Сколько налогов заплатил Яндекс в русскую казну?
Думаю, об этом можно будет узнать из первого отчета Яндекса перед инвесторами. Обычно такие отчеты ежеквартальные. В них есть вся финансовая информация.
Вот, можно ещё проспект эмиссии посмотреть: www.sec.gov/Archives/edgar/data/1513845/000104746911005463/a2204298z424b1.htm

Что касается того, где выплачиваются налоги — думаю первична именно «дочка», т.е. сначала платятся налоги в РФ. А дальше, если прибыль не тратится на нужды компании — она идет в дивиденды через Yandex N.V.