Почему занятого места на диске больше, чем файлов?
Скорее всего, где-то остались удаленные, но не закрытые файлы - какие-то программы их держат. 
Их можно найти командой
lsof -X / | grep deleted
Если совсем лень разбираться, можно просто перезагрузить систему
Возможный вариант исчезновения места на диске связан с соотношением размера кластера на диске и средним размером файлов: если кластер 32 КБ, то даже файл в 1 байт займёт целый кластер. Хотя, конечно, в описанном случае очень приличный разбег, сложно представить себе, что таким образом могло "испариться" такое большое пространство.
Ещё один возможный вариант - недозакачанные файлы (хотя, возможно, здесь я и ошибаюсь), которые занимают место на диске, но при этом не отображаются - если одна программа вычисляет занятое место как общее минус свободное, а вторая - как сумму занятых блоков, то разбежка в показателях тоже может иметь место.