Можно ли скачать в убунту программу той версии которую хочешь?
У  Atom есть официальный ропозиторий. Можете подключить его по инструкции и обновиться до последней версии через apt-get или найти там пакет с конкретно той версией, которая нужна вам и поставить его вручную.
https://github.com/atom/atom/releases/download/v1....

2 минуты поиска...