Структура БД для ведения статистики, как организовать?
Смотря что вам с этими ID'ами дальше делать.
Если хотите JOIN'ить, то лучше сделать промежуточную таблицу как все делают для many-to-many иерарихй.
Зависит от дальнейших действий с этой статистикой.
В общем случае — дата, id