Node JS + Socket.IO управление сокетами с помощью localStorage?
идентифицируйте клиента не по сокету а по идентификатору, пусть это будет айди первого сокета, запишите его себе и постоянно шлите при новом коннекте как айди пользователя, сокет лишь соединение.
В итоге при каждом новом конекте к вам будет приходить один и тот же айди от одного человека, с ним и работайте.
как управлять активными сокетами юзера и на сервере 
Может быть вот этот пример вам поможет https://github.com/kuzinmv/node-cluster-socket.io/... Если у вас нет  UserId для не авторизованных клиентов можете использовать Id сессии, например из вот  https://github.com/expressjs/session из этого или подобного middleware, если у вас Express.js. Или сами на сервере генерируйте какой-либо id и кладите в кукес.