Vi presenterar en beräkningsbaserad styrningsmetod för att kontrollera, analysera och visualisera mycket storskaliga molekylära dynamikssimuleringar som involverar tiotals till hundratals miljoner atomer. Vår strategi bygger på extensible skriptspråk och ett lättanvänd verktyg för att bygga tillägg och moduler. Systemet är lätt att ändra, fungerar med befintlig C-kod, är minneseffektiv, och kan användas från billiga arbetsstationer över vanliga Internet-anslutningar. Vi visar hur vi har kunnat utforska data från produktions-MD-simuleringar med så många som 104 miljoner atomer som körs på CM-5 och Cray T3D. Vi visar också hur detta tillvägagångssätt kan användas för att integrera vanliga skriptspråk (inklusive Python, Tcl/Tk och Perl), simuleringskod, användartillägg och kommersiella dataanalyspaket.
Beazley och Lomdahl REF tog ett kommandodrivet tillvägagångssätt för att kontrollera, analysera och visualisera storskaliga molekylära dynamikssimuleringar.
Lightweight computational steering of very large scale molecular dynamics simulations
{'venue': "Supercomputing '96", 'journal': None, 'mag_field_of_study': ['Computer Science']}