Сколько нужно линий PCI(CPU) для сборки с накопителем М.2?
в кратце если  - нет, не потеряете.
для начала это максимальное число.
к тому же вы видели пропускную скорость 4 линий даже?
к тому же  там еще чипсет на материнской плате имеет свои линии.
по сути - можете не заморачиваться. если есть слот под m.2 и у вас не конфигурация с несколькими видеокартами..то производитель предусмотрел. и все ж пользуются) 
иначе давно были б  советы по всему интернету "не покупайте, и не ставьте m.2 и будет +5 кадров в играх")))
Сколько нужно линий PCI(CPU) для сборки с накопителем М.2?Неизвестно.
Вполне возможно что ни одной. Например SATA SSD их не используют.