Как определить какой SQL запрос тормозит на сервере
С помощью профайлера для вашей СУБД. По предоставленной информации больше ничего сказать нельзя.
самый простой способ — смотреть show full processlist в момент обращения к тормозящей странице сайта (если речь идет о тормозящем сайте на стандартной связке LAMP и подозрения падают на mysql)