Для чего используются обертки JavaScript плагинов в Yii2?
Основная идея в том, что зависимости подключаются через Assets. Не надо подключать js плагин для всего проекта или помнить о кол-ве подключений и уникальных id. Yii решает этот вопрос через assets  manager. Ну и нет нужды совать js в php.
> В том чтобы обновлять все и сразу через composer update ?
Конечно.