Как реализовать доступ к API из приложения c# .Net?
Шифровать однозначно. Статья по теме: habrahabr.ru/post/144282
Для защиты алгоритма шифрования (хотя, даже если злоумышленник будет знать алгоритм шифрования, это ему мало что даст без закрытого ключа) можно библиотеку с алгоритмом реализовать на компилируемом в бинарный код языке (тот же С++). Но это в том случае, если не найдете готовых решений (коих много в сети).
Шифровать однозначно. Статья по теме: habrahabr.ru/post/144282
Для защиты алгоритма шифрования (хотя, даже если злоумышленник будет знать алгоритм шифрования, это ему мало что даст без закрытого ключа) можно библиотеку с алгоритмом реализовать на компилируемом в бинарный код языке (тот же С++). Но это в том случае, если не найдете готовых решений (коих много в сети).