Код внутри. Как засунуть include в переменную?
Вариант 1.<? $siteMenu = include($_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/core/modules/menu.php'); ?>
содержимое файла menu.php должно быть таким<?php
return array(
    "пункт меню 1",
    "пункт меню 2",
    "пункт меню 3",
);
Вариант 2.<?php
function getMenu()
{
  ob_start();
  include $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/core/modules/menu.php';
  return ob_get_clean();
}

$siteMenu = getMenu();
содержимое файла menu.php должно быть таким<ul><li>пункт меню 1</li><li>пункт меню 2</li><li>пункт меню 3</li></ul>
//Файл отдельный one.php в нём:
$siteCore = "<link rel="stylesheet" type="text/css" href="/core/css/style.css">
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="/core/css/adaptive.css">
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="/core/font/styles.css">
<link rel="icon" type="image/gif" href="/core/img/favicon.gif">"

//Теперь код основного сайта
include 'one.php';
echo "$siteCore";