Почему не сохраняются коммиты в git?
И из всего описания не ясно делаете вы push или нет.
Сделайте изменения и покажите команда за командой (вместе с их выхлопом) как вы отправляете изменения на сервер.
reflog показывает где был HEAD. Чтоб посмотреть историю коммитов нужно использовать log