Что будет с .deb в ubuntu?
1) Не будут делать, он уже есть (точнее 2 - для десктопа и для мобильных; тот что для десктопа, к стати, выпилили в 16.04 и запилили GNOME Software вместо него)
2) Отказа пока нет, Snappy будет развиваться параллельно, в первую очередь будет использоваться для мобильных телефонов, маршрутизаторов и подобных вещей где обновления в виде снимков гораздо надежнее
3) Пакеты можно ставить и другими способами - через терминал или тот же Synaptic (я им постоянно пользуюсь, снес Ubuntu Software Center давным давно)
4) С дистрибутивами ничего не будет
В целом вы что-то услышали непонятно где и откуда. Ничего кардинально не изменится, как минимум для десктопа, в обозримом будущем.
Ничего не будет, 95% пакетов в Ubuntu собираются из debian as-is без единого патча, вся движуха ведется именно мэйнтейнерами дебиана. 
Дебианщики никуда мигрировать не собираются => базовая убунта останется на .deb. 
Вот другой вопрос, что появится _ещё один_ способ установки программ. Вообще он сильно похож на тот же docker - программа приносит всё с собой в одном файле, запускается в контейнере. Единственный вопрос, что Snappy будет лучше в систему интегрирован.