대원군은 1864년 종부시를 종친부에 합치고 종부시에 있던 규장각(奎章閣)과 선원각(璿源閣, 이후 藏板閣)을 새로 확장된 종친부에 이건(移建)했다. 1865년 2월에는 종친부를 중수하였다. 이때 천한전(天漢殿)을 신축하고 철종의 어진(御眞)을 봉안했다. 1865년 4월부터 1868년 7월까지 40개월간 경복궁을 중건하며, 종친부를 제일 먼저 수축(修築)하게 한 것이다. 종친부를 경복궁의 일원으로 보았기 때문이다. 종친부는 경복궁의 동문(東門)인 건춘문(建春門) 앞 개천 건너에 자리 잡았다. 문 앞거리에서 볼 때 북쪽에 소격서(昭格署), 남쪽에 사간원이 위치했다. 사간원은 1894년 폐지되며 경성의학전문학교 부속병원 부지에 들어갔다.