Как скомпилировать бинарник FFMPEG из под Win?
Что-то собирать под windows является страааашной волокитой. По одной простой причине - windows - ад и помойка для  автоматизации средствами интерпретатора команд. Отсюда следует, что вам может помочь только энтузиаст с кучей времени, который у себя настроит среду сборки, все проделает, а затем объяснит вам, как решить вашу проблему. 
Ну или экстрасенс. Я например в хрустальный шар вижу, что у вас configure не ведает, где gcc лежит. Вы его в PATH вписали? 
И далее будет примерно такой же процесс - вы будете методично подсовывать configure то, что он не осиливает найти. 
Под линуксом это дело решается пакетным менеджером. Под ос для разработчиков-мазохистов - в рукопашную. Дерзайте.
check_cc
BEGIN ./ffconf.VKkV25e5.c
    1	int main(void){ return 0; }
END ./ffconf.VKkV25e5.c
cl -MD -DWINAPI_FAMILY=WINAPI_FAMILY_PC_APP -D_WIN32_WINNT=0x0603 -c -o ./ffconf.O4rfLdZi.o ./ffconf.VKkV25e5.c
../../../configure: line 830: cl: command not found
C compiler test failed.
Ну нет у вас компилятора, нету...
В какой раз можно повторять?
Начните с Hello Word!
(это не в порядке насмешки, а совет начать проверку инструментов с компиляции простейшего тестового кода)