Как объединить несколько файлов в один exe?
Правильный выход - перепишите весь функционал на любом компилируемом языке.
Гуглите например "bat2exe" - подобные софт есть.
Принцип у всех простой - создается самораспаковывающийся архив с возможностью запуска указанного файла.
Архив обычно распаковывается во временный каталог. Никакой защиты кода это не гарантирует - любой специалист сможет найти распакованные исходники. Поэтому, обычно, в этом нет смысла.
Как верно заметил # без наличия в комплекте портабельной версии интерпретатора питона вы не сможете гарантировать работоспособность набора.