Tại buổi làm việc với Đoàn đại biểu Quốc hội TP. HCM mới đây liên quan đến việc thực hiện Luật thuế bảo vệ môi trường , nhiều ý kiến cho rằng cần sớm sửa đổi luật này theo hướng bổ sung thành phần thu thêm thuế cũng như điều chỉnh , điều tiết các hàng hoá gây tác động xấu đến hệ môi trường sinh thái vào đối tượng chịu thuế bảo vệ môi trường . Trong thực tế , Luật thuế bảo vệ môi trường hiện đang bộc lộ nhiều bất cập . Các hành vi tiêu cực liên quan đến môi trường , gây ảnh hưởng xấu đến môi trường vẫn chưa được đưa vào luật , nhiều nhóm hàng , thành phần chưa được luật điều chỉnh . Như một lãnh đạo ngành hải quan cho biết các mặt hàng chịu thuế bảo vệ môi trường chưa được cụ thể hoá theo từng mã HS , dẫn đến gây tranh cãi giữa cơ quan hải quan và doanh nghiệp . Luật cũng chưa thể hiện sự công bằng giữa các thành phần bị buộc phải đóng thuế . Chẳng hạn , theo bà Nguyễn Thị Thuỳ Linh ( Công ty CP Bao bì Sài Gòn ) , việc thu thuế bảo vệ môi trường hiện chỉ mới áp với các doanh nghiệp sản xuất có thông tin đầy đủ mà chưa điều chỉnh đến tận các cơ sở nhỏ lẻ , không rõ nguồn gốc . Điều này sẽ gây " ức chế " với các doanh nghiệp do phải gánh thêm khoản thuế , trong khi tình trạng ô nhiễm hay rác thải không những không giảm mà ngược lại . Việc đánh thuế bảo vệ môi trường không chỉ nhằm tăng số thu cho ngân sách nhà nước , mà phải hướng đến ủng hộ tiêu dùng xanh , sản xuất phục vụ môi trường xanh . Do đó , nhiều chuyên gia cho rằng khi sửa đổi luật thuế này cần tính tới việc đánh thuế thật cao với những mặt hàng không khuyến khích nhập khẩu , những mặt hàng có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường cao . Không chỉ túi nilông , mà các hàng hoá gây tác động xấu đến môi trường phải được bổ sung vào danh sách chịu thuế bảo vệ môi trường Tuy nhiên , việc sử dụng số tiền thuế bảo vệ môi trường như thế nào cần phải được công khai minh bạch để dư luận giám sát , đảm bảo được sử dụng đúng mục đích .
Dù Luật thuế bảo vệ môi trường đã có hiệu lực từ nhiều năm nay , hiệu quả của luật vẫn chưa được thể hiện rõ trong thực tế đời sống , chưa ngăn chặn được các sản phẩm , hành vi gây nguy hại đến môi trường .