Низкая производительность Jquery?
Ужас. 

$('div.#Overlay').animate({left: -50}, 250, 'easeInOutCirc', function() {$('#Overlay').animate({left: 0})});

1. Заглавная буква зачем?
2. Почему к одному элементу разные селекторы?
3. $('div.#Overlay') — оно вообще работает?
Читать и разбирать весь код конечно никто не будет. От себя скажу, что производительность у jQuery вполне нормальная. Тут больше зависит от размера объектов, которые вы анимируете. 

Моему рабочему ПК 7й год пошел. Анимация на вашем сайте поддергивается при открытии браузера на первом мониторе разрешением 1920*1080, но работает плавно при открытие на мониторе 1024*768.

Вывод — или анимируйте меньше элементов одновременно, или не ждите производителньости на офисных ПК с большими мониторами.