Abstrakt. Vi presenterar en ny maskinvaruimplementering av dubbelaffin Smith-Waterman (DASW) algoritm, som använder dynamisk programmering för att jämföra och anpassa genomiska sekvenser såsom DNA och proteiner. Vi implementerar DASW på ett råvarugrafikkort och utnyttjar grafikprocessorns allmänna programmerbarhet för att utnyttja dess billiga parallella processkraft. Resultaten visar att vårt systems prestanda är konkurrenskraftig med dagens optimerade programvarupaket.
År 2006, Liu et al. REF föreslog hårdvaruimplementering av algoritmen dubbel affin Smith-Waterman (DASW) på ett grafikkort med hjälp av grafiskt API (OpenGL + GLSL).
GPU Accelerated Smith-Waterman
{'venue': 'International Conference on Computational Science', 'journal': None, 'mag_field_of_study': ['Computer Science']}