ولم تحظَ تربية الحيوانات بالأهميّة التي حظيت بها الزراعة نظراً لندرة الحيوانات في الأنديز، ومع ذلك كانت الوحيدة في أمريكا ما قبل كولومبوس، وأهم الحيوانات المدجنة هي الإبل الجنوب أمريكيّة واللاما والألبكا، والتي استفادوا من لحومها للغذاء ومن وبرها وصوفها لصنع ملابسهم، كما استخدموها كوسيلة نقل للبضائع.