Как получить чистый Yii?
ну по сути генерируется как раз самый минимум. как правило у вас будет в БД таблица, к ней контроллер, модель и вьюшки. Плюс дефолтный SiteConroller и вьюшки с лэйатуами.
Начните делать проект - сами увидите, что нужно, а что нет.
что мешает удалить лишние контроллеры/шаблоны/стили/модели...?
Можно конечно просто с нуля все делать, но это много лишней работы.