Bakgrund: Nätverksmetoder används i allt högre grad för att representera interaktioner mellan gener och/ eller proteiner. Gener eller proteiner som är direkt kopplade kan ha en liknande biologisk funktion eller vara en del av samma biologiska väg. Eftersom informationen om anslutningen (adjacency) mellan 2 noder kan vara bullriga eller ofullständiga, kan det vara önskvärt att överväga alternativa åtgärder av parvis sammanflätning. Här studerar vi en klass av åtgärder som står i proportion till antalet grannar som ett par noder delar gemensamt. Till exempel överlappar den topologiska åtgärden Ravasz et al. [1] kan tolkas som ett mått på överenskommelse mellan m = 1 steg kvarter med 2 noder. Flera studier har visat att två proteiner som har en högre topologisk överlappning är mer benägna att tillhöra samma funktionella klass än proteiner som har en lägre topologisk överlappning. Här tar vi upp frågan om ett mått på topologisk överlappning baserad på högre ordning kan ge upphov till ett mer robust och känsligt mått på sammankoppling. Vi generaliserar det topologiska överlappningsmåttet från m = 1 stegs stadsdelar till m ≥ 2 stegs stadsdelar. Detta gör att vi kan definiera den m-th ordningen generaliserade topologiska överlappningsmått (GTOM) genom att (i) räkna antalet m-steg grannar som ett par noder delar och (ii) normalisera det för att ta ett värde mellan 0 och 1. Med hjälp av teoretiska argument, en jäst coexpression nätverksprogram, och en fluga protein nätverk application, illustrerar vi nyttan av den föreslagna åtgärden för modul detektion och gen grannskap analys. Topologisk överlappning kan fungera som ett viktigt filter för att motverka effekterna av falska eller saknade anslutningar mellan nätverksnoder. Den m-th order topologiska överlappningsmåttet gör det möjligt att avräkna känslighet kontra specificitet när det gäller att definiera parvis sammankoppladhet och nätverksmoduler.
Användningen av Generalized Topological Overlap Measure (GTOM) som en (dis) liknande åtgärd har rapporterats i REF.
Gene network interconnectedness and the generalized topological overlap measure
{'venue': 'BMC Bioinformatics', 'journal': 'BMC Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine', 'Computer Science']}