Как хранить страницы с php кодом в базе данных?
"Как хранить страницы с php кодом в базе данных?" - Никак.  Не нужно этого делать.
Где вы это вычитали или услышали ?
Такое ощущение, что после статьи 2000 года вы не совсем верно поняли ее толкование. 
В базе вы храните данные, приимущественно в разных типа: string, int, float, text и тп.
Эти данные вы достаете в рамках приложения и обрабатываете так, как вам нужно.
Так вот, хранение данных никак не должно влиять на презентационный слой вашего приложения. 
Это значит, что вы должны хранить данные как угодно, где угодно и предоставить их в нужном формате пользователю. 
В вашем случае скорее всего были упоминания о фраэмворке. Он может построить и ЧПУ и не ЧПУ и что, что вы хотите.  Поэтому лучше всего, начните более детально и глубоко изучать какой-то фраэмворк. Освоив его, вы получите знания о том, как это работает и можно будет перейти на этап выше и работать с отдельными компонентами. 
Чтобы было проще и вы оступились меньше чем могли бы, начинайте изучать symfony. 
Потом уже можно смотреть в более независимые и стандартизированные штуки типа zend expressive и тп.