Principerna för proteinvikning och evolution utgör problem med mycket hög inneboende komplexitet. Ofta hanteras dessa problem med hjälp av förenklade proteinmodeller, t.ex. Lattice-proteiner. Paketet CPSP-verktyg tillhandahåller program för att exakt och fullständigt lösa de problem som är typiska för studier med 3D-latticeproteinmodeller. Bland de uppgifter som tas upp är förutsägelsen av (alla) globalt optimala och/eller suboptimala strukturer samt sekvensdesign och neutral nätprospektering. Till skillnad från stokastiska metoder, som inte kan besvara många grundläggande frågor, bygger våra metoder på snabba, icke-heuristiska tekniker. De resulterande verktygen är utformade för höggenomströmningsstudier av 3D-latticeproteiner som använder modellen Hydrophobic-Polar (HP). Källpaketet är fritt tillgängligt [1]. Paketet med CPSP-verktyg är den första uppsättningen exakta och kompletta metoder för omfattande studier med hög genomströmning av icke begränsade 3D-latticeproteinmodeller. I synnerhet, vårt paket handlar om kubik och ansikte centrerad kubik (FCC) lattices.
Det första steget i denna strategi ger kompakta optimala strukturer genom att använda CPSP-verktygen REF baserat på HP-modellen.
CPSP-tools – Exact and complete algorithms for high-throughput 3D lattice protein studies
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}