Открыть csv с кириллицей в MS Excel?
Вам необходим utf-8 с BOM
UPD: 
Как это сделать:.to_csv('file.csv',encoding='utf-8-sig')
Скорее всего, дело в разделителях и кавычках вокруг полей.
Выгрузите произвольную таблицу из Ёкселя в CSV и сравните с тем, что получается у вас. Функция to_csv, подозреваю, позволяет задать эти параметры.