В чем соль FANN (php)?
504 - ошибка веб-сервера. 
такие вещи никто в здравом уме не запускает под сервером, только в консоли.
Первый раз услышал про fann.
Попробую предположить:ini_set('max_execution_time', 900); — 900 секунд мало для скриптаесть ограничения сервера (если код выполняется не через консоль)