Detta gör det möjligt att söka igenom databaser som är direkt kopplade till ditt EndNote-program. Detta är det enklaste sättet att hitta och hämta citeringar.  I Desktop-versionen är online-sökning den knapp som representeras av en liten glob. För EndNote Basic, leta efter en flik som heter "Collect." Under den här fliken, är det vänstra alternativet "Online Search." Använd rullgardinsmenyn för att välja önskad databas. Fyll sedan i dina sökord. Du kan söka efter en specifik citering med titeln på verket och dess författare. Du kanske också vill hitta en serie av referenser genom att göra en allmän sökordssökning.  EndNote Basic ger dig bara 4 sökalternativ i databasen: British Library, Library of Congress, National Library of Medicine, eller PubMed. EndNote Desktop har tusentals sökalternativ i databasen. När din sökning genererar resultat, titta igenom och kontrollera rutorna i de du vill spara till ditt bibliotek. För EndNote-skrivbord, klicka på knappen "Copy to Local Library" (Kopia till lokalt bibliotek). För EndNote Basic, välj vilken grupp du vill spara citeringar till från rullgardinsmenyn.  För EndNote Desktop kan du sedan navigera till ditt lokala bibliotek, visa de referenser du just lagt till i listan "Copied Referenser" och antingen göra en ny grupp eller lägga till dem i en aktuell grupp. Observera att "Copied Referenser" bara är en tillfällig lista. Om du inte sparar dina referenser till en grupp, kommer de automatiskt att gå till en mapp som heter "Unfiled." Många databaser, inklusive PubMed och Google Scholar, ger dig möjlighet att exportera citeringar från sina webbplatser till EndNote. När du har sökt och hittat de citeringar du vill spara, kryssa i rutorna och leta efter en knappen "Export" eller "Skicka till". Klicka sedan på "Citation Manager", "EndNote" eller "Direct Export". detta alternativ är tillgängligt för både Basic och Desktop. Detta är ett användbart alternativ om du gör forskning i bara en databas. Varje databas kommer att ha sina egna länkar för att exportera citeringar. Leta i allmänhet efter något som nämner export eller utskick. När du har klickat på länken väljer du exportalternativet som nämner citeringar eller EndNote. Det är bäst att använda Mozilla Firefox för dessa sökningar. Denna webbläsare stöder direkt export till både Mac- och Windows-versioner av EndNote. Alternativet direkt export skapar en fil som laddas ner till din dator. Importera den filen till EndNote genom att klicka på "Collect" och "Import Referenser." Välj filen och ange vilken databas den kom från i rullgardinsmenyn. Du kan också behöva välja filtypen om din referens inte är från en av EndNotes allmänt använda databaser. Slutligen, välj vilken grupp du vill att citatet ska gå till. Om du har EndNote Desktop överförs citeringen automatiskt till ditt bibliotek. Du behöver bara välja "Öppna med EndNote" när filen laddas ner. Det kan finnas tillfällen då du föredrar att skriva ut och lägga till din egen citering till ditt EndNote-bibliotek. Det kan du också göra! För grundläggande användare, välj bara alternativet "New Reference" under "Collect." För stationära användare, klicka på knappen "New Reference" i verktygsfältet. Skriv sedan in all information du behöver för en fullständig citering i de tomma rutorna. Om du redan har PDF-kopior av artiklar på din dator, länka dem till EndNote-citeringen genom att klicka på det lilla gem under referensen. Om du har en Desktop-version av EndNote, kan du också klicka på en knapp som heter "Hitta fulltext" i verktygsfältet. Om EndNote kan hitta filerna, kommer det automatiskt att länka dem till dina citeringar.
Använd sökfliken eller knappen online för att importera citeringar. Välj en databas och starta din sökning. Lägg till citeringar i en grupp. Direkt exportreferenser från databaser under dina sökningar. Importera referenser som filer när de har exporterats. Ange referenser manuellt om formateringen inte översätts. Länka PDF-filer till citeringar genom att bifoga filer eller söka efter dem.