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Cuando la Compañía de Jesús, ejemplar en virtudes y ejemplarísima en ciencia, obtuvo permiso real el 30 de diciembre de 1602 para fundar casas y colegios en el Nuevo Reino de Granada, el cual fue obedecido por la Real Cancillería del Reino en 27 de septiembre de 1604, se estableció la Casa central de Santa Fe " en la esquina afuera de la Plaza mayor, en casas que habían sido del Secretario Juan de Alvis, edificando la fábrica que hoy comprende los Colegios de San Bartolomé y Militar, Salón de Grados, que en otro tiempo fué Capilla Castrense, Biblioteca y Museo nacionales, y por último la iglesia de San Ignacio, cuyo nombre fué sustituído por el de San Carlos, en prueba de adulación servil al Monarca tercero de ese nombre, que suprimió la Compañía en sus dominios. Sobre la puerta mayor de ésta, se ve un eseudo de piedra, sostenido por gruesas cadenas, que ostentaba un monograma del santo nombre de Jesús, pintado de oro, en fondo azul, a cuyo rededor puede leerse, bien que con dificultad, lo que sigue : "MAGNIFICATUM EST NOMEN EJUS SUPER OMNES REGES TERRAE."