Bakgrund: Antigen presenterar celler (APC) prov extra cellutrymme och närvarande peptider härifrån till T hjälparceller, som kan aktiveras om peptiderna är av utländskt ursprung. peptiderna presenteras på cellernas yta i komplex med viktiga histokompatibilitetsmolekyler av klass II (MHC II). Identifiering av peptider som binder MHC II molekyler är således ett viktigt steg i rationell vaccindesign och utveckla metoder för exakt förutsägelse av peptiden:MHC växelverkan spelar en central roll i epitope upptäckt. MHC klass II-bindningsspåret är öppet i båda ändarna vilket gör en korrekt justering av en peptid i bindningsspåret till en avgörande del för att identifiera kärnan i ett MHC klass II-bindningsmotiv. Här presenterar vi en ny stabiliseringsmatris anpassningsmetod, SMM-align, som möjliggör direkt förutsägelse av peptid:MHC bindningsaffiniteter. Metodens prediktiva prestanda valideras på en stor uppsättning referensdata för MHC klass II som omfattar 14 HLA-DR (human MHC) och tre H2-IA-alleler för mus.
Nyligen, Nielsen m.fl. REF presenterade en MHC-II-benchmarkingdatauppsättning för regressionsarbete: varje peptid är märkt med ett verkligt värde som anger peptidens bindningsaffinitet.
Prediction of MHC class II binding affinity using SMM-align, a novel stabilization matrix alignment method
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine', 'Computer Science']}