Сохраняют ли файлы в бд?
2-й вариант
Зависит от того, какие файлы и какой проект, насколько важна консистентность между файлами и БД и так далее.

Обычно, нет, не сохраняют. Потому что эти файлы весят много, утяжеляют операции с базой (кому нужен бекап за три часа) и так далее. Если файл загружают на проект один раз, а потом раздают, хорошо положить его куда-нибудь на S3.

Если же файл постоянно меняется, это уже другой разговор. Вполне возможно, что будет более надежно держать его в базе.