Какую структуру проекта laravel выбрать?
ИМХО велосипед 
для крупных проектов lavarel это чистый backend

laravel это в первую очередь программирование по соглашениям - научитесь сначала делать правильно а потом уже будите ерундой страдать
Начните пользоваться нормальной IDE phpstrorm и гитом, а не выкладывать проект с vs на мейл облаке. А то как в басне - А вы, друзья, как ни садитесь, Все в музыканты не годитесь.
Нормальная IDE позволит вам за час-другой перейти от одной структуры к другой через рефакторинг.