Как организовать подключение JS к вьюхам ASP.NET MVC?
А почему бы не прописать все, что нужно в _Layout?
Только лучше не по отдельности скрипты подключать. а использовать бандлы, если, конечно, используете asp.net mvc 4 и выше. 
А так надо четко осознавать, для чего нужны конкретные скрипты и где они могут понадобиться. Если везде - то _Layout, если нет, то лучше иной раз _Layout не перегружать, а вынести в отдельную секцию скриптов