Как реализовать очистку директории раз в сутки, не повреждая нужные файлы?
Из крона периодически запускать удаление файлов с возрастом больше определённого (например, старше суток).
find /путь/к/файлам/* -type f -mtime +1 -delete
Очистка должна выполняться автоматически через cron