Можно ли в windows сделать лимит на cpu на пользователя?
Да, можно: CPU rate limits in Windows Server 2008 R2 and Windows 7.
Если вкратце, то надо узнать SID пользователя (например, S-1-5-82-3006700770-424185619-1745488364-794895919-4004696415), затем открыть или создать ветку реестра HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager\Quota System\S-1-5-82-3006700770-424185619-1745488364-794895919-4004696415 (т. е. HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager\Quota System\%SID_пользователя%), и в ней создать DWORD параметр CpuRateLimit, указывающий, на сколько процентов пользователь может нагружать процессор.
Windows System Resource Manager. В 2008й есть из коробки, достаточно компонент активировать. Можно настроить лимит как на процессорное время, так и на ядра