Bakgrund och mål. Den automatiska analysen av Indirect Immunofluorescence bilder för Anti-Nuclear Autoantibody (ANA) test är ett ganska nytt område som får allt större intresse från forskarsamhället. ANA-testning utnyttjar kategoriseringen av intensitetsnivå och fluorescerande mönster av IIF-bilder av HEp-2-celler för att utföra en differentialdiagnos av viktiga autoimmuna sjukdomar. Ändå lider den av en enorm brist på repeterbarhet på grund av subjektivitet i den visuella tolkningen av bilderna. Automatiseringen av analysen ses som den enda giltiga lösningen på detta problem. Flera verk i litteraturen behandlar enskilda steg i arbetsflödet, men att integrera sådana steg och bedöma deras effektivitet som helhet är fortfarande en öppen utmaning. Metoder. Vi presenterar ett modulärt verktyg, ANAlyte, som kan karakterisera en IIF-bild i termer av fluorescerande intensitetsnivå och fluorescerande mönster utan några användarinteraktioner. I detta syfte integrerar ANAlyte följande: i) intensitetsklassificeringsmodul, som kategoriserar intensitetsnivån för ingångsglimmern baserad på kontrastbedömning i flera skalor (ii) cellsegmenteringsmodul, som delar upp ingångsbilden i enskilda HEP-2 celler; iii) mönsterklassificeringsmodulen, som bestämmer det fluorescerande mönstret för bilden baserat på mönstret för de enskilda cellerna. Resultat. För att visa exaktheten och robustheten hos vårt verktyg validerade vi experimentellt ANAlyte på två olika offentliga riktmärken för IIF HEp-2-bilder med rigorös cross-valideringsstrategi. Vi fick total noggrannhet av fluorescerande intensitet och mönster klassificering respektive cirka 85% och över 90%. Vi bedömde alla resultat genom jämförelser med några av de mest representativa konstverken. Slutsatser. Till skillnad från de flesta andra verk i den senaste litteraturen, ANAlyte syftar till att automatisera alla de viktigaste stegen i ANA bildanalys. Resultat på offentliga riktmärken visar att verktyget kan karakterisera HEp-2 diabilder i termer av intensitet och fluorescerande mönster med noggrannhet bättre eller jämförbar med den senaste tekniken, även när sådana tekniker körs på manuellt segmenterade celler. Därför kan ANAlyte föreslås som en giltig lösning på problemet med ANA-testarautomatisering.
Di Cataldo m.fl. REF presenterade en modulär metod (kallad ANAlyte) som automatiskt kan karakterisera IIF-bilder i form av fluorescensintensitet och fluorescerande mönster.
ANAlyte: A modular image analysis tool for ANA testing with indirect immunofluorescence
{'venue': 'Computer methods and programs in biomedicine', 'journal': 'Computer methods and programs in biomedicine', 'mag_field_of_study': ['Medicine', 'Computer Science']}