Fylogenier som härrör från olika datamatriser står ofta i konflikt med varandra och kräver utveckling av åtgärder som kvantifierar denna inkongruens. Här introducerar vi nya åtgärder som använder informationsteori för att kvantifiera graden av konflikt eller inkongruens bland alla icke-triviala bipartitioner som finns i en uppsättning träd. Den första åtgärden, internoden säkerhet (IC), beräknar graden av säkerhet för en given internode genom att beakta frekvensen av den bidelning som definieras av internoden (inre grenen) i en given uppsättning träd tillsammans med frekvensen av den mest förekommande motstridiga bidelningen i samma träduppsättning. Den andra åtgärden, IC All (ICA), beräknar graden av säkerhet för en given internode genom att beakta frekvensen av den bidelning som definieras av internoden i en given uppsättning träd tillsammans med den för alla motstridiga bidelningar i samma underliggande träduppsättning. Slutligen är åtgärderna för trädsäkerhet (TC) och TC All (TCA) summan av IC- och ICA-värden för alla internoder av en phylogeny, respektive. IC, ICA, TC och TCA kan beräknas från olika typer av data som innehåller icke-triviala bipartitioner, inklusive från bootstrap replikatträd till genträd eller enskilda tecken. Med tanke på en uppsättning fylogenetiska träd återspeglar IC- och ICA-värdena för en given internode dess specifika grad av inkongruens, och TC- och TCA-värdena beskriver den globala graden av inkongruens mellan träden i uppsättningen. Alla fyra åtgärderna genomförs och är fritt tillgängliga i version 8.0.0 och efterföljande versioner av det allmänt använda programmet RAxML.
I likhet med IC-poängen införde REF också internodsäkerheten för alla (ICA)-värden för varje gren.
Novel Information Theory-Based Measures for Quantifying Incongruence among Phylogenetic Trees
{'venue': 'Molecular biology and evolution', 'journal': 'Molecular biology and evolution', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}