Как залить на github-pages несколько сайтов?
Можно делать отдельный репозиторий на каждый сайт в вашем портфолио (это иногда удобнее, чем поддиректории) и в каждом таком репозитории создавать ветку gh-pages. Соответственно содержимое будет автоматически расположено по адресу nickname.github.io/repo_name. Собственно про это написано и на https://pages.github.com/
Используйте просто разные страницы на одном домене