Как разработать обновления сайта php?
git + githook. И никаких архивов.
Continuous Integration, Continuous Delivery.
Сами сайты не должны заниматься своим обновлением - это излишняя для них функциональность. Если они не будут в состоянии (не иметь прав) модифицировать свои файлы - ещё лучше.
Всё это, к слову, вполне можно реализовать с помощью онлайн-сервисов (в том числе - бесплатных).