Зачем многие компании перед отправкой по почте бумажного договора просят прислать им на электронную почту подписанный скан этого же договора?
смысл в том, что: 
1. это хоть какое-то подтверждение намерений обеих сторон. 
2. позволяет начать работу уже сейчас, а не ждать n недель пока бумага почтой прогуляется в обе стороны. 
и дело не только в юридической стороне - бумага, пока что, во многих случаях удобней электронки.
Какая юридическая сила есть у подписанного скана договора на разработку сайта?
Никакой.а если юридической силы нет то и отправлять эти сканы электронной почтой нет смысла.
Не отправляйте. Если хотите, чтобы работа с Вами по договору началась не сразу после его подписания, а только после того, как сторона получит оригинал с синей печатью - две недели, как минимум Почта России везет. Ваше право :)