Dokumentation av kunskap om biologiska vägar är ofta informell och vag, vilket gör det svårt att effektivt syntetisera andras arbete till en holistisk förståelse av ett system. Flera forskare har föreslagit att lösa detta problem genom att modellera vägar med hjälp av formella datorspråk, som har en exakt och konsekvent semantik. Även om exakt, många av dessa språk kan vara för låg nivå för att kunna modellera komplexa vägar. Vi har utvecklat Pathway Modeling Language (PML), ett språk på hög nivå för modellering vägar. PML är baserad på en biologisk metafor av molekyler med bindningsplatser och har speciella konstruktioner för hantering compartment förändringar i vägar. Vårt förberedande arbete har visat att PML:s språkkonstruktioner fungerar som en lovande grund för att modellera komplexa vägar på ett läsbart och kompatibelt sätt.
Pathway Modeling Language (PML) introduceras av Chang och Sridharan REF.
PML: Toward a High-Level Formal Language for Biological Systems
{'venue': 'Electr. Notes Theor. Comput. Sci.', 'journal': None, 'mag_field_of_study': ['Computer Science']}