Varför behövs det att utveckla systembiologiinitiativ som ENCODE om icke-modellorganismer? Nästa generations genomik eran inkluderar icke-modell organismer Genetik, och nu genomics, tillämpas på modellorganismer fortsätter att vara enormt framgångsrik på att identifiera och karakterisera DNA-element och mekanismer som är involverade i viktiga biologiska processer, såsom regleringen av utveckling, cellcykel och cellsignalering. Antalet organismer som stöds av stora forskningssamhällen som tillämpar genetiska metoder är dock begränsat. Organismer som Escherichia coli, Saccharomyces cerevisiae, Arabidopsis thaliana, Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster, Danio rerio eller Mus musculus väljs som "supermodell organismer" främst baserat på deras viktiga men ändå nyfikna biologiska attribut och många tekniska fördelar. Drosophila framträdde som det främsta studiesystemet för genetik på grund av naturligt förekommande synliga mutanter, vilket ledde till upptäckten av kromosomal ärftlighet, medan Caenorhabditis valdes som huvudorganism för studier av celldifferentiering och utveckling eftersom dess celllinje är nästan invariant från ägg till vuxen. Alla är idealiska mål för genetik eftersom de är lättuppfostrade eller odlas i labbet för att systematiskt generera nödvändiga mutanter eller genetiska kors. Modellorganismer i genetik har gemensamma drag, bland annat korta livscykler och hög fertilitet. De är robusta kosmopolitiska resurser för laboratorieexperiment. Övergången till att använda modellorganismer är att de ofta inte är "typiska" och inte återspeglar sina nära släktingars biologi eller ens den stora mångfalden av levande mekanismer. De uppvisar också endast en bråkdel av de egenskaper som finns i biosfären, ofta begränsade till observationer som gjorts i laboratoriet. Jäst, till exempel, bildar inte multicellulär hyfae och A. thaliana har ingen känd rot symbioses. C. Elegans och D. melanogaster är inte patogener eller skadedjur och zebrafisken är verkligen inte anpassad för att leva i marina miljöer. På liknande sätt är råttor och möss, som vanligen används som modeller i biomedicinsk forskning, nattliga inte diurnala. Även allmänt använda mänskliga cellinjer, såsom HeLa celler visar starka rDNA omarrangemang [1, 2]. Det är kanske ingen överraskning att över 50 procent av många genom av modellarter fortfarande saknar experimentellt bestämda funktionella annoteringar när många egenskaper på ett villkorligt sätt uttrycks i varierande och naturliga miljöer. Förutom bristen på fenotypisk representation i modellorganismer är det värt att notera att många arter som antingen deltar i förankring av ekosystem (t.ex. keystonearter) eller är ansvariga för många hälso-, agronomiska och miljömässiga utmaningar (t.ex. Människors och djurs sjukdomsframkallande ämnen, växtskadegörare, invasiva arter) är inte modellorganismer. Lyckligtvis, den senaste tillkomsten av Next Generation Sequencing (NGS) tillsammans med andra höggenomströmnings- och HD-analyser av de cellulära organiska molekylerna (kompound screening, masspektrometri) ger möjlighet att snabbt generera genomic, transkriptomic, proteomic och metabolomic resurser för potentiellt någon organism och deras populationer. Mer än 1 300 eukaryotiska genomsekvenser arkiveras i NCBI från och med april 2014 (ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/GENOME_REPORTS/). Det är uppenbart att antalet inskickade genomdata stadigt har ökat under de senaste åren, särskilt mellan 2009 och 2010 (figur 1). Denna trend kommer att bestå och öka i takt med att kostnaden för sekvensering fortsätter att sjunka. Många genomsekvenseringsprojekt rör dock arter som är nära relaterade till redan välkarakteriserade modellorganismer; av 2,401 förtecknade projekt vid NCBI, endast 991
Flera saker i världen är naturligt kodade, till exempel genom av djur REF.
Genomic data integration for ecological and evolutionary traits in non-model organisms
{'venue': 'BMC Genomics', 'journal': 'BMC Genomics', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}