Как остановить PHP скрипт, который рассылает письма в цикле?
Да в самом скрипте в цикле смотрите любой внешний фактор, по которому делать выход - наличие файла / записи в бд / прочего и по этому условию делайте exit / die.
можно выяснить его PID и выполнить kill -9 PID 
или killall -9 php