Стоит ли брать такой набор Arduino, или взять RPi model B?
Неплохой набор.
Вообще зависит от целей. С ардуиной будешь возиться на "низком" уровне, с электротехникой разберешься, с железом. RPi это уже кошерный линукс, обычно берется для более "программных" и требовательных к процессору проектов с парой датчиков.
Бери этот набор. Если через 2 месяца он не будет пылиться на полке, возьмешь RPi.
Для первоначального моргания и работы с датчиками, т.е. для работы с "железом", действительно лучше брать Ардуино. RPi нужно брать скорее для игр с программированием.
По поводу "родной"/"не родной" разницы большой нет. Единственное что лично мне не нравится в конкретно этой плате, так это припаянный чип. Всегда есть некий шанс спалить сам микроконтроллер и лучше если его можно легко заменить, благо у китайцев можно задёшево купить эти самые ATmega отдельно от плат.