Как создать приложение — задачник (mvc приложение на чистом php)?
Не бездарна, просто не уделили еще достаточно времени пониманию работы приложений и реальному ООП) Но этим стоит заняться - книги есть, видеокурсы есть.
Примеры приложений можно поискать.
Что здесь нужно? 
1. Точка входа (index.php), которая будет перенаправлять на реальную страницу
2. Способ сопоставления роута с реальным экшеном контроллера
3. Группа классов контроллеров 
4. Группа классов моделей (сущностей)
5. Группа шаблонов (вьюх)
6. Другие группы классов (сервисы, модули и т.п.) по необходимости
Если совсем трудно без фреймворка, попробуйте влоб написать процедурный php для решения задачи, потом вычленять код в методы и классы с  конкретным предназначением. Почитайте в документации знакомого Вам фреймворка раздел про жизненный цикл запроса и разберите все по полочкам. Успехов!)
Делаем три директории (Controller, Model, View) в папку Controller кладем два файла (Default.php, Admin.php) с соответствующими классами, в директорию View делаете папки под клиента и админку, туда же шаблоны верстки (header.php, body.php, footer.php, template_message.php ... и т.д.). В директорию Model кладете Task.php  - тут реализуете и методы пагинации соответственно. Вообще во всех файлах  делаете что-то более менее похожее на Фреймворк.  Самое интересное - это index.php  - тут создается соединение с БД и запускается нужный экшен контроллера - как определить нужный? Ну почитайте например про ЧПУ и Роутинг PHP.