Как быстрее и качественнее читать код на языке Си?
Может кто то как то графы чертит что бы не путаться?
Эти графы называются UML-диаграммы. И да, они могут помочь. Есть и другие типы диаграмм, да

Но я бы не пытался никогда раскручивать программу именно от точки входа. Логичнее мне кажется исходить от какого то конкретного функционала и искать как он реализован.
Кто то умный пошутил любая программа на C написана что бы вызвратить значение, все остальное просто преграда к ее цели. 

На самом деле разбивайте на блоки.  Простые программы линейны как любая юникс утилита. 

Чуть позже придумали обьектное проектирование, именно для этого. 
Снижать сложность функций до терпимых 7 параметров и группировать все вместе.