Как воруют исходники сайтов?
1. Обфуцируйте ядро исходника вашего проекта
2. Привязывайте ядро к серверу
3. Используйте SFTP с доступом по ключам для работы с файлами на удалённом сервере.
4. Проверяйте свой ПК антивирусом перед работой с новым сайтом.
5. Используйте двухфакторную аутентификацию вашей электронной почты (к которой привязан хостинг).
6. Проверяйте (фильтруйте) все входящие данные, поступающие от клиентов к вашему проекту.
7. Выбирайте только проверенные хостинги.
Для каждого скорее будет свой подход, индивидуальный.
А так открой консоль девелопера в хроме и посмотри вкладку Sources)
Все что на стороне клиента найдешь, а что на сервере исполняется там уж как раз индивидуальный подход.