Как же работает «крестик» в Mac OS?
В идеале — крестик закрывает окно, оставляет процесс. CMD+H прячет окно, но оставляет и его и процесс. Черточка сворачивает окно в док. Плюсик (OS X <10.10) разворачивает окно на текущем рабочем столе, OS X 10.10+ — разворачивает окно в новом спейсе, option+плюсик разворачивает на логический максимум (например safari на размер письменного листа на экране, мессенджеры на максимальную высоту с оптимальной шириной поля для сообщений и т. д.), но не все разработчики соблюдают гайдлайны и правильно задают эти параметры. Для выхода используется CMD+Q или соответствующая команда в AppMenu. Ещё не забывайте о магии клавиши Option — она превращает выход в принудительную выгрузку.
То, что вам нужно — это CMD+H или AppMenu — Hide Window/Hide, т.к. иногда хотки чем-то занят (как например в фотошопе) и для него либо нет альтернативы, либо задано другое сочетание. Скриншот прикладываю.
Правая кнопка в Доке и Quit - выгружает.