Как Вы управляете проектами с удаленными заказчиками?
А что имеете ввиду, когда пишете о наборе инструментов ?
Несколько мыслей вслух
1) Если проект с почасовой оплатой, то ничего страшного в том, чтобы дать заказчику доступ к репозиторию с кодом. Ему спокойно, Вам не напряжно.
2) Можно  утвердить время для ежедневных (или пару раз в неделю) митингов по скайпу. Все знают точное время начала и всегда готовы. Всегда можно заранее перенести время-дату.
3) Для небольших проектов кажется удобным трелло. Нужно только сразу договориться о правилах. Писать только по существу. Каждый тикет - одна тема. Итд итп. Для маленьких проектов бесплатного функционала хватает с головой.
4) Трелло позволяет прикреплять к теме видео демонстрации реализации отдельных задач. Пояснения голосом помогают кратко показать что и как работает. 
5) О некоторых вещах лучше договориться на берегу. Например : выходные дни - святое))). Игнорируются только в случае серьезного форс-мажора )) итд.
Самое главное, чтобы в процессе принимали участие адекватные люди. Остальное  приложится )
1) Общение - любой чат клиент (whatsapp/telegram/vk/skype), по возможности аудио звонки (каждый клиент помечен кто он и по какому проекту работа), или на худой конец почта (многие до сих пор придерживаются общения по почте...)
2) Если проект большой и требует кучи задач - Общая доска в trello с клиентом, где ведется список задач, обсуждение по доскам, если надо туда подтягивается дизайнер или кто-то еще, для более оперативного ответа.
3) Личная доска Trello, где вкратце написаны задачи и стоимость + срок выполнения. (используется для мелких задач где не нужен 2 пункт)
4) репозиторий на bitbucket, если клиенту нужен код и хочет чувствовать спокойствие :)
5) zenmoney для учета финансов.
Никогда не работал с 10+ клиентами одновременно, поэтому схема работы более чем устраивает.