Как правильнее для node js подключать модули?
"Или чтобы собирались при запуске все"
В ноде ленивую загрузку библиотек не практикуют, насколько мне известно.
В PHP это вынужденная мера, потому что там чаще всего FastCGI, по одному запросу на процесс в один момент времени, процесс каждый раз инициализируется с нуля (опустим пока пляски с кэшем и прочее).
А сервер на ноде долгоживущий, поэтому там нет проблем потратить секунды три при старте на загрузку всего и вся.
в пхп это больше вынужденная мера, чтобы лишнее не грузить на каждый запрос, но это и добавляет оферхэд на поиск классов каждый раз. в ноде процессы долгоживущие. 
чтобы грузить автоматом все - через модуль fs сделайте поиск всех модулей в папке node_modules и делайте require - только помоему это плохая идея. переменные будут неявные - как минимум потеряете подсветку от IDE, если какой то модуль пропадет - ошибку получите не при запуске а когда будет обращение к нему. 
если у вас много скриптов в которых вы прописываете много require то может сделать тдельный файл со списокм require и инклюдить везде его?