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Sus observaciones sobre la conformación de las tierras y la geografía de las plantas, en relación con las necesidades y dolencias del cuerpo humano, le hicieron adoptar cierto sistema médico, fundado en el conocimiento de la historia natural de las enfermedades ; sistema que hoy ha puesto en boga el descubrimiento del origen parasitario de muchas de ellas, y que aquel erudito solitario profesó para sí, durante el curso de su vida, hasta lograr, en su persona, el mens sana in corpore sano, á que aspiró desde su adolescencia. Tres años estuvo el nuevo filósofo, con sus cuatro discípulos, en los escombros de la derruída ciudad fundada por la conquista de Robledo sobre los dominios del cacique Quimbaya ; en esas montañas bravías, pero sin embargo fértiles, que nuestros peregrinos hicieron habitables. El haber domado, entre pocos, la imponente floresta de Cartago-viejo y la selva aún virgen de sus contornos, se debió en gran parte á D. Manuel Pereira, hermano de D. FRANCISCO, entendido agricultor y hombre de temple, así como se le debió también el beneficio de proporcionar á los refugiados algunas distracciones y comodidades.