Существуют ли проблемы использования Intel Xeon E5-1620V3, 3500MHz в домашнем ПК?
Возможно даже лучше. Только что с разгоном плохо, да и то как повезет.
В данном вопросе все зависит от вашего бюджета на стенд, без споров линейка Intel Xeon E5 под сокет LGA2011 и стандарт памяти 4 поколения, это хороший прирост производительности но только в том случае ели у вас при сборке стенда не особо ограничен бюджет, если вы планируете, взять этот  проц и мать под его это норм, но при этом поставить небольшой обьем памяти, с экономить на харде и видео системе, я считаю  не рационально и бессмысленно если вы планируете собирать систему на полтора 2 года без улучшений, если же бюджет неограничен то собирайте и не задумывайтесь даже про старые стандарты! Серверный проц будет быстрее, десктопных вариантов! По поводу разгона скажу да это не особо радует, ноя думаю для таких задач штатного с головой достаточно будет на 1,5-2 годика, а там проабгрейдите систему или продать и собрать новую))