Как собрать вручную сервер nginx+php 5.6+mysql на windows?
nginx windows - стреляйте себе в ногу, стреляйте.
Когда будите прыгать на одной, посмотрите  в сторону linux или хакинтош.
Ох, ну неужели вы не понимаете, что винда и веб-сервер несколько далёкие друг от друга вещи? Если хотите изучать похапе - так уж изучайте сразу в нормальном окружении. Есть Vagrant, есть VirtualBox, есть VPS за копейки. Ну в самом деле, сейчас ничего не стоит создать себе правильное рабочее окружение для похапе имея основной рабочей осью винду. 
Это очень плохая практика начинать работать на виндовых типасерверах, а при переносе в нормальное рабочее окружение потом сидеть и чесать репу - а чо оно не работает?