Как определить из за чего долго грузится сайт?
В лог веб-сервера должно записываться время составления ответаУ базы данных скорее всего есть отдельный лог медленных запросов или возможность узнать, какие запросы висят в настоящее времяСоответственно если не БД, то проблема в коде
Сайт может долго грузится не только из-за php или базы, может еще и сервер тормозить, например если диск переполнен, износился и т.п.