För 238 mutationer av rester helt eller delvis begravda i proteinkärnan, uppskattar vi de vikningsfria energiförändringarna vid mutation med hjälp av databasbaserade potentialer och korrelerar dem med de experimentellt uppmätta. Flera potentialer testas, som representerar olika typer av interaktioner. Lokala interaktioner längs kedjan beskrivs med torsion potentialer, baserat på benägenheter av aminosyror för att associeras med ryggrad torsion vinkel domäner. Icke-lokala interaktioner längs sekvensen representeras av avståndspotentialer, som härrör från benägenheter av aminosyrapar eller trioler att vara på ett givet rumsligt avstånd. Vi ®nd att för uppsättningen helt begravda rester, den bäst presterande potentialen är en kombination av en avståndspotential och en torsion potential viktad med en faktor på 0,4; det ger en korrelation coef®cient mellan beräknade och uppmätta förändringar i vikfri energi på 0,80. För mutationer av delvis begravda rester är den bästa potentialen en kombination av en torsionspotential och en avståndspotential som viktas med en faktor på 0,7, och för de tidigare analyserade mutationerna av lösningsmedelstillgängliga rester är det en torsionspotential som tas individuellt; respektive korrelationscoef®cients når 0,82 och 0,87. Dessa resultat visar att avståndspotentialer, dominerade av hydrofobiska interaktioner, bäst representerar de viktigaste interaktioner stabilisera proteinkärnan, medan torsion potentialer, som beskriver lokala interaktioner längs kedjan, representerar bäst interaktioner på proteinytan. Den förutsägelse noggrannhet som uppnås genom avståndspotentialerna är dock lägre än den för torsionspotentialerna. En möjlig orsak till detta är att avståndspotentialer inte korrekt skulle beskriva effekten på proteinstabilitet på grund av hålrumsbildning vid mutera en stor till en liten aminosyra. Sist men inte minst visar våra resultat att även om lokala interaktioner, som är ansvariga för sekundär strukturbildning, inte dominerar i proteinkärnan, är de inte försumbara för allt detta. De har en signi®cant vikt i den känsliga balansen mellan alla interaktioner som garanterar proteinstabilitet. # 1997 Academic Press Limited
Gilis m.fl. REF, uppskattade de hopfällbara fria energiförändringar vid mutationer med hjälp av databas-härledda potentialer.
Predicting protein stability changes upon mutation using database-derived potentials: solvent accessibility determines the importance of local versus non-local interactions along the sequence
{'venue': 'Journal of molecular biology', 'journal': 'Journal of molecular biology', 'mag_field_of_study': ['Chemistry', 'Medicine']}