Sammanfattning: Hadoop MapReduce-baserade metoder har blivit allt populärare på grund av deras skalbarhet vid bearbetning av stora sekvenseringsdataset. Men eftersom dessa metoder vanligtvis kräver fördjupad expertis i Hadoop och Java, är de fortfarande utom räckhåll för många bioinformatiker. För att lösa detta problem har vi skapat SeqPig, ett bibliotek och en samling verktyg för att manipulera, analysera och fråga sekvensera dataset på ett skalbart och enkelt sätt. SeqPigscripts använder Hadoop-baserade distribuerade skriptmotorn Apache Pig, som automatiskt parallelliserar och distribuerar databehandlingsuppgifter. Vi visar SeqPig skalbarhet över många datornoder och illustrerar dess användning med exempelskript. Tillgänglighet och genomförande: Tillgänglig under MIT-licensen med öppen källkod på http://sourceforge.net/projects/seqpig/
SeqPig REF är en annan samling av liknande moduler för att manipulera, analysera och fråga sekvensering datauppsättningar.
SeqPig: simple and scalable scripting for large sequencing data sets in Hadoop
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}