Mikroarrays kan mäta uttrycket av tusentals gener för att identifiera förändringar i uttryck mellan olika biologiska tillstånd. Metoder behövs för att bestämma betydelsen av dessa förändringar samtidigt som de svarar för det enorma antalet gener. Vi beskriver en metod, Significance Analysis of Microarrays (SAM), som tilldelar en poäng till varje gen på grundval av förändring av genuttrycket i förhållande till standardavvikelsen av upprepade mätningar. För gener med poäng som är större än en justerbar tröskel använder SAM permutationer av de upprepade mätningarna för att uppskatta andelen gener som identifierats av slumpen, den falska upptäcktsfrekvensen (FDR). När det transkriptionella svaret av mänskliga celler på joniserande strålning mättes med mikroarrayer identifierade SAM 34 gener som förändrades minst 1,5-faldigt med en uppskattad FDR på 12%, jämfört med FDR på 60 och 84% genom att använda konventionella analysmetoder. Av de 34 generna var 19 involverade i regleringen av cellcykeln och 3 i apoptos. Överraskande, fyra nukleotide excision reparationsgener inducerades, vilket tyder på att denna reparation väg för UV-skadad DNA kan spela en tidigare oigenkännlig roll för att reparera DNA skadat av joniserande strålning.
Tusher m.fl. föreslog en metod för att analysera betydelsen av gener för joniserande strålning respons (SAM metod REF ).
Significance analysis of microarrays applied to the ionizing radiation response
{'venue': 'Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America', 'journal': 'Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}