Что почитать по архитектуре приложения?
Читай DDD от Эрика Эванса и паттерны корпоративные от Мартина Фаулера.
Переходи с Yii на ZF2 или SF2 чтобы писать реально что-то сложное.
Пятый слой, возможно, называется сервис? Который в MVCS.