Для чего нужен чистый репозиторий?
Создаём чистый репозиторий на сервере, разумеется, чтобы было куда пушить.
И почему надо отправлять именно чистый?
Кто сказал?
Ты можешь создать репозиторий, накоммитить туда кучу всего и запушить, когда душе угодно.
Если запушишь пустой, значит начинать коммитить будет кто-то другой.