Как уменьшить количество файлов в Yii2 /web/assets?
В конфиг'assetManager' => [
            'linkAssets' => true,
        ],
Вместо папок будут символические ссылки на папки, тоесть не будут дублироваться файлы. Также смотрите что вы подключаете через AssetBundle, так как именно они отвечают за содержимое папки assets
в процесс разработки там может накапливаться мусор. Все ее содержимое (папки assets) можно смело удалить. При первом обращении к приложению, там заново создадутся необходимые файлы. Есть большая вероятность что их будет меньше.
Каждый виджет который Вы подключили имеет зависимости в виде картинок, css, js файлов. Вот там они все и публикуются. Отключая, удаляя виджет папка assets не трогается. Так что там может скапливаться гора мусора, дублей и т.д. Удалить из нее все - правильная практика, все что там нужно будет добавлено фреймворком снова, автоматически.