Pacific Biosciences (PacBio), den viktigaste tredje generationens sekvenseringsteknik kan producera skalbara, höggenomströmnings-, aldrig tidigare skådade sekvenseringsresultat genom långa avläsningar med enhetlig täckning. Även om dessa långa avläsningar har visat sig öka kvaliteten på utkastgenom i repetitiva regioner, är grundläggande beräkningsutmaningar fortfarande att övervinna sin höga felfrekvens och montera dem effektivt. I detta papper visar vi att de Bruijn grafen byggd på de långa avläsningarna kan vara effektivt och väsentligt löses upp med hjälp av optiska kartdata som hjälpinformation. Grundläggande för vårt tillvägagångssätt är användningen av positional de Bruijn-grafen och en koncis datastruktur för att konstruera och sprida denna graf. Våra experimentella resultat visar att över 97,7% av riktade cykler har tagits bort från den resulterande positional de Bruijn grafen jämfört med dess icke-positionella motsvarighet. Våra resultat visar således att disentangling de Bruijn grafen med positionsinformation är en lovande riktning för att utveckla en enkel och effektiv sammansättning algoritm för långa läsningar.
Metoden med Alipanahi et al. REF för att lösa upp de Bruijn grafen med hjälp av optiska kartdata är mer relaterad till vårt arbete.
Disentangled Long-Read De Bruijn Graphs via Optical Maps
{'venue': None, 'journal': 'bioRxiv', 'mag_field_of_study': ['Biology']}