....................................... Använda en Micro-CT scan som innehåller nio distinkta fiskar (vänster) i en topologisk analys resulterar i ett antal kandidatfunktioner som motsvarar hela eller partiella fiskar (center). Genom att göra det möjligt för användaren att välja kandidatfunktioner på olika förenklingsnivåer kan enskilda fiskar segmenteras interaktivt (höger). Abstract-Vi presenterar TopoAngler, en visualisering ram som möjliggör en interaktiv användarstyrd segmentering av fiskar som ingår i en micro-CT scan. Det inneboende bullret i datortomografin i kombination med fiskens ofta bortkopplade (och ibland brutna) skelettstruktur gör en automatisk segmentering av volymen opraktisk. För att övervinna detta kombinerar vårt ramverk tekniker från beräkningstopologi med ett interaktivt visuellt gränssnitt, vilket gör det möjligt för människan-i-kretsen att effektivt extrahera fisk ur volymen. I det första steget används ingångsträdet för att skapa en hierarkisk segmentering av volymen. Genom att använda länkade vyer gör det visuella gränssnittet det möjligt för användare att interaktivt utforska denna hierarki, och samla delar av enskilda fiskar i en sammanhängande delvolym, vilket rekonstruerar hela fiskar. Vårt ramverk utvecklades främst för dess tillämpning på datortomografi av fiskar, genererad som en del av ScanAllFish-projektet, genom nära samarbete med deras huvudforskare. Vi förväntar oss dock att det också ska vara tillämpligt i andra biologiska tillämpningar där ett enda dataset innehåller flera exemplar; en vanlig rutin som nu följs allmänt i laboratorier för att öka genomströmningen av dyra CT-skannrar.
Direkt relaterad till CT-scanning av fiskar, i vårt tidigare arbete föreslog vi TopoAngler REF som kombinerar ett topologibaserat tillvägagångssätt med ett visuellt ramverk för att hjälpa användare segmentera fiskar från CT-data.
TopoAngler: Interactive Topology-Based Extraction of Fishes
{'venue': 'IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics', 'journal': 'IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}