Как в PHP отделить HTTP-запросы из мобильного приложения PhoneGap от всех остальных?
Добавить X-%HeaderName%  заголовок
Решение:
Использовать в config.xml строку:<preference name="AppendUserAgent" value="Ваше добавочное значение" />
ну а далее в PHP на сервере смотреть на наличие этого добавочного значение в $_SERVER['HTTP_USER_AGENT']