Каким способом можно узнать в какой папке проекта появился новый файл после действий в админке если папок сотни или даже тысячи?

Погуглить про CMS
Почитать как она работает
Поискать по имени файла
Использовать VCS

как вариант:
никаких файлов не создаётся, всё пишется в БД