Liên quan đến vấn đề trên , trao đổi với PV Người Đưa Tin , Thứ trưởng bộ GTVT Nguyễn Nhật cho biết : “ Bộ GTVT đã gửi toàn bộ nội dung , hồ sơ liên quan tới việc lập “ quỹ đen ” ở cục Đường thuỷ nội địa Việt Nam sang bộ Công an để phục vụ điều tra ” . Trước đó , cơ quan Cảnh sát điều tra , bộ Công an đã quyết định khởi tố vụ án để tiến hành điều tra , giải quyết vụ án Lợi dụng chức vụ , quyền hạn trong khi thi hành công vụ , xảy ra tại cục Đường thuỷ nội địa Việt Nam . " Bộ GTVT đang chờ kết luận cuối cùng của cơ quan Cảnh sát điều tra để xem sai phạm của từng cá nhân đến đâu , Bộ đã tiến hành kiểm điểm , kỷ luật những người liên quan theo quy định " - Thứ trưởng Nhật chia sẻ . Theo tài liệu của PV báo Người Đưa Tin có được , tại kết luận của bộ GTVT về việc xác minh những thông tin liên quan tới việc cục Đường thuỷ nội địa Việt Nam ( ĐTNĐVN ) lập quỹ đen từ việc thu phần trăm giá trị các gói thầu , có tới 9 cán bộ “ dính chàm ” . Kết luận nêu rõ : Ông Phạm Văn Thông tự nhận của các nhà thầu 4,8 tỷ đồng , tổng cộng có 9 cá nhân là chuyên viên , trưởng các phòng nghiệp vụ đề xuất chi , sau đó lấy tiền từ ông Phạm Văn Thông để chi phí chung cho cục Đường thuỷ nội địa 406 triệu đồng . Danh sách 9 cá nhân liên quan gồm : 1 , Ông Phạm Văn Thông : Tự nhận của các nhà thầu 4,8 tỷ đồng . 2 , Ông Nguyễn Thành Công - Chánh Văn phòng cục ĐTNĐVN ( đã nghỉ hưu ) duyệt chi tiền ăn tháng 02/2016 : 36,7 triệu đồng ; tháng 8/2015 : 50 triệu đồng . Tổng cộng số tiền ăn được duyệt chi là 86,7 triệu đồng đều do ông Phạm Văn Thông chi trả . 3 , Ông Đặng Xuân Hy - Phó Chánh Văn phòng cục ĐTNĐVN : Ngày 13/7/2016 ông Hy đã nhận từ ông Phạm Văn Thông 100 triệu đồng ( có ký nhận ) để chi cho hội thao 60 năm ngày truyền thống của ngành Đường thuỷ nội địa do cảng vụ Đường thuỷ nội địa khu vực III đăng cai , cục ĐTNĐVN chủ trì . 4 , Ông Nguyễn Việt Thắng - Trưởng phòng Vận tải , cục ĐTNĐVN đã nhận từ ông Phạm Văn Thông số tiền 35 triệu đồng ( có ký nhận ) vào ngày 15/3/2016 để chi hội nghị Liên ngành cục ĐTNĐVN , cục Đăng kiểm Việt Nam , cục Cảnh sát giao thông .
Theo kết luận của bộ GTVT , có tới 9 cán bộ liên quan tới việc lập quỹ đen ở cục Đường thuỷ nội địa Việt Nam . Trước đó , nguyên Giám đốc ban Quản lý dự án đường thuỷ nội địa Phạm Văn Thông đã bị khởi tố , tạm giam để điều tra .