Сохранение писем с mail.ru в формат eml, проблема?
Скорее всего, "Скачать на компьютер" отдаёт обратно собранное письмо из ранее разобранного eml. И это не тождественно, т.к. парсер выполняет много преобразований с исходным письмом, в т.ч. перекодировку и удаление ненужных для отображения письма хедеров.
текстом посмотрите, кодировку определите