Det finns ett behov av snabbare och mer känsliga algoritmer för sekvenslikviditetssökning med tanke på de snabbt ökande mängder genomiska sekvensdata som finns tillgängliga. Parallell bearbetningskapacitet i form av en enda instruktion, flera data (SIMD) teknik är nu tillgängliga i gemensamma mikroprocessorer och gör det möjligt för en enda mikroprocessor att utföra många operationer parallellt. Paralign algoritmen har utformats speciellt för att dra nytta av denna teknik. Den nya algoritmen utnyttjar initialt parallellism för att utföra en mycket snabb beräkning av den exakta optimala oöverträffade justeringspoängen för alla diagonaler i anpassningsmatrisen. Sedan används en ny heurist för att beräkna en ungefärlig poäng av en gapad justering genom att kombinera poäng av flera diagonaler. Denna ungefärliga poäng används för att välja de mest intressanta databassekvenser för en efterföljande Smith-Waterman justering, som också parallelliseras. Den resulterande metoden innebär en betydande förbättring jämfört med befintlig heuristik. Känsligheten och specificiteten hos ParAlign befanns vara lika bra som Smith-Waterman implementeringar när samma metod för att beräkna den statistiska betydelsen av matcherna användes. När det gäller hastighet befanns endast det betydligt mindre känsliga NCBI BLAST 2-programmet överträffa det nya tillvägagångssättet. Onlinesökningar finns tillgängliga på http://dna.uio.no/search/
Paralign REF är en parallell sekvensjusteringsalgoritm speciellt utformad för att dra nytta av SIMD-teknik.
ParAlign: a parallel sequence alignment algorithm for rapid and sensitive database searches
{'venue': 'Nucleic acids research', 'journal': 'Nucleic acids research', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}