Bakgrund: Biverkningar är oönskade reaktioner på läkemedelsbehandling och är viktiga resurser för mänsklig fenotyp information. Den senaste utvecklingen av en databas om biverkningar, bieffekt resursen (SIDER), är ett första steg i att dokumentera förhållandet mellan läkemedel och deras biverkningar. Det är dock inte tillräckligt att bara hitta sambandet mellan läkemedel och biologiska processer; detta förhållande är avgörande eftersom läkemedel som påverkar biologiska processer kan ha en inverkan på fenotyp. Därför, att veta vilka processer svarar på läkemedel som påverkar fenotypen kommer att möjliggöra mer effektiv och systematisk studie av effekten av läkemedel på fenotyp. Såvitt vi vet har sambandet mellan biologiska processer och biverkningar av läkemedel ännu inte systematiskt undersökts. Metoder: Vi föreslår 3 steg för att systematiskt söka relationer mellan läkemedel och biologiska processer: anrikning poäng (ES) beräkningar, t-score beräkning, och tröskel-baserad filtrering. Därefter hittas de bieffektrelaterade biologiska processerna genom att slå samman det läkemedelsbiologiska processnätverket och läkemedelssidans effektnätverk. Utvärderingen sker på två sätt: först genom att urskilja det antal biologiska processer som upptäckts genom vår metod som sammanfaller med Gene Ontology (GO) termer i förhållande till effekter som extraherats från PubMed poster med hjälp av en text-mining teknik och andra, avgöra om det finns förbättring i prestanda genom att begränsa svarsprocesser av läkemedel som delar samma bieffekt till frekventa dem ensam. Resultat: Nätverket på flera nivåer (nätverket för effekter på process-narkotikasidan) byggdes upp genom en sammanslagning av nätverket för läkemedelsbiologiska processer och nätverket för effekter på narkotikasidan. Vi genererade ett nätverk av 74 läkemedel-168 biverkningar-2209 biologiska process relation resurser. De preliminära resultaten visade att nätverket av effekter på process-narkotika-sidan kunde hitta meningsfulla samband mellan biologiska processer och biverkningar på ett effektivt sätt. Slutsatser: Vi föreslår ett nytt process-läkemedelside-effektnätverk för att upptäcka sambandet mellan biologiska processer och biverkningar. Genom att undersöka sambandet mellan läkemedel och fenotyper genom ett nätverk på flera nivåer kan man förstå de mekanismer som ligger till grund för effekten av vissa läkemedel på människokroppen.
Lee och Al. REF undersökte förhållandet mellan biologiska processer och biverkningar genom att använda ett läkemedel som en B-enhet.
Building the process-drug–side effect network to discover the relationship between biological Processes and side effects
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine', 'Computer Science']}