I detta dokument föreslår vi genomisk-orienterad Rapid Algoritm för String Mönster-match (GRASPm), en algoritm centrerad på överlappande 2-grams analys, som introducerar en ny filtrering heuristic - kompatibilitetsregeln - att uppnå betydande effektivitetsvinst. GRASPms fundament är särskilt beroende av ett brett sökfönster med den centrala dupletten som referens för snabb filtrering av flera riktningar. Därefter undviks överflödiga detaljerade kontroller genom att de inkompatibla anpassningarna filtreras med hjälp av konceptet idcd (involverande duplet av central duplet) kombinerat med förbehandlade förhållanden, vilket möjliggör snabb parallelltestning för flera justeringar. Jämförande resultatanalys med hjälp av olika genomiska data visar att GRASPm är snabbare än konkurrenterna. Mönstermatchning; sekvenssökning och -analys; upptäckt av motiv. Hänvisning till detta papper bör göras enligt följande: Deusdado, S. och Carvalho, P. (2009) "GRASPm: en effektiv algoritm för exakt mönstermatchning i genomiska sekvenser", Int.
GRASPM REF algoritm förbättrar exakt mönstermatchning i genomiska sekvenser.
GRASPm: an efficient algorithm for exact pattern-matching in genomic sequences
{'venue': 'International journal of bioinformatics research and applications', 'journal': 'International journal of bioinformatics research and applications', 'mag_field_of_study': ['Medicine', 'Biology', 'Computer Science']}