Forskning inom bioinformatik innefattar främst insamling och analys av en stor mängd genomiska data. Naturligtvis kräver den effektiv lagring och överföring av denna enorma mängd data. Under de senaste åren har viss forskning gjorts för att hitta effektiva komprimeringsalgoritmer för att minska storleken på olika sekvenseringsdata. Ett sätt att förbättra överföringstiden för stora filer är att tillämpa en maximal förlustfri komprimering på dem. I det här dokumentet presenterar vi SAMZIP, ett specialiserat kodningssystem, för sekvensjusteringsdata i SAM-format (Sekvensanpassning/Karta), vilket förbättrar kompressionsförhållandet för befintliga komprimeringsverktyg som finns tillgängliga. För att uppnå detta utnyttjar vi förkunskaperna om filformatet och specifikationerna. Våra experimentella resultat visar att vårt kodningssystem förbättrar kompressionsförhållandet och därmed minskar den totala överföringstiden avsevärt.
I REF presenteras ett kodningssystem för sekvensanpassningsdata i SAM-format (Sekvensanpassning/Karta).
Improving Transmission Efficiency of Large Sequence Alignment/Map (SAM) Files
{'venue': 'PLoS ONE', 'journal': 'PLoS ONE', 'mag_field_of_study': ['Medicine', 'Physics']}