Структура файлов в MvvmLightToolkit?
Я бы на вашем месте не использовал шаблон проекта, а начал бы с создания пустого проекта и добавления нужных папок и файлов, чтения мануалов. Вы сейчас просто не готовы понять то что предоставляет шаблон проекта и зачем. Не рассказывать же мне про словари ресурсов, биндинги, MVVM, ioс, недостатки паттерна service locator... Вопросов у вас куча будет, люди об этом книги пишут.
Я когда пришел к идее использовать в проекте MVVM (при этом опыт C# у меня уже был приличный), задал здесь вопрос: Базовый экскурс в MVVM Light Toolkit от практикующих
Большое спасибо Павел Осадчук за ответ там, на базе его проекта быстро въехал в концепцию и использовал её в паре проектов.
Когда начнёшь понимать, как и что работает и твой проект будет разрастаться, то возникнет много вопросов: как работать с модальными окнами, относится это к view или model и пр. Тогда вы начнёте искать решения по каждому вопросу отдельно и постепенно решать их. И уже потом вы поставив MvvmToolkit будете радоваться, что большая часть проблем уже решены :)
Начните с простого.