Motivering: Att förstå RNA:s strukturella mångfald är avgörande för att identifiera nya RNA-strukturer och fullfölja RNA-genomikinitiativ. Genom att klassificera RNA-sekundära motiv baserat på korrelationer mellan bevarade RNA-sekundära strukturer och funktionella egenskaper erbjuder vi en väg för att förutsäga nya motiv. Även om det finns flera RNA-databaser, finns inga omfattande system tillgängliga för katalogisering av intervallet och mångfalden av RNA:s strukturella repertoar. Resultat: Vår RNA-As-Graphs (RAG) databas beskriver och rankar alla matematiskt möjliga (inklusive existerande och kandidat) RNA sekundära motiv på grundval av grafiska uppräkningstekniker. Vi representerar RNA sekundära strukturer som tvådimensionella grafer (nätverk), specificerar anslutning mellan RNA sekundära strukturella element, såsom slingor, utbuktningar, stammar och korsningar. Vi arkiverar RNA-trädmotiv som "trädgrafer" och andra RNA, inklusive pseudoknoter, som allmänna "dubbelgrafer". Alla RNA-motiv katalogiseras efter grafvertexnummer (ett mått på sekvenslängd) och rankas efter topologisk komplexitet. RAG-inventeringen föreslår omedelbart kandidater för nya RNA-motiv, antingen naturligt förekommande eller syntetiska, och kan därmed stimulera förutsägelsen och utformningen av nya RNA-motiv. Tillgänglighet: Databasen finns tillgänglig på Internet på http://monod.
RAG REF representerar RNA sekundär struktur som träd och dual-graph motiv, räknar upp alla möjliga motiv, och kluster baserade på topologiska egenskaper.
RAG: RNA-As-Graphs database—concepts, analysis, and features