Как узнать кто тормозит удаление файлов/каталогов?
Насколько я понимаю операционка windows?
Я однажды сталкивался с тем, что при большом количестве файлов в корзине начинают сильно тормозить все операции с файлами, особенно удаление. 
Плюс рекомендую проверить рабочий винт, однажды такую картину наблюдал перед смертью винта. 
Ну и возьмите какую нибудь утилиту, которая покажет обращения к файлам и посмотрите происходят ли они когда вы ничего не делаете.
Посмотреть в мониторе ресурсов или системном мониторе очередь диска(может тупо кто- то постоянно винт насилует) и процессы, которые ведут ввод-вывод.