Bakgrund: Under de senaste åren, biologiska händelser utvinning har uppstått som en viktig naturlig språkbearbetning uppgift, syftar till att ta itu med problemet med överbelastning av information i tillgång till molekylärbiologi litteratur. BioNLP:s gemensamma uppgiftstävlingar har bidragit avsevärt till detta nya intresse. Den första tävlingen (BioNLP'09) fokuserade på att utvinna biologiska händelser ur Medline abstracts från en smal domän, medan temat för den senaste tävlingen (BioNLP-ST'11) var generalisering och ett bredare spektrum av texttyper, händelsetyper och ämnesområden övervägdes. Vi ser händelseextrahering som en byggsten i större diskurstolkning och föreslår en tvåfas, språkligt grundad, regelbaserad metodik. I den första fasen består en allmän, underspecificerad semantisk tolkning av syntaktiska beroendeförhållanden nedifrån och upp. Begreppet inbäddning ligger till grund för denna fas och det informeras om detta genom regler för identifikation av utlösare och argument. Samreferensresolutionen genomförs också i detta steg, vilket gör det möjligt att ta fram inter-sentiella förbindelser. Den andra fasen handlar om att begränsa den semantiska tolkning som blir följden genom gemensamma uppgiftsspecifikationer. Vi utvärderade vår allmänna metodik för grundläggande biologiska händelser utvinning och spekulation / negation uppgifter i tre huvudspår av BioNLP-ST'11 (GENIA, EPI, och ID). Vi uppnådde konkurrenskraftiga resultat i GENIA och ID-spår, medan våra resultat i EPI spår lämnar utrymme för förbättringar. Ett framträdande drag i vårt system är att dess prestanda över abstracts och artiklar kroppar är stabil. Coreference upplösning resulterar i mindre förbättring av systemets prestanda. På grund av vårt intresse för diskurs-nivå-element, såsom spekulation/negation och samreferens, ger vi en mer detaljerad analys av våra systemprestanda i dessa deluppgifter. Resultaten visar på livskraften hos en robust, språkligt inriktad metod, som tydligt skiljer den allmänna semantiska tolkningen från gemensamma uppgiftsspecifika aspekter, för utvinning av biologiska händelser. Vår felanalys pekar på vissa brister som vi planerar att åtgärda i det framtida arbetet inom vår stegvisa systemutvecklingsmetod. Tillämpning av flera regler för intrasentiell omvandling på meningsfragmenten i den första kolumnen. Syntaktiska beroenden i den andra kolumnen är indata till dessa regler och inbäddande relationer i den tredje kolumnen är utdata. Kilicoglu och Bergler BMC Bioinformatics 2012, 13(Suppl 11):S7
I BioNLP-ST 2011 utvidgade de sitt arbete till en tvåfasmetod där den första fasen generaliserar syntaktiska beroendeförhållanden till en semantisk tolkning medan den andra fasen begränsar tolkningen med domänspecifika kunskaper och uppnår konkurrenskraftiga resultat REF.
Biological event composition
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}