Как проверить существует ли запись в CSV файле?
$res = array_udiff($array1, $array2, function($a, $b) {
    if ($a[0] < $b[0]) return -1;
    if ($a[0] > $b[0]) return 1;
    if ($a[1] < $b[1]) return -1;
    if ($a[1] > $b[1]) return 1;
    return 0;
});
Но IMHO, лучше для такой цели использовать базу данных.
Может проще взять старый добрый diff?