Насколько быстры cms на файлах при большом количестве файлов?
При таком кол-ве файлов это будет глупо.
Всё зависит от реализации структуры хранения и алгоритма поиска в этом хранилище.
Если всё сделать грамотно - это будет однозначно быстрее, чем mysql.
Но, это только разговор про чтение!Пруф: Dokuwiki - работает без БД, на файловом хранилище.
Если Вам нужна модификация/выборка данных - лучше, всё-таки, использовать БД.