På samma sätt som protein fällning, är föreningen av två proteiner drivs av en fri energi tratt, bestäms av gynnsamma interaktioner i vissa stadsdelar i den inhemska staten. Vi beskriver en dockningsmetod baserad på stokastisk global minimering av trattformade energifunktioner i utrymmet för stela kroppsrörelser (SE(3)) samtidigt som vi redovisar flexibiliteten i gränssnittets sidokedjor. Metoden, som kallas semi-definite programmeringsbaserad underskattning (SDU), använder en allmän kvadratisk funktion för att underskatta en uppsättning lokala energiminima och använder den resulterande underskattaren till partisk ytterligare provtagning. SDU minimerar effektivt funktioner med trattformade bassänger, men dess tillämpning på dockning i rotations- och översättningsutrymmet SE(3) är inte enkel på grund av geometrin i det utrymmet. Vi introducerar en strategi som använder separata oberoende variabler för side-chain optimering, center-to-center avstånd av de två proteinerna, och fem vinkeldeskriptorer av de relativa orienteringarna av molekylerna. Avlägsnandet av mitt-till-centrum avståndet visar sig avsevärt förbättra effektiviteten i sökningen, eftersom det femdimensionella utrymmet nu uppvisar en väluppfostrade energiyta som lämpar sig för underskattning. Denna algoritm utforskar den fria energiytan som spänns av möteskomplex som motsvarar lokala fria energiminima och visar likhet med modellen av makromolekylär association som fortskrider genom en rad kollisioner. Resultat för standard protein dockning riktmärken fastställa att i detta utrymme är det fria energilandskapet en tratt i ett någorlunda brett område av den inhemska staten och att SDU-strategin kan generera dockning förutsägelser med mindre än 5 Å ligand interface C en root-mean-square avvikelse samtidigt uppnå en cirka 20-faldig effektivitetsvinst jämfört med Monte Carlo metoder.
Yang m.fl. Detta beslut träder i kraft dagen efter det att det har offentliggjorts i Europeiska unionens officiella tidning. REF underskattar en uppsättning lokala energiminima och använder denna modell för att driva ytterligare provtagning.
Protein Docking by the Underestimation of Free Energy Funnels in the Space of Encounter Complexes
{'venue': 'PLoS Computational Biology', 'journal': 'PLoS Computational Biology', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine', 'Computer Science']}