Lãnh đạo sở GTVT Hà Nội cho biết , đồ án quy hoạch bến xe , bãi đỗ xe , trạm dừng nghỉ trên địa bàn đến năm 2030 , tầm nhìn đến năm 2050 được xây dựng dựa trên quy hoạch chung xây dựng Thủ đô và quy hoạch GTVT đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định số 1259 năm 2011 . Sở GTVT lắng nghe những góp ý chính đáng của bộ GTVT về đồ án này , nhưng quy hoạch đã được Thủ tướng phê duyệt . Trong quá trình nghiên cứu lập đồ án đã được các cơ quan của TP. Hà Nội phân tích , đánh giá tổng thể các yếu tố liên quan đến định hướng quy hoạch . Cũng theo lãnh đạo sở GTVT Hà Nội , đối với bến xe Mỹ Đình , bến xe Nước Ngầm có vị trí nằm sát đường Vành đai 3 là khu vực lõi của đô thị trung tâm . Về lâu dài , việc tiếp tục duy trì các bến xe khách này không còn hợp lý , sẽ được quy hoạch là đầu mối giao thông công cộng kết hợp bãi đỗ xe . Từ quy hoạch đã được phê duyệt cũng như tình hình thực tế , các bến xe khách liên tỉnh này sẽ từng bước được thay thế bằng các bến xe khách liên tỉnh theo quy hoạch được đầu tư tại khu vực đường Vành đai 4 . Trước đó , góp ý về “ đồ án quy hoạch bến xe , bãi đỗ xe và trạm dừng nghỉ trên địa bàn Hà Nội đến năm 2030 ” , bộ GTVT cho rằng , các bến xe liên tỉnh hiện nay ở Mỹ Đình , Nước Ngầm , Giáp Bát ... nên được quy hoạch ổn định và nâng cấp thành bến xe nhiều tầng . Đồng thời , không nên xây dựng mới các bến xe liên tỉnh có tính chất sử dụng không lâu dài , chỉ khai thác trong thời gian quá độ ( như bến xe Yên Sở được nêu trong quy hoạch ) để tránh lãng phí vốn đầu tư và ảnh hưởng đến quỹ đất của thành phố . Thế Anh Khu vực bến xe Yên Sở được quy hoạch sát với đường gom vành đai 3 .
Mặc dù , bộ GTVT có ý kiến không đồng thuận về việc xây bến xe Yên Sở tránh gây lãng phí , sở GTVT vẫn kiên quyết xây dựng bến xe với lý do phù hợp với quy hoạch .