Как искать номер телефона по бд mysql через php?
Никак. Перед сохранением в базу данных надо нормализовать номера
Можно через REGEXP_REPLACE() преобразовать данные в БД на лету, и дальше по ним искать.
https://dev.mysql.com/doc/refman/8.0/en/regexp.htm...

удалить всё кроме чисел из значений в столбце phone
SELECT * FROM table 
WHERE REGEXP_REPLACE(phone, '[^0-9]+', '') LIKE '79xxxx'