Каким образом я могу сделать систему предустановки конфигурации сайта?
Ну так как исходный код многих CMS открыт, можете его и изучать в качестве наглядного пособия.
Например инсталятор wordpress https://github.com/WordPress/WordPress/blob/master...
ну обычно проверяют есть ли фаил конфига. если его нет запускают инсталятор. если он есть запускают цмску

или на оборот проверяют если есть инсталятор то запускают его а если нет то продолжают работу. инсталятор как отработает самоудаляется как бы и система продалжает свою работу

вот кусок из одного фреймворка

if (file_exists('install'.EXT))
{
	// Load the installation check
	return include 'install'.EXT;
}

https://github.com/kohana/kohana/blob/3.3/master/i...