Что не так в Javascript?
document.querySelector("#nav-toggle")
На странице нет такого элемента, поэтому querySelector возваращает null.
Об этом в ошибке и написано - у null нет метода addEventListener.addEventListener вызывается только в одном месте - правда, разобраться совсем не сложно.
А вообще, если уж используете jquery, так и используйте на полную катушку:if ($(window).width() > 991) {
    $("#nav-toggle").on("click", function() {
        $(this).toggleClass("active");
    });
}
Вот решениеif (window.innerWidth > 991) {
    document.querySelector("#nav-toggle").addEventListener("click", function(e) {
         e.target.classList.toggle("active");
    },false);
}