Где берут авиабилеты такие приложения как Skyscanner и ему подобные?
Процитирую сам себя.Смотрите, авиа билеты(как впрочем и жд) характерны двумя вещами:
a) Исторически системы ориентированы в первую очередь на обслуживание оффлайн касс
b) API все дают крайне не охотно и только начиная с некоторых объемов(тысячи билетов в день),т.к для них это и финансовые и технические риски. 
Варианты собрать свой сайт по продаже билетов тут следующие (в порядке уменьшения затрат):
1. Прямые договора с авиакомпаниями
2. Прямой договор с крупными GDS - список есть в wiki 
Порядок затрат от сотен тысяч до млн $.
3. Договор с одним из агрегаторов GDS, например nemo.travel или https://www.tch.ru/ru-ru/Pages/Home.aspx
Порядок затрат тысячи-десятки тысяч $
4. Реферальный договор с одним из сайтов непосредственно имеющим подключения к GDS (например с https://www.onetwotrip.com/ru/,  www.ozon.travel итд
Порядок затрат около нуля, но не у всех есть публичные партнерские программы, нужно ехать разговаривать.
5. Реферальный договор с одним из сайтов работающих по 4й схеме, например с https://www.aviasales.ru/affiliateprogram
Порядок затрат около нуля, публичные партнерские программы есть как правило.
PS С ЖД в РФ ситуация примерно так же.
PPS С междугородними автобусами - все сильно лучше, рынок в стадии взрывного роста, есть варианты подключиться по 2-3 схеме без существенных затрат, подробности в скайпе dentelis кому нужно.Как найти базу для сайта авиакассы по поиску билетов?UPD@Div100 А по поводу процента, я имел в виду, типа от своего имени покупать билеты?
То есть покупатель хочет купить билет, делает покупку при этом он получаеся отправляет деньги на счет приложения, приложение уже само покупает от своего лица, при этом оставляя часть денег как процент, и отдает ему данные о покупки?
Если говорим именно про самостоятельную продажу (варианты 1-3), то скорее всего это будет субагентский договор с поставщиком.
Схема движения денег может быть очень разной: может быть +- как Вы написали, а может быть жесткое требование со стороны поставщика разделять финансовые потоки - в этом случае вы используете платежку которая умеет это делать(и одобрена Вашим поставщиком) и при оплате билета часть денег сразу уходит в GDS напрямую, Ваша прибыль уходит Вам.
По API запрашивают данные о билетах у поставщиков.подключать в отдельности к себе в приложение
Именно так.И как при этом брать процент с продаж этих самых билетов?
Это уже вам должно быть виднее.