Почему переодически самостоятельно закрываются приложения?
Они точно не сворачиваются в трей? ОЗУ достаточно и swap не отключен?

Приложения могут убиваться OOM killer, чтобы не допустить полного забивания ОЗУ, которое приведёт к зависанию системы.
Благодарю, что навели на мысль, проблему решил увеличением swap.
Решение нашёл здесь (может кому пригодится): https://www.linux.org.ru/forum/general/16138308