Как организовать работу команды без полного доступа ко всем кодам проекта на PHP?
Шторму нужен весь код, иначе подсказки работать не будут. У вас плохая идея. На крайняк - используйте микросервисы.
Идея дичь и жесть. Но если хочется - реализуется такое в SVN прям из коробки.
Подсветки в phpstorm конечно не будет.