Bakgrund: Att hitta över- eller underrepresenterade motiv i biologiska sekvenser är nu en vanlig uppgift inom genomik. Tack vare p-värdesberäkning för motivräkningar identifieras exceptionella motiv och representerar kandidatfunktionella motiv. I detta arbete behandlas den besläktade frågan om att jämföra det exceptionella i ett motiv i två olika sekvenser. Att bara jämföra antalet p-värden i varje sekvens är verkligen inte tillräckligt för att avgöra om motivet är betydligt mer exceptionellt i den ena sekvensen jämfört med den andra. Ett statistiskt test krävs. Resultat: Vi utvecklar och analyserar två statistiska tester, ett exakt binomial ett och ett asymptotiskt sannolikhetsförhållande test, för att avgöra om undantagen i ett givet motiv är likvärdiga eller väsentligt olika i två sekvenser av intresse. För detta ändamål modelleras motivförekomster av Poisson-processer, med särskild omsorg om överlappande motiv. Båda testerna kan ta hänsyn till sekvenssammansättningarna. Som en illustration jämför vi de oktatiska undantagen i Escherichia coli K-12 ryggrad jämfört med variabla stamspecifika slingor. Det exakta binomialtestet är särskilt anpassat för små tal. För stora mängder, rekommenderar vi att använda sannolikhetsförhållandet test som är asymptotic men starkt korrelerade med den exakta binomial test och mycket enkel att använda.
I REF används statistiska tester för att jämföra motivtal i två (eller flera) sekvenser.
Statistical tests to compare motif count exceptionalities
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Medicine', 'Biology', 'Computer Science']}