Как мне разделить конфигурационные файлы на haproxy?
Для решения нужно Погуглить HAPROXY split config files или HAPROXY include config file
В основном конфигурационном файле haproxy.cfg вы можете добавить следующую строку, чтобы включить другой файл конфигурации:

# Включаем другой файл конфигурации
include /etc/haproxy/conf.d/*.cfg

Эта строка включает все файлы конфигурации в каталоге /etc/haproxy/conf.d/ с расширением .cfg.