В одном html строго только одно body?
In conforming documents, there is only one body element. Источник - W3C HTML5 API
Браузер попытается объединить данные блоки, ему кажется логичным "один body - одна страница", к тому же страница будет невалидная, это не по стандартах, и какой-то IE может распарсить страницу в quirks mode, что приведет к таким багам, о которых многие и не подозревают.
Как я понимаю, проблема в именовании id? Или какую задачу вы хотите решить подобным способом?