Как показывать всплывающее окно только новым клиентам?
Подозреваю, что речь идет о "гостях" сайта, т.е. не авторизованных пользователях? Тогда после показа сообщения пишите "неустаревающую" куку (ну на 1 год, например) или храните состояние "показано/непоказано" в localstorage (для относительно современных браузеров).
Это делается примерно так:
1. Пользователь заходит на сайт
2. Система проверяет есть ли флаг в Cookie или в LocalStorage
3. Если флаг есть, ничего не делаем
4. Если флага нет, показываем окно, ставим этот флаг
5. Profit!Как работают Cookie, JS-библиотека для работы с CookieКак работает LocalStorage