Как проверить ноутбук на наличие шпионских программ?
Если есть неограниченное время и неограниченное колличество квалифицированного персонала для такой проверки
Проще отформатировать и из доверенно источника переустановить с 0
с UEFI 
Но и в таком случае гарантий нет
Возможно: проверка существующих программ, процессов, драйверов и других служб, всех программ которые запускаете, сниффинг (перехват входящих и исходящих пакетов)