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El período para que había sido elegido D. Mariano Ospina terminaba el 1º de abril de 1861; el Congreso Nacional no había podido reunirse, y como los Designados que debían reemplazar al Presidente no podían acudir a tomar el mando, tocóle á D. Bartolomé encargarse del Gobierno; en aquellas dificilísimas circunstancias no caciló un momento en cumplir su deber. " Entró luego a hacer la vida de campaña y en ella padeció muchas contrariedades. En el combate decisivo del 18 de julio de 1861 acudió con ánimo resuelto á estimular con su presencia á los defensores del Gobierno y cuando vio todo perdido trató de salvarse escapándose por la vía del Occidente. En la plaza de San-Victorino impidió su marcha la caballería enemiga, y entonces buscó asilo en la casa de la Legación inglesa. " Sentenciado por el General Mosquera á ser encerrado en el castillo de Bocachica, en Cartagena, partió de Bogotá, para aquella fortaleza, en unión de los señores D. Mariano y D. Pastor Ospina, D. Antonio José de Sucre, D. Miguel de Urbina y D. José María Dávila, igualmente confinados á aquella odiosa prisión."