Как реализовать PHP отдельным «процессом»?
fastcgi_finish_request
Либо по крону запускайте выполнение долгих действий (следите чтоб несколько копий одновременно не запустилось)
Либо отдельный демон.
Попробуйте форкнуть процесс по помощью pcntl_fork и остановить родительский.