Как найти причину нагрузки на процессор?
Насколько я понимаю, cpu не при чём. На последнем графике явно виден пик iowait, значит, вам надо смотреть в сторону дисковой активности и всего такого. Настройте мониторинг IO, там будет понятно.
Можете также воспользоваться логгерами типа newrelic / appDynamics. Помогает