BioLingua är en interaktiv, webbaserad programmeringsmiljö som gör det möjligt för biologer att analysera biologiska system genom att kombinera kunskap och data genom direkt slutanvändarprogrammering. BioLingua bäddar in ett moget symboliskt programmeringsspråk i en rambaserad kunskapsmiljö som integrerar genomisk kunskap och vägkunskap om en klass av liknande organismer. BioLingua-språket ger gränssnitt till många toppmoderna bioinformatiska verktyg, vilket gör dessa tillgängliga som ett integrerat paket genom den nya användningen av webbaserad programmerbarhet och en integrerad Wiki-baserad communitykod och datalager. Piloten momentiniation av BioLingua, som har utvecklats i samarbete med flera cyanobakterier, integrerar kunskap om en delmängd av cyanobakterier med Gene Ontology, KEGG, och BioCyc kunskapsbaser. Vi introducerar BioLingua koncept, arkitektur och språk, och ger flera exempel på dess användning i komplexa analyser. Omfattande dokumentation finns tillgänglig på http://nostoc.stanford.edu/Docs/index.html. Under de senaste fyrtio åren har molekylärbiologin kommit att genomsyra alla biologiska discipliner. En liknande revolution pågår när det gäller den enorma mängd information som blir tillgänglig genom genomisk sekvensering och mikroarrayexperiment. Biologerna var relativt snabba att använda molekylärbiologins verktyg, men detsamma gäller inte bioinformatikernas verktyg, vilket leder till ett växande avstånd mellan biologerna och de data från vilka nya insikter måste dras. Även om vissa bioinformatiska verktyg, till exempel Blast, har blivit populära bland biologer, kräver en kombination av verktyg och data ofta timmar av mödosam databassökning och kunskapsmanipulering. I många fall vänder sig biologerna till programmerare för att utföra beräkningsanalyser för deras räkning. Således är världen av beräkningsbiologi tillgänglig BioLingua: A Biolog's Computational Workbench -2 för biologer främst genom programmerare. I laboratoriebiologerna kan de anpassa sitt arbete dynamiskt, vända partiella resultat i sina händer och modifiera sina verktyg för att ta itu med problem och nya delmål, men denna flexibilitet minskar avsevärt när programmerare medlar mellan biologer och biologiska data. BioLingua strävar efter att ge biologer praktisk förmåga i beräkningsbiologi genom att göra det möjligt för dem att arbeta direkt med stora datamängder på ett bekant språk, medan genomförandedetaljer är dolda så att programmerare behövs mindre ofta. Programmiljön BioLingua döljer de många komplexiteter som krävs för att genomföra komplexa kunskapsbaserade beräkningar genom att tillhandahålla ett brett spektrum av databaser och analytiska verktyg, integrerade med varandra och tillgängliga genom ett gemensamt, enkelt programmeringsspråk. I BioLingua-världen blir biologer programmerare på ungefär samma sätt som molekylärbiologer har blivit enzymologer: få har isolerat eller karakteriserat enzymer själva, men de är skickliga på att kombinera enzymer på nya sätt. På liknande sätt kan användare av BioLingua, oavsett bakgrund, kombinera verktygen för beräkningsbiologi och bilda dem på sätt som är
När det gäller slutanvändarprogrammering, Massar m.fl. REF utformade BioLingua, en interaktiv webbaserad programmeringsmiljö för att ge biologerna mer kontroll och flexibilitet i genomförandet av analyser med genomik, metaboliska och experimentella data och representationer på högre nivå.
BioLingua: a programmable knowledge environment for biologists
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': None, 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}