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Perseguido por los realistas, después de la derrota de sus amigos en la Cuchilla del Tambo, llevando á su lado á la joven y abnegada compañera de su suerte, emboscado sin recursos en ásperas montañas, sin rumbo ni camino de salud, cae al fin prisionero, y en su profundo abatimiento, perdida toda esperanza, dirige humilde ruego al fiero vencedor, implorando su generosidad y protestando adhesión á la causa del Rey ; " debilidad -- decía más tarde Madrid--que nunca he podido perdonarme." Deportado á España bajo partida de registro, no pasó de la Habana, donde se le permitió permanecer bajo la vigilancia de las autoridades. Allí residió ejerciendo con buen crédito la medicina, hasta 1825, en que encontró medio de evadirse y regresar á su patria ya independiente. Muchos le hacían responsable como á último Presidente de la Nueva Granada, de la ruina debida á la discordia civil y á los errores é imprevisión de todos. Así es que á su vuelta al país fué recibido con publicaciones en que se le acusaba de infiel, de cobarde y aun de traidor. Había pasado la época de las persecuciones, cesaba la del destierro, y empezaba la más amarga del juicio sobre su conducta, promovido por compatriotas suyos.