Что выбрать для самописной системы управления складом, PHP или Python?
Лучше найдите нормального специалиста. Он вам и подскажет какой стек выбрать, и какие плюсы и минусы вас ждут. Не будьте плохим работодателем - не отсекайте себе потенциальных работников.
П.С. Написание такой системы с нуля влетит в копеечку. Лучше все-таки присмотреться к готовым решениям и, в случае чего, нанять спецов немного подрихтовать систему.
Вы уверены, что среди продуктов 1С нет такого, который бы вам подошел? Хотя бы после минимальных доработок.