Как сбить настройки в PyCharm?
На будущее для тех, кто натыкается на те же грабли и выходит на эту статью с ответом (как и я):
покопали дальше, выяснили, что это можно сделать и в настройках, только для панелей они отдельные:
File - Settings - Appearance & Behaviour - Appearance: Theme  (панели и общее оформление)
File - Settings - Editor - Colors&Fonts: Scheme (оформление в редакторе)
В GNU/Linux можно просто удалить директорию ~/.PyCharm40
В Windows наверняка где-то в %APPDATA%, ищи там.