Какие программные методы защиты можно использовать фрилансеру в случае обмана со стороны заказчика?
Сделали сайт. Ок. 
выкинули к себе на облако. Поставили доммен и готово. 
Заказчик пользуется, радуется.
Ждете оплаты. Как средства поступили, отдаете облако заказчику.
Иначе просто закрываем сайт.
Я так уже лет 6 делаю. Все довольны и код всегда у вас до оплаты.
Если тут собрались товарищи которые отдают готовый сайт заказчику до оплаты, печально.
P.S.
Все финансовые дела надо проводить в письменном виде.
А то я вас знаю - предложу сделать сайт за 100к, вы мне отдаете а я вас посылаю. 
Подтверждения сделки нет
Ну дам можно сделать дырку, а заказчик отзыв вам отрицательный оставит и напишет вы дырки оставляете и больше никто никогда у вас ничего не закажет, аккаунт вам менять придётся. Причём он скажет что всё оплатил, а вы просите больше например.
А если заказчик сам программист ))