Как сделать, чтобы бот банил пользователей, которые находятся в его БД?
Можно, если у бота есть соответствующие права на сервере.

Хорошо, раз поправил вопрос, поправлю ответ:
1. Читаешь таблицу в БД, где хранятся пользователи, подлежащие бану. Работа с БД - это отдельная песня, почитай про модуль sqlite3 и что-нибудь по основам SQL.
2. Читаешь список забаненных сервера, чтобы определить, кто уже забанен.
3. Определяешь тех, кто еще не забанен, но кого нужно забанить.
4. Банишь. Можно использовать Guild.ban() или Member.ban()
да можно если есть доступ к базе данных