PHP NODEJS откуда такая ощутимая разница в скорости работы?
в пхп на каждый запрос каждый раз происходит бутстрапинг, то есть каждый раз стартует новый процесс и инициализируется. а нода запускается один раз и запускает свой вебсервер. 
тестируете на локалке - может быть еще xdebug включен - он тоже будет тормозить. 
в третьих на ссд диске рез-ты у php могут быть лучше (если еще не используется).
А вы сравнивали код на node.js с кодом на PHP в стиле request-response-death или Event Loop?
Потому что в node.js-то у вас, скорее всего, код был написан по другой парадигме.