اغتيال جون كينيدي في عام 1962 عين مالكوم إماماً قومياً في منظمة أمة الإسلام، رغم ذلك إلا أنه في العام التالي وبعد أن أصدر إليجاه محمد أوامر لجميع الأئمة بعدم التعليق علي مقتل الرئيس الأميركي جون كينيدي، خالف مالكوم هذا الأمر وصرح بأن سلاح كينيدي قد أرتد إلى نحره وحصد ما زرعه وبأسرع مما توقع هو نفسه فعمد إليجا محمد إلى تجميد عضوية مالكوم في المنظمة، وكانت الخلافات قد نشبت بينهما قبل ذلك بعدة أشهر فقدم مالكوم استقالته من المنظمة وذهب في رحلة قام خلالها بأداء فريضة الحج.