Что быстрее запрос к файлам или к БД?
Запись и чтение файла обычно будет быстрее, но там есть определенные ограничения. 

Можете вместо mysql использовать sqlite, для вашей задачи её хватит с головой. И хранить данные так будет намного проще.
В общем есть практика для много пользовательских систем использовать БД и не файловые а серверные. 
По скорости  база данных всегда быстрее, причем она имеет константное время поиска, а в файле линейно возрастает.
Кроме того, база стремится загнать все данные в память, если вмещаются и тогда поиск вообще мгновенный. 
В общем используйте mysql это наверное лучшее решение. 
Или https://redis.io/topics/persistence но это на любителя