Отладочная плата с ARM?
Лично мне понравилась плата с сайта "изиэлектроникс" (pinboard 2) со сменным модулем контроллера. Хотя, как мне кажется, для ST будет достаточно и их NUCLEO.
 Насколько сильно различается программирование STM32 от ARM в Cyclone V/Zynq?
Контроллера - ничем или почти ни чем. А вот библиотеки - тут существенная разница. SPL, HAL, CubeMX -этого у вас не будет; скорее всего будет, но что-то другое. А Си-код он и в Африке Си-код.