Під час запліднення в більшості організмів (проте не в усіх) ембріон отримує мітохондрії лише від яйцеклітини і, відповідно, мітохондріальну ДНК лише від матері. Винятками є деякі види молюсків. Цей результат забезпечується за допомогою двох процесів: автофагії мітохондрій, які запліднена яйцеклітина отримала від сперматозоїда, та деградації батьківської мтДНК під час сперматогенезу.