Vào thời kỳ đầu , nhà Nguyễn cũng giống như các triều đại phong kiến khác là thành lập 6 cơ quan đầu não gồm các bộ Lại , Binh , Hình , Lễ , Hộ , Công để giúp nhà vua cai quản việc nước . Trong đó bộ Lễ lo các việc lễ tế , văn hoá , giáo dục của triều đình . Chính bộ Lễ đã tổ chức khoa thi Hương , thi Hội , các lễ truyền lô xướng danh tiến sĩ . Khu vực trước kia là Trụ sở của Bộ Học . Sau khi Pháp hoàn thành xâm lược Việt Nam , nhiều chính sách về văn hoá , giáo dục được toàn quyền xứ Đông Dương đưa ra , trong đó có việc cải tổ giáo dục . Theo nhà nghiên cứu Nguyễn Đắc Xuân , vào năm 1907 , triều Nguyễn cử Cao Xuân Dục và Thượng thư Bộ Hộ Huỳnh Côn dẫn đầu phái đoàn vào Nam kỳ để " bàn nghị học chính " với Pháp . Sau cuộc họp bàn , hai đại thần trở về Huế và vua Duy Tân cho thành lập Bộ Học , cử Cao Xuân Dục giữ chức Thượng thư Bộ Học , trụ sở trường Tôn Học được sử dụng làm trụ sở Bộ Học . Bộ Học ra đời đã thay thế Bộ Lễ cai quản việc học hành , thi cử . Trước khi được bổ nhiệm làm Thượng thư Bộ Học , ông Cao Xuân Dục từng trải qua rất nhiều chức quan dưới triều Nguyễn sau khi thi đậu cử nhân tại khoa thi vào năm 1876 . Ảnh : Tư liệu Trong khoa thi Hội năm Tân Sửu 1901 , ông Cao Xuân Dục là chánh chủ khảo khoa thi và làm quan độc quyển khoa thi Đình năm Đinh Mùi 1907 .
Vào thời vua Duy Tân , triều Nguyễn đã thành lập Bộ Học để lo việc học hành , tổ chức các khoa thi cử .