Wurst är ett program för proteintrådning med tonvikt på högkvalitativ sekvens för strukturanpassningar (http://www.zbh.uni-hamburg.de/wurst). Inskickade sekvenser är anpassade till var och en av ca 3000 mallar med en konventionell dynamisk programmeringsalgoritm, men med hjälp av en poängfunktion med sofistikerade struktur- och sekvenstermer. Strukturtermerna är en logodds sannolikhet för sekvens för att strukturera fragmentkompatibilitet, som erhålls från en Bayesian klassificering förfarande. En simplexoptimering användes för att optimera sekvensbaserade termer för målet om anpassning och modellkvalitet och för att balansera sekvens och strukturella bidrag mot varandra. Både sekvens och strukturella termer fungerar med sekvensprofiler.
Proteinvikningssimuleringsprogrammet Wurst REF är ett proteintrådningsprogram med betoning på hög kvalitet på strukturanpassningar.
Wurst: a protein threading server with a structural scoring function, sequence profiles and optimized substitution matrices
{'venue': 'Nucleic acids research', 'journal': 'Nucleic acids research', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Biology', 'Medicine']}