Khi nào GI và LHY hoạt động?
Dao động trung tâm tạo ra nhịp điệu tự duy trì và được điều khiển bởi hai vòng phản hồi tương tác hoạt động vào các thời điểm khác nhau trong ngày. Vòng lặp buổi sáng bao gồm CCA1 (Circadian và Clock-Associated 1) và LHY (Late Hypocotyl kéo dài), mã hoá các yếu tố phiên mã MYB liên quan chặt chẽ điều chỉnh nhịp sinh học trong Arabidopsis, cũng như PRR 7 và 9 (Điều chỉnh giả.) Vòng lặp buổi tối bao gồm GI (Gigantea) và ELF4, cả hai đều tham gia vào việc điều chỉnh các gen thời gian ra hoa. Khi CCA1 và LHY được biểu hiện quá mức (trong điều kiện ánh sáng hoặc bóng tối liên tục), thực vật trở nên loạn nhịp và tín hiệu mRNA giảm, góp phần vào vòng phản hồi tiêu cực. Biểu hiện gen của CCA1 và LHY dao động và đạt đỉnh vào sáng sớm, trong khi biểu hiện gen TOC1 dao động và đạt đỉnh vào sáng sớm. Mặc dù trước đây người ta đã đưa ra giả thuyết rằng ba gen này mô hình hoá một vòng phản hồi tiêu cực trong đó CCA1 và LHY biểu hiện quá mức ức chế TOC1 và TOC1 biểu hiện quá mức là chất điều hoà dương tính của CCA1 và LHY, nhưng vào năm 2012 Andrew Millar và những người khác đã chỉ ra rằng TOC1 trên thực tế đóng vai trò là chất ức chế không chỉ CCA1, LHY và PRR7 và 9 trong vòng lặp buổi sáng mà còn của GI và ELF4 trong vòng lặp buổi tối. Phát hiện này và mô hình tính toán thêm về các chức năng và tương tác của gen TOC1 cho thấy sự sắp xếp lại đồng hồ sinh học thực vật như một mô hình ức chế thành phần âm chứ không phải là vòng phản hồi yếu tố dương / âm đặc trưng cho đồng hồ ở động vật có vú.