Почему PHP скрипт занял всё место на диске?
Классический stackoverflow.
Сдаётся мне, что "раздуло" своп из-за использования стандартных PHP-функций на нестандартных объёмах данных. Т.е. алгоритм не рассчитан на работу с входными данными такого объёма.
Ищите: где у Вас bottleneck-функция в коде алгоритма.
Своп на диске?
Напарсил в память/своп/временные файлы?