Squid на два домена?
Наверное AD вряд ли причем, если все остальные сервисы работают. Подозреваю SQUID настроен только на один контроллер, обычно это в секции "external_acl_type" через ключ "-S" прописан контроллер домена.
Если там всё норм, то второй вариант - возможно для второго DC не прописан PTR в обратной зоне.
А так то в выходные - включить вербоз логгинг, потушить первый DC и дебажить...
не часто в наше время встретишь AD на NT или В2К. 
я бы рекомендовал задуматься об обновлении оборудования и ПО - уже пора.
ну и передавайте респект автору и горячие приветы тем, кто его уволил и взялся работать вместо него.  последнего начинать учить. например тому, что не надо отключать DC во время работы.
кстати, а зачем Вам Сквид?