Какой язык использовать для написание сервера для клиента Unity3D?
Любой, который знаете. Веб тем и хорош, что клиенту все равно, что на сервере, и наоборот.
Вы правы, C# вполне подходит для написания клиент-серверных приложений. По литературе про написание серверных приложений можете посмотреть тут - Сетевое программирование в С# и .NET