Как обезопасить linux-сервер после работы с ним третьих лиц (пароли, ключи и др.)?
Ключи лежат в ~/.ssh/authorized_keys, но кроме этого могут быть созданы другие пользователи с правами администраторами, и сохранены бэкдоры при необходимости, так что тут уже зависит от уровня паранойи.
Как я уже написал, вам надо перегенерировать ключи ssh. Сменить пароли.
Посмотреть lastlog кто и когда совершал вход в систему и подозрительные вещи проверить.
Проверить не добавлено ли в системы странных репозитореев, после этого проверить пакеты системы.
Често говоря как это делается в yum  я не помню.  Сильно рекомендуется установить систему против руткитов.  На habre были несколько статей на эту тему, вот одна из них habrahabr.ru/post/112789/.
P.S. Да , неплохо проверить cron, иногда некоторые админы оставляют не очень хорошие действие.
Например удалить что-либо через пора месяцев.