Tối 7/6 , Thành uỷ Đà Nẵng cho biết đã chỉ đạo Sở Giao thông Vận tải kiểm điểm trách nhiệm cá nhân giám đốc , phó giám đốc Cảng vụ Đường thuỷ nội địa và các cá nhân liên quan tai nạn chìm tàu Thảo Vân 2 . Thành uỷ yêu cầu cách chức giám đốc , phó giám đốc Cảng vụ , cho thôi việc toàn bộ kíp trực đêm 4/6 . Việc " trảm tướng " phải hoàn thành và báo cáo Ban Thường vụ Thành uỷ trước ngày 20/6 . Công an thành phố được chỉ đạo khẩn trương điều tra , chuyển Viện kiểm sát khởi tố các bị can để đưa ra xét xử công khai ; rà soát các phương tiện vận tải khách trên sông Hàn . Còn tàu chìm được làm thô sơ vì cải hoán từ tàu cá . Nhằm dẹp bỏ tình trạng tàu cá cải hoán thành tàu du lịch , Đà Nẵng cũng chỉ đạo ngành giao thông không cấp phép hoạt động cho các tàu du lịch được cải hoán từ tàu ngư dân , sớm cho phép tàu đóng mới đủ điều kiện tiếp tục hoạt động . Thành uỷ Đà Nẵng cũng giao Uỷ ban kiểm tra Thành uỷ căn cứ quy định hiện hành , làm rõ trách nhiệm của Giám đốc , Phó giám đốc phụ trách lĩnh vực của Sở Giao thông Vận tải , Sở Du lịch và các cán bộ thuộc diện Ban Thường vụ Thành uỷ quản lý , đề xuất hình thức kỷ luật . Tối 7/6 , Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an TP Đà Nẵng đã khởi tố bị can , bắt giam ông Lê Công Chí , thuyền trưởng tàu Thảo Vân 2 . Chủ tàu đang nằm viện nên chưa bị bắt . Trước đó hôm 6/6 , tại buổi làm việc với các sở , ngành , Chủ tịch TP Đà Nẵng Huỳnh Đức Thơ đã đình chỉ chức vụ Giám đốc Cảng vụ đường thuỷ nội địa Đà Nẵng và Đội trưởng Đội quản lý bến cảng vì " vô trách nhiệm , lơ là để tàu Thảo Vân 2 ra vào bến đón khách khi không được cấp phép " .
Giám đốc , phó giám đốc Cảng vụ đường thuỷ nội địa và toàn bộ kíp trực trong đêm xảy ra tai nạn chìm tàu làm 3 người chết bị cách chức .