Что можно придумать в общем случае от установки вредоносного кода на сайты клиентов типа сапы? Или Как защититься от недобросовестных разработчиков?
Можно попробовать через incron отслеживать изменения в файлах.
Явно не такие костыли. Лучше отследить запросы, посылаемые сайтом наружу. Ссылки то откуда-то грузятся?