Имеет ли юридическую силу JSON с ЭЦП?
Не силу, а юридическую значимость.
Ссылаться надо 63-ФЗ
ЭЦП является подтверждением неизменности документа после его подписания и того, что эту подпись сделали вы, не более
Юридическую силы имеют документы установленных форматов. Данные могут быть лишь предметом документа (договора, например). Соответственно, если вы сделаете свой JSON сущностью вокруг которой построен документ, этот документ будет нести юридическую силу