Можно ли удалять инфоблок по XML_ID?
Получить ID элемента по XML_ID и удалять/обновлять по ID.
Если все сделано правильно это должна быть достаточно дешевая операция.
CIBlockElement - работает с элементами инфоблока через него удалить именно сам инфоблок нельзя.
Если нужно удалять элементы то CIBlockElement::Delete($ELEMENT_ID)  $ELEMENT_ID можно получить через филтрацию по нужному вам свойству