Motivering: Att räkna antalet förekomster av varje k-mer (delsträng av längd k) i en lång sträng är ett centralt underproblem i många tillämpningar, inklusive genommontering, felkorrigering av sekvensläsningar, snabb inställning av flera sekvenser och upprepad upptäckt. Nyligen har den djupa sekvenstäckning som genereras av nästa generations sekvenseringsteknologier gjort att mängden sekvenser har bearbetats under ett genomprojekt för att växa snabbt, och har gjort de nuvarande k-mer-räkningsverktygen för långsamma och minnesintensiva. Samtidigt har stora flerkärniga datorer blivit vanliga i forskningsanläggningar som möjliggör ett nytt parallellt beräkningsparadigm. Resultat: Vi föreslår en ny k-mer räknealgoritm och tillhörande implementation, kallad Jellyfish, som är snabb och minneseffektiv. Den är baserad på en multitrådad, låsfri hashtabell optimerad för att räkna k-mers upp till 31 baser i längd. På grund av deras flexibilitet, suffix arrays har varit datastrukturen val för att lösa många strängproblem. För uppgiften att räkna k-mer, viktig i många biologiska applikationer, ger Jellyfish en mycket snabbare och mer minneseffektiv lösning.
Jellyfish REF är en programvara för att räkna k-mer.
A fast, lock-free approach for efficient parallel counting of occurrences of k-mers
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}