Почему выдает ошибку при конвертировании файла?
Открываем список сигнатур и смотрим комбинацию 0x52 0x49 или RI.
Получаем один из трёх вариантов - wav, avi или webp.
А то, что у файла расширение jpeg, так это просто кто-то криво его задал.
Проверяйте тип через mime_content_type, Для JPEG должен возвращаться тип image/jpeg.
$dir = realpath('./img');

$ext = ['jpeg', 'jpg'];

$fileSPLObjects =  new RecursiveIteratorIterator(new RecursiveDirectoryIterator($dir), RecursiveIteratorIterator::CHILD_FIRST);
foreach($fileSPLObjects as $fullFileName => $fileSPLObject ) {
    if ($fileSPLObject->isFile()) {
        $info = new SplFileInfo($fullFileName);    
        if (in_array($info->getExtension(), $ext)) {
            $image = new Imagick($fullFileName);
            $image->setFormat('webp');
            $image->writeImage('webp:' . $fullFileName . '.webp');
            // тут можно удалить старое, unlink($fullFileName);
        }
    }
}
Вариант через Imagick, плюс покороче