WebGUI управления Debian. На чем простом можно написать?
На чем угодно, что лучше знаешь.
Технически это просто программа, которая сидит на HTTP и умеет запускать другие программы (консольные команды).
Это можно сделать на PHP, NodeJS, Scala, Go, Java, Perl, Python, C, C++, Haskell, Pascal, Erlang, Rust, Ruby, .....
Я бы сделал на Go. Там все из коробки. И на выходе один бинарник. И ничего не нужно кроме этого бинарника для запуска.
Но это потому что Go мой основной язык.
Если ты пишешь на PHP, то у тебя ничуть не хуже получится на PHP. Правда для функционирования этого дела понадобится поставить на систему PHP и настроить веб-сервис
Делал подобные штуки на PHP  через sudoer. На внешнем сервере проброс портов по iptables для домашнего сервера, подключенного по VPN. 
 На домашнем сервере управление медиотекой (старт/стоп нескольких различных профилей minidlna, управление домашней автоматикой и пр.)