متى حدث الانقلاب ضد حكم جعفر النميري في السودان؟
في صبيحة يوم 25 مايو / أيار 1969م بثت إذاعة أم درمان بياناُ للعقيد أركان حرب جعفر محمد النميري معلناً استيلاء القوات المسلحة السودانية على السلطة في البلاد، وتم تكوين مجلسين هما:
كما اهتم بتوثيق انتهاكات حقوق الإنسان التي قام بها الحكم الديني في السودان، من مثل إعدام محمود محمد طه (1909-1985) والأضرار الاقتصادية البالغة التي ترتبت عليه، وأدت إلى المظاهرات الشعبية والانقلاب العسكري الذي أطاح بحكم النميري عام 1985 وأعاد الحكم المدني إلى السودان، فكتب مخاطبا أنصار الدولة الدينية في السودان: "لا يغني عن ذلك الحديث عن البركة، ذلك الذي أثبتت قدرة الله عكسه، حين هلت على السودان بشائر المجاعة، جزاء وفاقا على أفعال من خلت من قلوبهم الرحمة وهي جوهر الإسلام، وقادتهم ساديتهم إلى القطع قبل الشبع. ما بالهم صمتوا أمام جفاف السماء بعد أن وعدونا بالسيول؟ وأمام تشقق الأرض بعد أن وعدونا بالجنان؟ وأمام خلع الإمام استجابة لغضبة الشعب بعد أن بايعوه مدى الحياة، وعاهدوه على السمع والطاعة؟ فجازته وجازتهم السماء بالمجاعة."
أدان فرج فودة الانقلاب العسكري الإسلامي الذي أطاح بالحكم المدني المنتخب في السودان عام 1989 وأتى بحسن الترابي إلى السلطة والذي أعاد قوانين الشريعة، وحوّل السودان في رأيه "إلى مستقر للأصوليين والإرهابيين، تحت شعارات الثورة الإسلامية." كتب فرج فودة مقالا يهاجم فيه الترابي لإساءته من وجهة نظره "للحضارة، ولحقوق الإنسان، وللوجه الحضاري للسودان، وقبل ذلك كله للإسلام الحنيف، الذي تحول على يديه إلى إسلام عنيف، يعرف القطع قبل الشبع، ويبرر لحاكم مثل النميري أن يعلق معارضيه على أعواد المشانق."
اعتبر فرج فودة أن بانهيار صدام حسين بعد حرب الخليج الثانية " أصبحت مصر هي حائط الصد الوحيد، في مواجهة القوة الإيرانية العملاقة بالمقارنة مع الإمارات الخليجية،" وأن "إيران قد تخلت عن منطق الدفاع، وتسلمت زمام المبادرة للهجوم على مصر، واستطاعت أن تخترق نظام البشير في السودان من خلال سيطرة الجبهة الإسلامية عليه، لكي تهدد حدود مصر الجنوبية" على النحو التالي: