Trong văn bản vừa gửi Bộ Nội vụ về thực hiện Chỉ thị của Thủ tướng trong việc tăng cường kỷ luật , kỷ cương ở cơ quan hành chính các cấp , UBND TP HCM cũng bày tỏ lo ngại thiếu cấp phó ở các sở , ban , ngành . Thành phố cho rằng , Nghị định của Chính phủ cho phép số lượng phó giám đốc các đơn vị tại TP Hà Nội và TP HCM đến bốn người . Tuy nhiên , Thông tư liên tịch của các Bộ ngành Trung ương quy định " không quá ba người " , không dành riêng cho Hà Nội và TP HCM . Trong khi đó , TP HCM với tính chất đặc thù về phát triển kinh tế - xã hội , là đô thị đặc biệt , khối lượng công việc ngày càng nhiều và có xu hướng tăng lên ; mức độ phức tạp của công việc cao đòi hỏi việc tuân thủ các tiêu chuẩn , quy trình , kế hoạch , pháp luật phải triệt để và chính xác . " Việc này không đáp ứng yêu cầu thực tế quản lý , điều hành ; đã và đang tạo áp lực lớn đối với tổ chức bộ máy cũng như đội ngũ cán bộ , công chức của thành phố " , báo cáo nêu . TP HCM hiện có 20 cơ quan chuyên môn trực thuộc UBND thành phố , 24 quận huyện , 322 phường xã , đồng thời đang sử dụng biên chế vượt trên 3.000 chỉ tiêu được giao . Làm việc với Đoàn giám sát của Quốc hội hồi tháng 3 , Chủ tịch UBND Nguyễn Thành Phong khẳng định khối lượng công việc của các sở ngành hiện nhiều " khủng khiếp " . TP HCM kiến nghị Trung ương cho phép số lượng phó giám đốc sở đến bốn người do khối lượng công việc nhiều . Trao đổi với VnExpress , Phó giám đốc Sở Nội vụ TP HCM Lê Hoài Trung nhận định , Thông tư của các Bộ ngành Trung ương trái với Nghị định của Chính phủ , khiến thành phố gặp khó nhưng vẫn phải chấp hành . " Thành phố đang chờ triển khai thực hiện Nghị quyết Trung ương 6 về thí điểm cơ chế , chính sách đặc thù phát triển TP HCM ; sắp xếp , tổ chức bộ máy .
Chính phủ cho phép có 4 phó giám đốc các sở ngành , song TP HCM chỉ được tổ chức ba người trong khi công việc " nhiều khủng khiếp " .