Почему система продолжает работать после выполнения команды?
Почему при выполнение данной команды ОС продолжает работать до момента перезагрузки? 
Я бы не сказал, что она "продолжает работать", но у нас, видимо, разные определения понятия "работать". Никакие новые исполняемые файлы в такой системе не могут быть запущены, потому что никаких файлов нет, а запущенные процессы -- да, могут продолжать выполняться и форкаться, пока им от файловой системы не нужны операции использующие имена файлов.
Ну и, справедливости ради, надо отметить, что место занятое открытыми на момент выполнения команды rm -rf / файлами не будет освобождено и их содержимое не будет потеряно, пока они не будут закрыты. Можно будет продолжать читать и писать в них, в т.ч. ядро будет продолжать использовать их для реализации механизмов виртуальной памяти.
Дополню что для норальных программ даже rm -fr не помешает создать новый файл и писать в него новые данные которые останутся после всех операций
Ps Пример после кривого скрипта logrotate автоматом создать новый файл если он не существует