Как контролировать программистов в разрабатываемом старт-Апе?
Вы, конечно, можете понаставить им кучу палок в колеса, но на 100% обезопасить себя от "слива" базы не получится. Можете использовать Github Enterprise и т.д., но это не решит проблему. 
Проблема в подходе к делу. Вам нужно брать людей, которым можно доверять, и самому научиться доверять. Частично этот момент я затрагивал в статье на Хабре. Рекомендую ознакомиться. 
Плюс ко всему, ценность вашего стартапа должна быть в видении того, каким должен быть сервис, и в каком направлении он должен развиваться. У ваших разработчиков не будет стратегической картинки, а у вас должна быть. Если её не будет и у вас, а разработчики будут разбираться во всем лучше, то едва ли стоит вообще браться за проект.
Обычно если задаются такими вопросами, то для стартапа ещё рановато ))