Стоит ли писать программу учета на Python + Qt?
Может быть я ошибаюсь конечно, но реально не проще взять 1С? В вашем случае не шибко дорого будет. 
Дистрибутивы под linux есть (как клиент, так и сервер при необходимости), можно подобрать конфигурацию под себя, легко масштабируется, распространенная (программистов под 1с достаточно много, как и материала в сети), легкий для понимания встроенный процедурный язык, универсальная. 
Тоже был против внедрения 1С в компании, правда у нас масштаб крупнее (ИМ) - бухгалтер настояла. Теперь работаю и радуюсь. Нет необходимости придумывать свой велосипед, а все доработки в основном исключительно косметические - для быстрого доступа к функционалу. Ошибок в коде минимум. А со своим велосипедом можно мучаться бесконечно.
UPD: Также не забывайте про безопасность, в которой вы можете накосячить, нормативно-правовую базу, которая в стране у нас меняется с первой космической скоростью и новые протоколы онлайн касс (а 1С под все это затачивается с обновлениями) и так далее.
UPD: Ах да, не забывайте, что Python не шибко быстрый из-за того, что интерпретируемый.
Почему сразу не написать веб-приложение?
База данных для учета все равно понадобится.
Поднять локальный веб-сервер на линуксах - плевое дело.
Допиливать и отлаживать куда удобнее, чем десктопное приложение.
А писать можно на том же Питоне, если угодно.
Если вдруг взлетит - смасштабировать на вторую точку будет куда легче.
Если появится желание - можно будет выгрузить в интернет и пользоваться удаленно.
Да много плюшек всплывает, если просто сменить парадигму.