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Después de una mansión de algunos meses en el Perú, HUMBOLDT y BONPLAND se endilgaron hacia México, donde permanecieron más largamente que en ninguna otra región americana; de allí pasaron á la Isla de Cuba, de donde se trasladaron á los Estados Unidos para regresar a pocos días á Europa. Habían partido del puerto de la Coruña con dirección á América el 5 de junio de 1799, embarcados en el navío Pizarro. Regresaban a mediados de 1804. Su ausencia de Europa había durado, pues, cinco años. BONPLAND hizo donación de sus grandes colecciones, que contenían más de 6,000 plantas desconocidas, muchas de ellas aplicables en las artes y la medicina, al Museo de Historia Natural ; y, siendo muy estimado por la Emperatriz Josefina, fue nombrado Intendente de los castillos de la Malmaison y de Navarra. En esta posición oficial ayudó al Baron de HUMBOLDT á preparar la publicación de las varias obras que fueron producto gloriosisimo de tantas fatigas y de tan crecidos gastos.