Почему так мало стартапов используют .net в качестве основной платформы?
стартапу сложно привлечь разработчика заточенного на всякие там энтерпрайз/майкрасофт/бигБабло решения. 
для стартапа лучше всего взять фулстек ЖС, разработчика. Но нужно понимать что стоящего продукта на этом не сделать.
Потому что все технологии Microsoft замкнуты на:
1. Microsoft
2. Корпоративный рынок
С другой стороны Microsoft потеряла лидерство в технологиях, инструментах и т.п. Все ультрасовременное есть бесплатно и без Microsoft, они просто не нужны стартапу.