तो टारगेट पर आधारित ड्रग डिजाइन एक खास एंजाइम की संरचना, एंजाइम की एक्टिव साइट को देखती हैं, और ऐसे मॉलिक्यूल बनाती हैं जो कि जाकर बहुत ही प्रभावशाली और बहुत ही चयनित तरीके से जुड़ती हैं और दूसरे एंजाइम या प्रोटीन पर जाकर नहीं जुड़ती है, इस प्रकार यह बहुत ही चयन शील या सिलेक्टिव बन सकती हैं साथ ही साथ बेहतर प्रभाव दिखा सकती हैं।