Резервное копирование на удаленный сервер
В Duplicati есть поддержка Rackspace. У Селектела есть поддержка Rackspace. У Селектела можно открыть до 10 учетных записей под одного клиента (если будете приносить им деньги в интересных количествах — возможно, договоритесь на большее к-во учеток). В панели управления вы будете видеть, в каком каталоге сколько хранится. У каждой учетной записи — доступ только ко своему каталогу, в котором (и подкаталогах) хранятся резервные копии. Вы выигрываете на том, что Селектел берет за все хранимое оптом, а вы со своих клиентов — в розницу.

Я в Селектеле не работаю, просто это единственное удобное решение, которое нам в такой ситуации подошло. Потом мы сделали свое хранилище в дата-центре, и стали делать копии на свои серверы через ssh (который тоже есть в Duplicati).
Если проблема только в ftp, то есть другие протоколы — например, sftp/scp на базе ssh.