Как переопределить стиль в CSS?
Если в бутстрапе нет стилей для нужных классов, то в любом случае надо ковыряться в jquery или прописывать вручную нужные стили. В ином случае можно просто подключить бутсрап в самом конце и он переопеределит свои стили поверх jquery.
В первом посте посоветовали подключать bootsrtap в конце - и вполне возможно что это выход.
От себя хочу добавить\напомнить что в css есть свойство clear - которое возможно, тоже поможет в данной ситуации.