Ngày 21-12 , Công ty cổ phần Đầu tư BOT Bình Lợi cho biết dự kiến khó hoàn thành việc lao dầm cầu trước tháng 12-2018 mà tiếp tục lùi tiến độ dự kiến giai đoạn trước Tết Âm lịch . Nguyên nhân được đơn vị này đưa ra là do trụ tạm TP4 , TP5 đóng không xuống lòng sông được đúng với cao độ thiết kế . " Hiện chúng tôi đang yêu cầu các đơn vị thiết kế nghiên cứu , huy động thêm máy móc để đóng cọc " , vị này nói . Trả lời Tuổi Trẻ Online vì sao cầu được thiết kế cho tiêu chuẩn đường sắt tương lai nhưng theo kết luận thanh tra của Bộ GTVT nêu chỉ xài được cho đường sắt hiện tại khổ 1 m ? , đại diện Công ty cổ phần Đầu tư BOT Bình Lợi cho rằng theo hồ sơ thiết kế , quyết định phê duyệt dự án cầu đường sắt Bình Lợi loại khổ 1,435 m . Nhưng hiện tuyến đường sắt Bắc – Nam chỉ sử dụng khổ 1 m , do đó để vận hành khai thác đúng theo tuyến đường sắt đang dùng trước mắt lắp đặt ray khổ 1 m . Còn về ý kiến độ dốc dọc hai đầu cầu cao 16 ‰ ( trong khi tiêu chuẩn không quá 12 ‰ ) sẽ gây khó khăn cho đoàn tàu khó vận hành trong tuyến đường sắt tương lai , Công ty cổ phần Đầu tư BOT Bình Lợi cho rằng theo Công lệnh sức kéo 2016 của ngành đường sắt ban hành , cầu Bình Lợi nằm trên khu đoạn Dầu Giây ( Đồng Nai ) - Sài Gòn có độ dốc = 17 ‰ . Do đó , việc lựa chọn độ dốc dọc ở mức 16 ‰ nhằm tránh lãng phí sức kéo đầu máy . " Khi lựa chọn dốc dọc cầu ở mức 16 ‰ , trong hồ sơ dự án đã có bảng tính kiểm toán trọng lượng đoàn tàu đối với phương tiện đường sắt đang dùng khi qua cầu " , đại diện Công ty cổ phần Đầu tư BOT Bình Lợi cho biết . Về hướng cải tạo cầu sau này khi làm tuyến đường sắt mới , Công ty cổ phần Đầu tư BOT Bình Lợi cho biết trong tương lai theo Quy hoạch chi tiết đường sắt khu vực đầu mối TP. HCM phê duyệt của Bộ GTVT năm 2013 , tuyến đường sắt Trảng Bom - Hoà Hưng là đường đôi và phạm vi trước sau cầu Bình Lợi tuyến đi trên cầu cạn ( đi trên cao ) .
Dự án BOT đường thuỷ Bình Lợi được Bộ GTVT nêu có nhiều sai phạm , trong đó thiết kế của cầu chỉ xài được ở tuyến đường sắt hiện tại chứ chưa đáp ứng được yêu cầu trong tương lai .