Sammanfattning Nyligen har det skett en explosion av nya datakällor om gener, proteiner, genetiska variationer, kemiska föreningar, sjukdomar och droger. Integrering av dessa datakällor och identifiering av mönster som går tvärs över dem är av avgörande intresse. Initiativ som Bio2RDF och LODD har tagit itu med problemet med att koppla samman biologiska data respektive narkotikadata med hjälp av RDF. Hittills har införandet av kemogenomic och system kemisk biologi information som korsar domänerna kemi och biologi varit mycket begränsad Vi har skapat en enda databas som kallas Chem2Bio2RDF genom att aggregera data från flera kemogenomics arkiv som är korskopplade till Bio2RDF och LODD. Vi har också skapat ett länkat genereringsverktyg för att underlätta SPARQL frågegenerering, och har skapat utökade SPARQL-funktioner för att tillgodose specifika kemiska/biologiska sökbehov. Vi visar nyttan av Chem2Bio2RDF för att undersöka polyfarmakologi, identifiering av potentiella flervägshämmare, och sambandet mellan vägar och biverkningar. Vi har skapat en ny semantisk system kemisk biologi resurs, och har visat sin potentiella användbarhet i specifika exempel på polyfarmakologi, flervägshämning och negativ läkemedelsreaktion-patway kartläggning. Vi har också visat nyttan av att utöka SPARQL med cheminformatik och bioinformatikfunktionalitet.
Chem2Bio2RDF REF aggregerar data från olika datakällor som ingår i Bio2RDF och LODD.
Chem2Bio2RDF: a semantic framework for linking and data mining chemogenomic and systems chemical biology data
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}