Как остановить выполнение php скрипта с помощью js?
У Вас, скорей всего, происходит классическая проблема с сессиями. Скрипт AJAX, хоть и асинхронный, занимает дескриптор работы с файлом сессии. И пока он его не закончит (окончание работы скрипта, либо через функцию) файл освобожден не будет и пользователь не сможет сделать любой другой запрос. Решений несколько:
1. Перевести работу с сессиями в бд/memcached/redis
2. Закрывать сессию после ее чтения и запись изменений делать в конце скрипта (если они есть).
 при этом уйти с этой страницы по клику на элемент навигации никак нельзя.
Почему нельзя уйти со страницы то?