التهاب كرون اللفائفي, الذي يصيب المعي اللفائفي فقط, يكون في 30% من الحالات, بينما التهاب كرون القولوني, الذي يصيب الأمعاء الغليظة, يكون في الحالات الباقية بنسبة 20% والتي من الصعب تمييزها عن تلك المصابة بالتهاب الأمعاء التقرحي.هناك نوع من التهاب كرون الذي يصيب المعدة والاثني عشر.