Bakgrund: I tidigare verk beskrev författarna ett programvarupaket för digitalisering av 3D-markmärken för användning i geometriska morphometrier. I detta dokument beskriver vi tillägg till denna programvara som tillåter halvautomatisk lokalisering av 3D landmärken, med tanke på en databas med manuellt kommenterade utbildningsbilder. Flerstegsregistrering tillämpades för att anpassa bildplåster från databasen till en frågebild, och resultaten från flera databasbilder kombinerades med hjälp av en arraybaserad omröstningsplan. Programvaran belyser automatiskt punkter som har lokaliserats med lågt förtroende, vilket möjliggör manuell korrigering. Resultat: Utvärderingen utfördes på mikro-CT-bilder av gnagares skallar för vilka två oberoende uppsättningar av manuella landmärken hade gjorts. Detta gjorde det möjligt att bedöma landmärkesnoggrannheten både i fråga om avståndet mellan manuella och automatiska anmärkningar och repeterbarheten hos manuell och automatisk annotering. Automatisk annotering uppnådd noggrannhet motsvarande dem som kan uppnås genom manuell annotering av en expert för 87,5 % av punkterna, med betydligt högre repeterbarhet. Slutsatser: Även om användarinmatning krävdes för att ta fram utbildningsdata och i ett slutligt felkorrigeringssteg, kunde programvaran minska antalet manuella kommentarer som krävs i en typisk landmärkesidentifieringsprocess med hjälp av 3D-data med en faktor på tio, vilket potentiellt gjorde det möjligt att annotera mycket större datamängder och därmed öka den statistiska kraften hos resultaten från efterföljande behandling, t.ex. Procrustes/huvudkomponentanalys. Programvaran är fritt tillgänglig, under GNU General Public License, från vår webbplats (www.tina-vision.net).
Detta beslut träder i kraft dagen efter det att det har offentliggjorts i Europeiska unionens officiella tidning. REF beskriver ett halvautomatiskt tillvägagångssätt för att markera en frågebild som bygger på förekomsten av en manuellt kommenterad träningsset.
Semi-automatic landmark point annotation for geometric morphometrics
{'venue': 'Frontiers in Zoology', 'journal': 'Frontiers in Zoology', 'mag_field_of_study': ['Biology']}