ABSTRACT Att förutsäga beteendet hos storskaliga biokemiska nätverk är en av de största utmaningarna inom bioinformatik och beräkningsbiologi. Beräkningsverktyg för att förutsäga flöden i biokemiska nätverk används inom områdena integrerad och systembiologi, bioinformatik och genomik samt för att hjälpa till med att upptäcka och identifiera potentiella narkotikamål. Metoder, såsom flödesbalansanalys (FBA), som förklarar reaktionsnätverkets kända stoichiometri samtidigt som man undviker tillämpning av detaljerad reaktionskinetik är lovande verktyg för analys av stora komplexa nätverk. Här introducerar vi energibalansanalys (EBA)-teorin och metodiken för att genomdriva termodynamikens lagar i sådana simuleringar-att göra resultaten mer fysiskt realistiska och avslöja större insikt i reglerings- och kontrollmekanismer som fungerar i komplexa storskaliga system. Vi visar att EBA eliminerar termodynamiskt ogenomförbara resultat i samband med FBA.
För att begränsa den tillåtna funktionella beteende nätverk, Energy Balance Analys integrerar ytterligare termodynamiska begränsningar som beskriver energibalans och eliminera termodynamiskt ogenomförbara optima REF.
Energy balance for analysis of complex metabolic networks
{'venue': 'Biophys. J', 'journal': None, 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}