Как организовать учет ПК, чтобы не крали запчасти?
На работе сделал идентификаторы на самоклеющейся бумаге по этой статье :Идентификаторы для инвентаризации ИТ оборудования ...
Еще варианты с хабра:Инвентаризация офисного оборудованияКак надо и как не стоит проводить инвентаризациюОперация Инвентаризация
Для самого учета можно использовать:
Платное:1C-конфигурация "Учет компьютеров" - tunesoft.ru
Бесплатное:OCS Inventory Учет оргхтеники в организации V 3.Х  - xn--90acbu5aj5f.xn--p1ai/?page_id=1202БКО (База компьютеров организации) - bko.shatki.infoOpen-AudiT - www.open-audit.org 
Ввести, например, регламент: 
adminland.ru/blog/politika-predostavleniya-polzova...
Ну и использовать систему контроля, например Nagios.
Рекомендую конфигурацию на 1С Управление IT-отделом 8
Есть все, для учета оборудования, мат. ответственность и куча всего остального связанного с повседневной работой IT-шника.