Как настроить Mikrotik (сайты в локалке)?
Есть 2 варианта - хороший и плохой.
Хороший - split DNS, в локальной сети нужно поднять dns, на котором уже добавить  А-записи с локальными адресами.
Плохой - использовать hairpin nat.
Инструкции по настройке DNS-серверов или hairpin nat на микротике приводить не буду, легко гуглятся.

P.s. отключите на микротике web морду, она ему не очень нужна, либо перенесите на нестандартный порт.
но из локальной сети по этим доменам открывается веб-интерфейс микротика

Это каг вообще?
У вас внутри сети домен должен вести не на микротик, и не на его внешний айпишник, а на локальный айпишник веб-сервера. 
При этом ну никак не должна открываться никакая веб-морда микротика.

Вы либо в hosts айпишник микротика привязали к доменам что ли?

А чтобы сайты были доступны извне, то на микротике нужно пробросить только 80 и 443 (если есть ссл) на локальный адрес веб сервера.

При этом на нужный домен юзеры снаружи попадут, только если пропишут у себя в hosts соответствия домена и вашего внешнего ip.

Ну или каждый домен вешать в веб-сервере на разные порты, и делать порт-форвардинг для каждого сайта отдельно, тогда сайты будут доступны снаружи без доменного имени, по ip с явным указанием порта.

Заходя с локалки тоже придется указывать порты.