Debian, Centos — почему не может больше 13-14 миллионов файлов файловая система выдержать?
df -h
df -i
посмотреть на вывод последней, осознать и идти настраивать к-во инодов на разделе
пользуй btrfs zfs там количество inode динамическое, и количество файлов не ограниченно.