Thực hiện chỉ đạo của Thủ tướng giao Thanh tra Chính phủ ( TTCP ) kiểm tra , rà soát , làm rõ các nội dung khiếu nại của người dân về ranh quy hoạch , thu hồi đất , bồi thường , hỗ trợ tái định cư khi thu hồi đất xây dựng khu đô thị mới Thủ Thiêm , TTCP đã cử tổ kiểm tra , xác minh các nội dung nêu trên . Căn cứ kết quả kiểm tra , ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại văn bản số 109 / TB - VPCP ngày 14-7-2018 của Văn phòng Chính phủ , nội dung cuộc họp với Thủ tướng Chính phủ ngày 11-8-2018 và ý kiến giải trình của UBND TP. HCM tại văn bản số 98 / UB - NCPC ngày 18-8-2018 , tổng TTCP thông báo kết quả kiểm tra và kiến nghị xử lý như sau : TTCP đánh giá Thủ tướng Chính phủ quyết định đầu tư xây dựng khu đô thị Thủ Thiêm thành một khu đô thị hiện đại , bền vững , có quy mô , tiêu chuẩn cao cấp , kết hợp chặt chẽ với các điều kiện cảnh quan tự nhiên là một chủ trương đúng đắn . Tuy nhiên , trong quá trình triển khai thực hiện đầu tư , xây dựng khu đô thị mới Thủ Thiêm , UBND TP. HCM và các sở , ngành liên quan đã để xảy ra những khuyết điểm , vi phạm , ảnh hưởng đến quyền lợi một số hộ dân sinh sống trên địa bàn , phát sinh khiếu nại gay gắt , kéo dài chưa được giải quyết dứt điểm . UBND TP. HCM , Bộ Xây dựng và Văn phòng Chính phủ đã có một số khuyết điểm trong việc trình , thẩm định và tham mưu về một số nội dung chưa phù hợp so với quyết định như : chênh lệch khoảng 10 ha so với diện tích được Bộ Xây dựng thẩm định ; thiếu một số hồ sơ quan trọng kèm theo của cả khu đô thị mới Thủ Thiêm và khu tái định cư 160 ha ( không có bản đồ quy hoạch 1/5 . 000 , chưa có ý kiến thẩm định của Bộ Xây dựng đối với 160 ha đất tái định cư ) . Việc khiếu nại của người dân về ranh quy hoạch đối với 4,3 ha đất thuộc khu phố 1 , phường Bình An , quận 2 nằm ngoài ranh quy hoạch khu đô thị mới Thủ Thiêm là có cơ sở , cần sớm được xem xét thận trọng và có giải pháp giải quyết phù hợp với thực tếKết luận của Thanh tra Chính phủ 4,3 ha đất không có trong ranh quy hoạchVề quy hoạch 1/5 . 000 , Thanh tra Chính phủ kết luận các văn bản như tờ trình , văn bản thẩm định của UBND TP. HCM , Bộ Xây dựng và quyết định phê duyệt của Thủ tướng Chính phủ nêu không đầy đủ về ranh giới , vị trí quy hoạch , nhất là " các hồ sơ kèm theo " ... Cụ thể , đó là toàn bộ phần bản vẽ gồm sơ đồ hiện trạng , các loại bản đồ quy hoạch sử dụng đất , quy hoạch xây dựng hạ tầng , điện , nước , môi trường và các loại văn bản thuyết minh , thoả thuận . " Việc đó dẫn tới hệ quả , qua thời gian dài cùng với công tác lưu trữ không tốt của các cơ quan liên quan ( Bộ Xây dựng , Văn phòng Chính phủ ... ) , UBND TP. HCM và các sở , ngành không cung cấp đầy đủ được các hồ sơ , tài liệu chính thức kèm theo quyết định số 367 / TTg , nhất là các bản đồ quy hoạch 1/5 . 000 " , TTCP kết luận . Quá trình kiểm tra tại Ban quản lý khu đô thị mới Thủ Thiêm và Sở Quy hoạch - kiến trúc TP. HCM , TP chỉ cung cấp được 2 loại bản đồ quy hoạch 1/5 .
Trong quá trình triển khai thực hiện đầu tư , xây dựng khu đô thị mới Thủ Thiêm , UBND TP. HCM và các sở , ngành đã để xảy ra những khuyết điểm , vi phạm , ảnh hưởng đến quyền lợi một số hộ dân sinh sống trên địa bàn .