Есть ли разница где менять громкость, в ОС или на колонке?
Технически - разница есть. Практически - где вам удобнее там и меняйте.
Чем выше программный уровень НЧ, оконечные выходные линейные каскады предусиления, один леший аналоговые, тем больше предыскажений идет на линейный вход УНЧ, таким образом логичней дать номинальный уровень выходного предусилителя с минимальными шумами, дабы не усиливать их через УНЧ.
Однозначно уровень регулировать аппартно через УНЧ. И вообще, если Вы аудиофил, плюньте и разотрите все эти коммутации, а ежели нет, делайте как хотите, все равно PCшная акустика не особо как услышит Ваши mp3 рипы ;)