Как клонировать виртуальную машину в домене N раз?
Машина на момент клонирования в домене быть не должна.
А дальше - 
один из вариантов - sysprep с файлом ответов
второй - Poweshell DSC
Третий - свой скрипт, который будет логиниться на машину, переименовывать её и вводить в доме с помощью Add-Computer :)
Вы все верно поняли, на клонированной машине нужно запустить sysprep и ввести её в домен заново с уникальным именем.