В чём принципальная разница при определении методов у прототипа объекта в JS для двух вариантов?
Показываю наглядно:

function q(){}
q.prototype.w = 2;
console.log(new q().w); // 2
q.prototype = {
    e : 3
}
console.log(new q().w); // undefined
console.log(new q().e); // 3

Во втором случае вы не сможете достучаться до конструктора и прототипа через .constructor и .constructor.prototype, если это вам, конечно, надо.