Bakgrund: Informationsextraktionsteknik som får strukturerade representationer ur ostrukturerade data gör en stor mängd kliniskt relevant information om patienter tillgänglig för semantiska tillämpningar. Dessa metoder är vanligtvis beroende av standardiserade terminologier som styr denna process. Många språk och kliniska domäner saknar dock lämpliga resurser och verktyg samt utvärderingar av deras tillämpningar, särskilt om det krävs detaljerade konceptualiseringar av domänen. Exempelvis har tyska transthoracic ekokardiografi rapporter inte varit tillräckligt riktade tidigare, trots deras betydelse för kliniska prövningar. Detta arbete syftade därför till att utveckla och utvärdera en informationsextrahering komponent med en finkornig terminologi som gör det möjligt att känna igen nästan all relevant information som anges i tyska transthoracic ekokardiografi rapporter vid Universitetssjukhuset i Würzburg. Metoder: En domänexpert validerad och iterativt förfinad en automatiskt härledd basterminologi. Terminologin användes av ett ontologidrivet informationsextraktionssystem som ger attributvärdepar. Den slutliga komponenten har kartlagts till de centrala elementen i en standardiserad terminologi, och den har utvärderats enligt dokument med olika layouter. Resultat: Det slutliga systemet uppnådde toppmodern precision (mikrogenomsnitt.996) och recall (mikrogenomsnitt.961) på 100 testdokument som representerar mer än 90 % av alla rapporter. I synnerhet erkändes de viktigaste aspekterna enligt definitionen i en standardiserad extern terminologi med f 1 =.989 (mikrogenomsnitt) och f 1 =.963 (makrogenomsnitt). Som ett resultat av keyword matchning och fasthållning koncept extraktion, systemet fick hög precision också på ostrukturerade eller exceptionellt korta dokument, och dokument med ovanlig layout. Slutsatser: Den utvecklade terminologin och det föreslagna systemet för informationsextraktion gör det möjligt att extrahera finkornig information från tyska halvstrukturerade transthoracic ekokardiografi rapporter med mycket hög precision och högt minne på de flesta dokument vid Universitetssjukhuset i Würzburg. Extraherade resultat befolkar ett kliniskt datalager som stödjer klinisk forskning.
REF tog upp utvinning av finkornig information från tyska transthoracic ekokardiografi rapporter.
Fine-grained information extraction from German transthoracic echocardiography reports
{'venue': 'BMC Medical Informatics and Decision Making', 'journal': 'BMC Medical Informatics and Decision Making', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}