Genom att kombinera de parvisa interaktionerna mellan proteiner, som förutsägs av den bevarade samtidiga förekomsten av deras gener i operoner, får vi proteininteraktionsnätverk. Här studerar vi egenskaperna hos sådana nätverk för att identifiera funktionella moduler: uppsättningar proteiner som tillsammans är involverade i en biologisk process. Det kompletta nätverket innehåller 3033 ortologa grupper av proteiner i 38 genom. Den består av en jättekomponent som innehåller 1611 ortologa grupper och 516 små klasar som i genomsnitt endast innehåller 2,7 ortologa grupper. Dessa små kluster har en homogen funktionell sammansättning och representerar därmed funktionella moduler i sig själva. Analys av jättekomponenten avslöjar att det är ett skalfritt, litet världsnätverk med en hög grad av lokal klusterbildning (C=0,6). Den består av lokalt högt anslutna subkluster som är anslutna till varandra av länkproteiner. Linkerproteinerna tenderar att ha flera funktioner eller är involverade i flera processer och har en över genomsnittet sannolikheten för att vara nödvändig. Genom att dela upp jättekomponenten vid dessa länkproteiner identifierar vi 265 subkluster som tenderar att ha en homogen funktionell sammansättning. De sällsynta funktionella inhomogeniciteterna i våra subkluster återspeglar blandningen av olika typer av (molekylära) funktioner i en enda cellprocess, exemplifierad av subkluster som innehåller både metaboliska enzymer samt transkriptionsfaktorer som reglerar dem. Jämförande genomanalys gör det möjligt att identifiera en nivå av funktionell interaktion mellan den av parvisa interaktioner och den fullständiga genomet.
Snel och al. identifierade funktionella moduler genom att välja "linker" protein beläget mellan kluster av ortologa grupper byggt från en jämförande analys av flera genom REF.