Какую CMS выбрать для среднего интернет магазина: woocommerce или magento?
October CMS + Shopaholic
Получится очень гибкое и шустрое решение.
1. Условно-бесплатно
2. Хорошая документация и помощь разработчиков онлайн
3. База движка - Laravel, работает достаточно шустро. Можно применить любые решения длля увеличения производительности, годные для Laravel.
4. +
Для такого кол-ва номенклатуры нужен нормальный обмен с источником. 
Я бы выбрал CS Cart. Это максимально готовое решение под наши реалии.
Что Woocommerce, что Magento обойдутся вам еще дороже.