Att identifiera biologiska teman inom listor över gener med EASE EASE är en anpassningsbar programvara för snabb biologisk tolkning av genlistor som är ett resultat av analys av mikroarray, proteomik, SAGE och andra högflödesgenomiska data. De biologiska teman som returneras av EASE recapitulera manuellt bestämda teman i tidigare publicerade genlistor och är robusta till olika metoder för normalisering, intensitetsberäkning och statistiskt urval av gener. EASE är ett kraftfullt verktyg för att snabbt omvandla resultaten av funktionella genomikstudier från "gener" till "tema". EASE är ett anpassningsbart program för snabb biologisk tolkning av genlistor som är ett resultat av analys av mikroarray, proteomik, SAGE och andra högflödesgenomiska data. De biologiska teman som returneras av EASE recapitulera manuellt bestämda teman i tidigare publicerade genlistor och är robusta till olika metoder för normalisering, intensitetsberäkning och statistiskt urval av gener. EASE är ett kraftfullt verktyg för att snabbt omvandla resultaten av funktionella genomikstudier från "gener" till "tema". Mikroarrayteknik med hög densitet och proteomikteknik har gjort det möjligt att upptäcka globala mönster för biologiska reaktioner på experimentella eller naturliga störningar [1]. Mycket arbete har tagit upp frågorna om datanormalisering och statistiskt urval av de gener som är avsevärt modulerade eller grupperade på grundval av uttryck profiler [2]. Nettoresultatet av dessa ansträngningar är en eller flera listor över gener. Tyvärr har få insatser gjorts för att snabbt identifiera biologiska teman i sådana förteckningar [3]. De flesta utredare kommenterar för närvarande gener en gång i tiden med hjälp av internetbaserade databaser eller manuella litteratursökningar. Efter denna tråkiga process kan det fortfarande vara en kamp att identifiera de mest framträdande biologiska temana för att förstå resultaten och forskarna har inget systematiskt sätt att prioritera dessa teman för vidare analys. En parallell fråga vid tolkningen av sådana uppgifter är hur man kan utnyttja den ständigt växande strömmen av funktionella genomiska data och verktyg. Vi utvecklade Expression Analysis Systematic Explorer (EASE) för att automatisera processen för biologisk temabestämning för listor över gener och för att fungera som en anpassningsbar gateway till online analysverktyg. Detta är den första rapporten som visar att de högst rankade teman som härleds genom en beräkningsmetod kan rekapitulera manuellt härledda teman i tidigare publicerade mikroarray, proteomik och SAGE resultat, och att ge bevis för att dessa teman är stabila till olika metoder för genval. EASE utför tre grundläggande funktioner med någon lista över gener. Den första är temat upptäckt, definieras som identifiering av termer eller fraser som beskriver ett statistiskt signifikant antal gener i listan med avseende på antalet gener som beskrivs av termen eller frasen i populationen av gener från vilka listan härleds. Den andra är anpassningsbar länkning till online-verktyg, och den tredje är skapandet av beskrivande kommentera tabeller. Var och en av dessa funktioner använder ett system med tab-definierade textfiler som är enkla att anpassa och uppdatera. EASE är ett lättanvänd, anpassningsbart verktyg som gör det möjligt för utredare att systematiskt minera massan av funktionell information i samband med data som genereras av mikroarray, proteomik eller SAGE-studier.
EASE REF utför temat upptäckt med någon lista över gener.
Identifying biological themes within lists of genes with EASE
{'venue': 'Genome Biology', 'journal': 'Genome Biology', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}