Тормозит сервер, как определить и устранить причину?
Побуду кэпом, тормозит apache2
Что в access/error логах? Возможно получился DDoS вместо поиска уязвимостей ботом. 
Сколько не 200х ответов за последние сутки?
На всякий случай покажите iotop, htop по F5 с апачем
Где работаешь? Не слышал про атаку ЦРУ, АНБ?