Почему занижена скорость SSD?
И там, и там 16 линий вроде бы. 
А если внимательно? https://www.asus.com/ru/Motherboards/Z87MPLUS/spec...
1 x PCIe 3.0/2.0 x16 (x16 mode, yellow)
1 x PCIe 2.0 x16 (x4 mode, ) *1
А если очень внимательно:
*1: The PCIe x16_2 slot shares bandwidth with PCIe x1_2 slot. The default setting is x2 mode. Go to the BIOS setup to change the settings.
Накопитель вставлен, через PCI переходник с алиэкспресса
Ну значит фуфловый переходник. купите нормальный и будет вам счастье