Tredimensionell elektron kryomikroskopi av slumpmässigt orienterade enskilda partiklar är en metod som är lämplig för bestämning av tredimensionella strukturer av makromolekylära komplex vid molekylär upplösning. De elektronmikroskopiska projektionsbilderna moduleras dock av en kontrastöverföringsfunktion (CTF) som förhindrar beräkningen av tredimensionella rekonstruktioner av biologiska komplex vid hög upplösning från okorrigerade bilder. Här beskriver vi en automatiserad metod för exakt bestämning och korrigering av CTF-parametrarnas defokusering, tvåfaldig astigmatism och amplitudkontrastförhållande från en-partikelbilder. Samtidigt gör metoden det möjligt att uppskatta den frekvensberoende signalminskningen (B-faktorn) och den icke invecklade bakgrundssignalen. Metoden innefattar klassificering av effektspektrumet för en-partiklars bilder i grupper med liknande CTF-parametrar; detta görs genom multivariat statistisk analys (MSA) och hierarkiskt stigande klassificering (HAC). Genomsnitt över flera effektspektra genererar klassmedelvärden med förbättrade signal-till-brusförhållande. De korrekta CTF-parametrarna kan härledas från dessa klassmedelvärden genom att tillämpa ett iterativt korrelationsförfarande med teoretiska CTF-funktioner; de används sedan för att korrigera de råa bilderna. Metoden gör det dessutom möjligt att bestämma provhållarens lutningsaxel och gör det möjligt att ta bort enskilda bilder av dålig kvalitet som visar höga drift- eller laddningseffekter.
Sander m.fl. REF använde multivariat statistisk analys för att gruppera effektspektrum med liknande CTF-parametrar och använda klassmedelvärden för att få en uppskattning av effektspektrumet.
Automatic CTF correction for single particles based upon multivariate statistical analysis of individual power spectra
{'venue': 'Journal of structural biology', 'journal': 'Journal of structural biology', 'mag_field_of_study': ['Physics', 'Medicine']}