Forskare inom beräkningsbiologi använder idag ett stort antal olika programvarupaket för modellering, analys och datamanipulering och visualisering. I detta dokument beskriver vi ERATO Systems Biology Workbench (SBW), ett programvaruramverk som tillåter dessa heterogena applikationskomponenter skrivna i olika programmeringsspråk och körs på olika plattformar för att kommunicera och använda varandras data och algoritmiska funktioner. Vårt mål är att skapa en enkel, öppen programvaruinfrastruktur som är effektiv, lätt att implementera och lätt att förstå. SBW använder en mäklare-baserad arkitektur och gör det möjligt för applikationer (potentiellt kör på separata, distribuerade datorer) att kommunicera via ett enkelt nätverksprotokoll. Gränssnitten till systemet är inkapslade i klient-side bibliotek som vi tillhandahåller för olika programmeringsspråk. Vi beskriver SBW-arkitekturen och den nuvarande uppsättningen moduler, samt alternativa implementeringstekniker.
Systems Biology Workbench (SBW) REF, är en modulär, mäklarbaserad, meddelande-passing ram för kommunikation mellan applikationer som stöd i forskning i systembiologi.
The ERATO Systems Biology Workbench: Enabling Interaction and Exchange Between Software Tools for Computational Biology
{'venue': 'Pacific Symposium on Biocomputing', 'journal': None, 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}