Sphinxsearch проблема с max_matches?
Note that there are two places where max_matches limit is enforced. Per-query limit is controlled by this API call, but there also is per-server limit controlled by max_matches setting in the config file.

Таким образом, недостаточно для запроса указать параметр в конфиге, необходимо указать max_matches третьим параметром при вызове SetLimits через апи. 
Например в вашем случае будет $cl->SetLimits(0,3000,100000);
А сколько всего найдено? total_founds?