Почему PHP-скрипт тормозит при первом запуске, но «летает» при последующих?
Во-первых, у вас установлен APC.
Во-вторых, wordpress всё-таки кэширует данные "из коробки"
Тут два варианта. Либо вы нагрузили чрезмерно сайт какими-то плагинами, которые генерируют огромную кучу запросов в БД, либо тормозной хостинг. Кэширование отчасти спасает ситуацию, но это как лекарство от симптомов, а не болезни.