хрен знает, как в точности оно работает.

2. нет.

3. У вас файловый сервер виндовый, так самое простое настроить на нём штатную Volume Shadow Copy, например с интервалом один час или два часа. Резервируете какой-то объём на диске и в пределах этого объёма будут создаваться теневые копии. Это не заменяет бэкап, т.к. хранится на том же сервере, но зато гораздо оперативнее бэкапа, не тормозит работу в течение дня.

5. https://ru.wikipedia.org/wiki/SharePoint Microsoft SharePoint Foundation — бесплатное приложение к Windows Server; предоставляет базовую инфраструктуру для совместной работы: редактирование, хранение документов, контроль версий и т. д. Также он включает в себя такую функциональность, как «маршруты» движения документов (платформа для документооборота), списки заданий, напоминания, онлайн-дискуссии. 
Теневые копии для этого существуют и автосохранение в экселе.

Так ли работает SMB2? Файлы копируются на локальный ЖД и изменения производятся именно там?SMB передает информацию может весь файл, может часть. Как скажете, так и будет.
Эксель копирует файл и работает с ним локально.

Решится ли проблема при переходе на SMB3?Нет конечно.
Что можно использовать как решение "малой крови"? Может NextCloud развернуть, или подобие?теневые копии.
Есть ли системы вроде NextCloud, поддерживающие редактирование именно через Word\Excel, а не веб?Ну тот же NextCloud разве не поддерживает редактирование через ворд?
Если SharePoint, то он всегда коммерческий и дорогой?Ну да.