Можно ли работать как самозанятый на USA компанию по трудовому договору?
Можно и как физлицо работать и как самозанятый.
Если налоги уплочены то вопросов не должно возникнуть.
---
Как физлицо заплатиш 13% от дохода.
Как самозанятый меньше кажется с иностранными конторами как с юрлицами 6%.
Вот и вся разница.
с твоей стороны никаких, в назначении пусть пишут honorarium  а не salary  и более -менее пропетляешь
а вот со стороны США, без разрешения на работу, вряд ли тебя наймут, но могут теоретически нанять как ИП  (sole proprietor) - т.е. оплата будет по договорам