Почему очередь запросов Mysql на VPS?
Покажите результат выполнения запросаSHOW PROCESSLIST;
В ситуации когда запрос "висит"
Режим телепата: у Вас лочатся какие то таблицы на чтение/запись и запросы ждут своей очереди.
1. Запросы или соединения?
2. Какие именно запросы на чтение или запись? 
Запись - может много индексов?
Чтение - может данных много без индексов?
3. Смотрели скорость записи/чтения на диск?
4. Тормозят все запросы или в какую-то одну таблицу/таблицы? Может данных уже много?