Почему Skype грузит роутер Mikrotik Cloud Router Switch 125-24G-1S-RM?
А какая скорость коннекта и как много правил фильрации или очередей? 
Параметры свича достаточны чтобы при дефолтных правилах вытаскивать до 1Гбита
Вероятно что-то не так с настройкой.
Еще можно порекомендовать глянуть tools->profile на предмет что именно дает нагрузку.
Проверил на домашнем компьютере с роутером ZyXel Keenetic Lite. Роутер грузится максимум на 30%.