Франшиза, как вести бухгалтерию и рекламу?
Слишком объемный вопрос для тостера, причем обычно ответы на такие вопросы стоят достаточно больших денег...
Обратитесь в аудиторскую компанию, там ответят на первую половину вопроса, заодно проконтролируют, чтобы данные о прибыли были правильными. 
На вторую половину вопроса Вам ответят в рекламном агентстве, можно и на фриланс к специалистам по продвижению обратиться.
Ну во первых - вы не по адресу с вопросом.

вопрос как вести здесь бухгалтерию?Да обычная бухгалтерия - в чем там проблема то?  Ничем не отличается от бухгалтерии автосалона или птицефабрики Что конкретно непонятно? 

как мы узнаем что у клиента вообще есть чистая прибыль?Аудит. Достоверно только так.
Это не быстро, и не дешево.
Поэтому плата от чистотой прибыли не лучший вариант в плане удобства. 

так же вопрос с новыми клиентами, в рекламе и везде указаны наши данные основного СТО, но как быть с новой точкой?А что смущает? Что юрлицо другое под вашим брендом работает?  В рекламе новой точки указывать другое юрлицо и все.

 к нам идут клиенты строго по таргету, как тут быть? Это уже вам думать как объяснять клиентам, что их заказ под вашей вывеской будет делать левая контора. Ваши взаимоотношения с клиентами.