Systembiologin har utnyttjat beräkningsverktyg och experimentell data med hög genomströmning för att modellera flera biologiska processer. Dessa inkluderar signalering, genreglerande, och metabola nätverk. De flesta av dessa modeller är dock specifika för varje typ av nätverk. Deras sammankoppling kräver en helcellsmodelleringsram för en fullständig förståelse av cellulära system. Vi beskriver de funktioner som krävs av ett integrerat ramverk för modellering, analys och simulering av biologiska processer, och granskar flera modellering formalismer som har använts i Systems Biology inklusive Booleska nätverk, Bayesian nätverk, Petri nät, process algebras, begränsningar-baserade modeller, differentialekvationer, regelbaserade modeller, interagerande statsmaskiner, cellulär automata, och agent-baserade modeller. Vi jämför de egenskaper som olika formalismer ger, och diskuterar den senaste tidens strategier i integrationen av dessa formalismer, samt möjliga riktningar för framtiden.
Det finns många typer av modeller som används för att modellera biologiska processer som Bayesian nätverk, ODE, och agent-baserade modeller REF.
Modeling formalisms in Systems Biology
{'venue': 'AMB Express', 'journal': 'AMB Express', 'mag_field_of_study': ['Medicine', 'Biology']}