Bakgrund: För att förbättra den tråkiga uppgiften att rekonstruera gennätverk genom att testa experimentellt de möjliga interaktionerna mellan gener, blir det en trend att anta den automatiserade omvänd teknik istället. Vissa evolutionära algoritmer har föreslagits för att härleda nätverksparametrar. För att dra slutsatser om stora nätverk genom den evolutionära algoritmen är det dock nödvändigt att ta itu med två viktiga frågor: för tidig konvergens och höga beräkningskostnader. För att ta itu med det tidigare problemet och förbättra prestandan hos traditionella evolutionära algoritmer, är det lämpligt att använda parallella modell evolutionära algoritmer. För att övervinna det senare och för att påskynda beräkningen, rekommenderas att anta mekanismen för cloud computing som en lovande lösning: mest populär är metoden för MapReduce programmering modell, en feltolerant ram för att genomföra parallella algoritmer för att sluta stora gennätverk. Resultat: Detta arbete presenterar en praktisk ram för att inferera stora gennätverk, genom att utveckla och parallellisera en hybrid GA-PSO optimeringsmetod. Vår parallella metod utvidgas till att fungera med Hadoop MapReduce-programmeringsmodellen och utförs i olika molndatamiljöer. För att utvärdera den föreslagna metoden använder vi en välkänd öppen källkod programvara GeneNetWeaver för att skapa flera jäst S. cerevisiae undernätverk och använda dem för att producera genprofiler. Experiment har genomförts och resultaten har analyserats. De visar att vårt parallella tillvägagångssätt framgångsrikt kan användas för att sluta nätverk med önskade beteenden och beräkningstiden kan till stor del minskas.
Nyligen, i REF, en praktisk ram för att härleda stora gennätverk genom en parallell hybrid GA-PSO optimeringsmetod med MapReduce har också föreslagits.
Designing a parallel evolutionary algorithm for inferring gene networks on the cloud computing environment
{'venue': 'BMC Systems Biology', 'journal': 'BMC Systems Biology', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}