Vài năm trở lại đây , các dự án xây dựng của doanh nghiệp tư nhân số 1 Điện Biên ( Tập đoàn Mường Thanh ) liên tiếp được các cơ quan chức năng chỉ ra sai phạm như : tăng số tầng , tăng số căn hộ , thay đổi thiết kế ban đầu của dự án , thiếu nghiệm thu phòng cháy chữa cháy ... Theo báo cáo kết quả xử lý các công trình vi phạm trật tự xây dựng được nêu trong 12 kết luận thanh tra được UBND TP. Hà Nội gửi HĐND TP , đã ghi nhận hàng loạt dự án liên quan tới Tập đoàn Mường Thanh , trong đó chỉ rõ có 8/10 dự án liên quan tới Tập đoàn Mường Thanh sai phạm lớn , đề nghị chuyển hồ sơ sang Cơ quan an ninh điều tra ( bộ Công an ) để làm rõ . Các sai phạm diễn ra trong nhiều năm gần đây , được nhiều cơ quan thanh tra chỉ ra nhưng chưa được xử lý dứt điểm . Hàng ngàn người dân đã mua căn hộ tại các dự án xảy ra sai phạm không được cấp sổ đỏ vì Tập đoàn Mường Thanh chưa khắc phục triệt để các sai phạm . Mới đây , chiều 9/7 , phát biểu tại phiên chất vấn kỳ họp HĐND TP. Hà Nội , ông Nguyễn Đức Chung - Chủ tịch UBND cho biết , chung cư HH Linh Đàm ( quận Hoàng Mai ) là một trong những chung cư có số căn hộ vượt quá so với quy hoạch … Bởi vậy , các hộ dân ở đây chưa làm được sổ đỏ . Điển hình như tổ hợp HH Linh Đàm với 12 tòa chung cư giá rẻ của tập đoàn Mường Thanh . Theo đó , mỗi tòa xây cao từ 36-42 tầng ( có ký hiệu HH ) với mật độ xây dựng dày đặc , với số cư dân lên tới 30.000 người . Bên cạnh đó , 2 dự án tổ hợp chung cư và dịch vụ thương mại tại ô HH3 , lô CC6 khu dịch vụ tổng hợp - nhà ở Linh Đàm và tổ hợp chung cư - dịch vụ thương mại tại ô HH4 thuộc lô CC6 , Linh Đàm cũng xây dựng sai quy hoạch , xây thiếu 2 tầng hầm chung cư . Đặc biệt , các dự án chung cư , nhà ở của Mường Thanh có vi phạm trên địa bàn Hà Nội đã đưa vào sử dụng , có mật độ người dân sinh sống rất cao như : khu nhà ở Xa La , khu đô thị HH Linh Đàm , hay Kim Văn , Kim Lũ … Thanh tra bộ Xây dựng cũng đã phanh phui một loạt các sai phạm tại các dự án của doanh nghiệp tư nhân Xây dựng số 1 tỉnh Điện Biên như : khu nhà ở Xa La ( 209 ha ) xây thêm tầng , vi phạm mật độ xây dựng ; khu chức năng hỗn hợp Đại Thanh ( 15,8 ha ) xây vượt tầng , vi phạm mật độ xây dựng và sử dụng đất sai mục đích ; nhà ở CT11 , CT12 tại lô CT2 khu đô thị Kim Văn - Kim Lũ ( 26,9 ha ) … Hay dự án công trình hỗn hợp nhà ở và trung tâm thương mại CT5 xã Tân Triều , huyện Thanh Trì vi phạm xây dựng sai quy hoạch ; tòa nhà hỗn hợp dịch vụ văn phòng , dịch vụ thương mại và nhà ở cao cấp VP6 , phường Hoàng Liệt , quận Hoàng Mai xây vượt quy hoạch 10 tầng . Trước đó , vào năm 2018 , Thanh tra bộ Xây dựng đã có kết luận số 39 chỉ ra nhiều sai phạm tại dự án khu đô thị Thanh Hà - Cienco 5 ( quy mô 388 ha ) . Theo đó , chủ đầu tư Mường Thanh có sai phạm xây thêm diện tích tại tầng áp mái của 9 tòa chung cư thuộc các ô đất B 1.4 - HH 01 và B 1.4 - HH 02 .
Những dự án liên quan tới tập đoàn Mường Thanh của ông Lê Thanh Thản được chuyển sang Cơ quan an ninh điều tra đều vướng vào 2 sai phạm lớn là xây dựng vượt tầng – phá vỡ quy hoạch được duyệt và có các sai phạm trong quá trình chuyển nhượng , thâu tóm dự án .