Mail.ru принимает почту за спам?
Содержание сообщения действительно походит на спам. Число таких сообщений, которые очень похожи друг на друга также могут навевать роботу мысль о недобросовтесности. На вашем месте я бы вставил в текст письма непосредственно само поступившее сообщение. Таким образом вы разнообразите уведомления в глазах антиспам-решений и сделаете удобно людям, которым не придется заходить на ваш сайт чтобы увидеть сообщения типа «ок, так и сделем» или «пока».

Еще вниз добавить бы ссылки на страницы отписки/настройки уведомлений.
А зачем при общении двух пользователей, рассылается сообщение всем пользователям сайта? Наверно стоит в первую очередь пересмотреть алгоритмы оповещения, чтобы при общении двух пользователей не рассылались оповещения всем.
По вашим условиям вы рассылаете полную рассылку 25 000 секунд это 6.9 часов, и вы утверждаете что на третьем часу майл начинает вас блокировать? До конца не понятно превышаете ли вы лимит писем на домен или на айпишник смтп сервера, уточните этот вопрос у майла.
Компании гугл, яндекс и прочие ни в коем случае не используют content.mail.ru
Самое простое что приходит в голову, шлите почту с двух разных серверов.