Можно ли через phpMyAdmin импортировать/экспортировать MYSQL базы между двумя инстансами?
Можно, если собираетесь переносить из более старой версии в более новую.

С другой стороны, зачем это делать именно через вебморду?
Посмотрите в configure.php там можно сделать несколько подключений при заходе будете выбирать нужное. Хотя по мне удобней десктопная тулза прокинутая через ssh. Веб клиент кривоват, даже с последними плюшками