Подмена контента на основе UTM, стоит ли?
Это никак не скажется на поисковой оптимизации.
Пример из жизни такой подмены: Вы заходите в магазин. Вас спрашивают "Вам что-то показать?". Это дефолтный сценарий работа скрипта сайта. А если продавцу заранее известно, что вы пришли купить хлеб, он задаст вопрос иначе "Какой хлеб вам предложить?". То есть суть (попытка продать товар) не изменилась, меняется только подход и методы. Если вы "угадаете" желание клиента - это только повысит конверсию.
А поисковые роботы будут видеть только дефолтный сценарий, так как они не используют метки.
Это конечно имеется ввиду в идеальных условиях.
Не разбираюсь именно во вреде к seo, но роботы не индексируют то, что добавляется с помощью js, по умолчанию. 
Я думаю если сделать 1 вариант статичным и два в динамике то наверное будет все ок.