Как разместить телеграм-бота на Hiroku?
Не совсем по теме
Вместо
3. В Procfile - web: Bot.py
Надо
worker: Bot.py
Т.к.  бот на web отваливается по таймауту через некоторое время
По умолчанию Linux / bash не выполняет команды из текущей директории. Можно попробовать указать команду как ./Bot.py либо python Bot.py либо вообще указать полный путь.
Подробнее можно прочитать например тут: https://linuxconfig.org/linux-path-environment-variable