Vi presenterar Quip, en förlustfri komprimeringsalgoritm för nästa generations sekvensering av data i formaten FASTQ och SAM/BAM. Förutom att implementera referensbaserad kompression har vi, enligt vår kunskap, utvecklat den första monteringsbaserade kompressorn med hjälp av en ny de novo sammansättningsalgoritm. En probabilistisk datastruktur används för att dramatiskt minska det minne som krävs av traditionella de Bruijn grafmontörer, vilket gör att miljontals avläsningar kan samlas ihop mycket effektivt. Lässekvenser lagras sedan som positioner inom de monterade contigsen. Detta kombineras med statistisk kompression av läsidentifierare, kvalitetsresultat, anpassningsinformation och sekvenser, som effektivt kollapsar mycket stora datamängder till < 15 % av deras ursprungliga storlek utan förlust av information. Tillgänglighet: Quip är fritt tillgänglig under 3-klausul BSD-licensen från
Quip REF är ett annat verktyg som använder en de novo monteringsalgoritm och var den första monteringsbaserade kompressorn.
Compression of next-generation sequencing reads aided by highly efficient de novo assembly
{'venue': 'Nucleic Acids Research', 'journal': 'Nucleic Acids Research', 'mag_field_of_study': ['Mathematics', 'Biology', 'Medicine', 'Computer Science']}