Почему this ссылается на window?
Потому что вы передаёте reciever.handleMessage как ссылку на функцию а не вызываете её как метод объекта. Поэтому всё верно, this будет указывать на window. 
Хотите получить контекст на объект, делайте так:if (window.addEventListener) {
    window.addEventListener("message", function (message) {
        reciever.handleMessage(message); // <-вызов функции как метода объекта
    });
}
bind в данном случае тоже поможет, но вам как разработчику важно понимать поведение контекста this в JS.
Помог bind. Но все же не появилось понимание того, из-за чего ошибка возникла. Буду благодарен тому, кто "ткнёт носом"."use strict";
var reciever  = new window.parent.Reciever(Controller.user, Controller.message);

if (window.addEventListener) {
    window.addEventListener("message", reciever.handleMessage.bind(reciever));
} else {
    // IE8
    window.attachEvent("onmessage", reciever.handleMessage.bind(reciever));
}