क्योंकि ऑटोडॉक ऐसा एक सॉफ्टवेयर है जो लिगैंड प्रोटीन डॉकिंग को देख सकता है और जब एक बार हमारे पास 3 आयामी संरचना होती है, तो हम उपयोग कर सकते हैं, होमोलॉजी मॉडल सॉफ्टवेयर्स या स्विस मॉडल सॉफ्टवेयर का उपयोग कर सकते हैं, अपने प्रोटीन के श्रंखला को ज्ञात प्रोटीन के 3 डी संरचनाओं के साथ एलाइन करने के लिए, और फिर उन टेम्प्लेट से हम आपके लक्ष्य की 3 डी संरचना को बना सकते हैं और फिर एक अच्छी संरचना प्राप्त कर सकते हैं और फिर हम ऑटोडॉक में जाएंगे और फिर देखेंगे कि यह डॉकिंग कैसे होती है।