Как влияет нестандартный макет сайта на SEO?
В данном случае, помимо контентной части, крайне важную роль играет тематика и вытекающие поведенческие факторы, которые гугл очень внимательно оценивает.
Нет никаких стандартных и нестандартных макетов! Все зависит от самого сайта и от его назначения. Есть несогласованность/криворукость/не понимание последствий от выполняемых действий. 
Например, довольно глупо продвигать сайт какой нибудь муз. группы (надеюсь по понятным причинам) и поэтому, вполне нормально, может быть даже необходимо иметь сайт похожий на то что в примерах вы указали.
А вот интернет-магазин, например, в сео нуждается крайне остро. И запилить что-то подобное - идиотизм высшей степени. 
Гугл довольно примитивен для оценки "красивости" или "стандартности".  Он смотрит на разметку и видит одну (несколько) страниц с ... чем-то похожим на свалку контента.
Вот и думайте, получится ли у Вас (или тех несчастных), такую страницу пропихнуть по-выше?
Однако, если бы разрабы сели вместе с продвигаторами (при условии что и те и те не нубы в своем деле) и обговорили все взаимодействия/тех.моменты/etc - вполне не сложно сделать качественный ресурс для ПС, при этом сохранив "нестандартность".
Я бы больше заботился о поведении пользователей на самом сайте. На одной из Вебмастерских, насколько я помню, Першина сказала, что готовые html-шаблоны не сказываются негативно на ранжирование сайта. Мой совет: подключайте Вебмастер и через ВебВизор своими глазами смотрите, удобно ли пользователям перемещаться по вашему сайту или нет. Если отказов много, то будет повод призадуматься...