Как правильно настроить git?
Правильная настройка заключается в использовании одного репозитория для сильносвязанных вещей, и разных - для слабосвязанных. Вы зачем-то разбили по разным репам верстку и фронтэнд-код, а теперь думаете, как бы это всё склеить. Вы дискредитируете всю суть Git как инстурмента для координации командной работы с файлами.
А так действительно могу предложить только subtree. Хотя смысла в такой организации работы, конечно, не вижу.
Зачем так мудрить? Что мешает им работать в одной репе?
Бэкендер пишет своё, фронтендер пишет своё. Всё в одной репе...
Не пойму, зачем разделять? Это же цельный проект...