Как сделать несколько сайтов на github?
Если у вас уже есть сайт на юзернейм.github.io, то в настройках других репозиторий (где лежат ваши сайты) можно включить Github Pages так, чтобы они были доступны по пути юзернейм.github.io/название_репозитория.
А в случае, если юзернейм.github.io уже подключен к собственному домену - можно прикрутить отдельные поддомены под ваши сайты.

Upd. Возможно объяснил немного невнятно, лучше прочтите то что уже скинули и вот это.
Pro Git book - читайте, разбирайтесь.
В Git не разбираюсь. вот здесь не понятно, за вас залить сайт на github?