Також, оскільки в давні часи людські поселення часто розташовувались поблизу водоймищ, іноді залишки збудованих ними підводних конструкцій (мостів, пристаней) залишаються навіть коли всі сліди на суші зникли. Отже, підводна археологія покриває широкий діапазон місць розкопок: напівзатонулі корінні місця поселень людей або їхні тимчасові стоянки що частково опинилися під водою через підняття рівня моря; свердловини чи місця катастроф; залишки структур створених під водою (мости, пристані); інші структури; місця для відходів будь-якого типу, в тому числі сміттєвих, що опинилися під водою.