Чем обновить проц QuadCore Intel Xeon E5606?
Топовый в этом этом классе - Intel Xeon X5690
А так - смотрите совместимые с материнкой процессоры и ищите на ebay те на которые у вас хватит бюджета.
Проц нет смысла менять, не сильно они растут в мощи.
Оперативу да, чем больше тем лучше.