Есть пример best practices простого CRUD приложения Node.js + Express.js в ООП стиле со всеми фишками ES6?
Попробуйте angular-fullstack.github.io/generator-angular-fullstack
Принципы везде одинаковые. Сгенерируте експресс-генератором начальную заготовку. Добавьте контроллеры, модели, можете еще сервисы и хелперы. И вуя-ля, вот сам приложение по бест прэктис.