Две ORM модели для C# и Python. Нужно решение получше
Нужен дополнительный слой абстакции. Скажем, берём БД+EF, пишем веб-сервисы на WebAPI, разворачиваем WebAPI. Из кода приложений на C# обращаемся по REST, из Python так же.
Хм. При использовании Code First Migrations для Entity Framework лезть в структуру sql вообще не надо, т.к при изменении моделей в контексте вызывается команда, которая обновляет структуру базы соответственно текущим модеям — т.е как раз версионность, и сохраняет текущую структуру ДБ у себя в коде, т.е при развертывании в чистую базу ве эти шаги миграций применяются последовательно.

Кстати, а почему вторым языком выбран питон и как ведется взаимодействие проектов?