Что выбрать LVM или mdadm для организации дискового пространства на сервере или все же аппаратный?
Если линух видит отдельные винты - это софтрейд. А на софтрейде поуху - все равно фактически будет использоваться mdadm. Именно по этой причине кстати vmware в упор не видит софтрейды.
Аппаратный рейд "наружу" отдает именно массив, а не отдельный набор дисков - дисками он рулит сам.
Я бы бу адаптек купил и подцепил все к нему.
1) Использование RAID не мешает использовать LVM 
2) Гуглите модели ваших текущих контроллеров и как их запускать в линуксе, скорее всего у вас софт рейд, но на него тоже можно ставить lvm