Насколько чистой в плане IT должна быть компания, чтобы называться IT?
1. Есть продуктовые ИТ-компании (Facebook, 1С, Valve)
2. Есть ИТ-компании, которые допиливают чужие продукты - коих подавляющее большинство. Ибо не нужно в таком количестве уникальных продуктов, сколько существует в мире фирм. А вот допилить продукт под конкретную фирму - нужно многим.
3. Не говоря уже о тех случаях, где вообще не идет речи об изменении ПО, а только про поддержку в рабочем состоянии без внесения изменений - чисто администрирование. И это тоже ИТ-компания будет.Являются ли первые компании IT или это все таки нет?
Строго говоря, интернет-магазин или банк - от только на ПО и живет. В каком-то смысле это ИТ-компании. 
Но, все же, определение ИТ-компаний несколько иное.
 Сеть аптек (допиливать сайт), ретейл (допиливать систему учета склада), онлайн-магазин (допиливать сам сайт) и так далее. Т.е. Фирмы, где IT-составляющая является лишь одним из звеньев всей системы.
То что вы приводите - это клиенты ИТ-компаний.И допустим пример сложнее: стартап по доставке наборов еды с собственной кухней и курьерской службой - это it или нет?
Uber - ИТ компания в значительной степени.
Как только они начнут покупать свои автомобили-такси - они отойдут от этого класса.
Являются ли первые компании IT или это все таки нет?....
стартап по доставке наборов еды с собственной кухней и курьерской службой - это it или нет? 
Нет конечно, ИТ же не основной бизнес этих компаний. 
И как стартап в оффлайн бизнесе может быть ИТ тем более если он еду возит?