Как хранить сложные запросы в отдельном файле в Django?
Или я не понимаю что вы хотите, или вы хотите странного.
Создайте файл myqueryes.py например в том же пакете где и ваша аппа, и там пишите ваши запросы.
MY_QUERY  = """
long multiline query there
"""
В нужном месте импортируйте это модуль или чисто строки из него.
Хранить в коде, тк таких запросов будет 1-2 штуки
Если больше, то у тебя неправильная архитектура