Как остановить команду запущенную в фоне через амперсенд?
Убивайте предыдуший процесс через kill
Можно предусмотрительно в вашем php сразу после запуска создавать .pid файл с номером процесса, чтобы можно было по нему отследить запущен ли процесс.
В общем это задача любого configuration engineer junior
tldp.org/LDP/abs/html/x9644.html
The fg command switches a job running in the background into the foreground. The bg command restarts a suspended job, and runs it in the background. If no job number is specified, then the fg or bg command acts upon the currently running job.
или 
ps -aux | grep php
kill -15 номер процесса
kill -9 номер процесса