Можно ли делать таблицы MYISAM + INNODB?
1) можно.
Но если вам всё равно не нужны ваши данные - сделайте memory (не шутка для кеша) или blackhole. Они быстрее работают.
2) после смены innodb->myisam явно что-нибудь произойдёт с производительностью. Например, всё встанет колом на интенсивной записи из-за соответствующей табличной блокировке.
Или покрэшится на ровном месте, тоже бывает.
innoDB - это не внешние ключи, а несколько десятков лет наработанной теории и граблей транзакционных систем, и не просто begin/commit, а как ни в коем случае не потерять ни одной закомиченной транзакции при аварии.
прямой ответ - Да. 
Можно их join и прочее.
Но ведь необходимость InnoDB обуславливается не только внешними ключами. Смотрите по ситуации. 
Не сильно критичные данные можно запросто хранить в myisam.