Как перевести свою тему на полное управление через админ панель Wordpress?
Для начала самопис нужно "подогнать" под стандарты WP.
Копайте в сторону wordpress theme options. 
Отталкивайтесь отfunction my_register_settings() {
    register_setting( 'my_theme_options', 'my_options', 'my_validate_options' );
}
 
add_action( 'admin_init', 'my_register_settings' );
Хороших статей и примеров в интернете предостаточно
Евгений, если вы в Москве -- приходите 15 ноября на WP Moscow #4 (встречу WordPress-разработчиков в Москве), один из докладчиков как раз выступит на интересующую вас тему: https://vk.com/wall-167969562_67
Участие бесплатное