Как организовать охлаждение микрокомпьютера?
Я так понял, что радиатор, показанный на вашей второй картинке, плотно прижат к процессору и снимает с него тепло. Если я понял правильно, то нижняя крышка, показанная на третьей картинке и начисто блокирующая обдув этого радиатора, выглядит по-идиотски. 
Так что, на мой взгляд, ваш первый вариант (прорезка большого отверстия в нижней крышке, восстанавливающего движение воздуха в рёбрах радиатора) - правильное решение.
Кулер любого типа, дующий на плату сверху, бесполезен. Если и ставить кулер, то надо направлять его воздушный поток на рёбра радиатора. Но вполне аозможно, окажется достаточно и пассивного конвекционного движения воздуха, это надо проверять экспериментально.
Я сделал так. не очень то эстетично, но мне это не принципиально. Вообще можно и один оставить, но сделал уж 2. Дополнительно просверлил дырки под вентиляторы. Опять же не очень то и красиво вышло, но у меня малинка в кладовке висит, использую по разному, пока что как домашний медиасервер с торрентом
spoiler


