Molekylär typning används för att differentiera mikroorganismer på underarten eller stamnivån för epidemiologiska undersökningar, infektionskontroll, folkhälsa och miljöprovtagning. DNA-sekvensbaserade maskinskrivningsmetoder kräver auktoritativa databaser som länkar sekvensvarianter till nomenklatur för att underlätta kommunikation och jämförelse av identifierade typer i nationella eller globala inställningar. Webbplatsen för PubMLST (https://pubmlst. org/) uppfyller denna roll för över hundra mikroorganismer för vilka den är värd för curerade molekylära sekvenstypningsdata och tillhandahåller sekvens- och alleliska profildefinitioner för multilocussekvenstypning (MLST) och enkelgen typningsmetoder. Under de senaste åren har dessa utvidgats till att omfatta hela genomet med system som kärngenomet MLST (cgMLST) och hela genomet MLST (wgMLST) som katalogiserar den alleliska mångfald som finns i hundratusentals gener. Dessa metoder ger en gemensam nomenklatur för högupplösande stamkarakterisering och jämförelse. Molekylär typing information är kopplad till isolat härkomst, fenotyp, och alltmer genom sammansättningar, vilket ger en resurs för utbrott undersökning och forskning i populationsstruktur, genbindning, global epidemiologi och vaccintäckning. En Representational State Transfer (REST) Application Programming Interface (API) har utvecklats för PubMLST webbplats för att göra dessa stora mängder strukturerade molekylära typning och hela genomsekvensdata tillgängliga för programmatisk åtkomst av någon tredje part program. API är en integrerad del av Bacterial Isolate Genome Sequence Database (BIGSdb) plattform som används för att vara värd för PubMLST resurser, och exponerar alla offentliga data inom webbplatsen. Förutom databläddring, sökning och nedladdning, API stöder autentisering och inlämning av nya data till curator köer. Databasadress: http://rest.pubmlst.org/ V C Författaren/författarna
RESTful API:er har utvecklats för Bakteriell Isolat Genome Sequence Database (BIGSdb), med fråga, uppdatera, lagra och ta bort dataposter med korrekt autentiseringer REF.
A RESTful application programming interface for the PubMLST molecular typing and genome databases
{'venue': 'Database : the journal of biological databases and curation', 'journal': 'Database : the journal of biological databases and curation', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}