Генетична спорідненість складових гілок не є загальновизнаною: деякі вчені вважають її набутою в результаті інтенсивних мовних контактів на рівні прамови («антиалтаїсти»), деякі лінгвісти називають обидві теорії рівноважними («скептики»). Внутрішня класифікація За найпоширенішою думкою алтайська сім'я включає тюркські мови, монгольські мови, тунгусо-маньчжурські мови, у максимальному варіанті також корейську мову та японсько-рюкюські мови (спорідненість з двома останніми групами гіпотетична).