Как закрыть приложение, открытое через программу на C#/WPF?
Process.Start и Process.Kill (ну или Close, CloseMainWindow)?
Ну или для конкретного приложения сэмулировать необходимые действия для его закрытия типа отправки сообщения WM_CLOSE окну, нажатия кнопки (BM_CLICK например) и т.п.
Попробуйте так или вот еще.
Копать в сторону вот этого