علم التصنيف، والمورفولجيا (علم دراسة التشكل)، وعلم الأجنة والأعضاء البدائية يبدأ الفصل الثالث عشر بملاحظة ذلك التصنيف الذي يعتمد على الأنواع مجتمعة معاً في نظام متعدد المستويات مكون من مجموعات رئيسية ومجموعات فرعية، مبنية على درجات مختلفة من التشابه فيما بينها، وبعد مناقشة مشاكل التصنيف يستنج داروين: كل القواعد المذكورة أعلاه، والمساعدات والصعوبات في علم التصنيف التي تم شرحها، فإذا لم أكن أخدع نفسي بهذا، فالنظام الطبيعي مبني على الأصل مع التكيف، فالصفات التي يعتبرها أصحاب المذهب الطبيعي تظهر تشابه حقيقي بين أي نوعين او أكثر من الأنواع، هي تلك الصفات التي تمت وراثتها من أب مشترك ولهذا الحد فإن كل التصنيفات الحقيقة ماهي إلا جينيلوجكالية (علم دراسة الأنساب)، الأصل المشترك هو الرابط المخفي الذي يبحث عنه أصحاب المذهب الطبيعي بطريقة غير مباشرة.