නිපදවීම සඳහා ද ජෛව ඉංජිනේරු විද්‍යාවේදී ක්ෂුද්‍ර ජීවීන් භාවිතා කරනු ලබයි. මෙම නිෂ්පාදන පටක ඉංජිනේරු විද්‍යාව සහ ඖෂධ නිෂ්පාදනය වැනි ඉහල වටිනාකමකින් යුත් වෛද්‍ය විද්‍යාත්මක යෙදීම් වලදී භාවිතා වේ.තවද ක්ෂුද්‍ර ජීවීන් සැන්තන්, ඇල්ගිනේට්, සෙලියුලෝස්,සයනොෆයිසීන්, පොලි(ගැමා ග්ලුටමික් අම්ලය ),ලෙවන්,හයලුරොනික් අම්ල,කාබනික අම්ල,ඔලිගොසැකරයිඩ, පොලිසැකරයිඩ,පොලිහයිඩ්‍රොක්සි ඇල්කනොඒට්ස් ජෛව සංශ්ලේෂණයන්හිදී වැදගත් වේ.ජෛව ප්‍රතිකර්මකරණය සඳහාද ක්ෂුද්‍ර ජීවීන් භාවිත වේ.එනම් ගෘහාශ්‍රිත, කෘෂිකාර්මික,කාර්මික අපද්‍රව්‍ය සහ පස මතුපිට පවතින අපද්‍රව්‍ය දිරාපත් කිරීම ක්ෂුද්‍ර ජීවීන් විසින් සිදුකරනු ලබයි.විෂ සහිත අපද්‍රව්‍ය දිරාපත් කිරීම සඳහාද ක්ෂුද්‍ර ජීවීන් භාවිතා කරනු ලබන අතර ඔවුන් සතු දිරාපත් කිරීමේ හැකියාව අපවිත්‍රකාරකයේ ස්වභාවය මත රඳා පවතී.විවිධාකාර වූ දූෂකාරක පවතින නිසා ක්ෂුද්‍ර ජීවීන් ජෛව හායනය සඳහා යොදාගැනීමේදී බැක්ටීරියා විශේෂ කීපයක් යොදා ගත යුතුය.නූතන පර්යේෂණ වලට අනුව ක්ෂුද්‍ර ජීවීන් පිළිකා සඳහා ප්‍රතිකාර ලෙස යොදාගත හැකි බව තහවුරු වී ඇත.ව්‍යාධිජනක නොවන Clostridium බැක්ටීරියා විශේෂ වලට සෛල අර්බුධ තුල 