Какие различия между ERP и CRM системами?
Границы между системами размыты и даже специалисты часто затрудняются квалифицировать систему. Плюс есть платформы, на базе которых может быть создана система практически любого класса.
CRM не имеет отношения к сладу, это система управления взаимоотношениями, минимально это карточки клиентов, история звонков и переписки.
ERP это не бухгалтерия, это управление ресурсами, по большому счету эта система может не делать вообще ничего в виде гуя, а быть сборщиком, анализатором и управляющим для других систем.
Управление складом это WMS, но это не просто товарные остатки, а именно управление складом как отдельным подразделением, с комплектация заказов, адресным хранением и т.д. и т.п.
Есть еще огромное множетсво систем других классов.
Важно понимать от чего вы отталкиваетесь.
Если вам нужна бухгалтерия, и еще бы хотелось видеть остатки на складе, плюс карточки клиентов. Можно взять бухалтерскую систему и прилипить к ней необходимые модули, или взять модули на той же платформе.
Если нужна CRM, а бухгалтерия уже есть, и CRM нужна продвинутая, можно сделать обмен с бухгалтерией, плюс прикрутить минимальный модуль складских остатков.
И т.д.
В любом случае или писать монстра( сами или заказывать ), можно с нуля, можно на готовой платформе( Navision, SAP, 1С УПП ), или лоскутная автоматизация, когда каждый модуль отдельно, и все они между собой обмениваются данными, это тоже можно сделать на готовой платформе, или купить различные продукты для различных нужд, а дальше их связать между собой через стандартные шлюзы обмена сконфигурированные на заказ.
Лично я монстров не люблю, и честно говоря недолюбливаю монстроидальные платформы.
Я бы на вашем месте сформулировал бы вопрос конкретнее: что мне использовать для, скажем, складского учета в интернет-магазине с 10-ю сотрудниками. 
Ответ на исходный вопрос: разница в функционале. Однозначной классификации нет. Универсального недорого решения нет. Недорогие узкоспециализированные системы обычно существенно лучше по функционалу, чем относительно недорогие универсальные. При этом чем универсальнее система, тем она дороже.