Как превратить ПК в arduino-подобную систему?
"Превратить" - это что-то оккультное, вроде древней песенки Аллы Пугачевой "Сделать хотел грозу, а получил козу". Надо нужные заклинания знать, а кто ж тут их подскажет? Мы не маги...
А ежели без шуток, то сначала обрисуйте ваши цели. Мы тут не только не маги, но и не телепаты - уже в сотый раз это констатирую, и вот наконец стали прорезаться телепатические способности. Они мне подсказывают, что вы хотите либо потренироваться в программировании ардуинки, либо вам нужен контроллер для управления чем-тот несложным и возможность менять алгоритм управления, переписывая программу этого контроллера.
Первый вариант не получится в принципе, поскольку у материнки от компа (даже древнего) совсем другая архитектура, чем у Ардуино, и научитесь вы на этой материнке совсем не тому. Ну разве что вы запустите на ней ардуинный эмулятор.
Второй вариант возможен. Как устроить контроллер на базе старой мамы, я уже отвечал.  Принцип простой - надо для управления периферией использовать имеющийся на борту 8-битный старинный принтерный порт LPT, который легко программируется побитно и адрес которого устанавливается в BIOS. Но Ардуино тут вообще не при чём.
Чтобы материнка стала "типа-ардуина", ее нужно дополнить дискретным и аналоговым вводом-выводом, чтобы что-то контролировать и чем-то управлять. Цены на промышленные платы ввода-вывода, которые можно всунуть в обычную материнку, космические. Так что, экономически не выгодно.
Или для чего вам нужна Ардуина?