Include в конфиге
Нативной поддержки инклудов нет, но для этого можно написать конфиг на скриптовом языке, указав нужный интерпретатор.

Вот пара примеров:
на баше: http://adw0rd.com/2009/07/23/sphinx-include/#.UdF1R229CUk 
на php: http://sphinxsearch.com/forum/view.html?id=1340

Вот вообще динамическое формирование конфига на пхп http://www.ivinco.com/blog/scripting-in-sphinx-config/
Да, у меня конфиг тоже пересобирается, вполне удобно.