Бэкап нескольких ящиков по imap
Ну или другой вариант: есть ли какое то средство, которое позволяем пачкой перетаскивать несколько ящиков с сервера на сервер(imap/exchange)?

imapsync
fetchmail(wiki) или любой другой сборщик почты. Можно и postfix'ом собирать, уточните условия.