Google-analytics для PHP, как засчитать хит средствами PHP?
Настройки счетчика, код отслеживания, дополнительно: «Сайт, созданный для мобильных телефонов
Выберите серверный язык своего сайта для мобильных устройств».

Там будет код и файл ga.php, разобравшись в которых вы сможете сделать свой запрос к Аналитиксу.
В яндексе точно можно назначить «цель» и прописать обработчик на ссылку скачивания файла, чтобы по клику эта цель засчитывалась. Думаю, что аналогично можно в аналитиксе.