Существуют универсальные программаторы? Или у каждой компании/модели свой?
Не существует. У каждого свой. Атмели по-своему с ума сходят, PIC'и - по-своему, STM тоже извращаются (за st-link их вообще убить надо!). 
В общем, все производители МК стараются изо всех сил, чтобы человек не мог их микроконтроллеры запрограммировать, не заплатив этой конторе дополнительно денег сверх стоимости МК.
Кстати, у STM по этой причине такие низкие цены: без st-link обычный .. не запрограммирует их STM32, а необычный и STM8 не сможет (т.к. там нет бутлодыря). Говнюки, что сказать...
У каждого семейства - свой способ программирования, и иногда - не единственный. Например, программу в AVR можно поменять минимум тремя способами - по SPI, параллельным программатором и при помощи самопрограммирования.
Но это не отменяет существования универсальных программаторов (вроде PonyProg).