Какие подводные камни есть в использовании MongoDB?
у Монго одно достоинство - скорость чтения, т.е. для формирования страничек, простых выборок - самое оно
жизненно важные штуки: транзакции, целостность данных -  без реляционных никак
это, разумеется, когда скорость - решающий фактор
когда скорость неважна  - NoSQL  до RDBMS далеко по удобству и широте применения
Подводные камни у каждого свои ) Расскажу про свой небольшой опыт использования Mongo. Что сразу обращает на себя внимание в сравнении с реляционными базами - большой напряг именно с реляционными данными. Все отношения перекладываются на бизнес логику. Нет безопасности, нет хранимых процедур (в последней версии не знаю, ещё не смотрел). Только данные. Но я бы не стал считать их критичными недостатками. Просто в моей тогдашней программе 99% работы - только чтение. Проект не сильно нагружен.
Но с другой стороны очень удобно работать когда у тебя везде JSON - и на сервере и на клиенте. Мне понравилось грузить данные напрямую в angular.
В принципе перечисленные "недостатки" - это просто особенности. Надо попробовать самому.