#!/usr/bin/env python
from fragpy.min import optf
from fragpy.opt_param import param

'''  RUN THIS PYHON SCRIPT 
The following example corresponds to example2.inp 
to be run as a python scrip rather than with 
fragpy/fragpy.
'''

coord = [
['N1',  -0.42041893 ,  -0.13177839 ,  -1.10917804,1 ],
['H1',  -1.40858582 ,   0.11956038 ,  -1.24870378,1 ],
['H1',  -0.28384558 ,  -1.11091815 ,  -1.39903445,1 ],
['C1',  -0.00216871 ,   0.08483180 ,   0.25616783,1 ],
['H1',  -0.39265828 ,   1.06387798 ,   0.60162420,1 ],
['H1',  -0.39940372 ,  -0.67976915 ,   0.96544436,1 ],
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['C1',   1.50690877 ,   0.11681055 ,   0.35450000,1 ],
['N1',   2.17229633 ,   0.41300059 ,  -0.80613194,1 ],
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['H1',   3.89241346 ,  -0.79855733 ,  -1.07385837,1 ],
['O2',   5.08781813 ,   0.04132250 ,   1.01281932,1 ],
['C2',   4.27464242 ,   0.73395899 ,   0.39867596,1 ],
['N2',   3.98348175 ,   2.01878737 ,   0.79938714,1 ],
['H2',   3.43282493 ,   2.63099933 ,   0.18309903,1 ],
['C2',   4.76122593 ,   2.61623801 ,   1.86407242,1 ],
['H2',   4.35676781 ,   3.62599345 ,   2.06786396,1 ],
['H2',   5.82595876 ,   2.73751594 ,   1.56692752,1 ],
['O2',   5.66511388 ,   1.59445391 ,   3.86333589,1 ],
['C2',   4.68630506 ,   1.77805166 ,   3.13675472,1 ],
['N2',   3.43637104 ,   1.31311371 ,   3.46034543,1 ],
['H2',   2.72977240 ,   1.24393506 ,   2.70650062,1 ],
['C2',   3.29169884 ,   0.42278580 ,   4.59426461,1 ],
['H2',   2.23254922 ,   0.11078791 ,   4.65912992,1 ],
['H2',   3.54711516 ,   0.95336540 ,   5.53314597,1 ],
['O3',   4.85766663 ,  -1.23688681 ,   5.39578269,2 ],
['C3',   4.19277714 ,  -0.79728605 ,   4.45029532,2 ],
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['H3',   3.70456393 ,  -0.95089266 ,   2.42777437,2 ],
['C3',   5.15543907 ,  -2.44929239 ,   2.95191561,2 ],
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['H3',   4.84740166 ,  -3.38764828 ,   3.46142052,2 ],
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['C3',   6.55593624 ,  -2.05991806 ,   3.41540997,2 ],
['N3',   6.95745139 ,  -0.80243917 ,   3.06803373,2 ],
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['C3',   8.24828658 ,  -0.30447368 ,   3.48116391,2 ],
['H3',   8.32134351 ,   0.75784161 ,   3.18076515,2 ],
['H3',   9.07228944 ,  -0.85568855 ,   2.97773832,2 ],
['O4',   9.44612832 ,  -0.85375707 ,   5.51446570,2 ],
['C4',   8.40838410 ,  -0.42709013 ,   4.99176297,2 ],
['N4',   7.33672802 ,  -0.01428212 ,   5.72685718,2 ],
['H4',   6.48290593 ,   0.31651436 ,   5.24560356,2 ],
['C4',   7.33144696 ,  -0.17643313 ,   7.16220648,2 ],
['H4',   6.32158938 ,   0.07872157 ,   7.53530362,2 ],
['H4',   8.05456357 ,   0.51512083 ,   7.64713692,2 ],
['O4',   8.47655332 ,  -1.89355090 ,   8.43762959,2 ],
['C4',   7.67674093 ,  -1.61515820 ,   7.53963818,2 ],
['N4',   7.02017667 ,  -2.57690835 ,   6.82415828,2 ],
['H4',   6.38612912 ,  -2.30502067 ,   6.05316391,2 ],
['C4',   7.33424940 ,  -3.97086346 ,   7.03263129,2 ],
['H4',   6.80823386 ,  -4.56441292 ,   6.26085641,2 ],
['H4',   6.98075897 ,  -4.31935140 ,   8.02740912,2 ],
['O5',   9.47233934 ,  -4.87302407 ,   7.74516912,3 ],
['C5',   8.83632739 ,  -4.19656638 ,   6.92497489,3 ],
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['H5',   8.88890744 ,  -3.04173114 ,   5.19149249,3 ],
['C5',  10.87616636 ,  -3.70638315 ,   5.69832987,3 ],
['H5',  11.17810443 ,  -3.04909108 ,   4.86045458,3 ],
['H5',  11.19174821 ,  -4.74211723 ,   5.44257272,3 ],
['O5',  12.56528232 ,  -3.86197910 ,   7.43608910,3 ],
['C5',  11.58286851 ,  -3.26232838 ,   6.97630903,3 ],
['N5',  11.07414665 ,  -2.13994682 ,   7.55710745,3 ],
['H5',  10.25510367 ,  -1.67359971 ,   7.12811530,3 ],
['C5',  11.66860726 ,  -1.56637431 ,   8.73858481,3 ],
['H5',  11.11338877 ,  -0.64121894 ,   8.98583164,3 ],
['H5',  12.72446136 ,  -1.27272837 ,   8.54641430,3 ],
['O6',  12.39269953 ,  -2.34061445 ,  10.90565938,3 ],
['C6',  11.63485786 ,  -2.50219253 ,   9.94436411,3 ],
['N6',  10.69325774 ,  -3.49181741 ,   9.91408395,3 ],
['H6',  10.10356817 ,  -3.62548672 ,   9.07112240,3 ],
['C6',  10.64471524 ,  -4.49099994 ,  10.94918996,3 ],
['H6',   9.63087548 ,  -4.54552572 ,  11.40367710,3 ],
['H6',  11.35087710 ,  -4.17692745 ,  11.74614054,3 ],
['O6',  10.66826545 ,  -6.91016100 ,  10.98212537,3 ],
['C6',  11.04013470 ,  -5.86793144 ,  10.43256953,3 ],
['N6',  11.87179677 ,  -5.87934694 ,   9.34419994,3 ],
['H6',  12.08001412 ,  -4.99459148 ,   8.83777328,3 ],
['C6',  12.18268597 ,  -7.12175759 ,   8.68978017,3 ],
['H6',  11.69473019 ,  -7.93252900 ,   9.27362748,3 ],
['H6',  13.27873890 ,  -7.32711376 ,   8.69085212,3 ],
['C6',  11.65589770 ,  -7.13960974 ,   7.26837917,3 ],
['H6',  10.86303080 ,  -6.34878391 ,   7.03486361,3 ],
['O6',  12.02822794 ,  -7.92704503 ,   6.43786974,3 ]]

param.coarse=True
param.coarse_level=1
optf(coord)

#!/usr/bin/env python
from fragpy.min import optf
from fragpy.opt_param import param

'''  RUN THIS PYHON SCRIPT 
The following example corresponds to example2.inp 
to be run as a python scrip rather than with 
fragpy/fragpy.
'''

coord = [
['N1',  -0.42041893 ,  -0.13177839 ,  -1.10917804,1 ],
['H1',  -1.40858582 ,   0.11956038 ,  -1.24870378,1 ],
['H1',  -0.28384558 ,  -1.11091815 ,  -1.39903445,1 ],
['C1',  -0.00216871 ,   0.08483180 ,   0.25616783,1 ],
['H1',  -0.39265828 ,   1.06387798 ,   0.60162420,1 ],
['H1',  -0.39940372 ,  -0.67976915 ,   0.96544436,1 ],
['O1',   2.12202140 ,  -0.05541813 ,   1.41852289,1 ],
['C1',   1.50690877 ,   0.11681055 ,   0.35450000,1 ],
['N1',   2.17229633 ,   0.41300059 ,  -0.80613194,1 ],
['H1',   1.61743925 ,   0.39099617 ,  -1.67914197,1 ],
['C1',   3.60579100 ,   0.26015800 ,  -0.88365334,1 ],
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['O2',   5.08781813 ,   0.04132250 ,   1.01281932,1 ],
['C2',   4.27464242 ,   0.73395899 ,   0.39867596,1 ],
['N2',   3.98348175 ,   2.01878737 ,   0.79938714,1 ],
['H2',   3.43282493 ,   2.63099933 ,   0.18309903,1 ],
['C2',   4.76122593 ,   2.61623801 ,   1.86407242,1 ],
['H2',   4.35676781 ,   3.62599345 ,   2.06786396,1 ],
['H2',   5.82595876 ,   2.73751594 ,   1.56692752,1 ],
['O2',   5.66511388 ,   1.59445391 ,   3.86333589,1 ],
['C2',   4.68630506 ,   1.77805166 ,   3.13675472,1 ],
['N2',   3.43637104 ,   1.31311371 ,   3.46034543,1 ],
['H2',   2.72977240 ,   1.24393506 ,   2.70650062,1 ],
['C2',   3.29169884 ,   0.42278580 ,   4.59426461,1 ],
['H2',   2.23254922 ,   0.11078791 ,   4.65912992,1 ],
['H2',   3.54711516 ,   0.95336540 ,   5.53314597,1 ],
['O3',   4.85766663 ,  -1.23688681 ,   5.39578269,2 ],
['C3',   4.19277714 ,  -0.79728605 ,   4.45029532,2 ],
['N3',   4.21805383 ,  -1.38043523 ,   3.21570919,2 ],
['H3',   3.70456393 ,  -0.95089266 ,   2.42777437,2 ],
['C3',   5.15543907 ,  -2.44929239 ,   2.95191561,2 ],
['H3',   5.16119982 ,  -2.64413492 ,   1.86303211,2 ],
['H3',   4.84740166 ,  -3.38764828 ,   3.46142052,2 ],
['O3',   7.28708591 ,  -2.83640913 ,   4.04203818,2 ],
['C3',   6.55593624 ,  -2.05991806 ,   3.41540997,2 ],
['N3',   6.95745139 ,  -0.80243917 ,   3.06803373,2 ],
['H3',   6.31824603 ,  -0.18640966 ,   2.53819112,2 ],
['C3',   8.24828658 ,  -0.30447368 ,   3.48116391,2 ],
['H3',   8.32134351 ,   0.75784161 ,   3.18076515,2 ],
['H3',   9.07228944 ,  -0.85568855 ,   2.97773832,2 ],
['O4',   9.44612832 ,  -0.85375707 ,   5.51446570,2 ],
['C4',   8.40838410 ,  -0.42709013 ,   4.99176297,2 ],
['N4',   7.33672802 ,  -0.01428212 ,   5.72685718,2 ],
['H4',   6.48290593 ,   0.31651436 ,   5.24560356,2 ],
['C4',   7.33144696 ,  -0.17643313 ,   7.16220648,2 ],
['H4',   6.32158938 ,   0.07872157 ,   7.53530362,2 ],
['H4',   8.05456357 ,   0.51512083 ,   7.64713692,2 ],
['O4',   8.47655332 ,  -1.89355090 ,   8.43762959,2 ],
['C4',   7.67674093 ,  -1.61515820 ,   7.53963818,2 ],
['N4',   7.02017667 ,  -2.57690835 ,   6.82415828,2 ],
['H4',   6.38612912 ,  -2.30502067 ,   6.05316391,2 ],
['C4',   7.33424940 ,  -3.97086346 ,   7.03263129,2 ],
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['H4',   6.98075897 ,  -4.31935140 ,   8.02740912,2 ],
['O5',   9.47233934 ,  -4.87302407 ,   7.74516912,3 ],
['C5',   8.83632739 ,  -4.19656638 ,   6.92497489,3 ],
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['H5',   8.88890744 ,  -3.04173114 ,   5.19149249,3 ],
['C5',  10.87616636 ,  -3.70638315 ,   5.69832987,3 ],
['H5',  11.17810443 ,  -3.04909108 ,   4.86045458,3 ],
['H5',  11.19174821 ,  -4.74211723 ,   5.44257272,3 ],
['O5',  12.56528232 ,  -3.86197910 ,   7.43608910,3 ],
['C5',  11.58286851 ,  -3.26232838 ,   6.97630903,3 ],
['N5',  11.07414665 ,  -2.13994682 ,   7.55710745,3 ],
['H5',  10.25510367 ,  -1.67359971 ,   7.12811530,3 ],
['C5',  11.66860726 ,  -1.56637431 ,   8.73858481,3 ],
['H5',  11.11338877 ,  -0.64121894 ,   8.98583164,3 ],
['H5',  12.72446136 ,  -1.27272837 ,   8.54641430,3 ],
['O6',  12.39269953 ,  -2.34061445 ,  10.90565938,3 ],
['C6',  11.63485786 ,  -2.50219253 ,   9.94436411,3 ],
['N6',  10.69325774 ,  -3.49181741 ,   9.91408395,3 ],
['H6',  10.10356817 ,  -3.62548672 ,   9.07112240,3 ],
['C6',  10.64471524 ,  -4.49099994 ,  10.94918996,3 ],
['H6',   9.63087548 ,  -4.54552572 ,  11.40367710,3 ],
['H6',  11.35087710 ,  -4.17692745 ,  11.74614054,3 ],
['O6',  10.66826545 ,  -6.91016100 ,  10.98212537,3 ],
['C6',  11.04013470 ,  -5.86793144 ,  10.43256953,3 ],
['N6',  11.87179677 ,  -5.87934694 ,   9.34419994,3 ],
['H6',  12.08001412 ,  -4.99459148 ,   8.83777328,3 ],
['C6',  12.18268597 ,  -7.12175759 ,   8.68978017,3 ],
['H6',  11.69473019 ,  -7.93252900 ,   9.27362748,3 ],
['H6',  13.27873890 ,  -7.32711376 ,   8.69085212,3 ],
['C6',  11.65589770 ,  -7.13960974 ,   7.26837917,3 ],
['H6',  10.86303080 ,  -6.34878391 ,   7.03486361,3 ],
['O6',  12.02822794 ,  -7.92704503 ,   6.43786974,3 ]]

param.coarse=True
param.coarse_level=1
optf(coord)

#!/usr/bin/env python RUN THIS PYHON SCRIPT  The following example corresponds to example2.inp  to be run as a python scrip rather than with  fragpy/fragpy.