Есть ли программы для запоминания консольных команд?
Чем проще то ? 
в гугле получаешь результат моментально в первой строке выдачи
А чем вам простой alias не подходит? Обычный текстовый файл со списком alias'ов, сколько хотите комментариев пишите и автодополнение работает
Например: alias ap_upgrade="sudo aptitude upgrade"