Skype + сворачивание в трей?
Скайп без проблем сворачивается в трей вроде бы.
Проверьте галку «Настройки -> Дополнительно -> Не убирать Skype из панели задач, когда я в сети»
Или вы не хотите видеть скайп даже в трее и пытаетесь убрать его оттуда?
Так по дефолту он как раз в трей и сворачивается.
Во всех виндах у меня так было и в линуксе.
Или Вы наоборот не хотите, чтобы он был в трее?

Тогда в чем суть надписи «достало то, что он бесполезно занимает место среди открытых окон»?