Как записать файл в определенное место hdd?
Под Windows столь необычный трюк можно выполнить своим кодом, используя FSCTL_MOVE_FILE. Т.е. не создавая файл, а перемещая существующий.

Либо накидав на диск кучу файлов, а потом с помощью nfi.exe (NTFS File Sector Information Utility), или DiskView, или fsutil querycluster посмотрев что именно лежит в интересующих вас секторах.

То же самое можно сделать в hex-редакторе, но тут уже требуется некоторое понимание файловых систем.

Под Linux загляните в исходники dd (в качестве потенциального источника идей) и посмотрите на --write-sector в hdparm.

Также можно воспользоваться debugfs:
debugfs:  testb 100500
Block 100500 marked in use
debugfs:  icheck 100500
Block   Inode number
100500  1488
debugfs:  ncheck 1488
Inode   Pathname
1488    /home/psiklop/hentai.mkv
Кроме того, в своё время был DiskExplorer, но RunTime, по-моему, очень давно не обновляли свои инструменты, так что не знаю насколько оно работает сейчас.

нужная прога вылетает
Если же говорить в целом, то сама по себе такая идея - не очень. У вас уже пошли вылеты, а в будущем диск здоровее не станет, только продолжит покрываться бэдами. 
Так что запись файлов, создание разделов вокруг, лечение (remap) и прочие ухищрения относительно bad block'ов - это пластырь на умирающую лошадь.

Забэкапьте содержимое всего диска и попробуйте сдать его по гарантии, если она не закончилась. Если закончилась, то используйте как свалку для того, что не жалко потерять.
Нет конечно