Bakgrund: Avancerad textutvinning (TM) såsom semantisk berikning av papper, händelse- eller relationsextraktion, och intelligent frågesvar har i allt högre grad väckt uppmärksamhet inom den biomedicinska domänen. För sådana försök att lyckas är textanteckningar ur biologisk synvinkel oumbärliga. På grund av uppgiftens komplexitet har dock den semantiska kommentaren aldrig prövats i stor skala, bortsett från relativt enkla termer. Vi har slutfört en ny typ av semantisk kommentar, händelse annotation, som är ett tillägg till de befintliga annoteringar i GENIA corpus. Korpus har redan kommenterats med POS (del av tal), syntaktiska träd, termer, etc. Den nya noten gjordes på hälften av GENIA corpus, bestående av 1.000 Medline abstracts. Den innehåller 9,372 meningar där 36.114 händelser identifieras. De största utmaningarna under händelseanteckningarna var 1) att utforma ett notsystem som uppfyller särskilda krav på textanmärkning, 2) att uppnå en biologiorienterad notation som återspeglar biologernas tolkning av texten, och 3) att säkerställa enhetligheten i notationskvaliteten mellan notatörerna. För att möta dessa utmaningar införde vi nya koncept som Single-facet Annotation och Semantic Typing, som tillsammans har bidragit till ett framgångsrikt slutförande av en storskalig notering. Den resulterande händelse-annoterade corpus är den största och en av de bästa i kvalitet bland liknande annotering insatser. Vi förväntar oss att det blir en värdefull resurs för NLP (Natural Language Processing)-baserad TM inom det biomedicinska området.
Negation och osäkerhet av bio-händelser är också kommenteras i viss utsträckning i GENIA händelse corpus REF.
Corpus annotation for mining biomedical events from literature
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}