Замена карты памяти в Android телефоне
Titanium backup в помощь.
Копируйте, только чем нибудь хитрым (а не дефолтным виндузятным проводником). Там есть файлы, название которых начинается с точки. Я через rsync -avP скопировал, всё прекрасно работает. 
# Наутилус тоже может сфейлить.