Как разбить MP4 файл на несколько видео в Java?
забей на яву
вот тут совсем конкретно.
Ну java это не самый лучшая платформа для обработки видео. 
Если все-таки java нужно оставить, то
Лучше всего попытаться использовать консольный ffmpeg
Если он так не умеет, то смотри в сторону javacv. На андроиде тоже должно рабоатть.