Bakgrund: Fenotyp fel orsakar minskning av makten att upptäcka genetisk association. Vi presenterar en kvantifiering av fenotypfel, även känt som diagnostiskt fel, på beräkningar av effekt och provstorlek för fallkontroll genetiska associationsstudier mellan en markör locus och en sjukdom fenotyp. Vi anser det klassiska Pearson chi-square testet för självständighet som vårt test av genetisk association. För att bestämma asymptotisk effekt analytiskt beräknar vi distributionens noncentrality parameter, som är en funktion av fallet och kontrollera provstorlekar, genotypfrekvenser, sjukdom prevalens, och fenotyp felklassificering sannolikheter. Vi härleder icke-centralitet parameter i närvaro av fenotypfel och likvärdiga formler för felklassificeringskostnad (den procentuella ökning av minsta provstorlek som behövs för att upprätthålla konstant asymptotisk effekt på en fast signifikans nivå för varje procentuell ökning av en given felklassificering parameter). Vi använder en linjär Taylor Series approximation för kostnaden för fenotyp felklassificering för att bestämma lägre gränser för de relativa kostnaderna för felklassificering av en sann påverkas (respektive, opåverkad) som en kontroll (respektive, fall). Effekt verifieras genom datorsimulering. Våra viktigaste resultat är att: (i) den absoluta medianskillnaden mellan analytisk effekt med vår metod och simulering effekt var 0,001 och den absoluta skillnaden var inte större än 0,011; (ii) när sjukdomen prevalens närmar sig 0, kostnaden för felklassificering en opåverkad som ett fall blir oändligt stor medan kostnaden för felklassificering en påverkas som en kontroll närmar sig 0. Vårt arbete gör det möjligt för forskare att specifikt kvantifiera effektförlust och minimikrav på provstorlek i närvaro av fenotypfel, vilket möjliggör mer realistisk studiedesign. För de flesta sjukdomar av nuvarande intresse är det av största vikt att man kontrollerar att fallen är korrekt klassificerade.
Edwards och kollegor karakteriserade icke-centralitet parameter i asymptotiska maktfördelningar med tanke på förekomsten av fenotypisk felklassificering REF.
Power and sample size calculations in the presence of phenotype errors for case/control genetic association studies
{'venue': 'BMC Genetics', 'journal': 'BMC Genetics', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}