Можно ли в Linux запретить выполнение команд обычным пользователям?
У него все равно останутся возможности удалять или копировать через любую другую программу, окромя шелла, который вы запретите.
Можно запретить пользователю удаление файлов или создание новых (см. chmod)
Написать свой шел, например со своими  бледж... командами и нужными правами))