Как организовать хранение аудиофайлов для серверного проекта?
1) Хранить аудио в папках, сохраняя значения путей в БД (Что на мой взгляд не правильно!)
именно ваш взгляд не правильный
Хранить аудио-файлы локально на сервере в отдельной папке - это плохо масштабируемое решение, хотя для старта сойдет.
Как отметил raiboon , лучше использовать протокол S3. Лучше облачный хостинг, потому что нужно еще правильно отдавать контент, чтобы отдачей контента занимался отдельный сервер (или сервера), ответственный за раздачу контента и всё это было быстро масштабируемо. Бизнес-логика веб-приложения тогда будет находиться отдельно от серверов отдачи контента.
При создании объекта аудио-файла можно генерировать GUID и его использовать как идентификатор для поиска в коллекции. Отдельный компонент может быть ответственным за построение пути к файловому объекту в S3 по искомому GUID, будет также включать bucket , регион.
Префикс пути будет постоянным, наподобие такого:"<bucket>.<region>.hostname/<parent_dir>/"
Суффикс - <GUID>
Если все делать по-малому (в домашних условиях), то можно хранить файлы в СУБД, конечно. Файлы лучше отдавать кэширующим сервером: Nginx, Varnish и др. При выборе Minio, RiakCS, Ceph, развертывание и поддержка инфраструктуры ложится на плечи сис. админа и это нужно учитывать.