Клонирование Windows 7 по сети?
проверьте клонируете ли вы 100 мб раздел в начале диска который создаёт win7 (если он у вас есть)
для идеального решения — посмотрите на WDS (Windows Deployment Services)
и не понятно — как именно она (клонированная windows) не грузится.
>>Или с помощью чего ещё можно склонироватьWindows 7 по сети?

Можно попробовать clonezilla. Grub она умеет корректно перезаписывать. Как она поведёт себя с виндовым загрузчиком — не знаю.