Vi beskriver PRIMROSE, ett datorprogram för att identifiera 16S rRNA sonder och PCR primers för användning som fylogenetiska och ekologiska verktyg i identi®cation och uppräkning av bakterier. PRIMROSE är utformad för att använda data från Ribosomalt databasprojekt (RDP) till ®nd potentiellt användbara oligonukleotider med upp till två degenererade positioner. Det taxonomiska intervallet för dessa och andra befintliga oligonukleotider kan sedan undersökas, vilket gör det möjligt att snabbt identifiera lämpliga oligonukleotider. PRIMROSE innehåller funktioner som gör det möjligt att använda nätverksdatabaser. En Silico-studie av programmet med hjälp av RDP-databasen identi®ed oligonukleotider som beskrev deras måltaxa med en grad av noggrannhet som är mycket större än motsvarande för närvarande använda oligonukleotider. Vi identifierar oligonukleotider för indelningar av Proteobacteria och för divisionen Cytophaga±Flexibacter±Bacteroides (CFB). Dessa oligonukleotider beskriver upp till 94,7 % av deras måltaxan med färre än 50 icke-målträffar, och författarna rekommenderar att de undersöks vidare. En jämförelse med PROBE DESIGN inom ARB-programvaran visar att Primose kan identifiera oligonukleotider med en högre specific®city. PRIMROSE har ett intuitivt grafiskt användargränssnitt och körs på Microsoft Windows 95/NT/2000 operativsystem. Den är öppen källkod och är fritt tillgänglig från författarna.
PRIMOROSE-programmet REF föreslogs välja både oligonukleotidsonder och PCR-primrar.
PRIMROSE: a computer program for generating and estimating the phylogenetic range of 16S rRNA oligonucleotide probes and primers in conjunction with the RDP-II database
{'venue': 'Nucleic acids research', 'journal': 'Nucleic acids research', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}