Tekniska framsteg inom molekylärbiologi förser forskare med de primära sekvenser av proteiner som är inblandade i sådana kritiska biologiska processer som differentiering och transformation. Ofta är den enda information som finns tillgänglig om ett potentiellt intressant protein dess aminosyrasekvens. Denna information har blivit mer användbar på grund av produkt- och trombocytbaserad tillväxtfaktor (3). Likheten var så stark att det är troligt att den kromosomala sis-genen kodar för en tillväxtfaktor. Detta serendipitiva fynd har stimulerat till nytt intresse för tillväxtfaktorernas roll i onkogenesen. iii) Likheten mellan T-cellsreceptorprotein och immunglobulinproteiner (4). Abstrakt. En algoritm utvecklades som underlättar sökandet efter likheter mellan nyligen fastställda aminosyrasekvenser och sekvenser som redan finns i databaser. På grund av algoritmens effektivitet på många mikrodatorer kan känsliga proteindatabassökningar nu bli ett rutinförfarande för molekylärbiologer. Metoden identifierar effektivt regioner av liknande sekvens och sedan poäng den anpassade identiska och olika rester i dessa regioner med hjälp av en aminosyra utbytbarhet matris. Denna matris ökar känsligheten genom att ge höga poäng till de aminosyraersättningar som förekommer ofta i evolutionen. Algoritmen har implementerats i ett datorprogram som utformats för att söka proteindatabaser mycket snabbt. Exempelvis skulle det ta mindre än 2 minuter på en minidator och mindre än 10 minuter på en mikrodator (IBM PC) att jämföra en 200-aminosyrasekvens med de 500.000 resterna i National Biomedical Research Foundation-biblioteket.
I REF, författarna presenterade en algoritm som kan användas för att söka efter likheter mellan proteinsekvenser, algoritmen först identifierar regioner av liknande sekvens och sedan poäng identiska rester i dessa regioner.
Rapid and sensitive protein similarity searches
{'venue': 'Science', 'journal': 'Science', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}