Bushsorter bör skördas en gång i slutet av odlingssäsongen. Polsorter kan skördas flera gånger under hela säsongen, men den största skörden brukar vara i slutet av säsongen.  Beroende på vilken sort du väljer, bör njurbönor vara redo att skörda efter 90 till 150 dagar. Polsorter producerar regelbundet en skörd under en till två månader. Tillräckligt mogna bönor kapslar kommer att torka till beröring, och bönorna inuti kapslarna kommer att kännas mycket hårt. Kolla bönorna i en kapsel innan du skördar de andra kapslarna. Du kan kontrollera om bönorna är gjorda genom att försiktigt bita ner på en. Om dina tänder kan buckla bönan, då resten bör tillåtas att torka under en längre tid innan du skördar och skal dem. Om sjunkande temperaturer eller andra ogynnsamma förhållanden hotar din skörd, kan du dra njurbönor tidigt och låta bönorna torka resten av vägen efteråt.  Hög luftfuktighet kan också göra det svårt att torka bönorna på plantan. I detta fall kommer du att behöva avsluta torkningen inuti, också. Ta bort växterna och hänga dem upp och ner vid roten i flera dagar eller veckor tills kapslarna verkar torra och bönorna inuti är hårda. Se till att det mesta av bladverket har dött innan du drar i plantorna. Håll bönorna i ett varmt inomhusläge med mycket cirkulerande luft när du torkar dem. När du har plockat kapslarna från din planta, måste du bryta upp dem och dra ut bönorna gömda inuti. Om du låter växterna mogna på rätt sätt ska bönorna redan vara hårda och torra. Du kan skala en liten skörd för hand, men om du har en större skörd, kanske du vill skala dem i omgångar. Placera kapseln i en örngott eller liknande påse. Kliv försiktigt på kapseln genom örngottet för att öppna dem. När det är klart, sålla igenom bitarna för att reda ut bönorna och lämna kvar de trasiga kapslarna. Placera de skördade njurbönorna i en burk och förvara dem på ett torrt, mörkt ställe tills de är färdiga att användas.  Torkade bönor kan pågå i upp till ett år under rätt förhållanden. För bästa resultat, lagra bönorna i lufttäta burkar eller påsar.
Samla alla bönor i slutet av säsongen. Dra växterna tidigt, om det behövs. Bryt sönder kapslarna. Förvara bönorna på en mörk plats.