Detta arbete beskriver en metod för att förutsäga DNA-bindningsfunktionen från struktur med hjälp av 3-dimensionella mallar. Proteiner som binder DNA med hjälp av små sammanhängande helix±turn±helix (HTH) motiv utgör en signi®kant antal av alla DNA-bindande proteiner. Ett strukturellt mallbibliotek med sju HTH-motiv har skapats av icke-homologa DNA-bindande proteiner i Protein Data Bank. Mallarna användes för att skanna komplett proteinstrukturer med hjälp av en algoritm som beräknade rotmedelvärdet kvadratavvikelse (rmsd) för optimal superposition av varje mall på varje struktur, baserat på C en ryggrad koordinater. Distributioner av rmsd-värden för kända HTH-innehållande proteiner (sant hits) och icke-HTH-proteiner (false hits) beräknades. Ett tröskelvärde på 1,6 A Ê rmsd valdes som gav en verklig träfffrekvens på 88,4% och en falsk positiv frekvens på 0,7%. Det falska positiva värdet sänktes ytterligare till 0,5 % genom att man införde ett tröskelvärde för tillgänglig yta på 990 A Ê 2 per HTH-motiv. Mallbiblioteket och de validerade tröskelvärdena användes för att göra förutsägelser för målproteiner från ett strukturellt genomiskt projekt.
Samma mallbaserade metod användes framgångsrikt för att hitta DNA-bindande proteiner som innehåller helix-turn-helix (HTH) motivet REF.
Using structural motif templates to identify proteins with DNA binding function
{'venue': 'Nucleic acids research', 'journal': 'Nucleic acids research', 'mag_field_of_study': ['Medicine', 'Biology']}