Как сделать работу скрипта без пользователя?
можете попробовать pcnt_fork, если нужно что-то сделать, но чтобы пользователь не ждал. Но может быть установлено маленькое время работы скрипта. Еще есть fastcgi_finish_request. Отдаете пользователю данные, вызываете функцию, клиенту отдается ответ, а скрипт продолжает работать дальше.
Но все-таки, если это нужно часто лучше использовать очередь, так как fork создает копию процесса.
Пользовательские задания сохраняешь в табличку, пишешь скрипт который выполняет задания из этой таблицы и вешаешь на cron.