Как сделать двухстороннюю синхронизацию файлов между двумя ОС?
Охота править фалы локально на ноутбуке, а запускать приложение на VPS'е
VCS не подходят разве? Запускать планируется веб-приложение?
Для двухсторонней синхронизации можно использовать lsyncd. Правда не знаю насчёт Windows, использую для Linux.
Вариант - облачные сервисы типа Dropbox, реакция конечно может занимать несколько секунд. Как вариант подобные сервисы, но только свои. Например http://habrahabr.ru/post/118646/