Как хостинг провайдер предоставляет услуги?
Хостер покупает автономную систему, роутит на своё оборудование. На оборудовании направляет пул IP на сервер, сервер делит на виртуальные машины ( смотреть системы виртуализации - OpenVZ, KVM, Xen, Hyper-V ), в конфиге на хост машине заводит для каждой виртуалки свой внешний IP и устанавливает в виртуальную машину ось.
По-разному настраивают. Может быть chroot, я например использую lshell, а могут и ничего особо не настраивать. Пример Lshell. Это в случае вирт. хостинга. 
В вашем вопросе не понятно, как голая ОС может быть при вирт. хостинге.