Как правильно скомпилировать и подключить php 5.3 на Ubuntu 16.04?
make install запускать не самая лучшая идея. К тому же не самая лучшая идея использовать PHP 5.3, ибо этот релиз уже давно не поддерживается.
Если для чего-то нужно, то лучше поднимите виртуалку с аналогично древней ОС. На новых версиях Ubuntu, на сколько я помню, PHP 5.3 даже не собирается толком.
Подпишусь под ответом Назар Мокринский и добавлю, что проще будет подправить/обновить сайт, ежели ставить на новую машину старый пых.