Att förstå de levande organismernas evolutionära historia är ett centralt problem inom biologin. Fram till nyligen begränsades förmågan att härleda evolutionära relationer av mängden tillgängliga DNA-sekvensdata, men nya DNA-sekvenstekniker har till stor del avlägsnat denna begränsning. Som ett resultat, DNA-sekvensdata är lätt tillgängliga eller kan erhållas för ett brett spektrum av organismer, vilket skapar en aldrig tidigare skådad möjlighet att utforska evolutionära relationer brett och djupt över livets träd. Tyvärr är de algoritmer som används för att härleda evolutionära relationer NP-hårda, så den dramatiska ökningen av tillgängliga DNA-sekvensdata har skapat en motsvarande ökning av behovet av tillgång till kraftfulla beräkningsresurser. Lokala bärbara datorer eller stationära maskiner är inte längre genomförbara för analys av de större datamängder som finns tillgängliga idag, och framsteg inom området bygger på tillgång till stora, skalbara högpresterande datorresurser. Detta dokument beskriver utvecklingen av CIPRES Science Gateway, en webbportal som är utformad för att ge forskare öppen tillgång till de snabbast tillgängliga gemenskapskoderna för slutsatser om fylogenetiska relationer, och implementering av dessa koder på skalbara beräkningsresurser. Att möta samhällets behov har inkluderat att utveckla infrastruktur för att ge tillgång, arbeta med samhället för att förbättra befintliga gemenskapskoder, utveckla infrastruktur för att säkerställa att portalen är skalbar för hela systematikgemenskapen, och anta strategier som gör projektet hållbart av samhället. CIPRES Science Gateway har gjort det möjligt för mer än 1800 unika användare att köra jobb som krävde 2,5 miljoner Service Units sedan lanseringen i december 2009. (En serviceenhet är en CPU-timme vid enhetsprioritet).
Nya översikter över gemenskapen finns i REF.
Creating the CIPRES Science Gateway for inference of large phylogenetic trees
{'venue': '2010 Gateway Computing Environments Workshop (GCE)', 'journal': '2010 Gateway Computing Environments Workshop (GCE)', 'mag_field_of_study': ['Computer Science']}