Genetiska data används ofta för att avgränsa arter, där artstatus bestäms på grundval av en exklusivitetskriterium, t.ex. ömsesidig monofyly. Det finns inte bara många empiriska exempel på inkongruens mellan de gränser som härleds från sådana data jämfört med andra källor som morfologi-särskilt med nyligen härledda arter, men populationsgenetisk teori visar också tydligt att en oundviklig fördomsfullhet i artstatus leder till att genetiska trösklar inte uttryckligen tar hänsyn till hur tidpunkten för speciering påverkar mönster av genetisk differentiering. Denna studie representerar en grundläggande förändring i hur genetiska data kan användas för att avgränsa arter. I stället för att likställa genträd med ett artträd eller basar artstatus på någon genetisk tröskel, modelleras förhållandet mellan genträden och arternas historia probabilistiskt. Här visar vi att samma teori som används för att beräkna sannolikheten för ömsesidig monofyly också kan användas för att avgränsa arter trots utbredd ofullständig linjesortering. Resultaten från en preliminär simuleringsstudie tyder på att mycket nyligen härledda arter kan identifieras exakt långt innan den tid som krävs för att ömsesidigt monofyly ska kunna uppnås efter specificering. Studien visar också hur viktigt det är att ta prover, både när det gäller loci och individer. Mot bakgrund av en grundlig undersökning av de förhållanden under vilka den kolescerande metoden kommer att vara effektiv, nämligen hur tidpunkten för avvikelser i förhållande till den effektiva populationsstorleken hos arter påverkar exakt artavgränsning, är resultaten ändå förenliga med andra färska studier (riktade på infererande artförhållanden), som visar att trots avsaknaden av monofyletiska genträd kvarstår en signal om artskillnader och kan extraheras. Genom att använda en explicit modellbaserad metod undviker man också två primära problem med artavgränsning som uppstår när genetiska gränsvärden tillämpas med genetiska data – de inneboende fördomarna i artdetektion som uppstår från när och hur specificeringen skedde, och underlåtenhet att ta hänsyn till den höga stokastiska variationen i genetiska processer. Både nytta och känslighet hos den kolescerande metod som beskrivs här diskuteras. Framför allt är en modellbaserad metod avgörande för att avgöra om ofullständigt sorterade genlinjer är (eller inte) förenliga med separata arters härstamningar, och sådana slutsatser kräver noggrann modellparameterisering (dvs. en rad realistiska effektiva populationsstorlekar i förhållande till potentiella tider av divergens för de förmodade arterna). Det är målet (och motivet till denna studie) att genetiska data kan användas effektivt som en källa till komplettering till andra datakällor för diagnostisering av arter, i motsats till uteslutandet av andra bevis för artavgränsning, vilket kommer att kräva en uttrycklig bedömning av effekterna av den tidsmässiga dynamiken hos arvsdelning på genetiska data. [Kalescens; genealogisk disharmoni; genealogiskt artbegrepp; genträd; ofullständig stamsortering.]
KC-avgränsningen som utvecklats här är till stor del en förlängning av Ref-metoden, med hjälp av ett liknande optimalt kriterium (sannolikheten för genträden med tanke på arten träd), men möjliggör en sökning över alla möjliga uppdrag.
Delimiting Species without Monophyletic Gene Trees
{'venue': 'Systematic biology', 'journal': 'Systematic biology', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}