Bakgrund: Gene Ontology (GO) är ett samarbetsprojekt som upprätthåller och utvecklar kontrollerade vokabulär (eller termer) för att beskriva den molekylära funktionen, biologiska roller och cellplaceringen av genprodukter i en hierarkisk ontologi. GO tillhandahåller också GO-anteckningar som associerar gener med GO-termer. GO konsortium självständigt och samarbetsvilligt kommentera termer till genprodukter, främst från modellorganismer (eller arter) som de är intresserade av. På grund av experimentetetik, biologernas forskningsintressen och resursbegränsningar är homologa gener från olika arter för närvarande kommenterade med olika termer. Dessa skillnader kan mer tillskrivas ofullständiga annoteringar av gener än funktionella skillnader mellan dem. Resultat: Semantisk likhet mellan gener härrör från GO hierarki och annoteringar av gener. Den är positivt korrelerad med likheten som härleds från olika typer av biologiska data och har applicerats för att förutsäga genfunktionen. I den här artikeln undersöker vi om det är möjligt att fylla på kommentarer om ofullständigt kommenterade gener genom att använda semantisk likhet mellan gener från två arter med homologi. För denna undersökning använder vi tre representativa semantiska likhetsmått för att beräkna likheten mellan gener från två arter. Därefter bestämmer vi de k närmaste neighbourhood generna från de två arterna baserade på den valda metrisken och använder sedan termer annoterade till k grannar av en gen för att fylla på annotationer av den genen. Vi utför experiment på arkiverade (från Jan-2014 till Jan-2016) GO annoteringar av fyra arter (Human, Mouse, Danio rerio och Arabidopsis thaliana) för att bedöma bidraget av semantisk likhet mellan gener från olika arter. De experimentella resultaten visar att: (1) semantisk likhet mellan gener från homologa arter bidrar mycket mer till den förbättrade noggrannheten (med 53,22 %) än gener från enskilda arter ensamma, och gener från två arter med låg homologi; (2) GO-anteckningar av gener från homologa arter kompletterar varandra. Slutsatser: Vår studie visar att semantisk likhet baserad interartens genfunktion annotation från homologa arter är mer framträdande än traditionella metoder inom arter. Detta arbete kan främja mer forskning om semantisk likhet baserad funktionsförutsägelse över olika arter.
Yu m.fl. REF studerade genfunktionsförutsägelse mellan arter baserad på olika semantiska likhetsmått som härletts från GO-anteckningar av två arter.
Interspecies gene function prediction using semantic similarity
{'venue': 'BMC Systems Biology', 'journal': 'BMC Systems Biology', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine', 'Computer Science']}