OS X Проблемы с PHP версиями, как решить?
так у вас апач грузит дефолтный модуль, укажите путь к своему.
как-то типа:LoadModule php5_module /usr/local/opt/php56/libexec/apache2/libphp5.so
Может стоит в apache указать ?LoadModule php5_module /usr/local/Cellar/php56/5.6.12/libexec/apache2/libphp5.so