Bakgrund: Caenorhabditis elegans genbaserade fenotyp information går tillbaka till 1970-talet, börjar med Sydney Brenner och karakteriseringen av beteendemässiga och morfologiska mutant alleler via klassisk genetik för att förstå nervsystemets funktion. Sedan dess har C. Elegans blivit ett viktigt genetiskt modellsystem för studier av grundläggande biologiska och biomedicinska principer, till stor del genom användning av fenotypanalys. På grund av tillväxten av C. elegans som en genetiskt dragbar modellorganism och utvecklingen av storskaliga analyser har det skett en betydande ökning av fenotypdata som behöver hanteras och göras tillgängliga för forskarsamhället. För att göra det krävs en standardiserad vokabulär för att integrera fenotypdata från olika källor, möjliggöra integration med andra datatyper och göra data i en beräkningsbar form. Resultat: Vi beskriver en hierarkiskt strukturerad, kontrollerad vokabulär av termer som kan användas för att standardisera fenotypbeskrivningar i C. elegans, nämligen Worm Phenotype Ontology (WPO). WPO består för närvarande av 1,880 fenotyptermer, varav 74% har använts i annotation av fenotyper associerade med mer än 18.000 C. elegans gener. WPO:s räckvidd är inte enbart begränsad till C. elegans biologi, utan är snarare utformad för att även inkludera fenotyper som observerats i relaterade nematodarter. Vi har berikat WPO:s värde genom att integrera det med andra ontologier och därigenom öka tillgången till maskfenotyper för icke-nematodbiologer. Vi utvecklar aktivt WPO för att fortsätta att uppfylla det vetenskapliga samhällets växande behov och hoppas engagera forskare i denna avgörande strävan. Vi tillhandahåller en fenotyp ontologi (WPO) som kommer att bidra till att underlätta datahämtning, och korsningar mellan arter inom nematodgemenskapen. I det större forskarsamhället kommer WPO att möjliggöra dataintegration och interoperabilitet mellan de olika modellerna för organismdatabaser och andra biologiska databaser. Denna standardiserade fenotyp ontologi kommer därför att möjliggöra mer komplexa datafrågor och förbättra bioinformatiska analyser.
Med fokus på C. elegans, en hierarkiskt strukturerad, kontrollerad vokabulär av termer som standardiserar fenotypbeskrivningar, nämligen Worm Phenotype Ontology (WPO), definieras REF.
Worm Phenotype Ontology: Integrating phenotype data within and beyond the C. elegans community
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine', 'Computer Science']}