Согласны ли вы с утверждением, что bootstrap подходит только для прототипов?
Умея верстать, bootstrap ни к чему. Чаще всего удобнее верстать самому это факт
Потому что верстается то, что будет использоваться, не переопределяя стили фреймворка
Бустрап отличный инструмент, если у вас нет времени на то чтобы верстать все с нуля, или вы делаете шаблонные решения
Все зависит от того, что вы делаете. Есть в интернете такие сервисы, которым рады были бы и вообще без верстки, лишь бы работали стабильно! А бегая от бутстрапа, можно и всю жизнь говнокодить, лишь бы не верстать этот зловредный бутстрап. 
У меня знакомый вообще на дизайн не парится. Делает одинаковые сайты, у него в шаблоне вставлены все css  с сайта https://bootswatch.com/ и в вверху в углу переключатель CSS. Несет заказчику и просит выписать что и где ему нравится больше. И уникальность темы уже зависит полностью от фантазий заказчика.