Есть ли в регулярных выражениях символ, означающий «не»?
Этот инструмент называется язык программирования, вы слишком много хотите от регулярных выражений. 
1) Выбираете регуляркой все строки где д.м.гггг
2) Конвертируете в дд.мм.гггг
PROFIT!!
Но конвертировать всяко не регулярка должна. А складывать она куда должна? Для этого есть массив.
Само по себе отрицание это [^a] (не а)
Посмотрите на конструкции
(?=  )
(?!  )
(?<=  )
(?