Как решить проблему с базой данных в ISPManager?
а в логах что? очень похоже, что мускуль помирает ночью.
Да, кто-то ложит ночью MYSQL. Как вариант - ночью запускается тяжёлая таска, которая ложит mysql. Думаю что логи подскажут в чём трабла.