Возможно ли настроить дополнительные примечания по коду?
Для этого можно использовать Php Inspections (EA Extended) (плагин), PHP_CodeSniffer и PHP Mess Detector (phar-архивы, поддерживается PhpStorm из коробки).
Этот список должен стать стандартом во всем мире PHP.