Bakgrund: Det finns ett växande gap mellan genomströmningen av massiva parallella sekvenseringsmaskiner och förmågan att analysera dessa sekvenseringsdata. Traditionella monteringsmetoder som kräver lång verkställighetstid och stora mängder minne på en enda arbetsstation begränsar deras användning på dessa massiva data. Resultat: Detta dokument presenterar en mycket skalbar monteringsmaskin som heter SWAP-Assembler för behandling av massiva sekvenseringsdata med hjälp av tusentals kärnor, där SWAP är en akronym för Small World Asynkronous Parallel model. I dokumentet ges en matematisk beskrivning av multi-steg bi-riktad graf (MSG) för att lösa det ömsesidiga beroendet av beräkningar på sammanfogning kanter, och en mycket skalbar beräkningsram för SWAP utvecklas för att automatiskt preformera den parallella beräkningen av alla operationer. Grafisk rengöring och kontig förlängning ingår också för att generera contigs med hög kvalitet. Experimentella resultat visar att SWAP-Assembler skalar upp till 2048 kärnor på Yanhuang dataset med endast 26 minuter, vilket är bättre än flera andra parallella monteringsföretag, såsom AByss, Ray och PASHA. Resultaten visar också att SWAP-Assembler kan generera hög kvalitet contigs med god N50 storlek och låg felfrekvens, särskilt det genererade de längsta N50 contig storlekar för fisk och Yanhuang dataset.
SWAP-Assembler REF som vi tidigare utvecklat presenterar en flerstegs biriktad graf (MSG), en variant av de Bruijn-grafen, för att lösa det ömsesidiga beroendet i beräkningen på sammanfogning kanter som tillhör samma väg.
SWAP-Assembler: scalable and efficient genome assembly towards thousands of cores
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Medicine', 'Computer Science', 'Biology']}