Какой выбрать квадракоптер для инвентаризации? и как проводить инвентаризацию?
Эм...  Если у Вас штрих-код не метр на метр и в чётко определённом месте, то бесполезное занятие (позиционирование квадрика в помещении задача не из лёгких) - с этим у меня опыт неудачный есть.
Из считыватель - только камера, т.к. большинству считывателей необходима короткая дистанция, есть и более профессиональные, но и вес у них приличный вместе с ценой. 
Поэтому квадрик вместо карманного превращается в полноценный Фантом.
Лучше, конечно, что бы были Qr коды - их на картинке искать проще.
Мы когда-то разрабатывали с товарищем попытку автоматизировать.  Механика по принципу Дельта принтера, только на 2х троссах перемещалась по рядам. (Тонкостей механики не знаю, делал только программную часть).
Ну так вот, в итоге от этого отказались, т.к. один человек с переносным делает быстрее, т.к. если коробка на полке повёрнута не тем боком, то всё равно кантовать нужно её.
Тут всё по-моему зависит от задачи, которую нужно решить.
У нас задачи были такими:
1. Снизить количество "потеряшек" (в основном из-за того, что грузчики не на ту полку положили)
2. Снизить количество краж из коробок (именно когда товар вынимали из одной общей коробки).
В общем, обе проблемы решили разом путём установки весовых датчиков под каждое место с обязательным сканом коробки при погрузке на место.
Если у вас RFID-метки, то зачем квадрокоптер, полет и камеры?
RFID-сканер может читать пассивные RFID-метки до 2 метров (ВЧ) или до 10 метров (УВЧ и СВЧ). То есть просто провезите сканер между стеллажами и все.
Если надо полностью автоматизировать, то на стеллажах рельсы (например, из карниза для штор) + Raspberry Pi + моторчик + сканер.