Bakgrund: Portable Document Format (PDF) är det vanligaste filformatet för vetenskapliga publikationer online. Avsaknaden av effektiva sätt att extrahera text från dessa PDF-filer på ett layout-medvetet sätt innebär en betydande utmaning för utvecklare av biomedicinsk text mining eller biocuration informatiksystem som använder publicerad litteratur som informationskälla. I det här dokumentet introducerar vi systemet "Layout-Aware PDF Text Extraction" (LA-PDFText) för att underlätta korrekt utdrag av text från PDF-filer av forskningsartiklar för användning i tillämpningar textbrytning. Resultat: Vårt papper beskriver konstruktion och prestanda av ett system med öppen källkod som extraherar textblock från PDF-formaterade fulltextforskningsartiklar och klassificerar dem till logiska enheter baserade på regler som kännetecknar specifika avsnitt. LA-PDFText-systemet fokuserar endast på textinnehållet i forskningsartiklarna och är tänkt som en bas för ytterligare experiment i mer avancerade extraktionsmetoder som hanterar multimodalt innehåll, såsom bilder och grafer. Systemet fungerar i en trestegsprocess: 1) Att upptäcka sammanhängande textblock med hjälp av rumslig layoutbehandling för att lokalisera och identifiera block av sammanhängande text, 2) Att klassificera textblock i retoriska kategorier med hjälp av en regelbaserad metod och 3) Att klistera ihop klassificerade textblock i rätt ordning vilket resulterar i att texten extraheras från grupperade block i sektionsvis. Vi visar att vårt system kan identifiera textblock och klassificera dem i retoriska kategorier med precision 1 = 0,96% Recall = 0,89% och F1 = 0,91%. Vi presenterar också en utvärdering av exaktheten hos den blockdetekteringsalgoritm som används i steg 2. Dessutom har vi jämfört riktigheten av den text som extraherats av LA-PDFText med texten från Open Access delmängd av PubMed Central. Vi jämförde sedan denna noggrannhet med den text som extraheras av PDF2Text-systemet, 2 som vanligen används för att extrahera text från PDF. Slutligen diskuterar vi preliminär felanalys för vårt system och identifierar ytterligare förbättringsområden. Slutsatser: LA-PDFText är ett open-source verktyg för att korrekt extrahera text från fulltext vetenskapliga artiklar. Frisläppandet av systemet finns på
REF presenterade tre steg process för att extrahera text från layout medvetna PDF vetenskapliga artiklar.
Layout-aware text extraction from full-text PDF of scientific articles
{'venue': 'Source Code for Biology and Medicine', 'journal': 'Source Code for Biology and Medicine', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}