Làm thế nào chúng ta có thể phân loại sự đa dạng của các loài vi khuẩn?
Phân loại tìm cách mô tả sự đa dạng của các loài vi khuẩn bằng cách đặt tên và nhóm các sinh vật dựa trên sự tương đồng. Vi khuẩn có thể được phân loại trên cơ sở cấu trúc tế bào, chuyển hoá tế bào hoặc về sự khác biệt trong các thành phần tế bào, chẳng hạn như DNA, axit béo, sắc tố, kháng nguyên và quinones. Mặc dù các sơ đồ này cho phép xác định và phân loại các chủng vi khuẩn, nhưng không rõ liệu những khác biệt này có đại diện cho sự biến đổi giữa các loài riêng biệt hay giữa các chủng của cùng một loài hay không. Sự không chắc chắn này là do thiếu cấu trúc đặc biệt ở hầu hết các vi khuẩn, cũng như chuyển gen ngang giữa các loài không liên quan. Do chuyển gen ngang, một số vi khuẩn có liên quan chặt chẽ có thể có hình thái và chuyển hoá rất khác nhau. Để khắc phục sự không chắc chắn này, phân loại vi khuẩn hiện đại nhấn mạnh hệ thống phân tử, sử dụng các kỹ thuật di truyền như xác định tỷ lệ cytosine guanine, lai tạo gen-gen, cũng như giải trình tự các gen chưa trải qua chuyển gen ngang rộng rãi, chẳng hạn như gen rRNA. Phân loại vi khuẩn được xác định bằng cách công bố trên Tạp chí Vi khuẩn có hệ thống quốc tế và Cẩm nang về vi khuẩn có hệ thống của Bergey. Uỷ ban quốc tế về vi khuẩn có hệ thống (ICSB) duy trì các quy tắc quốc tế về đặt tên vi khuẩn và phân loại và xếp hạng chúng trong Bộ luật quốc tế về danh pháp vi khuẩn.
Phân nhóm sinh vật dựa trên sự tương đồng