Цар не став прислухатися до нього, і з цієї миті Пирогов попав у немилість і його «заслали» до Одеси на посаду опікуна Одеського і Київського навчальних округів. Там він спробував реформувати систему шкільної освіти, яка тоді існувала. Такі його дії призвели до конфлікту з владою і вченому довелося залишити свою посаду.