Как вставить код счетчика сразу на все страницы HTML?
Если не разбираешься, то если начнешь сейчас, то до утра справишься
Если есть желание разобраться, то забекапь файлы и попробуй разобраться в баше и sed
stackoverflow.com/questions/27266537/find-and-repl...
https://www.google.com.ua/search?q=sed+replace+in+html
Либо воспользоваться советом выше от sim3x 
Либо дубовый вариант, открываете в редакторе по 50 страниц (ну или сколько там Ваш комп потянет) и делаете "Заменить все". 
Не так и долго, как кажется.
И да, бэкапы не забудьте!