Как создать VHD контейнер не из-под виндовса?
Oracle VirtualBox, утилита vboxmanage, опция createmedium disk --format vhd, остальные параметры - по вкусу. А Windows на него уже будете потом ставить, примонтировав неизвестно куда.
xgu.ru/wiki/qemu-img
https://linux.die.net/man/1/qemu-img
qemu есть под всё. Поддерживает создание и конвертацию много чего 
raw, qcow2, qcow, cow, vmdk, cloop, vpc (VHD).
Возможно даже vhdx уже подвезли.