Как лучше сделать сайт адаптивным?
Ручками - лучшее решение. 
Как уже посоветовали, используйте препроцессоры.
От бутстрапа можете взять медиа запросы, но не более. Если бы писалось с нуля, другое дело, а в вашем случае только гемора прибавит.
Тут всё сложно...
Нужно прикрутить сборку на gulp, с использованием csslint. Препроцессоры нужно использовать по шустрее, желательно postcss или stylus, sass/scss довольно медленные. ~4000 это очень много, ~1000-1500 потолок Нужно использовать относительные размерности, vmin, vmax, и rem, для осликов и iOS7 есть нормальные polyfill'ы. media-queries там тоже получаются довольно специфические, но все выводятся по формулам и оформляются в виде одного mixin'a. Одним из главных критериев качества разметки является количество div'ов на странице - уж больно сильно людей тянет на дикие раздувательства, но не зря же в html5 добавили тучу тэгов для упрощения структурирования контента, а для сss'a обычно достаточно селекторов из двух элементов, что бы не раздувать CSSOM и упростить рендер. Тестировать это всё дело можно в galen и browserstack.
Вообще вопрос QA в вёрстке сейчас довольно проблематичен - в постсоветском его почти нет, а всплывает чаще всего только во всяких забугорных lean стартапах, у которых есть деньги на наукоёмкие решения и их анализ.