Нормальный ли этот HDD?
Ну так если одновременно и проверять диск поблочно на скорость доступа (линейно), и копировать туда файлы - то в любом случае скорость проверки будет значительно падать, ибо считывающая головка будет прыгать туда-сюда между проверяемой дорожкой и записываемой. А перемещение головки - довольно медленная операция.
Телепаты в отпуске. Единственный способ проверить -- воткнуть БЕЗ переходника. И все вопросы отпадут.