Чем отличается процесс верстки под ModX от сайта без CMS?
В случае MODX важна вложенность меню, и естественно чтобы было списком ul.
Первый элемент имеет класс first, а активный active.
Элементы контента страницы верстать без классов, а через наследование, т.е:.content img { float: left; margin-right: 1em }
.content blockquote { font-size: 2em }
Общий совет: не верстать одними div'ами, использовать HTML5.
Больше использовать неупорядоченные списки для группировки однородных элементов.
Вот пример такой некачественной верстки:<div class="partners">
    <div><a href="#"><img src="i/partner1.png" alt="partner"></a></div>
    <div><a href="#"><img src="i/partner2.png" alt="partner"></a></div>
    <div><a href="#"><img src="i/partner3.png" alt="partner"></a></div>
    <div><a href="#"><img src="i/partner4.png" alt="partner"></a></div>
    <div><a href="#"><img src="i/partner5.png" alt="partner"></a></div>
</div>
Ее можно переписать вот так:<section class="partners">
    <ul>
        <li><a href="#"><img src="i/partner1.png" alt="partner"></a></li>
        <li><a href="#"><img src="i/partner2.png" alt="partner"></a></li>
        <li><a href="#"><img src="i/partner3.png" alt="partner"></a></li>
        <li><a href="#"><img src="i/partner4.png" alt="partner"></a></li>
        <li><a href="#"><img src="i/partner5.png" alt="partner"></a></li>
    </ul>
</section>
Конкретно в случаем с MODX ограничений нету.
MODX "хавает" любую верстку. 
Но если вы меню сделаете чисто на ul > li > a
А активный пункт ul > li.acvie > a то получите + в карму в следующей жизни.