Bakgrund: Integration av heterogena datatyper är ett utmanande problem, särskilt inom biologin, där antalet databaser och datatyper ökar snabbt. Bland de problem man måste ta itu med är integritet, konsekvens, redundans, konnektivitet, uttrycksfullhet och datasäkerhet. Beskrivning: Här presenterar vi ett system (Biozon) som tar itu med dessa problem, och erbjuder biologer en ny kunskapsresurs att navigera igenom och utforska. Biozon förenar flera biologiska databaser bestående av en mängd olika datatyper (såsom DNA-sekvenser, proteiner, interaktioner och cellulära vägar). Den skiljer sig i grunden från tidigare ansträngningar eftersom den använder en enda omfattande och tätt sammanflätad grafschema insvept med hierarkisk ontologi av dokument och relationer. Utöver lagring av befintliga data beräknar och lagrar Biozon nya härledda data, såsom likhetsförhållanden och funktionella förutsägelser. Integrationen av likhetsdata gör det möjligt att sprida kunskap genom inferens och suddiga sökningar. Sofistikerade metoder för att ifrågasätta att spänna över flera datatyper implementerades och första-av-en-kind biologiska rankingsystem utforskades och integrerades. Biozonsystemet är en omfattande kunskapsresurs för heterogena biologiska data. För närvarande finns det över 100 miljoner biologiska dokument och 6,5 miljarder relationer mellan dem. Databasen är tillgänglig via ett avancerat webbgränssnitt som stöder komplexa frågor, "fuzzy" sökningar, data materialization och mer, online på
Integrationen av dessa heterogena datatyper är ett utmanande problem särskilt inom biologin, där antalet databaser och datatyper ökar snabbt REF.
BIOZON: a system for unification, management and analysis of heterogeneous biological data
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}