Android как создать папку средствами NDK?
Через NDK доступна функция mkdir[?].
Ее поведение для Android ни чем не отличается от изложенного в официальной документации.

Для проверки существования папки можно использовать функцию stat[?], а можно опереться на код ошибки EEXIST из mkdir.
Логично так - проверить, существует ли директория, если да - то создать файл, в противном случае - создать директорию и в ней файл.