Как защитить сайт от подмены трафика провайдером?
Никак, ставить SSL.
По факту сейчас данные передаются открытом виде и с ними можно делать что угодно по пути к клиенту.
Для этого и придумали SSL, что бы защитить от изменения посередине
А в чем морока то? Тот же Reg.ru дает сертификат бесплатно (может конечно была акция, но я брал на один из сайтов). Да и не больших денег он стоит. А прикручивается за пять минут. Да и сайт без https, на сегодняшний день - уже не солидно.