В какой программе делать анимацию для презентаций веб сайтов и приложений?
Скажу про After Effects. Что бы делать плохо и некрасиво понадобится месяц на обучение самым основам программы. Что бы делать эффектно нужны годы, и дело не в программе, а в знании и владении принципами анимации, нужно иметь хорошее чувство вкуса, в общем важны будут руки, а не инструмент.
Для вас сейчас лушче всего будет покупать уже готовые шаблоны. Там сразу выглядит и эффектно и профессионально, а знаний и умений нужно минимум. Вот загляните на этот сайт videohive.net, поищите там презинтации сайтов и радуйтесь.
А чем стандартный PowerPoint плох?