इलेक्ट्रोस्प्रे आयनीकरण मास स्पेक्ट्रोमीटर के तहत कई प्रकार के प्रोटीन परिसरों का विश्लेषण और अवलोकन किया जा सकता है, जिसमें प्रोटीन-लिगैंड, प्रोटीन-पेप्टाइड, प्रोटीन-धातु, प्रोटीन-आरएनए प्रकार के मैक्रोमोलेक्यूलर संबद्ध सिस्टम शामिल हैं, जिनका विश्लेषण इलेक्ट्रोस्प्रे आयनीकरण मास स्पेक्ट्रोमीटर में किया जा सकता है।