मिशन वात्सल्य का उद्देश्य देश के हर बच्चे के लिये स्वस्थ्य और खुशहाल बचपन सुरक्षित करना, बच्चों के विकास के लिये संवेदनशील, सहयोगी और एक-साथ काम करने वाले इको-सिस्टम को मजबूत करना, किशोर न्याय अधिनियम, 2015 को लागू करने में राज्यों/केंद्र शासित प्रदेशों की सहायता करना तथा सतत विकास लक्ष्यों को प्राप्त करना है।