Validering av multi-gene biomarkörer för kliniska resultat är en av de viktigaste frågorna för cancer prognos. En viktig informationskälla för virtuell validering är det stora antalet tillgängliga cancerdatamängder. Att bedöma den prognostiska prestandan hos en genuttryckssignatur längs datauppsättningar är dock en svår uppgift för biologer och läkare och även tidskrävande för statistiker och bioinformatiker. För att underlätta prestandajämförelser och valideringar av överlevnadsbiomarkörer för cancerresultat utvecklade vi därför SurvExpress, en canceromfattande genuttrycksdatabas med kliniska resultat och ett webbaserat verktyg som ger överlevnadsanalys och riskbedömning av cancerdata. Huvudingången i SurvExpress är endast biomarkörgenlistan. Vi genererade en cancerdatabas som samlade mer än 20.000 prover och 130 dataset med censurerad klinisk information som täcker tumörer över 20 vävnader. Vi implementerade ett webbgränssnitt för att utföra biomarkörvalidering och jämförelser i denna databas, där en multivariat överlevnadsanalys kan utföras på ungefär en minut. Vi visar nyttan och enkelheten av SurvExpress i två biomarker applikationer för bröst- och lungcancer. Jämfört med andra verktyg är SurvExpress det största, mest mångsidiga och snabbaste gratisverktyget som finns. SurvExpress-webben finns på http://bioinformatica.mty.itesm.mx/SurvExpress (en handledning ingår). Webbplatsen implementerades i JSP, JavaScript, MySQL och R.
SurvExpress REF är en omfattande genuttrycksdatabas och webbaserat verktyg som ger överlevnadsanalys och riskbedömning i cancerdataset med hjälp av en biomarkörgenlista som: Kaplan-Meier-plotter, log-rank test av skillnader mellan grupper, och riskkvoten uppskattning.
SurvExpress: An Online Biomarker Validation Tool and Database for Cancer Gene Expression Data Using Survival Analysis
{'venue': 'PLoS ONE', 'journal': 'PLoS ONE', 'mag_field_of_study': ['Medicine']}