В наследство получил 70 GB картинок в 1 папке, раскиданы они по «подпапкам» — это вообще нормально?
запаковать и слить архивом, можно разбить на куски по 1-2 гига.
а вообще - не сказать что это бест практис, но до конкретного файла система по пути все равно достучиться мгновенно. Листинг получить долго, но в веб проектах обычно и не требуется листинг директорий.
раскиданы они по «подпапкам» 
Это нормально, ибо если 70GB картинок валялись в одной папке тормозил бы не только ssh но и сайт в целом.
У меня когда-то было такое, и я поступил следующим извращенским путем:
Перелопатил все новости у которых есть ссылка на картинку, и через file_get_contents сохранял куда надо + изменял ссылку на картинку в дб