Почему не могу получить данные из буфера обмена в linux?
А у вас голый (серверный) Linux? Запускается ли демон для clipboard (для десктопной версии все уже есть)?
Видят ли сторонние приложения clipboard? Например, https://wiki.archlinux.org/index.php/clipboard
Возможно поможет https://habrahabr.ru/post/48954/
Готово. Разобрался. Извините за беспокойство. 
Работает так:import gi
gi.require_version('Gtk', '3.0')
from gi.repository import Gtk, Gdk

clipboard = Gtk.Clipboard.get(Gdk.SELECTION_PRIMARY)
original = clipboard.wait_for_text()
print(original)
пришлось выпить пол бутылки сидора и почитать код тут https://python-gtk-3-tutorial.readthedocs.io/en/la...