Запуск стороннего приложения?
Разбирайтесь со своей программой. Зачем она чего-то ждёт? Она вызывает Process.waitFor()? Потому что иначе вызывающая программа не ожидает завершения вызванной. Вот код для примера:
import java.io.IOException;

public class Run {
        public static void main(String[] args) {
                try {
                        new ProcessBuilder("/usr/bin/kwrite").start();
                } catch (IOException e) {
                        e.printStackTrace();
                }
        }
}

Запускает программу и завершает работу (в Linux). Подставьте запуск notepad и проверьте. Неужели Java-программа не завершит работу?
Мне нужно запустить программу из Java и закрыть Java приложение. При этом запущенная программа будет продолжать работу.
У меня получается только запустить приложение и я не могу завершить работу Java приложения. Т.е. оно ждет когда будет завершено запущенное им приложение.