ABSTRACT Eftersom forskning om sjukdomspatologi och cellulär funktion fortsätter att generera stora mängder data om protein-, gen- och småmolekylinteraktioner (PGSM) finns det ett kritiskt behov av att fånga dessa resultat i strukturerade format som möjliggör beräkningsanalys. Även om många ansträngningar har gjorts för att skapa databaser som lagrar denna information i datorläsbar form, kräver dessa källor till stor del en manuell process för att tolka och extrahera interaktionsrelationer från den biologiska forskningslitteraturen. Att effektivt och exakt kunna automatisera extraktionen av interaktioner från ostrukturerad text skulle avsevärt förbättra innehållet i dessa databaser och ge en metod för att hantera den fortsatta tillväxten av ny litteratur som publiceras. Resultat: I den här artikeln beskriver vi ett system för att extrahera PGSM-interaktioner från ostrukturerad text. Genom att använda en lexikal analysator och kontextfri grammatik (CFG) visar vi att effektiva tolkar kan konstrueras för att extrahera dessa relationer från naturligt språk med höga hastigheter av återkallande och precision. Våra resultat visar att denna teknik uppnådde en recall-hastighet på 83,5% och en precisionsgrad på 93,1% för att känna igen PGSM-namn och en recall-frekvens på 63,9% och en precisionsgrad på 70,2% för att extrahera interaktioner mellan dessa enheter. I motsats till andra publicerade tekniker, minskar användningen av en CFG avsevärt komplexiteten i naturligt språk bearbetning genom att fokusera på domän specifik struktur i stället för att analysera semantik av ett visst språk. Dessutom ger vårt tillvägagångssätt en abstraktionsnivå för att lägga till nya regler för utvinning av andra typer av biologiska relationer utöver PGSM-relationer.
REF tillämpad kontextfri grammatik för behandling av Medline abstracts.
Extraction of protein interaction information from unstructured text using a context-free grammar
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}