Как написать bash скрипт который выполняет все файлы что в папке?
Как вариант:find /home/blabla/files/ -maxdepth 1 -name '*.fastq' -exec fastqc {} -o /home/outfiles \;
Едрить, старый топорный метод:cd /blabla
list=`ls -1 *.fastq`

for onelist in $list
 do
   fastqc $onelist -o /home/outfiles
 done