Sammanfattning av denna webbsida: Under de senaste åren har ontologier blivit ett huvudämne inom biomedicinsk forskning. När biologiska enheter beskrivs med hjälp av en gemensam schema, såsom en ontologi, kan de jämföras med hjälp av sina annoteringar. Denna typ av jämförelse kallas semantisk likhet, eftersom den bedömer graden av överensstämmelse mellan två enheter genom likheten i betydelsen av deras kommentarer. Tillämpningen av semantisk likhet med biomedicinska ontologier är ny; ändå har flera studier publicerats under de senaste åren som beskriver och utvärderar olika tillvägagångssätt. Semantisk likhet har blivit ett värdefullt verktyg för att validera resultaten från biomedicinska studier såsom genklustring, genuttrycksdataanalys, förutsägelse och validering av molekylära interaktioner och sjukdomsgenprioritering. Vi granskar semantiska likhetsåtgärder som tillämpas på biomedicinska ontologier och föreslår deras klassificering enligt de strategier de använder: nodbaserade kontra kantbaserade och parvisa kontra gruppvisa. Vi presenterar också jämförande utvärderingsstudier och diskuterar konsekvenserna av deras resultat. Vi undersöker befintliga genomföranden av semantiska likhetsåtgärder, och vi beskriver exempel på tillämpningar inom biomedicinsk forskning. Detta kommer att klargöra hur biomedicinska forskare kan dra nytta av semantiska likhetsåtgärder och hjälpa dem att välja den metod som är mest lämplig för deras studier. Biomedicinska ontologier utvecklas mot ökad täckning, formalitet och integration, och användningen av dem för annotering blir allt mer fokuserad både av biomedicinska experter och tillämpning av automatiserade notationsförfaranden för att skapa korpora av högre kvalitet och fullständighet än vad som för närvarande finns tillgängliga. Med tanke på att semantiska likhetsåtgärder är direkt beroende av dessa evolutioner, kan vi förvänta oss att se dem bli mer relevanta och till och med bli lika viktiga som sekvenslikhet är i dag inom biomedicinsk forskning.
För mer information om olika semantiska likhetsåtgärder, se REF.
Semantic Similarity in Biomedical Ontologies
{'venue': 'PLoS Computational Biology', 'journal': 'PLoS Computational Biology', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}