Как импортировать пользователей из CSV в Битрикс КП?
В Вашем случае никак. Список пользователей -> Импорт пользователей для CSV файла не обновляет пользователей, а только создает и эта связь осуществляется по логину.
Я бы заносил информацию в AD или ставил задачу на портале по заполнению полей. 
Можно конечно в 1С все это подтянуть и сделать связь: 1С -> Bitrix <- AD и тогда вообще шоколадно будет
Думаю ID. Если будет ID пользователя в CSV, то должно быть обновление, а не создание. 
Вообще, я бы выгрузил всех пользователей. Отдельно собрал таблицу с недостающей информацией и потом залил общим файлом обратно, но это если не HL. 
Еще вариант, написать свой обработчик, помнится мне есть str_getcsv() и CUser::Update() <- сюда фильтр по email (если уникальные) и готово.