Имеет ли биометрическая идентификация юридическую силу?
Как одно из свидетельств суд может принять запись такого сканера. Но, возможно, нужна будет экспертиза, что никто не мог вмешаться в работу системы и внести произвольную запись в базу данных или изменить уже имеющуюся запись.
Как минимум сканер должен иметь сертификацию на предмет того, что он измерительный прибор и считывает ту биометрическую информацию, которая каким-либо законом гарантирует уникальную идентификацию конкретного человека (для дактилоскопии такое как бы есть). Естественно система учета должна быть сертифицирована на предмет гарантий ее безопасности от подделок и подтирок. 
Ну и да, самое главное - надо будет реформировать предприятие до суда/прокуратуры (чтобы обвинения предъявлять) -))
Более эффективное в реальной жизни:
- организационные меры (начиная от регламентов, должностных инструкций, трудовых договоров и договоров о материальной ответственности
- технические меры попроще (банальная видеорегистрация, контроль доступа)
Все равно в итоге если дело дойдет до привлечение следователей - видеоматериалы, логи СКУД и оргдокументы будут для них лишь основаниями для "прокачки" подозреваемого.