Как оптимально развернуть виртуалку с .ova конфигурацией на сервере с hyper-v?
OVA -- это формат VMware скорее. Там внутри обычно .vmdk (диск) и .ovf (описание конфигурации виртуального железа).
Вам нужно содержимое диска, а виртуалку можно и руками создать. ВиртуалБокс позволяет сконвертировать vmdk диск в формат vhd, который вы можете затем подсунуть в Hyper-V. OVA -- это tar-архив. Распакуйте его tar-ом, вытащите vmdk и сконвертируйте его с помощью VBoxManage в .vhd:
VBoxManage clonehd --format vhd disk1.vmdk disk1.vhd
Затем руками создаёте на Hyper-V виртуалку и ей подсовываете этот vhd.
а System Center Virtual Machine Manager не умеет импортировать OVA шаблоны?