Какие есть аналоги приложний для GNU/Linux из Windows?
1. Лучше всех с Outlook естественно работает родной Exchange. Но, есть варианты. Первое, что отвалится и придется искать ему замену - autodiscover. На линуксе необходимо будет настроить веб-сервер, который по запросу на autodiscover.domain.ru будет слать необходимый XML файл. С траблшутингом в этом случае не знаком, думаю, есть какая-то веб-морда для этого. 
Есть готовые решения, например, Zimbra. Существуют в опен-сорсе и вцелом неплохи.
2. Да, можно будет связать. LDAP же универсален. Поддерживает ли он мобильные платформы, думаю, тоже да, правда, не знаю точно. В любом случае скорее всего придется это пилить.
3. Можно настроить симлинки на Samba. Для репликации можно посмотреть в интернете, что вас устроит. Есть платные решения. И снова, придется пилить!
4. Здесь вы перейдете на аналог. Есть варианты в виде VNC или запуска удаленного рабочего стола через X11 forwarding в SSH
5. Останется вопрос с сервером. Перевесить 1С на Линукс?
6. DHCP естественно есть. Микротик имхо с дхцп справляется на редкость медленно.
7. Да, всё есть, всё придется конфигурировать ручками
8. С принтерами в линукс у меня не сложилось, не могу подсказать. Особенно не радовали драйвера.
Вы должны еще десять раз подумать. Особенно если вы не знакомы с линукс на уровне, достаточном для выполнения задуманного.
Может, в конечном итоге купить новое на базе MS будет дешевле, чем ваши пляски с бубном неизвестное количество времени. А если учесть, что по незнанию вы можете и рабочие часы своим коллегам "загубить", компания может потерять еще больше. Надежный бекап или надежные помощники за спиной вам бы не помешали. Удачи.
3) WebDAV. Ближайший пример использования - Яндекс.Диск.
4) Вам клиенты RDP нужны? Их полно, гуглите. Если чисто для линуксов, то VNC.
5) Аналогично.
6) Есть.
7) Если средства для WebDAV к nginx. В целом получится надежнее, чем любые windows-решения.
8) Сетевые принтеры. Если не сетевые - их можно расшаривать через CUPS. Очень просто: localhost:631
Добавлю. Обратите внимание на облачные решения. Есть масса облачного софта, который вы можете хостить в том числе самостоятельно.