ස්වභාවික වර්ගීකරණයක් දැක්විය නොහැකි වේ. එබැවින් බැක්ටීරියාවන්,  හැඩය, සංඛ්‍යාව, කෂිකා වල පිහිටීම, පෝෂණ ආකාරය සහ ශ්වසන ආකාරය අනූව වර්ගීකරණය කෙරේ.හැඩය අනූව[සංස්කරණය]තනි බැක්ටීරියා සෛලයක හැඩය අනූව ප්‍රධාන ආකාර 3 කි.කොකුසාකාර (ගෝලාකාර)බැසිලස් (දණ්ඩාකාර)ස්පිරිලුම් (සර්පිලාකාර)විබ්‍රියෝස/කොමා - සර්පිලාකාර බැක්ටීරියා වල අසම්පූර්ණ තනි සර්පිලයක් සහිත බැක්ටීරියා මේ නමින් හඳුන්වයි.සෛල සංඛ්‍යාව සහ සෛල ඇසිරී ඇති රටාව අනූව[සංස්කරණය]සෛල සංඛ්‍යාව සහ සෛල ඇසිරී ඇති රටාව අනූව බැක්ටීරියාවන්ගේ විවිධත්වයකොකුසාකාර බැක්ටීරියා[සංස්කරණය]Monococcusකොකුසාකාර බැක්ටීරියාවන් තනි තනිව සිටින විටDiplococcusකොකුසාකාර බැක්ටීරියාවන් යුගල බැගින් සිටින විටStreptococcusකොකුසාකාර බැක්ටීරියාවන් රේඛීය දාමයක් ලෙස සිටින විටTetracoccusකොකුසාකාර බැක්ටීරියාවන් හතර බැගින් සිටින විටStaphylococcusකොකුසාකාර බැක්ටීරියාවන් අක්‍රමවත් ඝනාවාස සහිතව සිටින විටSarcinaකොකුසාකාර බැක්ටීරියාවන් ඝනකයක හැඩයකින් සිටින විටබැසිලස් ආකාර බැක්ටීරියා[සංස්කරණය]Diplobacillusබැසිලස් ආකාරයේ බැක්ටීරියාවන් යුගල බැගින් සිටින විටStreptoba