Различия между Системным программированием, и программирование микроконтроллеров?
Направления разные, но не слишком далекое.
Системное программирование обычно относится к разработке операционной системы и всего вокруг нее.
В микроконтроллерах тоже могут быть свои "операционные системы" - прошивки.

Но обе области слишком велики, чтобы быть одним целым. Торвальдс вон всю жизнь считай кусочек одной операционки разрабатывает.
Системное програграмирование это раработка драйверов.
Програмирование микроконтроллеров это "Умные и не очень чайники" итд.
Это все примерно и не очень точно..