В чем преимущества создания сайта над нативными приложениями?
В отличие от нативного приложения сайтом можно пользоваться практически с любюго устройства, способного ходить в интернет.
Насколько это оправдано в вашем случае решайте сами.
Главное правильно сформулировать вопрос :) Система через сайт это как сейчас модно говорить SAAS.
Соответственно:
club.cnews.ru/blogs/entry/saas_plyusy_i_minusy_obl...
habrahabr.ru/company/ucoz/blog/113980