Какие есть стандарты разбиения методов?
DRY - дублирование кода плохо. Старайтесь минимизировать повторы. Если при этом вы получаете слишком объемные методы, то возможно их стоит вынести в отдельную абстракцию (класс).
Если работаете с БД много то посмотрите в сторону паттернов баз данных: ActiveRecord, ORM, DAO. Возможно какие из их PHP-реализаций смогут облегчить и упростить вам работу с базой, минимизировать запросы.
Делайте что-то типа api 
Apple::getList([
'сломано'=>true,
'помято'=>false
])