Bakgrund: Feber är en av de vanligaste biverkningarna med vacciner. De detaljerade mekanismerna för feber och vaccinassocierade geninteraktionsnätverk är inte helt klarlagda. I den aktuella studien använde vi en genom-wide, Centrality and Ontology-baserad Network Discovery med hjälp av litteraturdata (CONDL) för att analysera gener och geninteraktionsnätverk i samband med feber eller vaccinrelaterade febersvar. Resultat: Över 170.000 feberrelaterade artiklar från PubMed abstracts och titlar återfanns och analyserades på meningsnivå med hjälp av tekniker för bearbetning av naturligt språk för att identifiera gener och vacciner (inklusive 186 vaccine ontologitermer) samt deras interaktioner. Detta resulterade i ett generiskt febernätverk bestående av 403 gener och 577 geninteraktioner. Ett vaccinspecifikt undernätverk för feber bestående av 29 gener och 28 geninteraktioner utvanns ur artiklar som är relaterade till både feber och vacciner. Dessutom identifierades interaktioner mellan genvacciner. Vacciner (inklusive 4 specifika vaccinnamn) visade sig interagera direkt med 26 gener. Genuppsättning anrikningsanalys utfördes med hjälp av generna i de genererade interaktionsnätverken. Dessutom prioriterades generna i dessa nätverk med hjälp av nätcentralitetsmått. Att göra vetenskapliga upptäckter och generera nya hypoteser var möjligt genom att använda nätverk centralitet och genuppsättning anrikning analyser. Till exempel, vår studie fann att generna i det generiska febernätverket var mer berikade i celldöd och svar på sår, och vaccinet sub-nätverk hade mer genberikning i leukocytaktivering och fosforylering reglering. De mest centrala generna i det vaccinspecifika febernätverket förväntas vara mycket relevanta för vaccininducerad feber, medan gener som endast är centrala i det generiska febernätverket sannolikt är mycket relevanta för det generiska febersvaret. Det är intressant att lägga märke till att det inte fanns några avgiftsliknande receptorer (TLR) i det genvaccinerade interaktionsnätverket. Eftersom flera TLR påträffades i det generiska febernätverket är det rimligt att anta att vaccin-TLR-interaktioner kan spela en viktig roll för att framkalla febersvar, vilket förtjänar ytterligare en undersökning.
Man genererar automatiskt ett interaktionsnätverk som beskriver genengagemang i vaccinrelaterad feber med 170 000 citeringar från en PubMed-sökning och en vaccinspecifik ontologi REF.
Identification of fever and vaccine-associated gene interaction networks using ontology-based literature mining
{'venue': 'Journal of Biomedical Semantics', 'journal': 'Journal of Biomedical Semantics', 'mag_field_of_study': ['Medicine', 'Computer Science']}