Яндекс Метрика и Гугл Аналитикс. Кому из них верить?
Различие показателей наблюдается постоянно, чаще всего связано с тем что код одного из счетчиков не успевает прогрузиться.
Также бывают глюки по абсолютно непонятным причинам, причем косяк со стороны аналитикса, в то время как показатели метрики ближе к логам сервера. 
Самое точное, конечно, прикрутить отображение лога сервера в админку, или на почту например ежедневные отчеты формировать.
Если нет возможности обратиться к серверу, то 
посмотрите чей из скриптов у вас стоит выше на странице, если аналитикса, то вероятнее всего что метрика не успевает прогрузиться и из-за этого различие в показателях. Если метрика выше, то скорее глюк аналитикса и тут уже надо разбираться более плотно, но по опыту чаще всего метрика показывает более точные данные.
Проанализировав все данные сайта, особенно логи сервера, выбор сделан в пользу GA, так как ЯМ не умеет теперь нормально считать пользователей из Украины, печально однако...