Skype в Xubuntu самостоятельно отправляет в чат команды для командной строки Windows. Как это происходит?
Возможно кто-то скриптом брютфорсит/ломает VNC, в вашем случае успешно, но скрипт заточен под виндоуса, поэтому такой эффект. Меняйте пароли, фаервольте VNC чтобы доступ был только из разрешенного списка сетей.
может проверить комп на вирусы, посмотреть какие происходят конекты netstat проверить автозагрузку