Значит ли это, что на сервере два swap файла?
Да, у вас два раздела подкачки.
Это не значит что один надо убрать. Вы можете сделать столько, сколько на ваш взгляд нужно. Обычно суммарно swap равен удвоенному объему оперативной памяти (если ее не сильно много, например не более 4-5 гб).
Удобнее использовать команду cat /proc/swaps 
работает на всех устройствах