Как корректно установишь решение в CMS bitrix?
Ответ прост - не используйте это глупое решение, которое было жутко пропиарено, ведь оно работает на глупых костылях и бревнах об которые спотыкаются нормальные программисты, и все остальные используют его чисто для того чтобы сказать "я использую битрикс", хотя на самом деле всё очень печально. Программисты на битрикс - не программисты, а "конструкторы" из кучи модулей которые готовые лежат в папочках, с ужасным кодом. С путями в ссылках вообще жуткая проблема, нужно создавать кучу новых файлов чтобы что-то работало, в общем я вылил всё что думаю об этой системе. 
Насчет вашей проблемы, мой вам совет, если нету никаких интеграций с 1С Битрикс, наймите нормального программиста который напишет сайт на другой системе, например WordPress (wordpress.org/), намного лучше, быстрее и красивше. 
И потом, /newsite как там оказался шаблон? Или файлы? Возможно именно в этой папке newsite и лежит ваш index.php файл? В битрикс всё завязано на файлах, поэтому и дохнут очень быстро физ. диски хостеров.
И надо задавать вопрос не "Что нужно сделать чтобы новое решение поставилось как основное, в основную папку?", а "Кто может помочь с ...", потому что Битрикс - это место всевозможных возможностей. И "на глаз" сказать в чём проблема - нереально.
ps. Мною было сделано 1 - проект на Bitrix. Хватило. (большой портал).
Можно деинсталировать новый шаблон и установить ещё раз, но указав в качестве пути корень сайта.
У вас скорее всего не столько шаблон сколько готовый сайт,
что сейчас в
"Настройки -> Настройки продукта -> Сайты -> Список сайтов" ?
И, соответственно, в настройке "Шаблон сайта" нужного сайта?