Реальна ли полная очистка битых блоков и исправление диска к первоначальному состоянию на линуксе?
если поверхность убита, то ничего не спасет.
как вариант прогнать проверку диска - выявить сбойные места диска и нарезать разделы таким образом, чтобы сбойные кластеры обойти. 
к примеру https://remontcompa.ru/hard-disk/907-kak-obrezat-n...

после установки и настройки системы сделай полную копию системного раздела на желательно чистый нормальный носитель.
восстановление раздела из образа занимает минуты-десятки минут.
Вы прогоняли диск Victoria или MHDD, чтобы промаркировать битые сектора как неиспользуемые?
Понятно, что если диск посыпался-то их количество будет увеличиваться, но все-таки.