Почему не закрывается модальное окно по клику на ссылку в нем?
все должно работать. мб ошибся где то в классах или id
https://jsfiddle.net/qq6sgfvr/
p.s. а вообще у бутсрапа есть атрибут для закрытия модалки data-dismiss="modal"
добавь его в ссылку и js код писать не придется
ну если это Bootstrap, то добавте в HTML для модального окна в .modal-header <button type="button" class="close" data-dismiss="modal" aria-hidden="true">&times;</button>
И как сказал оратор више js код писать не придется