Best practice администрирования mysql?
1. Есть DBA - ничего. Нет DBA - все.
2. Религия в основном.
3. Читать документацию. Пробовать.
4. Бекап перед апдейтом всегда.
5. Сравнивать самому на типичных для выбранного проекта нагрузках.
6. От задач отталкиваться. Вроде как MyISAM быстрее на запись.
7. Гугл, маны и практика.
1. Смотря какой уровень. Стандартно - это установить MySQL, выдать права, создать БД/Таблицу с нужной кодировкой. Не только MySQL касается. Сейчас от неё уходят на MariaDB и PostgreSQL
2. MariaDB - лучше. И более открыта. И хороший дебаггер. MySQL - анахранизм. А лучше PostgreSQl и noSQL
3. Смотри англоязычные ресурсы. Заодно подтянешь и английский. все самые актуальные маны - там.  Еще можешь глянуть в настройках всяких Линуксов, того же RHEL обычно там подробно.
4. Работает - не трогай.
5.  Оно может быть быстрее, но не значит, что у вас заработает. Смотря какая нагрузка, какой тип данных, сколько обращений.
6. По принципу рекомендуемых приложением. Если, например, к вики - системе указан InnoDB - значит InnoDB. 
7. Если ты не БД - разработчик, то многого в базе тебе не нужно. Только умения поднять, провести первоначальную настройку и уметь делать дебаг.  Оптимизации и т.д. Все потом.
Книги:
https://oz.by/books/more10295749.html
https://www.amazon.com/Mastering-MariaDB-Federico-...