Две проблемы с .bashrc?
обычная рекомендация. не делать сразу много всего, а пробовать кастомизировать по несколько строк
откатить конфиг до дефолтного и добавлять по немного строк или менять что-то по очереди. смотреть, что получается.
на каком-то шаге проблема снова проявится и будет понятно, что к чему.
это универсальный ответ, конкретно здесь подсказать не могу, но такой способ будет более полезен, чем просто указание на строку, где проблема
cls="\033[00m" нужно заменить на  cls="\[\033[00m\]" т.к. скобки вначале и конце важные)