Bootstrap-что это, и в чем его суть?
Любой framework, это набор готовых часто используемых методов, заготовок и т.д. Его задача сократить время разработки. В нем уже реализовано то, что чаще всего используется. 
Bootstrap - это css framework + несколько часто используемых js решений.Как я понял можно работать прямо в нем
дичь. Работать можно с его использованием или без него. Использовать его можно по разному. Можно подключить весь, можно через сборщики собирать только то что требуется по частям (не углубляйтесь пока в это, юзайте простой вариант).
Считайте это HTML/CSS шаблоном.