Bakgrund: Undersökning av metagenom ger större insikt i oodlade mikrobiella samhällen. Förbättringen av sekvenseringstekniken, som ger en stor mängd sekvensdata, har lett till stora genombrott inom området. För närvarande kastar dock taxonomiska bineringsverktyg för metagenome 30–40 % av Sangersekvenseringsdata på grund av strängheten i BLAST-nedskärningar. I ett försök att ge en heltäckande översikt av metagenomiska data analyserade vi om de kasserade metagenomerna genom att använda mindre stränga cut-offs. Dessutom införde vi ett nytt kriterium, nämligen det evolutionära bevarandet av adjacency mellan angränsande gener. För att utvärdera genomförbarheten av vår strategi, vi återanalyserade kasserade contigs och singletons från flera miljöer med olika nivåer av komplexitet. Vi jämförde också överensstämmelsen mellan vår taxonomiska binning och de som rapporterades i de ursprungliga studierna. Resultat: Bland de kasserade uppgifterna fann vi att 23,7 ± 3,9% av singleton och 14,1 ± 1,0% av contigs tilldelades taxa. Återhämtningsgraden för singleton var högre än för contigs. Pearson korrelationskoefficienten visade en hög grad av likhet (0,94 ± 0,03 vid phylum rank och 0,80 ± 0,11 vid familjen rank) mellan den föreslagna taxonomiska binning metod och de som rapporterats i ursprungliga studier. Dessutom visade en utvärdering med hjälp av simulerade data att den föreslagna metoden var tillförlitlig. Slutsatser: Våra upptäckter tyder på att med hänsyn till bevarad angränsande gen adjacency förbättrar taxonomiska uppdrag när man analyserar metagenomes med hjälp av Sanger sekvensering. Med andra ord, att använda den bevarade genordningen som ett kriterium kommer att minska mängden data som kastas vid analys av metagenomer. Författarens bidrag DW och HKT formulerade studierna, deltog i experimentdesignen och utarbetade manuskriptet. FCHW deltog i programdesignen av Weng et al.
Slutligen noterar vi att den metod som används i MetaDomain har en liknande logik som Weng et als senaste arbete. REF Weng m.fl. rapporterade att taxonomiska binningsverktyg för metagenomer kastar 30-40 % av Sanger sekvenseringsdata på grund av strängheten i BLAST-nedskärningar.
Reanalyze unassigned reads in Sanger based metagenomic data using conserved gene adjacency
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Computer Science', 'Medicine']}