Почему пропали файлы на диске в GPT, которые скопированы с диска в NTFS?
Наиболее вероятная причина - компьютер не выключался, а отправлялся в гибернацию (поведение по-умолчанию для Windows 10 точно, для 7 - не помню). Отсюда - флаг "dirty" на файловой системе, отсюда - проверки перед запуском, отсюда - удаленные как ошибочные файлы.
Устранение неполадок.