Какую программу магистратуры выбрать программисту микроконтроллеров?
Лучше устройтесь на работу/подработку/стажировку в научный центр(или что то такое) при любой более менее крупной конторе. В отдел занимающийся микроконтроллерами и там коллеги вам помогут, и направят на путь профессионала. Плюс будете иметь бесплатный доступ к куче вещей которые стоят денег но на работе можно получить бесплатно:  программаторы, отладочные платы, лицензии(типа данфоса) и др приблуды. 
К слову пришлось пойти по этому пути. Итог у меня реальный опыт капает в строки резюме(+ учусь в магистратуре), а одногруппники учатся и ездят по европам на стажировки(от вуза, за 1 год было 2 стажировки одна на 2 недели, вторая на 5 месяцев). Однако смотря на них не жалею что пошел работать, потому что на работе приобретаешь тот опыт который в вузах не дадут. Плюс уровень знаний растет быстрее. Я был по успеваемости в конце списка, однако те люди которые остались, не пошли параллельно работать по профилю, смотрят круглыми глазами когда рассказываешь чем занимаешься и как это делаешь, им сложно.
Слышал про CUDA в МГУ, подробнее