Как лучше всего синхронизировать физические файлы, используемые на двух разных серверах?
Используйте csync2.
Как плюс, csync2 подходит для достаточно тяжелых проектах. Конфиги можно разделить на несколько частей, и эти части запускать с разной периодичностью, также не нагружает систему при таких нагрузках.
Используем lsyncd на проектах с большим количеством файлов и объемов (сотни гб) — все отлично. Для синхронизации внутри используется rsync — вообще он быстро работает на уже синхронизированном каталоге, 10 мин — это на первый запуск только может быть.