Как правильно проводить «раскопки» сложной структуры БД на крупном проекте?
построение диаграммы со связями с рабочей базы - самый действенный вариант.
если таблиц много, сгруппировать их по возможности отдельными блоками.
затем все это дело распечатать и развесить на стенде/стене.
Составляем список чего не понимаем
Задаем вопрос что база должна выполнять и как проект вообще должен работать.
Начинаем с пользователей дальше  с сущностями както связываем, не понимаем смотрим код.
Подымаем контакты прошлых разработчиков, спрашиваем.