....................................... ConnectomeExplorer möjliggör interaktiv visuell analys av stora datavolymer i Connectomics forskning, integrera 3D volymdata av hjärnvävnad och segmenterade objekt, anslutning av celler och neuriter, och ytterligare metadata. En kraftfull frågealgebra gör det möjligt för neuroforskare att ställa domänspecifika frågor på ett intuitivt sätt, och att interaktivt analysera resultaten. Vi visar en teravoxelvolym via (vänster) en trädkomponent av segmenterade objekt, en 3D-volymvy, en konnektivitetsgraf av neuriter (axoner och dendriter), en visuell frågebyggare för dynamisk frågespecifikation, och en statistikvy längst ner; (höger) visualisering av ett dynamiskt specificerat område av intresse (överst: alla neuronala objekt i en cylindrisk region; botten: endast ryggraderna i den röda dendriten). Abstract-This paper presents ConnectomeExplorer, en applikation för interaktiv prospektering och frågestyrd visuell analys av stora volymetriska elektronmikroskopi (EM) dataset i connectomics forskning. Vårt system innehåller en kunskapsbaserad frågealgebra som stöder den interaktiva specifikationen av dynamiskt utvärderade frågor, vilket gör det möjligt för neuroforskare att ställa och besvara domänspecifika frågor på ett intuitivt sätt. Frågor byggs steg för steg i en visuell frågebyggare, bygga mer komplexa frågor från kombinationer av enklare frågor. Vår applikation är baserad på en skalbar ram för volymvisualisering som skalar till flera volymer av flera teravoxel vardera, vilket möjliggör samtidig visualisering och förfrågan av den ursprungliga EM-volymen, ytterligare segmenteringsvolymer, neuronal konnektivitet, och ytterligare metadata som omfattar en mängd olika neuronala dataattribut. Vi utvärderar vår applikation på en datamängd på ungefär en terabyte av EM-data och 750 GB segmenteringsdata, som innehåller över 4 000 segmenterade strukturer och 1 000 synapser. Vi demonstrerar typiska användningsfallsscenarier hos våra medarbetare inom neurovetenskap, där vårt system har gjort det möjligt för dem att svara på specifika vetenskapliga frågor med hjälp av interaktiv frågeundersökning och analys på fullstora data för första gången.
Mer nyligen har vi presenterat ConnectomeExplorer REF, som stöder fullt dynamiska visuella frågor, volymvisualisering av EM och segmenteringsdata, samt märkta meta-data som synaps platser.
ConnectomeExplorer: Query-Guided Visual Analysis of Large Volumetric Neuroscience Data
{'venue': 'IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics', 'journal': 'IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics', 'mag_field_of_study': ['Medicine', 'Computer Science']}