Какой выбрать nodejs Framework?
Так это же только обертка графическая, что там красть то? как вы запрашиваете данные? Ну так это можно и так посмотреть куда приложение обращается формат запроса/ответа и взять все данные, electron/nwjs/(любой толстый клиент или браузер) неважно. Какой нибудь fiddler покажет все. а в коде подключение к бд и всё, плакал мой проект, который снесет первоклашка.
ну так не подключайтесь на прямую к бд а все делайте через API своего сервера.
А любое приложение можно посмотреть на Асме и вытащить что угодно. Это конечно не школьный уровень, но... Как вы никто не делает. Нужно либо сильно урезать клиентскую учётку в правах, либо писать северный API.
А десктопных фреймворка насколько знаю всего не много: Electron, NW. JS, что-то хромиумное и... все вроде.
Не нравится - пишите на другом языке.