Почему Location в location'е утверждает, что его параметр находится вне родительской папки?
Вопервых:
так нельзя:location /a/ {
  location /b/ {
    bla;
  }
}
а так можно:location /a/ {
  location /a/b/ {
    bla;
  }
}.
Во-вторых, директива alias не предназначена для реврайтов. Для реврайтов предназначена (внезапно! :) ) директива rewrite. С помощью алиасов и выделений можно перенаправить один статический файл на другой, но не перенаправить запрос на динамику.
Вам нужно что-то наподобие следующего:server {
    listen 80;

    server_name localhost.dev;

    rewrite ^(.*).html$ index.php?id=block&block=$1 last;

    location /89262207055 {
        root /89262207055/;
    }
    location /89262207055/file {
        rewrite ^ /index.php?id=file&name= last;
    }
    location /index.php {
        bla;
    }
}
Читайте документацию, она _очень_ хорошая.
подозреваю что вложенный локейшн не относительный по отношению к основному