Nginx лимит. что делать?
купите впс и ставьте лимиты сами
1. Запускать ваш мигратор через консоль. У beget, если память не изменяет, есть ssh.
2. Запускать ваш мигратор локально с заливанием картинок(или чо у вас там) сразу на хостинг + сразу писать в базу данных на хостинге(если ее можно настроить что-бы смотрела наружу)
3. Переделать ваш мигратор так, что-бы он запоминал на чем остановился, и если его запустить заного - продолжал трудиться, а не начинал сначала.