Как написать программу работающую с сайтом?
зачем целый интерфейс админки переносить в оконное приложение? но если прям уж очень хочется чтобы .exe, прям вот на компьютере что бы!, под windows'ом!
тогда берешь delphi или VisualStudio игуглишь в сторону интеграции webkit browser. ну и в конечном итоге ты получишь че то типа браузера в оконном приложении, где уже сможешь работать с своим сайтом.
К коду сайта есть доступ ? 
Если да то пишите API и работайте как белый человек/
Нет доступа ? 
Тогда ищите сами (глазами) паттерны в ссылках и отправляйте соотвествующие запросы на сервер.