Правильно ли я пониманию, что архитектура «битрикс управление сайтом» несколько кривая?
Я бы сказал - своеобразная.
Там насколько мне помнится, написано что компонент - контроллер, а его шаблон это вьювер. 
Да, формально, если разобраться, так и есть.
На практике у этого подхода есть как недостатки, так и преимущества.
Ну к примеру мы говорим что якобы все три части у нас независимы, но на самом деле View всегда связаны с Controller, а Controller почти всегда связан с Model.  В Битриксе не стали делать вид что это не так - компоненты это части модулей, а шаблоны не отделимые, хотя и сменяемые части  компонентов. В большинстве случаев это соответствует практическим кейсам.
Но никто не заставляет вас следовать этим рекомендациям. За свою жизнь разработчиком я видел многое и чаще всего это были какие-то попытки реализовать отдельные модели поверх Bitrix API, я и сам не однократно так делал и даже предпринял попытку обобщить этот опыт, пока не завершенную.
Но я видел так же например и ZendFramewormk поверх Bitrix и вполне классическим MVC.
Поэтому архитекутра Битрикс не приговор.
А ноги такой архитектуры растут из  попытки сделать CMS с которой, хотя бы в теории, мог справится человек совсем без подготовки. Надо же что-то показывать на презентациях. Но это не значит что вы обязаны делать и свои продукты для презентаций.
Рекомендации же делать именно так нужны для того, что бы вы делали проект, максимально привычный для любого битрикс-разраба. Когда я впервые столкнулся со связкой Bitrix-Zend я честно говоря опешил, и если бы не опыт с дргуими фреймворками и CMS долго бы тупил...
Я бы сказал - своеобразная.
Там насколько мне помнится, написано что компонент - контроллер, а его шаблон это вьювер. 
Да, формально, если разобраться, так и есть.
На практике у этого подхода есть как недостатки, так и преимущества.
Ну к примеру мы говорим что якобы все три части у нас независимы, но на самом деле View всегда связаны с Controller, а Controller почти всегда связан с Model.  В Битриксе не стали делать вид что это не так - компоненты это части модулей, а шаблоны не отделимые, хотя и сменяемые части  компонентов. В большинстве случаев это соответствует практическим кейсам.
Но никто не заставляет вас следовать этим рекомендациям. За свою жизнь разработчиком я видел многое и чаще всего это были какие-то попытки реализовать отдельные модели поверх Bitrix API, я и сам не однократно так делал и даже предпринял попытку обобщить этот опыт, пока не завершенную.
Но я видел так же например и ZendFramewormk поверх Bitrix и вполне классическим MVC.
Поэтому архитекутра Битрикс не приговор.
А ноги такой архитектуры растут из  попытки сделать CMS с которой, хотя бы в теории, мог справится человек совсем без подготовки. Надо же что-то показывать на презентациях. Но это не значит что вы обязаны делать и свои продукты для презентаций.
Рекомендации же делать именно так нужны для того, что бы вы делали проект, максимально привычный для любого битрикс-разраба. Когда я впервые столкнулся со связкой Bitrix-Zend я честно говоря опешил, и если бы не опыт с дргуими фреймворками и CMS долго бы тупил...