एचईसीआई के चार स्वतंत्र वर्टिकल होंगे - विनियमन के लिए राष्ट्रीय उच्चतर शिक्षा नियामकीय परिषद ( एनएचईआरसी ) , मानक निर्धारण के लिए सामान्य शिक्षा परिषद ( जीईसी ) , वित पोषण के लिए उच्चतर शिक्षा अनुदान परिषद ( एचईजीसी ) और प्रत्यायन के लिए राष्ट्रीय प्रत्यायन परिषद ( एनएसी ) ।