Какая есть литература про парсинг различных форматов данных?
У каждого формата есть спецификация - вот ее и читайте
Литература - очень сомневаюсь в этом, уж больно много нюансов.
А вот ПО с открытым кодом (библиотеки и т.д.) - имеются. Допустим, Apache Tika.
Если для полнотекстового поиска нужно, то лучше взять готовое ПО: Apache Solr.