Как настроить среднюю кнопку мыши для определнных программ
Можно написать скрипт на Autoit или Autohotkey в котором просто переназначить клавиши как захотите. Например при нажатии средней кнопки на мышке можно имитировать пробел или любую другую команду. Причем можно указать для какого приложения (окна) эту замену использовать. 
Вот общая информация с примерами для Autohotkey и список клавиш. Для работы нужно скачать сам Autohotkey, сделать скрипт (простой текстовый файл) и добавить его в автозагрузку. Для переопределения клавиш для определенного окна нужно сначала определить класс окна с помощью встроенной программы AU3_Spy.exe. При нажатии средней кнопки мыши проверять класс активного окна и если окно Adobe Illustrator, допустим, то посылать в него пробел, ну или что вы захотите.
Отпишите результат, удалось ли вам решить вопрос с помощью скрипта что описал  TomashUA. Или возможно уже нашли какое-то другое решение?