Какие проблемы могут быть при копировании из ext3/ext4 в NTFS и обратно?
Потеряются права на файлы (chmod, chown, xattr), не скопируются файлы с UTF-именами (со всякими сердечками, например), не скопируются файлы с запрещенными в win символами (точнее, может и скопируются, но потом из под винды с ними что-то случиться может - всякими \|@итд), не скопируются файлы с одинаковыми именами, но разными регистрами (File1 file1 fILE1).
Попробуйте на NTFS разделе создайте большой файл, отформатируйте его как ext4, и туда уже бекапте. Костыль, да.