Motivering: Abstrakt formanalys möjliggör effektiv beräkning av ett representativt prov av lågenergivikningar av en RNA-molekyl. Mer omfattande information erhålls genom beräkning form sannolikheter, ackumulera Boltzmann sannolikheter för alla strukturer inom varje abstrakt form. Sådan information är överlägsen fria energier eftersom den är oberoende av sekvenslängd och bassammansättning. Men fram till denna punkt, beräkning av form sannolikheter utvärderar alla former samtidigt och kommer med en beräkningskostnad som är exponentiellt i längden på sekvensen. Resultat: Vi enheten en metod som kallas RapidShapes som beräknar formerna över en specificerad sannolikhet tröskel T genom att generera en lista över lovande former och bygga specialiserade vikprogram för varje form för att beräkna sin andel av Boltzmann sannolikhet. Detta syftar till en heuristisk förbättring av körtiden, samtidigt som man fortfarande beräknar exakta sannolikhetsvärden. Slutsats: Utvärdering av detta tillvägagångssätt och flera substrat, vi finner att endast en liten del av former måste faktiskt beräknas. För en RNA sekvens av längd 400, leder detta, beroende på tröskeln, till en 10-138 faldig hastighet-upp jämfört med den tidigare kompletta metoden. Således har probabilistisk formanalys blivit möjlig i medelstora tillämpningar, såsom screening av RNA transkript i ett bakteriellt genom. Tillgänglighet: RapidShapes är tillgängligt via http: /
Det hävdas i RapidShapes REF att med hjälp av form sannolikheter har överlägsen prestanda över fri energi-baserat tillvägagångssätt på grund av dess oberoende på sekvenslängd och bassammansättning.
Faster computation of exact RNA shape probabilities
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}