형사조정제도가 이루어지기 위해서는 가해자의 유죄가 전제가 되어야 한다는 점에서는 비판점이 있으나, 가해자가 스스로 범죄행위에 대한 책임을 인정하고, 이를 전제로 해서 수사기관이 피의사실을 확정하고 조정 참여자들이 각각 자신의 역할을 하도록 조정한다면 본래의 의미가 상실되지 않을 것으로 보인다. 다만 동법 제45조 제4항에서는 ‘검사는 형사사건을 수사하고 처리할 때 형사조정 결과를 고려할 수 있다. 다만, 형사조정이 성립되지 아니하였다는 사정을 피의자에게 불리하게 고려하여서는 아니 된다’고 규정하고 있다. 즉, 형사조정의 결과가 당해 사건의 형사절차에서 참고사항만이 된다. 그러나 형사조정이 처벌위주의 억압적인 형사사법의 운용에 대한 회복적 사법이념의 도입이라는 점을 고려하고, 이러한 형사조정의 이념을 달성하고자 한다면 형사조정이 이루어진 사건에 대하여는 기소유예로 사건을 종결시키는 방향을 검토해 보아야 할 것이다.