Bakgrund: Livsforskare behöver hjälp med att klara av den stora mängden snabbt växande och spridda kunskapsresurser. I idealfallet bör denna kunskap integreras i en form som gör det möjligt för dem att ställa komplexa frågor som behandlar biologiska systems egenskaper, oberoende av kunskapens ursprung. Semantiska webbtekniker visar sig vara väl lämpade för kunskapsintegration, kunskapsproduktion (hypotesformulering), kunskapsförfrågan och kunskapsunderhåll. Resultat: Vi implementerade en semantiskt integrerad resurs vid namn BioGateway, bestående av hela uppsättningen av OBO-gjutarkandidatens ontologier, GO-annotationsfilerna, Swiss-PROT-proteinuppsättningen, NCBI-taxonomi och flera interna ontologier. BioGateway tillhandahåller en enda ingångspunkt för att fråga ut dessa resurser via SPARQL. Det utgör en viktig komponent för en semantisk systembiologi för att generera nya hypoteser om systemegenskaper. Under utvecklingen av BioGateway stod vi inför utmaningar som är gemensamma för andra projekt som involverar stora datauppsättningar i olika representationer. Vi presenterar en detaljerad analys av de hinder som måste övervinnas för att skapa BioGateway. Vi demonstrerar potentialen i en omfattande tillämpning av Semantic Web-teknik på globala biomedicinska data. Tiden är mogen för att lansera en samhällssatsning som syftar till en bredare acceptans och tillämpning av Semantic Web-teknik inom biovetenskapen. Vi efterlyser ett forum som strävar efter att genomföra en verkligt semantisk life science-fundament för semantisk systembiologi. Tillgång till systemet och kompletterande information (t.ex. en förteckning över datakällor i roterugnen och urvalsförfrågningar) finns på http://www.semantic-systems-biology.org/biogateway.
BioGateway REF komponerar flera online (t.ex. OBO gjuteri [13] och GO anteckningsfiler [14]) och i husdatakällor, och tillhandahåller en enda ingångspunkt för att fråga genom SPARQL.
BioGateway: a semantic systems biology tool for the life sciences
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}