Mysql: медленный alter?
Раз уж ты освоил обычную репликацию, то разберись тогда и с репликацией master-master. Поочередно на каждом сервере сделай ALTER. Во время работы ALTER направляй запросы на другой сервер.

>2gb ram, Intel® Atom(TM) CPU D510 @ 1.66GHz
>Сервак — боевой, простой — недопустим. 

Не особо верится, кстати.
CREATE TABLE new_name (new Layout); 

INSERT INTO new_name 
SELECT (column_list) FROM old_name; 

RENAME TABLE old_name TO to_delete_name, new_name TO old_name;
Суть в том, что можно скопировать все данные в новую таблицу. Минус – за это время лучше не писать новые данные, т.к. они могут не попасть в копию.