개정안은 현재 교육부령에 일부 규정되어 있는 수업연한을 초과하여 등록한 학생에 대한 등록금 징수방법을 법률로 상향하고, 그 방식은 취득학점 수에 비례하여 산정하는 형태로 규정하려는 것임.
현재, 수업연한 초과자 중 졸업을 위한 학점을 취득하지 못한 학생(이하 “초과학기생”)에 대해서는, 「대학 등록금에 관한 규칙」 제4조제7항에 따라 학점 구간별로 등록금을 징수(이하 “학점구간별 등록금제”)하도록 하고 있음.
개정안에서는 “학점 수에 비례”하여 등록금을 산정(이하 “학점비례 등록금제”)하도록 하고 있는데, 문언 상 (학점 당 등록금 × 학점 수)의 금액을 징수하는 것으로 해석되는 바, 개정안 통과 시 초과학기생에 대한 학점구간별 등록금제는 변경되어야 할 것임. 
또한, 현재 졸업학적을 취득하였으나 수업연한을 초과하여 등록한 학생(이하 “학위취득유예생”)에 대한 등록금 징수방법은 법령에 규정되어 있지 않아, 각 대학별로 다양한 방식의 등록금 징수방법을 운영하고 있는데, 개정안에 따를 경우, 학위취득유예생에 대하여도 학점비례 등록금제가 통일적으로 적용될 것임. 
아래에서는 ① 수업연한 초과 학생에 대한 등록금 징수방법의 상향입법, ② 초과학기생에 대한 학점비례 등록금제 적용, ③ 학위취득유예생에 대한 학점비례 등록금제 적용에 대하여 각각 검토하기로 함.
① 수업연한 초과 학생에 대한 등록금 징수방법의 상향입법
현행법은 수업연한 초과 여부를 구분하지 않고 등록금 징수방식을 교육부령에 위임하고 있음을 고려할 때, 개정안과 같이 수업연한 초과 학생만 한정하여 등록금 징수방법을 법률로 규정하는 것이 적정한지 검토할 필요가 있음.
이에 대하여 교육부는 수업연한 초과 학생에 대한 등록금 징수는 「대학 등록금에 관한 규칙」 제4조에 이미 규정되어 있으므로, 등록금심의위원회 등을 거쳐 법령 내에서 대학 자율적으로 운영하도록 하는 것이 보다 적절하다는 입장임.
그러나, 초과학기생에 대한 「대학 등록금에 관한 규칙」 제4조제7항의 등록금 징수방법은 학점구간별 등록금제로 한정되어 있는바, 현행 법 체계에서 대학의 자율성이 확보되지 않고 있으며, 
해당 징수방법이 동 규칙 제정 시부터 변동이 없는 것을 고려할 때, 하위법령에의 규정을 통한 탄력적 규율 필요성도 크지 않은 것으로 보임. 
또한, 학위취득유예생에 대한 등록금 징수방법을 구체적으로 규정하지 않고 있어, 졸업학점 취득 여부에 따라 수업연한 초과학생의 등록금 징수방법이 달라지는데 대하여, 통일된 규율이 필요하다는 의견도 있을 수 있는바,
수업연한 초과 학생에 대한 등록금 징수방법을 법률에 명시하는 것은 바람직한 입법조치로 판단됨.
② 초과학기생에 대한 학점비례 등록금제 적용
개정안에 ᄄᆞ라 초과학기생에 적용되는 학점비례 등록금제와 기존의 학점구간별 등록금제를 비교·검토할 필요가 있음.
교육서비스의 단위를 학점으로, 교육서비스에 대한 대가를 등록금으로 본다면, 학점에 비례하여 등록금을 징수하는 것이 합리적일 것임. 현행 학점구간별 등록금제에 따르면 10학점과 18학점 수강학생에게 동일한 등록금을 징수하는 등, 구간 내에서는 학점 수와 관계없이 등록금을 산정하고, 특히 9학점 수강에 비해 10학점 수강 시 2배의 등록금을 산정하고 있는데, 이에 대한 합리적인 근거를 찾기 어려움.
또한, 학사기준으로 경계값이 되는 3, 6, 9학점에서 두 제도의 등록금이 동일하도록 학점당 등록금을 설정할 경우, 18학점까지는 학점비례 등록금제의 학비 부담이 더 적거나 같음.
따라서, 위와 같이 18학점에 등록금 전액에 도달하는 방식을 선택할 경우, 초과학기생의 학비 부담 규모나 공평성 측면에서 개정안의 학점비례 등록금제가 기존의 학점구간별 등록금제보다 더 합리적이라고 할 수 있음.
그러나, 학생의 학비 부담 완화는 대학의 재정손실을 의미하고, 이는 고등교육 서비스의 질이 하락하거나 등록금 인상 유인이 되어 수업연한을 초과하지 않은 학생에게 부담이 전가될 수 있음을 경계할 필요가 있음.
또한, 개정안에 따르면 해당 학기 등록금 전액에 도달하는 학점을 교육부령이나 학칙에서 정하게 되는데, 18학점보다 낮게 설정할 경우, 경계값  3, 6, 9학점 등에서 등록금이 증가하고, 3학점 단위로 강의가 개설되는 경우가 많다면 초과학기생의 학비 부담이 오히려 증가할 수 있음.
③ 학위취득유예생에 대한 학점비례 등록금제 적용
학위취득유예제도는 학칙에서 정하는 졸업요건을 모두 충족하더라도 학생의 신청에 따라 재학연한 이내에서 졸업을 미루는 제도로서, 2017년 2월 4년제 국·공·사립대학을 조사대상으로 학위취득유예제도 현황을 조사한 결과, 이에 응답한 140개교 중 103개교(73.6%)가 해당제도를 실시하고 있었고, 학위취득유예생 수는 12,698명, 총 등록금은 25억 400만원 규모임.
초과학기생과 달리, 학위취득유예생에 대한 등록금 징수방법은 법령에 구체적인 규정이 없어, 각 대학의 학칙이 정하는 바에 따라 다양한 방법으로 등록금을 징수하고 있음.
위 표에서 보는 바와 같이 학점비례 등록금제의 형태로 등록금을 징수하는 대학은 9.7% 수준인바, 개정안에 따를 경우 약 93% 대학의 학위취득유예생에 대한 등록금 징수방법이 변경될 것으로 예상됨.
현재 학위취득유예생에게 등록금을 징수하지 않는 대학이 15.5%, 등록금의 1/6, 1/10 수준의 정액을 징수하는 대학이 65.1% 존재하는 것으로 추정되는바, 개정안에 따를 경우 이들 대학이 의무적으로 더 많은 등록금을 징수하게 될 수 있음. 이는 수업연한 초과자의 학비 부담 완화라는 개정취지와 부합하지 않으므로, 신중하게 논의하여야 할 것으로 보임.