Сервер на Flask, стоит ли?
> WebSocketы или Flask?
Если нужен реалтайм - вебсокеты, не нужен - http. Flask тяжеловат, лучше посмотрите на fastapi. 
Кроме websocket для реалтайма можно найти либы или сделать свой протокол на udp

> С чем удобнее работать в Unity?
Одинаково

> Что по производительности?
Поддержка постоянного websocket соединения более ресурсоемка, но если нужен реалтайм - нет выбора

> Что безопаснее?
Одинаково

> Какие подводные камни?
Индивидуальны, свои грабли вы найдете сами
Flask значительно удобнее. Unity лучше работает с HTTP\HTTPS запросами