Есть ли какие программы(program.EXE) симуляторы работы всего компьютера? Или есть что интерактивное для обучения?
Программы, которые вы ищете, так и называются — симуляторы. Симуляторы полных компьютеров (или, скорее, процессора + части устройств материнской платы, просто встраиваемых систем) существуют, но они разрабатываются для профессионалов, занимающихся созданием новых процессоров, видеокарт, других современных комплексных устройств, для того, чтобы можно было писать и тестировать софт во время разработки железа, даже до получения первых инженерных образцов.

Вам, вероятно, подойдут визуальные симуляторы процессоров и систем 80-х и 90-х, вроде Motorola 68000 и подобных. В них подсвечивается, в какой области памяти или регистре ассемблерная инструкция изменила значение, отображается текущее состояние различных подсистем.

www.easy68k.com

Если это симулятор готового устройства (игровой консоли, например), то в нём также отображается состояние графического адаптера, его память, регистры звуковой подсистемы, и т.п.

https://fceux.com/web/help/Debugger.html

Также существуют самые низкоуровневые симуляторы уровня транзисторов.

visual6502.org/JSSim/index.html
Есть полные симуляторы компьютера, например, QEMU, но современная операционная система слишком огромна, чтобы всё это дело визуализировать. Можно потыкать всё в симуляции - регистры, потоки, память, но нужно знать, что тыкать.
Всё это мы 5 лет в университете учили - предметы "архитектура ЭВМ", "Операционные системы", ассемблер, алгоритмы и алгоритмические языки... Если вам действительно это интересно, читайте книги по архитектуре компьютера и операционных систем, но на изучение могут уйти годы