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Restablecido el orden legal con la toma de Bogotá y vencimiento completo de los rebeldes, el 4 de diciembre del propio año, y depuesto el Presidente General Obando, se encargó del Poder Ejecutivo el doctor Manuel María Mallarino (Abril 1.º de 1855), escogiendo para Secretario de Guerra al doctor NÚÑEZ, quien reunió luego en sus manos la Cartera de Hacienda, por renuncia que de ella hizo D. José María Plata. En este puesto resaltaron las dotes administrativas de nuestro personaje: reorganizó diestramente la renta de Aduanas y redacto, para simplificar su manejo, un Código adecuado á este ramo; igualmente introdujo claridad y sencillez en el confuso método que existía cuanto a deudas flotantes y de tesorería. Como Secretario de Guerra contribuyó esa vez á la mayor reducción de la fuerza armada que se ha visto en el país. Ocupaba: el asiento de Senador al empezar la revolución contra el Gobierno de la Confederación Granadina en 1860, y después de la entrada victoriosa á Bogotá del General Tomás Cipriano de Mosquera, jefe de aquélla, se formó un Gobierno provisorio, del cual hizo parte el doctor (1861) NÚÑEZ como Secretario del Tesoro y Crédito Público Hacia el año de 1863 se encaminó á Nueva-York, y