Можно-ли отменить chown?
Так и хочется написать, мол «rm -rf /» все вернут на место. кхм, простите :)
на счет БД: у вас же скорее всего в /var/lib/mysql лежат базы, да? сделайте так, что бы mysql был ее владельцем.
mysqld из консоли запустите — mysql скажет, чоемунадо для щастья.