हालांकि कुछ कर/शुल्क/उपकर जीएसटी के दायरे में नहीं आते है और इनकी प्रतिपूर्ति निर्यात के लिए नहीं की जाती है जैसे परिवहन में उपयोग किए गए ईंधन पर लगने वाला वैट, मंडी कर, निर्माण के दौरान उपयोग की बिजली पर लगने वाला शुल्क आदि।