Лучше использовать соединение с сервером по сокету или по хосту с портом?
UNIX сокет по своей природе будет быстрее, чем сокет TCP, но в отношении любой локальный основе веб-сайт + приложение базы данных, вы никогда не увидите заметную разницу в скорости между ними.
Говорить, что сокеты по природе быстрее - некорректно. Реализации сокетов разные бывают и не стоит забывать, что там в большинстве случаев FIFO. 
Но в данном случае да, mysql через сокет работает пошустрее (на какие-то миллисекунды, но всё же). 
Ходить на удаленный mysql через туннель - правильно. По дефолту mysql не шифрует ничего (про пароли при авторизации - не помню) и все запросы (и ответы сервера) можно выловить tcpdump'ом.