Vi presenterar en beräkningsmetod för förutsägelse av funktionella moduler kodade i mikrobiella genom. I detta arbete har vi också utvecklat en formell åtgärd för att kvantifiera graden av överensstämmelse mellan de förutsagda och de kända modulerna, och har genomfört statistisk signifikansanalys av överensstämmelseåtgärder. Vi utvärderar först det funktionella sambandet mellan två gener från tre olika perspektiv-phylogenetisk profilanalys, gengrannsanalys och Gene Ontology-uppdrag. Vi kombinerar sedan de tre olika informationskällorna inom ramen för Bayesian inference, och vi använder den kombinerade informationen för att mäta styrkan i genfunktionaliteten. Slutligen tillämpar vi en tröskelbaserad metod för att förutsäga funktionella moduler. Genom att tillämpa denna metod på Escherichia coli K12 har vi förutspått 185 funktionella moduler. Våra förutsägelser överensstämmer i hög grad med de tidigare kända funktionella modulerna i E.coli. Applikationsresultaten har visat att vår strategi är mycket lovande för förutsägelsen av funktionella moduler kodade i ett mikrobiellt genom.
Wu och Al. integrerad GO, fylogenetiska profiler och gen grannar med Bayesian inference för att upptäcka funktionella moduler REF.
Prediction of functional modules based on comparative genome analysis and Gene Ontology application
{'venue': 'Nucleic Acids Research', 'journal': 'Nucleic Acids Research', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}