VPS на OpenVZ тормозит, сайт недоступен. Ubuntu + LAMP. (много скринов)?
tcp send buffers тоже заканчивался много раз — wa может быть отсюда. Хотя 84% оно бы не дало. 
И ещё у вас нет кешей в памяти — скорее всего, из-за криворукой настройки openvz у хостера (старой версии/неправильных лимитов/etc). Если там всё плохо — то ваша vps-ка вполне себе может вообще ничего не складывать в память лично (а все кеши в общей системе принадлежат жирному соседу). 
Лимиты памяти настроены через жопу, vswap не используется. 

В общем, самый простой совет — переехать для начала подальше от этого хостера с таким конфигом. Либо на ovz с корректными лимитами на память, либо на KVM/Xen.
Перейдите на Linode или DigitalOcean (или другой xen/kvm-хостинг), чтобы не зависеть от соседей. Иначе мысль «это соседи» будет преследовать Вас постоянно.
Раз уж у Вас MySQL кушает 45% CPU — купите ей отдельную VPS. Лучше иметь две VPS поменьше, но одна отдельно под БД, чем VPS побольше на всё сразу. В том же ДЦ, чтобы локальный трафик бесплатным был и почти без latency. И масштабировать будет проще.