Nginx+apache и виртуальные хосты?
А разве создавать не надо и там, и там? Или у вас разные домены статические файлы используют единые? Или наоборот — статические файлы разные, а скрипты все одинаковые?
и таи и там виртуальные хосты создаются.

опишите подробнее вопрос, что у вас есть и что вы хотите получить