Вирусы на сайте. Как взломали FTP?
«Он сложный, его не подберёшь»

Угу, только вот передаётся в виде plain text ) Может стоит подумать об SSH/SFTP? Заранее прошу прощения, если у вас и так уже всё секурно в этом плане, просто у вас там упоминается «просто» FTP.
Сайты хостятся на шаредном хостинге? ОС сервера?