Bakgrund: Booleska modeller används alltmer för att studera biologiska signalnätverk. I ett booleskt nätverk, noder representerar biologiska enheter såsom gener, proteiner eller proteinkomplex, och kanter indikerar aktivera eller hämma påverkan av en nod mot en annan. Beroende på inmatningen av aktivatorer eller inhibitorer kategoriserar Booleska nätverk noder som antingen aktiva eller inaktiva. Formalismen är tilltalande eftersom vi för många biologiska relationer saknar kvantitativ information om bindningskonstanter eller kinetiska parametrar och endast kan förlita sig på en kvalitativ beskrivning av typen "A aktiverar (eller hämmar) B". Ett centralt mål för Booleska nätverksanalyser är bestämning av attraherare (stadiga tillstånd och/eller cykler). Detta problem är känt för att vara computationally komplexa, dess viktigaste parameter är antalet nätverksnoder. Olika algoritmer tacklar den med stor framgång. I detta dokument presenterar vi en algoritm, som utökar storleken på analyzable nätverk tack vare enkla och intuitiva argument. Resultat: Vi presenterar lnet, ett programvarupaket som, i fullt asynkront uppdateringsläge och utan någon nätverksreducering, detekterar de fasta tillstånden i Booleska nätverk med upp till 150 noder och en stor del av alla nuvarande cykler för nätverk med upp till hälften av ovanstående antal noder. Algoritmen går igenom en fullständig uppräkning av tillstånden för lämpligt valda subrymder i hela nätverksstatsutrymmet. Storleken på dessa relevanta subrymder är liten jämfört med hela nätverksstatsutrymmet, vilket gör det möjligt att analysera stora nätverk. De subrymder som skannas för analys av cykler är större, vilket minskar storleken på tillgängliga nätverk. Viktigt, inneboende i cykel detektion är ett klassificeringssystem som bygger på antalet icke-frysta noder i cykeln medlemsstater, med cykler som kännetecknas av färre icke-frysta noder är lättare att upptäcka. Det hävdas vidare att dessa påvisbara cykler också är de biologiskt viktigare. Dessutom ger lnet också standard Booleska analysfunktioner såsom nod slinga upptäckt. Slutsatser: lnet är ett programvarupaket som underlättar analysen av stora Booleska nätverk. Dess intuitiva tillvägagångssätt hjälper till att bättre förstå nätverket i fråga.
För det asynkrona uppdateringsläget föreslogs ett tillvägagångssätt baserat på en uttömmande uppräkning av subrymder för ett nätverksutrymme som implementerats i programpaketet INET REF.
Detection of attractors of large Boolean networks via exhaustive enumeration of appropriate subspaces of the state space
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}