Министерстве Марий Эл Республикын сомылшуктызо кучем органже-влакым кучаш Марий Эл Республикын республикысе бюджетше гыч колтымо средства, Россий Федерацийын пуалтше полномочийжым шукташ федерал бюджет гыч ойырымо субвенций кӱшеш финансылалтеш.
Финансирование Министерства осуществляется за счет средств республиканского бюджета Республики Марий Эл, направляемых на содержание органов исполнительной власти Республики Марий Эл, и субвенций из федерального бюджета, выделяемых на осуществление переданных Российской Федерацией полномочий.