लेकिन नाभिकीय ऊर्जा के साथ मुख्य समस्याएं रेडियोएक्टिव अपशिष्टों का निपटान, पर्यावरण का दूषित होना, तापीय प्रदूषण, विकिरण से स्वास्थ्य पर प्रभाव, अयस्कों की सीमित आपूर्ति, नाभिकीय रियेक्टरों की सुरक्षा और नाभिकीय पदार्थों की चोरी होती है।