Как защитить пользовательские файлы?
Определитесь, от кого вы хотите защититься.
Если от не санкционированного доступа - читайте на тему Nginx-Accel и отдавайте файлы только пользователям с доступом.
Если от доступа к файлам напрямую - храните в БД с AES шифрованием.
Если прям анальное ограждение нужно и денег много - читайте про сервера ключей доступа + промышленную пиротехнику.
Как защитить пользовательские файлы от кого?