1204 року, коли хрестоносці захопили столицю Візантії та утворили Латинську імперію було створено «латинські патріархії» Олександрії, Єрусалиму, Антіохії та Константинополя. Таким чином, разом з новою політичною владою, була встановлена і нова влада церковна. 1261 року з падінням Латинської імперії Константинопольський патріарх переїхав до Кандим (о. Крит), а потім у Негропонте (о. Евбея, Греція).