Bakgrund: Signalöverföringsvägar är oftast modellerade med klassiska kvantitativa metoder, som är baserade på vanliga differentialekvationer (ODS). Vissa svårigheter ingår dock i detta tillvägagångssätt. Å ena sidan är de kinetiska parametrarna ofta okända och måste uppskattas. Med ökande storlek och komplexitet på signalöverföringsvägar är det inte möjligt att uppskatta saknade kinetiska data. Å andra sidan stöder ODE-baserade modeller inte några tydliga insikter i möjliga (signal-)flöden inom nätverket. Dessutom finns en enorm mängd kvalitativa data tillgängliga på grund av teknik med hög genomströmning. För att få information om systembeteendet har kvalitativa analystekniker utvecklats. Tillämpningar av de kända kvalitativa analysmetoderna gäller huvudsakligen metaboliska nätverk. Petri nettoteori ger en mängd olika etablerade analysmetoder, som också är tillämpliga på signaltransduktion modeller. I detta sammanhang måste särskilda egenskaper beaktas och nya särskilda tekniker måste utformas.
Sackmann m.fl. REF tillhandahåller en metod för systematisk modellering av signalöverföringsvägar i termer av Petri nettokomponenter.
Application of Petri net based analysis techniques to signal transduction pathways
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}