Как использовать символические ссылки в проекте под гитом?
гит знает что такое симлинки и обходит их стороной :)
или сделай для каждого файла хардлинк.
или монтируй каталог через mount bind, такое подключение гит должон проглотить.
Сделайте линк в обратную сторону - из конечной точки на папку внутри гит репозитария.