Что лучше для веб сервера выделенный физический сервер или виртуализация на нем же?
Насчет  производительности вам соврали. Поэтому задумайтесь о их компетентности. 
Теоретически конечно можно выжать из виртуалки больше чем из физического железа, за счет тюнинга ядра и переменных, но практически вряд ли кто то будет этим заниматься. 

Плюсы собственно проявляются в удобстве обслуживания. Виртуалки по ролям получаются легкие и с минимумом пакетов. С еще одной стороны можно поставить докер и сильно сократить замусоривание в системе. 

В общем вы их спросите что они конкретно будут тюнить и почему. Нормальный специалист будет иметь что вам сказать. Причем объяснит четко и понятно.
Удобнее и безопаснее, если хорошо сделать, будет. Быстрее не будет - есть оверхед.