Проблема в регистре имени модели в Yii. Как исправить?
Проблема была в отношениях (relations), там названия моделей были указаны с маленькой буквы.
Потому-что в Шиндовс пути к файлам не зависят от регистра. То есть файл User.php и user.php - один и тот же файл. А вот в UNIX-подобных системах это будут два разных файла, и Yii, а точнее его автозагрузчик, ищет файл User.php (ибо название файла должно соответствовать названию загружаемого файла).