Что происходит с файловой системой?
Качайте Викторию и проверяйте жесткий диск. Желательно с загрузочного диска/флешки, но общий анализ можно провести и из под Windows. Только перед использованием почитайте мануалы, чтобы не запустить тест на чтение/запись который перезапишет все данные на жестком диске.
Ну и журнал событий Windows тоже можно посмотреть, чтобы определить в чем проблема.
Проверьте диск на bad-блоки.