Как защитить файл, с serialize содержимым?
Все ответы не стоят одного комментария от Армянское РадиоЧто вы понимаете под "химичили" и куда в дальнейшем направляется файл?
До получения ответа на который ни одного ответа написано быть не должно.
Одна из вещей, которая отличает обезьянку от специалиста - это наличие опыта. И выработанная интуиция на говнокод. Если человек спрашивает, как ему приделать к велосипеду квадратные колеса, причем отдельно оговаривает, что цвет велосипеда  красный - это однозначно говорит о том, что в голове у него винегрет, и он что-то изначально делает неправильно. поэтому надо сначала спросить его - ЗАЧЕМ ему валосипед с квадратными колесами.
А потом объяснить, как делать правильно.
если без хранения файла на стороне клиента никак не обойтись, то направление верное
в вашем случае файл можно либо шифровать, либо подписывать, например к сохраняемым данным добавить вычисленный хэш код данных, чтобы убедиться, что данные не были изменены
разумеется следует добавить соль и использовать алгоритм, который нельзя (без знания соли и т.п.) воспроизвести на стороне клиента