Почему не работает str_replace?
Такие сложные конструкции лучше удалять preg_replace()$content = preg_replace('/\/\/<!(.*?)\/\/\]\]>/ism', '', $content);
Весь javascript крайне трудно поддается парсингу. Делайте все проще - через explode() и будет вам щастие.