Почему IT компании предлагают сотрудничать через договор с ИП?
оптимизация расходов: человек в штате - куча головняков, чел вне штата - все проблемы только его.

в этом есть и плюсы, и минусы. для обоих сторон.
Плюсы: 
Нет отчислений от работодателя, отсюда возможно более выгодное сотрудничество в финансовом плане для обеих сторон. 

По ТК, как писали выше, много всяких бюрократических издержек. Как правило стартапы или недолгосрочное сотрудничество на проект для работодателя - это сделать некий продукт за N-ое кол-во времени и разойтись. Поэтому смысла оформлять по ТК разработчиков нет никакого - это лишние накладные расходы.

Минусы очевидны: работодатель за вас не отвечает, поэтому нет ни больничных, ни отпусков, в трудовую вам ничего не пишется. Конечная прибыль до отчислений для вас может быть ниже, хотя после отчислений может быть выше.