Как Работает вирус?
Вирус ничем не отличается от любой другой программы.
Он просто запускается, выполняется, завершается.
Суть вируса - в его действиях а не принципе работы, а суть действия - постараться скопировать себя куда-нибудь еще, без ведома пользователя, то есть размножаться.
Поэтому, обычно он запускается, возможно пытается определить систему, возможно проверяет заражена ли уже система, затем пытается ее заразить - скопировать сам себя куда-нибудь в скрытое место и добавить себя в автозапуск под видом программы, сервиса, драйвера или части ядра (смотря насколько крут автор).
Затем вирус может выполнять какие-либо дополнительные действия - требовать денег, портить информацию, обращаться в интернет за дополнительными инструкциями или не делать ничего.
А на чем вирус написан - уже не важно. Внедрение внутрь файла сейчас почти не распространено.
Вирус может "прикрепляться", например, в конце ЕХЕ-файла. 
При запуске ЕХЕ-файла, передаётся управление вирусу, он что-то делает и потом запускается основная программа, при этом пользователь ничего не замечает.
Вирус может запустить, например, процесс и т.д. и т.п..
Вирус можно написать на любом языке, но, конечно, на ассембреле круче...