इस विभाग के पास दो जहाज हैं- ओ आरवी सागर कन्या और एफ ओ आर वी सागर संपदा जिनमें भौतिक, रासायनिक, जैविक, भूगर्भीय, भू-भौतिक सागर विज्ञान तथा मौसम विज्ञान के क्षेत्र में कार्य करने की आधुनिकतम उन्नत सुविधाएँ उपलब्ध हैं।