Как запретить серверу кешировать php?
1. Сервер не отдает php-файлы (если нормально настроен), а информацию, которую они генерируют.
2. Возможно, проблема в APC или другом кэшере (у меня было подобное с ZendOpcache).
отключите апц и зенд кеш.