Почему при подключение файла возникает ошибка?
писать инклуды используя абсолютные пути, например так:$path = $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].DIRECTORY_SEPARATOR.'/путь/от/корня/сайта/ses.php';
require($path);
В файле с точкой входа определить константу, обозначающую корневую директорию проекта. А во всех подключаемых файлах использовать её. И заодно в подключаемых файлах проверять её наличие, если не определена - то юзер попытался вызвать файл мимо точки входа, в таком случае выходить из скрипта (или помимо выхода делать что-то ещё, например, записать в лог безопасности).