Как структурировать js код в проекте?
Нельзя же в js написать что-то типа require "чего-то там".
Можно !
requirejs.org
Есть require.js, есть commonjs, есть es6-модули (это новый стандарт, а сейчас можно babel'ом компилировать и полифилы использовать), есть модули typescript, есть coffescript-модули. Отдельные фреймворки (например, angular) имеют свои системы модулей.
Лично я использую requirejs на работе. Довольно удобная штука для тех, кто не может использовать es6. Осваивается минут за 10-15, в инете полно инфы.