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Establecido nuevamente en Bogotá hacia enero de 1854, fue nombrado Secretario del Senado, y ejerció estas funciones hasta el 17 de abril del mismo año, en que estalló la rebelión militar acaudillada por el General José María Melo, quien empezó por reducir á prisión en su propio Palacio al Presidente José María Obando. En esa crisis el partido conservador y la fracción gólgota del liberal unieron sus esfuerzos para restablecer el orden constitucional. PÉREZ se escapó á Honda, y en ese puerto fluvial fué encargado por el Gobernador de Mariquita, señor Viana, y por el Comandante general de las fuerzas, Francisco de P. Diago, para organizar la artillería y poner con ésta en estado de defensa á aquella importante plaza, comisión que llenó cumplidamente obteniendo el nombramiento de Sargento Mayor del Batallón 5º de Artillería. Luego que llegó a Honda la Columna Tequendama, que mandaba el entonces Coronel Julio Arboleda, PÉREZ formó parte de ella como Jefe de Estado Mayor, y ya con el grado de 2º Jefe del 5º de Artillería hizo la campaña que después de varios combates terminó con la toma de Bogotá y la consiguiente caída de la dictadura, el 4 de diciembre de aquel año.