Чем оправдано использование QueryBuilder и ActiveRecord в одном проекте?
AR как правило использует свой QueryBuilder.
И в сумме называется это ORM
А так же QueryBuilder можно вызывать "напрямую" т.к. он публичный.
Так что это не взаимозаменяемые вещи вообще.
Другой вопрос если используется две разные не связанные библиотеки, это уже что-то страшное. Я такого не встречал.
Ну и что-то подсказывает что так делать не надо.
Зависит от размера проекта. 
Для прототипирования AR лучше. 
Для крупной разработки нужен будет билдер запросов. 
Соответственно можно использовать первое и переписывать на второе по мере роста