Какие будут нюансы/подводные камни, если домен организации (юр. лица) зарегистрирован не на Юр. лицо, а на Физ. лицо?
Да никаких.
Если конечно не критичен тот факт, что домен будет находится под управлением физлица, которое может уволится например, вместе с доменом, и.т.п.
Ну и плату за регистрацию и продление домена нельзя будет отнести к расходам.
Вопрос может возникнуть, на каком основании вы списали затраты на сайт и его обслуживание 
Если сайт оплачивается с юр лица, а договора на использование домена нет.