Чем отличаются эти две версии Telethon?
Первая является форком второй (вторая - оригинальная). Следует обратить внимание только на оригинал. Форков этих 953 штуки

https://github.com/LonamiWebs/Telethon
У них похож функционал, но вторая уже давно не поддерживается. Первую же обновляют по мере необходимости. А вот почему не удалят... На это уже ответить намного сложнее.