Чем set VUE_APP_PROCEDURE=build отличается от определения в .env?
Как вариант, проблема может быть в самом объявлении переменной, 
внутри "set VUE_APP_PROCEDURE=build & vue-cli-service build" обычный cmd (shell) скрипт, set реализация переменных в cmd,
так как в cmd нет разделителей на конец строки, то-есть ";" вероятно скрипт после присваивания может читать пробел в set VUE_APP_PROCEDURE=build & до & (который разделяет команды для возможности использования inline) и у вас получается не build а build с пробелом
Попробуйте так
"build": "set VUE_APP_PROCEDURE=build& vue-cli-service build",
Есть пакет для этого, cross-env называется