Почему в linux нерекомендуют постоянно использовать root учетную запись?
"Мама, смотри, я еду без рук!
Мама, смотри, я еду без зуба!"
Примерно поэтому. Риск напортачить выше, при этом 90% того, что вы делаете после ввода sudo, на самом деле прав суперпользователя не требует.
Плюс все созданные рутом файлы принадлежат руту, а это часто не то, что вы имели в виду. Вместо шаманства с chmod/chown проще войти под тем пользователем, который будет с ними работать.
Собственно, рекомендация "не работать под рутом" означает "не путай работу с администрированием, рут - только для второго".
Кратковременные подключения к удалённому серверу для его администрирования не тоже самое, что работа под Linux.