Папка « Пользователи », ее возможно перенести из диска С на диск Е?
Папку загрузок можно перенести отдельно

На живой системе - не уверен, а при установке винды - через unattended.xml можно указать папку.
А если отдельно папку загрузок перенести, то через её свойства, вкладка Расположение. Но в отдельных программах возможно придётся вручную в настройках указывать новый путь, если они запомнили старый.