Sammanfattning av denna webbsida: Bestämning av sekvenslikviditet är ett av de viktigaste stegen i beräkningsfylogiska studier. Som vi vet inträffade inte bara DNA-mutationer för individuell nukleotid utan också efterföljande omarrangemang under evolutionshistorien. Det har varit en av de viktigaste uppgifterna för beräkningsbiologer att utveckla nya matematiska deskriptorer för likhetsanalys så att olika mutationsfenomen information skulle vara inblandade samtidigt. I denna uppsats, som skiljer sig från traditionella metoder (t.ex. nukleotidfrekvens, geometriska representationer) som baser för konstruktion av matematiska deskriptorer, konstruerar vi nya matematiska deskriptorer baserade på grafteori. I synnerhet, för varje DNA-sekvens, kommer vi att sätta upp en viktad riktad graf. Adjacensmatrisen för den riktade grafen kommer att användas för att inducera en representativ vektor för DNA-sekvens. Denna nya metod mäter likheter baserade på både beställning och frekvens av nukleotider så att mycket mer information är involverad. Som en applikation testas metoden på en uppsättning 0,9-kb mtDNA-sekvenser av tolv olika primater. Alla utgående fylogenetiska träd med olika avståndsuppskattningar har samma topologi, och överensstämmer i allmänhet med de rapporterade resultaten från tidiga studier, vilket bevisar den nya metodens effektivitet; vi testar också den nya metoden på en simulerad datauppsättning, som visar att vår nya metod presterar bättre än traditionell global anpassningsmetod när efterföljande omläggningar sker ofta under evolutionär historia.
Referensreferensreferensen gav en ny modell för DNA-sekvenslikviditetsanalys baserad på grafteori.
A Novel Model for DNA Sequence Similarity Analysis Based on Graph Theory
{'venue': None, 'journal': 'Evolutionary Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}