Как правильно синхронизироваться с проектом, который находится на удаленном сервере?
Ну думаю все же стоит поставить какую то систему контроля версий. Странно как такой проект без нее обходится в принципе)
По-хорошему, конечно, надо использовать git. Но можно создать проект с опцией "файлы на удаленном сервере", и исключить из скачивания нужные папки.