Abstract-I denna uppsats beskriver vi designen för en medprocessor för helgenom fylogenetisk rekonstruktion. Vår nuvarande design utför en parallelliserad brytpunktsmedianberäkning, vilket är en dyr komponent i den övergripande applikationen. När den implementeras på en fältprogrammerbar grindmatris (FPGA) uppnår vår brytpunktsmedian en maximal hastighetsökning på 1005 över mjukvaran. När medprocessorn används för att påskynda hela rekonstruktionsprocessen, uppnår vi en maximal appliceringshastighet på 417. Resultaten i detta dokument tyder på att FPGA-baserad acceleration är en lovande metod för beräkning dyrt phylogenetiska problem, trots att de inblandade algoritmerna är baserade på komplexa, kontrollberoende kombinatoriska optimering.
En hel genom fylogenetisk rekonstruktion baserad på en parallelliserad version av brytpunktens medianalgoritm har visats i REF.
A Special-Purpose Architecture for Solving the Breakpoint Median Problem
{'venue': 'IEEE Transactions on Very Large Scale Integration (VLSI) Systems', 'journal': 'IEEE Transactions on Very Large Scale Integration (VLSI) Systems', 'mag_field_of_study': ['Computer Science']}