Лучшая практика для оформления комментариев в HTML, CSS?
Основное правило комментариев - нужно комментировать не "что это",  а "зачем это". Плюс комментарии-документация.
Касаемо CSS:
хорошо будет, если вы будете объяснять "магические числа"margin-top: 2px; // выравниваем по вертикали, по-другому никак
Касаемо HTML:
программисту, который будет работать с вашей версткой будет удобно, если вы будете обозначать начало и конец больших блоков на странице<!-- BEGIN: .big-block -->
... 100500 строк кода разметки
<!-- END: .big-block -->
В CSS еще рекомендуют составлять оглавление и обозначать комментариями начало блока кода.
Я считаю такой подход ретроградством, при наличии большого количества средств препроцессинга.
Начнем со сниппетов.
В Atom есть очень хороший стандартный сниппет - CTRL + /. Как вы уже догадались, он создает комментарий и, кстати, очень хорошо работает с выделением. Что касается специализированых сниппетов - если поставить плагин на JS(если не ошибаюсь) добавляются всякие там TODO и HACK.
Что касается оформления комментариев - тут так же, как и с кодом: главное - красиво и читабельно. Стоит уяснить всего две простые вещи: комментируйте только основные моменты и отличайте коммиты от комментов. Первое - просто. Не нужно пояснять каждую команду, объясняйте, что происходит, для чего та функция или переменная. Второе - сложнее. Нужно понимать, чтто в коммитах объясняют ПОЧЕМУ вы исправили и дополнили код, а в комментариях именно про общую картину.
Удачных комментариев)