Abstract.-Vi utforskade användningen av multidimensionell skalning (MDS) av träd till träd parvisa avstånd för att visualisera förhållandet mellan uppsättningar av fylogenetiska träd. Vi fann att tekniken var användbar för att utforska "trädöar" (uppsättningar av topologiskt besläktade träd bland större uppsättningar av nästan optimala träd), för att jämföra uppsättningar av träd som erhållits från bootstrappning och Bayesian provtagning, för att jämföra träd som erhållits från analysen av flera olika gener, och för att jämföra flera Bayesian analyser. Tekniken var också användbar som ett pedagogiskt hjälpmedel för att illustrera utvecklingen av en Bayesian analys och som ett undersökande verktyg för att undersöka stora uppsättningar av fylogenetiska träd. Vi identifierade också vissa begränsningar av metoden, inklusive förvrängningar av det flerdimensionella trädutrymmet i två dimensioner genom MDS-tekniken, och definitionen av MDS-definierat utrymme baserat på ett begränsat urval av träd. Tekniken är dock en användbar metod för analys av stora uppsättningar av fylogenetiska träd. [Bayersk analys; multidimensionell skalning; fylogenetisk analys; trädrymd; visualisering.]
Hillis, Heath, och St John REF utforska användningen av multidimensionella skalning (MDS) av träd till träd parvisa avstånd för att visualisera förhållandet mellan uppsättningar av phylogenetiska träd.
Analysis and Visualization of Tree Space
{'venue': 'Systematic biology', 'journal': 'Systematic biology', 'mag_field_of_study': ['Mathematics', 'Medicine']}