Alleles defined by DNA sequencing are named to identify the gene, followed by an asterisk, numbers representing the allele group (often corresponding to the serologic antigen encoded by that allele), a colon, and numbers representing the specific allele (eg, A * 02: 01, DRB1 * 01: 03, DQA1 * 01: 02).
Các alen được xác định bằng trình tự DNA được đặt tên để xác định gen, tiếp theo là dấu sao, số đại diện cho nhóm allele (thường tương ứng với kháng nguyên huyết thanh học được mã hoá bởi allele đó), một dấu hai chấm và số đại diện cho allele cụ thể (ví dụ, A * 02:01, DRB 1 * 01:03, DQA 1 * 01:02).