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Deseoso de adquirir una buena instrucción, empezó el estudio de Filosofía, en el cual hacía notables adelantos, debido á su talento y consagración. Habiendo estallado en Cartagena, el 19 de septiembre de 1840, la revolución contra el Gobierno, y que desde el año anterior agitaba al país, PÉREZ tuvo que dejar sus tareas escolares para servir como soldado en la Guardia Nacional, y poco después fué hecho prisionero por las autoridades rebeldes. Estas le pusieron luego en libertad, que en verdad fué bien efímera, puesto que perseguido por los revolucionarios, anduvo prófugo y enfermo por lugares desiertos é insalubres de la provincia, hasta que la contrarrevolución, ocurrida en la misma ciudad de Cartagena en junio de 1841, le permitió restituírse al hogar. La guerra civil se había extendido por toda la República, amenazando prolongarse, como en efecto sucedió, hasta 1842, y PÉREZ se incorporó en la Columna Litt Unión, formada por valerosos jóvenes cartageneros, cuyo brillante comportamiento fué entonces muy aplaudido. En se guida hizo parte de la escuadra que obraba al mando del General Rafael Tono, quien le distinguó por sus inteligentes y denodados esfuerzos en la campaña naval.