Стоит ли изучать Java после прекращения разработки EE?
Для начала: Java != Java EE. Прекращение разработки Java EE со стороны Oracle никак не повлияет на жизнь самого языка программирования. Есть вообще сомнения, что Oracle решится на этот шаг, т.к. у них самих большое количество проектов именно на Java EE разработано.
Плюс стоит помнить, что Java EE - это набор спецификаций, а не конкретная реализация. Java EE состоит из кучи JSR, которые обсуждаются и принимаются JCP (Java Community Process), то есть сообществом, в котором кроме самих Oracle есть Red Hat, IBM, Spring, Apache и многие другие. Oracle может просто передать управление Java EE сообществу. И да, новые JSR выходят вне зависимости от Java EE.
И стоит помнить, что на Java EE интерпрайз не кончается, ведь есть ещё Spring, который развивается гораздо быстрее и занимает существенную нишу на рынке.
Так что, учитывая сказанное выше, учить однозначно стоит, если есть желание.
Язык можно выбрать исключительно в зависимости от своих задач, Java - это не только Enterprise, но и Android, если собираетесь писать приложения для Android, то изучайте.