Exe файл распаковать с помощью WinRAR это норма?
Возьмите любую папку в системе. С помощью WinRar сожмите её в архив, при этом указав в настройках перед сжатием, чтобы создался бы SFX-архив. На выходе получите тот же самый самораспаковывающийся архив в файле .exe, который, само собой, можно распаковать с помощью WinRar, нажатием правой кнопки мыши на файл -> "Извлечь файлы..."
Да, это норма. Архиваторы могут определять структуру exe. Exe может быть самораспаковывающимся архивом (SFX). И такой архив можно распаковать и получить все файлы. Можно увидеть даже командную строку, которая выполняется после распаковки. Так часто делают, чтобы не утруждать себя созданием инсталлятора.

Если распаковывать файлы архива вручную, через архиватор, то ни что не запустится само. 

Контекстное меню в винде может содержать сторонние элементы, как ты заметил. А эти сторонние элементы появляются там не сами по себе. При вызове контекстного меню, вызываются привязанные к формату файла обработчики. В данном случае нас интересует обработчик WinRar, который анализирует файл перед показом меню и решает, добавлять ли элементы в меню или нет.

PS
Из-за такой схемы, кстати, винда может часто тормозить при вызове контекстного меню, потому что какой-то дерьмо-обработчик долго отрабатывает. Такое иногда бывает например с Nvidia Control Panel. И рекомендуется просто убрать обработчик через реестр.