Одна база 1С и два сайта на Битрикс. Это можно и если да то как?
если прочитать вопрос буквально - ответ можно.
В реальности тут куча глюков, начиная от сбоя расписания экспорта и заканчивая импортом с сайта заказов.
Вы же не написали, что у вас в обмене - у кого-то только ассортимент, у кого-то плюс остатки, у кого-то полный с заказами... 
Тот человек, который сидит и смотрит в окно 1С - потянется за большой деревянной битой... Это я про бухгалтера.
Я уж молчу, как делить остатки между двумя сайтами??? 
Например, у вас в продаже20тн яблок. Сколько яблок можно купить на первом сайте? А на втором? Везде по 20 тн? А если сразу закажут и там и там? давать каждому сайту по 10 тн? А если на первый придет крупняк на 15 тн?)) Тут куча кода, который должны будут написать товарищи с широкораскатанными губами (это я про 1С-ников) - а ведь это люди с пожалуй наибольшим почасовым ценником в мире!!)))Я же не отдам Некту яблоко, хоть он дерись!
Настроить 2 обмена ? 
Вроде ни кто не запрещал такое.