Как правильно сохранить логотип?
SVG наше все.
Возможно дело в логотипе - убедись, что он pixel-perfect, всё попадает в пиксельную сетку. Если не попадает в силу своих особенностей (какой-нибудь витиеватый, органический) - ну ниче не поделаешь тогда, только с форматами экспериментировать.
Еще лайфхак - сохрани избыточно большую картинку, а в конструкторе сделай ее нужного размера. Такой прием незначительно улучшает вид картинки.