Почему docker значительно медленнее чем native?
база данных в докере - это плохо. я не буду расписывать, в интернете тыщщи статей об этом, даже на хабре есть.
на ютубе можно посмотреть Дмитрия Столярова, который рассказывал очень доходчиво почему не надо использовать базу в контейнерах. 
Уберите из стэка базу - все изменится.
Попробуй добавить network_mode: "host" там где используешь docker NAT т.е. там где ты мапишь 80:80
version: "3.3"

services:
  backend:
    image: backend
    container_name: backend
    build:
      context: .
      dockerfile: ./docker/backend/Dockerfile
    expose:
      - "9000"
    volumes:
      - .:/var/www/app
    networks:
      - test-network

  nginx:
    image: nginx:1.19.0
    container_name: nginx
    ports:
      - "80:80"
    volumes:
      - .:/var/www/app
      - ./docker/nginx/default.conf:/etc/nginx/conf.d/default.conf
    networks:
      - test-network
    network_mode: "host"

  mysql:
    image: mysql:8.0.20
    container_name: mysql
    ports:
      - "3306:3306"
    environment:
      MYSQL_USER: test
      MYSQL_PASSWORD: test
      MYSQL_DATABASE: test
      MYSQL_ROOT_PASSWORD: test
    volumes:
      - ./docker/mysql/initialization:/docker-entrypoint-initdb.d
      - mysql:/var/lib/mysql
    command: --default-authentication-plugin=mysql_native_password
    networks:
      - test-network
    network_mode: "host"

networks:
  test-network:

volumes:
  mysql: