Как запомнить действия пользователя на сайте?
Нужно использовать сессии/cookie.
Я бы посоветовал, перед тем как что-то писать, дочитать базовое руководство по PHP.
У тебя за тему отвечает класс элемента html. Соответственно, вешаем обработчик на кнопку смены темы и при смене темы тупо запоминаешь класс элемента в хранилище localStorage, ну и соответственно при загрузке страницы восстанавливаешь класс элемента html из хранилища.