Надо ли создавать раздел (partition) на примонтированных дисках?
Просто так переткнуть диск в другую систему не получится - будет ругаться, что не может таблицу разделов прочитать.
Может быть пенальти по производительности, так как при создании разделов их начала и концы выбираются наиболее оптимальным образом.
Потеря гибкости из-за невозможности маневрировать разделами - у вас не получится этот раздел просто так уменьшить, с целью добавить еще один.
Других граблей не ожидается.
Однажды сталкивался с такими граблями: grub, если не видит таблицу разделов, пытается установится на диск и портит ФС. То есть по-хорошему от туда и не должен был пробовать установится, но тем не менее. Разметка указывает всем низкоуровневым инструментам: "Осторожно, тут есть данные".