Как скрыть софт для удаленого администрирования рабочего стола Windows?
Тим вьювер никак. А то попадет под категорию шпионского по
В настройках есть опция запретить выход + ставим пароль на вход в настройки
Теперь пусть хоть в диспетчере убьют все процессы, он снова перезапустится
А для скрытности есть radmin но его антивирь запалит. То что делается, для обхода его сигнатур стоит денег и временное решение
И да, чем удаленный рабочий стол не угодил?
Никак. 
Буржуи - они очень озабочены приватностью, там знаете ли, за такое запросто в суд потащат. Поэтому у них таких настроек просто нет. Что-то подобное есть в DameWare, есть такой режим в RAdmin, но версия с таким режимом - "по запросу".