Thư viện Khoa học tổng hợp là đơn vị tự chủ tài chính một phần kinh phí thường xuyên . Nguồn thu này được bổ sung nguồn kinh phí hoạt động của đơn vị để chi cho các chi phí thường xuyên và hoạt động chuyên môn của thư viện . Hiện mức thu với người lớn là 20.000 đồng / năm với thẻ đọc và 10.000 đồng / năm với thẻ mượn . Đối với trẻ em thì thẻ đọc và mượn là 10.000 đồng / năm . Người trên 60 tuổi được miễn phí 100 % . Với mức thu này , năm 2014 thư viện thu được 753.640.000 đồng . Năm 2016 thu 841.670.000 đồng . Nhằm tạo điều kiện thuận lợi cho người dân học tập , nghiên cứu tại Thư viện Khoa học tổng hợp , Sở Văn hoá và thể thao đề xuất giữ nguyên mức thu phí thư viện đã được áp dụng từ năm 2004 đến nay , bổ sung các đối tượng miễn giảm theo quy định của Luật phí và lệ phí 2015 . Theo đó , sở đề xuất miễn phí thư viện với người khuyết tật đặc biệt nặng , người cao tuổi và hộ nghèo . Giảm 50 % với người khuyết tật nặng và các đối tượng được hưởng chính sách ưu đãi hưởng thụ văn hoá theo quyết định 170 / 2003 của Thủ tướng .
Sở Văn hoá và thể thao TP. HCM vừa đề xuất giữ nguyên mức phí Thư viện Khoa học tổng hợp , đồng thời mở rộng các đối tượng được miễn giảm phí .