Стоит ли сохранять в mongodb значения с null, или игнорировать их при записи?
Зависит от случая.
Например, если их не указать в базе, то клиент на JS получит в поле undefined, а не null.
Возможно, это сыграет роль в бизнес логике, и что-то пойдет не так.
Смотрите сами. :)
Стоит учесть другую проблему - добавление нового поля к уже существующей модели. В результате в БД старые записи не будут иметь нового поля, пока их не обновить.
Если использовать ORM - то в приложении все будет ок. Но следует учитывать это при построении запросов.