Bakgrund: Ett ökande antal bioinformatiska metoder överväger de fylogenetiska sambanden mellan biologiska sekvenser. Implementering av nya metoder med hjälp av den maximala sannolikheten för fylogenetisk ram kan vara en tidskrävande uppgift. Bioinformatikbiblioteket libcov är en samling C++ klasser som ger en hög och låg nivå gränssnitt till maximal sannolikhet fylogenetik, sekvensanalys och en datastruktur för strukturella biologiska metoder. libcov kan användas för att beräkna sannolikheter, sök träd topologier, uppskatta platshastigheter, klustersekvenser, manipulera trädstrukturer och jämföra phylogenies för ett brett urval av applikationer. Slutsats: Med hjälp av detta bibliotek, är det möjligt att snabbt prototypera applikationer som använder sofistikering av fylogenetiska sannolikheter utan att engagera sig i ett större programvaruutvecklingsprojekt. libcov är således en potentiellt värdefull byggsten för att utveckla interna metoder inom området proteinfylogetik.
Libcov Ref-biblioteket är en samling C++-klasser som ger högnivåfunktioner för beräkningsgenomik.
libcov: A C++ bioinformatic library to manipulate protein structures, sequence alignments and phylogeny
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Computer Science', 'Medicine']}