Наукове забезпечення ведення Червоної книги України, підготовку пропозицій про занесення до Червоної книги України та про виключення з неї видів, контроль підготовки матеріалів, визначення форми її видань і координацію відповідної діяльності здійснює Національна комісія з питань Червоної книги України, яка створюється Національною академією наук України на базі Інституту зоології НАН України та Інституту ботаніки НАН України, що займаються безпосереднім веденням Червоної книги України.