Как удалить разбиение live-флешки?
информация о размере и типе разделов - это всего лишь последовательность байт, которая записывается по определенному смещению на дисковое устройство (при использовании MBR - в начале, GPT - в начале и в конце диска)
при должном желании и упорстве таблицу разделов можно создать даже с помощью hex-редактора, но лучше воспользоваться специально предназначенными для этого утилитами:
определить имя устройства:lsblk
отмонтировать разделы (sdX нужно заменить на реальное имя устройства):sudo umount /dev/sdX?
создать новую таблицу разделов (sdX - имя устройства):sudo parted /dev/sdX mklabel msdos
создать новый раздел:sudo parted /dev/sdX mkpart primary 0% 100%
отформатировать раздел (вместо ext4 можно использовать fat или ntfs, если доступ к флэшке необходим и из других операционных систем):sudo mkfs.ext4 /dev/sdX1
примонтировать новый раздел:sudo mount /dev/sdX1 /mnt
сменить владельца файловой системы на текущего пользователя (для ext4):sudo chown $USER:$USER -R /mnt
все эти операции можно сделать и с помощью стандартной утилиты с графическим интерфейсом Disks, последовательность действий та же: выбрать диск, создать новую таблицу разделов, создать раздел, отформатировать
некоторые флэшки умеют представляться системе как два отдельных устройства (например, как диск и cd-rom), в этом случае обновление таблицы разделов не поможет, и для изменения конфигурации придется использовать специальные утилиты от производителя флэшки или контроллера
p.s. установочные флэшки лучше записывать с помощью dd, а не Startup Disk Creator (одна флэшка - один дистрибутив):sudo umount /dev/sdX?
sudo parted /dev/sdX mklabel msdos
sudo dd if=ubuntu-16.04-desktop-amd64.iso of=/dev/sdX bs=1M
parted из Linux или DISKPART из Windows не пробовали?