Vi har utvecklat Textpresso, ett nytt text-mining system för vetenskaplig litteratur vars kapacitet går långt utöver en enkel sökord sökmotor. Textpressos två huvudelement är en samling av den fullständiga texten av vetenskapliga artiklar uppdelade i enskilda meningar, och införandet av kategorier av termer för vilka en databas med artiklar och enskilda meningar kan sökas. Kategorierna är klasser av biologiska begrepp (t.ex. gen, allel, cell- eller cellgrupp, fenotyp osv.) och klasser som relaterar till två objekt (t.ex. förening, reglering osv.) eller beskriva en (t.ex. biologisk process osv.). Tillsammans bildar de en katalog över typer av objekt och begrepp som kallas ontologi. Efter denna ontologi är befolkad med termer, hela corpus av artiklar och abstracts markeras upp för att identifiera termer av dessa kategorier. Den nuvarande ontologin omfattar 33 termkategorier. En sökmotor gör det möjligt för användaren att söka efter en eller en kombination av dessa taggar och/eller nyckelord inom en mening eller ett dokument, och eftersom ontologin tillåter att ordbetydelse ifrågasätts, är det möjligt att formulera semantiska frågor. Fulltextåtkomst ökar återkallandet av biologiska datatyper från 45% till 95%. Utvinning av särskilda biologiska fakta, såsom gen-gen växelverkan, kan påskyndas avsevärt av ontologier, med Textpresso automatiskt utför nästan såväl som experter curatorer för att identifiera meningar; i sökningar efter två unikt namngivna gener och en interaktionsterm, ger ontologin en 3-faldig ökning av sökeffektivitet. Textpresso fokuserar för närvarande på Caenorhabditis elegans litteratur, med 3800 artiklar i fulltext och 16.000 abstracts. Ontologins lexicon innehåller 14 500 poster, som var och en innehåller alla versioner av ett visst ord eller en viss fras, och den innehåller alla kategorier av Gene Ontology-databasen. Textpresso är ett användbart kureringsverktyg, liksom sökmotor för forskare, och kan enkelt utvidgas till andra organismspecifika textkorpora. Textpresso finns på http://www.textpresso.org eller via WormBase på http://www.wormbase.org.
Sökningar är sofistikerade och kan omfatta kategorier som gener av en viss art och Gene Ontology klasser REF.
Textpresso: An Ontology-Based Information Retrieval and Extraction System for Biological Literature
{'venue': 'PLoS Biology', 'journal': 'PLoS Biology', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}