Bakgrund: Visualisering av genetiska och genomiska kartor som ligger inom och mellan arter och mellan datakällor kan användas för att informera om studier av genomutveckling, hjälpa till med att sammanställa genomprojekt och underlätta upptäckt och identifiering av gener. Även om annotering, integration och utforskning av sammansatta genomsekvenser är väl underbyggd, finns det färre verktyg tillgängliga som kan visa genetiska kartor för mindre väl karakteriserade arter, och integrera dessa kartor med kommenterade referensgenom för att stödja kors art jämförelser. Resultat: Vi har utvecklat ett skrivbordsprogram för att rita och anpassa genetiska och genomiska kartor, hämtas från fjärrdatakällor eller laddas som lokala filer. Kartor kan hämtas från vår offentliga kartdatabas ArkDB eller från någon Ensembl datakälla (dvs. Ensembl och Ensembl Genomes). Genom att använda JEnsembl API kan kartor ritas för alla versioner av någon av de tusentals arter som finns i Ensembl datakällor, vilket inte bara tillåter inte bara interspecifika jämförelser, utan också jämförelser mellan olika versioner/revisioner av sammansatta genom. Kartor kan anpassas genom att relatera identiska eller synonyma markörer över kartor, eller genom gen homologi / ortologi relation data som lagras i Ensembl Compara databaser, vilket möjliggör klar visualisering av regioner av bevarad synteny mellan arter. Kartritningsduken är mycket konfigurerbar, stöder interaktiv utforskning av kartor, markörer och relationer och möjliggör export av grafik för publiceringskvalitet. Slutsatser: ArkMAP gör det möjligt för användare att rita och interaktivt utforska gen- och variationskartor för alla versioner av eventuella annoterade genomkurerade i datakällorna i Ensembl, och att integrera lokala kartdata. Kartorna och sambanden mellan kartorna är mycket konfigurerbara och ArkMAP kan användas för att producera grafik av publiceringskvalitet. ArkMAP är fritt tillgänglig som ett program för automatisk uppdatering av Java 'Webbstart', eller som ett fristående arkiverat program.
Ett annat verktyg som underlättar visualiseringen av länkkartor och motsvarande genomsamlingar är ArkMAP REF.
ArkMAP: integrating genomic maps across species and data sources
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine', 'Computer Science']}