NGINX и JMS, как?
Мне стыдно за вашего Java-разработчика :(
Попросите его объяснить, что он хотел, зачем лёгкому web-серверу, раздающему статику и проксирующему запросы к серверу приложений, сдалась JMS. Не могу представить сценариев.

Для балансировки же — JMS Clustering.
Как связать теплое с мягким? Что ваш разработчик имел ввиду?
Если балансировка нагрузки между JMS серверами (если это возможно, не пробовал) — то это уровень TCP. Nginx не умеет балансировать/проксировать TCP соединения, для этого лучше использовать HAProxy.