ABSTRACT Motivering: Aminosyrasekvensanpassningar används i stor utsträckning i analysen av proteinstruktur, funktion och evolutionära relationer. Proteiner inom en superfamilj delar vanligtvis samma veck och har relaterade funktioner. Dessa strukturella och funktionella begränsningar återspeglas i anpassningsbevarandet. Positioner av funktionell och/eller strukturell betydelse tenderar att bevaras mer. Bevarade positioner är vanligtvis grupperade i distinkta motiv omgivna av sekvenssegment med lågt bevarande. Dåligt bevarade regioner kan också uppstå från brister i flera justeringsalgoritmer och därmed indikera eventuella anpassningsfel. Kvantifiering av bevarande genom att tillskriva varje position ett bevarandeindex gör det lättare att upptäcka motiv. Kartläggning av dessa bevarandeindex på en protein rumslig struktur hjälper till att visualisera rumsliga bevarande funktioner i molekylen och att förutsäga funktionellt och / eller strukturellt viktiga platser. Analys av bevarandeindex kan vara ett användbart verktyg för att upptäcka potentiellt missriktade regioner och kommer att bidra till att förbättra flera anpassningar. Resultat: Vi utvecklade ett program för att beräkna ett bevarande index vid varje position i en flera sekvens anpassning med hjälp av flera metoder. Nämligen uppskattas aminosyrafrekvenserna vid varje position och bevarandeindexet beräknas utifrån dessa frekvenser. Vi använder både oviktade frekvenser och frekvenser viktade med hjälp av två olika strategier. Tre konceptuellt olika metoder (entropi-baserade, varians-baserade och matris poäng-baserade) genomförs i algoritmen för att definiera bevarandeindex. Beräkning av bevarandeindex för 35 522 positioner i 284 anpassningar från SMART-databasen visar att olika metoder resulterar i mycket korrelerade (korrelationskoefficient mer än 0,85) bevarandeindex. Bevarandeindex visar statistiskt signifikant korrelation mellan intilliggande positioner i och i + j, där j < 13, och medelvärde av indexen över fönstret på tre positioner * Till vilka korrespondens bör riktas. är optimal för att upptäcka motiv. Positioner med luckor visar betydligt lägre bevarandeegenskaper. Vi jämför bevarandeegenskaper för SMART-anpassningar eller FSSP-strukturanpassningar med de för ClustalW-anpassningar. Resultaten tyder på att bevarandeindex bör vara ett värdefullt verktyg för kvalitetsbedömning av anpassningen och kan användas som en objektiv funktion för att förfina flera anpassningar. Tillgänglighet: AL2CO-programmets C-kod och dess förkompilerade versioner för flera plattformar samt detaljerna i analysen finns fritt tillgängliga på ftp://iole. Denna förordning träder i kraft den tjugonde dagen efter det att den har offentliggjorts i Europeiska unionens officiella tidning.
I genomförandet av AL2CO infördes begreppet bevarandeindex och rekommenderades för användning som en parameter för förfining av flera sekvensanpassning REF.
AL2CO: calculation of positional conservation in a protein sequence alignment
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}