Какую структуру БД выбрать
ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9D%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D0%BB%D1%8C%D0%BD%D0%B0%D1%8F_%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0 — прочитайте про нормальные формы и выберите ту структуру, которая не нарушает хотя бы третью форму.

Разные сущности лучше хранить в разных таблицах. Однако те структуры 1С, которые я встречал, на мой взгляд очень избыточны. Есть вообще модель EAV — это полная задница.
А можно вообще каждый столбец описать 3-я таблицами. тип данных, описание столбцов и значения столбцов. 
Будет мега универсально, но как только придется делать отчет, то на каждый столбец придется писать подзапрос. 
запросы при этом получатся трех-этажные.
Такой подход есть в redmine для настраиваемых полей. Видел так же его в некоторых корпоративных приложениях разного класса.

Смотри сами, что вам важнее, гибкость без изменения структуры БД или более простая обработка данных в запросах и отчетах. 
Ну и логика кода при этом будет разная. 
А так разная нагрузка, которую сможет держать БД. 
А ещё у БД бывают ограничения на количество столбцов и колонок. 

Для себя я бы выбрал что-то среднее и больше ориентировался на логику кода, которая должна быть независимой от структуры БД.