Bakgrund: Detta dokument beskriver en automatiserad metod för att hitta kluster av sammankopplade proteiner i proteininteraktion nätverk och hämta protein annoteringar i samband med dessa kluster. Resultat: Proteininteraktionsgrafer separerades i subgrafer av sammankopplade proteiner, med hjälp av JUNG implementationen av Girvan och Newmans Edge-Betweenness algoritm. Funktioner söktes för dessa subgrafer genom att upptäcka signifikanta korrelationer med distributionen av Gene Ontology termer som hade använts för att kommentera proteinerna i varje kluster. Metoden genomfördes med hjälp av fritt tillgänglig programvara (statistikpaketet JUNG och R). Proteinkluster med signifikanta korrelationer till funktionella annoteringar kunde identifieras och inkluderade grupper av proteiner vet att samarbeta i cellmetabolismen. Metoden verkar vara motståndskraftig mot förekomsten av falskt positiva interaktioner. Denna metod ger ett användbart verktyg för snabb screening av små till medelstora proteininteraktionsdataset.
REF beskriver att separera PIN-koder i kluster av sammankopplade proteiner, med hjälp av Girvan och Newmans Edge-Betweenness algoritm (2002).
The Use of Edge-Betweenness Clustering to Investigate Biological Function in Protein Interaction Networks
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine', 'Computer Science']}