Bakgrund: Detta papper presenterar PyElph, en programvara verktyg som automatiskt extraherar data från gel bilder, beräknar molekylvikterna av de analyserade molekyler eller fragment, jämför DNA-mönster som är resultatet av experiment med molekylära genetiska markörer och, också, genererar fylogenetiska träd som beräknas av fem klustermetoder, med hjälp av den information som extraheras från den analyserade gel bild. Programvaran kan framgångsrikt användas för populationsgenetik, fylogenetik, taxonomiska studier och andra tillämpningar som kräver gel bildanalys. Forskare och studenter som arbetar inom molekylärbiologi och genetik skulle ha stor nytta av den föreslagna programvaran eftersom den är fri, öppen källkod, lätt att använda, har ett användarvänligt grafiskt användargränssnitt och inte är beroende av specifika enheter för bildinhämtning som andra kommersiella program med liknande funktioner gör. Resultat: PyElph software tool är helt implementerad i Python som är ett mycket populärt programmeringsspråk bland bioinformatikvärlden. Det ger en mycket vänlig Grafiskt användargränssnitt som utformades i sex steg som gradvis leder till resultaten. Användaren vägleds genom följande steg: bildbelastning och förberedelse, körfältsdetektering, banddetektering, molekylär viktberäkning baserad på en molekylär viktmarkör, bandmatchning och slutligen beräkning och visualisering av fylogenetiska träd. En stark punkt i programvaran är visualiseringskomponenten för de bearbetade uppgifterna. Det grafiska användargränssnittet tillhandahåller åtgärder för bildmanipulation och belyser körfält, band och bandmatchning i den analyserade gelavbildningen. Alla data och bilder som genereras i varje steg kan sparas. Programvaran har testats på flera DNA-mönster som erhållits från experiment med olika genetiska markörer. Exempel på genetiska markörer som kan analyseras med hjälp av PyElph är RFLP (Restriktion Fragment Length Polymorphism), AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism), RAPD (Random Aplification of Polymorphic DNA) och STR (Short Tandem Repeat). Likheten mellan DNA-sekvenserna beräknas och används för att generera fylogenetiska träd som är mycket användbara för populationsgenetik studier och taxonomisk klassificering. Slutsatser: PyElph minskar ansträngningen och den tid som tillbringas med att bearbeta data från gelbilder genom att tillhandahålla ett automatiskt steg-för-steg-system för analys av gelbilder med ett användarvänligt grafiskt användargränssnitt. Det föreslagna gratisprogramverktyget är lämpligt för forskare och studenter som inte har tillgång till dyr kommersiell programvara och utrustning för bildinsamling.
PyElph REF är en fri programvara för att analysera DNA gel bilder och kluster resultaten men användaren inte har något privilegium att lägga till eller ta bort något band manuellt och utvecklats för utbildningsändamål och är inte så korrekt i processen för att upptäcka filer och band.
PyElph - a software tool for gel images analysis and phylogenetics
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}