Bakgrund: Portable Document Format (PDF) är det vanligaste filformatet för vetenskapliga publikationer online. Avsaknaden av effektiva sätt att extrahera text från dessa PDF-filer på ett layout-medvetet sätt innebär en betydande utmaning för utvecklare av biomedicinsk text mining eller biocuration informatiksystem som använder publicerad litteratur som informationskälla. I det här dokumentet introducerar vi systemet "Layout-Aware PDF Text Extraction" (LA-PDFText) för att underlätta korrekt utdrag av text från PDF-filer av forskningsartiklar för användning i tillämpningar textbrytning. Resultat: Vårt papper beskriver konstruktion och prestanda av ett system med öppen källkod som extraherar textblock från PDF-formaterade fulltextforskningsartiklar och klassificerar dem till logiska enheter baserade på regler som kännetecknar specifika avsnitt. LA-PDFText-systemet fokuserar endast på textinnehållet i forskningsartiklarna och är tänkt som en bas för ytterligare experiment i mer avancerade extraktionsmetoder som hanterar multimodalt innehåll, såsom bilder och grafer. Systemet fungerar i en trestegsprocess: 1) Att upptäcka sammanhängande textblock med hjälp av rumslig layoutbehandling för att lokalisera och identifiera block av sammanhängande text, 2) Att klassificera textblock i retoriska kategorier med hjälp av en regelbaserad metod och 3) Att klistera ihop klassificerade textblock i rätt ordning vilket resulterar i att texten extraheras från grupperade block i sektionsvis. Vi visar att vårt system kan identifiera textblock och klassificera dem i retoriska kategorier med precision 1 = 0,96% Recall = 0,89% och F1 = 0,91%. Vi presenterar också en utvärdering av exaktheten hos den blockdetekteringsalgoritm som används i steg 2. Dessutom har vi jämfört riktigheten av den text som extraherats av LA-PDFText med texten från Open Access delmängd av PubMed Central. Vi jämförde sedan denna noggrannhet med den text som extraheras av PDF2Text-systemet, 2 som vanligen används för att extrahera text från PDF. Slutligen diskuterar vi preliminär felanalys för vårt system och identifierar ytterligare förbättringsområden. Slutsatser: LA-PDFText är ett open-source verktyg för att korrekt extrahera text från fulltext vetenskapliga artiklar. Frisläppandet av systemet finns på
Ramakrishnan m.fl. utveckla ett layout-medvetet PDF textextraktionssystem för att klassificera ett textblock från PDF-versionen av biomedicinska forskningsartiklar i retoriska kategorier med hjälp av en regelbaserad metod REF.
Layout-aware text extraction from full-text PDF of scientific articles
{'venue': 'Source Code for Biology and Medicine', 'journal': 'Source Code for Biology and Medicine', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}