Как работать командой над большим проектом?
Есть еще один вариант, возможно очень глупый - делать письменный договор о неразглашении "начинки" проекта. И давать полный доступ к файлам проекта, который будет лежать на сервере для разработки.
Это не глупый, а единственный нормальный вариант. 
Все остальные попытки что-то спрятать обречены на провал.Я не поверю, чтобы в крупных проектах давался доступ ко всему коду, каждому back-end разработчику.
Для разделения можно использовать git submodules или просто отдельные репозитории хотя бы фронта-бекенда.
Но делать это только для того чтобы спрятать код друг от друга бессмысленно.
Можно и модулями кодить, и как угодно вообще, но это всего огромный оверхед для продуктивной работы.
А в худшем случае вообще будете только и делать что бороться с этим монстром из кучи модулей/репозиториев, вместо нормальный работы над продуктом.2. Если, допустим фронтендер сделал обновление кода шаблона, как сделать так, чтобы не дергать постоянно back-end'а для внесения эти изменений?
Значит скорее всего у вас проблемы с "архитектурой", если только дизайнер это верстальщик в html, а на бекенде шаблоны надо еще интегрировать с логикой/кодом, тогда это логично пропускать через бекендеров.
А если дизайнер это фронтендер который делает конечный кусок кода, то значит надо менять подход.
А так вообще с такими вопросами - нужен проект менеджер с техническими скиллами или тим лид, раз ни у кого в команде нет компетенции разрулить эти задачи.
Организацией работы проекта занимается ПМ (project manager) со всеми вытекающими требованиями к умениям и навыкам, можно гуглить.
Защиту можно сделать разными способами. И в целом безопасностью занимаются, извиняюсь, безопасники. То есть в идеале это должен быть кто-то из вашего костяка команды. Собственно, если это будете не вы, то отправьте одного из ваших на обучение, пусть хотя бы гуглит тему и изучает самостоятельно.
Придумать можно много чего. Письменный договор - полезно в качестве подстраховки. А так можно использовать разграничение доступа к файлам и папкам, можно сделать что-то типа онлайн редактора (я так понял у вас проект - это сайт). Новые фичи можно как-то обкатывать на отдельных страничках, а может и на отдельном сервере, так заранее и не скажешь без понимания всей кухни. В некоторых организациях, например, запрещают доступ в Интернет и выдергивают нафиг все USB разъёмы, чтобы скопировать нельзя было. Но еще раз повторюсь - это отдельная работа и ответственность. И много всяких тонкостей. Ею занимается безопасник. То есть, к примеру, сотрудник без прав вполне сможет подружиться, а потом попросить друга одолжить доступ. Прикольный пример можно увидеть в сериале "24 часа" - там примерно половина времени это борьба хороших и плохих с бюрократией и разграничением доступа, обман, интриги, разоблачение, использование служебных полномочий, и периодически плохие оказываются у власти, а хорошие не могут до них добраться как раз из-за этих ограничений. Суть в том, что идеальной системы нет, и ни вы, никто другой, не сможете всё контролировать.