Как очистить серийный порт в linux через python?
После открытия порта прочитайте из него все при помощи readall. А дальше уже делайте что хотите.
я бы посоветовал в такм случае добавить процесс инициализации передачи данных, в котором ардуина отдавала бы данные только по запросу скрипта.  Ну и старт-стоп символы.