Protein homologi sökning ger grunden för funktionell profilering i metagenomic annotation. Profil HMM-baserade metoder klassificera läser in i kommenterade protein domän familjer och kan uppnå bättre känslighet för fjärr protein homologi sökning än parvis sekvens anpassning. Deras känslighet försämras dock i takt med att läslängden minskar. Som ett resultat av detta kan ett stort antal korta avläsningar inte klassificeras i deras inhemska domänfamiljer. I detta arbete introducerar vi MetaDomain, ett proteindomänklassificeringsverktyg avsett för korta avläsningar som genereras av nästa generations sekvenseringsteknik. MetaDomain använder avslappnade positionsspecifika poängtrösklar för att anpassa fler avläsningar till en profil HMM samtidigt som fördelningen av inställningspositioner används som ytterligare ett hinder för att kontrollera falska positiva matchningar. I detta arbete MetaDomain tillämpas på transkriptomic data av ett bakteriellt genom och en jord metagenomic data set. De experimentella resultaten visar att den kan uppnå bättre känslighet än den senaste profilen HMM anpassningsverktyg för att identifiera kodade domäner från korta sekvenser. MetaDomains källkod finns på http://sourceforge.net/projects/metadomain/.
Vårt tidigare arbete REF utvärderade hur läslängder påverkade HMMERs prestanda på ett stort antal domäner.
MetaDomain: A Profile HMM-Based Protein Domain Classification Tool for Short Sequences
{'venue': 'Pacific Symposium on Biocomputing', 'journal': None, 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine', 'Computer Science']}