Как изучать Linux?
1. Мониторьте профильные ресурсы, помогайте совсем новичкам разбираться с проблемами + частенько возникают нетривиальные вопросы. 
2. Запустите небольшой проект, возможно, интересной вам комп. игры, после чего разыгрывайте различные типовые сценарии (н.п. миграция на другой сервер (новая ОС+ веб + бд)). В сценариях учитывайте ключевые для вас показатели - целостность и доступность информации, а это сразу отказоустойчивость, бекапы, защита от ДДОС и т.п.
Вот это будет реальный "боевой" опыт.
Понятно, что apache/nginx + php + mysql, но что делать со всем этим дальше? 
С начала пойми для чего они, установи а для вопросы сами собой отпадут. На голой теории далеко не уедишь, теория+практика=знания=>работа и опыт.