Как вы делаете бэкапы?
Мы делаем аналогично, но у нас на проектах очень маленькие базы. А Вам бы я посоветовал настроить репликацию мастер-слейв и делать бекап со слейва, в инете много туториалов на эту тему. Это должно решить вопрос с доступностью сайта + всегда можно дамп сжимать ганзипом и проверять после этого архив, а лучше делать распаковку и импорт в тестовую базу и следить за возникновением ошибок во время этого.
Попробуйте Sypex Dumper