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Mandó ( Jiménez de Quesada ) que lo sepultasen en la iglesia parroquial de aquella ciudad, y que no le pusieran más epitafio que este : Expecto resurrectionem mortuorum. Nombro por albacea al Deán D. Lope Clavijo ; el cual trasladó sus huesos á Santafé en julio de 1597. Depositólos en la capilla de la Vera Cruz, y de allí se llevaron en procesión hasta la Catedral, con asistencia de todo el clero secular y regular : del Presidente, Real Audiencia, Tribunales y grande concurrencia. Las milicias le batieron las banderas, y tendidas sobre la caja en que estaban los restos, las levantaron al tiempo de la marcha en señal de ser su Adelantado. Entrados á la iglesia, después de muchas posas en las calles, se celebraron los oficios é hizo la oración funebre el Padre Fray Leandro de Garcia, famoso predicador de aquel tiempo. Sepultáronse los huesos en el presbiterio al lado de la epístola, y sobre el sepulcro se colocó el estandarte de la Conquista, que junto con el pendón real llevó el Regidor mas antiguo en el acompañamiento.