Det internationella konsortiet för molekylärt utbyte (imex) är ett internationellt samarbete mellan stora leverantörer av offentliga interaktionsdata för att utbyta litteratur-kurationsinsatser och göra en icke-redundant uppsättning proteininteraktioner tillgängliga i ett enda sökgränssnitt på en gemensam webbplats (http://www.imexconsortium.org/). Gemensamma regler för kurering har tagits fram, och ett centralt register används för att hantera valet av artiklar för att mata in datasetet. Vi diskuterar fördelarna med en sådan tjänst för användaren, våra kvalitetskontroller och våra rutiner för datadistribution. Protein-protein-interaktioner är ett nyckelelement i vår förståelse av molekylärbiologi. I motsats till verksamhetsområden som DNA-sekvensering eller strukturanalys av protein är dock den systematiska infångningen av publicerade molekylära interaktionsdata i offentliga arkiv fortfarande i sin linda. Detta beror inte på brist på resurser på detta område. I december 2011 räknade PathGuide-resursen 1 upp mer än 100 protein-protein-interaktion-relaterade databaser. Även om många av dessa databaser fokuserar på förutsägelser om potentiella interaktioner eller på att kartlägga interologer, snarare än experimentellt bestämda interaktioner, omfattningen av verksamheten tyder på gott om resurser. De flesta av dessa resurser finansieras emellertid självständigt och strävar efter att uppnå sina mål isolerat. Som ett resultat, tillgång till alla allmänt tillgängliga molekylära interaktionsdata, även om en viss biologisk eller biomedicinsk ämne, är en utmanande, tidskrävande uppgift som kräver att användaren att fråga flera resurser, var och en med ett annat gränssnitt; dessutom, många resurser använder olika identifierare och ofta innehåller överflödiga data från överlappande uppsättningar av publikationer. Ansträngningar för att ta itu med detta problem började för tio år sedan med utvecklingen av en gemensam filformat för att representera protein-interaktionsdata. Den "minimiinformation om ett molekylärt interaktionsförsök" (MIMIX) riktlinjer hade publicerats då 2, som definierar en lista över den information som ska lämnas när
Orchard m.fl. föreslog International Molecular Exchange (IMEx), som gör det möjligt för deltagarnas proteindatabaser att samla sina litteraturkurser REF.
Protein interaction data curation: the International Molecular Exchange (IMEx) consortium
{'venue': 'Nature Methods', 'journal': 'Nature Methods', 'mag_field_of_study': ['Medicine', 'Biology']}