Можно ли настроенную Windows c кучей программ, перенести в виртуалку и использовать полноценно под Linux?
мой тебе совет, нельзя переехать на линукс сохранив старый багаж по
В первую очередь тебе нужно пересесть на линукс ПО это самая большая проблема, как ты с этим свыкнишся тебе не нужен будет виндовс.
Да ты не сможешь обойтись ез фотошопа, и к сожалению частично отказаться от офиса, и то и другое  работает на 95% портабайл версии в вайне ( проще чем ставить по манам тащят все библиотеки с собой) 
Но  для работы тебе программы утилиты и тп  в трее не нужны.
Просто переходи на линукс, тем более для кодинга там все есть.
НЕ знаю какой язык но если php то у меня все прогеры сидят на линукс, я их пересадил одним волевым решением, вообще никто  не рыпнулся,   и обратно никто не заходетл.
Одна машина с ишаком.
phpstorm  - есть
sublime - есть
Ftp client - не нужен вооще, просто монтируй  и работай как с локальной системой
ssh клиент - гыгы
GIT есть
Можно.
Работать будет без проблем.
Но только легкий софт - с такими софтом как фотошоп например уже не получится полноценно работать.
Все что касается графики - с этим уже не поработаешь.