Насколько критично в PHP использовать shell_exec?
wget, mv, cp, php, rm все легко делаются на чистом PHP. Если это всё, для чего вам нужен shell_exec - то вам не нужен shell_exec.
В 90% случаев абсолютно не нужная функция. Как уже подметили, это зависит от аудитории.