Имеет ли смысл пересобирать софт из исходников в репозитории с ключами по умолчанию?
Я пересобираю только ядро, и то:Дополнительно включаю нужные мне опцииВыключаю ненужныеСобираю под конкретный процессор с -O3 -fltoСобираю ванильные версии задолго до их появления в репозитории
Смысла пересобирать остальные пакеты особого не вижу. Прирост, очевидно, будет (мой Haswell умеет, очевидно, более оптимальные инструкции чем процессор несколько лет тому назад), но сомневаюсь что трудозатраты на десктопе того стоят, для серверов может быть другая ситуация.
Смысл есть.
Сейчас компиляторы стали очень умными, вплоть до того, что если С++ программист захочет какую-то процедуру ускорить тем, что переписать ее на ассемблере, ему придется очень сильно постараться, чтобы обогнать то, что может компилятор.
Следить за всеми новыми функциями, которые появились в процессорах, обычно сил не хватает, а компиляторы стараются учитывать все возможные бонусы архитектуры.