Как лучше организовать доменную сеть и централизованную аутентификацию?
Присутсвует ли LDAP сервер в решении Samba DC? Подходит ли Samba для организации централизованной аутентификации?
Да, присутствует. Более того - он и в AD присутствует :) Любой контроллер домена можно открыть любым LDAP-браузером и ldapsearch работает прекрасно.
Да, подходит.
Samba AD DC несовместима с OpenLDAP? 
В смысле? openldap - часть самбы (в том смысле, что используется в ней, а не часть проекта). Вы совместимы со своей рукой?
Прочитал что Samba AD DC функционирует на уровне контроллера доменов Windows 2008 R2. Что это значит с точки зрения возможного функционала?
Что домен MS увидит в самбе контроллер домена уровня w2k8
Например из документации гитлаба, в перечне поддерживаемых служб каталогов, Samba DC отсутствует
Самба не является отдельной уникальной службой каталогов, это просто AD не на Windows. Причем AD, лишенная многих виндовоспецифичных фишек и поэтому довольно бесполезная. Годится только с голодухи для импортозамещения
Единственное, известное решение кроме самбы - это IPA.
Все, кто поддерживает AD - поддерживает и самбу (а вот причем тут openvpn - я не понял)
Файловая шара не нужна, от домена в первую очередь требуется централизованная аутентификация к внутренним ресурсам компании.
Вам нужен не домен, а LDAP-каталог в каком-то виде. Берите FreeIPA, там есть вебморда. В Самбе много лишнего и в целом она монстроузная.