Git или SVN, что?
Если в SVN вам не нравится только наличие лишних служебных файлов в каждой директории, то вы можете перейти на SVN 1.7, в котором этого уже нет
Меня раздражает в git при работе с «центральным» репозиторием (а это то, как вы работаете в svn и будете работать, когда вам нужно код хранить не у девелоперов, а на нейтральной стороне) — это двухфазный комит. Т.е. когда вы сначала комитите чейндж себе в локальный репозиторий, а потом не забываете локальный репозиторий комитить в центральный. IDE не показывают в наглядном виде статус dirty локального репозитория, как это делается с svn с working copy, поэтому очень просто вся эта фигня забывается. И дальше наступает rebase и другие мета вещи для обслуживания этого оркестра по branch'ам и merge'ам, о котором поют в каждом блоге. 

Для решения проблемы с папками SVN, перейдите на 1.7, либо используйте export (не знаю что у вас за задача и почему папки вас раздражают).