Git считает, что изменились все файлы?
Windows CRLF, Linux LF > https://git-scm.com/book/ru/v1/%D0%9D%D0%B0%D1%81%...
Раздел Форматирование-и-пробельные-символы
git config --global core.autocrlf true все исправил.
Но все же жду комментариев от тех, кто с этим сталкивался: не будет ли других проблем из за изменения этого параметра?