Есть ли способ синхронизации изменений между двумя и более одинаковыми файлами?
А hardlink/symlink не поможет?
Тебе можно не использовать никаких дополнительных софтин, а просто оставить только 1 копию данных файлов и сделать их общими для обеих проектов, а при окончании разработки снова разделить 1 проект на две ветки.