Как экономнее выполнять php скрипт в крон?
Да механизм предусмотрел. Просто подумал может у крона есть какая-то опция.
Diversia, опции нет, но делают с flock 
то есть в кроне прописывают
/usr/bin/flock -w 600 /var/tmp/myscript.lock /root/myscript.sh
подробнее https://pingtool.org/ru/using-flock-to-ensure-only...
100% через кли +, как уже отметили использовать flovk, который убережёт от повторного запуска скрипта, если предыдущий не закончил работу.
Почему кли лучше? Потому, что скрипт может работать дольше, чем, например настроенный тайм-аут на веб сервере. В кли скрипт гарантированно отработает ну и не забываем запускать через sudo, например:
sudo -u apache php ... script.php