L-inkwiżizzjoni daħlet uffiċjalment f'Malta fl-1561, meta l-Isqof ta' Malta, Domenico Cubelles, beda jservi wkoll ta' Inkwiżitur. Imbagħad, fl-1574, il-Papa Gregorju XIII bagħat lil Mons. Pietro Duzina biex jagħmilha ta' Inkwiżitur u ta' delegat appostoliku f'Malta, b'kariga li tkun seperata minn dik tal-Isqof. Id-dmir tiegħu kien, li jassigura li t-twemmin Nisrani ta' dawk kollha li jgħixu f'Malta, kien skont dak stabbilit fil-Konċilju ta' Trento (1545-1563). Bejn l-1561 u l-1798, kien hawn f'Malta b'kollox 62 inkwiżitur, li 24 minnhom, wara laħqu kardinali. Tnejn minn dawn il-kardinali mbagħad ġew eletti papiet. Dawn kienu l-Inkwiżitur Fabio Chigi, li kien elett Papa Alessandru VII, u l-Inkwiżitur Antonio Pignatelli, li leħaq bħala l-Papa Innoċenz XII. L-inkwiżitur kien jgħix u jamministra fil-palazz tiegħu l-Birgu. Fl-1625, l-Inkwiżitur Visconti bena palazz żgħir fil-kampanja fin-naħa tal-Fawwara, mhux wisq 'il bogħod mill-Buskett. L-aħħar Inkwiżitur spiċċa mkeċċi minn Malta flimkien mal-Kavallieri tal-Ordni, minn Napuljun fl-1798. Ara: Storja tal-Inkwiżizzjoni F'Malta , Vol.