Можно ли написать на java электронный дневник с нуля?
Да.
Согласен с Сергеем Горностаевым по поводу того, что нельзя дать однозначный ответ.
А так, если нужно это реализовать на java, то я бы сделал  следующее...
1) Создать веб-приложение на основе Spring Boot
2) Создать десктопное приложение на основе JavaFX
3) На Spring добавить небольшой микросервис для того, чтобы десктопное приложение работало.
4) связать все это дело...
другой вариант - 
вместо JavaFX также использовать Spring. Т.е. Развернуть спринг приложение на десктопе....