ABSTRACT Motivering: Automatisk spårning av celler i flerdimensionellt time-lapse fluorescencemicroscopy är en viktig uppgift i många biomedicinska applikationer. En ny ram för objektiv utvärdering av algoritmer för cellspårning har upprättats inom ramen för IEEE International Symposium on Biomedical Imaging 2013 Cell Tracking Challenge. I den här artikeln presenterar vi logistik, dataset, metoder och resultat av utmaningen och fastställer principerna för framtida användning av detta riktmärke. Resultat: De viktigaste bidragen från utmaningen är skapandet av ett omfattande arkiv för videodata och definitionen av objektiva åtgärder för jämförelse och rankning av algoritmerna. Med detta riktmärke har sex algoritmer som täcker en mängd olika segmenterings- och spårningsparadigm jämförts och rangordnas baserat på deras prestanda på både syntetiska och verkliga datauppsättningar. Med tanke på datasetens mångfald förklarar vi inte en enda vinnare av utmaningen. Istället presenterar och diskuterar vi resultaten för varje enskild datauppsättning separat. Tillgänglighet och genomförande: Utmaningens webbplats (http://www.codesolorzano.com/celltrackingchallenge) ger tillgång till utbildnings- och tävlingsdataseten, tillsammans med de grundläggande sanningarna i träningsvideorna. Det ger också tillgång till Windows och Linux körbara filer av utvärderingsprogrammet och de flesta av de algoritmer som tävlade i utmaningen.
Resultaten från 2013 har publicerats av REF, resultaten av ISBI 2014 Cell Tracking Challenge är tillgängliga på ISBI hemsida.
A benchmark for comparison of cell tracking algorithms
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}