Gastric cancer är en ledande orsak till global cancerdödlighet, men jämförelsevis lite är känt om de cellulära vägar som reglerar olika aspekter av magcancer fenotyp. För att uppnå en bättre förståelse av magcancer på nivåer av systemtopologi, funktionella moduler och ingående gener, samlade och systematiskt analyserade vi en konsensus gen coexpression meta-nätverk av magcancer som innehåller > 300 vävnadsprover från fyra oberoende patientpopulationer ("gastrome"). Vi finner att gastronomin uppvisar en hierarkisk skala-fri arkitektur, med en intern struktur bestående av flera djupt inbäddade moduler associerade med olika cellulära funktioner. Individuella moduler visar distinkta subtopologier, med vissa (cellulär proliferation) integreras i det primära nätverket, och andra (ribosomal biosyntes) är relativt isolerade. En modul i samband med tarmdifferentiering uppvisade en anmärkningsvärt hög grad av autonomi, vilket ökar möjligheten att dess specifika topologiska egenskaper kan bidra till den frekventa förekomsten av tarmmetaplasi i magsäckscancer. På enkelgennivå upptäckte vi en ny bevarad interaktion mellan PLA2G2A prognostic markör och EphB2-receptorn, och använde vävnadsmikroarrayer för att validera PLA2G2A/EphB2-bindningen. Slutligen, eftersom EphB2 är ett känt mål för Wnt-signalbanan, testade vi och ger bevis för att Wnt-vägen också kan reglera PLA2G2A på liknande sätt. Många av dessa fynd kunde inte urskiljas genom att studera de enskilda patientpopulationerna isolerat. Förutom att öka vår kunskap om magcancer visar våra resultat den breda nyttan av att tillämpa metaanalytiska metoder på genomomfattande data för biologisk upptäckt. (Cancer Res 2006; 66(1): 232-41)
Till exempel Aggarwal et al. REF tillämpade en konsensus gen co-expression meta-nätverk av magcancer, den näst vanligaste orsaken till cancerrelaterade dödsfall i världen.
Topological and Functional Discovery in a Gene Coexpression Meta-Network of Gastric Cancer
{'venue': 'Cancer research', 'journal': 'Cancer research', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}