Hvad var årsagen til, at Miljø- og Fødevareministeriet fik frataget fiskeriet som ressortområde? 


29. februar 2016 skiftede han ministerpost til Miljø- og Fødevareministeriet, hvor han afløste partifællen Eva Kjer Hansen. Hans tid som minister blev præget af den såkaldte kvotekongesag, hvor Miljø- og Fødevareministeriet havde undladt at udlevere informationer om indgrebsmuligheder overfor kvotekonger (dvs. store industrifiskere, som råder over omfattende mængder fiskekvoter) til Folketinget, selvom Lunde Larsen som ansvarlig minister flere gange specifikt blev bedt om dem. Lunde Larsen gav skiftende og vildledende oplysninger om indgrebsmulighederne, måtte efterfølgende undskylde flere gange og fik en stor næse af Folketinget. Efterfølgende fik ministeriet frataget fiskeriet som ressortområde.
Ledelsessekretariatet er bindeled mellem Rigsarkivet og Kulturministeriet, understøtter Rigsarkivets direktion og ledelse og har ansvar for Rigsarkivets kommunikation.