Роскомнадзор требует удалить главную страницу сайта, как быть?
1. А это точно Роскомнадзор, а не шутники или конкуренты?
2. Должна быть отсылка на официальное решение (судебное желательно), которое вы можете прочитать и понять а что именно у вас не так.
3. Роскомнадзор никогда не требует убрать страницу. А требует убрать конкретную информацию на странице. Это может быть просто одно-единственное предложение или даже слово или картинка - а вы сразу паникуете.
4. На ссылки у нас никаких запретов нет. Только на саму информацию. Если эта информация находится (и отображается) за пределами вашего домена/сайта - это вообще не к вам.
Судя по формулировкам - это или злоумышленники/шутники или вы так излагаете неясно.
Читайте внимательно претензию.
В ней должна быть отсылка на конкретное решение с причиной - а что именно не нравится.
Если убранная информация имеет отношение к продвигаемым ключам - повлияет.
Я бы _заменил_ спорную информацию альтернативным вариантом и радостно уведомил ркн о своевременном  исполнении их требования. Вопрос в том будут ли копать дальше.