Как заказчики реагируют на flexbox?
transform: translate как самый быстрый вариант. Позволяет двигать, что угодно и куда угодно.
Если время есть, то можно двигать с помощью внутренних паддингов у нужного блока. В любом случае, заказчик мыслит визуально, а не структурно. ему по фигу на ваши флексбоксы.
Да все нормально с Flex. Просто нужно внимательно протестировать страницы на Safari и Edge.
Насчет пары пикселов: это тоже можно сделать. Но скорее всего не нужно, т.к. это часто означает, что макет сделан не точно по сетке.