Можно ли установить Linux на разные диски?
Неплохо бы понимать, где, что и в каких объемах будет храниться-прежде чем разбивать диск на разделы.
Раз не понимаете - сделайте 2 раздела - корень / и swap.
Абстрагируйся от понятия диски и используй современные методы работы со структорой данных, lvm, zfs/btrfs pools.