Как автоматически (SQL-запросом?) поместить сотрудников в какой то отдел в Битрикс24?
1) Никогда не работайте с Битрикс24 через SQL.
Битрикс не рассчитан на insert/update/delete через sql. Вы можете это делать, только если вы полностью разбираетесь в структуре таблиц и понимаете что после выполнения этих действия можете получить неработающий портал.
Максимум что можно использовать: select-запросы.

2) Для того чтобы это сделать "не заморачиваясь" с sql/php/rest api можно воспользоваться административной панелью (по-умолчанию скрыта, так что нужно зайти на адрес /bitrix/).
И там через список пользователей можно их поместить в нужное подразделение.

это можно сделать с помощью rest api и метода user. update, но там приложение нужно создавать