Как смоделировать вселенную?
Думаю в процессе создание подобной системы Вы столкнетесь с рядом проблем, решение которых потянет на нобелевскую премию каждое. 
Я думаю, что взяться за подобное может только человек, который даже приблизительно не понимает как это реализовать и от того и не видит в этом проблем.
Я уже молчу про вычислительные мощности, которые понадобятся.
Начните с чего попроще, например напишите алгоритм, который умеет играть в шашки. Или ИИ для игры в крестики нолики.
https://ru.wikipedia.org/wiki/Игра_«Жизнь»