Каков порядок выполнения скрипта на странице?
PHP работает на сервере, еще до того как страница будет отправлена на клиент (в браузер).
Браузер читает содержимое страницы и начинает исполнять его еще до того, как страница будет полностью загружена.
Скрипты исполняются в том порядке, в каком они встречаются на странице, кроме тех случаев, когда при их подключении указаны параметры async или defer.
Кроме этого, довольно часто скрипты пишутся так, чтобы они дожидались полной загрузки страницы или даже страницы + стили + медиа (картинки и прочее).
Java и javascript - два разных языка, не стоит их путать.
Вы вероятно перепутали java и javascript - это два разных языка.
php - выполняется на сервере и отдается сраницу с кодом javascript, который потом выполняется на клиенте