Как разобраться, какие данные нужно добавить, а какие обновить в БД?
Очень путано спрашиваешь.
Например, гугли "upsert твоя_орм твоя_бд"
Если данные после даты последней синхронизации приложения изменились/добавились, то их по любому надо обновлять/добавлять... какие тут варианты? 
В любом случае, сначала надо проверить наличие, либо попробовать сразу обновить, поймать исключение отсутствия и сделать добавление.