Как настроить WSS для сайта, где https уже работает корректно?
пардон, но у вас для секции server, которая должна заниматься веб-сокетами, не задан server_name. оно, конечно, может и не важно было бы, если бы она нигде не была задана, да вот проблема: она задана в секции server ниже. и хоть для этой секции в свою очередь и не задан listen, но он зато задан вами глобально в самом конце, вне секций, что nginx'ом вроде бы даже и не поддерживается (если не ошибаюсь), но у вас в листинге конфига тем не менее присутствует. намешано у вас, я б сказал.
вот, например, конфиг, который вполне работает у меня:
server {
        listen 80;
        listen [::]:80;

        server_name semaf.example.com;

        return 301 https://$host$request_uri;
}

server {
        listen 443 ssl;
        listen [::]:443 ssl;

        server_name semaf.example.com;

        ssl_certificate /var/lib/dehydrated/certs/semaf.example.com/fullchain.pem;
        ssl_certificate_key /var/lib/dehydrated/certs/semaf.example.com/privkey.pem;

        location /.well-known/acme-challenge {
                alias /var/www/.well-known/acme-challenge;
        }

# сюда websocket'ы
        location ~ ^/ws/ {
                proxy_pass                              http://localhost:3001;
                proxy_http_version                      1.1;
                proxy_set_header Upgrade                $http_upgrade;
                proxy_set_header Connection             "upgrade";
                proxy_read_timeout                      86400;
                proxy_set_header Host                   $host;
                proxy_set_header X-Forwarded-For        $proxy_add_x_forwarded_for;
                proxy_set_header X-Real-IP              $remote_addr;
        }

# сюда "обычный" http-трафик
        location / {
                proxy_pass                              http://localhost:3001;
                proxy_pass_header                       Server;
                proxy_set_header Host                   $host;
                proxy_set_header X-Forwarded-For        $proxy_add_x_forwarded_for;
                proxy_set_header X-Real-IP              $remote_addr;
        }
}

websocket тут вынесен в отдельный URL scope, чтобы не перехватывать обращения пользователей на корневой УРЛ. проксируются и вебсокеты, и хттп в моём случае в одно и то же приложение, но это чисто моя специфика. лишние заголовки можете удалить.
если будете править дальше свой конфиг - разберитесь с неоднозначностью по части того, в какую из server попадает ваш трафик, идущий по websocket. сдаётся мне, что сейчас - не в ту.
Сейчас в консоли 
SSL handshake error: stream_socket_enable_crypto(): SSL operation failed with code 1. OpenSSL Error messages:
error:14094416:SSL routines:ssl3_read_bytes:sslv3 alert certificate unknown