Как лучше парсить excel файл?
Я писал макрос в самом экселе (на VBA), открывал по очереди файлы, искал нужные строки и копировал в свой документ. (подробных примеров с открытием и считыванием файлов в сети достаточно)
Инструмент можно использовать любой, каким умеете пользоваться / нравится / работает с экселем.
Можно просто вытащить эти строки и потом на их основании сформировать файл. Тут как удобнее уже Вам. (такое бы провернул на Delphi или VB).
В самом экселе есть функция ВПР, но придется прописывать формулу для каждого документа. Для этого может сгодиться и Python.
Подскажите, пожалуйста, какими инструментами лучше это программно сделать? Автоматически по очереди пооткрывать все файлы в директории, пропарсить, взять нужные строки, залить в новый файл.  Когда мне надо было извлечь определенные данные из .xlsx-файла, мне помог модуль openpyxl.  Другое дело, что я сохранял результат в csv-формате, так что не могу сказать, насколько зрелы модули python для создания .xlsx-файлов. В целом, думаю, вашу задачу вполне можно решить на python.