Внешняя или встроенная сетевая карточка?
А вы проверьте. Например с помощью iperf. Если не будет вытягивать гигабит, то поставьте pcie. Но думаю вы скорее упрётесь в дисковую производительность.
При прочих равных я бы выбрал отдельную карточку. Причина - если она сгорит, ее проще заменить, чем материнку. Ну и в случае, если задумаетесь о резерве, она так и так понадобиться. А производительность уж точно не зависит от формфактора.