Как изменить версию php, которую использует веб-сервер?
Nginx не умеет самостоятельно обрабатывать php, поэтому использует "посредника" (например fastcgi php-fpm). Посмотреть текущего "посредника" можно через вывод phpinfo (поле Server API). Настроить версию можно, указав в директиве fastcgi_pass путь к нужному сокету.
Очевидно, у вас несколько версий php установленно одновременно, и сервер использует версию отличную от той, что у вас в консоли.
Команда php -i выдаст вам консольный аналог phpinfo, где можно посмотреть путь к php.ini 
также могут помочь команды типа whereis php или which php, или константа PHP_BINARY (в консоли php -r "echo PHP_BINARY;") .
Скорее всего они выдадут /usr/bin/php

Затем в конфиге nginx укажите тот-же бинарник, который используется в cli.