Vi beskriver en metod för automatisering av processen för rekonstruktion av neural vävnad från seriell sektion överföring elektronmikrografer. Sådana rekonstruktioner kräver 3D segmentering av enskilda neuronala processer (axoner och dendriter) utförs i tätt packade neuropil. Vi upptäcker först neuronal cellprofiler i varje bild i en hög med seriella mikrografer med flerskalig åsdetektor. Korta avbrott i detekterade gränser interpoleras med anisotropisk konturkomplettering formulerad i fuzzy-logic ram. Detekterade profiler från intilliggande sektioner länkas samman baserat på köer såsom formlikhet och bildstruktur. På så sätt valideras 3D-segmentering av mänskliga operatörer i datorstyrd korrekturläsningsprocess. Vårt tillvägagångssätt gör möjliga rekonstruktioner av neural vävnad vid slutlig hastighet av ca 5μm 3 /man-timme, som bestäms främst av hastigheten av korrekturläsning. Hittills har vi tillämpat detta tillvägagångssätt för att rekonstruera några block av neural vävnad från olika regioner av råtthjärna totalt över 1000μm 3, och använt dessa för att utvärdera rekonstruktion hastighet, kvalitet, felfrekvenser, och förekomsten av tvetydiga platser i neuropil ssTEM avbildningsdata.
Den flerskaliga åsdetektorn REF klassificerar vissa intracelluar mitokondrier som gränser.
Automation of 3D reconstruction of neural tissue from large volume of conventional Serial Section Transmission Electron Micrographs
{'venue': 'Journal of neuroscience methods', 'journal': 'Journal of neuroscience methods', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}