Почему скрипты знают друг о друге?
Если вы эти файлы подключаете на одной странице, то глобальная область видимости у них одна на всех. Соответственно и переменные, размещаемые в глобальной области, будут общими.
Допустим, подключены два файла: // auth.js
var myAuth = "secret";

// logic.js
function logic() {
 console.log(myAuth);
}
Когда оба файла включены в страницу, это то же самое, как склеить их содержимое и вставить прямо в тело страницы: <script>
var myAuth = "secret";
function logic() {
 console.log(myAuth);
}
</script>Поэтому все друг друга видят, слышат и дружат )
Просто размещение кода в отдельном файле не изолирует его код от прочего. 

Распространённая практика во время разработки держать код по разным файлам, логически разделяя. А для продакшн собирать весь код в один файл (или несколько, чтобы куски сборки сделать полегче).