Как сделать, чтобы служба Windows делала файлы с пользовательскими правами?
Вариантов куча. Например создать папку с нужными правами и писать в неё. Второй вариант запускать службу от имени аккаунта. Третий самый непростой составлять список ACL и добавлять его к файлу.
очевидно тебе нужен скрипт с админскими права который будет менять права сгенерированным файлам.