लेकिन उनकर दूसरा कार्यकाल क्षेत्रीय अशांति के समस्या से ग्रस्त रहे , जवना में सबसे खास रहे देश के पूर्वोत्तर क्षेत्र के असम में जहाँ स्थानीय नरसंहार में 3000 लोग के मौत हो गईल रहे , अउरी पंजाब में जहाँ सिख आतंकवादी ज्यादा स्वायत्तता अउरी आजादी तक खातिर हिंसक प्रदर्शन कईले रहले .
उनकर दूसरा कार्यकाल एह क्षेत्र के अब तक के सबसे शांतिपूर्ण समय रहे .