проверка на XSS сайта
Нанять pentester'а / хакера с опытом для проверки вручную. Для большей эффективности можно предоставить доступ к исходному коду.

Есть конечно автоматизированные инструменты, типа Acunetix Web Vulnerability Scanner (есть в варезе), но их эффективность в небанальных случаях довольно сомнительная.
Всем спасибо!