Как выделить имеющуюся часть репозитория GIT в подмодуль?
Не хочется удалять раздел, коммитить без него и подключать внешний репо с целью восстановления раздела.
И тем не менее это единственный способ
Ещё вариант: 
Выделить директорию в ветку через `git subtree split`, загрузить в неё историю, отключить слежение из старого репозитория. Подробнее.