Vi introducerar en ny sekvensliknande kärna, spektrumkärnan, för användning med stödvektormaskiner (SVMs) i ett diskriminerande förhållningssätt till proteinklassificeringsproblemet. Vår kärna är konceptuellt enkel och effektiv att beräkna och fungerar i experiment på SCOP-databasen bra i jämförelse med toppmoderna metoder för homologidetektering. Dessutom producerar vår metod en SVM-klassificering som möjliggör linjär tidsklassificering av testsekvenser. Våra experiment ger belägg för att strängbaserade kärnor, tillsammans med SVMs, kan erbjuda ett livskraftigt och beräkningseffektivt alternativ till andra metoder för proteinklassificering och homologidetektion.
I praktiken fungerar spektrumkärnan ganska bra REF.
The Spectrum Kernel: A String Kernel for SVM Protein Classification
{'venue': 'Pacific Symposium on Biocomputing', 'journal': None, 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine', 'Mathematics']}