Vi anser att en särskild modell av genomiska omarrangemang som tar paraloga och ortologa gener i beaktande. Med tanke på en viss modell av evolution och ett optimeringskriterium, problemet är att återställa en förfader till ett modernt genom modellerat som en ordnad sekvens av signerade gener. En direkt tillämpning är att infer genordningar vid förfäderna noder av ett fylogenetiskt träd. Implicit i omorganiseringslitteraturen är att varje gen har exakt en kopia i varje genom. Denna hypotes är uppenbart falsk för arter som innehåller flera kopior av mycket paraloga gener, t.ex. multigena familjer. En av de viktigaste regionala händelser som kan leda till gendubblering har kallats dubblering. Vår modell för evolution tar hänsyn till sådana dubbleringar. För ett genom G med genfamiljer av olika storlekar, är den implicita hypotesen att G har en förfader som innehåller exakt en kopia av varje gen, och att G har utvecklats från denna förfader genom en serie dubbla införlivanden och substring reverseringar. Frågan är: hur kan vi rekonstruera ett förfädersgenom som ger upphov till ett minimalt antal dubbla införlivanden och reverseringar? Den viktigaste idén är att reducera problemet till en rad subproblem som involverar genom som innehåller högst två kopior av varje gen. För denna enklare version ger vi snäva gränser, och vi beskriver en algoritm, baserad på Hannnhalli och Pevzner graf och resultat, det är exakt när vissa villkor är veri ed. Vi visar sedan hur man använder denna algoritm för att återställa genordningar vid förfäderna noder av ett fylogenetiskt träd.
Å andra sidan är ett svagare antagande att ett genom innehåller som mest k = O(1) kopior av varje gen ofta motiverat (jfr. Om det inte finns några uppgifter som tyder på att det finns en risk för att det finns en risk för att det uppstår en allvarlig risk för en allvarlig störning, ska den behöriga myndigheten i den medlemsstat där den behöriga myndigheten har sitt säte underrätta den behöriga myndigheten i den medlemsstat där den behöriga myndigheten har sitt säte om detta.
Reconstructing an ancestral genome using minimum segments duplications and reversals
{'venue': 'J. Comput. Syst. Sci.', 'journal': None, 'mag_field_of_study': ['Mathematics', 'Computer Science']}