Как определить источник нагрузки на сервере?
rddtools если не даст ответ, что тормозит, то поможет найти закономерность когда это происходит.
Что-то у меня не сходиться:
«Процессор не загружен (задействован менее процента)»
и
«Load average выростает до 7»

Или Вы о «менее процента» на один какойто процесс в top?

При большой нагрузке смотрите топ, и обратите внимание на "%wa" параметр в третьей строчке, дольжно быть очень мало, не больше одного процента. Этот параметр отвечает за ожидание процессора на входящие данные, причины могут быть две — либо на самом деле чтение с диска медленое (первый пост тут, и коменты к нему), либо ждет данных из сети. В любом случае без топа тут не обойтись.