Biologisk nätverksanalys kan förbättras genom att undersöka kopplingarna mellan noderna och resten av nätverket. För detta ändamål har vi utvecklat GraphletCounter, en öppen källkod programvara verktyg för att beräkna graflet grad signaturer som kan fungera på egen hand eller som en plug-in till nätverksanalys miljö Cytoscape. En unik egenskap hos GraphletCounter är dess förmåga att beräkna grafletsignaturer av nätverksmotiv, som kan specificeras av filer som genereras av motivsökverktyget mfinder. GraphletCounter visar grafletsignaturer för visuell inspektion inom Cytoscape, och kan mata ut grafletdata för integration med större arbetsflöden. Tillgänglighet och genomförande: GraphletCounter genomförs i Java. Den kan laddas ner från Cytoscape-insticksprogrammets arkiv och finns även tillgänglig på http://sonmezsysbio.org/software/
REF utvecklade GraphletCounter, som fungerar som en Cytoscape plugin och slår samman graflet analys med visuell inspektion av nätverket.
Computing graphlet signatures of network nodes and motifs in Cytoscape with GraphletCounter
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}