Как в PhpStorm выключить сканирование поддиректорий при создании проекта?
Хм… ну например File / New project from existing sources, там выбираем или:
1. первый пункт (на последнем шаге выбираем [x] Review PHP settings и жмем далее и попадаем на функционал исключения),
или
2. второй пункт (на последнем шаге попадаем на функционал исключения)
варианта 2

первый — при создании проекта временно перенесите все файлы из папки проекта, создайте проект, в натройках укажите игнорировать содержимое этой директории, верните файлы.

второй вариант более логичен. так как сканирование происходит в фоновом режиме, вы можете сразу после создания проекта добавить в игнор эту директорию.