Где выше качество обучения на ПМИ 01.03.02: в МЭИ или МАИ?
В 100500 раз - в ВУЗ не научат программировать. Могут дать  какую-то поверхностную базу по языкам и технологиям, не более. Программистом прекрасно становятся и без ВУЗ'а. Если хочется стать программистом то стоит начинать уже сейчас и самостоятельно, а ВУЗ закончить для корочки
Ничуть не умаляя достоинств ВУЗа как обучающего заведения (сам имею 2 высших) могу сказать что вопрос задан не совсем корректный и совершенно мимо ресурса. Как минимум для нормального ответа надо пройти обучение во всех трех и дать свою субъективную оценку, что во первых нереально, а во вторых конкретно вам может быть совершенно бесполезно, ибо "все фломастеры разные". Ну и во вторых - тут мало именно студентов (имхо), может посмотрите более профильные форумы по учебе?

К остальным - да, мне не пригодился матан(!), дифуры(!), теория меры, уравнения мат физики и даже теория иррациональных чисел, но вполне зашли дискретка, теория автоматов, теория графов, теорвер, алгебра и теория множеств. Ну и профильные предметы, типа основы рбд, кластерный анализ, (сюрприз!) программирование, основы оп. систем. Другой вопрос что это все училось мной 20+ лет назад, и сейчас есть много других источников информации. Но сруктурный подход к обучению в вузе не изменился, и это норм. Учат медленно, но ты выходишь с нормальным набором знаний, универсальным для большинства направлений. Все "молодые горячие" спешат рвануть в айти за длинным рублем здесь и сейчас, "потратить целых 3 года на образование - пфф, не смешите меня", нахватываются по верхам, потом смотришь на эти поделки и думаешь, как вообще у этого человека мозг работает?