Как объединить разные объекты в один единый (в AE (Adobe Illustrator))?
Выделите все и нажмите Ctrl+8 — это называется Make compond path (Создать составной контур). 
И тогда можно будет заливать градиентом от верха до низу всего единого объекта.
Используйте для объединения новый инструмент Adobe Illustrator CC 2015.2 Shaper Tool
В этом случае все объекты объединятся но останутся динамическими