Как устроен современный сайт?
Вот если брать образцовый сайт в 2020, то как он будет устроен?
Лучшее - враг хорошего. Сайты бывают разные, назначение разное, бюджет разный, аудитория разные.

Например, как сверстан (с помощью чего), где хранится(где-то слышала что сайты хранятся на гитхабе, но это не точно Т_Т), какие инструменты используются для администрирования и т.д.
Разное.

Поскольку я вообще начинающая начинашка есть опасения что самостоятельно могу случайно обучаться уже неактуальным вещам из нулевых( а хотелось бы изучать то, что сейчас делают крутые программисты

С таким подходом - как бы изучить поменьше - нужно СРАЗУ выбирать другую сферу. Потому что тут нужно учить побольше. "Изучить" ненужные вещи из 2000 очень сложно, потому что
1. ненужно углубляться в некоторые старые вещи, а на базовом уровне ничего особо ненужного нет
2. В 2000 в веб технологиях было почти ничего, разве что флеш.

Вот, например. Я решила сделать сайт интернет-магазина. Там есть аккаунты, возможность оплачивать и добавлять и редактировать товары и он может работать на разных устройствах и т.д.. Вопрос: с помощью чего бы вы такой проект реализовали?интересно все: от хранения и БД, до того как и что написано, что используется(например, какие языки, какая структура)
Бери вордпресс и смотри

И еще: актуален ли сейчас пхп?
более чем.

и про верстку: я правильно понимаю что большинство сайтов сейчас верстается с помощью гридов и адаптивной верстки?

Это же не название технологий а просто подход.

в какую сторону посоветуете исследовать? может быть материалы какие-нибудь можете подсказать

Гугл. на конкретные технологии.

и еще: как можно узнать каким образом устроены топовые сайты?

Балансировщики, кластера, возможно где-то свои движки.
Но тебе зачем?
Если ты начинающий, почему СРАЗУ магазин и СРАЗУ топовый?
Начинашкам нужно учиться на простых вещах. А топовый - ну посмотри на амазон. Поможет?
Лучше гугла тут ничем не помочь...

Если учитывать это:
Вот если брать образцовый сайт в 2020, то как он будет устроен?
...
Поскольку я вообще начинающая начинашка есть опасения что самостоятельно могу случайно обучаться уже неактуальным вещам из нулевых( а хотелось бы изучать то, что сейчас делают крутые программисты
То "гугли" с фильтром по годам 2018-2020... :)