JQuery Layout и модальные окна?
Когда юзал, сталкивался с такой же проблемой. Точно не помню, но кажется нужно было вынести блок модала в контент, и проверить все позишены, т.к. ИЕ глючит без них. Могу ошибаться, сорри.
Можно сделать как пишет Fesor, но на вашем месте я бы переделал верстку. Потом с этим z-index в дебри зайдете и плеваться будете.