Возможно ли простое обновление зависимостей в множестве микросервисов?
Добро пожаловать в реальный мир. На самом деле эта проблема совсем не нова. Да, зависимости это удобно, но болезненно и именно поэтому необходимо тестирование, а некоторые организации даже применяют тестирование сторонних компонент на безопасность.

Начинать лечить вашу проблему стоит с того чтобы внедрить CI/CD и получать отчеты об успешных сборках. Тестирование добавите позже. После этого вы поймете что необходимо довольно жестко фиксировать зависимости в проектах, делать форки сторонних библиотек, версионировать свой код в репозитории. Даже API придется со временем версионировать и учиться писать контракты, документацию) Много дополнительной работы, но при этом это все - единственное что держит на плаву проекты, выходящие из песочницы
Собственно говоря изоляция зависимостей одна из причин упаковки приложений в образ.
Если вам это мешает, значит просто вам не следует использовать докер.