Как правильнее организовать структуру и взаимодействие кода в php?
Не надо использовать  include и require. Надо использовать пространства имён и PSR-4 или PSR-0
Так как лучше?Лучше мыслить не функциями и файлами, а приложением и его жизненным циклом. Тогда у вас будут подключаемые через автозагрузку классы и библиотеки и одна точка входа, в которой инициализируется приложение.