Как скрыть данные токена телеграм бота в открытом репозитории github?
Все приватные данные выносятся в конфиг. Конфиг исключается из под контроля git. Пример конфига со звёздочками вместо данных кладется в репозиторий.

В качестве конфига может использоваться обычный *.java класс.
Вот как это делается через переменные окружения
https://docs.oracle.com/javase/tutorial/essential/...