Есть ли более изящное решение?
Не очень понятно зачем вы формируете список, можно просто передать в шаблон queryset, а всю остальную работу сделать в шаблоне, т.к. вы в шаблоне можете делать цикл по queryset. Шаблон в итоге примерно так буде выглядеть:{% if stores_queryset %}
    <div class="footer-col-2">
        <div class="col-name">Наши магазины</div>
        <ul class='stores'>
        {% for store in stores_queryset %}
            <li>
                <span>{{ store.name }} - {{ store.address }}</span>
                <ul>
                    {% for phone in store. phones_set %}
                    <li>{{ phone.name }}: {{ phone.phone }}</li>
                    {% endfor %}
                </ul>
            </li>
        {% endfor %}
        </ul>
    </div>
{% endif %}
Насчет фильтрации телефонов с учетом show=1. Можно сделать кастомный manager, и тогда в phones_set будут уже только отфильтрованные телефоны.
Или проще - сделать property в моделе Store:class Store(models.Model):
    name = models.CharField(max_length=200)
    address = models.CharField(max_length=200)

    @property
    def showed_phones(self):
        return self.phones_set.filter(show=1)
и тогда в шаблоне в соотв месте нужно юзать цикл {% for phone in store. showed_phones %}
'stores': Store.objects.all(){% if stores %}
                <div class="footer-col-2">
                    <div class="col-name">Наши магазины</div>
                    <ul class='stores'>
                    {% for store in stores_queryset %}
                        <li>
                            <span>{{ store.name }} - {{ store.address }}</span>
                            <ul>
                                {% for phone in store.phones_set %}
                                <li>{{ phone.name }}: {{ phone.phone }}</li>
                                {% endfor %}
                            </ul>
                        </li>
                    {% endfor %}
                    </ul>
                </div>
                {% endif %}
Сделал так, но это ничего не выводит {% for store in stores_queryset %}