Как правильно передать скрипт заказчику?
Делайте свой скрипт по подписке. Скрипты держите у себя на хостинге. Если будет много клиентов, наймете админа для этих целей. 
API и алгоритмы меняются\добавляются, соответственно их надо модернизировать и поддерживать. Каждый раз Вас дергать будет накладно для клиента и для Вас. По этому сделайте подписку N-рублей в месяц и сами поддерживайте ботов своих клиентов первое время. Ко всему же Вам стабильный заработок.
Ну это логичное продолжение если вы не одноразово это делаете.
как и с любым веб проектом - В НАЧАЛЕ нужно объяснить заказчику что нужен некий сервер - хостинг, можно хостить у тебя - будет стоить 3 рубля, можно куприть отдельный хостинг под это - будет стоить 30 рублей. В принципе и в конце работы можно объяснить, но выглядит как будто ты дополнительно разводишь на деньги, ведь "в начальную стоимость это не входило". Тоже самое с доменом.