القاتل قامت شرطة نيويورك بالقبض على مرتكبي - توماس هاجان - الجريمة وثارت عدة نظريات تقول بأن اغتيال مالكوم إكس كان مؤامرة وقف وراءها مروجو المخدرات أو الإف بي آي أو السي آي ايه، لكن من الراجح أن هذه العملية كانت من عمل منظمة أكبر من منظمة أمة الإسلام، فمالكوم إكس قد تدرب في منظمة أمة الإسلام وهو يعرف مقدرتها وهذا كان أكبر من قدراتها، علق أليكس هيلي كاتب سيرة مالكوم بأن: في نيسان عام 2010 أطلقت السلطات الأمريكية سراح توماس هاجان - قاتل مالكوم إكس - من سجن نيويورك بموجب عفو بعد 45 عاماً من حادثة الاغتيال، وكان توماس هاجان - 69 عاماً - هو الشخص الوحيد الذي اعترف بدوره في اغتيال مالكوم، اعترف هاجان بأنه أطلق النار على مالكوم إكس أثناء إلقائه خطبة في حي هارلم عام 1965 لكنه أصر على أن الرجلين الآخرين المدانين معه في نفس المحاكمة لا علاقة لهما بالأمر وتمسك الرجلان الآخران بأنهما بريئين، فأطلق سراحهما بموجب عفو في الثمانينات من القرن الماضي.