Какие вы создаете шаблоны php проектов?
стандартные папки, папка источника и билда. в Файлах были подключены стили, и начальная разметка.
это есть фреймворк и его суть.
В несколько команд поднять всё вышеперечисленное и начать делать реальную работу, а не писать вальвации форм и подключение к базе в 15 раз.
Единственный способ учесть изменения - это дождаться изменений и посмотреть. 
Как пишутся шаблоны? Для начала берется какой-то готовый и на его основе начинаются делаться проекты. Именно проекты а не просто "подготовка к проектам". Это по сути является преждевременной оптимизации. Особенно если опыта у вас не так много.
Далее уже с каждым проектом вы будете привносить что-то новое. Можно делать ретроспективы и делать улучшения для других проектов... как-то так. Все остальное - либо у вас уже есть опыт (или у членов команды), либо это будет пустой тратой времени. И это время лучше потратить на изучение вопросов "почему у других так".