Other parasites that can cause symptoms similar to those of cryptosporidiosis include Cyclospora cayetanensis and, in patients with immunocompromise, Cystoisospora (Isospora) belli and a collection of organisms referred to as microsporidia (eg, Enterocytozoon bieneusi, Encephalitozoon intestinalis).
Các ký sinh trùng khác có thể gây ra các triệu chứng tương tự với nhiễm cryptosporidium nhiễm Cyclospora cayetanensis và ở những bệnh nhân suy giảm miễn dịch, Cystoisospora (Isospora) belli và một nhóm các sinh vật được gọi là microsporidia (ví dụ, Enterocytozoon bieneusi, Encephalitozoon intestinalis).