Какой дистрибутив поставить на сервер вместо Amazon Linux?
Раз хотите мигрировать - наверное, в штате есть сотрудник, способный аргументированно выбрать дистрибутив и заодно рассказать, почему для хостинга бота админ-панель нафиг не нужна. В противном случае - укажите в вопросе на недостаток экспертизы.
Ставьте то, с чем умеете работать. Насколько помню, в EC2 уже есть образ Ubuntu, просто выберите его при создании VM.