Fit-12 ta’ Ġunju 2015, il-Ministru għall-Finanzi talab lill-Uffiċċju Nazzjonali tal-Verifika (NAO) biex jinvestiga l-proċess, mid-disinn sal-għeluq eventwali tal-proġett tal-Isptar Mater Dei (MDH), minħabba dubji dwar governanza, trasparenza u amministrazzjoni finanzjarja. Ir-responsabiltà għat-tmexxija sħiħa tal-proġett MDH kienet f’idejn il-Fondazzjoni għas-Servizzi Mediċi (FMS), b’funzjonijiet differenti fid-diversi fażijiet tal-proġett fdati lil ministeri u dipartimenti oħra. Fi stqarrija l-Uffiċċju tal- Awditur Ġenerali qal illi minkejja l-isforzi kollha min-naħa tal-Uffiċċju, "investigazzjoni komprensiva tal-proġett MDH ma kinitx possibbli, primarjament minħabba n-nuqqas sinifikanti ta’ dokumentazzjoni fir-rigward tal-istadji kollha tal-proġett. Dan in-nuqqas żamm lill-Uffiċċju milli jistabbilixxi ftehim komprensiv tal-proġett, neċessità assoluta sabiex l-Uffiċċju jasal għall-opinjoni ta’ verifika" Intant l-istess uffiċċju kellu kliem iebes għall-Fondazzjoni għas-Servizzi Mediċi (FMS) meta sostna li "l-Uffiċċju huwa tal-fehma li n-nuqqas min-naħa tal-Fondazzjoni li tipprovdi din l-informazzjoni bażika hija turija ċara ta’ falliment istituzzjonali u negliġenza serja fl-amministrazzjoni ta’ fondi pubbliċi. Barra minn hekk, audit trail mhux adegwat u nieqes mill-kredibilità inaqqas sew il-livell ta’ responsabilità, trasparenza, ġustizzja u governanza mistennija fi proġett nazzjonali bħal dan." "Fiċ-ċirkostanzi, l-NAO mhuwiex f’pożizzjoni li jipprovdi assigurazzjoni dwar it-totalità tal-qafas kuntrattwali li kellu jirregola l-aspetti kollha tal-proġett. L-Uffiċċju mhux f’pożizzjoni lanqas li jipprovdi assigurazzjoni dwar jekk ir-regolamenti applikabbli għal xiri pubbliku kinux rispettati u jekk inkisbux l-approvazzjonijiet meħtieġa għall-kuntratti kollha. Ma ġiet ipprovduta l-ebda dokumentazzjoni li tissostanzja l-għażla tal-Isptar San Raffaele ta’ Milan bħala mudell, filwaqt li bidliet radikali suċċessivi fil-prinċipji proposti u skop tal-proġett, li seħħew wara l-bidliet fl-amministrazzjoni fl-1996 u l-1998, komplew idgħajfu l-immaniġġjar tal-proġett," kompla jsostni l-Awditur f'dak li huwa forsi l-aktar paragrafu iebes għall-mod kif sar il-proċess f'dan il-proġett. L-NAO kompla jgħid li "ma kienx possibbli għall-NAO li jaċċerta jekk il-ħlasijiet kinux marbuta ma’ oġġetti u servizzi eliġibbli skont il-kuntratti rilevanti u kontrolli stabbiliti. Barra minn hekk, l-Uffiċċju ma setax jivverifika jekk kienx hemm każijiet meta t-talbiet għall-ħlas ġew iffirmati minkejja n-nuqqasijiet identifikati fil-kwalità tax-xogħol."