Как правильно организовать скрипты в больших проектах?
Большие проекты пишут с использованием фреймворков. Код вроде вашего никуда не годится. Такой код трудно поддерживать и масштабировать.
Смотрите в сторону Vue/React
Изучайте javascript module patternjavascript object literal design pattern