Чтобы получить методы в модуле объекта, обязательно создавать новый экземпляр?
Модуль объекта (как следует из названия) доступен для объекта. Для СправочникСклад можно написать методы в модуле менеджера и использовать их без создания объекта.
Без разницы как создан элемент справочника/документа. 
Обратиться к методам, расположенным в модуле объекта можно только через экземпляр объекта. Он создается

НовыйОбъект = Справочники.Пример.СоздатьЭлемент();
НовыйОбъект = Документы.Пример.СоздатьДокумент();
 или получается от ссылки 
Объект = КакаяТоСсылка.ПолучитьОбект();

Будет тип "СправочникОбъект.ИмяСправочника"  или "ДокументОбъект.ИмяДокумента".