Theo các chuyên gia , nếu cơ quan thuế được trao quyền điều tra , trước hết phải có cơ chế giám sát chặt chẽ và chỉ điều tra bước đầu , thay vì được quyền khởi tố vụ án , khởi tố bị can như dự thảo đề xuất ( điều 104 ) . Chuyên gia thuế Nguyễn Thái Sơn : Chưa nên mở rộng chức năng điều tra Đây không phải là lần đầu tiên Bộ Tài chính đề nghị trao quyền cho ngành thuế điều tra doanh nghiệp trốn thuế , nhưng những lần đề xuất trước đó đều chưa được thông qua vì nhiều ý kiến cho rằng đã có các cơ quan chuyên ngành , chưa kể việc tăng chức năng điều tra lại phải sinh ra thêm một bộ máy làm công tác này . Nếu cơ quan thuế được trao quyền này , trước hết cần có cơ chế giám sát để ngăn chặn việc lạm quyền . Theo tôi , chưa nên mở rộng chức năng điều tra cho cơ quan thuế , mà trước mắt cơ quan thuế cần làm tốt công tác quản lý thuế và chống thất thu . Cơ quan thuế có bộ phận thanh tra nhưng việc chống thất thu còn khá yếu , nhất là trong những lĩnh vực như thương mại điện tử , chuyển giá . Thời gian qua , nhiều doanh nghiệp đã sợ thanh tra , kiểm tra thuế , nhất là khi cơ quan thuế nói sẽ chuyển hồ sơ qua cơ quan điều tra . Do vậy , cần nêu cụ thể hơn những việc mà thanh tra thuế sẽ làm và chỉ nên làm những gì mà thanh tra thuế chưa làm được . Ông NGUYỄN VĂN THỨC ( phó tổng giám đốc Công ty kiểm toán Đông Nam Á ) : Phải tránh việc " vừa đá bóng vừa thổi còi " Việc bổ sung quyền điều tra các hành vi tội phạm về thuế cho cơ quan thuế với lý do cơ quan công an không trực tiếp quản lý cũng như chuyên sâu về chuyên môn nghiệp vụ thuế cần xem xét dưới nhiều góc độ . Theo Bộ Tài chính , cơ quan thuế chỉ thực hiện chức năng điều tra ban đầu , nhưng liệu có chồng chéo với chức năng của công an kinh tế hay không ? Ngoài ra , nếu có thêm công cụ điều tra , cơ chế giám sát sẽ như thế nào để tránh việc lạm quyền , " vừa đá bóng vừa thổi còi " . Cũng cần có bước chuẩn bị dài , chứ không thể áp dụng ngay chức năng này cho cơ quan thuế .
Bộ Tài chính muốn bổ sung quyền điều tra cho cơ quan thuế đối với doanh nghiệp trốn thuế để chống thất thu thuế , nhưng các chuyên gia lo khó tránh chuyện cán bộ thuế lạm quyền vì vừa đá bóng vừa thổi còi .