CSS сетки + фреймфорки. Как быть?
Что мешает настроить bootstrap сетку под себя?
Универсальной нет. Любой проект подгоняется под какую-то сетку, либо под него придумывается своя. 
Представьте себе шкаф, он может быть и 1.5м в высоту и 2м, в ширину так же меняться. Так же и с макетами, кому-то достаточно бутстрап сетки (как правило она и используется), кто-то используется плиточную сетку и тд.
Я считаю что такие моменты обсуждаются с дизайнером. Bootstrap сетка удобна тем, что в нее можно вместить любой мало мальски среднйи проект. Поэтому если вы видите, что сайт можно разработать, используя бутстрап сетку - скажите об это дизайнеру и он спокойно вам нарисует по ней.