Bakgrund: Protein-protein växelverkan (PPI) spelar grundläggande roller i nästan alla biologiska processer, och ger stora insikter i den inre fungerar av celler. En stor mängd PPI-data för olika organismer finns tillgängliga från BioGRID och andra källor. Identifieringen av samhällen i PPI-nätverk är av stort intresse eftersom de ofta avslöjar tidigare okända funktionella band mellan proteiner. Ett stort antal globala klusteralgoritmer har tillämpats på proteinnätverk, där hela nätverket delas upp i kluster. Här tar vi ett annat förhållningssätt genom att leta efter lokalsamhällen i PPI-nätverk. Vi utvecklar ett verktyg, som heter Local Protein Community Finder, som snabbt hittar en gemenskap nära en fråga protein i alla nätverk som finns tillgängliga från BioGRID eller anges av användaren. Vårt verktyg använder två nya lokala kluster algoritmer Nibble och PageRank-Nibble, som letar efter en bra kluster bland de mest populära destinationerna för en kort slumpmässig promenad från den queried vertex. Kvaliteten på ett kluster bestäms av andelen utgående kanter, så kallad konduktans, som är ett relativt mått som är särskilt användbart i underurvalsnät. Vi visar att de två lokala klusteralgoritmerna finner samhällen som inte bara bildar utmärkta kluster, utan också sannolikt är biologiskt relevanta funktionella komponenter. Vi jämför prestanda av Nibble och PageRank-Nibble med andra populära och effektiva graf partitionering algoritmer, och visar att de hittar bättre kluster i grafen. Dessutom finner Nibble och PageRank-Nibble samhällen som är mer funktionellt sammanhängande. Den lokala protein community Finder, tillgänglig på http://xialab.bu.edu/resources/ lpcf, gör det möjligt för användaren att snabbt hitta en högkvalitativ community nära ett frågat protein i alla nätverk som finns tillgängliga från BioGRID eller anges av användaren. Vi visar att de samhällen som finns i vårt verktyg bildar bra kluster och är funktionellt sammanhängande, vilket gör vår applikation användbar för biologer som vill undersöka funktionella moduler som ett visst protein är en del av.
Local Protein Community Finder är ett verktyg som utvecklats av författare på REF för att hitta gemenskap nära en fråga protein i alla nätverk som anges av användaren.
Finding local communities in protein networks
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine', 'Computer Science']}