Motivering: Den biologiska verkligheten kan i Silico endast representeras på ett heltäckande sätt i flerskaliga modeller. I detta syfte måste cellbeteendemodeller som behandlar den multicellulära nivån vara semantiskt kopplade till mekanistiska molekylära modeller. Dessa krav måste uppfyllas genom flexibla programvaruarbetsflöden som löser problemen med olika tidsskalor, inter-model variabla referenser och flexibla undermodeller. Resultat: Vi utvecklade en ny programvara arbetsflöde (EPISIM) för den semantiska integrationen av systembiologi Markup Language (SBML) baserade kvantitativa modeller i flerskaliga vävnadsmodeller och simuleringar. Detta arbetsflöde gör det möjligt att importera och få tillgång till SBML-baserade modeller. SBML-modellarter, reaktioner och parametrar är semantiskt integrerade i cellbeteendemodeller som representeras av grafiska processdiagram. Genom detta kan cellulära tillstånd som spridning och differentiering vara flexibelt kopplade till genreglerande eller biokemiska reaktionsnät. För en flerskalig agentbaserad vävnadssimulering genereras körbar kod automatiskt där olika tidsskalor av importerade SBML-modeller och CBM har kartlagts. Vi demonstrerar kapaciteten hos det nya programvaruarbetsflödet genom att integrera Tysons cellcykelmodell i vår modell av mänsklig epidermal vävnadshomeostas. Slutligen visar vi det semantiska samspelet mellan de olika biologiska skalorna under vävnadssimuleringen. Tillgänglighet: EPISIM-plattformen finns som binära körbara program för MS-Windows, Linux och Mac OS X på
Dessutom utvecklas nya programvaruarbetsflöden (EPISIM) för semantisk integration av SBML-baserade kvantitativa modeller i flerskaliga vävnadsmodeller och simulering REF.
Bridging the Scales : Semantic Integration of Quantitative SBML in Graphical MultiCellular Models and Simulations with EPISIM and COPASI
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}