Почему разработчики не объединяют скрипты?
Я наоборот разделяю исходники, вплоть до отдельных sass файлов для шапки, контента, сайдбара и т. п.
Еще я разделяю html-файлы и include их потом. Комфортнее работать с кодом, который умещается на 1-3 скролла в редакторе.
Но в продакшен идет один объединенный минифицированный css-файл. 
А те, кто так не делают, просто индусы или типа того)
Либо, как вариант, ориентация на поддерживаемость кода без исходников. (Не все знают про препроцессоры, например)
А вот давай подумаем что дает сжатие в один фаил? 
Типа один запрос к серверу и трафика поменьше. А теперь начинаем копать глубже.
1. Много запросов - имеем с одной стороны параллельную загрузку с другой стороны, keepalive соединения  и переход на http2  в ближайшей перспективе.
2. Экономия трафика. Кто нибудь считал реальный выигрыш между минимизацей и gzip, что используется почти всеми серверами и браузерами? 10-15% выигрывает сжатый минифицированный перед сжатым не минифицированным. 
А теперь смотри дальше. Вот у меня вебаппа на 400кб. Вся такая модульная в разработке и слитая в 1 фаил при деплое. Я меня 1(!) символ и этого достаточно чтобы кэш полностью инвалидировался - все 400кб! Вместо того  чтобы перегрузился один модуль в 10кб.
Итого особых достоинств в современном вебе у слияния фаилов нет, а вот лишний гемор есть.