Motivering: DNA kopiera nummerprofiler karakteriserar regioner av kromosomvinster, förluster och brytpunkter i tumörgenom. Även om många modeller har föreslagits för att upptäcka dessa förändringar, är det inte klart vilken modell som är lämplig före visuell inspektion signal, buller och modeller för en viss profil. Resultat: Vi föreslår SegAnnDB, ett webbaserat datorseendesystem för genomisk segmentering: först, visuellt inspektera profiler och manuellt kommentera ändrade regioner, sedan SegAnnDB bestämmer exakt förändring platser med hjälp av en matematisk modell av data och kommentarer. SegAnnDB underlättar samarbete mellan biologer och bioinformatiker, och använder University of California, Santa Cruz genom webbläsare för att visualisera kopiera nummerändringar tillsammans med kända gener. Tillgänglighet och genomförande: brytpunkterna projektet på INRIA GForge är värd källkoden, en Amazon Machine Image kan lanseras och en demonstration webbplats är http://bioviz.rocq.inria.fr.
Vi föreslog vidare att använda dessa kommenterade regioner i SegAnnDB, en webbplats för övervakad, interaktiv DNA-kopia nummeranalys REF.
SegAnnDB: interactive Web-based genomic segmentation
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}