Почему единая точка входа обновляет страницу дважды?
потому что кривой реврайт/приложение, обрабатывающее все, что не существует. 
включая favicon, который автоматически запрашивается браузером.
Я уже сто раз говорил DevMan и прочим kafkiansky, чтобы они не упоминали favicon
увидев знакомое слово favicon, нубы перестают воспринимать что-либо ещё, радостно создают этот файл и считают что проблема решена 

ключевое слово здесь не favicon, а кривое приложение, которое кидается исполняться на любой запрос, даже к несуществующему адресу
запросов на несуществующие адреса приходят тысячи, и один файл здесь ничего не решает.

единая точка входа - это не 5 строчек тупой копипасты в хтаксесс, а в первую очередь роутер, который читает запрос и решает, как он будет исполняться.
и только после этого выполнняет, или не выполняет какой-то код