Preexisting or emerging resistance is common, so it is almost always used with another antifungal, usually amphotericin B. Flucytosine plus amphotericin B is used primarily to treat cryptococcosis but is also valuable for some cases of disseminated candidiasis (including endocarditis), other yeast infections, and severe invasive aspergillosis.
Kháng thuốc có sẵn hoặc mới có là phổ biến, vì vậy thuốc này hầu như luôn được sử dụng với một loại thuốc chống nấm khác, thường là amphotericin B. Flucytosine cộng với amphotericin B được sử dụng chủ yếu để điều trị bệnh do cryptococcus nhưng cũng có giá trị đối với một số trường hợp bệnh do candida lan toả (bao gồm cả viêm nội tâm mạc), các bệnh nhiễm trùng nấm men khác và bệnh do aspergillus xâm lấn nghiêm trọng.