На чем лучше писать приложение для Windows веб-разработчику?
Лучше писать на том, что лучше знаешь.
А вообще - C# это лучшее для десктопного приложения под Windows.
При использовании стека HTML & CSS & JS намного меньший размер, чем 50-100 МБ, невозможен в принципе, посмотрите, сколько "весят" браузеры, и не так уж это и много. Можно написать приложение на C#, а интерфейс делать с помощью разных "движков", но на хороших "движках", получится не намного легче, а WebBrowser, который ничего не "весит", вряд ли будет для вас "родным", это Internet Explorer.