Нужен совет по MySQL и Php (как правильно составить запрос)?
я бы попробовал
BEGIN;
create temporary table TMP
  as select name, summ
    from THETABLE
    where original = 1
    group by name, summ;
update THETABLE set original_already = 0;
update THETABLE inner join TMP on TMP.name = THETABLE.name and TMP.summ = THETABLE.summ
  set THETABLE.original_already = 1
drop table TMP;
COMMIT;

Если критичны рессурсы = крон + выборка по 1000 строк за раз. Как-то так.