Magento 2 (nginx + php-fpm) или (nginx+apache)?
Magento 2 однозначно способна работать без Apache.
Мои настройки Nginx + PHP-FPM для запуска Magento 2 в подпапке: https://mage2.ru/t/58
Ошибка распространенная, но как ни странно решение нигде практически нет. Сам потерял 2 дня. Нашел только в багтрекере магенто на гитхабе. Делюсь
Changed nginx.conf.sample /setup location block to:location /setup {
    root $MAGE_ROOT;
    location ~ ^/setup/index.php {

        ### This fixes the problem:
        fastcgi_split_path_info ^(.+?\.php)(/.*)$;
        ################################

        fastcgi_pass   fastcgi_backend;
        fastcgi_index  index.php;
        fastcgi_param  SCRIPT_FILENAME  $document_root$fastcgi_script_name;
        include        fastcgi_params;
    }

    location ~ ^/setup/(?!pub/). {
        deny all;
    }

    location ~ ^/setup/pub/ {
        add_header X-Frame-Options "SAMEORIGIN";
    }
}