Как скрыть PHP код на сервере при условии что надо его править?
Щас предложу вариант, без конкретики но суть вы уловить должны, во первых, если надо править конфиги, вам не обязательно давать доступ к серверу, эти конфиги вы можете сделать редактируеми через какую нибудь веб морду, что касается запуска приложений, вы можете так же сделать пару кнопок, нагардив веб сервер соответствующими правами. Зачем давать доступ рута?
К сожалению в общем случае если вам нужно запускать скрипты под рутом, то злонамеренный программист может в конфигурационных файлах вставить свой код, который просканирует компьютер на наличие других файлов и скопирует их для изучения в каталог с доступом (или отправит по сети).
Если запускаемое приложение может работать без доступа к сети, то можно делать запуск в контролируемом окружении (виртуальная машина или lxc/docker контейнер), пусть он там что угодно делает, по окончании работы забираем ожидаемый результат и откатываем изменения.
p.s. есть способ, если все файлы проекта, которые вы хотите скрыть, не хранятся на компьютере совсем, а подгружаются через пайпы или перенаправления stdin с другой машины (по ssh например), все интерпретаторы позволяют это делать с помощью ключей командной строки... это не даст абсолютной защиты но сильно усложнит жизнь злоумышленнику, так как  для изучения ему понадобится анализировать дампы памяти.