Bakgrund: Sannolikheterna för codonsubstitution används i många typer av molekylära evolutionsstudier såsom att bestämma Ka/Ks-förhållanden, skapa släkt-DNA-sekvenser eller anpassa kod-DNA. Fram till den senaste tidens dramatiska ökning av genomiska data möjliggjorde konstruktion av empiriska matriser, förlitade sig forskare på parameteriserade modeller av codon evolution. Här presenterar vi den första empiriska kodonsubstitutionsmatrisen som är helt uppbyggd från anpassning av kodsekvenser från ryggradsdjurs DNA och därmed utgör ett alternativ till parameteriserade modeller av kodonutveckling. En uppsättning av 17.502 anpassningar av ortologa sekvenser från fem ryggradsdjursgenom gav 8,3 miljoner jämbördiga kodon, från vilka antalet substitutioner mellan kodonerna räknades. Från dessa data beräknades både en sannolikhetsmatris och en matris av likhetspoäng. De är 64 × 64 matriser som beskriver substitutionerna mellan alla kodon. Substitutioner från sense codons till stop codons beaktas inte, vilket resulterar i block diagonala matriser som består av 61 × 61 poster för sense codons och 3 × 3 poster för stop codons. Mängden genomiska data som för närvarande är tillgängliga för konstruktion av en empirisk kodonsubstitutionsmatris. Men mer sekvensdata behövs fortfarande för att konstruera matriser från olika undergrupper av DNA, specifika för riken, evolutionära avstånd eller olika mängder av synonyma förändringar. Codonmutationsmatriser har fördelar för anpassningar upp till medellånga evolutionära avstånd och för användningar som kräver DNA såsom förfädersrekonstruktion av DNA-sekvenser och beräkning av Ka/Ks-förhållanden.
I REF presenterade författarna den första empiriska kodonmatrisen som är byggd från kodsekvenser från ryggradsdjurs-DNA-sekvenser.
Empirical codon substitution matrix
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Medicine', 'Biology', 'Computer Science']}