Влияет ли на SEO, если страницы доступны только по ссылке?
Влияет-влияет. Вес на таких страницах будет очень маленьким. 
Также если поставить на них ссылки с футера вес будет меньше чем если ссылки будут из верхнего меню.
Перелинковка очень сильно влияет на SEO, как и ее полное отсутствие.
И были бы они в sitemap, а он бы - был в robots.txt
И тогда - ДА: никак не влияет.