На базе чего можно грамотно организовать совместную разработку для маленькой команды?
Если позволите, как показывает моя практика - на этом этапе вам главное не подменить понятия и не наделить инструменты свойствами им не свойственными. Почитайте, очень полезно - создавалось годами и я полностью с этим согласен.
(Я работаю в штатах, в команде разработчиков в 20 человек. Agile очень эффективен)
Лично мне нравится такой вариант:
-Создавайте закрытый проект на github.
-В pivotal tracker/trello создавайте спринты и дайте разрабам самим планировать время (под вашим чутким контролем, конечно)
-Делайте утренний скрам по Skype/Google Hangout (последнее мне нравится больше - вижу всех сразу), а также другие Agile созвоны (ретроспективы, планирование спринтов)
-В чем будут писать люди (IDE) - это их дело, главное чтобы они умели пользоваться github, а точнее ветками, форками и пул реквестами. Github for Windows/Mac вполне сносная софтина, и красивая к тому же (чего нет у bitbucket).
Вообще, если честно, подойдет и google spreadsheet + github :)
По поводу того, как оценивать время - очень рекомендую почасовую оплату. Они вам высылают инвойсы с указанием конкретных коммитов и часов. Все сразу будет ясно - и какого качества разработчики и как они хотят работать.
Желаю удачи!
Для маленькой группы для начала хватит:
1. BitBucket
2. Trello 
3. NetBeans / PhpStorm / Sublime Text (Фавориты среди редакторов на мой взгляд )
4. Skype