С чем связано периодическое увеличение скорости кулера?
нагрузка на процессор. если явно ни чего не вызываете - значит фоновые процессы. диспетчер задач в помощь, можно еще монитор ресурсов.
ещё посмотрите настройки в BIOS - часто там описан режим работы кулеров