Самый не затратный способ получения таймстампа в ноде?
Можно так:

Math.floor(Date.now() / 1000);

Быстрее примерно в два раза.

UPD. Или можно, как вы говорите, "с погрешностью" - храните значение в переменной, обновляете с помощью setInterval:

let time = Math.floor(Date.now() / 1000);
setInterval(() => time = Math.floor(Date.now() / 1000), 1000);
с делением на 1000 да еще с плавающей запятой в javascript нужно быть аккуратнее
и предыдущий пример может в результате дать неприятный баг
лишние цифры лучше удалять как символы