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Posteriormente, el 15 de octubre de 1820, se le nombró capitán, aunque desempeñando las funciones de médico, y como tal asimilado á Sargento Mayor, prestando así sus servicios por el espacio de más de diez años. El 24 de mayo de 1831 fué nombrado médico del hospital militar. En este último empleo, así como en los que había desempeñado con anterioridad, se distinguió siempre, como que los ejercía empleando su talento y conocimientos en la ciencia médica. El 5 de septiembre, y como un homenaje á sus servicios, se le confirió el despacho de teniente-coronel, y dejó de estar en servicio el 16 de enero de 1833." A principios del año de 1812, solicitó permiso para fundar una cátedra de medicina en el Colegio de San Bartolomé, comprometiéndose a servirla gratuitamente. Apenas abierta se vió obligado á abandonarla, para seguir á Tunja, en calidad de médico del Ejército. Luego que el sanguinario pacificador Morillo dejó la capital, la autoridad española ejercida por Sámano, con título de Gobernador militar, recibió orden de instalar una Academia de medicina. El doctor MERIZALDE fué nombrado miembro de ella y perteneció á aquella corporación hasta que los sucesos de la guerra la disolvieron.