Как лучше размещать сайты на сервере?
Один сай = один пользователь. Нечего им шариться между собой.
Соответственно скрипты должны запускаться от имени владельца файлов.
А то у нас модно настраивать LAMP по заветам какого-нибудь Digital Ocean. 
Где Apache mpm-prefork + mod_php
решил туда сайты выкладывать. какие сайты? Чужие за деньги или свои собственные? Если свои - выкладывай как удобно будет, а дальше по ходу эксплуатации разберешся, как лучше. Если чужие - используй контейнеры.