Как включить http2 только для одного домена?
Я так понимаю, что у вас единственный server{} который слушает 443 порт - это ваш mydomain.ru , соответственно все запросы по https попадают на него.
На каждом айпи:порту есть один веб-сервер, который default, то есть обрабатывает все запросы, не обработанные другими. В случае, если вы не указали его вручную, default будет назначен nginx'ом - первый в конфиге. Ну или единственный, если других в конфиге не описано.
Соответственно, если вы хотите чтобы другие обращения не попадали на этот сайт, опишите другой как default или создайте сайт-заглушку со своим конфигом server.