Tại kết luận điều tra , cơ quan chức năng xác nhận dấu hiệu cố ý làm trái quy định Nhà nước của Trịnh Xuân Thanh và đồng phạm trong việc sử dụng hơn 1.100 tỷ đồng tiền tạm ứng của Dự án Nhà máy Nhiệt điện Thái Bình 2 không đúng mục đích , gây hậu quả nghiêm trọng . Theo đó , giữa năm 2011 , sau khi được Ban quản lý dự án Điện lực Dầu khí Thái Bình 2 ( thuộc Tập đoàn Dầu khí Việt Nam - PVN ) tạm ứng số tiền hơn 6,6 triệu USD và hơn 1.300 tỷ đồng theo hợp đồng 33 thực hiện một số hạng mục của gói thầu EPC xây dựng nhà máy chính thuộc Dự án Nhiệt điện Thái Bình 2 , bị can Trịnh Xuân Thanh đã chỉ đạo thuộc cấp sử dụng hơn 1.100 tỷ đồng trong số tiền này vào việc khác . Cụ thể , để “ đầu tư , góp vốn vào các công ty , dự án , công trình khác và trả nợ ngân hàng ” – kết luận điều tra của bộ Công an ngày 20/12/2017 nêu rõ . Cơ quan chức năng cũng nhận định , thời điểm cuối năm 2010 , đầu 2011 , Tổng công ty cổ phần Xây lắp Dầu khí Việt Nam ( PVC ) đang gặp khó khăn về nguồn vốn đầu tư , trả nợ , toàn bộ tài sản ngắn hạn không đủ bù đắp nợ ngắn hạn . Do đó , Trịnh Xuân Thanh đã chỉ đạo các đồng phạm đẩy nhanh việc ký hợp đồng tổng thầu EPC dự án này , sau đó sử dụng nguồn tiền tạm ứng để trả nợ gốc , lãi vay ngân hàng và đầu tư góp vốn vào các đơn vị , dự án khác … với ý định khi PVC bắt đầu công việc EPC thuộc Nhiệt điện Thái Bình 2 thì sẽ bù đắp sau . Cụ thể , cáo trạng của Viện Kiểm sát Nhân dân tối cao ký ngày 25/12/2017 xác định , Trịnh Xuân Thanh đã chỉ đạo chi 763 tỷ đồng để trả nợ các ngân hàng , tạm ứng 10 tỷ đồng cho công ty CP Thiết bị Nội ngoại thất Dầu khí ( PVC Metal ) , sử dụng 110 tỷ đồng để đầu tư , góp vốn vào công ty CP Xây lắp Nghệ An ( PVNC ) , công ty CP phát triển đầu tư đô thị dầu khí ( PVC – Mekong ) và công ty Bất động sản xây lắp dầu khí Việt Nam ( PVC Land ) … Tháng 2/2012 , PVN yêu cầu Trịnh Xuân Thanh báo cáo tình hình sử dụng nguồn vốn PVN tạm ứng cho PVC để thực hiện dự án Nhiệt điện Thái Bình 2 . Trịnh Xuân Thanh khi đó với tư cách Chủ tịch HĐQT , người đại diện PVN tại PVC đã báo cáo PVN về việc PVC đã sử dụng phần lớn số tiền tạm ứng này sai mục đích . Tháng 3/2012 , bị can Vũ Hồng Chương – Trưởng ban QLDA Nhiệt điện Thái Bình 2 có công văn yêu cầu PVC hoàn trả 100 % tiền tạm ứng đã bị sử dụng sai mục đích trước ngày 31/3/2012 . Tuy nhiên phải 8 tháng sau , đến ngày 20/11/2012 Ban QLDA mới bắt đầu thu được khoản đầu tiên . Tại cáo trạng của Viện Kiểm sát Nhân dân tối cao cũng xác định , việc sử dụng tiền tạm ứng của dự án nhà máy Nhiệt điện Thái Bình 2 là làm trái Nghị định 09/2009 / NĐ-CP về quản lý tài chính của công ty Nhà nước và quản lý vốn Nhà nước đầu tư vào doanh nghiệp , trái Nghị định 48/2010 / NĐ-CP quy định về hợp đồng trong hoạt động xây dựng .
Liên quan đến sai phạm của Trịnh Xuân Thanh và các đồng phạm tại Dự án nhà máy Nhiệt điện Thái Bình 2 , có một chi tiết quan trọng là số tiền hơn 1.100 tỷ đồng đi lòng vòng vì chi sai mục đích .