Как сделать перенос строки в сообщении которое отправляет бот?
Возможно константа PHP_EOL поможет? Она как раз автоматом и подставляет нужный перенос строки в зависимости от того, в какой оси используется, решение более универсальное. Ну а вообще нужен хотя бы кусочек кода, где у вас проблема.
Ответ найден, я по своей тупости удалил urlencode() при отправке сообщения
public function sendMessage($api, $chat_id, $message) {
file_get_contents($api . '/sendMessage?chat_id=' . $chat_id . '&text=' . urlencode($message));
} 
Должно быть так