Почему пропадает SSH на Raspberry при подключении USB 3.0?
Скорее всего дело в питании. 
У вас есть изьян в тесте с другим БП, 85W блок от макбука отдает эти 85W только на технику Apple, сторонние устройства получают не более 1А, не используйте любые БП от Apple для тестирования сторонней техники, в большинстве случаев они подводят. 

По сути дела, просто отключается USB3.0 мост или вся плата? Можно проверить через uptime.
Совершенная мистика - SSh относится к сетевой подсистеме, а USB - к локальной. Т.е. я доже не вижу, где они могут пересекаться.

Надо смотреть логи - что-то типа /var/logs/messages : там sshd должен писать, почему он рухнул во время работы или не запускается при старте.