Как сделать сайт на JAVA?
Можно использовать spring mvc:
1. Tutorial
2. Также хороший пример step-by-step создания простенького аналога твиттера есть в Spring in Action. 
3. Пример с гитхабе.
А можно начать с азов - сервлетов. Туториал от оракла.
Вот простейший пример приложения на JSP.Здесь толково рассказано о том, как развернуть JSF-приложение. JSF более актуален для Java, чем JSP.
Также есть множество JavaScript-фреймворков, активно использующихся в Java веб-приложениях.
Лезть в Spring не рекомендую, по крайней мере до тех пор, пока не разберетесь как следует с принципами работы веб-контейнеров и основным стеком серверных технологий Java. А потом погуглите "Spring vs Java EE 6"...