В какую сторону копать настройки windows?
Куда копать? 
Проверьте, как минимум, жёсткий диск, а лучше оба накопителя Р.тестером и посмотрите что он выдаст. 
Это уже даст либо повод для размышлений, либо осознание того, что искать надо где-то ещё.
Всем спасибо. Проблема решилась копированием нужных файлов на отдельный винт и форматированием. Прогнал на всякий случай chkdsk /r.
Скорее всего проблема была связана с правами NTFS, как об этом говорил Ezhyg.