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También dispuso que por falta del señor Araque se hiciera la elección de Rector y Vicerector por los colegiales, debiendo recaer dicha elección en hijos del Colegio que reunieran los requisitos constitucionales. La elección del señor Araque fue aprobada por el Rey en la cédula expedida en buen retiro, a 12 de julio de 1664. En 1665 entregaron el Colegio los Reverendos Padres al Vicerector, Bachiller Juan Peláez Sotelo, por hallarse ausente en España el señor Rector Araque, con motivo del último recurso que hicieron los Padres en el pleito que sostuvieron para no entregar el Colegio.