Как лучше организовать для сайта массив текстовых данных и работать с ним?
В чем суть вопроса?
Как хранить графы и деревья в БД?
Тема давно обсосаная и десятки раз решенная.Смотрите Nested-sets, adjacency list применительно к MySQL и любой другой RDBMSСмотрите в сторону документ-ориентированных БД если вам претит использование реляционных и вы уперлись в их возможности ( CouchDB, MongoDB, etc) 
MySQL - это реляционная СУБД. Они плохо работают с иерархическими структурами.
Вам судя по "вложенности" нужна иерархическая СУБД.
Задача плохо описана, возможно, что подойдет СУБД для работы с полнотекстовым поиском (если нужно искать по тексту - то я бы посмотрел на такие).
Если пара иерархичность-производительность не критична, то необходимости в иерархической СУБД нет. Можно прекрасно реализовать все в любой другой СУБД - в реляционной, в простой key-value и т.п.