Работа с alias через скрипт
В bash можно так: 
запустить через bash -i  и прописать shopt -s expand_aliases. Тогда не надо делать . $HOME/.bashrc.
То-есть в скрипте это будет выглядеть так:#!/bin/bash -i
shopt -s expand_aliases
alias
alias для каждого юзера вроде как свой. Может скрипт работает не от нужного юзера?