Обработка предопределённых констант в PHP
<?

for($i=0;$i<1000000;$i++) echo __FILE__;

?>


Результат:

poletaew@poletaew:~$ time php const.php &>/dev/null

real	0m0.170s
user	0m0.076s
sys	0m0.092s


Меняем код по вашему алгоритму:

<?
$file = __FILE__;
for($i=0;$i<1000000;$i++) echo $file;

?>


Результат:

poletaew@poletaew:~$ time php const.php &>/dev/null

real	0m0.173s
user	0m0.092s
sys	0m0.080s


Так что проблема не в обработчике предопределенных констант. Не в ту сторону копаете. Пример вашего кода, конечно, помог бы понять проблему глубже, но как сейчас вопрос описан — такой и ответ на него.
Прошу прощения за задержку с ответами: были проблемы с авторизацией на Тостере.
SkiF_TLT, Sky4eg, вы совершенно правы.
Тесты показали нам, что проблема заключалась в использовании несуществующей константы T_ML_COMMENT. Она есть в php4, но php5.3 при её вызове генерирует ворнинг. Как раз их генерация и увеличила работу скрипта на порядки.
Спасибо большое за советы! )