Линукс есть ли махонький dns сервер как альтернатива файлу hosts?
Есть то, что вам нужно.
dnsmasq - в нем ведете его персональный файл dnsmasq.hosts, а все остальные запросы переадресовываете куда хотите.
Всех клиентов заводите на использование сервера как DNS сервера.
Для вас подошел бы powerdns!