Как в php подгрузить контент?
saite.ruindex.php header.php my.saite.ruindex.php
Если структура такая то в my.saite.ru -> index.php: include "../saite.ru/header.php";
В my.site.ru в .htaccess прописываем 
Header set Access-Control-Allow-Origin "site.ru"
чтобы могли пройти ajax и другие запросы а дальше через ajax или другую технологию обменивайтесь информацией и не волнуйтесь на счет кросдоменности.
К тому же обязательно сделайте так, чтобы сайт был полностью рабочий и без ajax(ну или другой технологии)