Как работать с JSON?
Можно из строки\в строку. А что с ней делать дальше уже неважно.
Есть прям в мануале ньютонсофта, ответ легко ищется поисковником
Newtonsoft.Json Занимается только сериализацией/десериализацией, т. е. 
1) строка Json => объект C#
2) объект C# => строка Json

Для чтения/записи в файлы используются совсем другие инструменты. Например, FileStream