Как на PHP выполнить долгий скрипт?
у вас проблема не со временем, а в том что память заканчивается, или memory limit поднимайте или оптимизируйте алгоритм. 
очень подозрительный код, если это консоль, то зачем там ob_* функции и flush ? 
данные не нужно накапливать в памяти сохраняйте обработанные данные сразу в базу или файлы
Может вам стоит попробовать генераторы, если версия php позволит, тогда вопрос с памятью отпадет