Какая разница как подключать модули?
Второй вариант предпочтительнее.
При использовании минификаторов в первом варианте код сломается, во втором нет.
https://github.com/johnpapa/angular-styleguide Вот тут много чего полезного и интересного. Перед как что-то писать, советую посмотреть best practices. Потом не придется рефакторить кучу кода :)