Abstract Computational support är nödvändig för att resonera om dynamiken i biologiska system. Vi har utvecklat mjukvaruverktyget ANIMO (Analys av nätverk med interaktiv MOdeling) för att ge sådan beräkningsstöd och ge insikt i de komplexa nätverk av signalerande händelser som sker i levande celler. ANIMO använder tidsinställd automata som en underliggande modell, vilket möjliggör analystekniker från datavetenskap som modellkontroll. Biologiexperter kan använda ANIMO via ett användargränssnitt som är särskilt anpassat för biologiska tillämpningar. I detta dokument jämför vi användningen av ANIMO med vissa etablerade formalismer i två fallstudier. Resultat: Animo är ett kraftfullt och användarvänligt verktyg som kan konkurrera med befintliga kontinuerliga och diskreta paradigm. Vi visar detta genom att presentera ANIMO-modeller för två fallstudier: Drosophila melanogaster circadian klocka, och signaltransduktion händelser nedströms TNFα och EGF i HT-29 humana kolonkarcinomceller. Modellerna utvecklades ursprungligen med ODE respektive luddig logik. Slutsatser: Två biologiska fallstudier som har modellerats med respektive ODE- och luddiga logiska modeller kan enkelt modelleras med hjälp av ANIMO. Animo-modellerna kräver mindre parametrar än ozonnedbrytande ämnen och är mer exakta än suddig logik. Därför placerar vi modelleringsparadigmet för ANIMO mellan ODE och luddig logik.
Verktyget ANIMO (Analys av nätverk med interaktiv MOdeling) REF har införts för att analysera komplexa biologiska processer i levande celler.
Modelling with ANIMO: between fuzzy logic and differential equations
{'venue': 'BMC Systems Biology', 'journal': 'BMC Systems Biology', 'mag_field_of_study': ['Medicine', 'Computer Science']}