Как лучше поступить с основным доменом (скрыть или еще что-нибудь), если есть несколько поддоменов и они успешно работают?
на основном сделать упоминание о развитой региональной сети и привязку к бизнесу в целом
1. Да, будет негативное влияние, потому что хоть поддомены и воспринимаются отдельными сущностями, всё же они относятся к основному домену.
2. Это будет так же негативно сказываться на всех поддоменах.
3. Основной домен не нужно скрывать. Приведу аналогию: стоит многоквартирный одноэтажный дом. В нём 18 квартир, у каждой квартиры свой отдельный вход с улицы. Но парадный вход закрыт. Вот просто замурован намертво. Положительного в этом мало.
4. Присвоить основому домену регион либо "Россия", либо "нет привязки к региону". Но конкретные действия нужно предпринимать исходя из ниши, сайта, конкурентов и т.д.