Почему innerWidth в JS реагирует и на высоту экрана?
Да, условие стоит на window.innerWidth, но слушаешь ты по-любому window.resize, так? Как правильно заметил Владимир, у тебя выход из условия. Привяжи условие к ширине, и все будет норм:

var $window = $(window),
	flexSlider = {
		vars: {}
	};

function getGridSize() {
	var iW = $window.innerWidth();
	
	if (iW < 1225 && iW >= 480) {
		console.log('< 1225 && >= 480');
	} else if (iW < 480) {
		console.log('< 480');
	} else if (iW >= 1225) {
		console.log('>= 1225');
	}
	
	console.log(iW);
}

$window.on('resize', function() {
	getGridSize();
});
Так у вас выход из конструкции return 4, в любом случае сработает условие.