Безопасность веб-сервера: запретить сайту вылезти из своей папки
Вы путаете кислое с горячим :) Без разницы где и что лежит, главное какие и у кого права на «это» :)

Если у вас есть права для всех пользователей на чтение файла /etc/apache2/apache2.conf, то он и будет читаться любым пользователем :) и причем тут вообще сайт?

Не хотите чтобы testuser читал /etc/apache2/apache2.conf снимите права и все :)
Установите mod_chroot для apache если я правильно понял, что вы хотите