В чем может быть проблема долгого ответа PHP5?
Какие стоят расширения для php?
Какой и как установлен PHP? Он скомпилирован с zts или без? В опциях компиляции включена опция --enable-debug?
Покажи dpkg -l | grep -i php
Включайте php slow-logs смотрите что там