एएफएमएस के कमान हॉस्पिटल्स द्वारा प्रदान की जाने वाली स्वास्थ्य सेवाओं में उत्कृष्टता को मान्यता देने और उनके बीच स्वस्थ प्रतिस्पर्धा की भावना को बढ़ावा देने के लिए 1989 में रक्षा मंत्री ट्रॉफी की शुरुआत की गई थी।