Cụ thể , tại cơ sở 1 ( số 153 Nguyễn Chí Thanh , quận 5 ) , trường tuyển 245 học sinh cho 7 lớp chuyên Toán , Tin học , Vật lý , Hoá học , Sinh học , Tiếng Anh và Ngữ văn , mỗi lớp không quá 35 học sinh ; tuyển 145 học sinh cho các lớp không chuyên . Cơ sở 2 ( khu đô thị ĐH Quốc gia TP. HCM , quận Thủ Đức ) tuyển 210 học sinh cho 6 lớp chuyên Toán , Vật lý , Hoá học , Sinh học , Tiếng Anh . Theo ban giám hiệu Trường phổ thông Năng khiếu , trường sẽ tổ chức một đợt thi tuyển chung cho cả 2 cơ sở với 10 môn thi , gồm 3 môn cơ bản : Toán , Văn , tiếng Anh và 7 môn chuyên Toán , Văn , tiếng Anh , Tin học , Vật lý , Hoá học , Sinh học . Để dự thi vào trường Phổ thông Năng khiếu , học sinh phải xếp loại hạnh kiểm và học lực cả năm học của các lớp cấp THCS từ khá trở lên ; xếp loại tốt nghiệp THCS từ khá trở lên . Các em sẽ thi 4 môn gồm Toán , Ngữ văn , Tiếng Anh và một môn chuyên tự chọn . Đề thi theo hình thức tự luận , riêng đề thi môn Tiếng Anh chuyên và không chuyên có hai phần tự luận và trắc nghiệm khách quan . Điểm bài thi tính theo thang điểm 10 . Điểm bài thi các môn cơ bản được tính hệ số 1 , các môn chuyên được tính hệ số 2 . Điểm xét tuyển vào các lớp chuyên tại mỗi cơ sở là tổng số điểm các bài thi cơ bản và điểm bài thi chuyên tương ứng với lớp chuyên ( đã nhân hệ số ) . Điểm xét tuyển vào các lớp không chuyên là tổng số điểm các bài thi cơ bản ( không nhân hệ số ) .
Theo thông báo của ĐH Quốc gia TP. HCM , năm học 2019 - 2020 , Trường phổ thông Năng khiếu tuyển 600 học sinh lớp 10 cho 2 cơ sở quận 5 và Thủ Đức .