Bakgrund: Aberrant CpG ön promotor DNA hypermetylering observeras ofta i cancer och tros bidra till tumörprogression genom att tysta uttrycket av tumörsuppressorgener. Tidigare har vi observerat att promotor hypermetylering i bröstcancer speglar celllinje snarare än tumörprogression och uppstår vid gener som redan är undertryckta på ett linjespecifikt sätt. För att undersöka allmängiltigheten av vår observation analyserade vi metyleringsprofilerna för 1154 cancerformer från 7 olika vävnadstyper. Resultat: Vi finner att 1 009 gener är benägna till hypermetylering i dessa 7 typer av cancer. Nästan hälften av dessa gener varierade i känsligheten för hypermetylering mellan olika cancertyper. Vi visar att uttryckstillståndet för hypermetylering benägna gener i originalvävnaden bestämmer deras benägenhet att bli hypermetylerad i cancer; specifikt, gener som normalt är undertryckta i en vävnad är benägna till hypermetylering i cancer som härrör från den vävnaden. Vi visar också att de promotor regioner av hypermetyleringsbenägna gener är utarmade av repetitiva element och att DNA-sekvens runt samma promotors är evolutionärt bevarad. Vi föreslår att dessa två egenskaper återspeglar vävnadsspecifika genpromotor arkitektur som reglerar uttrycket av dessa hypermetylering benägna gener i normala vävnader. Slutsatser: Eftersom aberrant hypermetylerade gener redan är undertryckta i precancerös vävnad, föreslår vi att deras hypermetylering inte direkt bidrar till cancerutveckling via tystande. Aberrant hypermetylering speglar istället utvecklingshistoria och perturbering av epigenetiska mekanismer som bibehåller dessa undertryckta promotorer i ett hypometylerat tillstånd i normala celler.
Sproul m.fl. REF föreslog att den hypermetylerade genen inte direkt bidrar till cancerutvecklingen genom ljuddämpning.
Tissue of origin determines cancer-associated CpG island promoter hypermethylation patterns
{'venue': 'Genome Biology', 'journal': 'Genome Biology', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}