Почему популярные хостинги ставят по умолчанию режим PHP CGI/FastCGI?
PHP в режиме fastcgi дает некоторые плюсы:
- suexec -- запуск потока от имени владельца файлов, разграничение доступа;
- возможность контролировать количество процессов обработчиков, их время жизни, время простоя;
- возможность создать свой php.ini для каждого клиента;
- возможность обслуживать несколько версий php одним веб-сервером;
- утечка памяти в php процессе никак не сказывается на веб-сервере;
- возможность собрать apache в режиме MPM worker/event, а значит экономить память на каждое соединение.
1. Больше влезет обычных php-mod 
2. Некомпетенция ( прийдется допиливать убогие админки для работы с этим модом)
3. пхп флаги не работают в FastCGI из .htaccess а следвательно нужно еще допиливать разрешения на  кастомизацию php.ini, опять же кривые руки и всем нехочется, или ставить патч.
4. Дорогой хостинг может предоставить любые представления php из разумных разумеется. Все зависит от админа и не более.
5. Некоторые кренделябры всеже на FastCGI чуть чуть работают по другому а служба тех поддержки не особо горит желанием что то делать в направление увеличения звонков с вопросами.