Tillkomsten av nästa generation sekvensering tekniker åtföljs av utvecklingen av många hela-genom sekvens monteringsmetoder och programvara, särskilt för de novo fragment montering. På grund av den dåliga kunskapen om tillämpligheten och prestandan hos dessa programvaruverktyg, blir det en svår uppgift att välja en passande monteringsmaskin. Här ger vi information om anpassningsförmåga för varje program, sedan framför allt, jämföra prestanda åtta olika verktyg mot åtta grupper av simulerade datauppsättningar från Solexa sekvenseringsplattform. Med tanke på beräkningstiden, maximal slumpmässig åtkomstminne (RAM) beläggning, monteringsnoggrannhet och integritet, visar vår studie att strängbaserade montörer, overlap-layout-consensus (OLC) montörer är väl lämpade för mycket korta avläsningar och längre läsningar av små genom respektive. För stora datauppsättningar på mer än hundra miljoner korta avläsningar skulle De Bruijn grafbaserade monteringsföretag vara lämpligare. När det gäller programimplementering är strängbaserade montörer överlägsna grafbaserade, varav SOAPdenovo är komplext för att skapa konfigurationsfil. Vår jämförelsestudie kommer att hjälpa forskare att välja en väl lämpad monteringsarbetare och erbjuda viktig information för förbättring av befintliga monteringsarbetare eller utveckling av nya monteringsarbetare.
Detta beslut träder i kraft dagen efter det att det har offentliggjorts i Europeiska unionens officiella tidning. REF som jämförde prestandan hos åtta olika verktyg (dvs. SSAKA, VCAKE, QSRA, SHARCGS, Edena, Velvet, SOAPdenovo och Taipan) mot åtta grupper av simulerade datauppsättningar.
A Practical Comparison of De Novo Genome Assembly Software Tools for Next-Generation Sequencing Technologies
{'venue': 'PLoS ONE', 'journal': 'PLoS ONE', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}