Каким образом организовать хранение большого количества записей в БД?
Проще переехать на любую нормальную SQL-базу (начиная с MySQL) с индексами для столбцов идентификатор и e-mail. Там такие запросы будут выполняться быстро.
www.sqlite.org/lockingv3.html
+ uniq индексы