Как подружить Atom Beautify и PHP?
Проблема в глобальной переменной php
1. Качаем с cs.sensiolabs.org  файл  php-cs-fixer.phar  (там есть большая копка инсталл)
2. Пишем путь настройках бьютифаера и ставим галочку "Beautify On Save"
3. Заходим Свойства системы > Переменные среды > 
в переменные PATH и переменной Path добавляем путь к вашему PHP серверу обратите внимание на то что перед тем как писать путь, вам нужно поставить ;
У меня OpenServer по этому C:\OpenServer\modules\php\PHP-7.0-x64, 
Если у вас тоже OpenServer, учтите что в нем много версий php, для того что бы точно определить какая у вас версия, зайдитеOpenServer > Настройки > модули и укажите тот который у вас.
Перезагрузите Атом и попробуйте сохранить любой php файл, все должно работать.Если у кого-то не сработало
Проверяем, все ли правильно вы сделали. 
Запускаем cmd (WIN+R пишем cmd) в запустившимся окне пишем PATH и Path
если в конце строк будут ваши пути, то вы сделали все правильно, попробуйте перезагрузить компьютер и еще рас запустить атом.Если после перезагрузки не заработало
Запускаем cmd (WIN+R пишем cmd) в запустившимся окне пишем php если вам выдало сообщение:"php" не является внутренней или внешней
командой, исполняемой программой или пакетным файлом.
Значит не правильно указан путь к серверу PHP, проверьте правильно ли вы указали путь в переменных PATH и Path.
На ubuntu 15 мне помогло вот это:
curl get.sensiolabs.org/php-cs-fixer.phar -o php-cs-fixer
sudo chmod a+x php-cs-fixer
sudo mv php-cs-fixer /usr/local/bin/php-cs-fixer