Как перевести работающий сайт на Wordpress на bootstrap 3?
Ну берешь такой и переносишь. В чем проблема? Или вас научить верстать?
В интернете полно статей про написание своих тем под WordPress.
Сверстать новую тему и посадить -)))  Бутстрап - это всего лишь верстка плюс чуток яваскрипта. Просто замените тему.  Если у вас нестандарт, тогда надо копаться и смотреть чего там не стандартного и соответственно садить тему с учетом кастомных кусков (переносить функционал в новую).