Почему стандартный эмулятор отлично работает в Ubuntu, но ужасно в Windows?
Разная виртуализация.
В одном из последних выпусков подкаста Android Developers Backstage один из сотрудников команды Гугла, отвечающей за всякие тулы для разработки под Android, приводил статистику по операционкам, используемым внутри команды. Условно говоря, 95% - Linux, 5% - Mac, 0% - Windows. В частности, тот же ADB работал под виндой просто ужасно, пока один из членов Android community не начал отсылать гуглерам патчи, исправляющие данные проблемы.
Боюсь, что с эмулятором та же история.