Что такое mvc-паттерн на самом деле?
Поставь на базе фреймворка Laravel это решение - laravel-boilerplate.com
Это каркас приложения с некоторым готовыми модулями, легче понимать будет по уже написанному коду модулей. У нас коллеги, которые с Битриксом всю жизнь работали и про MVC ничего не знали, за неделю принцип поняли, опираясь на примеры кода. 

Что бы понимать MVC, надо понимать суть ООП. Для понимания сути ООП надо читать соответсвующую литературу. Это важно. Нужно научиться мыслить объектами, забыть как страшный сон всё, что ты знал до этого и заново учиться писать код.  

Что бы понимать, что такое разделение системы на слои, надо читать это (начни сразу с части 1, главы 1).  

Ну и на, мою статью на более "человеческом" варианте понимания МВС.
Проще всего объяснить это на примере функции:
1. Параметры - это контроллер.
2. Тело функции - это модель.
3. Результат (возвращаемый в место вызова) - это view.

MVC - это тоже самое, но другое название для другой сложности логики.