Из-за чего проблема с tar при бэкапе?
apt-get install archivemount
mkdir -p /backup/archive/
touch /backup/backup-$(date +%s).tar
archivemount /path/to/test.tar /backup/archive/
rsync -avzP /path/to/site/ /backup/archive/; rsync -avzP /path/to/site/ /backup/archive/
umount /backup/archive/
gzip /backup/*.tar

Как то так делается то, что вы сейчас хотите. Но лучше посмотреть в сторону создания человеческой копии с диффами через какой-нибудь rdiff-backup или rsnapshot
1. rsync -qWaup /path/to/side_dir /backup/  #верный вариант если есть место для полного дубля
    tar -cjf backup_site`date +%y%m%d`.tar.bz2 /backup/site_dir

2. lvm snapshot 8) при условии что используется lvm