Array CGH can identify marker chromosomes and copy number variants (CNVs) of chromosomes but many of them have uncertain clinical significance.
Ngoài ra, array CGH có thể phát hiện các CNV, các NST đánh dấu (marker chromosome) mà trong số đó nhiều trường hợp gây ra các biểu hiện lâm sàng không rõ ràng.