KEGG RPAIR-databasen är en samling biokemiska strukturomvandlingsmönster, så kallade RDM-mönster, och kemiska strukturanpassningar av substratproduktpar (reaktantpar) i alla kända enzymkatalyserade reaktioner tagna från Enzyme Nomenklaturen och KEGG PATHWAY-databasen. Här presenterar vi PathPred (http://www.genome.jp/tools/pathpred/), en webbaserad server för att förutsäga möjliga vägar för muti-steg-reaktioner med början från en frågesubstans, baserad på den lokala RDM-mönstret och den globala kemiska strukturens anpassning till det reaktionerande parbiblioteket. I denna server fokuserar vi på att förutsäga vägar för mikrobiell biologisk nedbrytning av miljöföreningar och biosyntes av växtsekundära metaboliter, som motsvarar karakteristiska RDM mönster i 947 respektive 1397 reactant par, respektive. Servern ger transformerade föreningar och referensomvandlingsmönster i varje förutsagd reaktion, och visar alla förutsagda flerstegsreaktionsvägar i en trädformad graf.
PathPred REF använder ett begränsat antal (reaktant, produkt) par för att förutsäga vägar för en liten delmängd av molekyler.
PathPred: an enzyme-catalyzed metabolic pathway prediction server
{'venue': 'Nucleic Acids Research', 'journal': 'Nucleic Acids Research', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine', 'Computer Science']}