Vi föreslår en dockningsmetod som efterliknar hur proteiner binder. Metoden står för de dominerande drivkrafterna på de olika längdskalorna i proteinbindningsprocessen, vilket möjliggör ett effektivt urval av en nedförsbackebana på det föränderliga receptorligand-fria energilandskapet. Med utgångspunkt från möteskomplex med så mycket som 10 Å rms avvikelse från den inhemska konformationen, provar metoden lokalt det sexdimensionella utrymmet av stel-kropp receptor-ligand strukturer som är föremål för en van der Waals begränsning. Inledningsvis förvanskas provtagningen endast av den fria energins desolvation och elektrostatiska komponenter, som fångar upp den partiella affiniteten hos obundna strukturer som ligger mer än 4 Å bort från inlandet. Under denna tröskel uppnås förbättrad diskriminering genom att lägga till en ökande andel av van der Waals energi till kraftfältet. Metoden, utan fria parametrar, testades i åtta olika uppsättningar av självständigt kristalliserade receptor-ligand strukturer som konsekvent förutspår bundna konformationer med de lägsta fria energierna och lämplig stabilitet gap runt 2 Å från det inhemska komplexet. Denna flerstegsstrategi överensstämmer med den bakomliggande kinetiken och den inre strukturen hos den fria energitratten till det bundna tillståndet. Konsekvenser för arten av proteinbindningsvägar diskuteras också.
Den metod som föreslås i REF beaktar proteinbindningsprocessens dominerande kraftfält, vilket möjliggör ett effektivt urval av en nedförsbackebana på det framväxande receptorligandfria energilandskapet.
Protein docking along smooth association pathways
{'venue': 'Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America', 'journal': 'Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America', 'mag_field_of_study': ['Chemistry', 'Medicine']}