Хотим писать сайт — как работать вместе через Интернет?
Skype
Git
И любой TODO (todoist, trello)
Может я чего не понял. Вопрос как то размыто звучит.
Разделите задачу на обязанности, вы например верстаете, она js пишет, он натягивает.
Создаете репозиторий с ветками вида:
master => testdev => 3 ветки на каждого из вас из ветки testdev. Локально для себя можете ветки тоже сделать. Потом сливаете все свои ветки с веткой testdev, тестите, все ок, сливаете с master.