Wordpress php код — Как исправить?
query_posts плохое решение.
используйте Wp_Query в данном случае.
 Если вставить код - на каждой странице архива будут одинаковые посты.  а как может быть по другому если в строчке <?php query_posts( 'cat=3&showposts=12' ); ?>
указано брать посты из категории с ID=3.
Если вам нужно просто изменить количество постов на странице, то это можно сделать на странице настроек в админке wp-admin/options-reading.php