Что за папка /root/mdb103/?
Сделай из под root

lsof -n | grep root/mdb103

при запущенной mariadb. Если найдёт запущенные процессы mariadb, использующие файлы в этом каталоге, значит да, файлы там нужны.

В каталоге лежат deb-пакеты, они после установки не нужны. В подкаталоге лежат исходники сервера скомпилированные. В зависимости от того, как они установлены, они могут быть также не нужны. Если их ставили через make install без префикса в /root, то сервер должен, скорее всего, стоять в /usr/local. Если через сборку пакетов с помощью debian/rules (при этом готовые пакеты кладутся в вышестоящий каталог, что весьма логично), то тоже не нужны - они должны быть затем установлены в систему.

В конце концов, необязательно файлы сразу удалять. Можно попробовать переименовать этот каталог, перезагрузить базу или даже весь сервер и убедиться, что всё работает.
mariadb скорее всего и перестанет работать