Bash как запросить права суперпользователя через GUI
В зависимости от системы.
Для убунту: gksudo command
Есть ещё 
gksu command 
Оно, в принципе, позволяет запустить приложение от любого пользователя (задаётся опцией -u). А вообще оно нужно там, где у пользователя нет sudo, чтобы запустить приложение непосредственно от рута. Например, в дебиане судо из коробки нет. 
Но в убунте оно работать при этом не будет, т.к. из коробки в убунте у рута пустой пароль, а первый пользователь созданный при установке имеет sudo на всё.