Ett nätverk av gener och proteiner sträcker sig genom den vetenskapliga litteraturen, rörande fenotyper, patologier och genfunktion. Vi rapporterar utvecklingen av ett informationssystem som tillhandahåller detta nätverk som ett naturligt sätt att få tillgång till mer än tio miljoner abstracts i PubMed. Genom att använda gener och proteiner som hyperlänkar mellan meningar och abstracts omvandlar vi informationen i PubMed till en navigerbar resurs och tillför alla fördelarna med internet till vetenskaplig litteraturutredning. Dessutom kan detta litteraturnätverk läggas på experimentella interaktionsdata (t.ex. jästtvå hybriddata från Drosophila melanogaster 1 och Caenorhabditis elegans 2 ) för att möjliggöra en samtidig analys av ny och befintlig kunskap. Nätverket, som kallas Information Hyperlinked over Proteins (iHOP), innehåller en halv miljon meningar och 30 000 olika gener 3 från människor, möss, D. melanogaster, C. elegans, zebrafish, Arabidopsis thaliana, jäst och Escherichia coli. Medan konventionella nyckelord och relaterade artikelsökningar 4 resulterar i långa och inte alltid informativa listor över abstracts, navigering längs gennätverket möjliggör en stegvis och kontrollerad undersökning av informationsutrymmet. Varje steg genom nätverket producerar information om en enda gen och dess interaktioner. Utforskning av detta genstyrda informationsnätverk är intuitivt och följer den associativa organisationen av mänskligt minne 5, där information hämtas genom att ansluta liknande begrepp 6. Precisionen för gennamn och synonymidentifiering i iHOP varierar mellan 87 % och 99 % beroende på organismen. Eftersom forskare kan röra sig i iHOP mellan meningar tagna direkt från källabstracts, behåller de dock alltid kontrollen över informationens tillförlitlighet och relevans. Detta är en fördel jämfört med system som översätter proteinnätverket från litteraturen till grafiska representationer 7, eftersom dessa representationer kan ge en vilseledande känsla av förtroende för användarna och molna relevansen av enskilda associationer. IHOP-systemet visar att avlägsna medicinska och biologiska begrepp kan relateras av förvånansvärt få mellanliggande gener; den kortaste vägen mellan två gener innebär i genomsnitt bara fyra steg. Vi tror att detta mycket uppkopplade nätverk kommer att göra den mänskliga litteraturforskningen mer intuitiv och effektiv och även skapa en teoretisk grund för utvecklingen av nya automatiska hämtningsalgoritmer. Webbadress. IHOP- servern är allmänt tillgänglig på
iHOP REF omvandlar informationen i PubMed till en navigerbar resurs genom att använda gener och proteiner som hyperlänkar mellan meningar och abstrakter.