Почему видео на 6 минут рендерится больше суток в Adobe after effects?
Исходя из того, что у тебя всего 16GB RAM можно предположить, что медленно из-за этого. 
То, что Motion Blur выключен - это очень хорошо.
Но есть и другие моменты:
1) выставлен ли максимум используемого RAM в настроках AE General->Memory, путём уменьшения резерва памяти для других программ (или в настройках Media Encoder (Preference->Memory) - эти настройки динамически меняются для этих приложений)?

2)чистишь ли ты перед рендером память в AE: Edit -> Purge -> All memory & Disk Cache ?
3) увеличен ли размер кеша настроках General->Media&Cache повыше от стандартных (32GB к примеру)
4) выставлены ли запись кеша на SSD , но не на HDD там же
5) запись рендера файла идёт на SSD, а не на HDD?
6) после запуска Media Encoder с готовым к старту проектом нужно чистить память (пункт 2) и, что очень важно, закрывать After Effects.
7) в настройках Export Settings в энкодере в Video->Bitrate Encoding обязательно выставить 1 проход (pass)

Также , там же в настройках можно понизить FPS rate, рендерить в 60 fps как тут было сказано вообще не стоит. 24fps будет достаточно, но в случае с ужасной скоростью рендера можно выставить рейт пониже.
8) Могу дать ещё маленький совет , который мне порой экономит до 50% времени: перед рендером, когда композиция уже есть в панели Media Encoder и настроена как надо: закрыть энкодер и перезапустить сессию винды на ПК. Потом запустить енкодер (композиция будет добавлена) и запустить рендер.
Ну видимо потому, что 6 минут обычного HD видео, это например 1920x1080, 16 млн цветов, умножить на 60 кадров в секунду и получаем:

360 секунд минут по 60 кадров = 21 600 изображений, которые нужно обработать и наложить несколько эффектов.

А затем все это еще и сжать в два прохода h264, при этом где-то еще это все хранить (а если взять raw, то 1920 * 1080 * 4 * 21600 = 158 гигабайт)

Поэтому да, рендеринг это всегда требует огромных мощностей.
Вы же слышите как рендеринг крутых сцен в фильмах стоит миллионы. Вот потому что да, рендеринг, кроме работы 3д художников и монтажа, стоит еще и очень неслабых вычислительных мощностей.

Я бы сказал, что у вас основная нагрузка больше на видеокарту должна идти. НО и на диск тоже.