Это нормально что у меня получилось несколько NavigationControllers?
Возможно нормально, возможно нет. Всё зависит от конкретного случая. В некоторых проектах может потребоваться 5-6, а где-то вообще без него можно обойтись.
Если я всё правильно понял, то нет. Нужен только один контроллер с привязанным к нему "первым" окном, а все остальные вы помещаете в стек этого контроллера.
Вот примерно так: 