Что не так может быть с FTP?
Попробуйте поставить пассивный режим и заливать не более, чем в 2-3 потока.
PS лучше как ZIP архив через веб и распаковать через панель управления (если возможно).
Попробуйте OpenVPN соединение (через какой-нибудь VPN сервис), так все будет идти мимо провайдера. Узнаете, влияет ли он как-то.