Терминальный сервер Windows и персональные файлы hosts для пользователей?
Никак в Windows. Пользовательские hosts-файлы можно сделать в *nix-системах при наличии волшебной палочки.
В вашем случае разве что писать DNS прокси, который на основе сетевой идентификации будет подменять значения
Как уже писали выше, весь механизм DNS глобален для  системы и юзерозависимых настроек не существует