А не поможете с Flexbox и IE11?
В IE11 нельзя прижимать футер при помощи flexbox с использованием min-height: 100%, т.к. все дочерние элементы не видят этой высоты. От чего и получается, что один наезжает на другой. Это баг самого браузера. 
В данном случае это реализовано у блока .container
https://jsfiddle.net/fy1v5qq4/6/
Если убрать свойства flex у main и aside, все работает.
Перестроение работает нормально.
Отсюда начинаем плясать.
Еще у тебя незакрытое свойство..container {
min-height: 100% // не хватает точки с запятой
  display: -ms-flexbox;
но это просто для заметки, на проблема не влияет.