Утилита для бекапов под linux
rsync
Руководство в man rsync
Шедулер — cron

Бэкапится таким образом большой сайт ежедневно без проблем в течении почти 4-х лет (база PostgreSQL и генерируемый пользователями контент, в сумме чуть-чуть не дотягивает до 150Гб).
Насколько я понял из тегов, нужно бекапить базу (ведь код в репозитории наверняка), так чем не устраивает cron + ssh + mysqldump + scp?