Với tầm quan trọng của đặc khu và số tiền đầu tư rất lớn , có nhiều ý kiến khác nhau , kiến nghị nhiều giải pháp để đầu tư vào đặc khu có hiệu quả chung cho đất nước ... Theo TS Huỳnh Thế Du , chương trình giảng dạy kinh tế Fulbright , việc huy động nguồn lực lớn vào phát triển 3 đặc khu kinh tế phải tính đến hiệu quả đầu tư . Bởi vốn đầu tư hàng chục tỉ USD có thể làm nên gánh nặng rất lớn cho nền kinh tế , liệu lợi ích đặc khu mang lại có lớn hơn chi phí bỏ ra hay không , cần cân nhắc . Ông Du đặt vấn đề đầu tư vào khu vực Hà Nội , TP. HCM để nâng cao khả năng cạnh tranh của nền kinh tế , nâng cao khả năng đổi mới , sáng tạo có thể hiệu quả hơn . Bối cảnh hiện nay cần tạo ra các đô thị cạnh tranh quốc tế , nơi tập trung người giỏi , người giàu ... Nếu đặt mục tiêu thu hút những doanh nghiệp quốc tế , ông Du vẫn cho rằng khu phía đông TP. HCM gồm vùng Thủ Thiêm , quận 9 , quận 2 sẽ là một đặc khu hiệu quả hơn . Lưu ý cần cân nhắc rất kỹ giữa lợi ích và chi phí , ông Du cho rằng mức độ sẵn sàng trong phát triển các đặc khu cần được tính đến . Nhấn mạnh đằng sau đặc khu Thâm Quyến ( Trung Quốc ) là Hong Kong , ông Du nhìn nhận muốn phát triển thành công đặc khu kinh tế cần một chỗ dựa . Với đặc khu Phú Quốc có thể phát triển cụm ngành du lịch , đặc khu Vân Đồn nếu có chiến lược quyết liệt phát triển gắn với nền kinh tế Trung Quốc sẽ có cơ hội lớn . Còn đặc khu Bắc Vân Phong , ông Du cho rằng đến nay chưa rõ chỗ dựa phát triển và nền tảng cho thành công ... TS Nguyễn Đình Cung , viện trưởng Viện Nghiên cứu quản lý kinh tế trung ương , chưa tin ba đặc khu sẽ phát triển thành công các ngành công nghệ cao , bởi Hà Nội và TP. HCM có khả năng tốt nhất nhưng vẫn không làm được . Đồng quan điểm , GS Nguyễn Mại dẫn chứng khi Samsung quyết định đầu tư trung tâm nghiên cứu phát triển tại Hà Nội quy mô khoảng 3.200 kỹ sư , UBND TP Hà Nội định cấp đất tại Đông Anh , rồi Khu công nghệ cao Hoà Lạc , Samsung đều không đồng ý . Lý do là những kỹ sư công nghệ cao chỉ thích hợp làm việc tại khu vực trung tâm Hà Nội .
Đầu tư hàng chục tỉ USD có thể làm nên gánh nặng rất lớn cho nền kinh tế , liệu lợi ích đặc khu mang lại có lớn hơn chi phí bỏ ra hay không ?