Влияет ли структура сайта на позицию в поисковиках?
Да что вы несете, век информационной паранойи, за нами следят, пищь-пищь один один.
Ага, а когда у каждого второго одинаковые наборы классов и идентификаторов (footer, header, main - тысячи их!!!), особенно когда в проектах используют фреймворки типа Bootstrap - вы хотите сказать поисковые роботы и анализаторы сравнивают их и расценивают как одинаковых?!
Главные вещи для поисковиков: текстовое содержимое, ключевики, заголовки и микроразметка, ну еще семантика
Это так. Вопрос вроде-как тысячу раз уже обсуждался.