Как правильно обрезать строку?
Можно регулярным выражением вытащить последнее число прямо перед закрывающей скобкой, которое непременно со знаком минус:const str = 'matrix(1, 0, 0, 1, 0, -47)'

+str.match(/(-\d+)\)/).pop()  // -47Плюс перед выражением это унарный оператор, который переводит аргумент в тип число.
сначала отрежь лишнее: matrix( и ) через slice()
потом получи массив строк разделенных запятой через split()
получится: массив = [1, 0, 0, 1, 0, -47]
потом массив[5]