Att odla ett bonsaiträd från ett enda frö är en extremt lång och långsam process. Beroende på vilken typ av träd du odlar kan det ta upp till 4-5 år för trädets stam att bli bara 2,5 centimeter i diameter. Vissa frön kräver också noggrant kontrollerade förhållanden för groning. Men denna metod är kanske också den ultimata bonsaiträdsupplevelsen i den mån den gör det möjligt för dig att ha total kontroll över växtens tillväxt från det ögonblick den bryter igenom jorden. Till att börja med kan du köpa frön av din önskade trädart från en trädgårdsbutik eller samla dem i naturen.  Många lövträd, som ekar, bikupor och lönnar, har omedelbart igenkännliga frökapslar (acorns, etc.) som varje år frigörs från trädet. På grund av att det är lätt att få sina frön, gör dessa typer av träd stora val om du vill odla ett bonsaiträd från fröet. Försök att få färska frön. Tidsfönstret där trädfrön kan gro är ofta mindre än blom- eller grönsaksfrön. Till exempel är ekfrön (acorns) "färsta" när de skördas tidigt på hösten och de behåller en del av sin gröna färg. När du har samlat lämpliga frön för ditt bonsai träd, måste du ta hand om dem för att se till att de gror (sprout). I icke-tropiska områden med definierade årstider faller frön vanligtvis från träd på hösten och ligger sedan vilande hela vintern innan de gror på våren. Frön från träd som är inhemska i dessa områden är vanligtvis biologiskt kodade för att gro först efter att de upplever vinterns kalla temperaturer och den gradvis ökande värmen på våren. I dessa fall är det nödvändigt att antingen utsätta ditt frö för dessa tillstånd eller att simulera dem i ditt kylskåp. Om du lever i en tempererad miljö med bestämda årstider, kan du helt enkelt begrava ditt träds frö i en liten kruka full av jord och hålla den ute under vintern och in på våren. Om du inte gör det, kan du förvara dina frön i ett kylskåp för vintern. Lägg dina frön i en plast zip-lock väska med en lös, fuktad tillväxtmedium (till exempel vermikulit) och ta ut dem på våren när du ser groddar växa. För att simulera den naturliga cykeln av gradvis minska, sedan öka temperaturen som äger rum från slutet av hösten till tidig vår, placera din påse av frön i botten av kylskåpet initialt. Under de kommande två veckorna, gradvis flytta upp den, hylla för hylla, tills den är på toppen, precis bredvid kylenheten. Sedan, i slutet av vintern, vända processen, flytta påsen ner hylla för hylla. När dina plantor har börjat gro, är du redo att börja vårda dem i en liten jordfylld behållare som du väljer. Om du låter dina frön naturligt gro utomhus, kan de i allmänhet finnas kvar i den gryta som du grott dem i. Om inte, överför dina friska frön från kylskåpet till en förfylld kruka eller fröbricka. Gräv ett litet hål för din säd och begrav den så att dess huvudskott pekar uppåt och dess kranrot pekar nedåt. Vattna omedelbart din säd. Med tiden, försök att hålla jorden runt fröet fuktig, men inte doppa våt eller lera-liknande, eftersom detta kan orsaka växten att ruttna. Använd inte gödsel förrän ca 5 eller 6 veckor efter att växterna har etablerat sig i sina nya behållare. Börja smått, med endast mycket små mängder gödningsmedel, eller du kan "bränna" växtens unga rötter, skadar dem med överexponering för kemikalierna i gödselmedlet. Eftersom dina frön fortsätter att växa, är det viktigt att inte utsätta dem direkt för kalla temperaturer eller du riskerar att förlora dina unga växter. Om du bor i ett område med en varm källa, kan du försiktigt introducera dina nya plantor till en varm men skyddad plats utomhus, se till att dina träd inte utsätts för hård vind eller konstant solljus, förutsatt att din trädart är en som naturligt kan överleva i ditt geografiska område. Om du odlar tropiska växter eller gror dina frön ur säsongen, kan du dock finna att det är bättre att hålla dina växter inomhus eller i ett växthus där det är varmare. Oavsett var du förvarar dina unga plantor, är det viktigt att se till att de får ofta, men inte överdriven vattning. Håll jorden fuktig, men inte fuktig. Fortsätt med din regim av vattning och försiktig solexponering när din plantor växer. Skadliga träd kommer att gro två små blad som kallas cotyledons direkt från fröet innan de utvecklar sanna blad och fortsätter att växa. När ditt träd växer (återigen, vanligtvis denna process tar år) kan du gradvis introducera det till större och större behållare för att rymma dess tillväxt tills det når den storlek som du vill ha för ditt bonsai träd. När ditt träd är ganska etablerat, kan du lämna det utomhus på en plats där det får morgonsol och eftermiddag skugga, förutsatt att din art av träd är en som naturligt kan överleva i ditt geografiska läge. Tropiska växter och andra ömtåliga bonsai sorter kan behöva hållas inomhus för evigt om ditt lokala klimat inte är lämpligt.
Hämta dina frön. Låt fröet gro. Introducera dina plantor till en fröbricka eller kruka. Håll dina plantor i ett område med lämplig temperatur. Ta hand om dina små plantor.