Как на физическом уровне происходит прошивка нового выращенного процессора или любого другого микроэлектронного устройства?
Все базовые операции в процессор уже зашиты, это называется "аппаратная реализация".
То, что вы подразумеваете, называется ПЛИС, погуглите, это интересно.
 Мозг человека имеет с рождения способность распознать цвета, звуки, образы, лица и кучу-кучу другой информации
Ничего подобного :) Новрожденный видит все - внезапно - кверх ногами! Ну то есть, он видит так, как на самом деле формируется изображение на сетчатке (в полном соответстствии с законами оптики) и только через некоторое время у него моск научается "переворачивать" изображение. И со всем остальным то же самое - если интересно, берем книжку для молодых родителей и читаем :)