Куда делось место в пустом каталоге и как его увидеть?
Судя по строке
drwxr-xr-x 1 xenon xenon 2813952 Feb 11 20:49 .
в этом каталоге в какой-то момент было очень много (тысячи) файлов.

В ext2/3/4 каталог это такой «специальный файл» в котором записаны имена (и ещё что-то) содержащихся в нём файлов. И если их много, то и сам каталог будет большим. Но при этом механизма уменьшения размера каталога не предусмотрено.
Стандартный вариант, скопировать все файлы из него в новый каталог, удалить этот и переместить новый на его место.
возможно из каталога был удалён файл, который  продолжает держать приложение?
попробуй 
lsof  | grep delete

найденный процесс - прибить/перезапустить