Деплой джанги (и не только)?
fabric запускает скрипты (run) от имени пользователя, под которым произведен логин.
В случае использования команды sudo скрипт запускается от имени root.

По сути, результаты работы средствами fabric не отличается от работы средствами ssh-консоли. 
Непонятно, что в вашем случае кроется под выражением «проблема с правами», но регулируется все системой прав доступа к файлам операционной системы:
www.google.ru/search?q=unix+files+permissions
Если у вас возникают такие вопросы, обратитесь к ближайшему сисадмину.