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Entonces vió rodar abundantes lágrimas por las mejillas de sus hijos, lágrimas de dolor, de ternura y de agradecimiento. Entonces tomó nuevo espíritu en medio de las agonías de la muerte. Se incorpora, y lleno de valor y fortaleza, les hace una exhortación en que les aconsejo que toda su confianza la pusieran en María Santísima del Rosario, a quien les dejaba para su amparo, su refugio y único consuelo ; les dice que el Dios eterno, cuya providencia no desampara á las más despreciables avecillas, es el Padre que les deja ; que él miraría por ellos, abrigándolos bajo las alas de su protección soberana, que en las constituciones que tenía dispuestas para el gobierno del Colegio, les dejaba las reglas más a proposito para formar sus costumbres. Se acerca en fin el ángel de la muerte, y al abrirse las puertas de la eternidad al espíritu de este varón admirable, el Dios de vivos y muertos le hallaría aceptable en sus juicios, y el 9 de Julio de 1654 toda esta capital quedó consternada y sumida en el más profundo dolor por la pérdida del Pastor más benéfico, más sabio y virtuoso que jamás hubiera visto sentado en esta silla arquiepiscopal.