"Primary script unknown" в логах Nginx при попытке открыть несуществующий php-скрипт. В чём может быть проблема?
Решено! В файле /etc/php/7.0/fpm/php.ini выставил значение переменной cgi.fix_pathinfo в 0.
У тебя запрос перенаправляется в fastcgi.  Он и выдает ошибку. 
>>FastCGI sent in stderr: "Primary script unknown" while reading response header from upstream,
nginx тут не причем - он не совсем http-сервер, он reverse proxy .