Как замотивировать программиста осваивать базовые навыки профессии, помимо языка программирования?
Ваш коллега прямо заявляет, что для его специализации (допустим, веб-разработчик) всё это знать не обязательно, и что так считают все, с кем он работал раньше

Пусть идет работать туда, где он работал раньше.
На рынке завал людей. И да, встречаются люди, у которых не хватает знаний. Но если у вас сотрудник прямо отказывается учить вещи (а вы перечислили вещи, большинство из которых я бы отнес больше не к квалификации программиста, а к квалификации продвинутого пользователя), то таким людям надо отказывать.

Собственно такие люди - это результат того, что на курсы идут все подряд за деньгами, а способные к обучению люди теряются среди толпы ленивой посредственности.
 Добавим ещё к этому "конфликт поколений"...

хаха. он старше вас или кого там? 
есть такое: "кто понял жизнь - работу бросил" (с)

в физике тело всегда занимает положение с наименьшими тратами энергии
ваш сотрудник определенно удобен по зарплате и увольнения не боится - и не сделаете вы ему ничего
терпите или используйте  проджектменеджерский подход