للحوت الأزرق ثلاث سلالات مختلفة على الأقل هي: (B. m. musculus) ويعيش في شمال المحيط الأطلسي وشمال المحيط الهادئ، و (B. m. intermedia) ويعيش في المحيط المتجمد الجنوبي، و (B. m. brevicauda) المعروف أيضاً باسم الحوت الأزرق القزم، ويعيش في المحيط الهندي وجنوب المحيط الهادئ، وأما (B. m. indica) الذي يعيش في المحيط الهندي فيُحتمل أن يكون سلالة أخرى لهذا النوع.