Как в Linux создать iso из папки без ограничения длины пути?
записать в формате UDF
установить udftools
mkisofs -v -J -o image.iso dir/
Совместимость с Windows или другими ОС не нужно.
Ну так зачем тогда используете Joliet? Она для винды. Создавайте Rock Ridge.