Theo Cục Quản lý chất lượng - Bộ GD-ĐT , hiện có hai cơ sở giáo dục đại học không hợp tác để các Trung tâm Kiểm định chất lượng giáo dục thực hiện việc thẩm định và xác nhận các điều kiện đảm bảo chất lượng . Đó là Trường ĐH Kinh doanh và công nghệ Hà Nội và Trường ĐH Tôn Đức Thắng . " Tước đi quyền tự chủ của trường ĐH " Trao đổi với Tuổi Trẻ Online về việc này , đại diện Trường ĐH Tôn Đức Thắng sáng 1-12 cho biết vừa qua , Trung tâm Kiểm định chất lượng giáo dục - ĐH Quốc gia TP. HCM có lên lịch để thực hiện thẩm định và xác nhận các điều kiện đảm bảo chất lượng giáo dục của Trường ĐH Tôn Đức Thắng theo phân công Bộ GD-ĐT . Trước đó một tuần , đoàn thanh tra của Thanh tra Bộ GD-ĐT do Phó Chánh thanh tra Đặng Thị Thu Huyền dẫn đầu đã vào làm việc với nhà trường trong hai ngày để kiểm tra toàn bộ các điều kiện tuyển sinh của trường . " Sau đó , tôi đã thông báo việc này cho ông Nguyễn Hội Nghĩa - giám đốc Trung tâm Kiểm định chất lượng giáo dục - ĐH Quốc gia TP. HCM . Đồng thời cho rằng không lý do gì mà đoàn thanh tra của bộ vừa làm việc với trường cách đây một tuần , nay Trung tâm Kiểm định chất lượng giáo dục - ĐH Quốc gia TP. HCM lại làm một việc giống vậy nữa " , đại diện Trường ĐH Tôn Thắng cho biết . Sau đó , Bộ GD-ĐT đã có ý kiến với Trường ĐH Tôn Đức Thắng về sự việc trên . " Vì vậy , Trường ĐH Tôn Đức Thắng đã báo cáo với Thứ trưởng Bộ GD-ĐT Bùi Văn Ga rằng toàn bộ báo cáo kết quả thanh tra đã có sẵn chỗ Thanh tra Bộ GD-ĐT . Không thể nào trong vòng 1,2 tuần phải kiểm tra nhà trường hai lần . Chỉ riêng trong năm nay , đã có 12 đoàn kiểm tra , thanh tra của các cơ quan , ban ngành làm việc với trường chúng tôi .
Đại diện Trường ĐH Tôn Đức Thắng , TP. HCM đã trả lời lý do trường này không tham gia kiểm định chất lượng giáo dục theo yêu cầu của Bộ GD-ĐT .