Почему bash не видит команды?
Вероятно, переменная окружения PATH из вашего .bash_profile имеет неверное значение.

Попробуйте добавить минимальные пути, выполнив вот такую команду:

export PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin

и проверить выполнение команд. Если заработало, то исправляйте  .bash_profile
Вы полните следующую команду в обычной консоли и в IDE:
printenv PATH
и сравните результат выполнения.