<s> """<STR_LIT>""" <EOL> from __future__ import print_function <EOL> from pysb import * <EOL> Model ( ) <EOL> Annotation ( model , '<STR_LIT>' , '<STR_LIT>' ) <EOL> Annotation ( model , '<STR_LIT>' , <EOL> '<STR_LIT>' ) <EOL> transloc = <NUM_LIT> ; <EOL> v = <NUM_LIT> ; <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) ; <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT:200> ) ; <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) ; <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) ; <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) ; <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) ; <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) ; <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) ; <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) ; <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) ; <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) ; <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) ; <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) ; <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) ; <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) ; <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) ; <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) ; <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) ; <EOL> Monomer ( '<STR_LIT:L>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> Monomer ( '<STR_LIT>' , [ '<STR_LIT:b>' ] ) <EOL> def catalyze ( enz , sub , prod , kf , kr , kc ) : <EOL> """<STR_LIT>""" <EOL> r1_name = '<STR_LIT>' % ( sub . name , enz . name ) <EOL> r2_name = '<STR_LIT>' % ( prod . name , enz . name ) <EOL> E = enz ( b = None ) <EOL> S = sub ( b = None ) <EOL> ES = enz ( b = <NUM_LIT:1> ) % sub ( b = <NUM_LIT:1> ) <EOL> P = prod ( b = None ) <EOL> Rule ( r1_name , E + S < > ES , kf , kr ) <EOL> Rule ( r2_name , ES >> E + P , kc ) <EOL> def catalyze_convert ( s1 , s2 , p , kf , kr , kc ) : <EOL> """<STR_LIT>""" <EOL> r1_name = '<STR_LIT>' % ( s1 . name , s2 . name ) <EOL> r2_name = '<STR_LIT>' % p . name <EOL> A = s1 ( b = None ) <EOL> B = s2 ( b = None ) <EOL> AB = s1 ( b = <NUM_LIT:1> ) % s2 ( b = <NUM_LIT:1> ) <EOL> C = p ( b = None ) <EOL> Rule ( r1_name , A + B < > AB , kf , kr ) <EOL> Rule ( r2_name , AB >> C , kc ) <EOL> def inhibit ( targ , inh , kf , kr ) : <EOL> """<STR_LIT>""" <EOL> r_name = '<STR_LIT>' % ( targ . name , inh . name ) <EOL> T = targ ( b = None ) <EOL> I = inh ( b = None ) <EOL> TI = targ ( b = <NUM_LIT:1> ) % inh ( b = <NUM_LIT:1> ) <EOL> Rule ( r_name , T + I < > TI , kf , kr ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> catalyze_convert ( L , pR , DISC , kf1 , kr1 , kc1 ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> inhibit ( DISC , flip , kf2 , kr2 ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> catalyze ( DISC , pC8 , C8 , kf3 , kr3 , kc3 ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> inhibit ( BAR , C8 , kf4 , kr4 ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> catalyze ( C8 , pC3 , C3 , kf5 , kr5 , kc5 ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> catalyze ( C3 , pC6 , C6 , kf6 , kr6 , kc6 ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> catalyze ( C6 , pC8 , C8 , kf7 , kr7 , kc7 ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> catalyze ( XIAP , C3 , C3_U , kf8 , kr8 , kc8 ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> catalyze ( C3 , PARP , CPARP , kf9 , kr9 , kc9 ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> catalyze ( C8 , Bid , tBid , kf10 , kr10 , kc10 ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> inhibit ( tBid , Bcl2c , kf11 , kr11 ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> catalyze ( tBid , Bax , aBax , kf12 , kr12 , kc12 ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , transloc ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , transloc ) <EOL> Rule ( '<STR_LIT>' , aBax ( b = None ) < > MBax ( b = None ) , kf13 , kr13 ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> / v ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> inhibit ( MBax , Bcl2 , kf14 , kr14 ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> / v * <NUM_LIT:2> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Rule ( '<STR_LIT>' , MBax ( b = None ) + MBax ( b = None ) < > Bax2 ( b = None ) , kf15 , kr15 ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> / v ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> inhibit ( Bax2 , Bcl2 , kf16 , kr16 ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> / v * <NUM_LIT:2> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Rule ( '<STR_LIT>' , Bax2 ( b = None ) + Bax2 ( b = None ) < > Bax4 ( b = None ) , kf17 , kr17 ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> / v ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> inhibit ( Bax4 , Bcl2 , kf18 , kr18 ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> / v ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> catalyze_convert ( Bax4 , Mito , AMito , kf19 , kr19 , kc19 ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> / v ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> catalyze ( AMito , mCytoC , ACytoC , kf20 , kr20 , kc20 ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> / v ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> catalyze ( AMito , mSmac , ASmac , kf21 , kr21 , kc21 ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , transloc ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , transloc ) <EOL> Rule ( '<STR_LIT>' , ACytoC ( b = None ) < > cCytoC ( b = None ) , kf22 , kr22 ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> catalyze ( cCytoC , Apaf , aApaf , kf23 , kr23 , kc23 ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Rule ( '<STR_LIT>' , aApaf ( b = None ) + pC9 ( b = None ) < > Apop ( b = None ) , kf24 , kr24 ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> catalyze ( Apop , pC3 , C3 , kf25 , kr25 , kc25 ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , transloc ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , transloc ) <EOL> Rule ( '<STR_LIT>' , ASmac ( b = None ) < > cSmac ( b = None ) , kf26 , kr26 ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> inhibit ( Apop , XIAP , kf27 , kr27 ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> Parameter ( '<STR_LIT>' , <NUM_LIT> ) <EOL> inhibit ( cSmac , XIAP , kf28 , kr28 ) <EOL> Observable ( '<STR_LIT>' , Bid ( b = None ) ) <EOL> Observable ( '<STR_LIT>' , PARP ( b = None ) ) <EOL> Observable ( '<STR_LIT>' , mSmac ( b = None ) ) <EOL> Observable ( '<STR_LIT>' , tBid ( ) ) <EOL> Observable ( '<STR_LIT>' , CPARP ( ) ) <EOL> Observable ( '<STR_LIT>' , cSmac ( ) ) <EOL> for m in model . monomers : <EOL> ic_param = model . parameters . get ( '<STR_LIT>' % m . name ) <EOL> if ic_param is not None : <EOL> sites = { } <EOL> for s in m . sites : <EOL> if s in m . site_states : <EOL> sites [ s ] = m . site_states [ s ] [ <NUM_LIT:0> ] <EOL> else : <EOL> sites [ s ] = None <EOL> Initial ( m ( sites ) , ic_param ) <EOL> if __name__ == '<STR_LIT:__main__>' : <EOL> print ( __doc__ , "<STR_LIT:\n>" , model ) <EOL> print ( """<STR_LIT>""" ) </s>
