Есть ли разница между INNER JOIN и простым селектом из двух таблиц?
Это абсолютно одно и тоже.  Только "INNER JOIN" - это ansi синтаксис, который рекомендует стандарт.
Лучше писать сразу на ansi, т.к. без него, к примеру, не написать будет FULL OUTER JOIN.
В Oracle иногда рекомендуют не использовать ansi синтаксис, т.к. парсер до 12 версии не всегда его верно переваривал.
Смотри EXPLAIN в своей субд