Как хранить много изображений в разных форматах и ориентироваться где что лежит?
Все лежит в  _projects/
Далее _projects/name/… для крупных заказчиков, внутри папки с проектами и задачами (сайт, иконки, баннеры и т.п.)
или _projects/icons_sitename, _projects/ill_companyname для разовых задач для одного клиента. Часто несколько таких папок собираются в одну, описанную в пункте выше.
Всё старое, забытое и неактуальное в [archive]/… и достается при необходимости.
Весь хлам в _trash/… и разгребается раз в полгода–год.
Всякие папки с референсами если и появляются, то ненадолго (ещё лет 5–10 назад понял, что быстрее найти что-то в интернете, чем на своём диске).
Лично для меня до сих пор ничего удобнее не было. Никаких проблем с поиском нужных файлов не возникает, но бывают проблемы с тем чтобы вспомнить кому делал конкретную задачу когда-то давно.
У меня такая структура.