Загальні дані Пелікан перуанський до останнього часу вважався підвидом бурого пелікана. Але, зважаючи на виражену алопатію (відокремленість популяцій), помітно більші розміри тіла та ряд інших стійких ознак, цей птах був визнаний окремим видом. Тим не менше, основні риси біології та екології даного виду спільні з такими ж у бурого пелікану, і далі буде наведено, в основному, розбіжності між цими двома видами.