Bash-script — SSH подключение?
можно установить sshpass и с ним писать скрипт.
Или на expect написать обработчик
да без проблем десяток строк кода
https://www.shellhacks.com/ru/ssh-execute-remote-c...
так моно подключиться
соответственно вам нужно сделать цикл в котором вы будете бежать по этим файлам и выполнять команду.
вот пример цикла.
Тут я захожу в бд получаю список баз и каждую из них  отдельно бэкаплю. 
for i in `mysql -uroot -pпароль -e'show databases;' | grep -v information_schema | grep -v Database`; do mysqldump -uroot -pпароль $i > /var/backup/mysql/$i/`date +%Y-%m-%d`-$i; gzip /var/backup/mysql/$i/`date +%Y-%m-%d`-$i;done
grep -v - исключает из массива