बायोटेक्नोलॉजी के मामले में केमिकल इंजीनियरिंग में अनुसंधान का पारंपरिक क्षेत्र बायोकेमिकल इंजीनियरिंग, बायोप्रोसेस इंजीनियरिंग है जो कुछ मेटाबोलाइट्स के साथ औद्योगिक मूल्यवान यौगिकों के उत्पादन के लिए प्रक्रिया विकसित करने के लिए है।