Ai lên nắm quyền năm 1982?
Quốc gia gần như ngay lập tức rơi vào cuộc nội chiến liên quan đến các phe phái khác nhau chiến đấu với nhau; những phe phái này thường được phân biệt bởi lòng trung thành của gia tộc. Hơn 500.000 cư dân chạy trốn trong thời gian này vì sự đàn áp, nghèo đói gia tăng và cơ hội kinh tế tốt hơn ở phương Tây hoặc ở các nước cộng hoà Xô viết cũ khác. Emomali Rahmon lên nắm quyền vào năm 1992, đánh bại cựu thủ tướng Abdumalik Abdullajanov trong cuộc bầu cử tổng thống tháng 11 với 58% phiếu bầu. Cuộc bầu cử diễn ra ngay sau khi kết thúc chiến tranh, và Tajikistan đang ở trong tình trạng tàn phá hoàn toàn. Người chết ước tính lên tới hơn 100.000. Khoảng 1,2 triệu người là người tị nạn trong và ngoài nước. Năm 1997, một lệnh ngừng bắn đã đạt được giữa Rahmon và các đảng đối lập dưới sự hướng dẫn của Gerd D. Merrem, Đại diện đặc biệt của Tổng thư ký, kết quả được ca ngợi rộng rãi là một sáng kiến gìn giữ hoà bình của Liên Hợp Quốc thành công. Ngừng bắn đảm bảo 30% các vị trí bộ trưởng sẽ thuộc phe đối lập. Cuộc bầu cử được tổ chức vào năm 1999, mặc dù chúng bị các đảng đối lập và các nhà quan sát nước ngoài chỉ trích là không công bằng và Rahmon đã được bầu lại với 98% phiếu bầu. Cuộc bầu cử năm 2006 một lần nữa được Rahmon (với 79% phiếu bầu) và ông bắt đầu nhiệm kỳ thứ ba. Một số đảng đối lập đã tẩy chay cuộc bầu cử năm 2006 và Tổ chức An ninh và Hợp tác châu Âu (OSCE) đã chỉ trích nó, mặc dù các nhà quan sát từ Khối thịnh vượng chung các quốc gia độc lập tuyên bố cuộc bầu cử là hợp pháp và minh bạch. Chính quyền của Rahmon đã bị chỉ trích nhiều hơn từ OSCE vào tháng 10 năm 2010 vì sự kiểm duyệt và đàn áp truyền thông. OSCE tuyên bố rằng Chính phủ Tajik đã kiểm duyệt Tajik và các trang web nước ngoài và tiến hành thanh tra thuế đối với các nhà in độc lập dẫn đến việc chấm dứt hoạt động in ấn cho một số tờ báo độc lập.