Какое выбрать ядро linux для docker/k8s?
Stretch 3 месяца как oldstable, ставьте Buster и не мучайтесь.
Баги докера чинятся в докере, баги неймспейсов/cgroups/драйверов ФС чинятся в ядре.
Запомните раз и навсегда: контейнеры ≠ Docker. K8s умеет работать через containerd без синего кита, который работает через него же.
Любой ответ будет opinionated. Я бы сказал, что даже более того - выбор операционной системы и ядра абсолютно бессмысленен без обсуждения выбора дистрибутива. Потому что крупные игроки вроде OpenShift и Rancher тестируются только на закрытом перечне версий и вариантов. И Вы будете вынуждены использовать их, иначе отгребать и исправлять баги самостоятельно. И тот же ранчер на дебиан взрывается на установке, хотя с центос и убунту (любой разумной версией) - все отлично. 
Более того - есть специальные оптимизированные под kubernetes дистрибутивы вроде CoreOS. Сейчас его активно перепиливают в Fedora CoreOS. Посмотрим, что получится. Такие же минималистичные дистрибутивы есть у Vmware, opensuse и многих других
В остальном - конечно, чем свежее - тем лучше.