Как создать правильную систему авторизации?
каша в голове связанная с токенами
Хорошо что ты это понимаешь. Небось как и все нубасики начитался прплаченных статеек от Auth0 и Firebase? Ну так каша специально, чтобы ты к ним побежал делать эти токены) Маркетинг. Хайп. 
Второй шаг - не использовать токены для авторизации (как это делают ВСЕ реальные проекты, а не Hello World туториалы). Вместо токенов - обычные сессии. Токены - если будет публичный апи и микросервисы.
Третий шаг - не использовать Паспорт. Зачем он нужен если есть express-session, не понимаю? Паспорт юзай только если будешь прикручивать несколько авторизаций социалок и времени вообще впритык. И то лучше самому и это сделать.
Вы пытаетесь откусить слишком большой кусок пирога. Определитесь что вы хотите изучить, node, postgres или vue?  Для общения с бд я бы не рекомендовал сразу использовать sequelize, разберитесь сначала с базовыми CRUD операциями на sql запросах, это не сложно. Въехать в sequelize проще, если понимаете поверх чего эта надстройка.
Для авторизации - сессии, для фронтенда - любой шаблонизатор. А работу в паре с vue начинать, когда с экспрессом уже будет более менее все понятно.