Bakgrund: Computational bioinformatics arbetsflöden används i stor utsträckning för att analysera genomics data, med olika metoder tillgängliga för att stödja implementering och utförande av dessa arbetsflöden. Reproducerbarhet är en av grundprinciperna för alla vetenskapliga arbetsflöden och är fortfarande en utmaning som inte behandlas fullt ut. Detta beror på ofullständig förståelse av reproducerbarhetskrav och antaganden om arbetsflödesdefinitionsmetoder. Provenance information bör spåras och användas för att fånga alla dessa krav som stöder återanvändning av befintliga arbetsflöden. Resultat: Vi har implementerat ett komplext men brett distribuerat arbetsflöde för bioinformatik med hjälp av tre representativa metoder för arbetsflödesdefinition och utförande. Genom implementationen identifierade vi implicita antaganden i dessa strategier som i slutändan ger otillräcklig dokumentation av arbetsflödeskrav vilket resulterar i ett misslyckat utförande av arbetsflödet. I denna studie föreslås en rad rekommendationer som syftar till att mildra dessa antaganden och vägleder forskarsamhället att uppnå reproducerbar vetenskap och därmed ta itu med reproducerbarhetskris. Slutsatser: För att återskapa, anpassa eller till och med upprepa ett arbetsflöde för bioinformatik i alla miljöer krävs omfattande teknisk kunskap om arbetsflödets utförandemiljö, lösning av analysantaganden och rigorös överensstämmelse med reproducerbarhetskraven. Mot dessa mål föreslår vi slutgiltiga rekommendationer som tillsammans med en explicit deklaration av arbetsflödesspecifikation skulle resultera i ökad reproducerbarhet av beräkningsgenomiska analyser.
I samband med arbetsflödenas reproducerbarhet betonar REF vikten av att ha tillräcklig härkomstinformation för att stödja förståelsen av databehandling och säkerställa enhetligheten i arbetsflödets resultat.
Investigating reproducibility and tracking provenance – A genomic workflow case study
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}