Bắt_đầu từ những năm 1940 và tiếp_tục vào những năm 1970 , Cục đã điều_tra các trường_hợp gián_điệp chống lại Hoa_Kỳ và các đồng_minh .Tám đặc_vụ Đức Quốc xã đã lên kế_hoạch cho các hoạt_động phá_hoại chống lại các mục_tiêu của Mỹ đã bị bắt_giữ và sáu người bị xử_tử ( ex parte Quirin ) theo bản_án của họ .Cũng trong thời_gian này , một nỗ_lực phá mã chung của Hoa_Kỳ / Vương_quốc_Anh ( dự_án Venona ) , mà FBI có liên_quan rất nhiều đến các mã truyền_thông ngoại_giao và tình_báo của Liên_Xô , cho_phép chính_phủ Hoa_Kỳ và Anh đọc truyền_thông Liên_Xô .Nỗ_lực này đã xác_nhận sự tồn_tại của người Mỹ làm_việc tại Hoa_Kỳ vì tình_báo Liên_Xô .Hoover đã điều_hành dự_án này nhưng không thông_báo cho Cơ_quan Tình_báo Trung_ương ( CIA ) cho đến năm 1952 .Một trường_hợp đáng chú_ý khác là vụ bắt_giữ gián_điệp của Liên_Xô_Rudolf_Abel vào năm 1957 .Việc phát_hiện ra các điệp_viên Liên_Xô hoạt_động ở Mỹ cho_phép Hoover theo_đuổi nỗi ám_ảnh lâu_dài của mình với Mối đe_doạ mà ông nhận thấy từ bên trái Mỹ , từ Đảng Cộng_sản Hoa_Kỳ ( CPUSA ) tổ_chức Liên_minh đến những người tự_do Mỹ .
Hoover đã không nói gì về việc phá mã và những khám_phá có được từ nó ?
CIA