Являются ли UTM метки, сопровождающие ссылки на сайт, фактором помогающим поисковым системам оценивать естественность ссылок?
У меня есть только мнение, ничем не подтвержденное. И по нему поисковикам пофиг на utm метки в плане ранжирования ссылок.

Потому что многие юзеры ставят реальные ссылки с utm, просто копируя их из рекламы, из понравившегося сайта и т.п. 

Поэтому кмк, поисковики просто отбрасывают все эти метки. И если что и учитывают в плане анализа донора, то регион, заспамленность, тематичность статьи и клики реальных юзеров по ссылке.

Скажу больше, с каждым годом по ощущения поисковикам всё больше и больше забить на ссылки вообще.
И опять же имхо скоро они вообще останутся как фактор ранжирования на 999+ месте.
Нет конечно они нужны чисто для отчётов не более того