Inte alla genkombinationer är lika enkla som den grundläggande monohybrid (en-gen) korset från avsnittet ovan. Vissa fenotyper bestäms av mer än en gen. I dessa fall måste du redogöra för varje möjlig kombination, vilket innebär att rita ett större rutnät.  Den grundläggande regeln för Punnett rutor när det gäller mer än en gen är detta: dubbla varje sida av rutnätet för varje gen bortom den första. Med andra ord, eftersom ett en-gen rutnät är 2x2, är ett två-gen rutnät 4x4, ett tre-gen rutnät är 8x8, och så vidare. För att göra dessa begrepp lättare att förstå, låt oss följa tillsammans med ett två-gene exempel problem. Detta innebär att vi bör rita en 4x4 rutnät. Begreppen i detta avsnitt gäller tre eller fler gener också – dessa problem kräver bara större rutnät och mer arbete. Härnäst, hitta generna som båda föräldrarna har för den egenskap du undersöker. Eftersom du har att göra med flera gener, varje förälders genotyp kommer att ha ytterligare två bokstäver för varje gen bortom den första — med andra ord fyra bokstäver för två gener, sex bokstäver för tre gener, och så vidare. Det kan vara till hjälp att skriva moderns genotyp över toppen av rutnätet och faderns till vänster (eller vice versa) som en visuell påminnelse. Låt oss använda ett klassiskt exempel problem för att illustrera dessa konflikter. En ärtplanta kan ha ärter som antingen är släta eller rynkiga och gula eller gröna. Släta och gula är de dominerande dragen. I detta fall använda S och s för att representera dominanta och recessiva gener för jämnhet och Y och y för gulhet. Låt oss säga att modern i det här fallet har en SSYy genotyp och fadern har en SSYY genotyp. Nu, ovanför den översta raden av rutor i rutnätet och till vänster om den vänstra kolumnen, skriva de olika alleler som kan bidra av varje förälder. Som när man behandlar en gen är det lika troligt att varje allel förs vidare. Men eftersom du tittar på flera gener, varje rad och kolumn kommer att få flera bokstäver: två bokstäver för två gener, tre bokstäver för tre gener, och så vidare.  I vårt exempel måste vi skriva ner de olika kombinationer av gener som varje förälder kan bidra med från sina Ssyy genotyper. Om vi har moderns SSYy gener över toppen och faderns SSYY gener till vänster, allelerna för varje gen är: Överst: SY, Sy, SY, Sy, Sy Ner till vänster: SY, SY, SY, SY Fyll i utrymmena i rutnätet precis som du skulle när du handskas med en enda gen. Men den här gången kommer varje utrymme att ha två extra bokstäver för varje gen bortom den första: fyra bokstäver för två gener, sex bokstäver för tre gener. Som en allmän regel bör antalet bokstäver i varje utrymme motsvara antalet bokstäver i varje förälders genotyp.  I vårt exempel skulle vi fylla i våra utrymmen så här: Översta raden: SSYY, SSYy, SSYY, SYYy Andra raden: SSYY, SSYy, SSYY, SSYy Tredje raden: SSYY, SSYY, SSYY, SSYY, SSYY Botten raden: SSYY, SSYY, SSYY, SSYY När det gäller flera gener, varje utrymme i Punnett torget fortfarande representerar genotypen för varje potentiell avkomma - det finns bara ett större antal val än det finns med en gen. Fenotyperna för varje kvadrat är återigen beroende av de exakta gener som behandlas. Men som allmän regel behöver de dominerande dragen bara en dominerande allel för att uttryckas, medan recessiva drag behöver alla recessiva alleler.  I vårt exempel, eftersom släthet och gulhet är dominerande egenskaper för våra ärtor, alla kvadrater med minst en huvudstad S representerar en växt med en jämn fenotyp och alla kvadrater med minst en huvudstad Y representerar en växt med en gul fenotyp. Rensade växter behöver två småhusalleler och gröna växter behöver två småhus y. Från dessa villkor får vi: Översta raden: Slät/gul, Slät/gul, Slät/gul, Slät/gul Andra raden: Slät/gul, Slät/gul, Slät/gul Tredje raden: Slät/gul, Slät/gul, rynkig/gul, rynkig/gul Nedre raden: Slät/gul, Smidig/gul, rynkig/gul, rynkig/gul Använd samma tekniker som vid hantering av en gen för att hitta sannolikheten att någon avkomma från de två föräldrarna kan ha olika fenotyp. Med andra ord, antalet kvadrater med fenotypen dividerat med det totala antalet kvadrater motsvarar sannolikheten för varje fenotyp.  I vårt exempel, sannolikheterna för varje fenotyp är: Offspring är slät och gul: 12/16 = 3/4 = 0,75 = 75% Offspring är skrynklig och gul: 4/16 = 1/4 = 0,25 = 25% Offspring är slät och grön: 0/16 = 0% Offspring är skrynklig och grön: 0/16 = 0% Observera att eftersom det är omöjligt för någon avkomma att få två recessiva y alleles, kommer ingen av avkomma att vara grön.
Dubbla varje sida av det grundläggande rutnätet 2x2 för varje ytterligare gen. Bestäm föräldrarnas gener som tillförs. Skriv de olika genkombinationerna längs de övre och vänstra sidorna. Fyll i mellanrummen med varje kombination av alleler. Hitta fenotyper för varje potentiell avkomma. Använd rutorna för att bestämma sannolikheten för varje fenotyp.