Почему идёт потеря пакетов на bridge lxc?
bridge в mtr не будет виден в принципе, т.к. не является маршрутизатором.
Выясните, кто вашу подсеть маршрутизирует и как это устройство настроено на обработку ICMP. Вполне может быть настроено отбрасывать ICMP и не отвечать на echo запросы, это допустимое поведение. не влияющее на tcp и udp.
Потому-что в linux по умолчанию стоят жесткие rate-limit на icmp exceeded.  Если хочется косметики есть команда net.ipv4.icmp_ratelimit = 10 в sysctl.com