Отключить возможность обращения к функциям через переменные?
Странно закрывать эксплоит, вместо уязвимости.
1) Не сохраняйте пароли на FTP в FTP-клиентах и не заражайтесь вирусом, который их ворует
2) Если вы устанавливаете на сервер phpMyAdmin, плагины для Wordpress, и другой open source софт неизвестного качества, закройте доступ к нему через HTTP-авторизацию (через пароль). Автоматические сканеры, которые обходят сеть в поиск уязимостей, обломаются.
3) Если вы делаете сайт, на котором пользователи могут загружать файлы, загружайте их файлы в такую папку, в которой отключен запуск PHP скриптов.
4) Если вы скачиваете бесплатные темы для CMS, плагины, темы для Wordpress не с официального и модерируемого сайта, проверьте, нет ли в них вставок кода. Вы же знаете, где бывает бесплатный сыр!

Выполнение этих 4 простых правил защищает практически от всех уязвимостей и у вас больше не повторится такой ситуации.