<s> from numpy import array , allclose <EOL> from pebl import data , cpd <EOL> from pebl . test import testfile <EOL> def test_cextension ( ) : <EOL> try : <EOL> from pebl import _cpd <EOL> except : <EOL> assert False <EOL> class TestCPD_Py : <EOL> """<STR_LIT>""" <EOL> cpdtype = cpd . MultinomialCPD_Py <EOL> def setUp ( self ) : <EOL> self . data = data . Dataset ( array ( [ [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:0> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:1> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:0> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:0> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> ] ] ) ) <EOL> for v in self . data . variables : <EOL> v . arity = <NUM_LIT:2> <EOL> self . cpd = self . cpdtype ( self . data ) <EOL> def test_lnfactorial_cache ( self ) : <EOL> expected = array ( [ <NUM_LIT:0.> , <NUM_LIT:0.> , <NUM_LIT> , <NUM_LIT> , <EOL> <NUM_LIT> , <NUM_LIT> , <NUM_LIT> , <NUM_LIT> , <EOL> <NUM_LIT> , <NUM_LIT> , <NUM_LIT> , <NUM_LIT> , <EOL> <NUM_LIT> , <NUM_LIT> , <NUM_LIT> , <NUM_LIT> , <EOL> <NUM_LIT> ] ) <EOL> assert allclose ( self . cpd . lnfactorial_cache , expected ) <EOL> def test_offsets ( self ) : <EOL> assert ( self . cpd . offsets == array ( [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:2> , <NUM_LIT:4> ] ) ) . all ( ) <EOL> def test_counts ( self ) : <EOL> expected = array ( [ [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:2> , <NUM_LIT:3> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:1> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> ] ] ) <EOL> assert ( self . cpd . counts == expected ) . all ( ) <EOL> def loglikelihood ( self ) : <EOL> assert allclose ( self . cpd . loglikelihood ( ) , - <NUM_LIT> ) <EOL> def test_replace1_loglikelihood ( self ) : <EOL> self . cpd . replace_data ( array ( [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:0> ] ) , array ( [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:0> ] ) ) <EOL> assert allclose ( self . cpd . loglikelihood ( ) , - <NUM_LIT> ) <EOL> def test_replace1_counts ( self ) : <EOL> self . cpd . replace_data ( array ( [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:0> ] ) , array ( [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:0> ] ) ) <EOL> expected = array ( [ [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:2> , <NUM_LIT:3> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:1> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> ] ] ) <EOL> assert ( self . cpd . counts == expected ) . all ( ) <EOL> def test_replace2_loglikelihood ( self ) : <EOL> self . cpd . replace_data ( self . data . observations [ <NUM_LIT:0> ] , array ( [ <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:0> ] ) ) <EOL> assert allclose ( self . cpd . loglikelihood ( ) , - <NUM_LIT> ) <EOL> def test_replace2_counts ( self ) : <EOL> self . cpd . replace_data ( self . data . observations [ <NUM_LIT:0> ] , array ( [ <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:0> ] ) ) <EOL> expected = array ( [ [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:3> , <NUM_LIT:3> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:1> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> ] ] ) <EOL> assert ( self . cpd . counts == expected ) . all ( ) <EOL> def test_undo_loglikelihood ( self ) : <EOL> self . cpd . replace_data ( self . data . observations [ <NUM_LIT:0> ] , array ( [ <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:0> ] ) ) <EOL> self . cpd . replace_data ( array ( [ <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:0> ] ) , array ( [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:0> ] ) ) <EOL> assert allclose ( self . cpd . loglikelihood ( ) , - <NUM_LIT> ) <EOL> def test_undo_counts ( self ) : <EOL> self . cpd . replace_data ( self . data . observations [ <NUM_LIT:0> ] , array ( [ <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:0> ] ) ) <EOL> self . cpd . replace_data ( array ( [ <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:0> ] ) , array ( [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:0> ] ) ) <EOL> expected = array ( [ [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:2> , <NUM_LIT:3> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:1> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:0> ] ] ) <EOL> assert ( self . cpd . counts == expected ) . all ( ) <EOL> def test_replace_with_ndarray ( self ) : <EOL> self . cpd . replace_data ( array ( [ <NUM_LIT:0> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:0> ] ) , array ( [ <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:1> , <NUM_LIT:0> ] ) ) <EOL> assert allclose ( self . cpd . loglikelihood ( ) , - <NUM_LIT> ) <EOL> class TestCPD_C ( TestCPD_Py ) : <EOL> cpdtype = cpd . MultinomialCPD_C <EOL> def test_lnfactorial_cache ( self ) : pass <EOL> def test_offsets ( self ) : pass <EOL> def test_counts ( self ) : pass <EOL> def test_replace1_counts ( self ) : pass <EOL> def test_replace2_counts ( self ) : pass <EOL> def test_undo_counts ( self ) : pass <EOL> class TestCPD2_Py : <EOL> """<STR_LIT>""" <EOL> cpdtype = cpd . MultinomialCPD_Py <EOL> def setUp ( self ) : <EOL> self . data = data . Dataset ( array ( [ [ <NUM_LIT:1> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:0> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:1> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:1> ] , <EOL> [ <NUM_LIT:0> ] ] ) ) <EOL> self . data . variables [ <NUM_LIT:0> ] . arity = <NUM_LIT:2> <EOL> self . cpd = self . cpdtype ( self . data ) <EOL> def test_offsets ( self ) : <EOL> assert ( self . cpd . offsets == array ( [ <NUM_LIT:0> ] ) ) . all ( ) <EOL> def test_counts ( self ) : <EOL> assert ( self . cpd . counts == array ( [ [ <NUM_LIT:2> , <NUM_LIT:3> , <NUM_LIT:5> ] ] ) ) . all ( ) <EOL> def test_loglikelihood ( self ) : <EOL> assert allclose ( self . cpd . loglikelihood ( ) , - <NUM_LIT> ) <EOL> class TestCPD2_C ( TestCPD2_Py ) : <EOL> cpdtype = cpd . MultinomialCPD_C <EOL> def test_offsets ( self ) : pass <EOL> def test_counts ( self ) : pass <EOL> class TestMultinomialCPD_C : <EOL> def setUp ( self ) : <EOL> self . data = data . fromfile ( testfile ( "<STR_LIT>" ) ) <EOL> def test_cpt_reuse ( self ) : <EOL> for i in xrange ( <NUM_LIT> ) : <EOL> c = cpd . MultinomialCPD_C ( self . data ) <EOL> c . loglikelihood ( ) <EOL> del c <EOL> def test_cpt_ceate_delete ( self ) : <EOL> for i in xrange ( <NUM_LIT> ) : <EOL> c = cpd . MultinomialCPD_C ( self . data ) <EOL> c2 = cpd . MultinomialCPD_C ( self . data ) <EOL> c . loglikelihood ( ) <EOL> c2 . loglikelihood ( ) <EOL> del c <EOL> del c2 </s>
