Как сравнить файлы через командную строку?
Добавить в программу вывод версии при запуске с параметром. --version, например
Держать на сервере информацию о самой новой версии. Это может быть даже txt файл.
При запуске bat файла смотрите текущую версию, сравниваете с версией на сервере, и только если нужно - обновляете.
Можно посчитать md5/sha1 и сравнивать хеши:
https://support.microsoft.com/ru-ru/help/889768/ho...
Так же можно сравнивать время изменения файла на сервере и клиенте (но это требует того чтобы время изменения у файлов действительно менялось и шло на компах примерно близко, хотябы до минут)