Visual studio NPM?
Никак, он качает пакет целиком (пакет это архив), если там есть библиотеки для всех версий .Net они не денутся никуда. В принципе если вам жалко места, то можно зайти и удалить ненужные. При публикации проекта, включаются только библиотеки, для той версии, на которую настроен проект.
Например так: 
Install-Package Common.Logging -Version 1.2.0