Nhưng đi vào thực thi nhiều khả năng sẽ bộc lộ bất cập nếu không có những quy định , hướng dẫn rõ ràng hơn . TS HOÀNG NGỌC VINH ( nguyên vụ trưởng Vụ Giáo dục chuyên nghiệp - Bộ GD-ĐT ) : Xác định mối quan hệ , trách nhiệm của cơ quan chủ quản Cần làm rõ mối quan hệ , phạm vi trách nhiệm của cơ quan chủ quản , kể cả trách nhiệm giải trình , nhiệm vụ được Chính phủ giao và cách giải quyết xung đột giữa cơ quan chủ quản và nhà trường trong giai đoạn quá độ đi đến xoá bỏ cơ chế bộ chủ quản . Đồng thời hình thành cơ chế mới vừa phát huy khả năng tự chủ của nhà trường vừa không vi phạm luật pháp . Trong cách xây dựng cơ chế mới cần lấy lợi ích của sinh viên làm trục để chính sách hay cơ chế xoay xung quanh đó . Hơn nữa , lúc này việc áp dụng mô hình của nước ngoài vào ĐH trong nước khó có thể thành công ngay do điều kiện vận hành cũng như cơ chế lạc hậu , thiếu đồng bộ chưa bị gỡ bỏ . Cần thiết phải chấm dứt can thiệp vào hoạt động tự chủ của các trường để thực hiện đúng tinh thần của Luật giáo dục ĐH ( sửa đổi ) và nghị quyết 19 của Trung ương về việc thu gọn đầu mối quản lý , tinh giản biên chế . Việc có thêm bộ ngành chủ quản thực chất chỉ thêm một tầng nấc trung gian với rất nhiều thủ tục hành chính khiến chi phí giao dịch gia tăng , mất thời gian và hiệu quả thấp . Việc còn duy trì bộ chủ quản sẽ phải mất thêm một số vị trí công chức để quản lý các mặt của nhà trường như kế hoạch tài chính , nghiên cứu khoa học , tổ chức cán bộ , công đoàn , thanh tra đào tạo ... GS.TS TRẦN HỒNG QUÂN ( chủ tịch Hiệp hội Các trường ĐH , CĐ VN ) : Tự chủ phải là thuộc tính của ĐH Hiện có hai quan niệm về tự chủ ĐH : tự chủ là thuộc tính của trường ĐH và tự chủ ĐH phải có điều kiện . Phải quan niệm tự chủ ĐH là thuộc tính của trường ĐH . Khi cho phép trường hoạt động thì mặc nhiên nó đủ điều kiện để tự chủ .
Theo các chuyên gia , Luật sửa đổi , bổ sung một số điều của Luật giáo dục đại học ( ĐH ) sắp có hiệu lực được đánh giá cởi mở hơn trong vấn đề trao quyền tự chủ cho các trường .