Как вы экрануете спец символы json в php?
Если вы нормально сохраните ничего не будет. Почему оно при первом json encode должно вдруг внутри оставить рабочий json?
Если вы напрямую в базу куда-нибудь пишете и вообще ничего не делаете, то json это не самая большая проблема.
Нет никаких проблем в экранировании спецсимволов при обёртке JSON-строки в JSON. Один и более раз:var s = {comment:"test"};

var s1 = JSON.stringify(s);  // {"comment":"test"}
var s2 = JSON.stringify(s1); // "{\"comment\":\"test\"}"
var s3 = JSON.stringify(s2); // "\"{\\\"comment\\\":\\\"test\\\"}\""
var s4 = JSON.stringify(s3); // "\"\\\"{\\\\\\\"comment\\\\\\\":\\\\\\\"test\\\\\\\"}\\\"\""