Как все же компьютер «понимает», что от него хочет программист?
Начните с этого Как в примере сложения двух чисел (банального 1 + 1) на физическом уровне работает процессор?
Музыкальная шкатулка, механические игрушки, механический сумматор.
Посмотрите
https://geektimes.ru/post/282990/
Все это при помощи транзисторов оказалось возможным перевести на уровень электросигналов, уменьшить элементы в размерах в миллионы раз, и получить миллионы подобных узлов. То есть процессор состоит из простых узлов, в очень сложной конструкции. Вот и все.