Если запаролить флешку через Bitlocker, то все файлы можно будет восстановить после форматирования флэшки или нет?
для этого не нужно шифровать, для этого нужно правильно удалять/форматировать.
Лучше не битлокером, а отдельной программой типа AxCrypt. 
Почему.
Битлокер шифрует ключом, который хранит в списке сертификатов пользователя. Если винда переставляется, например, то шифровальный сертификат пропадает - и все, аля улю файлы :)
JFYI: можно отформатировать флэшку так, что ничего нельзя будет восстановить. Причем стандартным форматтером в винде :)