Почему не подключаются файлы?
Прочтите про абсолютные и относительные пути(и постарайтесь понять разницу). 
Будет проще если вы будете понимать разницу между "../css/", "/css/" и "css/", это вам сильно поможет.
Надо понимать что данный скрипт будет получать браузер, для него доступны файлы только из директории открытой через веб сервер, путь для браузера начинается с домена, / вначале относительного пути означает что файл доступен по пути домен.тлд/ и дальше уже папка на сервере где лежит файл. проверьте подключается ли файл в хтмл, в хроме есть инспектор, возможно в .htaccess нужно добавить исключения на файлы css, котрые перенаправляются правилом.
<link href="../ убери ".."