Помечать данные, которые появились в момент отсутствия юзера на сайте?
Записывайте в профиль пользователя дату последней активности.
Дата обновления / создания новости > дата последней активности пользователя = отметка "новое"
У каждой записи Вы можете хранить информацию о ее дате/времени добавления/изменения (в UTC естественно). Так же Вы можете где-нибудь фиксировать дату/время посещения пользователем списка статей (тоже естественно в UTC). В таком случае при повторном посещении сайта можно просто сделать соответствующую выборку по дате. 
Ну а где хранить дату посещения - это уже зависит от специфики Вашего сайта, можно в куках, можно где-нибудь в базе.