Điều gì xảy ra khi có sự gia tăng quy mô dân số hiệu quả cho vi khuẩn sống tự do?
Sự thích nghi của nội cộng sinh với lối sống của vật chủ dẫn đến nhiều thay đổi trong nội cộng sinh, trước hết là giảm đáng kể kích thước bộ gen của nó. Điều này là do nhiều gen bị mất trong quá trình trao đổi chất, và sửa chữa và tái tổ hợp DNA. Trong khi các gen quan trọng tham gia phiên mã DNA thành RNA, dịch protein và sao chép DNA / RNA được giữ lại. Đó là, giảm kích thước bộ gen là do mất gen mã hoá protein và không phải do giảm các vùng liên gen hoặc kích thước khung đọc mở (ORF). Do đó, các loài đang phát triển tự nhiên và chứa kích thước gen giảm có thể được tính là làm tăng số lượng khác biệt đáng chú ý giữa chúng, do đó dẫn đến thay đổi tốc độ tiến hoá của chúng. Khi vi khuẩn nội cộng sinh liên quan đến các loài côn trùng này được truyền cho con cái một cách nghiêm ngặt thông qua truyền gen dọc, vi khuẩn nội bào phải trải qua nhiều rào cản trong quá trình, dẫn đến giảm kích thước quần thể hiệu quả khi so sánh với vi khuẩn sống tự do. Sự không có khả năng của vi khuẩn nội cộng sinh để phục hồi kiểu hình hoang dã của nó thông qua quá trình tái tổ hợp được gọi là hiện tượng ratchet của Muller. Hiện tượng ratchet của Muller cùng với kích thước quần thể kém hiệu quả hơn đã dẫn đến sự tích tụ các đột biến có hại trong các gen không cần thiết của vi khuẩn nội bào. Điều này có thể là do thiếu các cơ chế lựa chọn thịnh hành trong môi trường phong phú của vật chủ.