Как вывести всплывающее окно на всех сайтах находящихся в подпапках?
есть 2 дериктивы php.ini
auto_prepend_file
auto_append_file
https://www.php.net/manual/ru/ini.core.php#ini.aut...

С помощью них можно заинклудить автоматически файл в начало или конец всех скриптов
Эти дериктивы можно задать как через php.ini так и через настройки веб сервера, в апаче через .htaccess

Текущий путь смотрится через значение переменной $_SERVER['REQUEST_URI'] вокруг которого можно построить всю логику

Чтобы не сломать ничего в работе CMS нужно будет очень тонко подойти к внедрению скрипта, если пойдете по этому пути, так как инклуд одного скрипта во все другие может сломать что угодно в логике.
Само всплывающее окно и его реализация всплывания не интересует,
ну, тогда никак