Что лучше в качестве backup-сервера — Samba или NFS?
NFS - родной для Linux протокол, самба - родной для винды.
NFS - нативнее поддерживает файловые системы Линукс, samba - конвертирует.
NFS - будет заметно быстрее на множестве файлов, но передача крупных одиночных файлов в принципе сопоставима. Скорее всего замедление именно из-за работы с файловыми аттрибутами и правами доступа.
Я бы рекомендовал nfs.
ленточный накопитель