Какой микроконтроллер выбрать pic или Atmega?
> PIC или ATMEGA программируются на ассемблере?
да - для них можно написать прошивку используя ассемблер
> И какие посоветуете использовать, просто в магазине предложили на выбор только эти 2 фирмы, 
> может на Али есть ссылки на самые популярные?
Canon или Nikon
Coca-cola или Pepsi
красная или зеленая таблетка
Atmel или PIC
...
Смотрите по вашим конкретным задачам что требуется, и выбирайте подходящий контроллер с учетом цены. Контроллеры что той что другой фирмы в принципе равноценны. 
> Вообще программировать их лучше на С или на ассемблере, я так и не нашел чёткого ответа в интернете.
А вы и не найдете четкого ответа. Что значит "лучше"? Есть ряд задач, которые можно выполнить используя только С (к примеру-  скорость разработки, переносимость кода), а есть - в которых без ассемблера не обойтись - к примеру если ставятся  жесткие рамки к объему и быстродействию кода.
> И через что, какое устройство их можно будет запрограммировать?
через программатор
>>PIC или ATMEGA программируются на ассемблере?
На Assembler, C, Basic, Pascal>>И какие посоветуете использовать, просто в магазине предложили на выбор только эти 2 фирмы, может на Али есть ссылки на самые популярные?
Какие нужно для вашей конструкции. Лично я привык к Atmega, но это не значит что PIC хуже>>Есть желание собрать микросхему для управления маленьким двигателем, осталось подобрать только микроконтроллер и собрать всё это дело.
Для человека с таким уровнем знаний как у вас лучше воспользоватся Arduino  >>Вообще программировать их лучше на С или на ассемблере, я так и не нашел чёткого ответа в интернете.
Не нашли потому что его не существует. На Assembler можно написать быстрый компактный код, на С можно быстро написать сложную программу. Конечный выбор за вами.>>И через что, какое устройство их можно будет запрограммировать?
Через программатор. Их великое множество, начиная от универсальных программаторов за много тысяч долларов, до примитивных из мусора как прогроматор Громова. Самый на мой взгляд удачный для AVR это USBasp, про PIC ничего не скажу, но и там есть простые программаторы.
В большинство Arduino программатор встроен.
PS Короче, по любому в вашем случае лучше Aruino