WaRSwap är en randomiseringsalgoritm som för första gången ger en praktisk metod för upptäckt av nätverksmotiv för stora nätverk i flera lager, till exempel sådana som inkluderar transkriptionsfaktorer, mikroRNA och icke-reglerande proteinkodande gener. Algoritmen är tillämplig på system med tiotusentals gener, samtidigt som den redovisar kritiska aspekter av biologiska nätverk, inklusive självslingor, stora nav och målomläggningar. Vi validerar WaRSwap på ett nyligen inferred regulatoriskt nätverk från Arabidopsis thaliana, och jämför resultat på publicerade Drosophila och mänskliga nätverk. Specifikt, ihållande ingångsbrytare är bland de få överrepresenterade kretsarna över denna mångfald av eukaryoter.
En ny randomiseringsalgoritm som heter WaRSwap REF ger en praktisk metod för upptäckt av nätverksmotiv för stora flerskiktsnätverk såsom samregleringsnätverk.
Sustained-input switches for transcription factors and microRNAs are central building blocks of eukaryotic gene circuits
{'venue': 'Genome Biology', 'journal': 'Genome Biology', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}