Почему Git изменил код?
Это конфликт версий.
У WebStorm, который у вас открыт, есть прекрасный инструмент разрешения конфликтов.

Через меню сначала сделайте Git->Commit. 
Потом в меню Git -> Fetch (вытащить все последние изменения с сервера в кэш гита).
Затем Git -> Pull. 
Если есть конфликты, откроется инструмент разрешения конфликтов.

Там все визуально легко понять, что и куда мержится. Слева у вас изменения с сервера, справа ваши, а посередине результат, который можно редактировать.