Что лучше для seo маленький css или html?
С точки зрения SEO количество кода прямого значения не имеет. 
Количество кода влияет на скорость загрузки, а скорость загрузки влияет на SEO. 
Рекомендую вам оценить скорость загрузки и делать выводы на основе этого анализа.
Очевидно что при правильном подходе с отдельным цсс сайт будет грузиться быстрее