Bakgrund: Nästa generations sekvenseringstekniker har decentraliserat sekvensförvärv, vilket ökar efterfrågan på nya bioinformatiska verktyg som är lätta att använda, portabla över flera plattformar och skalbara för applikationer med hög genomströmning. Cloud computing plattformar ger on-demand tillgång till datorinfrastruktur över Internet och kan användas i kombination med anpassade byggda virtuella maskiner för att distribuera färdigförpackade med förkonfigurerad programvara. Resultat: Vi beskriver Cloud Virtual Resource, CloVR, ett nytt skrivbordsprogram för automatisk sekvensanalys med tryckknapp som kan använda molndataresurser. CloVR implementeras som en enda bärbar virtuell maskin (VM) som tillhandahåller flera automatiserade analysrörledningar för mikrobiell genomik, inklusive 16S, helgenom och metagenomsekvensanalys. CloVR VM körs på en persondator, använder lokala datorresurser och kräver minimal installation för att hantera viktiga utmaningar vid driftsättning av arbetsflöden för bioinformatik. Dessutom stöder CloVR användning av fjärrmolndataresurser för att förbättra prestandan för storskalig sekvensbehandling. I en fallstudie demonstrerar vi användningen av CloVR för att automatiskt bearbeta nästa generations sekvenseringsdata på flera molnbaserade datorplattformar.
Till exempel är Cloud Virtual Service (CloVR) REF ett skrivbordsprogram för automatiserad sekvensanalys med hjälp av molndataresurser.
CloVR: A virtual machine for automated and portable sequence analysis from the desktop using cloud computing
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}