अगला फंक्शनल पहलू है, प्रतिरक्षा प्रणाली का मॉडुलेशन प्रोबायोटिक के स्ट्रेन्स को प्राकृतिक और अधिग्रहित प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया के कई पहलुओं को उत्तेजित करने के साथ-साथ उन्हें विनियमित करने में सक्षम होना चाहिए।