FFmpeg + iPhone
ffmpeg -i file1.avi -vcodec libx264 -vpre libx264-ipod640 -b 500k -bt 500k -acodec libfaac -ab 96k -ac 2 -s 800x480 -threads 8 -g 24 -r 24 out.mp4 
и мету вперед
qt-faststart out.mp4 outq.mp4
либо
mp4box -add out.mp4 outq.mp4
Я лично делаю так под айпад (ну не по новый), под айфон тоже должно быть хорошо видно, но не пробовал
ffmpeg -i $i.mkv -acodec aac -strict experimental -ab 128k -ac 2 -vcodec libx264 -b 1200k -s 1280x720 -r 30 -threads 0 $i.mp4