Можно ли навредить серверу из docker?
Из криво настроенного - можно. Контейнеру должны быть квотированы ресурсы, чтобы он не мог сожрать всё доступное на сервере; контейнер должен быть непривилегированным, если нет необходимости в обратном; в контейнер не следует пробрасывать вольюмями ничего лишнего.
Можно!