ABSTRACT Med allt mer vetenskaplig litteratur publicerad online har en effektiv hantering och återanvändning av denna kunskap blivit problematisk. Behandling av naturligt språk (NLP) kan vara en möjlig lösning genom att extrahera, strukturera och organisera biomedicinsk information i online-litteratur i rätt tid. En viktig uppgift är att känna igen och identifiera genomiska enheter i text. 'Rekognition' kan åstadkommas med hjälp av mönstermatchning och maskininlärning. Men för "identifiering" är dessa tekniker inte tillräckliga. För att identifiera genomiska enheter behöver NLP en omfattande resurs som specificerar och klassificerar genomiska enheter som de förekommer i text och som associerar dem med normaliserade termer och även unika identifierare så att de extraherade enheterna är väl definierade. Online organism databaser är en utmärkt resurs för att skapa en sådan lexikal resurs. Emellertid är gennamn tvetydighet ett allvarligt problem, eftersom det påverkar den lämpliga identifieringen av genen entiteter. I detta dokument undersöker vi problemets omfattning och föreslår sätt att ta itu med det. Resultat: Vi fick geninformation från 21 organismer och kvantifierade namngivande tvetydigheter inom arter, över arter, med engelska ord och medicinska termer. När fallet (av bokstäver) behölls, visade officiella symboler försumbar inom arten tvetydighet (0,02%) och blygsamma tvetydigheter med allmänna engelska ord (0,57%) och medicinska termer (1,01%). Däremot var tvetydigheten mellan olika arter hög (14,20 %). Inbegripandet av gensynonymer ökade inomartens tvetydighet avsevärt och fullständiga namn bidrog i hög grad till gen-medicinsk-term tvetydighet. En omfattande lexisk resurs som täcker geninformation för de 21 organismerna skapades sedan och användes för att identifiera gennamn genom att använda ett enkelt strängmatchningsprogram för att bearbeta 45 000 abstracts associerade med musmodellen organism samtidigt ignorera fall och gennamn som också var engelska ord. Vi fann att 85,1% av korrekt återvunna musgener var tvetydiga med andra gennamn. När gen * Till vem korrespondens bör riktas. namn som också var engelska ord inkluderades, 233% ytterligare "gen" fall återfanns, varav de flesta var falska positiva. Vi fann också att författare föredrar att använda synonymer (74,7 %) till officiella symboler (17,7 %) eller fullständiga namn (7,6%) i sina publikationer. Kontaktuppgifter:
Eukaryotisk gennamn tvetydighet analyserades i termer av intra-art tvetydighet, tvetydighet med allmänna engelska och medicinska termer och över arter av Chen et al. Hoppa över det.
Gene name ambiguity of eukaryotic nomenclatures
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}