Слияние 2 ветвей Git?
Увы, но если git не смог сам разрешить конфликт, то однозначно сделать это автоматически нельзя.

Взять только нужные изменения можно, если просто скопировать дерево v2 поверх дерева master, а потом записать только нужные изменения при помощи git add --interactive. Все же ненужное затем убирается через git checkout ., который сбросит состояние рабочего каталога в индекс (все, что добавилось через git add, останется).
Правильно в вашем случае будет 

1) git rebase master 

из вспомогательной ветки. Вероятно, шаг включает разрешение возможных конфликтов.

2) git rebase -i HEAD^^^ 

из вспомогательной ветки. Собираем несколько коммитов вспомогательной ветки в один (опционально, но часто для аккуратного оформления коммитов требуется)

3) git merge secondary-branch --ff-only

из главной ветки. Мержим с fast-forward (то есть уже без решения конфликтов) новые коммиты из вспомогательной ветки 

То есть вы сначал внесете изменения из главной во вспомогательную ветку, а потом включите новые коммиты из вспомогательной в главную.

Иногда имеет смысл сделать git rebase -i вспомогательной ветки на саму себя, чтобы объединить ряд коммитов в один.

Если коротко. Хорошей практикой считается отсутствие коммитов слияния в главной ветке.