[РЕШЕНО]Сравнение двух столбцов
man diff 

Попробуйте. иногда он выручает
Простейший вариант, если одинаковые строки под разными номерами считаются разными.
for i in `comm -12 1.txt 2.txt`; do sed -i '' "/^$i\$/d" 1.txt; sed -i '' "/^$i\$/d" 2.txt; done
