Можно ли использовать пиратские VST для музыки в играх?
«Авторское право» ... «Можно ли использовать пиратские ... ?» — нет, нельзя.

Всё прочее — вопрос совести и юриспруденции. С помощью Content-id некоторые сэмплы узнать можно, некоторые нет. Должны ли вы доказывать легальность используемого софта и сэмплов — указывается (или забывается) в контракте с заказчиком музыки, как и то, какие риски и объём ответственности вы принимаете на себя.

Очистка от копирайта / проверка прав использованной музыки, графики и пр. — головная боль выпускающих игру на рынок.

Disclaimer. Этот ответ не основан на реальном опыте и является лишь моей интерпретацией здравого смысла.
Вы же в игру mp3/ogg будете экспортировать?
Откройте любой mp3/ogg и попробуйте догадаться какие плагины/библиотеки были использованы при написании композиции.