Abstrakt. Vi beskriver en kvantitativ modellerings- och analysmetod för signalöverföringsnät. Vi illustrerar tillvägagångssättet med ett exempel, RKIP hämmade ERK vägen [CSK + 03]. Våra modeller är högnivåbeskrivningar av kontinuerlig tid Markovkedjor: proteiner modelleras av synkrona processer och reaktioner genom övergångar. Koncentrationerna är modellerade efter diskreta, abstrakta storheter. Den största fördelen med vårt tillvägagångssätt är att vi med hjälp av en (kontinuerlig tid) stokastisk logik och PRISM-modellen kontrollerar, kan utföra kvantitativa analyser som vad är sannolikheten att om en koncentration når en viss nivå, kommer den att förbli på den nivån därefter? eller hur påverkar en viss reaktionsgrad denna sannolikhet? Vi utför också standardsimuleringar och jämför våra resultat med en traditionell vanlig differentialekvationsmodell. Ett intressant resultat är att för exempelvägen krävs bara ett litet antal diskreta datavärden för att göra simuleringarna praktiskt taget oskiljaktiga.
Calder m.fl. REF genomför en fallstudie på RKIP-inhiberad ERK-väg med PRISM.
Analysis of signalling pathways using continuous time Markov chains
{'venue': 'Transactions on Computational Systems Biology', 'journal': None, 'mag_field_of_study': ['Computer Science']}