첫째, 통일 비용·편익 연구의 시간적 범위 설정 문제에서 기준점을 어디에 두느냐에 대한 첨예한 논란이 존재한다. 통일을 통일이 선언된 시기라고 규정하고 통합을 통일이전 통합과정과 통일이후 통합과정이라고 한다면 통일 이전의 준비 과정이나 통일 이후에 북한 경제를 남한의 일정 목표 수준에 도달할 때까지의 통합 과정을 통일비용에 포함시키느냐 여부에 따라서 통일비용 규모는 천차만별이 된다. 독일의 경우 통일 이후 20년이 지난 지금도 지속적으로 동독지역에 투자되고 있는 비용을 통일비용으로 볼 것인가에 대한 것은 여전히 논란의 여지가 있다. 또한, 통일편익 추정에 있어서도 통일이후 몇 년까지 통일편익으로 상정할 것인가도 주요 쟁점이 된다.