Почему port = 0 в mysql и как это исправить?
1 вариант - включен режим без сети. Можно посмотреть через "SHOW VARIABLES LIKE 'skip_networking';" - если в On, значит ищите - где оно включено.
2 вариант-есть дополнительные файлы конфигурации - в /etc/mysql.d, в  /root и т.п.
У Bitrix например есть в etc своя директория с конфигурационными файлами.
Покажите ваш my.cnf