Можете поревьюить?
1. ссылка - не экономьте на autoloader, это не рационально, если уже начали использовать :)
2. ссылка - лучше собирать такие строки заранее в переменную и потом передавать как аргумент, неудобно поддерживать их "внутри скобок", а экономия на одной переменной ничего не даст
3. ссылка Структура респонса никак не описывается, т.е. нельзя ничего понять, пока не посмотришь в доку vk или руками не потестишь. Нужно или инкапсулировать респонс в класс, или дать ему какую-то предсказуемую структуру массива. 
4. ccылка Внести больше ясности в "$key - 1" не описанием в phpdoc, а рефакторингом в максимально очевидный код.
5. ссылка Нет гарантии, что к элементу $messages[0] можно применить метод out, надо это как-то предотвращать.
6. ссылка конструктор затерялся среди множества методов, хорошо бы его вынести в начало :)
7. ссылка хорошим тоном считается выносить в константы любые числа, даже очевидные (60).
UPD.
1. Общее замечание - на входные параметры методов тоже надо typehints писать.
2. Много комментариев к коду - это признак того, что много неочевидных шагов, значит их надо дробить, инкапсулировать в методы, может даже выносить в отдельные классы, чтобы не перегружать текущий.
Критерии оценки беру тут: https://github.com/index0h/php-conventions конечно часть по оформлению, от части вкусовщина, но хотя бы PSR уважать надо.
1. В док блоках для свойств очень не плохо было бы указать типы и привести их к camelCase.
2. Почему private методы вначале класса?))
3. У вас отсутствует валидация аргументов в методах. Что будет, если в конструктор запихнуть не токен, а объект например, с остальными методами - тоже.
4. В приватных статических методах нет смысла (если честно статика в принципе штука довольно вредная, по ссылке описано почему).
5. filter* методы - не очень, откройте для себя array_shift и array_pop, вам в принципе нужны эти методы?
6. В методе getReplyTimes заюзайте array_filter
7. Я не знаю, что представляет собой $messages, но по хорошему - это должно быть что-то типа Entity с геттерами и сеттерами, с гарантиями структуры данных. Если это какой-то \stdClass - это очень печально.