Где поискать поэтапное руководство по архитектуре и настройке сервера?
В идеальном мире этим должно заниматься как минимум 2-3 человека, каждый по своей специализации: админ серверный, админ/спец по базам которые вы используете и т.д.
В реальном мире это как правило делает 1 или 1.5 человека.
И нет, таких гайдов нет.
Потому что это все настраивается отдельно, не говоря про то что настроить конкретную базу на нормальную работу или сам сервер вещи вообще разные и требуют разных знаний.
Все гуглится и настраивается отдельно по мере необходимости.
А так же еще выбрать как правило всегда надо между несколькими решениями для одной задачи, т.к. вариантов настройки/софта вагон и маленькая тележка.
Начните с этого: https://debian-handbook.info/browse/stable/