Конвертация Datetime
нестандартные FetchrowArray и SystemTime2TimeStamp, так что не совсем понятно, как оно у вас устроено. в общем случае DateTime::Format::Flexibleдля парсинга в DateTime и DateTime::Format::Duration для форматирования разницы
Точно ли пользователю нужно в данной задаче видеть секунды?

Я бы воспользовался функцией MySQL  TIMEDIFF(), вытащив из результата уже средствами перла число дней и разобрав остаток на часы и минуты, чтобы не тащить перл-модули арифметики дат в проект.