Проблема c настройками SSH после взлома сервера. Как можно изменить поведение сервера и клиента без изменения ssh_config и sshd_config ?
Правилом номер один при компромитации системы является ее полная переустановка.
Нет ни одного надежного способа диагностировать изменения в системе проведенные злоумышлеником, в случае если у него был рут и был достаточно квалифицирован. 
Я имею ввиду при помощи самой это системы.
Пища для размышления: есть в линухах компиляторы, и имея исходники SSH и прямые руки, можно скомпилить свою редакцию ссш сервера, со встроенными "фичами"