Как и с помощью чего дешевле подключить много HDD к компьютеру?
Вашу идею не осуждаю, просто поделюсь своим опытом.
А так ли уж нужны все эти диски в постоянной доступности, что бы держать их во включенном компьютере?
У меня тоже есть архивы на внешних дисках. И меня вполне устраивает подключение их при необходимости по usb3. Использую USB докстанцию,  в которую можно втыкать и 3,5" и 2,5". Правда мои 2,5" каждый в своём боксе живёт. Понадобилось что-то - подключил, прочитал/записал, убрал.
PCE-E берите карты. Тогда хоть скорость доступа к дискам не будет урезатсься