Появляется карта сайта на 1-2 сек. при загрузке сайта, как исправить?
Это называется FOUC – Flash Of Unstyled Content. Происходит он потому что у вас невалидный и кривой HTML, менюшка ваша выводится в HEAD (где ее быть не может по определению, только в BODY), и до CSS. Отсюда и проблема – сначала браузер выплевывает HTML-разметку, а потом спохватывается, что вот еще стили есть, берет их и перерисовывает страницу.
И да, счетчики эти всякие и прочие говноскрипты смело ставьте в футер, а еще лучше асинхронно и с задержкой. Раньше их выполнять не стоит.
1. Не следовать дурной практике грузить js в самом конце
или
2. Повесить прелоадер на сайт