Посоветуйте, пожалуйста, ПО для реализации Agile/Scrum
Не устану рекомендовать trello.com/
Онлайн-доска от команды Джоэла Спольски.
Их сотни, а может уже тысячи. На любой вкус и цвет.
Вот тут посмотрите. Вот первая же ссылка по предыдущему примеру. Вот бесплатные тулы.

От себя могу только сказать что если говорить о стоимости, то как правило чем дороже стоит продукт, тем больше там возможностей затачивания рабочего процесса под конкретный проект. У дешевых решений обычно только шаблонные схемы.

Но внедрения эджайл процесса лучше начинать с шаблонного скрама — так что для вас не нужны сложные продукты.
Убедитесь что решение позволяет проводить планирование (юзер стори, таски, естимейт в разных еденицах измерения), имеет срам/канбан доски, позволяет строить бердаун чарт и считать скрам метрики.

И помните — сам подход к тому, что какие то тулы решат ваши проблемы противоречит эджайлу, нарушая принцип эджайл манифеста Individuals and interactions over processes and tools.

Многие успешные команды в моей практики работали в рамках скрама вообще без специализированных тулов.
Обычно в классических примерах в учебных пособиях тоже не используют тулы — реальную доску и бумагу с принтером.