Как вы решаете проблему большого количества миграций?
Не вижу проблемы. У меня в одном из проектов ~1500 миграций в phinx (с августа 2014). Все отлично работает. 
Миграции покрывают весь проект начиная с создания первой таблицы.
Как все это себя ведет на сильно большом количестве миграций не тестировал, здравый смысл говорит что если через годик-другой начнет тупить - можно будет руками вальнуть все и создать 1 новую миграцию создающую пустую базу как она есть на текущий момент.
PS Отдельно не вижу смысла в какой то дополнительной организации структуры миграций, т.к уже созданные миграции очевидно никто не правит.
PPS Если Вам так нужна поддержка папок - откройте исходники и допишите :) Вряд ли это сильно сложно сделать будет.
Создал команду для artisan, которая рекурсивно ищет миграции в database/migrations и запускает их.