Нагружает php скрипт, что делать?
Что в вашем понимании нагрузка на оперативку?
То что сайт кешируется это не нагрузка.
Напишите вывод команды 
free -m
Если будет cached большим объемом то ничего страшного.
можете написать скрипт на сброс кеша, если вас это напрягает
sync ; echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches
На сколько длительное выполнения запроса? Если >4 минут - увеличивайте время задержки.
Если скрипт просто хреново написан и по дороге число ПИ до 10^100 высчитывает - придется переписать.