Бэкап с ограниченной историей версий файлов
Я решил эту проблему просто.

1. Сделал аккаунт S3 на амазоне
2. Поставил s3cmd из портов
3. Написал скрипт на php для создания инкрементального бекапа и базы… отслеживается двух недельная история архивов, все старые удаляются, при синхронизацией с S3 старые бекапы удаляются также.
Если выкинуть 3 и уточнение, то rsnapshot (который на базе rsync) будет идеальным решением.
Это в GNU/Linux'ах. Если у вас детище Microsoft, то, наверное, стоит присмотреться к чему-то другому, но тут я не силён.