Tại buổi tham vấn các chuyên gia ở Đồng bằng sông Cửu Long về quy hoạch và xây dựng hệ thống thuỷ lợi Cái Lớn - Cái Bé tổ chức ở TP Cần Thơ ngày 28-5 , nhiều người lo ngại dự án này sẽ " giết chết " Đồng bằng sông Cửu Long và gây ra những hậu quả không thể có cơ hội sửa sai . " Mơ hồ " về dự án ngàn tỉ Đại diện nhóm chuyên gia tư vấn độc lập của Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn cùng Chương trình Phát triển Liên Hiệp Quốc ( UNDP ) tại VN , kỹ sư Phạm Chu Đông ( chuyên gia công trình thuỷ lợi ) đã trình bày những phát hiện và nhận định ban đầu dựa trên kết quả rà soát tài liệu thứ cấp và thảo luận với các chuyên gia của UNDP . Báo cáo này chỉ ra một số băn khoăn như : mặn xâm nhập ở ĐBSCL chủ yếu từ biển Đông , nhưng hai cống Cái Lớn - Cái Bé chỉ có thể kiểm soát mặn từ biển Tây , liệu có khả thi trong việc kiểm soát mặn trong khu vực dự án ? Một băn khoăn khác là nhu cầu giao thông thủy trên hai sông Cái Lớn - Cái Bé ngày càng cao , đòi hỏi hai cống phải mở liên tục , do đó sẽ khó kiểm soát mặn theo yêu cầu . Tuy nhiên , trong phần " kết luận và kiến nghị " , nhóm tư vấn lại cho rằng " dự án hệ thống thuỷ lợi Cái Lớn - Cái Bé là cần thiết " , nhưng phương án xây dựng cống Cái Lớn - Cái Bé là chưa rõ tính khả thi . Đáng chú ý , tại buổi lấy ý kiến , ông Đặng Kiều Nhân ( đại diện Viện Nghiên cứu phát triển ĐBSCL ) cho biết những thông tin chứng tỏ ngay cả chủ đầu tư dự án ngàn tỉ này cũng " rất mơ hồ " . Theo đó , Ban quản lý đầu tư và xây dựng thuỷ lợi 10 ( Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn - chủ đầu tư dự án ) có hợp đồng với viện này và dự kiến cuối năm 2017 xong việc lấy thông tin xã hội về dự án . Thế nhưng có vấn đề là thông tin về dự án không rõ ràng . Việc trình bày về dự án , mô tả dự án cho người dân hiểu tác động của dự án thế nào cũng không được đề cập ... Không bệnh mà bắt uống thuốc ? Đó là nghịch lý được thạc sĩ Nguyễn Hữu Thiện ( chuyên gia độc lập về sinh thái ĐBSCL ) chỉ ra khi báo cáo đánh giá tác động môi trường ( ĐTM ) của dự án cống Cái Lớn - Cái Bé đưa ra 4 luận điểm cho thấy sự cần thiết cho dự án .
Nhiều chuyên gia , nhà khoa học am hiểu về Đồng bằng sông Cửu Long đã mạnh mẽ lên tiếng phản đối dự án ước tính tiêu tốn hơn 8.000 tỉ đồng trên sông Cái Lớn - Cái Bé ( Kiên Giang ) .