Поможет ли VPN от DPI?
Можно защититься. Именно для подобного изначально и создавалась технология виртуальных частных сетей.
Если используется шифрование и соединение с VPN состоялось успешно, никакой DPI не проберется в канал для чтения и манипуляций.
Для защиты от этого нужно шифровать пакет. 
Если  VPN поддерживает и использует  шифрование - ее вполне возможно использовать для  этих целей.