Behovet av att associera, eller jordning, proteinnamn i litteraturen med posterna i proteome databaser såsom Swiss-Prot är väl igenkänd. Proteinnamnen i den biomedicinska litteraturen visar en hög grad av morfologiska och syntaktiska variationer, och olika anaforiska uttryck inklusive null-anaforer. Vi presenterar ett biomedical anaphora resolution system, BioAR, för att ta itu med variationerna av proteinnamn och ytterligare associera dem med Swiss-Prot poster som de faktiska enheterna i världen. Systemet visar prestanda på 59,5% ¢ 75,0% precision och 40,7% ¢ 56,3% recall, beroende på de specifika typerna av anaforiska uttryck. Vi tillämpar BioAR på proteinnamnen i de biologiska interaktioner som extraheras av vårt biomedicinska informationssystem, eller BioIE, för att konstruera proteinvägar automatiskt.
En annan metod som också bygger proteiner till Swiss-Prot poster är BioAR REF.
BioAR: Anaphora Resolution For Relating Protein Names To Proteome Database Entries