Как найти причину дублирования почтовых сообщений в битриксе?
Я бы посмотрел компоненты которые отвечают за генерацию почтовых сообщений а именно место с CEvent::Send на предмет повторного вызова либо на двойное срабатывание функции либо сценария. Если оба письма одинаковые (одинаковые получатели письма с одинаковым содержимым) я бы именно этот момент и проверил.
В настройках главного модуля есть пункт"E-Mail (или список через запятую), на который будут дублироваться исходящие сообщения:"
если там указана почта, то на нее дублируются все отправляемые через почтовый модуль сообщения