Использование графической библиотеки в Python
Никто вас не ограничивает. Вы можете писать как на pyKDE\pyQt под гном, так и на pyGTK под KDE. Времена, когда приложения в не родном окружении выглядели инородно, давно прошли — всё настраивается. Так что не замарачивайтесь с библиотекой, используйте то, с чем знакомы либо что вам более удобно. 

З.Ы. Сердцем я за GTK, но Qt запустил свои щупальца уже почти во все платформы. Поэтому разум выбирает Qt.
Пробовал на Ubuntu 11.10 x64 и на Ubuntu 12.04 x32. При сборке явно указывал третью версию Python.