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Su madre, que vive aún, la respetable señora de Emilia Ortega, hija del General D. José María Ortega (sobrino carnal del General D. Antonio Nariño), le trasmitió así sangre de ilustres próceres de la Independencia, á quienes él ha sabido rendir digno homenaje de admiración y respeto. Muy niño empezó D. RAFAEL sus estudios en el " Liceo de la Infancia," dirigido por su padre D. Ricardo, en cuyo plantel permaneció hasta 1870. Habiendo manifestado decidida vocación por la carrera sacerdotal, pasó en 1881 á enprender estudios eclesiásticos en el Seminario de Bogotá, que dirigía á la sazón el Presbítero doctor Bernardo Herrera Restrepo, hoy Obispo de MedeIlín, y en dicho Instituto tuvo de Catedráticos á los señores D. Francisco Javier Zaldua, D. Eulogio Tamayo y el va citado señor Herrera. Concluídos sucesivamente los cursos de literatura, filosofía y teología, á que dió su preferencia CARRASQUILLA, recibió las sagradas órdenes en esta ciudad el 8 de septiembre de 1883 de manos del Ilustrísimo Señor D. Carlos Bermúdez, Obispo de Popayán, representando éste en tal ceremonia al Ilustrísimo Señor Arzobispo D. Vicente Arbeláez, quien por entonces se hallaba enfermo.