배출권거래제가 도입되는 상황에서 거래비용이 상당한 수준인 경우에는 사회 전체적인 감축비용은 최소화되지 못할 수 있으며, 초기할당 결과에 따라거래 후 최종배분 또한 달라질 수 있다. 여기서 거래비용이라고 함은 배출권의 거래 상대방을 탐색하고 관련된 정보를 수집하는데 들어가는 탐색 및정보비용, 거래 당사자들이 지불해야 하는 협상비용(거래조건 협상에 소요되는 시간과 법적 비용, 거래 중개수수료 및 각종 보험료 등을 포함) 거래의 신뢰성과 법적 이행을 담보하는데 소요되는 감독 및 이행강제비용 등을 말한다(Hahn and Stavins, 2011).