Основними адміністративними органами об'єднання є: Рада загального ринку Група загального ринку Комісія торгівлі Спільна парламентська комісія, Соціально-економічний консультативний форум Адміністративний секретаріат. Перші чотири організації працюють на міжурядовому рівні. Основним принципом діяльності вищих органів Меркосуру є консенсус.