Bộ phận nào của Midna được sử dụng để sử dụng vũ khí?
Các phiên bản GameCube và Wii có một số khác biệt nhỏ trong điều khiển của chúng. Phiên bản Wii của trò chơi sử dụng cảm biến chuyển động và loa tích hợp của Wii Remote. Loa phát ra âm thanh của dây cung khi bắn mũi tên, tiếng cười của Midna khi cô đưa ra lời khuyên cho Link và nhãn hiệu "chime" của loạt khi khám phá bí mật. Người chơi điều khiển thanh kiếm của Link bằng cách vung Wii Remote. Các cuộc tấn công khác được kích hoạt bằng các cử chỉ tương tự với Nunchuk. Độc đáo với phiên bản GameCube là khả năng người chơi điều khiển máy ảnh một cách tự do, mà không cần vào chế độ "nhìn xung quanh" đặc biệt theo yêu cầu của Wii; tuy nhiên, trong phiên bản GameCube, chỉ có hai vũ khí phụ của Link có thể được trang bị cùng một lúc, trái ngược với bốn trong phiên bản Wii.[g]