Как связать javascript, работающий в браузере, с программой, работающей в windows?
Поднять http/websocket сервер в программе и общайтесь наздоровье со скриптом.
Не знаю на сколько это подходит под ваши задачи - но CEFSHARP, т.е. пишем  типа своего браузера- заходим на сайт , выполняем JS - получаем данные в любом виде.