Импорт массива данных в таблицу mySQL?
Последовательность действий:

1. Прочитали сначала ID записей из файла. Выяснили SELECT'ом какие ID есть в базе данных, а какие нет. Это для мониторинга.

2. Загрузили файл в таблицу с помощью " LOAD DATA INFILE" и ключа «REPLACE».
Смотрите синтаксис этой комманды здесь: www.mysql.ru/docs/man/LOAD_DATA.html

Вот и все, никаких лишних нагрузок. Это будет работать моментально.

Если данных совсем много будет, то поэкспериментируется с дополнительным командами:

SET autocommit = 0; 
SET UNIQUE_CHECKS=0;
SET foreign_key_checks = 0;
SET sql_log_bin = 0;

// ваш запрос здесь

commit;

В моей задаче все они используются для ускорения загрузки большого количества данных.
только теория! 

сделать мульти инсерт в другую таблицу всех записей одним запросом, а потом сделать нечто такое:

UPDATE table1, table2
SET table1.field1 = table2.field2
    table1.field2 = table2.field2
WHERE table1.id = table2.id

я не знаю наверняка сработает ли такой апдейт, но в эту сторону я бы смотрел.