Vagrant используется ли на продакшн (VPS)?
Нет. Настраивайте по-человечески. Желательно без прослоек в виде Docker. 
Если приходится делать часто, напишите для себя сценарии Ansible. Это не сложно.
на  продакшене  должно  стоять  нормаотьно установленые сервера  а  не  прослойки  типа  варгантов  и докеров