Symlink для Program Files и Program FIles (x86)?
1 Перемещаешь Prоgram files на D:\
2 создаешь симлинк

все это из-под Windows PE

нельзя создавать симлинки, если каталог существует
переименовывай а потом создавай, с последующим сбросом содержимого бывшего program files на D:\нужный путь

все это делать до загрузки основной ОС
Чтоб создать symlink нужно сначала эту папку убрать. Ведь ты создаешь такое же расположение, которое уже существует.  
Создать в твоём случае симлинк нужно через другую ОСь, чтоб основная не была запущена, иначе папка будет занята.