Какой конфигурационный файла использует MySQL?
As of MySQL 5.6.8, on Unix platforms, mysql_install_db creates a default option file named my.cnf in the base installation directory.
Почитайте вот в официальной документации  где могут располагаться конфигурационные файлы и в какой последовательности они используются.
Короткий ответ:
/etc/my.cnf
/etc/mysql/my.cnf
SYSCONFDIR/my.cnf
$MYSQL_HOME/my.cnf
Изначально нигде.
Все настройки в базе mysql.
UPD.
В прочем в каталоге: /usr/local/share/mysql
лежит кучка файлов конфигураций. кидаешь любой какой нравится в /usr/local/etc  и правишь потом.
например так:cp /usr/local/share/mysql/my-medium.cnf /usr/local/etc/my.cnf
Не забудь скуль перезапустить