Что быстрее для загрузки bootstrap или чистый css?
Может быть и то, и другое в зависимости от того, сколько CSS и JS потребовалось, чтобы сверстать в варианте без Bootstrap. 
А вообще, разница будет крайне не большой. А для конечного пользователя, разница будет только при первой загрузке страницы - дальше стили и скрипты будут браться из локального кеша.
Куда выгоднее с точки зрения и SEO и пользователей, будет думать не об этом, а о оптимизации изображений, например.
Да никакой. Тут дело в размере. Вы можете сделать свою сборку bootstrap из scss исходников, исключив все что не собираетесь использовать. На скорость загрузки влияние минимальное.