एनएमसीजी, जीआईजेड के साथ मिलकर नदी बेसिन संगठन, नदी बेसिन योजना और प्रबंधन चक्र के विकास की दिशा में भी काम कर रहा है जिससे गंगा नदी बेसिन प्रबंधन के लिए नमामि गंगे के अंतर्गत अनुकूल ढांचा विकसित किया जा सके।