Att använda lager är förmodligen den viktigaste aspekten av Photoshop. Lager gör att du kan separera dina bilder och redigera i bitar. Ju fler lager du använder, desto större blir din kontroll. Redigerar på ett lager kommer bara att påverka det lagret (även om lagerlägen kan påverka hur lagren interagerar). Tänk också på att lager är staplade: övre lager visas alltid ovanför lägre lager. Planera och justera därefter.  Provskikten skulle omfatta (i ingen särskild ordning): höjdpunkter, skuggor, text, bakgrund, linjearbete/inking, basfärger, etc. Du kan göra ett lager synligt eller osynligt genom att klicka på rutan bredvid lagret där ett öga visas. Skapa nya lager genom att klicka på knappen "Nya lager" längst ner i lagerfönstret (bör se ut som två överlappande rutor), välja "Nya" från menyn "Layers", eller genom att trycka på Shift+Command/Control+N. Att justera lagerläget är viktigt för att skapa din bild. Det finns ett brett utbud av alternativ för lagren och de har alla olika effekt på hur lagret ser ut, samt hur det interagerar med lagren under det. Normal är standardinställningen. Experimentera med lagerlägen för att lära sig om vad de gör. Mer detaljerade handledningar kan också hittas online. Du kan justera lager opaciteten (eller hur genomskinligt allt på det lagret är) med menyerna "opacity" och "fill" i rullgardinsmenyn på Layer-fönstret. I stort sett dessa två alternativ kommer att uppnå samma effekt, så det kanske inte spelar någon roll vilken du väljer. Den enda gången du kommer att vilja välja att fylla på, snarare än opacitet, är om du har tillämpat effekter på bilden (såsom stroke, skuggor, prägling eller glöd). Med hjälp av  påfyllning i detta fall kommer att bevara effekterna men göra resten av din senare mer eller helt transparent, beroende på den fyllnadsnivå du har valt. Detta kommer att förhindra att den ändras av misstag. Du kan välja att låsa den helt genom att välja lagret och sedan trycka på låsknappen på Layer-fönstret. Du kan låsa transparenta pixlar, målade pixlar, eller position genom att trycka på dessa knappar, om du vill bara delvis låsa lagret. De är placerade bredvid låsknappen och deras namn bör visas när de svävar över. När du är klar eller när du arbetar kanske du vill slå ihop dina lager. Detta kommer att kombinera alla valda separata bilder till en. Var medveten om att detta inte kan göras ogjort. Högerklicka på lager och välj sammanfoga upp eller ner, beroende på vilket lager du vill att det ska sammanfogas med. Du kan också klicka på den sammanfogning synliga alternativet, som kommer att slå samman alla synliga lager.
Använd lager. Justera lagerlägen. Justera lagertätheten/fyllningen. Lås lager.När du är klar med ett lager, kanske du vill helt eller delvis låsa det. Slå ihop era lager.