Mottagen (dag/månad/år) Reviderad Accepterad En evolutionär metod för att utforma en ligandmolekyl som kan binda till den aktiva platsen för ett målprotein beskrivs i denna artikel. Ett tidigare försök i detta avseende antog en fast trädstruktur av ligand på båda sidor av farmakoforen, och använde en genetisk algoritm för att optimera van der Waals energi. Det är emellertid uppenbart att det är svårt att få kunskap om trädets storlek på förhand. Dessutom kommer det också att förändras från en aktiv webbplats till en annan. Denna begränsning övervinns i denna artikel genom att använda variabel stränglängd genetisk algoritm (VGA) för att utveckla ett lämpligt arrangemang av de grundläggande funktionella enheter av molekylen som ska utformas, vars storlek nu kan variera. De crossover och mutations operatorer är lämpligt omdesignade för att ta itu med begreppet variabel längd kromosomer. När molekylens geometri har erhållits bestäms den möjliga tredimensionella strukturen och dess dockningsenergi. Resultaten demonstreras för fem olika målproteiner både numeriskt och bildligt. Det konstateras att inte bara den molekyl som konstruerats med hjälp av variabel längd representation, i allmänhet, har lägre energivärden, dockningsenergierna är också lägre, jämfört med den molekyl som utvecklats med hjälp av fast storlek representation.
En annan metod för ligand design, som bygger på varierande längd representation av träd på båda sidor av farmakoporn studerades av Bandopadhyay et al REF.
ACTIVE SITE DRIVEN LIGAND DESIGN: AN EVOLUTIONARY APPROACH
{'venue': 'Journal of bioinformatics and computational biology', 'journal': 'Journal of bioinformatics and computational biology', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Chemistry', 'Medicine']}