Scaffolding är ett viktigt subproblem i de novo genom sammanställning där par data används för att konstruera en linjär sekvens av contigs åtskilda av luckor. Här presenterar vi SLIQ, en uppsättning enkla linjära ojämlikheter som härrör från geometrin av contigs på linjen som kan användas för att förutsäga relativa positioner och orienteringar av contigs från enskilda par läser och därmed producera en contig digraph. SLIQ ojämlikheter kan också filtrera bort opålitliga par par och kan användas som en förbehandling steg för alla byggnadsställningar algoritm. Vi testade SLIQ ojämlikheter på fem verkliga datauppsättningar som sträcker sig i komplexitet från enkla bakteriella genom till komplexa däggdjursgenom och jämförde resultaten med majoritet röstar förfarande som används av många andra byggnadsställningar algoritmer. SLIQ förutspådde kontigernas relativa positioner och orienteringar med hög noggrannhet i alla fall och gav mer exakta positionsprognoser än majoritetsröstning för komplexa genom, särskilt det mänskliga genomet. Slutligen presenterar vi en enkel ställningsalgoritm som producerar linjära ställningar med en kontig digraf. Vi visar att vår algoritm är mycket effektiv jämfört med andra byggnadsställningar algoritmer samtidigt som hög noggrannhet i att förutsäga både contig positioner och orienteringar för verkliga datamängder.
SLIQ REF formulerar en uppsättning linjära ojämlikheter tillsammans med majoritetsomröstningar för att förutsäga placeringar av contigs.
SLIQ: Simple Linear Inequalities for Efficient Contig Scaffolding
{'venue': 'ArXiv', 'journal': 'ArXiv', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Biology', 'Medicine', 'Mathematics']}