Подключать библиотеки или грузить одним файлом?
Общеупотребимые библиотеки (jQuery, React, lodash и т.п.) с CDN (отдельными скриптами). Всё остальное в один файл.
На мой взгляд, в этом есть резон, если загружать ее асинхронно. Тогда на скорость загрузки страницы этот файл никак не повлияет даже в первый раз, а пока пользователь будет втыкать, куда он попал и что тут надо делать, файл загрузится и на странице подключатся все интерактивные элементы. 
Конечно, критичные для функционала куски кода необходимо вынести в отдельный файл и подгружать его отдельно (например, если у вас masonry сетка строится исключительно на js), но такие моменты встречаются не всегда.
Опять-таки, асинхронная загрузка скриптов в случае, если они раскиданы по нескольким файлам и так и подключаются, затруднена, т.к. нет гарантии, что нужная библиотека подгрузится до ее вызова (обычно определяют готовность скриптов в $(document).ready или, если на чистом js, window.load, что не прокатит с асинхронной загрузкой), и проще в данном случае отказаться от этого метода.