Bakgrund: På senare tid har det funnits ett stort intresse för tillämpningen av metoder för informationsextraktion på den biomedicinska domänen, särskilt för utvinning av relationer mellan gener, proteiner och RNA från vetenskapliga publikationer. Utvecklingen och utvärderingen av sådana metoder kräver kommenterad domänkorpora. Vi presenterar BioInfer (Bio Information Extraction Resource), en ny offentlig resurs som ger en kommenterad corpus av biomedicinsk engelska. Vi beskriver ett notationssystem som fångar namngivna enheter och deras relationer tillsammans med en beroendeanalys av meningssyntax. Vi presenterar vidare ontologier som definierar de typer av enheter och relationer som kommenteras i corpus. För närvarande innehåller corpus 1100 meningar från abstracts av biomedicinsk forskning artiklar kommenterade för relationer, namngivna enheter, samt syntaktiska beroenden. Stödprogramvaran är försedd med corpus. Corpus är unik inom området när det gäller att kombinera dessa notationstyper för en enda uppsättning meningar, och i detaljgraden av relations annotationen. Vi introducerar en corpus inriktad på protein, gen, och RNA relationer som fungerar som en resurs för utveckling av information extraktionssystem och deras komponenter såsom parsers och domänanalysatorer. Korpusen kommer att underhållas och vidareutvecklas med en aktuell version som finns tillgänglig i figur 1 Exempel på beroenden. Länketiketterna representerar olika typer av beroende, t.ex. S för subjekt-predikat och O för predikat-objektberoende. Radering av SIR4 förstärkt MET15 ljuddämpning. M S J AN O BMC Bioinformatics 2007, 8:50 Meningen Den hämmande effekten av p27, en cyklinberoende kinashämmare (CDKI), kommer från dess bindning till cyklin E/Cdk2-komplexet som resulterar i G(1)-S-stopp. Entiteter och typer · P27 -individuellt protein · verkan av p27 -funktionsegenskaper · cyklinberoende kinashämmare -proteinfamilj eller -grupp · CDKI -proteinfamilj eller gruppprotein Ontologikunskap om entitetstyper · individprotein-protein-protein-aminosyra-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-ämne-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-ämne-substans-substans-substans-ämne-substans-ämne-substans-substans-ämne-ämne-substans-substans-substans-ämne-ämne-substans-substans-substans-substans-ämne-ämne-ämne-ämne-substans-ämne-ämne-ämne-substans(ämne-ämne-ämne-in-beroende-kinashämmare, p27) · CONTAIN(cyklin E/Cdk2-komplex-substans-substans-substans-substans-ämne-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-substans-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne-ämne text som används för att härleda sambanden · CONTAIN : komplex · CAUS : uppstår från · BIND: bindning med Syntaktisk annotation m dess bindning med cyklin E/Cdk2 komplexet som resulterar i G(1)-S gripande. JDP MV J D AN AN B R RS MV J AN Den hämmande effekten av p27, en cyklinberoende kinashämmare (CDKI), uppstår från D A S M J MX D AN MX MV
BioInfer corpus REF innehåller 1100 meningar från abstracts av forskningsartiklar där biomedicinska relationer annoteras för negation.
BioInfer: a corpus for information extraction in the biomedical domain
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}