Какие выбрать инструменты для SEO и аналитики маркетинговой компании?
Для Яндекс.Директ могу посоветовать: Direct Commander, Key Collector, Yandex.Wordstat, Microsoft Excel и собственная голова для сбора ключевых слов. Хотя некоторые инструменты подойдут и не только для ЯД (по подбору ключевиков).
Сервиса, в котором все можно совмещать, не знаю.
seranking.ru - анализ позиций, сайта, ссылок, конкурентов, трафика, составление сем. ядра, отчеты для клиентов.
Контекстные рекламы мне удобнее в самом Директе и Адвордсе (+ Метрика, Аналитикс, разумеется) анализировать, при необходимости выгрузка в Эксель. Есть еще Директ Коммандер и Гугл Адвордс Эдитор, но там не аналитика, а быстрые правки.
Соцсети аналогично в самих соцсетях и сервисах аналитики с помощью меток.