ويزيد داء كرون خطر الاصابة بالسرطان خاصة في اماكن الالتهابات, على سبيل المثال: الاشخاص المصابين بمرض كرون في الامعاء الدقيقة أكثر عرضة للاصابة بسرطان الامعاء الدقيقة.و بالمثل فإن الاشخاص المصابين بمرض كرون في القولون عرضة بنسبة 5.6 للاصابة بسرطان القولون.