På senare tid har forskarsamhället sett en tillströmning av data om transkriptionella regulatoriska interaktioner mellan Corynebacteria, organismer som är mycket relevanta för systembiologi, bioteknik och humanmedicin. Information som härrör från DNA-mikroarray-experiment, beräkningsprognoser och litteratur har öppnat vägen för grafbaserad analys, visualisering och rekonstruktion av transkriptionella regulatoriska nätverk över hela organismer. Referensdatabasen för corynebacterial gene regulatorical networks CoryneRegNet tillhandahåller metoder för datalagring och datautbyte på ett välstrukturerat sätt. Ytterligare information om modellorganismen Escherichia coli K12 från RegulonDB har integrerats. Generellt kan genreglerande nätverk visualiseras som grafer genom att rita riktade kanter mellan noder, där en nod representerar en gen och en kant motsvarar en typad regleringsinteraktion. Cytoscape är ett mjukvaruprojekt med öppen källkod vars syfte är att tillhandahålla grafbaserad visualisering och analys för biologiska nätverk. Dess arkitektur gör det möjligt att utveckla och integrera användargjorda plugins för att förbättra kärnfunktioner. Vi introducerar två nya plugins för Cytoscape miljön utformad för att förbättra i silico studier av prokaryotiska transkriptionella regulatoriska nätverk. Våra plugins utnyttja informationen från cornyebacterial referensdatabas CoryneRegNet med grafanalys kapacitet Cytoscape. CoryneRegNetLoader frågar CoryneRegNet databasen för att extrahera en gen regulatoriska nätverk representeras som en riktad graf. Ytterligare information lagras som nod/ kantattribut i grafen. COMA underlättar konsekvenskontroller för genuttrycksstudier med tanke på ett genregelverk. COMA testar om alla genuttrycksnivåer korrelerar korrekt med den givna nätverkstopologin. Insticksprogrammet underlättar i silico studier av prokaryotiska transkriptionella genreglering, särskilt i Corynebacteria och E. coli, genom att kombinera kunskapen från corynebacterial referensdatabas med grafanalys kapacitet Cytoscape, som är ett av de mest använda verktygen för biologiska nätverksanalyser. Nyligen har forskarsamhället sett en tillströmning av data som rör transkriptionella regulatoriska interaktioner mellan mikroorganismer. Information som härrör från DNA mikroar-
CoryneRegNet ger möjlighet att visa omics data på sina regulatoriska nätverksdiagram, samt en plug-in, CoryneRegNetLoader REF, som kan importera sina data till Cytoscape där hela nätverket kan visualiseras och analyseras.
Linking Cytoscape and the corynebacterial reference database CoryneRegNet
{'venue': 'BMC Genomics', 'journal': 'BMC Genomics', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}