Почему последний скрипт JS загружается вне очереди?
С чего ты решил что не идёт? Скрипты загрузились, дошло до твоего алерта, он заблокировал все остальные действия. 
А не отрисовались карусельки, потому что они после window.onload  by design вызываются, а его еще не было.
Потому что параллельно браузер может до четырех ресурсов загружать. 
И у вас два каких-то ресурса загрузились и загрузился ваш скрипт и он, соответственно, выполнился.
А не загружается дальше, потому что alert блокирует. 
Хотите, чтобы ваш скрипт выполнялся после полной загрузки страницы - используйте window.onload или $(document).ready