Игнорирование файлов при пуше
ну так и правильно. Если ты его заносишь в игнор, он у тебя удаляется из репозитория. И ты можешь держать вместо этого файла два разных файла на разных машинах. Просто вставить их туда и все.
Положите его за пределами репо и симлинкайте, когда это необходимо.