Какие есть плюсы/минусы composer?
Проще всего сравнивать Composer c Bundler'ом.
Composer не является средством для деплоя или миграций типа Capistrano\Сapifony, его основной задачей является менеджмент зависимостей. Когда в либах находят дыры или правят баги и нужно быстренько обновить зависимости - лучше средства нет.
Дело в том, что нет альтернатив. А PECL/PHAR вообще трудно назвать расширениями (хотя они расширяют ядро, а не ваш код).