Как прочитать файл построчно в bash?
Не надо использовать виндовые EOL. В никсах EOL = \n, а в винде EOL = \r\n
Проблему решил так:

while read str; do 
                str=${str/'\r'/} 
                ln "/usr/share/nginx/html/$str" "/usr/share/nginx/html/tst/$str" 
done < /home/user/list.txt