Как задать плавность исчезающему меню?
Добавьте transition: all 0.5s в класс fixed-top
скорее всего   transition: all .5s ease;  для  .fixed-top не будет работать, потому что transition дает плавность свойствам блока, а у вас происходит удаление блока. 
Поэтому, нужно смотреть что дает .fixed-top, мб там нужно высоту в 0px ставить + opacity или visibility и тогда  transition даст необходимую плавность