Почему жёсткие ссылки — плохой вариант защиты файла от удаления?
Он "защитит" содержимое только от unlink (rm). Но совершенно не защитит от перезаписи, типа:
echo > file
Даже, если вы имеете содержимое файла в стороне, нет никакой информации про оригинальное название и положение.
Делайте бекап.
потому что изначальный файл удалится