Vi presenterar CisGenome, ett mjukvarusystem för att analysera genom-breda kromatin-immunprecipiteringsdata (ChIP). CisGenome är utformad för att uppfylla alla grundläggande behov av ChIP dataanalyser, inklusive visualisering, data normalisering, toppdetektering, falsk upptäckt hastighet beräkning, gen-peak association, och sekvens och motivanalys. Förutom att implementera tidigare publicerade ChIP-mikroarray analysmetoder (ChIP-chip) innehåller programvaran statistiska metoder som utformats speciellt för ChlP-sekvensering (ChIP-seq) data som erhållits genom koppling av ChIP med massivt parallell sekvensering. Den modulära designen av CisGenome gör det möjligt att stödja interaktiva analyser genom ett grafiskt användargränssnitt samt anpassad batch-mode beräkning för avancerad datautvinning. En inbyggd webbläsare möjliggör visualisering av matrisbilder, signaler, genstruktur, bevarande, och DNA-sekvens och motivinformation. Vi demonstrerar användningen av dessa verktyg genom en jämförande analys av ChIP-chip- och ChIP-seq-data för transkriptionsfaktorn NRSF/REST, en studie av ChIP-seq-analys med eller utan negativt kontrollprov, och en analys av ett nytt motiv i Nanog- och Sox2-bindande regioner.
CisGenome REF stöder också verktyg för integrerad analys av ChIP-seq data, såsom notering av toppar med sina granngener, bevarande analys, och motiv upptäckt.
An integrated software system for analyzing ChIP-chip and ChIP-seq data
{'venue': 'Nature Biotechnology', 'journal': 'Nature Biotechnology', 'mag_field_of_study': ['Medicine', 'Biology']}