Возможно ли измененить дефолтную конфигурацию Mikrotik на свою?
Специально для этого придумали Branding package - пакет, похожий на остальные компоненты RouterOS, не удаляющийся при обычном ресете и включаящий в себя в том числе и дефолтный конфиг
https://help.mikrotik.com/docs/display/ROS/Branding
Попробуй чере 

/system default-configuration script