Identifiering av introngränser, så kallade splitterkorsningar, är en viktig del av avgränsningen av genens struktur och funktioner. Detta ger också värdefulla insikter om den roll som alternativ skarvning spelar för att öka den funktionella mångfalden av gener. Identifiering av splitterkorsningar genom RNA-seq är genom att kartlägga korta avläsningar till referensgenomet som är benägna att fel på grund av slumpmässiga sekvensmatcher. Detta uppmuntrar identifiering av skarvar korsningar genom beräkningsmetoder baserade på maskininlärning. Befintliga modeller är beroende av funktionsextraktion och val för att fånga upp splittingsignaler som ligger i närheten av splitterkorsningar. Men sådana manuellt extraherade funktioner är inte uttömmande. Vi introducerar distribuerad funktion representation, ScliceVec, för att undvika explicit och partisk funktion extrahering allmänt antas för sådana uppgifter. ScliceVec är baserad på två allmänt använda distribuerade representationsmodeller i naturligt språk bearbetning. Inlärd funktion representation i form av SpliceVec matas till flerlager perceptron för splitter korsning klassificering uppgift. En inneboende utvärdering av ScliceVec visar att den kan gruppera sanna och falska platser tydligt. Vår studie om optimal kontext som ska övervägas för funktionsextraktion tyder på att hela introniska sekvenser ska vara bättre än flankering uppströms och nedströms region runt splitterkorsningar. Vidare är ScliceVec invariant till * Motsvarande författaren kanonisk och icke-kanonisk split korsning upptäckt. Den föreslagna modellen är konsekvent i sin prestanda även med reducerade dataset och klass-obalanserade dataset. SpliceVec är beräkningseffektiv och kan tränas med användardefinierade data också.
I REF föreslogs en metod för att lära sig distribuerade funktioner representation av skarvar korsningar med hjälp av kmers.
SpliceVec: distributed feature representations for splice junction prediction
{'venue': None, 'journal': 'bioRxiv', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Computer Science']}