ABSTRACT En enkel och snabb algoritm beskrivs som beräknar ett mått på protrusion (cx) för atomer i proteinstrukturer, direkt användbar med de gemensamma molekylära grafikprogram. Resultat: En sfär av förutbestämd radie centreras runt varje icke-hydrogenatom, och den volym som upptas av proteinet och den fria volymen inom sfären (interna och externa volymer, respektive) beräknas. Atomer i utskjutande regioner har ett högt förhållande (cx) mellan den yttre och den inre volymen. Programmet läser en PDB-fil, och skriver utdata i samma format, med cx-värden i B-faktorfältet. Utdatastrukturfiler kan visas direkt med vanliga molekylära grafikprogram som RASMOL, MOLMOL, Swiss-PDB Viewer och färgade enligt cx-värden. Vi visar den potentiella användningen av detta program i analysen av två protein-proteinkomplex och i förutsägelsen av begränsade proteolys platser i inhemska proteiner.
Pintar REF föreslog nyttan av atomprotrusion i analysen av protein-protein interaktioner.
CX, an algorithm that identifies protruding atoms in proteins
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}