Почему падает mysql на VDS?
Вашей VDS нехватает памяти, в критической ситуации когда вся память и своп уже заняты, ОС запускает процес oom_killer (oom = out of memory) который убивает процессы чтобы освободить память.
Кончилась оперативная память и за процессом пришел oom-killer