Можно ли настроить user.name и user.email в гит иными для определенной директории, а глобальные настройки оставить нетронутыми?
Конечно. Локальные настройки репозитория имеют приоритет перед глобальными. Просто установите их без параметра global.
Настройки можно ставить для репозитория, а не для директории. Поэтому в вашем случае, нужно проставить настройки для каждого репозитория, где вы хотите прописать их отличными от глобальных.