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En seguida el Regente D. Francisco de Vergara, cuñado de la fundadora, empuñó el estandarte de la Virgen y le condujo en solemne procesión al lugar destinado para la fábrica de la iglesia, en donde le colocó bajo un dosel ricamente aderezado. D: Clemencia consagró el resto de su vida a terminar su obra, cuyos trabajos ella misma vigilaba, y murió el 2 de octubre de 1779 dejándola concluída. Su esposo había muerto poco antes que ella. Los restos de los dos fundadores fueron depositados en Santo Domingo, y trasladados con gran ceremonial en 1783 á la iglesia de la Enseñanza, también llamada Santa Gertrudis. Se inhumaron al pie del presbiterio, uno al lado del Evangelio y otro al de la Epístola, y se les pusieron en latín los epitafios cuya traducción es como sigue: AQUÍ YACE JOAQUÍN DE ARÓSTEGUI : SU CUERPO SE OCULTA, SU OBRA SE MANIFIESTA. ÉL Y SU ESPOSA OFRECEN EN ESTA CASA REFUGIO A LA INOCENCIA. DESCANSE EN PAZ! EN ESTA BÓVEDA YACEN LOS HUESOS DE M. CLEMENCIA. DEJÓ LA VIDA.