ABSTRACT Motivering: Array komparativ genomisk hybridisering (CGH) gör det möjligt att upptäcka och kartlägga kopior av DNA-segment. En utmaning är att dra slutsatser om arvsmassans nummerstruktur. Flera statistiska metoder har föreslagits för att fastställa genomiska segment med olika nummernivåer. Hittills har det dock inte gjorts någon omfattande jämförelse mellan olika egenskaper hos dessa metoder. Dessutom har segmenteringsresultaten inte använts i nedströmsanalyser. Resultat: Vi beskriver en jämförelse av tre populära och allmänt tillgängliga metoder för analys av matris CGH data och vi visar hur segmenteringsresultat kan användas i nedströms analyser såsom testning och klassificering, vilket ger högre effekt och förutsägelse noggrannhet. Eftersom metoderna fungerar på individuella kromosomer, föreslår vi också ett nytt förfarande för sammanslagning av segment över genomet, vilket resulterar i en tolkningsbar uppsättning av kopieringsnummernivåer, och därmed underlätta identifiering av kopieringsnummerändringar i varje genom.
Willenbrock m.fl. gjorde en jämförelsestudie om tre populära segmenteringsmetoder och visade att utjämnade (segmenterade) CGH-data är anpassade till nedströmsanalyser såsom klassificering REF.
A comparison study : applying segmentation to array CGH data for downstream analyses
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}