Как структурировать свои репозитории на ГитХабе?
Довольно извращенный вариант, но все же.
Создаете один репозиторий (по сути - категорию). С помощью submodules добавляете свои репозитории, подходящие под эту категорию, в этот репозиторий и push'ите на Гитхаб. Вот вам и папка, содержащая кучу других папок, которые ссылаются на Ваши репозитории на Гитхабе. Для еще большего удобства можете создать отдельную организацию, чтобы не засорять список своих репозиториев еще одним репозиторием-категорией :)
Удаляйте, раздавайте, переносите в тематические организации.