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En esa época, el general Bolívar, que se disponía á marchar al Ecuador para defender esa parte del territorio colombiano que acababa de ser agredida por las fuerzas del Perú, mandadas por su Presidente, general Lamar, en persona, confió á CÓRDOBA el cargo de Jefe de Estado Mayor de su ejército expedicionario, y le dio orden de adelantarse hacia Popayán al mando de una División de 1,500 hombres. Intrigas de todo género labraban por aquella época en el corazón de Bolívar la pérdida del héroe de Avacucho, y esas intrigas debieron redoblar de zaña con motivo del honroso nombramiento que éste acababa de obtener del Libertador. Así pareció indicarlo la destitución de CÓRDOBA de su empleo, el cual fue confiado al Coronel D. Tomás C. de Mosquera, cuando aquel se hallaba aun en camino del Ecuador. Se consiguió llevar al corazón de Bolívar la sospecha de que CÓRDOBA no era un amigo leal, como se consiguió más tarde explotar el justo resentimiento de CÓRDOBA en favor de una sublevación contra Bolívar. Así, el sacrificio de aquél, en último resultado, fue la obra de una intriga combinada sin saberlo entre los enemigos del Libertador y los enemigos del mismo CÓRDOBA. Pero narremos los hechos.