Nhà nghiên cứu Tôn Thất Thọ cho rằng sự ra đi của Giáo sư Phan Huy Lê để lại vô vàn tiếc nuối cho những người nghiên cứu lịch sử . Giáo sư là một bậc thầy trong lĩnh vực lịch sử , với vốn kiến thức uyên thâm , ông đã góp phần để tạo ra sự đổi mới trong việc nghiên cứu , đánh giá lại lịch sử bằng cái nhìn khách quan và khoa học , nhất là lịch sử của vương triều Nguyễn . Trong việc mở mang và khai phá đất phương Nam - một vấn đề lớn của sử học Việt Nam , Giáo sư Phan Huy Lê đã có những nhận định chính xác dựa trên nhiều tư liệu khoa học để người học sử biết được quá trình hình thành của vùng đất màu mỡ này , điều mà trong thời gian dài việc nghiên cứu rất sơ lược . " Đối với lịch sử triều Nguyễn , Giáo sư đã có những đánh giá công tâm về công - tội của các vị vua có tầm ảnh hưởng lớn như vua Gia Long , vua Tự Đức ... điều đó tạo nên làn gió mới cho những người yêu thích môn lịch sử ... Trên 20 năm nay , cùng với Hội Khoa Học Lịch sử , Giáo sư Lê đã phối hợp với nhiều tổ chức khác để tổ chức nhiều cuộc hội thảo để đánh giá lại một số nhân vật được coi là " có vấn đề " như Lê Văn Duyệt , Phan Thanh Giản , Trương Vĩnh Ký ... Đây là những công trình tập hợp được nhiều vấn đề nghiên cứu rất công phu , trí tuệ của rất nhiều nhà khoa học trên cả nước ... " , nhà nghiên cứu Tôn Thất Thọ . Khi hay tin Giáo sư Phan Huy Lê qua đời , ông Nguyễn Hạnh - Phó tổng biên tập Tạp chí Xưa & Nay lập tức lục lại những hình ảnh tư liệu về Giáo sư . Với ông Hạnh , đây cũng là việc hình dung lại trên phương diện công việc , Giáo sư Phan Huy Lê đã để lại rất nhiều ấn tượng trong giới nghiên cứu sử Nam Bộ . " Tôi vẫn còn tấm hình Giáo sư Phan Huy Lê và cố thủ tướng Võ Văn Kiệt ngồi với nhau tại nhà 16 Tú Xương . Đây là lúc gặp nhau sau hội thảo về Lê Văn Duyệt , hai ông bàn nhau , rồi ông Kiệt sau đó ra Hà Nội , mời Giáo sư Phan Huy Lê đến Hồ Tây để bàn việc tổ chức hội thảo về vương triều Nguyễn . Lúc đó là năm 2000 . Và đến năm 2008 thì hội thảo về triều Nguyễn được tổ chức " , ông Nguyễn Hạnh kể lại . "
Với kiến thức lịch sử uyên thâm , Giáo sư Phan Huy Lê đã góp phần tạo ra sự đổi mới trong việc nghiên cứu , đánh giá lại lịch sử bằng cái nhìn khách quan và khoa học , nhất là lịch sử của vương triều Nguyễn .