Почему долгий ответ mysql базы при удаленном подключении?
проблема может быть из-за DNS там где mysql, при подключении производится попытка получить имя или наоборот. Попробуйте делать подключение по IP адресу. Если это не шаровый хостинг, в файле hosts пропишите явное соответствие IP->имя
Возможно в результате выборки вы получаете слишком много данных, которым нужно время на передачу по сети.
сделай tracert / ping с сервера и посмотри результат (чем дальше сервер и больше объем информации, тем медленнее).