Стоит ли хранить пароли в «navicat»?
Пользуюсь HeidiSQL, но и navicat пользовался и не вижу проблемы. Не нужно параноить просто, храните и все, а кому нужно он все что угодно обойдет и украдет. Взламывают сервера VK, facebook и другие :)
Стоит использовать MySQL за SSH (авторизация через ключ). И порт лишний снаружи прикроете и безопасность улучшите.