Как можно скрыть из общего доступа JS файлы?
Никак (с некоторыми оговорками, которые везде по 9999 раз разжёваны).
Как с ником GennadyPHP можно не понимать что такое фронт- и бекенд? Ваш functions.js должен исполняться в браузере. У людей. Не на сервере. Откуда браузеру знать что ему делать без инструкций (исходного кода)?
Если сам сайт изпользует этот js то загрузит его любой человек на сайте. Можете попробовать использовать обфускацию js, но все равно если сильно захотеть его декодировать можно.