Стоит ли создавать небольшой интернет магазин на Java+Angular? Какие технологии лучше использовать?
Ты так говоришь как будто все эти технологии знаешь и нет разницы на чем писать. По хорошему создаешь сайт и отдельно еще админку. Через админку будешь отправлять запросы на управление товарами и прочим. На основном сайте продавать. Как вариант я бы посоветовал react на фронте, php на бэке. Если нужна гибкость то да нужно полностью все самому писать, чтобы бэк разбрасывал по базе данных все как тебе нужно. Другой вопрос на сколько большие у вас скилы чтобы писать сразу и фронт и бэк и верстать и по сео двигать.
В интернетах многие используют PHP, но говорят, что он уже немного устарел, да и мне не особо приходилось сталкиваться с них. Хотелось бы использовать в данной разработке что-то более актуальное.
Вероятно про устарелость пыхи говорят люди, с ним не работающие. Так уж получается, что php вне конкуренции, абсолютная часть сайтов на нем, особенно это касается интернет магаинов.

Много видела советов использовать WordPress, но для данной задачи я его не рассматриваю, тк читала, что будет сильная привязка к его модулям и в случае кастомизации сайта будут ограничения.
Вывод верный, но причина - не совсем. Целевое назначение WP - это бложик.

Также возникли вопросы относительно того, как лучше получать ssl сертификат и сделать защищённое соединение на своём сайте, что лучше использовать для данной цели?
Хотите - покупаете у любого доменного регистратора, не хотите - юзаете let's encrypt

Надо ли CMS всегда подключать для интернет магазина, чтобы удобнее администрировать?
Вам так, или иначе потребуется некая панель управления, хотите на CMS - юзайте на CMS, хотите собственную - пишите собственну. В первом случае вы ограничены возможностями CMS, во втором - фреймворком.

Если да, то какие можете посоветовать?
Как ни странно, для электронного магазина, как правило, лучше использовать электронный магазин, ваш К.О. Взгляните на PrestaShop например. OpenCart люто не рекомендую из-за качества кода и плагинов. Можете посмотреть Magento, но будьте готовы в него инвестировать много времени.

какой хостинг и домен лучше выбрать для такого небольшого интернет магазина?
Хостинг - в зависимости от предполагаемых нагрузок и способа их обработки, тут слишком много факторов. "Небольшой интернет магазин" - это очень так себе определение. Домен - выбирайте свободный, занятый стоит дороже))

Что касается в принципе выбора стека - используйте то, что знаете, или то, что близко к тому, что знаете.