Чем отличается VPS на VMware от VPS на Xen или KVM?
Для тех кто внутри - разница малосущественная.
Для тех кто это админит - разница есть. Между технологиями идет соревнование. Xen его правда уже проиграл.
Вот если бы вы сравнивали с виртуализацией типа OpenVZ или Jails - эти уже отличаются от ESX и KVM принципиально.
Не знаю, в каком контексте задан вопрос.
Несколько мыслей навскидку:
- На VMWare у вас будет работать VMWare tools, которые добавляют приятных плюшек связанных с управлением памятью, собиранием статистики в гипервизор и т.д. 
- Разные гипервизоры отдают разные устройства виртуалкам. Например сетевые карты. Поэтому некоторые ОС могут завестись на VMWare, и не завестись на других. Но такое бывает редко...
Но в общем и целом я думаю, что разница минимальна.