Bakgrund: För närvarande finns det en klyfta mellan rent teoretiska studier av topologin hos stora bioreglerande nätverk och experimentisternas praktiska traditioner och intressen. Medan de teoretiska tillvägagångssätten betonar den globala karakteriseringen av regleringssystem, fokuserar de praktiska tillvägagångssätten på rollen av distinkta molekyler och gener i reglering. För att överbrygga klyftan mellan dessa motsatta metoder måste man kombinera "generella" med "särskilda" egenskaper och översätta abstrakta topologiska egenskaper hos stora system till testerbara funktionella egenskaper hos enskilda komponenter. Här föreslår vi en ny topologisk parameter - det parvisa frånkopplingsindexet för ett näts element - som kan överbrygga detta. Det parvisa frånkopplingsindexet kvantifierar hur viktigt ett enskilt element är för att upprätthålla kommunikationsförmågan mellan anslutna par av hörn i ett nätverk som visas som en riktad graf. Ett sådant element kan vara en vertex (dvs molekyler, gener), en kant (dvs. reaktioner, interaktioner), liksom en grupp hörn och / eller kanter. Indexet kan ses som ett mått på topologisk redundans av reglerande vägar som förbinder olika delar av ett visst nät och som ett mått på känslighet (robustness) för varje enskilt elements närvaro (frånvaro). Följaktligen introducerar vi begreppet en väg-grad av en vertex i termer av dess motsvarande inkommande, utgående och medierade vägar, respektive. Det parvisa frånkopplingsindexet har tillämpats på analysen av flera regulatoriska nätverk från olika organismer. Betydelsen av en enskild vertex eller kant för nätets enhetlighet bestäms av den särskilda positionen för det givna elementet i hela nätet. Vårt tillvägagångssätt gör det möjligt att utvärdera effekten av att ta bort varje element (dvs. vertex, kant, eller deras kombinationer) från ett nätverk. Det största potentiella värdet av detta tillvägagångssätt är dess förmåga att systematiskt analysera varje elements roll, såväl som grupper av element, i ett regulatoriskt nätverk.
Popatov m.fl. I REF infördes det parvisa frånkopplingsindexet som en ny åtgärd för att kvantifiera betydelsen av noder/kanter i regulatoriska nät.
The pairwise disconnectivity index as a new metric for the topological analysis of regulatory networks
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}