Как сделать Desktop-агента для сайта?
Судя по описанию, Вам нет необходимости десктопнеого приложения, Вам нужен именно функционал алерта.
Последние Safari и Chrome поддерживают html5-notifications что полностью покрывает ваш функционал.
Была реализована RSS-читалка в виде алерт-программы. Необходимый функционал покрыт.