Какой framework использовать для простых сайтов?
фреймворки работают как консольные программы?
не правильно понимаете. Фреймворки это готовые инструменты и обычно рекомендованная структура для ваших приложений. Не больше.
Писать на YII  большие проекты можно, но не стоит. Но это реально большие проекты на несколько лет разработки и все такое. А мелкие сайтики - сойдет. Еще Laravel посмотрите, с точки зрения архитектуры приложений, он чуть более грамотен.
Вы сначала определитесь, что такое для вас "простой сайт" и какие к нему требования