Bakgrund: Tillkomsten av "omik" vetenskap har fört nya perspektiv i samtida biologi genom de höga genomströmningsanalyser av molekylära interaktioner, ger nya ledtrådar i protein/gen funktion och i organisationen av biologiska vägar. Biomolekylära interaktionsnätverk, eller grafer, är enkla abstrakta representationer där komponenterna i en cell (t.ex. proteiner, metaboliter etc.) representeras av noder och deras interaktioner representeras av kanter. En lämplig visualisering av data är avgörande för att förstå sådana nätverk, eftersom banor är relaterade till funktioner som förekommer i specifika regioner av cellen. Den kraftriktade layouten är en viktig och allmänt använd teknik för att dra nätverk enligt deras topologier. Att placera nätverken i cellulära fack hjälper till att snabbt identifiera var nätverkselementen finns och, mer specifikt, är koncentrerade. För närvarande är det bara ett fåtal verktyg som ger möjlighet att visuellt organisera nätverk av cellulära fack. De flesta av dem kan inte hantera stora och täta nätverk. Även för små nätverk med hundratals noder kan de tillgängliga verktygen inte placera om nätverket medan användaren interagerar, vilket begränsar den visuella prospekteringskapaciteten. Resultat: Här föreslår vi CellNetVis, ett webbverktyg för att enkelt visa biologiska nätverk i ett celldiagram med en begränsad kraftriktad layoutalgoritm. Verktyget är fritt tillgängligt och öppen källkod. Den var ursprungligen utformad för nätverk som genereras av Integrated Interactome System och kan användas med nätverk från andra databaser, som InnateDB. Slutsatser: CellNetVis har visat sig vara tillämpligt för dynamisk undersökning av komplexa nätverk över en konsekvent representation av en cell på webben, med funktioner som inte matchas någon annanstans.
Metoden för sammansatta grafer används också i REF för de biomolekylära interaktionsnätverken tillsammans med kraftriktad layout, där nätverken placeras i cellulära komponenter för att snabbt identifiera lokaliseringen av nätverkselementen, särskilt för tätbefolkade platser.
CellNetVis: a web tool for visualization of biological networks using force-directed layout constrained by cellular components
{'venue': None, 'journal': 'bioRxiv', 'mag_field_of_study': ['Biology']}