Куда пропало место на диске?
Введи sudo ncdu /
Если в системе нет ncdu то установи его командой sudo apt update && sudo apt install ncdu
В консоли выполни du -sh /home/*
скорее всего у тебя в GUI не учитываются "скрытые" папки, которые начинаются с точки. типа .m2 и другие штуки, куда может забиться разного кеша и хлама.