Переставли открываться файлы в IDEA 12 на Mac?
Удалите idea-markdown. Просто так это не удастся, нужно выйти из проекта на основной экран. Я создал уже тикет, и его уже даже починили. 
Либо то что предложил leoru но это более жесткий вариант.
Столкнулся с такой же проблемой. Мне удалось победить эту проблему только удалением приложения, очисткой данных о нем в ~/Library/Preferences/ и затем установкой последней версии с сайта.