Взломали Skype, однако почта не взломана. Каким образом?
Проверьтесь на вирусы. Возможно, завелся какой-нибудь keylogger, который и увел ваш пароль.
У знакомого раз скайп увели просто обратившись в тех поддержку с просьбой сменить пароль.