В чём суть расположения файлов выше www?
Смысл в том, что в www (и только туда) имеет доступ веб-сервер. Соответственно всё, что не должно быть доступно веб-серверу (например, исходные коды, файлы конфигурации и т.п.) размещают вне этой папки. Это позволяет защититься от кривой настройки веб-сервера, когда он начинает исходники отдавать как текстовые файлы, например.
клади смело все в www, все эти страшилки из пальца высосаны