पूरे एसटीआईपी 2020 नीति-निर्माण प्रक्रिया के समन्वय और क्रियान्वयन के लिए प्रधान वैज्ञानिक सलाहकार (पीएसए) के कार्यालय तथा विज्ञान और प्रौद्योगिकी विभाग (डीएसटी) द्वारा एसटीआईपी 2020 सचिवालय को संयुक्त रूप से स्थापित किया गया है।