Почему тормозит SELECT запрос (выполняется 0.5 сек)?
Вообще по поведению похоже на обычную работу кеша. Данные обновились, кеш инвалидируется и холодный запрос занимает 0,5с. После его выполнения результат кешируется, поэтому последующее выполнение запроса происходит "мгновенно". Грубо говоря, 0,5с - это и есть реальное время выполнения этого запроса. Вот только почему у вас нету такого с wp_postmeta - вот это уже интересно.
индексы правильно расставлены?