Как контролировать рабочее время удаленного сотрудника?
Вы не написали профиль работы сотрудника. Может он грузчик. А может художник, и может рисовать только по ночам. На самом деле, гораздо правильнее оплачивать именно результат работы, оговорив крайние сроки. И, мне кажется, вам должно быть все равно, когда и как. Главное в срок. Сам привык работать ночами...
PS. Eсли отвечать буквально на ваш вопрос, то yaware
Если человек работает в интернете, то можно попробовать через Ammyy Admin.  Вы сможете видеть информацию о  всех соединениях сотрудника: дата и время, длительность, количество трафика.  Еще и голосовой чат есть (сможете даже слышать, что происходит за удаленным компьютером). Ну и конечно, подключаться сможете из любой точки.