Làm thế nào Darwin biện minh cho lý thuyết của ông không bị phá vỡ?
Câu trả lời của ông là trong nhiều trường hợp, động vật tồn tại với các cấu trúc trung gian có chức năng. Ông đã trình bày những con sóc bay và vượn cáo bay như những ví dụ về cách dơi có thể đã tiến hoá từ tổ tiên không bay. Ông đã thảo luận về nhiều đôi mắt đơn giản khác nhau được tìm thấy ở động vật không xương sống, bắt đầu không có gì ngoài một dây thần kinh thị giác được phủ sắc tố, làm ví dụ về cách mắt động vật có xương sống có thể đã tiến hoá. Darwin kết luận: "Nếu có thể chứng minh rằng bất kỳ cơ quan phức tạp nào tồn tại, không thể được hình thành bởi nhiều sửa đổi nhỏ, liên tiếp, thì lý thuyết của tôi sẽ hoàn toàn bị phá vỡ. Nhưng tôi không thể tìm ra trường hợp nào như vậy."
Bất kỳ cơ quan phức tạp nào tồn tại, mà không thể được hình thành bởi nhiều, liên tiếp, sửa đổi nhỏ, lý thuyết của tôi sẽ hoàn toàn bị phá vỡ.