Какие есть сервисы для обработки данных из таблиц Excel?
Если вы хотите делать различные запросы, сравнения и анализ, то зачем было выгружать данные в Excel?
Пусть данные останутся в базе данных, в которой есть инструменты для запросов, сравнения и анализа.
А в Excel выгружайте результаты для просмотра и печати.
Собственно базы данных и предназначены для работы с данными в таблицах.
Я думаю, проблема в том, что выгрузку делает кто-то другой и к автору попадают уже эти xls-файлы, с которыми автору приходится работать.
Это стандартная задача для всяких финансовых ERP-систем. Например, надо загружать накладные от разных банков, причём у каждого банка свой формат и набор данных в файлах накладных. Никакой магии тут нет — просто пишется обработчик для каждого банка, который считывает данные с файла и загружает их в БД. А уж в БД можно играться с ними как угодно. 
В вашем случае это будет (довольно тривиальный) скрипт, например, на python, который данные из колонок грузит в БД (возможно, предварительно удаляя старые данные из таблицы).
Натыкался также на какой-то плагин для Excel, который позволяет делать запросы к данным как будто это БД. Возможно, это будет выход проще, гугл в помощь.