Как вы собираете свой проект?
никак.
Свой frontend шаблон вы в cms никак не привяжете.
Делается так: сначала верстается в своем frontend шаблоне , затем берется готовый html  и натягиватеся на смс.
Если надо переделать css/js - передлываете в своем шаблоне.
Простейшее добавление одного блока с двумя строчками кода приводит к новой пересборке всех стилей, на выходе опять же читсый html который снова нужно оборачивать php. 
Используйте единый файл стилей и формируйте сам шаблон из нескольких файлов, подгружаемых динамически: includeHTML.