Хранить или нет папку /bitrix и /upload в git?
В гите достаточно хранить только папку local и всю работу вести в ней
/upload точно нет, он у всех разный будет на тестовых копиях, и может разрастись до нескольких гб.
/bitrix можно, но не весь, а сделать кучу исключений для вложенных папок: кеш, обновления, бекапы (может ещё какие забыл).