A b s t r a c t Petri Nets (PN) och deras förlängningar är lovande metoder för modellering och simulering av biologiska system. Vi undersökte PN formalismer och verktyg och jämförde dem utifrån deras matematiska förmåga samt deras lämplighet att representera typiska biologiska processer. Vi mätte dessa verktygs förmåga att modellera specifika egenskaper hos biologiska system och besvara en uppsättning biologiska frågor som vi definierade. Vi fann att olika verktyg krävs för att tillhandahålla alla funktioner som vi utvärderade. Vi skapade programvara för att översätta en generisk PN-modell till de flesta formalismer och verktyg som diskuterades. Vi har också gjort tre modeller tillgängliga och föreslår att ett bibliotek av sådana modeller skulle katalysera framstegen i kvalitativ modellering via PN:er. Utveckling och bred användning av gemensamma format skulle göra det möjligt för forskare att dela modeller och använda olika verktyg för att analysera dem utan att behöva konvertera till egna format.
REF undersökte olika Petri Net implementeringar för att studera egenskaperna och dynamiken hos biologiska system.
Using Petri Net Tools to Study Properties and Dynamics of Biological Systems
{'venue': 'Journal of the American Medical Informatics Association : JAMIA', 'journal': 'Journal of the American Medical Informatics Association : JAMIA', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}