Как вы дебижите свои Node app?
Юнит-тесты (и разбиение приложения на отдельные, отлаженные и покрытые пакеты) здорово уменьшают потребность в отладке. Ну а остальное по старинке, console.error:(
Я, чтобы избавить себя от вечного мониторинга логов повесил глобальный хендлер на uncaughtException и отправляю себе эррор-стеки на имейл. 
Очень удобноprocess.on('uncaughtException', function (err) {
mailer.SendErrCrashEmail({err: err, stack: err.stack});
});