Как разделить очень длинный js-файл на несколько штук?
1. Берем шииииииирокую железную линейку и фигачим себе по пальцам, до тех пор пока не научимся разбивать большой код на части еще на этапе написания.
2. Открываем "Мартин Фаулер. Рефакторинг. Улучшение существующего кода". Читаем от корки до корки. 
3. Закрываем книгу.
4. Рефакторим код.
5. Читаем предыдущий ответ (про webpack, browserify+commonjs, requirejs) очень очень внимательно
Вам ничто не мешает разделить код на множество файлов (так, как посчитаете нужным. Если Вы опытный программист, то поймете, как это сделать), поместить их, скажем, в условную директорию "dev", вести разработку в ней, а в релиз давать минифицированный общий файл. Просто объедините их и никаких проблем. Единственное, что изменится, так это количество тэгов script в релизе.
И не нужны здесь никакие фреймворки! Что за привычка пихать вовсюда кучу объемных фреймворков/библиотек на каждый чих? Объединить -> минифицировать -> радоваться жизни.
P.s. "Как грамотно поделить файл, если весь код вообще пишется в одном огромном ините?
ymaps.ready(init);" - никто Вас не заставляет писать все в этой ф-ции. Вы можете в ней вызывать другие ф-ции из подключаемых на странице скриптов и т.п.