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Proclamado candidato á la Presidencia nacional en 1875, fué objeto de una ardiente lucha electoral que, tras de bélicas emergencias en los Estados de la Costa Atlántica, se decidió en favor del candidato opuesto. Favorecido en 1876 por los votos del Estado de Bolívar, el doctor NÚÑEZ aceptó la Presidencia por tres años de esa próspera Sección de Colombia. Terminada la guerra civil de 1876 y 1877, y elegido el General Julián Trujillo para ocupar la silla presidencial en el período siguiente, el doctor NÚÑEZ regresó á esta capital con el carácter de Senador por el Estado cuyos destinos regía. Como Presidente del Congreso (1º de Abril de 1878), dió posesión de la primera Magistratura á aquel afortunado caudillo militar, quien al formar su Ministerio, le nombró Secretario de Hacienda y Fomento. Motivos de política interior le hicieron reasumir el Gobierno seccional de Bolívar de 1878 á 1879. En 1880 fué elegido Presidente de la República por la mayoría de los Estados de la Unión, y se hizo cargo de este puesto el 8 de Abril del mismo año, para dejarlo el 31 de Marzo de 1882, límite de su período legal.