Насколько опасно разрешать пользователям загружать на сервер любые файлы?
Очень опасно - хакер завоюет сервер на 100%. Представим, у вас сайт на PHP. Пользователь может загрузить на сервер скрипт, а потом его выполнить.
Простейший код удалит весь сайт. У себя не запускать!@unlink($_SERVER["DOCUMENT_ROOT"]);
Чтобы позволить себе такую роскошь нужно будет потратить кучу времени на предотвращение всех возможных угроз. Сейчас все сразу не перечислить. Основная проблема думаю в том, чтобы запретить исполнение файлов. Как вариант каждый файл можно хранить запакованным в архив, тогда исполнить его не удастся, вариантов куча надо сидеть думать...