16GB — максимальный размер файла на NTFS и Windows 7?
1. Предел есть - это ограничение адресации журнала NTFS. 
Файловая система дает возможность записывать файлы больше 16 гб при маленьком журнале, если они записываются как Append only...
2. По умолчанию файлы больше 16Гб не копируются в винде так как при сбое чтения/записи на фрагменте который больше этих самых 16Гб ОС не может контролировать целостность файловой системы из-за маленького журнала. Если с журналом все впорядке, то и максимальный размер файла будет другим.
Максимальный размер журнала и длинна указателя зависит от размера тома и свободного места на диске. Хотя вообще аддресация файлов позволяет хранить 2^64 - 1 байт файлы.
Вы можете без проблем скопировать файлы любым удобным скриптом, например на питоне.
Вообще желательно оставлять 15% свободного места в разделе, просто потому что в противном случае будет урезаться величина журнала, а это чревато уменьшнием надёжности файловой системы.
Линуксу пофиг на подобные ограничения, так как в большинстве случаев он не фрагментирует файлы и у него нет потребности раздувать журнал попусту как это делает винда, и естественно в винде теоретическая пропускная способность будет больше.
Спасибо! Весьма познавательно. Значит, CreateFile(FILE_APPEND_DATA, OPEN_EXISTING) такой файл должна открывать, и позволять писать за границу 16GB? Хорошо, это я проверю. А что делать с чтением? Почему на одной ФС он (одной и той же программой) открывается, а на другой - нет?