Bakgrund: Fysiskt karterade storskaliga genuttrycksdatabaser möjliggör kvantitativ jämförelse av datamätningar mellan gener, anatomi och fenotyp. I de flesta pågående försök att studera genuttryck i däggdjurshjärnan används betydande resurser för kartläggning och visualisering av data. Detta papper beskriver implementationen och nyttan av Brain Explorer, en 3D visualisering verktyg för att studera in situ hybridization-baserade (ISH) uttrycksmönster i Allen Brain Atlas, en genom-omfattande undersökning av 21.000 uttrycksmönster i C57BL\6J vuxen mushjärna. Resultat: Brain Explorer gör det möjligt för användare att visualisera genuttryck data från C57Bl/6J mushjärna i 3D vid en upplösning av 100 μm 3, vilket möjliggör co-display av flera experiment samt 179 referens neuro-anatomiska strukturer. Brain Explorer tillåter också visning av de ursprungliga ISH-avbildningar som refereras från vilken punkt som helst i en 3D-datauppsättning. Anatomiska och rumsliga homologi sökningar kan utföras från programmet för att hitta datamängder med uttryck i specifika strukturer och med liknande uttrycksmönster. Denna senare funktion möjliggör anatomi oberoende frågor och genom breda uttryck korrelationsstudier. Dessa verktyg ger bekväm tillgång till detaljerad uttrycksinformation i den vuxna mushjärnan och förmågan att utföra datautvinning och visualisering av genuttryck och neuroanatomi på ett integrerat sätt.
Brain Explorer REF, ett gränssnitt till Allen Brain Atlas, möjliggör visualisering av mushjärnans genuttrycksdata i 3D.
Exploration and visualization of gene expression with neuroanatomy in the adult mouse brain
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Medicine', 'Biology', 'Computer Science']}