Периодически падает север (amazon), в чём может быть причина?
В чём вопрос? Нужно диагностировать, почему падает сервер.

Раз всё настолько плохо, что даже SSH отваливается - дело не в нгинксе и не в РНР.
Ставьте мониторинг и смотрите метрики на момент отваливания.