Какой режим создания бэкапов лучше выбирать?
Выходные=фулл+будни=инкрементный.
Оптимальнее делать копию через rsync (DeltaCopy для Windows).
На сервере с бекапами делать снапшоты/теневые копии с необходимым интервалом. Или снапшоты на основном - смотрите по необходимости.
На своём сервере с Самбой для бекапов можете использовать любую файловую систему с поддержкой снапшотов. Я использую ZFS - мне нравится как там реализована система снапшотов, сжатия на лету и дедупликации - для резервных копий достаточно эффектинво экономит пространство.
У меня используется следующий вариант, к примеру:
 - на основном сервере снапшоты за каждый час сроком хранения месяц(от какой-либо оказии)
 - бекапы rsync'ом ночью в выходные