Как бороться с такой попыткой взлома?
как то попросили joomla избавить от инжектов и вебшелов.. там файлов и
папок миллиард.. про папки /cache вообще молчу..  спам с хоста валил тоннами..
сканеры эффекта не давали. 
посидел подумал, и сделал так:
прописал в htaccessphp_value auto_prepend_file "/dir/path/log_request.php"
который просто все запросы логгировал, ну типа @file_put_contents('/tmp/log_request.tmp', $_REQUEST,  FILE_APPEND);
запросов была масса, и в конечном счёте отфильтровал зловреды и нашёл где лежали 
вебшелы и куда были внедрены инжекты.
Я думаю, вам не нужно ломать над этим голову. Главное чтоб система справлялась. Сложно будет изучить и понять множество тип атак. Радуйтесь что у вас не вордпресс и не джумла.