Cброс заводских настроек не помог удалить программу шпион?
Раз телефон рутован, значит предполагаемый зловред мог записать себя в прошивку. Сброс в таком случае никак на него не повлияет. Если не знаете как его там найти - вам таки прошиваться.
Ну например, сравнить образ файловой системы с эталоном, это если совсем по тупому...
Если нужно тупо обезвредить, то нужен не "сброс настроек", а "восстановление заводской прошивки"!
А если по уму то андроидные зловреды обычно отличаются редкой наглостью исполнения, и их идентификация не вызывает затруднений, однако перечисленные симптомы, больше напоминают паранойю ибо от прослушивания и записи разговоров их качество никак не страдает, и включать при этом фонарик вовсе не обязательно :-)