ДДос атака на nginx пакетами 1 байт?
500 строк в секунду - это не мощно и, вероятно, даже не DDoS. Если адрес один, то просто закройте ему доступ брандмауэром, а если адреса разные, то настройте лимит запросов в Nginx.
nginx.confhttp {
    ...
    limit_req_zone $binary_remote_addr zone=reqlimit:10m rate=30r/s;
    ...
}
some_site.confserver {
    ...
    location / {
        ...
        limit_req zone=reqlimit burst=10 nodelay;
    }
}
После этого запросы с одного ip-адреса начиная с 31-го в секунду будут отбрасываться.
Как вишенку на торт, можно добавить ещё фильтр для fail2ban:
nginx-req-limit.conf[Definition]

failregex = limiting requests, excess: .* by zone .*, client: <HOST>
ignoreregex =
и правило в jail.local[nginx-req-limit]
enabled = true
port = http,https
filter = nginx-req-limit
logpath = /var/www/*/*/logs/error.log # Здесь укажите свой путь к логам виртуального хоста
findtime = 600
maxretry = 10
bantime = 7200
После этого адреса DoS'еров будут автоматически блокироваться брандмауэром на два часа. Что разгрузит Nginx от обработки паразитного трафика.
Да просто баньте айпишники в фаеволе с такими запросами