كذلك زار تركيا الدولة ذات الغالبية المسلمة، ولكونها قد جاءت بعد خطابه والجدل الذي أثير حوله في جامعة ريجنسبورغ فقد احتج المتشددون الإسلاميون على الزيارة التي وضعت ضمن إجراءات أمنية غير مسبوقة، غير أن البابا عبر خلالها عن إعجابه بتركيا، ودعمه ملف ترشحها إلى الاتحاد الأوروبي، الذي كان في السابق يعارضه؛ كذلك فقد أثمرت رحلة البابا إلى تركيا بإصدار بيان مشترك مع بطريرك بطريركية القسطنطينية المسكونية برثلماوس الأول في محاولة لرأب الصدع بين الكنيسة الكاثوليكية وكنيسة القسطنطينية الأرثوذكسية.