En viktig del av mikrobiell mångfald finns i stamindividualitet, så identifiering av konspecifika bakteriestammar är absolut nödvändigt för förbättrad förståelse av mikrobiella samhällsfunktioner. Begränsningar i bioinformatik och sekvensering teknik har hittills förhindrat stamidentifiering på grund av svårigheter att fasa korta avläsningar för att troget återställa den ursprungliga stamnivå genotyper, som har mycket liknande sekvenser. Vi presenterar ConStrains, en öppen källkodsalgoritm som identifierar konspecifika stammar från metagonomiska sekvensdata och rekonstruerar phylogenin av dessa stammar i mikrobiella samhällen. Algoritmen använder single-nukleotid polymorfism (SNP) mönster i en uppsättning universella gener för att härleda inom arten strukturer som representerar stammar. Att tillämpa ConStrains på simulerade och värdbaserade datauppsättningar ger insikter i mikrobiell samhällsdynamik. Att förstå hur enskilda organismer samexisterar inom en mikrobiell gemenskap är avgörande för att förstå samhällsfunktioner. Till exempel, studien av mikrobiell gemenskap Användare kan visa, skriva ut, kopiera, och ladda ner text och data-minera innehållet i sådana dokument, för akademisk forskning, med förbehåll för hela Villkor för användning
ConStrains REF syftar till att lösa skillnader på stamnivå inom en uppsättning metagenomiska prover.
ConStrains identifies microbial strains in metagenomic datasets