Sammanfattning av denna webbsida: Omkring 15 % av kolorektalcancer har mikrosatellitinstabilitet (MSI). MSI-associerade genuttrycksförändringar har identifierats i kolorektalcancer, men det finns inte mycket överlappning mellan signaturer som hindrar en bedömning av övergripande konsekvens. Man vet inte mycket om orsakerna till och nedströmseffekterna av differentialgenuttryck. Experimentell design: DNA mikroarray data på 89 MSI och 140 mikrosatellit-stabila (MSS) kolorektalcancer från denna studie och 58 MSI och 77 MSS fall från tre publicerade rapporter var slumpmässigt uppdelade i test och träningsset. MSI-associerade genuttrycksförändringar bedömdes för korsstudiekonsistens med hjälp av utbildningsprover och validerades som MSI-klassificerare med hjälp av testprover. Skillnader i biologiska vägar identifierades genom funktionell kategorianalys. Orsakssamband med differentialgenuttryck undersöktes i jämförelse med data för DNA-kopieringsnummer. Resultat: MSI-associerade genuttrycksförändringar i kolorektalcancer visade sig vara mycket konsekventa i flera studier av primära tumörer och cancercelllinjer från patienter av olika etniciteter (P < 0,001). Klustring baserad på konsekventa förändringar separerade ytterligare testfall efter MSI-status, och klassificering av enskilda prover förutspådde MSI-status med en känslighet på 96 % och specificitet på 85 %. Gener associerade med immunsvaret var uppreglerade vid MSI-cancer, medan gener associerade med cell-cell adhesion, jonbindning och reglering av metabolismen var nedreglerade. Differentiella genuttryck visade sig återspegla systematiska skillnader i DNA-kopiering- numberaberrationer mellan MSI och MSStumors (P < 0,001). Slutsatser: Våra resultat visar korsstudiekonsistens av MSI-associerade genuttrycksförändringar i kolorektalcancer. Förändringar i DNA-kopior orsakar delvis skillnader i genuttryck mellan MSI- och MSS-cancer.
En liknande forskning presenteras i REF där forskarna visade korsstudiekonsistens av MSI-associerade genuttrycksförändringar i kolorektalcancer.
DNA Copy-Number Alterations Underlie Gene Expression Differences between Microsatellite Stable and Unstable Colorectal Cancers
{'venue': 'Clinical Cancer Research', 'journal': 'Clinical Cancer Research', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}