Как вы защищаете свои linux сервера?
Сильно зависит от ролей сервера. 
Конкретно боевые: 
rkhunter
iptables
никаких открытых портов кроме HTTP(s)/SSH
SSH только с разрешенных IP (whitelist) 

У меня роль: Платформа для PHP собственного публичного проекта.
rkhunter и в дополнение бегает chkrootkit
ssh только по сертификатам, хотя за root'а вход почти всегда оставляю. Однако ssh ныкаю от внешнего мира через iptables knock.
Кое-где использую tripwire для контроля целостности.
fail2ban бегает. Постоянно стопит bruteforce Asterisk'а)