Какими программами для администрирования баз данных Вы пользуетесь?
MySql Workbench. Кросплатформенен, бесплатен, много вкусного, естественно только под MySql.
Среди кроссплатформенных (но не на Java) выбор особенно невелик.
Можно в первую очередь порекомендовать продукты Navicat.