Обновление nginx без его остановки?
nginx.org/ru/docs/control.html
или обновление - имеется ввиду обновление версии приложения (хотя там и это есть....)?
service nginx restart  - это смертельно опасная ситуация? ну пару секунд будете недоступны...
yum update 
apt-get update
apt-get upgrade
service nginx restart
да и то, последнее не надо - он будет перезапущен в процессе обновления