Tuy nhiên , trao đổi với Tuổi Trẻ , Bộ Tài chính khẳng định ngân sách vẫn cấp tiền bình thường cho hai quỹ này . Tuổi Trẻ ghi nhận thêm một số ý kiến , kinh nghiệm để các quỹ này hoạt động hiệu quả hơn . Vẫn chi nhưng có sự điều chỉnh Trong báo cáo trình Thủ tướng Chính phủ , Bộ Tài chính lý giải , qua rà soát , nhiệm vụ chi của Quỹ NAFOSTED trùng lặp với nhiệm vụ chi của ngân sách nhà nước , trong khi đó quỹ hoạt động hoàn toàn phụ thuộc vào nguồn ngân sách nhà nước cấp . Hằng năm ngân sách nhà nước phải cấp bù 500 tỉ đồng vốn điều lệ . Còn với Quỹ NATIF , sau 4 năm hoạt động quỹ chưa có khả năng tài chính độc lập , hằng năm vẫn sử dụng kinh phí từ " bầu sữa " ngân sách nhà nước cấp bù để có đủ số vốn điều lệ là 1.000 tỉ đồng . Thêm nữa , Bộ Tài chính cho biết theo quy định của Luật ngân sách nhà nước năm 2015 , từ năm ngân sách 2017 , ngân sách nhà nước sẽ không hỗ trợ kinh phí hoạt động cho các quỹ tài chính ngoài ngân sách . Mới đây , tháng 8-2019 , đoàn giám sát của Uỷ ban Thường vụ Quốc hội vừa họp đánh giá hiệu quả các quỹ tài chính ngoài ngân sách nhà nước , trong đó có hai quỹ khoa học nói trên . Trao đổi với Tuổi Trẻ , thành viên đoàn giám sát của Uỷ ban Tài chính ngân sách của Quốc hội khẳng định không có đề xuất bỏ Quỹ NATIF và NAFOSTED . Vì ở quốc gia nào , ngân sách nhà nước luôn phải dành một phần chi cho các quỹ khoa học . Đối với Việt Nam , cần phải coi khoa học và công nghệ là yếu tố then chốt , hàng đầu để nâng cao năng suất , chất lượng , động lực phát triển kinh tế - xã hội .
Nhiều nhà khoa học đang lo ngại nghiên cứu khoa học sẽ bị ảnh hưởng khi Quỹ đổi mới công nghệ quốc gia ( NATIF ) và Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia ( NAFOSTED ) tới đây sẽ phải tự chủ tài chính .