Как расширить системную таблицу site_content (добавить пару столбцов)?
Вам подойдет подход расширения объекта modResource, когда вы создаете отдельную таблицу, в которой храните новые столбцы, что позволит избежать затирания этих столбцов при обновлении MODX, как подметил 2ball. Материалов по этой теме достаточно:
• Официальное руководство
• Сопроводительная статья от Боба Рея + статья «Зачем расширять modResource»
• Расширение системных (и не только) таблиц в MODX R... от Fi1osof 
• Наследуемость полей у расширяемых xPDO-классов
Если содержимое полей не требует индексации в БД, вы не планируете настраивать поиск по этим данным, то можно записывать их в JSON-формате поля properties таблицы site_content. Отличная статья по этой теме от bezumkin: Очень хитрые TV параметры
Подход странный. При первом же обновлении попрощаетесь со всей своей структурой. Я бы предложил...
1) Использовать более быстрый и гибкий pdoResources
2) Использовать TV фильтрацию
3) Аналог: использовать TV и юзать LEFT JOIN фильтруя прямо в запросе