1946-47 के दौरान फील्ड मार्शल मानेकशा की नियुक्ति सैन्य प्रचालन निदेशालय में हुई और वहां उन्होंने विभाजन से संबंधित विभिन्न मुद्दों के योजना निर्माण तथा प्रशासन और बाद में जम्मू एवं कश्मीर में सैन्य प्रचालनों की देखरेख की।