Как сделать чтобы эти элементы нормально работали с bootstrap?
посмотреть в инспекторе как бутстрап влияет на элементы и переопределить css.
Либо подключать бутстрап не целиком, а частично, по необходимости.
Надо задать CSS свойство box-sizing: content-box;, так как bootstrap всем элементам задает значение свойства border-box