Почему многие компании используют Windows Server?
Потому что домен и политики. Плюс, если есть навык, то всякие серверы сертификации, рдп, шарепоинт и множество других платных и бесплатных технологий.
Просто инфраструктуры такого масштаба, одновендорной, стабильной, с поддержкой 24/7 - больше не существует. Линукс и прочее - экономят кучу денег, пока "кто то" вам "что то" делает - это в подавляющем большинстве случаев кастомизация, с точки зрения того самого "кого то". И когда хозяйство разрастается до довольно серьезных размеров - нормально у правлять этим становиться не то, чтобы неудобно - а практически невозможно. А если еще и потеряете этого "кого то" - у вас появляются такие проблемы, ради избежания которых уже готовы отдать побольше чем хотел MS, но поезд ушел.