Мог ли я повредить пиксели на мониторе?
На мониторе грязь была, а вы ногтём поцарапали экран. 
Думаю так.
Скорее всего - просто грязь. Что-то налипло. По описанию - это может быть засохший сок от фруктов - ели яблоко или арбуз вблизи. Он брызнул и застыл. На ретине экран с достаточно прочным покрытием, не берусь сказать, что это стекло, но оно точно прочнее пленочного покрытия, как например на Macbook Air, ногтем его не поцарапать, если специально не преследовать этой цели. Микрофиброй чуть влажной должно оттереться, либо просто подышать и протереть микрофиброй. В комплекте тряпочка хорошая идёт.