Почему сервер проявляет аномальную активность каждые 7 утра?
бекапы скорее всего
проверьте какая таймзона у сервера
и надо смотреть не кроны 
а логи того же крона
Если вы знаете, что это fpm и mysql. Так что мешает включить в них логирование и посмотреть что за запросы, откуда и в каком количестве летят?