Стоит ли регистрировать домен и пользоваться услугами хостинга у одной компании?
А в чём проблема? Если фирма с хорошей репутацией, то можно.
Есть хостеры, от которых в случае чего домен перенести ну оооочень тяжко. 
Так же есть варианты с переплатой - первый год 100 рублей, потом изволь по 1000 и нигде про это не пишется (или в приложении 1.4.5.4.4.1 к основному договору)
Такой фигнёй страдают далеко не все и возможно в ру сегменте ситуация улучшилась, но мне что-то не хочется опять проверять. Так что мой вариант НЕТ.