Как правильно указать пути к файлам?
/ - корень сайта
../ - родительский каталог
без слеша - текущий каталог.
Соответственно, чтобы ссылаться на какой-то конкретный файл из любого каталога, нужно писать /folder/subfolder/filename.ext
Другое дело, если к примеру, сайт находится не  в корневом каталоге, тогда уже надо дописывать имя каталога сайта. Для более точной диагностики можно просто смотреть исходный код html, чтобы определить какой полный путь создается в том или ином случае.
themes/red/js/test.js - вот так и указать )