Motivering: PacBio singelmolekyl i realtid sekvensering är en tredje generationens sekvenseringsteknik som producerar långa avläsningar, med jämförelsevis lägre genomströmning och högre felfrekvens. Fel inkluderar många indels och komplicerar nedströmsanalys som kartläggning eller de novo montering. En hybridstrategi som drar nytta av den höga noggrannheten hos andra generationens korta avläsningar har föreslagits för att korrigera långa avläsningar. Kartläggning av korta avläsningar på långa avläsningar ger tillräcklig täckning för att eliminera upp till 99 % av felen, men på bekostnad av oöverkomliga körtider och betydande mängder disk- och minnesutrymme. Resultat: Vi presenterar LoRDEC, en hybrid felkorrigeringsmetod som bygger en koncis de Bruijn graf som representerar korta avläsningar, och söker en korrigerande sekvens för varje felaktig region i de långa avläsningar genom att traversera valda banor i grafen. I jämförelse är LoRDEC minst sex gånger snabbare och kräver minst 93 % mindre minne eller diskutrymme än tillgängliga verktyg, samtidigt som man uppnår jämförbar noggrannhet. Tillgänglighet och genomförande: LoRDEC är skrivet i C++, testat på Linuxplattformar och fritt tillgängligt på http://atgc.lirmm.fr/lordec.
Salmela m.fl. Ref presenterade hybridbaserad felkorrigering med hjälp av de Bruijn grafen.
LoRDEC: accurate and efficient long read error correction
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}