Почему к адресу сайта добавляется www, при наличии https?
Вот уже 20 лет, как www. всё ещё занимает умы вебмастеров. И плодят они кучу дублей страниц, а потом доблестно сражаются с ними с помощью редиректов и rel='canonical'. И пишут кучу лишнего кода, чтобы решить проблемы SOP/CORS и установки куков на поддомен с www.
откуда взялся этот www
Двадцать лет назад, World Wide Web был только одной маленькой частью Интернета, и самый быстрый PC был основан на 386 чипах. Они были не очень быстры и не могли выдерживать большую нагрузку, таким образом, была необходимость размещать различные «части» Интернета на отдельных машинах.
Например, сервер Apache размещался на одном компьютере, почтовый сервер на другом, и сервер FTP на ещё одном. Каждый из компьютеров отзывался на различный адрес IP, но на то же самое имя домена. Внутри этого доменного имени компьютеры дифференцировались по предоставляемому сервису (что назвалось тогда, "именем машины"). Таким образом, имена серверов в Интернет начинались с «имени машины» по предоставляемому ей сервису: www.domain.ru, mail.domain.ru, и ftp.domain.ru. («Старожилы» Интернета, наверное помнят ещё и такой архаичный сервис, как gopher.domain.ru, в настройках IE он еще остался).

Сегодняшние компьютеры, конечно, намного более мощны, и мы можем поместить все различные "части" наших услуг Internet в той же самой «коробке» (принцип Head&Sholders - «два в одном флаконе» был применён задолго до массового появления «перхоти» в России :)
   Действительно, мы часто устанавливаем несколько сотен доменов, каждый с его собственным набором сервисов (http, ftp, mail…), на тот же самый сервер. Поэтому в настоящее время приставка www является «антиквариатом» и может игнорироваться.

Этот экскурс в Историю, возможно, представляется интересным, но единственная важная вещь из него - то, что технически www.domain.ru - точно так же как sub.domain.ru - считаются полностью различными объектами относительно domain.ru, но по причинам, изложенным выше, обычно www.domain.ru и domain.ru обычно должны показывать одну и ту же страницу, в отличие от sub.domain.ru. 

Не надоело возиться с этим атавизмом? Убрать www и забыть его, как страшный сон. В www уже давно нет никакого смысла, зачем тащить в светлое будущее этот старый чемодан без ручки?

По уровню вашей диагностики - "сайт недоступен", возможны 2 варианта:
- SSL сертификат создан только на www.domain.ru, поэтому domain.ru недоступен по https://
- в настройках веб-сервера указан www.domain.ru и не указан domain.ru (выше ребята написали что посмотреть). Тогда domain.ru будет недоступен и по http:// и по https://
А в настройках Apache HTTPS-сервер на какое доменное имя (директива ServerName в конфигах) прописан? Не на www.site.ru случаем?