Как организовать зависимость связей SQL?
Если нет определенных связей между элементами, то и внешние ключи не нужны.
Добрый день! 
Правильно ли я понимаю что связывание таблиц по внешним ключам мне в данном случае не нужно, так как постоянных связей в данном случае нет?
Предположу, что да. Хотя для более точного ответа было бы неплохо увидеть полную задачу.
В данном случае вы ищете строку с конкретным id и производите ту или иную операцию. Притом у вас, насколько я понял, хим. элементы разбросаны по 3-м таблицам. Если вы не можете логически связать эти таблицы между собой, то скорее всего связи через FK и не нужны.
И этот вопрос касается больше тега SQL, нежели тега Java