Какой алгоритм шифрования подойдет для доступа несколькими паролями?
Любой симметричный (да и асимметричный) алгоритм.
Зашифруйте storage мастер-ключом достаточной стойкости, а затем добавляйте к хранилищу в служебных данных мастер-ключ, зашифрованный разными пользовательскими ключами.
Это стандартный прием.
P.S. Если алгоритм - асимметричный, то такая технология называется "депонирование" (key escrow) и широко используется, когда к зашифрованным данным нужно предоставить доступ еще и различным надзорным/силовым ведомствам.
если данные не общие то можно создать два контейнера  TrueCrypt каждому пользователю свой