Motivering: För att underlätta sökning, publicering och integration av bioinformatiska verktyg och resurser krävs konsekventa maskinförståeliga beskrivningar. Det krävs därför en omfattande ontologi som möjliggör sådana beskrivningar. Resultat: EDAM är en ontologi av bioinformatiska operationer (verktygs- eller arbetsflödesfunktioner), typer av data och identifierare, applikationsdomäner och dataformat. EDAM stöder semantisk notering av olika enheter såsom webbtjänster, databaser, programmatiska bibliotek, fristående verktyg, interaktiva applikationer, datascheman, datauppsättningar och publikationer inom bioinformatik. EDAM gäller för att organisera och hitta lämpliga verktyg och data och automatisera deras integrering i komplexa applikationer eller arbetsflöden. Den innehåller över 2200 definierade begrepp och har framgångsrikt använts för kommentarer och genomföranden. Tillgänglighet: Den senaste stabila versionen av EDAM finns tillgänglig i OWL-format från http://edamontology.org/EDAM.owl och i OBO-format från http://edamontology.org/EDAM.obo. Det kan ses online på NCFO BioPortal och EBI Ontology Lookup Service. För dokumentation och licens, se http://edamontology.org. Denna artikel beskriver version 1.2 som finns tillgänglig på http://edamontology.org/
Fyra och fem på vår lista relaterar till notation av Web Services (eller bioinformatik verksamhet i allmänhet): EMBRACE Data and Methods (EDAM) ontology omfattar över 2200 termer för kommentera verktyg eller arbetsflödesfunktioner, typer av data och identifierare, applikationsdomäner och dataformat REF.
EDAM: an ontology of bioinformatics operations, types of data and identifiers, topics and formats
{'venue': 'Bioinformatics', 'journal': 'Bioinformatics', 'mag_field_of_study': ['Computer Science', 'Medicine']}