Regarding macroscopic examination, it is indistinguishable between GISTs with other benign submucosal tumors such as leiomyoma, heterotopic pancreatic tissue, neurofibromatosis, lipoma, Schwann cell tumor or leiomyosarcoma.
Về mặt hình ảnh đại thể lâm sàng, gần như không thể phân biệt UMĐĐTH với các loại u dưới niêm lành tính khác như: u cơ trơn, u tuỵ lạc chổ, u sợi thần kinh, u mỡ, u tế bào schwann hay thậm chí là sarcom cơ trơn ở dạ dày.