Как правильно делать popup?
 блока-попапа где то на главной странице(где лучше всего?) и скрывать его через css
так обычно и делают.
А про лучшую реализацию посмотрите как сделаны у fancybox и magnific можно втупую забрать их стили
position: fixed;
top: 40%; //в зависимости от высоты попапа.
Размещайте где угодно, смотря зачем его используете. У меня, например, используется для выведения развернутой информации по пункту (ссылке на попап). Это на рядовых страницах. Регистрация/вход - на главной. И ли может не понял вопроса.