Apache, www-data, права на файлы и директории?
Добавьте www-data в группы user1, user2 и user3.
Владельцами каталогов сделайте user1, user2 и user3 соответственно.
Выставьте права 770.
Для php есть параметр конфигурации open_basedir, который позволяет ограничить доступ скриптам внутри определенных директорий.