Ett booleskt nätverk är en modell som används för att studera interaktioner mellan olika gener i genetiska regulatoriska nätverk. I detta papper presenterar vi flera algoritmer med hjälp av genbeställning och feedback vertex uppsättningar för att identifiera singleton attraherare och små attraherare i Booleska nätverk. Vi analyserar den genomsnittliga falltidskomplexiteten hos några av de föreslagna algoritmerna. Till exempel, Det visas att den utgraderade-baserade beställning algoritm för att hitta singleton attraherare fungerar i O(1.19 n ) tid för K = 2, som är mycket snabbare än den naiva O(2 n ) tid algoritm, där n är antalet gener och K är den maximala ingradera. Vi utförde omfattande beräkningsförsök på dessa algoritmer, vilket resulterade i god enighet med teoretiska resultat. Däremot ger vi ett enkelt och komplett bevis för att hitta en attraherare med kortast tid är NP-hård.
Zhang m.fl. Detta beslut träder i kraft dagen efter det att det har offentliggjorts i Europeiska unionens officiella tidning. i REF föreslå algoritmer för att hitta singleton attraherare av RBN med hjälp av gen beställning.
Algorithms for Finding Small Attractors in Boolean Networks
{'venue': 'EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology', 'journal': 'EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}