Du kan manuellt styra din Homunculus om du önskar det med följande kommandon: Alt + Single Right-Click kommer att rikta mot monstret. Alt + Double Right-Click attackerar monstret. Alt + T sätter din Homunculus på standby, overksam, avbryter alla kommandon, och återvänder till befälhavarens sida. Alt + Right-Click Ground gör din Homunculus flytta till den platsen, med 15 brickor är det maximala intervallet. Alt + R öppnar Homunculus fönstret där du kan se alla status för din följeslagare. Observera att om befälhavaren är död kan de manuella kommandona inte användas. AI är hjärnan bakom Homunculus, kontrolleras av ett AI-skript som kan ersättas av en skräddarsydd AI. Standardskriptet är både dåligt gjort och enkelt, vilket ger din Homunculus ett kommando att primärt döda allt eller inte attackera något alls. Därför är det tillrådligt att du skapar ditt eget skript eller använder en förgjord en gjord av andra användare.  För att installera en ny AI, med det nyladdade eller skapade skriptet, gå till standardkatalogen Ragnarok Online. Generellt ligger den i C:\Programfiler\Ragnarok Online\AI. Sätt det nedladdade AI-skriptet i mappen ANVÄNDARE_AI, och logga om eller skriv om din Homunculus för att få detta aktiverat. Detta är faktiskt inte tillåtet i spelet, men vissa spelare gillar att ta risker. Ett tredje part program kommer att användas för att flytta karaktären runt, mata Homunculus, och även döda stölder av andra människor.  Ett tredjepartsprogram är ett enkelt sätt att styra din Homunculus och nivå medan du är borta, lämnar AI-programmet för att göra jobbet för dig. Observera dock att spelaren, ägaren av kontot, hålls ansvarig och kan straffas för att använda ett sådant program.
Använd manuella funktioner. Använd AI. Använd ett tredjepartsprogram.