En flaskhals i läkemedelsupptäckt är identifieringen av de molekylära målen för en förening (verkningssätt, MoA) och dess icke-måleffekter. Tidigare metoder för att belysa läkemedel MoA inkluderar analys av kemiska strukturer, transkriptionella svar efter behandling, och text mining. Metoder baserade på transkriptionella svar kräver den minsta mängden information och kan snabbt tillämpas på nya föreningar. Tillgängliga metoder är ineffektiva och kan inte stödja nätverksfarmakologi. Vi utvecklade ett automatiskt och robust tillvägagångssätt som utnyttjar likhet i genuttryck profiler efter läkemedelsbehandling, över flera cellinjer och doser, för att förutsäga likheter i drogeffekt och MoA. Vi byggde ett "narkotikanätverk" med 1.302 noder (droger) och 41.047 kanter (vilket tyder på likheter mellan par av droger). Vi tillämpade nätverksteori, dela upp droger i grupper av tätt sammankopplade noder (dvs. samhällen). Dessa samhällen är avsevärt berikade för föreningar med liknande MoA, eller agerar på samma väg, och kan användas för att identifiera den föreningsriktade biologiska vägar. Nya föreningar kan integreras i nätverket för att förutsäga deras terapeutiska och off-target effekter. Med hjälp av detta nätverk, vi korrekt förutspådde MoA för nio cancerföreningar, och vi kunde upptäcka en orapporterad effekt för en välkänd drog. Vi verifierade en oväntad likhet mellan cyclinberoende kinas 2-hämmare och Topoisomerashämmare. Vi upptäckte att Fasudil (en Rho-kinashämmare) kan "repositioneras" som en förstärkare av cellulär autofagi, potentiellt tillämplig på flera neurodegenerativa störningar. Vårt tillvägagångssätt genomfördes i ett verktyg (handlingssätt av NeTwoRk Analysis, MANTRA, http://mantra.tigem.it). computational drog upptäckt  på drogen repurposing  på systembiologi  på cytostatika
Iorio m.fl. REF använde likhet i genuttrycksprofiler efter läkemedelsbehandling, över flera cellinjer och doser, för att förutsäga likheter i läkemedelseffekt och verkningsmekanism.
Discovery of drug mode of action and drug repositioning from transcriptional responses.
{'venue': 'Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America', 'journal': 'Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}