Переход с PHP на C#?
NuGet — система управления пакетами для платформ разработки Microsoft, в первую очередь библиотек .NET Framework. (С) Wiki.

.csproj не нужно трогать руками, его генерирует сама VS.

obj & bin folders

Изучайте сначала основы C#, а не прыгайте сразу с головой в ASP
Гляньте мои репозитории. 

bin  и  obj вас не волнуют это артефакты. 

Основа проектов файлы sln (решение)
они могут содержать кучу проектов, тут расширение может различатся. 

IDE  Дает адекватные подсказки по методам, но лучше все же по верхам пробежаться на сайте https://metanit.com/sharp/