Существует ли рабочая portable версия для редактора Atom?
https://github.com/JohnMurga/atom-portable/releases попробуйте это.
https://sourceforge.net/projects/atom.mirror/files/
Здесь, заходите в папку с номером релиза, а там в архивах:
atom-x64-windows.zip
atom-windows.zip
соответственно х64 и х32 версии.

Для синхронизации настроек между устройствами
Устанавливаете этот package:
https://atom.io/packages/sync-settings

Здесь получаете Personal access token:
https://github.com/settings/tokens/new?scopes=gist

Здесь создаёте gist в котором будут храниться настройки:
https://gist.github.com/