Как хранить и записывать в базу большое количество строк?
давайте для начала разберемся с математикой.
3500 за 2 часа - это 49000 за 24 часа (а скорее меньше, загрузка то днем наверняка больше, чем ночью). Уже не 100 000. 
много ли 500Кб? все зависит от глубины хранения, производительности сервера и того, что Вы планируете с этими данными делать. 
глубина: 500кб(за 2 часа)*12 = 6Мб. 180 мб в месяц, 2,2 гига в год.  У меня на одном из серверов есть БД на 12 гигабайт, с таблицами по 7-8 млн строк. работает вполне шустро.  
производительность: Если Вы решите хранить данные, предположим, 10 лет, и получите в результате 20-30 гигов данных - то глупо рассчитывать крутить все это богатство на сервере с 1-2 Гб памяти и медленными дисками. 
использование: Если эти данные будут только накапливаться и изредка извлекаться - это одно. Если параллельно с записью будут идти активно селекты - это другое. Но тут все опять-же повлияет на требования к производительности. 
скажем так, на любом современном железе с нормальным объемом памяти (гигов от 8) Ваша база в обозримом будущем(2-3 года)  будет чувствовать себя   нормально. Хотя активность запросов на выборку может внести свои коррективы в оценки.
500Кб - не много. Возможно стоит как-то уточнить необходимость вставки. Например если указанные данные не менялись. Как вариант - если эти данные не жизненно необходимы, а используются для логирования, то можно их хранить в другой базе(убрать нагрузку с основной) или писать в XML, но это усложнит обработку.
UPD : Вы пишете в базу не большое количество строк, а делаете МНОГО запросов на добавление. Разница достаточно велика. В вашей формулировке можно предположить что вы добавляете сотни строк за раз, а это не правда.