Motivering: Flera sekvensanpassningar är av central betydelse för bioinformatik och beräkningsbiologi. Även om ett stort antal algoritmer för beräkning av en flera sekvens anpassning har utformats, är den effektiva beräkningen av mycket noggranna flera justeringar fortfarande en utmaning. Resultat: Vi presenterar MSAProbs, en ny och praktisk multijusteringsalgoritm för proteinsekvenser. Designen av MSAProbs är baserad på en kombination av par dolda Markov modeller och partition funktioner för att beräkna bakre sannolikheter. Dessutom ingår två kritiska bioinformatiska tekniker, nämligen viktad probabilistisk konsistensomvandling och viktad profilprofiljustering, för att förbättra anpassningsnoggrannheten. Bedöms med hjälp av de populära riktmärkena: Balibase, PREFAB, SABmark och OXBENCH, MSAProbs uppnår statistiskt signifikanta noggrannhetsförbättringar över de befintliga topp presterande anpassningarna, inklusive ClustalW, MAFFT, MUSCLE, ProbCons och Probalign. Dessutom är MSAProbs optimerad för flerkärniga processorer genom att använda en flertrådig design, vilket leder till en konkurrenskraftig genomförandetid jämfört med andra konfigurerare. Tillgänglighet: Källkoden för MSAProbs, skriven i C++, är fritt och allmänt tillgänglig från http://msaprobs.sourceforge.net.
MSAProbs optimerades för moderna flerkärniga processorer genom att använda en flertrådig design REF.
MSAProbs: multiple sequence alignment based on pair hidden Markov models and partition function posterior probabilities
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}