Какие права безопасно ставить на корень?
Никогда не меняйте права и пользователя на корень ( / )
Для изоляции придумали chroot
Безопасны. Не стоит без четкого знания того, что делаешь, менять что-то в корне, системных либах, grub, ядре etc. - можно по самые уши проблем хватануть.
Если FTP через proftpd, там есть вот такой параметр:DefaultRoot                     ~ !wheel
Он обрежет всем, кто не входит в локальную группу wheel доступ выше домашки - при попытке выйти выше уровнем ему будет сообщаться, то выше некуда - это корень :)