При переустановке Windows есть смысл форматировать все диски, а не только тот, что с ОС?
Так понимаю, из-за любви прог к реестру, ssd и hdd с прогами нельзя не форматировать
Странная логика. Зачем форматировать-то?

А вот HDD с файлами если не форматировать, на скорости как-нибудь скажется?
Нет, не скажется. Проводите Оптимизацию дисков встроенной программой и не переживайте.
единственная ситуация, когда возможно (!) имеет смысл форматировать не системный диск - наличие на нем файла, неизлечимого от вируса

другой вопрос что такой файл можно и нужно просто удалить

остается еще один возможный резон - подозрение что есть 0-day в других фалах. это вроде как дает повод форматнуть. но если у вас есть бекапы всего важного, как рекомендуется всем и на каждом углу, то 0-day может быть и в бекапах