Сможет ли arduino задетектить с помощью библиотеки OpenCV моргание глаз?
Нет, по той простой причине, что Open CV не влезет ни в один AVR, а значит, просто не будет работать на ардуине.
Тут нужен компьютер помощнее.
Очень плохая затея пытаться работать с распознаванием образов на маломощных МК, точнее даже "тупиковая", максимум - это работа с отпечаткам пальцев