С#: Импорт большого csv-файла в БД SQLite. Как это сделать?
Попробуйте консольную утилиту sqlite(Gui могут виснуть):
sqlite> create table mytable(a, b);
sqlite> .mode csv
sqlite> .import myfile.csv mytable
https://www.bricelam.net/2017/07/20/sqlite-bulk-in....

https://stackoverflow.com/questions/364017/faster-...
Установите pragmas 
synchronous = OFF + locking_mode = EXCLUSIVE + journal_mode = OFF

И используйте пакетную вставку по 50 000 элементов