Как сделать 2 не связанных таймера?
Не надо заставлять.
Надо отказаться от delay(),  совсем.
А там уже что  душе будет, можно таймер задействовать, или  millis()
Как пример смотрите темы  "моргаем светодиодом без делей".
Советую начать изучать автоматику. Потому что на ПЛК (программируемых логических контроллерах) программа состоит из двух одновибраторов

Как перейти к Ардуино?
1) потренироваться в программировании на текстовых и графических языках Codesys
2) можно взять другие языки для Ардуино
3) можно алгоритм разработать в Stateflow (язык графа состояний MatLab и Simulink) и транслировать его в Ардуино.