Какие технологии вы используете при разработке web?
Стандарт в php один — psr. 
Меня смутили две вещи:
1. Вы говорите про php и фреймворк, но в конце ваш фреймворк оказался на jquery? (Сысле?)
2. Фраза «обновил скрипт». У вас все в одном файле, что ли?
1. Переход на SASS/LESS не избавит вас от спагетти кода из стилей. В этом вам помогут всякие методологии ведения стилей.
2. Тут тоже надо с головой делать, а не кинуть всё в один файл. Попробуйте, почитайте, свяжите сборщик со своими SASS/LESS пусть компилируют в CSS, в общем: полезно для фронта. Но для вашего проекта - не жизненно необходимо, проблемы то (по вашим словам) в архитектуре, а сборщики это не решают
3, 4 - ...
5 - https://getjump.github.io/ru-php-the-right-way/  : читайте, читайте про PSR
6 - Так же как и других кодов. Тут недавно накидывали лит-ры про тестировании - погуглите в общем
Какие использую я: на данный момент нет пет-проектов, а описывать, что есть на работе не вижу смысла.
Мб другие подскажут. Можете просто погуглить вакансии, там, обычно, указывают стек технологий