Компонент/скрипт для работы с 5000 категорий, чтобы был drag&drop, поиск и вложенность?
Простите, а что именно вы продаете? Не могу себе этого представить.
Может, стоит пересмотреть архитектуру?
1. Вам ооооочень серьезно надо переработать структуру категорий. Лучше вынесите все товары из категорий вложенностью больше второго уровня, на второй уровень. А товарам добавьте теги, по которым можно быстро отфильтровать искомое. 
2. Если вы собираетесь выводить 5000 элементов в меню - то это очень плохая задумка. Как для рендерига браузером, так и для поисковой оптимизации. Да даже 200 - это плохо. 
Давайте лучше подумает над оптимизацией структуры, а не какой плагин применять?