Как правильно выстроить процесс изучения Web-программирования «с нуля»?
1) Освой html + css, научись верстать Простые странички у себя на компьютере.
2) Освой серверный язык, например php. Организуй простой обмен данными между страничкой и сервером. 
3) Познакомься с mysql. Научись записывать и выводить данные, отправленные со странички.
4) ...
5) Profit
Эта связка была актуальна много лет назад, но она очень проста в освоении. Научись делать те простые вещи, которые я указал в каждом пункте и тогда поймешь что тебе надо учить и в какую сторону копать.
Хотелось бы как-то структурировать знания, накопленные за годы работ. 
мне прям интересно стало, что же ты читал годы времени, что щас тут задаешься вопросом изучать все с азов?
или ты безнадежен и веб - не твое. или я даже не знаю...