Как ставить блок питания в корпус где он вставляется вверху? Кулером вниз или кулером вверх?
1. Кулер нужно ставить так, чтобы ему было куда дуть. Если у вас его поставить кулером вверх, то он упрется в железку и вообще ничего не сможет выдуть, в результате все перегреется.

2. Отверстия для крепления расположены несимметрично, неправильно прикрутить не получится (если не применять чрезмерную силу)
А для установки БП вверх тормашками вы отверстия под крепления высверливать собирались? 
Для БП крепление такое, что поставить его можно только в одном положении.