CentOS: постоянная нагрузка на диск sda. Как определить причину
ну по iotop определите какой процесс, а уж догадаться по lsof какой файл труда не составляет.
Посмотрите софтину dstat.
dstat -c --top-cpu -d --top-bio --top-latency
Выглядит вот так 
