Java libgdx или C# Unity3D?
Java и шарп действительно сильно похожи синтаксисом но внутренние отличия довольно большие. В общем перескочить можно с малой кровью.
Сравнивать libgdx и юнити очень некорректно. 
Юнити это готовый и законченный движек с готовыми утилитами под него. 
LibGDX это только фреймворк над базовыми вещами. Т.е. рендер\систему ресурсов\сеть\базовые классы игры,  все придется писать самому. Утилиты,равно как и форматы хранения контента придется тоже писать самому. Редактор карт тоже придется писать самому. Другой вариант что многие описанные вещи можно найти уже написанные кем то и слепить все воедино.
Юнити хоть и мощный двиг но придется мириться с тем что он предоставляет и ни шагу в сторону как бы неудобно и нелогично это выглядело.
LibGDX дает тебе возможность написать именно нужные тебе для конкретной игры двиг с необходимым и удобным тебе тулсетом.
К примеру если игра изначально задумывается в виде платформера то намного удобнее написать все свое конкретно для данной игры на LibGDX, скорее всего это будет даже быстрее чем на юнити.
Если игра будет чем то вроде КС то такую игру намного проще и быстрее делать на Юнити но позже будет сложнее дорабатывать ради уникальных фишек и количество костылей будет расти пропорционально числу уникальных фич.
Действительно, как и пишут выше - все зависит от цели, если вам хочется разобраться именно в процессе написания кода для игры, узнать как оно все устроено, то libGDX хорошо подойдет для этой цели. В Unity же сложнее понять "как оно все устроено?", т.к. все сделали уже за вас, но при определенных стараниях - результат и там и там будет примерно одинаков.
Я начинал писать с libGDX, затем перешел на Unity, так как он начал набирать популярность, ну и как потом оказалось - это классный движок! Проблем с переходом с Java на C# не было, просто открыл новый редактор и начал писать. Да есть свои ньюансы и подводные камни, но гугл все решает :) 
P.S. Сейчас же собираемся переходить на другой фреймворк, т.к. движок Unity для наших целей - слишком громоздок и неповоротлив.