Allteftersom allt fler protein-proteininteraktionsdata samlas in blir uppgiften att uppskatta tillförlitligheten hos olika datamängder allt viktigare. I detta dokument presenterar vi vår studie av två grupper av protein-proteininteraktionsdata, de fysiska interaktionsdata och proteinkomplexdata, och uppskattar tillförlitligheten av dessa datamängder med hjälp av tre olika mätningar: (1) fördelningen av genuttryck korrelationskoefficienter, (2) tillförlitligheten baserad på genuttryck korrelationskoefficienter, och (3) noggrannheten av proteinfunktionsprognoser. Vi utvecklar en maximal sannolikhet metod för att uppskatta tillförlitligheten av proteininteraktionsdatauppsättningar enligt fördelningen av korrelationskoefficienter för genuttryck profiler av putativ interagerande proteinpar. Resultaten av de tre mätningarna stämmer överens med varandra. MIPS proteinkomplexet data har den högsta genomsnittliga genuttryck korrelationskoefficienter (0.256) och den högsta noggrannheten i att förutsäga proteinfunktioner (70% känslighet och specificitet), medan Itos Jäst tvåhybrid data har den lägsta medelvärdet (0.041) och den lägsta noggrannhet (15% känslighet och specificitet). Uetz data är mer tillförlitliga än Itos data i alla tre mätningarna, och TAP protein komplexa data är mer tillförlitliga än HMS-PCI-data i alla tre mätningarna också. De komplexa dataseten presterar i allmänhet bättre i funktionsprognoser än de fysiska interaktionsdatasseten. Proteiner i komplex har visat sig vara mer korrelerade i genuttryck. Resultaten bekräftar att komponenterna i ett proteinkomplex kan tilldelas funktioner som komplexet utför i en cell. Det finns tre uppsättningar interaktionsdata som skiljer sig från ovan två grupper: genetiska interaktionsdata, in-silico data och synexpress data. Deras förmåga att förutsäga proteinfunktioner faller i allmänhet mellan den av Y2H-data och den av MIPS proteinkomplexdata. Den kompletterande informationen finns på följande webbplats: http://www-hto.usc.edu/ skamsms/AssessInteraktion/.
På samma sätt i REF, maximal sannolikhet metod för att förutsäga protein-protein interaktioner och proteinfunktioner från tre typer av data.
Assessment of the reliability of protein-protein interactions and protein function prediction
{'venue': 'Pacific Symposium on Biocomputing', 'journal': None, 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine', 'Biology']}