С помощью каких технологий, инструментов или библиотек, делается нечто подобное, как на этом сайте?
С помощью JS отлавливается положение мыши и на эти координаты прикрепляется "дымок", созданный с помощью three.js
Это cannon.js 
(сделан на основе three.js and ammo.js)