Низка дослідників (А. М. Щербак, А. Вовін, C. Георг, Г. Дерфер, Ю. Янхунен) вважає спорідненість алтайських мов недоведеною, залишаючи за алтайською спільністю лише локальний і типологічний статус. Основні претензії викликає введена в алтаїстику порівняльна лексика: стверджується, що всі алтайські лексичні зіставлення можуть бути пояснені запозиченнями різного часу, і що спільними для алтайських мов виявляються якраз слова за своїм значенням пов'язані з «запозиченими» частинами лексичної системи. Реальна основа такого погляду полягає в наступному: компаративістський процедурі в алтайських мовах дійсно доводиться стикатися з фактором багаторазового поновлення тісних контактів між тюрками, монголами і тунгусо-маньчжурами, внаслідок якого лексика будь-якої материкової алтайської мови наповнена запозиченнями з інших алтайських мов. Доповнення алтайського порівняння японською і корейською мовами значно підвищує надійність лексичного зіставлення, зменшуючи ймовірність пояснення лексичних збігів ранніми контактами.