Viktad gen coexpression nätverksanalys (WGCNA) är en kraftfull'skuld-för-association'-baserad metod för att extrahera samuttryckta grupper av gener från stora heterogena budbärare RNA uttrycksdata uppsättningar. Vi har använt WGCNA för att identifiera 11 coreglerade genkluster över 2342 bröstcancerprover från 13 mikroarraybaserade genuttrycksstudier. Ett antal av dessa transkriptionsmoduler befanns vara korrelerade till cliniopatologiska variabler (t.ex. tumor grad), överlevnad endpoints för bröstcancer som helhet (sjukdomsfri överlevnad, avlägsen sjukdomsfri överlevnad och total överlevnad) och även dess molekylära subtyper (luminal A, luminal B, HER2+ och basallik). Exempel på fynd som härrör från detta arbete inkluderar identifiering av en kluster av proliferationsrelaterade gener som när uppreglerad korrelerade till ökad tumörgrad och var förknippade med dålig överlevnad i allmänhet. Den prognostiska potentialen hos nya gener, till exempel ubikvitinkonjugerande enzym E2S (UBE2S) inom denna grupp bekräftades i en oberoende datauppsättning. Dessutom var genkluster också förknippade med överlevnad för bröstcancer molekylära subtyper inklusive en grupp av gener som befanns korrelera med prognos uteslutande för basalliknande bröstcancer. Uppregleringen av flera enstaka gener inom detta samuttryckskluster, till exempel kaliumkanalen, underfamiljen K, medlem 5 (KCNK5), var förknippad med dåligt utfall för den basalliknande molekylära subtypen. Vi har utvecklat en online-databas som gör det möjligt att på ett användarvänligt sätt få tillgång till de samuttrycksmönster och överlevnadsanalysresultat som avslöjas i denna studie (finns på http://glados.ucd.ie/Coexpression/).
I Clarke och Al. REF, en viktad version av gen co-expression nätverk används för att analysera bröstcancer prover från mikroarray-baserade genuttryck studier.
Correlating transcriptional networks to breast cancer survival: a large-scale coexpression analysis
{'venue': 'Carcinogenesis', 'journal': 'Carcinogenesis', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}