Quels sont les types de protéines?
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On connaît trois principaux types de protéines à ancrage lipidique : les protéines prénylées, les protéines acylées et les protéines à ancrage glycosylphosphatidylinositol  (GPI).
Protéine à ancrage lipidique
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Trois types de métalloprotéines peuvent être identifiés pour les transferts électroniques dans les systèmes biologiques. Les cytochromes sont des hémoprotéines impliquées dans le transfert des électrons dans la chaîne respiratoire mitochondriale et sont constitués d'une porphyrine complexée avec des cations métalliques de fer ou de cuivre. Les protéines fer-soufre possèdent des clusters fer-soufre dans leur structure et participent aussi à des réactions d'oxydo-réduction de la chaîne respiratoire. Le troisième type de protéine est la famille des protéines bleues à cuivre, dont fait partie la plastocyanine qui intervient lors de la photosynthèse. Il faut aussi noter que les transferts d'électrons dans les protéines sont couplés à des processus chimiques comme des transferts d'ions, et notamment des transferts de protons.
Chimie minérale
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Une protéine sérique est une protéine contenue dans le sérum. Ces protéines peuvent être séparées lors d'examens biologiques par électrophorèse (sur acétate de cellulose ou agarose). On obtient la séparation de deux types de protéines en 5 fractions protéiques :
Protéine sérique
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On peut distinguer plusieurs sortes de protéines ancrées aux lipides. Beaucoup de protéines se trouvant à la face interne de la membrane plasmique sont fixées à la membrane par un court oligosaccharide complexe uni à une molécule de glycophosphatidylinositol encastrée dans le feuillet extérieur de la bicouche lipidique. Les protéines membranaires possédant ce type de liaison au glycophosphatidylinositol sont désignées comme protéines ancrées aux GPI. On les a découverts après avoir montré que certaines protéines membranaires pouvaient être libérées par une phospholipase qui reconnaît spécifiquement et scinde les phospholipides contenant l'inositol. La protéine cellulaire normale PrPc est une molécule unie au GPI, de même que divers récepteurs, enzymes et protéines intervenant dans l'adhérence des cellules. Un type rare d'anémie, l'hémoglobinurie nocturne paroxystique, découle d'une déficience dans la synthèse du GPI entraînant une sensibilité des érythrocytes à la lyse.
Protéine membranaire
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Les protéines avec des structures similaires sont regroupées en hiérarchie : famille, super-famille, sous-familles et folds (type de repliement). La structure des protéines LSm est un exemple de protéines pliées en feuillets bêta en forme de tube court. Chaque protéine s'assemble en un cycle de six ou sept sous-unités formant un tore qui se lie généralement à une petite molécule d'ARN pour former un complexe ribonucléoprotéique. Le tore aide la molécule d'ARN à conserver sa structure tridimensionnelle. Selon le type de protéines et d'ARN impliqués, ces complexes facilitent une grande variété d'étapes de la maturation de l'ARN dont la dégradation, l'édition, l'épissage et la régulation.
Protéines LSm
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Il existe trois types de catégories de classification des protéines Hox: basée sur l’inférence phylogénétique, basée sur la synténie (présence simultanée sur le même chromosome de deux ou plusieurs loci, indépendamment de leur liaison génétique) et basé sur la similarité de leur séquence ADN. Ces classifications sont utiles lorsque les protéines connues produites par les gènes Hox d’une espèce donnée sont utilisées pour identifier des protéines de fonction similaire chez une autre espèce. En effet, les protéines produites par les gènes Hox possédant une séquence ADN similaire, donc un homéodomaine similaire, sont considérées comme ayant une fonction similaire.
Gène Hox
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La famille de protéines Rab est membre de la superfamille Ras des petites protéines G . Environ 70 types de Rabs ont maintenant été identifiés chez l'homme. Les protéines Rab possèdent généralement un repli GTPase, qui consiste en une feuille bêta à six brins qui est flanquée de cinq hélices alpha . Les GTPases Rab régulent de nombreuses étapes du trafic membranaire, y compris la formation de vésicules, le mouvement des vésicules le long des réseaux d' actine et de tubuline et la fusion membranaire. Ces processus constituent la voie par laquelle les protéines de surface cellulaire sont acheminées du Golgi vers la membrane plasmique et sont recyclées. Le recyclage des protéines de surface renvoie des protéines à la surface dont la fonction implique le transport d'une autre protéine ou substance à l'intérieur de la cellule, comme le récepteur de la transferrine, ou sert de moyen de réguler le nombre d'un certain type de molécules de protéines à la surface.
Rab (protéine G)
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Les protéines sont les principaux agents de la fonction biologique. Elles contrôlent les mécanismes moléculaires et cellulaires et par conséquent, déterminent les états sains et malades des organismes. Toutefois, elles ne sont pas fonctionnelles sous forme isolée, mais elles interagissent entre elles et avec d'autres molécules (par exemple, l'ADN et l'ARN) pour remplir leurs fonctions. Ainsi, l'étude des interactions des protéines est cruciale pour comprendre leur rôle à l'intérieur de la cellule. Comme ce type d'interactions peut être de plusieurs types, le terme d'interaction protéine-protéine fait référence à une variété d'événements se produisant à l'intérieur de la cellule.
Réseaux d'interaction protéine/protéine
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On peut distinguer trois grands groupes de protéines en fonction de leur structure tertiaire ou quaternaire : les protéines globulaires, les protéines fibreuses et les protéines membranaires. Presque toutes les protéines globulaires sont solubles et ce sont souvent des enzymes. Les protéines fibreuses jouent souvent un rôle structurel, à l'instar du collagène, constituant principal des tissus conjonctifs, ou de la kératine, constituant protéique des poils et des ongles. Les protéines membranaires sont souvent des récepteurs ou des canaux permettant aux molécules polaires ou électriquement chargées de traverser la membrane.
Protéine
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Les DAMP varient considérablement en fonction du type de cellule (épithéliale ou mésenchymateuse) et du tissu lésé. Les protéines DAMP comprennent les protéines intracellulaires, telles que les protéines de choc thermique ou HMGB1 (groupe à forte mobilité box 1), et les protéines dérivées de la matrice extracellulaire générées à la suite de lésions tissulaires, telles que des fragments d'acide hyaluronique. Des exemples de DAMP non protéiques comprennent l'ATP, l'acide urique, le sulfate d'héparine et l'ADN.
Système immunitaire inné