Как сделать так, чтобы каждый if выполнался одновременно?
Проверяйте не отдельные клавиши, а сочетания:var isLeftPressed = Input.GetButton("LeftArrow");
var isUpPressed = Input.GetButton("UpArrow");
var isRightPressed = Input.GetButton("RightArrow");
var isDownPressed = Input.GetButton("DownArrow");
if (isUpPressed && isDownPressed && Time.time > timeToFire)
{
    timeToFire = Time.time + 1 / fireRate;
    Instantiate(fireSphere, firePoint.position, firePoint.rotation);
}
У вас должен быть всего лишь одно место создания.
Т.е. ход мыслей такой:createBall = false
if UP
{
   if beforeDOWN {
      createBall = true
   }
}
if createBall 
{
   Instantiate(...)
}