Uppkopplad ihållande suffix trädkonstruktion har ansetts opraktisk på grund av dess överdrivna I/O-kostnader. Dessa tidigare studier har dock inte tagit hänsyn till effekterna av bufferthanteringspolitiken och den interna nodstrukturen i suffixträdet på I/O beteende konstruktion och efterföljande hämtningar över trädet. I detta dokument studerar vi dessa två frågor i detalj i samband med stora genomiska DNA- och proteinsekvenser. I synnerhet gör vi följande bidrag: i) en ny, låg-overhead buffring politik som kallas TOP-Q som förbättrar den on-disk beteende av suffix träd konstruktion och efterföljande hämtningar, och ii) empiriska bevis för att utrymmet effektiv länkad lista representation av suffix träd noder ger betydligt sämre prestanda jämfört med array representation. Dessa resultat visar att ett noggrant val av genomförandestrategier kan göra online ihållande suffix trädkonstruktion betydligt mer skalbar - när det gäller längd på sekvenser indexerade med en fast minnesbudget, än vad som för närvarande uppfattas.
Nyligen utvecklade Bedathur och Haritsa en buffertstrategi, kallad TOP-Q, som förbättrar prestandan hos Ukkonens algoritm (som använder suffixlänkar) vid konstruktion av pådisk suffixträd REF.
Engineering a fast online persistent suffix tree construction
{'venue': 'Proceedings. 20th International Conference on Data Engineering', 'journal': 'Proceedings. 20th International Conference on Data Engineering', 'mag_field_of_study': ['Computer Science']}