Как правильно добавлять дату в базу данных с помощью PHP?
1) храним данные в базе в формате Timestamp 
2) Выводим с учетом своей временной зоны (системное время на сервере)
3) Нужно убедиться что на вашей версии php установлен актуальный модуль  intl
Дату регистрации нужно хранить для одной таймзоны, для серверной. Вам же важно, что пользователь зарегался тогда и тогда, а не пользователь зарегался, когда в магадане было 3 часа, а этот когда в Мск было 8 часов - сами запутаетесь.
Для добавления даты можно пользоваться не php а самим sql - now(). Либо вообще тип столбца on update now.