Какую систему сборки для Java выбрать?
Идея мавена, мне кажется, очень крута — описательный вид сборки- 
т.е. проект у меня такой то, зависит от того то и того то — а теперь построй его!

Надо привыкнуть к такому подходу, по сравнению с билдом как последовательностью действий, но если не делать ничего не стандартного, то этот подход экономит уйму времени Вам, и тем, кто потом с Вашей сборкой знакомится.

Если же нестандартного много, можно посмотреть на gradle — это мавен на груви вместо XML — т.е. пока все стандартно используем описательный стиль, а когда надо — пишем куски скрипта на груви
Можно использовать ant+ivy. Связка очень мощная — ант практически всемогущ в плане сборки и всего, что с ней связано. А ivy — уководит зависимостями. В идее, соответственно, нажимаете один раз build ant script, а потом конфигурируете его для работы с ivy.