С какими подводными камнями можно столкнуться при разработке интернет-магазина на WooCommerce?
Все строго индивидуально.
Если решили делать магазин на ВП, то однозначно woocommerce
Если есть острая необходимость сделать на фреймворке и позволяет бюджет, то выберите тот фреймворк, которым вы лучше владеете. Yii2, Laravel, Symfony, Django, Spring, R&R и т.д.
Вопрос в том, нужен ли фреймворк (что нужно вам такого специфического, чего нет в ВП и вукомер и нужно написать с нуля)
Не советую делать магазин на WooCommerce, если есть деньги делайте на Битрикс или же Cs-cart, если денег нет то делайте на OpenCart. модулей и плагинов бесплатных и платных (за копейки) огромное количество в интернете поэтому сможете настроить так как хотите свой магазин.