Бесплатные домены второго уровня?
Брать условно-бесплатный домен, если вы собираетесь в него вкладывать силы и время, очень рисковано. Если совсем не хочется платить за домен, то многие хостеры дают его бесплатно при оплате домена на год. Только следите, чтобы домен регистрировали на вас. Тогда при желании  домен можно забрать и перенести на другой хостинг.
> Есть бесплатная доменная зона .ml
Она не бесплатна, бесплатен только tk, емнип. 
> Если я зарегаю домен и начну раскручивать сайт, улучшать сео показатели, то регистратор может просто взять и забрать его? 
Может. На практике, с белыми проектами такого не случается. 
> Можно ли будет как то его отстоять в суде?
Вряд ли. В оферте у них не зря всё столь расплывчато -=)