माइक्रोफिल्ट्रेशन का सबसे महत्वपूर्ण अनुप्रयोग बैक्टीरिया को दूध से अलग करना है, एक महत्वपूर्ण बात यह है कि माइक्रोफिल्टरेशन के साथ बैक्टीरिया अगर उसे दूध से हटाया जा सकता है, तो उस उच्च तापमान जो दूध की गुणवत्ता को प्रभावित करता है, उसकी आवश्यकता नहीं है या न्यूनतम न्यूनतम किया जा सकता है ।