Сколько места для файлов в RAID 1 массиве (два диска по 1 Tb)?
1. Какая файловая система?
2. Во время копирования файлов, учитывали линки? В линукс очень любят символические на файлы и каталоги и даже хардлинки на файлы, которые вообще не отличить.
df -h что показывает?
Файловую систему на ошибки проверяли?