ions = ionsMap.get(subType);
if (ions == null) {
ions = new ArrayList<Ion>();
ionsMap.put(subType, ions);
}
<BUG>for (ArrayList<NeutralLoss> losses : neutralLossesCombinations) {

ions.add(new TagFragmentIon(subType, aa, subaa, forwardMass - getLossesMass(losses), losses, massOffset));
</BUG>
}

ions = ionsMap.get(subType);
if (ions == null) {
ions = new ArrayList<Ion>();
ionsMap.put(subType, ions);
}
for (NeutralLossCombination losses : neutralLossesCombinations) {
ions.add(new TagFragmentIon(subType, aa, subaa, forwardMass - losses.getMass(), losses.getNeutralLossCombination(), massOffset));
}
