Chiều 9/6 , lãnh đạo Đại học Tôn Đức Thắng lên tiếng phản đối cơ quan chủ quản là Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam về những chỉ đạo trước thời điểm Luật Giáo dục đại học ( sửa đổi ) có hiệu lực từ ngày 1/7 . Động thái này được đưa ra sau 3 ngày Tổng Liên đoàn có văn bản xin ý kiến Bộ Giáo dục và Đào tạo về nhiều vấn đề , trong đó đề cập một số nội dung về trường Tôn Đức Thắng để chuẩn bị triển khai Luật Giáo dục đại học . Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam đề nghị Bộ Giáo dục và Đào tạo xác định việc bổ nhiệm hiệu trưởng nhà trường có hay không thực hiện theo quy định của Đảng và Tổng Liên đoàn ? Khái niệm " quyền đại diện của chủ sở hữu " nên được hiểu thế nào ? Cơ quan chủ quản thực hiện quyền của chủ sở hữu thông qua hội đồng trường bằng cách nào khi số lượng tham gia hội đồng trường chiếm tỷ lệ thấp , còn theo quy định hội đồng trường làm việc theo nguyên tắc tập thể , quyết định đa số ? Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam cũng nêu thắc mắc trước khái niệm " cơ quan quản lý có thẩm quyền " đối với trường hợp Đại học Tôn Đức Thắng là cơ quan nào , hay chính là Tổng Liên đoàn ? Trong quy chế tổ chức và hoạt động của trường , có định danh rõ cơ quan quản lý là Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam được không ? Đại học Tôn Đức Thắng có trụ sở ở quận 7 , TP HCM . Theo lãnh đạo Đại học Tôn Đức Thắng , nội dung mà Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam chỉ đạo đa số không còn phù hợp với quy định hiện hành khi căn cứ theo Luật Giáo dục đại học năm 2012 và Điều lệ đại học năm 2014 ( chỉ còn giá trị đến ngày 30/6 ) . " Bộ Giáo dục và Đào tạo đang chỉ đạo trường chuẩn bị nội dung mới để thực hiện theo luật mới . Chỉ đạo của Tổng Liên đoàn không sai nhưng không phù hợp với chỉ đạo của Bộ " , lãnh đạo trường cho biết . Về công tác tổ chức , Đại học Tôn Đức Thắng cho rằng quan điểm của Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam đã nhầm lẫn khi yêu cầu trường phải theo các quy định của Tổng Liên đoàn về phân cấp quản lý cán bộ , tiêu chuẩn chức danh cán bộ lãnh đạo quản lý công đoàn các cấp ... Bởi theo Luật Giáo dục đại học ( sửa đổi ) , Hiệu trưởng đại học do Hội đồng trường bầu , cơ quan quản lý có thẩm quyền chỉ ra quyết định công nhận . Các thành viên Hội đồng trường , Ban giám hiệu không phải là cán bộ lãnh đạo quản lý công đoàn các cấp theo Luật Công đoàn và Điều lệ công đoàn .
Trường cho rằng Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam có nhiều chỉ đạo vi phạm quyền tự chủ đại học , trái với các quy định hiện hành .