Как выполнить команду в терминале php на FreeBSD?
я так понимаю из-за правСамое главное, что надо понимать о программировании, это что никогда не надо понимать.
А всегда надо знать точно. 
И уж тем более не надо начинать метаться и совершать хаотичные телодвижения, типа установки sudo, прописывания путей и прочего, исходя только из понимания. 
Если что-то идёт не так, то система всегда сообщает тебе об этом. И надо всего лишь взять это сообщение и прочитать. И потом исправить конкретную ошибку.
Вместо неудобной exec используем нормальную shell_exec().
чтобы видеть ошибки, добавляем в конце команды 2>&1$out = shell_exec("sox media/60847/intro.wav -r 8000 -c 1 media/60847/intro.gsm 2>&1");
в out будет консольный вывод, в том числе ошибки. 
Читаешь ошибку и исправляешь
причем тут юзер?
попробуйте полные пути до файлов, до команды...