Каким образом грамотней реализовать проверку прав на владение сайтом?
А лишняя запись в DNS - не "мусор"?
Вы слишком сильно заморачиваетесь.
Любой из этих способов имеет право на существование. Главное, файлы в индекс VCS не добавлять.
лично мне удобнее мета-тег использовать
P.S. после начальной индексации можно ещё уникальные тексты за собой закрепить