Куда пожаловаться на невыплату по реферальной программе?
Имхо лучшим ответом будет что-то типа:
"Реферальная программа подразумевает привлечение клиентов посредством размещения реферальных ссылок на сайтах партнеров, или на любых доступных для публикации ссылок ресурсах. Как вы понимаете, для этого партнерам нет никакой необходимости собирать какие-либо данные о клиентах, перешедших по реферальным ссылкам, так как всех привлеченных клиентов в итоге отслеживает ваша система. Что и отражено в статистеке моего счета реферальной программы. Если у вас возникают сомнения в качестве работы вашего же программного обеспечения в учете рефералов и выплате по ним средств, то это не очень хороший сигнал о качестве работы сервиса и надежности в целом, как в работе с клиентами, так и в работе с ПО. Все же я надеюсь что работа с вами не будет для меня разочаровывающим опытом... "
Далее добавить от себя по вкусу, можно намекнуть на огласку в соц сетях, на сайте, в крупных сообществах, как предложил McBernar
Читайте соглашение партнерки. Если там нет фраз типа «хочу — плачу, хочу — не плачу» — можно написать досудебку. Потом в суд, если реакции не будет. Но в суде придется доказать, что клиент ваш. Можно ли это сделать — вам виднее. Могу предположить, что это будет сложно. 
Другой вариант — максимально открыто рассказать об этом у себя на сайте, на Хабре, в Фейсбуке. Со скринами, логами и прочим. Репутационный удар будет приличный. Вполне возможно, что хостер захочет урегулировать все сам. Ну или нет и тогда просто забудьте о нем.