Программа для учета времени!
Еще можете попробовать Pomodoro технику. Основной принцип — 25 мин работы/5 мин отдыха (интервалы можно подстраивать под себя). Большинство приложений для работы по этой технике включают в себя управление задачами таким образом, чтобы каждый рабочий интервал начинался для одной или более задач, которые нужно выполнить за этот интервал. Главное неудобство, если я все правильно понял, в том, чтобы делить и подстраивать задачи под этот интервал.

Есть даже довольно хороший онлайн-сервис, но я потерял его url, а нагуглить что-то с ходу не удается. Если заинтересуетесь, может получше поищу )

P.S.: Лично я для себя учет задач не стал использовать, а пользуюсь только таймером — очень хорошо помогает чувствовать время.
Попробуйте oDesk Tracker К сожалению, сам я с ней не работал, не могу сказать насколько она применима для проектов, не связанных с oDesk.