Закрыть дескриптор когда-нибудь?
Когда node закончит выполняться, то дескриптор закроет операционная система.
У Вас процесс ноды, в котором запущен парсер, будет работать не долго? То есть, запускается только на момент парсинга или имеет в себе какой-то сервер (например, http, tcp, ipc) из которого парсинг вызывается периодически? Для открытия файла какой метод используете? Если делать fs.createReadStream(path, [options]), то там в опциях можно поставить { autoClose: true }