5400rpm vs 7200rpm у HDD, стоит того?
Сильно ли оправдано беспокойство, что 5400rpm замедлит мой геймплей
Да, сильно.
Как вариант - собрать на двух-трёх HDD RAID0-массив, который будет работать значительно быстрее.

Реально ли 2.5" 5400 rpm снизит уровень шума по сравнению с 3.5" 7200 rpm, 
Ну вот на ноутбуке я слышу, как работает диск. Тихо, но слышу.

Я бы на вашем месте поставил SSD побольше или купил бы недорогой NAS, который засунул бы в шкаф и забыл о нём.
Нет смысла брать особо тихие диски.

Во время активного геймплея кулера видяшки раскручиваются громче дисков. Во время если не шпилить, диски ничего не делают и не шумят.