Как лучше хранить теги к книгам в mySQL?
в отдельной таблице и еще одна таблица отношений тегов к книгам.
Начинать нужно всегда с третьей нормальной формы.
Любые денормализации итд делаются потом и отдельно, когда есть понимание по задачам и узким местам.