अगला फंक्शनल पहलू है संभावित पैथोजेनिक बैक्टीरिया के खिलाफ एंटीमाइक्रोबियल एक्टिविटी प्रोबायोटिक स्ट्रेन एंटीमाइक्रोबियल सब्सटेंसेस का उत्पादन करने में सक्षम होने चाहिये जो प्रोबॉयोटिक पूरक और प्रोबॉयोटिकसमृद्ध खाद्य पदार्थ विकसित करने के लिये सबसे ज़रूरी है।