Не могу понять, по написанной мною описании CSS не пропадает не большой отступ, а должен пропадать, а в исходниках если копирую то оно пропадает?
Должен пропадать не отступ, а checkbox, из-за которого этот отступ появляется. Если под кнопкой "Главная" этот чекбокс не лишний, то выкладывайте разметку.
В твоем варианте type="cheсkbox" вторая буква "c" написана кирилицей