Посоветуйте php-фреймворк или CMS
Навскидку в MODx нереализовано напрямую только 2 пункт: загрузка-выгрузка-правка есть, но разделение прав нет. Остальное есть «из коробки» или быстро настраивается модулями-сниппетами.
3 нужно делать в рамках структуры документов (или объектов сниппетов)

Однако доделывать под себя в любом случае надо. Может действительно поискать конкретное решение для своей задачи из области CRM-ERP?

В любом фреймворке всё это надо будет разрабатывать. На то он и каркас приложения. Я бы взял Yii. Но лучше брать то, что знаешь, так как важна скорость разработки.
Всё сказанное — сугубо личное мнение.
Фреймворк с твоими задачами не в тему… это просто инструмент для более удобного и скоростного создания сайта. По твоим задачам теме скорей всего нужна CRM…