Tänk dig knappast dagens elektronikindustri, med dess kraftfulla, visuellt orienterade design- och automationsverktyg, utan att först ha etablerat standardnoteringar för kretsdiagram. Så var inte fallet i biologi 2. Trots den visuella karaktären hos en stor del av informationsutbytet genomsyrades fältet av ad hoc- grafiska noteringar som inte hade mycket gemensamt mellan olika forskare, publikationer, läroböcker och programvaruverktyg. Det fanns inget standardspråk för att beskriva biokemiska interaktionsnätverk, inter- och intracellulära signalerande genregleringskoncept som utgör kärnan i en stor del av dagens forskning inom molekylär, system och syntetisk biologi. Det närmaste till en standard är den notation som länge använts i många metaboliska och signalerande vägkartor, men i verkligheten, även som saknar enhetlighet mellan källor och lider av oönskade tvetydigheter (Fig. 1).................................................................. Dessutom var de befintliga preliminära representationerna, hur välgjorda de än var, tvetydiga och endast lämpliga för specifika behov, såsom att representera metaboliska nätverk eller signaleringsvägar eller genreglering. Molekylärbiologin, och på senare tid ökningen av genomik och andra teknologier med hög genomströmning, har fört med sig en häpnadsväckande ökning av data som ska tolkas. Det gynnade också den rutinmässiga användningen av programvara för att hjälpa till att formulera hypoteser, design experiment och tolka resultat. Som en grupp biokemister, modellerare och dataforskare som arbetar inom systembiologi anser vi att det är ett viktigt steg mot en effektivare och mer exakt överföring av biologisk kunskap mellan våra olika samhällen. Mot detta mål initierade vi 2005 SBGN-projektet i syfte att utveckla och standardisera en systematisk och entydig grafisk notation för tillämpningar inom molekylär- och systembiologi. Grafisk representation av biokemiska och cellulära processer har använts i biokemiska läroböcker så långt tillbaka som sextio år sedan 3, når en spets i väggdiagram hand dras av Nicholson 4 och Michal 5. Dessa grafer beskriver de processer som omvandlar en uppsättning ingångar till en uppsättning utgångar, som i själva verket är process, eller tillståndsövergång, diagram. Denna stil emulerades i de första databassystem som avbildade metaboliska nätverk, inklusive EMP 6, EcoCyc 7 och KEGG 8. Fler noteringar har "definierats" på grund av deras genomförande i specialiserade mjukvaruverktyg såsom road och nätverksdesigners (t.ex., NetBuilder 9, Patika 10, JDesigner 11, CellDesigner 12 ). Dessa Circuit diagram och Unified Modelling Language diagram är bara två exempel på vanliga visuella språk som bidrar till att påskynda arbetet genom att främja regelbundenhet, ta bort tvetydighet och möjliggöra programvara verktyg stöd för kommunikation av komplex information. Ironiskt nog saknar biologin fortfarande vanliga grafiska noteringar, trots att den har en av de högsta förhållandet mellan grafisk och textbaserad information. Den senaste tidens flod av biologisk kunskap gör att det är angeläget att ta itu med detta underskott. Mot detta mål presenterar vi System Biology Graphical Notation (SBGN), ett visuellt språk som utvecklats av en gemenskap av biokemister, modellerare och dataforskare. SBGN består av tre kompletterande språk: processdiagram, enhetsförhållandediagram och aktivitetsflödesdiagram. Tillsammans gör de det möjligt för forskare att representera nätverk av biokemiska interaktioner på ett standard, otvetydigt sätt. Vi tror att SBGN kommer att främja effektiv och korrekt representation, visualisering, lagring, utbyte och återanvändning av information om alla typer av biologisk kunskap, från genreglering, till metabolism, till cellulär signalering. "Un bon croquis vaut mieux qu'un long discours" ("En bra skiss är bättre än ett långt tal"), sade Napoleon Bonaparte. Detta påstående är inte alls lika sant som för tekniska illustrationer. Diagram engagerar naturligt medfödda kognitiva förmågor 1 som människor har haft sedan före tiden för våra grottritande förfäder. Det är inte att undra på att vi finner att vi vänder oss till dem inom varje område av strävan. Precis som med skrivna mänskliga språk kräver kommunikationen med diagram att författare och läsare enas om symboler, reglerna för att arrangera dem och tolkningen av resultaten. Etableringen och den utbredda användningen av standardnoteringar har gjort det möjligt för många områden att frodas. En burk
I en nyligen genomförd insats försöker förslaget till SBGN (Systems Biology Graphical Notation), REF, att fastställa en gemenskapsstandard för biologisk notation.
The Systems Biology Graphical Notation
{'venue': 'Nature Biotechnology', 'journal': 'Nature Biotechnology', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}