Как сделать update в flask sqlalchemy?
Через filter или filter_by можно получить нужные строки - filter и filter_by. Затем можно уже в цикле обойти все записи и записать нужное значение.
НО! это не самый лучший подход, точнее это плохой подход! В SQLAlchemy есть один хороший метод - update. В итоге можно сделать всё примерно так:u_id = get_userid()
rows = Stat.query.filter_by(user_id = u_id).update({'user_id': 1})
db.session.commit()
А вообще не нужно ничего гуглить, всё есть в официальной документации.
Можно написать самому миграцию. Если что пойдёт не так - откатишься. 
Для фласка есть плагин (который есть обёртка над alembic)