Motivering: Det har bevisats att tillgängligheten av målplatserna har en kritisk påverkan på RNA-RNA-bindningen, i allmänhet och specificiteten och effektiviteten av miRNAs och siRNAs, i synnerhet. Nyligen, O(N 6 ) tid och O(N 4 ) utrymme dynamisk programmering (DP) algoritmer har blivit tillgängliga som beräkna partition funktionen av RNA-RNA interaktionskomplex, vilket ger detaljerade insikter i deras termodynamiska egenskaper. Resultat: Ändringar av grammatiken som ligger till grund för tidigare tillvägagångssätt möjliggör beräkning av sannolikheter för interaktion för varje givet intervall på mål-RNA. Beräkningen av 'hybridsannolikheten' kompletteras med en stokastisk provtagningsalgoritm som producerar en Boltzmann-viktad ensemble av RNA-RNA-interaktionsstrukturer. Provtagningen av k-strukturer kräver endast försumbara ytterligare minnesresurser och körs i O(k·N 3 ). Tillgänglighet: De algoritmer som beskrivs här implementeras i C som en del av rip-paketet. Källkoden för rip2 kan laddas ner från
REF har utvecklat en provtagningsalgoritm som producerar en Boltzmann-viktad ensemble av RNA-RNA interaktionsstrukturer för beräkning av interaktionssannolikheter (och inte partitionsfunktionen) för ett givet intervall på målRNA.
Target prediction and a statistical sampling algorithm for RNA–RNA interaction
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine', 'Mathematics', 'Biology']}