Как ускорить php скрипт?
$handle = fopen($dir . $minus, 'r');
while (($res = fgets($handle)) != FALSE) {
    if ($res != 0) {
        $array_minus[trim($res)] = true; // <- this
    } else {
        break;
    }
}
fclose($handle);
// сравнение
foreach ($array_source as $value) {
    if (!isset($array_minus[$value])) { // <- this
        $array_result[] = $value;
    }
}

file_put_contents("result.txt", implode(PHP_EOL, $array_result));
Две важные строки помечены комментариями.
На двух файлах по 150к строк у меня отработало за 0.333s
PS array_diff, предложенный Денис Акимкин, значительно лучше по читабельности при сравнимой производительности, так что лучше использовать его.
Никак. Это php вам нужен либо что-то типа HHVM либо php7 либо другой язык программирования