Bakgrund: Under det senaste årtiondet har arbetsflödessystemets paradigm utvecklats som ett effektivt och användarvänligt tillvägagångssätt för att utveckla komplexa bioinformatiska tillämpningar. Två populära arbetsflödessystem som har fått acceptans av bioinformatik gemenskapen är Taverna och Galaxy. Varje system har en stor användarbas och stöder ett ständigt växande förråd av applikationers arbetsflöden. Men arbetsflöden som utvecklats för ett system kan inte importeras och utföras enkelt på det andra. Bristen på driftskompatibilitet beror på skillnader i modellerna för beräkning, arbetsflödesspråk och arkitekturer i båda systemen. Denna brist på interoperabilitet begränsar utbytet av arbetsflöden mellan användargrupperna och leder till dubbelarbete i utvecklingsarbetet. Resultat: I den här artikeln presenterar vi Tavaxy, ett fristående system för att skapa och utföra arbetsflöden baserat på att använda en extensibel uppsättning återanvändbara arbetsflödesmönster. Tavaxy erbjuder en uppsättning nya funktioner som förenklar och förbättrar utvecklingen av sekvensanalysprogram: Det gör det möjligt att integrera befintliga Taverna och Galaxy arbetsflöden i en enda miljö, och stöder användningen av molndatafunktioner. Integrationen av befintliga arbetsflöden i Taverna och Galaxy stöds sömlöst både på kör- och designtidsnivå, baserat på begreppen hierarkiska arbetsflöden och arbetsflöden. Användningen av cloud computing i Tavaxy är flexibel, där användarna antingen kan direktiera hela systemet på molnet, eller delegera utförandet av vissa delarbetsflöden till molninfrastrukturen. Slutsatser: Tavaxy minskar arbetsflödets utvecklingscykel genom att införa användning av arbetsflödesmönster för att förenkla skapandet av arbetsflöden. Det möjliggör återanvändning och integration av befintliga (under) arbetsflöden från Taverna och Galaxy, och gör det möjligt att skapa hybrida arbetsflöden. Dess ytterligare funktioner utnyttjar den senaste tidens framsteg inom högpresterande molntjänster för att klara av den ökande datastorleken och komplexiteten i analysen. Systemet kan nås antingen via ett molnaktiverat webbgränssnitt eller laddas ner och installeras för att köras i användarens lokala miljö. Alla resurser med anknytning till Tavaxy finns tillgängliga på
I REF studerar de integrationen av Taverna och Galaxy var och en kompletterar varandra.
Tavaxy: Integrating Taverna and Galaxy workflows with cloud computing support
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Medicine', 'Computer Science']}