This прототипа. Как его получить?
Никак. Вложенные объекты просто останутся вложенными объектами, по сути вы объявили контейнер для статических переменных.function MyObject() {
}

MyObject.prototype = {
    sub: {},
}

var a = new MyObject(),
      b = new MyObject();

a.sub.test = 'foo';
b.sub.test === 'foo';
Собственно именно по этому инициализацию данных следует выполнять в конструкторе.
Строго говоря, ещё можно напрямую передать контекст уже в функцию, заставив её обрабатывать именно this конкретно нужного вам объекта:// объект прототип;
var A = {
    x: 10,
    f: function() {
         console.log(this.x);
    }
}
// наследник;
var sub0 = Object.create(A); // A - прототип для sub0;
// переопределяем;
sub0.x=20;
// магия JS =)
sub0.f()  // 20

sub0.f.apply(A) // вызов в контексте прототипа, возвращает 10;