Настройка сервера. Сервисы нативно или в контейнерах/виртуалках?
Как минимум нужно использовать инструменты для configuration management, например, https://www.ansible.com/
А  так да, заворачивайте в докер. В принципе документации  в сети полно. В официальной есть кучка примеров по оборачиванию сервисов: https://docs.docker.com/engine/examples/
Недавно записал вебинар про докер, возможно вам будет интересно: https://www.youtube.com/watch?v=dfXuTTV6TVo
Пример из личного:  2 компа, на них по 10 виртуалок. Третий комп в резерве на случай выхода из строя одного из них. Пару HDD для восстановления рейдов. Все. Плюсы подхода очевидны - всегда есть бекап системы за практически любой период времени, в случае ЧП можно за минимальный отрезок времени без танцев с бубном накатить все назад.