Считается ли хорошим подходом создавать исключения в Java?
иди дальше!
throw new BoxNotFoundException
throw BoxAlreadyScannedException
:)
Нет, кидать исключения - однозначно плохой вариант. Само слово "исключение" говорит об этом - ситуации в приложении должны быть не нормой, а исключением для броска исключения. Исходите из этого постулата.