Определить пользователь ли запустил скрипт?
Пропишите в крон скрипт с параметром и проверяйте наличие параметра.
https://docs.python.org/2/library/getpass.htmlimport getpass
current_user = getpass.getuser()
Но для целей безопасности использовать это нельзя, т.к. проверяются переменные окружения, которые легко подделать.