Motivering: Genomics expanderar från en enda referens per art paradigm till en mer omfattande pangenome-strategi som analyserar flera individer tillsammans. En komprimerad de Bruijn graf är en sofistikerad datastruktur för att representera genom av hela populationer. Den kodar robust för delade segment, enkla enkelnukleotidpolymorfismer och komplexa strukturella variationer långt bortom vad som kan representeras i en samling linjära sekvenser ensam. Resultat: Vi utforskar djupa topologiska relationer mellan suffixträd och komprimerade de Bruijn-grafer och introducerar en algoritm, splitMEM, som direkt konstruerar den komprimerade de Bruijn-grafen i tid och rum linjär till det totala antalet genom för en given maximal genomstorlek. Vi introducerar suffix skips att passera flera suffix länkar samtidigt och använda dem för att effektivt dekomponera maximal exakta matcher i graf noder. Vi visar nyttan av splitMEM genom att analysera nio-stam pangenomet av Bacillus anthracis och upp till 62 stammar av Escherichia coli, avslöjar deras kärn-genom egenskaper. Tillgänglighet och genomförande: Källkod och dokumentation tillgänglig öppen källkod http://splitmem.sourceforge.net.
SplitMEM REF ) är en relaterad algoritm för att skapa en färgad de Bruijn graf från en uppsättning suffix träd som representerar de andra genomen.
SplitMEM: a graphical algorithm for pan-genome analysis with suffix skips
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}