Как организовать два независимых DC в одной физической сети?
1. Да. Можно даже на все ПК раздавать настройки по DHCP, только между доменами должно быть доверие. Контроллер первого домена будет переадресовывать запросы ПК к первому контроллеру второго домена на авторизацию.
2. Нет, миграция пользователей (c SID) не возможна.
3. В варианте по умолчанию - создадутся новые профили пользователей. Однако, если использовать программу Profile Wizard, то при переводе ПК из первого домена в второй, можно указать, что такой то профиль пользователя на ПК соответствует такой то учетной записи в новом домене. После этого у пользователя сохранятся все настройки рабочего стола, программ, расположение ярлыков. Все что требует для работы сертификаты (КриптоПРО, клиентбанки) придется переустановить и зарегистрировать заново. Кэшированные пароли в Диспетчере учетных данных лучше вычистить.
Половина пользователей в последствии переедет в с первого во второй домен.
Или физически переедут в другое место вместе со вторым DC в другую, не связанную с этой, сеть? 
Если Да, то второй домен не нужен.  Переедут компы и DC физически в другое место со своими СИДами и профилями, проведете захват ролей на уехавшем DC, и всё.