Как читать log-файлы access.log?
Похоже на работу сканера прокси, учитывая GET запросы к чужим сайтамТут у человека такая же проблема
логи легко читаются:5.9.89.80 - ip клиента - -    - данные http авторизации[09/Jan/2019:18:52:40 +0300] - дата и время запроса"GET http://shaiyaresurgence.com/en/?DT9FBEYS4L71I1P8OS HTTP/1.1" - сам запрос499 - код ответа сервера0 - кол-во переданных от сервера байт"-" - http referer"Mozilla/5.0 (BlackBerry; U; BlackBerry 9850; en) AppleWebKit/534.11+ (KHTML, like Gecko) Version/7.0.0.254 Mobile Safari/534.11+" - user agent
по факту - на 99% это запроса от бота: 
* ip адрес 5.9.89.80 - из пула хостера Hetzner
* 499 - бот не дождался ответа сервера и сразу закрыл соединение
* да и запросы некорректные (если стандартный формат лога не меняли) - там не должно быть протокола и хоста, то есть вместо "GET http://shaiyaresurgence.com/en/?DT9FBEYS4L71I1P8OS HTTP/1.1" должно быть "GET /en/?DT9FBEYS4L71I1P8OS HTTP/1.1"
- самое простое забанить ip на firewall
по поводу logrotate: 
Обычно он запускается всего 1 раз в сутки (скрипт лежит в /etc/cron.daily) и сразу по достижению 5М ничего не произойдет. Более того параметр delaycompress говорить что первая копия (*.log.1) архивироваться не будет, сожмется только вторая.
хотите - можете перенести /etc/cron.daily/logrotate в /etc/cron.hourly и запуск logrotate будет каждый час