Как выполнить функцию только один раз?
Снимайте обработчик события после того, как нужное действие будет выполнено:

$(window).scroll(function onScroll() {
  if ($(this).scrollTop() > 777) {
    $('.div_clone').clone().appendTo('.container2');
    $(this).off('scroll', onScroll);
  }
});
var isAppended = false;
$(window).scroll(function() {
var height = $(window).scrollTop();
if(height > 777 && !isAppended){
 $(".div_clone").clone().appendTo(".container2");
isAppended = true;
}
});
сделать флаг для проверки состояния, к примеру