Какой интерфейс можно использовать удаленно для управления субд mysql?
https://www.mysql.com/products/workbench/
Например
Опасность состоит в том что открыт порт 3306 в интернет. Нужно использовать SSH тунеллирование и не открывать 3306 наружу.
Насчет дыр в PMA тоже верно замечено - их активно эксплуатируют, если доступна по 80 порту.