Как сделать запрет для пользователя на копирование файлов?
Настройте квоту для отделов. Когда место для конкретного отдела закончится, руководитель сам удалит лишнее.
Или попробовать дедупликацию
Антон: 
1. Если он жалуется директору, что у него вся документация важная, пожалуйтесь тоже, только составьте табличку и покажите директору, что он просто тупо копирует чужие документы по 5 раз, в результате это ведет к тому, что один и тот же документ лежит в разных местах, что ведет к путанице всего процесса и может привести к тому, что будут использованы устаревшие документы.
2. Сделайте простые рассчеты и укажите директору, во сколько обходится компании такая деятельность, и сколько нужно приобрести новых дисков, чтобы ее удовлетворить. Наказание монетой - обычно самое понятное для директората.
3. Да, можно сделать квоты, как тут уже писали, и ограничивать его деятельность таким образом, чтобы из-за одного дурака не страдали остальные.