Điều gì đã xảy ra khi dân số chuyển sang mặt đất bằng phẳng hơn dưới đồi Presidio?
Trong 1821, Mexico giành được độc lập từ Tây Ban Nha, và San Diego trở thành một phần của lãnh thổ Mexico Alta California. Trong 1822, Mexico bắt đầu cố gắng mở rộng quyền lực của mình trên lãnh thổ ven biển Alta California. Pháo đài trên đồi Presidio đã dần dần bị bỏ rơi, trong khi thị trấn San Diego lớn lên trên vùng đất cấp dưới đồi Presidio. Pháo đài đã được thế tục hoá bởi chính phủ Mexico trong 1833, và hầu hết các vùng đất Mission đã được bán cho những người định cư giàu có Californio. Các cư dân 432 của thị trấn đã kiến nghị thống đốc thành lập một pueblo, và Juan María Osuna được bầu làm Alcalde đầu tiên ("thẩm phán thành phố"), đánh bại Pío Pico trong cuộc bỏ phiếu. (Xem, Danh sách thị trưởng tiền tiểu bang của San Diego.) Tuy nhiên, San Diego đã mất dân số trong suốt 1830s và trong 1838 thị trấn mất tình trạng pueblo của nó vì kích thước của nó giảm xuống còn khoảng 100 đến 150 cư dân. Ngoài thị trấn Mexico cấp đất mở rộng số lượng California ranchos mà khiêm tốn thêm vào nền kinh tế địa phương.
Pháo đài trên đồi Presidio dần bị bỏ hoang