This site may be hacked. — Гугл не индексирует сайт?
Maqsat для начала попробуйте выявить источник проблемы и очистить сайт. Обычно проблемы кроются в косяках с настройками сайта, косяках с правами на файлы и каталоги или кривых плагинах/темах.
На хабре почитайте про выявление вредоносных PHP файлов, если сами не можете искать уязвимость, можете попробовать поискать ее плагинами или спец сервисами.  Попробуйте проверить свой сайт с помощью яндекс Manul или сканер AI-Bolit.
Если есть подозрения, что доступ к Вашему сайту или аккаунту имеют третьи лица, то смените все пароли, начиная с паролей от хостинга заканчивая паролем админа в сайта.
Регулярно делайте бекапы файлов и базы данных, и храните их как можно дольше на другом сервере.да я понимаю что меня взломали, и я очистил сответствено сайт и закрыл дыру но не могу понят как эти ссылки там оказалисьЕсли Ваш сайт был ранее взломан и туда были залиты левые файлы и скрипты, некоторые файлы вполне могли успеть проиндексировать поисковики. Главное найдите и залатайте дыры, устраните последствия взлома. Ранее проиндексированные файлы, которые больше не доступны, со временем сами выпадут из индекса.
И все же сайт видимо кто-то хакнул. На этой странице JS () - все, что между ним - результат хака, Надо все прибить и проверить другие файлы на сайте на предмет заражения. Сменить пароль FTP/SSH и выяснить утечку информации.