Bakgrund: En kraftig minskning av kostnaden för nästa generations sekvensering under de senaste åren har gjort tekniken överkomlig för de flesta forskare, men nedströms bioinformatisk analys utgör fortfarande en resurs flaskhals för mindre laboratorier och institut som inte har tillgång till betydande beräkningsresurser. Instrument för sekvensering kombineras vanligtvis med endast den minimala bearbetnings- och lagringskapacitet som krävs för datafångst under sekvenskörningar. Med tanke på omfattningen av sekvensdataset kan vetenskapligt värde inte erhållas genom att förvärva en sekvenserare om det inte åtföljs av en likvärdig investering i informatikinfrastruktur. Resultat: Cloud BioLinux är en allmänt tillgänglig Virtual Machine (VM) som gör det möjligt för forskare att snabbt tillhandahålla infrastruktur på begäran för högpresterande bioinformatik databehandling med hjälp av molnplattformar. Användare har omedelbar tillgång till en rad förkonfigurerade kommandorader och grafiska program, inklusive ett komplett skrivbordsgränssnitt, dokumentation och över 135 bioinformatikpaket för applikationer inklusive sekvensjustering, klusterering, montering, visning, redigering och phylogeny. Varje verktygs funktionalitet beskrivs utförligt i dokumentationen som är direkt åtkomlig från den virtuella maskinens grafiska gränssnitt. Förutom Amazon EC2-molnet har vi startat fall av Cloud BioLinux på ett privat Eukalyptus-moln som installerats på J. Craig Venter Institute, och visat åtkomst till gränssnittet för bioinformatiska verktyg genom en fjärranslutning till EC2-instanser från en lokal stationär dator. Dokumentation för användning av Cloud BioLinux på EC2 finns tillgänglig på vår projektwebbplats, medan Eukalyptus molnbild och VirtualBox Appliance också är allmänt tillgänglig för nedladdning och användning av forskare med tillgång till privata moln. Slutsatser: Cloud BioLinux tillhandahåller en plattform för utveckling av infrastrukturer för bioinformatik på molnet. En automatiserad och konfigurerbar process bygger virtuella maskiner, vilket möjliggör utveckling av mycket anpassade versioner från en delad kodbas. Detta gemensamma verktygskit möjliggör applikationsspecifika analysplattformar på molnet genom att minimera den ansträngning som krävs för att förbereda och underhålla dem.
Den första är en open-source Cloud BioLinux REF, som är en allmänt tillgänglig Virtual Machine (VM) som gör det möjligt för forskare att snabbt tillhandahålla infrastruktur på begäran för högpresterande bioinformatik databehandling med hjälp av molnplattformar.
Cloud BioLinux: pre-configured and on-demand bioinformatics computing for the genomics community
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}