В каком случае запрос быстрее?
в мускуле можно глянуть с помощью профайлера. Он доступен помоему с 5й версии или типа тогоset profiling=1;
SELECT * FROM `table` ORDER BY (`column1` - `column2`);
SELECT *, (`column1` - `column2`) AS `column3` FROM `table` ORDER BY `column3`;
show profiles;
На выходе получишь табличку со скоростью выполнения каждого из запросов
Разница будет минимальная, поскольку количество сканов по таблице одно и то же.