Tại sao hai cây có thể giống nhau nhưng không thực sự ở trong cùng một nhóm?
Đánh giá các mối quan hệ dựa trên các đặc điểm chung đòi hỏi phải quan tâm, vì thực vật có thể giống nhau thông qua quá trình tiến hoá hội tụ, trong đó các đặc điểm đã phát sinh độc lập. Một số loài euphorbias có cơ thể tròn, không lá thích nghi với việc bảo tồn nước tương tự như các loài xương rồng hình cầu, nhưng các đặc điểm như cấu trúc của hoa của chúng làm cho nó rõ ràng rằng hai nhóm không liên quan chặt chẽ. Phương pháp phân tích theo nhánh có cách tiếp cận có hệ thống đối với các đặc điểm, phân biệt giữa những loài không mang thông tin về lịch sử tiến hoá được chia sẻ - chẳng hạn như những loài tiến hoá riêng biệt trong các nhóm khác nhau (homoplasies) hoặc những loài còn sót lại từ tổ tiên (plesiomorphies) - và các đặc điểm có nguồn gốc, đã được truyền lại từ những đổi mới trong một tổ tiên chung (apomorphies). Chỉ có các đặc điểm có nguồn gốc, chẳng hạn như các quần thể xương rồng tạo cột sống của xương rồng, cung cấp bằng chứng cho nguồn gốc từ một tổ tiên chung. Kết quả phân tích theo nhánh được thể hiện dưới dạng biểu đồ nhánh: sơ đồ giống như cây cho thấy mô hình phân nhánh và gốc tiến hoá.
Tiến hoá hội tụ