Zoals blijkt uit onze analyse van de FOXP2-locus, kan echter niet worden aangenomen dat overlappende, maar verschillende varianten dezelfde effectmaten hebben of zelfs dezelfde richting uitgaan. Bovendien brengt een dergelijke puntsgewijze analyse meerdere statistische tests met zich mee op elke GSV-locus, wat kan leiden tot een mogelijke inflatie in de gerapporteerde P-waarde voor de regio als geheel.