Реклама двух разных сайтов с одинаковыми товарами в директе, норм ли?
Может "склеить" рекламу, если обнаружит признаки принадлежности двух сайтов одному рекламодателю. То есть вместо рекламы по двум сайтам одновременно будет показываться только реклама одного из них. При этом распознать может или сам Яндекс, или обратить внимание по жалобе конкурентов.
Признаками схожести могут выступать единые контактные данные, юридические наименования организации, данные домена сайта и прочее. Соответственно, чем больше различий между двумя сайтами и рекламодателями, тем безопаснее.
Можно спокойной вести директ , с одного аккаунта "нейтрального" никаких проблем не будет.
А вот с поиском Яндекса и гугла, нужно быть осторожней в вашем случае. 
Ну думаю вы в курсе, так как не ознакомившись с "правилами"  делать два сайта "клона" весьма наивно. ) 
на счет ключевых слов и продвижения сайтов по ним, можно делать теме же. но ни кто не запрещает и продвигаться по другим. Зависит от ваших целей. 
Удачи в делах.