Куда правильно вставлять код Google Аналитики на сайт Bitrix?
/bitrix/templates/#имя шаблона#/footer.php
Просто взять и воткнуть в файл footer.php вашего шаблона. Больше ничего делать не нужно.
Ну или если вы хотите большей гибкости, то создавайте файл с такими скриптами и делаете через включаемую область так же в футере