En uppsättning av 16 typer av dinucleotid kompositioner användes för att analysera proteininkodande nukleotidsekvenser i nio kompletta genom: Escherichia coli, Haemophilus influenzae, Helicobacter pylori, Mycoplasma genitalium, Mycoplasma pneumoniae, Synechocystis sp., Methanococcus janschii, Archaeoglobus fulgidus och Saccharomyces cerevisiae. Dinucleotidsammansättningen var signifikant annorlunda mellan organismerna. Distributionen av gener från en organism klustrades runt dess centrum i dinucleotides kompositionsutrymme. Generna från närbesläktade organismer som gramnegativa bakterier, mykoplasmaarter och eukaryoter visade en viss överlappning i utrymmet. Generna från nio kompletta genom tillsammans med dem från människa diskriminerades i respektive kluster med 80% noggrannhet med enbart dinucleotidsammansättning. Den sammansättning data uppskattas från en hel genom var nära den som erhållits från gener, vilket tyder på att den karakteristiska egenskapen hos dinucleotides innehar inte bara för proteinkodning regioner men också icke-kodande regioner. När ett dendrogram konstruerades utifrån klungornas disposition i dinucleotidrymden, liknade det det verkliga fylogenetiska trädet. Den distinkta egenskap som observerats i dinucleotidsammansättningen kan därför återspegla det fylogenetiska sambandet mellan organismer.
I REF användes en uppsättning av 16 typer av dinucleotidkompositioner för att analysera proteininkodande nukleotidsekvenser i nio fullständiga genom: Escherichia coli, Haemophilus influenzae, Helicobacter pylori, Mycoplasma genitalium, Mycoplasma pneumoniae, Synechocystis sp., Methanococcus kannaschii, Archaeoglobus fulgidus och Saccharomyces cerevisiae.
Genes from Nine Genomes Are Separated into Their Organisms in the Dinucleotide Composition Space
{'venue': 'DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes', 'journal': 'DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes', 'mag_field_of_study': ['Medicine', 'Biology']}