Фундаментальная информатика и информационные технологии, что с ними можно делать?
По сетям либо Ланит либо Циско. По архитектуре вот прямо не встречал. Специализация больше по кафедрам. В общем смотрите учебный план. Ещё прошустрите направления военной связи там и сети и схемотехника и низкий уровень.
Что стоит за названием того или иного направления - зависит исключительно от вуза. Одинаковая на бумаге программа, может в корне отличаться даже в пределах одного вуза.
Какие перспективы?
Зависит на 99% от тебя. Можно поступить в мфти и пролюбить 4 года. А можно закончить местный техникум и быть востребованным разработчиком. Но если фигачить - то лучше в топовом вузе чем в шараге.
 На каком направлении нужно учиться, чтобы работать на уровне микроархитектуры, работать с физическими устройствами?
Первое что приходит в голову - это вычислительная техника. Из
"Фундаментальная информатика и информационные технологии".
по идее тоже можно вынести много хорошего.
а вот
"Программной инженерии" и "Прикладной информатики"
маловероятно что будут иметь отношение к железу.
Можно ли переучиться с одного на другое
Можно, но время/энергозатратно. Проще сразу учить то что хочется.
работать только с прикладным уровнем (вэб, мобильная разработка)? 
работать на уровне микроархитектуры, работать с физическими устройствами
Ты уж определись. Поступать в вуз, незная чего хочешь - максимально хреновая идея.
Где изучаются сетевые технологии в качестве основного направления?
Большую часть времени за книгой. Желательно в тишине и с кружкой любимого напитка.
как при этом подтверждать свои знания
Непонятно что ты имеешь в виду. Выполненными задачами например.