Skräddarsydda nukleaser, inklusive CRISPR-Cas9 och CRISPR-Cpf1, används i stor utsträckning för att förverkliga den exakta genomredigeringen. Den höga täckningen, lågkostnads- och kvantifierbarheten gör höggenomströmningssekvensering (NGS) till en effektiv metod för att bedöma effektiviteten hos specialdesignade nukleaser. Men, kontrast till standardiserade transkriptome protokoll, NGS data saknar en användarvänlig rörledning ansluter olika verktyg som automatiskt kan beräkna mutation, utvärdera redigering effektivitet och förverkliga i en mer omfattande datauppsättning som kan visualiseras. Här har vi utvecklat ett automatiskt fristående verktygskit baserat på pythonskript, nämligen CRISPRMAtch, för att bearbeta data med hög genomredigeringsgrad för CRISPR-nukleas transformerade protoplaster genom att integrera analyssteg som att kartlägga avläsningar och normalisera avläsningar, beräkna mutationsfrekvens (deletion och införande), utvärdera effektiviteten och noggrannheten hos genomredigering och visualisera resultaten (tabeller och figurer). Både CRISPR-Cas9 och CRISPR-Cpf1-nukleaser stöds av CRISPRMatch-verktygslådan och den integrerade koden har släppts på GitHub (https://github.com/zhangtaolab/CRISPRMatch).
Qi Du utvecklade ett snabbt verktyg som kan mycket effektivt analysera genom-redigering dataset REF.
CRISPRMatch: An Automatic Calculation and Visualization Tool for High-throughput CRISPR Genome-editing Data Analysis