Sự hiện diện của gen hox là trọng tâm trong nhiều năm?
Mối quan hệ của ctenophores với phần còn lại của Metazoa là rất quan trọng đối với sự hiểu biết của chúng ta về sự tiến hoá sớm của động vật và nguồn gốc của đa bào. Nó đã là trọng tâm của cuộc tranh luận trong nhiều năm. Ctenophores đã được coi là dòng dõi chị em với Bilateria, chị em với Cnidaria, chị em với Cnidaria, Placozoa và Bilateria, và chị em với tất cả các ngành động vật khác. Một loạt các nghiên cứu xem xét sự hiện diện và vắng mặt của các thành viên của họ gen và các con đường truyền tín hiệu (ví dụ, homeoboxes, thụ thể hạt nhân, con đường truyền tín hiệu Wnt và kênh natri) cho thấy bằng chứng phù hợp với hai kịch bản sau, rằng ctenophores là chị em với Cnidaria, Placozoa và Bilateria hoặc chị em với tất cả các ngành động vật khác. Một số nghiên cứu gần đây so sánh bộ gen hoàn chỉnh của ctenophores với bộ gen động vật được giải trình tự khác cũng đã hỗ trợ ctenophores là dòng dõi chị em với tất cả các động vật khác. Vị trí này sẽ cho thấy rằng các loại tế bào thần kinh và cơ bắp đã bị mất trong các dòng động vật chính (ví dụ, Porifera) hoặc chúng tiến hoá độc lập trong dòng dõi ctenophore. Tuy nhiên, các nhà nghiên cứu khác đã lập luận rằng vị trí của Ctenophora là chị em với tất cả các động vật khác là một bất thường thống kê gây ra bởi tốc độ tiến hoá cao trong bộ gen ctenophore và Porifera (bọt biển) là ngành động vật phân kỳ sớm nhất thay thế. Ctenophores và bọt biển cũng là những ngành động vật duy nhất được biết đến thiếu bất kỳ gen hox thực sự.