Как автоматизировать Bind9?
Скриптами.

Более полный ответ невозможен ибо как устроена ваша самописная панель управления никто кроме Вас не знает :)
IMHO правильнее развернуть bind с хранением данных в MySQL например, а из панели просто добавлять\удалять данные в БД.