Почему после запуска js кода не срабатывает медиа-запроc?
Чтобы избежать проблем со специфичностью (а у инлайновых стилей специфичность больше), лучше добавляйте и убирайте элементам классы с помощью classList https://developer.mozilla.org/ru/docs/Web/API/Elem...
А для классов в стилях прописывайте нужные css правила. Возьмите это за правило и избавитесь от таких проблем в будущем.
Javascript и медиазапросы в CSS никак не связаны. Они работают независимо друг от друга. Почему думаете что причина в JS?