Большая вложенность URL влияет на индексацию?
Ваш вопрос никак не относится к вашей проблеме.
В данном случае URL значения не имеет он может быть любой длинны и содержать любое количество уровней вложенности в разумных пределах. Проверь например этот запрос вы увидите что на первой странице выдачи есть сайты с адресами вида:http://nn.blizko.ru/predl/promgood/appliances/ruhonnaja/kofemol
иhttps://vash.market/bytovaya-tehnika/melkaya-tehnika-dlya-kuhni/14-vidov-luchshih-kofemolok-printsip-raboty-kak-vybrat-harakteristiki.html
В первом случае точно так же глубина 4 как у вас + сама страница kofemol
Уровень вложенности не влияет на важность документа никак.
Почему не индексируются страницы листинга? Сложно сказать, их надо видеть, может на них мало контента или они настолько похожи что поисковики думают что это дубли.
Большая вложенность URL влияет на индексацию? - нет, если есть нормальная карта сайта. Но обычно не стоит усложнять жизнь себе и своим пользователям.