Как поступить с заказчиком?
Вы ведь сами понимаете, что это ваш косяк, а не заказчика? А чего ему за него платить? 

Мне прям вспомнилась ситуация, когда я пришёл к стоматологу вылечить кариес (пусть будет 2 000 рублей), мне рассверлили весь зуб и заявляют "батюшки, да тут же пульпит!" (12 000 рублей). 
Помогите Маше найти фразу для стоматолога, которая позволила бы сохранить хорошие отношения. 

И вот вы сейчас, по прошествии 2 месяцев, оставите заказчика один на один с незавершённым проектом, в котором никто не разберётся (то есть по сути ни с чем) - то вы поступаете как чудак. Я же вижу по тексту, что понимаете. 
А сюда вы за индульгенцией пришли? :)

Хотите "сохранить отношения" - доделывайте как есть, в будущем будете мудрее. 

Если совсем невмоготу - возвращаете оплату целиком и сильно извиняетесь (можно даже сверху накинуть). 
В таком случае о хороших отношениях говорить не приходится, но послевкусие хотя бы как от порядочного человека.

Два совета на будущее: 
1) Перезакладывать стоимость и время разработки; 
2) Если понимаешь, что всё идёт не по плану/пропал интерес / слишком сложно / некомфортно / whatever - сказать об этом сразу и отказаться от проекта, так всегда получается честнее

Опыт всегда стоит дорого, а 53 000 рублей - ну не самая большая цена его получения :)
сам он человек неплохой, но я считаю что мне недоплатили.
Есть такая профессия - быть хорошим человеком.
А если серьёзно, то: нет денег - нет и работы. Ты ведь тоже хороший человек и твоё время стоит денег, не так ли?

Я даже детей своих приучаю к тому, что за любую работу надо платить. Это нормально и это правильно.
Если тебе не платят, то ты не обязан ничего выполнять. Всё очень просто.