وكان أقدم ذكر مرصود للقناة يعود إلى عام 1534 ميلادي، عندما أمر الإمبراطور الروماني وملك إسبانيا شارل الخامس بدراسة واستقصاء السبل التي من شأنها أن تخفف الطريق على السفن المنطلقة من إسبانيا والبيرو، وخلال رحلة استكشافية بين عامي 1788 - 1793 انتهى أليسااندور مالاسبينا من خطط بناء القناة.