Как лучше всего перенести базу с MS SQL на PostgreSQL?
pg_loader попробуйте.
Но если БД большая и сложная, я бы не полагался на автоматические инструменты
Попробуйте сконвертировать структуру, поправьте руками. 

Данные выгрузить в csv, залить в постгрес.