الاستخدام الطبي الأموكسيسيلين يستخدم لعلاج عدد من الأمراض المعدية: التهاب الأذن الوسطى الحاد، التهاب البلعوم بالعقيديات، التهاب الرئة، الالتهابات الجلدية، التهابات المسالك البولية، السلمونيلة، داء لايم وعدوى المتدثرة.. تستخدم كذلك للحيلولة دون وقوع التهاب الشغاف الجرثومي في الأشخاص أصحاب الاختطار المرتفع الذين يعالجون أسنانهم للوقاية دون عدوى العقدية الرئوية عند الذين استؤصل الطحال عندهم.