Нормально ли, что чистая Ubuntu Server использует почти 400Мб оперативки?
Никуда ваша память не делась. Прочитать подробнее о том, что конкретно происходит, можно здесь - linuxatemyram.ru (оригинал)
buffers/cache. Попробуйте почитать про память в линуксе и что конкретно значат эти вещи.