Từ những bất hợp lý trên , phát sinh tình trạng người dân và phương tiện né trạm thu phí , đi vào đường ngang ngõ tắt gây hư hại hệ thống giao thông địa phương , gây nguy cơ mất an toàn giao thông . Bên cạnh đó , việc xác định phương án , doanh thu tài chính thiếu chính xác đã gây ra gánh nặng cho người dân và doanh nghiệp tham gia giao thông vì thời gian thu phí quá dài . Thanh tra Chính phủ cũng kết luận , trong quá trình triển khai bộ GTVT đã thực hiện không đầy đủ quy trình xây dựng và công bố danh mục dự án kêu gọi đầu tư theo quy định . Cụ thể , trong hơn 70 dự án đầu tư theo hình thức BOT và BT tại bộ GTVT đều không lựa chọn được nhà đầu tư nào theo hình thức đấu thầu , 100 % đều là chỉ định thầu với lý do chỉ có một nhà đầu tư tham gia hoặc do tính cấp bách của dự án nhưng không có quy trình , thủ tục đánh giá hay xác định thế nào là cấp bách . Mặc dù vậy , một số nhà đầu tư được lựa chọn có năng lực hạn chế , không đáp ứng yêu cầu của dự án . Theo đó , 3/4 công ty trong liên danh nhà đầu tư được lựa chọn để thực hiện dự án hầm đường bộ Phước Tượng - hầm Phú Gia đã không góp được vốn theo cam kết phải rút khỏi liên danh và xin giảm tối đa tỷ lệ vốn góp . Liên danh phải mời gọi nhà đầu tư thay thế dẫn đến chậm tiến độ dự án . Thanh tra Chính phủ cũng chỉ ra rằng , tổng vốn đầu tư xác định cho hợp đồng dự án trên cơ sở tổng mức đầu tư . Tuy nhiên , kết quả kiểm tra tổng mức đầu tư có nhiều sai lệch nên vốn đầu tư xác định cho hợp đồng dự án không chính xác . Tại 7 dự án được thanh tra đã phát hiện các nhà đầu tư phê duyệt sai tăng về đơn giá định mức , chế độ tiền lương , phụ cấp hoặc các yếu tố phát sinh không đúng thực tế với số tiền trên 316 tỉ đồng .
Theo Thanh tra Chính phủ , các các trạm thu phí dự án BT và BOT có khoảng cách gần nhau bất hợp lý , giá phí cao , tăng nhanh , khiến người tham gia giao thông không còn sự lựa chọn nào khác .