Как запустить, остановить и считать значения с системного таймера на Arduino?
Вам нужны не прерывания по таймеру, а внешние прерывания и функция millis() или micros(). Вот практически точно Ваш случай: Arduino хронограф
Вам надо получить два прерывания:
Первое прерывание должно генерироваться по нарастанию сигнала от датчика 1 (передний фронт)
Второе прерывание должно генерироваться оп спаду сигнала от датчика 2 (задний фронт)
Обработчик первого прерывания должен отдать команду на запуск таймера, а обработчик второго прерывания - команду на остановку таймера.