Sammanfattning: För att möjliggöra effektiv och systematisk hämtning av uttalanden från Medline har vi utvecklat EBIMed, en tjänst som kombinerar hämtning av dokument med samtidig analys av Medline abstracts. Vid sökordsförfrågan hämtar EBIMed abstracts från EMBL-EBI:s installation av Medline och filter för meningar som innehåller biomedicinsk terminologi som upprätthålls i offentliga bioinformatiska resurser. De extraherade meningarna och terminologin används för att generera en översiktstabell över proteiner, Gene Ontology (GO) annoteringar, läkemedel och arter som används i samma biologiska sammanhang. Alla termer i hämtade abstracts och utdragna meningar är kopplade till deras poster i biomedicinska databaser. Vi bedömde kvaliteten på identifieringen av termer och relationer i de återvunna meningarna. Mer än 90 procent av proteinnamnen representerade verkligen ett protein. Enligt analysen av fyra protein-protein par från Wnt vägen uppskattade vi att 37% av de uttalanden som innehåller ett sådant par nämnde en meningsfull interaktion och förtydligade interaktionen av Dkk med LRP. Vi drar slutsatsen att EBIMed förbättrar tillgången till information där proteiner och läkemedel är involverade i samma biologiska process, t.ex. uttalanden med GO annoteringar av proteiner, protein-protein interaktioner och effekter av läkemedel på proteiner. Tillgänglighet: Finns på
Till exempel, på en sökordsfråga, EBIMed REF hämtar abstracts från Medline och finner meningar som innehåller biomedicinsk terminologi i resultatet.
EBIMed—text crunching to gather facts for proteins from Medline
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': None, 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}