Почему тормозит интернет через Linux-шлюз?
Виноват оказался PMTU Discovery blackhole. У провайдера где-то перекрыт ICMP трафик, а мое правило iptables для сжимания mtu на внешнем интерфейсе не работало.
Оказывается, TCP MSS правила можно и нужно записывать исключительно в таблицу mangle, чего я как раз и не понял в первый раз ввиду отсутствия документации. После этого все заработало:iptables -t mangle -A FORWARD -p tcp --tcp-flags SYN,RST SYN -j TCPMSS --set-mss 1300
A в логи ничего не падает? 
В тот же dmesg\syslog\messages?
Поставьте на сервер какой-либо сервер статистики, чтобы потом увидеть на графиках, что происходит с сетью, количество ошибок на интерфейсах, потребление памяти, процессора.