Как скрыть диск?
Зайти в управление дисками (ПКМ по пуску) и удалить букву диска.
Используя "Локальную групповую политику" можно запретить доступ к диску или скрыть из окна "Мой компьютер"
Запустите "gpedit.msc"
Перейдите в раздел "Конфигурация пользователя > Компоненты Windows > Проводник"
Там есть две политики:
Скрыть выбранные диски из окна "Мой компьютер"
Запретить доступ к дискам через "Мой компьютер"
Да и вообще там много чего интересного ...

Вам можно в одной операционке скрыть один диск, а во второй другой соответсвенно