Как сделать личные сообщения?
Не удалять, а помечать удаленным
Вряд ли в вашей ситуации нужно две таблицы. Для простой системы обмена сообщениями, достаточно одной таблицы (подразумевается, что таблицу списка зарегистрированных пользователей мы имеем, но не учитываем в обсуждении).