Безопасно ли подгружать конф для nginx из директории пользователя?
Если "пользователю" дано право туда писать - нет, не безопасно
Пользователю вообще не нужно хотеть менять настройки веб-сервераЕще вопрос в том сможет ли пользователь повлиять на работу сайтов других пользователей создав какие-либо записи в своем конфигурационном файле?да, сможет. Если у веб сервера есть право писать в пользовательсике директории, то можно будет все там удалить
Если нужно дать пользователю писать конфиг, то пилим контейнеры (докер), в которых будет отдельный nginx и все остальное что им нужно и пусть убивают свой контейнер как хотят
ну конечно же нельзя 
только на неделе же такая уязвимость нашлась в панели веста