Почему Яндекс и Google перестают использовать поддомены?
Предположительно, упрощение (унификация) работы по отслеживанию пользователей через куки
В браузерах есть настройка - отправлять лесом куки не относящиеся к основному домену
По поводу стоимости сертификатов - корпорациям такое достается бесплатно
По поводу унификации точки входа - данная проблема у гугла уже давно была решена
Единая точка входа  - не позволяет делать балансинг нагрузки по сервисам с помощью днс запросов
1. Один домен проще/дешевле содержать и контролировать (включая SSL сертификаты), чем "зоопарк".
2. "Вес" домена увеличивается прямо-пропорционально линкам (с доп. сервисов, страниц с информацией) на этом домене.
3. "Единая точка входа" намного удобнее как для владельцев сервиса(домена), так и для посетителей/пользователей сервиса.