هل تم بناء الجامع الأموي بدمشق على أنقاض كنيسة القديس يوحنا المعمدان؟
يتميز الجامع الأموي أيضًا بكونه أول مسجد ظهر فيه المحراب والحنية، نتيجة طراز البناء الذي كان يشكل كنيسة يوحنا المعمدان سابقاً،[6][7] أما مئذنته الشمالية، وهي أقدم مآذنه الثلاث فتعود لعهد الوليد بن عبد الملك، واستخدمت أيضًا منارةً لمدينة دمشق، كما كانت ستعمل خلال القرون الوسطى للمنقطين للتأمل والصلاة، ومنه انتشر نموذج المئذنة المربعة إلى سائر أنحاء سوريا وشمال إفريقيا والأندلس. يحوي الجامع على مدفن جسد يوحنا المعمدان - النبي يحيى - نسيب المسيح، ولم يبق من آثاره المسيحية سوى جرن العماد ونقش باليونانية في مدح المسيح على أحد الجدران،[8] كما يحوي المسجد أيضًا على الفتحة التي وضع فيها رأس الحسين بن علي حين حمل إلى دمشق، وألحق بالمسجد مقبرة تضم رفات صلاح الدين الأيوبي. احترقت أجزاء من الجامع ثلاث مرات، الأولى عام 1069، والثانية على يد تيمورلنك عام 1400، والثالثة عام 1893، وفي العصر الحديث كانت آخر عمليات الترميم عام 1994.[9]
أما في باحة الجامع، فهناك بقعة من الأرض تحت فناءٍ مسقوف، إذا ما وقف الزائر في منتصفها وضرب عليها بقدمه، فإنه يسمع صدىً عميقًا لهذه الضربات. ومردّ ذلك هو أن هذه البقعة، حسب خبراء الآثار، كانت مدخلًا أو مخرجًا لنفق طويل يربط كنيسة القديس يوحنا (الجامع الأموي) بكنيسة حنانيا، وهي كنيسة صغيرة تبعد عن المكان بما يقل عن الميل، وتقع إلى الجهة الشمالية من الباب الشرقي لدمشق في نهاية طريق صغير يحمل اسم الكنيسة نفسها. ولدخول هذه الكنيسة، ينبغي للزائر أن ينزل عدة درجات تحت الأرض وهناك يجد نهاية النفق في أسفل منتصف الحائط الغربي، وقد سدّ ببعض الأحجار خوفًا من دخول أحد إليه. وقيل أن المسيحيين كانوا يستعملون هذا النفق للانتقال بين الكنيستين أو كمعبر هروب خوفًا من الاضطهاد. وفي الستينات، خلال عمليات الترميم والحفر التي كانت تجري لتوسيع وترميم كنيسة الروم الأرثوذكس المعروفة بالمريمية الشهير في دمشق القديمة، والواقعة بين كنيسة يوحنا وحنانيا، ظهرت أجزاء من النفق وقيل أن جماجم وهياكل بشرية عثر عليها في داخلها تعود لعصور تاريخية قديمة.