Tillämpningen av samtidiga beräkningar på formaliseringen av biologiska system utgör ett lovande sätt att analysera biologiska fenomen i silico. Gillespie-algoritmen är en av huvudmodellerna som utnyttjas för deras stokastiska simulering. Medan den ursprungliga algoritmen endast överväger en fast volym fack, simulering av biologiska system ofta kräver multi-compartment semantik. I detta papper presenterar vi en förbättrad formulering av en utökad version av algoritmen som hanterar flera fack med varierande volymer. Den presenterade algoritmen används som grund för genomförandet av en förlängning av den stokastiska π-Calculus, kallad Sπ@, vilket möjliggör en intuitiv och koncis formalisering av sådana system. Algoritmen är också effektiv i närvaro av ett stort antal fack och reaktioner, därför Sπ@ utgör utgångspunkten för utvecklingen av ett effektivt verktyg för simulering av biologiska system med dynamisk struktur även i närvaro av beräkning dyrt fenomen som diffusion.
I synnerhet nämner vi Sπ@ calculus REF, en utvidgning av de stokastiska π-kalculus där avdelningar uttryckligen läggs till syntaxen.
Efficient Stochastic Simulation of Biological Systems with Multiple Variable Volumes
{'venue': 'Electron. Notes Theor. Comput. Sci.', 'journal': 'Electron. Notes Theor. Comput. Sci.', 'mag_field_of_study': ['Computer Science']}