Почему скрипты не работают?
Ничего не понял. Какая связь между php, .htaccess и base.
Файл лежит в корне сайте, .htaccess редиректит на него с пути /user/(\d+)/?  
Ok.
Покажите как подключается js в этом файле и где фактически лежит js.
Думаю, что путь кривой задан, либо при подключении очепятка в коде.