Что лучше при архитектуре базы данных?
Описываемое называется мультитенантностью. Правильная реализация зависит от конкретных требований к системе, вырастающих из того, какие отношения между тенантами. Однако, таблицы с префиксами - это однозначно плохое решение, лучше использовать раздельные схемы.
Если бд строите под энтерпрайз левел и у вас планируются милиарды строк в таблицах то вполне годно добавлять префиксы и группы таблиц скидывать на отдельные сервера а после на уровне приложения менеджить запросы к нужным серверам, но скорее всего лучше посмотреть в сторону кликхаус, ядб или носиквел базы которые умееют горизонтально масштабироваться и сами распределяют данные по серверам.
Если данных в таблице планируется набор строк до сотни милионов то схема 1 сущность=1 таблица отличный вариант