Webové aplikace jsou navrženy tak, aby byly spustitelné v prohlížeči na zařízeních s připojením k internetu, zatímco mobilní aplikace jsou speciálně vyvinuty pro běh na mobilních zařízeních, jako jsou chytré telefony a tablety. Webové aplikace jsou obvykle napsány pomocí technologií jako HTML, CSS a JavaScript, zatímco mobilní aplikace mohou být vyvíjeny pro konkrétní operační systémy, jako je iOS nebo Android, a mohou využívat nativní funkce zařízení, jako jsou fotoaparát, GPS nebo senzory pohybu. Webové aplikace jsou obvykle snadněji aktualizovatelné, protože změny se projeví ihned po aktualizaci na serveru, zatímco mobilní aplikace vyžadují stažení aktualizace ze strany uživatele.
Hlavním rozdílem mezi webovými aplikacemi a mobilními aplikacemi je kompatibilita s platformou a zařízením. Webové aplikace jsou obvykle kompatibilní s jakýmkoli zařízením s webovým prohlížečem, zatímco mobilní aplikace jsou vyvíjeny především pro chytré telefony a tablety. Mobilní aplikace také mají přístup k zařízení specifickým funkcím, jako je kamera, GPS a adresář, zatímco webové aplikace obvykle ne.