Обращение к внешней программе на сервере Apache средствами php с последующим ответом?
Так порт последовательный или параллельный? Если последовательный, то комментатор вам предложил годное решение, а если каким-то чудом параллельный, то так:
Пишете программу на c++, которая сможет управляться аргументами коммандной строки типа такого controller.exe /p LPT1 /relay 2
Далее в php что-то типа такого exec("controller.exe /p LPT1 /relay".$relay); где $relay - релюха, которую вы будете врубать. Нужна будет помощь, пишите https://vk.com/vadimkholodilo
php.net/manual/en/function.exec.php
php.net/manual/en/function.system.php
php.net/manual/en/function.passthru.php
Но я бы использовал Python, например:
Flask + https://github.com/pyserial/pyparallel