Как написать самописный сайт?
railstutorial.ru/chapters/4_0/beginning
www.nodebeginner.ru
На питоне есть еще джанго
Если интересует именно пхп, то, вроде, вот такую ссылку где-то видел: https://getjump.github.io/ru-php-the-right-way/
Или, как вариант для пхп, - getting started популярных фреймворков - laravel, symphony, yii ... (не спец) 
Сам же, много лет назад, начинал с irbis-team.com
Делать "самописный сайт", я считаю неправильным подходом.
Лучше начать с конкретного фреймворка на конкретном языке. И работать со всеми современными плюшками - системы контроля версий, генераторы командной строки, менеджеры зависимостей и т.д... Работать, возможно, лучше  в юниксе (linux или мак)
Да, поначалу может казаться, что вы далеко от реального программирования (пока настроете весь софт: гит, менеджеры, линукс, если с ним работать) - но в итоге будет приходить понимание, как все работает.
Так же, если начинать с фреймворка - будет приятно, что результат - не хелловорлд (по первой ссылке за пару дней можно сделать аналог твиттера). И если начать разбираться, как что работает - в первый ссылках поисковика можно найти почти все ответы благодаря огромному сообществу.
1. Создайте свой шаблонизатор.
2. Если уж совсем все плохо, для начала опишите на php функции вывода некоего шаблона.. То есть шапки сайта/таблицы/подвал.. Создание новой странички сведется к вызову функций шапка/контент/подвал.