Зачем в PHP ссылки?
Ну так, сходу:
Модификация элементов внутри цикла требует ссылки:foreach ($array as &$item) {
    $item *= 2;
}
Рекурсивное замыкание реализуется ссылкой:$recursiveClosure = function() use (&$recursiveClosure) {
    $recursiveClosure();
};
Передача параметров в функцию по ссылке:function foo(&$result)
{
    $result = 'result';
}
Можно продолжать. Я удивлен, как вы не столкнулись ни с одним из вышеперечисленного за год.
Если что, «в методах объекта, $this всегда является ссылкой на вызывающий объект»
Если вы можете обойтись без использования $this в коде, то, определённо, ссылки вам не принесут пользы. :)class MyModel {
    private $db;

    public function __construct($db) {
        $this->db = $db;
    }
}
В коде выше тоже используется механизм ссылок — $db, которая передаётся в конструктор и свойство «db» класса MyModel указывают на один и тот же экземпляр объекта после того, как отработал конструктор MyModel.как это может помочь в работе с БД или на примере контроллера/модели что нибудь повседневное такое для PHP программиста , было бы очень полезно для меня!! 
Я думаю, что механизм ссылок самым непосредственным образом помогает вам работать с БД. Но, так как ядро PHP само занимается оптимизациями, связанными со ссылками, от кодера не очень часто требуется их использовать явно.
Это тоже самое, что жёсткие ссылки в файловой системе. От них может быть большая польза, но рядовой пользователь не очень часто их использует осознанно.