मूल रंग न्यूक्लिक एसिड और कई प्रोटीन जैसे नकारात्मक चार्ज अणुओं से बंधे होते हैं क्योंकि जीवाणु कोशिकाओं की सतह ऋणात्मक आवेश भी होते हैं, मूल रंगों का प्रयोग जीवाणु विज्ञान में सबसे अधिक बार किया जाता है।