Головою цієї державно-церковної канцелярії проголошувався імператор, а «всевидючим оком», що безпосередньо керував цим канцелярським відомством був оберпрокурор, якого призначав імператор). Також Петро І створив так звану Таємну канцелярію, що виконувала, по суті своїй, функції Інквізиції у Росії.