Một ngày sau khi Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc yêu cầu Chủ tịch TP Hà Nội , Bộ Tài nguyên và Môi trường thực hiện ngay biện pháp đảm bảo an toàn cho người dân ở khu vực bị ảnh hưởng bởi vụ cháy , giám sát biện pháp khắc phục sự cố ... , ngày 10/9 Văn phòng Chính phủ tiếp tục thông báo chỉ đạo của hai phó thủ tướng Trương Hoà Bình và Trịnh Đình Dũng . Hai phó thủ tướng yêu cầu Chủ tịch TP Hà Nội chủ trì làm rõ nguyên nhân , trách nhiệm và khẩn trương có biện pháp khắc phục ô nhiễm môi trường sau vụ cháy nhà kho Rạng Đông . Trước việc người dân hoang mang không biết kết quả quan trắc môi trường nào là chính xác , Bộ Tài nguyên và Môi trường được giao hỗ trợ TP Hà Nội đánh giá phạm vi , mức độ ô nhiễm , thu gom , xử lý chất thải nguy hại phát sinh sau cháy . Bộ Y tế đánh giá phạm vi , mức độ ô nhiễm ảnh hưởng đến người dân trong khu vực xảy ra sự cố để khám sức khoẻ định kỳ . Cán bộ Viện Hoá học và Môi trường quân sự lấy mẫu ở hiện trường vụ cháy để xét nghiệm , đánh giá mức độ ô nhiễm . Nhằm khuyến cáo người dân áp dụng biện pháp bảo vệ sức khoẻ , lãnh đạo Chính phủ yêu cầu nhiều bộ vào cuộc gồm : Tài nguyên và Môi trường , Y tế , Công Thương , Công an , Quốc phòng , Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam , TP Hà Nội . Bộ Tài chính có trách nhiệm xác định khối lượng thủy ngân lỏng và viên Amalgam được Công ty cổ phần bóng đèn phích nước Rạng Đông nhập khẩu về làm nguyên liệu sản xuất . Hàm lượng thuỷ ngân có trong bóng đèn huỳnh quang , compact của công ty Rạng Đông như thế nào do Bộ Công Thương đảm nhiệm . Hai phó thủ tướng cũng chỉ đạo Bộ Công an đẩy nhanh điều tra , xác định nguyên nhân cháy ; làm rõ trách nhiệm của tổ chức , cá nhân . Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam nghiên cứu khả năng tác động của thuỷ ngân hữu cơ hình thành sau sự cố để quản lý rủi ro có thể xảy ra .
TP Hà Nội được giao phối hợp với nhiều đơn vị làm rõ giới hạn khu vực , mức độ ô nhiễm môi trường sau vụ cháy nhà kho Rạng Đông .