При клонирования репозитория, клонируется только master ветка. Почему?
Нет, клонируются все удалённые ветки. Просто они имеют префикс origin/удалённая_ветка А вот отслеживаемой становится только ветка master -> origin/master. 
Для того, чтобы сделать ещё одну отслеживаемую ветку - переключитесь на удалённую и выполните создание локальной ветки. Всё это можно сделать одной командой:git checkout --track -b local_branch_name origin/remote_branch_name
Где local_branch_name - имя создаваемой ветки, origin/remote_branch_name - полное имя удалённой ветки; local_branch_name для удобства можно назвать одинаково с remote_branch_name. После выполнения команды у вас появится ветка local_branch_name, которая будет отслеживать ветку remote_branch_name на сервере.
Можно клонировать конкретную ветку. Точнее вы в любом случае склонируете весь репозиторий но в рабочее состояние будет выставлена указаная.
git clone -b