Как лучше использовать библиотеки python в нескольких файлах с кодом?
Импортируй как обычно, в каждом файле. 
Универсальный файл с импортами только осложнит дело, но не даст никакого выигрыша в читаемости кода, так как в разных файлах будут требоваться разные модули.

Также посоветую придерживаться норматива PEP8 в плане порядка импорта:
Сначала импорты стандартных модулей.
Потом импорты сторонних библиотек (то что ставил через pip).
В последнюю очередь импорты модулей из твоего проекта.
В каждой секции элементы можно упорядочить по алфавиту, если нет особых причин импортировать их в другом порядке.
добавлю к словам Vindicar  :
PEP подразумевает еще и экспортирование переменной среды PATH.
Засим, можете сделать:
PATHMYLIB='/path/to/my/libs:$PATH'
export PATHMYLIB