Abstract-Vi presenterar den första påskyndade genomförandet av BWA-MEM, en populär genom sekvens anpassning algoritm allmänt används i nästa generation sekvensering genomics rörledningar. Den Smith-Waterman-liknande sekvensjusteringskärnan kräver en betydande del av den totala exekveringstiden. Vi föreslår och utvärderar ett antal FPGA-baserade systoliska array arkitekturer, presenterar optimeringar som i allmänhet gäller för variabel längd Smith-Waterman utförande. Vår kärnimplementation är upp till 3x snabbare, jämfört med programbaserad körning. Detta översätts till en total applikationshastighet på upp till 45%, vilket är 96% av den teoretiskt maximala hastighetsökningen när den bara accelererar denna kärna.
Houtgast m.fl. REF presenterar en FPGA-accelererad version av BWA-MEM som är 3x snabbare jämfört med dess programimplementering.
An FPGA-based systolic array to accelerate the BWA-MEM genomic mapping algorithm
{'venue': '2015 International Conference on Embedded Computer Systems: Architectures, Modeling, and Simulation (SAMOS)', 'journal': '2015 International Conference on Embedded Computer Systems: Architectures, Modeling, and Simulation (SAMOS)', 'mag_field_of_study': ['Computer Science']}