Как из Flash читать/писать в базу данных (MySQL или MSSQL)
рекомендовал бы помотреть в сторону AMF3. 
Это родной для flash/flex формат передачи данный.

На серверной стороне если php то Zend_Amf (http://framework.zend.com/download/amf) или php-amf3 (http://sourceforge.net/projects/php-amf3/), последний в разы быстрее, если python тогда pyAMF в связке с django, twisted или чего-то другого по вкусу )) про java не в курсе.
garbage-collector.ru/2007/05/assql_actionscript_mysql_driver.html — здесь что-то на эту тему. Сути не помню (давно уже читал), но вроде как работа с сокетами напрямую происходит.