Обрезать аудиофайл с 00:00:00?
в формате mp3 позиционирование по времени будет неточным. 
Лучше распаковать в WAV, затем вырезать искомое.
А вряд ли получится с -c copy: PTS внутри будут указывать плееру воспроизводить фреймы тогда, когда они должны в исходнике воспроизводиться. Попробуйте или сразу перекодировать заново, или добавить фильтр asetpts.