Почему некоторые стили не применяются при загрузке на сервер?
Ну так что мешает разобраться?
Открываем тестовый сайт, смотрим через Web Inspector, какие стили применяются к ссылке (позиция в css файле этого стиля, его написание). Копируем нужный css селектор, который используется,  идем на боевой сервер, Открываем там ресурсы через Web Inspector, ищем  по css файлу этот селектор.
Далее действуем в зависимости от того, нашелся ли исходный селектор в css файле (далее по обстоятельствам придумываем еще проверки, которые помогут добраться до истины)
1. Смотрим через Web Inspector сеть и что наш CSS грузится с кодом 200 (304).
2. Смотрим - не является ли проблемой кеш сервера/браузера на статику.