Tidigare utvecklade vi hoppprofil dold Markov modell (jpHMM), en ny metod för att upptäcka rekombinationer i hiv-1-genom. JpHMM förutspår rekombinationsbrytpunkter i en frågesekvens och tilldelar varje position i sekvensen en av de viktigaste HIV-1-subtyperna. Eftersom felaktig subtypsbestämning eller rekombinationsförutsägelse kan leda till felaktiga slutsatser inom epidemiologisk forskning eller vaccinforskning, är information om tillförlitligheten hos de predikterade föräldrasubtyperna och brytpunktens positioner värdefull. Därför utvidgade vi jpHMM:s produktion till att omfatta sådan information i termer av "osäkra" regioner i rekombinationsprognosen och en uppskattning av brytpunkten. Båda typerna av information beräknas baserat på de bakre sannolikheterna för subtyperna vid varje frågesekvensposition. Våra resultat visar att denna förlängning kraftigt förbättrar tillförlitligheten av jpHMM rekombinationsförutsägelsen. JpHMM finns på Internet på http:// jphmm.gobics.de/.
Schultz m.fl. REF upptäcker osäkerhetsregioner i Viterbi-prognosen där sannolikheten för den förutsagda subtypen är lägre än ett visst tröskelvärde.
jpHMM: Improving the reliability of recombination prediction in HIV-1