Какая разница между версиями Linux для VPS?
выбирается между тем, что знаете и тем, что не знаете
обычно ставят ту, что знают
На Ubuntu свежайшие версии ПО: PHP, MySQL, nginx и т.д.
Для других ОС типа CentOS нужно подключать сторонние репозитории, где хранятся более новые версии.