Как создать контейнер приложения, которое развернуто?
в общем случае это невозможно
docker файл это список команд, которые необходимо выполнить на 'нулевой системе' чтобы приложение заработало

определить это автоматически почти невозможно, особенно отделить если на машине установлено несколько приложений, какие действия для каких приложений были сделаны.

в некоторых случаях, пакетный менеджер linux предлагает вполне законченное описание того что нужно для того чтобы приложение заработало, к сожалению в реальности не все так просто, не все приложения корректно описаны, а для некоторых требуется ручная первоначальная настройка
Из запущенных машин не получится. А вот запущенный контейнер можно закоммитить.

Вообще, лучше не заниматься городушками и использовать Kubernetes. Там можно полноценный ceph-стек подтягивать через Helm.

Если у вас не стоит цели прямого развертывания, а именно отладка и все такое, то лучше упаковать приложения в нормальные контейнеры и собрать стек через docker-compose.