Есть ли программа для переназначения клавиш от клавиатуры подключённой к определённому USB разъёму?
Раньше, ещё во времена win 98, клавиатуры продавались с так называемыми Мультимедийными кнопками, и к таким клавиатурам обязательно шёл диск с драйверами для корректной обработки этих кнопок. Никто вам не мешает сейчас накидать простенький драйвер, это не сложно (по крайней мере под win xp было несложно лет 12 назад, а под Linux ещё проще), драйвер можно привязать либо к конкретной клавиатуре, либо к контроллеру usb.
перехватчики наеврное поздно перехватывают - не определить какая клавиатура. 
думаю выход или использовать ардуинку в качестве посредника 
или зажать на второй клаве навсегда неск кнопок - модификаторов ctrl shift alt win тогда нажатие кнопки будет всегда комбинацией с ними.