Как правильно наказывать разработчиков за срыв сроков?
Ну начнете наказывать девелоперов, они начнут называть сроки вроде месяца для задач на неделю.
Тут одно дело, когда работа шаблонная, многократно выполненная (как скажем типовой сайт), в таком случае все сроки можно прикинуть более-менее точно. Другое дело, когда что-нибудь создается уникальное и не шаблонное, ошибка может быть в разы. 
Я бы посоветовал два-три раза в неделю узнавать у каждого, чем он занимался предыдущие дни, какие проблемы есть, какие решения он видит, чтобы видеть в реальном времени как меняется оценка и ситуация. Но да, тут желательно бы самому разбираться хотя бы на среднем уровне, чтобы понимать о чем речь вообще.
Блин, ну как наказывать)))
Как  в 50 оттенков серого)))
будет 50 оттенков разработки)))