Почему компьютер тормозит при почти свободном CPU и RAM?
Сбойные сектора на винте (см. dmesg, smartctl). Температура процессора/видеокарты (sensors). Кривые драйвера/кривое железо (см. vmstat, cat /proc/interrupts).
Я бы начал с диагностики hdd, например iostat. 
Узким местом в работе компьютера до сих пор является жесткий диск.