Можно ли устанавливать безопасно файл apk, если вирустотал не нашёл каких либо вирусов в нем?
Это все равно лотерея и вопрос репутации того места, где вы взяли APK. Просто потому что вирустотал может не знать о какой-то зиродей, о которой знает автор APK. Может помочь отлеживание APK на полочке в течении одного-трех месяцев, чтобы у вирустотала базы обновились.
Так же как и программу на ПК

Если ты доверяешь издателю и сайту откуда её скачал - то да