Bakgrund: Molekylära aktiveringsvägar är i sig komplexa, och det är svårt att förstå relationer mellan många biokemiska reaktioner och reaktionstyper. Att visualisera och analysera en väg är en utmaning på grund av nätverkens storlek och mångfalden av relationer mellan proteiner och molekyler. Resultat: I den här artikeln introducerar vi PathwayMatrix, ett visualiseringsverktyg som presenterar de binära relationerna mellan proteiner i vägen via användning av en interaktiv adjakensmatris. Vi tillhandahåller filtrering, linsning, klustring, och borstning och länkning kapaciteter för att presentera relevanta detaljer om proteiner inom en väg. Slutsatser: Vi utvärderade PathwayMatrix genom att genomföra en serie djupintervjuer med domänexperter som gav positiv feedback, vilket fick oss att tro att vår visualiseringsteknik kan vara till hjälp för den större gemenskapen av forskare som använder vägvisualiseringar. PathwayMatrix finns fritt tillgänglig på https://github.com/ CreativeCodingLab/PathwayMatrix.
PathwayMatrix REF gav en omfattande översikt över det binära förhållandet mellan proteiner i en adjakensmatris.
PathwayMatrix: visualizing binary relationships between proteins in biological pathways