वित्त आयोग की विशिष्ट चिंताएं ये थीं कि ऐसे लगभग 2.5 लाख पंचायती राज संस्थान हैं जिनके पेयजल आपूर्ति एवं स्वच्छता से जुड़े आम मुद्दे हैं और जहां प्रभावकारी कार्यान्वयन के लिए राज्यों के साथ-साथ पंचायती राज मंत्रालय और जल शक्ति मंत्रालय के बीच समन्वय की आवश्यकता थी।