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Fué comisionado entonces para llevar el mensaje de la emancipación de la colonia al valle del Cauca, donde permaneció exaltando el sentimiento patriótico de sus coterraneos hasta conseguir la instalación de la Junta Suprema de Gobierno de la Provincia de Popayán, que provisoriamente se hizo en la villa de Quilichao. Nombrado PEREIRA miembro y Secretario de esa Corporación, que asumió carácter de legislatura constituyente, sirvió con actividad y desinterés en preparar la expedición de Baraya que libertó á Popayán en 1811. Trasladada aquella Junta á la capital de la Provincia, después de la derrota de Tacón en Palacé, siguió ocupándose de la defensa de la Patria hasta 1813 en que el triunfo de Sámano contra los patriotas la obligó á disolverse. Esa Asamblea permanente, de la que PEREIRA fué el móvil, bajo la presidencia sucesiva de los próceres Joaquín Caicedo y Felipe Mazuera, organizó el Estado con una buena Constitución y justas leyes.