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Como soldado de la causa política, prestó grandes servicios hasta el día en que las fuerzas de la revolución fueron deshechas en los campos de Aratoca ; como cirujano, salvó á muchos de la muerte y alivió oportunamente los dolores de considerable número de heridos y enfermos de los hospitales militares. La destreza y habilidad que empleó en todas las operaciones de cirugía que practicó durante la campaña, acrecieron la fama y la reputación que antes de la guerra había conquistado. Victorioso el ejército del Gobierno y terminada la guerra, VARGAS REYES, en posesión de algunos recursos, acometió viaje á Europa, inspirado por el ardiente anhelo de recoger mayores conocimientos en las ciencias naturales, y acumularlos á los que había adquirido en los colegios de Bogotá. Una vez en París, buscó la escuela de medicina y se dedicó con asiduidad al estudio y la práctica de su profesión, haciéndose discípulo de Orfila, de Sappey, Rostan, Richard y muchos otros sabios de nombradía en Europa.