Есть ли IDE способная создавать консольные приложения Win32 из по Linux(кроме Visual Studio и Eclipse)?
Code::Blocks, QtCreator
В обеих возможно настроить кросс-компиляцию посредством, например, mingw.
Стоит задуматься зачем тебе Linux вообще нужен или стоит ли перейти на другой язык, к примеру, Java, который гарантирует кросс-платформенность?