Индивидуальные предприниматели, как Вы работаете с oDesk (upwork)?
по себе (ип, усн 6%), работал через oDesk пока не перешёл на постоянного клиента.
1) вывод денег через PayPal (бизнес аккаунт).  всё официально. oDesk--$-->PayPal--руб-->счёт ИП в банке. 
соответсвенно никакого валютного контроля.
2) платите налог 6% с упавших денег. Вы чисты.
3) каких-то бумаг не надо, но у oDesk'а была кнопка типа получить pdf с подписью сколько они тебе денег переслали.
а ну да - для бухгалтерии использую моедело,   у них всегда можно задать вопрос бухгалтерам.
>1) Как мы знаем, ИП должен иметь первичную документацию - договора, счета-фактуры, акты выполненных работ. Является ли договор-оферта с oDesk первичным документом?
Могу сказать по Альфа-Банку - им нужен переведенный на русский язык Upwork User Agreement (один раз), и скриншоты из личного кабинета, которые подтверждают перевод денег от клиента вам (каждый раз при выводе денег).
>2) Как правильно составить акт выполненных работ, работая на биржу oDesk? Объясните пожалуйста пошагово, на этом моменте у меня полнейший ступор.
См. п. 1, не нужно никакого акта.
> 3) Всю отчётность, как правило, с одеском ведут только электронно - сканами. Но насколько мне известно, сканы не воспринимаются всерьёз налоговой. Проясните пожалуйста данный момент.
Налоговой ваши документы, насколько я знаю, не интересны до тех пор, пока они не начнут проводить налоговую проверку. В этой ситуации я пока что не оказывался, ничего сказать не могу :)