Föräldralösa metaboliska aktiviteter <p>En metod som kombinerar lokal struktur av ett metaboliskt nätverk med fylogenetiska profiler beskrivs och används för att tilldela gener till anonyma metaboliska aktiviteter i jäst och <it>Escherichia coli </it>. </p> Homologibaserade metoder lyckas inte tilldela gener till många metaboliska aktiviteter som finns i sekvenserade organismer. För att föreslå gener för dessa föräldralösa aktiviteter utvecklade vi en ny metod som effektivt kombinerar lokal struktur av ett metaboliskt nätverk med fylogenetiska profiler. Vi validerade vår metod med hjälp av kända metaboliska gener i Saccharomyces cerevisiae och Escherichia coli. Vi visar att vår metod bör vara lätt att överföra till andra organismer, och att den är robust för fel i ofullständiga metaboliska nätverk.
Chen och Vitkup REF presenterade en metod som använder lokal struktur av ett metaboliskt nätverk som kombinerar med fylogenetiska profiler för att föreslå kandidatgener för enzymer utan motsvarande gener.
Predicting genes for orphan metabolic activities using phylogenetic profiles
{'venue': 'Genome Biology', 'journal': 'Genome Biology', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}