Почему отключение Fasttrack режет скорость?
А) Это коммутатор в первую очередь, хоть и с заявленным Л3-функционалом.
Б) Л3-функционал у него осуществаляется на процессоре. 
В) Процессор у него слабый. Обычно коммутатору не надо мощный процессор, так как вся полезная работа должна осуществляться исключительно свич-чипом, за очень редким исключением. 

Но сумрачный микротиковский гений решил, что форвардить траффик процом на коммутаторе - тоже норм, и начал толкать его как "L3-свич" хотя он таковым не является (все же под термином L3-свич чаще всего имеется ввиду устройство, способное маршрутизировать IP на свич-чипе, а не то, как сделано у Микротиков)

Fasttrack у микротиков в дефолте включен уже весьма давно, точно давнее появления CRS-серии домашних роутеров-переростков. И раньше оно помогало показывать роутерам с гигабитными портами и поганеньким ЦПУ почти-гигабитную скорость в стандартных NAT-сценариях, которые без него едва выдавали 200-300мбит (типа RB750G(R2)). 

Оно сильно помогает слабым процам выполнять NAT и сложные правила фильтра путем замены полного пути пакета по ядру системы (классификация, пачка пакетных фильтров, маршрутизация, очереди интерфейсов) на короткий FASTPATH-путь, который умеет кое-что (например, NAT/PAT). Естественно, при этом все, что не поддерживается самим FASTPATH - не работает. У других производителей мелких роутеров для этих целей свои хитрости, типа NAT Offload, который, в принципе, работает очень похожим образом.

В конце концов, никто и не обещал гигабитов роутинга на этой железке, на странице производителя указан роутинг при 25 правилах (что примерно соответствует одному правилу NAT-трансляции) - до 700мбит, а если добавить к этому очереди и еще с десяток кривых правил фаервола, то 150 мбит - вполне ожидаемый результат. Кстати, больше гигабита он в принципе, вообще ни при каких условиях не промаршрутизирует - там линк в ЦПУ от свич-чипа - 1 гбит.

В обычном свичинге он вполне выдаст положенные 25 гигабит. 

на некоторых моделях можно ограничивать скорость и без очередей, хардварными шейперами/полисерами на портах, которые не будут бить по производительности устройства в целом: https://wiki.mikrotik.com/wiki/Manual:CRS1xx/2xx_s... 
Естественно, точнее чем порт/хардварная очередь там нарезки не получится, но это вполне ожидаемо от бюджетного свича.
Потому что коммутатор имеет маломощный процессор. Отключив fasttrack вы заставляете этот процессор обрабатывать весь проходящий трафик. Процессор не справляется с нагрузкой, следовательно, образуется бутылочное горлышко и пропускная способность падает.