Нужен опыт разработки front-end проекта в «боевых» условиях. Поможете?
Вы все не верно себе представляете. Посмотрите структуру любого php фреймворка что бы иметь представление о структуре папок в "боевом" проэкте
никто не создаёт отдельно HTML страницы. Используют .htaccess и он переписывает ссылки
Если сайт большой - "каркас" сайта и главные элементы вынести в главный style.css, остальные файлы стилей подгружать по мере надобности вместе со страницей на которой они используются. 
Если сайт маленький - можно в один .css файл сложить всё. 
Одиночные стили и скрипты можно класть по папкам /css /js
Если фреймворки вроде bootstrap, foundation или просто jquery плагины сделать для них папку /plugins
Чтобы не раскидывать файлы плагина по папкам
Если в категории 1-2 файла и больше не предвидится то можно в корень класть и не волноваться.