एसटीआईपी 2020 सचिवालय की स्थापना, मुख्य वैज्ञानिक सलाहकार (पीएसए) के कार्यालय और विज्ञान एवं प्रौद्योगिकी विभाग (डीएसटी) द्वारा संयुक्त रूप से की गई है जिससे संपूर्ण एसटीआईपी 2020 नीति-निर्माण प्रक्रिया के लिए समन्वय और निष्पादन का कार्य किया जा सके।