Как организовать телефонию между филиалами?
В идеале - максимально унифицированное решение. В каждом филиале свой Asterisk, VoIP-шлюз к оператору, SIP-телефоны на рабочие места, IAX-транки с остальными филиалами. В этом случае отключение каналов в одном офисе просто переводит его в режим автономной работы, возможность звонить в город и принимать звонки из города сохраняется.
а также "прикрутить" к внутренним номерам корпоративные
Не совсем понятно, что это значит. Корпоративные мобильные? 
1. Одного сервера наверное мало. Точка отказа.
2. Да, транки настраиваются на сервере, а шлюзы коннектятся к нему.
3. Вопрос выходит за рамки телефонии, можно наверное прикупить 3G роутеры.
А вообще…сейчас Asterisk можно развернуть даже на микротике, недорого и для небольших офисов вполне подходит.