Höj dina tomatplantor från frö när det är möjligt. Om du tar in växter från naturen, kan du införa skadedjur och sjukdomar i ditt hydroponiksystem. Plantera frön i en plantskola med ett speciellt odlingsmaterial för hydroponik, istället för vanlig jord. Innan du använder, blötlägga materialet med pH 4,5 vatten, med hjälp av ett pH test kit från en trädgårdsbutik. Plantera frön under ytan, och hålla under plast kupoler eller annat genomskinligt material för att fånga fukt och uppmuntra frön att gro. Så snart växterna gror, ta bort täcket och placera plantorna under en ljuskälla i minst 12 timmar om dagen. Använd endast glödlampor som en sista utväg, eftersom dessa ger mer värme än andra alternativ.  Se avsnittet om hydroponik system setup för att lära sig om tillväxt ljus alternativ. Var noga med att inte låta ljuset lysa på rötterna för att undvika att skada dem. Om rötterna sticker ut från startmaterialet innan de är redo att transplantera, kan du behöva blötlägga ytterligare startmaterial och använda det för att täcka dem. Vänta tills deras rötter börjar skjuta ut från botten av plantskolans bricka, och det första "sanna lövet" har växt, större och annorlunda till utseendet än de första ett eller två "fröbladen". Detta tar vanligtvis 10–14 dagar. När du flyttar in dem i hydroponiksystemet, kan du placera dem med 10 till 12 tums mellanrum i ett lager av samma material, eller överföra dem till enskilda plast "nätkrukor" som innehåller samma material. Om man använder det ebb- och flödessystem som beskrivs i denna artikel, placeras växterna på brickan. Andra system kan kräva att växterna placeras i ett tråg, längs en sluttning, eller var än vattnet och näringsämnena kan nå rötterna. Till att börja med, försök att ställa in pumpen att köra i 30 minuter var 2.5 timme. Använd inte mer än 2,5 timmar utan att köra pumpen. Håll ett öga på växterna: du måste öka vattningsfrekvensen om de börjar vissna, och minska det om rötterna blir slemmiga eller blöta. Helst bör det material växterna är i bara knappt torka ut när nästa bevattningscykel kommer. Även när vattningscykeln är etablerad, kan du behöva öka vattningsfrekvensen när växterna börjar blomma och frukt, eftersom dessa processer kräver ytterligare vatten. För idealiska odlingsförhållanden, exponera växande tomatplantor för mellan 16 till 18 timmar ljus per dag. Släck sedan ljuset och låt dem sitta i totalt mörker i cirka 8 timmar. Växterna kommer fortfarande att växa om du förlitar dig på solljus, men kommer sannolikt att växa långsammare. Vissa tomatplantor är "determinerade", vilket betyder att de växer till en viss storlek, sedan sluta. Andra fortsätter att växa på obestämd tid, och de kan behöva försiktigt binda sig vid en påle för att kunna växa upprätt. Öva dem genom att bryta av stjälkar med händerna i stället för att skära av dem. Tänk på att även om determinera tomater kommer att växa utan att ta, finns det en risk för lägre avkastning om du inte satsar plantorna upprätt. När växterna sätter frukt, kan de hänga och komma i kontakt med det växande mediet. När tomatplantorna blommar, eftersom det inte finns några insekter i din hydroponiska miljö för att pollinera dem, måste du göra det själv. Vänta tills kronbladen böjer sig tillbaka för att exponera den runda pistillen och de pollentäckta ståndarna, eller långa, tunna pinnar i blomcentret. Rör vid en mjuk pensel mot var och en av de pollentäckta ståndarna och rör sedan vid den rundade änden av pistillen. Upprepa dagligen.
Odla tomatfrön i ett speciellt material. Placera plantorna under artificiellt ljus när de har grott. Flytta plantor till hydroponiska systemet. Ställ in vattenpumpens timer. Ställ in dina artificiella lampor (om tillämpligt). Stake och plommon långa tomatplantor. Pollinera tomatplantans blommor.