Magento  — как ограничить доступ к вебсайту для некоторых стран?
В Nginx или апаче ставите переменную website  основанную на GeoIP 
эту переменную используете в index.php для загрузки нужно магазина $website = isset($_SERVER['WEBSITE']) ? $_SERVER['WEBSITE'] : '';
Mage::run($website , 'website');
Проще реализовать на геоайпи в nginx для каждого стора отдельно.