Каким образом делать прототипы дизайна приложения?
Есть специальные программы, например бесплатный pencil.evolus.vn или платный https://balsamiq.com/products/mockups/
Листочки и карандашик с этого стоит начать, т.к. прототипирование приложения начинается в голове и когда рисуешь от руки, то думается лучше и ничего тебя не ограничивает и не мешает.
Из спец инструментов попробуйте: https://ninjamock.com/
В PS CC можно делать и прототипы и конечный дизайн приложения, правда можно ещё дополнительно использовать https://marvelapp.com/,
чтобы потыкать в приложение и может увидеть узкие места. 
В PS СС нет готовых элементов, как в спец. программах для прототипирования, поэтому нужно будет также создать или найти в интернете спец. файлик UI kit для каждой платформы (iOS, android, wp).
И
в прототипах не используйте цвет, нужно только чб и оттенки серого. Так лучше вопринимается иерархия элементов и меньше времени занимает сам процесс.