Почему phpstorm не распознаёт один php файл?
У меня была такая проблема. Суть в том, что файл (полное имя) прописался в паттерн к другому типу файлов. 
Открываете тот самый File -> Settings -> File Types, 
а там ищите свой файл в "Registered Patterns" среди других типов данных.
Скорее всего он в "Files opened in associated applications" попал.
Попробуй открыть консоль (Win+R, затем текст "cmd"), перейти в директорию проекта (с пом. команды CD). В папке с проблемным файлом выполнить DIR *.php /s /b. Это должно вывести в терминал список файлов. Поищи в списке проблемный файл. Если он в списке есть, то скопируй его название ответом на это сообщение