Abstrakt. Textmatchning med fel är en vanlig uppgift i beräkningsbiologi. Vi presenterar en förlängning av bit-parallell Wu-Manber algoritm [16] för att kombinera flera sökningar efter ett mönster i en samling av fasta ord. Vi presenterar vidare en OpenCL parallellisering av ett redundant index på massivt parallella multicoreprocessorer, inom ramen för sökandet efter likheter med fröbaserade heuristiker. Vi implementerade och körde framgångsrikt våra algoritmer på GPU och multicore CPU. Vissa speedups erhållna är mer än 60×.
Slutligen, en förlängning av bit-parallell WM algoritm presenteras i REF, för ungefärlig sökning.
Bit-Parallel Multiple Pattern Matching
{'venue': 'PARALLEL PROCESSING AND APPLIED MATHEMATICS / PARALLEL BIOCOMPUTING CONFERENCE (PPAM / PBC)', 'journal': None, 'mag_field_of_study': ['Computer Science']}