Hoewel het in verband wordt gebracht met een relatief hoge complicatie, kunnen patiënten met NTM longziekte, waarvan de ziekte in één long is gelokaliseerd en die hersenoperatie kunnen verdragen, worden overwogen voor operaties, indien er een slechte reactie op de behandeling van geneesmiddelen is geweest of indien de patiënten significante aan ziekten gerelateerde complicaties ontwikkelen, zoals hemoptyse.