Является ли установка php/node на хост антипаттерном веб-разработки в 2018?
Задайте себе вопрос "зачем я это делаю?".
Если у вас есть хороший ответ, типа "мне нужна изоляция для безомасности", или "легкость переноса мне важнее чем оверхед", или "чтобы изучить эту технологию", то все хорошо.
А если ответы типа "быть как все" или "следовать современным модным трендам" - это так себе ответы, и не стоит связываться.
> best practice
Смысл в том, что для разных проектов best practice разный. 
Если вы работаете в Facebook или чем-то, где у вас более 10 серверов, то да - задумываться о виртуализации необходимо.
В противном случае (ИМХО, конечно) best practice означает "не усложняй задачу на ровном месте". 
Вот неплохая статья на хабре по теме: https://habr.com/post/421895/