Какой смысл в фильтрах Visual Studio?
Фильтры в Visual C++ - это методика организации рабочего пространства. Это старая и проверенная методика, зарекомендовавшая себя в MSVC++ еще с очень старых времен.
Система фильтров позволяет организовать любую лапшу из файлов сторонней библиотеки, в которой все сделано по принципу: "Работает == Не трогай". Этим она чрезвычайно полезна.
Так же фильтры позволяют сделать более тонкую организацию в тех местах, где на уровне файловой структуры она бессмысленна.
Я бы не был так поспешен, ругая инструмент за то, что им пользуются явно неорганизованные или неграмотные "специалисты". В подавляющем большинстве проектов ты просто видел невежество. И ничего больше.
Да, фильтры никак не привязаны к реальным папкам, а это и не надо. Да, на диске все можно хранить в одной папке (и в этом реальный плюс фильтров). Да, фильтры позволяют организоваться только внутри пространства самой среды.
Но и ничего больше.
Многие люди не считают должным разделять заголовки и исходный код по разным папкам, пеняя на "слишком сложную" организацию Include Directories. Только это не проблема среды, это такой у людей стиль организации рабочего пространства.
Не знаю, что вы подразумеваете под фильтрами.
Про C++ ничего не скажу, пишу на ASP.NET.
В Solution Explorer видны все файлы и папки, включенные в проект. Если нажать "Show all files", то можно увидеть файлы и папки, которые в проект не включены. Можно кликнуть правой клавишей по не включенному в проект файлу или папке и в контекстном меню и выбрать "включить в проект".В итоге в подавляющем большинстве проектов (что я видел), все файлы лежат в одной директории, никак логически не разбиты и чтобы просто разобраться во всём этом мусоре - приходится включать Visual Studio.
Вообще-то структуру хранения файлов и папок продумывает программист,  даже дефолтная организация хранения в проекте (Content под css, Scripts под js, bin под dll и т д ) вполне логична и разумна.