Theo bản án sơ thẩm , TAND cấp cao TP. HCM đã tuyên thu hồi số tiền 4.500 tỉ mà bị cáo Phạm Công Danh dùng để nâng vốn điều lệ cho VNCB , vì ngân hàng này chưa thực hiện việc nâng vốn điều lệ hay hạch toán điều chỉnh đối với số tiền này , nên phải hạch toán trả lại cho bị cáo Phạm Công Danh . Viện KSND nhận định rằng số tiền 4.500 tỉ mà bị cáo Phạm Công Danh có được là từ hành vi trái pháp luật , có nguồn gốc bất hợp pháp . Hành vi này đã bị xử lý ở giai đoạn 1 của vụ án là 300 tỉ và trong giai đoạn 2 của vụ án này là 4.200 tỉ đồng . Ngoài ra , số tiền này ngoài việc hình thành từ các quan hệ tín dụng trái pháp luật còn hình thành trên cơ sở tài sản đảm bảo là 6 lô đất bị nâng khống giá trị lên nhiều lần ; dùng tiền gửi của VNCB để bảo lãnh cho tiền vay trái pháp luật và rút tiền từ VNCB bằng các hồ sơ tín dụng trái pháp luật . Bên cạnh đó , theo Viện KSND , trong vụ án này bị cáo Phạm Công Danh đã sử dụng hết số tiền 4.500 tỉ đồng , nên bản án buộc thu hồi số tiền này từ VNCB là không phù hợp , không có cơ sở pháp lý . Cụ thể , khi Phạm Công Danh chuyển 4.500 tỉ đồng vào VNCB để tăng vốn điều lệ cho ngân hàng nhưng không được Ngân hàng Nhà nước chấp thuận , bị cáo đã không trả lại cho các cổ đông mà giữ lại sử dụng hết . Khi Ngân hàng Nhà nước tiếp quản VNCB và đổi tên thành CB thì ngân hàng này đang trong tình trạng âm vốn chủ sở hữu , tổng nợ phải trả lớn hơn tổng tài sản . Như vậy , ngân hàng vừa gánh chịu toàn bộ số tiền mà Phạm Công Danh sử dụng , rồi phải trả lại 4.500 tỉ là không phù hợp với quy định pháp luật . Ngoài nội dung về 4.500 tỉ nêu trên , quyết định kháng nghị của Viện KSND còn đề nghị TAND cấp cao tại TP. HCM xét xử phúc thẩm theo hướng không áp dụng hình phạt án treo cho 4 bị cáo gồm : Nguyễn Thị Kim Vân , Hồ Thị Đi , Nguyễn Tấn Thành , Nguyễn An Vinh . Về phía các bị cáo , sau thời hạn 15 ngày kể từ bản án sơ thẩm có hiệu lực , các bị cáo Trầm Bê ( nguyên phó chủ tịch hội đồng quản trị Sacombank ) , Phan Huy Khang ( nguyên tổng giám đốc Sacombank ) đã không kháng cáo , chấp nhận bản án lần lượt là 4 và 3 năm tù giam .
Liên quan đến vụ án kinh tế tại Ngân hàng Xây dựng ( VNCB , nay là CB ) giai đoạn 2 , ngày 5-9 , Viện KSND cấp cao tại TP. HCM đã ra quyết định kháng nghị một phần bản án hình sự sơ thẩm của TAND cấp cao TP. HCM .