En stor begränsning av DNA-sekvensering med hög genomströmning är den höga frekvensen av felaktiga basanrop som produceras. Till exempel ger Illumina sekvenseringsmaskiner upphov till fel med en hastighet av 0,1-1 × 10 −2 per bassekvenserad. Dessa tekniker producerar vanligtvis miljarder bassamtal per experiment och översätter till miljontals fel. Vi har utvecklat en unik biblioteksförberedelsestrategi, "circle sequencing", som möjliggör robust nedströmsberäkningskorrigering av dessa fel. I denna strategi, DNA-mallar cirkuläriseras, kopieras flera gånger i tandem med en rullande cirkel polymeras, och sedan sekvenseras på någon hög-genomströmning sekvensering maskin. Varje läsning som produceras är beräkningsbehandlad för att erhålla en konsensussekvens av alla länkade kopior av den ursprungliga molekylen. Fysiskt länka kopiorna ser till att varje kopia är självständigt härledd från den ursprungliga molekylen och möjliggör effektiv bildande av konsensussekvenser. Cirklarnasekvensprotokollet föregår vanliga biblioteksförberedelser och lämpar sig därför för ett brett spektrum av sekvenseringsapplikationer. Vi testade vår metod med hjälp av Illumina MiSeq-plattformen och fick fel i vår bearbetade sekvensavläsning med en hastighet så låg som 7,6 × 10 −6 per bassekvenserad, dramatiskt förbättra felfrekvensen av Illumina sekvensering och sätta fel på par med låg genomströmning, men mycket exakt, Sanger sekvensering. Cirkelsekvensering hade också betydligt högre effektivitet och lägre kostnad än befintliga streckkodsbaserade system för att korrigera sekvenseringsfel. nästa generations sekvensering, barkodning, sällsynta varianter
Andra generationens sekvenseringsplattformar ger korta avläsningar med en felfrekvens på 1-2 % REF där de flesta felen är ersättningsfel.
High-throughput DNA sequencing errors are reduced by orders of magnitude using circle sequencing.
{'venue': 'Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America', 'journal': 'Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America', 'mag_field_of_study': ['Medicine', 'Biology']}