Программы для разработки web-приложений из-под linux
Что-то серьезное — IDE, в частности IDE от JetBrains (WebSrotm, PhpStorm, RubyMine и т.п). По быстрому что-то набросать — vim/emacs/sublime на любителя. Хотя и в gedit можно плагинов понаставить. Это в плане управления кодом. 

Дев-окружение для запуска или аналогичное продакшену (стандартные пакеты, например apt-get install apache2 php5 mysql-server), или встроенное в среде выполнения/фреймворка (php -s), или вообще запуск на VDS. 

Ну и консоль, куда без неё, даже с IDE.
Обычно всем тем же самым и пользуются, т.к. практически все IDE для веб разработки на Java.