Использование программы на флешке?
Можно сделать портабл версию после выполнения всех настроек - достаточно сложно для простого пользователя. 
Ставится чистая система на виртуалку, ставится инструмент создания портабл программ, сканируется состояние системы, ставится программа - делаются необходимые настройки, система сканируется еще раз - выгружаются все изменения сделанные в ней в протабл версию программы
нужно ставить /использовать portable версии ,если они есть конечно,
иначе никак