Cladistics có thể hạn chế và lệch những gì?
Đối với các nhà nhân chủng học Lieberman và Jackson (1995), tuy nhiên, có nhiều vấn đề về phương pháp luận và khái niệm sâu sắc hơn với việc sử dụng cladistics để hỗ trợ các khái niệm về chủng tộc. Họ cho rằng "những người đề xuất phân tử và sinh hoá của mô hình này sử dụng rõ ràng các loại chủng tộc trong nhóm mẫu ban đầu của họ". Ví dụ, các nhóm macroethnic lớn và rất đa dạng của người Đông Ấn, Bắc Phi và châu Âu được cho là được nhóm lại thành người da trắng trước khi phân tích biến thể DNA của họ. Điều này được cho là hạn chế và làm sai lệch các diễn giải, che khuất các mối quan hệ dòng dõi khác, nhấn mạnh tác động của các yếu tố môi trường âm vật ngay lập tức hơn đối với sự đa dạng bộ gen và có thể che khuất sự hiểu biết của chúng ta về các mô hình ái lực thực sự. Họ lập luận rằng tuy nhiên có ý nghĩa trong nghiên cứu thực nghiệm, các nghiên cứu này sử dụng thuật ngữ chủng tộc theo những cách thiếu chính xác về mặt khái niệm và bất cẩn. Họ cho rằng các tác giả của các nghiên cứu này tìm thấy sự hỗ trợ cho sự khác biệt về chủng tộc chỉ vì họ bắt đầu bằng cách giả định tính hợp lệ của chủng tộc. "Vì lý do thực nghiệm, chúng tôi thích nhấn mạnh vào biến dị âm vật, trong đó nhận ra sự tồn tại của biến dị di truyền của con người thích nghi và đồng thời nhấn mạnh rằng biến dị như vậy không được tìm thấy trong các gói có thể được dán nhãn chủng tộc."
Giải thích