Как ограничить доступ пользователя его домашней директорией?
В зависимости от требуемого уровня изоляции используются rbash, chmod, chroot в порядке возрастания.
Надо создать нового ФТП-пользователя а в качестве папки (точки входа) указать не стандартную а его домен, например /site.ru
Если я правильно понял ваш вопрос. И тогда он не будет иметь доступа к другим сайтам.