ABSTRACT Ett kritiskt element i den beräkningsinfrastruktur som krävs för funktionell genomik är ett gemensamt språk för att kommunicera biologiska data och kunskap. Gene Ontology (GO; http://www.genontology.org) ger en taxonomi av begrepp och deras attribut för att kommentera genprodukter. I takt med att GO ökar i storlek blir dess pågående konstruktion och underhåll mer utmanande. I detta dokument bedömer vi tillämpligheten av ett kunskapsbashanteringssystem (KBMS), Protégé-2000, för underhåll och utveckling av GO. Vi överförde GO till Protégé-2000 för att utvärdera dess lämplighet för GO. Det grafiska användargränssnittet stödde bläddring och redigering av GO. Verktyg för konsekvent kontroll identifierade mindre inkonsekvenser i GO och möjligheter att minska redundans i sin representation. Protégé Axiom Language visade sig vara användbart för att kontrollera ontologisk konsistens. PROMPT-verktyget tillät oss att spåra ändringar till GO. Med hjälp av Protégé-2000 testade vi vår förmåga att göra ändringar och tillägg till GO för att förfina attributens semantik och klassificera fler koncept. Tillgänglighet: Gene Ontology i Protégé-2000 och tillhörande kod finns på
I REF bedöms Protégé-2000 som ett verktyg för att upprätthålla och utveckla GO ontologies.
Knowledge acquisition, consistency checking and concurrency control for Gene Ontology (GO)
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}