Как оптимизировать сервер под 1000 запросов каждую минуту?
Запуск скрипта относительно трудоемкая штука. Попробуйте передавать в скрипты id-шники не по одному, а пачками, а в скрипте обрабатывать их в цикле.
Но тут надо смотреть по логике, что именно делает скрипт и как можно оптимизировать его логику работы. Например кешировать рещультаты выборки из бд. Записывать результаты один раз в конце запроса, а не по одному (если это возможно). Какая версия PHP стоит, включен ли кеш байт кода?
Как вы предлагаете что-то вам советовать не видя собственно виновника вопроса и не понимаю что вообще происходит?