На чем писать кроссплатформеное десктопное приложение (Windows, Linux) в 2016 году?
Qt
Из коробки есть 
https://doc.qt.io/qt-5/qtserialport-index.html
Можно на nwjs.io, тогда ваше приложение еще и в любом браузере можно будет запускать.