Как защитить прошивку Siemens S7-1200 при передаче заказчику?
В Tia Portal есть штатный механизм Know-how protection - вы блокируете паролем доступ к исходному коду блоков FB, OB, FC. 
Если у заказчика нет среды разработки, то ему необходимо передать SD-карту или ее образ. 
При этом учтите, что если вы передаете не саму SD-карту, а ее образ, то бинарный образ SD-карты вам не подойдет - при компиляции проект привязывается к серийному номеру конкретной SD-карты. Вам необходимо передать файлы "SIMATIC.S7S" и "S7_JOB.S7S"

Проконтролировать вмешательство вы можете проверкой контрольной суммы - контрольная сумма находится в свойствах контроллера (раздел Device configuration) - General - Checksums.
Программным способом ее можно получить с помощью GetChecksum.
Слово "прошивка" подразумевает что-то уже скомпилированное и готовое к работе.
Если у вас эта штука компилируется, то ничего делать и не надо.