Почему видеорегистратор записывает поврежденные видо?
Вставить простенький HDD и не заниматься ерундой
Флешка подохнет очень быстро. обычно они используются для выгрузки куска архива...

что за регистратор? ссыль в студию

странно что он пишет AVI, обычно там "кодированный" формат видео

ну и на последок. Пример от регистратора hikvision.  Прежде чем начать запись он размечает диск(форматируешь его когда), делая там тонну "пустых" файлов(на 50% Объема примерно) и потом пишет инфу прямо в них,чтоб не тратилось время на создание файла и выделения места на диске 
Возможно это Ваш случай