Есть такой бьютифаер для HTML+JS+PHP?
Когда есть вставки, ничего не поможет, нужен рефакторинг.
А так по идее встроенного reformat code будет достаточно (в JetBrains-их IDE такой есть по крайней мере).
есть еще на atom, beauty кажется называется плагин