Как в InkScape сделать, чтобы в svg файле все точки объекта имели целочисленные координаты?
Все координаты зависят от настроек холста и сетки. Если мы в настройках холста укажем размер в миллиметрах/сантиметрах, координаты будут все равно в пикселях (потому что сетка по умолчанию в пикселях). Посмотрите, что верхний левый край документа не совпадает с сеткой:


Изменим размер документа на пиксели и увидим, что там дробное число:


А теперь уберем дробь из размера документа и получим красоту:

Есть на свете специальная библиотека SVGO, которая оптимизирует SVG. Есть так-же онлайн-сервис, основанный на ней: https://jakearchibald.github.io/svgomg/. Она убирает лишние теги, созданные инкскейпом, сокращает текст и кроме этого может округлить значения - слайдер Precision. Слайдер ограничен 1 знаком после запятой, однако ничего не мешает открыть инструменты разработчика и поменять ограничение слайдера на 0.