Как работать с API написанном на php из node.js?
JsonRpc это всего лишь buzzword, обозначающий недоREST (ну или переREST) через http.
Устанавливаете superagent через npm и вперед:request
  .get('https://api.mystend.domain.zone/jsonRpc')
  .send({ query: 'dogById', id: '13' }) /* тут вот некий объект, описывающий запрос согласно спецификации, которую вам должны предоставить разработчики вашего "JsonRpc" */ 
  .set('X-API-Key', 'foobar') // Ну и заголовочки (авторизация там может или еще что)
  .set('Accept', 'application/json')
  .end(function(err, res) { // Тут ответ этого самого JsonRpc
    expect(res.dogName).toEqual('Brownie');
  });
Решение от Александра Марченко верное, ошибка была потому что стенд не с той веткой собирала...