Замедляет ли работу компьютера размещение на рабочем столе папок с тяжелым содержимым (от 1 Гб и выше)?
Нет.
Вообще никак не влияет.
Согласен с АртемЪ - не влияет. Если у вас есть проблемы с быстродейтсвием компа, то ищите их в других местах. 
Например:
1.могут неадекватно себя вести службы автообновления и индексирования, что бывает сказывается на загрузке процессора. При этом один из процессов svchost отъедает ощутимый процент ЦПУ.
2.При недостатке ОЗУ винда начинает активно использовать своп - это приводит к конкретным тормозам практически на каждый клик.
3.При недостатке свободного места на системном диске или на диске где лежит профиль пользователя (а именно %TEMP%) могут возникнуть задержки - винда будет пытаться регулярно почистить диск.
Вообще, если есть тормоза, начните поиск причины с "диспетчера задач".