개정안은 공공주택사업자가 사업계획의 승인을 받은 때에 「건축법」에 따른 건축허가, 건축신고 등 30개 법률에 규정된 각종 인가·허가·결정·심의 등(이하 “인·허가등”)에 관하여 국토교통부장관이 관계 행정기관의 장과 미리 협의한 사항에 대하여 해당 인·허가등을 받은 것으로 본다고 규정하고 있음. 
  현행법은 사업계획에 인·허가등의 의제 대상이 포함되어 있는 사업계획을 국토교통부장관이 승인하고자 하는 경우 미리 관계 행정기관의 장과 협의하여야 한다고 규정하면서 관계 행정기관의 장은 국토교통부장관의 협의 요청을 받은 날부터 30일 이내에 의견을 제출하여야 하며, 해당 기간에 의견제출이 없는 경우에는 의견이 없는 것으로 본다고 규정하고 있음. 
  인ㆍ허가등 의제 제도의 취지는 행정 창구를 단일화하고 절차를 간소화하며 비용과 시간을 절감함으로써 국민의 권익을 보호하려는 것이지 관련 법률에 따른 각각의 인ㆍ허가등 요건에 관한 일체의 심사를 배제하려는 것은 아니므로,
  인·허가를 소관하는 행정기관의 장은 국토교통부장관으로부터 사업계획 승인으로 의제되는 인ㆍ허가등과 관련하여 협의를 요청받은 경우 그 사항이 해당 인ㆍ허가등의 실체적 요건을 갖추었는지에 대하여 개별 인ㆍ허가등 처분을 할 때와 마찬가지로 검토하여 의견을 제시할 권한과 의무가 있음.
  따라서 국토교통부장관이 사업계획을 승인하기 전에 해당 인ㆍ허가등에 관하여 소관 행정기관의 장과 합의에 이르지 못했다면 해당 사항에 대해서는 인ㆍ허가등이 의제되지 않음. 
  그런데 현행법은 주택건설사업계획의 승인 전에 관계 행정기관의 장과 협의절차를 거쳤으나 의사의 합치를 이루지 못한 채 주택건설사업계획 승인이 이루어진 경우 인·허가 등의 의제 규정에 따라 해당 인·허가 등을 받은 것으로 해석될 여지가 있으므로 개정안은 이를 명확하게 규정하려는 것으로 필요한 면이 있음.  
  다만, 서민 주거지원이라는 공적 성격이 강한 공공주택사업이 원활하게 추진될 수 있도록 「주택법」이나 「도로법」의 예와 같이 관계 행정기관의 장이 해당 법률에 규정된 인·허가 기준에 따라 협의하도록 법률에 명확히 규정하는 방안도 검토할 필요가 있을 것으로 보임.