Motivering: Under de senaste åren har NGS-sekvensering blivit en nyckelteknik för många tillämpningar inom biomedicinska vetenskaper. Genomströmningen fortsätter att öka och nya protokoll ger längre avläsningar än vad som för närvarande är tillgängligt. I nästan alla applikationer är läskartläggning ett första steg. Därför är det viktigt att ha algoritmer och implementationer som utför snabbt, med hög känslighet, och kan hantera långa avläsningar och ett stort absolut antal indels. Resultat: RazerS är ett läsmappningsprogram med justerbar känslighet baserad på att räkna q-gram. I detta arbete föreslår vi efterföljaren RazerS 3 som nu stöder delad minnes parallellism, ytterligare ett fröbaserat filter med justerbar känslighet, en mycket snabbare, bandad version av Myers bit-vektoralgoritm för verifiering, minnesbesparande åtgärder och stöd för SAM-utdataformatet. Detta leder till en mycket förbättrad prestanda för kartavläsningar, särskilt långa avläsningar med många fel. Vi jämför i stor utsträckning RazerS 3 med andra populära läsmappare och visar att resultaten ofta är överlägsna dem när det gäller känslighet samtidigt som de uppvisar praktiska och ofta tävlande körtider. Dessutom fungerar RazerS 3 utan ett förutbestämt index. Tillgänglighet och genomförande: Källkod och binärer finns fritt tillgängliga för nedladdning på http://www.seqan.de/projects/razers. RazerS 3 implementeras i C++ och OpenMP under en GPL-licens med hjälp av SeqAn-biblioteket och stöder Linux, Mac OS X och Windows.
RazerS3 REF implementerar en bandad version av Myers algoritm.
RazerS 3 : Faster , fully sensitive read mapping
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}