Защита виндовс сети с помощью линукс?
попробую коротко - нет. потенциал больше. но его надо изучать и уметь настраивать. но раз вы задаете этот вопрос - вы не умеете (даже самостоятельно учится.. гугл то всегда рядом ;)ps в копилку https://ru.wikipedia.org/wiki/Vyattapps ну или мощную железяку, и MS ISA или MS TMG.. хотя и то и другое устарело, МС на них забил ))... да и не легален такой путь )) .. разве что виндузятникам проще чему то научиться ))
По сравнению с роутером SOHO-класса, которые склонны сами заражаться и гадить в порученной им сети - вы, безусловно, выиграете, если справитесь. Также откроются возможности по блокировке всякой пакости на входе в сеть. 
Но нет, от трояна в письме бухгалтеру вас Линукс не защитит.
А выше сказанное реализуется и на Микротике, например.