RNA-bindande proteiner känner igen RNA-mål på ett sekvensspecifikt sätt. Bortsett från sekvensen påverkar bindningsställets sekundära struktur också bindningsaffiniteten. Bindningsställen finns ofta i ensträngade RNA-regioner och det visades att bindningen av ett bindningsmotiv i en dubbelsträng avskaffar proteinbindningen. Det är därför önskvärt att inkludera kunskap om RNA-sekundära strukturer när man söker efter ett proteins bindningsmotiv. Vi presenterar metoden MEMERIS för att söka sekvensmotiv i en uppsättning RNA-sekvenser och samtidigt integrera information om sekundära strukturer. För att abstrahera från specifika strukturella element förberäknar vi positionsspecifika värden som mäter enkelsträngheten hos alla delsträngar i en RNA-sekvens. Dessa värden används som förkunskaper om motivet börjar styra motivsökningen. Omfattande tester med artificiella och biologiska data visar att MEMERIS kan identifiera motiv i ensträngade regioner även om det finns ett starkare motiv i dubbelstrandsdelar. De upptäckta motivförekomsterna i biologiska datauppsättningar sammanfaller oftast med kända proteinbindande platser. Denna algoritm kan användas för att hitta bindningsmotivet för enkelsträngade RNA-bindande proteiner i SELEX eller andra biologiska sekvensdata.
MEMERIS REF är en av de tidigaste metoderna för att införliva RNA sekundär struktur, även om den har begränsad kapacitet och endast modeller motiv i enkelsträngade (oparerade) områden av RNA.
Using RNA secondary structures to guide sequence motif finding towards single-stranded regions
{'venue': 'Nucleic Acids Research', 'journal': 'Nucleic Acids Research', 'mag_field_of_study': ['Biology', 'Medicine']}