Удаление стандартных консольных приложений в Mac OS X?
Я бы рекомендовал просто не замечать предустановленные утилиты, а действительно поставить менеджер пакетов, им и пользоваться. Я использую уже упомянутый MacPorts, очень удобно.
MacPorts по умолчанию ставит в /opt/local/bin, поэтому вам придётся прописать этот путь в свой $PATH до остальных путей к библиотекам, установленных изначально. Об этом, впрочем, написано в инструкции к MacPorts.
Да их там довольно прилично — Perl, Python, куча инструментов командной строки… А зачем их удалять?