जल जीवन मिशन के तहत राज्यों/ केंद्र शासित प्रदेशों के लिए वार्षिक कार्ययोजना (एएपी) पर विचार विमर्श करने और उसे अंतिम रूप देने का काम पेयजल एवं स्वच्छता विभाग के सचिव की अध्यक्षता में एक राष्ट्रीय समिति करती है जिसमें विभिन्न केंद्रीय मंत्रालयों, विभागों और नीति आयोग के सदस्य होते हैं।