С чего начать изучение Java?
С чего начать изучение языка Java
С учебника для начинающих.

с ООП знаком в PHP
Считай, что почти не знаком.

какие популярные стеки используются
От области применения зависит.

есть ли справочники по методам
Да, есть.
Я начинал с книги head first, потом Шилдт, потом Эккель. Это от простого к сложному, сейчас еще сам обучаюсь и часто заглядываю в эти книги, если что то забыл.