Как правильно форкать проект для основы своего?
Инструкция по единственно правильному методу:
1. Нажмите кнопку Fork:
2. Вы успешно и правильно сделали форк проекта. Конец инструкции.
Делаете форк, и работаете с ним независимо, оригинальный держите в другой копии. Переключаетесь через git checkout. 
Даже не совсем понял в чем собственно вопрос....