Как заигнорить файл .gitignore?
Я правильно понимаю, что цель - исключить какие-то файлы, нужные только вам, локально, а про файл .gitignore вы уже сами додумали?

Мне было бы удобнее всё-таки иметь в проекте файл .gitignore (наверняка он у вас есть).
Подобные файлы складывать в отдельную папку, которую и добавить в игнор.

Но если всё же ничего трогать не хочется, то можно использовать глобальный список игнорирования.

Откройте файл %USERPROFILE%/.gitconfig
Добавьте строку в секцию core

[core]
	excludesfile = C:\\path_to\\.gitignore

Создайте файл в указанном месте и пропишите там нужное.
Этот файл будет применяться ко всем репозиториям, открываемым на вашем компьютере.

Можно использовать консоль, для добавления глобального игнор-списка в конфиг

git config --global core.excludesFile "%USERPROFILE%\.gitignore"
Файл .gitignore не поможет игнорировать изменения в уже отслеживаемом файле.
Но временно игнорировать изменения в файле можно командой:
git update-index --assume-unchanged <file>
Это защитит файл от случайной индексации и попадания правок в коммиты. 
Git будет считать что файл не изменялся, значит сами эти нежелательные правки не попадут в коммиты и, следовательно, не улетят в общий репозиторий. Коллеги не узнают что что мы отредактировали файл у себя локально.