Как передать в функцию первое и третье значение?
Можно так:f(a, '', c);
Или сделать обработчик в самой функции:function f(a, b, c) {
    c = c === undefined ? b : c

    console.log(c);
}

f(1, 3) // 3
f(1, 2, 3) // 3
function foo(a, b, c) {
  console.log(a, b, c);
}

foo(...[1,,3]); // 1 undefined 3
Лучше конечно объединить отдельные параметры в один - сделать их свойствами объекта. Тогда проблем с выборочной передачей параметров не будет.