Även om genomomfattande RNA-uttrycksanalys har blivit ett rutinverktyg inom biomedicinsk forskning, är det fortfarande en stor utmaning att utvinna biologisk insikt från sådan information. Här beskriver vi en kraftfull analysmetod kallad Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) för tolkning av genuttrycksdata. Metoden får sin kraft genom att fokusera på genuppsättningar, det vill säga grupper av gener som har gemensam biologisk funktion, kromosomalt läge eller reglering. Vi visar hur GSEA ger insikter i flera cancerrelaterade datamängder, inklusive leukemi och lungcancer. Särskilt, där singel-gen analys finner liten likhet mellan två oberoende studier av patientens överlevnad vid lungcancer, GSEA avslöjar många biologiska vägar gemensamt. GSEA-metoden ingår i ett fritt tillgängligt programvarupaket, tillsammans med en första databas på 1 325 biologiskt definierade genuppsättningar. Mikroarray Ordförande
Tillvägagångssättet av genuppsättning anrikning analys för att tolka genuttrycksdata diskuterades också i REF där forskarna visar hur det ger insikter i flera cancerrelaterade datamängder, inklusive leukemi och lungcancer.
Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles
{'venue': 'Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America', 'journal': 'Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Biology', 'Medicine']}