Закачка больших файлов на сервер с возможностью докачать и отображением процесса загрузки?
Не используйте для дозагрузки решения, базирующиеся на Flash.
Чтение файлов во флэше реализовано криво, файл целиком загружается в память.
Для этих целей подходят Silverlight и Html5 решения (насчет Java не знаю, так что врать не буду).
Зачатки дозагрузки есть в Plupload (chunking-режим, но надо допиливать).
Ну и не могу не предложить моё решение Lightweight Uploader, которое заточено на работу с nginx + nginx_upload_module, но может работать с любым бэкендом, реализующим этот протокол.
Есть решение на флеше — uploadify

Но на некоторых линуксах это не работало. Может в последней версии исправили.