Индексация новой версии сайта?
не нужно менять ссылки, категорическиили сохраняете все URL, которые сможетеили делаете редиректы со старых на новые
редиректы можно реализовать или в движке нового сайта
или отдельно, редиректами перед новым движком, где нибудь на nginx
Как минимум редиректы надо со старых страниц на новые поставить, и 404 ошибку с хорошим разводящим меню.
В целом такой перелив заберет у вас позиции (если они были),  вы выпиливаете страницы с определенным весом (может даже вполне не плохим),  определенным возрастом.
Что бы не потерять позиции вам надо сохранить старые URL,  как это сделать - решать вам.