Почему не срабатывает appendTimestamp для нескольких AssetBundle, а для остальных работает?
Посколько в AdminAsset не установлены свойства basePath и baseUrl, они подхватываются с соответствующих свойств менеджера ресурсов. А в менеджере ресурсов они установлены в значение @webroot/assets и @web/assets соответственно. У Вас файл admin.js находиться в директории @webroot/js/admin.js, а из-за неустановленных свойств комплекта ресурса менеджер его ищет по пути @webroot/assets/js/admin.js, поэтому и наблюдаются проблемы с AdminAsset. С AppAsset такие проблемы не наблюдаются т.к. Вы в нем задаете корректные пути к файлам
Проблема решилась добавлением:public $basePath = '@webroot';
public $baseUrl = '@web';
в AdminAsset
Но почему не работало без этого?