Bakgrund: Cancerceller hyser ett stort antal molekylära förändringar såsom mutationer, förstärkningar och deletioner på DNA-sekvenser och epigenetiska förändringar på DNA-metyleringar. Dessa avvikelser kan dysregulatera genuttryck, som i sin tur driver maligniteten av tumörer. Decifering kausala och statistiska samband av molekylära avvikelser och genuttryck är avgörande för att förstå de molekylära mekanismerna av kliniska fenotyper. Resultat: I detta arbete, föreslog vi en beräkningsmetod för att rekonstruera associationsmoduler som innehåller förare avvikelser, passagerare mRNA eller microRNA uttryck, och putativa regulatorer som medierar effekterna från förare till passagerare. Genom att tillämpa modulfinnande algoritmen på de integrerade datauppsättningarna av NCI-60 cancer cellinjer, fann vi att genuttryck drevs av olika molekylära avvikelser inklusive kromosomsegment' kopior nummervariationer, genmutationer och DNA-metylationer, microRNA uttryck, och uttryck av transkriptionsfaktorer. In-silico-validering indikerade att passagerargener berikades med regulatorbindningsmotiv, funktionella kategorier eller banor där förarna var inblandade, och sam-citationer med förar/reglerande gener. Dessutom var 6 av 11 förutsagda MYB-mål nedreglerade i en MYB-siRNA-behandlad leukemicellinje. Dessutom drevs mikroRNA-uttryck av distinkta mekanismer från mRNA-uttryck.
Helt nyligen föreslog andra författare REF en metod för att rekonstruera associationsmoduler som innehåller canceravvikelser förare.
Deciphering causal and statistical relations of molecular aberrations and gene expressions in NCI-60 cell lines
{'venue': 'BMC Systems Biology', 'journal': 'BMC Systems Biology', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Computer Science', 'Medicine']}