Kindle 3: чтение DJVU и PDF
DJVU — это просто картинка, иногда с текстовым индексом для поиска. PDF в некоторых случаях тоже набор картинок. С подобными фалами всегда будут проблемы и нормально читать на устройстве такого размера не поможет ни одна прошивка/конвертер. Поскольку всегда нужно отобразить весь или кусок изображения. Ни о каких изменениях шрифта, выравниванию текста и т.д. здесь и речи быть не может.
Из конвертеров могу посоветовать Calibre.
Удобный, довольно быстрый, поддерживает много форматов