Bakgrund: Strukturella genomiska metoder, särskilt de som löser 3D-strukturerna hos många proteiner med okända funktioner, har ökat önskan om strukturbaserade funktionsprognoser. Men förutsägelse av enzymfunktion är svårt eftersom en medlem av en superfamilj kan katalysera en annan reaktion än andra medlemmar, medan medlemmar av olika superfamiljer kan katalysera samma reaktion. Dessutom kan konformationsförändringar, mutationer eller frånvaron av en viss katalytisk rest förhindra slutsatsen av den mekanism genom vilken katalytiska rester stabiliseras och främja den elementära reaktionen. Ett stort hinder för anpassningsbaserade metoder för förutsägelse av funktion är frånvaron (trots dess betydelse) av ett mått på likheten mellan de fysikalisk-kemiska egenskaperna hos katalytiska anläggningar. För att lösa detta problem, de fysikalisk-kemiska egenskaper radiellt fördelade runt katalytiska platser bör övervägas utöver strukturella och sekvens likheter. Resultat: Vi visade att radialfördelningsfunktioner (RDF), som är förknippade med de lokala strukturella och fysikaliskkemiska egenskaperna hos katalytiska aktiva platser, kan klumpa ihop oxidereductaser och transferaser efter funktion. De katalytiska platserna av dessa enzymer karakteriserades också med hjälp av RDFs. RDF gav ett mått på likheten mellan de katalytiska platserna och påvisade konformationsförändringar orsakade av mutation av katalytiska restprodukter. Dessutom har roterugnarna förstärkt klassificeringen av enzymfunktioner baserat på konventionella sekvens- och strukturanpassningar. Våra resultat visar att tillämpningen av roterugnar ger fördelar i den funktionella klassificeringen av enzymer genom att tillhandahålla information om katalytiska platser.
Ett mått på likhet härleddes också i ett nyligen utfört arbete REF från radialfördelningsfunktioner (RDF) av fysikalisk-kemiska egenskaper hos katalytiska platser, information som sedan användes för att klusterenzymer efter funktion.
Exploring functionally related enzymes using radially distributed properties of active sites around the reacting points of bound ligands
{'venue': 'BMC Structural Biology', 'journal': 'BMC Structural Biology', 'mag_field_of_study': ['Chemistry', 'Medicine']}