Как правильно работать с данными из файла?
Человечество придумало классную штуку - ООП. Java, пожалуй, его квинтэссенция.public class Person {
   private String name;
   private String discip;  // или Enum
   private List<Integer> numbers;  // Или массив, если уверены в количестве чисел на 146% и целеполагание позволяет

....... getters/setters

}
Хранить и использовать, вне всяких сомнений, удобнее именно так.
Ещё добавлю, что данные лучше хранить в базе, а не в файлах.