Как настроить переменные окружения (NODE_PATH)?
Каждое значение в scripts — это, по сути, скрипт операционной системы. Все верно, написаны они для *nix, и под виндой работать не будут даже при всех переменных окружения, потому что конструкция типа NODE_PATH=$NODE_PATH:./shared не является валидной для виндового интерпретатора командной строки. Надо исправить на что-то такое: SET NODE_PATH=%NODE_PATH%;.\shared. Скорее всего, путь к папке shared должен быть абсолютным.
Команду build надо поменять как-то так: cmd /C "set NODE_ENV=production && webpack --progress --color -p --config webpack.prod.config.js"
Другие способы: 
1) сделать форк, написать на JS кросс-платформенные скрипты, которые запускают нужные вещи с нужными параметрами, положить их в папку bin проекта и послать pull-request
2) одуматься и перейти на линукс.
P.S. Сейчас для кроссплатформенного запуска с нужными переменными среды есть set-env (не путать с setenv).
Попробуйте в командной строке (от админа)npm install node-static