Можно ли использовать внешний накопитель для установки программ?
Можно 
Ntfs
Идея так себе
Лучше всего использовать Portable версии программ - чтобы исключить излишнюю связанность с системой. Они предназначены для размещения на подобных носителях. Лучше NTFS.