Кто сталкивался с процессом регистрации лицензионного договора в роспатенте?
Действительно, согласно ч. 2 п. 2 ст. 1235 ГК РФ, «лицензионный договор подлежит государственной регистрации в случаях, предусмотренных пунктом 2 статьи 1232 настоящего Кодекса». 
П. 2 ст. 1232 гласит, что «когда результат интеллектуальной деятельности или средство индивидуализации подлежит в соответствии с настоящим Кодексом государственной регистрации, отчуждение исключительного права на такой результат или на такое средство по договору, залог этого права и предоставление права использования такого результата или такого средства по договору, а равно и переход исключительного права на такой результат или на такое средство без договора, также подлежат государственной регистрации».
На практике это означает, что если ПО (или иной результат интеллектуальной деятельности), передаваемое по лицензионному договору, основной лицензионный договор, по которому переходят права по сублицензионному договору, зарегистрированы, то регистрация лицензионного/сублицензионного договора также обязательна.
Подробнейший регламент, в том числе наглядные схемы процесса регистрации лицензионного договора, а также образцы заявлений можете найти на сайте ФИПС: www1.fips.ru/wps/wcm/connect/content_ru/ru/documents/russian_laws/order_minobr/administrative_regulations/test_9/
Пленум Верховного Суда Российской Федерации №5
Пленум Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации № 29
Постановление от 26 марта 2009 года
О некоторых вопросах, возникших в связи с введением в действие части четвертой Гражданского Кодекса Российской Федерации

П. 38.1. Согласно пункту 2 статьи 1235 ГК РФ лицензионный договор подлежит государственной регистрации в случаях, определенных пунктом 2 статьи 1232 Кодекса. К таким случаям относится в том числе предоставление права использования подлежащего государственной регистрации результата интеллектуальной деятельности или средства индивидуализации. При этом в силу пункта 7 статьи 1232 ГК РФ это правило применяется и к зарегистрированному по желанию результату интеллектуальной деятельности (в частности, к программам для ЭВМ и базам данных), если Кодексом не установлено иное.
В отношении программ для ЭВМ и баз данных иное установлено пунктом 5 статьи 1262 ГК РФ, в соответствии с которым государственной регистрации подлежат только:

1) договоры об отчуждении исключительного права на зарегистрированную программу для ЭВМ или базу данных;
2) переход исключительного права на такую программу или базу данных к другим лицам без договора.

Другие договоры, в том числе лицензионные договоры о предоставлении права использования программы для ЭВМ или базы данных, государственной регистрации не подлежат.