Написал HTML+CSS, что дальше?
Если пользуетесь cms, то делать отдельную вёрстку как правило бессмысленно. У того же друпала есть определённая структура темы (регионы, блоки, поля, идентификаторы, классы) нарушив которую вылезут проблемы. Поэтому двигаетесь в правильном направлении — создание drupal темы по psd шаблону. Плюс как правило на этом же этапе делается и функционал сайта.
Есть "гвозди", а есть "обшивка". CSS/HTML - это обшивка.
Куда вбивать гвозди, чтобы держалась обшивка - решается в зависимости от CMS.
(back-end - каркас, если что)
PHP-файлы - не трогайте!!! все стили должны быть - в CSS.