Фреймворки JS/PHP или JS/(foo) для построения full ajax систем?
Используем Backbone.js и очень довольны. Хорошая документация, есть куча доп. информации (на stackoverflow backbone.js популярный тег) и howto. Логику отделяем от Въюшек (создается отдельный контроллер), таким образом не захламляется код. Но в большинстве howto роль контроллера выполняет View. На вкус и цвет… Так же есть хороший шаблонизатор, хотя можно прикрутить и другой.
Приложения собираем с помощью Ant, но в сети есть и куча других примеров (r.js например)
backbonetraining.net/resources — множество полезных ссылок
На стороне сервера можно использовать silex.sensiolabs.org/ — по-моему, для того, чтобы генерить JSON и отдавать клиенту весьма удобно.