Как удалить множество файлов?
Это не сложно. Установите такую замечательную программу как 7zip
Откройте командную строку в папке где у вас находится архив и выполните команду "c:\program files\7-zip\7z.exe" d 1.zip tod.pdf worr.doc -r
где

c:\program files\7-zip\7z.exe - путь к 7zip
d - удаление файла(-ов)
1.zip - название архива откуда удаляются файлы
tod.pdf и worr.doc - файлы которые нужно удалить
ключ -r  - рекурсивное сканирование всех папок в архиве

распаковать архив.
удалить файлы бат скриптом по маске
запаковать архив обратно