Какой язык и тулкит выбрать для написания GUI под Linux?
Тут и выбирать особо не из чего (если вы не web-мартышка): Qt.
Линукс использовать наоборот надо.
По пунктам:
1) Qt ( Py/C++ ) Хорошее кроссплатформенное решение, высокий порог вхождения.
wxWidgets ( Py/C++ ) Ужасная штука, по моему опыту не стоит даже смотреть.
GTK/GTK+/GTK# ( C/C++/C# )  Имеет место быть, но мертвее qt\electron.
FLTK/JUCE/Nana/... ( C/C++ ) Не знаком.
Electron ( Node JS, HTML, CSS ) Кроссплатформено, лагает, низкий порог вхождения
OpenGL Слишком низкоуровнево для приложения с гуем.
Как итог, варианта 2, QT и Electron. Хочется быстро - Electron, хочется качественно - QT