Какую функцию выполняет webpack.config.js в angular?
Но если я создам файл webpack.config.js и заполню одну из секций(например Output), то будет ли это означать, что Output будет браться из webpack.config.js, а остальные значения из того же неведомого конфига? 
Нет. Могу посоветовать для этих целей (если настроек в angular.json не хватает) https://www.npmjs.com/package/ngw
Есть команда ng eject. Запустите ее и веб конфиг проекта выложится вам из недр ангуляра, после этого перестанут работать команды ng ... . Это так было на ангулярах версии 2-5. На шестом с этим проблема, наверно не доделали еще https://github.com/angular/angular-cli/issues/10618
Погуглите по названию команды, может есть альтернатива для шестого ангуляра. Ответ рядом про package/ngw это один из вариантов.