Как лучше вести проект на Unity?
Git + Github / Bitbucket и будет вам счастья. 
Только посмотрите что нужно добавить в .gitignore файл.
Присоединюсь ко всем, упомянувшим про git. 
Кроме того, лучше сначала рисовать графику, а потом разработчик уже реализует вместе с готовой графикой.