Bakgrund: Extrahera motiv från sekvenser är en stöttepelare i bioinformatik. Vi tittar på problemet med gruvstrukturerade motiv, som tillåter varierande längdskillnader mellan enkla motivkomponenter. Vi föreslår en effektiv algoritm, kallad EXMOTIF, som med vissa sekvenser, och en strukturerad motivmall, extraherar alla frekvent strukturerade motiv som har beslutförhet q. Potentiella tillämpningar av vår metod inkluderar extraktion av en-/komposit regulatoriska bindningsställen i DNA-sekvenser. Resultat: EXMOTIF är effektivt både när det gäller tid och rum och visas empiriskt för att överträffa RISO, en toppmodern algoritm. Det är också framgångsrikt att hitta potentiella enstaka / sammansatta transkription faktor bindningsställen. Slutsats: EXMOTIF är ett användbart och effektivt verktyg för att upptäcka strukturerade motiv, särskilt i DNA-sekvenser. Algoritmen finns tillgänglig som öppen källkod på
Denna förenklade version av problemet kallas Frequent (Structured) Motif Discovery problem REF.
EXMOTIF: efficient structured motif extraction
{'venue': 'Algorithms for Molecular Biology', 'journal': 'Algorithms for Molecular Biology', 'mag_field_of_study': ['Medicine', 'Computer Science']}