Чем читать excel файлы в PHP?
Попробуйте перед работой с файлом пересохранить его в xlsx (или вовсе в csv, с которым точно не будет проблем)
Мы использовали для этой цели утилиту unoconv (по сути, LibreOffice). Конвертировали xls и xlsx от клиентов в csv, т.к. работа с xlsx начала требовать уж очень много ОП и времени с использованием указанных вами библиотек.
Не знаю, в каком формате 1с формирует файлы, но если это .xlsx - то это zip-архив обычный. Откройте его и поковыряйтесь в xml-ках, посмотрите что там и где хранится.