Как организовать процесс обмена файлами (до 1-2мб) в основном .csv между клиентом и сервером?
Если не знаете других языков кроме PHP, используйте и на клиенте консольный PHP - есть и для windows и для linux и для macos. В этом случае для передачи файлов проще всего использовать банальный HTTP. Вся задача со всеми шутками и прибаутками - на вечер.
Зачем изобретать велосипед? Поставьте любой маленький web-сервер, который и будет принимать соединения клиентов по протоколу HTTP, передавать файлы и параметры php скрипту.
Клиент можно написать на Си с библиотекой curl и не нужно ломать голову с передачей файлов. Всё будет работать прозрачно по протоколу HTTP. Для винды скомпилировать через cygwin.