Bakgrund: Under de senaste åren har en stor mängd "omik" data tagits fram. Dessa uppgifter lagras dock i många olika artspecifika databaser som förvaltas av olika institut och laboratorier. Biologer behöver ofta hitta och sammanställa data från olika källor för att utföra vissa analyser. Att söka efter dessa uppgifter och samla ihop dem är en tidskrävande uppgift. Semantic Web hjälper till att underlätta interoperabilitet mellan databaser. En gemensam strategi innebär utveckling av omslagssystem som kartlägger en relationsdatabas schema på befintliga domän ontologier. Men få försök har gjorts att automatisera skapandet av sådana omslag. Vi utvecklade ett ramverk, BioSemantic, för skapandet av Semantic Web Services som är tillämpliga på relationella biologiska databaser. Detta ramverk använder sig av både Semantic Web och Web Services-teknik och kan delas in i två huvuddelar: (i) generering och halvautomatisk annotering av en RDF-vy, och (ii) automatisk generation av SPARQL-frågor och deras integrering i Semantic Web Services ryggrader. Vi har använt vårt ramverk för att integrera genomiska data från olika växtdatabaser. BioSemantic är ett ramverk som utformats för att påskynda integrationen av relationsdatabaser. Vi presenterar hur det kan användas för att påskynda utvecklingen av Semantic Web Services för befintliga relationella biologiska databaser. För närvarande skapar och kommenterar RDF-vyer som möjliggör automatisk generering av SPARQL-frågor. Web Services skapas och distribueras också automatiskt, och de semantiska kommentarerna till våra Web Services läggs till automatiskt med SAWSDL-attribut. BioSemantic kan laddas ner på
Ett bioSemantiskt ramverk REF påskyndar integrationen av relationsdatabaser.
Clever generation of rich SPARQL queries from annotated relational schema: application to Semantic Web Service creation for biological databases
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Medicine', 'Computer Science']}