Cайт попал в черный список. Что делать?
Если сервер - дедик или vds, то прогнать rkhunter+tiger+chkrootkit. 
Ну и на будущее - иметь на сервере систему контроля целостности, типа tripwire или вообще csf+lfd.
Если шаред - то тщательно проверить скрипты, сравнить с эталонами/бекапами.
у меня яндекс "метил" сайт как "содержащий вредоносное по и вирусы". После чистки файлов через неделю все вернулось на место. Выдача хуже не стала.