För att härleda livets träd krävs kunskap om de gemensamma egenskaperna hos varje art som härstammar från en gemensam förfader som mätkriterier och en metod för att beräkna avståndet mellan de resulterande värdena för varje åtgärd. Konventionell fylogenetisk analys baserad på genomiska sekvenser ger information om de genetiska sambanden mellan olika organismer. Däremot kan jämförande analys av metabola vägar i olika organismer ge insikter i deras funktionella relationer under olika fysiologiska förhållanden. Att utvärdera likheter eller skillnader mellan metaboliska nätverk är dock ett datorproblem, och systematiska metoder för att göra detta är önskvärda. Här introducerar vi en graf-kärna metod för att beräkna likheten mellan metaboliska nätverk i polynom tid, och använda den för att profilera metabola vägar och för att konstruera fylogenetiska träd. För att jämföra strukturer av metaboliska nätverk i organismer, antog vi den exponentiella grafkärnan, som är en kärnbaserad metod med en märkt graf som innehåller en etikettmatris och en adjakensmatris. För att konstruera de fylogenetiska träden använde vi en oviktad pargruppsmetod med aritmetiskt medelvärde, d.v.s. en hierarkisk klusteralgoritm. Vi tillämpade den kärnbaserade nätverksprofileringsmetoden i en jämförande analys av nio metaboliska kolhydratnätverk från 81 biologiska arter som omfattar Archaea, Eukaryota och Eubacteria. De phylogenetiska hierarkier som blir följden stöder i allmänhet tredomänernas trepartssystem snarare än prokaryotes och eukaryotes två domäner. Genom att kombinera kärnmaskinerna med metabolisk information kan metoden sluta sig till det sammanhang av biosfärutveckling som omfattar fysiologiska händelser som krävs för anpassning genom genetisk rekonstruktion. Resultaten visar att man kan få en global syn på livets träd genom att jämföra de metaboliska vägstrukturerna med hjälp av metanivåinformation snarare än sekvensinformation. Denna metod kan ge ytterligare information om biologisk utveckling, såsom historien om horisontell överföring av varje gen, genom att studera den detaljerade strukturen hos det fylogenetiska trädet konstruerat med den kärnbaserade metoden.
2006 föreslog Oh S. Juni et al., REF en kärnbaserad jämförande analys av metaboliska nätverk för att bygga fylogenetiska träd.
Construction of phylogenetic trees by kernel-based comparative analysis of metabolic networks
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine', 'Computer Science']}