Сайт на WordPress. Как в индекс попадают ссылки вида адрес_сайта.ru/?p=333?
страницы типа адрес_сайта.ru/?p=333 
Ganjubas_Original вам уже много всего насоветовали, но самое простое это для вас указать каноническую ссылку для каждой страницы (атрибут rel="canonical") и будет вам счастье. Если у вас нет настройки канонических ссылок в wp, можете поставить плагин Yoast SEO, он много полезного поможет сделать.
Но вот почему поисковые машины видят эти странички и добавляют их в индекс как дубли? И главный вопрос как это исправить?
Главный вопрос выделен. Остальные отпадут как только будет выяснена главная причина. А откуда попадают - видно в том же я.вебмастре или логах сервера (серверная статистика).
Хотя если есть 301 редирект (нужно убедиться что именно 301, а не 302, и тем более не 200), то дублей быть не должно.  Может они были, но в ПС ещё не индексировались.