Какую систему использовать для управления проектами?
Лучший вариант это jira. 
Так же ставите плагины, связку с github и красота. Всегда будите знать: Что/Кто? Где? Когда? 
Участвовал в начале разработки проекта мегаплан, вроде там тоже должны были сделать.
Можете посмотреть.
Посмотрите Asana