Logo над NavBar?
Вообще в данном случае лучше воспользоваться ручками и отказаться от классов navbar-fixed-top и написать к нему стиль , который будет говорить навбар чтоб он не клеился к потолку изначально. То-есть так:.navbar{
   position: static;
}
А далее просто ловить скролл-ивент жаваскриптом. Например для этого можно использовать stickyjs.com
Вот так:<script src="jquery.js"></script>
<script src="jquery.sticky.js"></script>
<script>
  $(document).ready(function(){
    $(".navbar").sticky({topSpacing:0});
  });
</script>
То есть по сути нужно:
1) Отказаться от navbar-fixed-top
2) Использовать для navbar stickyjs
Насколько мне известно, то только при скроллинге вниз navbar становится фиксированным. А с начала он находится там, где вы его оставли в разметке