Автоматическая подстановка параметров в PreparedStatement при Insert?
Видимо, всё-таки стоит пересматривать архитектуру. Примените Hibernate. Это решит и текущую проблему — Hibernate сам сгенерирует Statement и правильно заполнит поля, а в качестве бонуса сделает прозрачно за вас работу «планировался executeBatch». В начале вот этой моей длинной статьи есть пару абзацев о том, как Hibernate сам все оптимизировал при пакетной загрузке, без каких-либо прямых на то указаний. Ситуация практически один-в-один с Вашей — загрузка данных из текстового файла в БД, также с кешированием Statement-ов. Hibernate сделал все на порядок быстрее.
есть несколько вариантов решения задачи
1) использовать существующие ORM фреймворки (см. другие ответы)
2) написать "конвертер" который приведет данные к формату, который понимают стандартные средства импорта данных вашей СУБД
3) написать свой фреймворк/средство импорта данных (попахивает велосипедом но может дать бонус в виде производительности и гибкости). сложность реализации напрямую зависит от того в каком виде хранятся данные в XML файлах, - потому что надо делать привязку элементов xml к полям таблиц в субд. этот вариант стоит рассматривать только в том случае если создание подобных маппингов легко делать вручную или можно автоматизировать