Theo báo cáo gửi đến UBND TP. HCM , sở Giao thông Vận tải ( GTVT ) TP. HCM cho biết , việc chậm quyết toán đã kéo dài từ năm 2011 mặc dù mỗi năm , ngân sách thành phố chi trung bình khoảng 1.000 tỷ đồng trợ giá cho hoạt động xe buýt . Đại diện sở GTVT TP. HCM lý giải , vào năm 2011 , việc chậm quyết toán là do các văn bản pháp lý lập thủ tục thanh quyết toán phải đến hết năm 2012 mới đầy đủ . Vì vậy , qua năm 2013 , trung tâm Quản lý và Điều hành vận tải hành khách công cộng ( nay là trung tâm Quản lý Giao thông công cộng ) mới duyệt dự toán chi tiết , thương thảo và ký phụ lục hợp đồng với các đơn vị vận tải tham gia khai thác tuyến . Đồng thời , công tác điều chỉnh và hoàn chỉnh hồ sơ thanh quyết toán của năm 2011 cũng bị chậm trễ . Đến năm 2013 , sở GTVT TP lập đoàn thanh tra công tác trợ giá hoạt động xe buýt tại Trung tâm ( giai đoạn 2011 – 2013 ) nên việc quyết toán tiếp tục chậm trễ do phải chờ kết luận . Thực hiện theo kết luận thanh tra năm 2014 , sở GTVT TP đã chỉ đạo Trung tâm làm các thủ tục đấu thầu lựa chọn đơn vị kiểm toán độc lập kiểm toán số liệu báo cáo quyết toán kinh phí trợ giá xe buýt , nguồn kinh phí kiểm toán được trích từ nguồn kinh phí trợ giá xe buýt hằng năm . Do đó , đến năm 2015 thì công tác thực hiện thủ tục bố trí kinh phí và phê duyệt kế hoạch lựa chọn nhà thầu gói thầu cung cấp dịch vụ kiểm toán báo cáo quyết toán kinh phí trợ giá xe buýt năm 2011 mới được tiến hành . “ Mặt khác , nguyên nhân dẫn đến chậm quyết toán còn do công tác nhân sự khi ban Giám đốc Trung tâm , lãnh đạo phòng và chuyên viên các phòng nghiệp vụ của Sở có nhiều thay đổi . Vì vậy , việc nắm bắt tình hình , số liệu gặp khó khăn , làm chậm trễ kéo dài ” , đại diện sở GTVT nhận định . Theo quy trình quyết toán , doanh nghiệp vận tải sẽ tổng hợp hồ sơ , báo cáo quyết toán gửi về Trung tâm vào mỗi tháng .
Mới đây , sở Giao thông Vận tải TP. HCM đã gửi báo cáo đến UBND TP. HCM để giải trình về vấn đề chậm trễ quyết toán tiền trợ giá xe buýt . Tình trạng này đã kéo dài suốt nhiều năm qua , khiến doanh nghiệp vận tải xe buýt liên tục kêu lỗ .