Kết luận cho biết UBND TP. HCM phê duyệt điều chỉnh dự án đầu tư metro số 1 Bến Thành - Suối Tiên theo quyết định 4480 năm 2011 là chưa đúng giá trị , chưa tuân thủ trình tự thủ tục và chưa đúng thẩm quyền . Điều chỉnh dự án sai thẩm quyền Cụ thể , dự án điều chỉnh có tổng mức đầu tư 47.325 tỉ đồng . Trong khi theo nghị quyết số 49 năm 2010 của Quốc hội , dự án có tổng mức đầu tư lớn hơn 35.000 tỉ đồng là dự án quan trọng quốc gia và sẽ phải trình Quốc hội xem xét . Còn theo Luật xây dựng năm 2003 , thẩm quyền quyết định đầu tư dự án quan trọng quốc gia là Thủ tướng Chính phủ . Đồng thời việc UBND TP. HCM phê duyệt điều chỉnh thời gian hoàn thành dự án từ năm 2017 sang năm 2019 cũng không tuân thủ trình tự và thẩm quyền . Bởi theo quy định , với dự án quan trọng quốc gia , khi kéo dài thời gian thực hiện từ 1 năm trở lên , Chính phủ phải báo cáo Quốc hội xem xét , quyết định . Ngoài ra , theo quyết định đầu tư quy mô nhà ga Bến Thành là ga trung tâm có 2 tầng với diện tích sàn là 12.270 m2 . Tuy nhiên , quy mô đầu tư đã được điều chỉnh lên 4 tầng với diện tích sàn hơn 30.000 m2 với chức năng ga trung tâm tích hợp trung tâm thương mại ngầm . Đội vốn do đội giá thiết bị Về nguồn vốn , Kiểm toán Nhà nước nhấn mạnh quyết định phê duyệt tổng mức đầu tư điều chỉnh không đúng khi giá trị được lập với hai loại tiền là đồng yen và VND . Tại thời điểm lập tổng mức đầu tư vào tháng 10-2009 , giá trị phê duyệt là 236,6 tỉ yen , do đó trượt giá cũng phải được tính theo tiền yen và tổng mức đầu tư điều chỉnh chỉ còn 206,126 tỉ yen , giảm 30.500 triệu yen .
Kiểm toán Nhà nước vừa có báo cáo kết luận kiểm toán dự án metro số 1 Bến Thành - Suối Tiên . Theo đó , nhiều sai phạm của UBND TP. HCM và ban quản lý dự án được cơ quan kiểm toán chỉ rõ và kiến nghị xử lý gần 2.900 tỉ đồng .