ABSTRACT Motivering: Visualisering är oumbärlig i forskningen av komplexa biokemiska nätverk. Tillgängliga graflayoutalgoritmer är inte tillräckliga för att rita sådana nätverk på ett tillfredsställande sätt. Nya metoder krävs för att automatiskt visualisera de topologiska arkitekturerna och underlätta förståelsen av nätverkens funktioner. Resultat: Vi föreslår en ny layoutalgoritm för att rita komplexa biokemiska nätverk. Ett nätverk är modellerat som ett system av interagerande noder på fyrkantiga rutnät. En diskret kostnadsfunktion mellan varje nodpar är utformad utifrån det topologiska förhållandet och de geometriska positionerna för de två noderna. Layouterna produceras genom att minimera den totala kostnaden. Vi designar en snabb algoritm för att minimera den diskreta kostnadsfunktionen, genom vilken kandidatlayouter kan produceras effektivt. En simulerad glödgning förfarande används för att välja bättre kandidater. Vår algoritm visar sin förmåga att ställa ut klusterstrukturer tydligt i relativt kompakta layoutområden utan förkunskaper. Vi utvecklade Windows-programvara för att implementera algoritmen för CADLIVE. Tillgänglighet: Allt material kan laddas ner fritt från
Till exempel har rutnätet layout använts för att visualisera biokemiska nätverk REF.
A grid layout algorithm for automatic drawing of biochemical networks
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}