Безопасно ли хранить .htaccess в корне сайта?
Это очень смешной вопрос. 

Если читать только заголовок, то вопрос звучит очень смешно. Типа "опасно ли дышать?". файлик .htaccess как раз и предназначен для размещения в папках сайта, корневой или не корневой - без разницы. 

Но если прочитать вопрос целиком, вместе с очень забавным текстом на картинке, то станет понятнее, что имеется в виду. 
Нет, дырой в безопасности является вряд ли.
Тут, скорее, дыра в голове AKA непонимание смысла своих действий. 

Во-первых, формулировка. Если вспомнить, что корнем сайта как раз и является публичная директория, то вопрос получится изначально бессмысленный, "почему файл лежит в публичной директории, а не в публичной директории?"
То есть надо сначала понять, что речь в замечании на картинке идет про корень приложения, а не сайта. В котором корень сайта - это всего лишь одна из папок. Та самая, "публичная".

И только после этого можно приступать к ответу на вопрос:
В корне приложения - то есть папке, которая, по идее, вообще никакого отношения к веб-серверу не имеет, класть htaccess скорее бессмысленно. И в теории может так оказаться, что веб-сервер-апач его вообще не прочтёт. И, как следствие - некие секретные настройки могут не примениться. 

Но тут надо вспомнить, что завязывать какую бы то ни было безопасность на файлик .htaccess - это уже так себе идея.  Поскольку доля веб-сервера-апач неуклонно снижается, и весьма велика вероятность того, что на реальном сервере файлик .htaccess будет просто болтаться мертвым грузом, и никто не обратит на него ни малейшего внимания.
А какая критичная для вас информация в нем хранится?

Можете написать в .htaccess правило, которое ограничивает доступ к файлам, начинающимся с точки (файлы гита более критичны).