Nginx + php-fpm не находит домены?
я не понимаю, проблема в том, что вы не можете соединиться с mysql по localhost? проще всего оставить 127.0.0.1 и не греть голову.
если же кровь из носу хочется именно localhost, то очевидно же, что в этом случае коннект идёт через сокет, которого в вашем чруте нет. прокиньте сокет mysql в chroot и будет вам счастье.
а в лог нам предлагаете смотреть?