Как запретить наложение div с position: fixed друг на друга?
Сделать им общий контейнер и выстраивать все дочерние элементы в столбик.
Позиционирование fixed всегда будет размещать блок по абсолютным координатам экрана.
Могу посоветовать разместить в нужном месте блок-обёртку, в который добавлять дочерние блоки с предупреждениями.