CMS или верстка вручную?
Прежде чем удивляться чужим мнениям о CMS, нужно четко понять, что "верстка вручную" и "разработка вручную" - это две большие разницы.
Верстка может быть и под cms. "Ручная верстка" - это вообще странно. В смысле в блокноте? Без использования gulp? 
Верстка это front (html,css,js и т.д.), но есть же и back(python, php, java, js и т.д.). И cms это в первую очередь back. Так что странно, что вы противопоставляете cms с версткой и bootstrap (кстати где там костыли?).
Обычно когда речь идет о создании сайта на cms, альтернативой выступают написание своей cms (на голом ЯП или framework-е)
Другой вопрос это создавать с cms или без, но тут вопрос к "заказчику" и самому проекту. 
Я думаю Вы просто очень мало пока знаете и путаете понятия, от этого и вопросы такие.
Попробуйте самостоятельно ответить на вопрос: "Вам нужно создать 100 страниц с одной шапкой и футером, но с разным содержанием. Как вы это сделаете?"