Cũng như các môi trường tự nhiên khác , khi bị nhiễm độc , biển có cơ chế tự làm sạch . Biển là môi trường liên tục , rộng lớn với các quá trình động lực mạnh mẽ , đặc biệt là các quá trình sóng , dòng chảy biển . Mặt khác , trong nước biển luôn tồn tại các khí hoà tan và rất nhiều loài vi sinh vật . Với tính chất này , biển có thể tự làm sạch mọi độc chất qua 3 quá trình : Một là pha loãng chất độc một cách cơ học do tác động các quá trình động lực ; hai là phân huỷ chất độc do các quá trình hoá học và thứ ba , phân huỷ sinh học dưới tác động của các loài vi sinh vật . Với hệ thống dòng chảy biển bao trùm hết toàn vịnh Bắc Bộ và biển Đông , trong hơn 4 tháng từ khi xảy ra sự cố môi trường cho tới nay , chất độc do Formosa thải ra có khả năng đã được pha loãng ra toàn bộ vịnh Bắc Bộ và phần lớn biển Đông . Khi ra ngoài biển khơi , chất ô nhiễm bị các chất lơ lửng trong nước biển hấp thụ và chìm dần xuống đáy hoặc bị phân huỷ bởi các quá trình hoá học , sinh học . Quá trình hoá học gồm các phản ứng hoá học xảy ra giữa chất ô nhiễm với môi trường để biến các chất độc hại thành các chất không độc hại . Với quá trình sinh học , vi sinh vật trong nước biển sẽ giúp phân huỷ các chất ô nhiễm và biến chúng thành các chất không độc hại . Với các quá trình nêu trên , chất độc sẽ dần biến mất và biển sẽ tự làm sạch . Ngoài tôm , cá và một số loài nhuyễn thể , san hô là loài bị hại nhiều nhất .
Các rạn san hô sẽ khôi phục chậm vì một năm san hô chỉ phát triển thêm từ 1 đến 2 cm .