Как найти нужный файл через терминал linux, зная, что файл содержит слово?
Боюсь надо будет писать скрипт, который будет распаковывать архивы. Увы но без этого не как.
Все остальное решается grep,egrep,awk или find.
grep -lir 'text' /home/%username%/doc
для размышлений 
find  . -type f -exec grep -l "содержимое" {} \;
-l -выводит  имф файла в котором найдено содержимое.
соответственно тебе нужно будет на лету распаковывать файлы  и  запускать внутри файнд
Ну и да скорее всего тебе нужно будет что-то менять
Найти все файлы php.ini и заменить  в них директивуfind . -name 'php.ini' -exec sed -i 's/log_errors = Off/log_errors = On/g' "{}" \;