Использование ATMEGA328 без платы Arduino
Во-первых так светодиод можно спалить. Во-вторых — вы подключили кварцевый резонатор?
Можно и нужно. Не сложно.
Пины наверно не сконфигурировал. У каждого пина на мк есть много функций, нужно выбирать какие ты хочешь использовать, выставляя биты конфигурации (обычно ide предоставляет для этого удобный интерфейс). Авр студия например. Ну или в даташите посмотри какие биты надо выставить чтобы включить пин который ты хочешь на gpio. 
Кроме того обычно есть режимы работы ноги (1=+питания или 1=земля) это тоже надо выставить.

И лучше диоды через токоограничительный резистор подключать. А то и ногу можно спалить.