Дефрагментация диска на C/C++, куда копать?
есть два пути: первый на гитхаб, второй на sourceforge
В любом случае - читать документацию на целевую ФС. Потом - проверка одного файла на фрагментацию. Думаю, дальше будет более или менее очевидно.