Ett högkvalitativt mänskligt funktionellt proteininteraktionsnätverk är konstruerat. Dess nytta är dem-onstrated i identifieringen av cancer kandidatgener. Abstrakt bakgrund: En utmaning för biologer är att reta ut användbar information från massiva datauppsättningar för ytterligare analys. En vägbaserad analys kan sprida ljus genom att projicera kandidatgener på proteinfunktionella relationsnätverk. Vi bygger ett sådant vägbaserat analyssystem. Vi har konstruerat ett protein funktionellt interaktionsnätverk genom att utöka kurerade vägar med icke-kurerade källor av information, inklusive protein-protein interaktioner, gen coexpression, proteindomäninteraktion, Gene Ontology (GO) annoteringar och text-minerade proteininteraktioner, som täcker nära 50% av den mänskliga proteomen. Genom att tillämpa detta nätverk till två glioblastoma multiforme (GBM) dataset och projicering cancer kandidatgener på nätverket, fann vi att majoriteten av GDM kandidatgener bildar ett kluster och är närmare än förväntat av slumpen, och majoriteten av GDM prover har sekvensförändrade gener i två nätverksmoduler, en huvudsakligen består av gener vars produkter är lokaliserade i cytoplasman och plasmamembran, och en annan bestående genprodukter i kärnan. Båda modulerna är mycket berikade i kända onkogener, tumörsuppressorer och gener involverade i signaltransduktion. Liknande nätverksmönster hittades också i bröst -, kolorektal - och pankreascancer. Vi har byggt ett mycket pålitligt funktionellt interaktionsnätverk på expert-kurerade vägar och tillämpat detta nätverk på analys av två genom-wide GDM och flera andra cancerdataset. De nätverksmönster som avslöjas från våra resultat tyder på gemensamma mekanismer i cancerbiologin. Vårt system bör ligga till grund för ett nätverk eller en plattformsbaserad analysplattform för cancer och andra sjukdomar. Figur 1 Översikt över förfaranden som används för att konstruera det funktionella interaktionsnätverket. Se text för mer information. BP, biologisk process. Human PPI [45-47] Fly PPI [45] Domäninteraktion [52] Prieto s Gene Expression [50] Lee s Gene Expression [49] GO BP Sharing [51] Jäst PPI [45] Mask PPI [45] PPI [53] Fly PPI [45] Domäninteraktion [52] Prieto s Gene Expression [50] Lee s Gene Expression [49] GO BP Sharing [51] Jäst PPI [45] Mask PPI [45] PPI [45] PPI från GeneWays [53] Datakällor för förutsagda FI:er Reactome [23] Panther [60] KEGG [63] TRED [64] NCI-BioCarta [62] NCI-Natur [62] CellMap [61] Reactome [23] KEGG [63] KRED [64] NCI-BioCarta [62] NCI-BioCarta [62] NCI-Carta [62] NCI-Carta [62] NCI-Carta [62] NCI-Carta [62] NCI-Carta [62] NCI-Natur [62] NCI-Natur [62] NCI-Natur [62] CellMap [61 [61 [62] React [61] React [61 [61 [61] Reactom [60 [60] Genombiologi 2010, 11:R53
Wu och Al. REF utvecklade en naiv Bayes clasfier (NBC) för att avslöja en funktionell interaktion (FI) nätverk som kombinerar både curated protein-protein interaktion nätverk och väg information.
A human functional protein interaction network and its application to cancer data analysis
{'venue': 'Genome Biology', 'journal': 'Genome Biology', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}