Почему блок сдвинут вверх?
Потому что по умолчанию ссылки имеют свойство display: inline-block и vertical-align у них bottom. Поставьте ссылке свойство:vertical-align: top;
или же уберите у родителя высоту, пускай будет автоматической, а ссылки выравниваются по центру высоты родителя с помощью:vertical-align: middle;
Как дополнение.
Подобная проблема со сдвигом блоков, в основном появляются отступы сверху,  наблюдается и при работе с Notepad++ если не выбрать кодировку Кодировка в UTF-8 (без BOM)