Как создать программу ставящую пароль на папку?
Когда вы просто заходите в папку, чем вы это делаете?
Вы это делаете проводником, а не вашей программой на питоне.
Вы можете попробовать переписать проводник на питоне, добавив в него реализацию доступа по паролю.
Но кто-то поставит FAR или DOS Navigator и получит доступ.
Вы можете попробовать переписать проводник, FAR, DOS Navigator и все другие программы.
Или уже если надежно, то переписать операционную систему, добавив в нее все функции, которые вам нравятся.
Но думаю, что я достаточно ответил на вопрос, чтобы понять, почему питон не будет запрашивать пароль, если вы открываете файл не питоном, а другой программой.
Единственный способ закрывать через питон папку, это играть с правами доступа, причем Ваша программа должна работать от имени администратора. Интегрированного рабочего решения при этом не получится. Как, в прочем, и кроссплатформенного.