Как получить 3 уровня вложенных записей одним SQL запросом?
Как вариант:SELECT * FROM :table WHERE 
  company_id = :company_id 
  OR parent_id = (
    SELECT id FROM :table WHERE company_id = :company_id)
  OR parent_id IN (
    SELECT id FROM :table WHERE parent_id = (
      SELECT id FROM :table WHERE company_id = :company_id))
А вложенный массив уже потом можно собрать в коде
Не совсем понял что вы хотите. Вы хотите получить готовое дерево? Т.е. готовый многомерный массив?