Как правильно внедрить контроллер домена в существующую одноранговую сеть?
как быть с программами и файлами установленными на компьютерах пользователей, они ведь не будут доступны и их придется переустанавливать/перенастраивать
Перенесите профиль в домен, программ много, вот пример: https://exonix.ru/%D0%A1%D1%82%D0%B0%D1%82%D1%8C%D...

Проблем не будет.
"Внедрять" относительно просто - поднимаешь, настраиваешь DNS и форвардинг, создаешь всех пользователей, начинаешь включать компы в домен. Чтобы комп в домен вошел, надо его DNS-клиент настроить на контроллер домена, иначе он домена не увидит. 
После ввода ПК в домен локальное ПО будет доступно, профили пользователей придется мигрировать, включая потенциальные возможности roaming profile для доменных пользователей.