Bakgrund: Vi presenterar ett system för att extrahera biomedicinska händelser (detaljerade beskrivningar av biomolekylära interaktioner) från forskningsartiklar som utvecklats för BioNLP'11 Shared Task. Vårt mål är att utveckla ett system som är lätt att anpassa till olika evenemangssystem och som följer temat BioNLP'11 Shared Task: generalisering, utvidgning av händelseextrahering till olika biomedicinska domäner. Vårt system utökar vårt BioNLP'09 Shared Task vinnande Åbo Event Extraction System, som använder stöd vektor maskiner för att först upptäcka händelse-definierande ord, följt av upptäckt av deras relationer. Resultat: Vårt nuvarande system förutspår med framgång händelser för varje domänfall som introduceras i BioNLP'11 Shared Task, som är det enda systemet för att delta i alla åtta uppgifter och alla deras deluppgifter, med bästa prestanda i fyra uppgifter. Efter den delade uppgiften förbättrar vi systemet för infektionssjukdomar från 42.57% till 53.87% Fscore, vilket gör prestanda i linje med liknande GENIA Event Extraction och Epigenetics och Post-translational Modifications uppgifter. Vi utvärderar systemets maskininlärningsresultat genom att beräkna inlärningskurvor för alla uppgifter, upptäcka områden där ytterligare annoterade data kan användas för att förbättra prestandan. Slutligen utvärderar vi användningen av systemresultat på externa artiklar som ytterligare utbildningsdata i form av självträning. Vi visar att det uppdaterade Åbo Event Extraction System enkelt kan anpassas till alla aktuella mål för händelseextrahering, med konkurrenskraftiga prestanda i de flesta uppgifter. Omfattningen av resultatvinsterna mellan 2009 och 2011 BioNLP Shared Tasks indikerar att händelseextrahering fortfarande är ett nytt fält som kräver mer arbete. Vi tillhandahåller flera analyser av händelseextraheringsmetoder och prestanda som belyser potentiella framtida riktningar för fortsatt utveckling.
UTurku REF utvecklade ett generiskt maskininlärningssystem som kan användas för alla huvuduppgifter i BioNLP Shared Task 2011 med mindre ändringar.
University of Turku in the BioNLP'11 Shared Task
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}