Какую гибкую модель расчета с сотрудниками вы знаете?
Коллеги верно говорят — но не затрагивают бонусную часть в той мере, в какой хочет автор, если я верно поняла.

Берите американскую модель:
1) почасовая оплата (или помесячная с учетом стандартного месяца + двойная оплата за почасовку овертайм по необходимости компании)
2) бонус за выполнение проекта всрок (не раньше срока а ровно в срок) — тут можете просто категоризировать: проект на 1 день — $20, проект на 2-5 дней — $100 проект до месяца — $400
3) в случае если есть желание-необходимость выполнить проект раньше срока (не всегда Вам это надо) — то при выполнении проекта в срок -10% эстимэйта и быстрее — этот бонус удваивается. Но это скользкий момент — кто в таком случае эстимирует проект? И не будет ли храмать качество от такого галлопа?
В данном случае на места Вас (руководства) я бы только штучные проекты отмечала как горящие и за горящий проект просто двойной тариф.

Таким образом по пункту 1 и 2 они имеют стабильную ЗП оклад+$400 если не тупят. А если 2 месяца подряд тупят можно уволить :)
В случае если грамотно обыграть пункт 3 то иногда они могут заиметь и еще больше если будут молодцы.

Цифры конесно можгут быть изменены — но тут сохраняется балланс и пропорция, чтобы не было желания выбирать только маленькие проекты например.
Очень влияет специфика… но если изготавливать абстрактно сферического коня в вакууме, то нормочасы (сколько времени уходит на черновую обработку заготовки на токарном станке), выработка (сколько заготовок в час сделал конкретный исполнитель), разрядность специалистов (насколько стабильны его результаты выработки и качество заготовок)и пр.