Ett program för att anpassa flera sekvenser, MAFFT, har utvecklats. Processorn tiden minskas drastiskt jämfört med befintliga metoder. MAFFT innehåller två nya tekniker. i) Homologa regioner identifieras snabbt av den snabba Fouriertransform (FFT), i vilken en aminosyrasekvens omvandlas till en sekvens som består av volym- och polaritetsvärden för varje aminosyrarest. (ii) Vi föreslår en Simpli®ed poängsystem som fungerar bra för att minska CPU-tid och öka noggrannheten av justeringar även för sekvenser med stora ingångar eller förlängningar samt avlägset relaterade sekvenser av liknande längd. Två olika heuristiker, den progressiva metoden (FFT-NS-2) och iterative re®nement method (FFT-NS-i), implementeras i MAFFT. Resultaten för FFT-NS-2 och FFT-NS-i jämfördes med andra metoder genom datorsimuleringar och benchmarkingtester; CPU-tiden för FFT-NS-2 minskas drastiskt jämfört med CLUSTALW med jämförbar noggrannhet. FFT-NS-i är över 100 gånger snabbare än T-COFFEE, när antalet ingångssekvenser överstiger 60, utan att sakri®cing noggrannheten.
MAFFT REF identifierar de homologa regionerna genom en snabb Fourier Transform (FFT) metod.
MAFFT: a novel method for rapid multiple sequence alignment based on fast Fourier transform
{'venue': 'Nucleic acids research', 'journal': 'Nucleic acids research', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}