16S rRNA gen är en av de föredragna målen för att lösa art phylogenesis problem i mikrobiologiska- relaterade sammanhang. Det kan dock vara problematiskt att identifiera enstaka nukleotidvariationer som kan särskilja en sekvens mellan en uppsättning homologa varianter. Här presenterar vi ORMA (Oligonucleotide Retrieving for Molecular Applications), en uppsättning skript för att särskilja positionssökning och för att utföra valet av högkvalitativa oligonukleotidsonder som ska användas i molekylära applikationer. Två analyser baserade på Ligase Detection Reaction (LDR) presenteras. Först jämfördes en ny uppsättning sondpar på cyanobakterier 16S rRNA sekvenser av 18 olika arter med en tidigare studie. Därefter utvärderades en uppsättning LDR-sondpar för diskriminering av 13 patogener som förorenar mjölk från nötkreatur. Programvaran bestämde mer än 100 kandidatproben par per dataset, från mer än 300 16S rRNA sekvenser, på mindre än 5 minuter. Resultaten visade hur ORMA förbättrade LDR-testets prestanda på cyanobakterier, genom att korrekt identifiera 12 av 14 prover, och tillät den perfekta diskrimineringen bland de 13 mjölkpatogenrelaterade arterna. ORMA är en signifikant förbättring från andra sammanhang där enzymbaserade tekniker har använts på redan kända mutationer av en enda bas eller på hela subsekvenser.
Oligonucleotid retriening för molekylära applikationer (ORMA) REF är en av de senaste program som föreslås för att välja oligonukleotidsonder.
ORMA: a tool for identification of species-specific variations in 16S rRNA gene and oligonucleotides design
{'venue': 'Nucleic Acids Research', 'journal': 'Nucleic Acids Research', 'mag_field_of_study': ['Medicine', 'Biology']}