Как организовать хранение файлов на сервере?
Правильно ли я понимаю что для хранение файлов их нужно разбивать по папкам,
Неправильно.
Для того, чтобы файлы загружались и благополучно отдавались, сегментировать (разбивать по папкам) их совсем не обязательно. 
Проблемы, про которые Вы могли слышать, связаны лишь с получением полного списка файлов в директории. Да, это долго и тормознуто, но никак не влияет на скорость чтения конкретного файла.
А на боевых серверах использование хранилища в локальной файловой системе и вовсе нонсенс. Там эта проблема не стоит в принципе.
Сегментацию можно сделать для, скажем так, красоты. Или чтобы было понятно, кому принадлежит тот или иной файл. Но практическая польза от неё сомнительна. Вреда, впрочем, тоже нет :)допустим на сервер пользователь с Ником username заливает файл file.mp4, и я сохраняю этот файл по пути u/us/use/user/usern/file.mp4 и такой путь формируется для каждого пользователя
Опять неправильно. 
Во-первых, никогда, НИКОГДА не доверяйте данным, пришедшим от пользователя. Сохраняете загруженный файл – сгенерируйте имя сами. А оригинальное имя не возбраняется сохранить и в другом месте. Если понадобится дать возможность пользователю сохранить файл под оригинальным именем, это делается в несколько строк.
Во-вторых,  Ваша сегментация слишком агрессивная. Если представить, что юзернейм может состоять только из строчных латинских букв и цифр (итого алфавит 26+10=36 символов), то такое хранилище сможет вместить 36 ^ (1 + 2 + 3 + 4 + 5) = 36^15 = 2.21 * 10^23 файлов без повторений. А что если юзернейм короче 5 символов? А что если он переименуется?
Помните "во-первых"? Так как нам нужно самим придумать имя файла, почему бы не воспользоваться либо UUID и сгенерировать уникальное (с высокой достоверностью) значение вида 28c5a6d8-f7b5-440f-aeaa-150e4fd0bebc, а его уже сегментировать? Например, два сегмента по два символа датут прикольные ссылки вида 28/c5/28c5a6d8-f7b5-440f-aeaa-150e4fd0bebc и возможность разместить 65 тысяч файлов так, чтобы они были по одной штуке в директории :)
Есть также вариант использовать не UUID,  а посчитать контрольную сумму файла и взять её в качестве имени. Практическая ценность такого хеша, правда, тоже стремится к нулю :)если будет 2 одинаковых названия файла у одного пользователя то просто добавляю к новому файлу номер (file1.mp4)
Если речь идёт о Джанге, то она сама так делает, это штатная функция хранилища.
Если у пользователя может быть много файлов, то будет жопа, а значит нужно создавать подпапки для файлов
Если будет много пользователей, то будет жопа, а значит нужно раскладывать пользователей по подпапкам.