Как отключить SSH и потом включить через PHP?
Для безопасности лучше всего иметь скрипт (на bash), который будет по таймеру смотреть наличие специального файлика или записи в базе, и соответствующим образом включать/выключать сервер. Таким образом, даже если PHP будет скомпрометирован, никуда больше злоумышленник не попадет.
Возможно что-то вроде:
shell_exec("service ssh stop")
shell_exec("service ssh start")
Правда, что делать с запросом рут-прав я не придумал.