Как писать код? Монолитный .py файл. Или лучше раздельно, импортируя свои же .py, .json, .txt файлы, как в гитхабе?
Вариант 1: Ровно так, как считаете нужным и как будет удобно читать в дальнейшем лично вам
Вариант 2: Ровно так, как обговорено внутри коллектива, в котором вы работаете
Писать код на мой взгляд лучше исходя из ситуации, если код не более 200-500 то монолитный вполне норм. Если планируется писать крупное приложение то безусловно надо раскидывать логику на микросервисы и каждый скрипт микросервиса в отдельном файле держать, так поддерживать удобней будет.