Liên quan đến những lùm xùm tại các dự án BOT trong giao thông vận tải thời gian gần đây , ông Phạm Ngọc Hùng - Phó Chủ tịch Quỹ Chống hàng giả Việt Nam nhận định : “ Doanh nghiệp " sân sau " gắn kết chặt chẽ bởi quyền lực của quan chức trong lĩnh vực mình quản lý hoặc có ảnh hưởng điều phối để trục lợi bằng thông tin nội bộ , dàn xếp đấu thầu , quyền chỉ định trong các dự án không đấu thầu ... Ngoài ra , doanh nghiệp được ưu đãi về vốn vay hay khâu thẩm định dự án , bỏ qua những bất hợp lý về giá trị đầu tư , thời gian , mức giá thu phí để nhà đầu tư nâng khống giá trị đầu tư lên gấp nhiều lần . Điều này dẫn đến thời gian thu phí kéo dài và mức thu phí cao một cách bất hợp lý ” . Theo ông Hùng , trong quá trình thực hiện , các công ty " sân sau " chủ yếu đứng ra nhận dự án rồi thuê lại các công ty khác làm B phẩy rồi B hai phẩy … với giá rẻ nhằm ăn chênh lệch một cách tối đa nhất . Điều này dẫn đến hệ luỵ các công ty có năng lực thì phải làm thuê cho doanh nghiệp " sân sau " với giá rẻ , ảnh hưởng đến chất lượng công trình . Vị Phó Chủ tịch Quỹ Chống hàng giả Việt Nam cũng nhận định , điều này đã dẫn đến những hệ quả trong câu chuyện BOT giao thông . Ví dụ , đặt trạm thu phí ở vị trí bất hợp lý như làm đường tránh thì đặt trạm ở vị trí cả đường tránh lẫn đường chính do Nhà nước đầu tư , đặt trạm ở tuyến đường khác để thu phí hộ tuyến đường BOT , đặt trạm dày đặc không tuân thủ quy định tối thiểu các trạm thu phí phải cách nhau 70 km làm cho người dân bức xúc . Cũng nhận định về những tồn tại của câu chuyện BOT giao thông , chuyên gia kinh tế - TS . Lê Đăng Doanh dẫn chứng , chi phí logistics ở Việt Nam chiếm đến 21 % GDP so với 12-14 % GDP ở các nước khác . Điều này làm tăng giá thành sản phẩm và dịch vụ của doanh nghiệp , giảm năng lực cạnh tranh của doanh nghiệp và nền kinh tế . Nguy cơ chúng ta thua ngay trên sân nhà , mất thị phần đối với các doanh nghiệp ASEAN như Thái Lan đang hiện hữu .
Để khắc phục tình trạng “ BOT hoá ” , giới chuyên gia cho rằng cần minh bạch từ khâu điều tra , lập dự án , công khai hoàn toàn dự án để người dân , các nhà khoa học thẩm tra , phản biện một cách công minh , chính xác nhất .