Как PHP код понимает, где находится БД MySQL?
База mysql по умолчанию работает через TCP подключение, порт 3306. В конфигурационном файле будет указан адрес (host) 127.0.0.1 или localhost, что означает, что подключаемся сами к себе.
При подключении к базе вы же указываете DSN где хост, имя базы, логин и пароль.

Пример подключения из документации PDO
$dbh = new PDO('mysql:host=localhost;dbname=test', $user, $pass);

Пример подключения из документации Doctrine
$connectionParams = array(
    'dbname' => 'mydb',
    'user' => 'user',
    'password' => 'secret',
    'host' => 'localhost',
    'driver' => 'pdo_mysql',
);
$conn = \Doctrine\DBAL\DriverManager::getConnection($connectionParams);