Den liftande effekten av en fördelaktig mutation, eller en selektiv svepning, genererar en unik fördelning av allelfrekvenser och rumslig fördelning av polymorfa platser. Ett kompositlikelihood test var tidigare utformat för att upptäcka dessa signaturer av en selektiv svepning, endast på grundval av den rumsliga fördelningen och marginella allelfrekvenser av polymorfismer. Eftersom ett överskott av link disequilibrium (LD) också är känt för att vara en stark signatur av ett selektivt svep, undersöker vi hur mycket statistisk makt ökas genom att inkludera information om LD. Det förväntade mönstret för LD förutspås genom ett genealogiskt tillvägagångssätt. Både teori och simulering tyder på att stark LD genereras i smala regioner på båda sidor av platsen för positiv mutation. Bristen på LD förväntas dock på båda sidor. Vi undersöker olika sätt att upptäcka denna signatur av selektiva svepningar genom statistiska tester. En ny kompositlikelihood-metod föreslås för att införliva information om LD. Denna metod gör det möjligt för oss att upptäcka selektiva svep och uppskatta parametrarna i urvalsmodellen bättre än den tidigare kompositlikelihood-metoden som inte tar LD i beaktande. Den förbättring som gjorts genom att inkludera LD är dock ganska liten, vilket tyder på att merparten av den relevanta informationen om selektiva svepningar fångas upp av den rumsliga fördelningen och marginella allelfrekvenser av polymorfismer.
Kim och Nielsen REF beskrev LD-signaturen för ett selektivt svep och införde ett ML-ramverk och statistik för att upptäcka selektiva svepningar baserade på LD.
Linkage Disequilibrium as a Signature of Selective Sweeps
{'venue': 'Genetics', 'journal': 'Genetics', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}