Почему заканчивается место на виртуалке Ubuntu?
Начните с исследования занимаемого места, по файлам, утилит тьма - консольный ncdu (ищите в пакадж менеджере Ncurses Disk Usage) например, графический тот же baobab (disk usage analyser) или QDirStat

Если у вас много примонтированных разделов (например с циклами с помощью bind или сетевые) можно в настройках ограничить анализ одним диском (ncdu -x / например)
Установить ncdu: sudo apt install ncdu (ncdu утилита показывающая чем занято дисковое пространство)

Запустить sudo ncdu /

Дальше действовать по ситуации...