Будет ли гугл индексировать контент, который выводится через базу данных?
Поисковые системы, как и любые другие посетители вашего сайта, работают с итоговой html-страницей. Как именно эта страница сгенерирована (при помощи php или любого другого языка программирования или набрана нежными руками пленных девственниц) совершенно не важно.
Забыли написать что будет при разных вариантах...
Если при просмотре как гугл бот не будет никаких различий, то тогда все хорошо.
А вот если человек будет видеть страницу одним образом, а гугл бот как-то по другому, то тогда возможны санкции поисковой системы. Так называемый клоакинг.