Падение производительности диска старых ВМ в KVM. TRIM или что?
Трим в виндовой ВМ, я так понимаю, включен:Правильно понимаете.
Вот у меня на даче утюг включен. Но не нагревается.  А знаете почему?  На даче нет электричества. Есть проводка, розетки, выключатели, а электричества нет.
Поэтому включен это еще не значит что работает.
fsutil behavior query DisableDeleteNotify показывает включен ли TRIM.
Если включен - файловая система будет исправно отправлять комманды TRIM.
Но кто сказал что эта команда дойдет до накопителя?

Если накопитель подключен через правильный интерфейс поддерживающий TRIM - например AHCI или NVMe  то проблем нет обычно.
А вот если он подключен через старый интерфейс типа IDE, или через RAID контроллер, или это вообще виртуальный диск - тогда конечно же команда TRIM до диска не дойдет.

Поэтому если вы используете виртуализацию - забудьте про TRIM и решайте проблему другими способами!
Ваш dd на хосте проверит только линейное чтение, особенно актуально для hdd дисков, и с ним у вас похоже все ок.

Возможная причина падения скорости - фрагментация qcow2, пересоздаей (если есть снапшоты, то надо думать можно ли так) контейнер примерно так
qemu-img convert -p -O qcow2 source.img destination.img

Еще есть фрагментация дисков внутри самой виртуалки, плюс у ntfs mfat фрагментируется (если большими объемами создаются файлы, правятся и удаляются) плюс растет без уменьшения, размазанный по всему диску, это вообще решить можно только пофайловым копированием на новый диск.