Чем можно сделать версионную синхронизацию каталогов Windows Server — Linux?
Как вариант.

DeltaCopy на Windows и rsync на linux чтобы копировать только изменившиеся.
Использовать на linux ФС с поддержкой снепшотов – например ZFS или btrfs
По расписанию с linux выполнять скрипт, делающий снепшот / удаляющий устаревшие снепшоты, затем запускать синхронизацию с windows.


P.S. Еще такая есть FS, делает ровно что надо – версионирует все что в нее пишется. Но я не рискнул бы ее использовать https://ru.wikipedia.org/wiki/NILFS
ну и поставь гит кто мешает ?