Как совместить вируальное окружение и реп git?
Делаем корневую папку, проект, в ней 2 , одна с окружением, вторая с гитом. 
Все ... 
Виртуальное окружение ни кто в гит не пихает ...
сюда еще посмотрите может вам как то поможет
https://git-scm.com/book/en/v2/Git-Tools-Submodules