Ну в чем же дело?
Вот эти строчки разве не в конце должны быть?done = True
while done:
  for e in p.event.get():
    if e.type == p.QUIT:
      done = False
Я так понимаю, первое окно - что-то типа консоли, нет?
Попробуйте файл сохранить в расширении .pyw
Если будет тоже самое, то ищите проблему в тематических разделах.