Как настроить левое меню в коробке б24?
Кумуляционный ответ на вопрос.

В каждом конкретном случае необходимо рассматривать код и настройки соответствующего портала.
В общем и целом такая проблема может наблюдаться в следующих случаях:

1) Пользователь не является сотрудником портала, но имеет доступ к сайту.
Такое возникает, когда пользователя добавляют на портал, но он не учитывается как сотрудник.
Нерадивые разработчики начинают выдавать права на чтение файлов и папок в битриксе и получается франкенштейн.

Как лечить?
- Поставить дефолтную коробку, посмотреть права и выставить аналогичные (не копировать)
- Включить пользователей в соотвутствующие группы
- Добавить пользователей в подразделения

2) Проект дорабатывался или обновлялся со старых версий (до 16)
Дело в том, что ранее механики левого меню отличались и в случае когда портал дорабатывался, код его может быть изменен.
Как лечить? Проверить код меню-файлов

3) Некорректные права на продукте и экстранет-пользователь
Собственно это частный случай номера 1, кто-то поправил права или index.php страницу и пользователь не редиректится в экстранет.
Соответственно пунктов меню не прибавляется и редиректа не происходит.
Как лечить? Смотреть код страницы и права

Ну и конечно же, перед тем как приступать необходимо очищать кеш продукта (в частности меню), чтобы убедиться в существовании проблемы
можно например проверить не менялись ли стандартные шаблоны 
в админ-панели 
https://url-вашего-сайта/bitrix/admin/template_adm...