Để chủ động ứng phó , hạn chế thiệt hại về người và tài sản , Thủ tướng yêu cầu Ban Chỉ đạo trung ương về phòng , chống thiên tai phối hợp với các cơ quan có liên quan tổ chức theo dõi chặt chẽ diễn biến của bão và mưa lũ ; thường xuyên cập nhật , công bố vùng nguy hiểm trên biển để tàu thuyền , phương tiện vận tải không đi vào và chủ động thoát ra khỏi khu vực nguy hiểm . Kịp thời chỉ đạo , đôn đốc các bộ , ngành và địa phương triển khai các biện pháp ứng phó , theo dõi , chỉ đạo vận hành an toàn các hồ chứa lớn trên hệ thống sông Hồng . Các bộ , ngành khác theo chức năng quản lý nhà nước và nhiệm vụ chủ động phối hợp với các địa phương triển khai các biện pháp ứng phó với bão theo phương châm " bốn tại chỗ " , sẵn sàng hỗ trợ địa phương khi có yêu cầu . Bộ đội và dân quân sẵn sàng làm nhiệm vụ Văn phòng Uỷ ban Quốc gia ứng phó sự cố , thiên tai và tìm kiếm cứu nạn cho biết để ứng phó bão số 6 , chiều cùng ngày , Bộ Quốc phòng có điện gửi các đơn vị trên địa bàn các tỉnh phía Bắc , yêu cầu các cơ quan , đơn vị theo chức năng , nhiệm vụ khẩn trương triển khai các biện pháp ứng phó và sẵn sàng lực lượng , phương tiện tham gia tìm kiếm cứu nạn , khắc phục hậu quả . Tính đến 16 h ngày 15-9 , biên phòng các tỉnh , TP ven biển từ Quảng Ninh đến Hà Tĩnh đã phối hợp với địa phương , gia đình chủ tàu , thuyền trưởng thông báo , kiểm đếm và hướng dẫn cho 32.101 phương tiện cùng 109.709 người ; 10.986 người ở 11.951 lồng bè , lều , chòi canh nuôi trồng thuỷ sản biết diễn biến , hướng di chuyển của bão để chủ động di chuyển , vòng tránh , thoát ra khỏi khu vực nguy hiểm hoặc về bờ tránh trú bảo đảm an toàn . Toàn bộ tàu thuyền được thông báo đều neo đậu tại bến hoặc hoạt động ngoài khu vực nguy hiểm của bão . Tuy nhiên còn 3 tàu cá cùng 24 ngư dân của tỉnh Thanh Hoá vẫn chưa liên lạc được . UBND các tỉnh , TP ven biển từ Quảng Ninh đến Nghệ An ra lệnh cấm biển từ 17 h ngày 16-9 . Để ứng phó bão và mưa lũ do bão số 6 gây ra , quân đội và các địa phương đã huy động 378.382 bộ đội và dân quân cùng 2.429 ôtô , xe đặc chủng , tàu , xuồng các loại ... sẵn sàng làm nhiệm vụ . Các địa phương tất bật chuẩn bị Tại Hải Phòng , Chủ tịch UBND TP Hải Phòng Nguyễn Văn Tùng chỉ đạo thành lập 6 đoàn công tác đi kiểm tra việc phòng chống cũng như chuẩn bị cho việc khắc phục hậu quả khi bão số 6 đổ bộ .
Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc đã yêu cầu điều này trong công điện ngày 15-9 gửi các ban , bộ , ngành , địa phương ... trong việc kịp thời triển khai các phương án ứng phó với bão số 6 ( Mangkhut ) .