Как исправить ошибку ssh?
Внутри systemd скорее всего пустой env, поэтому не находит сам ssh. Укажите полный путь к ssh в GIT_SSH_COMMAND=/path/to/ssh
Проще всего сразу в конфиге SSH прописать ключ для хоста и тогда SSH сам использует этот ключ, когда гит его запустит. .ssh/config:
Host github.com
  IdentityFile ~/.ssh/id_ed25519
В случае, если требуется несколько разных ключей для разных репозиториев, то делается так:
Host github.com-project-1
  HostName    = github.com
  IdentityFile ~/.ssh/project-1
Host github.com-project-2
  HostName    = github.com
  IdentityFile ~/.ssh/project-2
И соответственно для клонирования нужного репозитория использовать соответствующий для него хост. Т.о. все настройки ключей доступа для всех проектов будут в одном месте - в конфиге SSH, а не разбросаны по куче разных скриптов и файлов.