Sammanfattning: CePa är ett R-paket som syftar till att hitta viktiga vägar genom nättopologiinformation. Paketet har flera fördelar jämfört med dagens anrikningsverktyg. Först, väg nod i stället för en enda gen tas som den grundläggande enheten vid analys av nätverk för att möta det faktum att gener måste konstrueras till komplex för att hålla normala funktioner. För det andra tillämpas flera nätverk centraliteter samtidigt för att mäta betydelsen av noder från olika aspekter för att göra en fullständig bild av det biologiska systemet. CePa utökar standardväg anrikningsmetoder, som inkluderar både over-representation analys förfarande och genet-set analys förfarande. CePa har utvärderats med hög prestanda på verkliga data, och det kan ge mer information direkt relaterad till aktuella biologiska problem. Tillgänglighet: CePa finns på Comprehensive R Archive Network (CRAN): http://cran.r-project.org/web/packages/CePa/
För det andra tillämpas flera nätverk centralitet åtgärder samtidigt, för att beräkna betydelsen av noderna baserat på olika aspekter, att ha en fullständig bild av det biologiska systemet REF.
CePa: an R package for finding significant pathways weighted by multiple network centralities
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}