Где сисадмину хранить документацию и конфиги серверов, а также собственные наблюдения и размышления?
Отвечу по документации...
1. Формат.
Для вас лучше это делать в plain text, т.к. даже будучи в консоли, вы всегда сможете их прочитать.
Форматы: любой из .md,  .rst, asciidoc (т.к. есть возможость визуализировать из в pretty format) внутри различных систем.
2. Хранение
Способ хранения - только SCM (какой именно: git, svn, hg или более старое - не знаю, что вы используете). Поясню, почему не файловая система:
- вам важно знать state вашего оборудования на определенный момент. Т.е. вы всегда можете посмотреть конфигурацию, актуальную месяц/два назад и выявить проблемы.
- вы всегда можете сделать diff и посмотреть изменения. Часто, это должно быть сделано не просто сейчас, а "внезапно" :)
Использовать atlassian confluence, как говорят выше,  я для ваших задач НАСТОЯТЕЛЬНО НЕ рекомендую. Причина:
- вы привязаны к вендору (даже за 10 баксов за мин. лицензию). Если вы откажетесь от вендора вы НЕ сможете выцепить ее - только copy/paste или покупкой плагинов за сотни баксов.
- у атлассиана разметка жестко забита в софт. Там нельзя выгрузить wiki разметку (кроме как при покупке плагинов за сотни баксов, например, scroll)
- и, самое главное, вам не просмотреть текст в консоли!
3. Визуализация
Здесь все зависит от количества времени, которое вы готовы потратить. Знаю, существуют решения для визуализации md для обычный wiki. Здесь вам лучше погуглить оптимальный вариант для предыдущих двух пунктов.
текстовички-бложики-свээночки, не? :)