Примеры проектов PHP(прокомментированных). Где найти?
Для популярных фреймворков обычно есть демо приложение, нп. Symfony demo app. У Laravel был курс "как был создан Laracasts", т.е. есть живой проект Laracasts и скринкаст по его созданию в целях обучения. В целом на гитхабе есть море готовых приложений разного качества и сложности, главное погуглить основательно) 

Прикол ООП в том, что выучить конструкции вроде классов и интерфейсов несложно, сложно понять - где, зачем и как их применять. На помощь приходят шаблоны проектирования, принципы SOLID, книги по архитектуре приложений и немного современных веяний. Нужно уделять время изучению этих основ, просто комментировать их в коде вне учебных материалов никто не будет, потому что это общепринятые практики. Комментируют в коде только спорные решения или специфическую информацию, которая касается бизнес-логики, а не архитектуры
пройдите курсы Елесеева по ООП. Уж.е многое поймете про то как его использовать в php.