Откуда разработчики знают как именно что то реализовать?
Ваша проблема в том, что вы слишком сильно задаетесь сложными вопросами. Примерно как пытаться понять, почему машина двигается "влоб".
В разработке, как и везде, важно последовательное изучение и практика. Нельзя взять и сходу написать свой гугл с блекджеком и .... не умея писать простенький сайт. Возьмите любую область и там всегда будет важен опыт и мышление. 
Когда вам нужно сверстать страницу, вы что-то там себе пишете. Вот все, страница готова. Далее вам говорят. А сделайте регистрацию. Первое что вы делаете - лезете в гугл с запросом "как написать регистрацию на php". Вы видите кучу каши о каких-то запросах, базах, каких-то защитах, шифрованиях и тд. Все вместе прямо сейчас вам не понятно. Но разобравшись поэтапно в каждом из них вы уже можете написать простую регистрацию. Потом ваш сайт поломали к чертям, потому что при написании регистрации вы вообще не думали о безопасности. Вам дали по шапке и вот теперь новый опыт, в след раз все вещи вы будете стараться защитить.
Уже имея опыт работы с базой (так как вы писали модуль регистрации), вы, формально, можете поковыряться и сделать возможность добавлять в базу новости на сайт, а потом их выводить на этом же сайте. И внезапно, вы уже понимаете как реализовать кривой-косой блог. 
В ходе решения любой задачи возникает масса проблем, которые вы вынуждены будете решать. Это и есть опыт. И чем больше таких задач вы решаете, тем проще вам будет решать все последующие проблемы.
P.S. Как говорилось людьми выше, есть такой инструмент как "поиск гугл", на худой конец "товаращи по цеху" помогут.
Нужно представлять: как происходит весь процесс шаг-за-шагом на верхнем уровне абстракции - в виде шагов или блок-схемы.
Это приходит со временем, с постепенным пониманием технологий взаимодействия (всей цепочки событий при исполнении кода) и инструмента реализации нужного функционала - языка программирования (+библиотек, и т.д.).
Банально, задача: сделать регистрацию.
Сразу вопрос: как PHP узнаёт: зареген я или нет?
И вот отсюда - начинается гугление и чтение документации. (т.е. получение знаний)
Затем - кодирование (получение опыта).
И т.д. для любой поставленной задачи.