Что я делаю не так с babel 6.0?
6 версия пока ещё не стабильно работает, сами разработчики об этом говорили, поэтому пока советую вам вернуться на 5.
решил с нуля сделать тестовый конфиг вебпака с лоадерами babel 6.0, все работает как и ожидается, придется либо откатиться, либо все конфиги и зависимости пересмотреть, какая-то магия.