Как организовать связь «родительской» таблицы с 2мя одинаковыми наборами данных в «дочерних»?
Сделайте промежуточную таблицу с ключами id_a, id_b1, id_b2. У вас появится сущность, которая описывает сложную связь между А и B, только учтите симметричность id_b1 id_b2
Не очень понятно слово "связь". Ты подразумеваешь понятие "отношение" реляционной модели данных? (wikipedia)CREATE TABLE `A` (
  `ID` INT(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
   PRIMARY KEY (`ID`)
);

CREATE TABLE `B` (
  `ID` INT(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
  `A_ID` INT(11) NOT NULL,
  PRIMARY KEY (`ID`)
);

-- связь между дочерними записями и родительской записью
ALTER TABLE `B` ADD CONSTRAINT `B_A_ID` FOREIGN KEY `B` (`A_ID`) REFERENCES `A` (`ID`);
А то, что у тебя должно быть не больше двух записей B, ссылающихся на A.ID - это средствами MySQL не решается. Можно было бы триггерами решить, но нельзя в триггере обращаться к записям той же таблицы.
Поэтому это решают внешними средствами, в прикладном приложении.