प्रोबायोटिक्स को रोगाणुरोधी कारकों जैसे कि डिफेंसिन्स, बैक्टीरियोसिन, हाइड्रोजन पेरोक्साइड, नाइट्रिक ऑक्साइड और साथ ही लैक्टिक एसिड और एसिटिक एसिड जैसी शॉर्ट चैन फैटी एसिड(एससीएफए) को निकालकर रोगजनक विकास को दबाने के लिए जाना जाता है।