Как управлять сервисами развернутыми на чистом линуксе?
В "чистом" линуксе будет наверняка какой то менеджер служб, с помощью которого вы можете управлять сервисами. С огромной долей вероятности там будет systemd , вот неплохая документация, для начала - https://wiki.archlinux.org/title/Systemd_(%D0%A0%D...
Вопрос очень странный. На самом деле на чистом линуксе это сделать даже в чем-то легче чем в докере.

Для нужд разработки systemd конфигурить не надо. Я просто запускаю из шелла например zookeeper, cassandra.