Система управления заявками учет времени, канбан, Scrum?
bitrix24 там можно ставить план на время и трекер там тоже есть (запускается вручную)
planfix тоже самое (емнип)
Для автоматического трекинга нужно использовать сторонний софт, подробный список кину в комментарий.
Не очень понял про интеграцию в методологию Scrum.
В Flowlu есть модуль Agile для управления задачами по Scrum.
И есть модуль для классического управления проектами. В нем - канбан, диаграмма, учет планового и фактического времени
сайт - https://flowlu.ru/