Как изменить логику/код программы на Windows?
Если исходный код достать нельзя, то простых вариантов нет.
Есть вариант дизассемблирования, встроить свои dll, но это операции настолько сложные, что судя по вашему вопросу даже нет смысла браться.
Если программа несложная, проще заказать на фрилансе и написать с нуля, с получением и программы и исходников на будущее.
Если нет исходников - то гораздо проще написать с нуля.