У 2012 році Комісія була передана до Національної академії наук України і відтоді головою Комісії за посадою є Президент НАН України. До складу Комісії включаються провідні вчені Національної академії наук України та інших наукових установ, фахівці органів виконавчої влади відповідно до їх повноважень і громадських організацій, статутами яких передбачена діяльність в охороні видів тваринного та/або рослинного світу.