Можно ли через bat файл изменить строки в текстовом файле?
Можно.
В bat файле можно запустить любую внешнюю программу, например, sed какой-нибудь, который такую задачу замечательно решает, и вполне можно найти под win. 
Также можно написать какой-то скрипт на python или php, или другом языке, и его запустить из bat. =)