Создание 3D презентации с ffmpeg
Вам адоб премьер нужен а не ffmpeg. 
FFMpeg это транскодер с возможностью использования фильтров, но все его фильтры довольно примитивны и касаются восновном лишь качества видео, и простоты его восприятия.
Вам нужно извлечь альфаканал, привести его к монохромному виду, при помощи программы определить границы прозрачной (и прямоугольной!) области в каждом кадре, и сопоставить смену координат с номером кадра/временем. На чем нить типа PHP+ImageMagick это можно сделать. После этого формировать видео из фоток в соответствии с этими данными. С этим (в теории) сам ffmpeg справится, ему надо будет подставить соотв параметры в командную строку. Боюсь только представить ее длину =)