Как лучше хранить контент в БД: HTML vs MarkDown?
Поскольку из поиска люди попадают в пост по заголовку, то отбросим несущественные заморочки автора с его текущим проектом и ответим на вопрос, который он вынес в заголовок:Однозначно MarkDown.
Хтмл - это ужас, который надо валидировать, перевалидировать, форматировать и переформатировать на каждый чих. Править можно только в редакторе. Поменять один тег на другой головная боль на много часов. 
Маркдаун легко читается, прекрасно редактируется, быстро корнвертируется. 
Тут даже вопроса нет, что применять - окаменелое экскремент мамонта или новенький айфончик.
Вопрос в том, будет ли от этого пользы? нет
любая разметка создается лишь для того, что бы дать возможность форматирования текста внешним пользователям.
образно говоря, что бы не нагадили.
для административного персонала надо давать возможность использовать html, он в разы гибче любой разметки.