Abstrakt. I detta dokument fokuserar vi på att hitta komplexa notationsmönster som representerar nya och intressanta hypoteser från genannoteringsdata. Vi definierar en generalisering av det tätaste subgraf problemet genom att lägga till en ytterligare avståndsbegränsning (definierad genom en separat metrisk) till noderna i subgrafen. Vi visar att även om denna generalisering gör problemet NP-hård för godtyckliga mått, när metriska kommer från avståndet metrisk av ett träd, eller en intervallkurva, problemet kan lösas optimalt i polynom tid. Vi visar också att det tätaste subgraf problemet med en specificerad delmängd av hörn som måste ingå i lösningen kan lösas optimalt i polynom tid. Dessutom överväger vi andra förlängningar när inte bara en lösning måste hittas, men vi vill räkna upp alla delgrafer av nästan maximal densitet också. Vi tillämpar denna metod på en datauppsättning av gener och deras annoteringar som erhållits från The Arabidopsis Information Resource (TAIR). En användarutvärdering bekräftar att de mönster som finns i den avståndsbegränsade tätaste subgrafen för en datauppsättning av fotomorfogenesgener verkligen valideras i litteraturen; en kontrolldatauppsättning validerar att dessa inte är slumpmässiga mönster. Intressant nog kan de komplexa notationsmönstren leda till nya och ännu okända hypoteser. Vi utför experiment för att bestämma egenskaperna hos de täta subgraferna, eftersom vi varierar parametrar, inklusive antalet gener och avståndet.
Saha m.fl. REF definierade de tätaste subgrafproblemen med en distansbegränsning eller en specifik delmängdsbegränsning, och tillhandahöll algoritmer för dessa delproblem.
Dense Subgraphs with Restrictions and Applications to Gene Annotation Graphs
{'venue': 'RECOMB', 'journal': None, 'mag_field_of_study': ['Computer Science']}