Abstrakt. Analysen av biologiska sekvensdata har varit en av de största tillämpningarna av strängalgoritmer. De metoder som används i många sådana tillämpningar är baserade på analys av kmers, som är korta fasta längdsträngar som finns i en datauppsättning. Medan dessa tillvägagångssätt är ganska olika, lagring och fråga k-mer uppsättningar har dykt upp som en delad underliggande komponent. Uppsättningar av k-mers har unika funktioner och applikationer som under de senaste tio åren har resulterat i många specialiserade metoder för sin representation. I denna undersökning ger vi en enhetlig presentation och jämförelse av de datastrukturer som har föreslagits för att lagra och fråga k-mer uppsättningar. Vi hoppas att denna undersökning inte bara kommer att fungera som en resurs för forskare inom området utan också göra området mer tillgängligt för utomstående.
Medlemsdatastrukturer för k-mer-uppsättningar undersöktes i ett nyligen publicerat dokument REF.
Data structures to represent sets of k-long DNA sequences
{'venue': 'ArXiv', 'journal': 'ArXiv', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Mathematics', 'Biology']}