Почему глаза плохо воспринимают темный UI?
Качество восприятия текста и графики складывается не только из палитры, но и из других вещей, типа толщины линий шрифта и так далее.
В верстке печатных материалов есть такое понятие - "выворотка". Это светлый текст на темном фоне. И начинающие всегда делают ошибку, когда верстают такое - просто берут и задают белый цвет текста и темный цвет фона, не меняя шрифт, его размеры и начертание относительно основного текста страницы (например, когда верстают врезку). Так делать нельзя - такая врезка, вероятнее всего, окажется нечитаемой. 
Скорее всего, ваша проблема - в том, что вы несколько более чувствительны (или внимательны) к негативным эффектам выворотки. Соответственно, если вы считаете, что вам действительно для чего-то нужен "ночной" интерфейс, вы можете попробовать поэкспериментировать с цветовой гаммой, а дополнительно к этому - с контрастом, размером шрифтов, начертанием и т.п. Посмотрите, например, на то, как цветовая гамма используется в GIMP:
Лично я никогда не использую инверсный интерфейс с черным или почти черным фоном - чтобы уменьшить избыточную яркость, всегда использую довольно темный серый. То же самое и с "дневной" схемой - никогда не использую чисто белый фон, всегда заменяю его на слегка зеленовато-серый, аналогично этому:
В темных темах работать не могу, возможно не привык. Да и среда разработки это для меня рабочий инструмент, а не средство самовыражения. Поэтому не заморачивайтесь с этим вопросом, работайте так, как вам удобно.