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Cuando la rebelión de 1839, que tomó las proporciones de una devastadora revuelta en 1840, PEREIRA sostuvo el principio de legitimidad, como lo había sostenido siempre ; hizo cuantiosos donativos al Gobierno, y puso al servicio de éste á sus dos hijos mayores, el uno de quince y el otro de catorce años. Pero la esperanza que abrigaba de que la contienda terminara por conciliación, le salió fallida, pues el armisticio de " Los-Arboles," entre los Generales Herrán y Obando, que él defendía en el Congreso, se improbó inconsultamente, prolongando la funesta revolución por más de un año. Era Presidente del Senado cuando el General Santander caía, en la Cámara de Representantes, como herido de rayo por la áspera elocuencia del General Borrero. PEREIRA, en unión del Canónigo doctor Bernardo Motta y del Presbítero doctor Juan N. Azuero, prestó á aquel grande hombre los auxilios que le fué posible, hasta conducirlo á su habitación, en la que espiró á los ocho días, protestando contra las acusaciones que se le habían dirigido.