Xây dựng nhà thờ Tổ là tâm huyết cả đời của ngệ sĩ hài Hoài Linh , tâm huyết này của anh được đông đảo nghệ sĩ Việt và công chúng ủng hộ . Tuy nhiên , trong quá trình thi công một số rắc rối về thủ tục đã xảy ra . Theo một số nguồn tin , do chưa xin giấy cấp phép xây dựng , công trình nhà thờ Tổ của Hoài Linh đã bị tạm đình chỉ thi công và bị nộp phạt 6,2 triệu đồng . Hoài Linh đã chấp hành và nộp phạt đầy đủ cùng với đó là gửi " Đơn cứu xét " đến Uỷ ban Nhân dân Quận 9 , TP HCM . Nếu thủ tục pháp lý thuận lợi , mọi hồ sơ xin phép hoàn thiện , nhà thờ tổ nghiệp của danh hài có thể tiếp tục xây dựng vào giữa tháng 4 tới . Nghệ sĩ Hoài Linh cũng giãi bày mục đích của việc xây nhà Tổ rằng anh xây nhà thờ Tổ sân khấu là để phục vụ giới nghệ sĩ , để anh em nghệ sĩ có chỗ ổn định thờ cúng tổ nghề và Hoài Linh cho rằng việc xây dựng nhà thờ Tổ hợp với điều kiện du lịch sinh thái của địa phương , xây bằng gỗ chứ không đúc kiên cố và nhà thờ Tổ cũng có thể góp phần vào việc phát triển kinh tế , du lịch địa phương . Mới đây , để tiếp tục có thể hoàn thành tâm nguyện Hoài Linh đã làm đơn xin chuyển mục đích sử dụng của khu đất xây nhà thờ Tổ vì trước kia khu đất đó là đất nông nghiệp chưa được cấp phép chuyển đổi . Nếu thủ tục pháp lý thuận lợi , mọi hồ sơ xin phép hoàn thiện , nhà thờ tổ nghiệp của danh hài có thể tiếp tục xây dựng vào giữa tháng 4 tới . Theo thông tin từ UBND quận 9 , tp Hồ Chí Minh , nghệ sĩ hài Hoài Linh đã nộp hồ sơ lên văn phòng đăng kí đất đai của quận để xin chuyển đổi mục đích sử dụng của khu đất xây nhà thờ Tổ . Trưởng phòng Quản lý đô thị quận 9 - ông Phạm Quang Bửu cho biết : Sau khi khu đất xây nhà thờ Tổ được chuyển đổi thành đất thổ cư , Hoài Linh sẽ phải tiếp tục đến phòng Quản lý đô thị quận để được hướng dẫn thủ tục xin cấp giấy phép xây dựng .
Có nguy cơ bị đình chỉ và tháo dỡ nhà thờ Tổ , nghệ sĩ Hoài Linh đã nộp đơn lên chính quyền để xin chuyển mục đích sử dụng đất .