Bakgrund: Befintliga storskaliga metaboliska modeller av sekvenserade organismer inkluderar ofta enzymatiska funktioner som inte kan tillskrivas någon gen i den organismen. Befintliga beräkningsstrategier för att identifiera sådana saknade gener bygger främst på sekvens homologi till kända enzym-kodande gener. Vi presenterar en ny metod för att identifiera gener som kodar för en specifik metabolisk funktion baserad på en lokal struktur av metabola nätverk och flera typer av funktionella association bevis, inklusive kluster av gener på kromosomen, likhet av fylogenetiska profiler, genuttryck, protein fusion händelser och andra. Med hjälp av E. coli och S. cerevisiae metaboliska nätverk illustrerar vi prediktiv förmåga för varje enskild typ av association bevis och visar att betydligt bättre förutsägelser kan erhållas baserat på kombinationen av alla data. På så sätt kan vår metod förutsäga 60% av enzymkodande gener av E. coli metabolism inom topp 10 (av 3551) kandidater för deras enzymatiska funktion, och som en topp kandidat inom 43% av fallen. Vi illustrerar att en kombination av genom sammanhang och andra funktionella association bevis är effektivt för att förutsäga gener som kodar metabola enzymer. Vårt tillvägagångssätt bygger inte på direkt sekvens homologi till kända enzym-enkodande gener, och kan användas i samband med traditionella homologi-baserade metaboliska rekonstruktionsmetoder. Metoden kan också användas för att rikta in sig på anonyma metaboliska aktiviteter.
Kharchenko m.fl. REF utvidgade sina metoder till att omfatta flera typer av bevis för funktionell association, inklusive klusterbildning av gener på kromosomen, likheter mellan fylogenetiska profiler, genuttryck, proteinfusionshändelser och en lokal struktur av metaboliska nätverk för att dra slutsatser gener som kodar för en specifik metabolisk funktion.
Identifying metabolic enzymes with multiple types of association evidence
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine', 'Computer Science']}