Есть ли ограничения на количество файлов и папок на php-хостингах?
БД на файлах называется SQLite и не надо изобретать ничего другого
расширение для работы с sqlite встроено в РНР начиная ещё с версии 5.3, кажется
почитать про inodes
У Beget есть бесплатный хостинг и там четко прописано максимальное количество файлов:

Максимальное количество файлов: 25 000
Если будете использовать их бесплатный хостинг, можете ориентироваться на эту цифру.