Почему парсер php через час работы останавливается?
Есть конечно переменные отвечающие за время выполнения, за максимальный объем памяти. Расставьте по скрипту сообщения в консоль и смотрите где завершается. А вообще логировать должен, если падает скрипт.
Проверь, не отваливается ли коннект к MySQL. Даже для меня было неожиданностью, что этот коннект не вечен и мускуль разрывает его через фиксированное время. Оно, кстати, настраивается в my.cnf. Но лучше периодически обрубать старый коннект и создавать новый.