Чем плох встроенный windows FTP?
Ну штатный FTP функционирует на базе IIS это целая подсистема, которая обычно не установлена, нужно доустанавливать компоненты, настраивать, и.т.д. Если человек не является опытным администратором Windows, для него это может быть непросто. Ну и в любом случае это дольше.
А файлзилла - 10 секунд скачивание с офсайта, минута настройки и у вас уже работает очень легкий потребляющий минимум ресурсов  FTP сервер с удобной панелью управления.
А стандартный разве умеет нормально работать? Пробовал несколько раз и всегда проблемы, то кодировка корявая, то загружает еле-еле, то при удалении/редактировании кучей ошибок засыпает, ну или просто окно зависнет. 
Так что это как стандартный IE использовать, вместо нормального браузера.