Как определить вхождение координат в интересующий полигон OpenStreetMap OSM?
Используйте БД, которая умеет работать с пространственными данными (PostgreSQL, SpatiaLite) и используйте соответствующие пространственные расширения SQL. Хранить данные в GeoJSON - не надо.
Простой ответ - держать свои полигоны в базе данных с пространственным расширением. Она вам и подскажет кто куда попадет, а то и вовсе маршрут проложить сможет.
Ну либо сами пишите велосипед с пространственными индексами и проверкой вхождения точки в полигон.