Выбор инструмента для проектирования интерфейса сайта
Из бесплатный офлайновый софт — Pencil Но ничего сложного там не сделать

Онлайн: выше уже перечислили. Tiggr весьма не плох. По быстрому — Balsamiq

Но! Если проект сложный и нужно не просто схемы, а именно живые прототипы — Axure. Что к чему посмотрите в скринкастах от UsabilityLab habrahabr.ru/company/usabilitylab/blog/112641/

Рекомендую к прочтению: designforuse.net/?p=722
Уже пару месяцев работаю с hotgloo.com
Онлайн инструмент.
В бесплатной версии можно держать 1 проект из 5 страниц.
Сделан на флеше.
Очень крутые возможности по конструированию экшенов. Можно разделать видимости между разными группами юзеров (группы можно назначать самому).
Сижу на тарифе Single (7 баксов в месяц, 1 проект, 5 юзеров в команде, 1 Гб места для загрузки картинок.