На Берестейському соборі 1596 року він став на боці князя Василя-Костянтина Острозького, тобто, проти унії, на цій позиції лишився до смерті. Після 1596 року, поряд з єпископом Перемиським Михайлом Копистенським, залишився єдиним православним ієрархом в Речі Посполитій. За це був відлучений від церкви греко-католицьким митрополитом Київським Михайлом Рогозою. Проте, патріарх Константинопольський Мелетій Пігас призначив його 4 серпня 1597 року своїм екзархом для українських земель з титулом «екзарх Руської церкви», фактично — місцеблюстителем Київського митрополичого престолу і першоієрархом всіх православних країни.