Как группировать репозитории по папкам на github или ...?
На GitHub есть организации.
На BitBucket есть команды (teams) - аналог организаций, плюс есть проекты, которые могут содержать кучу репозиториев.
GitLab не использую давно, не знаю.
Используйте организации https://github.com/organizations/new