Как правильно проверить синтаксис PHP?
Извините, но у меня не хватило терпения смотреть на данный код, он ужасен.
Устновите IDE или редактор кода с проверкой PHP-синтаксиса.
Исправленная версия вашего кода:<?php if ($arSection["DEPTH_LEVEL"] == 1):?>
    <li class="bxr-bg-hover-flat <?php if(substr_count($dirReal, $arSection["SECTION_PAGE_URL"])) {echo "active";} ?>">
        <a href="<?=$arSection["SECTION_PAGE_URL"]?>">
            <?=$arSection["NAME"]?>
        </a>
    </li> 
<?php else: ?>
    <li class="bxr-bg-hover-flat from <?= substr_count($dirReal, $arSection["SECTION_PAGE_URL"])>=2 ? "show" : "hide" ?>">
        <a href="<?=$arSection["SECTION_PAGE_URL"]?>">
            <?=$arSection["NAME"]?>
        </a>
    </li>
<?php endif ?>