Почему PHP не может подняться на директорию выше?
Если я правильно понял - вы считаете что ".../" должно пониматься как "на две папки вверх".
Троеточия не бывает, должно быть "../../".
то есть include_once '../../includes/incFile.php';
Вот, почитайте на досуге.
https://habr.com/ru/post/253049/
три точки ? .. / .. если так не работает, то действует base restriction директива апача у виртуал хоста.