Какие есть варианты разрешения сайтов(по dns-именам) на линуксе?
О сколько нам открытий чудных. Готовит просвещенья друг.
Увы, это порочный путь! Абсолютно порочный!
Если сотрудники нифига не делают (как я сейчас), то дрючить нужно не сотрудника, а руководство и начальство, или выгонять сотрудников в отпуск, отгул, переводить на сухари и дрожжи.
Закрыв интернет, будут теребить планшеты и коммуникаторы, оплевывать курилку и целоваться за углом.
Ну а теперь предложения. Ставьте простой proxy с авторизацией, остальные порты просто перекройте нафиг.
что мешает настроить маршруты от удаленных площадок на выход в интернет через 1 точку в голове, на этой точке либо настроить файрвол, либо прокси? 
Сразу уточню - если хотите видеть статистику (кто когда и куда), то лучше прокси. На нем-же можно поднять сканирование антивирусом.
  Проксю лучше на ПК, роутер начинает тупить безбожно.