Вредит ли компьютеру долгое выключение?
50 секунд это многовато

Если в windows вместо выключения делать hibernate, то да, это может выглядеть именно так, монитор выключается но в это время оперативная память сбрасывается на диск и только после этого компьютер физически выключается, но обычно даже на hdd это занимает несколько секунд, максимум десяток.

В windows можно настроить задачи, которые она должна выполнять перед выключением, может настроили выключение виртуальных машин, вот они и шатдаунятся это время? Но обычно в это время монитор не выключается (исключение - мультимониторные конфигурации, возможны нестандартные настройки когда главный монитор выключается как только пользователь разлогинился)

Информации мало чтобы понять что это.
Не вредит, но является признаком, что что-то с компьютером или ОС не так, а это что-то - вполне может вредить.