NCBI Taxonomidatabasen (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomi) är standardregistret för nomenklatur och klassificering för International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC), som består av databaserna GenBank, ENA (EMBL) och DDBJ. Den innehåller organismnamn och taxonomiska härstamningar för var och en av de sekvenser som representeras i INSDC:s nucleotide- och proteinsekvensdatabaser. Taxonomidatabasen kureras manuellt av en liten grupp forskare vid NCBI som använder den nuvarande taxonomiska litteraturen för att upprätthålla en fylogenetisk taxonomi för de källorganismer som finns representerade i sekvensdatabaserna. Taxonomidatabasen är en central organisationsnav för många av resurserna hos NCBI och tillhandahåller ett sätt att samla in element inom andra domäner på NCBI:s webbplats, för intern länkning mellan Entrez-systemets domäner och för att länka ut till taxonspecifika externa resurser på webben. Vårt primära syfte är att indexera sekvensdomänen så bekvämt som möjligt för vår användargemenskap. NCBI:s Taxonomiprojekt inleddes 1991, då vi utformade den första versionen av Entrez informationssökningssystem. Vid den tidpunkten upprätthöll var och en av parterna i vad som skulle bli International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC)-GenBank, EMBL och DDBJ den taxonomiska nomenklaturen och klassificeringen i sina egna sekvensposter självständigt. De klassificeringar som användes av de tre partnerna härleddes tydligt från en gemensam källa, men hade glidit isär under årens lopp. Sekvensposter utbyttes regelbundet inom samarbetet, men källorganismens nomenklatur och taxonomiska klassificeringar var inkonsekventa och uppdaterades oregelbundet. Proteinsekvenserna bibehölls separat från nucleotidesekvenserna, i två olika databaser-Swiss-Prot (1) och PIR (2). Var och en av dessa databaser behöll sina egna taxonomier, var och en mycket olika varandra och från de mer nära relaterade taxonomier som används av INSDC-partnerna. Entrez (3) var det första systemet som länkade samman nukleotidsekvenser och proteinsekvenser (från alla dessa källor) tillsammans med relevanta abstract från den vetenskapliga litteraturen i en enda gemensam resurs. Det var naturligtvis viktigt att tillhandahålla en enda taxonomisk klassificering för att indexera hela uppsättningen poster i Entrez. Det första steget var att blanda ihop taxonomierna från var och en av de bidragande databaserna, som var och en omfattade en något annorlunda uppsättning arter med ofta mycket olika interna klassificeringar. Slutresultatet av denna process var en avskyvärd styggelse, men det gav en enda klassificering som omfattade alla poster i Entrez, som vi föresatte oss att förbättra. Vid detta tillfälle var vi värd för en serie taxonomiworkshops för att ge råd och vägledning för projektet. I synnerhet David Hillis, John Taylor och Gary Olsen lade ner en betydande del av sin tid och ansträngning på den första saneringen av vår sammanslagna klassificering. Nästa steg framåt var överenskommelsen från 1997 mellan INSDC:s medlemmar om att lösa taxonomiska nomenklaturfrågor och klassificering innan nya sekvensdata kommer ut. Sekvenser som lämnats in till GenBank testas för organismnamn som är nya i taxonomidatabasen, och resulterar i en taxonomikonsult som skickas till taxonomigruppen. Före detta avtal skulle vi inte se organismnamnen i poster från de samarbetande databaserna förrän de hade släppts ut på de offentliga frågorna med synonymer, felstavningar och alternativa klassificeringar måste lösas och korrigeras efter detta faktum. För att förbättra denna situation gick INSDC-partnerna med på att skicka taxonomikonsulter till NCBI när de först behandlade sina poster, precis som indexeringsgruppen GenBank gör. Som en följd av detta enades NCBI om att våra offentliga taxonomisidor endast skulle visa taxa som är kopplade till offentliga sekvensposter. NCBI:s Taxonomidatabas utvecklades för att fylla ett praktiskt och mycket specifikt behov av att tillhandahålla nomenklatur
Korpus användes för att utveckla och utvärdera deras NER-verktyg baserat på det lexikon som tillhandahålls av NCBI:s taxonomidatabas REF för att upptäcka artnamn.
The NCBI Taxonomy database
{'venue': 'Nucleic Acids Research', 'journal': 'Nucleic Acids Research', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine', 'Computer Science']}