Ontologier är avsedda att fånga och formalisera ett kunskapsområde. De ontologier som ingår i projektet Open Biological Ontologies (OBO), som omfattar Gene Ontology (GO), är formaliseringar av olika områden av biologisk kunskap. Ontologier inom OBO saknar vanligtvis beräkningsbara definitioner som tjänar till att skilja en term från andra liknande termer. Datorn kan inte bestämma innebörden av en term, som ställer till problem för verktyg som automatiserade resonerare. Förnuftiga människor kan vara till enorm nytta när det gäller att hantera en komplex ontologi. OBO termnamn ofta implicit koda den typ av definitioner som kan användas av beräkningsverktyg, såsom automatiserade resonanser. De definitioner som kodas i namnen är inte lätta att förstå vid beräkning, eftersom namnen är skenbart naturliga språkfraser utformade för mänskliga användare. Dessa namn är mycket vanliga i sin grammatik, och kan därför behandlas som giltiga meningar på något formellt eller beräkningsbart språk. Med en beskrivning av de regler som ligger till grund för detta formella språk, kan termnamn tolkas för att härleda beräkningsbara definitioner, som sedan kan motiveras över. I detta dokument beskrivs ansträngningarna för att klargöra detta språk, som kallas Obol, och försöken att resonera över de resulterande definitionerna. Det nuvarande genomförandet finner unika icke-triviala definitioner för ungefär hälften av termerna i GO, och har använts för att hitta 223 saknade relationer, som sedan har lagts till ontologin. Obol har verktyg som ett ontologi underhållsverktyg, och som ett sätt att generera beräkningsbara definitioner för en hel ontologi. Programvaran finns tillgänglig under en licens med öppen källkod från: http://www.fruitfly. org/.cjm/obol......................................................................................................... Kompletterande material för denna artikel finns på: http://www. interscience.wiley.com/jpages/1531-6912/suppmat.
Mungall et al REF använde regulariteterna i den syntaktiska strukturen för klassnamn i Gene Ontology (GO) för att generera formella definitioner för klasser.
Obol: Integrating Language and Meaning in Bio-Ontologies
{'venue': 'Comparative and Functional Genomics', 'journal': 'Comparative and Functional Genomics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}