Motivering: Maximal exakt matchning, eller bara MEM, är ett kraftfullt verktyg i samband med flera sekvensjustering och ungefärlig strängmatchning. De mest effektiva algoritmer för att samla in dem är baserade på komprimerade index som förlitar sig på de längsta gemensamma prefix array-centrerade datastrukturer. Men deras utrymmeseffektiva representationer använder sig av kodningsmetoder som är dyra ur beräkningssynpunkt. Med den störtflod av data som genereras av highthroughput sekvensering, nya metoder måste utvecklas för att hantera större genomic sekvenser. Resultat: I detta arbete har vi utvecklat en ny längst gemensam prefix-samling-provtagen representation, optimerad för att arbeta med den bakåtsökning metod som i sig används av FM-Index. Till skillnad från tidigare implementeringar som offrar körtid för att ha mindre utrymme, leder vårt till både ett snabbt och ett rumseffektivt tillvägagångssätt. Denna implementation användes av den nya programvaran slaMEM, utvecklad för att effektivt hämta MEMs. Resultaten visar att den nya algoritmen är konkurrenskraftig mot befintliga toppmoderna metoder. Tillgänglighet och genomförande: Programvaran är implementerad i C och är operativsystem oberoende. Källkoden är fritt tillgänglig för nedladdning på
Detta kräver nya metoder som behövs för att hantera denna fråga om höga minneskrav i suffixträd REF.
slaMEM: efficient retrieval of maximal exact matches using a sampled LCP array
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}