Как скачать файл с Github только один раз и затем игнорировать изменения в нём?
Обычно в проекте добавлется пример файла конфигурации или какая-то дефолтная конфигурация.
К примеру в git database.yml.example, а в .gitignore database.yml
.gitignore именно для этого и создан. Каждый программист клонирует проект, затем вручную создает необходимый файл (копирует из какого-то места). Наличие имени файла в .gitignore гарантирует, что он не попадет в индекс.