Bakgrund: Biomedicinska kunskapsbaser (KB:s) har blivit viktiga tillgångar inom biovetenskap. Tidigare arbete med KB-konstruktion har tre stora begränsningar. För det första, de flesta biomedicinska KBs är manuellt byggda och curated, och kan inte hålla jämna steg med den takt med vilken nya rön publiceras. För det andra, för automatisk informationsutdrag (IE), har text genren val varit vetenskapliga publikationer, försumma källor som hälsoportaler och online-gemenskaper. För det tredje, de flesta tidigare arbete på IE har fokuserat på molekylär nivå eller kemogenomik endast, som protein-protein interaktioner eller gen-läkemedel relationer, eller enbart behandla mycket specifika ämnen såsom läkemedelseffekter. Resultat: Vi tar itu med dessa tre begränsningar genom en mångsidig och skalbar strategi för automatisk KB-konstruktion. Med hjälp av ett litet antal fröfakta för avlägsen övervakning av mönsterbaserad extraktion skördar vi ett enormt antal fakta på ett automatiserat sätt utan att kräva någon explicit utbildning. Vi utökar tidigare tekniker för mönsterbaserad IE med förtroendestatistik, och vi kombinerar detta återkalla-orienterade skede med logiska resonemang för konsekvent begränsning kontroll för att uppnå hög precision. Så vitt vi vet är detta den första metoden som använder konsekvent kontroll för biomedicinska relationer. Vårt tillvägagångssätt kan enkelt utvidgas till att omfatta ytterligare förbindelser och begränsningar. Vi gjorde omfattande experiment inte bara för vetenskapliga publikationer, utan också för encyklopediska hälsoportaler och online-gemenskaper, och skapade olika KB:s baserat på olika konfigurationer. Vi bedömer storleken och kvaliteten på varje KB, i form av antal fakta och precision. Den bäst konfigurerade KB, KnowLife, innehåller mer än 500.000 fakta med en precision på 93% för 13 relationer som täcker gener, organ, sjukdomar, symptom, behandlingar, samt miljömässiga och livsstil riskfaktorer. Slutsats: KnowLife är en stor kunskapsbas för hälso- och life sciences, som automatiskt konstrueras från olika webbkällor. Som en unik funktion skördas KnowLife från olika textgenrer som vetenskapliga publikationer, hälsoportaler och online-gemenskaper. Det har därför potential att fungera som en enda portal för ett brett spektrum av relationer och användningsfall. För att visa bredden och användbarheten gör vi KnowLife KB tillgänglig via hälsoportalen (http://knowlife.mpi-inf.mpg.de).
Knowlife REF är ett kunskapsdiagram för biomedicinsk vetenskap som tar fram och säkrar data från vetenskapliga publikationer, encyklopediska hälso- och sjukvårdsportaler och onlinesamhällen.
KnowLife: a versatile approach for constructing a large knowledge graph for biomedical sciences
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}