Как вычесть один файл из другого?
Выполнить из CMD.EXE (или командного файла):findstr.exe /v /b /e /g:2.txt 1.txt>3.txt
Использованные ключи утилиты findstr: /B         Искать образец только в началах строк.
/E         Искать образец только в конце строк.
/V         Печатает строки, не содержащие совпадений с искомыми.
/G:файл    Получение строк из заданного файла
в total commander есть