De mikrober som bebor särskilda miljöer måste kunna utföra molekylära funktioner som ger dem en konkurrensfördel att frodas i dessa miljöer. Eftersom de flesta molekylära funktioner utförs av proteiner och bevaras mellan relaterade proteiner, kan vi förvänta oss att organismer framgångsrika i en given miljö nisch skulle innehålla proteinfamiljer som är specifika för funktioner som är viktiga i den miljön. Till exempel är människans tarm rik på polysackarider från kosten eller utsöndras av värden, och domineras av Bacteroides, vars genom innehåller mycket expanderad repertoar av proteinfamiljer som är involverade i kolhydratmetabolismen. För att identifiera andra proteinfamiljer som är specifika för denna miljö, undersökte vi distributionen av proteinfamiljer i den för närvarande tillgängliga humana tarmgenomiska och metagenomiska data. Med hjälp av en automatiserad procedur identifierade vi en grupp proteinfamiljer som var starkt överrepresenterade i människans tarm. Dessa omfattar inte bara många familjer som beskrivits tidigare utan också intressant nog en stor grupp av tidigare okända proteinfamiljer, vilket tyder på att vi fortfarande har mycket att upptäcka om denna miljö. Identifieringen och analysen av dessa familjer skulle kunna ge oss ny information om en miljö som är kritisk för vår hälsa och vårt välbefinnande.
Till exempel Ellrott et al. REF undersökte distributionen av proteinfamiljer i tillgängliga humangenomiska och metagenomiska data i tarmen.
Expansion of the Protein Repertoire in Newly Explored Environments: Human Gut Microbiome Specific Protein Families
{'venue': 'PLoS Computational Biology', 'journal': 'PLoS Computational Biology', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine', 'Computer Science']}