Gene Expression Database (GXD) är en omfattande online-databas inom Mouse Genome Informatics resurs, syftar till att ge tillgänglig information om endogena genuttryck under musutveckling. Informationen kommer främst från tusentals biomedicinska publikationer som databaskuratorer måste gå igenom och läsa. Med tanke på det mycket stora antal biomedicinska artiklar som publiceras varje år spelar automatisk dokumentklassificering en viktig roll inom biomedicinsk forskning. Specifikt behövs en effektiv och effektiv dokumentklassificering för att stödja GXD-anmärkningsarbetsflödet. Vi presenterar här ett effektivt men ändå relativt enkelt klassificeringssystem, som använder lättillgängliga verktyg när du använder funktionsval, som syftar till att hjälpa kuratorer att identifiera publikationer som är relevanta för GXD. Vi undersöker vår metods prestanda över en stor manuellt kurerad datauppsättning, bestående av mer än 25 000 PubMed abstracts, varav ungefär hälften är kurerade som relevanta för GXD medan den andra hälften är lika irrelevant för GXD. Förutom text från titel-och-abstract, anser vi också bildtexter, en viktig informationskälla som vi integrerar i vår metod. Vi tillämpar en rubrikbaserad klassificering för en delmängd på cirka 3300 dokument, för vilka den fullständiga texten till de kurerade artiklarna finns tillgänglig. Resultaten visar att vårt föreslagna tillvägagångssätt är robust och effektivt när det gäller klassificeringen av GXD-dokument. Genom att använda information som erhållits från bildtexter förbättras dessutom prestandan tydligt, jämfört med titel och abstrakt, vilket bekräftar nyttan av bildtexter som en väsentlig evidenskälla för att automatiskt fastställa biomedicinska publikationers relevans för ett visst ämnesområde. Databasadress: www.informatics.jax.org V C Författaren(erna)
I vårt eget förberedande arbete REF presenterade vi ett effektivt ännu relativt enkelt klassificeringssystem med hjälp av lättillgängliga verktyg, samtidigt som vi använde flera av våra statistiska urvalsstrategier för att identifiera publikationer som är relevanta för GXD bland en stor uppsättning MGI-dokument.
Effective biomedical document classification for identifying publications relevant to the mouse Gene Expression Database (GXD)
{'venue': 'Database: The Journal of Biological Databases and Curation', 'journal': 'Database: The Journal of Biological Databases and Curation', 'mag_field_of_study': ['Medicine', 'Computer Science']}