Как в Mikrotik направить весь трафик на VPN кроме определенных адресов?
Маркировать трафик.
Для примера возьми статейки, на хабре как раз есть, по настройке 2-3 провайдеров на микротик.
По аналогии сделай так же. Представь что VPN - это второй провайдер и в путь.
Все делается за 30 минут.
Только когда будешь делать через винбокс, нажми вот эту кнопку: 
Для начала нужно промаркировать интересующий вас трафик в соответствии с перечисленными вами задачами.
После чего написать маршрут для маркированного трафика.