Как Вы защищаете свои сайты на nginx?
Мнение: пускайте траффик через CloudFlare – они умеют фильтровать часть угроз.
Прочие угрозы и дыры в безопасности существуют на уровне PHP и движков и веб-сервером почти не фильтруются. Можно анализировать логи на типичные паттерны скажем, fail2ban'ом.
Можно сурикату поюзать