Простой установщик программы на Виндовс, вместо ИнсталлШилд и ИнноСетап?
Ваша проблема в том что вы пихаете весь объем в екзешник инсталлятора.
Любой экзешник такого объема будет исполняться очень долго, это не зависит от инсталлятора.
Исполняемый файл должен быть полностью прочитан и загружен в память. Если на целевой машине памяти будет 2гб, она вообще уйдет в подкачку, и зависнет минут на десять.
Поэтому - маленький экзешник на пару килобайт, и рядом архив со всем необходимым.
Рекомендую  NSIS