Нагрузка на диск, как узнать?
че показывает iotop -oka
Как вариант установить atop, установите интервал по сбору стаистики на 1-2 минуты.
После того как забикс покажет повышение нагрузки, то посмотрите в логах atop где и какой процес дал нагрузку