Как бороться с конфликтующими версиями, откуда они вообще берутся?
Провёл эксперименты и по всей видимости понял в чём дело. В том, что всё работает именно так, как я пишу ниже, до конца быть уверенным не могу. Но по трезвому размышлению, это вполне правдоподобно.
Папка Dropbox на компьютере — это не обычная папка Windows. Файлы и каталоги в ней каким-то образом индексируются. Т.е. файл помимо имени и других атрибутов файловой системы, имеет какой-то свой "дропбокс-идентификатор". Дело в том, что например при переименовании файла, для Дропбокса он остаётся тем же файлом. Перменование для него — это переименование, а не удаление одного файла и появление совершенно нового с другим именем. В последнем бы случае Дропбоксу подабоилось бы по-новому его закачикавать к себе целиком, что очевидно не происходит.
Поэтому когда я перекинул средствами Windows те же каталоги и файлы в папку Dropbox на другом компьютере, с точки зрения Дропбокса это были какие-то другие файлы, т.к. их дропбокс-идентификаторы и атрибуты при таком копировании "мешком" с ними вместе не копируются. Поэтому Дропбокс расценил их как новое содержимое, но к несчастью имеющие те же имена файлов, что и уже хранящиеся в облаке. Отсюда он их продублировал, отметив как "конфликт синхронизации".Вывод-рецепт такой: Нельзя копировать файлы, которые должны быть синхронны, между разными устройствами в обход Дропбокса! Придётся на новом устройстве установить Дропбокс, назначить ему папку и ждать, пока он в эту папку насосёт файлы из облака. Ни в коем случае не наливать файлы самому.
Может  быть эти папки имеют выборочную синхронизацию в настройках синхронизации?