Логично ли хранить настройки в кукисах?
Если не планируется авторизация, настроек не очень много и потерять настройки не жалко - то можно и в cookie.
Во всех остальных случаях настройки надо хранить в базе, а в cookie хранить идентификатор сессии.
Всё что важно - в базе, что не критично можно в куки (ид сессии, как писали выше).