Книга, которая объяснит как работает ПК начиная с атомного уровня?
Э. Таненбаум Т. Остин Архитектура компьютера
Э. Таненбаум Х. Бос Современные операционные системы
Желание похвальное, но в целом - бесмысленное. Компьютер - слишком сложное устройство, чтобы 1 человек полностью понимал в деталях весь процесс. Достаточно базы и основ. Лучше глубже знать ваши конкретные предметные области (например, для веба - теорию сетей, а для игр - компьютерную графику и всю ее внутреннюю геометрию). 
Точное понимание процессов в железе вам нужно только тогда, когда вы будете писать на очень низком уровне - драйвера, ОС, ассемблер. Все остальное специально для облегчения и ускорения завернуто в языки высокого и библиотеки.