Существует ли JS библиотека для создания скроллера-гаттера, как в IDE?
Это очень специфическая штука, особенно для сайтов. И скроллер тебе в любом случае придется генерировать самостоятельно. Тебе известна высота окна прокрутки, тебе известна высота всего контента, тебе известны позиции нужных якорей. Интерполируй эти позиции на высоту панели, размести, привяжи события клика, наведения и тд.
Возможно, это подойдёт: bespoyasov.ru/bookmark
Он похож на инфоскроллер, где рядом со скроллбаром ссылками отмечаются места, указанные на странице. 
Анимация настраивается через data-атрибуты, либо в конфиге.