Với tư cách tổng thầu EPC nhà máy đạm Ninh Bình , Tổng công ty Thiết kế và thầu khoán Hoàn Cầu ( Trung Quốc ) đã không phối hợp với Tập đoàn Hoá chất Việt Nam ( Vinachem ) giải quyết các tồn tại của dự án như thanh toán chi phí than cho việc chạy thử vượt hợp đồng , chi phí chạy thử nhà máy lần 2 . Nhà thầu Trung Quốc này cũng không thực hiện nghĩa vụ nộp phạt chậm tiến độ thực hiện hợp đồng ( 16 tháng ) , không hoàn thiện hồ sơ máy móc , thiết bị , vật tư nhập khẩu theo hợp đồng EPC , không bàn giao hồ sơ hoàn công và hồ sơ gốc CO , CQ để lập quyết toán A - B . Trước sự " cù cưa " của nhà thầu Trung Quốc , Vinachem đã đề xuất giải pháp thuê kiểm toán độc lập thực hiện kiểm toán , xác định giá trị đề nghị quyết toán , trình cấp có thẩm quyền phê duyệt và ghi rõ nội dung nhà thầu không hợp tác để quyết toán dự án . Nhưng các bộ , ngành lại cho rằng thiếu cơ sở pháp lý để quyết toán khiến dự án bị mắc kẹt . Theo đánh giá của Bộ Công thương , các vấn đề về xử lý tranh chấp hợp đồng EPC với nhà thầu chưa xử lý được nên dự án nhà máy đạm Ninh Bình chưa quyết toán được . Bộ này cho rằng cần tập trung xử lý dứt điểm vấn đề tranh chấp hợp đồng EPC để có thể quyết toán hợp đồng và quyết toán toàn bộ dự án . Trường hợp hai bên không thống nhất giải quyết được các vấn đề vướng mắc , cần đưa ra bên thứ ba - cơ quan trọng tài để phân xử , xác định trách nhiệm . Mới đây , Vinachem cũng có văn bản xin ý kiến hai Bộ Tài chính và Xây dựng về việc lập quyết toán hợp đồng EPC ( xây dựng - vận hành - chuyển giao ) nhà máy đạm Ninh Bình , nhưng các bộ đều cho rằng vẫn chưa đủ cơ sở để quyết toán dự án . Nhà máy đạm Ninh Bình có tổng vốn đầu tư ban đầu khoảng 667 triệu USD , hợp đồng EPC dự án được ký giữa Vinachem và Tổng công ty Thiết kế và thầu khoán Hoàn Cầu vào ngày 15-11-2007 , thời gian thực hiện dự án hợp đồng 42 tháng . Do nhà thầu thi công chậm tiến độ nên đến tháng 9 - 2012 , Vinachem mới tạm tiếp nhận nguyên trạng và quản lý , vận hành nhà máy đạm Ninh Bình .
Nhà máy đạm Ninh Bình có vốn đầu tư lên tới hơn 11.000 tỉ đồng , nhưng sau 7 năm tạm tiếp nhận nguyên trạng nhà máy từ nhà thầu Trung Quốc , Tập đoàn Hoá chất Việt Nam vẫn không thể quyết toán dự án vì nhà thầu cù cưa , không hợp tác .