WEBui для работы с FTP?
net2ftp — нужно вбивать параметры сервера

не обязательно, в файле settings_authorizations.inc.php можно прописать свои параметры
oliver — странные ограничения на размер файла (больше 2мб не пускает, в настройках ничего не нашел на эту тему)
А в настройках PHP ничего по поводу размеров файлов или POST сообщения нет? А не стоит-ли перед php какой-нибудь nginx со своими граничениями по размеру запроса? Если в коде ограничений нет, но они присутсвуют ищите в настройках среды.