Возможно ли смещение рабочего времени в трудовом договоре у программиста?
Наплевательски переступить через штатное расписание и коллективный договор, "Святая святых" любого ФГУПа и НИИ и тд. 
 может помочь закрытая стрип вечеринка в бане с большим боссом вашей компании,
то что ваша организация является гос структурой не имеет ни какого значения,
ибо все мы люди и не что человеческое нам не чуждо : ) 
Если же столь высокопоставленная персона после столь захватывающего мероприятия не пропитается к Вам симпатией необходимо упомянуть о Вашем маниакальном желании
выложить сие бесстыдство на всеобщее обозрение, мотивировав тем что как добропорядочный и социально ответственный гражданин вы не можете ходить на работу к 9.00 утра с таким моральным грузом, но вполне сможете его вынести со свободным графиком  : )
коррупция процветает договоритесь
Доп соглашение об индивидуальном графике.