Motivering: Betydelsen av att testa associationer som möjliggör interaktioner har visats av Marchini et al. (2005)................................................................ En snabb metod för att upptäcka associationer som möjliggör interaktioner har föreslagits av Wan et al. (2010a).............................................................. Metoden baseras på sannolikhetskvottest med antagandet att statistiken följer v 2-fördelningen. Många enstaka nukleotidpolymorfism (SNP) par med betydande associationer som möjliggör interaktioner har upptäckts med hjälp av deras metod. Antagandet av v 2-test kräver dock att de förväntade värdena i varje cell i tabellen över oförutsedda händelser är minst fem. Detta antagande kränks i vissa identifierade SNP-par. I detta fall kan det hända att test av sannolikhetskvoten inte längre är tillämpligt. Permutationstestet är ett idealiskt tillvägagångssätt för att kontrollera P-värdena beräknade i sannolikhetsförhållandet på grund av sin icke-parametriska natur. P-värdena för SNP-par som har betydande samband med sjukdom är alltid extremt små. Därför behöver vi ett enormt antal permutationer för att uppnå motsvarande hög upplösning för P-värdena. För att undersöka om P-värdena från testerna av sannolikhetskvoten är tillförlitliga, är ett snabbt permutationsverktyg för att åstadkomma ett stort antal permutationer önskvärt. Resultat: Vi utvecklade ett permutationsverktyg som hette PBOOST. Den är baserad på GPU med mycket tillförlitlig P-värdeuppskattning. Genom att använda simuleringsdata, fann vi att P-värdena från sannolikhetskvoten tester kommer att ha relativa fel på >100% när 50% celler i beredskapen med P-värden mindre än 1:6 Â 10 À12 i WTCCC dataset i 1 vecka. Källkoden och urvalsdata finns tillgängliga på http://bioinfor-
PBOOST implementerade parallellisering av permutationstestet på GPU REF.
PBOOST: a GPU-based tool for parallel permutation tests in genome-wide association studies
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}