Как подобрать сервер?
Зависит от задач. 
По цене первый вариант ( с 2мя цпу в одной коробке ), конечно же дешевле при прочих равных. 
По надежности - so-so, в коробках обычно по 2-3 БП, 1 проц тоже может вылететь, сетевух 2 обычно, память с ECC может вылетать... Впрочем, если мать сгорит - то всё, а вот на двух серверах у вас один останется точно =) 
По производительности - целиком и полностью от задач. Можно написать приложение так, что оно сможет эффективно работать на двух машинах, а можно не написать =) 
Например, раздача статики с двух серверов будет сильно быстрее (и её легко раздавать с двух серверов). А вот схема сервер приложений на одной железке + бд на второй будет медленнее одного сервера, если один сервер не упрется в IO.
"Как понимаю по цене 1й вариант выигрывает.
А по производительности ? 2й?"
Скорее всего по цене 1-й, по производительности зависит от Вашего приложения, но, скорее всего, 1-й.
"Лучше посоветуйте нормальный сервер, до 55000р." - посмотрите в сторону supermicro, сконфигурируйте.
"Чем лучше готовые вариант, чем собранный вручную?" - тем, что все компоненты правильно подобраны и гарантия на устройство "целиком", не надо конфигурировать по HCL (не вся комплектуха есть).
"Если самому собирать, то можно сэкономить от 10к р или получить мощнее." - можно, но есть и обратные примеры, когда люди теряли деньги и даже работу.
Парочку готовых вариантов - 3nity.ru/viewforum.php?f=1&sid=d94e1860402c37a54a5...
Совет для Вас - купите готовый или закажите сборку у "интегратора".