Какую СУБД посоветуете при работе с древовидными структурами данных?
Neo4j — это правильный выбор для графов.

Касательно реализации в RDBMS, есть книга Joe Celko — Tree and Hierarchies in sql for smarties. Последнее слово должно намекать на противоречие с фразой из предыдущего ответа: «с помощью «традиционных» решений такую функциональность можно реализовать довольно легко.» :)
Не проще ли освоить алгоритмы вроде Nested Sets и подобных?