Может ли частое использование transition в css лагать сайт?
Для начала, ответ на вопрос - да, частое использование transition в css может лагать сайт
Анимации могут добатить лагов, если сделаны без понимания сути работы механизма. В частности самыми дешевыми на данный момент (применимо к chrome и частично firefox, не могу сказать за IE и Edge) являются анимации свойств opacity, различные transform: translate, scale, rotate.
Последнее время в этих вопросах я почитываю различные метериалы от инженера Google Paul Lewis'а, вот ссылки на несколько материалов:Статья из его личного блога по animation performanceСтатья по animation performance совместно с Paul IrishНереально крутой туториал по параллаксу, от которо...Плейлист в Google Developers на Youtube, где Пол и...
полезная статейка по вашей теме
https://habrahabr.ru/company/yandex/blog/239169/