Как сделать SSL сертификат для сервера, который пока-что не использует домен?
скопируйте сертификат (файлы которые в соответствующих директивах конфига nginx прописаны) с рабочего сервера перед переносом и пропишите в директивы nginx на новом сервере

уже после переноса и смены А-записей поставьте нормально certbot с автообновлением сертификата

не городите велосипед и грабли

Это будет самый быстрый способ для разового переноса одного сервера.

UPD: чтобы не было конфликтов, размещайте файлы с рабочего сервера с ключем и сертификатом на новый не в /etc/letsencrypt, а, например, в /etc/nginx/ssl, а то потом certbot офигеет, че ему подсунули
Я бы использовал Cloudflare. Подключите ваш домен к нему, при необходимости IP-адрес сервера меняется в один клик, мгновенно - без необходимости ждать сутки. SSL сертификат они ставят свой и следят за актуальностью, вам ничего делать не нужно, certbot не понадобится. У них есть бесплатный базовый тариф, используйте его.