Нужно ли отделять личный кабинет от сайта?
Всё зависит от того, насколько публичный сайт и личный кабинет пересекаются по функционалу.
Найдите себе программиста, с которым вам комфортно работать, и пусть он уже решает как будет лучше.
Обычный сайт компании с контентом. Вопрос: стоит ли отделить систему личного кабинета от основного сайта?
Как они вообще связаны, ЛК и основной сайт?
Отделить возможно (стоит если такие трудности с программистом), ничего страшного не произойдет. 
P.S. Зачем работать с таким программистом?