Les raisons de cette mauvaise gestion, également mise en évidence par la Cour des comptes de l'Union européenne, sont essentiellement au nombre de trois : premièrement, le manque de programmation et une interaction insuffisante entre les mesures financées et les divers instruments financiers, facteurs qui n'ont pas permis de créer la valeur ajoutée escomptée ; deuxièmement, l'absence d'une vision globale qui a débouché sur la définition de projets insuffisamment ambitieux ; troisièmement, les retards accumulés dans la clôture d'anciens projets et programmes, dus en grande partie à l'absence de documents justificatifs des dépenses encourues.