Как сделать Pixel Art в высоком качестве?
При масштабировании необходимо выбрать алгоритм "Ближайший сосед"(Nearest Neighbor) вот статья: клик
Если пользуетесь Paint.NET то при масштабировании просто необходимо выбрать "Качество"-"Пикселизация"
Если вы хотели спросить, как увеличить изображение 16х16 до 1000х1000 без сглаживания (antialiasing), то решение зависит от редактора, которым вы располагаете. Скажем, в IrfanView нужно просто указать опцию Resize вместо Resample. 
В обычном Microsoft Paint вообще ничего не нужно выключать - он не умеет делать сглаживание при увеличении, потому просто превращает один пиксель в столько, во сколько раз вы увеличиваете изображение. 
Но если вы спрашиваете не об этом, а о том, как увеличить изображение в стиле pixel art так, чтобы толщина линий на нем не увеличивалась, а увеличивалась только площадь заливок и длина линий (см. иллюстрацию ниже), то ответ - никак.