आम तौर पर छोटे अणुओं के लिए आप एक वैश्विक मिनिमा तक पहुंचने में सक्षम हो सकते हैं लेकिन अगर आपके पास बड़े अणु हैं तो इस प्रकार की न्यूनतम ऊर्जा संधारणीय विश्लेषण काफी कठिन है, क्योंकि इसमें बहुत समय लगने वाला है जिससे लाखों संभावित समझौते हो सकते हैं।