Почему nokogiri класс в PHP парсит не все сайты?
file_get_contents был взят для простоты примера. Лучше воспользоваться специализированной библиотекой, которая будет определять на основе заголовков, был сжат ответ сервера или нет. Могу посоветовать docs.guzzlephp.org/en/latest
ЗЫ. Приятно неожиданно встретить вопрос по своей библиотеке )
А ваш парсер с https справляется?