För att identifiera gener som är involverade i onkogenes och för att förstå hur sådana gener påverkar cancer studeras aktivt onormala genuttryck vid cancer. För en effektiv tillgång till resultaten av sådana studier som rapporteras i biomedicinsk litteratur samlas den relevanta informationen in via verktyg för textutvinning och görs tillgänglig via webben. Dagens webbverktyg är dock ännu inte anpassade nog för att tillåta frågor som anger hur en cancer förändras tillsammans med förändringen i genuttrycksnivån, vilket är en viktig del av informationen för att förstå en involverad gens roll i cancerprogression eller regression. OncoSearch är en webbaserad motor som söker medline abstracts för meningar som nämner genuttrycksförändringar i cancer, med frågor som anger (i) om en genuttrycksnivå är uppreglerad eller nedreglerad, (ii) om en viss typ av cancer fortskrider eller går tillbaka tillsammans med en sådan genuttrycksförändring och (iii) genens förväntade roll i cancern. OncoSearch finns tillgängligt via http://oncosearch.biopathway.org.
Inom cancerforskning syftar OncoSearch till exempel till att upptäcka genuttrycksförändringar i cancerrelaterade MEDLINE abstracts REF.
OncoSearch: cancer gene search engine with literature evidence
{'venue': 'Nucleic Acids Research', 'journal': 'Nucleic Acids Research', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine', 'Biology']}