Abstract-Vi utvecklar nya single-GPU parallelliseringar av Smith-Waterman algoritm för parvis sekvensjustering. Våra algoritmer, som är lämpliga för justering av ett enda par av mycket långa sekvenser, kan användas för att bestämma justering poäng samt den faktiska anpassningen. Experimentella resultat visar en storleksordningsminskning av körtiden i förhållande till konkurrerande GPU-algoritmer.
Parvis sekvensjustering för mycket långa sekvenser gjordes i REF.
Pairwise sequence alignment for very long sequences on GPUs
{'venue': '2012 IEEE 2nd International Conference on Computational Advances in Bio and medical Sciences (ICCABS)', 'journal': '2012 IEEE 2nd International Conference on Computational Advances in Bio and medical Sciences (ICCABS)', 'mag_field_of_study': ['Medicine', 'Computer Science']}