Abstract-Confocal mikroskopi används ofta i neurobiologi för att studera den tredimensionella strukturen i nervsystemet. Konfokala bilddata är ofta flera kanaler, med varje kanal som härrör från ett annat fluorescerande färgämne eller fluorescerande protein; en kanal kan ha täta data, medan en annan har glesa; och det finns ofta strukturer på flera rumsliga skalor: subneuronala domäner, neuroner och stora grupper av neuroner (hjärnregioner). Även kvalitativa analyser kan därför kräva visualisering med hjälp av tekniker och parametrar finjusterade till en viss datauppsättning. Trots den uppsjö av volymåtergivningstekniker som har varit tillgängliga i många år, de tekniker som normalt används i neurobiologisk forskning är något rudimentär, såsom att titta på bildskivor eller maximal intensitet projektioner. Således finns det en verklig efterfrågan från neurobiologer, och biologer i allmänhet, på ett flexibelt visualiseringsverktyg som möjliggör interaktiv visualisering av multi-channel confocal data, med snabb finjustering av parametrar för att avslöja de tredimensionella relationer av strukturer av intresse. Tillsammans med neurobiologer har vi designat ett sådant verktyg och valt visualiseringsmetoder för att passa egenskaperna hos konfokal data och en typisk biologs arbetsflöde. Vi använder interaktiv volymåtergivning med intuitiva inställningar för multidimensionella överföringsfunktioner, flera renderingslägen och multi-vyer för flerkanaliga volymdata, och inbäddning av polygondata i volymdata för rendering och redigering. Som ett exempel använder vi detta verktyg för att visualisera konfokal mikroskopi dataset av den utvecklande zebrafisk visuellt system.
I REF fokuserade vi på att anpassa en volymåtergivare för konfokal mikroskopi data visualisering i neurobiologi forskning.
An interactive visualization tool for multi-channel confocal microscopy data in neurobiology research
{'venue': 'IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics', 'journal': 'IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}