الدور الحيوي يعدّ الهيدروجين H2 أحد النواتج الطبيعية لبعض أنواع الاستقلاب اللاهوائي (التخمّر) وينتج من قبل عدّة أنواع من الميكروبات وذلك من خلال تفاعل محفّز بأنزيمات حاوية في تركيبها على الحديد أو النيكل وتدعى باسم هيدروجيناز.