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Por esto en julio del mismo año, era nombrado vicealmirante y al propio tiempo general en jefe del ejército que Chile se aprontaba á enviar en esa época en auxilio del libertador. Blanco trató íntimamente á Bolívar en esa época. La última campaña que Blanco hizo por la independencia de Chile y de América, fue la segunda y feliz de Chiloé. Mandò en jefe la escuadra y se cubrió de gloria cuando penetró a medio día en la bahía de Ancud erizada de cañones, guiando él mismo la flota, sobre la toldilla del Aquiles. Uno de los resultados más evidentes de los merecimientos que contrajo Blanco Encalada en aquella campaña, fue su elección por el Congreso para la primera magistratura de la República, en julio de 1826. Dos meses después renunciaba el mando supremo, por las hostilidades chilenas que encontró en el mismo Congreso que lo había elevado. Desde la renuncia de Blanco, ocurre un decenio completo de interregno político y militar para su carrera. No tomó parte alguna directa en las tristes disensiones que ensangrentaron la Republica en 1827 y 1830. En 1837, resuelto el gobierno chileno á enviar al Perú una expedición militar, nombró al vicealmirante Blanco, general en jefe de dicha expedición.