En ny algoritm rapporteras som bygger en anpassning mellan två proteinstrukturer. Algoritmen omfattar en kombinatorisk förlängning (CE) av en inställningsbana definierad av inpassade fragmentpar (AFPs) snarare än de mer konventionella tekniker som använder dynamisk programmering och Monte Carlo optimering. AFP, som namnet antyder, är par fragment, en från varje protein, som ger struktur likhet. AFP bygger på lokal geometri, snarare än globala funktioner som orientering av sekundära strukturer och övergripande topologi. Kombinationer av AFP som representerar möjliga kontinuerliga inställningsvägar förlängs selektivt eller kasseras, vilket leder till en enda optimal inställning. Algoritmen är snabb och korrekt i att hitta en optimal struktur anpassning och därmed lämplig för databassökning och detaljerad analys av stora proteinfamiljer. Metoden har testats och jämförts med resultat från Dali och VAST med hjälp av ett representativt prov av liknande strukturer. Flera nya strukturella likheter som inte upptäcks av dessa andra metoder rapporteras. Specifika en-mot-en-anpassningar och sökningar mot alla strukturer som finns i Protein Data Bank (PDB) kan utföras via webben på http://cl.sdsc.edu/ce.html.
Slutligen utför CE REF en kombinatorisk förlängning av en inställningsbana som definieras av Aligned Fragment Pairs (AFP) istället för dynamisk programmering och Monte Carlo optimering.
Protein structure alignment by incremental combinatorial extension ( CE ) of the optimal path
{'venue': 'Protein engineering', 'journal': 'Protein engineering', 'mag_field_of_study': ['Medicine', 'Biology']}