Можно ли выкладывать в портфолио свои работы сделаные в студии?
По законодательству, насколько я знаю, все исключительные права на то, что вы делаете (создаете, пишите код и прочее) в рамках исполняемой должности принадлежат организации на которую вы работаете, если в договоре не оговорено иное. За вами может быть авторство, но авторство это несколько иное нежели исключительные права.  Вам нужно было договориться с начальством, о том можете ли вы внести в свое портфолио проекты, которые вы делали в рамках исполняемой должности. Но студия имеет полное право не давать согласие, если она является держателем исключительных прав. Конечно, если в договоре прописано иное и есть пункт о таких случаях, то следует действовать в рамках договора.
Если подписывали контракт в котором это оговаривалось и\или NDA, то вполне понятно почему студия пошла на такие действия. 
Вообще рекомендую завести закрытое портфолио, а для площадок сделать несколько открытых проектов. Закрытое портфолио показывать например при общении с клиентом или в заявке, хотя если подписывали NDA, это не самый справедливый шаг.