Есть ли альтернатива querySelectorAll во Vue.js?
Если вы используете querySelectorAll для работы с шаблоном компонента, то похоже вы делаете что-то не правильно.

$ref единственное и по сути правильное получение DOM элемента внутри vue. $ref это по сути id, иных вещей нет, только уже указание селекторов для querySelectorAll.
Если вам приходится каждому элементу DOM давать ref внутри 1го шаблона, то опять же, скорей всего вы что-то делаете не так. 

Покажите или расскажите детальнее, какую задачу вы решаете и скорей всего есть решение лучше, нежели то, что вы пытаетесь сделать
https://ru.vuejs.org/v2/guide/components-edge-case...
Когда ref используется вместе с v-for, то ref будет массивом, содержащим дочерние компоненты, отображаемых от источника данных.