Как платежные системы решают вопросы сохранности данных при использовании очередей?
Очереди как правило работают с данными в оперативной памяти
Вот тут и вся проблема наличия данного вопроса. Нет и еще раз нет. Практически никто не работает напрямую из памяти и вообще есть несколько подходов к реализации. Разумеется в HA используются подходы с сохранением на диск данных по аналогии с Kafka. А что до платежных систем так там все иначе работает, абсолютно. Ну, то есть очереди присутствуют все еще, но транзакционность достигается не за их счет
Исходный вопрос вместил в себя слишком много разнородных тем и он немного сложнее, чем просто выбор между хранением данных в памяти и на диске. Все-таки, насколько я понимаю вопрос в архитектуре очередей в высоконагруженной системе?
Если да, то во-первых, в необходимо использовать очередь, состоящую из кластера узлов.
Во-вторых, надо определиться, что именно важнее для вашей системы: согласованность или доступность кластера.
Например, с RabbitMQ можно выбирать в какую сторону проводить оптимизацию.