Почему нельзя менять window.location.href?
В manifest.json есть секция web_accessible_resources. Добавьте туда options.html.web_accessible_resources: ["options.html"]
Но настройки лучше открывать такchrome.runtime.openOptionsPage()
Это в целях безопасности. Даже через параметры командной строки нельзя открыть служебные страницы. 
Быстрый поиск в гугле показал, что через расширения вроде как можно, но в новой вкладке.chrome.tabs.create({url:'chrome-extension://блаблабла'});
(нашел тут https://groups.google.com/a/chromium.org/forum/#!t... )