तो यदि एक लिगैंड है जिसमें हाइड्रोजन बॉन्ड डोनर या हाइड्रोजन बॉन्ड एक्सेप्टर समूह है, तो आपको उसे इस प्रकार रखना है ताकि वह एक्टिव साइट के संबंधित एक्सेप्टर या डोनर के साथ और एक्टिव साइट के अमीनो एसिड के साथ इंटरेक्ट करें।