Как перенести DNS сервер на другой сервер?
1) Перенести настройки bind'а (named'а) на новую машину в /etc/bind
2) Подкорректировать при необходимости
3) Погасить старую машину
4) Включить новую, выдать ей адреса
5) Проверить настройки в /etc/default/bind9
И, собственно, стартовать bind
Там вроде не должно быть особых проблем. Можно даже скрипт для миграции написать.
Проблем не должно быть, просто скопируйте конфигурационные файлы на новый сервер и готово.