आपने देखा होगा कि बिल्कुल अलग दिखने वाले लाइगैंड भी एक्टिव साइट पर जुड़ सकते हैं ऐसा उनकी कुछ संरचनात्मक विशेषताओं के कारण है और फार्मकोफोर मॉडलिंग में आप उन्हीं संरचनात्मक विशेषताओं को ढूंढने की कोशिश कर रहे हैं और यह देखने की कोशिश कर रहे हैं कि वह कौन से जरूरी संरचनात्मक विशेषताएं है।