Att bestämma proteinfunktionen är ett av de mest utmanande problemen under den postgenomiska eran. Tillgängligheten av hela genomsekvenser och av hög-genomströmning kapacitet att bestämma gen coexpression mönster har förskjutit forskningsfokus från studien av enstaka proteiner eller små komplex till den av hela proteomen 1. I detta sammanhang är sökandet efter tillförlitliga metoder för att tilldela proteinfunktion av största vikt. Det finns olika metoder tillgängliga för att dedutera funktionen av proteiner av okänd funktion med hjälp av information som härrör från sekvens likhet eller klustermönster av coreglerade gener 2,3, phylogenetic profiler 4, protein-protein interaktioner (refs. 5-8 och Samanta, M.P. och Liang, S., opublicerade data), och proteinkomplex 9,10. Här föreslår vi tilldelning av proteiner till funktionella klasser på grundval av deras nätverk av fysiska interaktioner som bestäms genom att minimera antalet proteininteraktioner mellan olika funktionella kategorier. Funktionstilldelningen är proteomomfattande och bestäms av proteinnätverkets globala konnektivitetsmönster. Metoden resulterar i flera funktionella uppdrag, en konsekvens av förekomsten av flera likvärdiga lösningar. Vi tillämpar metoden för att analysera jäst Saccharomyces cerevisiae protein-protein interaktion nätverk 5. Tillvägagångssättets robusthet testas i ett system som innehåller en hög andel icke-klassificerade proteiner och även i fall av radering och införande av specifika proteininteraktioner.
REF förändrar problemet med funktionsförutsägelse till ett globalt optimeringsproblem, d.v.s. minimerar antalet proteininteraktioner mellan proteinpar som är kommenterade med olika funktioner.
Global protein function prediction from protein-protein interaction networks
{'venue': 'Nature Biotechnology', 'journal': 'Nature Biotechnology', 'mag_field_of_study': ['Physics', 'Biology', 'Medicine', 'Mathematics']}