В какой директории Linux правильнее хранить исходники проекта?
Насколько корректным будет размещение в домашней папке пользователя home/usernsme/myprojectsources/ ?
Абсолютно верное решение. У меня в /home/user/git лежат.
Ставьте Linux и пользуйтесь им, потому что сайты работают на линуксе в основном. И окружение сайтов должно совпадать со средой разработки. Например, те же права Unix. Я раньше разрабатывал на видне и устал от того, что нет совместимости с линуксом. То windows версий плагинов специфических под php нет. То pecl не компилирует, из-за отсутствия библиотек, то еще чего. Приходилось ставить cygwin и mingw. В какой то момент надоело это и перешел на убунту. Стало в разы легче.

Решение, если не хотите переходит на линукс - VirtualBox с Linux и туда сайты. Можно Docker или LXC и туда сайты.

По стандарту папка /var/www/html

Как вариант можно юзать: /www/проект или /srv/проект