Стоит ли делать отдельный том для файлов при разметке диска в Linux?
Отдельный том скорее надо делать не для / , а для home. Это не обязательно, но если позволяет объем диска, то лучше выделить home на отдельный раздел.
Если вы на Mint-е надолго, то лучше вынести home на другой раздел. В таком случае у вас при переустановке сохраняться ваши настройки, так как раздел home можно будет не форматировать. Но это работает только в том случае, если вы Mint переустанавливаете на Mint.