Как доработать аккордеон-меню на CSS 3, построенное на свойстве «transition»?
www.getbootstrap.com пожалуйста)
Используйте тот же hover, но на jquery - по хаверу присваивайте класс active пункту меню.
А так - не советую использовать hover для такой важной вещи, как меню. Используйте hover как вспомогательное средство, как основное - click.
Для исключения Вашей проблемы сходу в голову приходит такой вариант: при хавере присваивайте какой-нибудь переменной значение false и запускайте таймаут на время работы анимации. После выполнения таймаута присваивайте этой переменной true. Соответственно, при хавере проверяйте значение переменной, и если она false - не обрабатывайте событие hover.