Bakgrund: cis-regulatoriska moduler (CRM) av eukaryotiska gener innehåller ofta flera bindningsställen för transkriptionsfaktorer. Fenomenet att bindande platser bildar kluster i CRM utnyttjas i många algoritmer för att lokalisera CRM i ett genom. Detta ger upphov till problemet med att beräkna den statistiska betydelsen av händelsen att flera platser, som erkänns av olika faktorer, skulle hittas samtidigt i en text av en fast längd. Den största svårigheten beror på överlappande förekomster av motiv. Hittills har inga verktyg utvecklats som gör det möjligt att beräkna p-värden för samtidiga förekomster av olika motiv som kan överlappa varandra.
I REF introducerar författarna en algoritm för att beräkna sannolikheten för att hitta flera förekomster av motiv i en slumpmässig text.
Exact p-value calculation for heterotypic clusters of regulatory motifs and its application in computational annotation of cis-regulatory modules
{'venue': 'Algorithms for Molecular Biology', 'journal': 'Algorithms for Molecular Biology', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}