Bakgrund: RNA pseudoknots spelar viktiga roller i många biologiska processer. Tidigare metoder för jämförande pseudoknotanalys fokuserar främst på samtidig vikning och anpassning av RNA-sekvenser. Litet arbete har gjorts för att anpassa två kända RNA sekundära strukturer med pseudoknots med hänsyn till både sekvens och struktur information av de två RNAs. Resultat: I den här artikeln presenterar vi en ny metod för att anpassa två kända RNA sekundära strukturer med pseudoknots. Vi antar partition funktionsmetodik för att beräkna de bakre log-odds poäng av anpassningarna mellan baser eller baspar av de två RNAs med en dynamisk programmeringsalgoritm. De bakre logods-poängen används sedan för att beräkna den förväntade noggrannheten av en anpassning mellan RNA:erna. Målet är att hitta en optimal anpassning med maximal förväntad noggrannhet. Vi presenterar en heuristisk för att uppnå detta mål. Prestandan av vår metod undersöks och jämförs med befintliga verktyg för RNA struktur anpassning. En utvidgning av metoden till flerfaldig anpassning av pseudoknotstrukturer diskuteras också. Den metod som beskrivs här har implementerats i ett verktyg som heter RKalign, som är fritt tillgängligt på Internet. När fler och fler pseudoknots avslöjas, samlas in och lagras i offentliga databaser, förväntar vi oss att ett verktyg som RKalign kommer att spela en betydande roll i datajämförelse, annotering, analys och hämtning i dessa databaser.
Sång och al. REF införde en metod för att anpassa två kända RNA sekundära strukturer med pseudoknots baserat på partitionsfunktionen för att beräkna poängen av anpassningarna mellan baser eller baspar av de två RNA med en dynamisk programmeringsalgoritm.
Effective alignment of RNA pseudoknot structures using partition function posterior log-odds scores
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}