Стоит ли использовать ASP.NET MVC для стартапа?
ASP.NET MVC можно хостить в *nix'ах. 
Думаю стоит использовать те инструменты, при помощи которых можно максимально быстро достичь желаемого результата, как можно меньше отвлекаясь на изучение новых языков/платформ. Если удобно разрабатывать на C#, то выбор ASP.NET очевиден.
Поддержу предыдущего оратора.  ASP.NET слишком тяжел для таких вещей как StartUp. Если вы собираетесь написать все с нуля, то я бы посоветовал PHP. Огромное комьюнити не даст вам заскучать, да и найти ответы на различные вопросы будет проще. Не говоря о том что порог входа не слишком высок. Если же решение вопроса в установке готовой CMS (WordPress, Joomla, DLE и т.д) то используйте ее. 
Небольшое отступление свой первый стартап я писал на PHP + MySql, так как на тот момент ничего сверх сложного реализовывать мне не нужно было.