Как в LibGit2Sharp сделать клон репозитория с заменой файлов?
Возможно, Вам нужно не git clone, а git pull?
Клонирование с заменой файлов не делается никак. В гите нет такой команды. 

Вы должны либо очистить целевой каталог перед клонированием, либо как правильно подсказал Василий — просто отменить изменения, ничего не скачивая заново.