I detta dokument presenteras utformningen och genomförandet av den FPGA-baserade webbservern för biologisk sekvensanpassning. Centralt för denna webbserver är en uppsättning av mycket parameteriserbara, skalbara och plattformsoberoende FPGA-kärnor för biologisk sekvensjustering. Webbservern består av ett HTML-baserat gränssnitt, en MySQL-databas som innehåller användarfrågor och resultat, en uppsättning biologiska databaser, ett bibliotek med FPGA-konfigurationer, ett värdprogram som servar användarförfrågningar, och en FPGA-samprocessor för acceleration av sekvensjusteringen. Dokumentet presenterar en verklig implementering av denna server på en HP ProLiant DL145-server med ett Celoxica RCHTX FPGA-kort. Jämfört med en optimerad ren programvara implementation, vår FPGA-baserade webbserver uppnått en två ordning av magnituden speed-up för en pairwise protein sekvens anpassningsprogram baserat på Smith-Waterman algoritm. Det FPGA-baserade genomförandet har den extra fördelen att det är mer än 100x mer energieffektivt.
En FPGA-baserad webbserver som är avsedd för biologisk anpassning har utformats och implementerats i REF.
An FPGA-Based Web Server for High Performance Biological Sequence Alignment
{'venue': '2009 NASA/ESA Conference on Adaptive Hardware and Systems', 'journal': '2009 NASA/ESA Conference on Adaptive Hardware and Systems', 'mag_field_of_study': ['Computer Science']}