Как в php скрипте определить, что его запустил Cron?
Передать ему входной параметр, например -cron.
Посмотрите вывод 
phpinfo ();
для случая, когда он открыт в кроне и для случае, когда открыт через веб-сервер.
И выберите для себя параметр(ы) по которым будете определять
Например по вот так:
$isCron = !isset($_ENV['SSH_CLIENT']);
Но это может зависеть от системы