Как отследить исключение python запущенного сервиса на сервере VDS?
Используйте какой-нибудь менеджер процессов, типа supervisord, который будет и логи вести и перезапускать упавшее.
В терминале, конечно ничего нет т.к. скрипт запущен как сервис.
Ну так посмотрите в журнале. По умолчанию каждый сервис пишет туда весь вывод и ошибки.

что бы он перезапускался автоматически если упадёт
systemd и об этом должен был позаботиться, если соответствующая настройка есть в unit-конфиге.