Långdistanskromosomal associationer mellan genomiska regioner, och deras ompositionering i 3D utrymme av kärnan, anses nu vara viktiga bidrag till regleringen av genuttryck och viktiga kopplingar har lyfts fram med andra genomic särdrag som är involverade i DNA omarrangemang. Nya Chromosome Conformation Capture (3C) mätningar som utförs med hög genomströmningssekvensering (Hi-C) och molekylär dynamik studier visar att det finns en stor korrelation mellan colocalization och samreglering av gener, men dessa viktiga forskningar hindras av bristen på biologer-vänlig analys och visualisering programvara. Här beskriver vi NuChart, ett R-paket som gör det möjligt för användaren att kommentera och statistiskt analysera en lista över ingångsgener med information som bygger på Hi-C-data, integrera kunskap om genomiska funktioner som är involverade i kromosomens rumsliga organisation. NuChart arbetar direkt med sekvenserade avläsningar för att identifiera relaterade Hi-C-fragment, i syfte att skapa gencentrerade kvartersgrafer där multi-omics funktioner kan kartläggas. Förutsägelser om CTCF-bindningsplatser, isokorer och kryptisk rekombination Signalsekvenser tillhandahålls direkt med paketet för kartläggning, även om andra annoteringsdata i bäddformat kan användas (t.ex. metyleringsprofiler och histonmönster). Genuttrycksdata kan automatiskt hämtas och bearbetas från Gene Expression Omnibus och ArrayExpress arkiv för att markera uttryck profilen för gener i det identifierade grannskapet. Dessutom kan statistiska slutsatser om grafstrukturen och korrelationerna mellan dess topologi och multi-omics funktioner utföras med hjälp av Exponential-familj Random Graph Modeller. Den visualisering av Hi-C-fragment som NuChart tillhandahåller möjliggör jämförelser av celler under olika förhållanden, vilket ger möjlighet till ny identifiering av biomarkörer.
NuChart REF är ett R/Bioconductor-paket som möjliggör notering och statistisk analys av en lista över ingångsgener med information som bygger på Hi-C-data och som integrerar kunskap om genomiska funktioner som är involverade i kromosomens rumsliga organisation.
NuChart: An R Package to Study Gene Spatial Neighbourhoods with Multi-Omics Annotations
{'venue': 'PLoS ONE', 'journal': 'PLoS ONE', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}