Что эффективнее — один большой php файл или много маленьких в шаблонах?
Эффективнее провести нагрузочное тестирование с логированием времени обработки запросов и ключевых этапов обработки каждого запроса. Затем по итогам анализа логов выявить наиболее проблемные места и исправить недочеты, ошибки и прочее.
А еще надо сразу грамотно делать декомпозицию проекта и грамотно проектировать архитектуру системы. Кроме того, есть еще такие штуки как БД и веб-сервер/прокси/балансер и т.п., которые вносят свои задержки в обработку запроса. Еще есть очень замечательная штука, которая называется "кэширование", с которой нет необходимости каждый раз загружать данные с диска. А так же еще куча других способов ускорения PHP.
Лучше подключать файл с баннерами
:-)
Хотя если основной файл маленький - можно и в нем оставить.
Это не принципиально.