Чистый IKEv2 туннель между linux (as a server) и mikrotik (as a client, dynamic IP)?
Только не IKE. IKE - Internet Key Exchange - протокол обмена ключами - используется для установления IPSec-туннелей (использующих протокол ESP для транспорта пакетов). 
А так - работает только в путь! Вот я сейчас например сижу дома, а каталог "Мои документы" подключен через IPSec-туннель к серверу, который находится примерно в пяти километрах (если по прямой) от меня...
Roadwarrior-конфигурация называется. На сайте strongswan множество примеров.
Можно, работает.