Наилучшая программа для шифрование диска с уже установленной ОС?
трукрипт и советую )
Вот еще одна статья, в оправдание TrueCrypt: habrahabr.ru/post/254777
Единственное чего не хватает, это поддержки GPT, которую так и не добавили. Но если у вас ОС на диске с MBR - TrueCrypt лучшее решение.