Из за чего не подключаются стандартные скрипты и стили в админке Битрикс?
В конфиге apache надо было убрать:<LocationMatch "/\.(?!well-known)">
    Require             all denied
</LocationMatch>
Там скорее всего статику отдает nginx так что htaccess не при чем.
Возможно в настройках nginx есть правило запрещающие доступ к этим файлам.
Или сами файлы недоступны для чтения сервером, просто по причине прав на сами файлы/папки (не знаю как это в виндовс работает)