Как лучше организовать IT-инфраструктуру предприятия?
Вопрос комплексный - делите его на подвопросы, чтоб хотя бы читать можно было. Если инфраструктура - рисуйте хотя бы от руки схему. Попрбуйте микротики - они и л3 могут и вланы и вообще много чего (курсы их тоже полезны вам будут). Мониторинг - важно. План адресации и отдельные сети - голос, данные, транспортные ( управление девайсами). Ну где-то так для начала...
На что установлен ориентир:
В первую очередь разумеется стабильная работа с отказоустойчивой системой.Берем нормальную стойку для серверного и сетевого оборудованием.
Можно легко поискать бушную.  1. Сеть
В первую очередь хотелось бы перекроить в нормальные короба с выводом розеток, а не набивать провода в тонкие кабель-каналы.
Какая разница в чем идут кабеля? Главное чтобы они шли не в одном канале с силовыми и их было достаточно.Кабель выберем экранированную витую пару.
Это специфическое решение, в основном или в случае сильных наводок, что нечасто встречается в офисных помещениях, либо часто экранированную кладут по улице. И вообще, в случае сильных наводов, сейчас не так дорого оптику проложить в самом неприятном месте.
В вашем случае экранированная может быть совершенно необязательной.Тут встает выбор:
1. Или на каждый этаж заводить управляемый коммутатор из дешевого сегмента (D-Link какой-нибудь на 16-24 портов), что не особо нравится в плане расширения. Поэтому склоняюсь к второму варианту.
Заводите на каждый этаж несколько пар. Надо будет расширить - подключите на этаже 2-3 коммутатора. Вдобавок если какой-то кабель повредился, будет запасной. Вдобавок некоторые коммутаторы умеют увеличивать скорость за счет объединения двух портов.2. Разорится на парочку многопортовых стоечных коммутаторов и вести к каждой машине свой кабель.
На сколько нарыл в интернете можно взять 2 по 48 портов, объеденить их.
Очень часто бывают внутренние перестановки, со сносом стен и новыми кабинетами. Поэтому проще на каждом этаже сделать небольшой ящик, от которого все раскидывается по этажу, в ящике - коммутатор. От серверной в ящик несколько пар или оптика.Дальше, т.к. в наличии есть филиалы, то не обойтись без маршрутизатора.
Если что, некоторые провайдеры могут вам предоставить услугу "корпоративная сеть", организовав впн с вашими филиалами. Зависит от их расположения и подключения.Он в дальнейшем поможет организовать и активный резервный канал связи, соответственно 2 WAN порта + wifi модуль.
WiFi будет для пользовательский мобильных устройств через резервный канал, т.к. основной канал планируется резать от "паразитного" трафика - только рабочие ресурсы. 
Vlan2. Сервер
Тут меня одолевают смутные сомнения, взять 2 сервера и объединить их в кластер для оперативной подмены или
в целях экономии взять 1 сервер и считать что ничего с ним не случиться.
Хотелка для серверов: недорогая стоечная kvm консоль с IP.
Говоря "сервер" нужно сразу говорить сервер чего. Что он будет делать.
Кластер нужен если простой стоит гораздо дороже, чем поднять из бэкапа. А сейчас поднять виртуалку из бэкапа - дело очень быстрое.
По серверам мысль такая:
Про кластер из 2х новых серверов, если позволит бюджет, я уже сказал (пока не углублялся, но как понял во время работы синхронизируется, можно настроить распределение нагрузок и при выходе одного сервера из строя, идет полное переключение на второй)1 виртуальный сервер - Linux Ubuntu: Работает как DHCP-сервер (? или лучше отдать роль коммутатору/маршрутизатору) + как домен контроллер и служба каталогов (LDAP. Беглый анализ показал что популярности Samba) + сервер лицензий.
Нагрузка на домен контроллер, DHCP и ldap обычно такая маленькая, что совершенно нет смысла делать для этого кластер. Обычная виртуалка на виртуалбокс справится с офисом на пару сот рабочих мест. А учитвая, что новые юзеры/новые машины в домен заводятся нечасто, бэкап недельной давности может оказаться вполне актуальным. Поэтому вместо кластера - просто каждую ночь резервная копия всей виртуалки на другой физический комп, и в случае чего просто поднимаете виртуалку с домен контроллером на другом сервере за пару минут. Сразу минус все сложности с кластерами.2 виртуальный сервер: ОС будет зависеть если все таки отыщется лицензия на MS SQL и Windows Server. Если нет, то ставим Linux Ubuntu и отдаем сервер под базу данных на PostgreSQL. Приоритет ресурсов: память.
А зачем вам база, если так легко переезжаете с одной на другую? Если вам непринципиально, то сразу PostreSQL берите, зачем с лицензиями мучаться и виндой?3. Хранение данных
Серьезно? SSD, точнее РЕЙД из SSD для хранения драйверов инсталляшек и бэкапов?
SSD нужно разве что под postgres или 1C и без всяких рейдов, все остальное - на обычные HDD.
Бэкапы настраивать исходя из предположительных потерь в случае простоя.1. Стоить ли заморачиваться с программными рейдами на виртуалках, если их образы будут храниться на внешнем рейде?
Рейд имеет смысл исключительно на первом уровне. Если у вас диски виртуализированы - рейд не нужен.
Рейд нужен только для исключительно критичных каждую минуту данных. Если компания может подождать час, зачем рейд? Тем более, что многие сервисы можно поднять виртуалку из бэкапа за 5 минут.5. Что мог упустить из виду в этом наброске плана? 
Наймите в вашем городе сисадмина или компанию, которая настроит или разработает для вас детальный план, и будет консультировать первые пару месяцев.