Как в одном Юнити проекте держать несколько игр?
Создаёте нужные поддиректории в дереве зависимостей проекта и делаете ветки с зависимостями: где-то линковка (ссылки), где-то копии объектов и уникальные объекты только для этой ветки.
Главное - чтобы одна такая ветка могла собраться в игру.
Сабмодули гит. Можно посмотреть в сторону UPM, достаточно удобная штука от юнитеков.