Bakgrund: Många onlineresurser för life sciences har utvecklats och introducerats i peer-reviewed papers nyligen, allt från databaser och webbapplikationer till dataanalysprogram. Vissa har introducerats i specialtidskrifter eller webbplatser med sökfunktion, men andra är spridda över hela Internet och i den publicerade litteraturen. De sökbara resurserna på dessa webbplatser samlas in och underhålls manuellt och är därför av högre kvalitet än automatiskt uppdaterade webbplatser, men kräver också mer tid och ansträngning. Vi utvecklade ett online-resurssöksystem som heter OREFiL för att ta itu med dessa problem. Vi utvecklade en krypare för att samla alla webbsidor vars webbadresser visas i MEDLINE abstracts och fulltextpapper på BioMed Central open-access tidskrifter. Webbadresserna extraherades med hjälp av reguljära uttryck och regler baserade på vår heuristiska kunskap. Därefter indexerade vi onlineresurserna för att underlätta för forskare att hämta och jämföra dem. Eftersom varje onlineresurs har minst ett PubMed ID, kan vi enkelt få sin sammanfattning med Medical Subject Headings (MeSH) termer och bekräfta dess trovärdighet genom hänvisning till motsvarande PubMed post. Dessutom, eftersom OREFiL automatiskt extraherar webbadresser och uppdaterar indexet, minimal tid och ansträngning behövs för att upprätthålla systemet. Vi utvecklade OREFiL, ett söksystem för life science-resurser online, som är fritt tillgängligt. Systemets distinkta funktioner inkluderar möjligheten att returnera aktuella sökrelevanta onlineresurser som införts i peer-reviewed papers; möjligheten att söka med hjälp av fria ord, MeSH-termer eller författarnamn; enkel verifiering av varje träff efter länkar till motsvarande PubMed-post eller till papper med hänvisning till URL via söksystemen i BioMed Central, Scirus, HighWire Press eller Google Scholar; och snabb bekräftelse av förekomsten av en online resurs webbsida.
REF crawled abstracts från MED-LINE och fulltext från BioMed för att extrahera webbadresser för resurser med hjälp av reguljära uttryck och heuristiska regler.
OReFiL: an online resource finder for life sciences
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}