Есть файл-менеджер для Linux с функционалом как в FAR Manager?
Пол линуксом есть две штуки: mc и far2.
Посмотри в их сторону.
Мб, в mc можно что-то настроить, или может даже есть плагины (не смотрел)
Приведенная Вами сортировка не совсем алфавитная :) Но если есть прям такая нужда - исходники открыты :) А что касается дозаписи в файл - это запросто делается через меню.