Не дать обнаружить, что используется виртуальная машина?
Если использование вами этой программы в виртуальной машине не противоречит лицензии на уровне здравого смысла, то можно обратиться к вендору с просьбой предоставить версию, работающую под VMWare.
Часто производители идут навстречу в таких ситуациях.
А на что защищена программа? Что-то известное типа HASP или поделка самих разработчиков?