Как работать на Upwork в Украине в белую?
Как объяснить налоговой про Upwork?
Никак. В этом нет необходимости.С какими банками и как работаете?
Приват. Все просто и легко. 
Вот презенташка для работы с Пейониром, но с Апворком аналогично.Можно ли себе оставить валюту или всё нужно продавать?
Нельзя. 50% автоматом продается, остальные по желанию.
Есть какие-то схемы через оформление командировки, но там как-то геморно и мутно, как по мне.Какую документацию нужно вести?
Я все веду через Таксер, 10 минут раз в квартал потратить отправить отчеты и добавить записи в Книгу доходов.
так же как и в России - никак,
либо через НДФЛ
5% ИП с апворком не работает, если только не частный случай, но его еще получить нужно