Какой фреймворк выбрать?
 Все они были вне фрймворка, т.е. использовались отдельно друг от друга. Насколько я понимаю, это не очень хорошая практика.
Да это лучшая в мире практика, использовать только то что действительно необходимо!
Вообще говоря, вам подойдет любой фреймворк,  все фреймворки удовлетворяют вашим требованиям. Но так уж и быть, посоветую Symfony 3 :)
1/2/3 почти любой(не уверен на счет yii)
4. вам фреймворк или архиватор? Причем здесь вообще фреймворк?
php.net/manual/en/book.zip.php