Как хранить netflow?
Давайте определимся - Вам надо собирать, анализировать, анализировать бесплатно или анализировать быстро?
Коллектора бесплатные есть - и работают, по слухам, вполне стабильно. Анализаторы - тут хуже. 13 Free Netflow Analyzer
Ну а анализировать быстро и бесплатно при 1Тб данных за месяц  - это вопрос не к ПО, вернее не только к ПО но и к железу.
Возможно, не справляется аппаратная часть.
В качестве фришного решения может подойти ntop