ABSTRACT Motivering: Homologa sekvenser är ibland lika i vissa regioner men olika i andra regioner. Homologa sekvenser har en mycket lägre global likhet om de olika regionerna är mycket längre än de liknande regionerna. Resultat: Vi presenterar en generaliserad global anpassningsalgoritm för att jämföra sekvenser med intermittenta likheter, en ordnad lista över liknande regioner åtskilda av olika regioner. En generaliserad global anpassningsmodell definieras för att hantera sekvenser med intermittenta likheter. En dynamisk programmeringsalgoritm är utformad för att beräkna en optimal allmän inställning i tid proportionell mot produkten av sekvenslängder och i rymden proportionell mot summan av sekvenslängder. Algoritmen genomförs som ett datorprogram som heter GAP3 (Global Alignment Program Version 3). Den generaliserade globala anpassningsmodellen valideras av experimentella resultat som produceras med GAP3 på både DNA- och proteinsekvenser. GAP3-programmet utökar förmågan hos standard globala anpassningsprogram för att känna igen homologa sekvenser av lägre likhet. Tillgänglighet: GAP3-programmet är fritt tillgängligt för akademiskt bruk på
En liknande, men generaliserad algoritm REF för global anpassning, hanterar sekvenser av intermittenta likheter.
A generalized global alignment algorithm
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}