Tháng 5-2016 , gần 70 tấn cá trên kênh Nhiêu Lộc - Thị Nghè chết nổi trắng mặt kênh . Nguyên nhân : do mưa cuốn trôi chất bẩn trên đường phố , các hệ thống cống xuống kênh làm tăng nồng độ các chất NH 3 - N , H2S , giảm lượng dưỡng khí trong nước . Tương tự , tháng 4-2017 , hơn 1 tấn cá trên kênh này lại chết nổi lên mặt nước . Đến tháng 5-2017 , cá lại chết hàng loạt trên kênh này tại khu vực cầu Công Lý , cầu Lê Văn Sỹ và đoạn gần cầu Trần Khánh Dư . Cá quá nhiều , kênh chứa không nổi ! Bà Võ Thị Mộng Thu - chi cục trưởng Chi cục Thuỷ sản TP. HCM - cho biết trước thực trạng cá chết hàng loạt , chi cục căn cứ vào kết quả đề tài " Nghiên cứu khả năng thả cá dựa trên tính toán sức tải thuỷ vực của kênh Nhiêu Lộc - Thị Nghè " của khoa thuỷ sản Trường ĐH Nông lâm thực hiện để tham mưu Sở Nông nghiệp và phát triển nông thôn trình UBND TP. HCM giảm đàn cá mỗi năm nhằm giảm sức tải cho thuỷ vực của dòng kênh . Trước mùa mưa năm nay , trao đổi về việc này , ông Lê Tôn Cường - phó chi cục trưởng Chi cục Thuỷ sản TP. HCM - cho biết chi cục đã quan trắc môi trường nước và xây dựng kế hoạch lấy mẫu nước để đo nhiệt độ , độ trong , độ mặn , oxy hoà tan , pH , NH 3 - N , H2S ... nhằm đưa ra nhận định cảnh báo , các giải pháp phòng ngừa . Mỗi tuần sẽ lấy mẫu nước hai lần , vào mùa mưa , thời điểm giao mùa , thời tiết xấu sẽ tăng số lần lấy mẫu nước . " Hằng năm đàn cá sinh sản tự nhiên và lượng cá người dân phóng sinh khiến số lượng cá trong kênh vượt quá sức tải thuỷ vực . Cộng với thời tiết thay đổi , xâm nhập mặn , ô nhiễm gây thiếu oxy , NH 3 - N tăng cao khiến cá chết " - ông Cường lý giải . Cũng theo ông Cường , năm 2018 Chi cục Thuỷ sản TP. HCM đã 2 lần bắt bớt cá trên kênh Nhiêu Lộc - Thị Nghè với số lượng khoảng 30 tấn .
Để phòng ngừa cá chết hàng loạt sau những cơn mưa đầu mùa tại khu vực kênh Nhiêu Lộc - Thị Nghè , Sở Nông nghiệp và phát triển nông thôn TP. HCM xin chủ trương UBND TP. HCM cho phép giảm số lượng cá trên kênh này trong năm 2019 .