Как создают БД MySQl для крупных проектов: написанием кода вручную или через различные интерфейсы по типу phpMyAdmin?
вы путаете 2 действия. первое - это придумать эту крупную бд. тобишь продумать структуру и зависимости. которые делают к примеру в том же workbench. 
а вот второе уже создать эту бд. там уже пофиг. и делают кому как удобно. кому в phpMyAdmin, кому в консоли.
Я обычно делаю sql файл с запросом создания базы и всех таблиц. И этот файл вношу в репозитарий. Соответственно, при изменении чего-то в базе я вношу изменения и в программу, и в запрос в одном коммите. Но это специфика моей работы, когда и база, и софт на моих плечах, и возможны изменения.
А вообще база создается один раз. Напишите вы ее в консоли за 20 минут или в phpMyAdmin за 10 минут - ничего не изменит. Главное ее продумать, а тут нужен только мозг.