Как начать использовать Docker?
У меня стоит апач+мускля, каждый сайт на отдельном порту.
Взаимодействие с виртуалкой докера будет на других портах? 
не обязательно. можно порты докера привязать к стандартным 80/3306Я так понимаю, если в докере будет работать апач+мускля, нгинкс и другие прелести, то с это избавит меня от установки этого всего на рабочей машине. Опять же, как будет докер понимать, что эту папку/скрипт обработать как php? Где будут лежать мои файлы и как я буду обращаться к ним, когда они в виртуалке? Мне их оставить на машине или уже работать с ними закинув на виртуалку?
папку с файлами можно "смэпить" внутрь контейнера. А можно файлы хранить в контейнере - и работать с ними через ftp/scp и т.д.  Второй вариант ИМХО правильнее (да и права не поплывут). Иногда работаю через репозитории, иногда вручную разворачиваю проект, если раскидать папки и настроить БД руками через эксплорер мне привычно и понятно, как я буду делать это через докер?
к контейнеру можно подключиться через ssh. Для большего понимания - мне нужен (пока) просто апач сервер и мускля, работа в основном ковыряние цмс, фреймворков и свои, учебные/рабочие проекты на всем этом.
контейнеры для этого очень хорошо подходят.
Посмотрите в сторону docker-compose :)