Как установить приложение?
параметры командной строки  msiexec.exe
https://msdn.microsoft.com/ru-ru/windows/desktop/c...
араметры
/qn
Запрет на отображение пользовательского интерфейса.
/qb
Отображение основного пользовательского интерфейса.
/qr
Отображение сокращенного пользовательского интерфейса с выводом модального диалогового окна в конце установки.
/qf
Отображение полного пользовательского интерфейса с выводом модального диалогового окна в конце.
/qn+
Запрет на отображение пользовательского интерфейса за исключением вывода модального диалогового окна в конце.
/qb+
Отображение основного пользовательского интерфейса с выводом модального диалогового окна в конце.
/qb-
Отображение основного пользовательского интерфейса без модальных диалоговых окон.
Примечания
Параметр /qb+- не является поддерживаемым уровнем пользовательского интерфейса. При отмене установки пользователем модальное окно не выводится.
Тут два варианта - костыльный и сложный.Костыльный - берете аутоит и  пишите на нем скрипт который будет кликать  на кнопки. Но работать будет не стабильно.Сложный - инсталлируете вручную приложение на чистую ОС, отслеживаете все изменения что делает установщик - куда что копирует, какие записи в реестре делает, какие библиотеки регистрирует, и.т.п. После чего на основе полученной информации делаете свой установщик с помощью той же InnoSetup или аналогичных программ, с нужными вам плюшками вроде тихого режима, и.т.д.
Для отслеживания я обычно использую утилиты Руссиновича, хотя есть и такие программы как - Ashampoo UnInstaller, Revo Uninstaller, и.т.д.
Если приложение не архисложное вроде VisualStudio или MS Office, то обычно там все не так уж и сложно.
Основные действия которые делает установщик - копирует файлы куда надо (юзерпрофиль, и программ файлз), прописывает параметры в реестре, возможно регистрирует какие то библиотеки.