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Gobernaba entonces el Arzobispado el Ilustrísimo Sefor Bartolomé Lobo Guerrero, quien habiendo recibido tina Real Cédula, en que se le encargaba cumpliera con lo dispuesto en la de 23 de enero de 1585, sobre el establecimiento del Colegio Seminario, que había erigido el Arzobispo Zapata, compró á Porras Mejía la dicha casa por la suma de ocho mil pesos, renovó la fundación del Seminario, cambiandole el título de San Luis, que antes tuviera, por el de San Bartolome, y encomendo su dirección a los Padres Jesuítas que acababan de Ilegar y se habían establecido allí cerca, en la casa de D. Juan de Alvis, situada donde hoy está la iglesia de San Carlos.