उत्पादन का अंतिम पहलू है भंडारण- माइक्रोऑर्गनिज़म्स की वायबिलिटी बनाए रखने के लिए प्रोबायोटिक अनुपूरकों का भंडारण चार से पांच डिग्री सेल्सियस पर अनुशंसित है और उत्पाद का उपयोग उनकी एक्सपाइरेशन डेट के पहले ही किया जाना चाहिए।