Как правильно получить файл?
Сам разбирался час назад)
Если файлы в корне проекта - убери слеш в начале.
Еще можно из ресурсов брать файлы\стримы: App.class.getClassLoader().getResource("filename")
+Как уже сказал Алексей, Path удобнее.
Непонятно, зачем ты вставляешь file.separator, у тебя же все равно абсолютный путь. Ты можешь писать сразу:
File file = new File("/home/SkyWarsUtils/Cages");
В твоем случае ты еще StringBuilder вызываешь неявно. 
Но можно сделать еще лучше - использовать относительный путь:
File file = new File("./Cages");
Такой файл будет обращаться к файлу Cages в папке проекта.