А как вы разделяете важность TODO в коде?
TODO должны быть не в коде, а трекере задач, где есть приоритезация. К TODO в коде отношусь отрицательно.
Наиболее востребованные пометки в коде — это участки, требующие рефакторинга и куски, где временно убрана проверка/подставлено значение/что-то закомменчено на время разработки и т п.

В связи с этим, два дополнительных типа: 
 — REF — refactoring
 — IMP — importance

//@todo REF Это нужно отрефакторить
//@todo IMP Вернуть проверку перед деплоем

По поводу поддержки IDE. Например, в моём phpStorm такие todo отображаются в специальной панельке. Плюс ко всему, есть возможность по шаблону задать разные цвета текста для того или иного типа.
Рекомендую ;)