Какой компилятор ОС Linux переводит написанный мной код в двоичный код?
Здесь работает не компилятор, а интерпретатор языка.
Для кодирования php используйте https://www.zend.com/products/zend-guard

Для css sass процессоры
Для js библиотеки обфускаторы 
Для html минификаторы 

Все это позволит усложнить доступ к вашим исходникам, и в какой то момент ворам будет дешевле написать с нуля.