Motivering: Modellutbyte i system och syntetisk biologi har standardiserats för datorer med System Biology Markup Language (SBML) och CellML, men specialiserad programvara behövs för generering av modeller i dessa format. Textbaserade modelldefinitionsspråk gör det möjligt för forskare att skapa modeller enkelt och sedan exportera dem till ett gemensamt utbytesformat. Modulära språk gör det lättare för forskare att skapa och kombinera komplexa modeller. Vi såg en användning för ett modulärt textbaserat språk, tillsammans med ett översättningsbibliotek för att tillåta andra program att läsa modellerna också. Antimoniska språket ger en forskare ett sätt att använda enkla textförklaringar för att skapa, importera och kombinera biologiska modeller, vilket gör att komplexa modeller kan byggas från enklare modeller, och ger en särskild syntax för skapandet av modulära genetiska nätverk. LibAntimony-biblioteket tillåter andra programvarupaket att importera dessa modeller och konvertera dem antingen till SBML eller deras egna interna format. Tillgänglighet: Antimony språkspecifikation och libAntimony-biblioteket finns tillgängliga under en BSD-licens från http://antimony.sourceforge.net/ Contact:
Antimony REF är ett modelldefinitionsspråk som gör det möjligt för användare att ange delar av modellen i ett skriptliknande språk, och sedan kombinera dessa delar för att skapa mer komplexa modeller.
Antimony: a modular model definition language
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}