Можно ли пометить файлы в windows так, чтобы потом их найти в интернете по этой метке?
Теоретически да. Поисковики сейчас индексируют doc, xls, pdf и т.д. После того как выложите файлы в сеть, через некоторое время возьмите несколько оригинальных строк из вашего документа, и поищите их например, в google, при этом можно запрос обернуть в двойные кавычки. Также если файл появится на торрентах, то можно поискать по хешу файла (наверное, но это не точно!). Правда если хоть один байт изменят, то ...
Можно дать еще оригинальное имя для файлов, потом через поисковики искать по имени файла.

Только непонятно, при чем здесь java и c#?
Если суть вопроса как защитить свою работу от копирования - то нет, никак нельзя. Все что может быть прочитано - может быть и скопировано и/или отредактировано. Есть конечно один совсем уж ущербный способ - встраивать вотермарки на фотки, но это помешает и легальным потребителям.