Капарра — головний порт Пуерто-Рико. Назва Сан-Хуан прийшла дещо пізніше (в 1521 році) до столиці території та до невеликого острова «Старий Сан-Хуан» (), що нині є частиною столиці. Після завоювання острова та його анексії Іспанією в 1509 році Хуан Понсе де Леон став першим губернатором острова (Вісенте Яньєс Пінсон був призначений першим губернатором, але на острів так і не прибув).