Как лучше хранить логи в базе данных?
Логичнее всего - не хранить логи в базе данных, черт побери) Использовать надо для каждой задачи свои инструменты, например, тот же самый пресловутый ELK
Посмотрите в сторону ELK, graylog и иже с ними.