Khi nào một nhóm hay các nhà nghiên cứu quyết định giải trình tự cấu trúc gen của các đối tác lưỡng bội?
Một nỗ lực giải trình tự bộ gen công cộng của bông đã được khởi xướng vào năm 2007 bởi một tập đoàn các nhà nghiên cứu công cộng. Họ đồng ý về một chiến lược để giải trình tự bộ gen của bông tứ bội trồng trọt. "Tứ bội" có nghĩa là bông trồng thực sự có hai bộ gen riêng biệt trong nhân của nó, được gọi là bộ gen A và D. Tập đoàn giải trình tự đầu tiên đồng ý giải trình tự bộ gen D liên quan đến bông trồng trọt (G. raimondii, một loài bông Trung Mỹ hoang dã) vì kích thước nhỏ và số lượng yếu tố lặp đi lặp lại hạn chế. Gần một phần ba số bazơ của bông tứ bội (AD) và mỗi nhiễm sắc thể chỉ có một lần. [Cần làm rõ] Bộ gen A của G. arboreum sẽ được giải trình tự tiếp theo. Bộ gen của nó có kích thước gần gấp đôi bộ gen của G. raimondii. Một phần của sự khác biệt về kích thước giữa hai bộ gen là sự khuếch đại của các retrotransposon (GORGE). Một khi cả hai bộ gen lưỡng bội được lắp ráp, thì nghiên cứu có thể bắt đầu giải trình tự bộ gen thực tế của các giống bông trồng trọt. Chiến lược này là không cần thiết; nếu một người giải trình tự bộ gen tứ bội mà không có bộ gen lưỡng bội mô hình, các trình tự DNA nguyên nhiễm của bộ gen AD sẽ cùng lắp ráp và các yếu tố lặp đi lặp lại của bộ gen AD sẽ lắp ráp độc lập thành các trình tự A và D tương ứng. Sau đó sẽ không có cách nào gỡ rối sự lộn xộn của các trình tự AD mà không so sánh chúng với các đối tác lưỡng bội của chúng.