Безопасно ил пользоваться автосохранением паролей в программах, включая браузеры?
Хранить пароли где-либо - не безопасно. 
Храните на бумажке - придут прочитают, храните в txt файле на рабочем столе - взломают и прочитают, храните "в голове" - придут с паяльником, выслушают и запишут. 
Дальше всё упирается в соотношение "ценность информации" vs "затраты на получение пароля". 
Никому не надо получать доступ к вашему компу, что бы открыть зип файл с котиками. 
Сделать то же самое, что бы получить доступ к платежной информации ваших клиентов - вполне. 
Фактически, большинство способов увода паролей сводятся к: 
1) Заставить пользователя его самостоятельно ввести где-надо. Фишинг, снифферы и прочее. 
2) Получить доступ к вашему компу\трафику с вашей стороны. Ну, вы поняли. Получили доступ -> открыли текстовый файл (или раздел "пароли" в браузере). 
3) Получить доступ к вашим паролям со стороны сервиса. Или атака на сам сервис, или на промежуточные звенья. Когда пароль или иная информация ловится на получении.
Все три варианта в большинстве случаев применяются не "целенаправленно", а к широкому кругу лиц. Нашли уязвимость, заэксплойтили, собрали навар. 
Есть конечно ещё брутфорсы, социальная инженерия, пытки паяльником и ещё много радостей.  Они уже применяются целенаправленно и почти не имеют смысла для среднестатистического юзера.И вообще, как Вы этим обходитесь? Пользуетесь автосохранением паролей?
Сторонними хранилками паролей не пользуюсь. В браузере сохраняю только то, что не имеет фактической ценности. Для всего остального - по памяти. 
Не смотря на то, что сам защищаюсь по принципу неуловимого Джо. Пока работает.
Пока хватало.
Filezilla хранит пароли в открытом виде в файлике