После отключения APC на веб-сервере с LAMP сайты начали работать быстрее и разгрузился процессор. WTF?
У вас используется какое то страшно большое количество памяти для apc 
apc.shm_size=6144M
мне кажется он просто дольше ищет по кешу чем отдает код.
PHP-акселераторы страдают ошибками. Это вам еще повезло, если он только память ел, бывает, процесс PHP падает с случайной вероятностью и не догадаешься, что виноват оп-кешер.