Стоит ли использовать Mongo?
Извиняюсь за оффтоп, но в ваших примерах вроде 
SELECT * FROM categories WHERE id IN (SELECT category_id FROM sites_categories WHERE site_id = SITE)
JOIN принципиально не используется???

А картинки попробуйте на Amazon хранить
Будьте внимательны! Принципы построения БД в Mongo другие. Нужно понимать, как она хранит объекты и что загружает объект целиком.