Även dagligen underhåll och fläckrengöring är nödvändigt, du kommer också att behöva noggrant rensa ur din marsvin bur en gång i veckan. Detta kommer att se till att ditt marsvin är frisk och glad, och dess miljö är luktfri. När du gör en grundlig bur rengöring, ta bort alla dina husdjur leksaker, liksom dess matskål, vattenflaska, och gömställe. Ett marsvin får ofta bitar av strö och/eller spill i sin matskål, så det är viktigt att rengöra mat och vattenskålar regelbundet.  Töm överbliven mat och vatten. Kör sedan lite varmt vatten och doppa vattenflaskan och matskålen. Lämna dem i diskbänken för att torka medan du rensar ur buren. Om ditt husdjurs gömställe kan tvättas, är det en bra idé att skölja bort det också. Borsta försiktigt in allt i påsen och ta bort allt substratmaterial från inhägnaden. För riktigt stora burar, är det praktiskt att ha en katt-poop skopan att skrapa ut buren. Använd inte samma som din katt, hund eller andra husdjur. Du kan använda ett milt rengöringsmedel, eller blanda tre delar varmt vatten och en del destillerad vit vinäger. Du kan också använda 1 del blekmedel till 32 delar vatten (1/2 kopp blekmedel till 1 liter vatten).  För djupare fläckar och smuts, använd outspädd vinäger, men se till att rengöra väl efteråt! Låt desinfektionsmedlet sitta på ytan i 10 minuter så att det har tid att arbeta, döda bakterier och andra skadliga ämnen. Efter att ha låtit desinfektionsmedlet sitta, skölj noggrant av varje yta i buren med varmt vatten. Se till att det inte finns några rester från desinfektionsmedlet på någon yta. Om du har tid, kan du låta den lufttorka. Det är viktigt att vara säker på att din marsvin bur är helt torr innan du lägger ner tidningen och sängkläder, eftersom fukt snabbt kan orsaka ett mögel problem som kan leda till sjukdom för ditt husdjur.
Planerar att utföra noggranna burrengöringar ungefär en gång i veckan. Ta bort allt från din marsvinsbur. Tvätta vattenflaskan och matskålen. Ta din bur till där du planerar att rengöra den och få en stor soppåse. Spraya ner insidan av buren. Skölj ur buren. Torka buren med pappershanddukar.