3D графики в браузере без флеша, неужели нет?
Я правильно понимаю, что вопрос не просто о 3D, а о 3D для визуализации некоей статистики/матфукций?

Видимо, Three.js Вы уже нашли (примеры) А для матфункций может подойти MathBox, который на этом Three.js и основан.

В качестве альтернативы можно посмотреть в сторону processing.js

Офтоп 2D: пока гуглил, наткнулся на d3.js, классные примеры у них…
Все что я видел по теме отрисовки графиков в 3D являлось лишь вариантами рендринга проекции в canvas. Все же с графиками приятнее работать в SVG. Да и тема 3D графиков не особо популярна.