Почему не выключается Linux?
Смотрите в логах, какой процесс не может завершиться, потом выясняй причину почему он не завершается.
Была похожая проблема. Это был баг какой-то. Сделал абдейт апгрейд и все прошло.
Пользовался kali linux (ядро debian)