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Con esta exposición, el Virey D. Antonio Amar y Borbón, como patrono real, decretó el 29 de marzo de 1805 se suspendiese el culto en la Catedral, se pasasen los oficios a la iglesia de San Carlos, y se reedificase la Iglesia con los fondos destinados al efecto. Así permaneció la Catedral hasta la nueva consagración que del templo hizo el Ilustrísimo señor Rafael Lazo de la Vega.