Какой фрэймворк учить и по каким мануалам?
CakePHP уродливый внутри и давно устарел. Сейчас все юзают Yii. Kohana — не самостоятельный фреймворк, а улучшенная версия CI. Symphony — вроде тяжелый и оверинженеренный монстр, который включает в себя неуклюже скопированный из Java ORM.

Есть также мнение, что лучше всего было бы вообще перейти с PHP и недофреймворков на что-то серьезное, например Java (Гугл использует Java и С++ для своих сервисов, например) или хотя бы python, если яву не осилить.
Я вовсю пропагандирую Kohana )) ИМХО, фигня насчет документации. 

Официальный мануал на английском
Неофициальная вики (сборник рецептов)
Отличный форум (в том числе и русская ветка)
Куча русских мануалов (kohana3.ru, kohanaframework.su, 101.brotkin.ru) и блогов

По поводу рефакторинга — ну он же в правильном направлении идет )) Тем более, что последняя ветка (3.3, еще пока RC) ИМХО достаточно красиво выглядит, чтобы этот самый рефакторинг на ней закончить.