Как зашифровать большой объем и залить на cloud.mail.ru?
Конечно не реально.
Поэтому если хотите именно с этим сервисом работать, то шифруйте архиватором 7z или WinRar  и заливайте архивы.
Ну и если непонятно зачем вам вообще шифрование на лету, и виртуальный диск, если это резервное копирование?
своё облако и нет проблем
habrahabr.ru/company/syncdriver/blog/241453
isyncbox.com