Как закрыть служебный файл в корне сайта?
Не надо хранить служебные файлы в директории, доступной из web.
Если я не ошибаюсь, в вашем случае, подойдёт CHMOD.  А если хотите закрыть доступ от поисковиков - robots.txt в помощь. Или гуглите в этом направлении.
PS: Или как сказал artem78