Какие есть средства для выполнения команд по SSH?
$ ssh [user]@[server] '[command]'
илиssh [user]@[server] '[command 1]; [command 2]; [command 3]'
Что бы руки не чесались 
https://www.opennet.ru/base/sys/file_access.txt.html
heap.altlinux.org/modules/linux_permissions/index.html
Как вариант запустить Putty из командной строки putty.org.ru/faq/howto-startssh.html и там уже написать батник