وللتعامل مع قضية الإعجاز العلمي في السنة النبوية ضوابط يجب أن تراعى؛ منها: اختيار الأحاديث المحتوية على إشارات إلى الكون ومكوناته وظواهره، والتثبُّت من معرفة درجة الحديث، واستبعاد كل الأحاديث الموضوعة، وكذلك جمع الأحاديث الواردة في الموضوع الواحد؛ لأن بعضها يفسر بعض، وفهم النص أو النصوص النبوية وفق دلالات الألفاظ في اللغة العربية، ووفق قواعدها، وفهم النص النبوي في ضوء سياقه وملابساته، وفهمه في نور القرآن الكريم؛ لأن أحاديث رسول الله شارحة لكتاب الله، ومبيِّنة لدلالات آياته.. كما أنه ينبغي ألاَّ يُؤَوَّل حديث لرسول الله لإثبات نظرية علمية تحتمل الشكَّ والصواب، ولكن يجب التعامل فقط مع الحقائق العلمية الثابتة .