Почему не работает NGINX?
/etc/nginx/sites-enabled/domain.conf должен быть симлинком на /etc/nginx/sites-available/domain.conf, а не его копией. 
Если не умеешь делать симлинки оставь только конфиг в /etc/nginx/sites-enabled/domain.conf
Убедись, что в /etc/nginx/nginx.conf есть include /etc/nginx/sites-enabled/*.conf;

Конфиг сделай таким:
server {
    listen 80;

    server_name domain;

    location /.well-known/acme-challenge/ {
            alias /path/to/.well-known/acme-challenge/;
            allow all;
            default_type "text/plain";
            try_files $uri =404;
    }

    location / {
        return 301 https://domain$request_uri;
    }
}

Получи сертификат:
certbot certonly --agree-tos  --email webmaster@domain --webroot -w /path/to/ -d domain

Сгенерируй dhparam openssl dhparam -out /etc/nginx/dhparam4096.pem 4096

Затем добавь конфиг для https версии:
server {
    listen 443 ssl http2;

    server_name domain;

    ssl_certificate /etc/letsencrypt/live/domain/fullchain.pem;
    ssl_certificate_key /etc/letsencrypt/live/domain/privkey.pem;

    ssl_dhparam /etc/nginx/dhparam4096.pem; 
    ssl_ciphers ECDHE-ECDSA-AES128-GCM-SHA256:ECDHE-RSA-AES128-GCM-SHA256:ECDHE-ECDSA-AES256-GCM-SHA384:ECDHE-RSA-AES256-GCM-SHA384:ECDHE-ECDSA-CHACHA20-POLY1305:ECDHE-RSA-CHACHA20-POLY1305:DHE-RSA-AES128-GCM-SHA256:DHE-RSA-AES256-GCM-SHA384;
    ssl_prefer_server_ciphers off;
    ssl_protocols TLSv1.2 TLSv1.3;
    ssl_ecdh_curve secp384r1:prime256v1:X25519;
    ssl_session_timeout 24h;
    ssl_session_cache shared:TLS:20m;
    resolver 1.1.1.1 8.8.8.8;
    resolver_timeout 5s;
    ssl_stapling on;
    ssl_stapling_verify on;
    add_header Strict-Transport-Security "max-age=63072000; includeSubDomains" always;

    location / {
        proxy_pass http://localhost:5000;

        proxy_http_version 1.1;
        proxy_set_header Upgrade $http_upgrade;
        proxy_set_header Connection ‘upgrade’;
        proxy_cache_bypass $http_upgrade;

        proxy_set_header Host $host;
        proxy_set_header X-Real-IP $remote_addr;
        proxy_set_header X-Forwarded-For $proxy_add_x_forwarded_for;
        proxy_set_header X-Forwarded-Proto $scheme;
    }
}

Синтаксис: proxy_pass URL; - протокол тоже надо указывать.
В Virtualhost - почему 2 одинаковых сервера указаны?
И для ssl обычно используется 443 порт... а не 80

UPdюю аа увидел. 1 конфиг Вы два раза показали зачем то

Короче копайте в стороны прописать 443 порт