Существуют ли вирусы / шпионское ПО, которое невозможно обнаружить?
Нет. Для любого ПО есть как минимум один человек, который знает, как его обнаружить - это его автор :) 
Но я думаю, Вы имели в виду - "существует ли ПО, которое я не могу обнаружить у себя на компе?". Тогда ответ - да, существует. Есть множество мест, где его можно разместить, некоторые их них весьма технически сложны, но возможны. Закладки могут быть установлены:
- в прикладном софте
- в ОС
- в UEFI/BIOS
- в микрокоде процессора
- в виде чипа на материнской плате
Естественно, чем сложнее исполнение, тем меньше мест, где она может быть реализована и тем меньше круг лиц, которым она будет устанавливаться - если Вы не Навальный, никто не будет греть голову, как Вам подкинуть закладку в BIOS :)
нет