Почему PHPStorm при сравнении файлов сообщает, что «Contents are identical», однако все равно считает их отличными друг от друга?
Файлы отличаются на 3 байта. А не в UTF-8 BOM ли дело случаем?
у вас и вес файла везде на 3кб разный....смотрели с помощью других diff утилит?например www.syntevo.com/smartsynchronize