Телеграм бот — как удалить системные сообщения?
проверяй отправителя
@bot.message_handler(content_types = ['new_chat_members', 'left_chat_member'])
def delete(message):
      bot.delete_message(message.chat.id, message.message_id)

добавьте бота в чат затем дайте ему админку
Если что-то не понятно пиши