Как реализуется удаленное управление компьютером (Аля тимвивер/радмин своими руками) в windows?
Что значит своими руками?
Если хотите своими руками - пишите программу вроде тимвьювера, амми, или чего другого, захват видео, сжатие, передача, и.т.п.

Если не хотите писать программу - пользуетесь готовыми - их куча.

Натыкался на ssh/telnet, но я не пойму как там выводить рабочий стол удаленного компьютера в реальном времени и управлять, если вообще это возможно. Какой рабочий стол? Это консольные утилиты, они работают в текстовом режиме, а не в графическом.
rdp не подходит в виду того, что локального пользователя выбивает, пока к нему кто-то удаленно подключен, да и там запреты лицензионные от microsoft.

локального пользователя выбивает не протокол, а клиент от microsoft, и то делает это по умолчанию. А можно прописать подключение к текущей консоли, а не создавать новую виртуальную для каждого подключения.
Можно написать свой клиент, который не будет выбивать.
Можно пользоваться стандартным, и даже сидеть вдвоем на одном удаленном компе.

Так что изучайте rdp

p.s. а вот radmin свой протокол передачи вроде использует, передает битмап своими силами. С одной стороны полная независимость от rdp, с другой стороны гораздо больше нагрузка на сеть.