I detta dokument föreslår vi en distansbaserad sekvensindexeringsmetod (DSIM) för indexering och sökning av genomdatabaser. Låna idén om videokomprimering, komprimerar vi genomic sekvens databas runt en uppsättning automatiskt valda referensord, bildas från högfrekventa data substrängar och substrängar i tidigare frågor. Kompressionen fångar avståndet för varje icke-referensord i databasen till något referensord. Vid körning behandlas en fråga genom att jämföra dess understrängar med de komprimerade datasträngarna, genom deras avstånd till referensorden. Vi föreslår också ett effektivt system för att stegvis uppdatera referensorden och de komprimerade datasekvenserna eftersom fler datasekvenser läggs till och nya frågor dyker upp. Omfattande experiment på en mänsklig genomdatabas med 2,62 GB DNA-sekvensbokstäver visar att den nya algoritmen uppnår betydligt snabbare svarstid än BLAST, samtidigt som jämförbar noggrannhet upprätthålls.
DSIM REF använder en uppsättning utvalda referensord som bildas från högfrekventa datadelsträngar.
DSIM: A distance-based indexing method for genomic sequences
{'venue': "Fifth IEEE Symposium on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE'05)", 'journal': "Fifth IEEE Symposium on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE'05)", 'mag_field_of_study': ['Computer Science']}