भारतीय नौसेना की प्रशिक्षण कमान होने के नाते , दक्षिणी नौसेना कमान हमेशा कमान मुख्यालय , कोच्चि के साथ-साथ देश भर में फैले नौसेना स्टेशनों पर पर्यावरण संरक्षण गतिविधियों को बढ़ावा देने में अग्रणी रही है।