Как юридически правильно организовать\зарегистрировать стартап\проект\вебсервис?
Если в штат юрист не включен, то имеет смысл сходить(в реальном мире) в юридическую компанию и проконсультироваться с их юристами.
Вопрос слишком объемный и общий. Дьявол кроется в деталях.
Если вы находитесь в Москве - могу порекомендовать недорогих спецов, которые помогут все правильно оформить, как с точки зрения бухгалтерии и юридических вопросов, так и с точки зрения налогов.