Где размещать вспомогательные классы в mvc архитектуре?
Есть несколько вариантов решения это проблемы. 
1) Некоторые могут пропагандировать сервисный слой (design-pattern.ru/patterns/service-layer.html), как следствие: "App/Services/ServiceName" - набор классов, отвечающих за какое-то абстрактное действие. Например: "UserAvatarUploaderService", который отвечает за загрузку аватарки пользователя.
2) В качестве альтернативы и способ, который предпочитаю я - это создание директории "src" с набором независимых компонентов, включая собственный composer.json. Тот же сервис загрузки аватарки будет выглядеть следующим образом:- src/
    - AvatarUploader/
        - README.md
        - composer.json
        - tests/ ...
        - src/
            - AvatarInterface.php
            - FileSystemInterface.php
            - FileSystemUploader.php
            - UploaderInterface.php
Для подключения этой библиотеки достаточно будет прописать в корневом:{
    "repositories": [
        {
            "type": "path",
            "url": "./src/AvatarUploader"
        }
    ],
    "require": {
        "app/avatar-uploader": "*"
    }
}
А выглядеть внутренний (т.е. внутри "src/AvatarUploader") composer будет так:{
    "name": "app/avatar-uploader",
    "autoload": {
        "psr-4": {
            "AvatarUploader\\": "src/"
        }
    }
}
Таким образом мы запилим совершенно независимый компонент со своими тестами и зависимостями, а внутри основного приложения будем лишь к нему обращаться.
Если работа с БД ведётся то класс в моделях лучше создавать, а назвать его как угодно можно, например Helper