Можно ли организовать бэкап файлов на удаленный сервер, не архивируя их на рабочем сервере?
Легко.
Поскольку методов 1 млн. и еще 1001 тысяч, то смысла их всех рассказывать нет.
Вот если ты уточнишь свой вопрос - а чем пользуешься, то уже можно рассказать.
Можно, разрешаю.
Другой ответ не будет иметь смысла.