Есть ли отличие в pdf файлах, если они отсканированы различными способами (скан с автоподатчика и скан вручную по 1 листу)?
Никакой разницы нет. Драйвер получает картинку и направляет её в сканирующую программу. Сканирующая программа даже не знает, откуда этот файл был получен, не говоря уж о способе его сканирования. Файл, скорее всего, либо слишком большой и на сайте кривой вывод ошибок, либо сохранен так, что система его не может распарсить. Попробуйте так: откройте pdf файл, выберите печать и затем microsoft print to pdf. Затем пробуйте загрузить новый файл, как правило такой метод должен решить подобные проблемы.
Госсайт может просто не понимать того, что напихала в эту PDF программа сканирования. Например, там может быть сжатие по нестандартному алгоритму или TIFF вместо JPEG.
В принципе, любой конвертер-"улучшатель/сжиматель" PDF может пересобачить данные так, чтобы госсайт их понял - собственно, и нужно-то только пережать картинки в обычный JPEG.
Под Windows бесплатных конвертеров PDF я не знаю, не пользуюсь.
Под Linux есть прекрасно справляющийся с этой задачей ps2pdf.