Trước đó , Bộ Giáo dục và Đào tạo đã có quyết định thu hồi bằng tiến sĩ đối với ông Hoàng Xuân Quế ( Trường ĐH Kinh tế quốc dân ) sau khi xác minh và kết luận luận án của ông Hoàng Xuân Quế sao chép lên đến 52,5 / 159 trang luận án ( khoảng 30,02 % ) từ luận án tiến sĩ của ông Mai Thanh Quế ( Học viện Ngân hàng ) . Vụ kiện bắt nguồn từ việc ngày 11-10-2013 , ông Bùi Văn Ga - thứ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo - đã ký quyết định số 4674 thu hồi bằng tiến sĩ đối với ông Hoàng Xuân Quế . Ông Hoàng Xuân Quế đã khởi kiện từ tháng 11-2013 , nhưng bị hoãn xử nhiều lần . Ngày 14-12-2018 , Toà án nhân dân TP. Hà Nội tuyên việc Bộ Giáo dục và Đào tạo ra quyết định trên là trái pháp luật , Bộ lại khẳng định mình hoàn toàn đúng . Cụ thể , Bộ cho rằng quyết định này được thực hiện theo Quy định Quản lý văn bằng , chứng chỉ giáo dục phổ thông , giáo dục trung học chuyên nghiệp , giáo dục đại học và giáo dục sau đại học ban hành kèm theo Quyết định số 52/2002 / QĐ-BGDĐT : " Văn bằng , chứng chỉ bị thu hồi trong các trường hợp sau đây : A. Người được cấp văn bằng chứng chỉ vi phạm các quy định về tuyển sinh , giáo dục , đào tạo do Bộ GD-ĐT hoặc cơ quan có thẩm quyền ban hành " . Trong trường hợp này , Bộ Giáo dục và Đào tạo cho rằng " có đầy đủ căn cứ để xác định ông Hoàng Xuân Quế đã có hành vi sao chép luận án tiến sĩ " . Bộ cho rằng ba cuốn luận án được bộ sử dụng làm căn cứ đối chiếu ( lưu tại Thư viện Quốc gia , Thư viện Trường ĐH Kinh tế quốc dân và Thư viện Khoa học Tổng hợp TP. HCM ) đều là luận án gốc , được thu thập và lưu giữ đầy đủ trong hồ sơ vụ việc , có đầy đủ biên bản và xác nhận của các thư viện . Còn cuốn luận án của ông Hoàng Xuân Quế nộp lại " không có cơ sở pháp lý " , những cuốn luận án " được xin lại " từ thành viên hội đồng một cách không khách quan , với hình thức không đồng nhất , không đúng quy định . Bộ cho rằng việc Bộ trưởng Bộ GD - ĐT lúc đó là ông Phạm Vũ Luận ban hành Quyết định thu hồi bằng tiến sĩ của ông Hoàng Xuân Quế là công việc phải thực hiện theo quy định của pháp luật , đúng thẩm quyền , đúng chức năng quản lý nhà nước về giáo dục , " hoàn toàn vì sự nghiệp giáo dục đào tạo chung của đất nước " . Bên cạnh đó , việc Bộ trưởng thu hồi bằng tiến sĩ của ông Hoàng Xuân Quế còn cảnh báo , nhằm ngăn chặn những hành vi gian lận , tiêu cực trong hoạt động giáo dục và đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao , đảm bảo công bằng , khách quan và minh bạch trong đánh giá chất lượng giáo dục . "
Ngay sau khi Toà án nhân dân TP. Hà Nội tuyên hủy quyết định thu hồi bằng tiến sĩ với ông Hoàng Xuân Quế của Bộ Giáo dục - Đào tạo , tối 14-12 , Bộ đã phát đi thông báo “ không chấp nhận bản án hội đồng xét xử đã tuyên ” .