Returns pymatgen Molecule object.

def pymatgen_mol(self):
        """
        Returns pymatgen Molecule object.
        """
        sp = []
        coords = []
        for atom in ob.OBMolAtomIter(self._obmol):
            sp.append(atom.GetAtomicNum())
            coords.append([atom.GetX(), atom.GetY(), atom.GetZ()])
        return Molecule(sp, coords)