Bakgrund: Identifiering av biomarkörer för uppskattning av cancerpatienters överlevnad är ett avgörande problem inom modern onkologi. Nyligen, Affymetrix DMET (Drug Metabolizing Enzymes and Transporters) microarray plattform har erbjudit möjligheten att bestämma ADME (absorption, distribution, metabolism och utsöndring) genvarianter av en patient och att korrelera dem med läkemedelsberoende biverkningar. Analysen av överlevnadsfördelningen hos patienter med start från deras profil som erhållits med hjälp av DMET-data kan därför avslöja viktig information till kliniker om möjliga korrelationer mellan läkemedelsrespons, överlevnadsfrekvens och genvarianter. Metoder: För att ge stöd till denna analys utvecklade vi OSAnalyzer, ett programvaruverktyg som kan beräkna total överlevnad (OS) och progressionsfri överlevnad (PFS) för cancerpatienter och utvärdera deras samband med ADME-genvarianter. Resultat: Verktyget kan utföra en automatisk analys av DMET-data berikad med överlevnadshändelser. Dessutom rangordnas resultaten efter statistisk signifikans som erhålls genom att jämföra arean under kurvorna som beräknas med hjälp av log-rank-testet, vilket möjliggör en snabb och enkel analys och visualisering av data med hög genomströmning. Slutsatser: Slutligen presenterar vi en fallstudie för att belysa nyttan av OSAnalyzer vid analys av en stor kohort av patienter.
• OS-Analyzer (OSA) REF är ett programvaruverktyg för beräkning och visualisering av kurvor för total överlevnad (OS) och progressionsfri överlevnad (PFS) hos cancerpatienter och utvärdera deras samband med ADME-genvarianter.
OSAnalyzer: A Bioinformatics Tool for the Analysis of Gene Polymorphisms Enriched with Clinical Outcomes
{'venue': 'Microarrays', 'journal': 'Microarrays', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}