Можно как-то записывать в файл json объект, а не строку?
Как вариант, можно воспользоваться тем же JSON.stringify, но с дополнительными параметрами:fs.writeFileSync('file.json', JSON.stringify(data, null, '\t'));
Ну, вообще, ничего страшного в этом нет, это норма. Ну если уж прямо надо красивый JSON вывести - то перед сохранением строки - прогоните её через этот самый бьютифаер.
Например: https://www.npmjs.com/package/json-beautify