Как правильно мониторить производительность 1с сервера в SQL?
Ограничьте скуль половиной памяти, а то на сервер 1с ничего не остается. Ну и настройте технологический журнал на отслеживание длительных запросов и конфликтов/ожиданий блокировок, есть неплохой визуальный инструмент для этого (и для анализа собранного журнала) devtool1c.ucoz.ru/index/nastrojka_tekhnozhurnala/0-15
Надо начать с проверки настроек:
1) Если две роли стоят на одном сервере до должна стоять настройка работы через Shared Memory
2) позапускать тесты Гилева. Общий расчет производительности и анализ долгих запросов.
3) всем настроить ограничение по памяти(sql и1С). Ограничить рабочие процессы 1С(рпхост) 
4) Соглашусь с клиентом выше технологический журнал может помочь, но он будет тоже потреблять ресурсы надо это учитывать.
5) Логи баз, если пишутся то куда? 
6) TempDB есть? Где она лежит?
Пункт 5 и 6 должны быть на отдельных физически носителях. Что бы не проигрывать по производительности системы. Но этот пункт можно пока пропустить и перейти к мониторингу и от него уже смотреть.
Теперь про мониторинг:
1) Серверу 1С нужна частота процессора потому мониторим утилизацию процессора и общию загрузку в процентах.( 1с любит многогерцовые ЦП на многопотрчность можно особо не рассчитывать)
2) очереди к дискам на чтение запись ssd это конечно хорошо, но может не хватать рейд контроллера. Не понятно что ещё там же крутится.