नूट्रीअन्ट और नॉन नूट्रीअन्ट के अनुसार फंक्शनल फूड्स को लिपिड, विटामिन और खनिजों के रूप में वर्गीकृत किया जाता है और अंगों के अनुसार फंक्शनल फूड्स को गैस्ट्रो इंटेस्टिनल ट्रैक, कार्डियो वैसकुलर सिस्टम, किडनी इम्यून सिस्टम और स्केलेटल सिस्टम पर लाभकारी प्रभाव के अनुसार वर्गीकृत किया गया है।