Thời gian gần đây , thông tin báo chí phản ánh về một số cá nhân của cục Đường thuỷ nội địa Việt Nam thu 5-20 % để lập “ quỹ đen ” từ gói thầu các công trình do ban Quản lý dự án đường thuỷ nội địa ( trước đây thuộc Cục ) và cục Đường thuỷ nội địa Việt Nam làm chủ đầu tư như : Dự án nạo vét , phá đá , rà phá bom mìn , khảo sát thông báo luồng trong các năm 2015 – 2016 . Cụ thể , ông Phạm Văn Thông , Giám đốc ban Quản lý dự án đường thuỷ nội địa ( từ 2015 - 2016 ) là người đứng ra thu tiền của các công ty , doanh nghiệp trúng thầu , sau đó chuyển cho một cán bộ cục Đường thuỷ nội địa để chi vào việc tiếp khách , thanh toán công tác phí , mua quà biếu ... Số tiền mà ông Thông đưa cho cán bộ của cục Đường thuỷ gồm nhiều tỷ đồng và 22.000 USD . Việc thu “ quỹ đen ” này được thực hiện vào tháng đầu năm , là thời điểm hoàn tất hồ sơ quyết toán , giải ngân toàn bộ ngân sách của năm trước . Trước phản ánh về việc đơn vị trúng thầu phải cắt lại 5-20 % giá trị gói thầu làm “ quỹ đen ” tại cục Đường thuỷ nội địa , Bộ trưởng bộ GTVT Nguyễn Văn Thể cũng đã yêu cầu xác minh nội dung này . Dưới góc độ pháp lý , luật sư Trần Văn An – Chủ nhiệm đoàn Luật sư tỉnh Bắc Giang cho rằng , trước một vụ việc phức tạp , thuộc cấp Trung ương , mức độ tác động đến dư luận xã hội lớn nên cần phải có sự vào cuộc , thanh tra , kiểm tra một cách khách quan , toàn diện , triệt để nhưng cũng phải hết sức thận trọng . Theo quan điểm của luật sư Trần Văn An , trong vụ việc này , quá trình cơ quan chức năng thanh , kiểm tra cần phải làm rõ một số vấn đề cơ bản sau : Đầu tiên , cần phải làm rõ có hay không có việc doanh nghiệp , tổ chức hoặc cá nhân đưa tiền và cán bộ cục Đường thuỷ nhận tiền từ doanh nghiệp , tổ chức , cá nhân đó . Nếu có việc đưa nhận tiền , thì phải làm rõ ai đưa , ai nhận , số lượng , thời gian , địa điểm ... Thứ hai , nếu có việc đưa và nhận tiền thì phải làm rõ động cơ , mục đích , lý do đưa , nhận tiền ? Xuất phát từ động cơ , mục đích gì mà doanh nghiệp , tổ chức , cá nhân đưa tiền cho cán bộ Nhà nước . Việc đưa nhận tiền đó có kèm theo các điều kiện gì khác liên quan đến công vụ của cục Đường thuỷ không hay đơn thuần “ do doanh nghiệp làm ăn phát đạt , quý mến nên cảm ơn , tán lộc " . Thứ ba , nếu có việc đưa và nhận tiền thì ai là người quản lý , chi tiêu số tiền đó như thế nào ? Mở rộng hơn nữa , lúc này cần phải làm rõ trách nhiệm của cá nhân , tổ chức có liên quan trong việc đưa , nhận tiền , quản lý , sử dụng số tiền trên theo quy định của pháp luật .
Liên quan đến nghi vấn cục Đường thuỷ lập " quỹ đen " , theo các chuyên gia pháp lý , nếu có vi phạm , trong mọi trường hợp cần phải xem xét thu hồi , xung công quỹ số tiền thu lời bất chính , thậm chí cần thiết vẫn phải xem xét cả trách nhiệm hình sự .