Как открывать пользовательские приложения с правами sudo?
вам не пользовательские приложения открывать с правами super user надо, а рекурсивно владельцем каталога с проектом сделать вашего пользователя.

sudo chown alexey:alexey /home/alexey/projects/<путь до проекта допишите>/ -R
sudo /path/to/my/cool/application
Как-то так..