Легально ли платить налог как самозанятый при выпуске приложения в Google Play?
Вам будет проще учредить ООО. Документы на регистрацию можете скачать с сайта Эльбы, Моего Дела, Тинкофф банка и т.п. Доли делите как 50.1% и 49.9%. Не советую делать именно 50/50, кто-то из Вас должен быть лидером, пусть хоть и формально на бумаге. Затем, назначайте одного директором. Второго, можете на полставки взять программистом, саппортом или менеджером. Бухгалтером оформлять его второго учредителя не рекомендую, только если он реально не финансист, но тогда бы этого вопроса тут на было. 
Оформляйте взаимоотношения с Гуглом, подписывайте шаблоны, которые они там предоставляют. Деньги с продаж в PlayMarket получайте на р/с своего ООО. Затем, платите директору и второму нанятому человеку з/п, которая очерчена в трудовом договоре и остаток выводите себе как дивиденды учредителям. 

В таком случае, Ваши налоги:

Налог на прибыль ООО на упрощёнке с объектом "Доходы" = 6%
Налоги с з/п сотрудников(НДФЛ + ПФР + ОМС + ФСС) = 33,6%
Налог на дивиденды = 13%


Каждый из Вас будет иметь контроль над общим делом и вкладываться в будущее приложения. Можете дополнительно купить консультацию профи бухгалтера, который разберет Вам ситуацию.

Вариант с регистрацией самозанятости или ИП отлично подходит соло работникам. В этом случае один из Вас юридически берет проект под полное свое покровительство, а со вторым просто делиться наликом. Вариант, особенно если Вы только-только начинайте бизнес. Минусы в том, что банк может легко по 115-ФЗ ИП причесать, если будут большие сумму обналичиваться. Попросят показать, куда ты наличку тратишь. Второй минус - не ИП может легко соскочить, как только запахнет жареным, или ИП может второго послать без каких-либо юр.последствий. Вообще, когда между друзьями появляются бабки, у людей начинаются проблемы, особенно когда денег начинает не хватать... Так что, думай сам. Я ООО считаю лучшей идеей в твоем случае.

UPD: Большое дополнение в моем комментарии ниже
ООО на усн 6% где у вас по 50% не вариант?