Biologisk sekvensanpassning är ett viktigt verktyg som används i molekylärbiologi och biomedicinska tillämpningar. Den växande mängden genetiska data och komplexiteten i sekvensanpassningen utgör en utmaning när det gäller att uppnå anpassningsresultat i rätt tid. Kända metoder för att påskynda anpassning på omkonfigurerbar hårdvara endast adresssekvensjämförelse, begränsa sekvenslängd, eller visa minne och I/O flaskhalsar. En rymdeffektiv, global sekvensjusteringsalgoritm och arkitektur presenteras som accelererar framåtskanningen och spårningen i hårdvara utan minne och I/O-begränsningar. Med 256 processelement i FPGA-teknik, en prestandavinst över 300 gånger den hos en stationär dator visas på sekvenslängder på 16000. För större prestanda är arkitekturen skalbar till fler bearbetningselement.
En platseffektiv global sekvensjusteringsalgoritm presenteras av Scott Lloyd och Quinn O"Snell REF.
Sequence Alignment with Traceback on Reconfigurable Hardware
{'venue': '2008 International Conference on Reconfigurable Computing and FPGAs', 'journal': '2008 International Conference on Reconfigurable Computing and FPGAs', 'mag_field_of_study': ['Computer Science']}