Dự án này được Bộ Giao thông vận tải đồng ý cho Công ty TNHH Đầu tư BOT Bình Lợi ( chủ đầu tư dự án ) thu phí để hoàn vốn . Như vậy , dự án cải tạo luồng sông Sài Gòn ( đoạn từ cầu Bình Lợi , TP. HCM tới cảng Bến Súc , tỉnh Bình Dương ) là dự án đường thuỷ đầu tiên của cả nước thực hiện theo hợp đồng BOT . Ông Vũ Đức Cúc - đại diện chủ đầu tư dự án cho biết , việc thu phí chỉ áp dụng đối với các phương tiện qua dạ cầu Bình Lợi có tải trọng 300 tấn trở lên . Như vậy , sẽ không ảnh hưởng đến người dân sử dụng phương tiện nhỏ vận chuyển hàng hoá trên sông Sài Gòn mỗi khi qua cầu Bình Lợi . Giá thu dự kiến khoảng 70 đồng / tấn / km ; thời gian thu kéo dài 20 năm 9 tháng với hơn 1.100 tỉ đồng . Cũng theo ông Cúc , thời gian thu và giá thu nói trên dựa trên thời gian hoàn vốn của dự án và đã có so sánh với các loại hình vận tải khác của TP. HCM , tỉnh Bình Dương . Mức phí này rẻ hơn rất nhiều so với đường bộ bởi hiện nay , giá phí đường bộ tính bình quân khoảng 240 đồng / tấn / km . Sở Giao thông vận tải TP. HCM đề nghị chủ đầu tư phải đưa ra dự thảo phương án tài chính và phương án thu phí mới để UBND TP phản biện trước khi chính thức đưa vào thực hiện . Lý do là trước đó , Bộ Tài chính có thông tư cho phép Công ty TNHH Đầu tư BOT Bình Lợi thu phí với giá 70 đồng / tấn / km nhưng nay , Luật Phí và Lệ phí ra đời nên phải điều chỉnh cho hợp lý . Ông Bùi Xuân Cường – giám đốc Sở Giao thông vận tải TP khẳng định quan điểm của sở là tập trung tinh thần để xã hội hoá hoặc thu hút được nguồn vốn ngoài nhà nước đối với các công trình giao thông thủy vì ngân sách TP đang thiếu .
eo Sở Giao thông vận tải TP. HCM , dự án cải tạo , nâng cấp luồng sông Sài Gòn và xây mới cầu sắt Bình Lợi dự kiến sẽ hoàn thành vào cuối năm 2018 .