Стоит ли отображать рубрики в url?
1. Path не должен быть пустой (чисто из адекватных соображений), т.е. страница site-name.ru/category-name не должна вести на 404 или пустую.
2. Если руководствоваться логикой частотности запросов, то страницы категорий вполне могут стать посадками под высоко\среднечастотные.
3. Иногда генерируемые урлы от рута (сразу за site-name.ru/) могут привести к крашам, так как могут быть слабо отрегулированы под уникальность, да или другие конфликты в url-менеджере могут возникнуть.
Я делаю классическое site-name.ru/category-name/article-name.html
Сайты великолепно ранжируются, 85%  + ключей в топ 10 заходит. Инфосео.
Но это сумма факторов, в котором структура сайта лишь маленький кирпичик.