Bakgrund: Anteckningar som beskriver sekvensernas funktion är oerhört viktiga för forskare under laboratorieundersökningar och vid beräkningsslut. Det har dock inte gjorts någon större undersökning av datakvaliteten på sekvensfunktionsanteckningar. Här har vi utvecklat en ny metod för att uppskatta felfrekvensen av curerade sekvensanteckningar, och tillämpat detta på Gene Ontology (GO) sekvensdatabas (GOSeqLite). Denna metod innebar artificiellt lägga till fel i sekvens annoteringar med kända hastigheter, och använde regression för att modellera inverkan på precisionen av annoteringar baserat på BLAST matchade sekvenser. Vi uppskattade felfrekvensen för curerade GO-sekvensanteckningar i GOSeqLite-databasen (mars 2006) till mellan 28 % och 30 %. Noteringar som gjorts utan användning av sekvenslikviditetsbaserade metoder (non-ISS) hade en uppskattad felfrekvens på mellan 13 % och 18 %. Noteringar som gjorts med användning av sekvenslikviditetsmetod (ISS) hade en uppskattad felfrekvens på 49 %. Även om den totala felfrekvensen är någorlunda låg, skulle det vara klokt att behandla alla ISS-anteckningar med försiktighet. Elektroniska notatorer som använder ISS-anteckningar som grund för förutsägelser kommer sannolikt att ha högre falska förutsägelser, och därför bör konstruktörer av dessa system överväga att undvika ISS-anteckningar där det är möjligt. Elektroniska notatorer som använder ISS-anteckningar för att göra förutsägelser bör betraktas skeptiskt. Vi rekommenderar att curatorerna noggrant granskar ISS-anteckningar innan de accepterar dem som giltiga. Sammantaget bör användare av curerade sekvensanteckningar från GO-databasen känna sig säkra på att de använder en jämförelsevis högkvalitativ informationskälla.
Dessutom utvecklade REF en metod för att uppskatta felfrekvensen för curerade sekvensanteckningar för en viss beviskod (ISS).
Estimating the annotation error rate of curated GO database sequence annotations
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Medicine', 'Computer Science']}