Как интегрировать плагин Woocommerce в свою нестандартную тему wordpress?
У меня была аналогичная проблема со сторонней темой. Решилась очень просто (в моём случае). Тэг <body> нужно заменить на <body <?php body_class(); ?>>. Всё заработало.
плохо сверстанная тема, думаю.
Покажите код header.php и footer.php для начала.