Laravel 5.3: как заменить встроенный Twitter Bootstrap на другой CSS фреймворк (Semantic UI)?
Laravel - серверный фреймворк, который никак не работает с HTML. Тем более, в него не встроен Bootstrap.
Скорее всего вас сбивает с толку папка "bootstrap" в корне проекта. Формально, там хранится кэш ваших view, и сгенерированный autoload для запуска приложения. Точка входа, иными словами.
Все, что вам надо трогать в плане разработки - папки app, config, database, routes, и resources.
app - тут все ваши модели, контроллеры, эвенты, и т.д. 
config - конфиги
database - миграции и сидеры
routes (5.3+) - файлы с роутами
resources - ваши представления (views)
Ну и папка public - точка входа (index.php), и .htaccess
Именно в эту папку вы можете складывать все html фреймворки, и попросту работать с ними.
Так же, вас могло спутать то, что при вызове метода artisan make:auth создаются представления, использующие bootstrap. Попросту перепишите шаблон этих представлений (resources/view/auth) под свои нужды.
Удачи в начале вашего пути.
создаете view мастер шаблон, и туда что угодно подключаете хоть бутстрап хоть что еще.