Как импортировать swf в after effects?
Swf - это программная анимация, простого способа открыть ее в видеоредакторе - нет. 
Но есть множество конвертеров которые проигрывают ролик, захватывают каждый кадр и собирают кадры в видео. Даже в онлайне есть сервисы для конвертации, посмотрите по запросу "swf to avi". Правда работает это все не всегда идеально, нужно обратить внимание на частоту кадров и уровень сжатия.
Если вы сами делаете flash-анимацию - то в Adobe Animate есть функция экспорта в png-сиквенцию, которую потом можно открыть в AE или другом редакторе.
swf прекрасно импортируется в AE
Просто импортом. Потом в слой его уже вставить можно.