Hvordan døde Stephanie? 


Stephanie døde kort efter Johans ankomst. Samtidige kilder beskylder Johan for at være skyld i hendes pludselig død og hævder, at han slog hende hårdt, efter han havde hørt, at hun havde forsøgt at forgifte hans datter Isabella. Deres eneste søn døde et par uger senere og dermed forsvandt Johans krav på Kilikien. Kort tid efter at pave Honorius havde hørt om Stephanie og hendes søns død, erklærede han Raimund-Ruben som den lovlige hersker over Kilikien og truede Johan med ekskommunikation, hvis han kæmpede for sin afdøde hustrus arv.
På sin 21 års fødselsdag i 1905 overtog han sine pligter som hertug af dobbelthertugdømmet Sachsen-Coburg og Gotha. Han blev gift 11. oktober samme år på Glücksborg Slot med prinsesse Victoria Adelheid af Glücksborg, en slægtning af den tyske kejserinde Augusta Viktoria og af samme slægt som det dansk-norske kongehus.