Какая архитектура более универсальна при проектировании приложения Yii2?
Лучше взять advanced структуру, разделить на админку и сам сайт, и потом уже по желанию, делить админку и сайт на отдельные модули.
Мое личное мнение:
1. basiс в топку используем только advanced или вообще что-то свое, но точно не убогий basiс шаблон
2. Что можно сделать абстракцией - делаем как модуль, закидываем на github, собираем потом проект за минуты
3. Возможно стоит сделать просто 2 модуля: admin и site - это идиотизм. Модуль это абстрактная штука. admin и site - это приложения, отдельные, в которых отдельные конфиги и т.д. и это уже реализовано в advanced шаблоне, зачем пытаться его сделать из basiс шаблона если он уже есть готовый.Можно сказать - я хочу сделать некий скелет с набором модулей, которые используются в любых проектах для себя на основе basic шаблона.
Ошибка в том, что basic шаблон или advanced шаблон - это уже скелет. И делать на его основе скелет в скелете - это мягко говоря странно. Сделайте свой dkrylov шаблон, по подобию advanced шаблона, сделайте отдельно модули, которые будут абстракциями и собирайте из этого то что нужно.