Как обновляться на Ubuntu, чтобы не сломать связку LEMP?
По моему скромному мнению там ничего и не должно сломаться. Но если очень хочется есть механизм для того, чтобы не обновлять определенные пакеты.
dpkg
echo "%package-name% hold" | sudo dpkg --set-selections
echo "%package-name% install" | sudo dpkg --set-selections
dpkg --get-selections | grep %package-name%
apt
sudo apt-mark hold %package-name%
sudo apt-mark unhold %package-name%
aptitude
sudo aptitude hold %package-name%
sudo aptitude unhold %package-name%
Убунты под рукой нет, а проверьте у себя нет ли зависимости между deb пакетами mysql и php, ну и nginx и php. Это и будет Вам ответом, если deb не притянет новую версию, и новые библиотеки, то смена версии может повлечь смену синтаксис запросов.