Как лучше хранить данные?
Если всё равно комментарий фильтруется, то зачем его хранить в БД? Плюс это больше возможностей заинжектить код вам.
А какой объем данных? 
Можно разделить на 2 таблицы, в первой хранить id, владельца комментария, дату ну и другие "легкие" данные. Во второй таблице присваивать соответствующему id комментария его теги, текст и т.д. 
Обязательно выставить индексы в первой таблице и во второй по id.
Неправильно понял вопрос, извиняюсь. Фильтровать ДО записи в БД - естественно.