Как объединить несколько подсетей в одну сеть?
1. не правильно:
Отрубить DHCP на всех wAP, запихнуть все порты на wAP в бридж, подключить к свитчу и адреса раздавать самим роутером.
2. Правильнее:
Раздавать адреса через DHCP на  wAP - на каждом свою /24 подсеть, прописать на них всех роуты к друг другу (ну или ospf).
3. Правильно:
Выкинуть к чёрту провайдерский роутер и поставить микротик тот-же, настроить vlan и DHCP. Раскидать wAP по вланам.
Да уж огород.
hap ac мы та и оставляет в качестве роутера.
wap можно вообще сбросить все настройки и не делать по умолчанию.
В итоге потом самому руками прописать получение ip по eth и создать bridge-local для 
eth+wlan1+wlan2 если он там есть.
Тогда wap и все клиенты wifi будут получать ip по dhcp с роутера hap ac.
Потом на hap ac можно настроить capsman , что бы был бесшовный роуминг wifi. Почему бы и нет ?
Про capsman я писал тут - Как настроить CAPsMAN на устройстве Mikrotik RB2011UiAS-RM и двух Mikrotik RB cAP2n?
Только в вашем варианте, надо добавить еще и сам hap ac в capsman.
Теперь по поводу synology.
Самое простое наверно будет прописать маршруты двух сетей на роуторе провайдера и на роуторе hap ac.
Хотя конечно было бы лучшим вариантом прокинуть кабель от synology до hap ac.Гигабитный POE свитч Mikrotik RB260GSP, в который, в свою очередь, подключены:
Вот тут я немного не понял. У вас все воткнуто в 260 ? те и роутер от провайдера ? 
или только роутер от провайдера и уже потом в hap ac, а hap ac на ТД ?
Тогда я бы поменял местами hap ac и 260.
На текущий момент у вас в сети получается аж три nat :) Красота !
P.S. Если что , могу помочь удаленно все сделать. Делать на 15 минут не особо спешно :)