PHP на 64-битной Windows — какой взять, если ПО работает на 5.3.9?
Если софт заводится хотя бы на 5.6, то ставить новее.
Если не заводится то ставить старое.
Однако обновлять винду из-за дыры в безопасности и не обновлять php это какие-то двойные стандарты.
Ибо дыр там не меньше закрывается. И то 5.6 уже не на саппорте, а только при очень критичных ситуациях.
Следуй проверенному правилу: если работает — не трогай. Особенно если некому будет чинить.