Bakgrund: De flesta cellulära signalöverföringsmekanismer är beroende av några molekylära partners vars roller beror på deras position och rörelse i förhållande till ingångssignalen. Denna rörelse kan följa olika regler och äga rum i olika avdelningar. Dessutom kan molekylerna bilda övergående komplex. Komplexitet och signalöverföring är beroende av de specifika stater partner och komplex antar. Flera rumsliga simulatorer har utvecklats hittills, men ingen kan modellera reaktionsdiffusion av realistiska multi-state transienta komplex. Resultat: Meredys möjliggör simulering av molekylarter med flera komponenter i två och tre dimensioner. Flera fack kan definieras med olika diffusions- och gränsegenskaper. Programvaran använder en Brownsk dynamisk motor för att simulera reaktionsdiffusionssystem på reaktiv partikelnivå, baserat på fackegenskaper, komplex struktur och hydrodynamisk radi. Zerot-, första- och andra ordningen reaktioner stöds. De molekylära komplexen har realistiska geometrier. Reaktiva arter kan innehålla användardefinierade funktionstillstånd som kan ändra reaktionsfrekvens och utfall. Modeller definieras i en mångsidig NeuroML indatafil. Simuleringsvolymen kan delas i delvolymer för att påskynda körtiden. Slutsatser: Meredys är ett kraftfullt och mångsidigt sätt att köra noggranna simuleringar av molekylära och subcellulära system, som kompletterar befintliga simuleringssystem för flera agenser. Meredys är en fri programvara och källkoden finns på http://meredys.sourceforge.net/.
Det viktigaste inslaget i Meredys är dock att molekyler och molekylära komplex kan ha realistiska former i två och tre dimensioner REF.
Meredys, a multi-compartment reaction-diffusion simulator using multistate realistic molecular complexes
{'venue': 'BMC Systems Biology', 'journal': 'BMC Systems Biology', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}