ورغم كل هذا إلا أن مالكوم حاول إيجاد عذر للمؤسس، لكن من ثم أتت الصدمة بقرار إسكاته بعد تصريحاته عقب اغتيال الرئيس جون كندي ومن ثم انفصاله عن أمة الإسلام فعلياً وتكوينه لمنظمته الخاصة، فقد أمر إليجا محمد مالكوم بعدم التحدث بالمؤتمرات العامة بعدما وصف مالكوم حادثة اغتيال الرئيس كندي وصفاً لاذعاً، خصوصاً أن الرئيس الراحل كان محبوباً من قبل السود لتعاطفه معهم.