Почему не переключается php на новую версию на сервере?
Я может что-то не понял, но какое отношение имеет выполняемый в каталоге сайта php -v к тому, что использует nginx?
phpinfo() в браузере какую версию показывает?
sudo update-alternatives --config php
Читайте справку к используемому дистрибутиву.