Можно ли файл виртуальной машины преобразовать в iso образ?
чтобы на флешку ставить, не нужно iso, 
просто копируйте файлы ФС на флешку и прописывайте загрузчик
Если  ваша задача перенести виртуалку то воспользуйтесь вот этим гайдом
https://askubuntu.com/questions/32499/migrate-from...

Впрочем есть другой вариант. 
https://codebeer.ru/dd-klonirovanie-diska-po-ssh/
dd if=/dev/sda | gzip | ssh root@target 'gzip -d | dd of=/dev/sda'