Одновременное ведение проектов на нескольких платформах?
Нужно использовать блоки условной компиляции и в зависимости от платформы, включать требуемый код.
Для сборки под разные платформы или версии можно написать задание для систем сборки (и затем запускать их, к примеру 'Ant was' — сборка под IBM WebSphere, или 'Ant tomcat' — сборка для Apache Tomcat). 

Чтобы проверить работу кода под разные платформы, исправление ошибок для разных поддерживаемых версий — пишите unit тесты, которые воспроизводят ошибку в коде, либо интеграционный тест для более сложных ошибок. Соответственно если поправили ошибку только на одну платформу, то автотесты провалятся под другой платформой.
Еще можно ставить хаки на систему контроля версий, которые не будут пропускать коммиты с комментарием # в текущую ветку, пока не будут закрыты ошибки на других сопровождаемых ветках (хотя этот вариант мне не нравится, он использовался в некоторых компаниях, где я работал).