Как вы сжимаете css/js и учитываете это в git?
Результирующие бандлы css и js не должны лежать в гит от слова совсем. Сжимать можно чему угодно, берем любимый бандлер/таксранер и плагины к нему по вкусу. В вашем случае gulp хватит с головой. О том как с этим делом управляться куча статей.
Я думаю для этого достаточно лишь использовать .sass файл стилей, который при сохранении будет автоматически сжиматься в файл style.min.css