الزهرة تخرج أزهار الصويا من آباط الأوراق على شكل نورات أو عنقود متعدد الأزهار يتراوح عددها عادة ما بين 3 و 5 ويصل أحياناً إلى أكثر من 20 زهرة وتتكون الزهرة من كأس ذي خمس كأسيات وتويج يتألف من العلم والجناحين والزورق، والأسدية عشرة تسع منها ملتحمة والعاشرة سائبة حرة، وتغلف الأنبوبة السدائية المبيض الذي يتألف من خباء واحد.