Какая программа именно режет скорость интернета?
Программа называется shaper. Есть в составе многих прокси и сетевых шлюзов, а так же роутеров.
traffic inspector - классика жанра.
IPFW - если есть желание разбираться.
А по хорошему, такие вещи делать следует на сетевой железке или на шлюзе адекватном, винда под это дело не особо хорошо подходит.