Livsvetenskapens ontologier utvecklas ofta för att uppfylla nya krav eller för att bättre återspegla den nuvarande domänkunskapen. Utveckling och anpassning av stora och komplexa ontologier utförs vanligtvis gemensamt av flera kuratorer. För att effektivt hantera utvecklingen av ontologier är det viktigt att identifiera skillnaden (Diff) mellan ontologiversioner. En sådan Diff stöder synkroniseringen av förändringar i kollaborativ kuration, anpassning av beroende data såsom annoteringar, och ontology versionshantering. Vi föreslår ett nytt tillvägagångssätt COnto-Diff för att bestämma en uttrycklig och invertibel diff evolution kartläggning mellan givna versioner av en ontologi. Vårt tillvägagångssätt matchar först de ontologiska versionerna och bestämmer en första evolutionskartläggning bestående av grundläggande förändringsåtgärder (insert/ update/delete). För att semantiskt berika evolutionskartläggningen använder vi ett regelbaserat tillvägagångssätt för att omvandla de grundläggande förändringsoperationerna till en mindre uppsättning mer komplexa förändringsoperationer, såsom sammanslagning, delning eller förändringar av hela subgrafer. Den föreslagna algoritmen är anpassningsbar på olika sätt för att uppfylla kraven i olika ontologier och tillämpningsscenarier. Vi utvärderar den föreslagna strategin för stora life science ontologies inklusive Gene Ontology och NCI Thesaurus och jämföra den med PromptDiff. Vi visar vidare hur Diff-resultaten kan användas för versionshantering och noteringsmigrering i samarbetscuration.
Hartung och Al. REF har studerat utvecklingen och skillnaden mellan två versioner av samma ontologi.
COnto-Diff: generation of complex evolution mappings for life science ontologies
{'venue': 'Journal of biomedical informatics', 'journal': 'Journal of biomedical informatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}