Motivering: Metabolisk väganalys är avgörande inte bara för metabolisk teknik utan också för rationell läkemedelsdesign. Biosyntetiska/biologiska nedbrytningsvägar är dock kända endast för en liten del av metaboliterna, och en stor mängd vägar förblir okaraktäriserade. Därför, en viktig utmaning inom metabolomics är de novo rekonstruktion av potentiella reaktionsnätverk på en metabolome-skala. Resultat: I den här artikeln utvecklar vi en ny metod för att förutsäga flerstegsreaktionssekvenserna för de novo-rekonstruktion av metabola vägar i reaktionsfyllningsramen. Vi föreslår ett övervakat tillvägagångssätt för att lära oss vad vi kallar "flerstegsreaktionssekvenslikhet", dvs.. om ett sammansatt par kan omvandlas till varandra genom en sekvens av enzymatiska reaktioner. I algoritmen föreslår vi en rekursiv procedur för att använda stegspecifika klassificeringar för att förutsäga de mellanliggande föreningarna i flera steg reaktionssekvenser, baserat på kemiska substruktur fingeravtryck / deskriptorer av föreningar. Vi visar vidare nyttan av vår föreslagna metod på förutsägelsen av enzymatiska reaktionsnätverk från en metabolom-skala sammansättning set och diskutera karakteristiska egenskaper hos de extraherade kemiska substruktur omvandlingsmönster i flera steg reaktionssekvenser. Våra omfattande förutsagda reaktionsnätverk bidrar till att fylla det metaboliska gapet och till att dra slutsatser om nya reaktionssekvenser i metaboliska banor.
I REF föreslås en övervakad metod för att förutsäga reaktionssekvenser i flera steg med hjälp av stegvisa klassificeringar.
Metabolome-scale prediction of intermediate compounds in multistep metabolic pathways with a recursive supervised approach
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}