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El Cristo de la Conquista, pintado en género de seda morada, permaneció señalando la tumba de Quesada hasta el 6 de agosto de 1646, en que D. Cristóbal de Villa y Arellano, Dean de la Catedral, lo hizo colocar con solemne misa detrás del Sagrario de la Catedral, donde se conserva hasta hoy. La traslación de la Veracruz a la Catedral se verificó el miércoles 23 de julio de 1597, y después de las exequias, los Regidores del Cabildo colocaron ellos mismos el sarcófago fúnebre de Quesada al pie de la peaña del altar mayor, al lado de la epístola, en una cripta o bóveda construida para tal efecto. Estas noticias son recogidas de los antiguos cronistas Ocaris, Zamora, Alcedo, así como de Plaza y Vergara Vergara. Como estas crónicas son antiguas y la Catedral ha sufrido reconstrucciones, acaso de ellas provenga la duda de si se conservan allí o no los restos de Quesada. Con motivo de temerse daños graves en el edificio, promovió el Procurador de Cabildo, D. Eustaquio Galavíz, que se hiciese examinar por los ingenieros D. Vicente Talledo y D. Eleuterio Cebollino, con el Director de fábricas D. Bernardo Anillo.