संस्थान का मकसद सामान्य रूप से पूर्वोत्तर क्षेत्र में आयुर्वेद चिकित्सा पद्धति की शुरुआत और खाखातैर से अरुणाचल प्रदेश में स्वास्थ्य संबंधी स्थानीय परंपराओं, चिकित्सा ज्ञान, पारंपरिक ज्ञान के आधार पर स्वास्थ्यप्रद जानकारी, दवाओं के चिकित्सीय उत्पादों का विकास, आईपीआर के माध्यम से पारंपरिक ज्ञान का संरक्षण, पोषण और पारंपरिक पद्धतियों का सतत उपयोग तथा जैव विविधता का दस्तावेज तैयार करना और उनका मूल्यांकन करना है।