Почему после git clone в папке не все файлы?
Вы в глаза долбитесь? Там же белым по черному написано: слишком длинное имя файла, не могу создать. Используйте нормальные файловые системы на нормальных операционных.
Можете попробовать обойти ограничение командойgit config --system core.longpaths trueЗдесь подробнее