Visualization pipeline of the application.jpg
Andrej Cedilnika, Jeffrey Baumesb, Luis Ibanezb, Sean Megasonc, and Brian Wylied
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Visualization pipeline of the application, Diagrams uploaded by User:Mdd, Graphics pipeline
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Visualization pipeline of the application, Visualization pipeline of the application

The basic pipeline of the application can be seen on the Figure. There are two distinct branches of the visualization pipeline. On one hand, the actual cell lineage is visualized using Titan module. The confocal microscopy volumetric images, on the other hand, are visualized using the more traditional volume rendering capability of VTK. The selection of the transfer function used for volume rendering as well as the selection of the time frame of the 3D data to be rendered, out of the 4D collection of confocal microscopy images, is determined by the selection of nodes within the InfoVis part of the pipeline. 

In this way, it is possible to navigate the cell lineage tree and to obtain 3D visualizations of the embryo at a stage that is consistent with the selections made on the cell lineage tree display.
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アプリケーションの可視化パイプライン、User:Mddによるアップロードされた図面、グラフィックスパイプライン
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アプリケーションの可視化パイプライン、アプリケーションの可視化パイプライン アプリケーションの基本的なパイプラインは図に表示できる。視覚化パイプラインには2つの異なる分岐がある。一方、実際のセルの系統は、Titanモジュールを使用して視覚化される。一方、共焦点顕微鏡の体積画像は、VTKのより伝統的なボリュームレンダリング機能を使用して視覚化される。ボリュームレンダリングに使用される転送関数の選択と、同焦点の顕微鏡画像の4Dコレクションからレンダリングされる3Dデータの時間フレームの選択は、パイプラインのInfoVis部分内のノードの選択によって決定される。このようにして、細胞系統樹をナビゲートし、細胞系統樹のディスプレイで行われた選択と一致する段階で胚の3D視覚化を得ることができる。
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