Как быстрее скопировать 600 тысяч файлов на удаленный сервер?
Надо заархивировать, закачать, разархивировать
Использовать resilio sync
https://www.resilio.com/
Я использую его как для синхронизации, так и для копирования. 
В линуксе работает через веб интерфейс.