Abstract-Mapting kort nästa generation läser till referensgenom är en viktig del i SNP samtals- och uttrycksstudier. En stor begränsning till storskalig helgenommappning är de stora minneskraven för algoritmen och den långa tidsperiod som krävs för noggranna studier. Flera parallella implementationer har utförts för att distribuera minne på olika processorer och för att på samma sätt dela bearbetningskraven. Dessa metoder jämförs med avseende på deras minnesavtryck, belastningsbalansering och noggrannhet. Vid användning av MPI med flertrådig, linjär upphastighet kan uppnås för upp till 256 processorer.
Använda MPI med multi-threading för att parallellisera GNUMAP introduceras i REF, där prestandan kan skalas linjärt upp till 256 processorer över 32 noder.
Parallel Mapping Approaches for GNUMAP
{'venue': '2011 IEEE International Symposium on Parallel and Distributed Processing Workshops and Phd Forum', 'journal': '2011 IEEE International Symposium on Parallel and Distributed Processing Workshops and Phd Forum', 'mag_field_of_study': ['Medicine', 'Computer Science']}