Al-Qaeda is ondertussen nauw blijven samenwerken met de vele groepen in het Midden-Oosten, in Egypte, Algerije, Yemen, Libanon, Marokko, Tunesië, Somalië en elders, waarmee zij verbonden was toen Bin Ladin in Soedan was.
Verschillende landen in het Midden-Oosten hadden groepen waar Al Qaeda nauw mee heeft samengewerkt.