Jedním nevýhodou používání open-source kódu může být nižší úroveň podpory nebo zabezpečení, protože komunita vývojářů může být menší nebo méně organizovaná než u komerčních produktů.
Nevýhodou používání otevřeného zdrojového kódu je, že může být obtížné sledovat aktualizace a změny kódu a nestandardizované programovací postupy mohou vést k většímu množství chyb.