"كان منهج داروين العلمي محل نزاع أيضا، كان يُفضل أنصاره منهج جون ستيوارت مل ميل"" نظام المنطق""، بينما تمسك المعارضين بالمدرسة المثالية لوليام هويويل فيلسوف العلوم الاستقرائية، في أي بحث ممكن أن يبدأ بالحقيقة البديهية أن الأنواع هي أجسام ثابتة أنشئت بالتصميم ، جاء الدعم المبكر لأفكار داروين من نتائج دراسات علماء الطبيعة في مجال الجغرافية البيولوجية وعلم البيئة، بما في ذلك جوزيف دالتون هوكر في عام 1860م، و آسا جراي في عام 1862م."