Где в Москве можно получить практические навыки технической организации работы отдела разработки (приоритет на PHP)?
Где получить практические навыки ...?
Как ни странно, только на практике. 
Любой опыт, которым с вами поделятся, будет в любом случае субъективным и специфичным. Надо понимать как раз принципиальные (читай теоретические) подходы. От них будут исходить уже "практические" решения в зависимости от ситуации. Процесс разработки в каждом случае может отличаться. Он обязан быть гибким, подстраиваться под изменения, решать появляющиеся проблемы и т.п.
День открытых дверей вряд ли чем-то поможет. Вы же не посмотреть на сидящих за компьютерами людей хотите? 
В целом, могу поделиться нашим опытом (в каком-нибудь скайпе). Мы для себя по всем пунктам вопросы давно закрыли. В последнее время подумывал о том, чтобы написать статью по всем этим и подобным вопросам.
на самом деле 100% шаблонной методолгии нет, в основном все формируется путем проб и ошибок, с учетом специфики бизнеса. Поэтому если одна схема будет работать в одной компании то не факт что она подойдет вам.
лучше всего обозначить проблемы и пытаться их решить по отдельности.