Будет ли существенная разница в работе приложения mobile app на Android?
хорошая шутка ))) 
да
Будет ли большая разница в скорости приложения? Зависит от того, что делает приложение и на сколько грамотно оно реализовано.
Вполне можно сделать на HTML5 так, что Вы не отличите его от натива. Если там "навороченная" 3D графика - разницу почувствуете сразу.