Где найти годную инфу про «автоматическое управление версиями» файлов JS,CSS для PHP?
Я делаю как-то так:
$file =  "./js/my_script.js";
$url = $file . '?v=' . filemtime($file);
https://www.php.net/manual/en/function.filemtime.php

Но, заботу про это лучше положить не на рантайм, а на этап сборки или деплоя, если он у вас есть.
Менять имя при изменении - самый надежный вариант. 
Но раз сборки нет, можете еще в etag отдавать дату изменения файла, если все сделать правильно - браузер сам разберется. 
начните с гугления про то как устроего кеширование в http, тема обширная, методов и подходов там тоже больше одного.