Đàm phán giữa Việt Nam và Indonesia về phân định vùng đặc quyền kinh tế tại vùng biển tranh chấp đã diễn ra nhiều vòng nhưng chưa có kết quả cuối cùng . Hàng chục năm đàm phán Năm 1969 , Indonesia đưa ra tuyên bố về nguyên tắc phân định biển dựa theo đường trung tuyến tính từ đường cơ sở quần đảo Indonesia và đường cơ sở của các quốc gia liên quan . Sau khi đàm phán phân định biển không thành công với Việt Nam cộng hoà , vào năm 1978 , Indonesia nối lại đàm phán với Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam . Dựa vào đặc điểm có một rãnh sâu tại đáy biển gần đảo Natuna Bắc của Indonesia , Việt Nam đã đưa ra đề nghị về ranh giới thềm lục địa nằm giữa đường trung tuyến xác định theo đường cơ sở và rãnh sâu gần đảo Natuna Bắc . Sau 25 năm đàm phán , vào ngày 26-6-2003 , Chính phủ hai nước Việt Nam và Indonesia đã ký Hiệp định phân định ranh giới thềm lục địa tại vùng biển chồng lấn . Hiệp định có hiệu lực từ ngày 29-5-2007 . Ngoài phân định biển , nội dung của hiệp định còn có những vấn đề liên quan tới phối hợp bảo vệ môi trường biển , xử lý các mỏ dầu , khí , khoáng sản nằm vắt qua đường phân định và cách thức giải quyết những tranh chấp giữa hai nước liên quan tới giải thích và thực hiện hiệp định một cách hoà bình thông qua hiệp thương và đàm phán . Hiệp định này cũng khẳng định rằng nó sẽ không ảnh hưởng đến bất kỳ hiệp định nào được ký trong tương lai giữa các bên ký kết về phân định ranh giới vùng đặc quyền kinh tế . Thận trọng Thông thường , theo Công ước Liên Hiệp Quốc về Luật biển , đường ranh giới ngoài của thềm lục địa nói chung nằm bên ngoài vùng đặc quyền kinh tế của quốc gia ven biển . Tuy vậy , vì có đặc điểm về tồn tại rãnh sâu nằm gần đảo Natuna Bắc , Indonesia cho rằng ranh giới phân định thềm lục địa giữa Việt Nam và Indonesia nằm trong vùng đặc quyền kinh tế của Indonesia .
Để có cơ sở xem xét việc các ngư dân Việt Nam bị kết án ở Indonesia vì “ đánh cá trên vùng đặc quyền kinh tế của Indonesia ” , cần làm rõ vùng biển chồng lấn giữa Việt Nam và Indonesia .