Какой micro framework посоветуете?
Берите Symfony 3 в режиме микроядра. Профит:
по умолчани - микрофреймворк, если этого будет не хватать - можно быстро перейти на symfony full stack решение. Ну и по качеству кода и тд. у компонентов симфони конкурентов нет (разве что zend может тягаться).вот только без ORM.
Composer же, можно любой взять пакет реализующий ORM. А еще хороший вопрос - нужен ли вам ORM. Это не что-то что дефакто должно присуствовать. Скажем если у вас в качестве базы данных монга - то ORM уже не нужна, так как нет связей между документами (точнее их не должно быть).не навязывал свою структуру/архитектуру
Этому пункту соответствует. Есть общепринятый best-practice но он в принципе только о общих вещах. А структуру вашего кода - это уже сами решайте. Так же нет никаких ограничений по архитектуре вашего приложения, симфони предоставляет вам только адаптеры для UI (HTTP, CLI и т.д.), то есть организация UI приложения. Приложение же само хоть на plain php может быть, просто пользовать инфраструктурой предоставляемой симфони.цеплять любые файлы независимо от их "географического" положения.
Это вы сейчас об автозагрузке или что? Какие файлы? Хватит мыслить файлами, мыслите объектами, нэймспейсами и т.д. А мэппинг этого на файлы один раз прописывается в composer.json.
p.s. Опять же, фреймворк это всего-лишь набор инструментов. он ничем вас не обязывает. Симфони один из немногих фреймворков который предоставляет свободу. То есть есть по дефолту структура, но вы ее поменять можете как захотите.
Если проблема только в ORM — Slim спокойно сопрягается с Eloquent. Но если уж брать Eloquent, то фреймворк имеет смысл брать родной для него, Lumen.