بعض العمليات البيوكيميائية مثل نشاط البكتيريا يمكن أن تؤثر على المعادن في الصخور وبالتالي ينظر إليها كجزء من تصلد الفطريات والنباتات (من جذورها) ومختلف الكائنات الحية الأخرى التي تعيش تحت السطح يمكن أن تؤثر أيضا على دياجينيسيس.