Как создать тикающие часы JS?
Таймеры в JS не точны, поэтому лучше вызывать tick() почаще. Скажем, 10 раз в секунду.
Мигание лучше сделать полный цикл за секунду: чтобы и появлялось  и гасло двоеточие каждую секунду:
snippetЗамедленный вариант через секунду закомменчен.
https://codepen.io/alex922/pen/XWgxdRq
На CSS. Можно настроить анимацию, цвет и прочее...