Как скормить php-fpm bash скрипт?
Предлагаю продолжить вопросы.
"Как скормить MySQL конфиг от PostgreSQL?"
"Как скрестить амебу и обезьяну?"
"Как использовать монитор в качестве дверного замка?"
Никак.
php-fpm не для bash'а.
Обрабатывайте башевые скрипты иным образом.
Просто запустить можно с помощью HttpLuaModulelocation / {
  content_by_lua 'os.execute("/var/www/cgi-bin/script.sh")';
}
Или использовать через CGI с помощью fastcgiwrap и spawn-fcgi