Как правильно использовать Bootstrap?
Кастомизировать
Может, вообще не использовать nav из bootstrap и делать самому?
Это логично.Правильно ли убирать bootstrap отступы у блоков .col через "important" 
important это кастыль. Старайтесь обходиться без него. Вы всегда можете сделать свои модификаторы.Правильно ли дописывать к блокам типа ".col-md-4" свои классы типа ".item .col-md-4" или лучше оборачивать их?
Семантика. В целом норм. Читаем про каскадирование и приоритеты селекторов.