Существует ли аналог «пиэчпишного» PDO для Node.js?
Обычно берут knex вместо PDO. Для Монги берут mongoose.
Для фильтрации можно поискать какой-нибудь причиндал вроде Swagger. Можно добавить Joi или Hapi для пущей остроты ощущений.
Есть ли аналог библиотеки PDO для Node.js?
knex+bookshelf
Но обычно берут типа Doctrine: Sequelize или TypeORMЧем вообще обычно делают фильтрацию данных
Может валидацию? ajv, joi, class-validator