Hvilket album udgav The Flaming Lips i 2002, som fik endnu mere anerkendelse end "The Soft Bulletin"? 


Et år senere vendte the Lips tilbage med et nyt studiealbum, The Soft Bulletin. Efter en pause på tre år fra hylderne kom der i 2002 flere nyheder fra bandet, både en ny plade Yoshimi Battles the Pink Robots og et dobbeltalbum med tilbageblik på årene med Restless label'et. Yoshimi vandt endnu mere anerkendelse og kritikerros end The Soft Bulletin. Det fejrede bandet med at tilbringe det halve af 2002 med at optræde med Beck på hans Sea Change-turné som både åbnings- og backupband. The Lips holdt sig travle over de næste to år ved at turnere med Yoshimi Battles the Pink Robots og arbejde på deres film Christmas on Mars. De vendte tilbage til studiet i 2004 og tilbragte det meste af 2005 med at optage. I 2004 optog bandet desuden sangen SpongeBob and Patrick Confront the Psychic Wall of Energy til The SpongeBob SquarePants Movie's soundtrack.
Da Dodie rejste til Amerika for at caste til Dear Octopus, bragte hun med sig Alec Macbeth Beesley, der også havde arbejdet hos Heal's og var blevet hendes mangeårige ven og forretningsmanager. De to giftede sig i 1939. Hun fik ikke opsat et andet teaterstykke i London før i 1952, skønt Lovers and Friends spillede på Plymouth Theatre i 1943. Stykket indeholdt Katharine Cornell og Raymond Massey.