För att få ut bästa prestanda av emulatorn, stäng alla program som du inte behöver aktiv. Se till att alla de senaste drivrutinerna är installerade på din dator. Äntligen, defragmentera din hårddisk. Kör den nerladdade inställningsfilen. Berätta för installationsprogrammet var du vill att Project64-programfilerna ska installeras. För de flesta användare kommer den förvalda platsen att fungera bra. Fortsätt klicka Nästa för att fortsätta med installationen. Om du inte vill installera någon av de ytterligare program som kommer med Project64, se till att avmarkera rutorna innan du fortsätter med installationen. Du kan hitta programmet i Start-menyn. Första gången du kör programmet, måste du välja ett språk. Klicka på Arkiv för att välja mappen som dina ROM-filer finns i. ROM-filer kan antingen vara okomprimerade eller komprimerade i.zip-format. Det kan bara finnas en rom i.zip-filen. Rom-minnen får inte hackas eller trunkeras, annars kommer de inte att fungera. Använd ett ROM-verifieringsprogram för att säkerställa att dina ROM-minnen är giltiga. Dessa är tillgängliga gratis på nätet.
Stäng extra ansökningar. Kör installationsprogrammet. Kör projekt64. Point Project64 till dina ROM-filer.