Sammanfattning: Fluorescence in situ hybridization (FISH) metoden har gett värdefull information om fysiska avstånd mellan loci (via bildanalys) i flera decennier. Nyligen, highthroughput data om närliggande kemiska kontakter mellan och inom kromosomer blev tillgängliga med Hi-C-metoden. Här presenterar vi FisHiCal, ett R-paket för en iterativ FISH-baserad Hi-C-kalibrering som till fullo utnyttjar informationen från dessa metoder. Vi beskriver här vår kalibreringsmodell och presenterar 3D-slutmetoder som vi har utvecklat för att öka dess användbarhet, nämligen 3D-rekonstruktion genom lokal stressminimering och upptäckt av rumsliga inkonsekvenser. Därefter bekräftar vi vår kalibrering över tre mänskliga cellinjer och förklarar hur resultaten av våra metoder kan informera vår modell och definiera en iterativ kalibreringspipeline, med tillämpningar för kvalitetsbedömning och metaanalys. Tillgänglighet och genomförande: FisHiCal v1.1 är tillgänglig från http://cran.r-project.org/.
FisHiCal REF är ett R-paket som utför en iterativ FISH-baserad Hi-C-kalibrering genom att utnyttja informationen från båda dessa metoder.
FisHiCal: an R package for iterative FISH-based calibration of Hi-C data
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}