Почему autoload лучше не использовать?
нет лучше/хуже: полностью устраивает его функционал - используйте, не устраивает - пользуйтесь другими методами.
1. Потому что он не поддерживает пространства имен (классы под namespace)
2. Потому что, нельзя зарегистрировать несколько автозагрузчиков. Только один.