Какие могут быть последствия отключения России от системы SWIFT для пользователей Upwork/Payoneer?
SWIFT - это все международные платежи.
В случае отключения России от SWIFT экономика просто рухнет, причём задеты будут все.
Поэтому не верьте слухам.

Если порассуждать про нереальные теории: если международных платежей не будет, то значит перевести деньги в Россию не получится. Останется только Payoneer или PayPal. И то в полулегальном виде. И то при условии, что MasterCard и Visa не последуют за SWIFT.  В любом случае все будут стоять на ушах и искать пути обхода.
Это частная фирма, и если она покажет что ведется на какую то политику (хоть эти угрозы 2014 года свежести) то вполне начнет развиваться альтернативная система платежей. А такпоживем сальтернативными системами- тем ж телеграфом.