Безопасно ли для батареи частое включение/выключение питания?
Аккумулятору все равно, как часто вы будете включать и отключать зарядку.
Главное чтобы точно выдерживалось напряжение заряда, не превышался ток заряда, и не возникало перезаряда.
Все эти параметры должен обеспечивать контроллер заряда. 
Просто смотрите чтобы у вас был хороший контроллер.
Для более точной информации укажите тип батареи, тип контроллера заряда, и батарей.
А как вы еще предполагаете пользоваться батареей солнечной как не в таком режиме?
Выбора нет.