Как найти отличия в двух файлах XML?
xml по сути текст, так что тут два варианта
или вы юзаете обычных diff
или вы пишете парсер, грузите данные в массив/таблицу и сравниваете уже там.
Лучше загрузить xml в дерево и сравнить эти деревья с выводом различий. По идее, тебе нужен хороший скрипт на питоне. Без знаний сложновато будет написать.