Заражение вирусами в ОЧЕНЬ большой сети?
1. Админов расстрелять, по темепосле модернизации количество работ было таким большим, что одноранговую сеть так и оставили. Какой то мудак (его уже выгнали) поднял игровой сервер в сети, расшарил инет через мобильный LTE интернет и запустил вирус криптолокер в сеть. 
2.Операционную систему менять нельзя ни в коем случае, так как большинство лабораторных/диагностических программ очень старые, драйвера старые, под новыми системами не хотят дружить. 
Если простоя стоит миллионы долларов, то что мешает заплатить пару миллионов на решение это проблемы?
Тут расстреливаем менеджеров, ну тех которых не расстреляли в п.1.
3.На большинстве компьютеров антивирусная защита отсутствует как таковая, так как на большинстве рабочих станций стоит Windows 98 & XP
Древняя ось, без обновлений (на большинстве уверен вообще обновы не ставились со времени установки), без банального антивируса. 
Чего вы ещё хотели то?
Вирусные эпидемии как в вашей ситуации не лечатся путём "а прогоним отот комп антивирусом", их лечат путём "отрубить нахрень всё и переустанавливаем системы ибо хрен пойми какая сигнатура у этой дряни".
Вы влетели по полной программе и решение тут только одно - модернизация железа/ПО, грамотный подход к сети.
а наклепать usb или dvd с Kaspersky Rescue Disk 10 не судьба ?