Bakgrund: Massiv textutvinning av den biologiska litteraturen ger stora löften om att relatera olikartad information och upptäcka ny kunskap. Men disambiguation av gensymboler är en stor flaskhals. Vi utvecklade en enkel tesaurusbaserad disambigeringsalgoritm som kan fungera med väldigt lite träningsdata. Thesaurusen innehåller information från fem humangenetiska databaser och MeSH. Omfattningen av homonymproblemet för mänskliga gensymboler visas vara betydande (33% av generna i vår kombinerade tesaurus hade en eller flera tvetydiga symboler), inte bara för att en symbol kan hänvisa till flera gener, men också för att en gensymbol kan ha många icke-gen betydelser. En testuppsättning på 52,529 Medline abstracts, innehållande 690 tvetydiga mänskliga gensymboler tagna från OMIM, skapades automatiskt. Den totala noggrannheten hos disambiguationsalgoritmen var upp till 92,7% på testuppsättningen. Olikheterna i mänskliga gensymboler är betydande, inte bara för att en symbol kan beteckna flera gener utan särskilt för att många symboler har andra, icke-gena betydelser. Det föreslagna disambiguation tillvägagångssätt löser de flesta tvetydigheter i vår testuppsättning med hög noggrannhet, inklusive viktiga gen / inte en gen beslut. Algoritmen är snabb och skalbar, vilket möjliggör gensymbolisk disambigering i massiva tillämpningar för textbrytning.
Schijvenaars REF rapporterade om en tesaurusbaserad metod för disambigering av mänskliga gensymboler.
Thesaurus-based disambiguation of gene symbols
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}