Как выводить и записывать значения в mysql через запятую или |?
Не должно быть в одной ячейке таблицы сразу несколько значений - это один из основных принципов реляционных баз данных.
Сделать такое, конечно, можно, но это будет говнокодом и в приличном обществе за такое бьют канделябрами.
По хорошему, вам надо создать отдельную таблицу, связанную с основной отношением многие-к-одному.
UPDATE `class_users` SET `нужная строка` = CONCAT(`нужная строка`, ',123')

Так же есть функция FIND_IN_SET() которая позволяет искать значение в строке разделённой запятыми, чтобы не прибегать к использованию LIKE '%...%'

Как уже ответили ранее, подобные трюки являются анти-шаблонами. 
Я считаю что допустимо подобный подход использовать чтобы компактно хранить список чего-то (денормализация). Но если вы потом по значениям из списка захотите что-то искать или фильтровать, то это всегда будет FULL SCAN запрос, который в 999999999 раз будет медленнее и грузовее для CPU нежели если бы вы хранили основную запись и связанные списки отдельно, так как во втором случае возможно эффективно использовать индексы для поиска.