Какие существуют методы отбора проектов (стартапов)?
Да, сталкивался. И даже автоматизировал этот процесс.

В конкретной компании присутствует два эксперта, которые сортируют входящие предложения, отклоняя их, одобряя, либо указывая необходимость дополнительных экспертных оценок. В последнем случае обращаются за заключением к аутсорсерам, коих на самом деле много.

По поставленному вопросу — принять решения можно, основываясь на образовании, опыте работы, и профессиональных тестах (приоритеты указаны в обратном порядке). Конкретика слишком сильно зависит от ситуации, что не позволяет делать более общие выводы.
При чём тут инновационность? :)