Как лучше запускать задачу из cron каждые 10 секунд?
запускать каждые 10 секунд - не слишком выгодно.
Напишите себе демона и пусть он все время работает с банальной паузой или сверкой timestamp.
А в кроне просто периодически проверяйте запущен он или нет.
Почему вы цикл внутри PHP-скрипта решили делать, а не, скажем, что-нибудь такое:#!/bin/bash
for i in {1..10}
do
   /opt/php56/bin/php /home/k/tmp/test1.php
   sleep 10
done
Это, как и ваш "вариант номер 2" на другие кроновские задания никакого влияния не окажет.