Как организовать два варианта подключения arduino к компьютеру?
Можно, но сложно. Придется переписать стандартные библиотеки, добавив тот самый выбор, и дописать реализацию USB MasStorage.
Контроллер скорее всего будет Atmega32u4 - так как у него свой USB.
может быть использовать второй микроконтроллер как комутатор
для подключения к компьютеру или основного контроллера или карты