Собственные DNS — как осуществить?
Вам это не надо, просто заюзайте днс от регистратора (либо от яндекса pdd.yandex.ru) и пропишите ип для доменов.
Пропишите NS-ы домена site.ru вместе с IP адресами у вашего регистратора. 
На каждом ns-поднимаете bind и настраиваете нужные зоны. 
"Основному домену" просто указывайте новые ns-ы.