Resultaten från upprepade dockningsförsök kan användas för att utvärdera en empirisk vibrationell entropi av bindning i ligandproteinkomplex. Vi har testat flera metoder för att utvärdera det vibrationella bidraget till bindningen av 22 nukleotidanaloger till enzymet APS reduktas. Dessa inkluderar två klusterstorleksmetoder som mäter sannolikheten för att hitta en viss konformation, en metod som uppskattar omfattningen av den lokala energi väl genom att titta på spridning av konformationer inom klustererade resultat, och en RMSD-baserad metod som använder den totala scatter och kluster av alla konformationer. Vi har också direkt karakteriserat det lokala energilandskapet genom slumpvis provtagning runt dockade konformationer. Den enkla klusterstorleksmetoden visar den bästa prestandan, vilket förbättrar identifieringen av korrekta konformationer i flera dockningsförsök.
Chang m.fl. Detta beslut träder i kraft dagen efter det att det har offentliggjorts i Europeiska unionens officiella tidning. REF gjorde en enkel klusteranalys av dockningssimuleringar och använder storleken på klusteren för att uppskatta den vibrationella entropin i de resulterande konformationerna.
Empirical entropic contributions in computational docking: Evaluation in APS reductase complexes
{'venue': 'Journal of computational chemistry', 'journal': 'Journal of computational chemistry', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Chemistry', 'Medicine']}