Какой алгоритм шифрования оптимален для коротких блоков данных (меньше 32 бит)?
Раз пользователь вводит руками, поток данных совсем небольшой. Используйте одноразовые ключи (шифр Вернама). Четырехмегабайтной флешки хватит на миллион блоков. Это два года непрерывной работы, если вводить данные раз в минуту.
Сколько бит в ключе вас устроит? Вариант для <32 битов - RNG типа Mersenne twister и XOR данных с результатами его.