Так где же все-таки настраивать: nginx.conf, conf.d, sites-available или sites-enabled?
Как верно пояснил выше Алексей - так и делают обычно, чуть-чуть дополню (расширю его пояснения):
1. nginx.conf - общие конфиги всего сервера и всех обслуживаемых сайтов под ним, там он заодно подключает всё, что лежит в site-enabled
2. site-available - конфиги отдельных приложений, туда можно заткнуть один для вебдава, другой для вебсокетов, третий для сайта, четвёртый для другого сайта, а пятый вообще для php-fpm и т.д.
3. sites-enabled - т.к. тут просто включённые сайты - сюда складываются симлинки из site-available, для того, чтобы быстро включить, переключить или отключить какой-то конфиг. Что-то вроде горячей замены.
По-хорошему делается всё именно так.
У меня так:nginx.conf - основной конфиг. Указываем настройки ssl, gzip и прочего, что одинаково для всех хостов.sites-available - конфиги хостов со своими настройкамиsites-enabled - ссылки на конфиги из sites-available