Как запустить одну программу автозагрузкой, несмотря с какой учетной записи зайдет пользователь в Windows 10?
Запускать как службу
Варианты с невидимым запуском:
Служба или планировщик (с заданным паролем)

Варианты с видимым запуском:
Папка автозагрузки в меню пуск (их две, если для конкретного пользака и есть общая) 
или веточка в реестре 
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
Или планировщик (без введённого пароля, с указанием, что при входе)