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En la mesa de la sacristía, entre una cruz de vidrieras, está un Cristo de marfil, que usaba en el pecho el tercer General de los Jesuitas, San Francisco de Borja, antes Gran Duque de Gandía, Grande de España y abuelo legítimo de D. Juan de Borja, Presidente de la Audiencia de Santafé. Mandólo el P. General Claudio Acuaviva a D. Juan de Borja, quien lo regaló al Noviciado de la Compañía que estaba en el actual Hospicio, y cuando en 1786 fué extinguida la Orden, el Rector del Noviciado regaló aquella reliquia á la Veracruz. De esta iglesia fueron trasladados los restos mortales de Quesada con todo el ceremonial de Capitán general, con asistencia de todo lo notable que por entonces había en Santafé. Fueron colocados en un ataud de terciopelo carmesí recamado con galones de oro. Tendiéronse los pendones de Castilla sobre el ataud, y así fue llevado en hombros hasta la Catedral, en donde se le hicieron pomposas honras y pronuncio la oración funebre fray Leandro García, según unos cronistas, 6 fray Juan de Santiago, provincial de franciscanos, según otros. Llevó el estandarte de la conquista el Regidor más antiguo. Este estandarte y el pendón real pusieronse a los lados del túmulo.