Хорошо ли использовать выражения if — else в PHP и не только?
Если речь идет о большой вложенности ветвлений, то да такого лучше избегать. 
Например конструкцию вида:
<?php
$a=17;

if ($a < 0 ) {
	if ($a % 2 === 1) {
		echo "$a is negative odd";
	} else {
		echo "$a is negative even";
	}	
} else {
	if ($a % 2 === 1) {
		echo "$a is positive odd";
	} else {
		echo "$a is positive even";
	}
}

можно упростить используя функции:

function positive_or_negative($a) {
	return ($a < 0 ) ? 'negative' : 'positive';
}

function odd_or_even($a) {
	return ($a % 2 === 1 ) ? 'odd' : 'even';
}

echo "$a is " 
		. positive_or_negative($a)
		. " "
		. odd_or_even($a);

Test PHP code online
Скорее тут дело в том, что бы не фигачить if-else на пустом месте, а попробовать для начала понять логику и сделать проще и читабельнее, ведь потом вам с этим кодом работать.

Пример когда один и тот же код можно написать по разному:
if-else
without if-else
Согласитесь, без if-else смотрится лучше. Иногда нужно просто включить голову