Обязательно ли сайт содержит html файлы?
это вместо html?
Сложно однозначно утверждать, не видя вашего проекта, но возможно. Только не "вместо", а "для". В динамических сайтах, php формирует html. Yii2 построен по принципу mcv (model-controller-view) и вероятно приведенные Вами файлы это view, если да, то в них содержится логика и html разметка.
Правьте. Мы не против.