Безопасность веб-приложений: Какие есть наиболее распространенные способы атак/взлома сайтов?
Начните с азов
1. классификация от WASC
2. Owasp top ten

И правильно замечено — уже года 3 вплоть до данного момента большинство WAF почему-то пренебрегает защитой файлов веб-приложения и банально не мониторят их.

В дипломе своем как раз прикручивал файловый монитор и прочие плюшки к PHP-IDS $)
Советую прочитать журнал «ПРОграммист» №11 (http://procoder.info/index.php/articles/11/166-php-security) — коротко и понятно описаны уязвимости и методы защиты от них.