Есть VPS. С чего начать?
может быть почитать книжку по линуксу, не?
Очень мало ресурсов для apache+php+mysql.
Модули apache можно посмотреть командой:apachectl -M
Модули php можно посмотреть командой:php -m
Значения mysql можно посмотреть командой:mysqladmin variables
Посоветую все хотябы единожды настроить руками, чтобы понимать как все работает, что от чего зависит.
Мануалов по каждому из звеньев архитектуры (apache, php, mysql) в сети очень много. Пробуйте, если что-то не получается, задавайте конкретные вопросы.