HAIs can also be grouped according to the organ system affected such as ear, eye, nose, and throat infections, lower respiratory tract infections (including bronchitis, tracheitis, bronchiolitis, lung abscesses or edema without evidence of pneumonia), skin and soft tissue infections, cardiovascular infections, bone and joint infections, nervous system infections, and reproductive tract infections.
NKBV cũng có thể nhóm theo hệ thống cơ quan bị ảnh hưởng như nhiễm trùng tai, mắt, mũi và họng, nhiễm khuẩn đường hô hấp dưới (bao gồm viêm phế quản, viêm khí quản, viêm tiểu phế quản, áp xe phổi hoặc phù thũng mà không có bằng chứng viêm phổi), nhiễm khuẩn da và mô mềm, nhiễm khuẩn tim mạch, nhiễm khuẩn xương khớp, nhiễm khuẩn hệ thần kinh và nhiễm khuẩn đường sinh sản [2].