Как лучше организовать структуру каталога?
и ни то и не другое
1. ты создаешь инфоблок с каталогом одноуровневый !
Все товары в 1 уровень
2. создаешь скеции древовидные как тебе нужно по свойствам.
3. вяжешь каждый товар на секции.
Получаешь
Вывод товара по секциям.
1. товар может находиться в  разделе "для дома" "красный" и "для дачи"
При этом урл у него будет всегда /catalog/tovar1/
3. Ты можешь строить хлебные крошки по пути которым идет человек.
Например
/каталог/трусы/сексуальные/красные/недорогие/
/каталог/трусы/сексуальные/недорогие/
/каталог/трусы/недорогие/
А урл будет всегда один.
/catalog/trusi_marry_34_read
На секциях ты пишешь сео тексты, генерирушь тайтлы дескрипшены.
Так же не забывай перекинуть пагинацию на аякс, или закрыть дисаллоу в робот.
Смарт фильтр тоже на аякс и тоже на всякий закрыть от индексации.
Поскольку это тоже дубли и они канибализируют запрос.
Тольк отак один товар может находиться в любом количестве каталогов, и не дублировать при этом урлы.
Конечно же нужно пользоваться первым вариантом.в первом варианте получается все свойства разных товаров будут в одну кучу, правдаэто можно настроить на уровне разделов.
Ну так настройте. Всего то.