SQL Запрос посредством Sweet Alert?
Основное решение одно.  Написать скрипт, который на стороне сервера будет выполнять обработку запроса к mysql. В него через ajax со стороны js передавать что нужно.
swal({
 title: "Успешно",
 type:"success",
 showCancelButton: false,
 closeOnConfirm: false,
 text: "Нажмите ОК для выполнения SQL запроса"
}, function(isConfirm){
 if (isConfirm) {
   $.ajax({
   type: "POST",
   url: "getQuery.php",
   success: function (result) {
       console.log(result);
   }
 });
 }
 });
там единственное в зависимости от версии sweetalert если последня версия то надо будет в js прописать вместо}, function(isConfirm){
 if (isConfirm) {
помоему так }.then(isConfirm){
 if (isConfirm) {