Mysql — Как заморозить доступ к строке чтобы другие потоки не работали с ней?
Используйте транзакции и блокировки
Можно попробовать эти проверочные поля вынести в код, сделать этот объект доступным для всех потоков. Поток, прежде, чем сделать запрос, сначала в список заносит id строки, ответ получил - из списка этот id удалил. Другие потоки, прежде чем сделать запрос, проверяют список, если id есть в списке, то в ожидание. 
Тут может быть та же проблема, но с меньшей вероятностью, поэтому проверка должна быть двойная: сначала проверил, что id нет такого, добавил, потом проверил, что их не два в списке и только тогда запрос. Если два, то удалил и с таймаутом пытается опять добавить.
Я не знаю Ваших объемов бд, но как второй вариант рассмотреть нормальные очереди запросов. Перед запросом проверить есть ли очередь с именем айдишника, если нет, то создать и последующие запросы просто будут добавляться в свою очередь.