Motivering: År 2012, Iqbal et al. införa den färgade de Bruijn grafen, en variant av den klassiska de Bruijn grafen, som syftar till att "detektera och genotypa enkla och komplexa genetiska varianter i en individ eller population". Eftersom de är avsedda att tillämpas på massiva uppgifter på befolkningsnivå är det viktigt att diagrammen representeras på ett effektivt sätt. Tyvärr är aktuella koncisa de Bruijn graf representationer inte direkt tillämpliga på den färgade de Bruijn grafen, som kräver ytterligare information för att kortfattat kodas samt stöd för icke-standard traversala operationer. Resultat: Vår datastruktur minskar dramatiskt mängden minne som krävs för att lagra och använda den färgade de Bruijn-grafen, med en del straff för att köra, vilket gör att den kan tillämpas i mycket större och mer ambitiösa sekvensprojekt än vad som tidigare varit möjligt. Tillgänglighet och genomförande: https://github.com/cosmo-team/cosmo/tree/VARI
Slutligen är Vari REF och Rainbowfish [1] båda minneseffektiva datastrukturer för lagring av den färgade de Bruijn-grafen.
Succinct colored de Bruijn graphs
{'venue': None, 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}