इस मिशन के क्रियान्वयन में विविध प्रकार की चुनौतियों का सामना करना पड़ रहा है जिसमें मौजूद क्षेत्रीय जल श्रोत, सेवा प्रस्ताव के स्तर, जल गुणवत्ता चुनौतियां, स्वच्छता से इसका तालमेल और अशुद्ध जल एवं माल इत्यादि से जुड़े मामले शामिल हैं।