Зачем хабрахабр убрал папки из личной переписки?
Тут проблема даже более масштабная: при написании сообщения тему тоже не указать. И при получении сообщения темы, соответственно, нет.

И да, по никам я не всех помню, по теме письма найти человека проще.
 /users/{username}/mail/

Нельзя это удалять, ибо люди не смогут прочитать свою переписку, ведь в вашей новой системе переписки все сообщения вперемешку. 

Вы подумали о том, что юзеры могли писать в одно и то же время в разных папках?