Почему зависает remoteApp?
https://blogs.technet.microsoft.com/ai/2012/01/16/53/
Недавно мне пришлось отвечать на очередной вопрос клиента на тему некорректной работы выплывающих окон в 1С, работающей в режиме RemoteApp. На самом деле проблема достаточно старая и затрагивает работу клиента RDP версий 6.0-7.1, работающего на ОС Windows Vista\7 с серверами Windows Server 2008\2008R2 вплоть до SP1.
Выражается проблема в основном двумя типовыми сценариями:
Основное окно сессии пользователя теряет фокус, делая невозможным работу с программой
Всплывающие диалоговые окна не появляются на экране, а точнее – появляются под активным окном(а не над).
Быстрый исправить ситуацию можно с помощью хоткеев Alt+Tab или Alt+Esc для 1C, однако работа пользователей в таком режиме врядли будет приятной.
Однако, мало кто знает, что в большинстве случаев проблема решалась с помощью пакета исправлений, который вышел в конце мая прошлого года и доступен по ссылке – support.microsoft.com/kb/2384602/ru.
К сожалению, содержимое патча не попало в релиз SP1 для Windows 7 и Windows Server 2008 R2 и было выпущено отдельно, однако сейчас можно пользоваться объединенным декабрьским пакетом исправлений, который подходит как для RTM-версии, так и для SP1-версии ОС. Также туда вошли исправления для ряда других артефактов RDP, не связанных с модальными окнами. Скачать данный пакет исправлений можно по ссылке – support.microsoft.com/kb/2604066
Если вы испытываете другие проблемы с работой Remote Desktop Services, можете обратиться к списку доступных апдейтов – support.microsoft.com/kb/2601888
А что говорят счетчики производительности на хосте(ах) хостящих 1с?
Много 1с-ок - это разные инстансы платформы опубликованные в разных коллекциях или несколько открытых БД в пределах одной коллекции ?
далее -  что происходит на стыке 1с server-sql ? Или у вас файловые БД ?
"Я подозреваю, что remoteapp на одного юзера выделает какой то лимит по памяти и процессору."
c 2008R2 появилась такая фича как fair share 
https://technet.microsoft.com/en-us/library/dd560667(v=ws.10).aspx#BKMK_4
https://social.technet.microsoft.com/Forums/window...