На чем лучше написать 3d игру?
Что-либо в портфолио предназначено для того, чтобы продемонстрировать работодателю или кому-либо ваши навыки в чем либо. Следовательно: определитесь с тем, какие навыки вы хотите продемонстрировать. И от этого отталкивайтесь.
1. Для демонстрации знаний в js - three.js
2. Для демонстрации знаний в Unity (+C#) - Unity.