Совет чайнику — как запустить sh скрипт на сервере через браузер?
Запускайте его как cgi
Почти все веб-ЯП имеют функции вроде system(), exec(), которые в свою очередь и так понятно что делают.
Отсюда и пляшите. Я бы запилил аутентификацию перед запуском скрипта.