Написание документации по API
По опыту с другой стороны вся эта документация по классам не особенно и нужна — если надо, всегда можно в исходниках глянуть что к чему, но зачастую, для подстановки в IDE, декларации более чем достаточно.
Нужнее другая информация — зависимости вызовов через параметры, use cases, в крайнем случае примеры. Как правило это пара страничек текста, если без воды, но очень ценных страничек.

По опыту — делайте в wiki. Единственно что *doc надо скриптом в вики разметку перекидать, но потом с созданием ссылок и сопровождением проблем нет. Полностью готового не видел — все так или иначе либо тупо накидывают результаты выдачи php|javadoc, либо рисуют сами
На наших проектах документация к API для разработчиков генерируется автоматически (в случае с REST, примеры вызова методов через cURL, в случае с SOAP — особо и не нужно, WSDL хватает).