Vänster: Huvudvyn av NeuroBlocks, som består av en skalbar "pixelbaserad" visualisering av nuvarande segmenteringstillstånd på toppen, och en tidslinje för att utforska projektets utveckling längst ner. Överst till höger: Detaljerad vy av en segmentering uppgift som tilldelats en användare, visar senaste ändringar och miniatyrbilder av motsvarande verktyg tillstånd. Nederst till höger: Länkad petascale volymåtergivning av underliggande mikroskopidata och det valda segmenterade objektet. Abstract-In området för connectomics, neuroscientists förvärva elektronmikroskopi volymer vid nanometer upplösning för att rekonstruera en detaljerad ledningsschema av neurons i hjärnan. De resulterande bildvolymerna, som ofta är hundratals terabyte i storlek, måste segmenteras för att identifiera cellgränser, synapser och viktiga cellorganeller. Men segmenteringsprocessen för en enda volym är mycket komplex, tidskrävande, och vanligtvis utförs med hjälp av en mängd olika verktyg och många användare. För att ta itu med de tillhörande utmaningarna presenterar detta dokument NeuroBlocks, som är ett nytt visualiseringssystem för att spåra tillstånd, framsteg och utveckling av mycket stora volymetriska segmenteringsdata inom neurovetenskap. NeuroBlocks är en webbaserad applikation med flera användare som sömlöst integrerar de olika verktyg som neuroforskare för närvarande använder för manuell och halvautomatisk segmentering, korrekturläsning, visualisering och analys. NeuroBlocks är det första systemet som integrerar denna heterogena uppsättning verktyg, ger avgörande stöd för förvaltning, härkomst, ansvarsskyldighet, och revision av storskaliga segmenteringar. Vi beskriver designen av NeuroBlocks, med början i en analys av de domänspecifika uppgifterna, deras inneboende utmaningar, och vår efterföljande uppgift abstraktion och visuell representation. Vi demonstrerar nyttan av vår design baserad på två fallstudier som fokuserar på olika användarroller och deras respektive krav för att utföra och följa utvecklingen av segmentering och korrekturläsning i ett stort projekt i realtid.
Mer nyligen föreslog Neuroblocks Ref ett online-system för att följa utvecklingen och utvecklingen av ett storskaligt segmenteringsprojekt.
NeuroBlocks – Visual Tracking of Segmentation and Proofreading for Large Connectomics Projects
{'venue': 'IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics', 'journal': 'IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}