Какие приложения в jira (или другой софт) помогают отслеживать эффективность программиста?
Как отличить добросовестного программиста от плохого?
Обычно для этого существует перфоманс ревью и всякие опросы 360. Если коллеги говорят, что всё збс, подкрепляя это фактами, то скорее всего так и есть.

Коллеги, как вы следите за эффективной работой?
Мы например делаем естимейты в стори поинтах и следим за team velocity и burndown chart
В жире вроде из коробки можно смотреть, как стори поинты сгорают.
Ещё можно попробовать внедрить kanban и выставить WIP-limit, чтобы одновременно в работе задач было на 1 или 2 меньше, чем разработчиков есть - тогда "лишние" могут тратить время на то, чтобы помогать "отстающим".
На дейликах можно примерно находиться в курсе о том, какой статус по задачам.
Можно ещё замерять lead time - сколько примерно времени проводит задача в определённых статусах (независимо от затраченного времени)
О том, что происходит в коде, должен заботиться тимлид, а не ПМ.
Смотри Agile и Scrum методологии, а лучше на курсы запишись. Там все подробно рассказывают.
Вообще плохая идея подгонять, торопить разработчика. Если по срокам не успеваете, значит в этом виноват руководитель в 90% случаев. Другой вопрос если хочется измерить время на внедрение функционала.

Вот с чего можно начать, если пользуетесь jira:
Log time