Ở kích thước nào và lớn hơn thuốc có thể gợi ra một phản ứng miễn dịch trung hoà?
Các loại thuốc lớn hơn (> 500 Da) có thể gây ra phản ứng miễn dịch trung hoà, đặc biệt nếu các loại thuốc được dùng nhiều lần hoặc với liều lượng lớn hơn. Điều này hạn chế hiệu quả của các loại thuốc dựa trên các peptide và protein lớn hơn (thường lớn hơn 6000 Da). Trong một số trường hợp, bản thân thuốc không gây miễn dịch, nhưng có thể được dùng chung với một hợp chất gây miễn dịch, như đôi khi là trường hợp của Taxol. Các phương pháp tính toán đã được phát triển để dự đoán khả năng miễn dịch của peptide và protein, đặc biệt hữu ích trong việc thiết kế các kháng thể trị liệu, đánh giá khả năng đột biến của các hạt lông virus và xác nhận các phương pháp điều trị bằng thuốc dựa trên peptide được đề xuất. Các kỹ thuật ban đầu chủ yếu dựa vào quan sát rằng các axit amin ưa nước được thể hiện quá mức trong các vùng epitope so với các axit amin kỵ nước; tuy nhiên, những phát triển gần đây hơn dựa vào các kỹ thuật học máy sử dụng cơ sở dữ liệu của các epitope đã biết hiện có, thường là trên các protein virus được nghiên cứu kỹ lưỡng, như một bộ đào tạo. Một cơ sở dữ liệu có thể truy cập công khai đã được thiết lập để lập danh mục các epitope từ các mầm bệnh được các tế bào B nhận ra. Lĩnh vực mới nổi của các nghiên cứu dựa trên tin sinh học về khả năng miễn dịch được gọi là tin miễn dịch. Immunoproteomics là nghiên cứu về các bộ protein lớn (proteomics) liên quan đến phản ứng miễn dịch.
>500 Da