Как правильно реализовать авторизацию на PHP/MVC?
Простите, но причем тут MVC?
Если учите mvc — начните с фреймворка какого-нибудь, в котором довольно жестко задана структура приложения и большинство подобных вопросов отпадут еще на этапе их формирования.
Например, возьмите симфони и их приложение jobeet