Как сохранить правила Iptables если установлен docker?
остановать докер. сохранить правила. запустить докер. 

правила докера теперь будут добавляться поверх ваших правил. для вас, как для администратора сервера из правил докера важна только цепочка DOCKER-USER , туда можете добавлять запрещающие и разрешающие правила касающиеся ваших контейнеров.
Если использовать FERM (>2.4) для управления iptables, то можно настроить исключение для docker.

https://www.lullabot.com/articles/convincing-docke...