Motivering: Sekvensdatabassökning är bland de viktigaste och mest utmanande uppgifterna inom bioinformatik. Det ultimata valet av sekvenssökningsalgoritm är Smith-Waterman. Men på grund av den beräkningsmässigt krävande karaktären av denna metod, heuristiska program eller speciella hårdvarualternativ har utvecklats. Ökad hastighet har erhållits på bekostnad av minskad känslighet eller mycket dyr hårdvara. Resultat: En snabb implementering av Smith-Waterman sekvensanpassning algoritm med Single-Instruction, Multiple-Data (SIMD) teknik presenteras. Denna implementation är baserad på MultiMedia eXtensions (MMX) och Streaming SIMD Extensions (SSE) teknik som är inbäddad i Intels senaste mikroprocessorer. Liknande teknik finns också i andra moderna mikroprocessorer. Sexfaldig upphastighet i förhållande till den snabbaste tidigare kända Smith-Waterman implementering på samma hårdvara uppnåddes genom en optimerad 8-vägs parallellbehandling. En hastighet på mer än 150 miljoner celluppdateringar per sekund erhölls på en enda Intel Pentium III 500 MHz mikroprocessor. Detta är förmodligen det snabbaste genomförandet av denna algoritm på en enda allmän-purpose microprocessor beskrivs hittills. Tillgänglighet: Online sökningar med programvaran finns tillgängliga på http: // dna.uio.no/ search/ Contact: torbjorn.rognes@labmed.uio.no
Rognes REF föreslog ett snabbare genomförande av SW-algoritmen med SIMD-tillägg.
Six-fold speed-up of Smith–Waterman sequence database searches using parallel processing on common microprocessors
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}