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Costearon esta fundación Cristóbal Rodríguez Cano y Luis Lopez Ortiz, dando cada uno once mil pesos de oro de veinte quilates, y con igual cantidad contribuyó el Rey por su parte en las medias annatas de las encomiendas. Según la mente de Cano, la fundación se debía hacer para monjas de Santa Clara ; pero muerto éste resultó que sólo dejaba ocho mil pesos. Entonces López Ortiz resolvió hacer el por su cuenta la fundación para monjas de la Concepción ; contribuyendo el Rey con mil ducados más para la obra del Convento, la cual se concluyó en Septiembre de 1595. Las primeras monjas que entraron como fundadoras, y primeras monjas que hubo en Santafé, fueron D.ª Catalina de Cespedes, ,D.ª Ursula de Villagómez y D.ª Isabel Campuzano. Fundó bajo el título de San Luis el Colegio Seminario, con arreglo a las disposiciones que acababa de dar el Santo Concilio de Trento. La fundación se efectuó en las casas del Arcedeano D. Salvador López Garrido; y nombró primer Rector a un clérigo que enseñaba canto llano y música a diez y ocho colegiales. Nombró asimismo dos catedráticos, uno de lengua latina y retórica, y otro de lengua muisca.