Как правильно настроить связку?
фактически сайт.рф это
Исходное значение: сайт.рф
После кодирования: xn--80aswg.xn--p1ai
вот и думайте что делать главным )
Особой разницы нет, но обычно рекомендуют основным делать всё-таки RU.
Для корректной их склейки необходимо:
1) Сделать их "зеркалами" (т.е. для обоих сайтов отдавать одинаковый контент).
2) В robots.txt указать директиву Host: site.ru (с вашим ру-доменом).
3) Опционально: можно добавить оба в Я-Вебмастер и подать заявку на переезд рф-домена на ru-домен.