Silikon motstår bakterier, men du behöver fortfarande hålla koppen ren. En smutsig menstruationskopp kan orsaka allvarliga problem som toxisk chock syndrom (TSS), så inte sätta dig själv i riskzonen. Skölj koppen under rinnande vatten och applicera sedan den odoftande tvålen. Skölj koppen noggrant igen tills all tvål är borta.  Det är viktigt att bara använda odoftande tvål, eftersom dofter kan irritera din hud eller orsaka en svampinfektion.  Många menstruella kopp märken säljer en tvätt formulerad speciellt för rengöring din menstruella kopp mellan användningarna. Du kan välja denna speciella tvätt istället för tvål. När du är på språng, är det bra att bära en flaska vatten att använda för att tvätta din menstruationskopp. Om du befinner dig i en situation där du inte diskret kan tvätta och återinföra din menstruationskopp, feminina torkar är ett alternativ. Köp ett paket oparfymerade tyger och bär dem i väskan. Om du har en flaska vatten med dig ska du skölja koppen med vatten efter att du har använt våtservetterna. Du kanske till exempel inte kan tvätta din kopp i handfatet på en offentlig toalett innan du sätter in den igen. Om så är fallet, kan du använda våtservetter. Om du inte kan tvätta koppen, torka ner båda sidor och lägga tillbaka den. Tvätta den så fort du kan göra det.  Bara göra detta i en nypa, som när du är i ett offentligt badrum. Om badrummet har rena pappershanddukar, kan du använda en pappershandduk istället för toalettpapper. Du kan använda toalettpapper eller en pappershandduk för att torka din kopp. Torka både insidan och utsidan av din menstruationskopp för att ta bort överflödigt vatten. När det är torrt, kan du sätta tillbaka din kopp med hjälp av instruktionerna som medföljer din kopp.
Rengör koppen varje gång du tar ut den. Tvätta menstruationskoppen med varmt vatten och mild, odoftande tvål. Använd odoftande feminina rengöringsdukar som ett alternativ. Torka båda sidor rena med toalettpapper som en sista utväg. Torka din menstruationskopp med en ren handduk innan du sätter in den igen.