Docker: контейнер с mysql, неужели нужно постоянно руками выставлять хост пользователю?
Я помню что у меня такой проблемы не возникало, Вы точно настраивали внутреннюю сеть?) Там нужно создать сеть internal и указать ее в контейнерах
мой пример

если да - то как решают ? 

Создают свой Dockerfile, в котором делают все нужные манипуляций с конфигом.

PS: и не деплоят бд в контейнеры