Motivering: de Bruijn grafer har föreslagits som en datastruktur för att underlätta analysen av relaterade hela genomsekvenser, i både en population och jämförande genomiska inställningar. Men nuvarande tillvägagångssätt inte skala väl till många genom av stor storlek (såsom däggdjursgenom). Resultat: I den här artikeln presenterar vi TWOPACO, en enkel och skalbar låg minnesalgoritm för den direkta konstruktionen av den komprimerade de Bruijn grafen från en uppsättning kompletta genom. Vi visar att den kan konstruera grafen för 100 simulerade mänskliga genom på mindre än en dag och åtta riktiga primater i < 2 timmar, på en typisk delad minnesmaskin. Vi tror att dessa framsteg kommer att möjliggöra nya biologiska analyser av hundratals däggdjursstora genom.
TwoPaCo REF använder ett blomfilter för att representera den vanliga de Bruijn grafen och sedan konstruerar den komprimerade de Bruijn grafen från blomfiltret kodade en.
TwoPaCo: an efficient algorithm to build the compacted de Bruijn graph from many complete genomes
{'venue': None, 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Mathematics', 'Biology', 'Medicine']}