Почему несоответствие кол-ва записей WP и Select вывода в PHPMyAdmin?
PHPMyAdmin всегда грешил количеством записей в крупных таблицах InnoDB, не обращайте внимание на погрешность +/-15%, или поэкспериментируйте с параметром $cfg['MaxExactCount']

пруф: https://docs.phpmyadmin.net/en/latest/faq.html#the...
3.11 The number of rows for InnoDB tables is not correct.

phpMyAdmin uses a quick method to get the row count, and this method only returns an approximate count in the case of InnoDB tables.
Хрень какая-то. Дело не в наложении дублей
SELECT * FROM `wp_posts` дает 103000
SELECT * FROM `wp_posts` WHERE ID > 1 дает искомые 127000

При этом в соседней DB в той же табле, где кол0во записей 66000
оба запроса дают полное совпадение.

Мало того, в первой DB, но в другой табле wp_term_relationships 380000 записей но и там все совпадает

Если зайти в DB, где таблы списком, напротив wp_posts указано 103000 записей, но есть ссылка с параметром ℜ_row_count=true, после нажатия на которую выводятся искомое число 127000. 
Почему-то только в этой таблице PMA скрывает real_row_count