Фрагментация документа с фиксированной навигацией сверху. Как?
Очень сомневаюсь, что получится красивее...хоть margin, хоть padding. 
Но я вам предложу другое:Делайте полоску меню еле видимой через opacity (при наведении - непрозрачной).Расположите после каждого подтекста (на последней строке) безразмерные элементы и делайте якоря на них.Используйте JavaScript:document.querySelector("aside").onclick = function(e){
  var tr = e.target.href;
  if(tr){
      e.preventDefault();
      window.scrollTo(
        0, 
        window.pageYOffset + document.querySelector("#"+tr.split("#")[1]).getBoundingClientRect().top - 60
       );
   }
}
Вот так: jsfiddle.net/zLeau0qz/2
Очень сомневаюсь, что получится красивее...хоть margin, хоть padding. 
Но я вам предложу другое:Делайте полоску меню еле видимой через opacity (при наведении - непрозрачной).Расположите после каждого подтекста (на последней строке) безразмерные элементы и делайте якоря на них.Используйте JavaScript:document.querySelector("aside").onclick = function(e){
  var tr = e.target.href;
  if(tr){
      e.preventDefault();
      window.scrollTo(
        0, 
        window.pageYOffset + document.querySelector("#"+tr.split("#")[1]).getBoundingClientRect().top - 60
       );
   }
}
Вот так: jsfiddle.net/zLeau0qz/2