Софтовый RAID1 теряет superblock после ребута
> Добавляю в /etc/mdadm/mdadm.conf мои массивы.
Это необязательно.

1) попробуйте mdadm --zero-superblock /dev/sda1; mdadm --zero-superblock /dev/sdb1
2) создавайте с опцией --metadata=1.2
Разобрался с вашей помощью, дело было и правда в суперблоке.
mdadm --zero-superblock /dev/sda1 не делался после ребута, но после dd if=/dev/zero of=/dev/sda1 bs=512 count=1 и собирания обратно нового массива с опцией --metadata=1.2 массив создался без сообщений как раньше, после ребута правда он их в неверном порядке подключил, решил это добавлением в конфиг вручную правильно собранных массивов.