Как хранить конфиги на сервере в зашифрованном виде?
А смысл?
Чтобы подключиться к базе, надо знать действительные логин/пароль. Значит код расшифровки будет здесь же доступен.
Если к базе подключаться не надо - то и конфига здесь не будет.
Зачем так делать?
Движок сайта - не человек. У него нет мозгов, нет глаз, нет рук. У него только умение тупо выполнять инструкции, которые ему запрограммировали. Он должен подключиться к БД. Для этого он должен передать в движок БД логин и пароль, причем сделать он это должен в открытом тексте (теоретически есть возможность сначала поднять шифрованное соединение с БД, а потом уже по нему передавать логин-пароль, но так никто не делает). Для передачи пароля в открытом тексте он должен быть расшифрован, если хранился в шифрованном виде, причем никаких других ключей, меток, паролей и пр. - движок заполучить не имеет возможности, то есть шифрование должно быть обратимым. То есть имея на руках .php файл с функцией криптовки-декриптовки и зашифрованный пароль, запросто восстановить пароль оригинальный. Стоит ли тогда овчинка выделки?