Можно ли изменить стандартное модальное окно в js?
Можно его подменить. Например:window.alert= function (txt) {
// здесь динамически создаём нужное окно с текстом из параметра txt.
}
В качестве примера реализации можете здесь  ввести в консоли броузера, скажем, alert(111)
Нет, это системное модальное окно браузера: Вы не имеете туда доступа из js.