Как в batch узнать имя текущей ветки git и перейти на эту ветку в другой папке?
Перепишите бат на шелл - если у вас стоит git, то и git-bash стоит. На шелле это решается простоcd DIR_MAIN
BRANCH=$(git rev-parse --abbrev-ref HEAD)

cd DIR_1
git checkout $BRANCH
git pull

cd DIR_2
git checkout $BRANCH
git pull
Аналогично предложенному Saboteur задачу можно решить и в PowerShell.
В bat:FOR /F "tokens=* USEBACKQ" %%F IN (`command`) DO (
SET var=%%F
)
ECHO %var% и дальше работать так же как в примере выше. 
Но лучше использовать PowerShell или sh