Головою Комісії за посадою є Президент НАН України, головами секцій з питань тваринного і рослинного світу за посадами є директори Інституту зоології НАН України та Інституту ботаніки НАН України. Два згадані заклади займаються безпосереднім веденням і координацією створення Червоної книги України та, згідно з Положенням про Комісію, є її «базовими установами».