Проблема установки пакетов php5?
Проблема в версиях пакетов, одни для PHP 5.3, дргугие для 5.4. Используйте в качестве репозиториев для PHP dotdeb (http://www.dotdeb.org) или вместо 12.10 установите 14.04.
Для убунту лучше использовать этот репозиторий вместо dotdeb, поскольку последний для debian. У меня были с ним грабли типа тех, что у вас в вопросе.