Двадцятилітня двостороння боротьба Гедеона із братчиками гальмувала розвиток релігійно-культурних процесів і вражала своєю нетолерантністю. Владика часто робив розбійні набіги на приватну власність братства та вдавався до фальсифікації патріарших грамот про скасовування ставропігійних прав. При погромах Гедеону допомагали його брати Адам і Іван. Разом з ними він нищив братську школу і, на противагу братчикам, утворив таку ж при Святоюрському монастирі.