Есть ли что-то лучшее, чем гитхаб, особенно в плане работы с замечаниями к PR?
ты не в тот софт зашел
вс рюшечки и ишшуе - это Джира (экосистема) и аналоги
а Hub  - это хаб систем контроля версий git, туда кроме кода, веток и комментариев ничего не положено
Это нафиг не нужно в репаке. 
Хотите подсчитывать эффективность сотрудника? Для этого вполне достаточно осмысленной статы по коммитам/ПР (ценность такой оценки оставим за скобками). 
А для обсудить/перетереть есть множество других средств.