Как задать абсолютный путь для всех файлов?
php.net/manual/ru/language.constants.predefined.php// index.php
require __DIR__ . '/init.php';

// init.php
require __DIR__ . '/db/helper.php';
require __DIR__ . '/other/helper.php';
Либо:// index.php
define('APP_ROOT', __DIR__ . '/app');

require APP_ROOT . '/db.php';.

// app/db.php
require APP_ROOT . '/some/helper.php';
А еще лучше, откажитесь вообще от require-ов в пользу авотзагрузки классов или сделайте какой-то менеджер зависомостей простенький. Тогда вся логика по подключению файлов будет в определенном месте.
В php.ini есть 2 строчки:  auto_prepend_file и auto_append_file.
php.net/manual/ru/ini.core.php#ini.auto-prepend-file