Bakgrund: Det är vanligt att resultaten av en mikroarray studie analyseras i samband med biologiskt motiverade grupper av gener såsom vägar eller Gene Ontology kategorier. Den vanligaste metoden för sådan analys använder den hypergeometriska fördelningen (eller en relaterad teknik) för att leta efter "överrepresentation" av grupper bland gener som valts som differentierat uttryckta eller på annat sätt av intresse baserat på en gen-för-gen analys. Denna metod lider dock av vissa begränsningar, och biologvänliga verktyg som implementerar alternativ har inte rapporterats. Vi introducerar ErmineJ, ett mångsidigt användarvänligt fristående programvaruverktyg för analys av funktionellt relevanta gener i samband med genuttrycksdata från microarray. ErmineJ implementerar flera algoritmer för genuppsättningsanalys, inklusive överrepresentation och omsampling-baserade metoder som fokuserar på genpoäng eller korrelation av genuttrycksprofiler. Förutom ett grafiskt användargränssnitt har ErmineJ ett kommandoradsgränssnitt och ett programprogrammeringsgränssnitt som kan användas för att automatisera analyser. Det grafiska användargränssnittet innehåller verktyg för att skapa och modifiera genuppsättningar, visualisera Gene Ontology som en tabell eller träd, och visualisera genuttrycksdata. ErmineJ levereras med en komplett bruksanvisning, och är öppen källkod programvara licensierad under Gnu Public License. Tillgången till flera analysalgoritmer, tillsammans med en rik funktionsuppsättning och ett enkelt grafiskt gränssnitt, bör göra ErmineJ till ett användbart komplement till biologens verktygslåda för informatik. ErmineJ är tillgänglig från
ErmineJ REF ) är ett programvaruverktyg som analyserar funktionellt relevanta uppsättningar gener genom mikroarray genuttrycksdata.
ErmineJ: Tool for functional analysis of gene expression data sets
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}