Что будет за использование не активированной Windows 2008 r2?
При использовании любой уиндоус у вас могут возникнуть проблемы с железом.
Используйте свободное программное обеспечение. Установите  GNU/Linux сегодня!
На практике, проверяющие органы в первую очередь интересуют документы подтверждающие факт оплаты копии: лицензионная наклейка, договор, счёт или чек об оплате, техническая составляющая вторичная. Т.е. если вы докажите приобретение данной копии, то максимум, что у вас будет - это небольшие неприятности. В моей практике (сис.админ) были прецеденты, когда человек нагло бегал перед оперативниками и наклеивал наклейки на системники с крякнутой виндой, потом были следственные мероприятия, показания, допросы, но дело закрывали за не имением состава преступления.
PS: Тогда свелось всё к тому, что некоторые ПК изъяли, но в регионе нет экспертов уполномоченных проводить экспертизу ПО, а те кто проводили её не уполномочены, в итоге после 2-3 лет разборок дело закрыли.