Два основных отдельных контроллера одного домена. Как разрулить?
Снести сервер2 и поднять его как еще один AD сервер в первом домене.
Затем перенести на него все функции и убрать их со старого. После этого старый сервер можно выключить.
Контроллер домена Active Directory - это несколько ролей.
Их переносить можно по частям.
В каком у вас состоянии смотреть и разруливать.
Гуглить по фразе: FSMO Active Directory
В сети должно быть 2 сервера Active Directory - основной и резервный. Это не обязательно, но крайне желательно.
Функции сервера AD может выполнять и виртуальная машина и машина с другими функциями (например, функциями терминального сервера).