Känsligheten av den vanligt använda progressiva multipelsekvens anpassningsmetod har avsevärt förbättrats för justering av divergerande proteinsekvenser. För det första, individuella vikter tilldelas varje sekvens i en partiell justering för att minska vikt nära duplicerade sekvenser och uppvikt de mest divergerande. För det andra, aminosyra substitution matriser varieras i olika anpassning stadier enligt divergensen av de sekvenser som ska anpassas. För det tredje uppmuntrar resthaltsspecifika gapspåföljder och lokalt minskade gapspåföljder i hydrofila regioner till nya luckor i potentiella loopregioner snarare än regelbunden sekundärstruktur. För det fjärde får positioner i tidiga anpassningar där klyftor har öppnats lokalt minskade klyftor straff för att främja öppnandet av nya klyftor på dessa positioner. Dessa ändringar är införlivade i ett nytt program, CLUSTAL W som är fritt tillgänglig.
En av de första och mest kända progressiva anpassningsmetoder är CLUSTAL W REF.
CLUSTAL W : improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting , position-specific gap penalties and weight matrix choice
{'venue': 'Nucleic acids research', 'journal': 'Nucleic acids research', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}