ABSTRACT Det växande området systembiologi har drivit efterfrågan på flexibla verktyg för att modellera och simulera biologiska system. Två etablerade problem vid modellering av biologiska processer är urval av modeller och uppskattning av tillhörande parametrar. Ett antal statistiska metoder, både frekventistiska och bayesiska, har föreslagits för att besvara dessa frågor. Resultat: Här presenterar vi ett Python-paket, ABC-SysBio, som implementerar parameterslut och modellval för dynamiska system i en ungefärlig Bayesiansk beräkningsram (ABC). ABC-SysBio kombinerar tre algoritmer: ABC-avstötningsprovtagare, ABC SMC för parameteravslut och ABC SMC för modellurval. Den är utformad för att arbeta med modeller skrivna i System Biology Markup Language (SBML). Deterministiska och stokastiska modeller kan analyseras i ABC-SysBio.
På samma sätt genomför ABC-SysBio REF ungefärlig Bayesian beräkning (ABC) för parameter slutsatser och modellval i deterministiska och stokastiska ODE-modeller.
ABC-SysBio—approximate Bayesian computation in Python with GPU support
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}