Vetenskapliga data genereras i allt snabbare takt. Biomedical and Healthcare Data Discovery Index Ecosystem (bioCADDIE) är ett NIH-finansierat Data Discovery Index som syftar till att tillhandahålla en plattform för forskare att lokalisera, hämta och dela forskningsdataset. BioCADDIE 2016 Dataset Retrieval Challenge hölls för att identifiera de mest effektiva metoderna för datasethämtning. Vi syftade till att bedöma värdet av medicinsk ämnesrubrik (MeSH) termbaserad frågeexpansion för att förbättra hämtningen. Vårt system, baserat på open-source sökmotorn, Elasticsearch, expanderar frågor genom att identifiera synonymer från MeSH ordförråd och lägga till dessa till den ursprungliga frågan. Antalet och den relativa viktningen av MeSH-termer varierar. De 1000 bästa sökresultaten för de 15 utmaningsfrågorna lämnades in för utvärdering. Efter utmaningen utförde vi ytterligare körningar för att bestämma det optimala antalet MeSH-termer och viktning. Vår bästa totala poäng använde fem MeSH termer med en 1:5 termer:words viktning förhållande, uppnå en inferred normaliserad distribuerad kumulativ vinst (infNDCG) på 0,445, vilket var den tredje högsta poäng bland de 10 forskargrupper som deltog i utmaningen. Ytterligare tester visade vår första kombination av MeSH termer och viktning gav den bästa övergripande prestanda. Poängen varierade avsevärt mellan frågor samt med olika varianter av MeSH termer och vikter. Fråga expansion med MeSH termer kan öka sökrelevansen av biomedicinska dataset. Hög variation mellan frågor och systemvariabler tyder på utrymme för förbättringar och riktningar för ytterligare forskning.
Deras bästa totala poäng använde fem MeSH termer med en 1:5 termer: ord viktning förhållande REF.
Query expansion using MeSH terms for dataset retrieval: OHSU at the bioCADDIE 2016 dataset retrieval challenge
{'venue': 'Database: The Journal of Biological Databases and Curation', 'journal': 'Database: The Journal of Biological Databases and Curation', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}