Книга о безопасном коде?
есть книга Совершенный код 
там есть глава, где описаны подходы безопасного программирования, и отдельно о проектировании и написанию кода, очень подходит для новичков в отличие от Чистого кода , хотя ее я тоже советую.
Каких функций js стоит избегать раз и навсегда? Всех - не будешь использовать, не сможешь сделать что-то плохое. Разрабы же дураки, понаделали непонятно чего лишнего, чего использовать не надо. Пишите свои функции, и будете уверены, что всё работает как надо.