Как правильно загружать своё ядро?
Готовый загрузчик, конечно. Иначе так на нем и остановитесь, проверенно много раз многими людьми)
Гемморой ручной загрузки ядра, переключения real mode -> long mode
Это ж не так сложно, да и вроде(?) всё равно придётся самому потом расписывать таблицы страниц.

Но всё равно, куда красивее, правильнее, универсальнее прикинуться ядром линукса.
P.S. а grub2 передаёт управление ядру x86_64 в protected mode или long mode?