Что выбрать для Unity3D? JavaScript или C#?
Не слушайте тех кто тут отписался, они мало знакомы с архитектурой Unity, Unity - написана на C и C++ в основном, на C# and JS написаны Апишки для доступа к необходимому "арсеналу", по этому выбирайте то что знаете.
JS более популярен и потому с будущей командой проблем не будет да и язык очень простой как в поддержке так и в стартовой разработке.
C# дает кучу "сахара" как по мне лишнего, самое забавное что я работаю программистом на C# and Python уже несколько лет и потому могу сказать точно что если вы хотите запустить проект в "скором" времени и не знаете C# , но знаете JS или незнаете не того и не другого, то выбор для вас однозначно JS, но если знаете C# или хотите его изучить то выбирайте его.
Почитайте, что такое UnityScript. Как пишут сами разработчики, это язык, чей синтаксис был инспирирован ECMAScript, но не более того. Он не полностью совместим, и эта несовместимость будет только расти.