Multiple taxes, multiple returns to be filed by assesees, interface with multiple tax authorities, cascading effect of taxes, rising inflation, no free flow of goods across the country, fragmented markets across the country, inter alia, were some of the tenuous issues plaguing the indirect taxation system in India.

பலமுனை வரிகள், பலதரப்பட்ட கணக்கு தாக்கல்கள், பலமுனை வரிகளால் அதிகாரிகளிடையே ஏற்படும் தடங்கல்கள், வரிகளால் ஏற்படும் சிக்கல்கள், பணவீக்கம் உயர்வு, நாடு முழுவதும் சரக்குப் போக்குவரத்தில் இடையூறுகள், சிதறிக்கிடக்கும் சந்தைகள் உள்ளிட்டவை இந்தியாவில் மறைமுக வரிவிதிப்பு முறையில், நிலவிய முக்கிய பிரச்சினைகளாகும்.
