Пройдет ли проверку приложение с покупками в двух мобильных платформах и web?
Пропустят, вы ж в приложении принимаете оплату строго по правилам каждой платформы. 
А то, что оплатить можно и другими способами вне приложения ни Google ни Apple не касается.
разумеется, пройдет
100% пройдет, если в каждом маркете будет подписка только через него, без ввода кредитки для сайта
с вариациями (могут сделать замечание, а могут и пропустить) пройдет и если в приложении покупка и инапп, и оплата с внутреннего счета, пополняемого, опять же, через сайт/браузер