Как Яндекс браузер получил мои пароли?
Хром хранит пароли в конкретном известном месте, а Яндекс про это знает и в это место подсматривает. 
Вот статья, проливающая свет на происходящее: https://habr.com/ru/amp/post/134982/
Как как.
Взял и импортнул он у тебя из хрома.
По умолчанию где-то такая скрытая Галка есть.

Все пароли хром хранит в открытом виде у тебя на компе