Как запретить pkg обновлять пакет?
Из документации к pkglockused to lock packages against reinstallation, modification or deletion.
Попробуйте сделать Lock на  уже установленный апач
Т.к. мой вопрос средствами pkg решить не удалось, сделал иначе.
Скачал порты с гита, в файле /usr/ports/Mk/bsd.default-versions.mk изменил строчку с APACHE_DEFAULT?=	2.4
Установил bmake, перелинковал make на bmake и собрал mod_php56