Объясните маршрутизацию между ipv6 и ipv4?
Никак. Это два параллельных мира.
ipv6 only пока сильно преждевременно
"хочу отключить 4 версию, чтобы все запросы шли по 6"
По идее нужно:
1) Убрать A записи из DNS, оставить только AAAA запись в DNS
2) Веб-сервер должен слушать ipv6 адрес или "все адреса".
3) Подразумевается что сервер сам по себе уже настроен на ipv6 и пингуется по ipv6 адресу.
Если что-то не работает - надо смотреть пациента - может быть дело в iptables, или у вас проблемы с доступом по https или надо просто подождать обновления DNS.