Bakgrund: Vårt mål i BioCreAtIve har varit att bedöma det senaste inom textbrytning, med tonvikt på tillämpningar som speglar verkliga biologiska tillämpningar, t.ex. kurationsprocessen för modellorganismdatabaser. Detta papper sammanfattar BioCreAtIvE uppgift 1B, "Normalized Gene List" uppgift, som inspirerades av genlistan levereras för varje curated papper i en modell organism databas. Uppgiften var att ta fram rätt lista över unika genidentifierare för de gener och genprodukter som nämns i uppsättningar av abstracts från tre modellorganismer (Yeast, Fly, and Mouse). Åtta grupper fälterade system för tre datamängder (jäst, Flyg och Mus). För Jäst uppnådde topppoängsystemet (av 15) 0,92 F-mått (harmoniskt medelvärde av precision och recall); för Mus och Fly var uppgiften svårare, på grund av ett större antal gener, mer tvetydighet i gennamnskonventionerna (särskilt för Fly) och komplexa gennamn (för Mus). För Fly var det högsta F-måttet 0,82 av 11 system och för Mouse var det 0,79 av 16 system. Denna bedömning visar att flera grupper kunde utföra en verklig biologisk uppgift för en rad olika organismer. Prestandan var beroende av organismen, och särskilt av de namngivningskonventioner som var förbundna med varje organism. Dessa resultat ger löfte om att tekniken kan ge partiell automatisering av kurationsprocessen inom en snar framtid.
Gene List Task (Task 1B) REF för BioCreAtivE utmaningen är inriktad på att kartlägga gen nämner i MEDLINE abstracts till genidentifierare.
Overview of BioCreAtIvE task 1B: normalized gene lists
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}