Bakgrund: Ockulta organisatoriska strukturer i DNA-sekvenser kan hålla nyckeln till att förstå funktionella och evolutionära aspekter av DNA-molekylen. Sådana strukturer kan också ge medel för att identifiera och särskilja organismer med hjälp av genomiska data. Artspecifika genomiska signaturer är användbara i en mängd olika sammanhang såsom evolutionsanalys, sammansättning och klassificering av genomiska sekvenser från stora okultiverade mikrobiella samhällen och ett snabbt identifieringssystem i hälsofarliga situationer. Vi har analyserat genomiska sekvenser av eukaryotiska och prokaryotiska kromosomer samt olika subtyper av virus med hjälp av ett informationsteoretiskt ramverk. Vi bekräftar förekomsten av en artspecifik genomsnittlig ömsesidig information (AMI) profil. Vi använder dessa profiler för att definiera en mycket enkel, beräkningseffektiv, anpassningsfri, avståndsmått som återspeglar de evolutionära sambanden mellan genomiska sekvenser. Vi använder detta avståndsmått för att klassificera kromosomer efter ursprungsart, för att separera och klunga subtyper av HIV-1-viruset och klassificera DNA-fragment till ursprungsart. Slutsats: AMI-profiler av DNA-sekvenser visar sig vara artspecifika och lätta att beräkna. Strukturen på AMI-profiler bevaras, även i korta följder av en arts genom, vilket ger en genomträngande signatur. Denna signatur kan användas för att klassificera relativt korta DNA-fragment till ursprungsarter.
REF använde den genomsnittliga ömsesidiga informationen för att representera DNA-sekvensinformationen, kallad AMI-modellen.
The Average Mutual Information Profile as a Genomic Signature
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine', 'Computer Science']}