IDE с принципом работы FTP как у Notepad++
PhpStorm использую, там можно в конфигурации настроить, какие папки исключить/включить для закачки.

Если нужно обновить один файл, то в контекстном меню для каждого файла/директории доступно «Download from server», также можно сделать Merge
Если простые правки, я использую CuteFTP — правда в версии 8 у него проблемы с русским utf, но зато файл с реквизитами доступа зашифровать можно
webuilder — аналогичным принципом работает, но файл не шифруется и в момент сохранения приходится ждать.
в последней версии кое-какие улучшения в этом плане появились.

а вообще для проекта использую netbeans — да, весь проект закачивается, но это оправдывает появляющиеся удобства — вроде того что можно к функции переместиться сразу чтобы посмотреть что у нее внутри, поиск по проекту и тд