Хранение редактируемого пользователем и исполняемого в браузере JavaScript в БД. Какие могут быть проблемы?
Насколько критично хранить код именно в БД? 

Почему бы не воспользоваться jsfiddle.net и хранить ссылку?
Код храните в любой бд, а у себя исполняйте через eval(). При использовании eval() нужно учитывать, что вы исполняете их js код, который может содержать малварь или пытать стащить куки, поэтому «чувствительные» функции можно отсекать регулярными выражениями.