Реализация hashCode(); в классе Object (Java)
Исходный код OpenJDK можно скачать с openjdk.java.net/
Люди уже задавались этим вопросом blogs.tedneward.com/CommentView,guid,eca26c5e-307c-4b7c-931b-2eaf5b176e98.aspx, думаю это правильное направление.
Посмотрите определение метода. Там ключевое слово native стоит. Это означает, что реализация написана на СИ. 
И скорее всего зависит от платформы выполнения. 
Для этого существует механизм JNI.
Ну и приведу ссылку на официальную документацию.
Для себя я так понимаю, что для простого Object в hashCode кодируется адрес ссылки объекта в памяти.