स्वच्छ सागर योजना के तहत मत्स्य क्षेत्र के आधुनिकीकरण के लिए सोची गई गतिविधियों में जैव शौचालयों को बढ़ावा देना , मछली पकड़ने के जहाजों के लिए बीमा कवरेज , मत्स्य प्रबंधन योजनाएं , ई-ट्रेडिंग / मार्केटिंग , मछुआ एवं संसाधन सर्वेक्षण और राष्ट्रीय आईटी आधारित डेटाबेस का निर्माण करना शामिल है।