Зачем дизайнеру подстраиваться под верстальщика в случае с Bootstrap?
Есть еще понятие производительности. Верстальщику переходить на неформат? Это затратно по времени, и не имеет смысла в 90 с лишним процентов случаев. 
Тем более Bootstrap адаптивный по сути своей. На респонсивных размерах тоже сетку переписывать?
Потому что 12 колонок - это самый оптимальный вариант, лучше просто нет. Альтернатива - только 24 колонки. Все остальное - извращение. Только 12 (и 24) нацело делится на 2, 3, 4 и 6. А веб-дизайн - это во многом ремесло. Недаром хороший дизайнер должен уметь верстать.
Если количество колонок иное, то сетка будет уже не от буцтрапа, максимум, миксины от него.