Как создать 2 SSH ключа?
-i identity_file
Selects a file from which the identity (private key) for RSA or DSA authentication is read. 

Просто указать явно, какой ключ ипользовать.

Для простоты/автоматизации можно использовать файл config 
Попробуйте использовать один ssh для двух проектов.
Я использую для gulp-rsync и для github один ssh