Порекомендуйте движок для интернет-магазина
Мне очень Opencart нравится в плане кода. Очень низкий порог вхождения (если есть понимание MVC), легко пишутся модули и плагины под него. И набор уже готовых решений довольно большой.
Есть проблема с seo (конкретно - дублирование URL), но она решаема грамотной установкой нужных плагинов и их настройкой (обычно достаточно лишь seo pro - включает чпу и убирает дублирование url).
О Joomla вообще как о CMS у меня плохие воспоминания и впечатления.
С Prestashop не приходилось работать.
Для того, чтобы правильно выбрать платформу, нужно более точное задание, понимание требований и целей. Как Вы сами понимаете, у каждой платформы (а к этому списку я бы еще добавил Magento, несколько решений на базе WordPress, а также решение с помощью Ecwid, и даже SaaS-решения, коих достаточно много) есть свои плюсы и минусы, при чем степень их важности/влияния напрямую зависит от задачи. Если это не глобальный магазин с 1000+ позиций, кучей разделов и т.д, то вполне идеальным решением может быть SaaS-платформа. Тем более, что есть российские / украинские (не знаю откуда Вы) локальные предложения, которые прекрасно решают одну из главных заморочек в разработке магазина - биллинги и шлюзы. 
В общем, уточните задачу.