Почему скорость не поднимается выше 3,5Gbit/s из заявленных 10Gbit/s?
S5520UR по спецификации поддерживает стандарт pci-e 2.0, который дает на одну линию ~4 ГБит/с. Скорее всего ваш райзер делит х8 по одной линии на экстэншен слот, вот и ваши 4ГБит/с.
Вы пробовали провести тесты без райзера?
Не знаю где... Видимо в параметрах драйвера сетевух должны быть включены все offload, какие доступны.