Много ли мучений при переделки веб сайта в веб приложение?
все очень просто - 
твое приложение-сайт должно быть самодостаточным - работать и без интернета сохраняя данные в локальном хранилище
а когда есть интернет - отправлять и получать данные с сервера
много
фоунгап все таки не похож на хтмл