Den JCVI-metagenomik analys pipeline ger en effektiv och konsekvent annotering av hagelgevär metagenomics sequencing data för provtagning gemenskaper av prokaryotic organismer. Processen kan också tillämpas på individuella sekvensavläsningar från traditionella Sanger kapillär elektroforessekvenser, nyare tekniker såsom 454 pyrosekvenser, eller sekvensenheter som härrör från en eller flera av dessa datatyper. Den omfattar analys av både kodnings- och icke-kodningsgener, oavsett om de är långa eller, som ofta är fallet för hagelgevärsmetagenomik, fragmentariska. Systemet är utformat för att ge den bäst understödda konservativa funktionella kommentaren baserad på en kombination av betrodda homologibaserade vetenskapliga bevis och beräkningspåståenden och en noteringsvärdeshierarki som etablerats genom omfattande manuell kuration. De funktionella notationsattribut som tilldelas av detta system inkluderar gennamn, gensymbol, GO-termer [1], EG-nummer [2] och JCVI funktionella rollkategorier [3].
Ett alternativ är JCVI-metagenomics analys pipeline REF.
The JCVI standard operating procedure for annotating prokaryotic metagenomic shotgun sequencing data
{'venue': 'Standards in Genomic Sciences', 'journal': 'Standards in Genomic Sciences', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}