Если есть, то покажи — в Wordpress, вредно ли?
А есть у вас Memcached / Redis на сервере? Вообще, когда вы получаете пост / посты, то по умолчанию WP запрашивает и кеширует их метаданные. Так что все вызовы get_post_meta() внутри Loop не дают никакой нагрузки на БД, эти запросы обращаются исключительно в кеш (runtime или persistent). Так что спокойно можно использовать такой код и не беспокоиться о нем. 
Что касается самого MySQL - подержите работающим хотя бы с недельку (оптимально - месяц), чтобы статистику накопить. Анализируйте - через MySQL Tuner, PHPMyAdmin, через SQLProfiler, mysqlslap, смотрите slow query log, ищите утечки памяти или залипающие запросы.
Спасибо всем за ответы.
Решил проблему сменив хостера + чуть улучшил железо.
Теперь: VDS - 8 GB RAM, 6 ядер CPU 
Проблемы пропали!
PS: Последней каплей стало недоступность сайта в течении 7ми часов по причине полного падения сервера (не только базы, как было ранее)