फ्रुक्टोओलिगोसैखराइड्स के अधिक सेवन से साइड इफेक्ट हो सकते हैं जैसे आंतों की गैस यानि पेट फूलना, आंतों से आवाज आना, सूजन, पेट में ऐंठन, डायरिया और इरिटेबल बॉवेल सिंड्रोम (आईबीएस) से पीड़ित रोगियों और स्मॉल इंटेस्टिनल बैक्टीरियल ओवरग्रोथ सिंड्रोम (एसआईबीओ) से नकारात्मक प्रभाव पड़ सकता है।