С чего начать изучение Linux (в целях освоения Kali Linux)?
Понять, с какой сборки стоит начать 
Сходите на distrowatch.com - там есть рейтинг популярных дистрибутивов (и не бойтесь брать ubuntu - ей не только домохозяйки пользуются).Научиться взаимодействовать с консолью (основные команды и пр.)Скотт Граннеман - Необходимый код и командыАлексей Береснев - Администрирование GNU/Linux с нуля
Тут главное практика, не стоит пытаться запомнить сразу все - со временем все, что нужно, само запомнится.Получить понимание основ (что из себя представляет файловая система и пр.)
Гуглите книги для системных администраторов - на тостере уже не раз спрашивали. Все они более-менее про одно и то же, так что берите какая больше понравится. В процессе чтения будет очень не лишним попробовать понастраивать разное серверное по и посмотреть что оно из себя представляет - есть документация для ubuntu server на русском.с английским не дружу, но никогда не поздно начать
Самое время начать, поскольку к моменту, когда вы поймете основы и захотите чего-то большего, окажется, что очень многие интересные книжки по теме тестирования на проникновение (в частности от packt publishing) будут только на английском.
Начните с теории.
Как c основ Linux, так и  с принципов функционирования ПО и сетей.