Bakgrund: Molekylärbiologisk kunskap kan formaliseras och systematiskt representeras i datorläsbar form som en omfattande karta över molekylära interaktioner. Det finns ett ökande antal kartor över molekylära interaktioner som innehåller detaljerad och stegvis beskrivning av olika cellmekanismer. Det är svårt att utforska dessa stora kartor, att organisera diskussioner om deras innehåll och att underhålla dem. Flera insatser har nyligen gjorts för att kombinera dessa förmågor i en miljö, och NaviCell är en av dem. Resultat: NaviCell är en webbaserad miljö för att utnyttja stora kartor över molekylära interaktioner, skapade i CellDesigner, vilket möjliggör deras enkla prospektering, kuration och underhåll. Den kännetecknas av en kombination av tre viktiga funktioner: (1) effektiv kartbläddring baserad på Google Maps; (2) semantisk zoomning för att visa olika nivåer av detaljer eller abstraktion av kartan och (3) integrerad webbaserad blogg för att samla feedback från samhället. NaviCell kan enkelt användas av experter inom molekylärbiologi för att studera molekylära enheter av intresse i samband med signaleringsvägar och korstalk mellan vägar inom ett globalt signalnätverk. NaviCell möjliggör både prospektering av detaljerade molekylära mekanismer representerade på kartan och en mer abstrakt bild av kartan upp till en modulär representation på toppnivå. NaviCell underlättar i hög grad kurering, underhåll och uppdatering av de omfattande kartorna över molekylära interaktioner på ett interaktivt och användarvänligt sätt tack vare ett inbäddat bloggsystem. Slutsatser: NaviCell erbjuder användarvänlig undersökning av storskaliga kartor över molekylära interaktioner, tack vare Google Maps och WordPress gränssnitt, som många användare redan känner till. Semantisk zoomning som används för navigering geografiska kartor antas för molekylära kartor i NaviCell, vilket gör någon nivå av visualisering läsbar. Dessutom tillhandahåller NaviCell en ram för samhällsbaserad kurering av kartor.
REF NaviCell är en plattform inriktad på att vara värd för CellDesigner diagram med Google Maps API.
NaviCell: a web-based environment for navigation, curation and maintenance of large molecular interaction maps
{'venue': 'BMC Systems Biology', 'journal': 'BMC Systems Biology', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Computer Science', 'Medicine']}