Ett grundläggande beräkningsproblem som uppstår i både konstruktion och lokal sökning faser av de bästa heuristik för flera sekvens anpassning är att anpassa kolumnerna av två multipla justeringar. När scoring funktionen är summan av par objektiv och inducerade parvisa justeringar utvärderas med linjära gap-kostnader, kallar vi detta problem anpassningsanpassningar. Även om till synes en enkel utvidgning av två-sekvens justering, Vi bevisar att det är faktiskt NP-fullständig. Som förklaras i dokumentet, detta ger den första demonstrationen att minimera linjära gap-kostnader, i samband med flera sekvens anpassning, är i sig svårt. Vi utvecklar också en exakt algoritm för Aligning Alignments som är anmärkningsvärt effektiv i praktiken, både i tid och rum. Även om problemet är NP-komplett, beräkningsexperiment på både biologiska och simulerade data visar att vi kan beräkna optimala anpassningar för alla referensfall i två standarddatauppsättningar, och lösa mycket stora slumpmässiga fall med högt gapade sekvenser.
AlignAlign REF ) är en horisontell metod som implementerar en exakt algoritm för optimal anpassning av två flera sekvensanpassningar under scoring-funktionen med affin gap-kostnader.
Aligning alignments exactly
{'venue': "RECOMB '04", 'journal': None, 'mag_field_of_study': ['Mathematics', 'Computer Science']}