Bakgrund: Proteinstrukturjämförelse är en grundläggande uppgift inom strukturbiologi. Medan antalet kända proteinstrukturer har vuxit snabbt under det senaste årtiondet, söker en stor databas av proteinstrukturer är fortfarande relativt långsam med hjälp av befintliga metoder. Det finns ett behov av nya tekniker som snabbt kan jämföra proteinstrukturer, samtidigt som hög matchning noggrannhet. Vi har utvecklat IR Tableau, en snabb proteinjämförelse algoritm, som utnyttjar tablå representation för att jämföra protein tertiära strukturer. IR tabellau jämför tabellaux med hjälp av information hämtning stil funktion indexering tekniker. Experimentell analys av ASTRAL SCOP-proteinets strukturdomändatabas visar att IR Tablå uppnår två storleksordningar speedup över söktiderna för befintliga metoder, samtidigt som de producerar sökresultat med jämförbar noggrannhet. Slutsats: Vi visar att det är möjligt att få mycket betydande speedups för proteinstrukturen jämförelse problem, genom att använda en informationshämtning stil metod för indexering proteiner. Den jämförelsenoggrannhet som uppnås är också stark, vilket öppnar vägen för storskalig bearbetning av mycket stora proteinstrukturdatabaser. Proteinstrukturjämförelse är avgörande för att förstå proteinutveckling, arkitektur och funktion [1]. Databasen Protein Data Bank (PDB) [2], ett offentligt arkiv för makromolekylstrukturdata, är en snabbt växande databas som för närvarande (den 4 augusti 2009) innehåller strukturell information om 59 330 proteiner. Den stadiga tillväxten av PDB börjar nu ställa avsevärda beräkningskrav på frågor som söker hela databasen, en rutin uppgift för att bestämma strukturella protein likheter. Det finns ett antal befintliga tekniker för att jämföra proteinstrukturer: Metoder baserade på strukturella
En snabb proteinjämförelsealgoritm IR Tableau utvecklades av Zhang et al. För proteinåtervinningsändamål i REF, som utnyttjade tablå representation för att jämföra protein tertiära strukturer.
A fast indexing approach for protein structure comparison
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}