Vi presenterar en förlängning av standard partition funktion till RNA sekundära strukturer som beräknar sannolikheterna Pu[i, j] att ett sekvensintervall [i, j] är oparerat. Jämförelse med experimentella data visar att Pu[i, j] kan tillämpas som en signifikant bestämningsfaktor för lokal tillgänglighet för RNA-interferens (RNAi). Dessutom kan dessa mängder användas för att rigoröst bestämma bindande fria energier av korta oligomerer till stora mRNA mål. Resursförbrukningen är jämförbar med en enda partitionsfunktionsberäkning för den stora målmolekylen. Vi kan visa att RNAi effektivitet korrelerar väl med de bindande sannolikheterna för siRNAs till deras respektive mRNA mål.
RNAup REF presenterar en förlängning av standardpartitionsfunktionen för att beräkna sannolikheterna att ett sekvensintervall förblir oparerat.
Thermodynamics of RNA-RNA Binding
{'venue': 'German Conference on Bioinformatics', 'journal': None, 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine', 'Chemistry']}