मिशन को लागू करते में राज्यों/ केंद्र सशासित प्रदेशों को जल गुणवत्ता प्रभावित क्षेत्रों, सूखे से प्रभावित होने वाले राज्यों, मरूभूमि क्षेत्रों, अनुसूचित जाति/ जन जाति बहुल गांवों, आकांक्षी तथा जेईईएस प्रभावित जिलों, सांसद आदर्श ग्राम योजना को प्राथमिकता देनी होगी ताकि तेजी से सभी घरों को नल के पानी का कनेक्शन दिया जा सके।