Откуда взялась команда Linux в access логе apache?
Банальный поиск уязвимостей и дыр настройках. 
Запустить хотели echo 'skc9A'; | xargs -0 $(which php) -r
Тут явно бот, т.к. даже не знают тип ОС
Это поиск дыр. 
Навредить могут, и собственно это и хотят сделать :)