На півдні Сахари кілька річок впадають в озеро Чад, звідки значна кількість води продовжує текти на північний схід і поповнює місцеві водоносні шари. По південно-західній околиці Сахари протікає річка Нігер, у внутрішньої дельти якої розташовуються озера Фагібін, Гару, Ніангай та ін.