Den skyddade domändatabasen (CDD) är proteinklassificeringskomponenten i NCBI:s sök- och hämtningssystem Entrez. CDD är kopplat till andra Entrez-databaser som Proteiner, Taxonomi och PubMed 1, och kan nås på http://www.ncbi.nlm.nih. Gov/entrez/query.fcgi?db=cdd. CD-Search, som finns på http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/ cdd/wrpsb.cgi, är ett snabbt interaktivt verktyg för att identifiera skyddade domäner i nya proteinsekvenser. CDSearch resultat för proteinsekvenser i Entrez är pre-komputerade för att ge länkar mellan proteiner och domänmodeller, och beräknings annotation synlig på begäran. Protein-proteinfrågor som lämnas in till NCBI:s BLAST-söktjänst på http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST skannas för förekomst av skyddade domäner som standard. Medan CDD började som i huvudsak en spegel av allmänt tillgängliga domänanpassningssamlingar, såsom SMART, Pfam och COG, har vi fortsatt ett försök att uppdatera, och i vissa fall ersätta dessa modeller med domänhierarkier curerade vid NCBI. Här rapporterar vi om framstegen i kurationsarbetet och därmed sammanhängande förbättringar av funktionen hos systemet för insamling av CDD-information.
NCBI:s databas för skyddade domäner (CDD) tillhandahåller en uppsättning verktyg för att avbilda cd-skivor [2, REF.
CDD: a Conserved Domain Database for protein classification
{'venue': 'Nucleic Acids Research', 'journal': 'Nucleic Acids Research', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine', 'Biology']}