मंत्रालय 2 लाख सूक्ष्म यूनिटों के उन्नयन/स्थापना के लिए वित्तीय, तकनीकी और व्यावसायिक सहायता प्रदान करते हुए प्रधानमंत्री सूक्ष्म खाद्य प्रसंस्करण उद्यम उन्नयन (पीएमएफएमई) योजना को भी कार्यान्वित करता है।