Как вести совместное ведение проекта в Юнити?
В юнити, как вы могли заметить, компонентная система. Работу над проектом разделяют на отдельные части: уровни, скрипты, персонажи, сюжет. Потом всё это соединяют. 
Git - это немного другое, контроль версий. На первых этапах у вас будет только одна и единственная версия - текущая.
"Git + Github / Bitbucket и будет вам счастья."