Выбор ос. Windows 10 или Linux?
1. Любую из них, а вторую в вирутализации(vmware/virtualbox). Хостовой выбрать ту, в которой больше придётся работать, или ту, в которой будут запускаться наиболее ресурсоёмкие приложения. 
Весьма вероятно, что linux для ваших задач можно будет поставить вообще без графического окружения, в этом варианте, плюс возможно, Xming, или даже без него...
Или поставить их рядом, если не нужно одновременной работы в двух средах сразу.
2. Не так страшен чёрт как его малюют - в повседневной работе разница в производительности практически не заметна, особенно на десктопе/нотике, которые редко нагружается "под завязку". Ну может в тяжёлых играх несколько fps не досчитаетесь, но и там, обычно, всё же не проц узкое место.
3. В винде папку пользователей можно без проблем положить на другой диск, через реестр, используя симлинк, используя специальные проги для этой задачи. По поводу того, можно-ли как-то это сделать при установке, не уверен - давно не ставил. =)
Смотря что Вам нужно в Linux, вариант с каким-нибудь Virtualbox не рассматривали? 
Можете поставить Линь и Винду на один раздел, просто оставьте место под общую область, которую примонтируете в /home, таким образом у вас как я понял есть ssd (поставить windows) и hdd который можно поделить и поставить на одну часть Ubuntu.
выбор дистрибутива зависит напрямую от задач, я бы рекомендовал либо Ubuntu либо centOS по ним сейчас больше всего документации в сети. Хотя доки есть по всему)))) тут еще вопрос куда ткнете пальцем)