Abstract Ett växande utbud av nya bildåtergivningsbiomarkörer utvecklas med hjälp av allt kraftfullare kliniska och prekliniska avbildningsmetoder. Dessa biomarkörer har visat sig vara effektiva när det gäller att kvantifiera biologiska processer eftersom de förekommer in vivo och vid tidig förutsägelse av terapeutiska resultat. Men, kvantitativ avbildning biomarkör data och kunskap är inte standardiserade, representerar en kritisk barriär för att ackumulera medicinsk kunskap baserad på kvantitativa avbildningsdata. Vi använder en ontologi för att representera, integrera och harmonisera heterogen kunskap över hela området av avbildning biomarkörer. Detta främjar målet att utveckla tillämpningar för att (1) förbättra precisionen och återkalla lagring och hämtning av kvantitativa bildrelaterade data med hjälp av standardiserad terminologi; (2) effektivisera upptäckt och utveckling av nya bildåtergivningsbiomarkörer genom att normalisera kunskap över heterogena resurser; (3) effektivt kommentera bildanalysexperiment vilket bidrar till förståelse, återanvändning och reproducerbarhet; och (4) tillhandahålla valideringsramar genom rigorösa specifikationer som en grund för testbara hypoteser och överensstämmelsetester. Vi har utvecklat Quantitative Imaging Biomarker Ontology (QIBO), som för närvarande består av 488 termer som spänner över följande överklasser: experimentellt ämne, biologisk intervention, bildbehandlingsmedel, bildinstrument, efterbehandlingsalgoritm, biologiskt mål, indikerad biologi, och biomarkör applikation. Vi har visat att QIBO kan användas för att kommentera bildförsök med standardiserade termer i ontologin och för att generera hypoteser för nya bildåtergivning biomarkör-sjukdom associationer. Våra resultat etablerade nyttan av QIBO för att möjliggöra integrerad analys av kvantitativa bilddata.
När det gäller denna aspekt, den kvantitativa bildåtergivning Biomarkörer Ontology (QIBO) REF skapades för att stödja skapandet av biomarkörer från kliniska avbildningsdata i allmänhet.
Quantitative Imaging Biomarker Ontology (QIBO) for Knowledge Representation of Biomedical Imaging Biomarkers
{'venue': 'Journal of Digital Imaging', 'journal': 'Journal of Digital Imaging', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}