Как ускорить копирование большого количества мелких файлов?
Только блочное копирование всего диска целиком на более быстрый накопитель, само собой более быстрый накопитель должен быть как минимум такого-же объёма
Особо ничем не ускоришь, к сожалению. Узкое место в данном случае — мелкие случайные чтения, с которыми HDD не особо дружат.

Можно попробовать Total Commander с его оптимизациями или специальные программы типа KillCopy, пытающиеся копировать в несколько потоков. Если конечно доверяете надежности этих программ.

И еще посоветую посчитать контрольные суммы и сверить потом. Чтобы не было мучительно больно, так сказать.