Cuốn sách nào của Charles Lyell chứa đựng lập luận rằng hoá thạch quá hiếm để được sử dụng làm bằng chứng về sự sống đột nhiên phát sinh?
Chương IX đề cập đến thực tế là hồ sơ địa chất dường như cho thấy các dạng sống đột ngột phát sinh, mà không có vô số hoá thạch chuyển tiếp được mong đợi từ những thay đổi dần dần. Darwin đã mượn lập luận của Charles Lyell trong Nguyên tắc Địa chất rằng hồ sơ là cực kỳ không hoàn hảo vì hoá thạch là một sự xuất hiện rất hiếm, lan rộng trong khoảng thời gian rộng lớn; vì ít khu vực đã được khám phá về mặt địa chất, chỉ có thể có kiến thức rời rạc về sự hình thành địa chất và các bộ sưu tập hoá thạch rất nghèo nàn. Các giống địa phương tiến hoá di cư vào một khu vực rộng lớn hơn dường như là sự xuất hiện đột ngột của một loài mới. Darwin không mong đợi có thể tái tạo lại lịch sử tiến hoá, nhưng những khám phá tiếp tục mang lại cho ông hy vọng vững chắc rằng những phát hiện mới đôi khi sẽ tiết lộ các dạng chuyển tiếp. Để cho thấy rằng đã có đủ thời gian cho chọn lọc tự nhiên hoạt động chậm, ông lại trích dẫn Nguyên tắc Địa chất và các quan sát khác dựa trên sự lắng đọng và xói mòn, bao gồm ước tính rằng sự xói mòn của The Weald đã mất 300 triệu năm. Sự xuất hiện ban đầu của toàn bộ các nhóm sinh vật phát triển tốt trong các lớp mang hoá thạch lâu đời nhất, bây giờ được gọi là vụ nổ Cambrian, đã đặt ra một vấn đề. Darwin không nghi ngờ rằng các vùng biển trước đó đã tràn ngập các sinh vật sống, nhưng tuyên bố rằng ông không có lời giải thích thoả đáng cho việc thiếu hoá thạch. Bằng chứng hoá thạch của sự sống tiền Cambrian đã được tìm thấy, mở rộng lịch sử sự sống trở lại hàng tỷ năm.
Nguyên tắc địa chất