Как лучше сделать цветовые схемы на сайте?
Файлы с цветовой схемой просто подключаются после основного css файла и переопределяют стили
либо 1 файл со всеми вариантами если их не 800 то без проблем, меняем добавлением класса к body
Вопрос сборки - это совсем другая песня, которая сюда никак не относится.
динамически менять файл стилей в head.
this^^^ вообще  через Less/sass/stylus создаете разные файлы со цветами.  при сборке придется собирать для каждого из них.