Что не так с MySQL?
Все нормально. Часто используемые данные загружаются с диска в память. А так же индексы и т.п.
Абсолютно нормально. Это называется "кеширование данных". При старте MySQL заново подгружает данные в кеш в оперативную память. Поэтому первые запросы идут долго. Повторный запуск этих запросов просто выгружает ранее полученные данные из кеша.