Как отправить обычный массив на сервер AJAX JQUERY?
data в данном случае - объект. Поэтому чтобы передать массив - вам нужно сначала преобразовать его в объект. function toObject(arr) {
  var res = {};
  for (var i = 0; i < arr.length; ++i)
    if (arr[i] !== undefined) res[i] = arr[i];
  return res;
}
...
$array.push(e.target.id);
...
$obj = toObject($array);
...
jQuery.ajax({
                    url:     'upload.php', 
                    type:     "POST",
                    data:  $obj,
...
или же средствами jQuery:$obj = $.extend({}, $array);
видимо перебрать массив и пересобрать его в ассоциативный массив (объет) сделать из него JSON и отправить, а на сервере из json преоброзовать в массив.