С чего начать изучать системное администрирование?
1. с чего начать, к сожалению со всего сразу, для этого просто nginx +fpm не достаточно
нужен и и  bind и sftp и mysql и тд.
Так что лучшим мануалом для вас считаю поставить ispconfig3 и разобратья с каждым пунктом установки.
при том не бездумно ставить а пытаться понять что  сейчас делаете.
2. Прикрутить multiphp
3. разобратья    как работают php-fpm   и чем он отличается от mod_apache
3. прикрутите nginx  и настройте конфиги проксирования так чтоб связка апач+ngix работала.
Fail2ban qunta и тд так же по дороге, желательно разместить пару реальных сайтов.
теперь что вам реально нужно знать
Линукс это консоль, кроме нее вам ничего не нужно, даже не тратьте время на GUI интерфейсы
если вы выучите это то линукс для вас станет понятен
1. man 
2. команда --help
ls cd rm mc tail cat- минимум
стндартный ввод вывод и какие они бывают, как их перенаправлять.
find grep sed - чем глубже тем лучше, особенно в их связке, после этих команд у вас не останется невозможных 
задач.
дополнительно
awk wc 
Все остальное наработаете с опытом.
Вообще в мире информационных технологий есть краеугольны камень вокруг которого крутиться технологии и называется он "сетевая модель osi". Конечно ценность ее понимания придет не сразу но со временем вы ее поймете, как работают приложения каким образом осуществляется передача информации между разными уровнями.
Так как Вы выбираете направление работы в строну клиент серверных решений, Вам необходимо получить базовые понятия:
- о стеке протоколов tcp/ip
- о принципах работы компьютерных сетей  (что такое ip адрес, порт, как происходит маршрутизация пакета) 
По выбору технологий:
- В изучении Linux вам могут помочь курсы LPIС. 
-  Если у Вас нет опыта в работе с языками программирования я бы рекомендовал вам начать знакомство с языков со строгой типизацией данных, php является языком с динамической типизацией данных.