Как получить значение из результата запроса в 1С?
И запрос поправьте.Функция ПолучитьЦены(Контрагент, Товар)
Запрос = Новый Запрос;
Запрос.Текст = "ВЫБРАТЬ
    	|	ЦеныКонтрагента.Цена КАК Цена
    	|ИЗ
    	|	Справочник.Контрагенты.Цены КАК ЦеныКонтрагента
        |ГДЕ
    	|	ЦеныКонтрагента.Ссылка = &Контрагент
    	|	И ЦеныКонтрагента.Товар = &Товар";
  Запрос.УстановитьПараметр("Контрагент", Контрагент);
  Запрос.УстановитьПараметр("Товар", Товар);
  Результат = Запрос.Выполнить().Выбрать().Следующий(); 	
  Возврат Результат.Цена;
КонецФункции
Вы получаете таблицу (пусть даже состоящую из одной строки).
Вам нужно не просто результаты запроса читать, а или обходить все строки таблицы в цикле или прямо обращаться к первой строчке таблицы.