Email или User id в БД created_by?
Как раз Id пользователя в БД меняться не должен никогда. А вот email можно менять как угодно.
По хорошему вам не стоит удалять акк пользователей в БД. Добавьте в таблицу пользователей поле статуса, и присваивайте там для удаленных иной статус, и т.п.
Конечно, лучше всего делать связи через первичные ключи, как правило это id записи.