Как запустить несколько скриптов в NodeJS?
pm2, разные порты и все дела
Ну по пробуйте все организовать в виде модулейmodule1.js - серверmodule2.js -записи БДindex.js -запускаемый файл//module2.js
function module2() {
  console.log('module2 started);
  setTimeout(function () {
    setInterval(function () {
      console.log(('module2 timer:' + new Date().getTime()));
    }, 2000);
  }, 1000);
}

module.exports = module2;//index.js
const module1 = require('./module1'),
          module2 = require('./module2');

module1();
module2();