 කන්ද උඩරට අල්ලා ගත් නමුදු සති කිහිපයකින් ඔවුන් ආපසු පලවා හරින ලදී. පෘතුගිසීන් කොට්ටේ සහ සීතාවක බලයේ සිටි නමුදු කන්ද උඩරට අල්ලා ගැනීමට කීප විටකදී කරන ලද උත්සාහයක් ව්‍යර්ථ විය. 1597 දී පෘතුගිසීන් ගාල්ල ශක්තිමත් කිරීම ආරම්භ කළහ. 1597 මැයි 27 දොන් ජුවන් ධර්මපාල රජු රාජ්‍යයට උරුමක් කාරයෙකු නොමැතිවම කොළඹ දී මිය ගියේය. ඔහුගේ අන්තිම කැමැත්ත අනුව ඔහුගේ රාජධානිය පෘතුගාලයේ රජුට පරිත්‍යාග කර තිබුණි. ඒ අනුව පෘතුගාලයේ 1 වැනි පිලිප් රජු බවට ප්‍රකාශයට පත්වුණි. මෙසේ කොට්ටේ රාජධානිය සම්පුර්ණයෙන්ම පෘතුගිසි පාලනයට යටත්විය. එහෙත් කන්ද උඩරට රාජධානිය පමණක් පෘතුගිසින්ට යටත් නෙවී පැවතුනි. පෘතුගිසින් යටත් විජිත පාලනයෙන් පළමු හානිය සිදු වුයේ ස්වදේශිය ආගම් වලටයි. විහාර , කොවිල්, පන්සල් විනාශ කරනු ලැබින. ගාල්ලේ සහ ත්‍රිකුණාමලයේ ප්‍රධාන ශිව කෝවිල් බිමට සමතලා කොට ඒවායේ සුන්බුන් එම ප්‍ර‍ෙද්ශයේම ඉදිකළ පෘතුගිසි බලකොටු ගොඩනැංවීමට යොදා ගන්නා ලදී. කොට්ටේ රාජධානිය තුල නොමැරී ඉතිරි වුයේ භික්ෂුන් වහන්සේල‍ා සිව් නමක් පමණි. වෙරළ බඩ තිරුවේ වෙළද ආධිපත්‍ය ලබාසිටි මුස්ලිම් වරුන් මිත්‍යා දෘෂ්ටිකයින් ලෙස සලකා හිරිහැර කළ අතර ඔවුන්ග