Можно испльзовать БЭМ не во всем коде?
Нет, с точки зрения БЭМ-методологии, вы можете использовать эту схему только к тем зависимостям и элементам, которые считаете для этого приемлемыми. А значит - не ко всем)
А вот с точки зрения упорядоченности кода, лучше использовать бэм во всем проекте. И глаза приятно и людям которые возможно после Вас полезут в код будет проще