Существует ли способ защитить код написанный на Python?
1) Запускать приложение у себя на сервере по платной подписке;
2) Не использовать python;
3) PyInstaller(код правда скорее всего не защитите, а вот проблем появится вагон и большая тележка).

Короче, либо первый вариант, либо вариант - написать приложение на C/C++. Интерпретируемые ЯП не предназначены(несмотря на наличие костылей) для подобных дел.

Сейчас мода пошла, накопировать много кода с разных уголков интернета, и добавить всё это в один файл. Это разумеется не работает - далее мамкины бизнесмены идут сюда с просьбой переписать код, потом приходят и спрашивают как защитить код)))
Пример:

Похожий вопрос - Как защитить код?

если вы написали программу на Python, значит это уже не ваша программа. Вы подключаете кучу модулей, которые сделали за вас, и которым вы делегируете всю логику. Ваш скрипт это всего лишь диспетчер, который перебрасывает данные между процедурами. И, после этого, вам не совестно брать деньги?