Hai chương trình phát triển ra khỏi Khoa Khoa học tự nhiên?
Trong 2003 Imperial đã được cấp quyền trao bằng cấp theo quyền riêng của mình bởi Hội đồng Cơ mật. Trung tâm London cho công nghệ nano được thành lập trong cùng một năm như là một liên doanh giữa UCL và Imperial College London. Trong 2004 Trường Kinh doanh Tanaka (nay được đặt tên là Trường Kinh doanh Imperial College) và một lối vào chính mới trên Exhibition Road đã được mở ra bởi Nữ hoàng. Trung tâm Nghiên cứu Năng lượng Anh cũng được thành lập trong 2004 và mở trụ sở chính tại Imperial College. Trong tháng mười một 2005 Khoa Khoa học đời sống và Khoa học Vật lý sáp nhập để trở thành Khoa Khoa học tự nhiên.