Что почитать об архитектуре приложений и фреймворков на php?
В целом сразу вас расстрою, то что вы хотите нельзя "разобрать" за пару месяцев. На это уйдет пару тройку лет. И книги которые стоит по этой теме прочитать имеет смысл перечитывать. Ну и практика практика практика.
Так же хочу заметить что "архитектура" это не что-то эдакое, а общее понимание команды разработчиков о том как функционирует приложение. Если этого общего понимания нет - у вас нет архитектуры. У многих разработчиков понимание пропадает уже через пару месяце стихийной разработки. Так что помимо архитектуры важно еще и процессы/методологии разработки подтянуть.
Так же стоит заметить, что все это приследует одну единственную цель - сделать процесс разработки эффективным в краткосрочной и долгосрочной перспективе. Если скажем у вас все приложение построено на процедурах и глобальных переменных поддержка такого кода скорее всего будет сильно дороже. но совершенно не имею представления о правильной архитектуре приложений на php
"Правильно" не бывает, все зависит от задачи. "Правильная" архитектура является:
 - понятной - то есть можно быстро разобраться. Это как читабельность кода (читать совершенный код Макконела) так и в принципе декомпозиция системы, разделение ответственности и т.д. (микросервисы, гексагональная архитектура). Тут можно посоветовать почитать Эрика Эванса.
 - удобной в изменениях (продумать все нереально, а сталобыть проще сделать так что бы адаптироваться под изменения в требованиях можно было эффективнее).
 - Тестируемой - то есть вы можете проверить работоспособность системы на различных уровнях. Тут стоит смотреть в сторону TDD или практик с той же идеей (сначала формулируем как работает и как мы это проверим а потом уже делаем).
Вот и все. Далее уже есть принципы SOLID (читать Роберта Мартина), GRASP (Крэйг Ларман), GoF (лучше тут почитать head first design patterns или даже начать с Мэта Зандстры, у него помимо паттернов еще про процессы мельком рассказано). 
Ну и смысла в этом всем нет если вы еще до конца не осознали что есть инкапсуляция и полиморфизм. Многие могут рассказать что значат эти термины, но на практике эти знания они не могут применить (чаще всего страдает инкапсуляция)или написании чего-то своего с нуля на чистом php
Такое решение может принимать только разработчик у которого уже есть за плечами хотя бы пяток лет опыта работы с различными (не одним) фреймворком и языками. В противном случае вы только будете заниматься бесполезным велосипедостроительством.идеально было бы вообще подробно расписанное сравнение внутреннего устройства нескольких фреймворков
Берете Symfony или Zend и вперед. Все остальные фреймворки "проще". То есть скрывают больше от разработчика. После них уже можно брать что угодно.
p.s. еще прочитайте тут: www.phptherightway.com
Проблема в том, что сам язык я знаю, но совершенно не имею представления о правильной архитектуре приложений на php.Касательно веб-сайта: базовая  архитектура и все этапы разработки: https://sitecoder.blogspot.ru/p/blog-page_23.html