Можно ли командой удалить все метаданные у файлов?
да можно
Вт так
sudo apt-get install libimage-exiftool-perl
find . -type f -regex ".*\.\(jpg\|jpeg\|gif\|png\|JPG\|JPEG\|GIF\|PNG\)"  -exec grep -rl base64 {} \; -exec exiftool -all= {} \; -exec rm '{}_original' \;
соответствено вместо find .  можно поставить  путь до сайта  find /var/www/site.ru ну или запустить команду внутри  папки.
и  на сладкое
Оптимизация картинок 
без использования доп.софта 
А команды это что по твоему?