Как лучше организовать хранение домашних данных?
У вас очень хороший метод хранения, оставьте как есть, только автоматизируйте.
Ваш вариант с внешним HDD в данном случае очень хорош и позволяет многое защитить.
* - RAIDы защищают только от полета диска, но не защищают от случайного удаления вами же или кем другим, поэтому эффективны только там где необходимо поддерживать непрерывный доступ к информации.
* - Бэкап архиватором или акрониксом на другой диск (на этом харде) защищает от случайного удаления и полета MBR, бэдов в этой области диска, но не защищает от полета самого диска  - эффективно подходит для хранения часто изменяемой рабочей информации к бэкапам которой нужен частый доступ.
* - Копирование на отдельный HDD (как у вас) защищает от полета основного диска и случайного удаления с него информации, но плохо защищает от внешнего воздействия (тех же магнитных полей, перепадов электропитания при подключении) - эффективно подходит для хранения часто изменяемой рабочей информации к бэкапам которой нужен не частый доступ.
* - Копирование информации на оптический накопитель - самый эффективный способ долгосрочного и надежного хранения информации, каталожный срок хранения компакт-диска до ста лет  - эффективно подходит для хранения крайне редко изменяемой и не изменяемой информации (фото, видео, готовые проекты) к бэкапом которой нужен редкий доступ.