Почему «load average» не соответствует загрузке процессора?
habrahabr.ru/post/216827
А если словами:
загрузка cpu и load average это немного разные вещи. LA показывает насколько быстро система может реагировать на внешние воздействия. LA также учитывает внутренние блокировки ОС (в частности работу с дисками и др устройствами, во время которых процессор фактически может простаивать)
У вас диск умер, скорее всего. 
Много раз уже обсуждалось, в том числе и на тостере в несколько топиков я лично отвечал. 
load average (высокий) больше не о реальной нагрузке на проц, а о процессах в D-state (это "залипшие" из-за диска или сети процессы). С учетом того, что случилось после ребута - тут явно диск, который очень тупит и bios при загрузке не успевает его инициализировать. 
Возможно, так же, проблемы с дисковым контроллером.