Стоит ли менять записи в базе данных миграцией?
Для первоначального заполнения проекта каким-то системными данными следует использовать миграции или консольные команды, но никак не сидеры, которые придуманы для тестов.
Для дальнейших изменений каких-либо данных, не подлежащих изменениям из какого-либо рода админки, следует использовать всё те же миграции или консольные команды.
Как вам ответили выше, используйте миграции для наполнения – их можно откатить или подправить.