Как увеличить скорость mysql на node.js?
Потому что читаем секцию "Establishing connection" документации пакета.
В вашем случае соединение будет установлено не в момент вызова createConnection, а в момент выполнения первого запроса, следовательно 370мс это не "чистое" время запроса.
В документации есть пример с принудительным коннектом.
Возможно, php устанавливает соединение на уровне сокетов, а нода лезет через весь стэк.
Попробуйте задать socketPath для соединения.