Почему php разработчики используют .htaccess как часть системы?
Незачем пытаться охватить все веб-серверы. Для урока авторы, видимо, решили, что «сойдёт и так» – на примере одного из популярных, Apache.

Вы уже переросли песочницу тех уроков и знаете другие варианты. Значит, сумеете понять и перенести правила из .htaccess в конфиг NGINX. С помощью Google, SO и Habr.QnA )

Популярен паттерн "front controller" — когда веб-сервер конфигурят, чтобы все запросы падали только на корневой /index.php, а там уже логика внутри PHP узнавала запрошенный URL /section1/page2 и отдавала соответствующий ответ. Такие решения универсальны относительно веб-сервера.

Файл .htaccess иногда кладут в проект, потому, что это легкий невидимый файл, который не помешает. Но поможет понять ожидаемое поведение веб-сервера. Конфиги NGINX лежат отдельно от проекта, поэтому их не прилагают. Хотя иногда приводят пример в документации.
В видеоуроках, в статьях, я часто вижу, как PHP разработчики используют файл .htaccess как часть системы, часть сайта.На то они и уроки/примеры. Рабочие конфигурации для любого сервера обычно тоже есть в туториалах чуть сложнее чем "давайте напишем хеллоу ворлд".

Но .htaccess работает только с Apache. А так же его синтаксис понятен для большинства разработчиков и сисадминов, настройки из него легко портируются под любой современный вебсервер. 

Почему разработчики не пишут код, который был бы универсальным для всех веб серверов и не делегировал часть функций безопасности конфигурационному файлу конкретного веб сервера?по тому что единая точка входа не реализовывается программными средствами?