Programvaran LitMiner är ett verktyg för datautvinning i litteratur som underlättar identifieringen av viktiga genregleringsnyckelspelare relaterade till ett användardefinierat intresseområde för PubMed abstracts. Förutsägelsen av genreglerande relationer baseras på co-occurence analys av nyckeltermer inom abstracts. LitMiner förutspår samband mellan nyckeltermer från den biomedicinska domänen i fyra kategorier (gener, kemiska föreningar, sjukdomar och vävnader). På grund av begränsningarna (ingen riktning, okontrollerad automatisk förutsägelse) av co-occurrence tillvägagångssätt, de primära data i LitMiner databasen representerar postulerade grundläggande gen-gen förhållanden. Nyttan av LitMiner-systemet har nyligen visats i en studie som rekonstruerade sjukdomsrelaterade regulatoriska nätverk genom promotormodellering som initierades av en LitMiner genererade primära genlistan. För att övervinna begränsningarna och för att verifiera och förbättra data, utvecklade vi WikiGene, ett Wiki-baserat härdningsverktyg som gör det möjligt för expertanvändare att revidera data över Internet. LitMiner Ordförande
LitMiner REF är ett verktyg för datautvinning i litteratur som hjälper till att identifiera nyckelaktörer i genreglering som är relaterade till en användardefinierad uppsättning nyckeltermer inom PubMed abstracts.
LitMiner and WikiGene: identifying problem-related key players of gene regulation using publication abstracts
{'venue': 'Nucleic Acids Research', 'journal': 'Nucleic Acids Research', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine', 'Computer Science']}