Trots den snabbt ackumulerande kunskapen om proteinnätverk, finns det för närvarande ingen behändig w a y att dela och manipulera sådan information. Vi föreslår att ett formellt datorspråk för att beskriva de biomolekylära processer underliggande proteinnätverk är avgörande för snabba framsteg i denna eld. Vi föreslår att modellera biomolekylära processer genom att använda -Calculus, en process algebra, som ursprungligen utvecklats för att beskriva datorprocesser. Vår modell för biokemiska processer är matematiskt väldefinierad, samtidigt som den förblir biologiskt trogen och transparent. Det är möjligt att datorsimulering, analys och formell verikation. Vi h a v e utvecklat ett datorsimuleringssystem, PiFCP, för utförande och analys av -kalculus program. Systemet gör att vi kan spåra, felsöka och övervaka beteendet hos biokemiska nätverk under olika manipulationer. Vi presenterar en -calculus modell för RTK-MAPK signaltransduktion väg, formellt representerar detaljerad molekylär och biokemisk information, och studera den genom v arious PiFCP simuleringar.
En pi-kalculus-modell för signalöverföringsvägen för receptorn tyrosinkinas/mitogenaktiverat proteinkinas (RTK/-MAPK) presenteras i REF.
Representation and Simulation of Biochemical Processes Using the pi-Calculus Process Algebra
{'venue': 'Pacific Symposium on Biocomputing', 'journal': None, 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Biology', 'Medicine']}