Что проверить для безопасной настройки VPS?
DigitalOcean как замена хостингу. Как всё грамотно настроить?
По ссылке мой старый ответ на аналогичный вопрос.
Добавить можно только, что вам стоит довериться разработчикам дистрибутива и не налегать на изменение конфигурационных файлов. Точно НЕ стоит бездумно копировать целые конфиги из блогопостов, т. к. там частенько попадается откровенный бред и большая часть их этого бреда давно устарела.
Что проверять не знаю, но мой HYIP ломали пока не перешел на abusehoster.ru, на нем работает без ошибок и взломов.