Свободное место на SSD, осталось менее 3%, влияет ли на что-то?
Влияет на скорость.
Если диск используется преимущественно как хранилище - никакой проблемы нет.
Хотя особого смысла использовать SSD как хранилище тоже нет.
Лучше держать 10% свободного места для корректной работы TRIM.