Очолював Комісію перший заступник Міністра охорони навколишнього середовища України Ю. Г. Рубан, головами підкомісій з зоології та ботаніки були відповідно М. М. Щербак та Б. В. Заверуха. Друге видання Червоної книги України було здійснене у двох томах, які були опубліковані з дворічним проміжком у видавництві «Українська енциклопедія»: в 1994 році — том «Тваринний світ», в 1996 році — том «Рослинний світ» (наклад кожного — 5000 примірників).