Paul VI thấy chủ đề nào là quan trọng nhất đối với lời khuyên của nhà thờ?
Paul VI mở giai đoạn thứ ba vào ngày 14 tháng 9 1964, nói với các Cha Hội đồng rằng ông đã xem văn bản về Giáo hội là tài liệu quan trọng nhất xuất phát từ Hội đồng. Khi Hội đồng thảo luận về vai trò của các giám mục trong giáo hoàng, Paul VI đã ban hành một ghi chú giải thích xác nhận tính ưu việt của giáo hoàng, một bước được một số người coi là can thiệp vào công việc của các giám mục Hội đồng Mỹ đã thúc đẩy một giải pháp nhanh chóng về tự do tôn giáo, nhưng Paul VI khẳng định điều này sẽ được phê duyệt cùng với các văn bản liên quan như đại kết. Giáo hoàng kết thúc phiên họp vào ngày 21 tháng 11 1964, với tuyên bố chính thức của Đức Maria là Mẹ của Giáo hội.
Nhà thờ