Простое web приложение на Java под windows?
В вашем случае достаточно взять play framework, он как раз для тривиальных вещей, если всего пара-тройка страниц.
Но если честно на мой взгляд ещё проще взять PHP.
Вам бы для начала почитать вводную информацию
https://ru.wikipedia.org/wiki/Java_Platform,_Enterprise_Edition
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9A%D0%BE%D0%BD%D...
Публикация и запуск зависит от контейнера.
Почитайте про системы сборок, тот же maven www.apache-maven.ru , тот же мавен имеет прототипы для старта docs.codehaus.org/display/MAVENUSER/Archetypes+List можете их поковырять
На счет библиотек зависит только от ваc