Снизить обороты HDD (уменьшить шум)?
Если и есть то стоит запрашивать у техподдержки. Неофигиальные утилиты рискованно использовать.
Имхо более разумно заняться шумоизоляцией на уровне корпуса.
Из hdparm -h:
-M Get/set acoustic management (0-254, 128: quiet, 254: fast)
Оно?