Как повлияет копия сайта для другого региона на поисковую выдачу оригинала и копии?
Для регионов удобно использовать поддомены - 5 пункт.
Отдельный сайт - тоже вариант, проблем быть не должно, но всякое случается - такие проблемы обычно решаются по запросу в тех. поддержку поисковой системы.
Я бы все-таки порекомендовал первый вариант - делать на отдельном домене. 
Поддомен по умолчанию слабее домена верхнего уровня, а именно с такими доменами вы и будете конкурировать в регионе 2.