Почему не работает fancybox в joomla 3?
Это стандартное поведение jQuery в режиме без конфликтов jQuery.noConflict вот ответ по аналогичной теме с пояснением почему jQuery а не $
Не понимает символ $ Jquery?

Вот так подключить jquery в Джумла без jQuery.noConflict
JHtml::_('jquery.framework', false, null, false);
почитать побольше о способах отключений на форуме https://joomlaforum.ru/index.php?topic=253684.0
Я решил проблему. Если кому интересно, то вместо 
$('a.gallery').fancybox();
попробуйте прописать 
jQuery('a.gallery').fancybox();

Ну и до кучи в $(document).ready(function() {}); тоже знак доллара на jQuery поменять можно. У меня помогло