कोविड-19 महामारी और उसके बाद के व्यवधानों ने जेजेएम के कार्यान्वयन को जमीनी स्तर पर प्रभावित किया है, लेकिन राष्ट्रीय जल जीवन मिशन राज्यों/केंद्रशासित क्षेत्रों के साथ मिलकर काम कर रहा है ताकि शेष ग्रामीण परिवारों को समयबद्ध तरीके से नल के पानी का कनेक्शन प्रदान किया जा सके।