Как обнулить или объединить миграции и оставить одну?
Если миграции делались через
php bin/console make:migration
А под сохранением данных вы подразумеваете структуру таблиц, а не их содержимое, то все просто:

1. удаляете все миграции
2. удаляете все таблицы из базы (включая migrations)
3. выполняете еще раз команду "php bin/console make:migration"

P.S. На всякий случай, сделайте бекап базы и git-коммит, чтобы в случае чего откатить все назад.

P.P.S. Можно и данные в базе сохранить - сделать нулевым пунктом бекап базы, изменить его так, чтобы в нем остались только команды на добавление данных, и накатить дамп четвертым пунктом.
Есть такое понятие как накопительная миграция.
Если я не ошибаюсь то в доктрине она уже есть.

 нужно удалить все миграции и выполнять специальную команду для создания файла накопительной миграции.

А далее всё начинается заново.