Как делать коммиты в папку Vendor?
Используйте стандартные форк и пул-реквесты. 
Композер клонирует репозитории для удобного их обновления. С ними можно работать локально, но запушить ничего не получится.
Нужно сделать форкКлонировать форк к себеУлучшить и запушить (к себе в форк)Сделать пулл-реквест в исходный проект, чтобы изменения приняли
если не примут, а хочется со своими изменениями делать -- сделайте свой проект в композере на packagist и ставьте уже его через:composer require  <свое_имя>/yii2-user