Du ska alltid tvätta händerna när du hanterar äggen eller äggkläckningen efter att du har desinficerat den. Detta kommer att hålla alla bakterier från att potentiellt överföras till äggen eller deras omgivning. Att låta äggen värmas upp kommer att minska mängden och varaktigheten av temperaturfluktuationer i inkubatorn efter att du har lagt äggen. Dra lätt symbolen för ditt val på ena sidan och sedan en annan symbol på andra sidan. Att markera äggen på detta sätt kommer att hjälpa dig att komma ihåg äggsvängningssekvensen. Många människor använder X och O för att indikera varje sida av ägget. Se till att äggen ligger på sidorna. Den större änden av varje ägg bör vara något högre än den spetsiga änden. Detta är viktigt eftersom embryona kan bli feljusterade om den spetsiga änden är högre och kan ha svårt att pippa, eller bryta igenom skalet, när det är dags att kläcka. Se till att äggen är jämnt fördelade och inte alltför nära inkubatorns kanter eller värmekällan. Temperaturen kommer tillfälligt att sjunka efter att du har introducerat äggen i inkubatorn, men det bör justeras om du har kalibrerat inkubatorn korrekt. Höj inte temperaturen för att kompensera för denna fluktuation. Att göra det kan skada eller döda dina embryon. Du bör kunna uppskatta ditt kläckningsdatum baserat på genomsnittliga inkubationstider för de fågelarter du vill kläcka. Kycklingägg tar till exempel vanligtvis 21 dagar att kläcka, medan många ankor och ärtfåglar kan ta 28 dagar. Rotera äggen och ändra deras position bidrar till att mildra effekterna av eventuella temperaturfluktuationer. Rotationen bidrar också till att efterlikna beteendet hos en grubblande höna.  Vänd ägg ett udda antal gånger varje dag. På så sätt kommer symbolen på äggen att ändras varje dag efter att du vrider äggen, vilket gör det lätt att se om du har vänt äggen ännu för den dagen. När du gör dina dagliga turer, kontrollera om några ägg är spruckna eller bortskämda. Avlägsna dessa snabbt och kasta dem i soporna. Flytta ägg runt till olika positioner i inkubatorn. Sluta vrida äggen under de sista tre dagarna av inkubation, eftersom äggen snart kommer att kläckas och det inte längre är nödvändigt att vrida äggen. Fuktighet bör vara runt 45 till 50 procent under hela inkubationen, utom under de senaste tre dagarna då du kommer att vilja höja den till 65 procent. Du kan behöva högre eller lägre luftfuktighet beroende på vilken typ av ägg du vill kläcka. Rådgör med ditt kläckeri eller tillgänglig litteratur om kläckning av just din fågelart.  Mät fuktighetsnivån i inkubatorn. Med hjälp av en våt glödlampa termometer eller hygrometer, ta en avläsning av fuktighetsnivån. Var också noga med att registrera temperaturen i inkubatorn med hjälp av en torr glödlampa termometer. För att hitta den relativa temperaturen mellan den våta glödlampan och torr glödlampan temperaturavläsningar, konsultera en psykrometrisk diagram online eller i en bok. Fyll upp vattnet i vattenpannan regelbundet. Fylla upp pannan hjälper till att upprätthålla önskad nivå av luftfuktighet. Om vattnet töms kommer luftfuktigheten att sjunka för lågt.  Tillsätt alltid varmt vatten.  Du kan också lägga till en svamp i vattenpannan om du vill öka luftfuktigheten. Det bör finnas öppningar på sidorna och toppen av inkubatorn för att tillåta luftflöde. Kontrollera att dessa åtminstone är delvis öppnade. Du kommer att behöva öka ventilationen när kycklingarna börjar kläckas.
Tvätta händerna innan du rör äggen för placering i inkubatorn. Värm upp de bördiga äggen till rumstemperatur. Markera varje sida av äggen med en penna. Lägg äggen försiktigt i kuvösen. Låt inkubatorns temperatur sjunka efter att äggen har tillsatts. Skriv in dagen och hur många ägg du har ruvat på en kalender. Vänd äggen minst tre gånger dagligen. Justera luftfuktigheten i inkubatorn. Se till att inkubatorn har tillräcklig ventilation.