Кому принадлежат права при работе в компании со стандартным трудовым договором?
Если его создали вы - вы обладатель авторских прав в любом случае, ибо авторские права неотделимы. 
Если в договоре не оговорено специально про исключительные права, то - 
поскольку создавался продукт на рабочем месте и вам платили это зарплату - предприятию принадлежат исключительные права.
Предприятие решает как им распоряжаться.Могут ли без вас менять код, если вы не давали разрешения на это? Обладатель исключительных прав решает что делать с кодом - продавать, передавать, модифицировать.
Посмотрите мой ответ здесь: Забирает ли формулировка в ТД права на не относящиеся к работе результаты интеллектуальной деятельности у Работника?
В дополнение - если Вы не отчуждали свои права на авторское произведение (программу), то права принадлежат Вам. В этом случае использовать без Вашего разрешения код или его часть - нельзя.
С другой стороны, если Вы пойдёте в суд - будьте готовы предоставить всю доказательную базу, подтверждающую Вашу правоту.