Что нужно модифицировать в Linux системе что бы время модификации\получения доступа к файлу заменялось каждый раз на случайное, вместо реального?
 Что нужно изменить в системе что-бы добиться такого поведения? 
Проще всего поменять вот эту функцию в ядре.
Можно просто научить пользователя пользоваться текстовым редактором типа vi/vim
и сделать скрипт-обертку, которая после закрытия vi/vim будет менять дату файла на произвольную