Почему в PHP несколько php.ini?
/etc/php5/apache2/php.ini - служит для настройки PHP, который запускается с помощью Apache
/etc/php5/cli/php.ini - служит для настройки PHP, который запускается с помощью консоли
Все верно.
Зачем нужна папка mods-available? - Доступные модули. mods-enabled - включенные модули. Тоже самое с sites.
Зачем нужны папки conf.d? - Для отдельных настроек.
Спасибо за ответы. Все же этот вопрос не для тостера, а для гугла, поэтому буду продолжать поиски.
Хорошое толкование части моих вопросов help.ubuntu.ru/wiki/php5