Bakgrund: Ett kritiskt resultat av metagonomiska studier är uppskattningen av överflöd av taxonomiska eller funktionella grupper. Den inneboende osäkerheten i uppdrag till dessa grupper gör det viktigt att beakta både deras hierarkiska sammanhang och deras förutsägelse tillit. De nuvarande verktygen för att visualisera metagonomiska data, dock utelämna eller snedvrida kvantitativa hierarkiska relationer och saknar möjlighet att visa sekundära variabler. Resultat: Här presenterar vi Krona, ett nytt visualiseringsverktyg som gör det möjligt att intuitivt utforska relativt överflöd och förtroende inom de komplexa hierarkierna i metagenomiska klassifikationer. Krona kombinerar en variant av radiella, rymdfyllda displayer med parametrisk färgning och interaktiv polarkoordinat zoomning. HTML5- och JavaScript-implementationen möjliggör helt interaktiva diagram som kan utforskas med alla moderna webbläsare, utan behov av installerad programvara eller plug-ins. Denna webbaserade arkitektur gör det också möjligt för varje diagram att vara ett oberoende dokument, vilket gör det enkelt att dela dem via e-post eller post till en vanlig webbserver. För att illustrera Kronas användbarhet beskriver vi dess tillämpning på olika metagenomiska datamängder och dess kompatibilitet med populära metagenomiska analysverktyg. Slutsatser: Krona är både ett kraftfullt metagonomiskt visualiseringsverktyg och en demonstration av potentialen hos HTML5 för högtillgängliga bioinformatiska visualiseringar. Dess rika och interaktiva displayer underlättar mer välinformerade tolkningar av metagenomiska analyser, samtidigt som dess implementering som en webbläsarbaserad applikation gör den extremt portabel och lätt att använda i befintliga analyspaket. Både Kronas renderingskod och konverteringsverktyg är fritt tillgängliga under en BSD-licens med öppen källkod och tillgängliga från: http://krona.sourceforge. Nät.
Krona är ett webbaserat verktyg för metagonik visualisering som ger en solbränna diagram för att navigera funktionen utrymme REF.
Interactive metagenomic visualization in a Web browser
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Medicine', 'Computer Science', 'Biology']}