Как найти дубликаты по номеру элемента в массиве?
const getDuplicates = (arr, key) => Array
  .from(arr.reduce((acc, { [key]: n }) => acc.set(n, 1 + (acc.get(n) || 0)), new Map))
  .filter(n => n[1] > 1)
  .map(n => n[0]);


const duplicates = getDuplicates(arr, 1);
или

const getDuplicates = (arr, key = n => n) => Array
  .from(arr.reduce((acc, n) => (n = key(n), acc.set(n, acc.has(n))), new Map))
  .reduce((acc, n) => (n[1] && acc.push(n[0]), acc), []);


const duplicates = getDuplicates(arr, n => n[1]);
или

const getDuplicates = arr => arr
  .filter((n, i, a) => i !== a.indexOf(n))
  .filter((n, i, a) => i === a.indexOf(n));


const duplicates = getDuplicates(arr.map(n => n[1]));
Не поможет ли lodash?
const duplicates = _(arr)
  .map(n => n[1])
  .groupBy()
  .filter(n => n.length > 1)
  .map(n => n[0])
  .value();
Как это сделать коротко и красиво?
Машинокод хотите?)) Вариант LJ322 хотя бы читаемый.
let a = [
   ['a', 123, 'test'],
   ['a', 100, 'test'],
   ['rrr', 123, 'tt'],
   ['rrr', 9, 'tt'],
   ['b', 9, 'a'],
  [1,123,8]
];

let getDuplicates =(arr,i)=>{
  let temp = {};
  return [...new Set(arr.map(v=>v[i]).filter(v=>(v in temp ? !0 : !(temp[v]=1))))];
}
console.log(getDuplicates(a,1))