Как сделать крупный веб-проект на node и не заблудиться в коде, контролируя разработку от начала и до конца?
Давно использую Sails (sailsjs.org) - даже временные масштабные штуки получается разворачивать за пару дней, очень легко следить за структурой или вести разработку командой. Очень радует прозрачная поддержка WebSocket.
Единственное, что изменил под себя - перевел сборщики с GRUNT на Gulp и для автоматизации работы с версткой юзаю TARS (https://github.com/2gis/tars), собственно из-за него и перевел на Гульп. Все руки не доходят собрать все вместе, вечная отговорка - не всегда нужно то и другое вместе.
Проектируется всё "карандашом на листочке")) Сомнительно чтобы у node была  поддержка UML, но я просто не в теме. 
Моя излюбленная методология проектирования на первых этапах- это FDD( https://ru.wikipedia.org/wiki/Feature_driven_devel... ).