Bakgrund: Att påverka kärnan funktionell mikrobiom, säregna höga taxonomiska obalanser i människans tarmmikrobiota har nyligen förknippats med specifika sjukdomar, såsom fetma, inflammatoriska tarmsjukdomar, och tarminflammation. För att specifikt övervaka mikrobiota obalans som påverkar människans fysiologi, här utvecklar och validerar vi en original DNA-mikroarray (HTF-Microbi.Array) för hög taxonomisk nivå fingeravtryck av människans tarmmikrobiota. Baserat på den Ligase Detection Reaction-Universal Array (LDR-UA) tillvägagångssätt, HTFMicrobi.Array möjliggör specifik detektion och ungefärlig relativ kvantifiering av 16S rRNAs från 30 fylogenetiskt relaterade grupper av den mänskliga tarmen microbiota. Den HTF-Microbi.Array användes i en pilotstudie av fekal microbiota av åtta unga vuxna. Cluster analys visade den goda reproducerbarheten av hög nivå taxonomiska mikrobiota fingeravtryck som erhållits för varje ämne. Den HTF-Microbi.Array är ett snabbt och känsligt verktyg för hög taxonomisk nivå fingeravtryck av den mänskliga tarmen microbiota i termer av närvaro / frånvaro av de viktigaste grupperna. Dessutom kan analys av den relativa fluorescensintensiteten för varje sondpar i vår LDR-UA-plattform ge en uppskattning av den relativa förekomsten av mikrobiella målgrupper i varje prov. Med fokus på den fylogenetiska upplösningen på divisions-, ordnings- och klusternivåer är HTF-Microbi.Array är blind med avseende på den interindividuella variabiliteten på artnivå.
Denna sond design verktyg har använts för att utforma HTFMicrobi-Array möjliggör hög taxonomisk nivå fingeravtryck av den mänskliga tarmen mikrobiella gemenskapen REF.
High taxonomic level fingerprint of the human intestinal microbiota by Ligase Detection Reaction - Universal Array approach
{'venue': 'BMC Microbiology', 'journal': 'BMC Microbiology', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}