Målinriktad biomedicinsk forskning bygger i allt högre grad på integrering av information från flera heterogena datakällor. Trots att strukturella och terminologiska aspekter av driftskompatibiliteten är beroende av varandra och bygger på en gemensam uppsättning krav, tar de nuvarande insatserna vanligtvis itu med dem isolerat. Vi föreslår en enhetlig ontologibaserad kunskapsram för att underlätta interoperabilitet mellan heterogena källor och undersöka om det är en genomförbar metod att använda LexEVS terminologiserver. Material och metoder Vi utvecklade ett ramverk baserat på en ontologi, den allmänna informationsmodellen (GIM), för att förena strukturella modeller och terminologier, tillsammans med relevanta kartuppsättningar. Detta gav en enhetlig tillgång till dessa resurser inom LexEVS för att underlätta interoperabilitet mellan olika komponenter och datakällor från genomförandet av arkitekturer. Resultat Vårt enhetliga ramverk har testats inom ramen för EU:s ramprogram 7 TRANSForm-projekt, där det användes för att uppnå dataintegration i en retrospektiv diabeteskohortstudie. GIM var framgångsrikt omedelbar i TRANSFoRm som den kliniska dataintegration modellen, och nödvändiga kartläggningar skapades för att stödja effektiv informationssökning för programvaruverktyg i projektet. Slutsatser Vi presenterar en ny, enhetlig strategi för att ta itu med interoperabilitetsutmaningar i heterogena datakällor, genom att representera strukturella och semantiska modeller inom en ram. System som använder denna arkitektur kan enbart förlita sig på den GIM som abstrakterar över både struktur och kodning. Informationsmodeller, terminologier och kartläggningar lagras alla i LexEVS och kan nås på ett enhetligt sätt (implementing the HL7 CTS2 service functional model). Systemet är flexibelt och bör minska de insatser som krävs från datakällornas personal för att genomföra och hantera integrationen.
Query Workbench Tool använder Clinical Data Integration Model (CDIM) REF som en mellanliggande standard ontology, så att den kan stödja frågor över flera heterogena datakällor.
A unified structural/terminological interoperability framework based on LexEVS: application to TRANSFoRm
{'venue': 'Journal of the American Medical Informatics Association : JAMIA', 'journal': 'Journal of the American Medical Informatics Association : JAMIA', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}