Відмінності можуть проявлятися на всіх таксономічних рівнях, від класових до видових особливостей. На будову яйцеклітини значно впливають характерні риси середовища, де вона очікуватиме запліднення, та стратегія розмноження виду загалом. Від цих чинників залежить розмір яйцеклітини, будова оболонок, розміщення в цитоплазмі різних факторів тощо. Нижче наведено узагальнені особливості будови яйцеклітини з деякими конкретними прикладами.