Для захисту від них та від загрози з боку європейських ворогів Іспанії на острові поступово виникли різні форти та фортеці, такі як Ла-Форталеса (), Фуерте-Сан-Філіпе-дель-Морро () і Сан-Крісто́баль (), мури яких збереглися дотепер. Французи, голландці та англійці неодноразово робили спроби захопити Пуерто-Рико, але зазнали поразки в спробах тривалої окупації острова.