Trước đó , trong quyết định trả hồ sơ để điều tra bổ sung , Toà án nhân dân ( TAND ) tỉnh Sơn La yêu cầu cơ quan điều tra làm rõ thời gian hiệu lực và nhận thức , vai trò , trách nhiệm của mỗi bị cáo trong thực hiện kế hoạch số 41/2014 của UBND huyện Mường La . Theo hội đồng xét xử , đây là điểm mấu chốt để cơ quan tố tụng tỉnh Sơn La truy tố hàng loạt cựu cán bộ tỉnh này về tội cố ý làm trái các quy định của nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng . Theo kết luận bổ sung , cơ quan điều tra khẳng định UBND huyện Mường La đã chỉ đạo việc đo đạc , lập bản đồ địa chính phục vụ công tác thu hồi đất đối với phần diện tích nằm ngoài khu vực mặt bằng công trường Nhà máy Thuỷ điện Sơn La không theo chỉ đạo của UBND tỉnh . Cụ thể , Kế hoạch số 41 ban hành ngày 15-4-2014 . Hơn 1 tháng sau , ngày 27-5-2014 , UBND huyện này mới có tờ trình đề nghị UBND tỉnh Sơn la cho phép đo đạc , lập bản đồ địa chính . Đến ngày 3-7-2014 , UBND tỉnh này mới có công văn về việc đo đạc , lập bản đồ địa chính . Tuy nhiên , UBND huyện Mường La không xây dựng kế hoạch riêng để thực hiện chỉ đạo của UBND tỉnh mà gắn với việc đang thực hiện theo Kế hoạch số 41 . Trên thực tế , UBND huyện đã cho phép đơn vị tư vấn đo đạc từ tháng 5-2014 , trước khi có công văn đồng ý của UBND tỉnh 2 tháng . Kết luận của Cơ quan An ninh điều tra Công an tỉnh Sơn La cũng khẳng định Kế hoạch số 41 không có nội dung nào theo quyết định số 45/2010 của Thủ tướng Chính phủ về cơ chế đặc thù khi thu hồi đất , giao đất ở , đất sản xuất nông nghiệp cho các hộ dân tái định cư Thuỷ điện Sơn La . Ở văn bản phê duyệt thiết kế kỹ thuật của UBND huyện Mường La đề cập đến căn cứ quyết định số 45 nói trên lại là văn bản được UBND huyện này " hợp lý hoá " sau khi đã đo đạc , lập bản đồ xong , không được sử dụng làm cơ sở để thực hiện công tác đo đạc lập bản đồ địa chính .
Theo kết luận điều tra bổ sung vụ án sai phạm ở dự án tái định cư Thuỷ điện Sơn La , cơ quan điều tra khẳng định UBND huyện Mường La đã chỉ đạo , cho phép đo đạc , lập bản đồ trước khi có văn bản đồng ý của UBND tỉnh Sơn La .