A b s t r a c t Mål: Att modellera den tidsbundna informationen i medicinska berättelser som ett enkelt problem med tidsbunden tillfredsställelse. Design: Ett problem med begränsad tillfredsställelse definieras av tidpunkter och begränsningar (ojämlikheter mellan punkter). Ett tidsintervall består av ett par punkter och en begränsning. Fem fullständiga elektroniska sammanfattningar av utsläpp och stycken från 226 andra sammanfattningar av utsläpp granskades. Medicinska händelser representerades som intervaller, och påståenden om händelser representerades som begränsningar. Genom en konsensusprocess skapades en uppsättning kodningsförfaranden och en lista över frågor som rör kodning. Mätningar: Fall av tidsstörning och motsättning och fördelning av tidsbegränsningar användes. Resultat: I genomsnitt 95 medicinska händelser (intervall 46-151) och 234 tidspåståenden (intervall 118-388) identifierades per fullständig sammanfattning av utsläpp. Icke-definitionella påståenden var uttryckliga (36 %) eller implicita (64 %) och absoluta (17 %), kvalitativa (72 %) eller metriska (11 %). Implicit påståenden baserades på domän kunskap och antaganden, t.ex., avsnittet i rapporten bestämde ordningen av händelser. Frågorna handlade bland annat om att koppla samman händelser, intermittens, periodicitet, granularitet, vaghet, tvetydighet, osäkerhet och planer. Abstraktioner som intermittens representerades inte explicit. Tidsnätet var sparsamt: Endast 0,80 % (intervall 0,42 %-1,38 %) av eventuella begränsningar var omedelbart inlösta. Inga fall av diskontinuerlig tidsskillnad hittades i de fullständiga sammanfattningarna eller 226 styckena. Ett exempel på tidsmotsägelse hittades (intrarapporterad frekvens på 0,2 med 95% konfidensintervall på 0,005-1.114). Ett enkelt problem med tidsbegränsningen förefaller tillräckligt för att representera de flesta tidspåståenden i sammanfattningar av utsläpp och kan vara användbart för kodning av elektroniska patientjournaler. Den elektroniska journalen är ett tidsrikt dokument fyllt med påståenden om tidpunkten för medicinska händelser, såsom besök, laboratorievärden, symtom, tecken, diagnoser och ingrepp. Allen, 1 i sin granskning av timliga formalismer, beskriver hur sådan timlig information kan specificeras med användning av punkter förankrade i absolut tid, kvalitativa begränsningar mellan intervaller, och metriska relationer som anger explicita varaktigheter mellan punkter. Med hjälp av sådana formalismer har tidigare forskare inom medicinsk informatik försökt att modellera tidspåståenden som finns i den elektroniska medicinska journalen. 2-4 Uttryckligheten av dessa metoder har dock inte testats med data från faktiska medicinska rapporter. Att fastställa och bekräfta en lämplig tidsformalitet för den elektroniska journalen är fortfarande en utmaning för medicinska informatiker. Mycket av arbetet med tidsförfrågningar och tidsresonemang i medicinska informatiker har använt tidsformalismer baserade på punkter förankrade i absolut tid. 2,5-10 Tillgängliga data i sådant arbete består av diskreta kodade händelser med kända tider, såsom besöksinformation, laboratorietestresultat och medicinadministreringsloggar. Vanligtvis representeras händelser som punkter eller par av punkter, där varje punkt är en tidsstämpel som lagras i en databas. Det primära fokuset för denna forskning har varit på temporal abstraktion: att känna igen temporalmönster bland tidsstämplarna och bestämma vad som kan härledas medicinskt baserat på händelsernas temporalsemantik. Till exempel, med tanke på en serie av hemoglobin tester som inträffar vid diskreta tidpunkter, kan man sluta förekomsten eller frånvaron av anemi, ett tillstånd som består över tiden. Medicinska informatik forskare har använt temporal intervall för att stödja temporal abstraktion och temporal frågestund. 3, 9, [11] [12] [13] [14] En metod, kallad TNET 13 och utformad för cellgiftsplanering, använde kvalitativa begränsningar mellan intervallerna för att representera tidsmässiga samband för lagrade data. Kvalitativa begränsningar kan definieras av Allens 15 intervallrelationer. Ett intervall kan förekomma innan, träffa, överlappa, starta, inträffa under, avsluta, eller lika med ett annat intervall. Förutom denna uppsättning av relationer, kan man skapa sammansatta disjunktioner. Till exempel kan en sammansatt disjunktion i en medicinsk berättelse bestå av en episod av bröstsmärta som inträffade före eller efter (men inte under) en intensivvårdsenhet stannar. Metriska relationer anger durationer eller durationsgränser mellan par av tidpunkter. 16 Det kan till exempel sägas att bröstsmärtan började exakt två dagar före förflyttningen till intensivvårdsavdelningen eller att den började minst två dagar före förflyttningen. Temporal frågemetoder för kliniska data 3, 7 har inkorporerat metriska relationer i utvidgade representationer av relationella data, men dessa metoder stöder inte direkt metriska relationer i naturligt språk uttalanden. Johnson 17 och andra har tillämpat metriska relationer till tidspåståenden som finns i berättande kliniska rapporter, men svårigheten med behandling av naturligt språk har begränsat dess användning. Den senaste tidens framsteg i behandlingen av naturligt språk leder till ett ökat behov av något utöver absoluta tidpunkter. Arbetet med tidsformaliteter för icke-medicinska data har visat att de tre typer av tidsrepresentationer som Allen räknade upp i sin granskning skulle kunna förenas som ett allmänt tidsbegränsat tillfredsställelseproblem. 18-20 Tyvärr har detta arbete visat att det är NP-hårdt att dra slutsatser av sådana framställningar. En undergrupp av representationer baserade på allmän tidsbegränsningstillfredsställelse är känd som ett enkelt problem med tidsbegränsningstillfredsställelse eller, mer kortfattat, ett enkelt tidsbetingat problem. 18 Det kan lösas i polynom tid (n 3 ). Ett enkelt tidsproblem stöder punkter förankrade i absolut tid, metriska relationer mellan punkter och primitiva förhållanden mellan inälvor. Det skiljer sig dock från ett allmänt tidsbegränsat tillfredsställelseproblem, eftersom det inte stöder diskontinuerlig tidsstörning: Det kan inte representera något som inträffade under en av två eller flera bortkopplade tidsintervall. Okontinuerlig tidsstörning blir till exempel viktig i planeringen. Det kan fastställas att en patient måste genomgå två tester inom en månad, men de får inte inträffa samma dag. Det ena testet måste göras före eller efter men inte under det andra. Denna uppsättning händelser kan inte representeras som ett enkelt tidsproblem. Det är vår övertygelse att diskontinuerlig tidsskillnad inte är nödvändig för att representera det stora flertalet tidspåståenden som finns i den elektroniska medicinska journalen och att ett enkelt tidsproblem kommer att räcka. Det är tydligt att tidsstämpeldata kan representeras som ett enkelt tidsproblem, 18, men de tidspåståenden som finns i berättande text är sannolikt mer komplexa. Målet med denna studie var att testa hypotesen att den tidsbundna information som är allmänt tillgänglig i berättande kliniska rapporter kan representeras med en tidsformalism definierad som ett enkelt tidsproblem. Om detta är sant kan diskreta tidsstämpeldata och metriska påståenden som härrör från berättande rapporter integreras i en enda tidsrepresentation, och en beräkningsmässigt genomförbar algoritm kan användas för att dra slutsatser av denna representation. Dessutom kan nyligen upptäckter om enkla tidsmässiga problem, såsom en ny effektiv algoritm för glesa nätverk, 21 tillämpas på den elektroniska journalen.
Hripcsak m.fl. modell tidsinformation som kontraint tillfredsställelse problem REF.
Model Formulation: Modeling Electronic Discharge Summaries as a Simple Temporal Constraint Satisfaction Problem
{'venue': 'Journal of the American Medical Informatics Association : JAMIA', 'journal': 'Journal of the American Medical Informatics Association : JAMIA', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine', 'Mathematics']}