Изучаю Yii, появились вопросы общего плана, на которые не могу сам найти ответов?
для подобных вопросов есть официальный форум, там даже русскоязычная ветка есть.
1) по поводу маршрутизации - нет. Маршруты по сути являются биндингом конкретного урла к конкретному экшену, лепите их как хотите, все можно разрулить в коде. То что в документации и всюду примеру ущербные, это проблема сообщества.
2) Как хотите, можете настроить свои шаблоны для gii и генерить чисто под себя все, можете сгенерить и перепиливать, можете вообще не пользоваться.
3) идите в класс cwebapplication и смотрите. Архитектуры там как таковой и нету, все просто как два пальца. Если хотите понять архитектуру снизу, смотрите код фреймворка.
1. Урлы настраиваются подробнейшим образом как вам нужно.
Почитайте про url manager rules. В том числе и про параметризацию урлов.
Тот же указанный вами урл  mysite.ru/catalogue/kitchen/microwave можно записать в виде такого роута'catalog(/<catname:\w+>(/<subcatname:\w+>)?)?' => 'catalog/view',
Тогда вызовется экшен view контроллера catalog, в который будут переданы в GET параметры catname  и subcatname
Настраивать можно как угодно, правило роутинга - это по сути те же регулярки, которые можно написать так как надо.
2. Для создания админки есть как отдельные модули, так и возможности разделения фронтдора и бекдора. На хабре это подробно описывалось. Поищите
3. А что мешает посмотреть какой метод вызывается в index.php и проследить всю цепочку вызовов?