Как авторизоваться под пользователем nginx?
У меня работает php и nginx от пользователя nginx, я обычно работаю под root
Скрипты должны запускаться от обычного пользователя. Соответственно файлы должны принадлежать ему же.

Авторизоваться su username
Вернуться exit
Рекурсивно изменить владельца chown -R username: /var/www/username

Для этого нужно установить пользователю какой-нибудь нормальный шелл в /etc/passwd. Потом, собственно, можно зайти под ним через su nginx или просто выполнить нужную команду с помощью su -c.