मिशन वात्सल्य का उद्देश्य देश के प्रत्येक बच्चे के लिए एक स्वस्थ और खुशहाल बचपन सुनिश्चित करना, बच्चों के विकास के लिए एक संवेदनशील, सहायक और समकालिक इको-सिस्टम को बढ़ावा देना, किशोर न्याय अधिनियम, 2015 के अधिदेश को पूरा करने में राज्यों/केंद्रशासित प्रदेशों की सहायता करना, सतत विकास लक्ष्य (एसडीजी) लक्ष्यों को प्राप्त करना है।