Abstract Morphogenesies uppstår från komplexa flerskaliga interaktioner mellan genetiska och mekaniska processer. För att förstå dessa processer måste utvecklingen av cellform, spridning och genuttryck kvantifieras. Denna kvantifiering utförs vanligtvis antingen i full 3D, vilket är beräkning dyrt och tekniskt utmanande, eller på 2D planar projektioner, som introducerar geometriska artefakter på mycket böjda organ. Här presenterar vi MorphoGraphX (www.MorphoGraphX.org), en programvara som överbryggar denna lucka genom att arbeta direkt med böjda ytbilder extraherade från 3D-data. Förutom traditionell 3D-bildanalys har vi utvecklat algoritmer för att arbeta på böjda ytor, såsom cellsegmentering, linjespårning och fluorescenssignalkvantifiering. Programvarans modulära design gör det enkelt att inkludera befintliga bibliotek, eller att implementera nya algoritmer. Cellgeometrier som extraheras med MorphoGraphX kan exporteras och användas som mallar för simuleringsmodeller, vilket ger en kraftfull plattform för att undersöka samspelet mellan form, gener och tillväxt.
MorphoGrafX REF ) är ett programvarusystem som fungerar direkt med böjda ytor extraherade från 3D-data.
MorphoGraphX: A platform for quantifying morphogenesis in 4D
{'venue': 'eLife', 'journal': 'eLife', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}