Как лучше организовать отказоустойчивость linux сервера двумя свичами?
active-backup чем не устраивает?
В вашем случае, я бы остановился на active-backup от STP. С quagga тоже можно сделать, но там мороки много если на сервере много IP будет, то придется часто переделывать конфиг на квагге, можно и редистрибюцию настроить, но если будет кейс где не надо редистрибьютить все IP, а надо только конкретные и тд. Или на одном физ сервере будут много виртуалок с другими подсетями или же часто будут меняться или добавляться, то придется часто возиться с квагой. Если траффик не больше 1Г то лучше сделать active-backup. В идале надо бы поставить свичи, которые умеют работать в стеке и от стека уже тянуть агрегированые каналы до сервера.