Как поддерживать ссылочную целостность в SQLite?
1. Назначены ли у вас ссылки на внешние ключи? Если нет - почитайте этот раздел документации: https://www.sqlite.org/foreignkeys.html
Важный момент: в SQLite нет возможности добавить ограничение через ALTER TABLE, т.е. вот так: "ALTER TABLE table_name ADD CONSTRAINT constraint_name FOREIGN KEY key_name REFERENCES ref_table.ref_key_name" как в стандарте. Придется удалить и создать таблицу с новой схемой, сохранив данные где-нибудь, если они нужны.
2. Проверьте этот момент: www.sqlite.org/pragma.html#pragma_foreign_keys
По умолчанию параметр установлен в OFF. Нужно в ON. Подключитесь к БД из терминала или клиента и измените значение.
SQLite не СУБД, 
потому обрабатывать нужно как и в СУБД без поддержки целостности   - на стороне прилложения