Как вручную установить ядро linux, собранное на другой машине?
В зависимости от дистрибутива собрать установочный пакет (deb, rpm, tgz).
Сделайте make help в папке с исходниками ядра и посмотрите, что вам подходит.
Какой дистрибутив и почему не пользуетесь репозиторием?
А вообще, делается все довольно просто: копируете в /boot initramfs и vmlinuz, правите grub (если хотите иметь возможность загрузить старое ядро в случае чего) — и все. Правда, у вас не будет дерева заголовочных файлов, которые нужны, если захотите вдруг какой-нибудь модуль ядра собрать.