Почему в sublime text перестало работать выделение нескольких строк при нажатии на колесико мыши?
Sublime Text 3 Buld 3114. Выделение работает. Возможно это один из установленных плагинов сломал эту фичу. Попробуй скачать portable версию и проверить. https://www.sublimetext.com/3
Выделять также можно при помощи сочетаний Option/Alt+Shift+стрелки, но да, с мышью выйдет побыстрее.
Что делать, если перестала работать какая-то из горячих клавиш клавиатуры, я подробно расписал здесь. На пункты данного ответа-инструкции буду ссылаться в дальнейшем. 
Отличие Вашего случая от описанного там состоит, что проблемы в хоткеях мыши, а не клавиатуры. Действиями, описанными в п.4 определяете команду, которая вызывается нажатием средней кнопки мыши. По умолчанию должно быть drag_select с дополнительной информацией в {фигурных скобках}, вроде такой:command: drag_select {"event": {"button": 1, "x": 915.5, "y": 840.5}}
У Вас выйдет не drag_select, а что-то другое. Меняем сочетание клавиш в плагине, который забрал себе кнопку мыши, — как это делается, см. опять же п.4.
Что делать, если по имени команды никак не получается определить плагин, её использующий. Как в пункте 2 не получится. Сначала Preferences → Browse Packages... → User → в этой папке создаём файл Default (OSX).sublime-mousemap или Default (Linux).sublime-mousemap или Default (Windows).sublime-mousemap в зависимости от Вашей операционной системы.
Затем потребуется установка плагина PackageResourceViewer. После неё Ctrl+Shift+P → PackageResourceViewer: Open Resource (пользуясь fuzzy-поиском достаточно написать prv) → Default → Default (OSX).sublime-mousemap или Default (Linux).sublime-mousemap или Default (Windows).sublime-mousemap в зависимости от Вашей операционной системы. В открывшемся файле смотрим на строки, содержащие "press_command": "drag_select". мне неизвестно, не работает ли у Вас средняя кнопка мыши только когда зажата без других клавиш или же в различных сочетаниях с ней тоже проблемы, может потребоваться скопировать в файл, который мы создали абзацем выше, только{
	"button": "button1", "count": 1,
	"press_command": "drag_select"
},
или же все ограниченные {фигурными скобками} блоки, содержащие drag select. Будьте внимательны с синтаксисом JSON, не опечатывайтесь в [квадратных], {фигурных} скобках и запятых. Лично я себе скопировал весь файл — нечего плагинам менять дефолтные настройки мыши.
Должно заработать.
Спасибо.