Как клонировать систему со всеми пользователями и настройками на меньший по объёму диск?

вставляете диск2
подготавливаете диск2, создав и отформатировав разделы
монтируете разделы диска2 к своей системе
внимательно читаете это
выставляете в rsync то что вам нужно и копируете данные с диск1 на диск2
на диске2 правите fstab и чините свой загрузчик
отключаете диск1 и запускаете систему с диска2

можно проделывать из системы которую переносим и без бекапа (так как мы не трогаем основную систему и в случае чего можно просто загрузится с диска1)
Как бы сделал я
Вариант 1:
1. Ставим TimeShift и сделаем бекап всей системы через rsync на внешний носитель. Можно и без TimeShift через консольный rsync ели умеете пользоваться
2. Сделаем бекап домашней директории через Deja Dup
3. Загрузиться через любой live дистрибутив,  сделать нужную разметку диска через gparted или аналог, установить в этом же live дистрибутиве TimeShift и Deja Dup.
4. Восстанавливаем бекапы которые ранее сделали
5. Устанавливаем загрузчик GRUB. Вроде всё.

Вариант 2:
1. Тупо весь системный раздел скопируем на внешний диск, простым копированием. То же самое сделаем для домашней директории. К примеру, просто создайте на внешнем диске папки System и Home и в соответствующие папки закиньте файлы.
2. Загрузиться через любой live дистрибутив, сделать нужную разметку диска через gparted или аналог
3. После разметки копируем файлы обратно на нужные разделы
4. Устанавливаем загрузчик GRUB