Что делать, когда временные затраты больше дохода?
скрипим зубами и делаем :)
А в следующий раз думаем, прежде чем назначать сумму, а еще лучше работаем по часам.
Очень хорошая статья по теме: habrahabr.ru/post/167847/

Точные сроки возможны лишь когда поставили все на конвеер. То есть когда изо дня в день делаете однотипные вещи.

Как происходит на практике — хорошо описано в статье.

Получается, в большинстве случаев срок определить точно не возможно. Если назвать с запасом — то в большинстве случаев (кроме золотых заказчиков, коих 1 на сотню) заказчик будет работать с другими, кто скажет желаемый ему срок. Все искусство менеджмента — оптимистичным поставленным голосом обосновать заказчику повышение сроков и бюджета.

Так что ваша задача сейчас «оптимистичным поставленным голосом обосновать заказчику повышение сроков и бюджета».

Welcome to real life!