Fontänpennor måste rengöras regelbundet för att de ska fungera optimalt. När du byter cylinderampull varannan gång är det dags att rengöra pennan. Detsamma gäller påfyllning av bläckflaskan; om du har fyllt flaskan två gånger, är det dags att rengöra pennan. En reservoarpenna har flera olika delar som måste demonteras för att pennan ska rengöras noggrant. Skruva loss penngreppet från pipan.  Var försiktig med bläckpatronen om din penna har en. Färgpatronen är avsedd för engångsanvändning och punkteras för att frigöra bläcket i nibben. Eftersom bläckpatronen är punkterad läcker den bläck om du vänder upp och ner på den. Håll den upprätt. Du kanske vill använda en pennkopp eller annan hållare för att tillfälligt förvara cylinderampullen medan du rengör pennan.  Om din penna har en konverterare, ta ut omvandlaren ur pennan. En omformare är en återanvändbar behållare för bläck. Den kan återfyllas med bläck på reservoarpennan på flaska. Nibben är den del av pennan som du skriver med. Bläcket går från bläckpatronen eller omvandlaren genom nibben på papper. Kör kallt vatten genom nibben. Du kan antingen använda kranen (för att köra den lätt) eller en spruta som injicerar en liten mängd vatten genom nibben.  Kör vattnet genom nibben tills vattnet rinner klart. Använd endast kallt vatten. Använd inte varmt vatten för att rengöra en reservoarpenna. Denna temperatur kan skada pennans inre funktion. Se istället till att du har rent, kallt vatten. Om din penna har en hel del torkat bläck som inte kommer att bryta upp med vatten, kan du använda en ammoniak blandning för att lossa bläcket. Tillsätt en tesked av hushållsammonium till en kopp vatten. Ammoniak hjälper till att bryta upp torkat bläck och annan smuts som kan ha kommit in i nibben. Lägg nibben i blandningen. Blötlägg den över natten.  Du kan också använda vinäger istället för ammoniak. Använd en tesked vinäger med en kopp vatten. Använd inte ammoniak på Wahl Eversharp pennor från 1920- och 1930-talen. Likaså, använd inte ammoniak för att rengöra en penna med aluminiumdelar.  Dessa pennor kommer att skadas av ammoniak. Använd inte rengöringsmedel eller tvål på pennan. De här kommer att skada din penna. Blötlägg inte nitrocellulosa pennor i ammoniak, som ammoniak kommer att missfärga pennan täcker. Skaka nibben några gånger för att få ut överflödigt vatten. Lämna sedan ut den i flera timmar (eller över natten) så att den kan lufttorka. Du kan vila nibs upprätt på toppen av en pappershandduk. Pappershandduken hjälper till att transportera bort fukt från nibben när den torkar över natten.
Rengör pennan om du fyller på bläcket för andra gången. Ta isär pennan. Spola ut nibben. Blötlägg nibben i en ammoniakblandning över natten. Låt nibben lufttorka.