Хорошие ребята используют apt-get или aptitude?
Пакетный менеджер один - dpkg.
apt, apt-get, aptitude - лишь фронтенды для dpkg.
Это дело вкуса каждого. Кому-то нравится командная строка, а кому-то - графический интерфейс (пусть и текстовый).
До некоторого момента для Debian рекомендовали использовать aptitude, но как только решили проблемы с apt, то стали рекомендовать последний.
Есть ещё cupt, разрабатываемый бывшим разработчиком apt. Позволит более тонко управлять пакетами. По-моему, подходит больше для уровня выше среднего. Его нужно устанавливать отдельно и желательно последние версии.