Структура проекта Angualr?
есть ли какие нибудь рекомендации ?Да есть.
Нормальная структура. Я бы ещё .js файлы раскидал по папкам. controllers/services/directives/filters и так далее. В корне оставил бы один файл, user.js, с определением модуля и глобальными настройками модуля.