Как организовать код на Backbone.js и/или лучшие практики?
1. Я кладу все вьюхи отдельно, модельки отдельно, коллекции отдельно и т.д. Некоторые складывают по бизнес-сущностям ("по экранам", "по страницам").
2. Любой модульной системой (на данный момент времени SystemJS и ES6 модули), из расчета один класс -- один файл.
3. Сразу начинайте использовать дата-байндинг: rivets.js, ractive, vue.js, сэкономите массу времени. Ознакомьтесь со списком расширений -- пригодится.
P.S. Обратите внимание на всякие хорошие практики в ООП, типа S.O.L.I.D. Кстати, осваивать ember/angular и т.п. необязательно, но поглядеть стоит -- будет понятнее, какие недостатки есть в Backbone и как их обходить.
1. Попробуйте проанализировать, часто ли у вас возникает ситуация "одна модель - несколько представлений". Если часто, то раскидывайте их по отдельным файлам. Если нет - задумайтесь, нужно ли это деление (на модель и представление). У меня в практике второй вариант значительно преобладает, я поэтому частично отказался от ВВ в пользу MatreshkaJS (это не призыв к действию, просто подумайте).
2. Если модель/представление занимает больше 1 экрана и приходится скроллить, чтобы перемещаться по коду - разбивайте на модули. Значит слишком много пытаетесь впихнуть.