Bakgrund: Videokameror känner passivt på avstånd, erbjuder en rik informationsström och ger intuitivt meningsfulla rådata. Kamerabaserad avbildning har därmed visat sig vara kritisk för många framsteg inom neurovetenskap och biologi, med tillämpningar som sträcker sig från cellulär avbildning av fluorescerande färgämnen till spårning av heldjursbeteende på ekologiskt relevanta rumsliga skalor. Resultat: Här presenterar vi Motmot: en programvara med öppen källkod för att förvärva, visa, spara och analysera digital video i realtid. På högsta nivå är Motmot skrivet på Pythons datorspråk. De stora mängder data som produceras av digitala kameror hanteras av lågnivå, optimerade funktioner, vanligtvis skrivna i C. Denna högnivå/lågnivåpartitionering och användning av utvalda externa bibliotek gör det möjligt för Motmot, med endast blygsam komplexitet, att utföra väl och en kärnteknik för många högpresterande avbildningsuppgifter. I sin nuvarande form, Motmot tillåter: (1) bild förvärv från en mängd olika kameragränssnitt (paket motmot.cam_iface), (2) visning av dessa bilder med minimal latens och datorresurser med hjälp av wxPython och OpenGL (paket motmot.wxglvideo), (3) spara bilder utan kompression i en enkel-pass, låg-CPU-användning format (paket motmotot.FlyMovieFormat), (4) en pluggable ram för anpassad analys av bilder i realtid och (5) firmware för en billig USB-enhet för att synkronisera bild förvärv över flera kameror, med analog ingång, eller med andra hårdvara enheter (paket motmotot.fview_ext_trig). Dessa funktioner sammanförs i ett grafiskt användargränssnitt, kallat "FView", vilket gör det möjligt för en slutanvändare att enkelt visa och spara digital video utan att skriva någon kod. En plugin för FView, "FlyTrax", som spårar rörelsen av frukt flugor i realtid, ingår med Motmot, och beskrivs för att illustrera funktionerna i FView. Motmot möjliggör bildbehandling och visning i realtid med hjälp av datorspråket Python. Förutom de medföljande kompletta applikationerna gör arkitekturen det möjligt för användaren att skriva relativt enkla plugins, som kan utföra en mängd olika datorseende uppgifter och integreras i större mjukvarusystem. Programvaran finns på
Ett exempel är Motmot REF, en öppen källkod verktygslåda för realtid video förvärv och analys användbar i neuroscience applikationer.
Motmot, an open-source toolkit for realtime video acquisition and analysis
{'venue': 'Source Code for Biology and Medicine', 'journal': 'Source Code for Biology and Medicine', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}