Шок! Как убрать нижнюю панель в safari iphone?
С помощью js - нельзя. По другому - можно, называется WebApp. 
Делается следующим образом: во-первых, разработчик должен оптимизировать сайт для просмотра на iOS (документация здесь). Во вторых, пользователю нужно добавить иконку сайта/приложения на домашний экран, для этого: открыть сайт в Safari на мобильном устройстве, нажать "Поделиться", далее "На экран домой". 
В качестве примера можете открыть сайт Контакта и выполнить указанные действия.
1. Увы нельзя. Нет такого API, хотя я слышал вроде на андройде бывает, можно менять там цвет, прозрачность. Может и Apple введут со временем.
2. Увы увы