Автонастройка windows как?
Не совсем понятно что вы хотите там настраивать?
Если речь идет просто об установке - вы не можете знать какие там программы ставить, и все делается по ситуации, под конкретный заказ.
Если идет однотипная установка на множество компьютеров, то есть множество вариантов избавиться от рутины-Интегрировать нужные программы в дистрибутив.Установить ОС, и все нужные программы один раз и  потом заливать готовый образ вместо установки.Установить софт и настройки централизованно через групповые политики.Создать скрипт установки, который подтянет и установит софт из репозитория.
Посоветовать какой-то конкретный способ нельзя не зная ваших условий и ситуации.
Инструкция для любого случая:
1. Делаете образ установленной системы вместе с программами через www.drivesnapshot.de/en/index.htm
2. Делаете миграцию пользователя: https://www.forensit.com/downloads.html
3. Profit!