Как вызвать EntityManager в контроллере, который определен как сервис?
Сейчас понадобилось некоторые методы в контроллере использовать повторно
Поздравляю, вы на пути к application level сервисам и тонким контроллерам.
вместо того что бы делать контроллеры как сервисы - просто делайте сервисы и проблем не будет.
А примеры там есть: symfony.com/doc/current/book/service_container.html - почитайте.
Почитайте то, что вам предложил Сергей Протько .  services:
    app.super_puper_controller:
        class: AppBundle\Controller\BlackMagicController
        calls:
            - [setContainer, ["@services_container"]]
            - [setOtherMethod, ["@router", "%my_parameter%"]]
В итоге при инициализации вашего контролёра Symfony пройдёт по списку calls и вызовет каждый метод с параметрами.
(ЗЫ. В сервис лучше явно передавать аргументы. То есть как вы делали с обычными сервисами)