Как сделать клон Windows partition с Linux машины?
скопируйте диск виндовс
загрузитесь с загруз флешки винды и восстановите загрузчик
clonezilla умеет все включая кажется восстановления windows mbr boot sector (утилита ms-sys или mbr, для копирования), можно вручную с помощью partclone, но разделы создать самостоятельно (указать те же типы что на исходном)

Если загрузка происходит через EFI то достаточно на новом диске создать разделы загрузчика и собственно с системой (еще есть третий не обязательный на 500мб для 'сброса до заводских настроек'), на сколько я знаю даже загрузочным диск помечать не надо будет

Если загрузка legacy boot mbr то нужно будет обязательно склонировать загрузочный сектор (утилита mbr), пометить загрузочный раздел как active

p.s. если на второй диск поставить grub после клонирования разделов windows, он обнаружит и добавит в меню пункт для ее загрузки