Стоит ли создавать интернет-магазин для портфолио на чистом PHP?
Конечно делай. Если есть время и тебе лет 13-15, то это отличный способ набить шишки и прокачать свой скилл. Обычно так и становятся программистами. С начало пишешь говно, потом читаешь про MVC, переписываешь, получается MVC говно, потом узнаешь про фреймворки и пишешь говно на фрейворке. Потом идешь в крутую контору и из тебя год выбивают все говно и после этого становишься специалистом.
Если  есть лишнее время тогда вперед на чистом пхп. Самый простой путь поставить на ВП или opencart