Не отображаются файлы в папке Windows, но файлы есть?
Не видно - значит атрибут скрытый или системный стоит.
Так же возможно на уровне прав запрет стоит на просмотр содержимого директории.
Кроме комбинации прав и настроек, в Windows есть папки, физическое расположение которых отличается от логического. И это не о символьных ссылках.
Например, C:\Program Files может быть,
и C:\Program Files (x86) (это вы знаете),
и %USERPROFILE%\AppData\Local\VirtualStore\Program Files (x86), это для старых программ, которые хотят записать что-то в папку теперь закрытую для записи.
Нужно конкретно указать "что", "куда" и "чем искали".