Как не пропускать css клас в комит?
Дёшево и сердито: пре-коммит хук, который простым grep-ом ищет это имя класса и не даёт коммитить если находит.)
Возможно, я неправильно понимаю задачу, но что Вам мешает передать в Nunjucks переменную и использовать ее для условного рендеринга? 

Что я имею ввиду:
Пример для WebPack:
nunjucks.config.js
module.exports = {
  data: {
    isDev: process.env.NODE_ENV === 'development'
  }
}
template.njk
<div {% if isDev %} class="debug" {% endif %} ></div>
<!-- or -->
<div class="{{ 'debug' if isDev }}"></div>

Для 11ty по аналогии. Только использовать addGlobal