Почему C/C++ проекты очень долго компилируются?
Компилятор долго оптимизирует код. Смотрит, что где используется, что можно выкинуть, где можно переставить местами что-то неважное, где цикл развернуть, где еще чего. Очень много оптимизаций. Обработка каждого файла - долгое дело.

Архаичная система заголовочных файлов же приводит к тому, что при изменении небольшой части проекта, фактически меняется куча файлов, которые все надо заново парсить и оптимизировать.
Можно использовать precompiled headers. Тогда компиляция будет быстрее.