Стоит ли такое реализовывать: Логика на сервере который кидает комманды arduino?
В принципе просто последовательно-параллельный преобразователь сделать возможно и никто не мешает, но зачем использовать ардуино, когда у банана есть свои GPIO порты, если не хватает можно добавить просто расширителей и ничего никуда гонять не придется.
Вот если Вы хотите чтото типа csada сделать, то выносить логику на сервер со "SCADA" как раз-таки и не стоит- SCADA больше для отображения информации в удобном виде нужна (хотя во многих промышленных системах присутствует возможность управления оборудованием вообще без контроллера- нужен только комп со SCADA и набор интерфейсов, на практике такое очень редко применяют), ну и для удобного и централизованного изменения параметров (согласитесь:  намного легче и удобнее передвинуть на экране ползунок с надписью "Уровень воды в ванне", нежели залезать под ванну, вскрывать ящик и двумя-тремя кнопками менять значение параметра "LHA2" который мало того что не понятно назван, так еще и закопан на пятом уровне меню настроек, в придачу- вывод информации- на семисегментном индикаторе, а навигация/смена значений- кнопки типа "+","-","ОК","Exit").  В промышленности сейчас сложилась такая практика: несмотря на то что многие SCADA могут взять на себя функции контроллера, а контроллеры имеют встроенную визуализацию (часто еще и WEB в придачу)- задачи разделяют: контроллер выполняет всю или большую часть логики (опрос датчиков, вычисление управляющих воздействий, управление исполнительными устройствами и тп.), а SCADA- получает от контроллера информацию о "состоянии дел", отображает ее в удобном для оператора виде и "переводит" команды оператора контроллеру.