У Сіккімі ростуть близько 5 тисяч видів покритонасінних, включаючи 515 рідкісних видів орхідей, 60 видів первоцвіту, 11 видів дуба, 23 види бамбука, 16 видів хвойних рослин, 362 види папороті, з них вісім деревоподібних, а також 424 види лікарських рослин. Дуже поширений вид молочаю, відомий під місцевою назвою «різдвяна квітка», але офіційною квіткою Сіккіму є благородна орхідея. Ендемічні для Сіккіму види рослин: Anemone dumosa var. monantha, Ranunculus sikkimensis, Uvaria lurida var. sikkimensis, Berberis umbellata var. sikkimensis, Astralagus zemuensis, Caragana spinifera, Anaphalis cavei, Anaphalis hookeri, Anaphalis subumbellata, Blumea sikkimensis, Cacalis chola, Cremanthodium palmatum var. benthamii, Crepis atropappa, Inula macrosperma, Jurinea cooperi, Lactuca cooperi, Ligularia kingiana, Ligularia pachycarpa.