Как изменять фалы которые находятся в vendor?
Верстку можно изменить через темы: 
www.yiiframework.com/doc-2.0/guide-output-theming.html
Контроллеры через controllerMap: 
www.yiiframework.com/doc-2.0/yii-base-module.html#...
С моделями будет сложнее. В расширении не используется dependency injection, поэтому, как уже сказали, свой форк со всеми вытекающими.
Содержимое папке vendor трогать нельзя, им рулит composer.
Ваша задача - совсем не редкость. Берете репозиторий и форкаете себе, у себя вносите любые правки и соответственно меняете подключение расширения в composer.json. Но нужно понимать, что при этом вы лишаетесь обновлений расширения в будущем.