वर्तमान में, एनसीडीसी की राज्यों में आठ शाखाएं हैं जो एक अथवा कुछ रोगों पर ध्यान देती हैं, इन्हें पुनरुद्देशित किया जाएगा और एंटी-माइक्रोबियल रेजिस्टेंस (एएमआर), बहु-क्षेत्रीय और कीटविज्ञान संबंधी जांच आदि से संबंधित एकीकृत रोग निगरानी गतिविधियों के लिए नई शाखाओं को जोड़ा जा रहा है।