आम तौर पर इस्तेमाल किए जाने वाले बैक्टीरियल प्रोबॉयोटिक्स में लैक्टोबैसिलस स्पीशीज़, बॉयफीडोबैक्टीरियम स्पीशीज़, एस्चेरिशिया कोली, स्ट्रेप्टोकॉकस स्पीशीज़, लैक्टोकॉकस लैक्टिस और कुछ एंटरोकॉकस स्पीशीज़ शामिल हैं।