Можно ли так настроить Python, чтобы в папке исполнялись все файлы .py (как файлы PHP)?
Эта простота называется "примитивный протокол CGI".
Дело не в языке, а в использовании фреймворка. На PHP тоже нельзя просто накидать файлы в каталог и вызывать их по именам, если используешь Laravel например.