Как убрать шумы микрофона в ubuntu  ?
Я сделал как описано здесь https://habrahabr.ru/post/243977/
Звук стал явно лучше, попробуйте, может и вам поможет.
Как вариант можно перекомпилировать pulseaudio (без make install) с добавлением опции с шумодавом (noise cancelling или echo cancelation), делается это через библиотеку webrtc-aec. Где-то видел как это сделать, но найти сейчас не могу, было на askubuntu.