Хорошо ли плагины работают с кастомными темами в WordPress?
Если темы делать "по учебнику" (согласно требованиям и рекомендациям из официальной документации и Theme Handbook), с адекватными плагинами, которые исповедуют такой же подход, проблем не будет - все будет совместимо. С говноплагинами проблемы будут, но они будут и на официальной теме, и на платной/премиум, и на любой другой. Ибо говноплагин.
а что мешает использовать профессиональные темы, с поддержкой и обновлениями?
ну а вообще, откуда нам знать, сможете ли вы "написать свою тему, а потом просто взять и вставить в сайдбар стороннюю голосовалку." Это у вас спросить нужно.