Thuật_ngữ " vi_khuẩn " theo truyền_thống được áp_dụng cho tất_cả các prokaryote siêu tế_bào , đơn_bào .Tuy_nhiên , hệ_thống phân_tử cho thấy cuộc_sống prokaryote bao_gồm hai lĩnh_vực riêng_biệt , ban_đầu được gọi là Eubacteria và Archaebacteria , nhưng hiện được gọi là vi_khuẩn và vi_khuẩn cổ tiến_hoá độc_lập từ một tổ_tiên chung cổ_xưa .Archaea và eukaryote có liên_quan chặt_chẽ hơn với nhau hơn là với vi_khuẩn .Hai lĩnh_vực này , cùng với Eukarya , là cơ_sở của hệ_thống ba miền , hiện là hệ_thống phân_loại được sử_dụng rộng_rãi nhất trong vi_sinh học .Tuy_nhiên , do sự ra_đời tương_đối gần đây của hệ_thống phân_tử và sự gia_tăng nhanh_chóng số_lượng trình_tự bộ gen có sẵn , phân_loại vi_khuẩn vẫn là một lĩnh_vực thay_đổi và mở_rộng .Ví_dụ , một_vài nhà sinh_học lập_luận rằng vi_khuẩn cổ và sinh_vật nhân chuẩn tiến_hoá từ vi_khuẩn gram dương .
Hệ_thống miền nào thường được sử_dụng ngày_nay để phân_loại vi_sinh_vật ?
Hệ_thống ba miền