Какой программой запретить двойной клик колесиком мышки?
Перепаять микропереключатель средней кнопки.
Ну или просто купить новую мышь.
Когда требуются специфические, но простые с точки зрения программирования решения, обычно отдельные программы никто не пишет, а используют скриптовые языки. Например, ваша задача решается следующим скриптом для AutoHotkey:
*MButton::
	click, middle
	sleep, 200
return
Где 200 - в милисекундах минимальный интервал между допусками нажатия на кнопку.