Как нужно изменить функцию, чтоб значение obj не изменилось?
Самый простой, но не всегда рабочий, вариант это var objFromOptions = Object.assign({}, options.obj);
если ваш обьект имеет глубокое ветвление то можно юзнуть какойто плагин для глубокого копирования обьекта. 
Так же можно юзнуть JSON.parse(JSON.stringify(options.obj))
правда в обьекте сохранятся только данные, функции удалятся
Создать клон объекта?var objFromOptions = JSON.parse(JSON.stringify(options.obj));//es6
var objFromOptions = Object.assign({}, options.obj);//underscore
var objFromOptions = _.extend({}, options.obj);