Есть ли программа для учета последовательности действий?
Т.е. требуется древовидная структура заданий? Где есть «родители» и подчинённые «дети», которые получают одинаковый доп. пункт («вставить рекламу») при добавлении такого в родителя.
Я бы держал такое просто в таблице. Строки - страницы, столбцы - типы задач по страницам. В ячейках «сделано»  / «не сделано» / «не требуется».
Но именно описанную работу со страницами имхо грамотнее решать через устройство сайта с шаблонизаторами. Где поддерживаются многоуровневые отношения предок-потомок, и изменения вносятся лишь единожды на правильном уровне, автомаГически распространяясь на потомков.Upd. более гибкий вариант: mindmap The Brain, где можно устанавливать множественные связи на каждом из трёх уровней:родителиодноранговыепотомки
Там можно создать децентрализованную «карту» и перемещаться по ней. gif
Не проще ли лист бумаги с напечатанными задачами.
Делаете задачу - карандашом крестик ставите.
Сделали страницу - проверили что везде крестики стоят, стерли их ластиком, работаете со следующей.
Гораздо проще и технологичней.
Или небольшая грифельная доска на рабочем столе или на подставке рядом с монитором.