Почему в svn в не работает автоматическая авторизация при запуске из cron
Потому что крон запускается под другим пользователем, под которым он не знает параметры авторизации, типа такого)
Пароль и логин были сохранены при первом чекоуте.
Password for 'root':
1. Точно ли cron задача запускается от того же пользователя под которым были сохранены кредсы?

2. Попробуйте явно прописать следующие параметры в конфигурации:
~/.subversion/config:
store-passwords = yes
store-auth-creds = yes

~/.subversion/server:
store-plaintext-passwords = yes
store-passwords = yes
store-auth-creds = yes

3. svn любит удалять сохраненные кредсы если по каким-то причинам авторизация не прошла (вплоть до медленного ответа сервера) — сталкивался с таким поведением регулярно одно время из-за сильной загруженности svn сервера. Выход — прописать кредсы явно в коммандной строке svn --username=xxx --password=yyy up
Секурность это практически не уменьшит, так как пароль все равно плейнтекстом лежит в ~/.subversion/auth/*, но защитит от неправильного поведения. (Чтобы пароли не светились по ps ax можно запускать так U=xxx P=yyy svn --username=$U --password=$P up)