Вопрос о структуре БД mongodb
Хранить в разных коллекциях. Особенно, если форум подразумевает такие страницы как «все сообщения пользователя» или «все темы пользователя». Да, структура похожа на реляционную БД, но в этом нет ничего плохого. Основные преимущества данной СУБД (возможность создавать произвольные дополнительные свойства, особено свойства-массивы, и строить по ним индексы, включая частичные) при этом не теряются.
Сразу предупреждаю, что не специалист. 

Надо отталкиваться от того, что же первично на форуме и какие есть основные сущности. Я думаю что главное это пользователь и его сообщение. Поэтому две коллекции точно — пользователи и сообщения.