Как найти скрипт, изменивший текстовый файл?
для начала определиться с понятием "при запуске пользователем сайта"...
для ос Windows есть набор программ SysinternalsSuite, а там есть procmon.exe которая мониторит различные системные вызовы в том числе обращения к файловой системе.

как вариант сделать только для чтения и смотреть где возникнет ошибка.