Abstract-Att uppnå bra skalning för finkorniga kommunikationsintensiva applikationer på moderna superdatorer förblir utmanande. I vårt tidigare arbete, har vi visat att en sådan ansökan - NAMD - skalar väl på hela Jaguar XT5 utan långdistansinteraktioner; Men med dem, speedup vacklar bortom 64K kärnor. Även om den nya Gemini-länken på Cray XK6 har förbättrat nätverksprestandan kvarstår utmaningarna och kommer sannolikt att finnas kvar även för andra sådana nätverk. Vi analyserar kommunikationsflaskhalsar i NAMD och dess CHARM++ körtid med hjälp av verktyget Projicions prestandaanalys. Baserat på analysen optimerar vi körtiden, byggd på uGNI-biblioteket för Gemini. Vi presenterar flera tekniker för att förbättra den finkorniga kommunikationen. Följaktligen förbättras prestandan av att köra 92224-atom Apoa1 med GPUs på TitanDev med 36%. För 100 miljoner-atom STMV, vi förbättra på föregående Jaguar XT5 resultat av 26 ms/steg till 13 ms/steg med hjälp av 298.992 kärnor på Jaguar XK6.
Sol och al. REF använde verktyget Projektions prestandaanalys för att undersöka och optimera finkornig kommunikation i en biomolekylär simuleringsapplikation.
Optimizing fine-grained communication in a biomolecular simulation application on Cray XK6
{'venue': "SC '12", 'journal': None, 'mag_field_of_study': ['Computer Science']}