Почему TinyMCE убирает html теги при сохранении?
Находим в файле с инициализацией tinyMCE строчку extended_valid_elements : "a[name|href|target|title|onclick|class],ul[],ol[]",
и добавляем туда теги с параметрами которые необходимо оставить после очистки кода. 
Также посмотри, есть ли удаляемые теги в строкеinvalid_elements : "div,h5,h6,address,font,big,small",
если есть, то удали их.
А вообще, смотри конфигурацию tinyMCE www.tinymce.com/wiki.php/Configuration:extended_va...
вам походу надо выводить html с подсветкой синтаксиса? Для этого плагины есть типа https://code.google.com/p/google-code-prettify/ и т.д. гугл даст на тему подсветки синтаксиса на странице очень много результатов.
подключите плагин, добавите новый стиль в тины(при необходимости), а в самом редакторе выделите html который надо вывести в теге pre или code. Зависит от того на что класс повесите
А есть и автоматические плагины, но в любом случае надо оборачивать в тег code.